генов системы врожденного иммунитета и противовирусного ответа под действием препаратов интерферонов и их индукторов», тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.03.09, кандидат наук Шувалов Александр Николаевич

• Шувалов Александр Николаевич
• кандидат наук
• 2016

Оглавление диссертации кандидат наук Шувалов Александр Николаевич

ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Сигнальные механизмы индукции синтеза ИФН

1.1.1 Рецепторы врождённого иммунитета TLRs, RLRs и NLRs

1.1.2 ДсРНК-зависимые пути активации генной транскрипции

1.1.3 Факторы транскрипции IRFs и NFkB

1.2 Сигнальные пути действия ИФН I, II и III типов

1.2.1 Рецепторы ИФН

1.2.2 Регуляция транскрипции генов гамма-ИФН

1.2.3 Активаторы транскрипции JAK-STATs

1.3. Гены и белки индуцированные ИФН и дсРНК

1.3.1 ДсРНК-зависимая протеинкиназа (дсПК - PKR)

1.3.2 Антивирусная система ферментов ОАS/RNasel

1.3.3 Белки ISG15, индуцированные ИФН

1.4 РНК-интерференция и фермент Dicer

1.5 Взаимосвязь системы ИФН с апоптозом

1.5.1 Рецепторный Fas-зависимый апоптоз

1.5.2 Митохондриальный Bcl-зависимый апоптоз

1.5.3 Сигнальные механизмы индукции апоптоза ИФН и дсРНК

1.5.4 Противоопухолевое действие ИФН и дсРНК

1.6 Резюме

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 2.1 МАТЕРИАЛЫ

2.1.1 Рекомбинантные человеческие ИФН

2.1.2 Индукторы ИФН

2.1.3 Гриппозные вакцины

2.1.4 Вирусы

2.1.5 Клетки и клеточные культуры

2.1.6 Химические реактивы

2.1.7 Олигонуклеотидные ПЦР-праймеры

2.1.8 Лабораторное оборудование

2.2 МЕТОДЫ

2.2.1 Выделение РНК

2.2.2 Реакция обратной транскрипции (ОТ)

2.2.3 ПЦР - полуколичественный вариант

2.2.4 ПЦР в реальном времени (ОТ-ПЦР-РВ)

2.2.5 Расчёты уровней экспрессии генов

2.2.6 Иммуноферментный анализ (ИФА)

2.2.7 Титрование ИФН по противовирусной активности

2.2.8 Реакция нейтрализации активности ИФН

2.2.9 Размножение вирусов

2.2.10 Определение инфекционного титра вирусов по ЦПД

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

3.1 Конститутивные уровни экспрессии генов рецепторов врождённого иммунитета и активаторов транскрипции в клетках крови человека

3.2 Стимуляция препаратами ИФН типа 1 экспрессии генов

рецепторов врождённого иммунитета

3.3 Сравнение действия препаратов рекомбинантных ИФН типа 1 на экспрессию генов системы ИФН и апоптоза в нормальных и опухолевых клетках

3.4 Феномен супериндукции генов «домашнего хозяйства»

в опухолевых клетках

3.5 Действие на вирусы рекомбинантного альфа2-ИФН

3.5.1 Вирус гриппа А И1Ш (Москва, 2009)

3.5.2 Вирус Карельской лихорадки (ВКЛ ЬБ!У9298)

3.5.3 Активность генов ферментов системы ИФН в клетках обработанных

Реафероном и заражённых ВКЛ

3.6. Стимуляция препаратами индукторами ИФН разной природы генов рецепторов врождённого иммунитета, системы ИФН и апоптоза

3.6.1 Ридостин (Рибонуклеат натрия)

3.6.2 Ридостин как иммуноадьювант гриппозных вакцин

3.6.3 Циклоферон

3.6.4 Иммуномакс

3.7. Индивидуальные реакции генов TLRs, RLRs и ИФН-генов на препараты

3.8.1 Кагоцел как индуктор генов системы ИФН и цитокинов у пациентов (сравнение с Ридостином )

3.8.2 Кагоцел и Ридостин как регуляторы генов апоптоза

3.9 Нарушения экспрессии генов системы ИФН у больных

бронхиальной астмой

4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

6. ВЫВОДЫ

7. СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

8. ПРИЛОЖЕНИЕ

8.1. Структура ПЦР-праймеров

8.2. Проверка специфичности ПЦР-праймеров

ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ

дсРНК - двуспиральная рибонуклеиновая кислота

осРНК - одноцепочечная РНК

мРНК - матричная рибонуклеиновая кислота

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

ИФН (IFN) - интерферон

ИФА - иммуноферментный анализ

ИЛ (IL) - интерлейкин

ЛПС(LPS) - липополисахарид

ПГ - пептидогликан

МКА - моноклональные антитела

ОТ-ПЦР-РВ - обратная транскрипция - полимеразная цепная реакция в реальном времени

ФНО^ОТ) - фактор некроза опухоли

ЦПД - цитопатическое действие

ВКЛ - вирус Карельской лихорадки

БОЕ - бляшка образующая единица

ACTB - бета-актин

AP-1- активаторный белок

ВАХ - белок X, ассоциированный с Вс1-2

B2M - бета - 2 микроглобулин

Bcl-2 - B-клеточная лимфома

DISC - комплекс, индуцирующий смерть

DICER - рибонуклеаза III

FADD - Fas - связанный домен смерти

Fas (CD95) - рецептор смерти

ГАФД (GAPDH) - глицеральдегидфосфатдегидрогеназа

IRF - ИФН - регулируемый фактор

ИСГ (ISG)-ИФН - стимулируемый ген

Ig - иммуноглобулин

IPS - ИФН - стимулирующий белок

LGP2 - липогликопротеин

LPS - липополисахарид

MDA5 - ген 5 ассоциированный с дифференциацией меланомы

MHC - главный комплекс гистосовместимости

MyD88 - адаптер - белок 88 миелоидной дифференциации

Mx1 - ИФН - индуцирующий ГТФ - связывающий белок

NF-kB - ядерный фактор «каппа-би»

NLRs - NOD - подобные рецепторы

NOD - нуклеотид - связывающий белок

OAC(OAS) - олигоаденилатсинтетаза

Р53 - белок

PAMPs - патоген- ассоциированные молекулярные паттерны

PRRs - паттерн распознающий рецептор

PKR - дсРНК - зависимая протеинкиназа

RIG1 - ген 1 индуцируемый ретиноевой кислотой

RNAsa L - ИФН - зависимая рибонуклеаза

TLR - Toll-подобный рецептор

TRAF- фактор, ассоциированный с рецептором к фактору некроза опухоли TRIF - адаптер, содержащий TIR - домен , участвующий в синтезе ИФН STAT - сигнальный трансдуктор и активатор транскрипции

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «генов системы врожденного иммунитета и противовирусного ответа под действием препаратов интерферонов и их индукторов»,»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность темы исследования

Система интерферона (ИФН) является важнейшей составляющей врожденного иммунитета и активатором реакций адаптивного иммунитета [A.Iwasaki, R. Medzhitov, 2010; P.M. George et al., 2012]. ИФН присущи выраженные противовирусные, иммуномодулирующие,

антипролиферативные и противоопухолевые активности, которые изучаются в разных областях медицины и биологии. Основные исследования отечественных препаратов были направлены на оценку клинической эффективности при актуальных вирусных инфекциях (гепатиты, герпес, грипп и ОРВИ). ИФН и индукторы применяют для коррекции иммунодефецитных состояний разной этиологии и в противоопухолевой терапии. Особое значение имеют иммуноадьювантные свойства этих препаратов.

Специально разработанная группа химических веществ различной природы, вызывающая в клетках образование эндогенного ИФН, получила название индукторов [Ершов Ф.И., Киселёв О.И., 2005]. Они индуцируют синтез собственных эндогенных ИФН как в месте введения (локально), так и в окружающих тканях организма (повсеместно), прежде всего, в клетках крови. Эндогенные ИФН представлены смесью разных видов и поэтому имеют преимущества перед экзогенными, вводимыми препаратами ИФН одного вида, т. к. могут проявлять более широкий спектр биологических активностей. По сравнению с бактериальными рекомбинантными ИФН собственные эндогенные ИФН не вызывают образование антител и поэтому могут использоваться в лечении длительное время. Индукторы ИФН имеют c ИФН общую функциональную направленность в действии и, дополнительно, могут оказывать прямое антивирусное действие, независимое от ИФН [R.E. Randall, S.Goodbourn, 2008; DeWitte-Orr S.J. et al., 2009]. В таблице 1 дано описание препаратов, которые явились предметом изучения и хорошо

известны как профилактические и лечебные противовирусные и иммуномодулирующие препараты.

Таблица 1. Исследованные препараты ИФН и индукторов ИФН

Название и состав фармпрепаратов, патентообладатель Источник получения фирма - производитель Применение в медицине

Реаферон (инъекц. форма); Альтевир (субстанцияИФН-альфа- 2b) бактерии Е.соН, содерж. ген человеч. альфа2-ИФН «Вектор» «Фармапарк», Россия гепатиты В и С, респираторные и герпес инфекции, ряд опухолевых заболеваний

Авонекс (ИФНбета-1а); Генфаксон;«Laborat orio Tuteur» S.A.C.I.F.I.A. «Аргентина» культура клеток яичника китайского хомячка генная инженерия «Гедеон Рихтер» Австрия множе ственный (рассеянный) склероз

Ридостин (международное название «Рибонуклеат натрия») ; Аликин и др., 1997, патент РФ смесь полимеров дсРНК и осРНК, выделены из киллерн. штамма дрожжей Saccharomyces cerevisiae «Диафарм», «Вектор медика» Россия герпес и арбовирусные инфекции, хламидиоз

Циклоферон (N - метилглюкаминовая соль акридонуксусн. кислоты); Чижов Н.П. и др., 1995, патент РФ Низкомолекулярное химическое соединение «Полисан», Россия многие вирусные инфекции (герпес, клещевой энцефалит, грипп, гепатиты, ВИЧ и папиллома)

Кагоцел (натриевая соль сополимера карбоксиметил -целлюлозы и госсипола ) Патент РФ № 2238122 Ершов Ф. И. и др. 2004 г. активное вещество госсипол, содержание 3%. «Ниармедик» Россия лечение и профилактика ОРВИ, гриппа, герпеса.

Иммуномакс (раст. кисл.пептидогликан ); Атауллаханов Р. И. и др. Патент Pub 2005/0042236 USA

выделен из растений, очищен

хроматографией «Иммафарма» Россия

Иммуномодулятор при вирусных и бактериальных инфекциях

В отсутствие специфических химиопрепаратов и вакцин препараты ИФН и их индукторы становятся средством экстренной защиты от возникающих инфекционных заболеваний [Ершов Ф.И., 2006; Ершов Ф.И., Наровлянский А.Н., 2015; Gibbert K. et al., 2013].

В процессах индукции синтеза и действия ИФН ключевая роль принадлежит рецепторам врождённого иммунитета, которые «узнают» молекулярные структуры в составе патогенов [Medzhitov R., 2001;Козлов И.Г., 2011; Соколова Т.М., 2012; Paul-Clark M.J. et al., 2012]. Химические структуры таких индукторов ИФН как Ридостин, Циклоферон и Иммуномакс могут являться лигандами TLRs и RLRs рецепторов. Вместе с тем, они обладают ИФН-индуцирующими свойствами. В результате в клетках индуцируются сигнальные процессы, приводящие к активации генов противовирусного и воспалительного ответа. Эти процессы получили в литературе название сигнальной трансдукции [Horscroft N.J. et al., 2012; S.N. Lester, K. Liu, 2013].

Препараты ИФН типа 1 и 2 стимулируют транскрипцию генов TLRs и RLRs рецепторов в клетках человека, тем самым повышая клеточную резистентность к инфекции [J.J. Khoo et al., 2011; A. Kajita, 2015]. Поэтому ИФН-индуцирующие свойства препаратов обуславливают противовирусное состояние не только за счёт индукции группы антивирусных белков ферментов (олигоаденилат синтетазы, РНК-азы L, дсРНК-зависимой протеинкиназы [Randell, Goodbourn, 2008], но и активируя рецепторные механизмы иммунного ответа. Отечественные препараты рекомбинантных ИФН и индукторов ИФН ранее не были изучены как активаторы транскрипции генов рецепторов и антивирусных факторов системы врождённого иммунитета. Влияние препаратов на гены системы ИФН и

апоптоза в клетках человека были ограниченными и они не исследованы в клетках человека количественными методами.

Степень разработанности проблемы.

Изучение механизмов функционирования системы на молекулярном, клеточном и организменном уровнях представляет большой научный интерес. За рубежом проводится системное изучение влияния разных видов ИФН, дсРНК и антивирусных препаратов разной природы на экспрессию клеточных генов методами ДНК-чипов и ОТ-ПЦР-РВ (Paul-Clark, M.J. et al., 2012). Ведётся поиск эффективных лигандов-активаторов рецепторов врождённого иммунитета. Отечественные препараты в этом плане остаются не изученными. Исследования отечественных препаратов ИФН и их индукторов проводятся в отделе Интерферонов ФГБУ «ФНИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» (руководитель академик РАН Ф.И. Ершова) на протяжении многих лет. Показана клиническая эффективность ИФН и их индукторов в профилактике и лечении актуальных вирусных и бактериальных инфекций. В последние 5 лет в лаборатории появилась возможность более углублённого изучения механизмов действия ряда отечественных индукторов ИФН на уровне экспрессии генов и продукции цитокинов. Прежде всего было важным охарактеризовать препараты как активаторы сигнальных процессов развития антивирусного ответа. Дана сравнительная оценка транскрипционной активности препаратов ИФН и индукторов ИФН в нормальных и опухолевых клетках. Специально изучен вопрос о возможности применения отечественных рекомбинантных альфа2-ИФН (Реаферон и Альтевир) при альфа-вирусной инфекции (вирус Карельской лихорадки ВКЛ) и пандемическом гриппе А вирус ШШ(Москва, 2009). При планировании и выполнении работы мы опирались на известные зарубежные данные о роли рецепторов врождённого иммунитета, механизмах индукции и действия ИФН в клетках крови и в опухолевых линиях.

Цели и задачи.

Цель работы: Изучение ИФН-зависимого антивирусного и иммуномодулирующего действия препаратов различной химической структуры на гены системы врожденного иммунитета в клетках человека.

Основные задачи проведенных исследований сводятся к: 1) Определению действия рекомбинантных ИФН на транскрипционную активность генов рецепторов ТЬЯб/КЬЯб, системы ИФН, апоптоза и регуляторных интерлейкинов (ИЛ) в нормальных и опухолевых клетках человека.

2) Оценке антивирусного действия рекомбинантного альфа2-ИФН в отношении штаммов вирусов в клетках крови:

- пандемического гриппа А Н1Ш (Москва, 2009) по влиянию на транскрипцию генов ТЬЯ-рецепторов врожденного иммунитета;

- вируса Карельской лихорадки (ВКЛ ЬБ1У9298) по продукции инфекционного вируса и индукции генов ИФН-зависимых ферментов системы ИФН.

