Генетическая характеристика штаммов вируса Западного Нила тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, доктор наук Прилипов Алексей Геннадьевич

• Прилипов Алексей Геннадьевич
• доктор наук
• 2016

Оглавление диссертации доктор наук Прилипов Алексей Геннадьевич

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Экология, эпидемиология и географическое распространение вируса Западного Нила

1.1.1. Экология вируса Западного Нила

1.1.2. Эпидемиология вируса Западного Нила

1.1.3. Географическое распространение вируса Западного Нила

1.2. Филогенетический анализ вируса Западного Нила, его происхождение и эволюция

1.2.1. Происхождение и эволюция вируса Западного Нила

1.2.2. Молекулярная эволюция ВЗН

1.2.3. Генотипы вируса Западного Нила

1.3. Генетическая организация и репликативный цикл флавивирусов

1.3.1. Общее строение вирусного генома

1.3.2. Трансляция вирусного генома

1.3.3. Процессинг и биологические функции неструктурных белков

1.3.4. Репликация вирусного генома

1.3.5. Образование зрелых структурных белков и сборка вириона

1.4. Генетические факторы патогенности ВЗН

1.5. Разработка вакцин к вирусу Западного Нила

1.5.1. Требования к вакцине против вируса ЗН

1.5.2. Ветеринарные вакцины против вируса Западного Нила

1.5.3. Вакцины против вируса Западного Нила для человека

1.5.4. Вакцины, проходящие клинические испытания

1.5.5. Вакцины, на стадии доклинической разработки

1.5.5.1. Субъединичные вакцины

1.5.5.2. ДНК-вакцины

1.5.5.3. Нерепликативные вакцины одного цикла

1.5.5.4. Инактивированные вирусные вакцины

1.5.5.5. Рекомбинантные вакцины на основе вирусных векторов

1.5.5.6. Химерные вакцины

1.5.5.7. Живые аттеньюированные вакцины, полученные из инфекционных клонов

1.5.5.8. Кандидаты в вакцины против ВЗН на базе рекомбинантной вакцины против кори

1.5.5.9. Вакцина MVSchw-sEwnv

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Места сбора и объем полевого материала

2.2. Методы сбора, транспортировки, хранения и подготовки полевых материалов

2.3. Вирусологическое обследование

2.4. Штаммы, олигонуклеотиды и нуклеотидные последовательности ВЗН, использованные в работе

2.5. Компьютерный анализ последовательностей ДНК

2.6. Выделение РНК

2.7. Реакция обратной транскрипции

2.8. Проведение полимеразной цепной реакции

2.9. Клонирование кДНК-фрагментов генома

2.10. Приготовление компетентных клеток

2.11. Трансформация плазмидной ДНК

2.12. Электрофорез ДНК в агарозном геле

2.13. Выделение фрагментов ДНК из агарозы

2.14. Секвенирование ДНК

2.15. Сайт-направленный мутагенез ДНК

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Определение и анализ первичной структуры генома штаммов ВЗН, изолированных до 2001 г

3.1.1. Стратегия подбора первой пары праймеров для проведения ПЦР

3.1.2. Определение и анализ первичной структуры части генома штаммов ВЗН от 5'-конца до праймера 3594Runi

3.1.3. Определение и анализ первичной структуры генома штаммов ВЗН генотипа

3.1.4. Определение и анализ первичной структуры генома штаммов ВЗН генотипов 2,4 и

3.1.5. Определение и анализ 5'-концевых последовательностей геномов штаммов ВЗН

3.2. Определение и анализ первичной структуры генома штаммов ВЗН, изолированных после 2001 г

3.3. ОТ-ПЦР тест система для обнаружения РНК вируса ЗН

3.3.1. Создание ОТ-ПЦР тест системы для обнаружения РНК вируса ЗН в клинических образцах и пробах полевого материала

3.3.2. Разработка параметров проведения ПЦР для первого и второго раундов амплификации

3.3.3. Определение чувствительности ОТ-ПЦР тест системы

3.3.4. Проверка работы ОТ-ПЦР тест-системы на различных генотипах вируса ЗН

3.4. Исследование полевого материала

3.4.1. Исследование комаров и клещей Астраханской области на наличие вируса ЗН при помощи ОТ-ПЦР системы

3.4.2. Анализ зараженности видового состава комаров

3.4.3. Анализ положительных проб для определения генотипа вируса при помощи определения частичной нуклеотидной последовательности

3.4.4. Статистическая обработка результатов

3.5. Клонирование кДНК-копии генома вируса Западного Нила

3.5.1. Получение плазмид, несущих кДНК- фрагменты вирусной РНК

3.5.2. Транскрипция РНК in vitro

Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

4.1. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей штаммов ВЗН

4.1.1. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей штаммов ВЗН первого генотипа

4.1.2. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей штаммов ВЗН первого генотипа, выделенных после 1999 г

4.1.3. Анализ штамма 322 2-го генотипа

4.1.4. Анализ штамма Ksnd190 4-го генотипа

4.1.5. Анализ штамма Ig2266 5-го генотипа

4.2. Анализ генетических детерминант патогенности ВЗН

4.3. ОТ-ПЦР тест-система для обнаружения РНК ВЗН

4.4. Исследование комаров и клещей Астраханской области на наличие ВЗН при помощи ОТ-ПЦР системы

4.5. Клонирование кДНК-копии генома вируса Западного Нила

4.6. Значимость полученных данных о нуклеотидных последовательностях

ВЗН, заложенных в базу данных

ВЫВОДЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

164

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генетическая характеристика штаммов вируса Западного Нила»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность проблемы

Род Flavivirus семейства Flaviviridae состоит более, чем из 70 вирусов, большинство из которых является арбовирусами, т.е. вирусами, передающимися путем биологической трансмиссии восприимчивым позвоночным кровососущими членистоногими переносчиками [9, 11, 17, 27].

Флавивирусы способны инфицировать широкий круг организмов, включающий в себя млекопитающих, насекомых, птиц и рептилий. Многие из них могут вызывать тяжелые заболевания человека - желтую лихорадку, лихорадку Денге, клещевой энцефалит, японский энцефалит и др. Прототипным вирусом семейства считается вирус жёлтой лихорадки, который и дал название семейству и роду флавивирусов. Термин 'Lflavi" происходит от латинского слова "'flavus" - жёлтый и связан с жёлтым цветом кожи у больных жёлтой лихорадкой [9, 11]. В большинстве случаев передача инфекции осуществляется через укус переносчика - комара или клеща, что позволяет разделить флавивирусные инфекции на переносимые клещами и комарами, а также заболевания, для которых переносчик не установлен. Наиболее значимые для человека флавивирусные инфекции связаны с вирусами Денге, желтой лихорадки, японского энцефалита, клещевого энцефалита и Западного Нила. Ежегодно Всемирная Организация Здравоохранения регистрирует более 50 миллионов случаев заболевания лихорадкой Денге, около 200 000 случаев заболевания желтой лихорадкой и около 50 000 случаев заболевания японским энцефалитом. Смертность от заболеваний, вызванных этими наиболее патогенными представителями семейства флавивирусов, варьирует в пределах 5%-30% [11].

Дополнительным фактором значимости проблем, связанных с флавивирусными инфекциями, становится существенное расширение их ареала. Здесь ярким примером может служить вирус японского энцефалита,

который во второй половине XX века широко распространился в Азии, Океании, а в конце 1990-х достиг австралийского континента. Другой хорошо известный пример связан с проникновением в 1999 году и последующим стремительным распространением вируса Западного Нила на американском континенте. Возможность переноса флавивирусов перелетными птицами, их способность реплицироваться в новых видах млекопитающих, быстрая адаптация к природным условиям обеспечивает формирование новых природных очагов флавивирусных инфекционных заболеваний, в которые вовлекается и проживающее на этой территории население. Отсутствие на сегодняшний день вирусоспецифических препаратов, эффективных методов лечения, а нередко и профилактики заболеваний, вызванных флавивирусными инфекциями, объясняет научный интерес и органов практического здравоохранения к данной проблеме.

Для России наиболее актуальными являются вирус клещевого энцефалита (несмотря на существование разных вариантов вакцины) и вирус Западного Нила. В нашей стране наиболее активные очаги лихорадки Западного Нила расположены в Астраханской области, на территории дельты Волги. Здесь, в дельте Волги, в силу географических и экологических особенностей сформированы чрезвычайно благоприятные условия для поддержания активной циркуляции ВЗН, и, почти ежегодно фиксируется спорадическая заболеваемость ЛЗН, иногда эпидемические вспышки [1, 10, 13, 15, 29].

Вирус Западного Нила (ВЗН) принадлежит к серокомплексу Японского энцефалита, рода Flavivirus, семейства Flaviviridae. Семейство объединяет содержащие РНК положительной полярности, покрытые липидной оболочкой сферические вирусы, диаметром около 45 нм.

Впервые ВЗН был выделен в 1937 г. в провинции Западный Нил в Уганде от женщины, больной лихорадкой. Поскольку заболевание характеризовалось общелихорадочными симптомами, оно получило название лихорадки Западного Нила. ВЗН явился причиной многих эпидемий [322].

ВЗН является широкораспространенным флавивирусом [14, 146]. Его ареал охватывает практически весь африканский континент, Юго-Западную и Южную Азию, Южную и некоторые центральные части Европы [11, 146]. Начиная с 1999 г. ВЗН выявляется также на территории Североамериканского континента [180]. Для Австралийского континента топотипным является вирус Кунджин, который изначально рассматривался как самостоятельный вирус. Однако, современные данные генетических исследований позволяют рассматривать штаммы вируса Кунджин как, характерные для Австралии изоляты ВЗН, отнесенные к 1-ой филогенетической группе [137, 295, 296].

Спорадическая заболеваемость и эпидемические вспышки регулярно происходят на африканском континенте. В восточных странах наиболее часто вспышки регистрируются в Израиле, Индии, Пакистане, а в европейских странах во Франции и Румынии. В последние время самые активные очаги вируса ЗН отмечаются в США, где с 1999 г. каждый год регистрируется значительное число случаев лихорадки Западного Нила (ЛЗН).

В Африке вирус ЛЗН неоднократно выделяли в различных частях континента, от различных позвоночных хозяев и переносчиков [76]. В южной Африке наиболее крупная эпидемия ЛЗН, по-видимому, была в 1974 г. в провинциях Северный Капе и Кароо [215]. Как показали серологические исследования, до 18 000 человек были инфицированы ВЗН, однако случаи поражений ЦНС здесь регистрировались крайне редко. Исследования населения районов северной Африки показали, что антитела против ВЗН обнаруживались у до 44 % детей и 72 % взрослого населения дельты Нила. Исследование лошадей, проведенное здесь в 1959 г., показало, что из них около 54 % имеют антитела к ВЗН. В 1969 г. в Египте антитела против ВЗН были выявлены в среднем у 50 % населения, причем в северных частях страны этот показатель достигал 73,9 % [99]. В Алжире, в 1994 г. зафиксировано около 50 случаев заболеваний ЛЗН, из которых 20 были представлены энцефалитами и 8 завершились фатально. В Тунисе в 1997 г. с менингитом или менингоэнцефалитом было госпитализировано 173 пациента, из которых

8 умерли. Диагноз ЛЗН был подтвержден серологически в 86 % случаев. Кроме того, из тканей умерших было выделено несколько штаммов ВЗН [321]. Добавим, что антитела к вирусу ЗН выявлялись с различной частотой у населения Сенегала, Кении, Марокко, Демократической республики Конго. В этих странах в разные годы также фиксировались случаи заболеваний ЛЗН, иногда переходящие в крупные эпидемические вспышки. На территории этих стран вирус ЗН выделяли от людей, комаров и некоторых позвоночных [235].

В Европе антитела к вирусу ЛЗН были впервые обнаружены в Албании в 1958 г., а первая изоляция вируса была произведена от комаров во Франции в 1964 г. [140]. Тогда же было показано существование стойких природных очагов ЛЗН в дельте Волги в России [3, 4, 5, 26, 27, 28]. Случаи заболевания людей и животных регистрировались начиная с 1960 гг. на юге Франции, в Испании, России, Румынии, Украине, Белоруссии [4-7]. Серологические исследования показали, что в 1975 - 1983 гг. антитела против вируса ЗН встречались у от 3 % до 4,9 % населения южных районов Франции На севере Испании этот показатель составил 9,8 % [129]. В южных районах Португалии антитела к ВЗН обнаружены у 15 % населения [121].

Обширная эпидемическая вспышка ЛЗН возникла в июле-октябре 1996 г. в Юго - Восточной Румынии в Южном течении Дуная. Заболеваемость достигала 12,4 на 100 тыс. и охватила 7 районов, включая Бухарест. С явлениями поражения ЦНС госпитализировано 835 больных. Лабораторно подтверждено 393 случая. Умерли 17 больных (4,3%), причем тяжесть течения и летальность возрастали с возрастом, что типично для ЛЗН. Число больных с симптомами лихорадки было по крайней мере в 10 раз, а число инфицированных в 100-300 раз больше [146, 322].

Чрезвычайный интерес вызывает распространение вируса ЗН по территории Северной Америки. До 1999 г., когда эпидемическая вспышка менингоэнцефалита, опосредованного ВЗН, возникла на северо-востоке США, вирус ЗН на территории Нового Света не выделялся. Вспышка произошла в июле-сентябре 1999 г. с пиком во второй половине августа. В

общей сложности было выявлено 59 случаев менингоэнцефалита, из которых 7 с летальным исходом (12,5%) [69, 180]. Однако пост-эпидемические и серологические исследования выявили до 110 бессимптомных, и до 30 случаев лихорадочной формы ЛЗН на каждый случай менингоэнцефалита. По данным CDC (Center for Disease Control and Prevention, USA) в 2000 г. зарегистрировано только 18 менингоэнцефалитных случаев ЛЗН. Хотя, эпицентром заболеваемости людей в 1999-2000 гг. были окрестности Нью-Йорка, ВЗН был выделен или детектирован в птицах, лошадях и/или комарах в 1999 г. в 4 штатах, а в 2000 г. уже в 12. В 2001 г. случаи Западно-Нильского менингоэнцефалита регистрировались уже в 38 районах в 10 штатах [68, 102, 103, 113, 114]. Общее число таких случаев составило 66, из них 9 фатальных. При этом циркуляция вируса (в птицах, комарах и животных) регистрировалась уже в 27 штатах. Особые значения заболеваемости в Америке были достигнуты в 2002 и 2003 гг. По данным CDC число только клинически заболевших ЛЗН составило в 2001 г. 3389 человек в 37 штатах, из которых 2354 (69%) с менингоэнцефалитом, 704 (21%) с лихорадочными проявлениями и 331 (10 %) с неспецифичными проявлениями. Вирусная активность регистрировалась уже в 44 штатах. Учитывая, что на один клинически выраженный случай ЛЗН может приходиться до 100-150 случаев бессимптомных, можно предположить, что число инфицированных достигало 300-400 тысяч. В 2003 г. всего было зарегистрировано более 9000 случаев ЛЗН, причем случаи с поражениями ЦНС составили около 30% [227, 256, 309].

Таким образом, за несколько лет ВЗН распространился практически по всей территории США вплоть до Западного побережья. Кроме того, ВЗН был детектирован в юго-центральных областях Канады и в Мексике [116, 256]. Открытым остается вопрос о заносе вируса на Американский континент. Считают, что занос мог быть произведен двумя путями - или со случайным (на кораблях или самолетах) завозом зараженной популяции комаров [11], или с завозом инфицированных птиц. Причем завоз мог быть как сельскохозяйственных птиц, так и экзотических. [77, 180].

Вирус Западного Нила в России

На территории бывшего СССР ареал ВЗН охватывает Молдавию, Украину, Белоруссию, юг европейской части России (степи и лиственные леса), в Западной Сибири - Алтайский край (степи и лесостепь). Кроме того, циркуляция вируса зафиксирована в Армении, Азербайджане, Грузии, Казахстане, Таджикистане, Киргизии, Узбекистане и Туркмении [11]. Заболеваемость ЛЗН за последние 20 лет регистрировалась в Казахстане и Среднеазиатских республиках, на Украине, в Азербайджане. Особенно велик риск заражения в пустынных частях Поволжского района, особенно вдоль долин крупных рек. Наличие стойких природных очагов ВЗН показано в дельте Волги [5]. Здесь почти ежегодно регистрируются спорадические случаи заболевания. Небольшая вспышка ЛЗН была отмечена в 1963 г. в Астраханской области [3, 26]. В этом же регионе, в Волгоградской, Астраханской областях и Краснодарском крае в июле-сентябре 1999 г. зарегистрирована крупная вспышка ЛЗН. В общей сложности было зафиксировано не менее 600 случаев заболеваний [12, 13].

В Волгоградской области в 1999 г. было выявлено 380 лабораторно подтвержденных случаев ЛЗН. При этом, у 72,4 % пациентов диагностирован серозный менингит, у 67,4 % менингоэнцефалит и у 12,6 % острое лихорадочное заболевание без поражения ЦНС.

В Астраханской области в 1999 г. всего было зарегистрировано 95 случаев ЛЗН [13]. В последующие годы заболеваемость регистрировалась в меньшем масштабе: в 2000 г. - 24 случая, в 2001 г. - 49, в 2002 г. - 34 [10].

При исследованиях распространения ВЗН на территории Волго-Ахтубинской поймы, проведенных в 2000-2004 гг. в Институте вирусологии им. Д.И.Ивановского РАМН были обнаружены представители трех генотипов вируса : 1, 2 и 4. Субгенотип 1а генотипа 1 встречался в 96% случаев, а на генотипы 2 и 4 приходилось примерно по 2 %.

Филогенетические взаимоотношения изолятов ВЗН.

Первоначальные исследования, в которых использовались различные серологические методики, позволили выделить несколько обособленных групп вируса. На основании этих исследований штаммы ВЗН были разделены в две большие серогруппы: африканскую (топотипный штамм Б§101, выделенный в Египте) и индийскую (топотипный штамм 1§2266 из Юго-Восточной Индии). К африканской серогруппе относятся штаммы, выделенные в Северной, Восточой и Центральной Африке, Средней Азии, все штаммы выделенные в Европе. К этой же серогруппе относятся почти все изоляты из Южной Африки и с острова Мадагаскар. К индийской серогруппе относят штаммы изолированные в различных частях Индии, часть изолятов из Южной Африки и с острова Мадагаскар [11].

