Эпидемиологические аспекты пневмококковых инфекций и молекулярно-генетическая характеристика Streptoroccus pneumoniae тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.00.30, доктор медицинских наук Мартынова, Алина Викторовна

• Мартынова, Алина Викторовна
• доктор медицинских наук
• 2008

Оглавление диссертации доктор медицинских наук Мартынова, Алина Викторовна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР. ЭПИДЕМИОЛОГИЯ И

МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ ПНЕВМОКОККОВЫХ ИНФЕКЦИЙ

1.1 .Распространенность пневмококковой инфекции, факторы риска

1.2.1.Факторы риска развития пневмококковой инфекции.

1.2.2.Факторы риска заболевания в случае заражения.

1.2.2.1 .Возраст как фактор риска заболевания пневмококковой инфекцией.

1.2.2.2.Роль соматической патологии в развитии пневмококковых инфекций.

1.2.2.3.Роль нарушения иммунного статуса в развитии пневмококковых инфекций.

1.2.2.4.Пребывание в закрытом коллективе как фактор риска заболевания пневмококковой инфекцией.

1.2.3.Факторы риска заражения пневмококковой инфекцией.

1.2.3.1 .Носительство S.pneumoniae.

1.2.3.2.Факторы риска по формированию носительства

S.pneumoniae.

1.3.Клинические формы пневмококковых инфекций.

1 АМикробиологическая характеристика S.pneumoniae для оценки риска формирования эпидемического варианта.

1.4.1 .Факторы вирулентности S.pneumoniae.

1.4.2.Особенности антимикробной резистентности пневмококков

1.5.Распространение эпидемического варианта S.pneumoniae.

1.6.Геном S.pneumoniae.

1.6.1 .Характеристика генома S.pneumoniae.

1.6.2.Исследование роли отдельных элементов генома S.pneumoniae методом сравнительной геномной гибридизации.

1.6.2.1 .Неконсервативные элементы ДНК пневмококка.

1.6.2.2.Некодирующие участки ДНК пневмококка.

1.6.2.3.Повторяющиеся элементы генома S.pneumoniae.

1.6.3. Значение исследований генома S.pneumoniae в системе молекулярно-эпидемиологического мониторинга пневмококковых инфекций.

1.6.3.1.16SpPHK типирование.

1.6.3.2.Мозаичные гены S.pneumoniae.

1.6.3.3.Мультилокусное сиквенстипирование (MLST).

1.6.3.4.Генетические маркерыи lytA.

1.6.3.5.Другие генетические маркеры.

1.7.Эпидемиологический надзор за пневмококковыми инфекциями. ^

1.7.1.Оценка риска распространения эпидемического варианта в системе эпидемиологического надзора за пневмококковыми ^ инфекциями.

1.7.1.1 .Серотипирование штаммов S.pneumoniae.

1.7.1.2.Генетические методы эпидемиологического надзора за л. 67 пневмококковой инфекциеи.

1.8. Современные аспекты диагностики пневмококковой инфекции

1.8.1 .Молекулярно-биологические методы в диагностике ^ ^ пневмококковых инфекций.

1.9.0сновные аспекты микробиологических и эпидемиологических исследований пневмококковой инфекции при планировании ^ противоэпидемических мероприятий.

ГЛАВА II. НАПРАВЛЕНИЯ, КОНТИНГЕНТ, МАТЕРИАЛ И

МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

2.1.Направления исследований.

2.2.Контингент исследования.

2.3.Материал для исследования.

2.3.1 .Клинический материал.^

2.3.2.Тест-штаммы.^

2.4.Методы исследования.

2.4.1 .Выделение, идентификация и дальнейшее изучение биологических свойств культур S.pneumoniae.

2.5.Определение чувствительности к антибиотикам.

2.5.1.Диско-диффузионный метод.

2.5.2.Метод серийных разведений.

2.5.3.Определение детерминант резистентности к антибиотикам методом ПЦР.

2.6.Серотипирование штаммов S.pneumoniae.

2.7.Мультилокусное сиквенстипирование MLST.

2.8.Анализ полиморфизма длин рестрицированных фрагментов.

2.8.1.Подготовка клинических образцов для исследования.

2.8.2.Выделение ДНК микроорганизмов из исследуемых образцов

2.8.3.ПЦР идентификация штаммов пневмококка.

2.9.Исследование вирулентности.

2.10.Статистическая обработка.

2.10.1.Статистическая обработка цифровых показателей.

2.10.2.Оценка роли сопутствующих заболеваний.

ГЛАВА III. ЗАБОЛЕВАЕМОСТЬ ПНЕВМОКОККОВЫМИ

ИНФЕКЦИЯМИ В РАЗЛИЧНЫХ ГРУППАХ НАСЕЛЕНИЯ. п

3.1.Эпидемиологические особенности инвазивных пневмококковых инфекций.

3.2.Эпидемиологические особенности неинвазивных пневмококковых инфекций.

