Филогенетическая принадлежность штаммов Yersinia pestis основного подвида из природных очагов России и сопредельных государств тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Оглодин, Евгений Геннадьевич

• Оглодин, Евгений Геннадьевич
• кандидат наук
• 2015

Оглавление диссертации кандидат наук Оглодин, Евгений Геннадьевич

СОДЕРЖАНИЕ

Стр.

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Организация генома возбудителя чумы и разнообразие штаммов Yersinia pestis

1.2 Молекулярное типирование штаммов Y. pestis. Полимеразная цепная реакция

с учетом результатов в режиме реального времени (ПЦР-РВ) и ее использование для молекулярно-генетического анализа возбудителя чумы

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава 2 ОБЪЕКТЫ, МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Объекты исследования

2.1.1 Штаммы Y. pestis

2.1.2 Питательные среды

2.2 Анализ биохимических свойств штаммов

2.3 Выделение ДНК

2.4 Постановка полимеразной цепной реакции

2.5 Проведение ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов

2.6 Секвенирование ДНК

2.7 Использованные компьютерные программы

2.8 Статистическая обработка результатов 45 Глава 3 РАЗРАБОТКА СПОСОБА ОПРЕДЕЛЕНИЯ БИОВАРНОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ ШТАММОВ Y. pestis МЕТОДОМ ПЦР С

ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ

3.1 Выбор ДНК мишеней для определения биоваров штаммов Y. pestis основного

подвида методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов

3. 2 Разделение в ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов

типичных и атипичных штаммов средневекового биовара. Определение полной

нуклеотидной последовательности криптической плазмиды pCKF

Глава 4 РАЗРАБОТКА СПОСОБА ОПРЕДЕЛЕНИЯ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ

ШТАММОВ Y.pestis К ОСНОВНЫМ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИМ ЛИНИЯМ

В ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ

РЕЗУЛЬТАТОВ

4.1 Дифференциация в ПЦР штаммов античного биовара филогенетических

линий 0.ANT, 1 .ANT и 2.ANT

4.2 Детекция в ПЦР штаммов Y. pestis античного биовара линии 4.ANT. Определение

полной нуклеотидной последовательности криптической плазмиды рТРЗЗ

4.3 Разработка способа детекции штаммов Y. pestis античного биовара

филогенетической линии 3.ANT

Глава 5 ОПРЕДЕЛЕНИЕ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЧУМЫ ИЗ ПРИРОДНЫХ ОЧАГОВ РОССИИ И НЕКОТОРЫХ СОПРЕДЕЛЬНЫХ СТРАН

5.1 Филогенетическая принадлежность штаммов Y. pestis основного подвида

из природных очагов чумы в России

5.2 Филогенетический анализ штаммов Y. pestis основного подвида, выделенных

в Горно-Алтайском высокогорном очаге в 2012 и 2014 гг

5.3 Анализ штаммов основного подвида из очагов чумы в Монголии

5.4 Филогенетическая принадлежность штаммов Y. pestis основного подвида из высокогорных очагов в Киргизии

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПЕРЕЧЕНЬ СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Филогенетическая принадлежность штаммов Yersinia pestis основного подвида из природных очагов России и сопредельных государств»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследований и состояние проблемы

Чума представляет серьезную проблему для здравоохранения и в XXI веке, постоянно проявляя себя в виде отдельных случаев или вспышек болезни с высоким уровнем летальности. В начале века вспышки и единичные случаи чумы неоднократно регистрировались на о. Мадагаскар, в странах Африки, Юго-Восточной и Центральной Азии, Южной и Северной Америк (Butler, 2009, Куты-рев и др., 2011, World Health Organization, 2014). На территории Российской Федерации в 2013-2014 гг. отмечена высокая эпизоотическая активность части природных очагов Прикаспия и Сибири (Попов и др., 2013, 2014, 2015; Кутырев др., 2014). Кроме того значительную опасность представляет собой возможность использования возбудителя чумы в качестве биологического оружия (Butler, 2009). Выделение природных штаммов Yersinia pestis с множественной лекарственной устойчивостью существенно увеличивает эти риски (Galimand et al., 1997; Guiyoule et al., 2001).

Штаммы возбудителя чумы Y. pestis неодинаковы по вирулентности и эпидемической значимости. Наибольшую опасность представляют собой штаммы основного подвида, обладающие высокой и универсальной вирулентностью и циркулирующие в природных очагах чумы на территории большинства континентов в различных ландшафтно-климатических зонах. Штаммы Y. pestis основного подвида широко распространены и в очагах чумы в России и сопредельных государствах. Они циркулируют в 10 из 11 природных очагов на территории Российской Федерации. В 2013 - 2014 гг. впервые выявлена постоянная циркуляции основного подвида в Горно-Алтайском высокогорном очаге чуме, где ранее выделялись только штаммы неосновного (алтайского) подвида (Балахонов и др., 2013, Попова и др., 2014). В 2014 г. здесь впервые зарегистрирован случай заражения чумой человека. Случаи болезни чумой человека регистрируются и на территориях сопредельных с Россией государств - Монголии, Китая, Киргизии, Казахстана, в природных очагах которых циркулируют, в основном, штаммы основного подвида. Наличие протяженных границ, активные экономические связи и массовая

миграция населения из сопредельных стран создают серьезные предпосылки для заноса эпидемически опасных штаммов основного подвида возбудителя чумы в Российскую Федерацию.

Все эти факты требуют разработки высокоэффективных средств диагностики и идентификации штаммов возбудителя чумы, соответствующих современному уровню развития медико-биологических наук. При этом важным является не только создание диагностических препаратов для быстрой и надежной видоспе-цифической детекции возбудителя чумы, но и разработка способов внутривидовой дифференциации штаммов У. по_ их происхождению, природно-очаговой и географической принадлежности, что важно для определения происхождения вспышечных штаммов и возможных путей заноса и распространения инфекции. Для установления происхождения вновь выделяемых штаммов необходима подробная информация о распространении разных штаммов У. реяШ на различных территориях, об отличительных особенностях штаммов, циркулирующих в отдельных природных очагах. В качестве маркерных признаков лучше использовать генетические особенности штаммов, поскольку генетические признаки отличаются большей стабильностью и надежностью по сравнению с фенотипиче-скими отличиями, варьирующими в зависимости от условий культивирования и качественной характеристики используемых сред. Комплекс накопленных в процессе микроэволюции генетических отличий является молекулярным портретом штамма, который может быть использован для молекулярной идентификации штаммов из различных природных очагов и географических регионов.

В процессе внутривидовой эволюции возбудителя чумы сформировалось несколько филогенетических линий основного подвида, соответствующих трем биоварам этого подвида - античному (Ыоуаг antiqua), средневековому (Ь/у тесИе-уаПБ) и восточному (Ь/у опе^аНв) (Павлова и др., 2012; Одиноков и др. 2013;

& а1., 1950; Ас^тап & а1., 1999; 2004; МогеШ ег а1., 2010; Сш а а1., 2013). Штаммы средневекового биовара относятся к филогенетической линии 2.МЕО. Штаммы этого биовара распространены в основном в зоне Центрально-Азиатской природной очаговости чумы - на территории Российской Федерации, стран Сред-

ней Азии (Казахстан, Узбекистан, Туркмения, Таджикистан), Китая и Монголии. Штаммы средневекового биовара линии 2.MED встречаются также в некоторых регионах Африки.

Штаммы основного подвида восточного биовара относятся к филогенетической линии - 1.0RI. Эта линия появилась относительно недавно в середине 19 века в Гонконге и послужила причиной третьей (текущей) пандемии чумы. Штаммы Y. pestis этой линии получили широкое распространение в Юго-Восточной Азии, США, странах Южной Америки, Африки, выделялись в Европе. В природных очагах России и других стран СНГ эти штаммы отсутствуют.

Наиболее древними из штаммов Y. pestis основного подвида являются штаммы античного биовара. Они отличаются наибольшим генетическим разнообразием и делятся на несколько основных филогенетических линий: O.ANT, 1.ANT, 2.ANT. 3.ANT, 4.ANT. По данным литературы античные штаммы линии 0.ANT выявлены на территории Китая, 1.ANT на Африканском континенте, 2.ANT в Юго-Восточной Азии, 3.ANT в Монголии и Китае, 4.ANT в Монголии (Achtman et al, 1999; 2004; Morelli et al., 2010; Cui et al., 2013).

Филогенетическая принадлежность штаммов Y. pestis из природных очагов России и сопредельных стран остается мало исследованной. Известна в основном биоварная принадлежность этих штаммов. Так установлено, что в 7 из 11 очагов России распространены штаммы средневекового биовара. В двух очагах Сибири - Тувинском горном и Забайкальском степном циркулируют штаммы античного биовара (Павлова и др.. 2012: Куклева JI.M.. 2013; Одиноков и др., 2013; Ерошен-ко и др., 2014). Еще в двух очагах России - Горно-Алтайском высокогорном и Восточно-Кавказском высокогорном выделяются штаммы неосновных подвидов -алтайского и кавказского, соответственно (Онищенко и др., 2004; Каримова, Неронов, 2007). Определение принадлежности штаммов Y. pestis из очагов России и сопредельных стран к определенным филогенетическим линиям является насущной проблемой и необходимо для выявления источника и региона происхождения вновь выделяемых штаммов Y. pestis. Оно имеет и значительный теоретический интерес, поскольку важно для установления основных путей форми-

рования современных границ ареала возбудителя чумы, имевших место в период образования вида У реяНз.

