Генетический контроль транспозиции и эволюция эррантивирусов у Drosophila тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат наук Нефедова, Лидия Николаевна

• Нефедова, Лидия Николаевна
• кандидат наук
• 2015

Оглавление диссертации кандидат наук Нефедова, Лидия Николаевна

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Классификация мобильных генетических элементов эукариот

Автономные ДКП-ретроэлементы

Мобильные элементы группы ТуЗ Gypsy

Мобильные элементы группы BEL Pao

Семейство Retroviridae

Неавтономные ДКП-ретроэлементы

Не содержащие ДКП ретроэлементы

ретроэлементы, кодирующие тирозинрекомбиназу

Ретротранспозоны семейства Penelope (PLE)

Формирование новых мобильных элементов и вирусов

Интеграза как ключевой фермент ДКП-ретроэлементов

Сходство жизненных циклов ДКП-ретротранспозонов и ретровирусов

Структура интегразы

Реакции, катализируемые интегразой

Реакция З'-концевого процессинга

Реакция переноса цепи

Реакция дезинтеграции

Взаимодействие интегразы с ДНК

Взаимодействие интегразы с ДНК-субстратом

Взаимодействие интегразы с ДНК-мишенью

Роль клеточных белков в распознавании ДНК-мишени интегразой 48 Влияние вторичной структуры хромосомной ДНК на связывание ДНК-мишени

интегразой

Генетический контроль транспозиции Ретроэлементов 51 Цис- и транс-факторы, регулирующие экспрессию ДКП-ретротранспозонов у

Drosophila melanogaster

Роль локусаflamenco в контроле транспозиции ДКП-ретроэлементов

Роль гетерохроматиновых белков семейства НР1 в регуляции активности ДКП-

ретроэлементов

Другие механизмы противовирусной защиты

Взаимоотношения ДКП-ретроэлементов с хозяйским геномом

Потенциальные эффекты транспозиций мобильных элементов

Молекулярная доместикация генов мобильных элементов

Доместикация гена gag ДКП-ретроэлементов

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Линии Drosophila melanogaster и условия культивирования

Сбор эмбрионов, личинок и тканей взрослых особей

Индукция иммунного ответа у Drosophila melanogaster

Штаммы Escherichia coli и условия культивирования

Молекулярный анализ ДНК

Разделение фрагментов ДНК и РНК методом электрофореза

Векторы и Конструирование рекомбинантных плазмид 76 Экспрессия конструкций, кодирующих рекомбинантные белки, в клетках

Escherichia coli, и выделение рекомбинантных белков

Диализ растворов белков

Выделение мембранной фракции белка для вестерн-блот гибридизации

Электрофорез белков в полиакриламидном геле

Эндонуклеазная реакция

Анализ продуктов активности рекомбинантной интегразы

Анализ ДНК-связывающей активности интегразы

Вестерн-блот-гибридизация

Выделение геномной ДНК из мух

Выделение тотальной РНК из мух

Синтез кДНК

Полимеразная цепная реакция

Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени

Вычитающая гибридизация

Инвертированная ПЦР

Быстрая амплификация 5'-конца кДНК (RACE)

Секвенирование

Саузерн-блот-гибридизация

Биоинформатический анализ последовательностей

РЕЗУЛЬТАТЫ

ИССЛЕДОВАНИЕ АКТИВНОСТИ И ФУНКЦИИ ИНТЕГРАЗЫ ДКП-

РЕТРОЭ ЛЕМЕНТА gypsy

Исследование «точных» эксцизий ДКП-ретротранспозона gypsy в модельной системе

в клетках Escherichia culi

Получение рекомбинантной интегразы gypsy и исследование ее активности in vitro

Исследование активности доменов рекомбинантной интегразы gypsy

Исследование in vitro активности рекомбинантной интегразы в отношении мишеней

других ДКП-ретротранспозонов группы gypsy

ИССЛЕДОВАНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО КОНТРОЛЯ ТРАНСПОЗИЦИИ ДКП-

РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ ГРУППЫ gypsy

Транскрипция локуса flamenco в лабораторных линиях SS и MS Drosophila

melanogaster, мутантных по локусу flamenco

Сравнительный анализ геномной локализации ретротранспозонов Ideflx и ТАМ с в

линииях Drosophila melanogaster SS и MS, мутантных по локусу flamenco

Исследование транскрипции и анализ транспозиционной активности МГЭ Tirant в

линиях, мутантных по локусу flamenco

ФИЛОГЕНИЯ И СИСТЕМАТИКА ДКП-РЕТРОЭЛЕМЕНТОВ ДРОЗОФИЛЫ

Классификация дкп-ретротранспозонов в геноме Drosophila melanogaster

Ген env у ДКП-ретротранспозонов

Молекулярная филогения ДКП-ретротранспозонов группы gypsy с двумя открытыми

рамками считывания у D. melanogaster

Молекулярная эволюция ДКП-ретротранспозонов у членистоногих

Классификация ДКП-ретротранспозонов, основанная на комплексном анализе последовательностей интеграз, сайтов интеграции и последовательностей длинных

концевых повторов

ДОМЕСТИКАЦИЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ_ДКП-РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ

ГРУППЫ gypsy

Ген CG4680 D roso phi la melanogaster - гомолог gag эррантивирусов и производных

от них ретротранспозонов группы gypsy

Анализ экспрессии гена Grp на уровне транскрипции и трансляции

ОБСУЖДЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генетический контроль транспозиции и эволюция эррантивирусов у Drosophila»

ВВЕДЕНИЕ

Мобильные генетические элементы (МГЭ) составляют значительную часть генома эукариот и оказывают значительное влияние на его функционирование. Поэтому понять закономерности эволюции и пути исторической перестройки геномов эукариот невозможно без анализа этих процессов у МГЭ.

Среди МГЭ особое место занимают ретротранспозоны с длинными концевыми повторами (ДКП-ретротранспозоны). ДКП-ретротранспозоны имеют варьирующую структуру и могут содержать разное число открытых рамок считывания (ОРС): от одной до трех. Наиболее сложными формами, как со структурной, так и с функциональной сторон, являются МГЭ с тремя ОРС: ОРС1 (соответствующая гену gag ретровирусов) таких ретротранспозонов кодирует белки капсида, ОРС2 (pol) - протеазу, обратную транскриптазу, РНКазу Н и интегразу, ОРСЗ (env) кодирует продукт, который ответственен за этапы узнавания клеточных рецепторов и проникновения вируса в клетку. Таким образом, по структуре ДКП-ретротранспозоны с тремя ОРС идентичны интегрированным в геном формам эндогенных ретровирусов (провирусам) позвоночных. Неслучайно именно у таких ДКП-ретротранспозонов Drosophila melanogasler - первоначально у gypsy, а затем у ZAM - были обнаружены инфекционные свойства. Согласно международной классификации инфекционные ДКП-ретротранспозоны gypsy и ZAM, а также сходные с ними по структуре МГЭ, называют эррантивирусами.

Дрозофила является удобным модельным объектом для исследования ДКП-ретротранспозонов и ретровирусов. Во-первых, структура и механизмы перемещения ДКП-ретротранспозонов в геноме дрозофилы изучены лучше, чем у других организмов. Во-вторых, в пределах одного рода дрозофилы секвенированы геномы двадцати видов, сравнительный анализ которых позволяет по-новому взглянуть на эволюцию ретроэлементов не только у дрозофилы, но и члелистоногих и даже эукариот в целом.

Изучение ДКП-ретротранспозонов и ретровирусов является одним из важнейших направлений современной биологии. Большое разнообразие заболеваний у позвоночных обусловлено деятельностью ретровирусов. В этой связи, ДКП-ретротранспозон-ретровирус дрозофилы gypsy является удобной моделью для исследования свойств, генетического контроля и эволюции ретровирусов.

Ретровирусы и ДКП-ретротранспозоны имеют схожий цикл репликации - путем обратной транскрипции РНК они образуют ДНК-копию, которая интегрирует в геном хозяина. Интеграция вирусной ДНК в геном хозяина осуществляется интегразой. Показано, что интеграза ДКП-ретротранспозона gypsy, кроме встраивания, способна осуществлять точное вырезание (с восстановлением нуклеотидной последовательности сайта-мишени) встроенной в геном ДНК-копии ретротранспозона, но это явление в настоящий момент слабо изучено.

Выбор интегразой сайта мишени для интеграции ДНК-копии происходит не случайно - интегразы ретроэлементов имеют определенные предпочтения к сайту интеграции. Знание интеграционного профиля ретровирусов необходимо для успешного конструирования векторов для трансгенеза на их основе. В связи с этим, изучение специфичности интеграции ретровирусов и ДКП-ретротранспозонов в геном хозяина является крайне актуальным.

Бесконтрольная амплификация МГЭ и их хаотичные перемещения в геноме приводят к его нестабильности и повышению уровня спонтанного мутагенеза. Поэтому в процессе совместной эволюции хозяйского генома и МГЭ сформировались защитные механизмы от их транспозиции. Подавление экспрессии МГЭ у Drosophila melanogasler может осуществляться как путем РНК-интерференции, так и путем непосредственной компактизации участков хромосом, содержащих МГЭ. Известно, что эти два пути тесно связаны между собой: РНК-интерференция играет важную роль в формировании гетерохроматина и, по-видимому, направляет его формирование. Ключевым генетическим фактором, осуществляющим контроль транспозиции МГЭ gypsy, является локус flamenco. Показано, что этот локус представляет собой матрицу для считывания малых интерферирующих РНК. Однако функционирование этого локуса слабо изучено.

Другим важнейшим направлением современной биологии является исследование процесса доместикации генов ретровирусов и ДКП-ретротранспозонов - процесса, в котором организм-хозяин адаптирует чужеродные последовательности для собственных нужд. Молекулярная доместикация генов ретроэлементов может играть значительную роль в макроэволюции и в приобретении организмом новых специфических функций. Наиболее яркими примерами являются доместицированные гены ретроэлементов семейств PNMA, SIRH и SYNCYTJN, необходимые для нормального развития плаценты.

Считается, что приобретение этих генов значительно повлияло на радиацию млекопитающих.

Известные функции генов гомологичных env и gag, как правило, связаны со свойствами их продуктов, консервативных для соответствующих белков ретровирусов. Способность к белок-белковым взаимодействиям, олигомеризации может обуславливать рецепторные свойства, которые могут быть необходимы в противовирусной защите или в трансдукции сигнала. У различных представителей рода Drosophila в геноме обнаружено два гена, доместицированных от ДКП-ретротранспозонов. Один из них обнаружен нами, является гомологом гена gag и назван Grp (Gag related protein). Другой известен как ген Iris, гомологичен гену env ретровирусов. Функции, выполняемые этими генами в организме дрозофилы, не изучены.

Цель настоящей работы - исследование механизмов интеграции, генетического контроля транспозиции, филогении и процессов молекулярной доместикации генов эррантивирусов.

В работе были поставлены следующие задачи:

В работе были поставлены следующие задачи:

1. Разработать экспериментальную биплазмидную систему in vivo в клетках Escherichia coli для изучения специфичной активности интегразы ретротранспозона-ретровируса gypsy в отношении ДКП gypsy с целью регистрации точных эксцизий ретротранспозона, а также получить рекомбинатную интегразу gypsy и исследовать ее сайт-специфичную активность in vitro как в отношении gypsy, так и в отношении других ДКП-ретротранспозонов группы gypsy.

2. Определить природу мутации в локусе flamenco, контролирующем транспозиции gypsy, в линиях SS и MS D. melanogasler, провести сравнительный анализ транскрипции локуса flamenco в тканях линий D. melanogasler, различающихся фенотипом flamenco, установить область начала транскрипции молекулы-предшественника piPHK в тюку се, flamenco, а также изучить транспозиционную других ДКП-ретротранспозонов группы gypsy в линиях SS и MS.