3) Изучению действия известных индукторов ИФН разной химической структуры на транскрипционную активность генов ТЬШ ЯЬЯ -рецепторов, генов системы ИФН и факторов транскрипции (1^3/7, КБ-кБ, р53).

4) Выявлению иммуноадьювантных свойств рибонуклеата натрия в

комбинации с субъединичными вакцинами Гриппол и Инфлювак на генном и цитокиновом уровнях в культуре клеток крови.

Научная новизна.

- Впервые на генном уровне изучен механизм действия рекомбинантных ИФН и индукторов ИФН, широко применяемых в отечественной медицине для профилактики и лечения вирусных и бактериальных инфекций.

- Получены новые данные о стимулирующем влиянии рекомбинантных альфа2-ИФН (Реаферон), Рибонуклеата натрия (Ридостин), меглюминакриданон ацетата (Циклоферон) и растительного пептидогликана (Иммуномакс) на гены рецепторов сигнальных путей иммунного ответа.

- На модели клеток крови человека продемонстрированы иммуноадьювантные свойства препарата Рибонуклеата натрия с субъединичными вакцинами Гриппол, Инфлювак.

- Впервые обнаружено свойство растительного пептидогликана активировать гены ТЬЯ/КЬЯ рецепторов, универсальных факторов транскрипции р53 и №кВ и гены ИФН типа 1 в клетках человека.

- Впервые исследованы экспериментальные образцы растительного и бактериальных альфа2-ИФН, разработанные в РОНЦ им. Н.П. Блохина на опухолевых клетках аденокарциномы человека в сравнении с фибробластами человека (Кособокова и др., 2013).

- Обнаружен феномен супериндукции генов "домашнего хозяйства" в опухолевой линии клеток НСТ-116 в ответ на рекомбинантные ИФН типа 1.

- Впервые показана репродукция ВКЛ (ЬБ1У9298) в клетках крови человека, возможность выявления его РНК методом ОТ-ПЦР. Установлены механизмы антивирусного действие рекомбинантного альфа2-ИФН в отношении вирусов гриппа А (H1N1,Moscow,pdm09), связанные с ростом экспрессии генов рецепторов врождённого иммунитета (ТЬЯ3, ТЬЯ7), и альфавируса ВКЛ - с индукцией генов ферментов системы ИФН (ОАС1 и дсПК).

Теоретическая и практическая значимость работы.

На модели клеток крови человека проведен сравнительный молекулярно-генетический анализ действия применяемых в России медицинских препаратов с помощью количественного ОТ-ПЦР. Метод стимуляции препаратами экспрессии ТЬЯ-генов предлагается для скрининга и оценки эффективности препаратов ИФН и индукторов ИФН. Выявлена индивидуальная чувствительность клеток и этот метод предлагается для оценки эффективности иммунного ответа как более специфический и менее затратный в дополнение к биологическому тестированию.

Впервые исследованы экспериментальные образцы рекомбинантных альфа2-ИФН, разработанные в РОНЦ им. Н.П. Блохина (Кособокова и др., 2013). Особый интерес представляет сравнительный анализ их действия на экспрессию генов системы ИФН и апоптоза в нормальных и опухолевых клетках человека с нарушенной регуляцией генов системы ИФН и апоптоза. Входящие в состав изученных препаратов индукторов ИФН молекулярные структуры (дсРНК и осРНК, ДНК-связывающий агент акриданон, растительный пептидогликан), согласно данным литературы, весьма вероятные лиганды рецепторов врождённого иммунитета. Полученные транскрипционные характеристики химических соединений в составе отечественных препаратов раскрывают их ИФН-индуцирующий и антивирусный потенциал, показывают отличия в механизмах действия на сигнальные пути врождённого иммунитета.

На основании полученных данных разработаны Методические рекомендации: «Оценка стимуляции интерферонами, индукторами интерферонов и вакцинами экспрессии ТЬЯ-генов в пробах крови человека методом ОТ-ПЦР в реальном времени», утверждённые на «Совете по внедрению перспективных научных разработок в практику здравоохранения и серийное производство» ФГБУ «ФНИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России 02 февраля 2015 г.

Методология и методы исследования.

Среди современных методов исследования, которые используются в молекулярной медицине, полимеразная цепная реакция в реальном времени (ПЦР-РВ) занимает одно из ведущих мест [Bustin S. A., 2005]. По общему признанию ПЦР-РВ является высокотехнологичным количественным методом анализа экспрессии генов. В нашей работе этим методом выполнен системный анализ экспрессии 4-х десятков генов в клетках человека, связанных с индукцией и действием ИФН. Основной метод исследования -ОТ-ПЦР-РВ на приборе Bio-rad CFX 96, позволяющий с высокой специфичностью и чувствительностью детектировать мРНК в биопробах. Анализ генной экспрессии дополнен измерением уровней индуцируемых цитокинов иммуноферментным методом (ИФА) и определением противовирусной активности препаратов в культуре клеток.

Оценка уровней экспрессии генов в опытах делалась в автоматическом режиме относительного уровня в контроле клеток, который принимался равным 1. Гены 18S рибосомальной РНК, бета-актина, глицеральальдегидфосфатдегидрогеназы (ГАФД) и бета2-микроглобулина (В2М), именуемые генами «домашнего хозяйства» традиционно -используются для нормализации данных генной экспрессии. Экспрессия этих генов была изучены на стабильность при добавлении препаратов ИФН и их индукторов. Для расчета специфических олигонуклеотидных праймеров использовались программы Primer express и Primer 3 (BLAST NCBI GB). Оценка специфичности ДНК - продуктов проведена методами плавления и электрофореза в агарозном геле. Измерение цитокинов выполнено количественным методом иммуноферментного анализа (ИФА) с наборами реагентов "Вектор - бест". Титрование инфекционности вирусов и определение противовирусной активности препаратов выполнено стандартными микрометодами в культурах чувствительных клеток [Meager A., 2002].

Положения, выносимые на защиту. Основные положения, выносимые на защиту:

1. Рекомбинантные ИФН альфа-2Ь, бета-1а, а так же образцы новых рекомбинантных ИФН альфа-2Ь стимулируют транскрипцию генов рецепторов TLRs и ИФН - зависимых ферментов в клетках человека.

2. Изучаемые ИФН альфа - 2Ь оказывают противовирусное действие на пандемический вирус гриппа А Н1Ш (Москва, 2009) и вирус Карельской лихорадки (ВКЛ ЬБ1У9298).

3. Индукторы ИФН (рибонуклеат натрия, меглюминакридонацетат) и растительный иммуномодулятор - пептидогликан, оказывают положительную активность в отношении ТЬК ЯЬЯ - рецепторов и генов системы ИФН.

4. Рибонуклеата натрия в комбинации с субъединичными гриппозными вакцинами Гриппол и Инфлювак проявляет иммуноадъювантные свойства в виде стимулятора транскрипции ТЬЯ3-гена и индуктора синтеза ИФН типа 1, 2.

5. Разработана транскрипционная оценка экспрессии ТЬЯб и ИФН - генов в пробах крови человека методом ОТ-ПЦР в реальном времени, для скрининга и изучения иммунобиологических и противовирусных препаратов.

Степень достоверности и апробация результатов.

Научные положения, изложенные в диссертации, документально подтверждены экспериментальными данными, опубликованы в рецензируемых журналах и доложены на научных конференциях. В Главе «Обсуждение» полученные результаты сопоставлены с современными данными литературы последних лет по механизмам сигнальной трансдукции и роли их в регуляции синтеза и действия ИФН, противовирусного ответа и

апоптоза. Проведена экспериментальная проверка специфичности расчитанных нами олигонуклеотидных праймеров. Для решения поставленных задач в работе использовались современные инструментальные методы - ОТ-ПЦР-РВ (на приборе СБХ-96 Био-Рад) и ИФА-анализ на микропланшетном фотометре (модель «АпШоб 2010» в программе АОАР+ ВюсЬгот, Великобритания).

Результаты диссертационной работы доложены на Межрегиональный форуме «Клиническая иммунология и аллергология - междисциплинарные проблемы» (Казань, 2012 г.); Конференции молодых ученых ФГБУ НИИЭМ им Н.Ф. Гамалеи (Москва 2014 г.); Научно-практической конференции -биеннале «Грипп: вирусология, эпидемиология, профилактика и лечение» (Санкт-Петербург, 2014 г.). Апробация диссертационной работы состоялась на совместной научной конференции отделов Иммунологии, Интерферонов и Молекулярной вирусологии ФГБУ «НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России 3 декабря 2015 г.

глава 1. Обзор литературы

1.1 Сигнальные механизмы индукции синтеза ИФН 1.1.1 Рецепторы врождённого иммунитета TLRs, RLRs, NLRs

Врожденный иммунитет обусловлен существованием специальных рецепторов (PPRs - паттерн распознающий рецептор), которые узнают структуру разных патогенов (PAMPs - патоген ассоциированные молекулярные - образы). Структура TLRs (Toll-like receptors) наиболее хорошо изучена [Kawai T., Akira S. 2010; Тухватулин А. и др., 2010]. TLRs относятся к первому типу трансмембранных белков. Типичная структура представлена на рисунке 1.

Рисунок 1. Типичная структура TLR-рецептора [Horscroft N.J. et al.,

2012].

Известно 10 вариантов человеческих TLRs рецепторов, которые распознают разные молекулярные структуры [Lester S.N.,. Li K., 2013]. TLRs локализованы на поверхности и в эндосомах разных типов клеток (клетки крови, кожи, печени и селезёнки, слизистых и дыхательных путей). Мембранные TLRs-рецепторы узнают ацилированные липопротеины (TLR1,

TLR2, TLR6), флагелин (TLR5), липополисахариды (LPS) бактериальной стенки (TLR4 + MD2). Эндосомальные рецепторы участвуют в узнавании чужеродных дсРНК (TLR3) и осРНК (TLR7/TLR8), ДНК CpG (TLR9). Сигнальные процессы инициируются на этапах проникновения в клетки патогенов и могут усиливаться при репликации их нуклеиновых кислот. Процессам сигнальной трансдукции и факторам, участвующим в них, в последние годы факторам уделяется большое внимание [S.Akira, 2011]. Это позволило раскрыть механизмы активации генов ИФН и воспалительных цитокинов. Сигнальные пути с активированных рецепторов на гены ИФН типа 1 показаны на рисунке 2.

Сигнальные пути TLRs, приводящие к синтезу ИФН

Рисунок 2. Сигнальные пути ^Я-рецепторов [АМга S., 2011].

Многие мембранные ТЬЯ- рецепторы (1, 2, 4, 5, 6) передают сигналы через миелоидный белок MyD88, играющий ключевую роль в активации фактора

транскрипции NF-kB и активации им генов воспалительных цитокинов. Дополнительно, для TLR4, открыт TRIF-зависимый путь, осуществляемый с участием фактора IRF3, который приводит к синтезу ИФН типа 1 [Black K.E. et al., 2013]. Внутриклеточные TLR-рецепторы в эндосомах узнают разные формы чужеродных нуклеиновых кислот, в т.ч. отличающиеся по структуре от клеточных РНК и ДНК вирусов и бактерий. Эти рецепторы также делятся на Му088-зависимые (TLR7 и TLR9) и TRIF-зависимый (TLR3). В случае взаимодействия TLR3 с дсРНК активируется фактор транскрипции IRF3 и индуцируется ИФН-бета. В случае связывания с TLR7 с осРНК вирусов и TLR9 с CpG-ДНК индуцируется фактор транскрипциии IRF7 и индуцируется альфа-ИФН [Diebold S.S., 2008]. Важно отметить, что с TLR-рецепторов плазматической мембраны преимущественно регулируются гены воспалительных цитокинов с участием фактора NFkB. В результате активации TLR3-сигнального каскада, наряду с геном ИФН-бета, дополнительно индуцируются гены IL10 и ISG15. При вирусной инфекции в индукции генов ИФН-альфа и провоспалительных цитокинов показана регуляторная роль фактора IRF5, ИЛ1-бета и ФНО-альфа [Boo K-H., Yang J-S., 2010]. Между сигнальными путями с разных TLRs возможны перекрёстные взаимодействия [Brown J.H. et al., 2011].

Для выявления внутриклеточных РНК-структур патогенов важное значение имеют, наряду с эндосомальными TLRs, цитоплазматические рецепторы -хеликазы семейства RLRs (RIG — like receptors) [Wilkins C., Gale M. Jr, 2010; Baum A., Garcia-Sastre, 2010]. Функциональные домены в их составе представлены на рисунке 3.

и das

.gp2

см)ь.ауторепрсссия димершация

Рисунок 3. Структура семейства RLRs (RIG-1, MDA5 и LGP2).

В центре локализован хеликазный домен, связывающий РНК. На С-конце расположен регуляторный домен, контролирующий процесс связывания, и на N - конце имеется важный для взаимодействия каспазный домен CARD. С участием RLRs-рецепторов осуществляется митохондриальный путь передачи сигналов. RIG-I взаимодействует с вирусной 5'ррр - осРНК-лигандом и короткими дсРНК. MDA5 чаще связывает длинные дсРНК. LGF2 выполняет регуляторные функции. В результате активируется митохондриальный фактор IPS1 (также известный как MAVS) и транскрипционные факторы IRF3 и NF-kB, вызывающие индукцию генов ИФН типа 1и провоспалительных цитокинов. Синтезируемый ИФН секретируется из зараженных вирусом клеток и взаимодействует со специфическими рецепторами. Включаются сигнальные Jak/Tyk-STAT1/2 этапы индукции экспрессии ИФН-стимулируемых генов (ISG) (рисунок 4).

В таблице 1 суммированы данные о TLRs и RIG1 рецепторах врождённого иммунитета, которые узнают вирусные структуры и считаются лучшими мишенями для противовирусной терапии.

Таблица 2. TLRs и RIG1 узнающие вирусные структуры

[Horscroft N.J. et al., 2012].

PRR Virus Component recognized

TLR2 MV haemagglutinin protein

TLR3 RNA and DNA viruses dsRNA

TLR4 RSV, VSV envelope proteins, glycoproteins

TLR7/ RNA viruses: ssRNA

8 HCV, FluV

TLR9 DNA viruses: HSV CpG DNA

RIG-I RNA viruses: NDV, dsRNA, ssRNA with a 5'-

SV, VSV, FluV, MV triphosphate

Вирусы: MV- корь; RSV- респират. синцит; HCV-гепатит С; FluV- грипп; HSV - простого герпеса; NDV-болезни Ньюкасла; SV-Сендай.

Current Opinion in Immunology

Рисунок 4. Сигнальные пути RLRs при вирусной инфекции [Wilkins C. a.

Gale M. Jr, 2010].