Для выявления филогенетической принадлежности штаммов бактерий используются современные генетические методы, такие как полимеразная цепная реакция, фрагментное и полногеномное секвенирование. Наиболее эффективным из них является полногеномное секвенирование, однако, ограничение применения этого метода связано с высокой стоимостью оборудования и реактивов для его проведения. Менее дорогой и более доступной является технология фраг-ментного секвенирования, которая не требует определения полной нуклеотидной последовательности генома микроорганизма, а лишь отдельных небольших его участков, которые могут варьировать у отдельных внутривидовых популяций. Альтернативой методам секвенирования является технология ПЦР и, в частности, наиболее эффективная ее разновидность - ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов. До сих пор методика ПЦР с учетом результатов в режиме реального времени с успехом использовалась для видоспецифиче-ской детекции возбудителя чумы (Куклев, 2007), но не для молекулярного типи-рования штаммов из различных природных очагов. Для успешного использования этой быстрой и высокоразрешающей методики в целях идентификации штаммов У. реяИБ по их очаговой и географической принадлежности необходимо выявление участков ДНК, маркерных для отдельных филогенетических линий У реяШ. Данные по таким ДНК мишеням и по использованию ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов в реальном времени для молекулярной идентификации штаммов возбудителя чумы в литературе практически не встречаются.

Цель исследования: Разработка способа и определение с его помощью филогенетической принадлежности штаммов возбудителя чумы основного подвида из природных очагов России и сопредельных государств на основе ПЦР с гибри-дизационно-флуоресцентным учетом результатов.

Основные задачи исследования:

1. Выбор ДНК мишеней для определения принадлежности штаммов Y. pestis основного подвида к античному, средневековому и восточному биоварам методом ПНР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов. Расчет праймеров, зондов, оптимизация условий проведения ПЦР.

2. Определение полной нуклеотидной последовательности плазмиды pCKF. Выбор на ее основе ДНК мишени и разработка способа дифференциации типичных и атипичных штаммов средневекового биовара.

3. Разработка способа установления принадлежности штаммов Y. pestis к основным филогенетическим линиям античного биовара O.ANT, 1.ANT и

2.ANT методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов.

4. Определение полной нуклеотидной последовательности плазмиды рТРЗЗ и выбор на ее основе ДНК мишени для детекции в ПЦР штаммов античного биовара филогенетической линии 4.ANT. Выявление маркерной замены единичного нуклеотида для детекции штаммов античного биовара линии

3.ANT методом фрагментного секвенирования.

5. Определение филогенетической принадлежности штаммов Y. pestis основного подвида из природных очагов чумы России и сопредельных государств методами ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов и выявления маркерной замены единичного нуклеотида с помощью фрагментного секвенирования.

Научная новизна работы.

Для дифференциации штаммов Y pestis основного подвида античного, средневекового и восточного биоваров с помощью ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов выбраны ДНК мишени - «Med24» и «glpD», рассчитаны праймеры и зонды в формате TaqMan.

Разработан способ дифференциации типичных и атипичных штаммов средневекового биовара на основе ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов. Проведено определение полной нуклеотидной последовательности

плазмиды pCKF размером 5,4 т.п.н., характерной для атипичных штаммов средневекового биовара из Центрально-Кавказского высокогорного очага чумы, и выполнен ее структурно-функциональный анализ. Показано наличие в составе плазмиды 8 кодирующих последовательностей, связанных с процессами транспорта и секреции и, в частности, с системой секреции IV типа. Участок плазмиды pCKF, богатый Г+Ц парами (координаты 3205-3332 н.), использован для детекции атипичных штаммов средневекового биовара. На разработанный способ дифференциации типичных и атипичных штаммов средневекового биовара методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов подана заявка на изобретение № 2014114712 от 14.04.2014 г., и получено положительное решение о выдаче патента от 02.02.2015 г. Полная последовательность плазмиды pCKF депонирована в базе данных NCBI GenBank с номером доступа КМ112087.

Разработан способ определения принадлежности штаммов Y.pestis к основным филогенетическим линиям античного биовара 0.ANT, 1.ANT и 2.ANT на основе ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов. Выбраны мишени «сшср» и «70», рассчитаны праймеры и зонды в формате TaqMan.

Определена полная нуклеотидная последовательность плазмиды рТРЗЗ размером 33,4 т.п.н., характерной для штаммов Y. pestis из Тувинского горного очага чумы филогенетической линии 4.ANT. Установлено наличие 52 кодирующих последовательностей, большинство из которых идентифицировано как фаговые белки, что свидетельствует о том, что эта плазмида является кольцевым геномом фага. В состав рТРЗЗ также входят гены двухкомпонентной системы белков токсин-антитоксин YoeB/YefM, которая нарушает репликацию ДНК бактерий. Для детекции штаммов линии 4.ANT выбран участок плазмиды с координатами 31533312 н., расположенный в области гена рагА. С использованием ДНК мишени «TUV» разработан способ детекции штаммов линии 4.ANT в ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов.

Впервые разработан способ определения штаммов античного биовара филогенетической линии 3.ANT на основе выявления маркерной замены единичного нуклеотида С—»А в гене YP02499 в позиции 139 от начала гена методом фраг-

ментного секвенирования. На разработанный способ определения филогенетической принадлежности штаммов Y.pestis основного подвида на основе выявления маркерных единичных нуклеотидов методом фрагментного секвенирования подана заявка на изобретение № 2014127788 от 08.07.2014.

С помощью разработанного способа проведен филогенетический анализ штаммов Y. pestis основного подвида из очагов чумы России и сопредельных государств. Показано, что на территории России циркулируют штаммы преимущественно линии 2.MED, а также линии 2.ANT и 4.ANT. В очагах сопредельного государства - Монголии распространены в основном штаммы античного биовара линий 2.ANT, 3.ANT и 4.ANT. Не выявлено штаммов Y. pestis античного биовара древней линии 0.ANT, что свидетельствует против широко распространенного мнения о том, что «сурчиная» (античная) чума произошла в Монголии.

Циркуляция штаммов древней линии 0.ANT установлена в 4-х высокогорных очагах Киргизии - трех Тянь-Шаньских высокогорных очагах - Сарыджаз-ском, Верхненарынском и Аксайском, а также в Алайском высокогорном очаге. Высказано предположение, что древние штаммы античного биовара («сурчиная раса»), возможно, возникли в этих очагах, а их потомки, относящиеся к линиям 2.ANT, 3.ANT и 4.ANT получили впоследствии распространение в Центрально-Азиатской зоне очаговости чумы.

Теоретическая и практическая значимость.

Разработан способ определения биоварной и филогенетической принадлежности штаммов возбудителя чумы на основе ПЦР с учетом результатов в режиме реального времени. С его помощью проведен филогенетический анализ штаммов Y. pestis из всех природных очагов России и части очагов сопредельных государств. Полученные данные пополнят знания по глобальному разнообразию возбудителя чумы, а также по основным путям формирования современных границ вида Y. pestis. Разработанный способ может быть использован для повышения эффективности проводимого эпидемиологического мониторинга природных очагов чумы.

По материалам исследования разработаны методические рекомендации: «Детекция типичных и атипичных штаммов Yersinia pestis средневекового биовара методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов (Утверждены директором РосНИПЧИ «Микроб» 24 июня 2014 г.); «Определение геновариантов штаммов возбудителя чумы методом мультилокусного секвениро-вания» (Утверждены директором РосНИПЧИ «Микроб» 11 сентября 2014 г.). Разработанные методические приемы использованы для проведения молекулярной идентификации штаммов Y pestis основного подвида, выделенных в Горно-Алтайском высокогорном и Прикаспийском песчаном очагах чумы в 2014 г. (Попова и др., 2014).

Основные положения, выносимые на защиту.

1. Разработанные ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов и выбранные ДНК мишени обеспечивают дифференциацию штаммов Yersinia pestis основного подвида по их принадлежности к античному, средневековому и восточному биоварам, а также к основным филогенетическим линиям O.ANT, l.ANT, 2.ANT, 2.MED, l.ORI возбудителя чумы.

2. На основе определения полных нуклеотидных последовательностей плазмид pCKF штаммов Y. pestis из Центрально-Кавказского высокогорного очага чумы и рТРЗЗ - из Тувинского горного очага чумы установлено, что в первой из них содержатся гены системы секреции IV типа, а вторая представлена геномом фага, включающего гены двухкомпонентной системы белков токсин-антитоксин YoeB/YefM. Участки плазмид pCKF и рТРЗЗ использованы для детекции филогенетических линий 2.MED0 и 4.ANT возбудителя чумы в ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов.

3. С применением разработанного способа филогенетического анализа на основе ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов установлено, что очагах Российской Федерации циркулируют штаммы античного биовара линий 2.ANT и 4.ANT, средневекового биовара линий 2.MED и 2.MED0. В очагах Монголии распространены штаммы Y. pestis линий 2.ANT, 3.ANT и 4.ANT, а в четырех высокогорных очагах Киргизии - штаммы древней линии 0.ANT.