3. С использованием методов биоинформатики исследовать филогенетические взаимоотношения ретровирусов и ретротранспозонов в геноме D. melanogasler, а также

в геномах разных видов дрозофилы и членистоногих, и разработать новую классификацию семейств ДКП-ретротранспозонов, основанную на сравнительном анализе высококонсервативных последовательностей (интегразы и обратной транскриптазы), слабоконсервативных последовательностей ретроэлементов (капсида), а также на специфичности интеграции, обусловленной структурой интеграз, сайтов-мишеней интеграции и концевых последовательностей ДКП, узнаваемых интегразой.

4. Провести структурно-функциональный анализ доместицированного гена gag ДКП-ретротранспозонов группы gypsy - гена Grp (обнаруженного нами в ходе работы) -с использованием методов биоинформатики: определить возраст гена, наличие действия отбора на отдельные сайты, предсказать наличие консервативных доменов; выявить топологию белка молекулярными методами и исследовать возрасто- и тканеспецифическую экспрессию Grp на уровне транскрипции и трансляции в линиях

D. melanogaster, отличающихся наличием активного ретровируса gypsy, а также установить участие гена в иммунном ответе на инфекцию.

Научная новизна

В работе исследованы вопросы, связанные с проблемами эволюции генома эукариот и его мобильного компонента.

Впервые создана экспериментальная биплазмидная система in vivo на клетках

E.coli, позволяющая регистрировать точные вырезания эррантивируса gypsy. Она позволила показать, что интеграза gypsy функциональна в клетках E.coli и способна не только осуществлять транспозицию этого элемента, встраивая в хромосомы дрозофилы ДНК-копии ретротранспозона gypsy, но и вырезать их по точному механизму (с полным восстановлением исходной нуклеотидной последовательности сайта-мишени). Полученные данные указывают на существование альтернативных способов перемещения не только ДКП-ретротранспозонов, но и, возможно, у ретровирусов позвоночных. Впервые получена рекомбинантная интеграза эррантивируса gypsy, подобраны и оптимизированы условия для ее функционирования. Впервые получены данные об активности N-концевого, центрального (каталитического) и С-концевого доменов интегразы, которые свидетельствуют о ведущей роли каталитического домена интегразы gypsy в осуществлении эндонуклеазной реакции (в отличие от ретровирусов позвоночных). Впервые установлено, что рекомбинантная интеграза gypsy in vitro

способна узнавать ДКП других ретротранспозонов группы gypsy. Впервые показано, что в линии D. melanogaster SS, мутантной по локусу flamenco, мутантный фенотип обусловлен нарушением процессинга первичного транскрипта предшественника piPHK в тканях яичников. Впервые установлено, что на транскрипционную и транспозиционную активность некоторых эрранти вирусов могут влиять цис-регуляторные факторы - повторяющиеся элементы, локализованные в 5'-нетранслируемой области.

На модельном объекте, D. melanogaster, в геноме которого насчитывается 36 семейств ДКП-ретротранспозонов, 27 из которых относят к группе gypsy, проведен анализ филогении этих МГЭ. Впервые показано, что группа gypsy биологически неоднородна и делится на три подгруппы на основании анализа последовательностей МГЭ. Впервые показано, что эрранти вирусы, в отличие от ретровирусов позвоночных, проявляют специфичность в отношении выбора ДНК-мишени, согласно которой эррантивирусы можно разделить на три группы: gypsy, ZAM и Idefix. Впервые обнаружено, что специфичность встраивания этих ретроэлементов коррелирует со структурными особенностями ДНК мишени: способностью к изгибанию ДНК, способностью В-формы ДНК переходить в A-форму и деформируемостью при взаимодействии с интегразой, а также с определенным строением концевых последовательностей ДКП, не характерным для ретровирусов позвоночных. Обнаружено, что у неспецифично интегрирующих ДКП-ретротранспозонов концевые последовательности ДКП идентичны таковым у ретровирусов позвоночных, и в силу низкой энергии стэкинг-взаимодействия являются наиболее деформируемыми звеньями в структуре ДНК, способными к образованию локального изгиба двойной спирали, способствующему интеграции. Также обнаружены определенные особенности в первичной структуре интеграз, способствующие взаимодействию интегразы «неспецифичных» ДКП-ретротранспозонов с ДНК.

Впервые обнаружен доместицированный ген gag эррантивирусов - Grp. Показано, что гомологи гена присутствуют во всех секвенированных геномах Drosophila (но не других насекомых). Показано, что его последовательность находится под действием стабилизирующего отбора. Впервые выявлено, что экспрессия гена Grp тканеспецифична - характерна для соматических тканей. Обнаружено, что экспрессия гена Grp индуцируется в ответ на присутствие ретровируса gypsy и

грамположительными бактериями Bacillus cereus. Эксперименты по активации иммунитета грамотрицательными и грамположительными бактериями впервые показали, что повышение уровня экспрессии Grp сопряжено с активацией пути JakSTAT, который является основным сигнальным путем в противовирусном иммунитете D. melanogaster.

Теоретическая и практическая значимость работы

Полученные в работе данные позволяют по-новому взглянуть на эволюцию генома эукариот в свете коэволюции с его мобильным компонентом и могут быть использованы в дальнейшем для исследования вопросов эволюции систем генетического контроля мобильных элементов, интеграции и генообразования, связанного с молекулярной доместикацией генов ретроэлементов у эукариот. Полученные по филогении эррантивирусов данные направлены в Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) для уточнения классификации ретроэлементов. Полученные по эволюции и механизмам генетического контроля транспозиции эррантивирусов данные можно рекомендовать к использованию в учебном процессе, например в спецкурсах «Генетическая рекомбинация» и «Генетика вирусов» (в разделе «Спецглавы генетики»), читаемых на кафедре генетики биологического факультета МГУ.

Положения, выносимые на защиту

1. Интеграза ДКП-ретротранспозона gypsy функционирует в клетках E.coli и осуществляет эксцизии длинного концевого повтора gypsy с полным восстановлением последовательности сайта-мишени.

2. Интеграза ДКП-ретротранспозона gypsy специфична in vitro в отношении конструкций, содержащих длинные концевые повторы gypsy и других ДКП-ретротранспозонов группы gypsy. Ключевым доменом интегразы является центральный.

3. В лабораторной линии SS 1).melanogaster мутация в локусе flamenco является следствием нарушения процессинга первичного транскрипта-предшественника piPHK.

4. Группа gypsy ДКП-ретротранспозонов D.melanogasíer биологически неоднородна и разделяется на подгруппы согласно сравнительному анализу последовательностей и специфичности их интеграции.

5. Эррантивирусы и их производные проявляют специфичность в отношении выбора нуклеотидной последовательности ДНК-мишени и в отношении гетеро- и эухроматина.

6. В процессе эволюции у дрозофил появился новый ген, доместицированный от гена gag эррантивирусов. Функция доместицированного гена высококонсервативна у дрозофилы и связана с участием в иммунном ответе.

Личный вклад автора.

Основной творческий вклад в исследование принадлежит автору. Вся биоинформатическая часть работы выполнена автором лично. В выполнении экспериментальной части под руководством автора принимали участие студенты и аспиранты кафедры генетики биологического факультета МГУ. Результаты по анализу экспрессии локуса flamenco и гена Grp получены совместно с аспирантами А. Р. Лавреновым и И.В. Кузьминым соответственно. Подготовка и написание научных статей, тезисов и докладов для научных конференций на основе результатов данного исследования выполнялись автором лично.

Апробация работы

Результаты, полученные в работе, были представлены на Международных научных конференциях «Молекулярная генетика, геномика и биотехнология», Минск, 2004 г.; «Современные проблемы генетики», Минск, 2005 г.; «Генетика в России и мире», Москва, 2006 г.; "Current Evolutionary thinking in Biology, Medicine and Sociology", Новосибирск, 2007 г.; «Математические чтения РГСУ», 2007, 2008; 2009 гг.; "Evolutionary Biology Meeting", Марсель, 2007, 2013 гг.; «Вычислительная филогенетика и геносистематика», Москва, 2007 г.; «IV Съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов», Новосибирск, 2008 г.; "XX international Congress of Genetics", Берлин, 2008 г.; «Дрозофила в экспериментальной генетике и биологии», Харьков, 2008 г.; «Современные проблемы математики, механики и их приложений», Москва, 2009 г.;

на V и VI Съездах Вавиловского общества генетиков и селекционеров, Москва, 2009 г., Ростов-на-Дону, 2014 г.; "International Moscow Conference on computational molecular biology", Москва, 2011, 2013 гг. и других научных конференциях и школах.

Публикации

По материалам диссертации опубликовано 56 печатных работ, из них статей в рецензируемых журналах из перечня ВАК - 22, тезисов докладов и материалов конференций - 33.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

КЛАССИФИКАЦИЯ МОБИЛЬНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЭЛЕМЕНТОВ

ЭУКАРИОТ

Мобильные генетические элементы (МГЭ) обнаружены в геномах в генах практически всех живых организмов и занимают значительную часть генома эукариот: от 5% у низших эукариот (Saccharomyces cerevisiae) до 85% у высших растений (Zea mays) [Schnäble et al, 2009]

МГЭ принято делить на 2 класса (рис. 1, табл. 1). Такое деление основано на способах перемещения МГЭ.

дкп

РН<-лолиы«рэм II ДКП

т w'

икп

!

Обратная транскрипция

ИКП

Вырезание

Тр»нспо»аа»

О^р н гранс*ришаза

Ишегра»

Транспорт в ядро

Интеграция

Встраивание в новый сайт

Новый сайт

Старый сайт

Новый сайт

Старый сайт

Рис. 1. Механизмы транспозиции мобильных элементов классов I (слева) и II (справа). ДКП - длинные концевые повторы, ИКП - инвертированные концевые повторы.

МГЭ класса I (ретротранспозоны) для перемещения используют РНК-интермедиат, который путем обратной транскрипции, осуществляемой обратной транскриптазой, переводится в кДНК-копию, которая затем интегрирует в геном посредством интегразы. Оба фермента закодированы в составе МГЭ.

Согласно современной классификации, основанной на биоинформатическом анализе последовательностей МГЭ, ретротранспозоны объединяют с ретровирусами под термином «ретроэлементы», поскольку ретровирусы так же, как и ретротраспозоны, используют в жизненном цикле механизм обратной транскрипции, и, в то же время, имеют значительное структурное сходство с одним из подклассов ретротранспозонов — ДКП-ретротранспозонами - и, по-видимому, имеют с ними общее происхождение. Таким образом, класс I объединяет ретроэлементы. МГЭ класса II (ДНК-транспозоны) используют для перемещения механизм вырезания-встраивания, обеспечиваемый транспозазой, закодированной в составе МГЭ. Оба класса делятся на подклассы, а подклассы на суперсемейства и затем на семейства (табл. 1).

Следует отметить, что ныне существующая классификация, представленная в табл. 1, еще неокончательная и, безусловно, будет меняться по мере секвенирования новых геномов и обнаружения новых МГЭ. Также не «устоялись» и требуют уточнения понятия «класс», «семейство», «группа». Так, одни исследователи в «семейство» объединяют несколько различных типов элементов, другие считают «семейством» размножившиеся копии одного и того же элемента, которые могут достаточно сильно варьировать по нуклеотидному составу в связи с высокой степенью мутационной изменчивости.

Соотношение МГЭ разных классов не одинаково в различных геномах эукариот (рис. 2). В некоторых геномах преобладают МГЭ класса I: так, геномах дрожжей присутствуют исключительно МГЭ класса I, в геномах млекопитающих их более 90%. В других геномах могут преобладать МГЭ класса II: в геноме риса и нематоды они составляют до 85% от всего мобильного компонента.

В геномах насекомых могут преобладать как МГЭ класса I (до 80% у дрозофилы Drosophila melanogaster), так и МГЭ класса II (до 70% у комара Aedes aegypti). Таким образом, связать преобладание в геноме определенного типа МГЭ со сложностью организации организма пока не представляется возможным.

