Генетическая вариабельность вируса клещевого энцефалита в природных очагах Новосибирска и его окрестностей тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат наук Ткачев, Сергей Евгеньевич

• Ткачев, Сергей Евгеньевич
• кандидат наук
• 2015

Оглавление диссертации кандидат наук Ткачев, Сергей Евгеньевич

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Морфология вирионов

1.2. Организация генома вируса клещевого энцефалита

1.3. Молекулярно-генетическая характеристика белков ВКЭ

1.3.1. Процессинг полипротеина

1.3.2. Структурные белки вириона

1.3.2.1. Белок капсида С

1.3.2.2. Мембранный белок M

1.3.2.3. Белок оболочки вириона Е

1.3.3. Неструктурные белки ВКЭ

1.3.3.1. Белок NS1

1.3.3.2. Малые неструктурные белки NS2A, NS2B, NS4A и NS4B

1.3.3.3. Белок NS3

1.3.3.4. БелокNS5

1.3.4. Короткие полипептиды ВКЭ

1.4. Таксономия флавивирусов

1.4.1. Антигенные комплексы флавивирусов

1.4.2. Классификация вирусов по Балтимору

1.4.3. Классификация флавивирусов, основанная на молекулярно- 38 генетических методах.

1.5. Классификация вируса клещевого энцефалита

1.5.1. Антигенные подтипы ВКЭ

1.5.2. Генотипы ВКЭ

1.5.3. Типирование ВКЭ, основанное на анализе маркерных аминокислот

1.5.4. Кластероны ВКЭ

1.5.5. Новые варианты и возможные генотипы ВКЭ

1.5.6. Географическое распределение генотипов

1.6. Заключение

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Материалы

2.1.1. Реактивы

2.1.2. Готовые коммерческие наборы

2.1.3. Буферы и основные растворы

2.1.4. Синтетические олигонуклеотиды

2.2. Медико-биологические образцы

2.2.1. Образцы крови больных

2.2.2. Иксодовые клещи

2.2.3. Штаммы ВКЭ

2.3. Методы

2.3.1. Выделение суммарных ДНК/РНК из иксодовых клещей

2.3.2. Выделение суммарных РНК методом фенольной депротеинизации

2.3.3. Выделение суммарных нуклеиновых кислот из крови пациентов

2.3.4. Обратная транскрипция

2.3.5. Выявление РНК ВКЭ методом полимеразной цепной реакции (ПЦР)

2.3.6. Электрофоретическая детекция продуктов ПЦР

2.3.7. Определение нуклеотидных последовательностей

2.3.8. Анализ нуклеотидных последовательностей

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Выявление и генотипированне ВКЭ из клинических образцов 68 крови пациентов

3.2. Анализ разнообразия штаммов ВКЭ, выделенных в природных 73 очагах Новосибирского научного центра и его окрестностях

3.2.1. Определение нуклеотидных последовательностей фрагментов гена Е

3.2.2. Анализ гомологии последовательностей

3.2.3. Исследование вариабельности "пептида слияния" белка Е

3.2.4. Молекулярно-генетический анализ последовательностей 79 3.3. Анализ разнообразия ВКЭ в индивидуальных иксодовых клещах

3.3.1. Выявление ВКЭ в клещах и определение нуклеотидных

последовательностей фрагментов генов Е и NS1

3.3.2. Построение и анализ филогенетических деревьев

3.4. Типирование штаммов вируса клещевого энцефалита на 97 основании аминокислотных последовательностей

3.4.1. Анализ маркерных аминокислот

3.4.2. Сравнение подходов, основанных на анализе нуклеотидных и 98 аминокислотных последовательностей для типирования ВКЭ

3.4.3. Кластеронный анализ штаммов ВКЭ

3.5. Оценка возраста популяции ВКЭ на территории Новосибирского 103 Академгородка

3.5.1. Оценка гипотезы "молекулярных часов" и действия отбора

3.5.2. Оценка скорости молекулярной эволюции

3.5.3. Оценка времени дивергенции подгрупп ВКЭ сибирского генотипа на 106 территории Новосибирского Академгородка

3.6. Анализ генетических особенностей ВКЭ сибирского генотипа на 109 территории Новосибирского Академгородка и других территориях Евразии

3.6.1. Территория Урала

3.6.2. Территория Восточной Сибири

3.6.2.1. Анализ штаммов сибирского генотипа ВКЭ

3.6.2.2. Анализ штаммов ВКЭ "группы 886-84"

3.6.3. Северо-Западная часть Евразии (Скандинавия, Прибалтика, Северо- 120 Западный федеральный округ России)

3.6.4. Европейская часть России

3.6.5. Анализ генетической вариабельности сибирского генотипа ВКЭ 124 4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ 126 ВЫВОДЫ 132 ЛИТЕРАТУРА 133 Приложение 1 171 Приложение 2

Приложение 3

Приложение 4

Приложение 5

Приложение 6

ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ

а.о. - аминокислотный остаток

АГ - Аппарат Гольджи

АСК - агент слияния клеток

ед. акт. - единицы активности

ИФА - иммуноферментный анализ

кДа - килодальтон

КЭ - клещевой энцефалит

ВЖЛ - вирус желтой лихорадки

ВЗН - вирус Западного Нила

ВКЭ - вирус клещевого энцефалита

ВШЭО - вирус шотландского энцефалита овец

ВЭДМ - вирус энцефалита долины Муррея

ВЭСЛ - вирус энцефалита Сент-Луис

ВЯЭ - вирус японского энцефалита

МГНК - молекулярная гибридизация нуклеиновых кислот

МИКБ №1 - муниципальная инфекционная клиническая больница №1

н.о. - нуклеотидный остаток

ННЦ - Новосибирский научный центр

н.п. - нуклеотидная пара

ОГЛ - омская геморрагическая лихорадка

ПЦР - полимеразная цепная реакция

РДПА - реакции диффузной преципитации в агаре

РН - реакция нейтрализации

РТГА - реакция торможения гемагглютинации

Трис - трис-(гидроксиметил)-аминометан

ЦСЖ - цереброспинальная жидкость

ЭДТА - этилендиамин М,1чГ,М',>Г-тетрауксусная кислота

ЭПР - эндоплазматический ретикулум

ЯМР - ядерный магнитный резонанс

б

Big Dye™ ddNTP- флуоресцентно меченые Big Dye™ дидезоксинуклеозид-51-трифосфаты

dNTP - дезоксинуклеозид 5'-трифосфат

ME - метод минимальной эволюции (Minimum Evolution)

ML - метод максимального правдоподобия (maximum likelihood)

NJ - метод объединения ближайших соседей (Neighbor-Joining)

Taq ДНК-полимераза - ДНК-полимераза, выделенная из Thermus aquaticus

UPMGA - метод невзвешенного попарного среднего (Unweighted Pair Group

Method with Arithmetic mean)

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генетическая вариабельность вируса клещевого энцефалита в природных очагах Новосибирска и его окрестностей»

ВВЕДЕНИЕ

Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ) является возбудителем заболевания центральной нервной системы человека, приводящего к серьезным осложнениям вплоть до летального исхода. Впервые он был открыт на Дальнем Востоке в 1937 году экспедицией под руководством Л.А. Зильбера. Многочисленные исследования последующих десятилетий продемонстрировали, что ареал ВКЭ находится на обширной территории Евразии и тесно связан с наличием переносчиков - иксодовых клещей, - на данных территориях.

Средняя заболеваемость клещевым энцефалитом в России колебалась от 1,56 до 7 случаев на 100 тыс. населения в год в период между 1993 и 2013 гт. с тенденцией к уменьшению за последние годы [Государственный доклад..., 2014а]. Территория Западной Сибири является эндемичной для ВКЭ, причем в ряде областей (например, в Томской области) наблюдается частота заболеваемости клещевым энцефалитом выше среднего по стране (14,99 случаев на 100 тыс. населения в 2013 году). При этом заболеваемость клещевым энцефалитом в Новосибирской области, расположенной в 200 км к югу от Томска, значительно ниже и в 2013 году составляла 7,86 случаев на 100 тыс. населения [Государственный доклад..., 2014а].

На территории Новосибирской области ареал ВКЭ охватывает 22 района области, включая лесопарковые зоны городов Новосибирска, Бердска и Оби, где на протяжении ряда лет отмечается высокая численность иксодовых клещей и их высокая зараженность переносимыми ими патогенами [Государственный доклад..., 20146]. Природный очаг ВКЭ на территории лесопарковой зоны Новосибирского научного центра (Академгородка) является объектом изучения с конца 70-х годов прошлого столетия [Природа Академгородка..., 2007]. Тем не менее, несмотря на характеризацию ВКЭ на данной территории методом молекулярной гибридизации вирусных РНК с радиоактивно меченными специфичными к ВКЭ зондами, а также с помощью изучения гемагглютинирующих свойств и нейровирулентности [Бахвалова и др., 2007],

детальных исследований генетического разнообразия вируса в данном очаге ранее не проводилось.

Цель работы

Целью данной работы являлось исследование генетического разнообразия и характеризация особенностей вируса клещевого энцефалита на территории природного очага лесопарковой зоны Новосибирского Академгородка и окрестностей города Новосибирска.

Задачи исследования

1. Выявить вирус клещевого энцефалита в клинических образцах крови пациентов с различными формами болезни и охарактеризовать выявленные изоляты вируса молекулярно-генетическими методами.

2. Провести молекулярно-генетический анализ штаммов и изолятов ВКЭ, выявленных на территории лесопарковой зоны Новосибирского Академгородка и окрестностей города Новосибирска в иксодовых клещах.

3. Провести оценку возраста ВКЭ на исследуемой территории.

4. Сравнить полученные результаты молекулярно-генетического анализа исследуемых изолятов и штаммов ВКЭ с вариантами вируса с других территорий Евразии.

Научная новизна

Были впервые получены данные о генетическом разнообразии ВКЭ в природных очагах Новосибирского Академгородка. Было показано практически полное доминирование ВКЭ сибирского генотипа на данных территориях, хотя РНК ВКЭ дальневосточного и западного генотипа выявлялись в единичных случаях.

Впервые было показано, что внутри сибирского генотипа ВКЭ на исследуемых территориях можно выделить три субгенотипа - субгенотипы Васильченко, Заусаев и субгенотип, неописанный ранее. Для выявленных

9

субгенотипов была проведена оценка их возраста внутри сибирского генотипа на данных территориях. Было показано, что штаммы, соответствующие субгенотипу Васильченко, дивергировали от общего предка наиболее рано (около 220 лет назад), в то время как субгенотип Заусаев и третий субгенотип разделились позже (около 135 лет назад).

Впервые было проведено сравнение генетической структуры сибирского генотипа ВКЭ в природном очаге на территории Новосибирского Академгородка с вирусами сибирского генотипа на других территориях Евразии. Было показано, что сибирский генотип ВКЭ является гетерогенным по своему составу, и на основании анализа уровней гомологии последовательностей и филогенетических деревьев может быть разделен на 6 субгеношпов, причем на разных территориях ВКЭ сибирского генотипа представлен разным набором субгенотипов.

Впервые были определены полногеномные последовательности штаммов "группы 886-84" ВКЭ, выделенных на территории Восточной Сибири и относимых ранее рядом авторов к сибирскому генотипу, и охарактеризованы как потенциально новый генотип вируса.

Основные научные положения, выносимые на защиту

1) На территории Новосибирского Академгородка и пригородах г. Новосибирска в иксодовых клещах доминирует сибирский генотип ВКЭ. Внутри сибирского генотипа на данной территории можно выделить три субгенотипа - Васильченко, Заусаев и субгенотип III, неописанный ранее.

2) Для штаммов сибирского генотипа ВКЭ на территории Новосибирского Академгородка и окрестностей г. Новосибирска время дивергенции субгенотипа Васильченко от общего предка составляет около 220 лет назад, в то время как субгенотипы Заусаев и субгенотип III, неописанный ранее, разделились позже (около 135 лет назад).

3) Сибирский генотип ВКЭ обладает высокой вариабельностью. На основании имеющихся в настоящее время последовательностей в базах данных он

может быть разделен на 6 субгенотипов, для которых показано различное географическое распределение.

4) Штаммы "группы 886-84" ВКЭ, выделенные на территории Восточной Сибири и относимые раньше рядом авторов к сибирскому генотипу, являются потенциально новым генотипом вируса.

Практическая значимость

Данные, полученные при исследованиях генетического разнообразия и встречаемости ВКЭ, могут быть использованы для конструирования тест-систем, учитывающих все разнообразие различных вариантов вируса, встречающихся в различных регионах России.

Полученные данные о генетическом разнообразии ВКЭ могут использоваться для прогнозирования заболеваемости клещевым энцефалитом, т.к. существует мнение, что дальневосточный генотип вируса является более патогенным для человека, в то время как сибирский и западноевропейский чаще вызывают легкие или хронические формы заболевания [Злобин, Горин, 1996].

Также, существующие в настоящее время вакцины производятся на основе прототипных штаммов западноевропейского или дальневосточного генотипов, выделенных несколько десятков лет назад, в то время как современные варианты вируса могут существенно отличаться от вакцинных. Поэтому, данные о встречаемости разных генотипов и субгенотипов ВКЭ, а также генетическом разнообразии современных изолятов и штаммов ВКЭ могут быть использованы для корректировки состава штаммов, используемых в производстве вакцин.

Апробация работы

По материалам диссертации опубликовано 8 статей в рецензируемых научных журналах, рекомендованных ВАК. Результаты работы представлены на семи российских и девяти международных конференциях: международная конференция «Фундаментальные науки - биотехнологии и медицине», Новосибирск, 3-7 сентября 2006 г.; Russian-Great Britain workshop of young

li

scientists "Emerging Diseases: Tick-transmitted and influenza". Novosibirsk, February 26 - March 3, 2007; IX International Jena Symposium on Tick-borne Diseases (formerly IPS) "Climate change and tick-borne diseases" Jena, Germany, March 15-17, 2007; научная конференция с международным участием «Актуальные вопросы региональной инфекционной патологии», Иркутск, . 2007; конференция "Фундаментальные науки - медицине" Новосибирск, 2-5 сентября 2008 г.; X International Jena Symposium on Tick-borne Diseases, Weimar, Germany, March 1921, 2009; всероссийская конференция с международным участием «Актуальные проблемы природной очаговости болезней», посвященной 70-летию теории академика Е..Н. Павловского о природной очаговости болезней, г. Омск, 24-25 ноября 2009 г.; III межрегиональная научная конференция паразитологов Сибири и Дальнего Востока, г. Новосибирск, 15- 20 сентября 2009 г.; Japan-Russia International Workshop, The 54th ISTC Japan Workshop, Tokyo-Niigata, Japan, May 29 - June 2, 2010; научная конференция «Фундаментальные науки - медицине», г. Новосибирск, 7-10 сентября 2010 г.; научная конференция с международным участием "Этиологические, эпидемиологические и клинические аспекты инфекционных болезней", г. Иркутск, 15-17 сентября 2010 г.; XI International Jena Symposium on Tick-Borne Diseases, Weimar, Germany, March 24-26, 2011; международная научная конференция "Клещевой энцефалит и другие инфекции, переносимые клещами", посвященная 75-летию открытия вируса клещевого энцефалита, г. Иркутск, 26-29 июня, 2012 г.; XII International Jena symposium on tick-borne diseases (IJSTD-XII)), Weimar, Germany, March 21-23, 2013; Российская научная конференция с международным участием "Актуальные проблемы клещевого энцефалита", г. Москва, 8-10 октября 2013 года; Joint Conference: German Symposium on Zoonoses Research 2014 and 7th International Conference on Emerging Zoonoses, Berlin, Germany, October 16-17, 2014.