Связь работы с научными программами и собственный вклад автора в исследования. Работа выполнена в отделе микробиологии ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора в рамках плановых научно-исследовательских тем: «Создание системы молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis» 20092013 гг. (шифр темы 42-3-09, № гос. регистрации 0120.0853926), «Комплексный эколого-эволюционный анализ штаммов Yersinia pestis из природных очагов Российской Федерации и сопредельных стран» 2014-2016 гг. (шифр темы 50-3-14, № гос. регистрации 0120.1450347). Личный вклад автора состоит в непосредственном участии в получении и обработке экспериментальных данных. Лично автором проведен анализ литературы, выполнены исследования по выбору оптимальных ДНК мишеней для определения биоварной принадлежности штаммов Y pestis, а также поиск и выявление ДНК мишеней для установления их филогенетической принадлежности, по разработке способа филогенетического анализа на основе ПЦР с регистрацией результатов в режиме реального времени и выявления маркерной замены единичного нуклеотида с помощью фрагментного секвениро-вания, по установлению филогенетической принадлежности штаммов возбудителя чумы из природных очагов России и части очагов сопредельных стран. Совместно с сотрудниками лаборатории геномного и протеомного анализа ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» проведено определение полной нуклеотидной последовательности двух криптических плазмид pCKF и рТРЗЗ из штаммов возбудителя чумы, и лично автором выполнен структурно-функциональный анализ этих плазмид с использованием ресурсов международных баз данных.

Апробация работы. Материалы работы представлены на научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2014», - Москва 18-20 марта 2014 г.; на VI Всероссийской научно-практической конференция молодых ученых и специалистов Роспотребнадзора «Актуальные проблемы эпидемиологии и профилактической медицины», - Ставрополь, 22-24 октября, 2014 г.; XI всероссийской научно-практической конференции на тему: «Актуальные вопросы клиники, диагностики и лечения в многопрофильном лечебном учреждении», - Киров, 22-23 мая 2014г.; на VII ежегодном

Всероссийском конгрессе по инфекционным болезням, Москва, 30 марта-1 апреля 2015 г.; на итоговых конференциях РосНИПЧИ «Микроб» 2014, 2015 г.

Публикации.

По теме диссертации опубликовано 7 печатных работ, из них 3 - в периодических изданиях из «Перечня ведущих рецензируемых научных журналов, рекомендованных ВАК Министерства образования и науки России.

Структура и объем диссертации.

Диссертация представлена на 127 страницах текста, состоит из введения, главы обзора литературы, четырех глав собственных исследований (в том числе, одной главы с описанием материалов и методов), заключения и выводов. Работа иллюстрирована 13 таблицами и 13 рисунками. Библиографический указатель содержит 168 отечественных и зарубежных источников.

ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Организация генома возбудителя чумы и разнообразие штаммов К pestis

Y. pestis является этиологическим агентом особо опасной инфекционной болезни - чумы, которая может протекать в виде бубонной септической и легочной форм. Ежегодно в мире регистрируется около 2000 случаев чумы, при этом летальность наиболее опасной легочной формы чумы в случае отсутствия ее лечения, достигает 90% (WHO. Plague, 2010; 2014).

Возбудитель чумы Y. pestis произошел от предшественника возбудителя псевдотуберкулеза Yersinia pseudotuberculosis относительно недавно - от нескольких тысяч до нескольких десятков тысяч лет назад (Куклева и др., 2002; Кутырев и др., 2009; Achtman et al., 1998; Parkhill et al., 2001 Brubaker, 2003; Achtman et al., 2004; Chain et al., 2004). На основе сравнения полногеномных последовательностей штаммов Y. pestis и Y. pseudotuberculosis показано совпадение у них нуклеотидных последовательностей генов-гомологов на 97-99%, а гена 16S рРНК - на 100% (Chain, 2004, Garcia, 2008). Тем не менее, эти возбудители вызывают разные заболевания. Y. pestis вызывает особо опасную системную болезнь преимущественно с трансмиссивным путем передачи через укус насекомого - переносчика блохи. В отличие от него Y. pseudotuberculosis, как и другой эволюционно удаленный вид Yersinia enterocolitica, вызывает гастроэнтериты различной степени тяжести с фекально-оральным путем передачи инфекции (Wren, 2003, Brubaker, 2004).

С внедрением в практику микробиологических исследований метода полногеномного секвенирования существенный прогресс достигнут в области изучения организации и эволюции геномов возбудителей опасных инфекций. В настоящее время в базе данных NCBI GenBank доступны для анализа завершенные полные геномы 24 штаммов возбудителя чумы и еще более 200 полногеномных последовательностей, не собранных в кольцевые геномы, и эти данные постоянно обновляются. На их основе установлено, что геном Y. pestis состоит из кольцевой хромосомной ДНК (состав Г+Ц пар равен 47,6%) размером около 4,65 м.п.н., включающей около 4200 генов, и трех плазмид: pCad (pYV, pCDl) -

плазмида кальцийзависимости, pFra (pMTl) - фракционная плазмида и pPst (pPCPl) - плазмида пестициногенности (Попов и др., 1980; Проценко и др., 1983; Кутырев и др., 1986; 1992; Попов, 1991; 1992; Hinnebusch et al., 1998; 2002; Perry, 2003). Плазмида кальцийзависимости pCad является родоспецифич-ной и присутствует в геноме у всех трех видов патогенных иерсиний - Y. pestis, Y. pseudotuberculosis и Y. enterocolitica. Однако установлено, что возбудителем кишечного иерситниоза Y. enterocolitica плазмида pCad была приобретена независимо от Y. pseudotuberculosis и его потомка - Y. pestis. Данные полногеномного секвенирования свидетельствуют о том, что у патогенных иерсиний не было недавнего общего предка, и что они эволюционировали независимо друг от друга параллельными путями, приобретая одни и те же детерминанты патоген-ности. Это касается, прежде всего, плазмиды pCad и локуса адгезии-инвазии ail (Reuter et al., 2014). Размер плазмиды кальцийзависимости у возбудителя чумы составляет около 70,3 т.п.н., состав Г+Ц пар равен 44,8%. Она содержит 97 кодирующих последовательностей. Наличие этой плазмиды является обязательным условием вирулентности штаммов Y. pestis. В случае потери pCad штаммы Y. pestis теряют свою вирулентность.

Две плазмиды - pFra и pPst являются видоспецифическими. Плазмида pFra имеет размер около 92,2 т.п.н. и содержит 103 кодирующие последовательности. Ее Г+Ц состав равен 50,2%. Размер плазмиды pPst составляет около 9,6 т.п.н., а содержание Г+Ц равно 45,3%. Она включает 9 кодирующих последовательностей. Ген caf плазмиды pFra' и ген pla плазмиды pPst часто используют для видоспецифической детекции возбудителя в качестве ДНК мишеней в ПЦР с электрофоретическим и гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов (Куклев, 2007). В РосНИПЧИ «Микроб» производится ряд ПЦР тест систем для детекции возбудителя чумы с использованием последовательностей генов плазмид pFra и pPst.

Помимо трех резидентных плазмид в геномах различных штаммов Y. pestis встречаются другие плазмиды, часть из которых является рекомбинантами этих резидентных внехромосомных репликонов, а часть новыми плазмидами,

присутствующими у штаммов Y. pestis из отдельных географических районов. Димер плазмиды pPst размером около 19,5 т.п.н. выявлен у штаммов Y. pestis на западе США (Chu et al., 1998). Обнаружены другие рекомбинационные, муль-тимерические и делеционные производные трех классических плазмид возбудителя чумы (Филиппов и др., 1992; Балахонов, 2000; Filippov et al., 1990). У некоторых штаммов Y. pestis, выделенных на о. Мадагаскар, обнаружены плазмиды р1Р1202 и р1Р1203 с генами множественной лекарственной устойчивости к антибиотикам (Galimand et al., 1997; Guiyoule et al., 2001).

Криптическая плазмида pYC размером 6 т.п.н. обнаружена в геноме штаммов, выделенных в Китае (Dong et al., 2000). Плазмида pYC содержит 12 кодирующих последовательностей, включая ген белка инициации репликации и гены, участвуют в поддержании стабильности ДНК.

Криптическая плазмида размером около 33 т.п.н. включена в геном штаммов Y. pestis из Тувинского горного очага чумы в России (Балахонов и др., 2013). Еще одна криптическая плазмида pCRY размером около 22 т.п.н. присутствует в геноме штамма Y. pestis 91001, относящегося к штаммам microtus из очагов Китая (Song et al., 2004). Состав Г+Ц пар у нее равен 49,1% и немного отличается от нуклеотидного состава трех резидентных плазмид возбудителя чумы. В состав pCRY входят 30 кодирующих последовательностей, в том числе ген герА белка репликации, ген рог А (разделение реплицированных плазмид), а также кластер генов vir системы секреции IV типа. СС4Т является важным фактором вирулентности, необходимым для секреции эффекторных белков в клетки макроорганизма. Установлено, что на территории Китая плазмида pCRY имеет ограниченное распространение, поскольку из 257 выделенных здесь штаммов она присутствует только у 11 (Song et al., 2004).

Еще одна криптическапя плазмида выявлена ранее у атипичных штаммов средневекового биовара, выделенных на территории Центрально-Кавказского высокогорного очага чумы в России. Эти атипичные штаммы отличаются от других штаммов этого биовара, широко распространенных в очагах России, стран СНГ и сопредельных стран, сниженной вирулентностью, наличием уни-

кальной зависимости от аминокислоты пролина и присутствием дополнительной плазмиды массой около ЗМДа (Проценко и др., 1987; Жаринова и др., 2004). Как установлено недавно по данным полногеномного секвенирования, эти штаммы являются наиболее древними из всех известных штаммов средневекового биовара (Одиноков и др., 2013). Их древность подтверждает распространенное ранее мнение о том, что вторая пандемия чумы «Черная смерть», в 13-14 веке поразившая Европу, началась именно в регионе Кавказа и Прика-спия.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Оглодин, Евгений Геннадьевич, 2015 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Адъяасурэн, Э. Современная ситуация в природных очагах чумы Монголии / Э. Адъяасурэн, Д. Цэрэнноров, Ж. Мягмар, Ц. Ганхуяг, Д. Отгонбаяр, Ц. Баяр, Д.Б. Вержуцкий, Д. Ганболд, C.B. Балахонов // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. - 2014.-Т.25. - С. 22-25.