Табл. 1 Характеристика различных типов мобильных генетических элементов и

ретровирусов.

Подкласс Суперсемейство или группа Строение ДНК-копий Длина, п.н. Дупликация сайта-мишени, п.н.

ДНК-транспоюны

С длинными концевыми повторами (больше 100 п.н.) FB-элементы 100-8000 9

Полинтоны (Polintons) POLB-PR-IN 10-20 тыс. 6

С короткими концевыми повторами (до 40 п.н.) Ac/hobo, Tcl/mariner, Р . TP-(ORFs) 2-8 тыс. 2-12

Без концевых повторов Хелитроны (Helitrons) TP-RCR-Rep-HE 26 тыс. 0

Ретроэлементы

не-ДКП-ретро-транспозоны LINE (еае?1 EN-RT-RH д д д 6-8 тыс. 4-18

SINE AAA 100-300

ТР-ретро-транспозоны DIRS gag-pol-YR 5 тыс. 0

Ngaro/VIPEIi . gag-pol-YR . 7 тыс. 0

Репе1оре-ретро-транспозоны Penelope 4 тыс. 10

дкп- ретроэлементы TyJ/copia (Pseudoviridae) gag-pol-(env) 4-12 тыс. 4-6

Tyi gypsy (Metaviridaej gag-pol-(env) cz>-о

Pao-BEL (Semotivimses) gig-pol-(env) CD-CD

Ретровирусы gag-pol-aiv CD-CD 10 тыс. 4-6

I > - длинные концевые повторы, и^ инвертированные концевые повторы. ORF - открытая рамка считывания, AAA - поли(А)-участок, TP - транспозаза, EN - эндонуклеаза, POLB - POLB-ДНК-полимераза, IN - интеграза, НЕ - хеликаза, YR - тирозин-рекомбиназа, gag - group-specific antigen, pol - polymerase, env - envelope.

Интересная ситуация с соотношением МГЭ разных классов обнаружена у простейших рода ЕшатоеЪа в геноме амебы Е.Ыню1уИса, вызывающей дизентерию у человека, присутствуют почти исключительно ретротранспозоны, а в геноме Е. тчаЛеп.v, вызывающей аналогичное заболевание у рептилий, - почти исключительно ДНК-транспозоны. Можно было бы предположить, что содержание МГЭ определенного типа отражает взаимоотношения паразит-хозяин на генетическом уровне - горизонтальный перенос МГЭ. Однако в случае рептилий пока не накоплено достаточно данных (по причине отсутствия сиквенсов геномов хозяев Е. /тас1ет), чтобы однозначно ответить на этот вопрос [РезсЬоИе, РпЛат, 2008]

_ Ц Ретроэлементы Щ ДНК-транспозоны

&

ф

Виды

Рис. 2. Относительное соотношение ретроэлементов и ДНК-транспозонов в разных геномах эукариот (по Feschotte, Pritham, 2008]. Sc: Saccharomyces cercvisiae; Sp: Schizosaccharomyces pombe; Hs: Homo sapiens; Mm; Mus musculus, Os: Oryza saliva, Ce: Caenorhabditis elegans; Dm: Drosophila melanogaster; Ag: Anopheles gambiae; Aa: Aedes aegypti; Eh: Entamoeba histolytica; Ei: Entamoeba invadens; Tv: Trichomonas vaginalis.

Ретроэлементы делят на четыре подкласса: ретротранспозоны с длинными концевыми повторами (ДКИ-регроэлементы) (сюда же относят ретровирусы), ретротранспозоны без ДКГ1 (не-ДКП-ретротранспозоны), ретротранспозоны, кодирующие тирозинрекомбиназу (ТР-ретротранспозоны) и ретротранспозоны, подобные элементу Penelope [Eickbush, Jamburuthugoda, 2008].

АВТОНОМНЫЕ ДКП-РЕТРОЭЛЕМЕНТЫ

Поскольку ДКП-ретроэлементы — предмет нашего исследования, мы более подробно остановимся на классификации этого подкласса.

ДКП-ретроэлементы классифицируют по наличию длинных прямых концевых повторов, фланкирующих внутреннюю часть МГЭ (рис. 3) Эти повторы обычно идентичны друг другу (в связи с особенностями обратной транскрипции ДКП-ретроэлементов) и, как правило, начинаются нуклеотидами 5'-TG и заканчиваются нуклеотидами СА-3', которые, по-видимому, участвуют в связывании с интегразой [Eickbush, Jamburuthugoda, 2008]. Процент сходства между 5'- и З'-концевым ДКП отражает эволюционную историю МГЭ и используется для оценки возраста МГЭ [Bowen, McDonald, 2001]. ДКП варьируют по размеру от 100 до 2000 п.н. и фланкированы короткими инвертированными повторами. Канонический ДКП имеет три района: Ш-регион размером 200-1200 п.н., который содержит промоторы, повторяющийся R-регион и 115-регион размером 75-250 п.н., который представляет собой начало ретротранскрибируемой последовательности МГЭ (рис. 3). ДКП играют ключевую роль в жизненном цикле МГЭ: они не кодируют белки, но содержат промоторы и регуляторные элементы, влияющие на транскрипцию МГЭ [Kumar, Bennetzen, 1999]. Непосредственно за 5'-концевым ДКП расположен сайт связывания рибосомы (PBS) размером 18 п.н., он комплементарен клеточной тРНК, используемой в качестве праймера для обратной транскрипции. Перед З'-концевым ДКП расположен полипуриновый тракт (PPT) (~10 A/G н.). Он вовлечен в синтез +-цепи ДНК.

IG CA _____TG CA

PBS Открытые рамки считывания PPT ;

Рис. 3. Организация регуляторных областей ДКП-ретроэлемента. U3/R/U5 - районы длинного концевого повтора, PBS - сайт связывания рибосомы, РРТ - полипуриновый тракт.

ДКП-ретротранспозоны делят на автономные и неавтономные Неавтономные МГЭ не способны перемещаться самостоятельно и используют ферменты родственных МГЭ.

Автономные ДКП-ретротранспозоны могут содержать одну, две или три кодирующие рамки считывания (ОРС). Ретротранспозоны с одной gag-pol рамкой или

двумя отдельными рамками gag и pol кодируют соответственно белок Gag, образующий капсид, и белки протеазу, обратную транскриптазу, РНКазу H и интегразу в составе рамки pol, ответственные за образование кДНК-копии элемента и его интеграцию в геном. Третья рамка считывания присутствует не у всех ДКП-ретротранспозонов. Она кодирует белок Env, ответственный за инфекционность. Наличие гена env характерно только для ретровирусов и некоторых ДКП-ретротранспозонов, обладающих инфекционными свойствами.

На основании анализа сходства последовательностей обратной транскриптазы и интегразы как самых консервативных ферментов ретроэлементов ДКП-ретротранспозоны делят на четыре суперсемейства, или группы: Tyl/Copia, ТуЗ'Gypsy, fíEL/Pao и Retroviridae.

Мобильные элементы группы Tyl/Copia

Элементы группы Tyl/Copia широко представлены в геномах растений (начиная от одноклеточных водорослей и заканчивая высшими растениями) и животных. Название семейства пошло от названий гомологичных элементов Ту1 и copia, обнаруженных в геномах дрожжей и дрозофилы соответственно. Кодирующая часть МГЭ представлена, как правило, единой ОРС gag-pol, но может иметь отдельные рамки gag и pol. Единственный представитель группы, обладающий рамкой env, обнаружен у растений, в бобах Glicine max, и называется SIRE (рис. 4). Последовательность закодированных белков в рамке pol следующая: протеаза, интеграза, обратная транскриптаза и РНКаза Н, что является главной отличительной чертой группы. Представители остальных групп имеют другую последовательность белков, закодированных в рамке pol: протеаза, обратная транскриптаза, РНКаза H и интеграза.

Классификация этой группы — процесс непрерывный, она дополняется по мере секвенирования геномов. Согласно международной классификации вирусов (ICTV) группа Tyl/Copia определена таксономически как Pseudoviridae и делится на три рода: псевдовирусы (7 )7-элемент, или SceTylV, S.cerevisiae), хемивирусы (copia-элемент, или DmeCV, D. me lañogas te г) и сиревирусы (SIRE-1, или GmaSIRE- IV, G.max) (табл. 2) [Boeke et al., 2006). Эти роды выделены на основании сравнительного анализа последовательностей их обратных транскриптаз. Кроме того, псевдовирусы и

гемивирусы различаются типом праймера для обратной транскрипции [Havecker et al., 2004). Последние исследования показывают, что классификацию этого суперсемейства необходимо пересматривать [Llorenset al., 2009]. Так, показано, что некоторые МГЭ группы Ту 1 Copia (например, CoDi-A) кодируют интегразы, содержащие хромодомен, характерный для интеграз представителей суперсемейства ТуЗ Gypsy.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Нефедова, Лидия Николаевна, 2015 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1.Агапкина Ю.Ю., Приказчикова Т.А., Смолов М.А., Готтих М.Б. Структура и функции интегразы HIV-1 //Успехи биологической химии. 2005. 45:87-122.

2.Глухов И.А., Карпова H.H., Котнова А.П., Любомирская Н.В., Ильин Ю.В. 2004. Структурные особенности третьей открытой рамки считывания ретротранспозона gtwin в различных линиях Drosophila melanogaster // ДАН. 399(2):257-259.

3.Ким А.И., Беляева Е.С. Транспозиции МДГ4 на фоне неизменной локализации других мобильных элементов в мутаторной линии Drosophila melanogaster, характеризующейся генетической нестабильностью // ДАН СССР. 1986. 289(5):1248-1252.

4. Ким А.И., Беляева Е.С., Ларкина З.Г., Асланян М.М. Генетическая нестабильность

и транспозиции мобильного элемента МДГ4 в мутаторной линии Drosophila melanogaster II Генетика. 1989. 25(10): 1747-1756.

5.Кузьмин И.В., Шнырева A.A., Нефедова Л.Н., Ким А.И. Анализ экпспрессии гена Grp, геномного гомолога гена gag ретротранспозона gypsy Drosophila melanogaster, на уровне трансляции // Генетика 2011. 47(9):1275-1278.

6.Лавренов А.Р., Нефедова Л.Н., Романова Н.И., Ким А.И.. Экспрессия генов семейства hpl и их возможная роль в формировании фенотипа flamenco у D, melanogaster II Биохимия. 2014. 79(11):1554 - 1560.

7.Маннанова М.М., Нефедова Л.Н., Ким А.И. Исследование активности интегразы ретротранспозона gypsy Drosophila melanogaster in vitro II Вавиловский журнал генетики и селекции. 2011. 15(2):261-270.

8.Медведев H.H. Практическая генетика//М. Наука. 1968. С. 294.

9.Нефедова Л.Н., Дыйканов Д.Т., Мартиросян И.А., Ким А.И. Ретротранспозоны Jdefix и ZAM способны к транспозиции в линии MS Drosophila melanogaster, мутантной по гену flamenco // Вестник Московского университета. Серия 16: Биология. 2010. 2:3-8.

Ю.Нефедова Л.Н., Ким А. И. Молекулярная эволюция мобильных элементов группы gypsy: гомолог гена gag у Drosophila II Генетика. 2009. 45(1):30-37.

11. Нефедова Л.Н., Ким А.И. Геномика вирусов: новый подход и старая модель // Природа. 2009. 8:22-25.

12. Нефедова Л.Н., Ким А.И. Мобильный элемент HB в геноме Drosophila melanogasíer. структурный и функциональный анализ//Генетика. 2007. 43(5):620-632.

13. Нефедова JI.H., Ким А.И. Молекулярная филогения и систематика ретротранспозонов и ретровирусов дрозофилы // Молекулярная биология. 2009. 43(5):807-815.

И.Нефедова Л.Н., Ким А.И. Эволюция от ретротранспозонов к ретровирусам: источник и происхождение гена env II Журнал общей биологии. 2007. 68(6):459-467.