К цитоплазматическим сенсорам патогенов относятся и семейство NLRs -рецепторов, узнающих фрагменты пептидогликанов (ПГ) грамположительных и грамотрицательных бактерий [Correa R. G. a, 2012]. Грамотрицательные бактерии взаимодействуют с NOD1, а грамположительные - с NOD2 и распознают бактерии, освобождающиеся из эндосомного пространства в цитоплазму клеток (рисунок 5). Активация рецепторов идет по 2-м путям с участием факторов NF-kB/AP1 и MAVS/IRF. Бактериальные ПГ и их производные пептиды (iE-DAP и MDP) связываются соответственно с NOD1 или NOD2 рецепторами через LRR домен. Эти взаимодействия индуцируют в них конформационные изменения, приводят к формированию олигомеров и дальнейшему взаимодействию рецепторов с многими эффекторными киназами. Активация NOD - рецепторов с помощью бактериальных продуктов инициирует связывание белка RIP2 с фактором TRAF3 и это индуцирует активацию киназ TBK1/IKKs. За этим следует активация транскрипционного фактора IRF7 и индукция гена ИФН-бета. Недавно получены данные о способности вирусной осРНК взаимодействовать с NOD2 с участием фактора TRAF3. Далее происходит связывание с митохондриальным белком MAVS и активация IRFB-активатора промотора гена бета-ИФН. NOD2-дефeктная мышь не может синтезировать ИФН и имеет повышенную чувствительность к вирусам. Все это показывает важную роль NOD2 в антивирусной защите [Sabbah A. et al., 2009].

Рисунок 5. NODs - зависимые сигнальные пути [Correa R., 2012].

На рисунке 5 показано как NOD2 является цитоплазматическим сенсором бактериальных и вирусных структур с участием белков RIP2 и MAVS, факторов транскрипции IRF7 и IRF3.

STING (stimulator interferon genes) - сенсор модифицированных ДНК, РНК и с-diGMP бактерий открыт сравнительно недавно в составе структур эндоплазматического ретикулема (ЭР) и в связи с митохондриальной мембраной [Shaw N. et al., 2013]. STING играет важную роль в защите от вирусных и бактериальных патогенов. STING узнаёт В-формы ДНК бактерий и вирусные РНК, участвует в митохондриальном пути RIG1-MAVS. Общим является активация ТВК1 киназы, фосфорилирование IRF3 и синтез ИФН-бета. Механизм передачи сигналов с известных ДНК-сенсоров не до конца ясен [Choubey D. et al., 2010]. AIM2-сенсор взаимодействует с дсДНК в цитоплазме и воспалительный ответ сопровождается продукцией ИЛ1-бета [Hornung V. et al.,2009]. DAI (DNA activator interferon) и другие ДНК-сенсоры,

вероятно, используют STING как адапторный белок. Дополнительно STING имеет участок взаимодействия с бактериальным вторичным месенджером с-diGMP (cyclic dimeric guanosine monophosphate). Участок связывания STING с-diGMP иной, чем с ДНК, но в обоих случаях активируются ТВК1 киназа и транскрипционный фактор IRF3. Сигнальный путь участия STING в синтезе ИФН и иммунном ответе на с-di-GMP бактерии показан на рисунке 6.

Рисунок 6. Сигнальный путь STING с бактериальным c-di-GMP

[Shaw N. et al., 2013].

1.1.2 ДсРНК-зависимые сигнальные пути активации генной

транскрипции

Основными сигнальным рецепторами для дсРНК являются TLR3 и RIG1/MDA5 [Tatematsu M. et al., 2014; Sen G. , Sarkar S.N., 2005]. Дополнительно к ним дсРНК включают активацию дсРНК-зависимой протеинкиназы (PKR). Свойства этого ИФН-индуцируемого фермента, подробно описаны ниже в разделе «Гены и белки индуцированные ИФН». PKR-путь активирует митогеновую киназу (MKK), р38 киназу и фактор

транскрипции ЛТБ2. Между разными дсРНК-сигнальными путями имеются связи, осуществляемые с участием факторов ТИБ, ТЯЛБ6 и ЫР1. В результате происходит комплексное воздействие дсРНК на большую группу генов системы ИФН и апоптоза с участием транскрипционных факторов ЮТЗ, №кВ, с-Дип и ЛТБ2 (рисунок 7). Необходимо отметить, что механизмы дсРНК-зависимой индукции в основном изучались на модели синтетического комплекса полиинозиновой - полицитидиловой кислоты (полиИЦ) и вирусных РНК, поэтому для дсРНК из других видов источников необходимы дополнительные исследования.

с1&яыа

Е _N Е TRANSCRIPTION

Рисунок 7. ДсРНК-зависимая активация транскрипции 1.1.3 Факторы транскрипции IRFs и NFkB

Основной контроль синтеза ИФН-бета и ИФН-альфа осуществляется на транскрипционном уровне. В отсутствии стимуляции гены ИФН репрессированы [Ford E., Thanos D., 2010]. В неинфицированных клетках продукция ИФН-типа 1 находится на низком уровне [Levy D. et al., 2011]. Основная концепция индукции генов ИФН типа 1 основана на активации фосфорилированием специфических транскрипционных факторов. Выше

были описаны сигнальные каскады, стимулированные вирусной инфекцией или её модельным аналогом дсРНК, приводящие к активации IRFs. Промотор гена бета1-ИФН содержит четыре позитивных регуляторных домена (PRDI-IV), которые перекрываются [Goodbourn S., 1990]. На домены PRD1 и PRDIII садятся факторы IRF3 и IRF7, на PRDII - ATF-2c/Jun комплекс AP1 и на PRDIV - p50/RelA комплекс NFkB. Имеет значение и нуклеосомная структура мобильных генетических участков HMGAI [Maniatis T. et al., 1998]. Связывание с каждым из этих компонентов в правильной ориентации приводит к активации промотора гена бета1-ИФН. В отсутствии вирусной инфекции такая активация может быть осуществлена цитокинами ФНО-альфа и ИФН-гамма. Эти цитокины, соответственно, активируют факторы NFkB или IRF1, которые ремоделируют нуклесомные структуры участков промотора гена бета1 -ИФН.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Шувалов Александр Николаевич, 2016 год

Список используемой литературы

1. Аликин, Ю.С. Индуктор интерферона Ридостин / Ю.С Аликин, К.Н. Верёвкина, Е.Д. Дубатолова // Патент РФ № 20832.21. БИ № 19, 1997.

2. Аллахвердиева, Л. И. Влияние иммуномодулирующей терапии на показатели иммунитета и апоптоз у детей с атопической бронхиальной астмой / Л.И. Аллахвердиева, А.А. Эюбова, Г. П. Ахмедова // Иммунология. - 2011. - 3:160 - 63.

3. Атауллаханов, Р.И. Клеточные механизмы иммуномодулирующего действия препарата Иммуномакса / Р.И. Атауллаханов, А.В. Пичугин, Н.М. Шишкова // Иммунология. - 2005. - 26(2): 111 - 20.

4. Бажанова Е.Д. Циклоферон: механизм действия, функции и применение в клинике / Е.Д. Бажанова // Экспериментальная и клиническая фармакология. - 2012. - 75(7): 40 - 4.

5. Баринский, И.Ф. Комбинированное использование убитых вакцин и иммуномодулятора ридостин для предупреждения эпидемического стоматита, болезни Ауески и чумы плотоядных в эксперименте / И.Ф. Баринский, В.И. Уласов, И.М. Кравченко // Вопросы вирусологии. - 2002. -47(б): 30 - 2.

6. Бектемиров, Т. А. Результаты изучения эффективности гриппозной инактивированной субъединичной вакцины Инфлювак / Т.А. Бектемиров, Г. А. Ельшина, М.А. Горбунов // Международный журнал медицинской практики. - 2000. - 9: 47 - 51.

7. Бибкова, А.А. Значимость определения некоторых хемокинов и их рецепторов у больных бронхиальной астмой / А.А. Бибкова, К.А. Сысоев, А.В. Семёнов // Медицинская иммунология. - 2012. - 1-2: 109 - 18.

8. Вершинина, М.Ю. Регуляция экспрессии мРНК цитокинов интерфероном и его индукторами / М.Ю. Вершинина, А.Н. Наровлянский, П.Г. Дерябин // Российский журнал иммунологии. - 2002. - 7(2): 161 - 6.

9. Галегов, Г. А. Эффект Кагоцела на репродукцию вируса герпеса / Г. А. Галегов, А.Н. Наровлянский, А.А. Саримсаков // Антибиотики и химиотерапия. - 2009. - 54(9-10): 19 - 22.

10. Гендон, Ю.З. Инактивированная расщеплённая гриппозная вакцина «Ваксигрип» / Ю.З. Гендон // Вакцинация. - 2000. - 11: 3-11.

11. Глазунова, В.А. Митохондриальные механизмы апоптоза в ответ на повреждение ДНК / В.А. Глазунова, А.А. Штиль // Молекулярная биология. - 2008. - 42(5): 765 - 71.

12. Даниленко, Е.Д. Исследование биологических свойств индуктора интерферона пролонгированного действия / Е.Д. Даниленко, С.Д. Гамалей, А.В. Батенева // Журнал микробиологии. - 2011. - 3: 57 - 61.

13. Деева, Э.Г. Структурно-функциональный анализ биологической активности производных акридина / Э.Г. Деева, Я.В. Павловская, О.И. Киселёв, В.И. Киселёв, Л.Б. Пиотровский, Ф.И. Ершов // Вестник РАМН. -2004. - 2:29-34.

14. Дидковский Н.А. Коррекция циклофероном иммунодефецитного состояния / А.Н Дидковский, А.Н. Наровлянский, А.Л. Коваленко, Ф.И.Ершов Циклоферон — от эксперимента в клинику. Применение лекарственных форм циклоферона.НТТФ «Полисан» - Спб. 2002. 272с.

15. Ершов Ф.И. Антивирусные препараты / Ф.И. Ершов // Справочник (2-е изд.), М. «Гэотар - Медиа» 2006, 312с.

16. Ершов Ф.И. Интерфероны и их индукторы (от молекул до лекарств) / Ф.И. Ершов, О.И. Киселев // М: Гэотар-Медиа, 2005. 368с.

17. Ершов, Ф.И. Использование индукторов интерферона при вирусных инфекциях / Ф.И. Ершов, А.Н. Наровлянский // Вопросы вирусологии. -2015. - 60(2): 5 - 10.

18. Зверева, А.С. Экспрессия миелоцитокинов человека в растении / А.С Зверева, Л.Е. Петровская, А.В. Родина // Биохимия. - 2009. - 74(11): 1459 -68. М.П.

19. Костинов М.П. Иммуномодуляторы и вакцинация / М.П. Костинов, И.Л. Соловьёва // М.: 4Мпресс. 2013, 272с.

20. Кетлинский С.А. Цитокины / C.A. Кетлинский, A.C. Симбирцев // СПб: «Фолиант». 2008, 550с.

21. Коваленко, А.Л. Исследование внутриклеточной локализации циклоферона, связывание его с ДНК и стимуляции экспрессии цитокинов в клетках при воздействии циклоферона / А.Л. Коваленко, В.И. Казаков, А.В. Слита // Цитология. - 2000. - 42(7): 659 - 64.

22. Козлов И.Г. Сигнальные рецепторы врождённого иммунитета: новая молекулярная мишень для диагностики и терапии воспалительных заболеваний / И.Г. Козлов // Вестник Российской АМН. - 2011. - 1: 42-50.

23. Кособокова, Е.И. Интерфероны в онкологии / Е.И. Кособокова, В.С. Косоруков // Врач. - 2010а. - 11: 18 - 21.

24. Кособокова, Е.Н. Исследование влияния поли-His доменов на уровень экспрессии и эффективность очистки Интерферона-а-2Ь человека / Е.Н. Кособокова, В. С. Косоруков // Российский биотерапевтический журнал. -2010 б. - 4: 107 - 12.

25. Костинов, М.П. Вакцины нового поколения в профилактике инфекционных заболеваний. / М.П. Костинов, Э.Б. Гурвич // М. Медицина для всех. 2002. 152с.

26. Логинова, С.Я. Купирование поствакцинальных осложнений после оспопрививания индукторами интерферона / С.Я. Логинова, С.В. Борисевич, В.А. Максимов // Антибиотики и химиотерапия. - 2010. - 55(1-2): 6 - 11.

27. Львов, Д.К. Изоляция возбудителя карельской лихорадки от комаров Aedes sp. / Д.К. Львов, Т.М. Скворцова, В.Л. Громашевский // Вопросы вирусологии. - 1985. - 3: 311 - 5.

28. Львов, Д.К. Изоляция 24.05.2009 и депонирование в Государственную коллекцию вирусов (ГКВ № 2452 от 24.05.2009) первого штамма А/VII-Moscow/01/2009 больного в Москве / Д.К. Львов, Е.И. Бурцева, А.Г.

Прилипов // Вопросы вирусологии. - 2009. - 54(5): 10 - 4.

29. Львов, Д.К. Распространение нового пандемического вируса гриппа А(И1Ш)у в России / Д.К. Львов, Е.И. Бурцева, М.Ю. Щелканов // Вопросы вирусологии. - 2010. - 55 (3): 4 - 9.

30. Машкова С.А. Терапевтическая эффективность новых индукторов Интерферона Кагоцела и Циклоферона при неосложнённом гриппе и остром тонзиллите, протекающем на фоне острых респираторных вирусных инфекций. Диссертация канд. мед. наук. М. 2004.

31. Новиков, А.Г. Опыт применения иммуномодулятора «Иммуномакс» / А.Г. Новиков, З.В. Логунова, Н.Н. Потекаев // Русский медицинский журнал. -2004. - 12(13): 819 - 20.

32. Носик, Н.Н. Свойства двуспиральных РНК как индукторов ИФН / Н.Н. Носик, Ф.И. Ершов // Вопросы вирусология. - 1984. - 29(5): 599 - 603.

33. Ершова М.: НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи МЗ РФ. - 2012: 52 - 62.

34. Петров, Р.В. Новая отечественная тривалентная полимер - субъединичная вакцина Гриппол / Р.В. Петров, Р.М Хаитов // Вакцинология. - 1999.-5: 6-7.

35. Полонский В.О. Коррекция системы интерферона и клиническая эффективность препарата Кагоцел при гриппе, других ОРВИ и генитальном герпесе. Диссертация канд. мед. наук. М. 2003.

36. Романцов, М.Г. Циклоферон в лечении инфекционных заболеваний / М.Г. Романцов, Ф.И. Ершов, А.Л. Коваленко // Антибиотики и химиотерапия. -2008. - 53(3-4): 36 - 45.

37. Садыков А.С. Индукторы интерферона / А.С Садыков, Ф.И. Ершов, А.С. Новохатский // Ташкент. Изд. «ФАН» УзССР. 1978, 304 с.