Секвенирование и анализ последовательностей генома различных изолятов позволили получить значительно более полную картину межштаммовых филогенетических отношений. Следует заметить, что ко времени начала эпидемии ЛЗН в США (1999 г.) в международной базе данных имелась всего одна полная нуклеотидная последовательность генома ВЗН: последовательность вируса генотипа II. Кроме того, была доступна полная нуклеотидная последовательность генома вируса Кунджин, который к тому времени считался самостоятельным вирусом, хотя и родственным ВЗН. Эта ситуация привела к значительным трудностям при первичном определении принадлежности вируса, вызвавшего эпидемическую вспышку 1999 г. в США. Фактически, только последовательность штамма, изолированного в Нью-Йорке в 1999 г., явилась первой полной последовательностью генома для генотипа 1 , который является наиболее распространенным и ответственен за наибольшее количество эпидемических вспышек.

Одной из первых и основополагающих стала работа Б. ВегШе1 с соавт. [53]. Сравнительное исследование было построено на анализе нуклеотидной последовательности части гена оболочечного белка Е (участок, кодирующий приблизительно от 150-ой по 250-ую а.к. от К-конца белка). Данный регион

характеризуется высокой вариабельностью, что связано с формированием ряда антигенных детерминант. Кроме того, в этой области находится единственный для данного белка потенциальный сайт гликозилирования, который у некоторых штаммов может быть изменен или делетирован. В результате, изоляты (в работе использовался 21 штамм) были разделены в две группы, с дивергенцией между группами до 29%. Гомология между штаммами внутри групп составляла минимум 87% для I группы и 80,5% для 11-ой. Подобная классификация на основе сравнения небольшой части гена Е оказалась весьма удачной, и, как показали дальнейшие исследования, соответствует наиболее достоверному сравнительному анализу полноразмерных последовательностей генома. В тоже время, в описываемой работе не использовалась частичная нуклеотидная последовательность индийского изолята ^2266, доступная для анализа к этому времени.

В последующих работах число штаммов ВЗН, используемых для анализа, значительно возросло и подобное разделение на две группы стало общепринятым. Важную роль сыграли работы ХЗоИепе [295, 296], в которых данные о филогенетических взаимоотношениях штаммов ВЗН были в значительной мере обобщены и структурированы. Помимо прочего, в этих работах было показано, что вирус Кунджин является австралийским субтипом ВЗН. К группе I относят штаммы, выделенные в США, Европе, Среднем Востоке, Центральной, Северной и Западной Африке. Отметим, что к этой группе отнесены штаммы, вызвавшие все крупные эпидемии последних лет в Израиле, Румынии, России и США. К этой же группе относят австралийские изоляты Кунджин и изоляты из Индии. Группа II включает в себя вирусы из Центральной, Восточной и Западной Африки и с острова Мадагаскар [53, 76, 180, 295].

Отнесение индийских изолятов к первой группе, а затем попытка вынести их в субгенотип 1с явились артефактом анализа по небольшому участку последовательности, так как при дальнейших исследованиях и

сравнении была доказана принадлежность их к самостоятельному генотипу ВЗН.

В 2002 г. была опубликована работа по анализу последовательности штамма Krsn190, выделенного в 1988 г. на территории Краснодарской области. Его не удалось классифицировать ни в одну группу, т.к. степень его дивергенции по нуклеотидной последовательности открытой рамки считывания составляет приблизительно 30% от штаммов I-ой, II-ой и индийской групп. Подобная проблема возникла и в работе J.Scherret [296]. Для двух штаммов из Сенегала и Индонезии вопрос о групповой принадлежности решить не удалось.

В 1997 г. на территории Моравии был выделен штамм ВЗН, сильно филогенетически удаленный от всех генотипов, известных к тому времени. Авторы Bakonyi с соавт. предложили после проведенного к 2005 г. анализа, вынести штамм Rabensburg (97-103) в отдельный генотип ВЗН [40].

В итоге, к 2007 г. сложилось разделение ВЗН на 5 основных генотипов (lineage): генотип 1 - самый широко распространенный, ответственный за наибольшее количество эпидемических вспышек, подразделяемый на два субгенотипа (clade) (1а и 1 b - ранее австралийский вирус Кунджин); генотип 2 - менее распространенный вариант, но доказано ответственный за некоторое количество эпидемических вспышек; генотипы 3 и 4 (Rabensburg (97-103) и Krsn190 соответственно), представленные фактически каждый одним известным топотипным штаммом и генотип 5, влючающий изоляты ВЗН из Индии. Филогенетическое древо (из работы Bondre и др. [60]) представлено на рис.1. Не исключено, что в будущем число филогенетических групп вируса ЗН, по мере новых исследований будет расширено.

Рис. 1. Филогенетическая дендрограмма построена на основе нуклеотидной последовательности длиной 921 нуклеотидов из области C-prM-E ВЗН. Вирус японского энцефалита (JEV) взят в качестве аутгруппы. Древо построено программой Mega с помощью алгоритма ближайшего соседа

Территориальное распространение генотипов ВЗН.

Самым широко распространенным генотипом вируса следует считать генотип 1. Субгенотип 1а встречается в Европе, Африке, на Американском континенте распространен только данный вариант, кроме того, его второй субгенотип 1Ь (ранее вирус Кунджин) распространен в Австралии. Этот генотип ответственен за подавляющее большинство эпидемических вспышек, кроме того, для него собрана наибольшая база нуклеотидных последовательностей и, именно на генотипе I проведена основная масса работ по определению маркеров патогенности ВЗН.

При исследованиях распространения ВЗН на территории Волго-Ахтубинской поймы, проведенной в 2000-2004 гг. в Институте вирусологии им. Д.И.Ивановского РАМН были обнаружены представители трех генотипов вируса: 1а, 2 и 4. Причем субгенотип 1а встречался в 96% случаев, а на генотипы 2 и 4 приходилось примерно по 2 %.

Генотип 2 встречается в основном в Африке и Европе. Достоверно известно о его способности вызывать заболевания у людей. Достаточно вспомнить, что самый первый, описанный ВЗН выделенный в 1937 г. в провинции Западный Нил в Уганде от женщины, больной лихорадкой, принадлежал к генотипу 2. Недавняя вспышка 2007 г. в Волгоградской области, где удалось определить полную нуклеотидную последовательность генома ВЗН из мозга умершего так же подтверждает опасность для человека второго генотипа вируса.

Генотипы 3 и 4 обнаружены в очень небольшом количестве, фактически имеются только два топотипных штамма, по одному на генотип (КаЬешЬиг§ (97-103) и Кгеп190, соответственно), оба выделены от клещей. Достоверных данных о заболеваниях ЛЗН, вызванных этими генотипами нет. Однако, не следует забывать, что в Астраханской области, по данным Института вирусологии им. Д.И. Ивановского, генотип 4встречается с такой же частотой, что и генотип 2.

Генотип 5 является вариантом вируса, распространенным в Индии, возможно, еще в некоторых территориально близких регионах, и ситуация с ним подобна с ситуацией с вирусом Кунджин для Австралии.

Группирование изолятов ВЗН на основе сравнения их нуклеотидных последовательностей совпадает с их географическим происхождением. Это весьма актуально, т.к. основным хозяином ВЗН являются птицы, которые во время своих сезонных миграций могут переносить новые, возможно, более патогенные штаммы на значительные расстояния. Кроме того, считается, что изоляты различных групп вируса обладают различной патологической способностью. Так, случаи энцефалитов и менингоэнцефалитов фиксируются в основном при вспышках, вызванных штаммами первой группы. Все крупные эпидемии ЛЗН последних лет (в России, США, Румынии, Израиле) также были вызваны представителями первой группы. Установить связь патогенности с определенными участками генома вируса достаточно сложно, хотя в ряде работ выявлены определенные участки генома, замены в которых приводят, например, к изменениям нейроинвазивной способности вируса в модельной системе [82].

Особую значимость вирус Западного Нила приобрел после ряда крупных эпидемических вспышек, произошедших в конце 1990-х годов в различных частях света и характеризующихся необычно частыми, для данной инфекции, случаями поражения ЦНС и высокой смертностью. В 1994 году произошла вспышка в Алжире, в ходе которой было зарегистрировано около 50 случаев заболевания с 8 летальными исходами. Последующая вспышка ЛЗН была зарегистрирована в Румынии в 1996 году, где также наблюдался необычно высокий (~9%) уровень смертности. В 1997 году на гусиных фермах в Израиле случилась крупная эпизоотия ЛЗН с острыми неврологическими проявлениями. Среди людей эпидемия случилась в 2000 году, хотя еще в 1999 году было отмечено два смертельных случая заболевания ЛЗН. В общей сложности в 2000 году в Израиле было зарегистрировано 417 подтвержденных случаев заболевания ЛЗН, причем в половине случаев с поражениями ЦНС.

Уровень смертности при этом составлял, по разным данным, от 8 до 14 %. В 1999 году почти одновременно эпидемические вспышки ЛЗН произошли на юге России и в Нью-Йорке, США, при сходном (~ 10%) уровне летальности. Вопрос, чем обусловлено серьезное изменение характера патогенности эпидемических вспышек, вызванных в последнее время вируса Западного Нила, остается открытым. Сравнительный и эволюционный анализ первичной структуры геномов различных изолятов ВЗН, поиск и изучение генетических детерминант вируса, отвечающих за его патогенные свойства, являются в настоящее время предметом интенсивных исследований.

Настоящая работа была выполнена в рамках комплексного изучения биологии и структуры генома вируса Западного Нила, циркулирующего на территории юга Русской равнины, которое проводится в Институте вирусологии им. Д.И. Ивановского с 1999 года. В рамках этого исследования были выполнены работы по генетической характеристике российских штаммов ВЗН, вызвавших эпидемии 1999-2000 гг., созданию новых чувствительных тест-систем для детекции возбудителя, а также работы по мониторингу циркуляции вируса, включающему в себя наблюдения за вирусной активностью во всех звеньях экологической цепи.

Цель исследования

Характеристика, изучение генетических свойств и анализ детерминант патогенности штаммов ВЗН, циркулирующих на эндемичной территории юга России, а также исторических штаммов, находящихся в Государственной коллекции института вирусологии им. Д.И.Ивановского.

Задачи исследования

1. Установить первичную структуру геномов 9 исторических штаммов вируса Западного Нила из Государственной коллекции вирусов института вирусологии им. Д.И.Ивановского.

2. Установить первичную структуру геномов 22 штаммов вируса Западного Нила, изолированных в 1999-2005 гг. на территории Астраханской и Волгоградской областей.

3. Определить принадлежность исследуемых штаммов ВЗН к известным генотипам этого вируса, а в случае выявления вирусов, не принадлежащих к уже известным генотипам, охарактеризовать новые генотипы и предложить среди исследованных штаммов топотипные варианты ВЗН.

4. Разработать оптимальную схему для определения полной первичной структуры генома для вирусов ВЗН субгенотипа 1а.

5. Создать тест-систему на основе ОТ-ПЦР, позволяющую проводить идентификацию РНК ВЗН в пробах членистоногих переносчиков.

6. Охарактеризовать генетические свойства вирусной популяции, циркулировавшей на территории Астраханской области в 2001-2005 гг.

7. Разработать экспериментальную систему для изучения биологических свойств ВЗН методом обратной генетики на основе низкопатогенного штамма.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Установлена полная нуклеотидная последовательность геномов 31 штамма ВЗН. Для 28 штаммов ВЗН показана принадлежность к субгенотипу 1а и для одного штамма к генотипу 2.

2. На основании сравнительного анализа полных нуклеотидных последовательностей геномов штамм вируса Кгпё88-190 предложено отнести к новому генотипу 4.

3. На основании сравнительного анализа полных нуклеотидных последовательностей геномов штамм вируса ^2266 предложено отнести к новому генотипу 5.

4. Проведена молекулярно-генетическая характеристика данных штаммов, включающая в себя анализ их нуклеотидных и аминокислотных

последовательностей, а также поиск известных функциональных детерминант вируса, отвечающих за его патогенные свойства.

5. Создана ОТ-ПЦР тест система для определения РНК ВЗН, данная система показала высокую специфичность и чувствительность при работе с пробами пулов комаров и клещей.

6. Создана экспериментальная система для транскрипции вирусной РНК in vitro на основе бактериальной высококопийной плазмиды, несущей полноразмерную кДНК копию вирусного генома.

Научная новизна и практическая ценность работы

В данной работе впервые была определена полная нуклеотидная последовательность генома для 31 штамма ВЗН, в том числе для 24 штаммов, изолированных в России. Это составляет до настоящего времени 45% данных для Евразии и более 82% данных для России. Впервые, на основании полной последовательности генома вируса была показана принадлежность индийского штамма Ig2266 к новому генотипу 5, что в дальнейшем было подтверждено работами исследователей из Индии. Впервые, была показана принадлежность и штамма Krnd88-190 к новому генотипу 4, не известному до настоящей работы, что также было подтверждено позднее работами других исследователей.

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Прилипов Алексей Геннадьевич, 2016 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Березин В.В., Семенов Б.Ф., Решетников И.А., Башкирцев В.Н. Значение птиц в естественном цикле арбовирусов, передаваемых комарами, в дельте Волги. Трансконтинентальные связи перелетных птиц и их роль в распространении арбовирусов. Под ред. В.Р. Обухова. Новосибирск.: Наука, 1972. 310-313 с.

2. Булычев В.П., Данияров А., Гордеева З.Е. Выделение вируса Западного Нила от комаров Culex pipiens в Таджикистане. Арбовирусы. Инст.вирусологии им.Д.И.Ивановского АМН СССР.М. 1981. 95-96 с.

3. Бутенко А.М.,Чумаков М.П., Беляева А.П. Серологическая идентификация астраханского вируса из клещей. Клещевой энцефалит, кемеровская клещевая лихорадка и другие арбовирусные инфекции. Под ред.М.П.Чумакова. 1964. М. 7-9 с.

4. Бутенко А.М.,Чумаков М.П., Башкирцев В.Н. Новые данные об изучении инфекции Западного Нила в СССР. Материалы 15-й научн. сессии ИПВЭ АМН СССР. 1968. Вып.3. 175-176 с.

5. Бутенко А.М.,Чумаков М.П., Башкирцев В.Н. Выделение штамма вируса Западного Нила в Астраханской области из комаров и вороны. Этиология, эпидемиология и клиника КГЛ и лихорадки Западного Нила. под ред. М.П. Чумакова. Астрахань. 1969. 39-40 с.

6. Виноград И.А., Белетская Г.В., Чумаченко С.С., Ардаматская Т.Б., Рогочий Е.Г. Изоляция вируса Западного Нила в южной Украине. Вопр. вирус. 1982. №5. 55-57 с.

7.Войнов И.Н., Рытик П.Г., Григорьев А.И. Арбовирусные инфекции в Белоруссии. Вирусы и вирусные инфекции человека. 1981 .86-87 с.

8. Гайдамович С.Н., Никифоров Л.П., Червонский В.И., Клисенко Г.А., Громашевский В.Л., Обухова В.Р. Выделение вируса Западного Нила у черных дроздов и поползней в Азербайджане. Трансконтинентальные связи перелетных птиц и их роль в распространении арбовирусов. Под ред. В.Р. Обухова. Новосибирск.: Наука. 1972. 229-313 с.

9. Жданов В.М., Львов Д.К. Эволюция возбудителей инфекционных болезней. М.: Медицина. 1984. 270 с.

10. Ковтунов А. И., Колобухина Л. В., Москвина Т. М., Шишкина Е. О., Джаркенов А. Ф., Кистенева Д. Н., Львов Д. Н., Щелканов М. Ю., Аристова В. А., Ларичев В.Ф., Злобина Л. В., Гришанова А. П., Гренкова Е. П., Аршба Т. Е., Оганесян Ю. В. Заболеваемость и заражаемость населения Астраханской области лихорадкой Западного Нила в 2002 г. Вопр. вирусол. 2003. №25. 9-28 с.

11. Львов Д.К. Лихорадка Западного Нила. Вопр. вирусол. 2000. №2. 24-34 с.

12. Львов Д.К., БутенкоА.М., Гайдамович С.Я., Ларичев В.Ф., Лещинская Е.В., Лазаренко В.В., Петров В.Р., Триханов С.Т., Хуторецкая Н.В., Шишкина Е.О., Яшков А.Б. Эпидемия менингоэнцефалита в Краснодарском крае и Волгоградской области, вызванная вирусом Западного Нила. Вопр.вирусол.-2000. №1. 37-38 с.

13. Львов Д.К., БутенкоА.М., Вышемирский О.И., Гайдамович С.Я., Громашевский В.Л., Ларичев В.Ф., Морозова Т.Н., Скворцова Т.М., Хуторецкая Н.В., Шишкина Е.О., Яшков А.Б., Платонов А.Е., Шипулин Г.А., Шипулина О.Ю., Жуков А.Н., Лазоренко В.В., Русакова Н.В., Азарян А.А., Гришанова А.П., Глимзянов Х.М., Гринкова Е.П. Выделение вируса лихорадки Западного Нила от больных людей в период эпидемической вспышки в Волгоградской и Астраханской областях. Вопр. вирусол. 2000. .№3. 56-64 с.

14. Львов Д.К., Клименко С.М., Гайдамович С.Я. Арбовирусы и арбовирусные инфекции. Москва.: Медицина. 1986. 336 с.