15. Нефедова JI.H., Ким А.И. Эволюция эррантивирусов Drosophila melanogasíer. Стратегия 2: от ретровирусов к ретротранспозонам // Генетика. 2007. 43(10): 13881395.

16. Нефедова JI.H., Кузьмин И.В., Бурмистрова Д.А., Резазадех С., Ким А.И. Анализ транскрипции гена Grp, геномного гомолога гена gag ретротранспозона gypsy, у Drosophila melanogasíer //Генетика 2011. 47(8):1032-1037.

17. Нефедова JI.H., Любомирская Н.В., Ильин Ю.В., Ким А.И. Точные эксцизии длинных концевых повторов ретротранспозона МДГ4 (gypsy) Drosophila melanogasíer, регистрируемые в клетках Escherichia coli, обусловлены его интегразной функцией //Генетика. 2006. 42(12): 1654-1661.

18. Нефедова Л.Н., Маннанова М.М., Гусев Н.Б., Ким А.И. Структурно-функциональный анализ интегразы ретротранспозона gypsy Drosophila melanogasíer 17 Вавиловский журнал генетики и селекции. 2011. 15(2):277-282.

19. Нефедова Л.Н., Потапова М.В., Романова Н.И., Ким А.И. Анализ структуры и экспрессии гена D1P1 в линиях Drosophila melanogasíer, мутантных по гену flamenco И Генетика. 2009. 45(2):203-208.

20. Нефедова Л.Н., Романова Н.И., Ким А.И. Мутации в гене flamenco Drosophila melanogasíer коррелируют с изменениями структуры гена D1P1 И Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2006. 4:53-58.

21. Нефедова Л.Н., Романова Н.И., Ким А.И. Особенности структурной организации гена DI Fl в линиях Drosophila melanogasíer, мутантных по гену flamenco П Генетика 2007. 43(1):71-78.

22. Нефедова Л.Н., Урусов Ф.А., Романова Н.И., Ким А.И. Исследование транскрипционной и транспозиционной активности ретротранспозона Tiraní в линиях Drosophila melanogaster SS, мутантных по гену flamenco // Генетика 2012. 48(11):1271-1279.

23. Потапова М.В., Нефедова Л.Н., Ким А.И. Анализ структуры и экспрессии кластера генов D.melanogasíer DIP1, CG32500, CG32819 и CG14476, входящих в область гена flamenco //Генетика. 2009. 45(10): 1324-1331.

24. Урусов Ф.А., Нефедова Л.Н., Ким А.И. Анализ ткане- и стадиеспецифичности транскрипции ретротранспозонов группы gypsy у Drosophila melanogaster // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2011. 15(2):283-288.

25. Урусов Ф.А., Нефедова Л.Н., Лавренов А.Р., Романова Н.И., Ким А.И. Генетический и молекулярный анализ комплементации локусов flamenco и piwi у Drosophila //Вавиловский журнал генетики и селекции. 2013. 17(3):381-389.

26. Хесин Р.Б. Непостоянство генома. Наука. М.. 1984. 472 С.

27.Agapkina J., Smolov М., Zubin Е., Mouscadet J.F., Gottikh M. HIV-1 integrase can process a З'-end crosslinked substrate // Eur J Biochem. 2004. 271(1):205-211.

28. Aldaz H., Schuster E., Baker T.A. The interwoven architecture of the Mu transposase couples DNA synapsis to catalysis // Cell. 1996. 85(2):257-269.

29. Aravind L. The BED finger, a novel DNA-binding domain in chromatin boundary element-binding proteins and transposases // Trends Biochem. Sci. 2000. 25:421-423.

30. Arkhipova I.R. Distribution and phylogeny of Penelope-like elements in eukaryotes // Syst Biol. 2006. 55(6):875-885.

31. Arkhipova l.R.., Ilyin Y.V. Properties of promoter regions of mdgl Drosophila retrotransposon indicate that it belongs to a specific class of promoters // EMBO J. 1991. 10(5):1169-1177.

32. Audibert A., Simonelig M. The suppressor of forked gene of Drosophila , which encodes a homologue of human CstF-77K involved in mRNA З'-end processing, is required for progression through mitosis // Mech. Dev. 1999. 82(l-2):41-50.

33.Baldrich E., Dimitri P., Desset S., Leblanc P., Codipietro D., Vaury C. Genomic distribution of the retrovirus-like element 7AM in Drosophila //Genetica. 1997. 100(1-3):131-140.

34. Bao W., Kapitonov V.V., Jurka J. Ginger DNA transposons in eukaryotes and their evolutionary relationships with long terminal repeat retrotransposons // Mob. DNA. 2010. 1(1):3.

35. Baruch O., Kashkush K. Analysis of copy-number variation, insertional polymorphism, and methylation status of the tiniest class I (TRIM) and class II (MITE) transposable element families in various rice strains // Plant Cell Rep. 2012. 31(5):885-893.

36. Bates A. D, Maxwell A. DNA Topology. Oxford University press. 2005.

37. Becker J., Becker J.L., Best-Belpomme M. Characterization and purification of DNA-RNA complexes related with 1731 and copia-like transposable elements in a Drosophila cell line // Cell Mol. Biol. 1990. 36(4):449-460.

38. Becker J., Micard D., Becker J.L., Fourcade-Peronnet F., Dastugue B., Best-Belpomme M. Ecdysterone decreases the transcription level of the retrotransposons 1731 and 412 in a Drosophila cell line//Cell Mol. Biol. 1991. 37(l):41-49.

39. Berry B., Deddouche S., Kirschner D., Imler J.L., Antoniewski C. Viral suppressors of RNA silencing hinder exogenous and endogenous small RNA pathways in Drosophila //PLoS One. 2009. 4(6):e5866.

40. Berry C., S. Hannenhalli, J. Leipzig, F.D. Bushman, Selection of target sites for mobile DNA integration in the human genome.// PLoS Comput. Biol. 2006. 2(1 l):el57.

41.Birchler J.A., Hiebert J.C., Rabinow L. Interaction of the mottle of white with transposable element alleles at the white locus in Drosophila melanogaster // Genes & Dev. 1989. 3:73-84.

42. Boeke J.D., Chapman K.B. Retrotransposition mechanisms // Curr. Opin. Cell Biol. 1991. 3(3):502-507.

43. Boeke J.D., Eickbush T.H., Sandmeyer S.B., Voytas D.F. 2006. Index of Viruses -Metaviridae. In: ICTVdB - The Universal Virus Database, version 4. Buchen-Osmond C. (Ed.), Columbia University, N.Y., USA. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/lCTVdb/ Ictv/fs_index. htm)

44.Bojja R.S., Andrake M.D., Weigand S., Merkel G., Yarychkivska O., Henderson A., Kummerling M., Skalka A.M. Architecture of a full-length retroviral integrase monomer and dimer, revealed by small angle X-ray scattering and chemical cross-linking//;. Biol Chem. 2011. 286(19): 17047-17059.

45 Bowen N J , McDonald J F Drosophila euchromatic LTR retrotransposons are much younger than the host species in which they reside // Genome Res 2001 11(9) 15271540

46 Braiterman L T, Boeke J D In vitro integration of retrotransposon lyl a direct physical assay//Mol Cell Biol 1994 14(9) 5719-5730

47 Brandt J, Veith A M, Volff J N A family of neofunctionahzed ly3 gypsy retrotransposon genes in mammalian genomes I I Cytogenet Genome Res 2005 110(1-4) 307-317

48 Bregliano J C, Picadr G, Bucheton A, Pelisson A , Lavige J M, and L Heritier P Hybrid dysgenesis in Drosophila melanogasler II Science 1980 207(4413) 606-611

49 Brennecke J , Aravin A A , Stark A , Dus M , Kelhs M , Sachidanandam R , Hannon G J Discrete small RNA-generating loci as master regulators of transposon activity in Drosophila //Cell 2007 128(6) 1089-1103

50 Brower-Toland B, Findley S , Jiang L, Liu L, Yin H Drosophila PIWI associates with chromatin and interacts directly with HP la // Genes Development 2007 21 23002311

51 Brown HE, H Chen, A Engelman, Structure-based mutagenesis of the human immunodeficiency virus type 1 DNA attachment site effects on integration and cDNA synthesis//J Virol 1999 73(11) 9011-9020

52 Brukner I, Sanchez R , Suck D , Pongor S , Sequence-dependent bending propensity of DNA as revealed by DNase 1 parameters for trinucleotides // EMBO J 1995 14(8)1812-1818

53 Bucheton A I transposable elements and I-R hybrid dysgenesis in Drosophila 11 Trends Genet 1990 6(1) 16-21

54 Buchon N , Brodenck N A, Poidevin M, Pradervand S, Lemaitre B Drosophila intestinal response to bacterial infection activation of host defense and stem cell proliferation // Cell Host Microbe 2009 5(2) 200 - 211

55 Bugreev D V , Baranova S , Zakharova O D , Panssi V , Desjobert C , Sottofattori E , Balbi A , Litvak S , Tarrago-Litvak L , Nevinsky G A Dynamic, thermodynamic, and kinetic basis for recognition and transformation of DNA by human immunodeficiency virus type 1 integrase // PNAS USA 2000 97(15) 8233-8238

56 Bujacz G , Alexandratos J , Wlodawer A , Merkel G, Andrake M , Katz R A , Skalka A M Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity//J Biol Chem 1997 272(29) 1816118168

57 Bujacz G , Jaskolski M , Alexandratos J , Wlodawer A , Merkel G , Katz R A , Skalka A M High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase //J Mol Biol 1995 253(2) 333-346

58 Bushman F D, Craigie R Sequence requirements for integration of Moloney murine leukemia virus DNA in vitro IIJ Virol 1990 64(11) 5645-5648

59 Bushman F D, Engelman A , Palmer I, Wingfield P , Craigie R Domains of the integrase protein of human immunodeficiency virus type 1 responsible for polynucleotidyl transfer and zinc binding // Biochemistry PNAS USA 1993 90 34283432

60 Bushman F D, Fujiwara T, Craigie R Retroviral DNA integration directed by HIV integration protein in vitro II Science 1990 249(4976) 1555-1558

61 Campillos M, Doerks T, Shah P K, Bork P Computational characterization of multiple Gag-like human proteins // Trends Genet 2006 22(11) 585 - 589

62 Capelson M, Corces V G SUMO conjugation attenuates the activity of the gypsy chromatin insulator//EMBO J 2006 25(9) 1906-1914

63 Capelson M , Corces V G The ubiquitin ligase dTopors directs the nuclear organization of a chromatin insulator//Mol Cell 2005 20(1) 105-116

64 Capy P Classification and nomenclature of retrotransposable elements // Cytogenet Genome Res 2005 110(1-4) 457-461

65 Castel S E, Martienssen R A RNA interference in the nucleus roles for small RNAs in transcription, epigenetics and beyond//Nat Rev Genet 2013 14(2) 100-112

66 Cavarec L, Heidmann T The Drosophila copia retrotransposon contains binding sites for transcriptional regulation by homeoproteins // Nucleic Acids Res 1993 21(22) 5041-5049

67 Charroux B, Royet J Drosophila immune response From systemic antimicrobial peptide production in fat body cells to local defense in the intestinal tract // Fly (Austin) 2010 4(1) 40-47

68 Chen J C , Krucinski J , Miercke L J , Finer-Moore J S , Tang A H , Leavitt A D , Stroud RM Crystal structure of the H1V-1 integrase catalytic core and C-terminal domains a model for viral DNA binding // PNAS USA 2000 97(15) 8233-8238

69 Cherepanov P, Engelman A LEDGF/p75 functions downstream from preintegration complex formation to effect gene-specific HIV-1 integration // Genes Dev 2007 21(14) 1767-1778

70 Cherepanov P , Maertens G , Proost P , Devreese B , Van Beeumen J , Engelborghs Y, De Clercq E, Debyser Z HIV-1 integrase forms stable tetramers and associates with LEDGF/p75 protein in human cells//J Biol Chem 2003 278(1) 372-381