38. Сайиткулов А.М. Индукторы интерферона растительного происхождения. Диссертация докт. биол. наук. М., 1995.

39. Скарнович, М.О. Эффективность комбинированного применения Ридостина и озельтамивира (тамифлю) для лечения и профилактики экспериментальной инфекции, вызванной вирусом гриппа А (Н5Ш) у мышей / М.О. Скарнович, Л.Н. Шишкина, А.С. Кабанов // Журнал микробиол. - 2011. - 5: 79 - 82.

39. Соколова Т.М. Механизмы действия синтетических и природных двуспиральных РНК как индукторов синтеза интерферонов и антивирусных белков-ферментов. Диссертация доктора биол. наук. М. 1991, 52с.

40. Соколова, Т.М. Вирусы Синдбис разного географического происхождения и дифференцирование их от вирусов Западного энцефаломиелита методом полимеразной цепной реакции / Т.М. Соколова, Т.К. Селиванов, А.Ю. Лебедев // Вопросы вирусологии. - 1996. - 3: 117 - 22.

41. Соколова, Т.М. Сравнительный анализ экспрессии генов 2,5-олигоаденилатсинтетазы и дсРНК-протеинкиназы в фибробластах человека, инфицированных альфавирусом Синдбис и индуцированных альфа-интерфероном / Т.М. Соколова, О.В. Боброва, А.Ю. Лебедев // Вопросы вирусологии - 1997. - 3: 98 - 102.

42. Соколова, Т.М. Способ определения цитокинового статуса человека на генетическом уровне / Т.М. Соколова, Л.В. Урываев // Патент на изобретение № 2181773, рег. 27 апреля 2002 г.

43. Соколова, Т.М. Индивидуальные изменения экспрессии генов системы интерферона в клетках крови человека под влиянием амиксина и Циклоферона / Т.М. Соколова, Л.В. Урываев, Э.Б. Тазулахова, Ф.И. Ершов, И.К. Малышенкова, Н.А. Дидковский // Вопросы вирусологии. - 2005. - 2: 32 - 6.

44. Соколова Т.М. Регуляция генов системы интерферона при вирусных инфекциях (альфа-, флави- и найровирусы) / Т.М. Соколова // Арбовирусы и арбовирусные инфекции, ЗАО Гриф и К, М. - 2007: 46 - 51.

45. Соколова, Т.М. Механизмы клеточной резистентности к цитомегаловирусу связаны с пролиферативным состоянием и транскрипционной активностью генов лейкоцитарного и иммунного интерферонов / Т.М. Соколова, Н.Е. Федорова, М.Г. Меджидова, Л.В. Урываев, А.А. Кущ // Медицинская иммунология. - 2007. - 9(4-5): 457 - 66.

46. Соколова, Т.М. РНК-интерференция и система интерферона / Т.М. Соколова, Ф.И. Ершов // Цитокины и воспаление - 2011. - 10(4): 11 - 20.

47. Соколова Т.М. Иммунное узнавание вирусных нуклеиновых кислот приводит к индукции интерферонов и воспалительных цитокинов / Т.М. Соколова // Сборник научных трудов «Интерферон-2011» (под ред.Ф.И. Ершова) М.: НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи МЗ РФ. - 2012: 52 - 62.

48. Соколова, Т.М. Эффекты индукторов интерферона на экспрессию генов-регуляторов апоптоза в лимфоцитах человека / Т.М. Соколова, Т.П. Оспельникова, Л.В. Колодяжная // Цитокины и воспаление - 2011. - 10(2): 75 - 81.

49. Соколова, Т.М. Подавление рекомбинантным альфа-2 интерфероном репродукции вируса Карельской лихорадки в клетках крови человека / Т.М. Соколова, А.Н. Шувалов // Вопросы вирусологии. - 2012. - 57(2): 27 - 32.

50. Соколова, Т.М. Препарат Ридостин индуцирует транскрипцию широкого спектра генов системы интерферонов в клетках человека / Т.М. Соколова, А.Н. Шувалов, М.В. Телков, Л.В. Колодяжная, Ф.И. Ершов // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. - 2013. - 2: 179 - 82.

51. Соколова, Т.М. Механизмы действия препарата «Кагоцел» в клетках человека. Сообщение 1. Регуляция транскрипции генов системы интерферона и апоптоза / Т.М. Соколова, А.Н. Шувалов, Л.В. Колодяжная, Т.П. Оспельникова, Ф.И. Ершов // Юбилейный сборник "Интерферон 2011" М. 2012: 389 - 401.

52. Соколова, Т.М. Активность генов системы интерферона в клетках аденокарциномы толстого кишечника НСТ-116: регуляция рекомбинантными интерферонами-альфа-2 из бактериальных и растительных продуцентов / Т.М. Соколова, Е.Н. Кособокова, А.Н.

Шувалов, И.М. Шаповал, В.С. Косоруков, Ф.И. Ершов // Российский биотерапевтический журнал. - 2013. - 3: 39 - 44.

53. Соколова, Т.М. Препараты рекомбинантных альфа- и бета-интерферонов вызывают феномен супериндукции генов «домашнего хозяйства» в клетках НСТ-116 (аденокарцинома толстого кишечника) / Т.М. Соколова,

A.Н. Шувалов, И.М. Шаповал, З.А. Соколова, Ф.И. Ершов // Цитокины и воспаление. - 2013. - 12(3): 52 - 6.

54. Соколова, Т.М. Вакцины «Гриппол», «Ваксигрип» и «Инфлювак» -индукторы генов факторов врождённого и адаптивного иммунитета в клетках крови человека / Т.М. Соколова, А.Н. Шувалов, В.В. Полосков, И.М. Шаповал, М.П. Костинов // Журнал микробиологии эпидемиологии и иммунологии. - 2014. - 5: 37 - 43.

55. Соколова, Т.М. Стимуляция экспрессии генов сигнальных рецепторов и индукция синтеза цитокинов в клетках крови человека при действии препарата «Рибонуклеат натрия» и его комбинацией с гриппозными вакцинами in vitro / Т.М. Соколова, А.Н. Шувалов, В.В. Полосков, И.М. Шаповал, М.П. Костинов // Молекулярная медицина. - 2015. - 1: 12 - 7.

56. Соколова, Т.М. Активация генов сигнальных путей иммунитета: различная Индивидуальная чувствительность клеток крови человека к препаратам интерферонов и индукторов ИФН / Т.М. Соколова, А.Н. Шувалов,

И.М. Шаповал, З.А. Соколова З.А., Ф.И. Ершов // Медицинская иммунология. - 2015. - 1: 7 - 18.

57. Соколова, Т.М. Стимуляция генов сигнальной трансдукции препаратами Ридостин, Циклоферон и Ингавирин / Т. М. Соколова, А.Н. Шувалов,

B.В. Полосков, Ф. И. Ершов // Цитокины и воспаления. - 2015. - 2: 26 -34.

58. Соколова, Т.М. Действие рекомбинантного альфа2-интерферона на вирус гриппа H1N1 (Москва 2009): активность генов врождённого и адаптивного иммунитета и воспалительных цитокинов / Т.М. Соколова, А.Н. Шувалов, В.В. Полосков // Сборник научных работ «Современные концепции научных исследований», ч.2. Евразийский союз учёных (ЕСУ). - 2015. - 8(17): 49-52.

59. Суханов, Д.С. Доза зависимая интерферон индуцирующая активность

и фармакинетика циклоферона у здоровых лиц / Д.С. Суханов, М.Г. Романцов, Ф.И. Смагина, А.Л. Коваленко, О.М. Локтева // Экспериментальная и клиническая фармакология. - 2012. - 75: 23 - 6.

60. Фёдорова, Н.Е. Различная регуляция митохондриального апоптоза и экспрессии Bcl-2 гена в покоящихся и делящихся фибробластах человека заражённых цитомегаловирусом / Н.Е. Фёдорова, Т.М. Соколова, М.Г. Меджидова, A.A. Кущ // Цитология РАН. - 2010. - 52(2): 180 - 85.

61. Федосеев Г.Б., Трофимов В.И. Бронхиальная астма. - СПб.: Нордмед-Издат, 2006.

62. Тухватулин, А.И. Изучение способности лигандов рецептора ТЬЯ и его способность активировать транскрипционный фактор NFkB in vitro и in vivo / А.И. Тухватулин, Д.Ю. Логунов, И.И. Гитлин, М.М. Шмаров и др. //

63

64

65

66

67

68

69

70

71

72

73

74

75

76

77

Acta Naturae. - 2011. - 1(8): 82 - 90.

Тухватуллин, А.И. Роль паттерн-распознающих рецепторов в противоинфекционном иммунитете / А.И. Тухватуллин, Д.Н. Щербинин, Д.Ю. Логунов, М.М. Шмаров, Б.С. Народицкий // Вестник Российской академии мед. Наук. - 2010. - 10: 47 - 54.

Урываев, Л.В. Анализ первичной структуры участков генома вируса Карельской лихорадки / Л.В. Урываев, Н.А. Петров, Т.М. Соколова и др. // Вопросы вирусологии. - 1995. - 5: 198 - 202.

Хаитов, Р.М. Современные иммуномодуляторы. Классификация. Механизм

действия / Р.М. Хаитов, Б.В. Пинегин // Фармус принт, М., 2005.

Циклоферон — от эксперимента в клинику. Применение лекарственных

форм циклоферона.НТТФ «Полисан» - Спб. 2002. 272с.

Чумаков П.М. Роль гена р53 в программируемой клеточной смерти / П.М.

Чумаков // Известия Академии наук. - 1998. - 2: 151 - 56.

Чучалин, А.Г. Роль респираторных инфекций в обострениях бронхиальной

астмы / А.Г. Чучалин, Т.П. Оспельникова, Г. Л. Осипова, Н.В. Лизогуб //

Пульмонология - 2007. - 5:14 - 8.

Шмаров М.М. Иммунобиологические свойства рекомбинантных аденовирусных наночастиц как универсальной технологической платформы для создания противогриппозных вакцин. Автореферат докт. биол. наук. М. 2013, 49с.

Шувалов, А.Н. Нарушения системы интерферона больных бронхиальной астмой, проявляемые на уровне экспрессии генов / А.Н. Шувалов, Т.М. Соколова // Российский аллергологический журнал. - 2012. - 5(1): 299 -300.

Шувалов, А.Н. Модуляция транскрипции клеточных генов препаратом иммуномакс: активация генов интерферонов и интерлейкинов / А.Н. Шувалов, Т.М. Соколова, И.М. Шаповал, Ф.И. Ершов // Иммунология. -2014. - 1: 17 - 22.

Akira S. Innate immunity and adjuvants / S. Akira // Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. - 2011. - 366(1579): 2748 - 55.

Alexopoulou, L. Recognition of double-stranded RNA and activation of NF-kappa B by Toll-like receptor 3 / L. Alexopoulou, A.C. Holt, R. Medzhitov, R.A. Flavell // Nature. - 2001. - 413: 732 - 8.

Aliyari, R. RNA-based viral immunity initiated by the Dicer family of host immune receptors / R. Aliyari, S.W. Ding // Immun.Rev. - 2009. -227(1): 17688.

Apostolakis, S. Interleukin 8 and cardiovascular disease / S. Apostolakis, К. Vogiatzi, V. Amanatidou, D.A. Spandidos // Cardiovasc Res. - 2009. - 84(3): 353-60.

Azmi, A.S. Non-peptidic small molecule inhibitors against Bcl-2 for cancer therapy/ A.S. Azmi, R.M. Mohammad // J. Cell. Physiol. - 2009. - 218(1): 1321.

Balint, E. Activation and activities of the p53 tumor suppressor protein / Е.

Balint, K.H. Vousden // British Journal of Cancer. - 2001. - 85: 1813-1823.

78. Baum, A. Induction of type I interferon by RNA viruses: cellular receptors and their substrates / A. Baum, A. Garcia-Sastre // Amino acids. - 2010 - 38: 128399.

79. Baum, A. Differential recognition of viral RNA by RIG-1 / A. Baum, A. Garcia-Sastre // Virulence. - 2011. - 2(2): 166-9.

80. Belmont, P. Acridine and Acridone derivatives, anticancer properties and synthetic methods: Where are we now? / P. Belmont, J. Bosson, T. Godet, M. Tiano // Anti-Cancer agents in medical chemistry. - 2007. - 7(2): 139 - 69.

81. Bennett, R.L. Increased expression of the dsRNA-activated protein kinase PKR in breast cancer promotes sensitivity to doxorubicin / A.L. Carruthers, T. Hui // Plos one. - 2012. - 7(9): 440 - 60.

82. Bernardo, AR. Synergy between RA and TLR3 promotes type I IFN-dependent apoptosis through upregulation of TRAIL pathway in breast cancer cells / A.R. Bernardo, J.M. Cosgaya, A. Aranda // Cell Death and Disease. 2013. - 4(1): e479.1 - 10.

83. Black, K.E. Hyaluronan fragments induce IFNß via a novel TLR4-TRIF-TBK1-IRF3-dependent pathway / K.E. Black, S.L. Collins, R.S. Hagan // Journal of inflammation. - 2013. - 10: 23-32.

84. Bjornsdottir, U.S. Pathways Activated during Human Asthma Exacerbation as Revealed by Gene Expression Patterns in Blood / U.S. Bjornsdottir, S.T. Holgate, P. S. Reddy // PLoS ONE | www.plosone.org - 2011. - 6(7): e21902

85. Boo, K-H. Intrinsic cellular defenses against virus infection by antiviral type I interferon / K-H. Boo, J-S. Yang // Yonsei Med J. - 2010. - 51(1): 9-17.

86. Bo, J. Immunomodulatory effects of dsRNA and its potential as vaccine adjuvant / J. Bo, S. Tao, Y Xiao-Hong // J. of Biomed. a. Biotech. - 2010. - 1 -17.

87. Bowman T. STATs in oncogenesis / T. Bowman // Oncogene. - 2000.-19: 2474 - 88.

88. Botos, I. The Toll-like 3: dsRNA signaling complex / I. Botos, L. Liu, Y Wang // Biochim. Biophys. Acta. - 2009. - 178(9-10): 667-74.

89. Brown, J.H. TLR-signaling Networks: An Integration of Adaptor Molecules, Kinases, and Cross-talk / J.H. Brown, G.N. Wang, M.M. Hajishengallis // J Dent Res. - 2011. - 90(4): 417-27

90. Buonaguro, L. Immunogenomics and systems biology of vaccines / L. Buonaguro, B. Pulendran // Immunol Rev. - 2011. - 239(1): 197-208.

91. Bullens, D.M.A., IL-17 mRNA in sputum of asthmatic patients: linking T cell driven inflammation and granulocytic influx / D.M.A. Bullens, E. Truyen, L. Cotour // Resp. Res. 2006. - 7 (135): 1- 9.