15. Львов Д. К., Ковтунов А. И., Яшкулов К. Б., Громашевский В. Л., Джаркенов А. Ф., Щелканов М. Ю., Куликова Л. Н., Сэвидж Г., Чимидова Н. М., Михаляева Л. Б., Васильев А. В., Галкина И. В., Прилипов А. Г., Кинни Р., Самохвалов Е. И., Бушкиева Б. Ц., Гублер Д., Альховский С. К., Аристова В. А., Дерябин П. Г., Бутенко А. М., Москвина Т. М., Львов Д. Н., Злобина Л. В., Ляпина О. В., Садыкова Г. К., Шаталов А. Г., Усачев В. Е., Воронина А. Г., Лунева Л. И. Особенности циркуляции вируса Западного Нила (Flaviviridae, Flavivirus) и некоторых других арбовирусов в экосистемах дельты Волги, Волго-Ахтубинской поймы и сопредельных аридных ландшафтах (2000— 2002 гг.). Вопросы вирусологии 2004. №3. 45-51 с.

16. Львов Д. К., Ковтунов А. И., Яшкулов К. Б., Громашевский В. Л., Джаркенов А. Ф., Щелканов М. Ю., Куликова Л. Н., Сэвидж Г., Чимидова Н. М., Михаляева Л. Б., Васильев А. В., Галкина И. В., Прилипов А. Г., Кинни Р., Самохвалов Е. И., Бушкиева Б. Ц., Гублер Д., Альховский С. К., Аристова В. А., Дерябин П. Г., Бутенко А. М., Москвина Т. М., Львов Д. Н., Злобина Л. В., Ляпина О. В., Садыкова Г. К., Шаталов А. Г., Усачев В. Е., Воронина А. Г., Лунева Л. И. Проблемы безопасности при новых и вновь возникающих инфекциях. Вестник РАМН. 2004. №5. 20-25 с.

17. Львов Д.К., Лебедев А.Д. Экология арбовирусов. Москва.: Медицина.1974. 184 с.

18. Прилипов А.Г., Самохвалов Е.И., Львов Д.К., Громашевский В.Л., Бутенко А.М., Вышемирский О.И., Ларичев В.Ф., Гайдамович С.Я, Хуторецкая Н.В., Воронина А.Г., Новиков Д.В., Мохонов В.В. Альховский С.В. Генетический анализ вирусов лихорадки Западного Нила, выделенных на юге Русской равнины. Вопр. вирусол. 2001. №1. 8-12 с.

19. Прилипов А.Г., Кинни Р.М., Самохвалов Е.И., Сэведж Г., Альховский С.В., Тсучия Р., Громашевский В.Л., Садыкова Г.К., Шаталов А., Вышемирский О., Усачев Е., Мохонов В., Воронина А., Бутенко А.М., Ларичев В.Ф., Жуков А.,

Ковтунов А., Гублер Д., Львов Д.К. Анализ новых вариантов вируса лихорадки Западного Нила. Вопр. вирусол. 2002. №4. 36-41 с.

20. Сиденко Б.Ф., Думина А.Л., Грекова В.С. Циркуляция вируса Западного Нила среди птиц Украинского Причерноморья. В кн.: Экология вирусов. Вып I. Москва. 1973. 164-169 с.

21. Сидорова Г.А., Громашевский В.Л., Веселовская О.В., Неронов В.М., Рустамова Б.Р., Мусатова А.И., Ипатов В.И. Изоляция вирусов Западного Нила из иксодовых и аргасовых клещей, собранных в аридных районах Узбекистана. В кн.: Экология вирусов. Вып.! Москва. 1973. 87-90 с.

22. Субботина Е.Л., Локтев В.Б. Молекулярная эволюция вируса Западного Нила. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014. №°1. 31-37 с.

23. Ставицкий А.В. Изучение восприимчивости диких уток к вирусу Западного Нила. В кн.: Вирусы, экологически связанные с птицами. Омск. инст. проиродноочаг. инф. Омск. 1971. 18-19 с.

24. Федорова М.В., мат. конф. Арбовирусы и арбовирусные инфекции 2006.

25. Федотова Т.Н., Ставский А.В., Федоров В.Г. Лихорадка Западного Нила у эксперементально инифицированных грачей. В кн.: Вирусы, экологически связанные с птицами. Омск. инст. проиродноочаг. инф. Омск. 1971. 19-22 с.

26. Чумаков М.П., Беляева А.П., Бутенко А.М. Выделение и изучение своеобразного вируса из клещей Иуа1ошша р1ишЬеиш и из крови лихорадящего больного в Астраханской области. В кн.: Клещевой энцефалит, кемеровская клещевая лихорадка и другие арбовирусные инфекции. Под ред.М.П.Чумакова. Москва. 1964. 5-7 с.

27. Чумаков М.П., Беляева А.П., Бутенко А.М., Мартьянова Л.И. Вирус Западного Нила в СССР. Эпидемиология вирусных инфекций. 1968. Т.12. 365373 с.

28. Чумаков М.П., Бутенко А.М., Башкирцев В.Н. Выделение вируса Западного Нила от больных людей в Астраханской области. Этиология, эпидемиология и клиника крымской геморрагической лихорадки и лихорадки Западного Нила. Астрахань. 1969. 36-38 с.

29. Шишкина Е. О., Бутенко А.М., Гайдамович С.Я., Ларичев В. Ф., Журавлев В.И., Щербакова С. А., Ковтунов А. И., Джаркенов А. Ф., Ситков В. Г., Донская М. Г. Изучение иммуноструктуры населения Астраханской области к вирусу Западного Нила в 1998 и 1999 гг. Вопр.вирусол. 2002. №6. 13-17 с.

30. Adams, S.C., Broom, A.K., Sammels, L.M., Hartnett, A.C., Howard, M.J., Coelen, R.J., Mackenzie, J.S., and Hall, R.A.Glycosylation and antigenic variation among Kunjin virus isolates. // Virology.1995.V.206 (1). P. 49-56.

31. Amanna, I.J. and Slifka, M.K.Current trends in West Nile virus vaccine development. // Expert Rev Vaccines.2014.V.13 (5). P. 589-608.

32. Anderson, J.F., Andreadis, T.G., Vossbrinck, C.R., Tirrell, S., Wakem, E.M., French, R.A., Garmendia, A.E., and Van Kruiningen, H.J.Isolation of West Nile virus from mosquitoes, crows, and a Cooper's hawk in Connecticut. // Science.1999.V.286 (5448). P. 2331-3.

33. Andreadis, T.G., Anderson, J.F., and Vossbrinck, C.R.Mosquito surveillance for West Nile virus in Connecticut, 2000: isolation from Culex pipiens, Cx. restuans, Cx. salinarius, and Culiseta melanura. // Emerg Infect Dis.2001.V.7 (4). P. 670-4.

34. Angenvoort, J., Fischer, D., Fast, C., Ziegler, U., Eiden, M., de la Fuente, J.G., Lierz, M., and Groschup, M.H.Limited efficacy of West Nile virus vaccines in large falcons (Falco spp.). // Vet Res.2014.V.45. P. 41.

35. Anis, E., Grotto, I., Mendelson, E., Bin, H., Orshan, L., Gandacu, D., Warshavsky, B., Shinar, E., Slater, P.E., and Lev, B.West Nile fever in Israel: the reemergence of an endemic disease. // J Infect.2014.V.68 (2). P. 170-5.

36. Anukumar, B., Sapkal, G.N., Tandale, B.V., Balasubramanian, R., and Gangale, D.West Nile encephalitis outbreak in Kerala, India, 2011. // J Clin Virol.2014.V.61 (1). P. 152-5.

37. Anwar, A., Chandrasekaran, A., Ng, M.L., Marques, E., and August, J.T.West Nile premembrane-envelope genetic vaccine encoded as a chimera containing the transmembrane and cytoplasmic domains of a lysosome-associated membrane protein: increased cellular concentration of the transgene product, targeting to the MHC II compartment, and enhanced neutralizing antibody response. // Virology.2005.V.332 (1). P. 66-77.

38. Arnold, C.West Nile virus bites back. // Lancet Neurol.2012.V.11 (12). P. 1023-4.

39. Bakonyi, T., Ferenczi, E., Erdelyi, K., Kutasi, O., Csorgo, T., Seidel, B., Weissenbock, H., Brugger, K., Ban, E., and Nowotny, N.Explosive spread of a neuroinvasive lineage 2 West Nile virus in Central Europe, 2008/2009. // Vet Microbiol.2013.V.165 (1-2). P. 61-70.

40. Bakonyi, T., Hubalek, Z., Rudolf, I., and Nowotny, N.Novel flavivirus or new lineage of West Nile virus, central Europe. // Emerg Infect Dis.2005.V.11 (2). P. 225-31.

41. Balakrishnan, A., Butte, D.K., and Jadhav, S.M.Complete genome sequence of west nile virus isolated from alappuzha district, kerala, India. // Genome Announc.2013.V.1 (3). P.

42. Banet-Noach, C., Malkinson, M., Brill, A., Samina, I., Yadin, H., Weisman, Y., Pokamunski, S., King, R., Deubel, V., and Stram, Y.Phylogenetic relationships of West Nile viruses isolated from birds and horses in Israel from 1997 to 2001. // Virus Genes.2003.V.26 (2). P. 135-41.

43. Barzon, L., Pacenti, M., Franchin, E., Lavezzo, E., Masi, G., Squarzon, L., Pagni, S., Toppo, S., Russo, F., Cattai, M., Cusinato, R., and Palu, G.Whole genome

sequencing and phylogenetic analysis of West Nile virus lineage 1 and lineage 2 from human cases of infection, Italy, August 2013. // Euro Surveill.2013.V.18 (38). P.

44. Barzon, L., Pacenti, M., Franchin, E., Pagni, S., Lavezzo, E., Squarzon, L., Martello, T., Russo, F., Nicoletti, L., Rezza, G., Castilletti, C., Capobianchi, M.R., Salcuni, P., Cattai, M., Cusinato, R., and Palu, G.Large human outbreak of West Nile virus infection in north-eastern Italy in 2012. // Viruses.2013.V.5 (11). P. 282539.

45. Barzon, L., Pacenti, M., Franchin, E., Squarzon, L., Lavezzo, E., Toppo, S., Martello, T., Cattai, M., Cusinato, R., and Palu, G.Novel West Nile virus lineage 1a full genome sequences from human cases of infection in north-eastern Italy, 2011. // Clin Microbiol Infect.2012.V.18 (12). P. E541-4.

46. Barzon, L., Papa, A., Pacenti, M., Franchin, E., Lavezzo, E., Squarzon, L., Masi, G., Martello, T., Testa, T., Cusinato, R., and Palu, G.Genome sequencing of West Nile Virus from human cases in Greece, 2012. // Viruses.2013.V.5 (9). P. 2311-9.

47. Beasley, D.W.Vaccines and immunotherapeutics for the prevention and treatment of infections with West Nile virus. // Immunotherapy.2011.V.3 (2). P. 26985.

48. Beasley, D.W. and Barrett, A.D.Identification of neutralizing epitopes within structural domain III of the West Nile virus envelope protein. // J Virol.2002.V.76 (24). P. 13097-100.

49. Beasley, D.W., Li, L., Suderman, M.T., and Barrett, A.D.Mouse neuroinvasive phenotype of West Nile virus strains varies depending upon virus genotype. // Virology.2002.V.296 (1). P. 17-23.

50. Beasley, D.W., Whiteman, M.C., Zhang, S., Huang, C.Y., Schneider, B.S., Smith, D.R., Gromowski, G.D., Higgs, S., Kinney, R.M., and Barrett, A.D.Envelope

protein glycosylation status influences mouse neuroinvasion phenotype of genetic lineage 1 West Nile virus strains. // J Virol.2005.V.79 (13). P. 8339-47.

51. Bell, J.A., Brewer, C.M., Mickelson, N.J., Garman, G.W., and Vaughan, J.A.West Nile virus epizootiology, central Red River Valley, North Dakota and Minnesota, 2002-2005. // Emerg Infect Dis.2006.V.12 (8). P. 1245-7.

52. Bernkopf, H., Levine, S., and Nerson, R.Isolation of West Nile virus in Israel. // J Infect Dis.1953.V.93 (3). P. 207-18.

53. Berthet, F.X., Zeller, H.G., Drouet, M.T., Rauzier, J., Digoutte, J.P., and Deubel, V.Extensive nucleotide changes and deletions within the envelope glycoprotein gene of Euro-African West Nile viruses. // J Gen Virol.1997.V.78 (9). P. 2293-7.

54. Besselaar, T.G. and Blackburn, N.K.Antigenic analysis of West Nile virus strains using monoclonal antibodies. // Arch Virol.1988.V.99 (1-2). P. 75-88.

55. Best, S.M., Morris, K.L., Shannon, J.G., Robertson, S.J., Mitzel, D.N., Park, G.S., Boer, E., Wolfinbarger, J.B., and Bloom, M.E.Inhibition of interferon-stimulated JAK-STAT signaling by a tick-borne flavivirus and identification of NS5 as an interferon antagonist. // J Virol.2005.V.79 (20). P. 12828-39.

56. Bin, H., Grossman, Z., Pokamunski, S., Malkinson, M., Weiss, L., Duvdevani, P., Banet, C., Weisman, Y., Annis, E., Gandaku, D., Yahalom, V., Hindyieh, M., Shulman, L., and Mendelson, E.West Nile fever in Israel 1999-2000: from geese to humans. // Ann N Y Acad Sci.2001.V.951. P. 127-42.

57. Blackwell, J.L. and Brinton, M.A.BHK cell proteins that bind to the 3' stem-loop structure of the West Nile virus genome RNA. // J Virol.1995.V.69 (9). P. 56508.

58. Blackwell, J.L. and Brinton, M.A.Translation elongation factor-1 alpha interacts with the 3' stem-loop region of West Nile virus genomic RNA. // J Virol.1997.V.71 (9). P. 6433-44.

59. Bonafe, N., Rininger, J.A., Chubet, R.G., Foellmer, H.G., Fader, S., Anderson, J.F., Bushmich, S.L., Anthony, K., Ledizet, M., Fikrig, E., Koski, R.A., and Kaplan, P.A recombinant West Nile virus envelope protein vaccine candidate produced in Spodoptera frugiperda expresSF+ cells. // Vaccine.2009.V.27 (2). P. 213-22.

60. Bondre, V.P., Jadi, R.S., Mishra, A.C., Yergolkar, P.N., and Arankalle, V.A.West Nile virus isolates from India: evidence for a distinct genetic lineage. // J Gen Virol.2007.V.88 (3). P. 875-84.

61. Botha, E.M., Markotter, W., Wolfaardt, M., Paweska, J.T., Swanepoel, R., Palacios, G., Nel, L.H., and Venter, M.Genetic determinants of virulence in pathogenic lineage 2 West Nile virus strains. // Emerg Infect Dis.2008.V.14 (2). P. 222-30.

62. Brandler, S., Lucas-Hourani, M., Moris, A., Frenkiel, M.P., Combredet, C., Fevrier, M., Bedouelle, H., Schwartz, O., Despres, P., and Tangy, F.Pediatric measles vaccine expressing a dengue antigen induces durable serotype-specific neutralizing antibodies to dengue virus. // PLoS Negl Trop Dis.2007.V.1 (3). P. e96.

63. Brandler, S., Marianneau, P., Loth, P., Lacote, S., Combredet, C., Frenkiel, M.P., Despres, P., Contamin, H., and Tangy, F.Measles vaccine expressing the secreted form of West Nile virus envelope glycoprotein induces protective immunity in squirrel monkeys, a new model of West Nile virus infection. // J Infect Dis.2012.V.206 (2). P. 212-9.

64. Brandler, S., Ruffie, C., Combredet, C., Brault, J.B., Najburg, V., Prevost, M.C., Habel, A., Tauber, E., Despres, P., and Tangy, F.A recombinant measles vaccine expressing chikungunya virus-like particles is strongly immunogenic and protects mice from lethal challenge with chikungunya virus. // Vaccine.2013.V.31 (36). P. 3718-25.

65. Brandler, S., Ruffie, C., Najburg, V., Frenkiel, M.P., Bedouelle, H., Despres, P., and Tangy, F.Pediatric measles vaccine expressing a dengue tetravalent antigen

elicits neutralizing antibodies against all four dengue viruses. // Vaccine.2010.V.28 (41). P. 6730-9.

66. Brandler, S. and Tangy, F.Vaccines in development against West Nile virus. // Viruses.2013.V.5 (10). P. 2384-409.

67. Brault, A.C., Huang, C.Y., Langevin, S.A., Kinney, R.M., Bowen, R.A., Ramey, W.N., Panella, N.A., Holmes, E.C., Powers, A.M., and Miller, B.R.A single positively selected West Nile viral mutation confers increased virogenesis in American crows. // Nat Genet.2007.V.39 (9). P. 1162-6.

68. Brault, A.C., Langevin, S.A., Bowen, R.A., Panella, N.A., Biggerstaff, B.J., Miller, B.R., and Komar, N.Differential virulence of West Nile strains for American crows. // Emerg Infect Dis.2004.V.10 (12). P. 2161-8.

69. Briese, T., Jia, X.Y., Huang, C., Grady, L.J., and Lipkin, W.I.Identification of a Kunjin/West Nile-like flavivirus in brains of patients with New York encephalitis. // Lancet.1999.V.354 (9186). P. 1261-2.

70. Brinkworth, R.I., Fairlie, D.P., Leung, D., and Young, P.R.Homology model of the dengue 2 virus NS3 protease: putative interactions with both substrate and NS2B cofactor. // J Gen Virol.1999.V.80 (5). P. 1167-77.

71. Brinton, M.A.The molecular biology of West Nile Virus: a new invader of the western hemisphere. // Annu Rev Microbiol.2002.V.56. P. 371-402.

72. Brinton, M.A. and Dispoto, J.H.Sequence and secondary structure analysis of the 5'-terminal region of flavivirus genome RNA. // Virology.1988.V.162 (2). P. 290-9.

73. Brinton, M.A., Fernandez, A.V., and Dispoto, J.H.The 3'-nucleotides of flavivirus genomic RNA form a conserved secondary structure. // Virology.1986.V.153 (1). P. 113-21.

74. Brugger, K. and Rubel, F.Simulation of climate-change scenarios to explain Usutu-virus dynamics in Austria. // Prev Vet Med.2009.V.88 (1). P. 24-31.

75. Bryant, J.E., Holmes, E.C., and Barrett, A.D.Out of Africa: a molecular perspective on the introduction of yellow fever virus into the Americas. // PLoS Pathog.2007.V.3 (5). P. e75.