Структура и объем работы

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, экспериментальной части, результатов и их обсуждения, заключения, выводов и списка цитированной литературы. Работа изложена на 192 страницах, содержит 36 рисунков, 13 таблиц, 6 приложений. Библиография включает 312 литературных источников.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. МОРФОЛОГИЯ ВИРИОНОВ

Представители семейства Flaviviridae, к которым относится ВКЭ, являются цитоплазматическими вирусами, и процесс их внутриклеточного развития протекает в цитоплазме зараженных клеток с участием вирусных и клеточных ферментов. Вирионы ВКЭ имеют молекулярную массу 2,63'104 кДа. Это сферические частицы диаметром 50 нм [Chambers et al., 1990а; Fauquet et al., 2005; Fields Virology, 2006], с электронноплотной сердцевиной (нуклеокапсидом), окруженной белково-липидной оболочкой, причем содержание липидов в вирионах составляет 10-20% от общей массы вириона [Kitano et al., 1974]. Так как созревание и сборка вирионов флавивирусов происходят на мембранах ЭПР,

состав липидов оболочек вирионов имеет сходство с составом липидов внутренних мембран [Trepo et al., 1997]. В составе оболочки вирионов флавивирусов присутствуют два белка: белок М с молекулярной массой 7-9 кДа и гликопротеин Е с молекулярной массой 51-59 кДа, которые закреплены в бислое липидов с помощью

трансмембранных гидрофобных участков-"якорей" [Trent, Qureshi, 1971; Shapiro et al., 1972; Rüssel, Brandt, 1980]. Различают две формы вирионов - незрелую и зрелую (Рис. 1), отличающиеся между собой наличием белков ргМ и М, соответственно, при этом белок ргМ является предшественником белка М и протеолитически расщепляется в процессе созревания вирионов [Perera, Kuhn, 2008]

Нуклеокапсид представляет собой комплекс белка С с вирионной

14

Незрелый вирион

Зрелый вирион

Нуклеокалсид(С)

Рис. 1. Схема строения незрелого и зрелого вирионов [Fauquet et al., 2005].

одноцепочечной РНК. По данным электронной микроскопии, диаметр нуклеокапсида флавивирусов составляет 20-30 нм, а толщина вирусной оболочки 6-10 нм [Brinton, 1986; Porterfield et al., 1978]. Этот комплекс достаточно прочен, в то время как прочных контактов между белками оболочки вирионов и нуклеокапсидом обнаружить не удалось. Так, было показано, что нуклеокапсид может быть легко отделен от оболочки после обработки вирусных частиц неионными детергентами [Westaway, Reedman, 1969], а при обработке вирионов ВКЭ или вируса Западного Нила сшивающими химическими агентами образования гетерополимеров между белками С и Е или С и М не наблюдалось [Wengler et al., 1987; Heinz, Kunz, 1980].

1.2. ОРГАНИЗАЦИЯ ГЕНОМА ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА

Геном ВКЭ представлен одноцепочечной "плюс"-РНК длиной около 10,5 тысяч нуклеотидов и состоит из 5'- и 3'- некодирующих областей и кодирующей области между ними (Рис. 2) [Pletnev et al., 1990]. На 5'-конце генома флавивирусов располагается кэп I типа m7GpppAmpNipN2 [Wengler et al., 1978; Rice et al., 1986; Liu et al., 2010]. Ранее считалось, что РНК некоторых штаммов ВКЭ содержит полиА-тракт на 3'-конце [Mandl et al., 1988], но позже было показано, что данный фрагмент является внутренней частью вариабельного участка их З'-некодирующей области генома [Добрикова, Плетнев, 1995; Wallner et al., 1995].

10

kb

5"

IT

с M

prM

NS1

ПЗ

NS3

-f

NS2A NS2B

NS4A

7 \

NS5

NS4B

Рис. 2. Схема организации генома вируса клещевого энцефалита. Прямоугольниками обозначена кодирующая часть генома с обозначением генов.

Длина 5'-некодирующей области РНК ВКЭ составляет около 130 нуклеотидов, а З'-некодирующей области - 350-750 нуклеотидов [Добрикова, Плетнев, 1995; Wallner et al., 1995; Gritsun et al., 2003b; Локтев и др., 2007]. Размеры и последовательности этих районов варьируют среди различных штаммов ВКЭ, однако, они имеют выраженную вторичную структуру, которая, возможно, играет роль си-элемента при репликации или трансляции геномной РНК или ее упаковке в вирион [Gritsun et al., 1997; Proutski et al., 1997; Rauscher et al., 1997]. Также считается, что одним из механизмов адаптации репликации вируса в различных хозяевах может быть связан с вторичной структурой 5'- и 3'-некодирующих областей, которые взаимодействуют друг с другом и участвуют в циркулизации генома, требуемой для репликации [Thurner et al. 2004; Gritsun, Gould, 2006; Gritsun, Gould, 2007].

На рисунке 3 [Chausov et al., 2010] показаны важные элементы вторичной структуры 5'-некодирующей области генома ВКЭ: Y-образная структура (Y-shaped structure), 2 области консервативных последовательностей (CS) и кодон инициации трансляции [Mandl et al. 1993; Gritsun et al. 1997; Khromykh et al. 2001]. Считается, что Y-образная структура служит промотором для вирусной РНК-полимеразы [Filomatori et al. 2006]. Фрагменты CS А и CS В вместе с соответствующими участками в З'-некодирующей области необходимы для циклизации генома и формирования структуры "сковорода с ручкой" ("panhandle ") [Mandl et al., 1993].

Рис. 3. Предсказанная вторичная структура тенома ВКЭ, вычисленная с помощью

программы

MFold

(www.bioinfo.rpi.edu) [Chausov et al., 2010].

При анализе последовательностей 5'-некодирующих областей ВКЭ, выявленных в клещах I. ricinus на территории Швейцарии и в клещах 1. persulcatus и I. pavlovskyi на территории Западной Сибири была выявлена высокая вариабельность определенных участков, которые ответственны за взаимодействие с вирусной РНК-зависимой РНК-полимеразой и, вероятно, за адаптацию вируса к различным хозяевам [Casati et al., 2006; Chausov et al., 2010].

В З'-некодирующей области генома гетерогенность по длине наблюдалась в вариабельном районе, следующим за стоп-кодоном, в то время как 350 нуклеотидов на 3'-конце формировали высококонсервативный участок, содержащий несколько потенциально важных мотивов и элементов вторичной структуры. Также, в последовательностях З'-некодирующих областей различных флавивирусов, переносимых клещами, были выявлены короткие прямые повторы длиной около 25-70 нуклеотидов [Добрикова, Плетнев, 1995; Gritsun et al., 1997; Wallner et al., 1995]. При исследованиях зависимости влияния строения З'-некодирующей области на биологические свойства вируса, было показано, что корреляции между длиной этого участка генома и титрами гемагглютинации не было найдено, но, тем не менее, для штаммов ВКЭ с короткими (менее 200 нуклеотидных остатков) последовательностями З'-некодирующей части геномов инкубационный период в мышах сосунках существенно удлинялся [Morozova et al., 2007].

Кодирующая часть геномной РНК ВКЭ содержит одну открытую рамку считывания, которая начинается с инициирующего AUG кодона (позиция нуклеотидов 133-135), заканчивается стоп-кодоном UAA (10375-10377 нуклеотиды) и кодирует полипротеин-предшественник длиной 3412 аминокислотных остатков (для штамма Софьин) [Плетнев и др., 1989; Pletnev et al., 1990]. Гены структурных белков С, ргМ и Е находятся в 5'-концевой четверти генома, в то время как в 3'-концевой части генома расположены гены неструктурных белков NSI, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B и NS5 (рис. 2).

1.3. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА БЕЛКОВ ВКЭ

1.3.1. Процессинг полипротеина

После процесса трансляции вирусной РНК на клеточных рибосомах полипротеин подвергается ко- и посттрансляционному процессингу вирусными и клеточными протеазами с образованием индивидуальных структурных и неструктурных вирусных белков [Rice et al., 1985; Chambers et al., 1990a; Perera, Kuhn, 2008]. Так, в цистернах эндоплазматического ретикулума процессинг полипротеина происходит с участием клеточных протеаз (сигналаз) с образованием N-концов белков prM, Е, NS1 и NS4B, и там же происходит расщепление между белками NS1 и NS2A с помощью невыявленной клеточной протеазы (Рис. 4) [Falgout, Markoff, 1995; Perera, Kuhn, 2008]. Процессинг других

Рис. 4. Схема ко- и посттрансляционного процессинга полипротеина флавивирусов [Perera, Kuhn, 2008]. Стрелками указаны клеточные и вирусные протеазы.

флавивирусных белков происходит в цитоплазме под действием вирусной протеазы - комплекса белков NS2B/NS3 [Chambers et al., 1991; Arias et al., 1993; Kondo et al., 2011]. Также, при созревании вирионов в процессе перемещения через эндоплазматическую сеть и аппарат Гольджи гликопротеин ргМ дополнительно гидролизуется фурином (сериновой протеазой клеток, расположенной в аппарате Гольджи) с образованием белка M [Nowak et al., 1989; Randolph et al., 1990; Perera, Kuhn, 2008].

Наиболее консервативными белками флавивирусов являются белки Е, NS1, NS3 и NS5 (Таблица 1) [Pletnev et al., 1990]. Как следует из таблицы, наибольшее сходство аминокислотной последовательности полипротеина ВКЭ наблюдается с последовательностью полипротеина вируса желтой лихорадки, также относящегося к семейству Flavivirîdae, несмотря на то, что оба вируса передаются человеку через различных промежуточных хозяев [Fauquet et al., 2005].

1.3.2. Структурные белки вириона 1.3.2.1. Еелок капсида С

Белок С имеет молекулярную массу около 12-15 кДа [Heinz, Kunz, 1981; Chambers et al., 1990a], и является одним из наиболее вариабельных белков флавивирусов [Pletnev et al, 1990]. Множество его копий в виде димеров и одна копия геномной вирусной РНК образуют нуклеокапсид [Jones et al., 2003; Dokland et al., 2004; Ma et al., 2004]. На С- и N-концах белка находятся участки, обогащенные положительно заряженными остатками основных аминокислот (до 20-25%), вероятно, необходимых для взаимодействия с вирусной РНК при формировании нуклеокапсида вириона [Chambers et al., 1990а; Patkar et al., 2007]. В центральной части белка содержится кластер незаряженных аминокислотных остатков, который, по всей видимости, играет важную роль в сборке и формировании вирионных частиц и обеспечивает связь нуклеокапсида с липопротеиновой оболочкой вириона [Rice et al., 1986; Markoff et al., 1997].

Незрелая форма белка С содержит полипептид CTHD (C-terminal

Таблица 1. Уровень гомологии вирусных белков ВКЭ с белками других флавивирусов (в процентах) [Р1еШеу егаЬ, 1990].

Белки ВКЭ

С ргМ М Е N81 ^2А N826 N83 ^4А N846 N85

ВЖЛ 30,4 34,3 26,3 42,0 42,3 24,8 24,1 45,5 36,0 29,0 55,8

ВЗН 21,9 24,5 25,0 40,2 43,2 19,7 20,3 45,8 34,0 24,6 55,9

Кунжин 22,7 25,5 25,0 39,7 41,8 20,1 20,3 47,2 34,0 24,6 56,0

ВЯЭ 17,4 20,9 25,0 39,3 44,1 22,2 18,0 45,6 34,0 23,0 54,1

ВЭДМ 20,8 23,6 26,3 39,3 42,7 19,7 21,1 - - - -

ВЭСЛ 20,0 21,3 30,3 39,7 39,1 20,1 22,6 - - - -

Денге-1 20,2 20,4 18,4 37,9 37,6 - - - - - -

Денге-2 18,5 19,4 21,1 36,7 38,4 20,0 19,5 44,4 30,5 24,6 53,4

Денге-4 15,4 15,9 23,7 36,5 39,1 19,1 18,0 43,9 25,2 25,8 54,7

1

ю о

hydrophobic domain), состоящий из 20 a.o. Было обнаружено, что в ходе процессинга полипротеина он отщепляется клеточной сернновой протеазой (Рис. 4) [Yamshchikov, Compans, 1993]. Было показано, что модификация сайтов протеолиза в этом районе может влиять на скорость созревания вирусных частиц в инфицированных клетках.

До недавнего времени считалось, что у различных штаммов ВКЭ длина белка С является неизменной. Тем не менее, при исследованиях штаммов, выделенных из крови людей с бессимптомным (инаппарантным) течением заболевания, в позиции 111 а.о. полипротеина была обнаружена делеция [Беликов и др., 2010а; Беликов и др., 20106]. Ранее экспериментально было установлено, что после внесения в последовательность белка С делеций возможно получить жизнеспособный вирус со сниженной нейроинвазивностъю и нейровирулентностью [Stocks, Lobigs, 1998; Kofler et al., 2002; Kofler et al., 2003; Mandl, 2005; Patkar et al., 2007]. Обширные делеции в белке С нарушают процесс сборки инфекционных вирусов и приводят к значительному снижению продукции вируса в клеточной культуре, в результате чего из клетки выходят бескапсидные неинфекционные вирусные частицы [Patkar et al., 2007]. Тем не менее, жизнеспособность вируса может быть восстановлена при спонтанном появлении дополнительных (secondsite) мутаций [Kofler et al., 2002; Kofler et. al., 2003; Patkar et al., 2007].

1.3.2.2. Мембранный белок M

Белок М имеет молекулярную массу около 8 кДа и образуется путем протеолитического расщепления клеточными протеазами своего предшественника-полипептида ргМ, следующего в полипротеине после белка С [Nowak et al., 1989; Chambers et al., 1990a; Allison et al., 19956; Li et al., 2008]. Было показано, что вариабельность последовательностей белка для различных видов флавивирусов составляет 70-80% [Pletnev et al., 1990], причем его размеры могут варьировать даже у одного вида флавивирусов;

так, у ряда европейских штаммов ВКЭ молекулярная масса белка M составляет около 7,5 кДа, а у дальневосточных и сибирских штаммов - 6,5-7 кДа [Heinz, Kunz, 1981]. N-конец белка ргМ содержит сайты гликозилирования и шесть консервативных остатков цистеина, формирующих три внутримолекулярных S-S мостика [Nowak, Wengler, 1987; Li et al., 2008].