71 Chow S A , Vincent K A, Ellison V , Brown P O Reversal of integration and DNA splicing mediated by integrase of human immunodeficiency virus // Science 1992 255(5045) 723-726

72 Ciuffi A, M Llano, E Poeschla, C Hoffmann, J Leipzig, P Shinn, J R Ecker, F Bushman, A role for LEDGF/p75 in targeting HIV DNA integration // Nat Med 2005 11(12) 1287-1289

73 Clark M B , Janicke M , Gottesbuhren U, Kleffmann T , Legge M , Poole E S , Tate WP Mammalian gene PEG10 expresses two reading frames by high efficiency -1 frameshifting in embryonic-associated tissues // J Biol Chem 2007 282(52) 37359 -37369

74 Coffin J M , Hughes S H , Varmus H E Retroviruses // Cold Spring Harbor Laboratory Press (NY) 1999 843 P

75 Copeland C S, Mann V H , Morales M E , Kalinna B H, Bnndley P J The Sinbad retrotransposon from the genome of the human blood fluke, Schistosoma mansom, and the distribution of related Pao-like elements // 2005 BMC Evol Biol 5(1) 20

76 Crothers D M, DNA curvature and deformation in protein-DNA complexes a step in the right direction // PNAS USA 1998 95(26), 15163-15165

77 Delelis O , Carayon K, Saib A , Deprez E , Mouscadet J F Integrase and integration biochemical activities of HIV-1 integrase//Retrovirology 2008 5 114

78 Desset S , Buchon N , Meignin C, Coiffet M , Vaury C Drosophila melanogaster COM locus directs the somatic silencing of two retrotransposons through both piwi-dependent and independent pathways // PLoS One 2008 3(2) el 526

79 Desset S , Conte C , Dimitri P , Calco V , Dastugue B , Vaury C Mobilization of two retroelements, 7. AM and Idefix, in a novel unstable line of Drosophila melanogasler II Mol Biol Evol 1999 16(1) 54-66

80 Desset S , Meignin C , Dastugue B , Vaury C COM, a heterochromatic locus governing the control of independent endogenous retroviruses from Drosophila melanogasler II Genetics 2003 164(2) 501-509

81 Ding S W , Voinnet O Antiviral immunity directed by small RNAs // Cell 2007 130(3)413 -426

82 Dohmen RJ Sumo protein modification // Biochim Biophys acta 2004 1695(1-3) 113-131

83 Donzella G A, Leon O , Roth M J Implication of a central cysteine residue and the HHCC domain of Moloney murine leukemia virus integrase protein in functional multimerization // J Virol 1998 72(2) 1691-1698

84 Dostert C , Jouanguy E , Irving P , Troxler L , Galiana-Arnoux D , Hetru C , Hoffmann J A , Imler J L The Jak-STAT signaling pathway is required but not sufficient for the antiviral response of Drosophila // Nat Immunol 2005 6(9) 946 - 953

85 Drake J W 1993 Rates of spontaneous mutation among RNA viruses // PNAS 90 4171-4175

86 Drelich M , Wilhelm R, Mous J Identification of amino acid residues critical for endonuclease and integration activities of HIV-1 IN protein in vitro // Virology 1992 188(2) 459-468

87 Dupressoir A, Marceau G, Vernochet C, Bénit L, Kanellopoulos C, Sapin V, Heidmann T Syncytin-A and syncytin-B, two fusogenic placenta-specific murine envelope genes of retroviral origin conserved in Mundae // HNAS USA 2005 102(3) 725 - 730

88 Dupuis S , Jouanguy E , Al-Hajjar S , Fieschi C , Al-Mohsen IZ , Al-Jumaah S , Yang K , Chapgier A , Eidenschenk C , Eid P Impaired response to interferon-alpha/beta and lethal viral disease in human ST ATI deficiency //Nat Genet 2003 33 388 - 391

89 Ebina H, Chatterjee AG, Judson RL, Levin HL The GP(Y/F) domain of TF1 integrase multimerizes when present in a fragment, and substitutions in this domain reduce enzymatic activity of the full-length protein // J Biol Chem 2008 283(23)15965-15974

90 Eickbush T H, Jamburuthugoda V K The diversity of retrotransposons and the properties of their reverse transcriptases // Virus Res 2008 134(1-2) 221-34

91 Eissenberg J , Hartnett T A heat shock-activated cDNA rescues the recessive lethality of mutations in the heterochromatin-associated protein HP1 of Drosophila melanogaster // Mol Gen Genet 1993 240 333-338

92 Ellison V , Gerton J, Vincent K A, Brown P O An essential interaction between distinct domains of HIV-1 integrase mediates assembly of the active multimer // J Biol Chem 1995 270(7) 3320-3326

93 Engelman A , Bushman F D , Craigie R Identification of discrete functional domains of HIV-1 integrase and their organization within an active multimenc complex // The EMBO Journal 1993 12(8) 3269-3275

94 Engelman A , Cherepanov P The Lentiviral Integrase Binding Protein LEDGF/p75 and HIV-1 Replication // PLoS Pathogens 2008 3(3) 1-9

95 Esposito D, Craigie R Sequence specificity of viral end DNA binding by HIV-1 integrase reveals critical regions for protein-DNA interaction // EMBO J 1998 17(19) 5832-5843

96 Evans L H , Alamgir A S , Owens N , Weber N, Virtaneva K, Barbian K, Babar A , Malik F, Rosenke K Mobilization of endogenous retroviruses in mice after infection with an exogenous retrovirus//J Virol 2009 83(6)2429-2435

97 Evgen'ev M B, Corces V G, Lankenau D H Ulysses transposable element of Drosophila shows high structural similarities to functional domains of retroviruses // J Mol Biol 1992 225(3)917-924

98 Fablet M, McDonald J F, Biermont C, Vieira C Ongoing loss of the tirant transposable element in natural populations of Drosophila simulans II Gene 2006 375 54-62

99 Farnet CM, Bushman FD HIV-1 cDNA integration requirement of HMG I(Y) protein for function of preintegration complexes in vitro II Cell 1997 88(4) 483-492

100 Fauquet C M , Fargette D International Committee on Taxonomy of Viruses and the 3,142 unassigned species // Virol J 2005 2 64

101 Feschotte C , Pntham E J DNA transposons and the evolution of eukaryotic genomes // Annual Reviews in Genetics 2008 41 331-348

102. Feschotte C., Wessler S.R. Treasures in the attic: rolling circle transposons discovered in eukaryotic genomes // PNAS USA. 2001. 98(16):8923-8924.

103. Fourcade-Peronnet F., d'Auriol L., Becker J., Galibert F., Best-Belpomme M. Primary structure and functional organization of Drosophila 1731 retrotransposon // Nucleic Acids Res. 1988. 16(13):6113-6125.

104. Frame I.G., Cutfield J.F., Poulter R.T. 2001 New BEL-like LTR-retrotransposons in Eugu rubripes, Caenorhabditis elegans, and Drosophila melanogasier // Gene. 263(l-2):219-230.

105. Fridell R.A., Pret A.M., Searles L.L. Retrotransposon 412 insertion within an exon of the Drosophila melanogasier vermilion gene is spliced from the precursor RNA //Genes Dev. 1990. 4(4):559-566.

106. Friesen P.D., Nissen M.S. Gene organization and transcription of TED, a lepidopteran retrotransposon integrated within the baculovirus genome // Mol. Cell Biol. 1990. 10(6):3067-3077.

107. Fritz J. Nod-like proteins in immunity, inflammation and disease // Nature Immunology. 2006. 7:1250 - 1257.

108. Ganguly I., Mackay T.F., Anholt R.R. Scribble is essential for olfactory behavior in Drosophila melanogasier // Genetics. 2003. 164(4):1447-1457.

109. Gao K., Butler S.L., Bushman F. Human immunodeficiency virus type 1 integrase: arrangement of protein domains in active cDNA complexes // The EMBO Journal. 2001. 20(13):3565-3576.

110. Gdula D.A., Gerasimova T.I., Corces V.G. Genetic and molecular analysis of the gypsy chromatin insulator of Drosophila II PNAS USA. 1996. 93(18):9378-9383.

111. Gilbert N., Lutz-Prigge S., Moran J.V. Genomic deletions created upon LINE-1 retrotransposition // Cell. 2002. 110(3):315-325.

112. Gillespie D., Berg C. Homeless is required for RNA localization in Drosophila oogenesis and encodes a new member of the DE-H family of RNA-dependent ATPases //Genes Development. 1995. 9:2495-5208.

113. Goldgur Y., Dyda F., Hickman A.B., Jenkins T.M., Craigie R., Davies D.R. Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium//PNAS USA. 1998. 95(16):9150-9154.

114. Goodwin T.J., Poulter R.T. A group of deuterostome Ty3/gypsy-\\V.Q retrotransposons with Tyl/copia-Y\ke pol-domain orders // Mol. Genet. Genomics. 2002. 267(4) :481-491.

115. Goriaux C., Desset S., Renaud Y., Vaury C., Brasset E. Transcriptional properties and splicing of the flamenco piRNA cluster // EMBO reports, 2014. 15(4):411-418.

116. Gorinsek B., Gubensek F., Kordis D. Evolutionary genomics of chromoviruses in eukaryotes //Mol. Biol. Evol. 2004. 21(5):781-798.

117. Greil F., van der Kraan I., Delrow J., Smothers J., de Wit E., Bussemaker H. et al. Distinct HP1 and Su(var)3-9 complexes bind to sets of developmentally coexpressed genes depending on chromosomal location // Genes Development. 2003. 22:2825-2838.

118. Gunawardane L.S., Saito K., Nishida K.M., Miyoshi K., Kawamura Y., Nagami T., Siomi H., Siomi M.C. A slicer-mediated mechanism for repeat-associated siRNA 5' end formation in Drosophila // Science. 2007. 315(5818): 1587 - 1590.

119. Harper A.L., L.M. Skinner, M. Sudol, M. Katzman. An amino acid in the central catalytic domain of three retroviral integrases that affects target site selection in nonviral DNA//J. Virol. 2001. 75(16):7756-7762.

120. Havecker E.R., Gao X., Voytas D.F. The diversity of LTR retrotransposons // Genome Biol. 2004. 5(6):225.

121. Hay R.T. Sumo: a history of modification//Mol. cell. 2005. 18(1): 1-12.

122. Hazuda D.J., Hastings J.C., Wolfe A.L., Emini E.A. A novel assay for the DNA strand-transfer reaction of HIV-1 integrase // Nucleic Acids Res. 1994. 22(6): 11211122.

123. Heuer T.S., Brown P.O. Mapping features of HIV-1 integrase near selected sites on viral and target DNA molecules in an active enzyme-DNA complex by photo-ross-linking//Biochemistry. 1997. 36(35): 10655-10665.

124. Hindmarsh P., Leis J. Retroviral DNA integration // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1999. 63(4):836-843.

125. Ho L.J., Hung L.F., Weng C.Y., Wu W.L., Chou P., Lin Y.L., Chang D M., Tai T.Y., Lai J.H. Dengue virus type 2 antagonizes IFN-alpha but not IFN-gamma antiviral effect via down-regulating Tyk2-STAT signaling in the human dendritic cell //' J. Immunol. 2005. 174:8163 - 8172.

126. Hong T., Murphy E., Groarke J., Drlica K. Human immunodeficiency virus type 1 DNA integration: fine structure target analysis using synthetic oligonucleotides // J. Virol. 1993. 67(2): 1127-1131.

127. Horton N.C., Finzel B.C. The structure of an RNA/DNA hybrid: a substrate of the ribonuclease activity of H1V-1 reverse transcriptase // J. Mol. Biol. 1996. 264(3):521-533.

128. Huszar T., Imler J.-L. Drosophila viruses and the study of antiviral host defense, advances // Virus Research. 2008. 72:227-265.