2. Афанасьев, М.В. Разработка и использование ПЦР-системы в режиме реального времени для детекции Yersinia pestis в полевом материале / М.В. Афанасьев, Е.В. Чипанин, В.Е. Шестаков, A.B. Денисов, Л.А. Фомина, A.C. Остяк, C.B. Балахонов // Клин. лаб. диагн.- 2013.-№3. - С.38-43.

3. Афанасьев, М.В. Разработка и использование ПЦР-системы в режиме реального времени для детекции Yersinia pestis в полевом материале / М. В. Афанасьев, Е. В. Чипанин, В. Е. Шестаков // Клин. лаб. диагн - 2013 - №3-С. 38-40.

4. Балахонов, C.B. Геномные маркеры возбудителей чумы, псевдотуберкулеза, холеры, бруцеллеза (эпидемиологическое и диагностическое значение). Дис. ... доктора медицинских наук / C.B. Балахонов // Иркутск, 2000. -263с.

5. Балахонов, C.B. Первый случай выделения Yersinia pestis subsp. pestis в Алтайском горном природном очаге чумы. Сообщение I. Микробиологическая характеристика, молекулярно-генетическая и масс-спектрометрическая идентификация изолята / C.B. Балахонов, М.В. Афанасьев, М.Ю. Шесто-палов, A.C. Остяк, С.А. Витязева, В.М. Корзун, Д.Б. Вержуцкий и др. // Проблемы особо опасных инфекций. - 2013. - №1. - С. 12-16.

6. Балахонов, C.B. Первый случай выделения Yersinia pestis subsp. pestis в Алтайском горном природном очаге чумы. Сообщение 2. Вероятные пути и механизмы заноса возбудителя чумы основного подвида на территорию очага / C.B. Балахонов, В.М. Корзун, Д.Б. Вержуцкий, Е.П. Михайлов, E.H. Рождественский, A.B. Денисов //Проблемы особо опасных инфекций.-2013.-№2.-С. 5-10.

7. Балахонов, C.B. Современное состояние природных очагов чумы Сибири / С.В. Балахонов, Д.Б. Вержуцкий, В.М. Корзун, Е.А. Вершинин, JI.C. Немченко, Е.В. Чипанин, М.Ю. Шестопалов, Т.И. Иннокентьева, А.Ф. Попков, Е.П. Михайлов, JI.M. Ооржак, З.П. Вахрушева, В.А. Агапов // Журнал инфекционной патологии. - 2009. - №16 (3). - С. 16-20.

8. Балахонов, С.В. Эпидемиологическая оценка современного состояния природных очагов чумы в Сибири / С.В. Балахонов, Д.Б. Вержуцкий, Т.И. Иннокентьева // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2010. - №2 - С. 3437.

9. Бобров, А.Г. Распространённость IS285 и IS 100 в геномах Yersinia pestis и Yersinia pseudotuberculosis / А.Г. Бобров, A.A. Филиппов // Мол.ген., мик-робиол., вирусол.- 1997. - №2.- С.36-40.

Ю.Видяева, H.A. Формирование биопленки штаммами Yersinia pestis основного и неосновных подвидов и Yersinia pseudotuberculosis на модели Саепо-rhabditis elegans / Видяева H.A., Г.А. Ерошенко, Н.Ю. Шавина и др. // Пробл. особо опасн. инф - 2009. - №1. - С. 32-34.

11.Видяева, H.A. Образование биопленок у штаммов Yersinia pestis, выделенных в Астраханской области / H.A. Видяева, Г.А. Ерошенко, JI.M. Куклева, Н.Ю. Шавина, О.С. Кузнецов, В.В. Кутырев // ЖМЭИ.- 2010.- N.4 -С.3-7.

12.Голубинский, Е.П. О чуме в Сибири / Е.П. Голубинский, И.Ф. Жовтый, Л.Б. Лемешева // И: Иркутск, 1987. - 243 с.

1 З.Горшков, О.В. Генотипирование штаммов Yersinia pestis из различных природных очагов / О.В. Горшков, Е.П. Савостина, Ю.А. Попов, О.П. Плотников, H.A. Виноградова, Н.С. Солодовников // Молекул, генетика, микро-биол. и вирусол. - 2000. - №3- С. 12-17.

14.Домарадский, И.В. Чума / И.В. Домарадский // М.:Медицина. - 1998. -176с.

15.Ерошенко, Г.А. Генетические основы вариабельности признака редукции нитратов у штаммов Yersinia pestis / Г.А. Ерошенко, Г.Н. Одиноков, Л.М.

Куклева, Н.Ю. Шавина, Н.П. Гусева, В.В. Кутырев // Генетика. - 2014-Т.50.- №5. - С.453^160.

16.Ерошенко, Г.А. Стандартный алгоритм молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis / Г.А. Ерошенко, Г.Н. Одиноков, Л.М.Куклева, А.И. Павлова, Я.М. Краснов, Н.Ю. Шавина, Н.П. Гусева, H.A. Виноградова, В.В. Кутырев // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол- 2012 - №3. - С. 25-35.

17.Ерошенко, Г.А. Генотипирование штаммов Yersinia pestis на основе вариабельности генов биосинтеза рРНК / Г.А. Ерошенко, А.И. Павлова, Л.М. Куклева, Н.Ю. Шавина, В.В. Кутырев // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол - 2007- №3. - С6-10.

18.Жаринова, Н.В. Свойства штаммов чумного микроба, циркулирующих в Центрально-Кавказском высокогорном природном очаге чумы / Н.В. Жа-ринова, Г.Д. Брюханова, Е.И. Еременко и др. // Актуальные проблемы эпидемиологии и профилактики инфекционных болезней. - 2004. - № 2. - С. 14-16.

19.Каримова, Т.Ю. Природные очаги Палеоарктики / Т.Ю. Каримова, В.М. Неронов // М.: Наука. - 2007. - 199 с.

20.Коннов Н.П. Феномен образования биопленок Yersinia pestis в организме блох / Н.П. Коннов, Н.В. Попов, Л.Н. Величко, Т.В. Князева // Паразитология. -2009.-Т.43,№4 - С. 330-337.

21.Куклев В. Е. Конструирование тест-систем для выявления ДНК возбудителей чумы, туляремии и сибирской язвы методом мультилокусной ПЦР : автореферат дис. ... кандидата медицинских наук: 03.00.07, 03.00.15/ Куклев Василий Евгеньевич. - Рос. науч-исслед. противочум. ин-т "Микроб" МЗ РФ - Саратов, 2007. - 23 с.

22.Лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней. Практическое руководство / Под ред. Г.Г Онищенко, В.В. Кутырева // М.: «Шико». - 2013. -556с.

23.Корзун, B.M. Динамика эпизоотической активности и численности населения монгольской пищухи в Горно-Алтайском природном очаге чумы / В.М. Корзун, Е.В. Чипанин, Т.И. Иннокентьева, Е.П. Михайлов, А.В. Денисов // Проблемы особо опасных инфекций - 2010 - №4.-С. 13-18.

24.Куклева, JI.M. Сравнение полной нуклеотидной последовательности гена rhaS у штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов / JI.M. Куклева, Г.А. Ерошенко, В.Е. Куклев, Я.М. Краснов, Н.П. Гусева, Г.Н. Одиноков, В.В. Кутырев // Проблемы особо опасных инфекций - 2008. -№3.-С. 38-42.

25.Куклева, J1.M. Сравнительный анализ распределения псевдогенов в геноме штаммов основного и неосновных подвидов возбудителя чумы / JI.M. Куклева, Г.А. Ерошенко, Н.Ю. Шавина // Молекул, генетика, микробиол. и вирусол. - 2008. - № 2. - С. 32-36.

26.Куклева, JI.M. Сравнительная характеристика биохимических свойств штаммов разных подвидов Yersinia pestis и штаммов Yersinia pseudotuberculosis / JI.M. Куклева, И.А. Кузьмиченко, О.А. Проценко // Проблемы особо опасных инфекций - 2001. - №5 - С. 105 - 110.

27.Куклева, JI.M. Современные представления о родстве возбудителей чумы и псевдотуберкулеза / JI.M. Куклева, О.А. Проценко, В.В. Кутырев // Молекул. генет., микробиол. и вирусол.// 2002. - №1 - С.3-7.

28.Куклева, JI.M. Фенотипические и молекулярно-генетические особенности штаммов Yersinia pestis из Забайкальского степного очага чумы / JI.M. Куклева, Н.Ю. Шавина, Н.А. Виноградова, Н.Ю. Носов, Г.А. Ерошенко, Н.П. Гусева, В.В. Кутырев // Проблемы особо опасных инфекций - 2013-№3 - С.44-48.

29.Кутырев, В.В. Генетический анализ факторов вирулентности возбудителя чумы. / Дис. ... докт. мед. наук. - Саратов, 1992. - 332 с.

30.Кутырев, В.В. Молекулярные механизмы взаимодействия возбудителя чумы с беспозвоночными животными /В.В. Кутырев, Г.А. Ерошенко, Н.В.

Попов, H.A. Видяева, Н.П. Коннов // Молекул, генет., микробиол. и виру-сол. 2009.-№4.-С. 7-12.

31.Кутырев, В.В. Возбудитель чумы ультраструктура и локализация в переносчике / В.В. Кутырев, Н.П. Коннов, Ю.П. Волков. Под ред. В.В. Кутыре-ва // М.: Медицина. 2007.- 224 с.