На первых стадиях сборки в клетке, вирион существует в виде внутриклеточной незрелой вирусной частицы, содержащей белок-предшественник ргМ, заякоренный С-терминальным концом в вирусной мембране и формирующий гетеродимерный комплекс с белком оболочки вириона Е в соотношении 1:1 [Wengler and Wengler , 1989; Heinz et al., 1994; Allison et al., 19956; Lorenz et al., 2002; Li et al.s 2008; Perera, Kuhn, 2008]. Совместный синтез белков ргМ и Е необходим для правильного сворачивания, ориентации в пространстве, ассоциации с мембраной и эффективной секреции белка Е флавивирусов, так как одной из функций белка ргМ является защита белка Е от необратимых конформационных изменений во время транспорта гетерокомплекса ргМ-Е через ЭПР и аппарат Гольджи (AT) [Konishi, Mason, 1993; Heinz et al., 1994; Allison et al., 19956; Lorenz et al., 2002; Li et al., 2008]. Созревание неинфекционных вирусных частиц происходит в компартментах АГ в результате процессинга белка ргМ клеточной сигналазой (фурином) (Рис. 4), при котором в составе вириона остается его С-конец (белок М) [Stadler et al., 1997; Elshuber et al., 2003]. Расщепление ргМ сопровождается изменением конформации поверхностного белка оболочки вириона Е, после чего происходит созревание вириона, и он приобретает способность инфицировать клетку [Wengler et al., 1987; Wengler, Wengler, 1989; Allison et al., 1995; Stadler et al., 1997; Elshuber et al., 2003; Fischl et al., 2008; Perera, Kuhn, 2008].

1.3.2.3. Белок оболочки вириона E

Белок E имеет молекулярную массу около 50 кДа и является основным

22

структурным гликопротеином оболочки ВКЭ, который опосредует связывание ВКЭ с клеточными рецепторами, определяет тропизм, вирулентность и обеспечивает образование вируснейтрализующих антител [Roehrig, 2003]. N и С-концы белка образуются под действием сигнальной пептидазы клетки (Рис. 4) [Mandl et al., 1988; Chambers et al., 19906]. Уровень гомологии белка E составляет 93-96% среди различных штаммов одного вида (ВКЭ) и 36-40% для различных видов флавивирусов (77%-80% гомологии для вирусов, переносимых клещами, и около 40% между флавивирусами, переносимыми клещами и комарами) [Mandl et al., 1989b; Pletnev et al., 1990; Venigopal et al., 1994]. При исследованиях штаммов, выделенных с разницей в 14 лет в одном из природных очагов в Австрии, с помощью панели моноклональных антител к белку Е в нем не были выявлены антигенные изменения, что указывает на стабильность основного гликопротеина оболочки вирионов Е в вирусной популяции в течение многих лет [Guirackhoo et al., 1987].

Было показано, что белок Е состоит из большой вневирионной части, трансмембранного якоря и короткого пептида, находящегося под липидной оболочкой вириона (Рис. 5) [Heinz, Mandl, 1993]. Его последовательность содержит 12 остатков цистеина, образующих 6 внутримолекулярных дисульфидных мостиков, стабилизирующих пространственную структуру белка Е, причем их расположение, по-видимому, является консервативным для различных флавивирусов [Nowak, Wengler, 1987].

У большинства флавивирусов белок Е является гликопротеином с N-гликозидным типом связи белок-углевод. Сайты гликозилирования белка Е не являются консервативными, но в ряде случаев наблюдается сходство в их количестве и расположении [Winkler et al., 1987]. С другой стороны, было показано, что для некоторых флавивирусов гликозилирование белка Е не является необходимым; так, основной белок оболочки зрелых вирионов вирусов Западного Нила и Кунжин негликозилирован [Novak et al., 1989;

Рис. 5. Двухмерная модель белка Е ВКЭ [Mandl et al., 1989а; Heinz, Mandl, 1993].

Цифрами обозначены позиции а.о. в белке Е. Дисульфидные мостики обозначены короткими толстыми линиями. Две горизонтальные линии - билипидная мембрана вирионов. А, В, С - антигенные домены.

Trent, Naeve, 1980]. Более того, для ВКЭ было продемонстрировано, что при заражении им культур эукариотических клеток белок Е обнаруживается как в гликозилированной, так и в негликозилированной формах [Ляпустин и др., 1987]. Было показано, что дегликозилирование белка Е не влияет на его биологические свойства, такие как инфекционность при внутримозговом заражении лабораторных животных и агглютинация эритроцитов [Guirakhoo et al., 1989; Winkler et al., 1987], так же как и присоединение олигосахаридов не влияет на конформацию эпитопов белка Е флавивирусов [Vorndam et al., 1993]. Было сделано предположение, что гликозилирование белка Е в ряде случаев необходимо для транспортировки его через мембраны ЭПР и АГ при сборке и созревании вирионов [Stephenson etal., 1987].

Поверхностный гликопротеин оболочки вириона Е ВКЭ принимает участие в связывании вириона с клеточным рецептором и слиянии вирусной

мембраны с клеточной с последующим рецептор-опосредованным эндоцитозом [Stiasny et al., 1996]. В качестве рецепторов клеток для проникновения ВКЭ были описаны ламининсвязывающий белок человека и a3ßi интегрин [Протопопова и др., 1997; Малыгин и др., 2009]. Так как гликопротеин Е обладает сродством к интегринам на поверхности клеток, то следствием этого наблюдается его способность вызывать агглютинацию эритроцитов [Лурия и др., 1981].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Ткачев, Сергей Евгеньевич, 2015 год

ЛИТЕРАТУРА

1) Адельшин Р.В., Злобин В.И., Беликов С.И., Джиоев Ю.П., Демина Т.В., Газо М.Х., Козлова И.В., Верхозина ММ., Вотяков В.И., Титов Л.П., Самойлова Т.И., Данчинова Г.Г., Хаснатинов М.А., Воронко И.В., Голубович С., Тешанович М., Приймяги Л.С., Василенко В.А. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита в европейской части России и некоторых странах Балтии, восточной и юго-восточной Европы // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2006. - № 2. - С. 27-34.

2) Андаев Е.И., Сидорова Е.А., Борисова Т.Н., Трухина А.Г., Карань Л.С., Погодина В.В., Туранов А.О., Адельшин Р.В., Нагибина O.A., Вершинин Е.А. Клещевой энцефалит в Забайкальском крае и молекулярно-биологическая характеристика возбудителя // Национальные приоритеты России (Специальный выпуск). - 2011. - №2, Т.5. - С. 148 - 150.

3) Бахвалова В.Н., Морозова О.В., Морозов И.В. Свойства популяции вируса клещевого энцефалита, циркулировавшей в 1980-2006 гг. на территории Новосибирской области '// Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра СО РАМН. - 2007. - № 4. - С. 41-48.

4) Беликов С.И., Леонова Г.Н., Кондратов И.Г., Романова Е.В., Павленко Е.В. Анализ геномов штаммов вируса клещевого энцефалита, обладающих различной вирулентностью для человека // Тихоокеанский медицинский журнал. - 2010а. - № 3. - С. 23-26.

5) Беликов С.И., Леонова Г.Н., Кондратов И.Г., Романова Е.В. Павленко Е.В. Кодирующие нуклеотидные последовательности штаммов вируса клещевого энцефалита, изолированные из крови людей без клинических проявлений инфекции // Генетика. - 20106. - Т. 46, № 3. - С. 356-363.

6) Верета Л.А., Воробьёва М.С. Природная . гетерогенность и целенаправленный отбор штаммов вируса клещевого энцефалита. М.: "Медицина", 1990. - 124 с.

7) Верхозина М.М. Молекулярно-эпидемиологическая и генетическая характеристика региональной популяции вируса клещевого энцефалита Восточной Сибири: Дисс. ...канд. биол. наук. - Иркутск, 2000. - 163 с.

8) Верхозина М.М., Злобин В.И., Козлова И.В., Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Лисак О.В., Дорощенко Е.К., Протасова Е.Г. Эпидемиологический и молекулярно-генетический анализ популяции вируса клещевого энцефалита Иркутской области // Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра СО РАМН. - 2007. - № 3S. - С. 79-85.

9) Волкова Т.Д., Вольпина О.М., Иванова В.Т., Рубин С.Г., Семашко И.В., Караванов A.C. Изучение антигенной структуры вируса клещевого энцефалита с помощью синтетических пептидов // Биоорганическая химия. - 1998. - Т. 24, № 2. - С. 100-111.

10) Вотяков В.И., Злобин В.И., Мешаева Н.П. Клещевые энцефалиты Евразии. Новосибирск: Наука, 2002. - 438 с.

11) Гайдамович С.Я., Логинова Н.В. Семейство Togaviridae И Общая и частная вирусология. - М. 1982. - Т.2. - С. 49-94.

12) Государственный доклад "О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2013 году" - 2014а. (rospotrebnadzor.ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=1984).

13) Государственный доклад "О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения Новосибирской области в 2013 году" - 20146. (54.rospotrebnadzor.ru/documents/l 0156/0/Госдоклад+за+201З+год-pdf).

14) Добрикова Е.Ю., Плетнев А.Г. Анализ 5'- и 3'-концевых некодирующих областей генома // Биоорганическая химия. - 1995. — Т. 21, №7.-С. 528-534.

15) Зильбер Л.А. Весенний (весенне-летний) эпидемический клещевой энцефалит // Архив биол. наук. - 1939. - Т. 56, Вып. 2. - С.9-37.

16) Злобин В.И., Беликов С.И., Джиоев Ю.П., Демина Т.В., Козлова И.В. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита. Иркутск: РИО ВСНЦ СО РАМН, 2003. - 272 с.

17) Злобин В.И., Беликов С.И., Джиоев Ю.П., Демина Т.В., Козлова И.В., Верхозина М.М., Данчинова Г.А., Аделыиин Р.В., Дорощенко Е.К., Кулакова Н.В. Новая концепция природной генетической вариабельности вируса клещевого энцефалита // Тихоокеанский медицинский журнал. -2001b.-№2.-С. 75-78.

18) Злобин В.И., Горин О.З. Клещевой энцефалит. Этиология. Эпидемиология и профилактика в Сибири. Новосибирск: Наука, 1996. -177 с.

19) Злобин В.И., Демина Т.В„ Мамаев JI.B., Бутина Т.В., Беликов С.И., Горин О.З., Джиоев Ю.П., Верхозина М.М., Козлова И.В., Воронко И.В., Аделыиин Р.В., Грачев М.А. Анализ генетической вариабельности штаммов вируса клещевого энцефалита по первичной структуре фрагмента гена белка оболочки Е // Вопросы вирусологии. — 2001а. — Т. 46, №1. - С. 12-16.

20) Злобин В.И., Демина Т.В., Беликов С.И., Бутина Т.В., Горин О.З., Аделыпин Р.В., Грачев М.А. Генетическое типирование штаммов вируса клешевого энцефалита на основе анализа уровней гомологии фрагмента гена белка оболочки // Вопросы вирусологии. - 20016. - Т. 46, №1. - С. 1722.

21) Злобин В.И., Дрокин Д.А., Мансуров П.Г., Калмин О.Б., Якименко В.В. Типирование штаммов вируса клещевого энцефалита по растворимому антигену // Вопросы вирусологии. - 1991. - № 1. - С. 24-27.

22) Иерусалимский А.П. Клещевой энцефалит. Руководство для врачей. Новосибирск: Государственная медицинская академия МЗ РФ, 2001. - 360 с.

23) Карань J1.C., Маленко Г.В., Бочкова Н.Г., Левина Л.С., Пиванова Г.П., Колясникова Н.М., Гамова Е.Г., Трухина А.Г., Злобин В.И., Верхозина

135

М.М., Козлова И.В., Джиоев Ю.П., Демина Т.В., Погодина В.В. Применение молекулярно-генетических методов для изучения структуры штаммов вируса клещевого энцефалита // Бюллетень Сибирского отделения РАМН. - 2007. - № 4. - С. 34-40.

24) Карань JI.C., Погодина В.В,, Фролова Т.В., Платонов А.Е. Генетические различия восточноевропейсой и азиатской популяций вируса клещевого энцефалита сибирского подтипа // Бюллетень сибирской медицины. - 2006. - Т. 5, Приложение 1. - С. 24-27.

25) Ковалев С.Ю., Умпелева Т.В., Снитковская Т.Э., Килячина A.C., Романенко В.В., Кокорев B.C., Глинских Н.П. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика вируса клещевого энцефалита на территории Свердловской области на основе генотипспецифической ОТ-ПЦР // Вопросы вирусологии. - 2008. - № 2. - С. 27-31.

26) Леонова Г.Н. Клещевой энцефалит в Приморском крае: вирусологические и эколого-эпидемиологические аспекты. Владивосток: Дальнаука, 1997. - 190 с.

27) Леонова Г.Н., Беликов С.И., Кулакова Н.В., Павленко Е.В., Борисевич

B.Г. Молекулярное типирование штаммов вируса клещевого энцефалита, выделенных от людей с различной степенью тяжести инфекции на территории юга Дальнего Востока России // Мол. Генетика, микробиология и вирусология. - 2004. - № 2. - С. 32-37.

28) Леонова Г.Н., Беликов С.И., Павленко Е.В., Кулакова Н.В., Крылова Н.В. Биологическая и молекулярно-генетическая характеристика дальневосточной популяции вируса клещевого энцефалита и ее патогенетическое значение // Вопросы вирусологии. - 2007. - Т. 52, № 6. -

C. 13-17.

29) Лесникова М.В., Лесников И.Р., Филоненко И.В., Колясникова Н.М., Карань Л.С., Маленко Г.В., Погодина В.В. Особенности клещевого энцефалита на территории Вологодской области // Медицинская

вирусология. Труды института полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П. Чумакова РАМН. - М., 2007. - T. XXIV. - С. 53-58.

30) Ливанова H.H., Боргояков В.Ю., Ливанов С.Г., Тикунова Н.В., Фоменко Н.В. Характеристика природных очагов клещевых боррелиозов Новосибирского научного центра и новосибирской области // Сибирский медицинский журнал. - 2012. - №4. - С. 20 - 23.

31) Ливанова H.H., Ливанов С.Г., Панов В.В. Особенности распределения клещей Ixodes pesulcatus и Ixodes pavlovskyi на границе лесной и лесостепной зон Приобья // Паразитология. - 2011. - № 2. - С. 94-103.