76. Burt, F.J., Grobbelaar, A.A., Leman, P.A., Anthony, F.S., Gibson, G.V., and Swanepoel, R.Phylogenetic relationships of southern African West Nile virus isolates. // Emerg Infect Dis.2002.V.8 (8). P. 820-6.

77. Campbell, G.L., Marfin, A.A., Lanciotti, R.S., and Gubler, D.J.West Nile virus. // Lancet Infect Dis.2002.V.2 (9). P. 519-29.

78. Campbell, M.S. and Pletnev, A.G.Infectious cDNA clones of Langat tickborne flavivirus that differ from their parent in peripheral neurovirulence. // Virology.2000.V.269 (1). P. 225-37.

79. Chaintoutis, S.C., Chaskopoulou, A., Chassalevris, T., Koehler, P.G., Papanastassopoulou, M., and Dovas, C.I.West Nile virus lineage 2 strain in Greece, 2012. // Emerg Infect Dis.2013.V.19 (5). P. 827-9.

80. Chaintoutis, S.C., Dovas, C.I., Papanastassopoulou, M., Gewehr, S., Danis, K., Beck, C., Lecollinet, S., Antalis, V., Kalaitzopoulou, S., Panagiotopoulos, T., Mourelatos, S., Zientara, S., and Papadopoulos, O.Evaluation of a West Nile virus surveillance and early warning system in Greece, based on domestic pigeons. // Comp Immunol Microbiol Infect Dis.2014.V.37 (2). P. 131-41.

81. Chambers, T.J., Hahn, C.S., Galler, R., and Rice, C.M.Flavivirus genome organization, expression, and replication. // Annu Rev Microbiol.1990.V.44. P. 64988.

82. Chambers, T.J., Halevy, M., Nestorowicz, A., Rice, C.M., and Lustig, S.West Nile virus envelope proteins: nucleotide sequence analysis of strains differing in mouse neuroinvasiveness. // J Gen Virol.1998.V.79 (10). P. 2375-80.

83. Chang, D.C., Liu, W.J., Anraku, I., Clark, D.C., Pollitt, C.C., Suhrbier, A., Hall, R.A., and Khromykh, A.A.Single-round infectious particles enhance

immunogenicity of a DNA vaccine against West Nile virus. // Nat Biotechnol.2008.V.26 (5). P. 571-7.

84. Chomczynski, P. and Sacchi, N.Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. // Anal Biochem.1987.V.162 (1). P. 156-9.

85. Chowdhury, P., Khan, S.A., Dutta, P., Topno, R., and Mahanta, J.Characterization of West Nile virus (WNV) isolates from Assam, India: insights into the circulating WNV in northeastern India. // Comp Immunol Microbiol Infect Dis.2014.V.37 (1). P. 39-47.

86. Chowers, M.Y., Lang, R., Nassar, F., Ben-David, D., Giladi, M., Rubinshtein, E., Itzhaki, A., Mishal, J., Siegman-Igra, Y., Kitzes, R., Pick, N., Landau, Z., Wolf, D., Bin, H., Mendelson, E., Pitlik, S.D., and Weinberger, M.Clinical characteristics of the West Nile fever outbreak, Israel, 2000. // Emerg Infect Dis.2001.V.7 (4). P. 675-8.

87. Chu, J.H., Chiang, C.C., and Ng, M.L.Immunization of flavivirus West Nile recombinant envelope domain III protein induced specific immune response and protection against West Nile virus infection. // J Immunol.2007.V.178 (5). P. 2699705.

88. Chua, A.J., Vituret, C., Tan, M.L., Gonzalez, G., Boulanger, P., Ng, M.L., and Hong, S.S.A novel platform for virus-like particle-display of flaviviral envelope domain III: induction of Dengue and West Nile virus neutralizing antibodies. // Virol J.2013.V.10. P. 129.

89. Chung, K.M., Liszewski, M.K., Nybakken, G., Davis, A.E., Townsend, R.R., Fremont, D.H., Atkinson, J.P., and Diamond, M.S.West Nile virus nonstructural protein NS1 inhibits complement activation by binding the regulatory protein factor H. // Proc Natl Acad Sci U S A.2006.V.103 (50). P. 19111-6.

90. Ciccozzi, M., Peletto, S., Cella, E., Giovanetti, M., Lai, A., Gabanelli, E., Acutis, P.L., Modesto, P., Rezza, G., Platonov, A.E., Lo Presti, A., and Zehender, G.Epidemiological history and phylogeography of West Nile virus lineage 2. // Infect Genet Evol.2013.V.17. P. 46-50.

91. Cnops, L., Papa, A., Lagra, F., Weyers, P., Meersman, K., Patsouros, N., and Van Esbroeck, M.West Nile virus infection in Belgian traveler returning from Greece. // Emerg Infect Dis.2013.V.19 (4). P. 684-5.

92. Cohen, D., Zaide, Y., Karasenty, E., Schwarz, M., LeDuc, J.W., Slepon, R., Ksiazek, T.G., Shemer, J., and Green, M.S.Prevalence of antibodies to West Nile fever, sandfly fever Sicilian, and sandfly fever Naples viruses in healthy adults in Israel. // Public Health Rev.1999.V.27 (1-3). P. 217-30.

93. Coia, G., Parker, M.D., Speight, G., Byrne, M.E., and Westaway, E.G.Nucleotide and complete amino acid sequences of Kunjin virus: definitive gene order and characteristics of the virus-specified proteins. // J Gen Virol. 1988.V.69 (1). P. 1-21.

94. Combredet, C., Labrousse, V., Mollet, L., Lorin, C., Delebecque, F., Hurtrel, B., McClure, H., Feinberg, M.B., Brahic, M., and Tangy, F.A molecularly cloned Schwarz strain of measles virus vaccine induces strong immune responses in macaques and transgenic mice. // J Virol.2003.V.77 (21). P. 11546-54.

95. Coutant, F., Frenkiel, M.P., Despres, P., and Charneau, P.Protective antiviral immunity conferred by a nonintegrative lentiviral vector-based vaccine. // PLoS 0ne.2008.V.3 (12). P. e3973.

96. Crabtree, M.B., Kinney, R.M., and Miller, B.R.Deglycosylation of the NS1 protein of dengue 2 virus, strain 16681: construction and characterization of mutant viruses. // Arch Virol.2005.V.150 (4). P. 771-86.

97. D, V.D.B., Cnops, L., Meersman, K., Domingo, C., A, V.A.N.G., and M, V.A.N.E.Chikungunya virus and West Nile virus infections imported into Belgium, 2007-2012. // Epidemiol Infect.2014.V.14 P. 1-10.

98. Danis, K., Papa, A., Theocharopoulos, G., Dougas, G., Athanasiou, M., Detsis, M., Baka, A., Lytras, T., Mellou, K., Bonovas, S., and Panagiotopoulos, T.Outbreak of West Nile virus infection in Greece, 2010. // Emerg Infect Dis.2011.V.17 (10). P. 1868-72.

99. Darwish, M.A. and Ibrahim, A.H.Prevalence of antibodies to arboviruses in Egypt. Results of a serologic survey among 1,113 university students. // Am J Trop Med Hyg.1975.V.24 (1). P. 981-5.

100. Dauphin, G., Zientara, S., Zeller, H., and Murgue, B.West Nile: worldwide current situation in animals and humans. // Comp Immunol Microbiol Infect Dis.2004.V.27 (5). P. 343-55.

101. Davis, B.S., Chang, G.J., Cropp, B., Roehrig, J.T., Martin, D.A., Mitchell, C.J., Bowen, R., and Bunning, M.L.West Nile virus recombinant DNA vaccine protects mouse and horse from virus challenge and expresses in vitro a noninfectious recombinant antigen that can be used in enzyme-linked immunosorbent assays. // J Virol.2001.V.75 (9). P. 4040-7.

102. Davis, C.T., Beasley, D.W., Guzman, H., Siirin, M., Parsons, R.E., Tesh, R.B., and Barrett, A.D.Emergence of attenuated West Nile virus variants in Texas, 2003. // Virology.2004.V.330 (1). P. 342-50.

103. Davis, C.T., Ebel, G.D., Lanciotti, R.S., Brault, A.C., Guzman, H., Siirin, M., Lambert, A., Parsons, R.E., Beasley, D.W., Novak, R.J., Elizondo-Quiroga, D., Green, E.N., Young, D.S., Stark, L.M., Drebot, M.A., Artsob, H., Tesh, R.B., Kramer, L.D., and Barrett, A.D.Phylogenetic analysis of North American West Nile virus isolates, 2001-2004: evidence for the emergence of a dominant genotype. // Virology.2005.V.342 (2). P. 252-65.

104. Davis, C.W., Nguyen, H.Y., Hanna, S.L., Sanchez, M.D., Doms, R.W., and Pierson, T.C.West Nile virus discriminates between DC-SIGN and DC-SIGNR for cellular attachment and infection. // J Virol.2006.V.80 (3). P. 1290-301.

105. Davis, W.G., Blackwell, J.L., Shi, P.Y., and Brinton, M.A.Interaction between the cellular protein eEF1A and the 3'-terminal stem-loop of West Nile virus genomic RNA facilitates viral minus-strand RNA synthesis. // J Virol.2007.V.81 (18). P. 10172-87.

106. Dayan, G.H., Bevilacqua, J., Coleman, D., Buldo, A., and Risi, G.Phase II, dose ranging study of the safety and immunogenicity of single dose West Nile vaccine in healthy adults >/= 50 years of age. // Vaccine.2012.V.30 (47). P. 665664.

107. de Alwis, R., Smith, S.A., Olivarez, N.P., Messer, W.B., Huynh, J.P., Wahala, W.M., White, L.J., Diamond, M.S., Baric, R.S., Crowe, J.E., Jr., and de Silva, A.M.Identification of human neutralizing antibodies that bind to complex epitopes on dengue virions. // Proc Natl Acad Sci U S A.2012.V.109 (19). P. 7439-44.

108. De Filette, M., Ulbert, S., Diamond, M., and Sanders, N.N.Recent progress in West Nile virus diagnosis and vaccination. // Vet Res.2012.V.43. P. 16.

109. Despres, P., Combredet, C., Frenkiel, M.P., Lorin, C., Brahic, M., and Tangy, F.Live measles vaccine expressing the secreted form of the West Nile virus envelope glycoprotein protects against West Nile virus encephalitis. // J Infect Dis.2005.V.191 (2). P. 207-14.

110. Di Sabatino, D., Bruno, R., Sauro, F., Danzetta, M.L., Cito, F., Iannetti, S., Narcisi, V., De Massis, F., and Calistri, P.Epidemiology of West Nile disease in Europe and in the Mediterranean Basin from 2009 to 2013. // Biomed Res Int.2014.V.2014. P. 907852.

111. Diamond, M.S., Pierson, T.C., and Fremont, D.H.The structural immunology of antibody protection against West Nile virus. // Immunol Rev.2008.V.225. P. 21225.

112. Draganescu, N., Iftimovici, R., Mutiu, A., Girjabu, E., Iacobescu, V., Lapusneanu, C., Ignatescu, B., and Manolescu, G.Detection of antibodies to alphaviruses and flaviviruses in some migratory birds of the Danube Delta. // Virologie.1978.V.29 (2). P. 113-6.

113. Eidson, M., Komar, N., Sorhage, F., Nelson, R., Talbot, T., Mostashari, F., McLean, R., and West Nile Virus Avian Mortality Surveillance, G.Crow deaths as a sentinel surveillance system for West Nile virus in the northeastern United States, 1999. // Emerg Infect Dis.2001.V.7 (4). P. 615-20.

114. Eidson, M., Kramer, L., Stone, W., Hagiwara, Y., Schmit, K., and New York State West Nile Virus Avian Surveillance, T.Dead bird surveillance as an early warning system for West Nile virus. // Emerg Infect Dis.2001.V.7 (4). P. 631-5.

115. El Garch, H., Minke, J.M., Rehder, J., Richard, S., Edlund Toulemonde, C., Dinic, S., Andreoni, C., Audonnet, J.C., Nordgren, R., and Juillard, V.A West Nile virus (WNV) recombinant canarypox virus vaccine elicits WNV-specific neutralizing antibodies and cell-mediated immune responses in the horse. // Vet Immunol Immunopathol.2008.V.123 (3-4). P. 230-9.

116. Estrada-Franco, J.G., Navarro-Lopez, R., Beasley, D.W., Coffey, L., Carrara, A.S., Travassos da Rosa, A., Clements, T., Wang, E., Ludwig, G.V., Cortes, A.C., Ramirez, P.P., Tesh, R.B., Barrett, A.D., and Weaver, S.C.West Nile virus in Mexico: evidence of widespread circulation since July 2002. // Emerg Infect Dis.2003.V.9 (12). P. 1604-7.

117. Fabbri, C.M., Garcia, J.B., Morales, M.A., Enria, D.A., Levis, S., and Lanciotti, R.S.Complete genome sequences and phylogenetic analysis of two West Nile virus strains isolated from equines in Argentina in 2006 could indicate an early

introduction of the virus in the Southern Cone. // Vector Borne Zoonotic Dis.2014.V.14 (11). P. 794-800.

118. Faggioni, G., De Santis, R., Pomponi, A., Fantini, M., Savini, G., Monaco, F., Polci, A., Bei, R., and Lista, F.Rapid molecular detection and genotyping of West Nile Virus lineages 1 and 2 by real time PCR and melting curve analysis. // J Virol Methods.2014.V.207. P. 54-9.

119. Filipe, A.R.Isolation in Portugal of West Nile virus from Anopheles maculipennis mosquitoes. // Acta Virol.1972.V.16 (4). P. 361.

120. Filipe, A.R. and de Andrade, H.R.Arboviruses in the Iberian Peninsula. // Acta Virol.1990.V.34 (6). P. 582-91.

121. Filipe, A.R. and Pinto, M.R.Survey for antibodies to arboviruses in serum of animals from southern Portugal. // Am J Trop Med Hyg.1969.V.18 (3). P. 423-6.

122. Frost, M.J., Zhang, J., Edmonds, J.H., Prow, N.A., Gu, X., Davis, R., Hornitzky, C., Arzey, K.E., Finlaison, D., Hick, P., Read, A., Hobson-Peters, J., May, F.J., Doggett, S.L., Haniotis, J., Russell, R.C., Hall, R.A., Khromykh, A.A., and Kirkland, P.D.Characterization of virulent West Nile virus Kunjin strain, Australia, 2011. // Emerg Infect Dis.2012.V.18 (5). P. 792-800.

123. Fyodorova, M.V., Savage, H.M., Lopatina, J.V., Bulgakova, T.A., Ivanitsky, A.V., Platonova, O.V., and Platonov, A.E.Evaluation of potential West Nile virus vectors in Volgograd region, Russia, 2003 (Diptera: Culicidae): species composition, bloodmeal host utilization, and virus infection rates of mosquitoes. // J Med Entomol.2006.V.43 (3). P. 552-63.

124. Gabriel, M., Emmerich, P., Frank, C., Fiedler, M., Rashidi-Alavijeh, J., Jochum, C., Gunther, S., Auerhammer, K., Rupprecht, H.J., Blank, R.T., Sacher, N., Pertzborn, L., Stark, K., Schrauzer, T., and Schmidt-Chanasit, J.Increase in West Nile virus infections imported to Germany in 2012. // J Clin Virol.2013.V.58 (3). P. 587-9.

125. Gaunt, M.W., Sall, A.A., de Lamballerie, X., Falconar, A.K., Dzhivanian, T.I., and Gould, E.A.Phylogenetic relationships of flaviviruses correlate with their epidemiology, disease association and biogeography. // J Gen Virol.2001.V.82 (8). P. 1867-76.

126. Gershoni-Yahalom, O., Landes, S., Kleiman-Shoval, S., Ben-Nathan, D., Kam, M., Lachmi, B.E., Khinich, Y., Simanov, M., Samina, I., Eitan, A., Cohen, I.R., Rager-Zisman, B., and Porgador, A.Chimeric vaccine composed of viral peptide and mammalian heat-shock protein 60 peptide protects against West Nile virus challenge. // Immunology.2010.V.130 (4). P. 527-35.

127. Goddard, L.B., Roth, A.E., Reisen, W.K., and Scott, T.W.Vector competence of California mosquitoes for West Nile virus. // Emerg Infect Dis.2002.V.8 (12). P. 1385-91.

128. Goldblum, N., Jasinska-Klingberg, W., Klingberg, M.A., Marberg, K., and Sterk, V.V.The natural history of West Nile Fever. I. Clinical observations during an epidemic in Israel. // Am J Hyg.1956.V.64 (3). P. 259-69.

129. Gonzalez, M.T. and Filipe, A.R.Antibodies to arboviruses in northwestern Spain. // Am J Trop Med Hyg.1977.V.26 (4). P. 792-7.

130. Gray, T.J., Burrow, J.N., Markey, P.G., Whelan, P.I., Jackson, J., Smith, D.W., and Currie, B.J.West nile virus (Kunjin subtype) disease in the northern territory of Australia--a case of encephalitis and review of all reported cases. // Am J Trop Med Hyg.2011.V.85 (5). P. 952-6.

131. Grinev, A., Daniel, S., Stramer, S., Rossmann, S., Caglioti, S., and Rios, M.Genetic variability of West Nile virus in US blood donors, 2002-2005. // Emerg Infect Dis.2008.V.14 (3). P. 436-44.

132. Gubler, D.J.The continuing spread of West Nile virus in the western hemisphere. // Clin Infect Dis.2007.V.45 (8). P. 1039-46.

133. Guo, J.T., Hayashi, J., and Seeger, C.West Nile virus inhibits the signal transduction pathway of alpha interferon. // J Virol.2005.V.79 (3). P. 1343-50.

134. Guy, B., Guirakhoo, F., Barban, V., Higgs, S., Monath, T.P., and Lang, J.Preclinical and clinical development of YFV 17D-based chimeric vaccines against dengue, West Nile and Japanese encephalitis viruses. // Vaccine.2010.V.28 (3). P. 632-49.