ГЛАВА IV. АНАЛИЗ ПОЛИМОРФИЗМА ДЛИН КОНЦЕВЫХ РЕСТРИКЦИОННЫХ ФРАГМЕНТОВ NCR-Y4ACTKA ДНК

S. PNEUMONIAE.

4.1 .Характеристика NCR фрагмента ДНК S.pneumoniae.

4.2.Анализ полиморфизма длин концевых рестрикционных фрагментов ДНК S.pneumoniae.

ГЛАВА V. МОНИТОРИНГ ФОРМИРОВАНИЯ РЕЗИСТЕНТНОСТИ

К АНТИБИОТИКАМ ПОПУЛЯЦИЙ S.PNEUMONIAE.

5.1.Характеристика устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам штаммов S.pneumoniae, выделенных у больных инвазивными, неинвазивными формами инфекций и у носителей.

5.2.Особенности формирования устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам штаммов S.pneumoniae в различных возрастных группах.

5.3.Особенности серотипового состава популяции штаммов

S.pneumoniae, выделенных от больных и носителей.

ГЛАВА VI. МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ ПРИМЕНЕНИЯ МЕТОДА АНАЛИЗА ПОЛИМОРФИЗМА РЕСТРИКЦИОННЫХ ФРАГМЕНТОВ NCR УЧАСТКА ДНК S.PNEUMONIAE.

6.1.Молекулярно-эпидемиологическая характеристика результатов исследования мокроты.

6.2.Молекулярно-эпидемиологическая характеристика обследования носителей S.pneumoniae.

6.3.Молекулярно-эпидемиологическая характеристика результатов исследования отделяемого при неинвазивных формах инфекции.

6.4.Молекулярно-эпидемиологическая характеристика результатов исследования клинических образцов крови и ликвора при инвазивных формах инфекции.

6.5.Молекулярно-эпидемиологическая характеристика штаммов S.pneumoniae, диагностированных у больных инвазивными формами пневмококковых инфекций, неинвазивными формами и выделенных у носителей.

ГЛАВА VII. ИСЛЕДОВАНИЕ МЕТОДОМ АНАЛИЗА ПОЛИМОРФИЗМА КОНЦЕВЫХ РЕСТРИКЦИОННЫХ ФРАГМЕНТОВ С РЕСТРИКЦИЕЙ NCR УЧАСТКА ДНК ПОЛИРЕЗИСТЕНТНЫХ К АНТИБИОТИКАМ ШТАММОВ ПНЕВМОКОККА, ВЫДЕЛЕННЫХ У БОЛЬНЫХ С

ПНЕВМОКККОВЫМИ ИНФЕКЦИЯМИ.

7.1 .Характеристика штаммов S.pneumoniae, выделенных от больных инвазивными формами инфекции, неинвазивными формами инфекции и от носителей.

7.1.1.Устойчивость штаммов S.pneumoniae различных TRFLPтипов к антибактериальным химиопрепаратам.

7.2.Особенности генотипирования штаммов S.pneumoniae различных

TRFLP- типов по основным факторам вирулентности.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Эпидемиологические аспекты пневмококковых инфекций и молекулярно-генетическая характеристика Streptoroccus pneumoniae»

Актуальность: несмотря на длительное изучение, пневмококковая инфекция до сих пор остается одной из наиболее актуальных проблем внутренних болезней, являясь причиной не только отитов и синуситов, но и таких тяжелых заболеваний как пневмония, бронхит, менингит и бактериемия. Заболеваемость в Европе до сих пор составляет 16-20 человек на 100 тысяч населения, в США - пневмококковая инфекция ежегодно вызывает 5 млн. отитов, 20 тыс. случаев менингитов и бактериемий. По данным российских исследований ПеГАС-1 (фаза «А» и фаза «В» проводились НИИ антимикробной химиотерапии и Научно-методическим центром по мониторингу антибиотикорезистентности), заболеваемость пневмококковыми инфекциями колеблется от 5-6 до 16-20 случаев на 100 тысяч населения, встречаясь практически во всех социальных группах населения [38,40].

Особенную тревогу вызывает увеличение среди населения инвазив-ных форм пневмококковой инфекции, таких как менингит и бактериемия, практически во всех возрастных группах. Это во многом связано с увеличением в структуре населения удельного веса больных с такими сопутствующими заболеваниями (ко-морбидностью) в анамнезе как туберкулез, гематологическая или онкологическая патология, ВИЧ и т.п., приводящей к выраженному снижению иммунного статуса. Однако, до настоящего времени отсутствуют достоверные результаты эпидемиологических исследований пневмококковых инфекций в различных группах населения с учетом сопутствующих заболеваний в анамнезе (ко-морбидности), несмотря на то, что предложенные в настоящее время эпидемиологические методики с вычислением интегративного показателя, в частности, индексов ко-морбидности [М.Е. Charleson, 1989; М. Liu, 1993; Н. Johns, 1996] позволяют оценить выживаемость (удельный вес выживших в группах пациентов с различными сопутствующими заболеваниями).