92. Bustin, SA. Quantitative real-time RT-PCR - a perspective / S.A. Bustin, V. Benes, T. Nolan, M.W. Pfaffl // J. Mol Endocrinol. - 2005. - 34: 597-601.

93. Bustin, SA. MIQE precis: Practical implementation of minimum standard quidelines for fluorescence-based quantitative real-time PCR experiments / J.F Beaulieu, J. Huggertt, R. Jaggi, F.S. Kibenge, P.A. Olsvik, L.S. Penning, S

Toegel // BMC Mol Biol. - 2010. - 11: 74 - 80.

94. Bustin, S.A. Primer sequence disclosure: a clarification of the MIQE guidelines / S.A. Bustin, V. Benes, J.A. Garson, J. Hellemans, J. Huggett, M. Kubista,

R. Mueller, T. Nolan et al. // Clin Chem. - 2011. - 57(6): 919 - 21.

95. Calvar, T. Species-specific detection of the antiviral small-molecule compound CMA by STING // T. Calvar, T. Deimling, A. Ablasser, K.P. Hopfner, V. Hornung // The EMBO J. - 2013. - 32: 1440-50.

96. Caskey M. Synthetic double-stranded RNA induces innate immune responses similar to a live viral vaccine in humans / M. Caskey, F. Lefebvre, A. Filali-Mouhim // J. Exp. Med. - 2011. - 208: 2357-66.

97. Chakrabarti, A. New insight into the role of RNAse L in innate immunity / A. Chakrabarti, B. K. Jha, R.H. Silverman // J. Interferon Cytokine Res. - 2011. -31(1):49-57.

98. Chang YG. Different roles two ubiquitin-like domains of ISG15 in protein modification / Y.G. Chang, X.Z. Yan,J.Y. Xie, X.C. Gao, A.X. Song, D.E. Zhang, H.J.Hu // J.Biol.Chem. - 2008. -283(19): 13370-7.

99. Chang, J.S. Up regulation of Fas/Fas ligand-mediated apoptosis by gossypol in an immortalized human alveolar lung cancer cell line / J.S. Chang, Y.L. Hsu, P.L. Kuo // Clin. Exp. Pharmacol. Physiol. - 2004. - 31:716-22.

100. Chattopadhyay, S. IRF-3 and Bax: a deadly affair / S. Chattopadhyay, G.C. Sen // Cell Cycle. -2010. - 9(13): 2479-80.

101. Chattopadhyay, S. Viral apoptosis is induced by IRF3 -mediated activation of Bax / S. Chattopadhyay, J.T. Marques, M. Yamashita, K.L. Peters, K. Smith, A. Desai, B.R. Williams, G.C. Sen // EMBO J.- 2010.- 29: 1762-73.

102. Chawla-Sarkar, M. Apoptosis and interferons: Role of interferon-stimulated genes as mediators of apoptosis / M. Chawla - Sarkar, D.J. Lindner, YF. Liu et al. // Apoptosis. - 2003. - 8(3): 237- 49.

103. Chen, R.W. Involvement of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH) and p53 in neuronal apoptosis: Evidence that GAPDH is upregulated by p53 / R.W. Chen, P.A. Saunders, H. Wei et al // J. Neurosci. - 1999. - 19(21): 9654-62.

104. Chen, J. Diversity and relatedness among the type I interferons / J. Chen, E. Baing, E.N. Fish // J. Interferon a. Cytokine Res. - 2004. -24: 687-98.

105. Chen, F. New insights into the role of nuclear factor-kB in cell growth regulation / F. Chen, V. Castranova, X. Shi // American Journal of Pathology. 2001. - 159: 387-97.

106. Cheng, Y-S. Anticancer function of polyinosinic-polycytidilic acid / Y-S. Cheng, F. Xu // Cancer Biology a. Therapy. - 2010. - 10(12): 1219-23.

107. Chipuk, J.E. Mechanism of apoptosis induction by inhibition of the anti-apoptotic Bcl-2 proteins / J.E. Chipuk, J.C. Fisher, C.P. Dillon // Proc. Natl. Acad. Sci USA. - 2008. - 105(51): 20327-332.

108. Chipuk, J.E. How Do Bcl-2 Proteins induce mitochondrial outer membrane permeabilization / J.E. Chipuk, D.R. Green // Trends Cell Biol. 2008.-18: 15764.

109. Christian, S.L. Suppression of IFN-induced transcription underlies IFN-defects generated by activated Ras/MEK in human cancer cells /S.L. Christian, Zu Dong, M. Licursi et al. // Plos one. - 2012. - 7(9): t44267.

110. Chiron, D. Toll-like receptors: lessons to learn from normal and malignant human B cells / D. Chiron, I. Bekeredjian-Ding, C. Pellat-Deceunynck // Blood. - 2008. - 112(6): 2205-13.

111. Choubey, D. Interferon-inducible p200-family proteins as novel sensors of cytoplasmic DNA: Role in inflammation and autoimmunity / D. Choubey, X. Duan, E. Dickerson // J. of Interferon a. Cytokine Res. - 2010. - 30(6):371-80.

112. Cholewinski, G. Natural and synthetic acridines/acridones as antitumor agents: their biological activities and methods of synthesis / G. Cholewinski, K. Dzierzbicka, A.M. Kotodziejczyk // Pharmacological Reports. - 2011. - 63:30536.

113. Correa,R. G. Roles of NOD1 (NLRC1) and NOD2 (NLRC2) in innate immunity and inflammatory diseases / R.G. Correa, S. Milutinovic, J. C. Reed // Biosci. Rep. - 2012. - 32: 597-608.

114. Critchley-Thorne, R.J. Impaired interferon signaling is a common immune defect in human cancer / R.J. Critchley-Thorne, D.L. Simons, N. Yan et al // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2009.-106 (22): 9010-15.

115. Cuddihy, A.R. Double-stranded-RNA-activated protein kinase PKR enhances transcriptional activation by tumor suppressor p53 / A.R. Cuddihy, S. Li, N.W. Tam, A.H. Wong, Y. Taya, N. Abraham, J.C. Bell, A.E. Kolomilas // Molecular a Cellular Biology. - 1999. - 19(4): 2475 - 84.

116. Cullen, B.R. Induction stable RNA interference in mammalian cells / B.R. Cullen // Gene Ther. - 2006. - 13(6): 503-8.

117. D'Amelio, M. The apoptosome: emerging and new potential targets for drug design / M. D'Amelio, E. Tino, F. Cecconi // Pharm. Res. -2008. - 25(4): 740751.

118. Denkow, K. Multiple Sclerosis: Modulation of Toll-Like receptors (TLR) expression by interferon-p includes upregulation of TLR7 in plasmacytoid dendritic cells /K. Denkow, J.M.J. Baur, M. Herker, B.K. Paap, M. Thamilarassan, D. Koszan // Plos one. - 2013. - 8(8): 1-11.

119. De Leede, L.G. Novel controlled-release Lemna-derived IFN-alpha2b (Locteron): pharmacokinetics, pharmacodynamics, and tolerability in a phase I clinical trial Humphries / L.G. De Leede, A.C. J.E. Bechet, E.J. Van Hoogdalem, R. Verrijk , D.G. Spencer // J. Interferon a. Cytokine Res. - 2008. - 28(2):113-22.

120. DeWitte-Orr, S.J. Long double-stranded RNA induces an antiviral response independent of IFN regulatory factor, IFN-beta promoter stimulator 1, and IFN / S.J. DeWitte-Orr, D.R. Mehta, S.E. Collins // J. Immunol. - 2009. - 183 (10): 6545 - 53.

121. De Veer, M.J. Functional classification of interferon-stimulated genes identified using microarrays / M.J. De Veer, M. Holko, M. Frevel // J. Leukoc. Biol. -2001. 69: 912- 20.

122. De Weerd N.A. Type I interferon receptors: Biochemistry and biological functions / De Weerd, Sharnarajiwa S.A., Hertzog P.J. // J.of biological Chtmistry. - 2007. - 282(28): 2-53-57.

123. Donnelly, R.P. Interferon-lambda: A new addition to an old family / R.P. Donnelly, S.V. Kotenko // J. Interferon a. Cytokine Res. - 2010. - 30(8): 555-64.

124. Diebold S.S. Recognation of viral single-stranded RNA by Toll-like receptors / S.S. Diebold // Adv. drug Deliv. Rev. - 2008. - 60:813-23.

125. Dogusan, Z. Double-stranded RNA induces pancreatic beta-cell apoptosis by activation of the toll-like receptor 3 and interferon regulatory factor 3 pathways / Z. Dogusan, M. GarcHa, D. Flamez, L. Alexopoulou, M. Goldman, C. Gysemans // Diabetes. - 2008. - 57(5): 1236-45.

126. Estornes, Y. dsRNA induces apoptosis through an atypical death complex associating TLR3 to caspase-8 / Y Estornes, F. Toscano, F. Virard, G. Jacquemin, A. Pierrot, B. Vanbervliet, M. Bonnin // Cell Death Differ. - 2012. -19 (9): 1482 - 94.

127. Ford, E. The transcriptional code of human IFN-ß gene expression / E. Ford, D. Thanos // Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms. - 2010. - 1799(3-4): 328-36.

128. Fouchier, R.A. Detection of influenza A viruses from different species by PCR amplification of conserved sequences in the matrix gene / R.A. Fouchier, T.M. Bestebroer, S. Herfst et al. // J. Clin. Microbiol. - 2000. - 38(11): 4096-101.

129. Frolova, E.I. Roles of nonstructioral protein nsP2 and alpha/beta interferons in determinin the outcome of Sindbis virus infection / E.I. Frolova, R.Z. Fayzulin, S.H. Cook // J. Virol. - 2002. - 76:11254-64.

130. Galluzzi, L. Viral Control of Mitochondrial Apoptosis / L. Galluzzi, C. Brenner, E. Morselli, Z. Touat, G. Kroemer // PLoS Pathog 4(5): e1000018.

131. Galluzzi, L. A new role for a cytoplasmic p53: Binding and destroying double-stranded RNA / L. Galluzzi, O. Kepp, G. Kroemer // Cell Cycle. - 2010. - 9: 2442-55.

132. Gantier, M.P. The response of mammalian cells to double stranded RNA / M. P. Gantier, B.R.G. Williams // Cytokine Growth Factor Rev. - 2007. - 18(5-6): 363-71.

133. Garcia M.A. Impact of protein kinase in cell biology: from antiviral to antiproliferative action / M.A. Garcia, J. Gil, I. Ventoso, S. Guerra, C. Domingo,

C. Rivas, M. Esteban // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2006. - 70(4): 1032-60.

134. George, P. M. Pharmacology and therapeutic potential of interferons / P.M. George, R. Badiger, W. Alazawi et al. // Pharmacol. Ther. 2012. - 135(1): 44-53.

135. Ghorchikyan, A. Targetting TLR-4 with a novel pharmaceutical grade plant derived agonist Immunomax, as a metastatic breast cancer / A. Ghorchikyan, A. Pichugin, A. Bagaev, A. Davtyan, A. Hovakimyan, A. Tykhvatulin, H. Davtyan,

D. Shcheblyakov, D. Logunov, M. Chulkina, A. Savilova, D. Trofimov, E.L. Nelson, M.C. Agadjanyan, R.I. Ataullakhanov // J. Transl. Med. - 2014. - 12(1): 322 - 33.

136. Gibbert, K. IFN-alpha subtypes: distinct biological activities in antiviral therapy

/ K. Gibbert, J.F. Schlaak, D. Yang, U. Dittmer // British Journal of Pharmacology. - 2013. - 168: 1048-58.

137. Ginsberg D. E2F1 pathways to apoptosis / D. Ginsberg. // FEBS Letters. - 2002.

- 529: 122 - 25.

138. Gorchakov, R. PKR-dependent and -independent mechanisms are involved in translation shutoff during SV infection / R. Gorchakov, E. Frolova, R.G. Williams et al. // J. Virol. - 2004. -78: 8455-67.

139. Gonzalez-Navajas, J.M. Immunomodulatory functions of type I interferons / J.M. Gonzalez-Navajas, J. Lee, M. Daid, E. Raz // Nat. Rev. Immunol. - 2013. -12(2): 125-35.

140. Goodbourn S. The regulation of beta-interferon gene expression / S. Goodbourn // Semin Cancer Biol. - 1990. - 1(1): 89 - 95.

141. Guenin, S. Normallization of qRt-PCR data: the necessity of adopting a systematic, experimental conditions specific, validation of references / S. Guenin, M. Mauriat, J. Pelloux, O. Van Wuytswinkel, C. Bellini, L. Gutierras // J. Exp. Biol. - 2009. - 60(2): 487 - 93.

142. Gulbins, E. Role of mitochondria in apoptosis and Bock / E. Gulbins, S. Dreschers // J. Exp. Physiol. 2003. - 88: 85 - 90.

143. Hafner, A.M.Particulate formulations for the delivery of poly (I:C) as vaccine adjuvant / A.M. Hafner, B. Corthesy, H.P. Merkle // Adv. Drug Deliv Rev. -2013. - 65(10): 1386-99.

144. Hale, B.G. Innate immune evasion strategies of influenza viruses / B.G. Hale, R.A. Albrecht, A. Garcia-Sastre // Future Microbiol. - 2010. - 5(1): 23 - 41.

145. Han, K-J. Mechanisms of the TRIF-induced Interferon-stimulated response element and NF-kB activation and apoptosis pathways / K-J. Han, X. Su, L-G Xu, L-H. Bin // J. Mol. Biol. - 2010. - 392(4): 350 - 58.

146. Hayden, MS. NF-kB and the immune response / MS Hayden, AP West, S

Ghosh // Oncogene. - 2006. - 25: 6758 - 6780.

147. Hedl, M. Distinct roles for Nod2 protein and autocrine interleukin-1beta in muramyl dipeptide-induced mitogen-activated protein kinase activation and cytokine secretion in human macrophages / M. Hedl, C. Abraham // J. Biol Chem. - 2011. - 286(30): 26440 - 9.

148. Heinicke, L.A. RNA dimerization promotes PKR dimerization and activation /

L.A. Heinicke, C.J. Wong, J. Lary et al. // J. Mol. Biol. - 2009. - 390(2): 31938.

149. Hengartner M.O. The Biochemistry of apoptosis / M.O. Hengartner // Nature. -

2000. - 407: 770 - 76.

150. Hoeve, M.A. Influenza virus A infection of human monocyte and macrophage subpopulations reveals increased susceptibility associated with cell differentiation / M.A. Hoeve, A.A. Nash, D. Jackson et al. // Plos One. - 2012.

- V. 7. - N 1. - e29443.

151. Hornung, V. AIM2 recognizes cytosolic dsDNA and forms a caspase-1 activating inflammasome with ASC / V. Hornung, A. Ablasser, M. Charrel-Dennis et al. // Nature. - 2009. - 458(7237): 514 - 18.