32) Локтев В.Б. Таксономия флавивирусов и их генетическое разнообразие - В книге «Инфекции, передаваемые клещами в Сибирском регионе» (Серия Интеграционные проекты, вып. 30) (под ред. Власова В.В., Репина В.Е..), Новосибирск, 2011. - 388 с. - С. 257-279.

33) Локтев В.Б., Терновой В.А., Нетесов C.B. Молекулярно-генетическая характеристика вируса клещевого энцефалита // Вопросы вирусологии. -2007.-Т. 52,№5.-С. 10-16.

34) Лукашов В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ. М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. - 256 с.

35) Лурия С., Дарнелл Дж., Балтимор Д., Кэмпбелл Э. Общая вирусология. М.: "Мир", 1981.-680 с.

36) Ляпустин В.Н., Грицун Т.С., Машкевич В.А. Гликозилированные и негликозилированные белки вируса клещевого энцефалита, синтезирующиеся в перевиваемых клетках почки эмбриона свиньи. // Вопросы вирусологии. - 1987. - Т.32, №3. - С. 337-342.

37) Малыгин A.A., Бондаренко Е.И., Иванисенко В.А., Протопопова Е.В., Карпова Г.Г., Локтев В.Б. Картирование рецепторного домена для вирусов венесуэльского энцефалита лошадей и клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека // Биохимия. - 2009. - Т. 74, Вып. 12.-С. 1631-1641.

38) Митрофанова Е.Э., Бахвалова В.Н., Добрикова Е.Ю., Pap В.А., Морозова О.В. Генная иммунизация против вируса клещевого энцефалита // Молекулярная биология. - 1997. - Т. 31, № 3. - С. 403-406.

39) Морозова О.В. Состав и функции белков репликативного комплекса вируса клещевого энцефалита: Дисс. ...канд. биол. наук. - Новосибирск, 1991.- 102 с.

40) Плетнев А.Г., Ямщиков В.Ф., Блинов В.М. Нуклеотидная последовательность генома и полная аминокислотная последовательность полипротеина вируса клещевого энцефалита // Биоорганическая химия. 1989. Т. 15. № 11. С. 1504-1520.

41) Погодина В.В. Мониторинг популяций вируса клещевого энцефалита и этиологической структуры заболеваемости за 60-летний период // Вопросы вирусологии. - 2005. - Т. 50, № 3. - С. 7-13.

42) Погодина В.В., Бочкова Н.Г., Злобин В.И. и др. Генетическая характеристика серотипа Вергина вируса клещевого энцефалита и особенности его патогенности // Вопросы вирусологии. - 1993. - №4. — С. 158-162.

43) Погодина В.В., Бочкова Н.Г., Злобин В.И., Левина Л.С., Джиоев Ю.П., Дживанян Т.Н., Соколова И.А. Вергинаподобные штаммы вируса клещевого энцефалита в России // Вопросы вирусологии. - 1995. - №6. -С. 260-264.

44) Погодина В.В., Бочкова Н.Г., Карань Л.С., Трухина А.Г., Левина Л.С., Маленко Г.В., Дружинина Т.А., Лукашенко З.С., Дулькейт О.Ф., Платонов А.Е. Сибирский и дальневосточный подтипы вируса клещевого энцефалита в европейских и азиатских регионах России: генетическая и антигенная харакетристика штаммов // Вопросы вирусологии. - 2004. - Т. 49, №4._ с. 20-25.

45) Погодина В.В., Бочкова Н.Г., Корешкова Г.В. Свойства штаммов серотипа Айна\1448 вируса КЭ и особенности его патогенности // Вопросы вирусологии - 1981а. - №6. - С. 741-746.

46) Погодина В.В., Бочкова Н.Г., Левина Л.С. и др. Иммунологические и некоторые этиологические аспекты изучения серотипа Айна\1448 вируса КЭ // Вопросы вирусологии. - 19816. - №6. - С. 735-741.

47) Погодина В.В., Карань Л.С, Колясникова Н.М., Левина Л.С, Маленко Г.В., Гамова Е.Г., Лесникова М.В., Килячина А.С, Есюнина М.С, Бочкова Н.Г., Шопенская Т.А., Фролова Т.В., Андаев Е.И., Трухина А.Г. Эволюция клещевого энцефалита и проблема эволюции возбудителя // Вопросы вирусологии. - 2007. - Т. 52, № 5. - С. 16-21.

48) Природа Академгородка: 50 лет спустя (под ред. И.Ф. Жимулева). Новосибирск, Издательство СО РАН, 2007. - 250 с.

49) Протопопова Е.В., Коновалова С.Н., Локтев В.Б. Выделение клеточного рецептора для вируса клещевого энцефалита при помощи антиидиотипических антител // Вопросы вирусологии. - 1997. - Т.42, № 6. - С. 264-268.

50) Сафронов П.Ф., Нетесов C.B., Микрюкова Т.П., Блинов В.М., Осипова Е.Г., Киселева H.H., Сандахчиев Л.С. Нуютеотидная последовательность генов и полная аминокислотная последовательность белков вируса клещевого энцефалита штамма 205 // Молек. генет. микробиол. вирусол. -1991.-№4.-С. 23-29.

51) Субботина Е.Л., Локтев В.Б. Молекулярная эволюция вируса клещевого энцефалита и вируса Повассан // Молекулярная биология. -2012.-Т.46,№1.-С. 82-92.

52) Ткачев С.Е., В.А. Матвеева. Исследование индукции гуморального иммунитета против белков Е и NS1 вируса клещевого энцефалита при иммунизации рекомбинантными нуклеиновыми кислотами // Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. - 2007. - №3. - С. 173-176.

53) Ткачев С.Е., Матвеева В.А., Митрофанова Е.Э., Бахвалова В.Н. Генная иммунизация против вируса клещевого энцефалита - В книге «Инфекции, передаваемые клещами в Сибирском регионе» (Серия Интеграционные

проекты, вып. 30) (под ред. Власова В.В., Репина В.Е..), Новосибирск, 2011.-388 с. - С. 182-196.

54) Трухина А.Г. Особенности циркуляции возбудителя КЭ в зоне распространения двух серотипов вируса на территории Прибайкалья: Дисс. ...канд. мед. наук. - Иркутск, 1989. - 176 с.

55) Хаснатинов М.А., Данчинова Г.А., Кулакова Н.В., Tungalag К., Арбатская Е.В., Миронова JI.B., Tserennorov D., Bolormaa G., Otgonbaatar D., Злобин В.И. Генетическая характеристика возбудителя клещевого энцефалита в Монголии // Вопросы вирусологии. - 2010. - №3. - С.27-32.

56) Якименко В.В., Дрокин Д.А., Калмин О.Б., Богданов И.И., Иванов Д.И. К вопросу о влиянии host-эффекта на штаммовую изменчивость вируса клещевого энцефалита // Вопросы вирусологии. - 1996. - Т.41, №3. — С. 112-117.

57) Ackermann М., Padmanabhan R. De novo synthesis of RNA by the dengue virus RNA-dependent RNA polymerase exhibits temperature dependence at the initiation but not elongation phase // J. Biol. Chem. - 2001. - V. 276, № 43. - P. 39926-39937.

58) Akaike H. Information theory and an extension of the maximum likelihood principle. In: Petrov BN, Csaki F, editors. Second International Symposium on Information Theory. 1973. Budapest (Hungary): Akademiai Kiado. p. 267-281.

59) Aleshin A.E., Shiryaev S.A., Strongin A.Y., Liddington R.C. Structural evidence for regulation and specificity of flaviviral proteases and evolution of the Flaviviridae fold // Protein Sci. - 2007. - V. 16. - P. 795-806.

60) Aleshin S.E., Timofeev A.V., Khoretonenko M.V., Zakharova L.G., Pashvykina G.V., Stephenson J.R., Shneider A.M., Altstein A.D. Combined prime-boost vaccination against tick-borne encephalitis (TBE) using a recombinant vaccinia virus and a bacterial plasmid both expressing TBE virus non-structural NS1 protein // BMC Microbiol. - 2005. - 5:45.

61) Allison S.L., Schalich J., Stiasny K., Mandl C.W., Heinz P.X. Mutational evidence for an internal fusion peptide in flavivirus envelope protein E // J. Virol. - 2001. - V. 75, № 9. - P. 4268-4275.

62) Allison S.L., Schalich J., Stiasny K., Mandl C.W., Kunz C., Heinz F.X. Oligomeric rearrangement of tick-borne encephalitis virus envelope proteins induced by an acidic pH // J. Virol. - 1995a. - V. 69, № 2. - P. 695-700.

63) Allison S.L., Stadler K., Mandl C.W., Kunz C., Heinz F.X. Synthesis and secretion of recombinant tick-borne encephalitis virus protein E in soluble and particulate form // J.Virol. - 19956. - V. 69, № 9. - P. 5816-5820.

64) Amberg S.M., Nestorowicz A., McCourt D.W., Rice C.M. NS2B-3 proteinase-mediated processing in the yellow fever virus structural region: in vitro and in vivo studies // Journal of Virology. - 1994. - V. 68, №6. - P. 37943802.

65) Ambrose R.L., Mackenzie J.M. A Conserved Peptide in West Nile Virus NS4A Protein Contributes to Proteolytic Processing and Is Essential for Replication // J. Virology. - 2011. - V. 85, № 21. - P. 11274-11282.

66) Arias C.F., Preugschat F., Strauss J.H. Dengue 2 virus NS2B and NS3 form a stable complex that can cleave NS3 within the helicase domain // Virology. -1993.-V. 193.-P. 888-899.

67) Baltimore D. Expression of animal virus genomes // Bacteriol. Rev. — 1971. - № 3. - P. 235-241.

68) Bartelma G., Padmanabhan R. Expression, purification, and characterization of the RNA 5'-triphosphatase activity of dengue virus type 2 nonstructural protein 3 // Virology. - 2002. - V. 299, № 1. - P. 122-132.

69) Best S.M., Morris K.L., Shannon J.G., Robertson S.J., Mitzel D.N., Park G.S., Boer E., Wolfinbarger J.B., Bloom M.E. Inhibition of interferon-stimulated JAK-STAT signaling by a tick-borne flavivirus and identification of NS5 as an interferon antagonist // J. Virol. - 2005. - V. 79, № 20. - P. 1282812839.

70) Blitvich B J., Mackenzie J.S.,Coelen R.J., Howard M.J., Hall R.A. A novel complex formed between the flavivirus E and NS1 proteins: analysis of its structure and function. // Arch. Virol. -1995. - V.140, № 5. - P. 145-156.

71) Boom R., Sol C.J., Salimans M.M., Jansen C.L., Wertheim-van Dillen P.M., van der Noordaa J. Rapid and simple method for purification of nucleic acids // J. Clin. Microbiol. - 1990. - V. 28. - P. 495-503.

72) Brandriss M.W., Schlesinger J .J., Walsh E.E. Immunogenicity of a purified fragment of 17D yellow fever envelope protein. // J. Infect. Dis. - 1990. -V.161, № 5. - P. 1134-1139.

73) Brinton M.A. Replication of flaviviruses. In: "The Togaviridae and Flaviviridae". (S. Schlesinger, M.R. Schlesinger/ Eds.). Plenum Press., New York-London. - 1986. - P. 327-374.

74) Brinton M.A., Kurane I., Mathew A., Zeng L., Shi P?Y., Rothman A., Ennis F. Immune mediated and inherited defences against flaviviruses. // Clinic, and Diagnos. Virol. - 1998. - V. 10, № 2-3. - P. 129-139.

75) Calisher C.H., Karabatsos K., Dalrymple J.M., Shope R.E., Porterfield J.S., Westaway E.G., Brandt W.E. Antigenic relationships between flaviviruses as determined by cross-neutralization tests with polyclonal antisera // J. Gen. Virol. - 1989. - V. 70. - P. 37-43.

76) Casati S., Gern L., Piffaretti J.-C. Diversity of the population of Tick-borne encephalitis virus infecting Ixodes ricinus ticks in an endemic area of central Switzerland (Canton Bern) // J. Gen. Virol. - 2006. - V. 87. - P. 2235-2241.

77) Chambers T.J., Grakoui A., Rice C.M. Processing of yellow fever virus nonstructural polyprotein: a catalytically active NS3 proteinase domain and NS2B are required for cleavage at dibasic sites // Journal of Virology. - 1991. -V. 65. - P. 6042-6050.

78) Chambers T.J., Hahn C.S., Galler R., Rice C.M. Flavivirus genome organization, expression, and replication // Annu. Rev. Microbiol. - 1990a. - V. 44. - P. 649-688.

79) Chambers T.J., McCourt D.W., Rice C.M. Production of yellow fever virus proteins in infected cells: identification of discrete polyprotein species and analysis of cleavage kinetics using region-specific polyclonal antisera // Virology. - 1990b. - V. 177, № 1. - P. 159-174.

80) Chambers T.J., Nestorowicz A., Amberg S.M., Rice C.M. Mutagenesis of the yellow fever virus NS2B protein: effects on proteolytic processing, NS2B-NS3 complex formation, and viral replication // J. Virol. - 1993. - V. 67, №11. - P. 6797 - 6807.

81) Chambers T.J., Nestorowicz A., Rice C.M. Mutagenesis of the Yellow Fever virus NS2B/3 cleavage site: determinants of cleavage site specificity and effects on polyprotein processing and viral replication // J. Virol. - 1995. - V. 69, № 3. -P. 1600-1605.

82) Chausov E.V., Ternovoi V.A., Protopopova E.V., Kononova J.V., Konovalova S.N., Pershikova N.L., Romanenko V.N., Ivanova N.V., Bolshakova N.P., Moskvitina N.S., Loktev V.B. Variability of the tick-borne encephalitis virus genome in the 5' noncoding region derived from ticks Ixodes persulcatus and Ixodes pavlovskyi in Western Siberia // Vector Borne Zoonotic Dis. - 2010. - V. 10, № 4. - P. 365-375.

83) Chen C.J., Kuo M.D., Chien L.J., Hsu S.L., Wang Y.M., Lin J.H. RNA-protein interactions: involvement of NS3, NS5, and 3' noncoding regions of Japanese encephalitis virus genomic RNA // J. Virol. - 1997. - V. 71, № 5. - P. 3466-3473.

84) Chung K.M., Nybakken G.E., Thompson B.S., Engle M.J., Marri A., Fremont D.H., Diamond M.S. Antibodies against West Nile Virus nonstructural protein NS1 prevent lethal infection through Fc gamma receptor-dependent and -independent mechanisms // J. Virol. - 2006. - V. 80, № 3. - P. 1340-1351.

85) Churdboonchart V., Bhamarapravati N., Peampramracha S., Sirinavin S. Antibodies against dengue viral proteins in primary and secondary dengue hemorrhagic fever // American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. — 1991. - V. 44, №5. - P. 481-493.