135. Halevy, M., Akov, Y., Ben-Nathan, D., Kobiler, D., Lachmi, B., and Lustig, S.Loss of active neuroinvasiveness in attenuated strains of West Nile virus: pathogenicity in immunocompetent and SCID mice. // Arch Virol.1994.V.137 (34). P. 355-70.

136. Hall, R.A.,Nisbet, D.J., Pham, K.B., Pyke, A.T., Smith, G.A., and Khromykh, A.A.DNA vaccine coding for the full-length infectious Kunjin virus RNA protects mice against the New York strain of West Nile virus. // Proc Natl Acad Sci U S A.2003.V.100 (18). P. 10460-4.

137. Hall, R.A., Scherret, J.H., and Mackenzie, J.S.Kunjin virus: an Australian variant of West Nile? // Ann N Y Acad Sci.2001.V.951. P. 153-60.

138. Hammam, H.M. and Price, W.H.Further observations on geographic variation in the antigenic character of West Nile and Japanese B viruses. // Am J Epidemiol.1966.V.83 (1). P. 113-22.

139. Hanna, S.L., Pierson, T.C., Sanchez, M.D., Ahmed, A.A., Murtadha, M.M., and Doms, R.W.N-linked glycosylation of west nile virus envelope proteins influences particle assembly and infectivity. // J Virol.2005.V.79 (21). P. 13262-74.

140. Hannoun, C., Panthier, R., Mouchet, J., and Eouzan, J.P.[Isolation in France of the West Nile Virus from Patients and from the Vector Culex Modestus Ficalbi]. // C R Hebd Seances Acad Sci.1964.V.259. P. 4170-2.

141. Hayes, E.B., Komar, N., Nasci, R.S., Montgomery, S.P., O'Leary, D.R., and Campbell, G.L.Epidemiology and transmission dynamics of West Nile virus disease. // Emerg Infect Dis.2005.V.11 (8). P. 1167-73.

142. Heinz, F.X. and Stiasny, K.Flaviviruses and flavivirus vaccines. // Vaccine.2012.V.30. (29) P. 4301-6.

143. Hernandez-Triana, L.M., Jeffries, C.L., Mansfield, K.L., Carnell, G., Fooks, A.R., and Johnson, N.Emergence of west nile virus lineage 2 in europe: a review on the introduction and spread of a mosquito-borne disease. // Front Public Health.2014.V.2. P. 271.

144. Ho, L.J., Hung, L.F., Weng, C.Y., Wu, W.L., Chou, P., Lin, Y.L., Chang, D.M., Tai, T.Y., and Lai, J.H.Dengue virus type 2 antagonizes IFN-alpha but not IFN-gamma antiviral effect via down-regulating Tyk2-STAT signaling in the human dendritic cell. // J Immunol.2005.V.174 (12). P. 8163-72.

145. Huang, C.Y., Silengo, S.J., Whiteman, M.C., and Kinney, R.M.Chimeric dengue 2 PDK-53/West Nile NY99 viruses retain the phenotypic attenuation markers of the candidate PDK-53 vaccine virus and protect mice against lethal challenge with West Nile virus. // J Virol.2005.V.79 (12). P. 7300-10.

146. Hubalek, Z. and Halouzka, J.West Nile fever--a reemerging mosquito-borne viral disease in Europe. // Emerg Infect Dis.1999.V.5 (5). P. 643-50.

147. Hurlbut, H.S., Rizk, F., Taylor, R.M., and Work, T.H.A study of the ecology of West Nile virus in Egypt. // Am J Trop Med Hyg.1956.V.5 (4). P. 579-620.

148. Hurrelbrink, R.J., Nestorowicz, A., and McMinn, P.C.Characterization of infectious Murray Valley encephalitis virus derived from a stably cloned genome-length cDNA. // J Gen Virol.1999.V.80 (12). P. 3115-25.

149. Iglesias, M.C., Frenkiel, M.P., Mollier, K., Souque, P., Despres, P., and Charneau, P.A single immunization with a minute dose of a lentiviral vector-based

vaccine is highly effective at eliciting protective humoral immunity against West Nile virus. // J Gene Med.2006.V.8 (3). P. 265-74.

150. Ishikawa, T., Widman, D.G., Bourne, N., Konishi, E., and Mason, P.W.Construction and evaluation of a chimeric pseudoinfectious virus vaccine to prevent Japanese encephalitis. // Vaccine.2008.V.26 (22). P. 2772-81.

151. Iyer, A. V. and Kousoulas, K.G.A review of vaccine approaches for West Nile virus. // Int J Environ Res Public Health.2013.V.10 (9). P. 4200-23.

152. Iyer, A.V., Pahar, B., Boudreaux, M.J., Wakamatsu, N., Roy, A.F., Chouljenko, V.N., Baghian, A., Apetrei, C., Marx, P.A., and Kousoulas, K.G.Recombinant vesicular stomatitis virus-based west Nile vaccine elicits strong humoral and cellular immune responses and protects mice against lethal challenge with the virulent west Nile virus strain LSU-AR01. // Vaccine.2009.V.27 (6). P. 893903.

153. Jamgaonkar, A.V., Yergolkar, P.N., Geevarghese, G., Joshi, G.D., Joshi, M.V., and Mishra, A.C.Serological evidence for Japanese encephalitis virus and West Nile virus infections in water frequenting and terrestrial wild birds in Kolar District, Karnataka State, India. A retrospective study. // Acta Virol.2003.V.47 (3). P. 185-8.

154. Jarvi, S.I., Hu, D., Misajon, K., Coller, B.A., Wong, T., and Lieberman, M.M.Vaccination of captive nene (Branta sandvicensis) against West Nile virus using a protein-based vaccine (WN-80E). // J Wildl Dis.2013.V.49 (1). P. 152-6.

155. Jia, X.Y., Briese, T., Jordan, I., Rambaut, A., Chi, H.C., Mackenzie, J.S., Hall, R.A., Scherret, J., and Lipkin, W.I.Genetic analysis of West Nile New York 1999 encephalitis virus. // Lancet.1999.V.354 (9194). P. 1971-2.

156. Jupp, P.G. and McIntosh, B.M.Quantitative experiments on the vector capability of Culex (Culex) pipiens fatigans Wiedemann with West Nile and Sindbis viruses. // J Med Entomol.1970.V.7 (3). P. 353-6.

157. Jupp, P.G. and McIntosh, B.M.Quantitative experiments on the vector capability of Culex (Culex) univittatus Theobald with West Nile and Sindbis viruses. // J Med Entomol.1970.V.7 (3). P. 371-3.

158. Juricova, Z., Pinowski, J., Literak, I., Hahm, K.H., and Romanowski, J.Antibodies to alphavirus, flavivirus, and bunyavirus arboviruses in house sparrows (Passer domesticus) and tree sparrows (P. montanus) in Poland. // Avian Dis.1998.V.42 (1). P. 182-5.

159. Kanai, R., Kar, K., Anthony, K., Gould, L.H., Ledizet, M., Fikrig, E., Marasco, W.A., Koski, R.A., and Modis, Y.Crystal structure of west nile virus envelope glycoprotein reveals viral surface epitopes. // J Virol.2006.V.80 (22). P. 11000-8.

160. Kapoor, M., Zhang, L., Mohan, P.M., and Padmanabhan, R.Synthesis and characterization of an infectious dengue virus type-2 RNA genome (New Guinea C strain). // Gene.1995.V.162 (2). P. 175-80.

161. Karaca, K., Bowen, R., Austgen, L.E., Teehee, M., Siger, L., Grosenbaugh, D., Loosemore, L., Audonnet, J.C., Nordgren, R., and Minke, J.M.Recombinant canarypox vectored West Nile virus (WNV) vaccine protects dogs and cats against a mosquito WNV challenge. // Vaccine.2005.V.23 (29). P. 3808-13.

162. Kariwa, H., Murata, R., Totani, M., Yoshii, K., and Takashima, I.Increased pathogenicity of West Nile virus (WNV) by glycosylation of envelope protein and seroprevalence of WNV in wild birds in Far Eastern Russia. // Int J Environ Res Public Health.2013.V.10 (12). P. 7144-64.

163. Katz, G., Rannon, L., Nili, E., and Danon, Y.L.West Nile fever--occurrence in a new endemic site in the Negev. // Isr J Med Sci.1989.V.25 (1). P. 39-41.

164. Kaufman, D.S., Schneider, D.P., McKay, N.P., Ammann, C.M., Bradley, R.S., Briffa, K.R., Miller, G.H., Otto-Bliesner, B.L., Overpeck, J.T., Vinther, B.M.,

and Arctic Lakes 2k Project, M.Recent warming reverses long-term arctic cooling. // Science.2009.V.325 (5945). P. 1236-9.

165. Kaufmann, B., Vogt, M.R., Goudsmit, J., Holdaway, H.A., Aksyuk, A.A., Chipman, P.R., Kuhn, R.J., Diamond, M.S., and Rossmann, M.G.Neutralization of West Nile virus by cross-linking of its surface proteins with Fab fragments of the human monoclonal antibody CR4354. // Proc Natl Acad Sci U S A.2010.V.107 (44). P. 18950-5.

166. Khromykh, A.A., Sedlak, P.L., Guyatt, K.J., Hall, R.A., and Westaway, E.G.Efficient trans-complementation of the flavivirus kunjin NS5 protein but not of the NS1 protein requires its coexpression with other components of the viral replicase. // J Virol.1999.V.73 (12). P. 10272-80.

167. Khromykh, A.A. and Westaway, E.G.Completion of Kunjin virus RNA sequence and recovery of an infectious RNA transcribed from stably cloned full-length cDNA. // J Virol.1994.V.68 (7). P. 4580-8.

168. Khromykh, A.A. and Westaway, E.G.Subgenomic replicons of the flavivirus Kunjin: construction and applications. // J Virol.1997.V.71 (2). P. 1497-505.

169. Kinney, R.M., Huang, C.Y., Whiteman, M.C., Bowen, R.A., Langevin, S.A., Miller, B.R., and Brault, A.C.Avian virulence and thermostable replication of the North American strain of West Nile virus. // J Gen Virol.2006.V.87 (12). P. 361122.

170. Kolodziejek, J., Marinov, M., Kiss, B.J., Alexe, V., and Nowotny, N.The complete sequence of a West Nile virus lineage 2 strain detected in a Hyalomma marginatum marginatum tick collected from a song thrush (Turdus philomelos) in eastern Romania in 2013 revealed closest genetic relationship to strain Volgograd 2007. // PLoS One.2014.V.9 (10). P. e109905.

171. Komar, N., Langevin, S., Hinten, S., Nemeth, N., Edwards, E., Hettler, D., Davis, B., Bowen, R., and Bunning, M.Experimental infection of North American

birds with the New York 1999 strain of West Nile virus. // Emerg Infect Dis.2003.V.9 (3). P. 311-22.

172. Kramer, L.D., Styer, L.M., and Ebel, G.D.A global perspective on the epidemiology of West Nile virus. // Annu Rev Entomol.2008.V.53. P. 61-81.

173. Kumar, J.S., Saxena, D., and Parida, M.Development and comparative evaluation of SYBR Green I-based one-step real-time RT-PCR assay for detection and quantification of West Nile virus in human patients. // Mol Cell Probes.2014.V.28 (5-6). P. 221-7.

174. Kumar, M., O'Connell, M., Namekar, M., and Nerurkar, V.R.Infection with non-lethal West Nile virus Eg101 strain induces immunity that protects mice against the lethal West Nile virus NY99 strain. // Viruses.2014.V.6 (6). P. 2328-39.

175. Kuno, G., Chang, G.J., Tsuchiya, K.R., Karabatsos, N., and Cropp, C.B.Phylogeny of the genus Flavivirus. // J Virol.1998.V.72 (1). P. 73-83.

176. Kurolt, I.C., Krajinovic, V., Topic, A., Kuzman, I., Barsic, B., and Markotic, A.First molecular analysis of West Nile virus during the 2013 outbreak in Croatia. // Virus Res.2014.V.189. P. 63-6.

177. Lai, C.J., Zhao, B.T., Hori, H., and Bray, M.Infectious RNA transcribed from stably cloned full-length cDNA of dengue type 4 virus. // Proc Natl Acad Sci U S A.1991.V.88 (12). P. 5139-43.

178. Lanciotti, R.S. and Kerst, A.J.Nucleic acid sequence-based amplification assays for rapid detection of West Nile and St. Louis encephalitis viruses. // J Clin Microbiol.2001.V.39 (12). P. 4506-13.

179. Lanciotti, R.S., Kerst, A.J., Nasci, R.S., Godsey, M.S., Mitchell, C.J., Savage, H.M., Komar, N., Panella, N.A., Allen, B.C., Volpe, K.E., Davis, B.S., and Roehrig, J.T.Rapid detection of west nile virus from human clinical specimens, field-collected mosquitoes, and avian samples by a TaqMan reverse transcriptase-PCR assay. // J Clin Microbiol.2000.V.38 (11). P. 4066-71.

180. Lanciotti, R.S., Roehrig, J.T., Deubel, V., Smith, J., Parker, M., Steele, K., Crise, B., Volpe, K.E., Crabtree, M.B., Scherret, J.H., Hall, R.A., MacKenzie, J.S., Cropp, C.B., Panigrahy, B., Ostlund, E., Schmitt, B., Malkinson, M., Banet, C., Weissman, J., Komar, N., Savage, H.M., Stone, W., McNamara, T., and Gubler, D.J.Origin of the West Nile virus responsible for an outbreak of encephalitis in the northeastern United States. // Science.1999.V.286 (5448). P. 2333-7.

181. Ledgerwood, J.E., Pierson, T.C., Hubka, S.A., Desai, N., Rucker, S., Gordon, I.J., Enama, M.E., Nelson, S., Nason, M., Gu, W., Bundrant, N., Koup, R.A., Bailer, R.T., Mascola, J.R., Nabel, G.J., Graham, B.S., and Team, V.R.C.S.A West Nile virus DNA vaccine utilizing a modified promoter induces neutralizing antibody in younger and older healthy adults in a phase I clinical trial. // J Infect Dis.2011 .V.203 (10). P. 1396-404.

182. Ledizet, M., Kar, K., Foellmer, H.G., Wang, T., Bushmich, S.L., Anderson, J.F., Fikrig, E., and Koski, R.A.A recombinant envelope protein vaccine against West Nile virus. // Vaccine.2005.V.23 (30). P. 3915-24.

183. Lee, E., Hall, R.A., and Lobigs, M.Common E protein determinants for attenuation of glycosaminoglycan-binding variants of Japanese encephalitis and West Nile viruses. // J Virol.2004.V.78 (15). P. 8271-80.

184. Lee, J.W., Chu, J.J., and Ng, M.L.Quantifying the specific binding between West Nile virus envelope domain III protein and the cellular receptor alphaVbeta3 integrin. // J Biol Chem.2006.V.281 (3). P. 1352-60.

185. Leung, D., Schroder, K., White, H., Fang, N.X., Stoermer, M.J., Abbenante, G., Martin, J.L., Young, P.R., and Fairlie, D.P.Activity of recombinant dengue 2 virus NS3 protease in the presence of a truncated NS2B co-factor, small peptide substrates, and inhibitors. // J Biol Chem.2001.V.276 (49). P. 45762-71.

186. Li, X.F., Zhao, W., Lin, F., Ye, Q., Wang, H.J., Yang, D., Li, S.H., Zhao, H., Xu, Y.P., Ma, J., Deng, Y.Q., Zhang, Y., Qin, E.D., and Qin, C.F.Development of

chimaeric West Nile virus attenuated vaccine candidate based on the Japanese encephalitis vaccine strain SA14-14-2. // J Gen Virol.2013.V.94 (12). P. 2700-9.

187. Licciardi, J.M., Schaefer, J.M., Taggart, J.R., and Lund, D.C.Holocene glacier fluctuations in the Peruvian Andes indicate northern climate linkages. // Science.2009.V.325 (5948). P. 1677-9.

188. Lieberman, M.M., Clements, D.E., Ogata, S., Wang, G., Corpuz, G., Wong, T., Martyak, T., Gilson, L., Coller, B.A., Leung, J., Watts, D.M., Tesh, R.B., Siirin, M., Travassos da Rosa, A., Humphreys, T., and Weeks-Levy, C.Preparation and immunogenic properties of a recombinant West Nile subunit vaccine. // Vaccine.2007.V.25 (3). P. 414-23.

189. Lieberman, M.M., Nerurkar, V.R., Luo, H., Cropp, B., Carrion, R., Jr., de la Garza, M., Coller, B.A., Clements, D., Ogata, S., Wong, T., Martyak, T., and Weeks-Levy, C.Immunogenicity and protective efficacy of a recombinant subunit West Nile virus vaccine in rhesus monkeys. // Clin Vaccine Immunol.2009.V.16 (9). P. 13327.

190. Lim, C.K., Takasaki, T., Kotaki, A., and Kurane, I.Vero cell-derived inactivated West Nile (WN) vaccine induces protective immunity against lethal WN virus infection in mice and shows a facilitated neutralizing antibody response in mice previously immunized with Japanese encephalitis vaccine. // Virology.2008.V.374 (1). P. 60-70.

191. Lin, C.W., Liu, K.T., Huang, H.D., and Chen, W.J.Protective immunity of E. coli-synthesized NS1 protein of Japanese encephalitis virus. // Biotechnol Lett.2008.V.30 (2). P. 205-14.

192. Lin, R.J., Chang, B.L., Yu, H.P., Liao, C.L., and Lin, Y.L.Blocking of interferon-induced Jak-Stat signaling by Japanese encephalitis virus NS5 through a protein tyrosine phosphatase-mediated mechanism. // J Virol.2006.V.80 (12). P. 5908-18.

193. Lin, Y.L., Chen, L.K., Liao, C.L., Yeh, C.T., Ma, S.H., Chen, J.L., Huang, Y.L., Chen, S.S., and Chiang, H.Y.DNA immunization with Japanese encephalitis virus nonstructural protein NS1 elicits protective immunity in mice. // J Virol.1998.V.72 (1). P. 191-200.