152. Horscroft, N.J. Antiviral applications of Toll-like receptor agonists / N.J. Horscroft, D.C. Pryde, H. Bright // J. Antimicrob. Chemother. - 2012. - 67(4): 789 - 801.

153. Huang, Y-W. Molecular mechanisms of (-)- Gossypol-induced apoptosis in human prostate cancer cells / Y-W. Huang, L.-S. Wang, H.-L. Chang et al. // Anticancer Reseach - 2006. - 26: 1925 - 34.

154. Ignatenko, N.A. Gene expression analysis of HCT-116 colon tumor-drived cells treated with the polyamine analog PG-11047 / N.A. Ignatenko, H.F. Yerushalmi, R. Pandey et al. // Cancer Genomics a. Proteomics. 2009. - 6(3): 161 - 76.

155. Iikura, K. Peripheral blood mononuclear cells from patients with bronchial astma show impaired innate immune response to rinovirus in vitro / K. Iikura, T. Katsunuma, S. Saika, S. Saito, S. Ichinoha, H. Ida, H. Saito, K. Matsumoto // Allergy immunol. - 2011. - 155(1): 27 - 33.

156. Iwasaki, A. Regulation of adaptive immunity by the innate immune system / A. Iwasaki, R. Medzhitov // Science. - 2010. - 327: 291 - 95.

157. Jelinek, I. TLR3-specific double-stranded RNA oligonucleotide adjuvants induce dendritic cell cross-presentation, CTL responses, and antiviral protection / I. Jelinek, J.N. Leonard, G.E. Price // J. Immunol. - 2011. - 186(4): 2422 - 29.

158. Ji X. The mechanism of RNAse III action: how dicer dices // Cur. Top. Microbiol. Immunol. - 2008. - 320: 99 - 116.

159. Julander, J.G. Comparison of the inhibitory effects of interferon alfacon-1 and ribavirin on yellow fever virus infection in a hamster model / J.G. Julander, J.D. Morrey, L.M. Blatt, K. Shafer, R.W. Sidwell // Antiviral Res. - 2007. - 73(2): 140 - 6.

160. Kajita, A. Interferon gamma enchances TLR3 expression and anti-viral activity in keratinocytes / A. Kajita, S. Morizarine, T. Takiguchi, T. Yamamoto, M. Yamada, K. Iwatsuki // J. Invest. Dermatol. - 2015. - 135(8): 2005 - 11.

161. Kariko, K. Small interfering RNAs mediate sequence-independent gene expression and induce immune activation by signaling through Toll-like receptor 3 / K. Kariko, P. Bhuyan, J. Capodici, D. Weissman // J. Immunol. 2004. -172(11): 6545 - 49.

162. Kawai, T. The role of pattern-recognition receptors in innate immunity: update on Toll-like receptors / T. Kawai, S. Akira // Nat. Immunol. - 2010. - 11: 373 -84.

163. Khoo, J.J. Toll-like receptors as interferon-regulated genes and their role in disease / J.J. Khoo, S. Forster, A. Mansell // J. interferon a. Cytokine Res. -2011. - 31(1): 13 - 25.

164. Kiu H. Biology and significance of the Jak/Stat signaling pathways /H. Kiu, S. Nicholson // Crowth Factors. - 2012. - 30(12): 88-106.

165. Kolesnik, T.B. Analysis of Suppressor of Cytokine Signalling (SOCS) gene expression by real-time quantitative PCR / T.B. Kolesnik, S.E. Nicholson // Methods Mol. Biol. - 2013. - 967: 235 - 48.

166. Komarova, T.V. Transient expression systems for plant-derived biopharmaceuticals / T.V. Komarova, S. Baschieri, M. Donini, C. Marusic, E.

Benvenuto, YL. Dorokhov // Expert Rev. Vaccines. - 2010. - 9(8): 859 - 876.

167. Kozera, B. Reference genes in real-time PCR / B. Kozera, M. Rapacz // J. Appl. Genetics. - 2013. - 54: 391 - 406.

168. Kristiansen, H. The oligoadenylate synthetase family: an ancient protein family with multiple antiviral activities / H. Kristiansen, H.H. Gad, S. Eskildsen-Larsen // J. Interferon Cytokine Res. 2011. - 31(1): 41 - 7.

169. Kroemer, G. Mitochondrial membrane permeabilization in cell death / G. Kroemer, L. Galluzzi, C. Brenner // Physiol. Rev. - 2007. - 87: 99 - 163.

170. Kurkela, S. Causative agent of Pogosta disease isolated from blood and skin lesions / S. Kurkela, T. Manni, A. Vaheri, O. Vapalahti // Emerging Infect. Dis. -2004. - 10: 889 - 94.

171. Lee, N. Role of human Toll-like receptors in naturally occurring influenza infections / N. Lee, C.K. Wong, D.S. Hui et al. // Influenza other Respir. viruses. - 2013. - 7(5). - 666 - 75.

172. Lee, N. A prospective intervention study on higher-dose oseltamivir treatment in adults hospitalized with influenza a and B infections / N. Lee, D.S. Hui, Z. Zuo, K.L. Ngai, G.C. Lui, S.K. Wo et al. // Clin. Infect. Dis. - 2013. - 57(11): 1511 - 19.

173. Lefevre, E.A. Immune responses in pigs vaccinated with adjuvanted and non-adjuvanted A(H1N1)pdm/09 influenza vaccines used in human immunization programmes / E.A. Lefevre, B.V. Carr, C.F. Inman // Plos one. 2012. -7(3) e32400: 1 - 9.

174. Le Roy, F. A newly discovered function for RNAse L in regulating translation termination / F. Le Roy, T. Salehzada, C. Bisbal // Nat. Struct. Mol. Biol. 2005.

- 12(6): 505-12.

175. Lester, S.N. Toll-like receptors in antiviral innate immunity / S.N. Lester, K. Li // J. Mol. Biol. 2014. - 426(6): 1246 - 64.

176. Letai, A. Pharmacological manipulation of Bcl-2 family members to control cell death / A. Leta // J. Clin. Invest. - 2005. - 115: 2648 - 55.

177. Levy, D.E. Induction and function of type I and III interferon in response to viral infection / D.E. Levy, I.J. Marie, J.E. Durbin // Curr. Opin. Virol. 2011 - 1(6): 476 - 86.

178. Liang, G.D. Isolation and complete nucleotide sequence of a Chinese Sindbis-like virus / G.D Liang, L. Li, G.L. Zhou, S.H. Fu, Q.P. Li, F.S. Li, H.H. He et al. // J. Gen. Virol. - 2000. - 81(5): 1347-51.

179. Li, C. Interferon regulatory factor 3-CL, an isoform of IRF3, antagonizes activity of IRF3 / C. Li, L. Ma, X. Chen // Cellular a. Mollecular Immunology.

- 2011. - 8: 67 - 74.

180. Li, Y. Mechanisms of type I interferon signaling in normal and malignant cells / Y Li, K.K. Srivastava, L.C. Platanias // Arch. Immunol. Ther. Exp. (Warsz). -2004. - 52(3): 156 - 63.

181. Liu, Y Antiviral role of Toll-like receptors and cytokines against the new 2009 H1N1 virus infection / Y.Liu, H.Chen, Y Sun, F.Chen // Mol. Biol. Rep. -2012. - V. 39. - N 2. - P. 1162-1172.

182. Livak, K.J. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-DeltaDeltaC(T) / K.J. Livak, T.D. Schmittgen // Methods - 2001. - 25: 402 - 8.

183. Makkouk, A. The potential use of toll-like receptor (TLR) antagonist as prophylactic and/or theraupeutic agents / A. Makkouk, A.M. Abdelnoor // Immunopharmacol. a. Immunotoxicol. - 2009. - 31(3): 331 - 38.

182. Man, S.M. Regulation of inflammasome activation / S.M. Man, T.D. Kanneganti // Immunol Rev. - 2015. - 265(1): 6 - 21.

183. Maniatis, T. Structure and function of the interferon-beta enhanceosome / T. Maniatis, J.V. Falvo, T.H. Kim, T.K. Kim, C.H. Lin, B.S. Parekh, M.G. Wathelet // Cold Spring Harb. Symp. Quant Biol. - 1998. - 63: 609 - 20.

184. Martinez F. D. The connection between early life wheezing and subsequent asthma: The viral march / F. D. Martinez // Allergol. Immunopathol. - 2009. -37(5): 249 - 51.

185. Matsumoto, M. Toll-like receptor 3: A link between Toll-like receptor, Interferon and Viruses / M. Matsumoto, K. Funami, H. Oshiumi, T. Seya // Microbiol. Immunol. - 2004. - 48 (3): 147 - 54.

186. McAllister, C.S. TLR3, TRIF and caspase 8 determine double-stranded RNA induced epithelial cell death and survival in vivo / C.S. McAllister, O. Lakhdari, G.P. deChambreen, M.G. Gareau, A. Broquet // J. Immunol. - 2013. -190(1): 418 - 27.

187. McDonald, C. Peptidoglycan signaling in innate immunity and inflammantory disease / C. McDonald, N. Inohara, G. Nufiez // The Journal of Biological Chemistry. - 2005. - 280(21): 20177 - 180.

188. Medzhitov R. Toll-like receptors and innate immunity // Nat. Immunol. - 2001.

- 1: 136 - 44.

189. Meager A. Biological assays for interferons // J. Immunol. Methods. - 2002. -261(1): 21-36.

190. Miettinen, M. IFNs activate toll-like receptor (TLRs) gene expression in viral infections / M. Miettinen, T. Sareneva, I. Julkunen, S. Matikinen // Genes and Immunity. - 2001.- 2: 349 - 55.

191. Munir, M. The multiple faces of proteinkinase R in antiviral defense / M. Munir, M. Berg // Virulence 2013. - 4(1): 85 - 9.

192. Murphy S.P. Interferon gamma is successful pregnancies /S.P. Murphy, C. Tayade, A.A. Ashkar, K.Hatta, Y Zhang, B.A. Croy // Biology of Reproduction.

- 2009. - 80: 848-59.

193. Naria, A. Ribosomopathies: human disorders of ribosome dysfunction / A. Naria, B.L. Ebert // Blood. - 2010. - 115(16): 3196 - 205.

194. Norder, H. Genetic relatedness of Sindbis virus strains from Europe, Middle East and Africa / H. Norder, J.O. Lundstrom, O. Kozuch, L.O. Magnius // Virology - 1996. - 222: 440 - 45.

195. Ogretmen, B. Molecular mechanisms of loss of beta2-microglobulin expression / B. Ogretmen, M.D. McCauley, A.R. Safa // Biochemistry. - 1998. - 37(33): 11679 - 91.

196. Ohya, K. Expression of two subtypes of human IFN-alpha in transgenic potato plants / K. Ohya, T. Matsumura, K. Ohashi // J. Interferon Cytokine Res. - 2001.

- 21: 595 - 602.

197. O'Shea, J. J. JAKs and STATs in Immunity, Immunodeficiency, and Cancer / J.J. O'Shea, S. M. Holland, M. Louis. // N. Engl. J. Med. - 2013. - 368:161-70.

198. Ospet, C. TLRs and chronic inflammation / C. Ospet, S. Gay // The international J. of Biochem a. Cell Biol. - 2010. - 42(4): 495 - 505.

199. Osterlund, P. Pandemic H1N1 2009 influenza A virus induces weak cytokine responses in human macrophages and dendritic cells and is highly sensitive to the antiviral actions of interferons / P. Osterlund, J. Pirhonen, N. Ikonen, E. Rönkkö, M. Strengen, S.M. Mäkelä, M. Broman et al. // J. Virol. - 2010 84 (3): 1414 - 22.

200. Papadopoulos, N.G. A defective type 1 response to rinovirus in atopic asthma / N.G. Papadopoulos, L.A. Stanciu, A. Papi, S.T. Holgate, S.L. Johnston // Thorax.

- 2002. - 57: 328 - 32.

201. Paul-Clark, M.J. Pharmacology and therapeutic potential of pattern recognition receptors / M.J. Paul-Clark, P.M. George, T. Cateral et al. // Pharmacology a. Therapeutics. - 2012. - 135: 200 - 15.

202. Paun, A. The IRF family, revisited / A. Paun, P.M. Pitha // Biochimie. - 2007. -89(6-7): 744 - 53.

203. Perrot, I. TLR3 and Rig-like receptor on myeloid dendritic cells and Rig-like receptor on human NK cells are both mandatory for production of IFN-gamma in response to double-stranded RNA / I. Perrot, F. Deauvieau, C. Massacrier, N. Hughes, P. Garrone, I. Durand, O. Demaria et al. // J. Immunol. - 2010. -185(4): 2080 - 88.

204. Pestka S. A dance between interferon-alpha/beta and p53 demonstrates collaborations in tumor suppression and antiviral activities / S. Pestka // Cancer Cell. - 2003. - 4(2): 85 - 7.

205. Pfeffer L.M. The role of nuclear factor kB in the interferon response / L.M. Pfeffer // Interferon a Cytokine research. 2011. - 31(7): 553 - 59.

206. Phadke, M.S. Glyceraldehyde 3-Phosphate Dehydrogenase depletion induces cell cycle arrest and resistence to antimetabolites in human carcinoma cell lines / M.S. Phadke, N.F. Krynetskaia, A.K. Mishra, E. Krynetskiy // J. Pharmacol. Exp. Ther. - 2009. - 331(1): 77 - 86.

207. Pitha, I.F. Viral defense carcinogenesis and ISG15: Novel roles for old ISG / I.F. Pitha, P.M. Pitha // Cytokine Growth Factor Rev. - 2007. - 18(5-6): 409- 17.

208. Pirher, N. A second binding site for double-stranded RNA in TLR3 and consequences for interferon activation / N. Pirher, K. Ivicak, J. Pohar, M. Bencina, R. Jerala // Nat. Struct. Mol. Biol. 2008. - 15(7): 761 - 3.

209. Pindel, A. The role of protein kinase R in the interferon response / A. Pindel, A. Sandler // J. Interferon Cytokine Res. - 2011. - 31(1): 59 - 70.

210. Platanias L.C. Mechanisms of type 1- and type-II- interferon-mediated signaling / L.C. Platanias // Nat. Rev. immunol. - 2005. - 5: 375 - 86.

211. Qingshan, L.V. MDP Up-Regulates the gene expression of type I interferons in

human aortic endothelial cells / L.V. Qingshan, Mei Yang, Xueeting Liu // Molecules. - 2012. - 17: 3599 - 608.

212. Randall, R.E. Interferons and viruses: interplay between induction,signaling, antiviral responses and virus countermeasures / R.E. Randall, S. Goodbourn // J. Gen. Virol. - 2008. - 89(Pt. 1): 1 - 47.