86) Clum S., Ebner K.E., Padmanabhan R. Cotranslational membrane insertion of the serine proteinase precursor NS2B-NS3(Pro) of dengue virus type 2 is required for efficient in vitro processing and is mediated through the hydrophobic regions of NS2B // J. Biol. Chem. - 1997. - V. 272, № 49. - P. 30715-30723.

87) Costa S.M., Freire M.S., Alves A.M. DNA vaccine against the nonstructural 1 protein (NS1) of dengue 2 virus // Vaccine. - 2006. - V. 24, № 21. -P. 4562-4564.

88) Crooks A.J., Lee J.M., Easterbrook L.M., Timofeev A.V. Stephenson J.R. The NS1 protein of tick-borne encephalitis virus forms multimeric species upon secretion from the host cell. // J. Gen. Virol. - 1994. - V. 75, № 5. - P. 34533460.

89) D'Agaro P., Martinelli E., Burgnich P., Nazzi F., Del Fabbro S., lob A., Ruscio M., Pischiutti P., Campello C. Prevalence of tick-borne encephalitis virus in Ixodes ricinus from a novel endemic area of North Eastern Italy // J. Med. Virol. - 2009. - V. 81, № 2. - P. 309-316.

90) De Madrid A.T., Porterfield J.S. The Flaviviruses (group B arboviruses): a cross neutralization study // J. Gen. Virol. - 1974. - V. 23. - P. 91-96.

91) De Nova-Ocampo M., Villegas-Sepulveda N., del Angel R.M. Translation elongation factor-1 alpha, La, and PTB interact with the 3' untranslated region of dengue 4 virus RNA // Virology. - 2002. - V. 295, № 2. - P. 337-347.

92) Demina T.V., Dzhioev Yu.P., Verkhozina M.M., Kozlova I.V., Tkachev S.E., Plyusnin A., Doroshchenko E.K., Lisak O.V., Zlobin V.I. Genotyping and characterization of the geographical distribution of tick-borne encephalitis virus variants with a set of molecular probes // Journal of Medical Virology. - 2010. -V. 82.-P. 965-976.

93) Dokland T., Walsh M., Mackenzie J.M., Khromykh A.A., Ee K.H., Wang S. West Nile virus core protein: tetramer structure and ribbon formation // Structure. - 2004. - V. 12, №7.-P. 1157-1163.

94) Drummond A.J., Nicholls G.K., Rodrigo A.G., Solomon w. Estimating Mutation Parameters, Population History and Genealogy Simultaneously From Temporally Spaced Sequence Data // Genetics. - 2002. - V. 161. - P. 13071320,

95) Drummond A.J., Rambaut A. BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees // BMC Evolutionary Biology. - 2007. - 7:214.

96) Drummond A.J., Suchard M.A., Xie D., Rambaut A. Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7 // Mol. Biol. Evol. - 2012. - doi: 10.1093/molbev/mss075

97) Duffy S., Shackelton L.A., Holmes E.C. Rates of evolutionary change in viruses: patterns and determinants // Nature Reviews Genetics. - 2008. - V. 9. -P. 267-276.

98) Ecker M., Allison S.L., Meixner T., Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of TBEV from Europe and Asia // J. Gen. Virol. - 1999. -V. 80.-P. 179-185.

99) Elshuber S., Allison S.L., Heinz F.X., Mandl C.W. Cleavage of protein prM is necessary for infection of BHK-21 cells By tick-bome encephalitis virus // J. Gen. Virol. - 2003. - V. 84, Pt. 1. - P. 183-191.

100) Erbel P., Schiering N., D'Arcy A., Renatus M., Kroemer M., Lim S.P., Yin Z., Keller T.H., Vasudevan S.G., Hommel U. Structural basis for the activation of flaviviral NS3 proteases from dengue and West Nile virus // Nat. Struct. Mol. Biol. - 2006. - V. 13, № 4. - P. 372-373.

101) Falgout B., Bray M., Schlesinger J.J., Lai C.J. Immunization of mice with recombinant vaccinia virus expressing authentic dengue virus nonstructural protein NS1 protects against lethal dengue virus encephalitis // J. Virol. - 1990. -V. 64, №9.-P. 4356-4363.

102) Falgout B., Chanock R., Lai C.J. Proper processing of dengue vims nonstructural glycoprotein NS1 requires the N-terminal hydrophobic signal sequence and the downstream nonstructural protein NS2a // J. Virol. - 1989. -V. 63, №5.-P. 1852-1860.

103) Falgout B., Markoff L. Evidence that Flavivirus NS1-NS2A Cleavage is mediated by a membrane-bound host protease in the endoplasmic reticulum // J. Virol. - 1995. - V. 69, № 11. - P. 7232-7243.

104) Falgout B., Pethel M., Zhang Y.M., Lai C.J. Both nonstructural proteins NS2B and NS3 are required for the proteolytic processing of Dengue virus nonstructural proteins // J. Virol. - 1991. - V. 65, № 5. - P. 2467-2475.

105) Fauquet C.M., Mayo M.A., Maniloff J., Desselberger U., Ball L.A. (eds.) Virus Taxonomy. Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Elsevier Academic Press, San Diego, London, 2005. 1162 p.

106) Felsenstein J. Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach. - 1981. - J. Mol. Evol. - V. 17. - P. 368-376.

107) Ferrer-Orta C., Arias A., Escarmis C., Verdaguer N. A comparison of viral RNA-dependent RNA polymerases // Curr. Opin. Struct. Biol. - 2006. - V. 16. -P. 27-34.

108) Fields Virology, 5th Edition (edited by D.M. Knipe, P.M. Howley) Lippincott Williams & Wilkins, 2007. 3177 p.

109) Filomatori C.V., Lodeiro M.F., Alvarez D.E., Samsa M.M., Pietrasanta L., Gamarnik A.V. A 5' RNA element promotes dengue virus synthesis on a circular genome // Genes Dev. - 2006. - V. 20. - P. 2238-2249.

110) Fischl W., Elshuber S., Schrauf S., Mandl C.W. Changing the protease specificity for activation of a flavivirus, tick-bome encephalitis virus // J. Virol. - 2008. - V. 82, № 17. - P. 8272-8282.

111) Floris R., Altobelli A., Boemo B., Mignozzi K., Cinco M. First detection of TBE virus sequences in Ixodes ricinus from Friuli Venezia Giulia (Italy) // New Microbiol. - 2006. - V. 29, № 2. - P. 147-150.

112) Golovljova I., Katargina O., Gellera J., Talloa T., Mittzenkova V., Vene S., Nemirov K., Kutsenko A., Kilosanidze G., Vasilenko V., Plyusnin A., Lundkvist A. Unique signature amino acid substitution in Baltic tick-borne encephalitis virus (TBEV) strains within the Siberian TBEV subtype //

International Journal of Medical Microbiology. - 2008. - V. 298, Supl. 1. - P. 108-120.

113) Golovljova, I., Vene, S., Sjolander, K.B., Vasilenko, V., Plyusnin, A., Lundkvist, A. Characterization of tick-borne encephalitis virus from Estonia // J. Med. Virol. - 2004. - V. 74. - P. 580-588.

114) Gorbalenya A.E., Koonin E.V. Helicases: Amino acid sequencecomparisons and structure-function relationships // Current Opinions in Structural Biology. -1993.-V. 34.-P. 419-429.

115) Goto A., Hayasaka D., Yoshii K., Mizutani T., Kariwa H., Takashima I. A BHK-21 cell culture-adapted tick-borne encephalitis virus mutant is attenuated for neuroinvasiveness // Vaccine. - 2003. - V. 21, № 25-26. - P. 4043-4051.

116) Goto A., Hayasaka D., Yoshii K., Mizutani T., Kariwa H., Takashima I. Genetic and biological comparison of tick-borne encephalitis viruses from Hokkaido and far-eastern Russia // Jpn. J. Vet. Res. - 2002. - V.49, №4. - P. 297-307.

117) Gould E.A., Zanotto P.M. de A., Holmes E.C. The genetic evolution of Flaviviruses. In: Factors in the Emergence of Arbovirus Diseases, 1997. -Edited by J. F. Saluzzo & B. Dodet. Amsterdam: Elsevier. - pp. 51-63.

118) Grard G., Moureau G., Charrel R.N., Lemasson J.J., Gonzalez J.P., Gallian P., Gritsun T.S., Holmes E.C., Gould E.A., de Lamballerie X. Genetic characterization of tick-borne flaviviruses: New insights into evolution, pathogenetic determinants and taxonomy // Virology. - 2007. - V. 361. - P. 8092.

119) Gritsun T.S, Desai A., Gould E.A. The degree of attenuation of tick-bome encephalitis virus depends on the cumulative effects of point mutations // J. Gen. Virol. - 2001. - V. 82, Pt. 7. - P. 1667-1675.

120) Gritsun T.S., Frolova T.V., Pogodina V.V., Lashkevich V.A., Venugopal K., Gould E.A. Nucleotide and deduced amino acid sequence of the envelope gene of the Vasilchenko strain of TBE virus; comparison with other flaviviruses // Virus Research. - 1993. - V. 27. - P. 201-209.

121) Gritsun T.S., Gould E.A. Origin and evolution of flavivirus 5'UTRs and panhandles: trans-terminal duplications? // Virology. - 2007. - V. 366. - P. 815.

122) Gritsun T.S., Gould E.A. The 3' untranslated region of tick-borne flaviviruses originated by the duplication of long repeat sequences within the open reading frame // Virology. - 2006. - V. 354, № 1. - P. 217-223.

123) Gritsun T.S., Lashkevich V.A., Gould E.A. Tick-borne encephalitis // Antiviral Res. - 2003b. - V. 57. - P. 129-146.

124) Gritsun T.S., Venugopal K., Zanotto P.M., Mikhailov M.V., Sail A.A., Holmes E.C., Polkinghorne I., Frolova T.V., Pogodina V.V., Lashkevich V.A., Gould E.A. Complete sequence of two tick-borne flaviviruses isolated from Siberia and the UK: analysis and significance of the 5' and 3'-UTRs // Virus Research. - 1997. - V.49, №1. - P. 27-39.

125) Guirakhoo F., Heinz F.X., Kunz C. Epitope model of tick-borne encephalitis virus envelope glycoprotein E: Analysis of structural properties, role of carbohydrate side chain and conformational changes occurring at acidic pH // Virology. - 1989. - V. 169, №1. - P. 90-99.

126) Guirackhoo F., Radda A.C., Heinz F.X., Kunz C. Evidence for antigenic stability of tick-borne encephalitis virus by the analysis of natural isolates // J. Gen. Virology. - 1987. - V. 68. - P. 859-864.

127) Haglund M., Vene S., Forsgren M., Günther G., Johansson B., Niedrig M., Plyusnin A., Lindquist L., Lundkvist A. Characterisation of human tick-borne encephalitis virus from Sweden // J. Med. Virol. - 2003. - V. 71, № 4. - P. 610621.

128) Hahn C.S., Dalrymple J.M., Strauss J.H., Rice C.M. Comparison of the virulent Asibi strain of yellow fever virus with the 17D vaccine strain derived from it // Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. - 1987. - V. 84, № 7. - P. 2019-2023.

129) Hasegawa M., Kishino K., Yano T. Dating the human-ape splitting by a molecular clock of mitochondrial DNA // J. Mol. Evol. - 1985. - V. 22. - P. 160-174.

130) Hayasaka D., Gritsun T.S., Yoshii K., Ueki T., Goto A., Mizutani T., Kariwa H., Iwasaki T., Gould E.A., Takashima I. Amino acid changes responsible for attenuation of virus neurovirulence in an infectious cDNA clone of the Oshima strain of tick-borne encephalitis virus // J. Gen. Virol. - 2004. - V. 85, Pt. 4. - P. 1007-1018.

131) Hayasaka D., Ivanov L., Leonova G.N., Goto A., Yoshii K., Mizutani T., Kariwa H., Takashima I. Distribution and characterization of tick-borne encephalitis viruses from Siberia and far-eastern Asia // J. Gen. Virol. - 2001. -V. 82, №6.-P. 1319-1328.

132) Hayasaka D., Suzuki Y., Kariwa H., Ivanov L., Volkov V., Demenev V., Mizutani T., Gojobori T., Takashima I. Phylogenetic and virulence analysis of tick-borne encephalitis viruses from Japan and Far-Eastern Russia // J. Gen. Virol. - 1999.-V. 80, № 12. - P. 3127-3135.

133) Heinz F.X., Kunz C. Homogeneity of the structural glycoprotein from European isolates of tick-borne encephalitis virus: comparison with other flaviviruses // Journal of General Virology. - 1981. - V. 57. - P. 263-274.

134) Heinz F.X., Kunz C. Isolation of dimeric glycoprotein subunits from tickborne encephalitis virus // Intervirology. - 1980. - V. 13, №1. - P. 169-177.

135) Heinz F.X., Mandl C.W. The molecular biology of tick-borne encephalitis virus // APMIS. - 1993. - №101. - P. 735-745.

136) Heinz F.X., Stiasny K., Puschner-Auer G., Holzmann H., Allison S.L., Mandl C.W., Kunz C. Structural changes and functional control of tick-borne encephalitis virus glycoprotein E by heterogimeric association with protein prM. // Virology. - 1994. - V. 198, № 1. - P. 109-117.

137) Heinz F.X., Tuma W., Kunz C. Antigenic and immunogenic properties of defined physical forms of TBEV structural proteins // Infectious Immunology. -1981.-V. 33, № l.-p. 250-257.

138) Heinze D.M., Gould E.A., Forrester N.L. Revisiting the clinal concept of evolution and dispersal for the tick-borne flaviviruses using phylogenetic and biogeographic analyses // J. Virol. - 2012. - V.86, №16. - P. 8663-8671.

139) Holzmann H., Heinz F.X., Mandl C.W., Guirakhoo F., Kunz C. A single amino acid substitution in envelope protein E of tick-borne encephalitis virus leads to attenuation in the mouse model // J. Virol. - 1990. - V. 64, № 10. - P. 5156-5159.

140) Holzmann H., Stiasny K., Ecker M., Kunz C., Heinz F.X. Characterization of monoclonal antibody-escape mutants of tick-borne encephalitis virus with reduced neuroinvasiveness in mice // J. Gen. Virol. - 1997. - V. 78, Pt. 1. - P. 31-37.

141) Holzmann H., Vorobyova M.S., Ladyzhenskaya I.P., Ferenczi E., Kundi M., Kunz C., Heinz F.X. Molecular epidemiology of tick-borne encephalitis virus: cross-protection between European and Far Eastern subtypes // Vaccine. -1992. - V. 10, № 5. - P. 345-349.