129. Ilyin Y.V., Tchurikov N. A., Ananiev E. V. Studies on the DNA fragments of mammals and Drosophila containing structural genes adjacent sequences // Cold Harbor Symp. Quant. Biol. 1978. 42:959-969.

130. Ishimaru S., Saigo K. The Drosophila forked gene encodes two major RNAs, which, in gypsy or springer insertion mutants, are partially or completely truncated within the 5'-LTR of the inserted retrotransposon // Mol. Gen. Genet. 1993. 241(5-6):647-656.

131. Ivanov D., Stone J.R., Maki J.L., Collins T., Wagner G. Mammalian SCAN domain dimer is a domain-swapped homolog of the HIV capsid C-terminal domain // Mol Cell. 2005. 17(1):137- 143.

132. Ivanov V.I., Minchenkova L.E. The A-form of DNA: in search of the biological role //Mol. Biol. (Mosk.). 1994. 28(6): 1258-1271

133. James T., Elgin S. Identification of a nonhistone chromosomal protein associated with heterochromatin in Drosophila melanogaster and its gene // Mol. Cell Biol., 1986. 6:3862-3872.

134. Jenkins T.M., D. Esposito, A. Engelman, R. Craigie. Critical contacts between HIV-1 integrase and viral DNA identified by structure-based analysis and photo-crosslinking // EMBO J. 1997. 16: 6849-6859.

135. Jern P., Coffin J. Effects of retroviruses on host genome function // Annual Review of Genetics. 2008. 42:709-732.

136. Jiang N., Jordan I.K., Wessler S.R. Dasheng and RIRE2. A nonautonomous long terminal repeat element and its putative autonomous partner in the rice genome // Plant Physiol. 2002. 130(4): 1697-1705.

137. Johnson M.S., McClure M.A., Feng D.F., Gray J., Doolittle R.F. Computer analysis of retroviral pol genes: assignment of enzymatic functions to specific sequences and homologies with nonviral enzymes // PNAS USA. 1986. 83(20):7648-7652.

138. Jones K.S., Coleman J., Merkel G.W., Laue T.M., Skalka A.M. Retroviral integrase functions as a multimer and can turn over catalytically // J. Biol. Chem. 1992. 267(23): 16037-16040.

139. Kalendar R, Vicient C.M., Peleg O., Anamthawat-Jonsson K., Bolshoy A., Schulman A.H. Large retrotransposon derivatives: abundant, conserved but nonautonomous retroelements of barley and related genomes // Genetics. 2004. 166(3):1437-1450.

140. Kalpana G.V., Marmon S., Wang W., Crabtree G.R., Goff S.P. Binding and stimulation of HIV-1 integrase by a human homolog of yeast transcription factor SNF5 //Science. 1994. 266(5193):2002-2006.

141. Kaminker J.S., Bergman C.M., Kronmüler B., Carlson J., Svirskas R., Patel S., Frise E., Wheeler D.A., Lewis S.E., Rubin G.M., Ashburner M., Celmker S.E. 2002. The transposable elements of the Drosophila melanogaster euchromatin: a genomics perspective // Genome Biol. 3 (12), RESEARCH0084.

142. Kapitonov V.V., Jurka J. A universal classification of eukaryotic transposable elements implemented in Repbase //Nat. Rev. Genet. 2008. 9(5):411-412.

143. Karst S.M., Wobus C.E., Lay M., Davidson J. Virgin H.W.4th. ST ATI-dependent innate immunity to a Norwalk-like virus // Science. 2003. 299:1575 - 1578.

144. Katz R.A., Gravuer K., Skalka A.M. A preferred target DNA structure for retroviral integrase in vitro Hi. Biol. Chem. 1998. 273:24190-24195.

145. Katz R.A., Greger J.G., Boimel P., Skalka A.M. Human immunodeficiency virus type 1 DNA nuclear import and integration are mitosis independent in cycling cells // J. Virol. 2003. 77(24): 13412-13417.

146. Katzman M., Sudol M. Influence of subterminal viral DNA nucleotides on differential susceptibility to cleavage by human immunodeficiency virus type 1 and visna virus integrases//J. Virol. 1996. 70(12):9069-9073.

147. Katzman M., Sudol M. Mapping viral DNA specificity to the central region of integrase by using functional human immunodeficiency virus type 1/visna virus chimeric proteins // J. Virol. 1998. 72(3): 1774-1753.

148. Kellum R., Alberts B.M. Heterochromatin protein 1 is required for correct chromosome segregation in Drosophila embryos // J. Cell Sei. 1995. 108(Pt 4): 14191431.

149. Ketting R.F., Haverkamp T.H., van Luenen H.G., Plastek R.H. Mut-7 of C.elegans, required for transposon silencing and RNA interference, is a homolog of Werner syndrome helicase and RNaseD // Cell. 1999. 99:133-141.

150. Khan E., Mack J.P., Katz R.A., Kulkosky J., Skalka A.M. Retroviral integrase domains: DNA binding and the recognition of LTR sequences // Nucleic Acids Res. 1991. 19(4): 851-860.

151. Kim A.(a), Terzian C., Santamaría P., Pélisson A., Prud'homme N., Bucheton A. 1994. Retroviruses in vertebrates: the gypsy retrotransposon is apparently an infectious retrovirus oí Drosophila melanogaster II PNAS USA. 91:1285-1289.

152. Kim A.(b), Lyubomirskaya N., Belyaeva E., Shostack N.& Ilyin Y. The introduction of a transpositionally active copy of retrotransposon GYPSY into the Stable Strain of Drosophila melanogaster causes genetic instability // Molecular Genetics and Genomics. 1994. 242:472-477.

153. Kitamura Y., Lee Y.M.H., Coffin J.M. Nonrandom integration of retroviral DNA in vitro-. Effect of CpG methylation 11 PNAS USA 1992. 89:5532-5536.

154. Klattenhoff C., Xi H., Li C, Lee S, Xu J, Khurana J.S., Zhang F., Schultz N., Koppetsch B.S., Nowosielska A., Seitz H., Zamore P.D., WengZ., Theurkauf W.E. The Drosophila HP1 homolog Rhino is required for transposon silencing and piRNA production by dual-strand clusters//Cell. 2009. 138(6): 1137-1149.

155. König R., Zhou Y., Elleder D, Diamond TL, Bonamy GM, et al. Global analysis of host-pathogen interactions that regulate early-stage HIV-1 replication // Cell. 2008. 135(l):49-60.

156. Koonin E.V., Choi G.H., Nuss D.L., Shapira R., Carrington J.C. Evidence for common ancestry of a chestnut blight hypovirulence-associated double-stranded RNA and a group of positive-strand RNA plant viruses II PNAS USA. 1991. 88(23):10647-10651.

157. Kozak C.A. Analysis of wild-derived mice for Fv-1 and Fv-2 murine leukemia virus restriction loci: a novel wild mouse Fv-1 allele responsible for lack of host range restriction III Virol. 1985. 55(2)281 -285.

158. Kroutter E.N., Belancio V.P., Wagstaff B.J., Roy-Engel A.M. The RNA polymerase dictates ORF1 requirement and timing of LINE and SINE retrotransposition // PLoS Genet. 2009. 5(4):el000458.

159. Kukolj G., Skalka A.M. Enhanced and coordinated processing of synapsed viral DNA ends by retroviral integrases in vitro II Genes Dev. 1995. 9(20):2556-2567.

160. Kumar A., Bennetzen J.L. Plant retrotransposons // Annu Rev Genet. 1999. 33:479532.

161. Kurata S. Extracellular and intracellular pathogen recognition by Drosophila PGRP-LEand PGRP-LC//Int. Immunol. 2010. 22(3): 143 - 148.

162. Kuzin A.B., Lyubomirskaya N.V., Khudaibergenova B.M., Ilyin Y.V., Kim A.I. Precise excision of the retrotransposon gypsy from the forked and cut loci in a genetically unstable D.melanogaster strain // Nucleic Acids Res. 1994. 22(22):4641-6445.

163. Kwon S.H., Workman J L. HPlc casts light on dark matter // Cell Cycle. 2011. 10(4):625-630.

164. Lacoste J., Codani-Simonart S., Best-Belpomme M., Peronnet F. Characterization and cloning of pi 1, a transrepressor of Drosophila melanogaster retrotransposon 1731 //Nucleic Acids Res. 1995. 23(24):5073-5079.

165. LaFemina R.L., Callahan P.L., Cordingley M.G. Substrate specificity of recombinant human immunodeficiency virus integrase protein //J. Virol. 1991. 65:5624-5630.

166. Lander E.S., Linton L.M., Birren B., Nusbaum C., Zody M.C., Baldwin J., Devon K., Dewar K., Doyle M., FitzHugh W., Funke R., Gage D., Harris K. Initial sequencing and analysis of the human genome // Nature. 2001. 409(6822):860 - 921.

167. LaRussa P. Pandemic novel 2009 H1N1 influenza: what have we learned? // Semin Respir Crit Care Med. 2011. 32(4):393 - 399.

168. Le Grice S.F. "In the beginning": initiation of minus strand DNA synthesis in retroviruses and LTR-containing retrotransposons // Biochemistry. 2003. 42(49): 1434914355.

169. Leavitt A.D., L. Shiue, H.E. Varmus. Human immunodeficiency virus type 1 integrase: effect on viral replication of mutations at highly conserved residues // J. Biol. Chem. 1993.268(3), 2113-2119.

170. Leblanc P., Desset S., Giorgi F., Taddei A.R., Fausto A.M., Mazzini M., Dastugue B., Vaury C. Life cycle of an endogenous retrovirus, 7AM, in Drosophila melanogaster //J. Virol. 2000. 74 (22): 10658-10669.

171. Lee D.H, Li Y., Shin D.-H., Sang A.Y., Bang S.-Y., Park E.K., Han J.-W., Kwon S.H. DNA microarray profiling of genes differentially regulated by three heterochromatin protein 1 (HP1) homologs in Drosophila II Biochemical and biophysical research communications. 2013. 434(4):820-828.

172. Lee S.P., Han M.K. Zinc stimulates Mg2+-dependent 3'-processing activity of human immunodeficiency virus type 1 integrase in vitro II Biochemistry. 1996. 35(12):3837-3844.

173. Lee S.P., Xiao J,. Knutson J.R., Lewis M.S., Han M.K. Zn2+ promotes the self-association of human immunodeficiency virus type-1 integrase in vitro I I Biochemistry. 1997. 36(1):173-180.

174. Lei E.P., Corces V.G. RNA interference machinery influences the nuclear organization of a chromatin insulator // Nat. Genet. 2006. 38:936-941.

175. Lewinski M.K., Bisgrove D., Shinn P., Chen H., Hoffmann C., Hannenhalli S., Verdin E., Berry C.C., Ecker J.R., Bushman F.D. Genome-wide analysis of chromosomal features repressing human immunodeficiency virus transcription // J. Virol. 2005. 79(11):6610-6619.

176. Li Y., Dooner H.K. Excision of Helitron transposons in maize I! Genetics. 2009. 182(l):399-402.

177. Lippman Z., Martienssen R. The role of RNA interference in heterochromatic silencing//Nature. 2004. 431(7006):364-370.

178. Llorens C., Munoz-Pomer A., Bernad L., Botella H., Moya A. Network dynamics of eukaryotic LTR retroelements beyond phylogenetic trees // Biol. Direct. 2009. 4:41.

179. Lorenzi H.A., Robledo G., Levin M.J. The VIPER elements of trypanosomes constitute a novel group of tyrosine recombinase-enconding retrotransposons I I Mol. Biochem. Parasitol. 2006.145(2): 184-194.

180. Lovell S., Goryshin I.Y., Reznikoff W.R., Rayment I. Two-metal active site binding of a Tn5 transposase synaptic complex//Nat. Struct. Biol. 2002. 9(4):278-281.