213. Rao, P. IkappaBeta acts to inhibit and activate gene expression during the inflammatory response / P. Rao, M.S. Hayden, M. Long, M.L. Scott, A.P. West,

D. Zhang, A. Oeckinghaus, C. Lynch, A. Hoffmann, D. Baltimore, S. Ghosh // Nature. - 2010. - 26; 466(7310): 1115 - 9.

214. Rehwinkel, J. RIG1 detects viral genomic RNA during negative-strand RNA virus infection / J. Rehwinkel, C. P. Tan, D.Goubau et al. // Cell. - 2010. - V. 140. P. 397- 408.

215. Rho, H.W. Identification of valid reference genes for gene expression studies of human stomach cancer by reverse transcription-qPCR / H.W. Rho, B.C. Lee,

E.S. Choi // BMC Cancer. - 2010. - 10: 240 - 53.

216. Rossi, D. Messengers of cell death: apoptotic signaling in health and disease / D. Rossi, G. Gaidano // Hematologica. - 2003. - 88(2): 212 - 18.

217. Sabbah, A. Activation of innate immune antiviral response by NOD2 / A. Sabbah, T.H. Chang, S. Bose // Nat. Immunol. - 2009. - 10(10): 1073 - 80.

218. Saha, B. Gene modulation and immunoregulatory roles of interferon gamma / B. Saha, S.J. Prasanna, B. Chandrasekar, D. Nandi // Cytokine. - 2010. - 50: 1 -14.

219. Sanda C. Differential gene induction by type I and type II interferons and their combination / C. Sanda, P. Weitzel, T. Tsukahara // J. Interferon Cytokine Res. -2006. - 26(7): 462 - 72.

220. Sandler, A.J. Interferon - inducible antiviral effectors / A.J. Sandler, B.R.G. Williams // Nat. Rev. Immunol. - 2008. - 8: 559 - 68.

221. Samson, M. T(H)17 lymphocytes: induction, phenotype, functions, and implications in human disease and therapy / M. Samson, D. Lakomy, S. Audia, B. Bonnotte. // Rev. Med. Interne. 2011. - 32(5): 292 - 301.

222. Samuel, M.A. Alpha/beta interferon protects against lethal West Nile virus infection by restricting cellular tropism and enhancing neuronal survival / M.A. Samuel, M.S. Diamond // J. Virol. - 2005. - 79(21): 13350-61.

223. Saunders, L.R. The dsRNA binding protein family: critical roles, diverse cellular functions / L.R. Saunders, G.N. Barber // FASEB J. - 2003. - 17(9): 961 - 83.

224. Scallan, C.D. An Adenovirus-based vaccine with a double-stranded RNA adjivant protects mice and ferrets against H5N1 avian influenza in oral delivery models / C.D. Scallan, D.W. Tingley, J.D. Lindbloom // Clinical and vaccine immunology. - 2013. - 20(1): 85 - 94.

225. Schaper, F. Interleukin-6: Biology, signaling and strategies of blockade / F. Schaper, S. Rose-John // Cytokine Growth Factor Rev. - 2015. - 26(5): 475-87.

226. Schiff M.H. Role of interleukin 1 and interleukin 1 receptor antagonist in the mediation of rheumatoid arthritis / M.H. Schiff // Ann. Rheum. Dis. - 2000. -59: 103 - 8.

227. Schulz O.Protein kinase R contributes to IFNa/p production during viral infection by regulating IFN mRNA integrity / O.Schulz, A.Pichimair, J.Rehwinkel, N.C.Rogers, D. Scheuner, H. Kato, O. Takeuchi, S.Akira, R.J. Kaufman, C.R. Sousa // Cell Host Microbe. - 2010. -7(5): 354-61.

228. Sen, G. Transcriptional signaling by double-stranded RNA: Role of TLR3 / G. Sen, S.N. Sarkar // Cytokines a. Growth factor Rev. - 2005. - 16 (1): 1 - 14.

229. Sen R. Control of B lymphocyte apoptosis by the transcription factor NF-kappaB / R. Sen // Immunity. - 2006. - 25(6): 871 - 83.

230. Seys M.M. TLR3: interferon induction by double-stranded RNA including poly(I:C) / M.M. Seys // Adv. Drug Deliv. Rev. - 2008. - 60(7): 805 - 12.

231. Shagiova, G.S. Actin isoforms and reorganization of adhesion junctions in epithelial - mesenchymal transition of cervical carcinoma cells / G.S. Shagiova, L.V. Domnina, T.A. Chipysheva et al. // Biochemistry (Moscow). - 2012. -77(11): 1266 - 76.

232. Shapshak P. Bioinformation and molecule of the moth: Multiple pathways for a single gene, NF-kB / P. Shapshak // Bioinformation. - 2012. - 8(9): 399 - 402.

233. Sharma, P. Structural insights into the dual strategy of recognition by Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S: Structure of the ternary complex of PGRP-S with lipopolysaccaride and stearic acid / P. Sharma, D. Dube, M. Sinha // Plos one. - 2013. - 8(I): e53756.

234. Shaw, N. Binding of bacterial secondary messenger molecule c di-GMP is a STING operation / N. Shaw, S. Ouyang, Z-J Liu // Protein Cell. - 2013. - 4(2): 117 - 29.

235. Short , K.R. The fate of influenza A virus infection of human macrophages and dendritic cells / K.R. Short, A.G. Brooks, P.C. Reading et al. // J. General Virology. - 2012. - V. 93. - P. 2315-2325.

235. Shrout, J. Beta (2)microgobulin mRNA expression levels are prognostic for lymph node metastasis in colorectal cancer patients (CRC) / J. Shrout, M. Yousefzadeh, A. Dodd // Br. J. Cancer. - 2008. - 98(12): 1999 - 2005.

236. Siddiqui, M.A. RNAseL induces autophagy via c-Jun N-terminal kinase and dsRNA-dependent protein kinase signaling pathways / M.A. Siddiqui, K. Malathik // J. Biol. Chem. - 2012. - 287: 43651 - 64.

237. Silverman R.H. A scientific journey through the 2-5A/RNAse L system / R.H. Silverman // Cytokine Growth Factor Rev. - 2007. - 18(5-6): 381 - 88.

238. Siren, J. IFN-a regulates TLR-dependent gene expression of IFN-a, IFN-P, IL28 and IL29 / J. Siren, J. Pirhonen, I. Julkunen, S.J. Matikainen // Immunol. - 2005. - 174: 1932 - 37.

239. Sledz, C.A. Activation of the interferon system by short - interfering RNAs / C.A. Sledz, M. Holko, M.J. de Veer // Nat. Cell. Biol. - 2003. - 5(9): 834 - 39.

240. Sorbora, M.L. Peptidoglycan: a critical activator of the mammalian immune system during infection and homeostasis / M.L. Sorbora, D.J. Philpott // Immunological Reviews. - 2011. - 243(1): 40 - 60.

241. Srivastava, P. Overexpression and purification of recombinant human interferon alpha2b in E. coli / P. Srivastava, P. Bhattacharaya, G. Pandey // Protein Express

Purif. - 2005. - 41: 313 - 22.

242. Szabo, A. Collaboration of Toll-like and Rig1-like receptors in human dendritic cells: tRIGering antiviral innate immune responses / A. Szabo, E. Rajnavolgyi // Am J. Clin. Exp. Immunol. - 2013. - 2(3): 195 - 207.

243. Tamura, T. The IRF family transcription factors in immunity and oncogenesis / T. Tamura, D. Savitsky, T. Taniguchi // Annual Review of Immunology. - 2008. - 26: 535 - 84.

244. Tatematsu, M. Beyond dsRNA: Toll-like receptor 3 signalling in RNA-induced immune responses / M. Tatematsu, T. Seyam, M. Matsumoto // Biochem. J. -2014. - 458: 195 - 201.

245. Tazylakhova, E.B. Russian experience in screening, analysis, and clinical application of novel interferon inducers / E.B. Tazylakhova, O.V. Parshina, T.S. Guseva, F.I. Ershov // J. Interferon a. Cytokine Reseach. - 2001. - 21(2): 65 - 7.

246. Thyrell, L. Mechanisms of interferon alpha induced apoptosis in malignant cells / L. Thyrell, S. Erickson, B. Zhivotovsky // Oncogene. - 2002. - 21(8): 1251 - 62.

247. Tsujimoto Y Bcl-2 family of proteins: life-or-death switch in mitochondria / Y Tsujimoto // Bioscience Rep. - 2002. - 22: 47 - 58.

248. Villunger, A. p53 - and drug-induced apoptotic responses mediated by BH3-only proteins Puma and Noxa / A. Villunger, E.M. Michalak, L. Coultas, F. Mullauer, G. Bock // Science. - 2003. - 302:1036 - 38.

249. Vazquez-Blomquist, D. Selection of reference genes for use in quantitative reverse transcription PCR assays when using interferons in U87MG / D. Vazquez-Blomquist, J.R. Fernandez, J. Miranda // Mol. Biol. Rep. - 2012. -39(121): 11167 - 75.

250. Vilcek J. Boosting p53 with interferon and viruses / J. Vilcek // Nat. Immunol. 2003. - 4: 825 - 26.

251. Vispe, S. Novel tetra-acridine derivates as dual inhibitors of topoisomerase II and the human proteasome / S. Vispe, I. Vandenberghe, M. Rubin // Biochem. Pharmacol. - 2007. - 73(12): 1863 - 72.

252. Volate, S.R. Gossypol induces apoptosis by activating p53 in prostate cancer cells and prostate tumor-initiating cells / S.R. Volate, B.T. Kawasaki, E.M. Hurt // Mol. Cancer. Ther. - 2010. - 9(2): 461 - 77.

253. Wang, W.G. Acridine derivates activate p53 and induce tumor cell death through Bax / W.G. Wang, W.C. Ho, D.T. Dicker, C. Mackinnon, J.D. Winkler, R. Marmorstein, W.C. El-Deiry // Cancer Biol. Ther. - 2005. - 4: 893 - 98.

254. Wainwringht, D.A. The presence of IL-17A and T helper 17 cells in experimental mouse brain tumors and human glioma / D.A. Wainwringht, S. Sengupta, Y. Han // Plos ONE. - 2010. - 5(10): 1 - 7.

255. Wiesen, J. L. Dicer is regulated by cellular stresses and interferons / J.L. Wiesen, T.B. Tomasi // Mol. Immunol. - 2009. - 46(6): 1222 - 28.

256. Wilkins, C. Recognition of viruses by cytoplasmic sensors / C. A. Wilkins, M. Jr. Gale // Current Opinion Immunology. - 2010. - 22: 41 - 7.

257. Wong, C. K. Proinflammatory cytokines (IL-17, IL-6, IL-18 and IL-12) and Th

cytokines (IFN-gamma, IL-4, IL-10 and IL-13) in patients with allergic asthma / C.K. Wong, C.Y Ho, F.W. Ko, C.H. Chan, A.S. Ho, D.S. Hui, C.W. Lam // Clin. Exp. Immunol. - 2001. - 125(2): 177-83.

258. Wu, F.R. Sequence analysis, expression patterns and transcriptional regulation of mouse Ifrg15 during preimplantation embryonic development / F.R. Wu, B. Ding, B. Qi, M.B. Shang, X.X. Yang, Y. Liu, W.Y Li // Gene. - 2012. - 507(2): 119 - 24.

259. Xarogan, A. Toll-like receptors and viruses: Induction of innate antiviral immune responses / A. Xarogan, K. Chlichlia // The Open Microbiology J. -2008. - 2: 49 - 59.

260. Yanai, H. The IRF family of transcription factors inception, impact and implications in oncogenesis / H. Yanai, H. Negishi, T. Taniguchi // Oncoimmunology. - 2012. - 1(8): 1376 - 86.

261. Ye, J. Negative Regulation of Interferon-P Gene Expression during Acute and Persistent Virus Infections / J. Ye, T. Maniatis // PloS one. - 2011. - 6(6): e20681.

262. Yi, X. Lack of RNase L Attenuates Macrophage Functions / X. Yi, C. Zeng, H. Liu, X. Chen, P. Zhang // PLoS ONE. - 8(12): e81269.

263. Yoneyama, M. Recognition of viral nucleic acids in innate immunity / M. Yoneyama, T. Fujita // Rev. Med. Virol. - 2010. - 20:4 - 22.

264. Yu, J. Identification and classification of p53-regulated genes / J. Yu, L. Zhang, P.M. Hwang // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1999. - 96: 14517 - 22.

265. Yurtsu, E. Apoptotic effect of gossypol on human lymphocytes / E. Yurtsu, M.A. Ergun, A. Menevse // Cell Biol. Int. - 2003. - 27: 791 - 94.

266. Zhang, M. Molecular mechanism of gossypol-induced cell growth inhibition and cell death of HT-29 colon carcinoma cells / M. Zhang, H. Liu, R. Guo // Biochem. Pharmcol. - 2003. - 66(1): 93 - 103.

267. Zhang D. Interferon-stimulated gene 15 and the protein ISGylation system / D. Zhang // J. of Interferon a. Cytokine Res. - 2011. - 31(1): 119 - 130.

268. Zhu, J. Innate immune response to adenoviral vectors is mediated by both Tolllike receptor-dependent and -independent pathways / J. Zhu, X. Huang, Y. Yang // J. Virol. - 2007. - 81:3170 - 80.

269. Zarubaev, V.V. Direct antiviral effects of cycloferon (10-cfrboxymethyl-0-acridanone) against adenovirus type 6 in vitro / V.V. Zarubaev, A.V. Slita, V.Z. Krivitskaya, A.K. Sirotkin, A.L. Kovalenko, N.K. Chatterjii NK // Antiviral Res. - 2003. - 58(2): 131 - 7.

270. Ziegler-Heitbrock, L. Nomenclature of monocytes and dendritic cells in blood / L. Ziegler-Heitbrock, P. Ancuta, S. Crowe, M. Dalod, V. Grau, D.N. Hart, P.J. Leenen, Y.J. Liu, G. MacPherson, G.J. Randolph, J. Scherberich, J. Schmitz, K. Shortman et al. // Blood. - 2010. - 116(16): 74 - 80.

271. Zitvogel, L. Type I interferons in anticancer immunity / L. Zitvogel, L. Galluzzi, O. Kepp, M.J. Smyth, G. Kroemer // Nat. Rev. Immunol. - 2015. -15(7): 405 - 14.

272. Zhou, Y. IFN-gamma induces apoptosis in HT-60 cells through decreased Bcl-2

and increased Bak expression / Y Zhou, C.M. Weyman, H. Liu, A. Almasan, A. Zhou // J. Interferon Cytokine Res. - 2008. - 28: 65 - 72.

ПРИЛОЖЕНИЕ Структура олигонуклеотидных праймеров

Название Гена/мРНК NCBI Genbank Структура праймеров T отжига прайм. Размер продукта Т-плавления Публикации в печати

1. альфа- ИФН (конс.) 4,7,8,17,21 КМ 021268.2 КМ 021057.2 КМ 002170.3 КМ 021268.2 КМ 002175.2 Б 5' - §§ссХХ§аХасХссХ§§саса Я 5' - ১саса১§сХ§ХаХХХсХ 59° С 383 н. п. 80-83° С Патент на изобретение № 2181177, 27.04.2002, РФ Соколова Т.М. Урываев Л.В.