142) Hudson P.J., Rizzoli A., Rosa R., Chemini C., Jones L.D., Gould E.A. Tickborne encephalitis virus in northern Italy: molecular analysis, relationships with density and seasonal dynamics of Ixodes ricinus // Med. Vet. Entomol. - 2001. -V. 15, №3.-P. 304-313.

143) Huson D.H., Bryant D. Application of Phylogenetic Networks in Evolutionary Studies // Molecular Biology and Evolution. - 2006. - V. 23, № 2. - P. 254-267.

144) Jacobs S.C., Stephenson J.R. and Wilkinson W.G. Protection elicited by a replication-defective adenovirus vector expressing the tick-borne encephalitis virus non-structural glycoprotein NS1 // J. Gen. Virol. - 1994. - V. 75. - P. 2399-2402.

145) Jenkins G.M., Rambaut A., Pybus O.G., Holmes E.C. Rates of Molecular Evolution in RNA Viruses: A Quantitative Phylogenetic Analysis // J. Mol. Evol. - 2002. - V. 54. - P. 156-165.

146) Jones C.T., Ma L., Burgner J.W., Groesch T.D., Post C.B., Kuhn R.J. Flavivirus capsid is a dimeric alpha-helical protein // J. Virol. - 2003. - V. 77, № 12.-P. 7143-7149.

147) Jukes T.H., Cantor C.R. Evolution of protein molecules. In: Munro HM, editor. Mammalian protein metabolism. 1969. New York: Academic Press, p. 21-132.

148) Kao C.C, Singh P., Ecker D.J. De novo initiation of viral RNA-dependent RNA synthesis // Virology. - 2001. - V. 287, № 2. - P. 251-260.

149) Katargina O., Russakova S., Geller J., Kondrusik M., Zajkowska J., Zygutiene M., Bormane A., Trofimova J., Golovljova I. Detection and Characterization of Tick-Borne Encephalitis Virus in Baltic Countries and Eastern Poland // PLOS ONE. - 2013. - V.8, Issue 5. - e61374.

150) Kelley J.F., Kaufusi P.H., Volper E.M., Nerurkar V.R. Maturation of dengue virus nonstructural protein 4B in monocytes enhances production of dengue hemorrhagic fever-associated chemokines and cytokines // Virology. - 2011. -V. 418, № 1. - P. 27-39.

151) Khromykh A.A., Meka H., Guyatt K.J., Westaway E.G. Essential role of cyclisation sequences in flavivirus RNA replication // J. Virology. - 2001. - V. 75.-P. 6719-6728.

152) Khromykh A.A., Sedlak P.L., Westaway E.G. Cis- and trans-acting elements in flavivirus RNA replication // J. Virol. - 2000. - V. 74, № 7. - P. 3253-3263.

153) Kim S.Y., Yun S.M., Han M.G., Lee I.Y., Lee N.Y., Jeong Y.E., Lee B.C., Ju Y.R. Isolation of tick-borne encephalitis viruses from wild rodents, South Korea // Vector Borne Zoonotic Dis. - 2008. - V. 8, № 1. - P. 7-13.

154) Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences // J. Mol. Evol. - 1980. - V. 16. - P. 111-120.

155) Kimura M. Estimation of evolutionary distances between homologous nucleotide sequences // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1981. - V. 78. - P. 454458.

156) Kimura M. Evolutionary rate at the molecular level // Nature. - 1968. -V. 217. —P. 624-626.

157) Kitano T., Suzuki K., Yamaguchi T. Morfological, chemical and biological characterization of Japanese encephalitis virus virion and its hemagglutinin. // J. Virol., 1974, V.14, N.3, p.631-639.

158) Kochel T., Wu S.J., Raviprakash K., Hobart P., Hoffman S., Porter K., Hayes C. Inoculation of plasmids expressing the dengue-2 envelope gene elicit neutralizating antibodies in mice // Vaccine. - 1997. - V. 15, № 5-6. - P. 547552.

159) Kofler R.M., Heinz F.X., Mandl C.W. Capsid protein C of tick-borne encephalitis virus tolerates large internal deletions and is a favorable target for attenuation of virulence // J. Virol. - 2002. - V. 76, № 7. - P. 3534-3543.

160) Kofler R.M., Leitner A., O'Riordain G., Heinz F.X., Mandl C.W. Spontaneous mutations restore the viability of tick-borne encephalitis virus mutants with large deletions in protein C // J. Virol. - 2003. - V. 77, № 1. - P. 443-451.

161) Kondo M.Y., Oliveira L.C., Okamoto D.N., de Araujo M.R., Duarte dos Santos C.N., Juliano M.A., Juliano L., Gouvea I.E. Yellow fever virus NS2B/NS3 protease: hydrolytic properties and substrate specificity // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2011. - V. 407, № 4. - P. 640-644.

162) Konishi E., Mason P.W. Proper maturation of the Japanese encephalitis virus envelope glycoprotein requires cosynthesis with the premembrane protein //J. Virol. - 1993. - V. 67, № 3. - P. 1672-1675.

163) Korenberg E.I., Gorban' L.Ya.,Kovalevskii Y.V., Frizen V.I., Karavanov A.S. Risk for Human Tick-Borne Encephalitis, Borrelioses, and Double Infection in the Pre-Ural Region of Russia // Emerging Infectious Diseases. -2001. - V.7, №3. . p. 459-462.

164) Kosakovsky Pond S.L., Frost S.D.W. Datamonkey: rapid detection of selective pressure on individual sites of codon alignments // Bioinformatics. -2005. - V. 21, № 10. - P. 2531-2533.

165) Kovalev S.Y., Chernykh D.N., Kokorev V.S., Snitkovskaya T.E., Romanenko V.V. Origin and distribution of tick-borne encephalitis virus strains

152

of the Siberian subtype in the Middle Urals, the north-west of Russia and the Baltic countries // J. Gen. Virol. - 2009. - V.90, Pt. 12. - P. 2884-2892.

166) Kovalev S.Y., Mukhacheva T.A. Clusteron structure of tick-borne encephalitis virus populations // Infection, genetics and Evolution. - 2013. - V. 14.-P. 22-28.

167) Kümmerer B.M., Rice C.M. Mutations in the Yellow Fever Virus Nonstructural Protein NS2A Selectively Block Production of Infectious Particles // J. of Virology. - 2002. - V. 76, № 10. - P. 4773-4784.

168) Kuno G., Chang G.-J.J., Tsuchiya K.R., Karabatsos N., Cropp C.B. Phylogeny of the Genus Flavivirus // J. of Virology. - 1998. - V. 72, № 1. - P. 73-83.

169) Labuda M., Jiang W.R., Kaluzova M., Kozuch O., Nuttall P.A., Weismann P., Eleckova E., Zuffova E., Gould E.A. Change in phenotype of tick-bome encephalitis virus following passage in Ixodes ricinus ticks and associated amino acid substitution in the envelope protein // Virus Res. - 1994. - V. 31, № 3.-P. 305-315.

170) Larkin M.A., Blackshields G., Brown N.P., Chenna R., McGettigan P.A., McWilliam H., Valentin F., Wallace I.M., Wilm A., Lopez R., Thompson J.D., Gibson T.J., Higgins D.G. Clustal W and Clustal X version 2.0 // Bioinformatics. - 2007. - V. 23. - P. 2947-2948.

171) Ledizet M., Kar K., Foellmer H.G., Bonafe N., Anthony K.G., Gould L.H., Bushmich S.L., Fikrig E., Koski R.A. Antibodies Targeting Linear Determinants of the Envelope Protein Protect Mice against West Nile Virus // The Journal of Infectious Diseases. - 2007. - V. 196. - P. 1741-1748.

172) Lee E., Weir R.C., Dalgarno L. Changes in the dengue virus major envelope protein on passaging and their localization on the three-dimensional structure of the protein // Virology. - 1997. - V.232, №9. - P. 281-290.

173) Lee J.M., Crooks A.G., Stefenson J.R. The synthesis and maturation of a nonstructural extracellular antigen from TBEV and its relationship to the

intracellular NS1 protein // J. of Gen. Virology. - 1989. - V. 70, № 2. - P. 335343.

174) Leung J.Y., Pijlman G.P., Kondratieva N., Hyde J., Mackenzie J.M., Khromykh A.A. Role of nonstructural protein NS2A in flavivirus assembly // J. Virol.-2008.-V. 82,№ 10.-P. 4731-4741.

175) Leung D., Schroder K., White H., Fang N.X., Stoermer M.J., Abbenante G., Martin J.L., Young P.R., Fairlie D.P. Activity of recombinant dengue 2 virus NS3 protease in the presence of a truncated NS2B co-factor, small peptide substrates, and inhibitors // J. Biol. Chem. - 2001. - V. 276, № 49. - P. 4576245771.

176) Li L., Lok S.-M., Yu I.-M., Zhang Y., Kuhn R., Chen J., Rossmann M.G. The flavivirus precursor membrane-envelope protein complex: structure and maturation // Science. - 2008. - V. 319, № 5871. - P. 1830-1834.

177) Li W., Li Y., Kedersha N., Anderson P., Emara M., Swiderek K.M., Moreno G.T., Brinton M.A. Cell proteins TIA-1 and TIAR interact with the 3' stem-loop of the West Nile virus complementary minus-strand RNA and facilitate virus replication // J. Virol. - 2002. - V. 76, № 23. - P. 11989-12000.

178) Lin C., Amberg S.M., Chambers T.J., Rice C.M. Cleavage at a novel site in the NS4A region by the Yellow Fever virus NS2B-3 proteinase is a prerequisite for processing at the downstream 4A/4B signalase site // J. Virol. - 1993. - V. 67, № 4. - P. 2327-2335.

179) Lin RJ, Chang B.L., Yu H.P., Liao C.L., Lin Y.L. Blocking of interferoninduced jak-stat signaling by Japanese encephalitis virus NS5 through a protein tyrosine phosptnitase-mediated mechanism // J. Virol. - 2006. - V. 80, № 12.-P. 5908-5918.

180) Lin T.S., Chuang C.C., Hsu H.L., Liu Y.T., Lin W.P., Liang C.C., Liu W.T. Role of amphotericin B upon enhancement of protective immunity elicited by oral administration with liposome-encapsulated-Japanese encephalitis virus nonstructural protein 1 (NS1) in mice // Microb. Pathog. - 2010. - V. 49, № 3. -P. 67-74.

181) Lin Y.L., Chen L.K., Liao C.L., Yeh C.T., Ma S.H., Chen J.L., Huang Y.L., Chen S.S., Chiang H.Y. DNA immunization with Japanese encephalitis virus nonstructural protein NS1 elicits protective immunity in mice // J. Virol. - 1998. -V. 72, № l.-P. 191-200.

182) Lindenbach B.D., Rice C.M. Genetic interaction of flavivirus nonstructural proteins NS1 and NS4A as a determinant of replicase function // J. Virol. -1999. - V. 73, № 6 - P. 4611-4621.

183) Lindenbach B.D., Rice C.M. Trans-Complementation of yellow fever virus NS1 reveals a role in early RNA replication // J. Virol. - 1997. - V. 71, № 12. -P. 9608-9617.

184) Liu L., Dong H., Chen H., Zhang J., Ling H., Li Zh., Shi P.-Y., Li H. Flavivirus RNA cap methyltransferase: structure, function, and inhibition // Front Biol. - 2010. - V. 5, № 4. - P. 286-303.

185) Liu W.J., Chen H.B., Khromykh A.A. Molecular and functional analyses of Kunjin virus infectious cDNA clones demonstrate the essential roles for NS2A in virus assembly and for a nonconservative residue in NS3 in RNA replication //J. Virol. - 2003. - V. 77, № 14. - P. 7804-7813.

186) Liu W.J., Chen H.B., Wang X.J., Huang H., Khromykh A.A. Analysis of adaptive mutations in Kunjin virus replicon RNA reveals a novel role for the flavivirus nonstructural protein NS2A in inhibition of beta interferon promoter-driven transcription // J. Virol. - 2004. - V. 78, № 22. - P. 12225-12235.

187) Liu W.J., Wang X.J., Clark D.C., Lobigs M., Hall R.A., Khromykh A.A. A single amino acid substitution in the West Nile virus nonstructural protein NS2A disables its ability to inhibit alpha/beta interferon induction and attenuates virus virulence in mice // J. Virol. - 2006. - V. 80, № 5. - P. 23962404.

188) Lorenz I.C., Allison S.L., Heinz F.X., Helenius A. Folding and dimerization of tick-borne encephalitis virus envelope proteins prM and E in the endoplasmic reticulum // J. Virol. - 2002. - V. 76, № 11. - P. 5480-5491.

189) Lu Z., Bröker M., Liang G. Tick-borne encephalitis in mainland China // Vector Borne Zoonotic Dis. - 2008. - V. 8. - P. 713-720.

190) Lundin M., Monne M., Widell A., von Heijne G., Persson, M.A.A. Topology of the membrane-associated hepatitis C virus protein NS4B // J. Virol. - 2003. - V. 77. - P. 5428-5438.

191) Lundkvist A., Vene S., Golovljova I., Mavtchoutko V., Forsgren M., Kalnina V., Plyusnin A. Characterization of tick-borne encephalitis virus from Latvia: evidence for co-circulation of three distinct subtypes // 2001. - J. Med. Virol.-V. 65.-P. 730-735.

192) Luo D., Xu T., Hunke C., Gruber G., Vasudevan S.G., Lescar J. Crystal structure of the NS3 proteasehelicase from dengue virus // J. Virol. - 2008. - V. 82.-P. 173-183.

193) Ma L., Jones C.T., Groesch T.D., Kuhn R.J., Post C.B. Solution structure of dengue virus capsid protein reveals another fold // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. -2004. - V. 101, № 10. - P. 3414-3419.

194) Mackenzie J.M., Jones M.K., Young P.R. Immunolocalization of the Dengue virus nonstructural glycoprotein NS1 suggests a role in viral RNA replication // Virology. - 1996. - V. 220, № 1. - P. 232-240.

195) Mackenzie J.M., Khromykh A.A., Jones M.K., Westaway E.G. Subcellular localization and some biochemical properties of the flavivirus Kunjin nonstructural proteins NS2A and NS4A // Virology. - 1998. - V. 245, № 2. - P. 203-215.

196) Malet H., Egloff M.-P., Selisko B., Butcher R.E., Wright P.J., Roberts M., Gruez A., Sulzenbacher G., Vonrhein C., Bricogne G., Mackenzie J.M., Khromykh A.A., Davidson A.D., Canard B. Crystal Structure of the RNA Polymerase Domain of the West Nile Virus Non-structüral Protein 5 // J. Biol. Chem. - 2007. - V. 282, № 14. - P. 10678-10689.

197) Mandl C.W. Steps of the tick-borne encephalitis virus replication cycle that affect neuropathogenesis // Virus Res. - 2005. - V. 111, № 2. - P. 161-174.