32.Кутырев, В.В. Совершенствование типизации природных очагов чумы на основе эколого-генетического анализа Yersinia pestis / В.В. Кутырев, H.B. Попов, Г.А. Ерошенко, Т.Б. Караваева // ЖМЭИ. - 2013.- №5.- С. 107-111.

33.Кутырев, В.В. Чума на о. Мадагаскар / В.В. Кутырев, Н.В. Попов, Г.А. Ерошенко, Т.К. Меркулова // Проблемы особо опасных инфекций. - 2011. -Вып. 2(108). С. 5-11

34.Кутырев, В.В. Плазмиды патогенности чумного микроба / В.В. Кутырев, Ю.А. Попов, O.A. Проценко // Мол.генет., микробиол., вирусол. -1986. -№6.-С. 3-11.

35.Кутырев, В.В. О случае выявления заболевания чумой человека в ГорноАлтайском высокогорном природном очаге в 2014 г. Сообщение 1. Эпидемиологические и эпизоотологические особенности проявлений чумы в Горно-Алтайском высокогорном (Сайлюгемском) природном очаге чумы / В.В. Кутырев, А.Ю. Попова, Е.Б. Ежлова, Ю.В. Демина, Н.Д. Пакскина, J1.B. Щучинов, Е.П. Михайлов и др. // Проблемы особо опасных инфекций - 2014 - №4. - С.9-16.

36.Кутырев, В.В., Классификация и молекулярно-генетические исследования Yersinia pestis /В.В. Кутырев, O.A. Проценко // Проблемы особо опасных инфекций - 1998. - С. 11-12

37.Кутырев, В.В. Генодиагностика и молекулярное типирование возбудителей чумы, холеры и сибирской язвы /В.В. Кутырев, Н.И. Смирнова // Молекул, генет., микробиол. и вирусол. - 2003 - №1. - С. 6 - 14.

38.Кутырев, В.В. Генетическое разнообразие и эволюция геномов возбудителей особо опасных инфекций чумы, холеры и сибирской язвы: настоящее и

будущее / B.B. Кутырев, Н.И. Смирнова // Биотехнология: состояние и перспективы развития. - М., 2005. - Ч. 1. - С. 17.

39.Маниатис, Т. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование / Т. Маниатис, Э. Фрич, Д. Сэмбрук // М.:Мир. -1984. - 479 с.

40. МУ 1.3.2569-09 «Организация работ лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности»

41.Никитин, А.Я. Эпизоотологическая характеристика природных очагов чумы Монголии в связи с разработкой мер защиты от завоза и распространения инфекции на территории России / А.Я. Никитин, A.C. Марамович, С.А. Косилко, Т.И. Иннокентьева, Л.П. Базанова, C.B. Балахонов, Г.А. Воронова, Л.П. Окунев // Проблемы особо опасных инфекций - 2007 - № 2 - С. 28-33.

42,Одиноков, Г.Н. Структурно-функциональный анализ генов пар оперона у Yersinia pestis разных подвидов / Г.Н. Одиноков, Г.А. Ерошенко, H.A. Ви-дяева, Я.М. Краснов, Н.П. Гусева, В.В. Кутырев // Проблемы особо опасных инфекций - 2008. - №4 (98). - С. 12 - 16.

43.Одиноков, Г.Н. Анализ полногеномной последовательности штаммов Yersinia pestis на основе ступенчатого 680-SNP алгоритма / Г.Н. Одиноков, Г.А. Ерошенко, Я.М. Краснов, Л.М. Куклева, A.B. Черкасов, Н.Ю. Шавина, В.В. Кутырев // Проблемы особо опасных инфекций -2013- Вып. 3- С. 4954.

44.Одиноков, Г.Н. Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного подвида средневекового и античного биоваров методом полиме-разной цепной реакции / Г.Н. Одиноков, А.И. Павлова, Г.А. Ерошенко, В.В. Кутырев//Патент на изобретение N2496882 опубл. 27.10.2013 г. бюл.ШО.

45.0нищенко, Г.Г. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири / Г.Г. Онищенко, Ю.М. Федоров, В.В. Кутырев и др. Под редакцией Г.Г. Онищенко, В.В. Кутырева// М.: Медицина. - 2004. - 192 с.

46.0стерман, JI. А. Методы исследования белков и нуклеиновых кислот. Электрофорез и ультра-центрифугирование / Л. А. Остерман // М.: Мир, 1981. — 120 с.

47.Павлова, А.И. Анализ генетической изменчивости штаммов Yersinia pestis средневекового биовара из природных очагов чумы России и Монголии /

A.Й. Павлова, Г.Н. Одиноков, Л.М. Куклева, Н.Ю. Шавина, Я.М. Краснов, Г.А. Ерошенко, В.В. Кутырев // Проблемы особо опасных инфекций - 2012. -№4(114). - С.49-53.

48.Платонов, М. Е. Молекулярное типирование Yersinia pestis / М. Е. Платонов, В. В. Евсеева, С. В. Дентовская, А. П. Анисимов // Мол. генет. микро-биол. и вирусол - 2013.-№2 - С. 3-12.

49.Попов, Н.В. Эпизоотическая активность природных очагов чумы Российской Федерации в 2014 г. и прогноз на 2015 г. / Н.В. Попов, В.Е. Без-смертный, А.Н. Матросов, Т.В. Князева, A.A. Кузнецов, Ю.М. Федоров,

B.П. Попов и др. // Проблемы особо опасных инфекций. - 2015 - №1- С. 512.

50.Попов, Н.В. Влияние современного изменения климата на состояние природных очагов чумы России и других стран СНГ / Н.В. Попов, В.Е. Без-смертный, А.И. Удовиков, A.A. Кузнецов, A.A. Слудский, А.Н. Матросов, Т.В. Князева и др. // Проблемы особо опасных инфекций. - 2013 - №3-

C.23-28.

51.Попов, Н.В. Эпизоотическая активность природных очагов чумы Российской Федерации в 2013 г. и прогноз на 2014 г. / Н.В. Попов, В.Е. Без-смертный, В.П. Топорков, A.B. Матросов, Т.В. Князева, A.A. Кузнецов, В.П. Попов и др. //Проблемы особо опасных инфекций. - 2014 - №2 - С. 13-18.

52.Попов, Н.В. К роли нематод [Secernentae, Rhabdidae] - паразитов блох в энзоотии чумы / Н.В. Попов, A.A. Слудский, А.И. Удовиков и др. // Энтомол. и паразитол. исследования в Поволжье. - 2006 - № 5. - С.88-93.

53.Попов, H.B. Роль биопленок Yersinia pestis в механизме энзоотий чумы / Н.В. Попов, A.A. Слудский, А.И. Удовиков и др. // Журн. микробиол., эпи-демиол. иммунол. - 2008. - №4. - С.118-120.

54.Попов, Ю.А. Анализ геномного полиморфизма типовых и атипичных штаммов возбудителя чумы с использованием полимеразной цепной реакции с универсальными праймерами / Ю.А. Попов, Е.П. Савостина, Т.Н. Каштанова, Ю.И. Яшечкин // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология - 2004.- №1.- С.22-26

55.Попов, Ю.А. Конструирование и использование ДНК зондов на представителях рода Yersinia / Ю.А. Попов // Генетика, микробиол. и совершенствование методов лаб. диагностики особо опасн. инф - Саратов, 1991. - С. 313.

56.Попов, Ю.А. Структурная и функциональная организация плазмид и генно-инженерные разработки на этой модели : Дис...докт.биол.наук / Попов Юрий Алексеевич / Саратов, 1991- 248 с.

57.Попов, Ю.А. Разработка комплексного алгоритма генотипирования и методов генетического разнообразия природных штаммов возбудителей чумы и холеры / Ю.А. Попов, Г.А. Ерошенко, Е.Г. Булгакова, Н.И. Смирнова // Проблемы особо опасных инфекций. - 2009. - №4 (102).- С. 5-10.

58.Попов, Ю.А. Обнаружение плазмид пестициногенности чумного микроба методом электрофореза в агарозном геле / Ю.А. Попов, O.A. Проценко, П.И. Анисимов, A.M. Кокушкин, О.Т. Можаров // Профилактика особо опасных инфекций. - Саратов. - 1980 - С.20-25.

59.Попов, Ю.А. Генотипирование штаммов Yersinia pestis из различных природных очагов чумы / Ю.А. Попов, О.В. Горшков, Е.П. Савостина и др. // Молекул, генетика, микробиология и вирусология. - 2000. - №3. - С. 12 — 17.

60.Проценко, O.A. Выявление и характеристика плазмид чумного микроба, детерминирующих синтез пестицина I, антигена фракция I и экзотоксина «мышиного» токсина / O.A. Проценко, П.И. Анисимов, О.Т. Можаров,

Н.П. Коннов, A.M. Кокушкин // Генетика. - 1983. - Т. 19, №7. - С. 1081 -1090.

61.Проценко, C.JI. Выявление новой плазмиды у пролинзависимых штаммов возбудителя чумы из Центрально-Кавказского природного очага и гетерогенность циркулирующих в нем штаммов по плазмидному составу / C.JI. Проценко, Т.В. Сердюкова, Г.Н. Розанова // Особо опасные инфекции на Кавказе. -1987. - С. 265-267.

62.Савостина, Е.П. Геномный полиморфизм штаммов основного подвида возбудителя чумы / Е.П. Савостина, Ю.А. Попов // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология - 2009. - №4. - С. 23 - 26.