181. Lutzke R.A., Vink C., Plasterk R.H. Characterization of the minimal DNA-binding domain of the HIV integrase protein // Nucleic Acids Res. 1994. 22(20):4125-4131.

182 Lyford G L, Yamagata K , Kaufmann W E , Barnes C A , Sanders L K, Copeland N G , Gilbert D J , Jenkins N A , Lanahan A A , Worley P F Arc, a growth factor and activity-regulated gene, encodes a novel cytoskeleton-associated protein that is enriched in neuronal dendrites // Neuron 1995 14(2) 433 - 445

183 Lyubomirskaya NV, Arkhipova IR, Ilyin YuV Transcription of Drosophila mobile element gypsy (mdg4) in heat-shocked cells // FEBS Lett 1993 325(3) 233-236

184 Malik H S, Eickbush TH Modular evolution of the integrase domain in the Ty3/Gypsy class of LTR retrotransposons // J Virol 1999 73(6) 5186-5190

185 Malik H S , Henikoff S Positive selection of Iris, a retroviral envelope-derived host gene in Drosophila melanogaster // PLoS Genet 2005 1(4) e44

186 Malik H S , Henikoff S , Eickbush T H Poised for contagion evolutionary origins of the infectious abilities of invertebrate retroviruses // Genome Res 2000 10 (9) 13071318

187 Malone C D, Brennecke J , Dus M , Stark A , McCombie W R , Sachidanandam R , Hannon G J Specialized piRNA pathways act in germline and somatic tissues of the Drosophila ovary //Cell 2009 137(3) 522-535

188 Mamedov IZ , Arzumanyan E S , Amosova A L et al Whole-genome experimental identification of insertion/deletion polymorphisms of interspersed repeats by a new general approach // Nucleic Acids Research 2005 33(2) el6

189 Manktelow E , Shigemoto K, Bnerley I Characterization of the frameshift signal of Edr, a mammalian example of programmed -1 nbosomal frameshifting // Nucleic Acids Res 2005 33(5) 1553 - 1563

190 Marco A , Marin I CGIN1 a retroviral contribution to mammalian genomes // Mol Biol Evol 2009 26(10)2167-2170

191 Marin I GIN transposons genetic elements linking retrotransposons and genes // Mol Biol Evol 2010 27(8) 1903-1911

192 Marques J, Carthew R A call to arms coevolution of animal viruses and host innate immune responses //TRENDS in Genetics 2007 23 359-364

193 Mashkova TD, Oparina NY, Lacroix MH, Fedorova LI, ITumenevaG, Zinovieva O L , Kisselev L L Structural rearrangements and insertions of dispersed elements in pericentromeric alpha satellites occur preferably at kinkable DNA sites // J Mol Biol 2001 305(1) 33-48

194. Matsui T., Kinoshita-Ida Y., Hayashi-Kisumi F., Hata M., Matsubara K., Chiba M., Katahira-Tayama S., Morita K., Miyachi Y., Tsukita S. Mouse homologue of skin-specific retroviral-like aspartic protease involved in wrinkle formation // J. Biol. Chem. 2006. 281(37):27512 - 27525.

195. Mazo A.M., Mizrokhi L.J., Karavanov A.A., Sedkov Y.A., Krichevskaja A.A., Ilyin Y. V. Suppression in Drosophila : su(Hw) and sn(j) gene products interact with a region of gypsy (mdg4) regulating its transcriptional activity // EMBO J. 1989. 8(3):903-991.

196. McClarin J.A., Frederick C.A., Wang B.C., Greene P., Boyer H.W., Grable J., Rosenberg J.M. Structure of the DNA-£co Rl endonuclease recognition complex at 3 A resolution // Science. 1986.

197. Mevel-Ninio, M., Pelisson, A., Kinder, J., Campos, A.& Bucheton, A. The flamenco locus controls the gypsy and ZAM retroviruses and is required for Drosophila oogenesis //Genetics. 2007. 175:1615-1624.

198. Mi S., Lee X., Li X., Veldman G.M., Finnerty H., Racie L., LaVallie E., Tang X.Y., Edouard P., Howes S., Keith J.C .Jr., McCoy J.M. Syncytin is a captive retroviral envelope protein involved in human placental morphogenesis // Nature. 2000. 403(6771):785 - 789.

199. Miller W.J., McDonald J.F., Pinsker W. Molecular domestication of mobile elements //Genetica. 1997. 100(1 -3):261 -270.

200. Minervini C., Marsano R., Casieri P., Fanti L., Caizzi R., Pimpinelli S. et al. Heterochromatin protein 1 interacts with 5'UTR of transposable element ZAM in a sequence-specific fashion // Gene. 2007. 393:1-10.

201. Mitchell R.S., Beitzel B.F., Schroder A.R., Shinn P., Chen H., Berry C.C., Ecker J.R., Bushman F.D. Retroviral DNA integration: ASLV, HIV, and MLV show distinct target site preferences // PLoS Biol. 2004. 2(8):e234.

202. Mitchelson A., Simonelig M., Williams C., O'Hare K. Homology with Saccharomyces cerevisiae RNA14 suggests that phenotypic suppression in Drosophila melanogaster by suppressor of forked occurs at the level of RNA stability // Genes Dev. 1993. 7(2):241-249.

203. Moshkovich N., Lei E.P. HP1 recruitment in the absence of argonaute proteins in Drosophila //PLoS genetics. 2010. 6(3):el000880.

204. Muller HP., Varmus H.E. DNA bending creates favored sites for retroviral integration: an explanation for preferred insertion sites in nucleosomes // EMBO J. 1994. 13(19):4704-4714.

205. Naumann T.A., Reznikoff W.S. Trans catalysis in Tn5 transposition // PNAS USA. 2000. 97(16):8944-8949.

206. Nefedova L., Kuzmin I., Makhnovskii P., Kim A. Domesticated retroviral gag gene in Drosaphila : new functions for an old gene // Virology. 2014. 450-451:196-204.

207. Nefedova L.N., Mannanova M.M., Kim A.I. Integration specificity of LTR-retrotransposons and retroviruses in the Drosophila melanogasler genome // Virus Genes. 2011. 42(2):297-306.

208. Nekrutenko A., Li W.H. Transposable elements are found in a large number of human protein-coding genes // Trends Genet. 2001. 17(11):619-621.

209. Nymark-McMahon M.H., Sandmeyer S.B. Mutations in nonconserved domains of Ty3 integrase affect multiple stages of the Ty3 life cycle // J. Virol. 1999. 73(1):453-465.

210. O'Neill M.A., Barton J.K. Effects of strand and directional asymmetry on base-base coupling and charge transfer in double-helical DNA // PNAS USA. 2002. 99(26):16543-16550 ()

211. Ocwieja K.E., Brady T.L., Ronen K., Huegel A., Roth S.L., Schaller T., James L.C., Towers G.J., Young J.A., Chanda S.K., König R., Malani N., Berry C.C., Bushman F.D. HIV integration targeting: a pathway involving Transportin-3 and the nuclear pore protein RanBP2// PLoS Pathog. 2011. 7(3):el001313.

212. Ogura K., Yamamoto M.T. Marine r-Yikz element with a 5'-lesion in Drosophila simulans II Genetica. 2003. 119(3):229-235.

213. Ono R., Nakamura K., Inoue K., Naruse M., Usami T., Wakisaka-Saito N., Hino T., Suzuki-Migishima R., Ogonuki N., Miki H., Kohda T., Ogura A., Yokoyama M., Kaneko-Ishino T., Ishino F. Deletion of PeglO, an imprinted gene acquired from a retrotransposon, causes early embryonic lethality //Nat Genet. 2006. 38(1): 101 - 106.

214. Pähl A., Flügel R.M. Endonucleolytic cleavages and DNA-joining activities of the integration protein of human foamy virus // J. Virol. 1993. 67(9):5426-5434.

215. Pai C.Y., Lei E.P., Ghosh D., Corces V.G. The centrosomal protein CP190 is a component of the gypsy chromatin insulator // Mol. Cell. 2004. 16(5):737-748.

216. Pardue M.L., DeBaryshe P.G. Retrotransposons provide an evolutionary robust non-telomerase mechanism to maintain telomeres // Annu Rev Genet. 2003. 37:485 -511.

217. Parkhurst S.M., Corces V.G. Mutations at the suppressor of forked locus increase the accumulation of gypsy-encoded transcripts in Drosophila melanogaster II Mol. Cell Biol. 1986. 6(6):2271-2274.

218. Paro R., Hogness D.S. The Polycomb protein shares a homologous domain with a heterochromatin-associated protein of Drosophila //PNAS USA. 1991. 88(l):263-267.

219. Pearce S.R. 2007. SIRE-], a putative plant retrovirus is closely related to a legume TYl-copia retrotransposon family // Cell Mol. Biol. Lett. 12 (1):120-126.

220. Pelisson A., Sarot E., Payen-Groschene G., Bucheton A. A novel repeat-associated small interfering RNA-mediated silencing pathway downregulates complementary sense gypsy transcripts in somatic cells of the Drosophila ovary // J. Virol. 2007. 81 (4): 1951 -1960.

221. Peng X., Mount S.M. Characterization of Enhancer-of-White-Apricot in Drosophila melanogaster II Genetics. 1990. 126(4): 1061-1069.

222. Peng X., Pan J., Gong R., Liu Y., Kang S., Feng H., Qiu G., Guo D., Tien P., Xiao G. 2007. Functional characterization of syncytin-A, a newly murine endogenous virus envelope protein. Implication for its fusion mechanism // J. Biol Chem. 282(l):381-389.

223. Perrini B., Piacentini L., Fanti L., Altien F., Chichiarelli S., Berloco M. et al. HP1 controls telomere capping, telomere elongation, and telomere silencing by two different mechanisms in Drosophila //Mol Cell. 2004. 15:467-476.

224. Pimpinelli S., Berloco M., Fanti L., Dimitri P., Bonaccorsi S., Marchetti E., Caizzi R., Caggese C., Gatti M. Transposable elements are stable structural components of Drosophila melanogaster heterochromatin. //PNAS USA. 1995. 92:3804-3808.

225. Plasterk R.H., Izsvak Z., Ivies Z. Resident aliens: the Tcl/mariner superfamily of transposable elements//Trends Genet. 1999. 15(8):326-332.

226. Polard P., Chandler M. An in vivo transposase-catalyzed single-stranded DNA circularization reaction//Genes Dev. 1995. 9(22):2846-2858.

227. Ponicsan S.L., Kugel J.F., Goodrich J.A. Genomic gems: SINE RNAs regulate mRNA production // Curr Opin Genet Dev. - 2010. - V.20; №2. - P. 149 - 155.

228 Prud'homme N , Gans M , Masson M , Terzian C, Bucheton A Flamenco, a gene controlling the gypsy retrovirus of Drosophila melanogaster II Genetics 1995 139(2) 697-711

229 Pruss D, Reeves R, Bushman F D , Wolffe A P The influence of DNA and nucleosome structure on integration events directed by HIV integrase //J Biol Chem 1994 269(40), 25031-25041

230 Pryciak P M, Varmus H E Nucleosomes, DNA-binding proteins, and DNA sequence modulate retroviral integration target site selection // Cell 1992 69(5) 769780

231 Pyatkov K I, Arkhipova I R, Malkova N V , Finnegan D J , Evgen'ev M B Reverse transcriptase and endonuclease activities encoded by Penelope-like retroelements // PNZSUSA 2004 101(41) 14719-14724

232 Rice P A, Baker T A Comparative architecture of transposase and integrase complexes//Nat Struct Biol 2001 8(5) 302-307

233 Rivas M L, Cobreros L, Zeidler M P , Hombna J K -G Plasticity of Drosophila Stat DNA binding shows an evolutionary basis for Stat transcription factor preferences //EMBORep 2008 9(11) 1114-1120

234 Robert V., Prud'homme N., Kim A., Bucheton A., Pehsson A 2001 Characterization of the flamenco region of the Drosophila melanogaster genome II Genetics 158 701713

235 Robert V., Prud'homme N., Kim A., Bucheton A., Pelisson A Characterization of the flamenco region of the Drosophila melanogaster genome // Genetics 2001 158 701713

236 Roe T , Reynolds T C , Yu G, Brown P O Integration of murine leukemia virus DNA depends on mitosis // EMBO J 1993 12(5) 2099-2108

237 Roiha H, Glover D M Chractensation of complete type II insertions m cloned segments of ribosomal DNA from Drosophila melanogaster II J Mol Biol 1980 140(2) 341-355

238 Sabin L R, Hanna S L , Cherry S Innate antiviral immunity in Drosophila II Curr Opin Immunol 2010 22(1)4-9

239 Sambrook J, Russel D W Molecular cloning a laboratory manual 3rd ed Cold Spring Harbor Laboratory Press 2001 2100pp

240. Savilahti H., Mizuuchi K. Mu transpositional recombination: donor DNA cleavage and strand transfer in trans by the Mu transposase // Cell. 1996. 85(2):271-280.