198) Mandl C.W., Allison S.L., Holzmann H., Meixner T., Heinz F.X. Attenuation of tick-borne encephalitis virus by structure-based site-specific mutagenesis of a putative flavivirus receptor binding site // J. Virol. - 2000. - V. 74,№20.-P. 9601-9609.

199) Mandl C.W., Guirakhoo F., Holzmann H., Heinz F.X., Kunz C. Antigenic structure of the flavivirus envelope protein E at the molecular level, using tickborne encephalitis virus as a model // J. of Virology. - 1989a. - V. 63, N 2. - P. 564-571.

200) Mandl C.W., Heinz F.X., Kunz C. Sequence of the structural proteins of tick-borne encephalitis virus (Western subtype) and comparative analysis with other flaviviruses // Virology. - 1988. - V. 166. - P. 197-205.

201) Mandl C.W., Heinz F.X., Stockl E., Kunz C. Genome sequence of tickborne encephalitis virus (Western sybtype) and comparative analysis of nonstructural proteins with other flaviviruses // Virology. - 1989b. - V. 173, N l.-P. 291-301.

202) Mandl C.W., Holzmann H., Kunz C., Heinz F.X. Complete genomic sequence of Powassan virus: evaluation of genetic elements in tick-borne versus mosquito-borne flaviviruses // Virology. - 1993. - V. 194. - P. 173-184.

203) Mandl C.W., Kroschewski H., Allison S.L., Kofler R., Holzmann H., Meixner T.,Heinz F.X. Adaptation of tick-borne encephalitis virus to BHK-21 cells results in the formation of multiple heparan sulfate binding sites in the envelope protein and attenuation in vivo // J. Virol. - 2001. - V. 75, № 12. - P. 5627-5637.

204) Marin M.S., McKenzie J., Gao G.F., Reid H.W., Antoniadis A., Gould E.A. The virus causing encephalomyelitis in sheep in Spain: a new member of the tick-borne encephalitis group. // Res. Vet. Sci. - 1995. - V.58, №1. - P. 11-13.

205) Markoff L., Falgout B., Chang A.A. Conserved internal hydrophobic domain mediates the stable membrane integration of the dengue virus capsid protein // Virology. - 1997. - V. 233. - P. 105-117.

206) Mason P.W. Maturation of Japanese encephalitis virus glycoproteins produced by infected mammalian and mosquito cells // Virology. - 1989. - V. 169,№2.-P. 354-364.

207) Mavtchoutko V., Vene S., Haglund M., Forsgren M., Duks A., Kalnina V., Horling J., Lundkvist A. Characterization of tick-borne encephalitis virus from Latvia // J. Med. Virol. - 2000. - V. 60, № 2. - P. 216-222.

208) McMinn P.C. The molecular basis of virulence of the encephalitogenic flaviviruses // J. Gen. Virol. - 1997. - V. 78, Pt. 11. - P. 2711-2722.

209) Mertens E., Kajaste-Rudnitski A., Torres S., Funk A., Frenkiel M.P., Iteman I., Khromykh A.A., Despres P. Viral determinants in the NS3 helicase and 2K peptide that promote West Nile virus resistance to antiviral action of 2',5-oligoadenylate synthetase lb // Virology. - 2010. - V. 399, № 1. - p. 176-185.

210) Mikryukova T.P., Moskvitina N.S., Kononova Y.V., Korobitsyn I.G., Kartashov M.Y., Tyuten'kov O.Y., Protopopova E.V., Romanenko V.N., Chausov E.V., Gashkov S.I., Konovalova S.N., Moskvitin S.S., Tupota N.L., Sementsova A.O., Ternovoi V.A., Loktev V.B. Surveillance of tick-borne encephalitis virus in wild birds and ticks in Tomsk city and its suburbs (Western Siberia) // Ticks Tick Borne Dis. - 2014. - V.5, №2. - P. 145-151.

211) Miller S., Kastner S., Krijnse-Locker J., Biihler S., Bartenschlager R. The nonstructural protein 4A of dengue virus is an integral membrane protein inducing membrane alterations in a 2K-regulated manner // J. Biol. Chem. -2007. - V. 282, № 12. - P.8873-8882.

212) Miller S., Sparacio S., Bartenschlager R. Subcellular localization and membrane topology of the dengue virus type 2 nonstructural protein 4B // J. Biol. Chem. - 2006. - V. 281, № 13. - P. 8854-8863.

213) Morozova O.V., Bakhvalova V.N., Morozov I.V. Heterogeneity of 3'-Untraslated Region of Genome RNA of the Tick-Borne Encephalitis Virus (TBEV) Strains Isolated from Ticks in the Western Siberia, Russia // Int. J. of Biomed. Sci. - 2007. - V. 3, № 3. - P. 206-210.

214) Munoz-Jordan J.L., Laurent-Rolle M., Ashour J., Martinez-Sobrido L., Ashok M., Lipkin W.I., Garcia-Sastre A. Inhibition of Alpha/Beta interferon signaling by the NS4B protein of flaviviruses // J. Virol. - 2005. - V. 79, № 13. -P. 8004-8013.

215) Muylaert I.R., Chambers T.J., Galler R., Rice C.M. Mutagenesis of the N-linked glycosylation sites of the yellow fever virus NS1 protein: effects on virus replication and mouse neurovirulence // Virology. - 1996. - V. 222, № 1. - P. 159-168.

216) Muylaert I.R., Galler R., Rice C.M. Genetic analysis of the yellow fever virus NS1 protein: identification of a temperature-sensitive mutation which blocks RNA accumulation // J. Virol. - 1997. - V. 71, № 1 P. 291-298.

217) Nestorowicz A., Chambers T.J., Rice C.M. Mutagenesis of the yellow fever virus NS2A/2B cleavage site: effects on proteolytic processing, viral replication and evidence for alternative processing of the NS2A protein // Virology. - 1994. -V. 199, № l.-P. 114-123.

218) Nomaguchi M., Ackermann M., Yon C., You S., Padmanabhan R. De novo synthesis of negative-strand RNA by dengue virus RNA-dependent RNA polymerase in vitro: nucleotide, primer, and template parameters // J. Virol. -2003. - V. 77, № 16. - P. 8831-8842.

219) Nowak T., Farber P., Wengler G. Analysis of the terminal sequences of West Nile virus structural proteins and of the in vitro translation of these proteins allow the proposal of a complete scheme of the proteolytic cleavage involved in their synthesis // Virology. - 1989. - V. 169, № 2. - P. 365-376.

220) Nowak T., Wengler G. Analysis of disulfides present in the membrane proteins of the West Nile flavivirus // Virology. - 1987. - V. 156, № 1. - P. 333346.

221) O'Reilly E.K., Kao C.C. Analysis of RNA-dependent RNA polymerase structure and function as guided by known polymerase structures and computer predictions of secondary structure // Virology. - 1998. - V. 252, № 2. - P. 287303.

222) Patarapotikul J., Pothipunya S., Wanotayan R., Hongyantarachai A., Tharavanij S. Western blot analysis of antigens specifically recognized by natural immune responses of patients with Japanese encephalitis infections // Southeast Asian Journal of Tropical Medicine and Public Health. - 1993. - V. 24, № 2. - P. 269-276.

223) Patkar C.G., Jones C.T., Chang Y.H., Warrier R., Kuhn R.J. Functional requirements of the yellow fever virus capsid protein // J. Virol. - 2007. - V. 81, № 12.-P. 6471-6481.

224) Perera R., Kuhn R.J. Structural Proteomics of Dengue Virus // Curr. Opin. Microbiol. - 2008. - V.l 1, №4. - P. 369-377.

225) Pletnev A.G., Bray M., Lai C.J. Chimeric tick-borne encephalitis and dengue type 4 viruses: effects of mutations on neurovirulence in mice // J! Virol. - 1993. - V. 67. - P. 4956-4963.

226) Pletnev A.G., Yamshchikov V.F., Blinov V.M. Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the polyprotein of tick-borne encephalitis virus // Virology. - 1990. - V.l74. - P. 250-263.

227) Porterfield J.S., Casals J., Chumakov M.P., Gaidamovich S.Ya., Hannoun C., Holmes I.H., Horzinek M.C., Mussgay M., Oker-Blom N., Russel P.K., Trent D.W. Togaviridae // Intervirology. - 1978. - V.9. - P. 129-148.

228) Posada D. jModelTest: Phylogenetic Model Averaging // Molecular Biology and Evolution. - 2008. - V. 25. - P. 1253-1256.

229) Pressman E.K. Heterocomplexes of TBEV structural and non-structural proteins // FEBS Letters. - 1993. - V. 333, № 3. - P. 268-270.

230) Preugschat F., Strauss J.H. Processing of nonstructural proteins NS4A and NS4 of Dengue 2 virus in vitro and in vivo // Virology. - 1991. - V. 185, № 2. -P. 689-697.

231) Proutski V., Gould E.A., Holmes E.C. Secondary structure of the 3' untranslated region of flaviviruses: similarities and differences // Nucleic Acids Res. - 1997. - V. 25. - P. 1194-1202.

232) Piyor M.J., Gualano R.C., Lin B., Davidson A.D., Wright PJ. Growth restriction of dengue virus type 2 by site-specific mutagenesis of virus-encoded glycoproteins//J. Gen. Virol. 1998. Vol. 79. Pt. 11. P. 2631-2639.

233) Pryor M.J., Wright P.J. Glycosylation mutants of dengue virus NS1 protein //J. Gen. Virol. - 1994. - V.75, Pt. 5. - P. 1183-1187.

234) Pryor M.J., Wright P.J. The effects of site-directed mutagenesis on the dimerization and secretion of the NS1 protein specified by dengue virus // Virology. - 1993. - V. 194, №2. - P. 769-780.

235) Puchhammer-Stockl, E., Kunz, C., Mandl, C.W., Heinz, F.X., Identification of tick-borne encephalitis virus ribonucleic acid in tick suspensions and in

. clinical specimens by a reverse transcription-nested polymerase chain reaction assay // Clin. Diagn. Virol. - 1995. - V.4, №4. - P. 321-326.

236) Pugachev K.V., Guirakhoo F., Trent D.W., Monath T.P. Traditional and novel approaches to flavivirus vaccines // Int. J. Parasitology. - 2003. - V. 33, Issues 5-6. - P. 567-582.

237) Randolph V.B., Winkler G., Stollar V. Acidotropic amines inhibit proteolytic processing of flavivirus prM protein. // Virology. - 1990. - V. 174, № 2. - P. 450-458.

238) Rauscher S., Flamm C., Mandl C.W., Heinz F.X., Stadler P.F. Secondary structure of the 3'-noncoding region of flavivirus genomes: comparative analysis of base pairing probabilities // RNA. - 1997. - V. 3. - P. 779-791.

239) Raviprakash K., Sinha M., Hayes C.G., Porter K.R. Conversion of dengue virus replicative form RNA (RF) to replicative intermediate (RI) by nonstructural proteins NS-5 and NS-3 // American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. - 1998. - V. 58, № 1. - P. 90-95.

240) Rey F.A., Heinz F.X., Mandl C., Kunz C., Harrison S.C. The envelope glycoprotein from tick-borne encephalitis virus at 2 A resolution // Nature. -1995.-V. 375.-P. 291-298.

241) Rice C.M., Strauss E.G., Strauss J.H. Structure of the flavivirus genome. In: "The Togaviridae and Flaviviridae". (S. Schlesinger, M.R. Schlesinger/ Eds.). Plenum Press., New York-London. - 1986. - P. 279-326.

242) Rodriguez F., Oliver J.F., Marin A., Medina J.R. The general stochastic model of nucleotide substitution // Journal of Theoretical Biology. - 1990. V. 142.-P. 485-501.

243) Roehrig J.T. Antigenic structure of flavivirus proteins // Adv. Virus Res. -2003.-V. 59.-P.141-175.

244) Roehrig J.T., Hunt A.R., Johnson A.J., Hawkes R.A. Synthetic peptides derived from the deduced amino acid sequence of the E-glycoprotein of Murray Valley encephalitis virus elicit antiviral antibody // Virology. - 1989. - V. 171. -P. 49-60.

245) Roehrig J.T., Johnson A J., Hunt A.R., Bolin R.A., Chu M.C. Antibodies to dengue 2 virus E-glycoprotein synthetic peptides identify antigenic conformation // Virology. - 1990. - V. 177. - P. 668-675.

246) Romanova L.Iu., Gmyl A.P., Dzhivanian T.I., Bakhmutov D.V., Lukashev A.N., Gmyl L.V., Rumyantsev A.A., Burenkova L.A., Lashkevich V.A., Karganova G.G. Microevolution of tick-borne encephalitis virus in course of host alternation // Virology. - 2007. - V. 362, № 1. - P. 75-84.

247) Rubin S.G., Chumakov M.P. New data on the antigenic types of tick-borne encephalitis virus // Arboviruses in the Mediterranean Countries // Ed. By J. Veseniak-Hirjan. - Stuttgart, New York, Fisher, 1980. - P. 231-236.

248) Russel P.K., Brandt W.E. Chemical and antigenic structure of flaviviruses. In: "The Togaviruses: Biology, Structure, Replication". (R.W. Schlesinger /Ed.), Acad. Press, New York, 1980, p.503-529.

249) Saitou N, Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees // Mol. Biol. Evol. - 1987. - V. 4. - P. 406425.

250) Schlesinger J.J., Brandriss M.W., Cropp C.B., Monath T.P. Protection against yellow fever in monkeys by immunization with yellow fever virus

162

nonstructural protein NS1 // Journal of Virology. - 1986. - V. 60, № 3. - P. 1153-1155.

251) Schlesinger J.J., Brandriss M.W., Putnak J.R., Walsh E.E. Cell surface expression of yellow fever virus non-structural glycoprotein NS1: consequences of interaction with antibody // J. Gen. Virol. - 1990. - V. 71, Pt. 3. - P. 593-599.

252) Schrader C., Suss J. A Nested RT-PCR for the Detection of Tick-borne Encephalitis Virus (TBEV) in Ticks in Natural Foci // Zent. bl. Bakteriol. -1999.-V. 289.-P. 319-328.

253) Schwaiger, M., Cassinotti, P. Development of a quantitative real-time RT-PCR assay with internal control for the laboratory detection of tick borne encephalitis virus (TBEV) RNA // J. Clin. Virol. - 2003. - V.27, №2. - P. 136145.

254) Seligman S.J. Constancy and diversity in the flavivirus fusion peptide // Virology Journal. - 2008. - 5:27 doi:10.1186/1743-422X-5-27

255) Selisko B., Dutartre H., Guillemot J.C., Debamot C., Benarroch D., Khromykh A., Despres P., Egloff M.P., Canard B. Comparative mechanistic studies of de novo RNA synthesis by flavivirus RNA-dependent RNA polymerases // Virology. - 2006. - V. 351, № 1. - P. 145-158.