63.Смирнова, Н.И. Сравнительный анализ молекуярно-генетических особенностей геномов и их эволюционных преобразований у возбудителей холеры, чумы и сибирской язвы / Н.И. Смирнова, В.В. Кутырев // Молекул, ге-нет., микр'обиол. и вирусол. - 2006. - №2. - С. 9 - 19.

64.Сучков И.Ю. Мультилокусный VNTR анализ в изучении популяционной структуры Yersinia pestis в природных очагах / И.Ю. Сучков, A.C. Водопьянов, С.О. Водопьянов, М.В. Шишняну, Б.Н. Мишанькин // Мол. генет., микробиол. и вирусол. - 2004. - №4. - С. 19-23.

65.Тимофеева, JI.A. О таксономии чумного микроба / JI.A. Тимофеева // Проблемы особо опасных инфекций. - 1972. - №1(23).- С. 15 - 22.

66.Филиппов, A.A. Изучение плазмидного состава штаммов возбудителя чумы из различных природных очагов / A.A. Филиппов, Н.С. Солодовников, Л.М. Куклева, O.A. Проценко // ЖМЭИ. - 1992. - №3. - С. 10 - 13.

67.Цэрэнноров, Д. Современная ситуация по чуме в Монголии (2004-2013) / Д. Цэрэнноров, Д. Оттонбаяр, Д. Ганболд, Ц. Ганхуяг, М. Нямсурэн // Материалы юбил. Междунар. науч.-практич. конф. Уральской противочумной станции 1914-2014. - Уральск. - 2014. - С. 265-267.

68.Черкасский, Б. Л. Инфекционные и паразитарные болезни человека / Б. Л. Черкасский //М.: Медицинская газета. - 1994. - 617с.

69.Achtman, M. Insights from genomic comparisons of genetically monomorphic bacterial pathogens / M. Achtman // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sei. -2012. - V. 19; 367(1590). - P.860-867.

70.Achtman, M. Microevolution and history of the plague bacillus, Yersinia pestis / M. Achtman, G. Morelli, P. Zhu et al. // Proc. Natl. Acad. Sci.USA. - 2004.- N 101.-P~1 7837-17842.

71. Achtman, M. Yersinia pestis, the cause of plague, is a recently emerged clone of Yersinia pseudotuberculosis / M. Achtman, K. Zurth, G. Morelli, G. Torrea, A. Guiyoule, E. Carniel // Proc Natl Acad Sei USA.- 1999.- V. 96 (24).- P. 14043 -14048.

72. Adair, D.M. Diversity in a variable number tandem repeat from Yersinia pestis / D.M. Adair, P.L. Worsham, K.K. Hill, A.M. Klevytska, P.J. Jackson, A.M.Friedlander, P. Keim // J.Clin.Microbiol.- 2000. - V.38. - P. 1516-1519.

73.Amoako, K.K. Development of multitarget real-time PCR for the rapid, specific, and sensitive detection of Yersinia pestis in milk and ground beef / K.K. Amoako, N. Goji, T. Macmillan, K.B. Said, S. Druhan, E. Tanaka, E.G. Thomas // J. Food Prot.- 2010.- V.73(l).- P. 18-25.

74.Aziz, R.K. The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology. / R.K. Aziz, D. Bartels, A.A. Best, M. DeJongh, T. Disz, R.A. Edwards, K. Formsma, S. Gerdes, E.M. Glass, M. Kubal, F. Meyer, G.J. Olsen, R. Olson, A.L. Osterman, R.A. Overbeek, L.K. McNeil, D. Paarmann, T. Paczian, B. Parrello, G.D. Pusch, C. Reich, R. Stevens, O. Vassieva, V. Vonstein, A. Wilke, O. Zag-nitko // BMC Genomics. - 2008. - V9:75.

75.Bobrov, A.G. Insight into Yersinia pestis biofilm development: topology and co-interaction of Hms inner membrane proteins involved in exopolisaccharide production / A.G. Bobrov, O.A. Kirillina, S. Forman et al // Environ, microbiol-2008.-V.10, N6.-P.1419- 1432.

76.Brubaker, R.R. The recent emergence of plague: a process of felonious evolution / R.R. Brubaker // Microbial ecology. - 2004. - V.47. - P.293 - 299.

77.Butler, T. Plague into the 21st century / T. Butler // CID. - 2009. -V.49. -P.736-742.

78.Chain, P.S. Insights into the evolution of Yersinia pestis through whole genome comparison with Yersinia pseudotuberculosis / P.S. Chain, E. Carniel, F.W.Larimer et al II Proc.Natl.Acad.Sci.USA.- 2004.- V. 191, N38. - P. 13826-

"13831. ~ " ~ ~

79.Chain, P.S. Complete genome sequence of Yersinia pestis strain Antiqua and Ne-pal516: evidence of gene reduction in an emerging pathogen / P.S. Chain, P. Hu, S. A. Malfatti et al // J. Bacteriol. - 2006. - V. 188, N 12. - P. 4453 - 4463.

80.Christie, PJ. Biogenesis, architecture, and function of bacterial type IV secretion systems / P.J. Christie, K. Atmakuri, V. Krishnamoorthy et al // Annu. Rev. Microbiol. - 2005.-V.59.-P.451-485.

81.Chu, M.C. A cryptic 19-kilobase plasmid associated with U.S. isolates of Yersinia pestis: a dimer of the 9.5-kilobase plasmid / M.C. Chu, X.Q. Dong, X. Zhou, C.F. Garon // Am. J. Trop. Med. Hyg. -1998.- V.59.- P .679-686.

82.Cornelis, G.R. The virulence plasmid of Yersinia, an antihost genome / G.R. Cornells, A. Boland, A.P. Boyd et al. II Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 1998. - V. 62, N4.-P. 1315-1352.

83.Cui, Y. Insight into microevolution of Yersinia pestis by clustered regularly interspaced palindromic repeats / Y. Cui, Y. Li, O. Gorge et al II PLoS ONE. - 2008. -V.3 (7). - e2652.

84.Cui, Y. Historical variation in mutational rate in an epidemic pathogen Yersinia pestis / Y. Cui, C. Yu, Y. Yan et al // PNAS. -2013. - V.l 10.N2. - P. 577-582.

85.Deng, W. Genome sequence of Yersinia pestis KIM / W. Deng, V. Burland, G. Plunkett et al II J. Bacteriol. - 2002. - V.l84 - P. 4601 - 4611

86.Devignat, R. Variétés de l'espèce Pasteurella pestis / R. Devignat // Bull. WHO. -1951. - V.4. -P. 247-263.

87.Dong, X.Q. Complete DNA sequence and analysis of an emerging cryptic plasmid isolated from Yersinia pestis / X.Q. Dong, L.E. Lindler, M. C. Chu // Plasmid. - 2000. -V.43. - P.144-148.

88.Drancourt, M. Detection of 400-year-old Yersinia pestis DNA in human dental pulp: an approach to the diagnosis of ancient septicemia / M. Drancourt, G. Abuadharam, M. Signoli et al // Proc.Nat, Acad. Sei. USA - 1998. - V.95. -P. 12637-12640.

89.Eppinger, M. Draft genome sequences of Yersinia pestis isolates from natural foci of endemic plague in China / M. Eppinger, Z. Guo, T. Sebastian, Y. Song, L.E. Lindler, R. Yang, J. Ravel // J. Bacteril. - 2009. - V. 191. - P. 7628 - 7629.

90. Eppinger, M. Genome sequence of the deep-rooted Yersinia pestis strain Angola reveals new insights into the evolution and pangenome of the plague bacterium / M. Eppinger, P.L. Worsham, M.P. Nikolich et al // J. Bacteriol. - 2010. - V.192, N6.-P. 1685- 1699.

91.Fetherston, J.D. The pigmentation locus of Yersinia pestis KIM6+ is flanked by an insertion sequence and includes the structural genes for pesticin sensitivity and HMWP2 / J.D. Fetherston, R.D. Perry // Mol. Microbiol. - 1994. - V. 13, N4. - P. 697-708.

92.Fetherston, J.D. The yersiniabactin transport system is critical for the pathogenesis of bubonic and pneumonic plague / J.D. Fetherston, O. Kirillina, A. Bobrov et al. // Infect.Immun-2010.- V.78, N5.-P.2045-2052.

93.Filippov, A.A Plasmid content in Yersinia pestis strains of different origin / A.A. Filippov, N.S. Solodovnikov, L.M. Kookleva, O.A. Protsenko // FEMS Microbiol. Lett. - 1990. - V.55. - P.45-48.

94.Fronzes, R. Structure of a type IV secretion system core complex / R. Fronzes, E. Schafer, L. Wang et al // Science.- 2009. - V.323. - P. 266-268.

95.Gabitzsch, E.S. Development of a real-time quantitative PCR assay to enumerate Yersinia pestis in fleas / E.S. Gabitzsch, R. Vera-Tudela, R.J. Eisen, S.W. Bearden, K.L. Gage, N.S. Zeidner // Am. J. Trop. Med. Hyg.- 2008.- V. 79(1).-P.99-101.

96.Gaddy, C.E. Development of real-time PCR assays for specific detection of hmsH, hmsF, hmsR, and irp2 located within the 102-kb pgm locus of Yersinia

pestis / C.E. Gaddy, P.F. Cuevas, L.J. Hartman, G.B. Howe, P.L. Worsham, T.D. Minogue // Mol. Cell Probes. - 2014.- V. 28 (5-6).- P.288-295.

97.Gage, K.L. Natural history of plague: perspectives from more than a century of research / K.L. Gage, M.Y. Kosoy // Annu. Rev. Entomol.- 2005.- V.50.-P.505-528.