2. альфа2- ИФН КМ_000605.3 Б 5' - аХ§§ссХХ§ассХХХ§сХ Я 5' - ХсаХХссХХасХХсХХааасХХХсХ 54° С 567 н. п. 83° С *Сборник "Интерферон 2011", с. 389 - 401

3. бета1-ИФН КМ_002176.2 Б 5' - аХ§ассаасаа§Х§ХсХс Я 5' - Хса§ХХХс§§а§§Хаасс 52° С 564 н. п. 80° С *Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2013 №2, с. 179-182

4. гамма ИФН КМ_000619.2 F 5' - аХ%аааХаХасаа$ШаХс\Х££ Я 5' - ХХасХ§§§аХ§сХсХХс§ 51° С 501 н. п. 86° С *Российский биотерапевтический журнал 2013, №3, с. 39-44.

5. гамма-ИФН КМ_000619.2 F 5' - §§ХХсХсХХ§§сХ§ХХасХ§с R 5' -^са^^са^^асаассаХХасХ 59° С 469 н. п. 82° С Патент на изобретение № 2181177, 27.04.2002, РФ Соколова Т.М. Урываев Л.В.

6. лямбда1- ИФН (ИЛ29) КМ_172140.1 F 5' - саХсаХсХХ§§аХХ§сссаХХХ R 5' - ХаХХХваввХсХсвсвХвавв 57° С 623 н. п. 83° С *Российский биотерапевтический журнал 2013, №3, с. 39-44.

7. РНКаза L КМ_021133.3 Б 5' - tgagagccacaggggcca Я 5' - ১асса§сс§1:сса১1:сс 63° С 318 н. п. 84° С *Российский биотерапевтический журнал 2013, №3, с.39-44.

8. РНКаза L КМ_021133.3 Б 5' - agaggaagggggctggacacc Я 5' - gcgtttacatctgcccccatc 61° С 426 н. п. 84° С Патент на изобретение № 2181177, 27.04.2002, РФ Соколова Т.М. Урываев Л.В.

9. ОАС 1 КМ 016816.2 КМ 002534 КМ_001032409.1 Б 5' -tcggggagggggtggagttcg Я 5' - gctcactggggacccatccca 66° С 602 н. п. 80° С Патент на изобретение № 2181177, 27.04.2002, РФ Соколова Т.М. Урываев Л.В.

10. дсПК КМ 002759.3 КМ_001135651.2 Б 5' -tgcatcgggggtgcatgggcc Я 5' - cttcacgctccgccttctcgt 65° С 563 н. п. 80° С Патент на изобретение № 2181177, 27.04.2002, РФ Соколова Т.М. Урываев Л.В.

11. Мх 1 КМ_002462.4 F 5' - gccaggagctaggtttcgt R 5' - tctcgcttcgcctctttcac 59° С 117 н. п. 80° С *Цитокины и воспаления. 2015, № 2, с. 36 - 43.

12. ИСГ 15 (ШЯа15) КМ_022347.3 Б 5' - atgttttcagataattcacattgc Я 5' - ctatttgttttggcccagttt 54° С 396 н. п. 80° С *Сборник "Интерферон 2011", стр. 389 - 401

13. р53 КМ_000546.5 F 5' - tgctcaagactggcgctaaa Я 5' - gctcgacgctaggatctgac 60° С 208 н. п. 88° С *Иммунология, 2014 г., № 1, с. 17 - 22.

14. NF-kB NM_001165412.1 F 5' - ccatatttgggaaggcctgaac R 5' - tatgggccatctgttggcag 59° С 113 н. п. 78° С *Иммунология 2014, № 1, , с. 17 - 22.

15. бета-актин NM_001101 .3 F 5' - catcgagcacggcatcgtca R 5' - tagcacagcctggatagcaac 60° С 211 н. п. 86° С Rho H.-W.et al. 2010

16. ГАФД (GAPDH) NM_002046.5 F 5' -ggtggtctcctctgacttcaaca R 5' -gttgctgtagccaaattcgttgt 60° С 127 н. п. 83° С Li J. et al., 2011

17. B2M (р2М) NM_004048 F 5' - actgaattcacccccactga R 5' - cctccatgatgctgcttaca 57° С 114 н. п. 80° С Rho H.-W.et al. 2010

18. 18S риб. РНК NM_003286.2 F 5' - gtaacccgttgaaccccatt R 5' - ccatccaatcggtagtaggcg 58° С 151 н. п. 83° С Rho H.-W.et al. 2010

19. Fas (CD95) NM_000043.4 F 5'- tgagactcagaacttggaaggcc R 5'- tgccactgtttcaggatttaaag 57° С 532 н. п. 82° С Патент на изобретение № 2181177, 27.04.2002, РФ Соколова Т.М. Урываев Л.В.

20. Bcl- 2 NM_000633.2 F 5' - tgcacctgacgcccttcaccg R 5' - ccaggtgtgcaggtgccggtt 67° С 209 н. п. 83° С Патент на изобретение № 2181177, 27.04.2002, РФ Соколова Т.М. Урываев Л.В.

21.ФНО-альфа NM_000594.3 F 5' - gcaacaagaccaccacttcg R 5' - gtaggccccagtgagttctg 59° С 114 н. п. 86,5° С *Иммунология 2014, № 1, с.17 - 22.

22. ИЛ1-бета NM_000576.2 F 5' - atctgtacctgtcctgcgtg R 5' - cgggcatgttttctgcttga 59° С 198 н. п. 86° С *Иммунология 2014, № 1, с. 17 - 22.

23. ИЛ 4 КМ_172348.2 Б 5' - сХХсссссХсХ§ХХсХХссХ Я 5' - ХХссХ§Хс§а§сс§ХХХса§ 58° С 269 н. п. 85° С Нашгаои1 А., БгаЫш М. В., 2000

24. ИЛ 6 КМ_000600.3 Б 5' - §асссаассасаааХ§сса§ Я 5' - аХсХ^а^^^-^сссаХ^сХас 59° С 154 н. п. 84° С *Иммунология 2014, № 1, с. 17 - 22.

25. ИЛ 6 КМ_000600.3 Б 5' - аХ§аасХссХХсХссасаа Я 5' - сХасаШ^сс^аа^а^с 53° С 639 н. п. *Российский биотерапевтический журнал 2013, №3, 39-44.

26. ИЛ 8 КМ_000584.3 Б 5' - сасс§§а১аассаХсХса Я 5' - 59° С 172 н. п. 83° С *Иммунология 2014, № 1, с. 17 - 22.

27. ИЛ 17а КМ_002190.2 Б 5' -ссас§аааХсс১аХ§сссаааХ Я 5' 64° С 144 н. п. ^^^п^ИХ Б.А.еХ а1., 2010

28. Бюег 1 ЯМ_030621.3 Б 5' - са§ХХса§асаа§а§саасаса R 5' - §ХсХХсссХ§а§сса§Х§ХХХ 59° С 300 н. п. 81° С *Молекулярная медицина 2015, №1, с. 12-17

29. ТЬЯ 3 КМ_003265.2 Б 5' - а§Х§сс§ХсХаХХХ§ссаса R 5' - §саХсссаа১§сааа১ 59° С 149 н. п. 80° С *ЖМЭИ , 2014 № 5, с. 37-43

30. ТЬЯ 4 КМ_138554.4 Б 5' - gХcagacggХgaХagcgagc R 5' - ХХ১аассассХссас§са 60° С 177 н. п. 86,5° С *ЖМЭИ , 2014 № 5, с. 37-43

Э1.ТЪЯ 7 КМ_016562.3 F 5' - agaXgccXXccagXXgcgaX R 5' - aaccacacagcaXcacaggX 60° С 150 н. п. 80° С *Молекулярная медицина 2015, №1, с.12-17

32.ТЬЯ 8 КМ_016610.3 Б 5' - ссХс§ХсХс§а§ХХ§еХХ§а Я 5' - gaaagccagagggXaggXgg 60° С 133 н. п. 79° С *Молекулярная медицина 2015, №1, с.12-17

ЗЗ.ТЬЯ 9 КМ_017442.3 F 5' - acaaccgcaXcgXcaaacXg R 5' - cacggaaccaacXggcaXXc 59° С 231 н. п. 88° С *Цитокины и воспаление, 2015, № 2, с.36-43

34. ШБ 3 ЯМ_001571.5 F 5' - cXggggcccXXcaXXgXaga R 5' - gXaggccXXgXacXggXcgg 59° С 270 н. п. 86,5° С *Медицинская иммунология, 2015, № 1, с.7-

35. ШБ 7 КМ_001572.3 Б 5' - agacgaaacXXcccgXccc Я 5' - gcXgccXcggXaXggaXcXc 59° С 165 н. п. 88,5° С *Медицинская иммунология, 2015, № 1, с.7-

36. ГРБ 1 ММ_020746.4 Б 5' - gcaagagaccaggaXcgacX Я 5' - XccgcgagaXcaacXagcXc 59° С 152 н. п. 86,5° С *Иммунология 2014, № 1, с. 17 - 22.

37. ЯЮ 1 КМ_022168.5 F 5' - ccagagaaccagXXgggcXX R 5' - XcXccaccaXcXcXggacacc 60° С 163 н. п. 79° С *Иммунология 2014, № 1, с. 17 - 22.

38.МБЛ 5 КМ_022168.3 F 5' - agXgXgcXagccXgXXcXgg R 5' - cggcacacXXcXXXXgcagX 59° С 127 н. п. 78° С *Цитокины и воспаление, 2015, № 2, с.36-43

39. Е1 вирус Синдбис N0 001547.1 Б 5' - сс§сссаС£с১ааасс§с Я 5' - cgccgccgaaaagggcaaaca 67° С 506 н. п. 81° С Соколова Т.М. и др., 1996

40. С - Е2 вирус Синдбис №0_001547.1 Б 5' - ХХggaggccgacagaХХgХХc Я 5' - ХaggggcХggХcagggХaaag 60° С 692 н. п. Соколова Т.М. и др., 1996

41. М1 вирус гриппа А (Н1Ш) 00219584.1 Б 5'-сХХсХаасс§а§§Хс§ааас§ Я 5' -agggcaШggacaaagcgХcХa 59° С 245 н.п. БоисЫег Я.А.М. еХ а1., 2000

Примечание. * Статьи Соколовой Т.М., Шувалова А.Н., Ершова Ф.И. в соавторстве

СтруктураTag-man праймеров и меченных Fam-проб к подтипам альфа-ИФН

Гены Структура праймеров и гибридизационных проб Температ. отжига Размер продукта

1. Альфа1 ИФН ММ_024013.2 Б 5' - agХaХеХgеaaХaХеХaеgaХggе 5' - gaХеaеagеееagagagеag (БАМ) agcХaagcaccaccaggaccaХca (БИ01) 58° С 95 н.п.

2. Альфа2 - ИФН КМ_000605.3 F 5' - еааеаХеХаеааХ§§ееХХ§аее R 5' - еа§Хаеаеа§еееаеа§а§е (БАМ) аеХ§§Х§§еееХееХ§§Х§еХеа (БВД1) 59° С 89 н.п.

3. Альфа5 - ИФН ММ_002169.2 F 5' - ХеХеааеа§еееа§аа§еаХе R 5' - Хеаеа§еееа§а§ааеа§аХХ§ (БАМ) а§ХХ§а§еаееаее১§ееаХеа (БИ01) 60° С 108 н.п.

4. Альфа21 - ИФН КМ_002175.2 F 5' - §ХХаеееаХеХе১Ха§ееХа§е R 5' - аХеаеа§еееа§а§ааеа§аХ§ (БАМ) ХgagеaееagеaеggееaХеagХ (БИ01) 60° С 117 н.п.

5. ИЛ 17Л** ММ_002190.2 F 5' - aaХеХееaееgеaaХgagga R 5' - acgХХcccaХcagcgХХga (БАМ) еggеaеХХХgееХеееagaХеaеa (БИ01) 59° С 95 н.п.

* н.п. - нуклеотидные пары

** Би11еш Б.М.Л. еХ а1. Яевр^аХогу КеБеагеИ. 2006; 7 (135): 1 - 9.

Метод ОТ-ПЦР в режиме реального времени (ОТ-ПЦР-РВ)

В нашей работе метод ОТ-ПЦР-РВ широко использован для анализа экспрессии клеточных и вирусных генов в разных типах клеток человека. Метод является высокочувствительным и высокоспецифичным, дающим количественную оценку изменений генной активности при различных видах воздействий. В настоящее время этот метод широко используется в молекулярно-генетических исследованиях [Bustin S.A. et al., 2005, 2010; Livak K.J., Schmittgen T.D., 2001].

ОТ-ПЦР-РВ является усовершенствованной модификацией предложенного в 1988 г. метода классической ОТ-ПЦР с парами специфических олигонуклеотидных праймеров, рассчитанных к матрицам мРНК и ДНК [Gahon et al., 2004]. Количественная оценка делается на начальной стадии логарифмического периода накопления ПЦР-продуктов, которая называется пороговый цикл (Cq). Относительно значений Cq пробы сравниваются между собой при условии 98% и выше эффективности амплификации. Количество ДНК-амплификатов в каждом цикле удваивается. Изображение хода реакции в реальном времени регистрируется на экране компьютера в виде кривых накопления дсДНК с флуоресцентным красителем. В результате интенсивность сигнала к 40 циклам увеличивается более чем в 1000 раз [Huggett, Bustin, 2011]. Более специфичным, но менее чувствительным, является TaqMan-вариант ОТ-ПЦР-РВ с использованием меченных флуоресцентными красителями олигонуклеотидных зондов, гибридизующихся с внутренними участками ДНК-амплификатов.

В работе преимущественно выбран более чувствительный вариант ОТ-ПЦР-РВ с немеченными парами олигонуклеотидных праймеров и интеркалирующим в ДНК красителем EvaGreen. Определена экспрессия порядка 40

клеточных генов, относящихся к клеточному иммунитету и 4-х генов «домашнего хозяйства». К РНК-транскриптам клеточных и вирусных генов нами рассчитаны пары специфических олигонуклеотидных ПЦР-праймеров (Таблица «Приложения»). Транскрипция нескольких подтипов генов семейства альфа-ИФН исследована с меченными БЛМ-TaqMan-зондами. Экспериментальная проверка специфичности ПЦР-праймеров представлена ниже на рисунках. Приведены данные предварительной оценки уровней экспрессии специфических видов мРНК (конститутивные и индуцированные препаратами уровни) в разных типах клеток.

ПРОВЕРКА СПЕЦИФИЧНОСТИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ

Клетки крови

I ш

Копроп ■ Вифсрои

Н4

м к л

Циклы

=> ТОО

Тгчперапра плавления

Клетки крови

ь

Авонскс

Кошро