194. Lindenbach, B.D. and Rice, C.M.Genetic interaction of flavivirus nonstructural proteins NS1 and NS4A as a determinant of replicase function. // J Virol.1999.V.73 (6). P. 4611-21.

195. Liu, W.J., Wang, X.J., Clark, D.C., Lobigs, M., Hall, R.A., and Khromykh, A.A.A single amino acid substitution in the West Nile virus nonstructural protein NS2A disables its ability to inhibit alpha/beta interferon induction and attenuates virus virulence in mice. // J Virol.2006.V.80 (5). P. 2396-404.

196. Lo, M.K., Tilgner, M., Bernard, K.A., and Shi, P.Y.Functional analysis of mosquito-borne flavivirus conserved sequence elements within 3' untranslated region of West Nile virus by use of a reporting replicon that differentiates between viral translation and RNA replication. // J Virol.2003.V.77 (18). P. 10004-14.

197. Lok, S.M., Kostyuchenko, V., Nybakken, G.E., Holdaway, H.A., Battisti, A.J., Sukupolvi-Petty, S., Sedlak, D., Fremont, D.H., Chipman, P.R., Roehrig, J.T., Diamond, M.S., Kuhn, R.J., and Rossmann, M.G.Binding of a neutralizing antibody to dengue virus alters the arrangement of surface glycoproteins. // Nat Struct Mol Biol.2008.V.15 (3). P. 312-7.

198. Lorin, C., Mollet, L., Delebecque, F., Combredet, C., Hurtrel, B., Charneau, P., Brahic, M., and Tangy, F.A single injection of recombinant measles virus vaccines expressing human immunodeficiency virus (HIV) type 1 clade B envelope glycoproteins induces neutralizing antibodies and cellular immune responses to HIV. // J Virol.2004.V.78 (1). P. 146-57.

199. Lorin, C., Segal, L., Mols, J., Morelle, D., Bourguignon, P., Rovira, O., Mettens, P., Silvano, J., Dumey, N., Le Goff, F., Koutsoukos, M., Voss, G., and Tangy, F.Toxicology, biodistribution and shedding profile of a recombinant measles

vaccine vector expressing HIV-1 antigens, in cynomolgus macaques. // Naunyn Schmiedebergs Arch Pharmacol.2012.V.385 (12). P. 1211-25.

200. Lu, Z., Fu, S.H., Cao, L., Tang, C.J., Zhang, S., Li, Z.X., Tusong, M., Yao, X.H., Zhang, H.L., Wang, P.Y., Wumaier, M., Yuan, X.Y., Li, M.H., Zhu, C.Z., Fu, L.P., and Liang, G.D.Human infection with West Nile Virus, Xinjiang, China, 2011. // Emerg Infect Dis.2014.V.20 (8). P. 1421-3.

201. Lvov, D.K., Butenko, A.M., Gromashevsky, V.L., Kovtunov, A.I., Prilipov, A.G., Kinney, R., Aristova, V.A., Dzharkenov, A.F., Samokhvalov, E.I., Savage, H.M., Shchelkanov, M.Y., Galkina, I.V., Deryabin, P.G., Gubler, D.J., Kulikova, L.N., Alkhovsky, S.K., Moskvina, T.M., Zlobina, L.V., Sadykova, G.K., Shatalov, A.G., Lvov, D.N., Usachev, V.E., and Voronina, A.G.West Nile virus and other zoonotic viruses in Russia: examples of emerging-reemerging situations. // Arch Virol Suppl.2004.V (18). P. 85-96.

202. Lvov, D.K., Butenko, A.M., Gromashevsky, V.L., Larichev, V.P., Gaidamovich, S.Y., Vyshemirsky, O.I., Zhukov, A.N., Lazorenko, V.V., Salko, V.N., Kovtunov, A.I., Galimzyanov, K.M., Platonov, A.E., Morozova, T.N., Khutoretskaya, N.V., Shishkina, E.O., and Skvortsova, T.M.Isolation of two strains of West Nile virus during an outbreak in southern Russia, 1999. // Emerg Infect Dis.2000.V.6 (4). P. 373-6.

203. Magnusson, S.E., Karlsson, K.H., Reimer, J.M., Corbach-Sohle, S., Patel, S., Richner, J.M., Nowotny, N., Barzon, L., Bengtsson, K.L., Ulbert, S., Diamond, M.S., and Stertman, L.Matrix-M adjuvanted envelope protein vaccine protects against lethal lineage 1 and 2 West Nile virus infection in mice. // Vaccine.2014.V.32 (7). P. 800-8.

204. Magurano, F., Remoli, M.E., Baggieri, M., Fortuna, C., Marchi, A., Fiorentini, C., Bucci, P., Benedetti, E., Ciufolini, M.G., Rizzo, C., Piga, S., Salcuni, P., Rezza, G., and Nicoletti, L.Circulation of West Nile virus lineage 1 and 2 during an outbreak in Italy. // Clin Microbiol Infect.2012.V.18 (12). P. E545-7.

205. Malkinson, M. and Banet, C.The role of birds in the ecology of West Nile virus in Europe and Africa. // Curr Top Microbiol Immunol.2002.V.267. P. 309-22.

206. Malkinson, M., Banet, C., Weisman, Y., Pokamunski, S., King, R., Drouet, M.T., and Deubel, V.Introduction of West Nile virus in the Middle East by migrating white storks. // Emerg Infect Dis.2002.V.8 (4). P. 392-7.

207. Mandl, C.W., Ecker, M., Holzmann, H., Kunz, C., and Heinz, F.X.Infectious cDNA clones of tick-borne encephalitis virus European subtype prototypic strain Neudoerfl and high virulence strain Hypr. // J Gen Virol.1997.V.78 (5). P. 1049-57.

208. Mann, M.E., Zhang, Z., Rutherford, S., Bradley, R.S., Hughes, M.K., Shindell, D., Ammann, C., Faluvegi, G., and Ni, F.Global signatures and dynamical origins of the Little Ice Age and Medieval Climate Anomaly. // Science.2009.V.326 (5957). P. 1256-60.

209. Marin, M.S., Zanotto, P.M., Gritsun, T.S., and Gould, E.A.Phylogeny of TYU, SRE, and CFA virus: different evolutionary rates in the genus Flavivirus. // Virology.1995.V.206 (2). P. 1133-9.

210. Martin, J.E., Pierson, T.C., Hubka, S., Rucker, S., Gordon, I.J., Enama, M.E., Andrews, C.A., Xu, Q., Davis, B.S., Nason, M., Fay, M., Koup, R.A., Roederer, M., Bailer, R.T., Gomez, P.L., Mascola, J.R., Chang, G.J., Nabel, G.J., and Graham, B.S.A West Nile virus DNA vaccine induces neutralizing antibody in healthy adults during a phase 1 clinical trial. // J Infect Dis.2007.V.196 (12). P. 1732-40.

211. Martina, B.E., Koraka, P., van den Doel, P., van Amerongen, G., Rimmelzwaan, G.F., and Osterhaus, A.D.Immunization with West Nile virus envelope domain III protects mice against lethal infection with homologous and heterologous virus. // Vaccine.2008.V.26 (2). P. 153-7.

212. Mathiot, C.C., Georges, A.J., and Deubel, V.Comparative analysis of West Nile virus strains isolated from human and animal hosts using monoclonal antibodies and cDNA restriction digest profiles. // Res Virol.1990.V.141 (5). P. 533-43.

213. May, F.J., Davis, C.T., Tesh, R.B., and Barrett, A.D.Phylogeography of West Nile virus: from the cradle of evolution in Africa to Eurasia, Australia, and the Americas. // J Virol.2011.V.85 (6). P. 2964-74.

214. McDonald, W.F., Huleatt, J.W., Foellmer, H.G., Hewitt, D., Tang, J., Desai, P., Price, A., Jacobs, A., Takahashi, V.N., Huang, Y., Nakaar, V., Alexopoulou, L., Fikrig, E., and Powell, T.J.A West Nile virus recombinant protein vaccine that coactivates innate and adaptive immunity. // J Infect Dis.2007.V.195 (11). P. 160717.

215. McIntosh, B.M. and Jupp, P.G.Infections in sentinel pigeons by Sindbis and West Nile viruses in South Africa, with observations on Culex (Culex) univittatus (Diptera: Culicidae) attracted to these birds. // J Med Entomol.1979.V.16 (3). P. 2349.

216. McIntosh, B.M., McGillivray, G.M., Dickinson, D.B., and Taljaard, J.J.Ecological studies on Sindbis and West Nile viruses in South Africa. IV. Infection in a wild avian population. // S Afr J Med Sci.1968.V.33 (4). P. 105-12.

217. McMinn, P.C.The molecular basis of virulence of the encephalitogenic flaviviruses. // J Gen Virol.1997.V.78 (11). P. 2711-22.

218. McMullen, A.R., Albayrak, H., May, F.J., Davis, C.T., Beasley, D.W., and Barrett, A.D.Molecular evolution of lineage 2 West Nile virus. // J Gen Virol.2013.V.94 (2). P. 318-25.

219. Medic, S., van den Hoven, R., Petrovic, T., Lupulovic, D., and Nowotny, N.Serological evidence of West Nile virus infection in the horse population of northern Serbia. // J Infect Dev Ctries.2014.V.8 (7). P. 914-8.

220. Mehla, R., Kumar, S.R., Yadav, P., Barde, P.V., Yergolkar, P.N., Erickson, B.R., Carroll, S.A., Mishra, A.C., Nichol, S.T., and Mourya, D.T.Recent ancestry of Kyasanur Forest disease virus. // Emerg Infect Dis.2009.V.15 (9). P. 1431-7.

221. Merdic, E., Peric, L., Pandak, N., Kurolt, I.C., Turic, N., Vignjevic, G., Stolfa, I., Milas, J., Bogojevic, M.S., and Markotic, A.West Nile virus outbreak in humans in Croatia, 2012. // Coll Antropol.2013.V.37 (3). P. 943-7.

222. Merdic, E., Vignjevic, G., Turic, N., Bogojevic, M.S., Milas, J., Vrucina, I., and Zahirovic, Z.Mosquito survey during West Nile virus outbreak 2012 in northeast Croatia. // Coll Antropol.2014.V.38 (2). P. 423-8.

223. Merino-Ramos, T., Blazquez, A.B., Escribano-Romero, E., Canas-Arranz, R., Sobrino, F., Saiz, J.C., and Martin-Acebes, M.A.Protection of a single dose west nile virus recombinant subviral particle vaccine against lineage 1 or 2 strains and analysis of the cross-reactivity with Usutu virus. // PLoS One.2014.V.9 (9). P. e108056.

224. Messer, W.B., Gubler, D.J., Harris, E., Sivananthan, K., and de Silva, A.M.Emergence and global spread of a dengue serotype 3, subtype III virus. // Emerg Infect Dis.2003.V.9 (7). P. 800-9.

225. Modis, Y., Ogata, S., Clements, D., and Harrison, S.C.A ligand-binding pocket in the dengue virus envelope glycoprotein. // Proc Natl Acad Sci U S A.2003.V.100 (12). P. 6986-91.

226. Modis, Y., Ogata, S., Clements, D., and Harrison, S.C.Structure of the dengue virus envelope protein after membrane fusion. // Nature.2004.V.427 (6972). P. 3139.

227. Molaei, G., Andreadis, T.G., Armstrong, P.M., Anderson, J.F., and Vossbrinck, C.R.Host feeding patterns of Culex mosquitoes and West Nile virus transmission, northeastern United States. // Emerg Infect Dis.2006.V.12 (3). P. 46874.

228. Monath, T.P., Liu, J., Kanesa-Thasan, N., Myers, G.A., Nichols, R., Deary, A., McCarthy, K., Johnson, C., Ermak, T., Shin, S., Arroyo, J., Guirakhoo, F., Kennedy, J.S., Ennis, F.A., Green, S., and Bedford, P.A live, attenuated recombinant West Nile virus vaccine. // Proc Natl Acad Sci U S A.2006.V.103 (17). P. 6694-9.

229. Mostashari, F., Bunning, M.L., Kitsutani, P.T., Singer, D.A., Nash, D., Cooper, M.J., Katz, N., Liljebjelke, K.A., Biggerstaff, B.J., Fine, A.D., Layton, M.C., Mullin, S.M., Johnson, A.J., Martin, D.A., Hayes, E.B., and Campbell, G.L.Epidemic West Nile encephalitis, New York, 1999: results of a household-based seroepidemiological survey. // Lancet.2001.V.358 (9278). P. 261-4.

230. Moudy, R.M., Meola, M.A., Morin, L.L., Ebel, G.D., and Kramer, L.D.A newly emergent genotype of West Nile virus is transmitted earlier and more efficiently by Culex mosquitoes. // Am J Trop Med Hyg.2007.V.77 (2). P. 365-70.

231. Moudy, R.M., Zhang, B., Shi, P.Y., and Kramer, L.D.West Nile virus envelope protein glycosylation is required for efficient viral transmission by Culex vectors. // Virology.2009.V.387 (1). P. 222-8.

232. Mughini-Gras, L., Mulatti, P., Severini, F., Boccolini, D., Romi, R., Bongiorno, G., Khoury, C., Bianchi, R., Montarsi, F., Patregnani, T., Bonfanti, L., Rezza, G., Capelli, G., and Busani, L.Ecological niche modelling of potential West Nile virus vector mosquito species and their geographical association with equine epizootics in Italy. // Ecohealth.2014.V.11 (1). P. 120-32.

233. Mulatti, P., Ferguson, H.M., Bonfanti, L., Montarsi, F., Capelli, G., and Marangon, S.Determinants of the population growth of the West Nile virus mosquito vector Culex pipiens in a repeatedly affected area in Italy. // Parasit Vectors.2014.V.7. P. 26.

234. Murata, R., Hashiguchi, K., Yoshii, K., Kariwa, H., Nakajima, K., Ivanov, L.I., Leonova, G.N., and Takashima, I.Seroprevalence of West Nile virus in wild birds in far eastern Russia using a focus reduction neutralization test. // Am J Trop Med Hyg.2011.V.84 (3). P. 461-5.

235. Murgue, B., Zeller, H., and Deubel, V.The ecology and epidemiology of West Nile virus in Africa, Europe and Asia. // Curr Top Microbiol Immunol.2002.V.267. P. 195-221.

236. Myint, K.S., Kosasih, H., Artika, I.M., Perkasa, A., Puspita, M., Ma'roef,

C.N., Antonjaya, U., Ledermann, J.P., Powers, A.M., and Alisjahbana, B.West Nile virus documented in Indonesia from acute febrile illness specimens. // Am J Trop Med Hyg.2014.V.90 (2). P. 260-2.

237. Naficy, K. and Saidi, S.Serological survey on viral antibodies in Iran. // Trop Geogr Med.1970.V.22 (2). P. 183-8.

238. Nayak, V., Dessau, M., Kucera, K., Anthony, K., Ledizet, M., and Modis, Y.Crystal structure of dengue virus type 1 envelope protein in the postfusion conformation and its implications for membrane fusion. // J Virol.2009.V.83 (9). P. 4338-44.

239. Ng, T., Hathaway, D., Jennings, N., Champ, D., Chiang, Y.W., and Chu, H.J.Equine vaccine for West Nile virus. // Dev Biol (Basel).2003.V.114. P. 221-7.

240. Nikolay, B., Fall, G., Boye, C.S., Sall, A.A., and Skern, T.Validation of a structural comparison of the antigenic characteristics of Usutu virus and West Nile virus envelope proteins. // Virus Res.2014.V.189. P. 87-91.

241. Nir, Y., Avivi, A., Lasovski, Y., Margalit, J., and Goldwasser, R.Arbovirus activity in Israel. // Isr J Med Sci.1972.V.8 (10). P. 1695-701.

242. Nir, Y., Goldwasser, R., Lasowski, Y., and Avivi, A.Isolation of arboviruses from wild birds in Israel. // Am J Epidemiol.1967.V.86 (2). P. 372-8.

243. Nowak, T., Farber, P.M., Wengler, G., and Wengler, G.Analyses of the terminal sequences of West Nile virus structural proteins and of the in vitro translation of these proteins allow the proposal of a complete scheme of the proteolytic cleavages involved in their synthesis. // Virology.1989.V.169 (2). P. 36576.

244. Nybakken, G.E., Nelson, C.A., Chen, B.R., Diamond, M.S., and Fremont,

D.H.Crystal structure of the West Nile virus envelope glycoprotein. // J Virol.2006.V.80 (23). P. 11467-74.

245. Nzonza, A., Lecollinet, S., Chat, S., Lowenski, S., Merour, E., Biacchesi, S., and Bremont, M.A recombinant novirhabdovirus presenting at the surface the E Glycoprotein from West Nile Virus (WNV) is immunogenic and provides partial protection against lethal WNV challenge in BALB/c mice. // PLoS 0ne.2014.V.9 (3). P. e91766.

246. Ocal, M., Orsten, S., Inkaya, A.C., Yetim, E., Acar, N.P., Alp, S., Kasap, O.E., Gunay, F., Arsava, E.M., Alten, B., Ozkul, A., Us, D., Niedrig, M., and Ergunay, K.Ongoing activity of Toscana virus genotype A and West Nile virus lineage 1 strains in Turkey: a clinical and field survey. // Zoonoses Public Health.2014.V.61 (7). P. 480-91.

247. Orlinger, K.K., Holzer, G.W., Schwaiger, J., Mayrhofer, J., Schmid, K., Kistner, O., Noel Barrett, P., and Falkner, F.G.An inactivated West Nile Virus vaccine derived from a chemically synthesized cDNA system. // Vaccine.2010.V.28 (19). P. 3318-24.

248. Pachler, K., Lebl, K., Berer, D., Rudolf, I., Hubalek, Z., and Nowotny, N.Putative new West Nile virus lineage in Uranotaenia unguiculata mosquitoes, Austria, 2013. // Emerg Infect Dis.2014.V.20 (12). P. 2119-22.

249. Panella, N.A., Kerst, A.J., Lanciotti, R.S., Bryant, P., Wolf, B., and Komar, N.Comparative West Nile virus detection in organs of naturally infected American Crows (Corvus brachyrhynchos). // Emerg Infect Dis.2001.V.7 (4). P. 754-5.