98.Garcia, E. Pestoides F, an atypical Yersinia pestis strain from the former Soviet Union / E. Garcia, P. Worsham, S. Bearden et al // Adv. Exp. Med.Biol. - 2007. -V.603.-P. 17-22.

99.Galimand, M. Multidrug resistance in Yersinia pestis mediated by a transferable plasmid / M. Galimand, A. Guiyoule, G. Gerbaud, L. Rahalison, S. Chanteau, P. Courvalin, E. Carniel // N. Engl. J. Med.- 1997.- V.337:- P.677-680.

100. Guiyoule, A. Plague pandemics investigated by ribotyping of Yersinia pestis strains / A. Guiyoule, F. Grimont, I. Iteman et al // J. Clin Microbiol. - 1994. -V. 32.-P. 634-641.

101. Guiyoule, A. Transferable plasmid-mediated resistance to streptomycin in a clinical isolate of Yersinia pestis / A. Guiyoule, G. Gerbaud, C. Buchrieser et al 11 Emerg.Infect.Dis - 2001.- V.7, N1.- P.43-48.

102. Haensch, S. Distinct clones of Yersinia pestis caused the black death / S. Haensch, R. Bianucci, M. Signoli, M. Rajerison, M. Schultz, S. Kacki, M. Ver-munt, D.A. Weston, D. Hurst, M. Achtman, E. Carniel, B. Bramanti // PLoS Pathog. - 2010. - V.6(10). - el001134.

103. VanGuilder, H.D. Twenty-five years of quantitative PCR for gene expression analysis / H.D. VanGuilder, K.E. Vrana, W.M. Freeman // Biotechniques. -2008. -V.44(5). - P.619-626.

104. Heid, C.A., Stevens J, Livak KJ, Williams PM. Real time quantitative PCR. / C.A. Heid, J. Stevens, K.J. Livak, P.M. Williams // Genome Res. -1996. -V.6(10). - P.986-994.

105. Higuchi, R. Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions / R. Higuchi, C. Fockler, G. Dollinger, R. Watson // Biotechnology. - 1993. - V.l 1(9).-P.1026-1030.

106. Hinnebusch, B.J. The evolution of flea-borne transmission in Yersinia pes-tis/ B.J. Hinnebusch // Curr.Issues Mol.Biol.- 2005. - V. 7, N2. - P. 197-212.

107. Hinnebusch, B.J. Evaluation of the role of the Yersinia pestis plasminogen activator and other plasmid encoded factors in temperate dependent blockage of the flea / B.J. Hinnebusch, E.R. Fisher, T.G. Schwan // Infect.Immun- 1998-V.178.-P.l406-1415

108. Hinnebusch, B.J. Role of Yersinia murine toxin in survival of Yersinia pestis in the midgut of the flea vector / B.J. Hinnebusch, A.E. Rudolf, P. Cherepanov et al // Science. - 2002.- V.296. - P.733-735.

109.Huang, X. Z.Genotyping of a homogeneous group of Yersinia pestis strains isolated in the United States / X.Z. Huang, M.C. Chu, D.M. Engelthaler et al // J.Clin. Microbiol. - 2002.- V.40. -PI 164-1173.

1 lO.Janse, I. Reliable detection of Bacillus anthracis, Francisella tularensis and Yersinia pestis by using multiplex qPCR including internal controls for nucleic acid extraction and amplification /1. Janse, R.A. Hamidjaja, J.M. Bok, B.J. van Rotterdam // BMC Microbiol. - 2010. -V. 10:314.

111.Jarett, C.O. Transmission of Yersinia pestis from an infectious biofilm in the flea vector / C.O. Jarett, E. Deak, K.E. Isherwood et al // J. Infect. Dis - 2004. -V.190. - P.783-792.

112.Kingston, J.J. Genotyping of Indian Yersinia pestis strains by MLVA and repetitive DNA sequence based PCRs / J.J. Kingston, U. Tuteja, M. Kapil, H.S. Murali, H.V. Batra // Antonie Van Leeuwenhoek.- 2009.- V.96- P.303-312.

113. Klevytska, A.M. Identification and characterization of variable-number tandem repeats in the Yersinia pestis genome / A.M. Klevytska, L.B. Price, J.M. Schupp, P.L. Worsham, J. Wong et al // J. Clin. Microbiol. - 2001. V.39. - P. 3179-3185.

114.Kotetishvili, M. Multilocus sequence typing for studying genetic relationships among Yersinia species / M. Kotetishvili, A. Kreger, G. Wauters et al // J. Clin. Microbiol. - 2005.-V.43., N6. - P.2674-2684.

115.Kutyrev, V.V. The murine toxin gene encodes for a secreted phospholipase D / V.V. Kutyrev, N.A. Vidyaeva, A.G. Bobrov et al. // Bacterial protein toxins. -Jena- Stuttgart. - 1997. - P.59-60.

116. Kutyrev, V.V. Analisis of Yersinia pestis chromosomal determinants Pgm+ and Psts associated with virulence / V.V. Kutyrev, A.A. Filippov, O.S. Oparina, O.A. Protsenko // Microb. Pathog. - 1992. - V. 12. - P. 177 - 186.

117.Lahteenmaki, K. Expression of plasminogen activator pla of Yersinia pestis enhances bacterial attachment to the mammalian extracellular matrix / K. Lahteen-maki, R. Virkola, A. Saren, L. Emödy, T.K. Korhonen // Infect Immun. - 1998. -V. 66(12).-P. 5755-5762.

118.Lathem W.W. A plasminogen-activating protease specifically controls the development of primary pneumonic plague / W.W. Lathem, P.A. Price, V.L. Miller, V.E. Goldman//Science. - 2007. - V. 315 (5811).-P. 509-513.

119.Le Fie"che, P. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of of Yersinia pestis and Bacillus anthracis / P. Le Fie" che, Y. Hauck, L. Onteniente et al //BMC. -2001.-V.l. - P.2.

120.Li, Y. Genotyping and phylogenetic analysis of Yersinia pestis by MLVA: insights into the worldwide expansion of Central Asia plague foci / Y. Li, Y. Cui, Y. Hauck et al // PLoS ONE.- 2009. - V.4(6): e6000.

121.Liang ,Y. Genome rearrangements of completely sequenced strains of Yersinia pestis / Y. Liang, X. Hou, Y. Wang et al // J. Clin. Microbiol. - 2010. - V. 48 (5).-P. 1619- 1623.

122.Losada, L. Genome sequencing and analysis of Yersina pestis KIM D27, an avirulent strain exempt from select agent regulation / L. Losada, J.J. Varga, J. Hostetier, D. Radune, M. Kim, S. Durkin, O. Schneewind, W.C. Nierman // PLoS One. - 2011. - V.6(4):el9054

123 .Lowell, J.L. Phenotypic and molecular characterizations of Yersinia pestis isolates from Kazakhstan and adjacent regions / J.L. Lowell, A. Zhansarina, B. Yockey, T. Meka-Mechenko, G. Stybayeva et al // Microbiology-2007-V.153.-P. 169-177.

124.Maiden, M.C. Multilocus sequence typing: a portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms / M.C. Maiden, J.A. Bygraves, E. Feil, G. Morelli, J.E. Russell, R. Urwin, Q. Zhang et al // Proc. Natl. Acad. Sei. USA.- 1998.-V.95-P.3140-3145.

125.Matero, P. Real-time multiplex PCR assay for detection of Yersinia pestis and Yersinia pseudotuberculosis / P. Matero, T. Pasanen, R. Laukkanen, P. Tissari, E. Tarkka, M. Vaara, M. Skurnik // APMIS. - 2009. - V.l 17(1). Р.34^И.

126.Morelli, G. Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phy-logenetic diversity / G. Morelli, Ya. Song, C. Mazzoni et al. // Nature Genetics. -2010.- V.42.-P. 1140-1143

127.Motin, V.L. Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by PCR-based IS 100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD) / V.L. Motin, A.M. Georgescu, J.M. Elliott, P. Hu, P.L. Worsham, L.L. Ott, T.R. Slezak, B.A. Sokhansanj, W.M. Regala, R.R .Brubaker, E. Garcia// J. Bacteriol.-2002.- V.l84 (4).-P.1019-1027.

128.Parkhill, J. Genome sequence of Yersinia pestis, the causative agent of plague / J. Parkhill, B.W. Wren, N.R. Thomson et al // Nature. - 2001.- V.413. - P.523-527.

129.Parkhill, J. Bacterial epidemiology and biology-lessons from genome sequencing / J. Parkhill, B.W. Wren // Genome Biol. - 2011.- V. 12(10). P.230.

130.Perry, R.D. A plague of fleas: survival and transmission of Yersinia pestis / R.D. Perry I I ASM News. -2003. - V.69, N7. - P.385-389.

131.Perry, R.D. Yersinia pestis etiological agent of plague / R.D. Perry, J.D. Fether-ston // Clin. Mcrobiol. Rev. - 1997. - V.10. - P. 35.

132.Podladchikova, O. Yersinia pestis autoautoagglutination is mediated by a HCP-like protein and siderophore Yersiniachelin (Ych) / O. Podladchikova, V. Ryko-va, U. Antonenka, A. Rakin //Adv. Exp. Med. Biol.- 2012.-V.954.-P.289-292.

133.Pourcel, C. CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolution-

ary studies. / C. Pourcel, G. Salvignol, G. Vergnaud // Microbiology. - 2005. -V.151 -P.653-663.