256) Shapiro D., Kos K., Brandt W.E., Russell P.K. Membrane-bound proteins of Japanese encephalitis virus-infected chick embryo cells. // Virology. - 1972. -V.48, N«1. - P. 360-372.

257) Shiu S.Y.W., Ayres M.D., Gould E.A. Genomic sequence of the structural proteins of louping ill virus: comparative analysis with tick-borne encephalitis virus//Virology. - 1991.-V. 180. - P. 411-415.

258) Si B.-Y., Jiang T., Zhang Y., Deng Y.-Q., Huo Q.-B., Zheng Y.-C., Qin E.-D., Qin C.-F., Zhu Q.-Y. Complete genome sequence analysis of tick-borne encephalitis viruses isolated in northeastern China // Archives of Virology. -2011. - V.156, №8. - P. 1485-1488.

259) Skarpaas T., Golovljova I., Vene S., Ljostad U., Sjursen H., Plyusnin A., Lundkvist A. Tickborne encephalitis virus, Norway and Denmark // Emerg. Infect. Dis. - 2006. - V. 12, № 7. - P. 1136-1138.

260) Sokal R.R., Michiner C.D. A statistical method for evaluating systematic relationships. In: University of Kansas Science Bulletin, pp. 1409-1438.

261) Song H., Wang H., Wang P., Liu W., Fu S., Song Z., Zhao H., Liang G. Design and application of M-RT-PCR diagnostic methods for arboviral encephalitis // J. Microbiol. Immunol. - 2004. - V. 24, № 4. - P. 317-323 (In Chinese).

262). Stadler K., Allison S.L., Schalich J., Heinz F.X. Proteolytic activation of tick-borne encephalitis virus by furin // J. Virol. - 1997. - V. 71, № 11. - P. 8475-8481.

263) Stephenson J.R. Flavivirus vaccines // Vaccine. - 1988. - V. 6. - P. 471-480.

264) Stephenson J.R., Crooks A.J., Lee J.M. The synhesis of immunogenic polypeptides encoded by tick-borne encephalitis virus. // J. Gen. Virol. — 1987. - V.68,№5.-P. 1307-1316.

265) Stiasny K., Allison S.L., Marchler-Bauer A., Kunz C., Heinz F.X. Structural requirements for low-pH-indused rearrangements in the envelope glycoprotein of tick-borne encephalitis virus // Journal of Virology. - 1996. - V.70, №11. - P. 8142-8147.

266) Stiasny K., Bressanelli S., Lepault J., Rey F.A., Heinz F.X. Characterization of a membrane-associated trimeric low-pH-induced Form of the class II viral fusion protein E from tick-borne encephalitis virus and its crystallization // J. Virol. - 2004. - V. 78, № 6. - P. 3178-3183.

267) Stocks C.E., Lobigs M. Signal peptidase cleavage at the flavivirus C-prM junction dependence on the viral NS2b-3 protease for efficient processing requires determinants in C, the signal peptide, and prM // J. Virol. - 1998. - V. 72.-P. 2141-2149.

268) Suzuki Y. Multiple transmissions of tick-borne encephalitis virus between Japan and Russia // Genes Genet Syst. - 2007. - V. 82, № 3. - P. 187-195.

269) Süss J., Schräder C., Abel U., Bormane A., Duks A., Kalnina V. Characterization of tick-borne encephalitis (TBE) foci in Germany and Latvia (1997-2000) // Int. J. Med. Microbiol. - 2002. - V. 291, Suppl. 33. - P. 34-42.

270) Süss J., Schräder C., Falk U., Wohanka N. Tick-borne encephalitis (TBE) in Germany—epidemiological data, development of risk areas and virus prevalence in field-collected ticks and in ticks removed from humans // Int. J. Med. Microbiol. - 2004. - V. 293, Suppl. 37. - P. 69-79.

271) Tamura K., Nei M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees // Mol. Biol. Evol. - 1993. -V. 10. - P. 512-526.

272) Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods // Mol. Biol. Evol. -2011. - V. 28, № 10. - P. 2731-2739.

273) Tavare S. Some Probabilistic and Statistical Problems in the Analysis of DNA Sequences // Lectures on Mathematics in the Life Sciences (American Mathematical Society). - 1986. -V. 17. - P. 57-86.

274) Ternovoi V.A., Kurzhukov G.P., Sokolov Y.V., Ivanov G.Y., Ivanisenko V.A., Loktev A.V., Ryder R.W., Netesov S.V., Loktev V.B. Tick-borne encephalitis with hemorrhagic syndrome, Novosibirsk region, Russia, 1999 // Emerg. Infect. Dis. - 2003. - V.9, №6. - P. 743-746.

275) Ternovoi V.A., Protopopova E.V., Chausov E.V., Novikov D.V., Leonova G.N., Netesov S.V., Loktev V.B. Novel variant of tick-borne encephalitis virus, Russia//Emerg. Inf. Dis. - 2007. -V. 13, №10. - P. 1574-1578.

276) Thurner C., Witwer C., Hofacker I.L., Stadler P.F. Conserved RNA secondary structures in Flaviviridae genomes // J. Gen. Virology. - 2004. - V. 85, Pt. 5.-P. 1113-1124.

277) Timofeev A.V., Butenko V.M., Stephenson J.R. Genetic vaccination of mice with plasmids encoding the NS1 non-structural protein from tick-borne

encephalitis virus and dengue 2 virus // Virus Genes. - 2004. - V. 28, № 1. - P. 85-97.

278) Timofeev A.V., Ozherelkov S.V., Pronin A.V., Deeva A.V., Karganova G.G., Elbert L.B., Stephenson J.R. Immunological basis for protection in a murine model of tick-borne encephalitis by a recombinant adenovirus carrying the gene encoding the NS1 non-structural protein // J. Gen. Virol. - 1998. -V.79, № 3. - P. 689-695.

279) Tonteri E., Jaaskelainen A.E., Tikkakoski T., Voutilainen L., Niemimaa J., Henttonen H., Vaheri A., Vapalahti O. Tick-borne encephalitis virus in wild rodents in winter, Finland, 2008-2009 // Emerg. Infect. Dis. - 2011. - V. 17, № l.-P. 72-75.

280) Trainor N.B., Crill W.D., Roberson J.A., Chang GJ. Mutation analysis of the fusion domain region of St. Louis encephalitis virus envelope protein // Virology. - 2007. - V. 360. - P. 398-406.

281) Trent D.W., Naeve C.W. Biochemistry and replication. In: "St. Louis Encephalitis." (Ed., T. Monath.). Amer. Public. Helth. Assoc., Washington, 1980, P. 159-199.

282) Trent D.W., Qureshi A.A. Structural and nonstructural proteins of Saint Louis encephalitis virus. // J. Virol., 1971, Vol.7, N.l, p.379-388.

283) Trepo C., Vierling J., Zeytin F.N., Gerlich W.H. The first Flaviviridae symposium // Intervirology. - 1997. - V. 40. - P. 279-288.

284) Tsekhanovskaya N.A., Matveev L.E., Rubin S.G., Karavanov A.S., Pressman E.K. Epitope analysis of tick-borne encephalitis (TBE) complex viruses using monoclonal antibodies to envelope glycoprotein of TBE virus ( persulcatus subtype ) // Virus Research. - 1993. - V. 30. - P. 1-16.

285) Umareddy I., Chao A., Sampath A., Gu F., Vasudevan S.G. Dengue virus NS4B interacts with NS3 and dissociates it from single-stranded RNA // J. Gen. Virol. - 2006. - V. 87, Pt. 9. - P. 2605-2614.

286) Venugopal K., Gould E.A. Towards a new generation of flavivirus vaccines // Vaccine. - 1994. - V. 12, Issue 11. - P. 966-975.

287) Venigopal K., Gritsun T., Lashkevich V.A., Gould E.A. Analysis of the structural protein gene sequence showns Kyasanur Forest disease virus as a distinct member in the tick-borne encephalitis virus serocomplex // J. Gen. Virol. - 1994. - V.75, №2. - P. 227-232.

288) Vorndam V., Mathews J.H., Barrett A.D.T. Molecular and biological characterization of a non-glycosylated isolate of Saint Louis encephalitis virus // Journal of General Virology. - 1993. - V. 74. - P. 2653-2660.

289) Wallis T.P, Huang C.Y, Nimkar S.B., Young P.R., Gorman J.J. Determination of the Disulfide Bond Arrangement of Dengue Virus NS1 Protein // J. Biol. Chem. - 2004. - V. 279, № 20. - P. 20729-20741.

290) Wallner G., Mandl C.W., Kunz C., Heinz F.X. The flavivirus 3'-noncoding region: extensive size heterogeneity independent of evolutionary relationships among strains of tick-borne encephalitis virus // Virology. - 1995. - V. 213, №1.-P. 169-178.

291) Weidmann M., Schmidt P., Hufert F.T., Krivanec K., Meyer H. Tick-borne encephalitis virus in Clethrionomys glareolus in the Czech Republic // Vector Borne Zoonotic Dis. - 2006. - V. 6, № 4. _ p. 379-381.

292) Wengler G., Wengler G. Cell-associated West Nile flavivurus is covered with E+prM protein heterodimers which are destroyed and reorganized by proteolytic cleavage during virus release. // J. Virol. - 1989. - V. 63, № 6. - P. 2521-2526.

293) Wengler G., Wengler G. The NS3 nonstructural protein of flaviviruses contains an RNA triphosphotase activity // Virology. - 1993. - V. 197. - P. 265-273.

294) Wengler G., Wengler G., Nowak T., Wahn K. Analysis of the influence of proteolytic cleavage on the structural organization of the surface of the West Nile flavivirus leads to the isolation of a protease-resistant E protein oligomer from the viral surface // Virology. - 1987. - V. 160. - № 1. - P. 210-219.

295) Werme K., Wigerius M., Johansson M. Tick-borne encephalitis Virus NS5 associates with membrane protein scribble and impairs interferon-stimulated JAK-STAT signaling // Cell. Microbiol. - 2008. - V. 10, № 3. - P. 696-712.

296) Westaway E. O., Mackenzie J. M., Kenney M. T., Jones M. K, Khromykh A. A. Ultrastructure of Kunjin virus-infected cells: colocalization of NS1 and NS3 with double-stranded RNA, and of NS2B with NS3, in virus-induced membrane structures // J. Virol. - 1997. - V. 71, № 9. - P. 6650-6661.

297) Westaway E.G., Reedman B.M. Proteins of the group B arbovirus Kunjin // J. of Virology. - 1969. - V.4, №5. - P. 688-693.

298) Whitby J.E., Whitby S.N., Jennings A.D., Stephenson J.R., Barrett A.D. Nucleotide sequence of the envelope protein of a Turkish isolate of tick-borne encephalitis (TBE) virus is distinct from other viruses of the TBE virus complex // J. Gen. Virol. - 1993. - V. 74, Pt.5. - P. 921-924.

299) Winkler G., Heinz F.X., Kunz C. Studies on the glycosylation of flavivirus E proteins and the role of carbohydrate in antigenic structure. // Virology. — 1987.

- V.159, №2. - P. 237-243.

300) Winkler G., Maxwell S.E., Ruemmler Ch., Stollar V. Newly synthesized Dengue-2 virus nonstructural protein NS1 is a soluble protein but becomes partially hydrophobic and membrane-associated after dimerization // Virology.

- 1989. - V. 171, №1. - P. 302-305.

301) Wu C.F., Wang S.H., Sun C.M., Hu S.T., Syu W.J. Activation of dengue protease autocleavage at the NS2B-NS3 junction by recombinant NS3 and GST-NS2B fusion proteins // J. Virol. Methods. - 2003. - V. 114. - P. 45-54.

302) Wu J., Bera K., Kuhn R.J., Smith J.L. Structure of the flavivirus helicase: implications for catalytic activity, protein interactions, and proteolytic processing // J. Virol. - 2005. - V. 79. - P. 10268-10277.

303) Xu T., Sampath A., Chao A., Wen D., Nanao M., Chene P., Vasudevan S.G., Lescar J. Structure of the Dengue virus helicase/nucleoside triphosphatase catalytic domain at a resolution of 2.4 A // J. Virol. - 2005. - V. 79. - P. 10278-10288.

304) Yamashita T., Unno H., Mori Y., Tani H., Moriishi K., Takamizawa A, Agoh M., Tsukihara T., Matsuura Y. Crystal structure of the catalytic domain of Japanese encephalitis virus NS3 helicase/nucleoside triphosphatase at a resolution of 1.8 A // Virology. - 2008. - V. 373. - P. 426-436.

305) Yamshchikov V.F., Compans R.W. Regulation of the late events in flavivirus protein processing and maturation // Virology. - 1993. - V. 192. - P. 38-51.

306) Yap T.L., Xu T., Chen Y.-L., Malet H., Egloff M.P., Canard B., Vasudevan S.G., Lescar J. Crystal Structure of the Dengue Virus RNA-Dependent RNA Polymerase Catalytic Domain at 1.85-Angstrom Resolution // J. Virology. -2007. - V. 81, № 9. - P. 4753-4765.

307) Yocupicio-Monroy R.M., Medina F., Reyes-del Valle J., del Angel R.M. Cellular proteins from human monocytes bind to dengue 4 virus minus-strand 3' untranslated region RNA // J. Virol. - 2003. - V. 77, № 5. - P. 3067-3076.

308) Yu I.-M., Zhang W., Holdaway H.A., Li L., Kostyuchenko V.A., Chipman P.R., Kuhn R., Rossmann M.G., Chen J. Structure of immature dengue virus at low pH primes proteolytic maturation // Science. - 2008. - V. 319, № 5871. - P. 1834-1837.

309) Zanotto P.M., Gould E.A., Gao G.F., Harvey P.H., Holmes E.C. Population dynamics of Flaviviruses revealed by molecular phylogenies // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. - 1996. - V. 93. - P. 548-553.

310) Zhang S., Li L., Woodson S.E., Huang C.Y.-H., Kinney R.M. Barrett A.D.T., Beasley D.W.C. A mutation in the envelope protein fusion loop attenuates mouse neuroinvasiveness of the NY99 strain of West Nile virus // Virology. - 2006. - V. 353. - P. 35^10.

311) Zou G., Puig-Basagoiti F., Zhang B., Qing M., Chen L., Pankiewicz K.W., Felczak K., Yuan Z., Shi P.Y. A single-amino acid substitution in West Nile virus 2K peptide between NS4A and NS4B confers resistance to lycorine, a flavivirus inhibitor // Virology. - 2009a. - V. 384, №1. - P. 242-252.

312) Zou G., Zhang B., Lim P.-Y., Yuan Z., Bernard K.A., Shi P.-Y. Exclusion of West Nile Virus Superinfection through RNA Replication // J. Virol. - 2009b. -V. 83, № 22. - P. 11765-11776.