250. Papa, A., Papadopoulou, E., Gavana, E., Kalaitzopoulou, S., and Mourelatos, S.Detection of West Nile virus lineage 2 in Culex mosquitoes, Greece, 2012. // Vector Borne Zoonotic Dis.2013.V.13 (9). P. 682-4.

251. Papa, A., Papadopoulou, E., Kalaitzopoulou, S., Tsioka, K., and Mourelatos, S.Detection of West Nile virus and insect-specific flavivirus RNA in Culex mosquitoes, central Macedonia, Greece. // Trans R Soc Trop Med Hyg.2014.V.108 (9). P. 555-9.

252. Papa, A., Politis, C., Tsoukala, A., Eglezou, A., Bakaloudi, V., Hatzitaki, M., and Tsergouli, K.West Nile virus lineage 2 from blood donor, Greece. // Emerg Infect Dis.2012.V.18 (4). P. 688-9.

253. Papa, A., Testa, T., and Papadopoulou, E.Detection of West Nile virus lineage 2 in the urine of acute human infections. // J Med Virol.2014.V.86 (12). P. 2142-5.

254. Papa, A., Xanthopoulou, K., Gewehr, S., and Mourelatos, S.Detection of West Nile virus lineage 2 in mosquitoes during a human outbreak in Greece. // Clin Microbiol Infect.2011.V.17 (8). P. 1176-80.

255. Pem-Novosel, I., Vilibic-Cavlek, T., Gjenero-Margan, I., Pandak, N., Peric, L., Barbic, L., Listes, E., Cvitkovic, A., Stevanovic, V., and Savini, G.First outbreak of West Nile virus neuroinvasive disease in humans, Croatia, 2012. // Vector Borne Zoonotic Dis.2014.V.14 (1). P. 82-4.

256. Pepperell, C., Rau, N., Krajden, S., Kern, R., Humar, A., Mederski, B., Simor, A., Low, D.E., McGeer, A., Mazzulli, T., Burton, J., Jaigobin, C., Fearon, M., Artsob, H., Drebot, M.A., Halliday, W., and Brunton, J.West Nile virus infection in 2002: morbidity and mortality among patients admitted to hospital in southcentral Ontario. // CMAJ.2003.V.168 (11). P. 1399-405.

257. Perelman, A. and Stern, J.Acute pancreatitis in West Nile Fever. // Am J Trop Med Hyg.1974.V.23 (6). P. 1150-2.

258. Phillips, J.E., Stallknecht, D.E., Perkins, T.A., McClure, N.S., and Mead, D.G.Evolutionary dynamics of West Nile virus in Georgia, 2001-2011. // Virus Genes.2014.V.49 (1). P. 132-6.

259. Pierre, V., Drouet, M.T., and Deubel, V.Identification of mosquito-borne flavivirus sequences using universal primers and reverse transcription/polymerase chain reaction. // Res Virol.1994.V.145 (2). P. 93-104.

260. Pierson, T.C., Diamond, M.S., Ahmed, A.A., Valentine, L.E., Davis, C.W., Samuel, M.A., Hanna, S.L., Puffer, B.A., and Doms, R.W.An infectious West Nile virus that expresses a GFP reporter gene. // Virology.2005.V.334 (1). P. 28-40.

261. Pierson, T.C., Fremont, D.H., Kuhn, R.J., and Diamond, M.S.Structural insights into the mechanisms of antibody-mediated neutralization of flavivirus infection: implications for vaccine development. // Cell Host Microbe.2008.V.4 (3). P. 229-38.

262. Pinto, A.K., Richner, J.M., Poore, E.A., Patil, P.P., Amanna, I.J., Slifka, M.K., and Diamond, M.S.A hydrogen peroxide-inactivated virus vaccine elicits humoral and cellular immunity and protects against lethal West Nile virus infection in aged mice. // J Virol.2013.V.87 (4). P. 1926-36.

263. Platonov, A.E., Shipulin, G.A., Shipulina, O.Y., Tyutyunnik, E.N., Frolochkina, T.I., Lanciotti, R.S., Yazyshina, S., Platonova, O.V., Obukhov, I.L., Zhukov, A.N., Vengerov, Y.Y., and Pokrovskii, V.I.Outbreak of West Nile virus infection, Volgograd Region, Russia, 1999. // Emerg Infect Dis.2001.V.7 (1). P. 128-32.

264. Platonov, A.E., Tolpin, V.A., Gridneva, K.A., Titkov, A.V., Platonova, O.V., Kolyasnikova, N.M., Busani, L., and Rezza, G.The incidence of West Nile disease in Russia in relation to climatic and environmental factors. // Int J Environ Res Public Health.2014.V.11 (2). P. 1211-32.

265. Pletnev, A.G., Swayne, D.E., Speicher, J., Rumyantsev, A.A., and Murphy, B.R.Chimeric West Nile/dengue virus vaccine candidate: preclinical evaluation in mice, geese and monkeys for safety and immunogenicity. // Vaccine.2006.V.24 (4041). P. 6392-404.

266. Popovic, N., Milosevic, B., Urosevic, A., Poluga, J., Lavadinovic, L., Nedelijkovic, J., Jevtovic, D., and Dulovic, O.Outbreak of West Nile virus infection among humans in Serbia, August to October 2012. // Euro Surveill.2013.V.18 (43). P.

267. Popovic, N., Milosevic, B., Urosevic, A., Poluga, J., Popovic, N., Stevanovic, G., Milosevic, I., Korac, M., Mitrovic, N., Lavadinovic, L., Nikolic, J., and Dulovic, O.Clinical characteristics and functional outcome of patients with West Nile neuroinvasive disease in Serbia. // J Neurol.2014.V.261 (6). P. 1104-11.

268. Porter, K.R., Summers, P.L., Dubois, D., Puri, B., Nelson, W., Henchal, E., Oprandy, J.J., and Hayes, C.G.Detection of West Nile virus by the polymerase chain reaction and analysis of nucleotide sequence variation. // Am J Trop Med Hyg.1993.V.48 (3). P. 440-6.

269. Prow, N.A., Setoh, Y.X., Biron, R.M., Sester, D.P., Kim, K.S., Hobson-Peters, J., Hall, R.A., and Bielefeldt-Ohmann, H.The West Nile virus-like flavivirus Koutango is highly virulent in mice due to delayed viral clearance and the induction of a poor neutralizing antibody response. // J Virol.2014.V.88 (17). P. 9947-62.

270. Puig-Basagoiti, F., Tilgner, M., Bennett, C.J., Zhou, Y., Munoz-Jordan, J.L., Garcia-Sastre, A., Bernard, K.A., and Shi, P.Y.A mouse cell-adapted NS4B mutation attenuates West Nile virus RNA synthesis. // Virology.2007.V.361 (1). P. 229-41.

271. Qiao, M., Ashok, M., Bernard, K.A., Palacios, G., Zhou, Z.H., Lipkin, W.I., and Liang, T.J.Induction of sterilizing immunity against West Nile Virus (WNV), by immunization with WNV-like particles produced in insect cells. // J Infect Dis.2004.V.190 (12). P. 2104-8.

272. Ramanathan, M.P., Kutzler, M.A., Kuo, Y.C., Yan, J., Liu, H., Shah, V., Bawa, A., Selling, B., Sardesai, N.Y., Kim, J.J., and Weiner, D.B.Coimmunization with an optimized IL15 plasmid adjuvant enhances humoral immunity via stimulating B cells induced by genetically engineered DNA vaccines expressing consensus JEV and WNV E DIII. // Vaccine.2009.V.27 (32). P. 4370-80.

273. Reisen, W.K., Fang, Y., and Martinez, V.M.Effects of temperature on the transmission of west nile virus by Culex tarsalis (Diptera: Culicidae). // J Med Entomol.2006.V.43 (2). P. 309-17.

274. Rey, F.A., Heinz, F.X., Mandl, C., Kunz, C., and Harrison, S.C.The envelope glycoprotein from tick-borne encephalitis virus at 2 A resolution. // Nature.1995.V.375 (6529). P. 291-8.

275. Riabi, S., Gaaloul, I., Mastouri, M., Hassine, M., and Aouni, M.An outbreak of West Nile Virus infection in the region of Monastir, Tunisia, 2003. // Pathog Glob Health.2014.V.108 (3). P. 148-57.

276. Rice, C.M., Grakoui, A., Galler, R., and Chambers, T.J.Transcription of infectious yellow fever RNA from full-length cDNA templates produced by in vitro ligation. // New Biol.1989.V.1 (3). P. 285-96.

277. Rice, C.M., Lenches, E.M., Eddy, S.R., Shin, S.J., Sheets, R.L., and Strauss, J.H.Nucleotide sequence of yellow fever virus: implications for flavivirus gene expression and evolution. // Science.1985.V.229 (4715). P. 726-33.

278. Roby, J.A., Bielefeldt-Ohmann, H., Prow, N.A., Chang, D.C., Hall, R.A., and Khromykh, A.A.Increased expression of capsid protein in trans enhances production of single-round infectious particles by West Nile virus DNA vaccine candidate. // J Gen Virol.2014.V.95 (10). P. 2176-91.

279. Roby, J.A., Hall, R.A., and Khromykh, A.A.West Nile virus genome with glycosylated envelope protein and deletion of alpha helices 1, 2, and 4 in the capsid protein is noninfectious and efficiently secretes subviral particles. // J Virol.2013.V.87 (23). P. 13063-9.

280. Rosa, R., Marini, G., Bolzoni, L., Neteler, M., Metz, M., Delucchi, L., Chadwick, E.A., Balbo, L., Mosca, A., Giacobini, M., Bertolotti, L., and Rizzoli, A.Early warning of West Nile virus mosquito vector: climate and land use models successfully explain phenology and abundance of Culex pipiens mosquitoes in north-western Italy. // Parasit Vectors.2014.V.7. P. 269.

281. Rosas, C.T., Tischer, B.K., Perkins, G.A., Wagner, B., Goodman, L.B., and Osterrieder, N.Live-attenuated recombinant equine herpesvirus type 1 (EHV-1)

induces a neutralizing antibody response against West Nile virus (WNV). // Virus Res.2007.V.125 (1). P. 69-78.

282. Rossini, G., Carletti, F., Bordi, L., Cavrini, F., Gaibani, P., Landini, M.P., Pierro, A., Capobianchi, M.R., Di Caro, A., and Sambri, V.Phylogenetic analysis of West Nile virus isolates, Italy, 2008-2009. // Emerg Infect Dis.2011.V.17 (5). P. 903-6.

283. Rossini, G., Carletti, F., Rigoli, R., Piga, S., Bagnarelli, P., Gaibani, P., Pierro, A., Costa, A.N., Grossi, P., Ippolito, G., Landini, M.P., Di Caro, A., Capobianchi, M.R., and Sambri, V.Heterogeneity of West Nile virus genotype 1a in Italy, 2011. // J Gen Virol.2013.V.94 (2). P. 314-7.

284. Rudolf, I., Bakonyi, T., Sebesta, O., Mendel, J., Pesko, J., Betasova, L., Blazejova, H., Venclikova, K., Strakova, P., Nowotny, N., and Hubalek, Z.West Nile virus lineage 2 isolated from Culex modestus mosquitoes in the Czech Republic, 2013: expansion of the European WNV endemic area to the North? // Euro Surveill.2014.V.19 (31). P. 2-5.

285. Rutvisuttinunt, W., Chinnawirotpisan, P., Klungthong, C., Shrestha, S., Thapa, A., Pant, A., Yingst, S.L., Yoon, I.K., Fernandez, S., and Pavlin, J.A.Evidence of West Nile virus infection in Nepal. // BMC Infect Dis.2014.V.14 (1). P. 606.

286. Ryan, M.D., Monaghan, S., and Flint, M.Virus-encoded proteinases of the Flaviviridae. // J Gen Virol.1998.V.79 (5). P. 947-59.

287. Saiyasombat, R., Carrillo-Tripp, J., Miller, W.A., Bredenbeek, P.J., and Blitvich, B.J.Substitution of the premembrane and envelope protein genes of Modoc virus with the homologous sequences of West Nile virus generates a chimeric virus that replicates in vertebrate but not mosquito cells. // Virol J.2014.V.11. P. 150.

288. Samina, I., Havenga, M., Koudstaal, W., Khinich, Y., Koldijk, M., Malkinson, M., Simanov, M., Perl, S., Gijsbers, L., Weverling, G.J., Uytdehaag, F., and

Goudsmit, J.Safety and efficacy in geese of a PER.C6-based inactivated West Nile virus vaccine. // Vaccine.2007.V.25 (49). P. 8338-45.

289. Samuel, C.E.Host genetic variability and West Nile virus susceptibility. // Proc Natl Acad Sci U S A.2002.V.99 (18). P. 11555-7.

290. Sardelis, M.R., Turell, M.J., Dohm, D.J., and O'Guinn, M.L.Vector competence of selected North American Culex and Coquillettidia mosquitoes for West Nile virus. // Emerg Infect Dis.2001.V.7 (6). P. 1018-22.

291. Savini, G., Capelli, G., Monaco, F., Polci, A., Russo, F., Di Gennaro, A., Marini, V., Teodori, L., Montarsi, F., Pinoni, C., Pisciella, M., Terregino, C., Marangon, S., Capua, I., and Lelli, R.Evidence of West Nile virus lineage 2 circulation in Northern Italy. // Vet Microbiol.2012.V.158 (3-4). P. 267-73.

292. Savini, G., Puggioni, G., A, D.I.G., G, D.I.F., Rocchigiani, A.M., Polci, A., Marini, V., Pinoni, C., Rolesu, S., Marruchella, G., Lorusso, A., and Monaco, F.West Nile virus lineage 2 in Sardinian wild birds in 2012: a further threat to public health. // Epidemiol Infect.2013.V.141 (11). P. 2313-6.

293. Saxena, D., Parida, M., Rao, P.V., and Kumar, J.S.Cloning and expression of an envelope gene of West Nile virus and evaluation of the protein for use in an IgM ELISA. // Diagn Microbiol Infect Dis.2013.V.75 (4). P. 396-401.

294. Schepp-Berglind, J., Luo, M., Wang, D., Wicker, J.A., Raja, N.U., Hoel, B.D., Holman, D.H., Barrett, A.D., and Dong, J.Y.Complex adenovirus-mediated expression of West Nile virus C, PreM, E, and NS1 proteins induces both humoral and cellular immune responses. // Clin Vaccine Immunol.2007.V.14 (9). P. 111726.

295. Scherret, J.H., Mackenzie, J.S., Hall, R.A., Deubel, V., and Gould, E.A.Phylogeny and molecular epidemiology of West Nile and Kunjin viruses. // Curr Top Microbiol Immunol.2002.V.267. P. 373-90.

296. Scherret, J.H., Poidinger, M., Mackenzie, J.S., Broom, A.K., Deubel, V., Lipkin, W.I., Briese, T., Gould, E.A., and Hall, R.A.The relationships between West Nile and Kunjin viruses. // Emerg Infect Dis.2001.V.7 (4). P. 697-705.

297. Schneeweiss, A., Chabierski, S., Salomo, M., Delaroque, N., Al-Robaiy, S., Grunwald, T., Burki, K., Liebert, U.G., and Ulbert, S.A DNA vaccine encoding the E protein of West Nile virus is protective and can be boosted by recombinant domain DIII. // Vaccine.2011.V.29 (37). P. 6352-7.

298. Scholle, F. and Mason, P.W.West Nile virus replication interferes with both poly(I:C)-induced interferon gene transcription and response to interferon treatment. // Virology.2005.V.342 (1). P. 77-87.

299. Seregin, A., Nistler, R., Borisevich, V., Yamshchikov, G., Chaporgina, E., Kwok, C.W., and Yamshchikov, V.Immunogenicity of West Nile virus infectious DNA and its noninfectious derivatives. // Virology.2006.V.356 (1-2). P. 115-25.

300. Setoh, Y.X., Prow, N.A., Hobson-Peters, J., Lobigs, M., Young, P.R., Khromykh, A.A., and Hall, R.A.Identification of residues in West Nile virus pre-membrane protein that influence viral particle secretion and virulence. // J Gen Virol.2012.V.93 (9). P. 1965-75.

301. Shah-Hosseini, N., Chinikar, S., Ataei, B., Fooks, A.R., and Groschup, M.H.Phylogenetic analysis of West Nile virus genome, Iran. // Emerg Infect Dis.2014.V.20 (8). P. 1419-21.

302. Shi, P.Y.,Brinton, M.A., Veal, J.M., Zhong, Y.Y., and Wilson, W.D.Evidence for the existence of a pseudoknot structure at the 3' terminus of the flavivirus genomic RNA. // Biochemistry.1996.V.35 (13). P. 4222-30.

303. Shi, P.Y., Li, W., and Brinton, M.A.Cell proteins bind specifically to West Nile virus minus-strand 3' stem-loop RNA. // J Virol.1996.V.70 (9). P. 6278-87.

304. Shi, P.Y., Tilgner, M., Lo, M.K., Kent, K.A., and Bernard, K.A.Infectious cDNA clone of the epidemic west nile virus from New York City. // J Virol.2002.V.76 (12). P. 5847-56.

305. Shirato, K., Miyoshi, H., Goto, A., Ako, Y., Ueki, T., Kariwa, H., and Takashima, I.Viral envelope protein glycosylation is a molecular determinant of the neuroinvasiveness of the New York strain of West Nile virus. // J Gen Virol.2004.V.85 (12). P. 3637-45.

306. Shrestha, B., Gottlieb, D., and Diamond, M.S.Infection and injury of neurons by West Nile encephalitis virus. // J Virol.2003.V.77 (24). P. 13203-13.

307. Sirbu, A., Ceianu, C.S., Panculescu-Gatej, R.I., Vazquez, A., Tenorio, A., Rebreanu, R., Niedrig, M., Nicolescu, G., and Pistol, A.Outbreak of West Nile virus infection in humans, Romania, July to October 2010. // Euro Surveill.2011 .V.16 (2). P.