241. Schroder A.R., Shinn P., Chen H., Berry C., Ecker J.R., Bushman F. HIV-1 integration in the human genome favors active genes and local hotspots // Cell. 2002. 110(4):521-529.

242. Scottoline B.P., Chow S., Ellison V., Brown P.O. Disruption of the terminal base pairs of retroviral DNA during integration // Genes Dev. 1997. 11(3):371 -382.

243. Seetharam A.S., Stuart G.W. Whole geHerme phylogeny for 21 Drosophila species using predicted 2b-RAD fragments // Peer J. 2013. 1 :e226.

244. Seitz H., Youngson N., Lin S.P., Dalbert S., Paulsen M., Bachellerie J.P., FergusonSmith AC., Cavaille J. Imprinted microRNA genes transcribed antisense to a reciprocally imprinted retrotransposon-like gene//Nat Genet. 2003. 34(3):261 - 262.

245. Sekine Y., Eisaki N., Ohtsubo E. Translational control in production of transposase and in transposition of insertion sequence IS3 //J. Mol. Biol. 1994. 235(5): 1406-1420.

246. Sherman P.A., Dickson M.L., Fyfe J.A. Human immunodeficiency virus type 1 integration protein: DNA sequence requirements for cleaving and joining reactions // J. Virol. 1992. 66(6):3593-3601.

247. Shun M.C., Raghavendra N.K., Vandegraaff N., Daigle J.E., Hughes S., Kellam P. LEDGF/p75 functions downstream from preintegration complex formation to effect gene-specific HIV-1 integration // Biochemistry. 2003. 42(30):9235-47.

248. Singleton T.L., Levin H.L. A long terminal repeat retrotransposon of fission yeast has strong preferences for specific sites of insertion // Eukaryot. Cell. 2002. l(l):44-55.

249. Smit A.F., Riggs A.D. Tiggers and DNA transposon fossils in the human genome // PNAS USA. 1996. 93(4): 1443-1448.

250. Smith J.S., Roth M.J. Purification and characterization of an active human immunodeficiency virus type 1 RNase H domain // J. Virol. 1993. 67(7):4037-4049.

251. Sneddon A., Flavell A.J. The transcriptional control regions of the copia retrotransposon//Nucleic Acids Res. 1989. 17(11):4025-4035.

252. Song S.U., Gerasimova T, Kurkulos M., Boeke J.D., Corces V.G. 1994. An env-like protein encoded by a Drosophila retroelement: evidence that gypsy is an infectious retrovirus // Genes Dev. 8(17):2046-2057.

253 Spana C , Harrison D A , Corces V G The Drosophila melanogaster suppressor of Hairy-wing protein binds to specific sequences of the gypsy retrotransposon // Genes Dev 1988 2(11) 1414-1423

254 Stoye J P. Fvl, the mouse retrovirus resistance gene // Rev Sci Tech 1998 17(1) 269 -277

255 Stoye J P , Coffin J M A provirus put to work // Nature 2000 403(6771) 715 -717

256 Svarovskaia E S , Cheslock S R, Zhang W H, Hu W S , Pathak V K Retroviral mutation rates and reverse transcriptase fidelity // Front Biosci 2003 8,d 117-d 134

257 Tabar H , Sakissian M , Kelly W G, Fleenor J , Gnshok A , Timmons L , Fire A , Mello C C The rde-1 gene, RNA-interference, and transposon silencing in C.elegam II Cell 1999 99 123-132

258 Takeya T, Hanafusa H , Junghans R P , Ju G , Skalka A M Comparison between the viral transforming gene (src) of recovered avian sarcoma virus and its cellular homolog // Mol Cell Biol 1981 1(11) 1024-1037

259 Tamura K, Subramanian S , Kumar S Temporal patterns of fruit fly (Drosophila ) evolution revealed by mutation clocks // 2004 Mol Biol Evol 21(1)36-44

260 Tan K O , Tan K M , Chan S L , Yee K S , Bevort M , Ang K C , Yu V C MAP-1, a novel proapoptotic protein containing a BH3-hke motif that associates with Bax through its Bcl-2 homology domains // J Biol Chem 2001 276(4) 2802 - 2807

261 Temin H M Origin of retroviruses from cellular moveable genetic elements // Cell 1980 21(3) 599-600

262 Terzian C, Pelisson A, Bucheton A Evolution and phylogeny of insect endogenous retroviruses//BMC Evol Biol 2001 (1)3

263 Teysset L , Burns J C , Shike H, Sullivan B L , Bucheton A , Terzian C A Moloney murine leukemia virus-based retroviral vector pseudotyped by the insect retroviral gypsy envelope can infect Drosophila cells //J Virol 1998 72(1) 853 - 856

264 Valanne S, Wang J H, Ramet M The Drosophila Toll signaling pathway // J Immunol 2011 186(2) 649-656

265 van Gent D C , Elgersma Y , Bolk M W , Vink C , Plasterk R H DNA binding properties of the integrase proteins of human immunodeficiency viruses types 1 and 2 // Nucleic Acids Res 1991 19(14) 3821-3827

266 Vermaak D Malik H Multiple roles for heterochromatm protein 1 genes in Drosophila //Annual Review of Genetics 2009 43 467-492

267 Vermaak D, Hemkoff S , Malik H Positive selection drives the evolution of rhino, a member of the heterochromatm protein 1 family in Drosophila II PLoS Genetetics 2005 1 96-108

268 Vincent K A , Ellison V, Chow S A , Brown P O Characterization of human immunodeficiency virus type 1 integrase expressed in Escherichia coll and analysis of variants with amino-terminal mutations // J Virol 1993 67(1) 425-437

269 Vink C , Lutzke R A, Plasterk R H Formation of a stable complex between the human immunodeficiency virus integrase protein and viral DNA // Nucleic Acids Res 1994 22(20)4103-4110

270 Volff J N Cellular genes derived from Gypsy/Ty3 retrotransposons in mammalian genomes//Ann N Y Acad Sci 2009 1178 233 -243

271 Volff JN Turning junk into gold domestication of transposable elements and the creation of new genes in eukaryotes // Bioessays 2006 28(9) 913 - 922

272 Volpe T , Kidner C , Hall I, Teng G, Grewal S , Martienssen R Drosophila rhino encodes a femalespecific chromo-domain protein that affects chromosome structure and egg polarity//Genetics 2001 159 1117-1134

273 Wang J Y , Ling H , Yang W , Craigie R Structure of a two-domain fragment of HIV-1 integrase implications for domain organization in the intact protein // EMBO J 2001 20(24) 7333-7343

274 Wang T, Balaknshnan M , Jonsson C B Major and minor groove contacts in retroviral integrase-LTR interactions//Biochemistry 1999 38(12) 3624-3632

275 Wang T , Zeng J , Lowe C B , Sellers R G, Salama S R , Yang M , Burgess S M , Brachmann RK, Haussler D Species-specific endogenous retroviruses shape the transcriptional network of the human tumor suppressor protein p53 // PNAS USA 2007 104(47) 18613-18618

276 Wessler S R Transposable elements and the evolution of gene expression // Symp Soc Exp Biol 1998 51 115-122

277 West S C Processing of Holliday junctions by RuvABC // Ann N Y Acad Sci 1994 726 156-163

278. Wicker T., Sabot F., Hua-Van A., Bennetzen J.L., Capy P., Chalhoub B., Flavell A., Leroy P., Morgante M., Panaud O., Paux E., SanMiguel P., Schulman A.H. A unified classification system for eukaryotic transposable elements // Nat. Rev. Genet. 2007. 8(12):973-982.

279. Wills N.M., Moore B., Hammer A., Gesteland R.F., Atkins J.F. A functional -1 ribosomal frameshift signal in the human paraneoplastic Ma3 gene // J. Biol Chem. 2006. 281(11):7082-7088.

280. Winkler F.K., Banner D.W., Oefner C., Tsernoglou D., Brown R.S., Heathman S P., Bryan R.K., Martin P.D., Petratos K., Wilson K.S. The crystal structure of EcoKV endonuclease and of its complexes with cognate and non-cognate DNA fragments // EMBOJ. 1993. 12(5): 1781 -1795.

281. Wu X., Li Y., Crise B., Burgess S.M. Transcription start regions in the human genome are favored targets for MLV integration // Science. 2003. 300(5626): 17491751.

282. Wu X., Li Y., Crise B., Burgess S.M., Munroe D.J. Weak palindromic consensus sequences are a common feature found at the integration target sites of many retroviruses//J. Virol. 2005. 79(8):5211-5214.

283. Xie W., Gai X., Zhu Y., Zappulla DC., Sternglanz R., Voytas D.F. Targeting of the yeast Ty5 retrotransposon to silent chromatin is mediated by interactions between integrase and Sir4p // Mol. Cell Biol. 2001. 2l(19):6606-6614.

284. Xiong Y , Burke W.D., Eickbush T.H. Pao, a highly divergent retrotransposable element from Bombyx mori containing long terminal repeats with tandem copies of the putative R region // Nucleic Acids Res. 1993. 21(9):2117-2123.

285. Xiong Y., Eickbush T.H. Origin and evolution of retroelements based upon their reverse transcriptase sequences // EMBO J. 1990. 9 (10):3353-3362.

286. Yan Y., Buckler-White A., Wollenberg K., Kozak C.A. Origin, antiviral function and evidence for positive selection of the gammaretrovirus restriction gene Fvl in the genus Mus // PNAS USA. 2009. 106(9):3259 - 3263.

287. Yang Z.N., Mueser T.C., Bushman F.D., Hyde C.C. Crystal structure of an active two-domain derivative of Rous sarcoma virus integrase // J. Mol. Biol. 2000. 296(2):535-548.

288. Yieh L., Kassavetis G., Geiduschek E.P., Sandmeyer S.B. The Brf and TATA-binding protein subunits of the RNA polymerase III transcription factor IIIB mediate position-specific integration of the gypsy-like element, Ty3 II J. Biol. Chem. 2000. 275(38):29800-29807.

289. Yoder K.E., Bushman F.D. Repair of gaps in retroviral DNA integration intermediates // J. Virol. 2000. 74(23): 11191-11200.

290. Zambon R.A., Nandakumar M., Vakharia V.N., Wu L.P. The Toll pathway is important for an antiviral response in Drosophila II PNAS USA. 2005. 102(20):7257 -7262.

291. Zdobnov E.M., Bork P. Quantification of insect genome divergence // Trends Genet. 2007. 23(l):16-20.

292. Zheng R., Jenkins T.M., Craigie R. Zinc folds the N-terminal domain of HIV-1 integrase, promotes multimerization, and enhances catalytic activity // PNAS USA. 1996. 93(24): 13659-13664.

293. Ziarczyk P., Best-Belpomme M. A short 5' region of the long terminal repeat is required for regulation by hormone and heat shock of Drosophila retrotransposon 1731 //Nucleic Acids Res. 1991. 19(20):5689-5693.