134.Provenzano, M., Mocellin S. Complementary techniques: validation of gene expression data by quantitative real time PCR / M. Provenzano, S. Mocellin //Adv. Exp. Med. Biol. - 2007. - V.593. - P.66-73.

135.Rachwal, P.A. The potential of TaqMan Array Cards for detection of multiple biological agents by real-time PCR / P.A. Rachwal, H.L. Rose, V. Cox, R.A. Lukaszewski, A.L. Murch, S.A. Weiler // PLoS One. -2012. -V.7(4):e35971.

136.Rakin, A. Hunger for iron: the alternative siderophore iron scavenging systems in highly virulent Yersinia / A. Rakin, L. Schneider, O. Podladchikova //Front. Cell Infect. Microbiol. - 2012.-V.30.-P.151-157.

137.Reuter, S. Parallel independent evolution of pathogenicity within the genus Yersinia / S. Reuter, T.R. Connor, L. Barquist, D. Walker, T. Feltwell, S.R. Harris, M. Fookes et al // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2014.- V.lll(18).-P. 67686773.

138.Riehm, J.M. Detection of Yersinia pestis using real-time PCR in patients with bubonic plague / J.M. Riehm, L. Rahalison, H.C. Scholz, B. Thoma, M. Pfeffer et al // Mol. Cell. Probes. -2011. - V.25.- P. 8-12.

139.Riehm, J.M. Yersinia pestis lineages in Mongolia / J.M. Riehm, G. Vergnaud, D. Kiefer, T. Damdindorj, O. Dashdavaa, T. Khurelsukh, L. Zöller, R. Wölfel, P. Le Flèche, H.C. Scholz // PLoS One. - 2012. - V.7(2):e30624

140. Schmid, B.V. Climate-driven introduction of the Black Death and successive plague reintroductions into Europe / B.V. Schmid, U. Büntgen, W.R. Easterdaya, C. Ginzlerb, L. Walloee, B. Bramantia, N/Sh. Stensetha // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2015. - V.l 12.N10. - P.3020-3025

141.Sebbane, F. Role of the Yersinia pestis plasminogen activator in the incidence of distinct septicemic and bubonic forms of flea-borne plague / F. Sebbane, C.O. Jarrett, D. Gardner et al // Proc.Natl. Acad.Sci.USA. - 2006. - V.l03, N14. -P.5526-5530.

142.Sergueev, K.V. Rapid and sensitive detection of Yersinia pestis using amplification of plague diagnostic bacteriophages monitored by real-time PCR / K.V. Sergueev, Y. He, R.H. Borschel, M.P. Nikolich, A.A. Filippov // PLoS One. -2010.-V.5(6):el 1337

143.Skurnic, M. Characterization of the O-antigen gene cluster of Yersinia pseudotuberculosis and the cryptic O-antigen gene cluster of Yersinia pestis shows that the plague bacillus is most closely related to and has evolved from Ypseudotuberculosis Ol :b / M. Skurnic, A. Peppo, E. Ervela // Mol.Microbiol. -2000.-V.37.-P. 313-330.

144.Solinas, A. Duplex Scorpion primers in SNP analysis and FRET applications / A. Solinas, L. J. Brown, C. McKeen, J. M. Mellor, J. Nicol, N. Thelwell, T. Brown // Nucleic Acids Res. - 2001. - V.29. - P.3752-3761.

145.Song, Y. Complete genome sequence of Yersinia pestis strain 91001, an isolate avirulent to humans / Y. Song, Z. Tong, J. Wang et al // DNA Research. - 2004. -V.ll. -P.179-197.

146.Stenseth, N.C. Plague: past, present and future / N.C. Stenseth, B.B. Atshabar, M. Begon, S.R. Beimain, E. Bertherat, E. Carniel, K.L. Gage, H. Leirs, L. Rahali-son // PLoS Med. - 2008. - V.5(l):e3.

147.Stewart, A. A quadruplex real-time PCR assay for the detection of Yersinia pestis and its plasmids / A. Stewart, B. Satterfield, M. Cohen, K. O'Neill, R. Robison // J. Med. Microbiol. - 2008. - V.57(3).- P.324-331.

148.Sun, Y.C. Experimental evidence for negative selection in the evolution of a Yersinia pestis pseudogene / Y.C. Sun, B.J. Hinnebusch, C. Darby // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2008. - V.105, N 2. - P.: 8097-8101.

149.Tomaso, H. Preliminary validation of real-time PCR assays for the identification of Yersinia pestis / H. Tomaso, D. Jacob, M. Eickhoff, H.C. Scholz, S. A. Dahouk, M.M. Kattar, U. Reischl et al // Clin. Chem. Lab. Med.- 2008.-V.46(9).-P.1239-1244

150. Tong, Z. Pseudogene accumulation might promote the adaptive microevolution of Y. pestis strains / Z. Tong, D. Zhou, Y. Song et al // J.Med.Microbiol- 2003. -V.54. -P.259-268.

151. Touchman, J.W. A North American Yersinia pestis draft genome sequence: SNPs and phylogenetic analysis / J.W. Touchman, D.M. Wagner, J. Hao, S.D. Mastrian, M.K. Shah et al // PLoS One. - 2007. V.2:e220.

152. Tran, T.N. High throughput, multiplexed pathogen detection authenticates plague waves in medieval Venice, Italy / T.N. Tran, M. Signoli, L. Fozzati, G. Aboudharam, D. Raoult, M. Drancourt // PLoS One. - 2011. -V.6(3): el6735.

153.van Belkum, A. DNA fingerprinting of medically important microorganisms by use of PCR / A. van Belkum // Clin Microbiol Rev. - 1994. - V.7(2) - P. 174-184

154.van Belkum, A. Role of genomic typing in taxonomy, evolutionary genetics, and microbial epidemiology / A. van Belkum, M. Struelens , A. de Visser, H. Ver-brugh, M. Tibayrenc // Clin Microbiol Rev. - 2001. -V.14(3) - P.547-60.

155.Vogler, A.J. Phylogeography and molecular epidemiology of Yersinia pestis in Madagascar / A.J. Vogler, F. Chan, D.M. Wagner, P. Roumagnac, J. Lee, R. Ne-ra, M. Eppinger, J. Ravel, L. Rahalison, B.W. Rasoamanana, S.M. BeckstromSternberg, M. Achtman, S. Chanteau, P. Keim // PLoS Negl Trop Dis. - 2011. V.5(9):el319

156. Waterfield, N. The insect toxin complex of Yersinia / N. Waterfield, M. Hares, S. Hinchliffe et al // Adv.Exp.Med. Biol.- 2007. - V. 603.- P. 247 - 257.

157.Welch, T. Multiple antimicrobial resistance in plague: an emerging public health risk / T. Welch, W.F. Fricke, P.F. McDemott et al // PloS ONE.- 2007.-Is.3.-e309.

158.Weller, S.A. Evaluation of two multiplex real-time PCR screening capabilities for the detection of Bacillus anthracis, Francisella tularensis and Yersinia pestis in blood samples generated from murine infection models / S.A. Weller, V. Cox, A. Essex-Lopresti, M.G. Hartley, T.M. Parsons, P.A. Rachwal, H.L. Stapleton, R.A. Lukaszewski // J. Med. Microbiol. - 2012. - V.61 (Pt 11).-P.1546-1555.

p </

159.Wilkinson, P. New plasmids and putative virulence factors from the draft genome of an Australian clinical isolate of Photorhabdus asymbiotica / P. Wilkinson, K. Paszkiewicz, A. Moorhouse et al // FEMS Microbiol. Lett. - 2010 - V. 309. -P.136-143

160. Wilkinson, P. Comparative genomics of the_emerging human pathogen Photo- - -rhabdus asymbiotica with the insect pathogen Photorhabdus luminescens / P. Wilkinson, N.R. Waterfield, L. Crossman, C. Corton, M. Sanchez-Contreras, I. Vlisidou, A. Barron et al // BMC Genomics.- 2009.-V.10.-P.302-323.

161.WHO. Plague. Fact sheets N267. - WHO Press 2014.

162. WHO. Human plague: review of regional morbidity and mortality, 2004-2009 // Wkly Epidemiol Ree. - 2010. - V.85 - P.40-45.

163.Woubit, A. Novel genomic tools for specific and real-time detection of biothreat and frequently encountered foodborne pathogens / A. Woubit, T. Yehualaeshet, T. Habtemariam, T. Samuel // J. Food Prot.- 2012.- V.75(4): 660-670.

164.Wren, B.W. The Yersiniae a model genus to study the rapid evolution of bacterial pathogen / B.W. Wren // Nature reviews. Microbiology. - 2003. - V.l. -P.55-64.

165 .Zhang, X. MLVA distribution characteristics of Yersinia pestis in China and the correlation analysis / X. Zhang, R. Hai, J. Wei, Z. Cui, E. Zhang et al // BMC Microbiol. - 2009. - V.9. - P. 205.

166.Zasada, A.A. Fast identification of Yersinia pestis, Bacillus anthracis and Francisella tularensis based on conventional PCR / A.A. Zasada, K. Forminska, K. Zacharczuk // Pol. J. Microbiol. - 2013. - V.62 (4). -P. 453-456.

167.Zhou, D. Comparative and evolutionary genomics of Yersinia pestis. / D. Zhou, Y. Han, Y. Song, P. Huang, R. Yang // Microbes Infect. - 2004. -V. 6(13). - P. 1226-1234.

168.Zhou, D. Genetics of metabolic variations between Yersinia pestis biovars and proposal of a new biovar, microtus / D. Zhou, Z. Tong, Y. Song et al // J.Bacteriol- 2004. - V. 186. - P. 5147-5162.