308. Smith, H.L., Monath, T.P., Pazoles, P., Rothman, A.L., Casey, D.M., Terajima, M., Ennis, F.A., Guirakhoo, F., and Green, S.Development of antigen-specific memory CD8+ T cells following live-attenuated chimeric West Nile virus vaccination. // J Infect Dis.2011.V.203 (4). P. 513-22.

309. Sotelo, E., Fernandez-Pinero, J., Llorente, F., Vazquez, A., Moreno, A., Aguero, M., Cordioli, P., Tenorio, A., and Jimenez-Clavero, M.A.Phylogenetic relationships of Western Mediterranean West Nile virus strains (1996-2010) using full-length genome sequences: single or multiple introductions? // J Gen Virol.2011.V.92 (11). P. 2512-22.

310. Spissu, N., Panichi, G., Montisci, A., and Fiore, F.West Nile Virus outbreak in Sardinia, Italy, in 2011. // J Infect Dev Ctries.2013.V.7 (1). P. 6-9.

311. Spohn, G., Jennings, G.T., Martina, B.E., Keller, I., Beck, M., Pumpens, P., Osterhaus, A.D., and Bachmann, M.F.A VLP-based vaccine targeting domain III of

the West Nile virus E protein protects from lethal infection in mice. // Virol J.2010.V.7. P. 146.

312. Stebbings, R., Fevrier, M., Li, B., Lorin, C., Koutsoukos, M., Mee, E., Rose, N., Hall, J., Page, M., Almond, N., Voss, G., and Tangy, F.Immunogenicity of a recombinant measles-HIV-1 clade B candidate vaccine. // PLoS One.2012.V.7 (11). P. e50397.

313. Sumiyoshi, H., Hoke, C.H., and Trent, D.W.Infectious Japanese encephalitis virus RNA can be synthesized from in vitro-ligated cDNA templates. // J Virol.1992.V.66 (9). P. 5425-31.

314. Suzuki, R., Fayzulin, R., Frolov, I., and Mason, P.W.Identification of mutated cyclization sequences that permit efficient replication of West Nile virus genomes: use in safer propagation of a novel vaccine candidate. // J Virol.2008.V.82 (14). P. 6942-51.

315. Szentpali-Gavaller, K., Antal, L., Toth, M., Kemenesi, G., Soltesz, Z., Dan, A., Erdelyi, K., Banyai, K., Balint, A., Jakab, F., and Bakonyi, T.Monitoring of West Nile virus in mosquitoes between 2011-2012 in Hungary. // Vector Borne Zoonotic Dis.2014.V.14 (9). P. 648-55.

316. Thomas, S., Redfern, J.B., Lidbury, B.A., and Mahalingam, S.Antibody-dependent enhancement and vaccine development. // Expert Rev Vaccines.2006.V.5 (4). p. 409-12.

317. Throsby, M., Geuijen, C., Goudsmit, J., Bakker, A.Q., Korimbocus, J., Kramer, R.A., Clijsters-van der Horst, M., de Jong, M., Jongeneelen, M., Thijsse, S., Smit, R., Visser, T.J., Bijl, N., Marissen, W.E., Loeb, M., Kelvin, D.J., Preiser, W., ter Meulen, J., and de Kruif, J.Isolation and characterization of human monoclonal antibodies from individuals infected with West Nile Virus. // J Virol.2006.V.80 (14). P. 6982-92.

318. Tilgner, M., Deas, T.S., and Shi, P.Y.The flavivirus-conserved penta-nucleotide in the 3' stem-loop of the West Nile virus genome requires a specific sequence and structure for RNA synthesis, but not for viral translation. // Virology.2005.V.331 (2). P. 375-86.

319. Tilgner, M. and Shi, P.Y.Structure and function of the 3' terminal six nucleotides of the west nile virus genome in viral replication. // J Virol.2004.V.78 (15). P. 8159-71.

320. Totani, M., Yoshii, K., Kariwa, H., and Takashima, I.Glycosylation of the envelope protein of West Nile Virus affects its replication in chicks. // Avian Dis.2011.V.55 (4). P. 561-8.

321. Triki, H., Murri, S., Le Guenno, B., Bahri, O., Hili, K., Sidhom, M., and Dellagi, K.[West Nile viral meningo-encephalitis in Tunisia]. // Med Trop (Mars).2001.V.61 (6). P. 487-90.

322. Tsai, T.F., Popovici, F., Cernescu, C., Campbell, G.L., and Nedelcu, N.I.West Nile encephalitis epidemic in southeastern Romania. // Lancet.1998.V.352 (9130). P. 767-71.

323. Turell, M.J., O'Guinn, M., and Oliver, J.Potential for New York mosquitoes to transmit West Nile virus. // Am J Trop Med Hyg.2000.V.62 (3). P. 413-4.

324. Ulbert, S. and Magnusson, S.E.Technologies for the development of West Nile virus vaccines. // Future Microbiol.2014.V.9 (10). P. 1221-32.

325. van Marle, G., Antony, J., Ostermann, H., Dunham, C., Hunt, T., Halliday, W., Maingat, F., Urbanowski, M.D., Hobman, T., Peeling, J., and Power, C.West Nile virus-induced neuroinflammation: glial infection and capsid protein-mediated neurovirulence. // J Virol.2007.V.81 (20). P. 10933-49.

326. Vandergaast, R., Hoover, L.I., Zheng, K., and Fredericksen, B.L.Generation of West Nile virus infectious clones containing amino acid insertions between capsid and capsid anchor. // Viruses.2014.V.6 (4). P. 1637-53.

327. Venter, M. and Swanepoel, R.West Nile virus lineage 2 as a cause of zoonotic neurological disease in humans and horses in southern Africa. // Vector Borne Zoonotic Dis.2010.V.10 (7). P. 659-64.

328. Venter, M., van Vuren, P.J., Mentoor, J., Paweska, J., and Williams, J.Inactivated West Nile Virus (WNV) vaccine, Duvaxyn WNV, protects against a highly neuroinvasive lineage 2 WNV strain in mice. // Vaccine.2013.V.31 (37). P. 3856-62.

329. Verstrepen, B.E., Fagrouch, Z., van Heteren, M., Buitendijk, H., Haaksma, T., Beenhakker, N., Palu, G., Richner, J.M., Diamond, M.S., Bogers, W.M., Barzon, L., Chabierski, S., Ulbert, S., Kondova, I., and Verschoor, E.J.Experimental infection of rhesus macaques and common marmosets with a European strain of West Nile virus. // PLoS Negl Trop Dis.2014.V.8 (4). P. e2797.

330. Verstrepen, B.E., Oostermeijer, H., Fagrouch, Z., van Heteren, M., Niphuis, H., Haaksma, T., Kondova, I., Bogers, W.M., de Filette, M., Sanders, N., Stertman, L., Magnusson, S., Lorincz, O., Lisziewicz, J., Barzon, L., Palu, G., Diamond, M.S., Chabierski, S., Ulbert, S., and Verschoor, E.J.Vaccine-induced protection of rhesus macaques against plasma viremia after intradermal infection with a European lineage 1 strain of West Nile virus. // PLoS One.2014.V.9 (11). P. e112568.

331. Victor, T.J., Malathi, M., Ravi, V., Palani, G., and Appavoo, N.C.First outbreak of Japanese encephalitis in two villages of Dharmapuri district in Tamil Nadu. // Indian J Med Res.2000.V.112. P. 193-7.

332. Vilibic-Cavlek, T., Kaic, B., Barbic, L., Pem-Novosel, I., Slavic-Vrzic, V., Lesnikar, V., Kurecic-Filipovic, S., Babic-Erceg, A., Listes, E., Stevanovic, V., Gjenero-Margan, I., and Savini, G.First evidence of simultaneous occurrence of West Nile virus and Usutu virus neuroinvasive disease in humans in Croatia during the 2013 outbreak. // Infection.2014.V.42 (4). P. 689-95.

333. Vogt, M.R., Moesker, B., Goudsmit, J., Jongeneelen, M., Austin, S.K., Oliphant, T., Nelson, S., Pierson, T.C., Wilschut, J., Throsby, M., and Diamond,

M.S.Human monoclonal antibodies against West Nile virus induced by natural infection neutralize at a postattachment step. // J Virol.2009.V.83 (13). P. 6494-507.

334. Vrioni, G., Mavrouli, M., Kapsimali, V., Stavropoulou, A., Detsis, M., Danis, K., and Tsakris, A.Laboratory and clinical characteristics of human West Nile virus infections during 2011 outbreak in southern Greece. // Vector Borne Zoonotic Dis.2014.V.14 (1). P. 52-8.

335. Wang, T., Anderson, J.F., Magnarelli, L.A., Wong, S.J., Koski, R.A., and Fikrig, E.Immunization of mice against West Nile virus with recombinant envelope protein. // J Immunol.2001.V.167 (9). P. 5273-7.

336. Watts, D.M., Tesh, R.B., Siirin, M., Rosa, A.T., Newman, P.C., Clements, D.E., Ogata, S., Coller, B.A., Weeks-Levy, C., and Lieberman, M.M.Efficacy and durability of a recombinant subunit West Nile vaccine candidate in protecting hamsters from West Nile encephalitis. // Vaccine.2007.V.25 (15). P. 2913-8.

337. Weinberger, M., Pitlik, S.D., Gandacu, D., Lang, R., Nassar, F., Ben David, D., Rubinstein, E., Izthaki, A., Mishal, J., Kitzes, R., Siegman-Igra, Y., Giladi, M., Pick, N., Mendelson, E., Bin, H., and Shohat, T.West Nile fever outbreak, Israel, 2000: epidemiologic aspects. // Emerg Infect Dis.2001.V.7 (4). P. 686-91.

338. Weissenbock, H., Kolodziejek, J., Url, A., Lussy, H., Rebel-Bauder, B., and Nowotny, N.Emergence of Usutu virus, an African mosquito-borne flavivirus of the Japanese encephalitis virus group, central Europe. // Emerg Infect Dis.2002.V.8 (7). P. 652-6.

339. Wengler, G., Castle, E., Leidner, U., Nowak, T., and Wengler, G.Sequence analysis of the membrane protein V3 of the flavivirus West Nile virus and of its gene. // Virology.1985.V.147 (2). P. 264-74.

340. White, L.J., Sariol, C.A., Mattocks, M.D., Wahala, M.P.B.W., Yingsiwaphat, V., Collier, M.L., Whitley, J., Mikkelsen, R., Rodriguez, I.V., Martinez, M.I., de Silva, A., and Johnston, R.E.An alphavirus vector-based tetravalent dengue vaccine

induces a rapid and protective immune response in macaques that differs qualitatively from immunity induced by live virus infection. // J Virol.2013.V.87 (6). P. 3409-24.

341. Whiteman, M.C., Popov, V., Sherman, M.B., Wen, J., and Barrett, A.D.Attenuated West Nile Virus Mutant NS1130-132QQA/175A/207A Exhibits Virus-Induced Ultrastructural Changes and Accumulation of Protein in the Endoplasmic Reticulum. // J Virol.2015.V.89 (2). P. 1474-8.

342. Whiteman, M.C., Wicker, J.A., Kinney, R.M., Huang, C.Y., Solomon, T., and Barrett, A.D.Multiple amino acid changes at the first glycosylation motif in NS1 protein of West Nile virus are necessary for complete attenuation for mouse neuroinvasiveness. // Vaccine.2011.V.29 (52). P. 9702-10.

343. Wicker, J.A., Whiteman, M.C., Beasley, D.W., Davis, C.T., McGee, C.E., Lee, J.C., Higgs, S., Kinney, R.M., Huang, C.Y., and Barrett, A.D.Mutational analysis of the West Nile virus NS4B protein. // Virology.2012.V.426 (1). P. 22-33.

344. Widman, D.G., Frolov, I., and Mason, P.W.Third-generation flavivirus vaccines based on single-cycle, encapsidation-defective viruses. // Adv Virus Res.2008.V.72. P. 77-126.

345. Widman, D.G., Ishikawa, T., Fayzulin, R., Bourne, N., and Mason, P.W.Construction and characterization of a second-generation pseudoinfectious West Nile virus vaccine propagated using a new cultivation system. // Vaccine.2008.V.26 (22). P. 2762-71.

346. Widman, D.G., Ishikawa, T., Giavedoni, L.D., Hodara, V.L., Garza Mde, L., Montalbo, J.A., Travassos Da Rosa, A.P., Tesh, R.B., Patterson, J.L., Carrion, R., Jr., Bourne, N., and Mason, P.W.Evaluation of RepliVAX WN, a single-cycle flavivirus vaccine, in a non-human primate model of West Nile virus infection. // Am J Trop Med Hyg.2010.V.82 (6). P. 1160-7.

347. Widman, D.G., Ishikawa, T., Winkelmann, E.R., Infante, E., Bourne, N., and Mason, P.W.RepliVAX WN, a single-cycle flavivirus vaccine to prevent West Nile disease, elicits durable protective immunity in hamsters. // Vaccine.2009.V.27 (41). P. 5550-3.

348. Williams, J.H., Mentoor, J.D., Van Wilpe, E., and Venter, M.Comparative Pathology of Neurovirulent Lineage 1 (NY99/385) and Lineage 2 (SPU93/01) West Nile Virus Infections in BALBc Mice. // Vet Pathol.2015.V.52 (1). P. 140-51.

349. Wilson, J.R., de Sessions, P.F., Leon, M.A., and Scholle, F.West Nile virus nonstructural protein 1 inhibits TLR3 signal transduction. // J Virol.2008.V.82 (17). P. 8262-71.

350. Wodak, E., Richter, S., Bago, Z., Revilla-Fernandez, S., Weissenbock, H., Nowotny, N., and Winter, P.Detection and molecular analysis of West Nile virus infections in birds of prey in the eastern part of Austria in 2008 and 2009. // Vet Microbiol.2011.V.149 (3-4). P. 358-66.

351. Work, T.H., Hurlbut, H.S., and Taylor, R.M.Isolation of West Nile virus from hooded crow and rock pigeon in the Nile delta. // Proc Soc Exp Biol Med.1953.V.84 (3). P. 719-22.

352. Work, T.H., Hurlbut, H.S., and Taylor, R.M.Indigenous wild birds of the Nile Delta as potential West Nile virus circulating reservoirs. // Am J Trop Med Hyg.1955.V.4 (5). P. 872-88.

353. Yamshchikov, G., Borisevich, V., Kwok, C.W., Nistler, R., Kohlmeier, J., Seregin, A., Chaporgina, E., Benedict, S., and Yamshchikov, V.The suitability of yellow fever and Japanese encephalitis vaccines for immunization against West Nile virus. // Vaccine.2005.V.23 (39). P. 4785-92.

354. Yamshchikov, G., Borisevich, V., Seregin, A., Chaporgina, E., Mishina, M., Mishin, V., Kwok, C.W., and Yamshchikov, V.An attenuated West Nile prototype

virus is highly immunogenic and protects against the deadly NY99 strain: a candidate for live WN vaccine development. // Virology.2004.V.330 (1). P. 304-12.

355. Yamshchikov, V., Mishin, V., and Cominelli, F.A new strategy in design of +RNA virus infectious clones enabling their stable propagation in E. coli. // Virology.2001.V.281 (2). P. 272-80.

356. Yamshchikov, V.F. and Compans, R.W.Regulation of the late events in flavivirus protein processing and maturation. // Virology.1993.V.192 (1). P. 38-51.

357. Yamshchikov, V.F., Trent, D.W., and Compans, R.W.Upregulation of signalase processing and induction of prM-E secretion by the flavivirus NS2B-NS3 protease: roles of protease components. // J Virol.1997.V.71 (6). P. 4364-71.

358. Yamshchikov, V.F., Wengler, G., Perelygin, A.A., Brinton, M.A., and Compans, R.W.An infectious clone of the West Nile flavivirus. // Virology.2001.V.281 (2). P. 294-304.

359. Yang, J.S., Ramanathan, M.P., Muthumani, K., Choo, A.Y., Jin, S.H., Yu, Q.C., Hwang, D.S., Choo, D.K., Lee, M.D., Dang, K., Tang, W., Kim, J.J., and Weiner, D.B.Induction of inflammation by West Nile virus capsid through the caspase-9 apoptotic pathway. // Emerg Infect Dis.2002.V.8 (12). P. 1379-84.

360. Yap, T.L., Xu, T., Chen, Y.L., Malet, H., Egloff, M.P., Canard, B., Vasudevan, S.G., and Lescar, J.Crystal structure of the dengue virus RNA-dependent RNA polymerase catalytic domain at 1.85-angstrom resolution. // J Virol.2007.V.81 (9). P. 4753-65.

361. Young, L.B., Melian, E.B., Setoh, Y.X., Young, P.R., and Khromykh, A.Last twenty amino acids of the West Nile Virus NS1' protein are responsible for its retention in cells and formation of unique heat-stable dimers. // J Gen Virol.2015.V. P.

362. Yu, L., Robert Putnak, J., Pletnev, A.G., and Markoff, L.Attenuated West Nile viruses bearing 3'SL and envelope gene substitution mutations. // Vaccine.2008.V.26 (47). P. 5981-8.

363. Zanotto, P.M., Gould, E.A., Gao, G.F., Harvey, P.H., and Holmes, E.C.Population dynamics of flaviviruses revealed by molecular phylogenies. // Proc Natl Acad Sci U S A.1996.V.93 (2). P. 548-53.

364. Zhang, B., Dong, H., Stein, D.A., Iversen, P.L., and Shi, P.Y.West Nile virus genome cyclization and RNA replication require two pairs of long-distance RNA interactions. // Virology.2008.V.373 (1). P. 1-13.

365. Zhou, Y., Ray, D., Zhao, Y., Dong, H., Ren, S., Li, Z., Guo, Y., Bernard, K.A., Shi, P.Y., and Li, H.Structure and function of flavivirus NS5 methyltransferase. // J Virol.2007.V.81 (8). P. 3891-903.

366. Zhu, B., Ye, J., Lu, P., Jiang, R., Yang, X., Fu, Z.F., Chen, H., and Cao, S.Induction of antigen-specific immune responses in mice by recombinant baculovirus expressing premembrane and envelope proteins of West Nile virus. // Virol J.2012.V.9. P. 132.