Кроме того, практически не исследуются региональные особенности серотипового состава популяции штаммов пневмококков; уровень устойчивости к антибактериальным химиопрепратам штаммов, выделенных у больных с различной ко-морбидностью, условия и характер циркуляции, а также генотипические и фенотипические особенности штаммов Streptococcus pneumoniae, что определило бы эпидемиологическую значимость пневмококковых инфекций.

Отсутствие достоверных данных по этим аспектам снижает возможности рациональной коррекции эмпирической антибактериальной химиотерапии и назначения антибиотиков с учетом индивидуальных особенностей пациента в каждом конкретном регионе, что ведет к необоснованным экономическим потерям.

Во многом сложность изучения эпидемиологии пневмококковых инфекций обусловлена несовершенством применяемых в настоящее время в России классических методов диагностики и серотипирования [38]. Предложенные методы молекулярно-генетической диагностики, такие как пульс-электрофорез (PFGE), полимеразная цепная реакция (ПЦР) повторяющихся ВОХ-последовательностей (BOX-PCR), случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD), при потенциально высокой, по сравнению с классическим культуральным методом, разрешающей способности, не могут одновременно обеспечить задач микробиологической диагностики и эпидемиологического надзора за пневмококковыми инфекциями и требуют последовательного применения, что не всегда доступно и экономически обоснованно [Р.С. Козлов, 2004; P.W.M.Hermans et al., 1995].

Достаточно популярным методом в молекулярной эпидемиологии является метод анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (RFLP) геномной ДНК с использованием различных гибридизационных зондов. RFLP обладает высокой воспроизводимостью и дискриминирующей способностью, однако требует подращивания материала, сама процедура длительна, требует сложного оснащения и высокой квалификации персонала. Кроме того, в случае диагностики пневмококковой инфекции отсутствует однозначное мнение не только по поводу характера гибридизацион-ных зондов, но и по поводу достаточно информативного видо-, а тем более и штаммоспецифического молекулярного маркера. Это обусловлено пластичностью генома S.pneumoniae, позволяющей ему осуществлять как внутри-, так и межвидовые взаимодействия в микробной ассоциации, что ведет к трудностям микробиологической диагностики данной инфекции. Вследствие этого значительно осложняются проведение эпидемиологического надзора данной инфекции и рациональная организация противоэпидемических мероприятий.

Все выше сказанное объективно обосновывает необходимость дальнейшего совершенствования, а также поиска и разработки новых экспресс-методов диагностики и мониторинга пневмококковой инфекции в различных группах населения, прежде всего с применением генетического маркирования штаммов для решения задач эпидемиологического надзора за пневмококковыми инфекциями, включая и проведение клинического микробиологического мониторинга.

Цель работы.

Изучить проявления эпидемического процесса при пневмококковых инфекциях для оптимизации профилактических и противоэпидемических мероприятий, повышения эффективности диагностики, а также рационализации региональных стандартов антимикробной химиотерапии на основании результатов исследования эпидемических и молекулярно-генетических характеристик штаммов S. pneumoniae.

Задачи исследования.

На основании поставленной цели были последовательно определены следующие задачи:

1) Провести ретроспективный эпидемиологический анализ заболеваемости пневмококковыми инфекциями среди населения крупного субъекта Российской Федерации на примере Приморского края (1998-2005) на основе данных, полученных общепринятыми методами микробиологической диагностики S. pneumoniae.

2) Изучить роль факторов риска развития пневмококковых инфекций, оценить значение сопутствующих заболеваний в развитии пневмококковых инфекций при помощи современных эпидемиологических методик.

3) Провести клинико-микробиологический мониторинг пневмококковых инфекций с изучением особенностей формирования резистентности к антибиотикам штаммов S. pneumoniae, а также особенностей серотипового состава штаммов пневмококков, выделенных от больных с различными клиническими формами пневмококковых инфекций и от носителей.

4) Разработать метод выявления и дифференциации штаммов пневмококка на основе метода анализа полиморфизма длин концевых рестрикционных фрагментов некодируемого участка ДНК S. pneumoniae, провести апробацию метода, выявить его возможности и перспективы в клинической практике для диагностики пневмококковой инфекции, оценив его чувствительность и специфичность.

5) Изучить структуру популяции эпидемически опасных штаммов S. pneumoniae, оценить их эпидемиологическую роль с изучением генетических особенностей факторов вирулентности и механизмов резистентности к антибактериальным химиопрепаратам; при помощи предложенного варианта методики изучить клональное родство штаммов пневмококков, циркулирующих среди пациентов и носителей, с целью проведения эпидемиологического мониторинга.

Научная новизна и теоретическая значимость.

Проведено ретроспективное эпидемиологическое исследование заболеваемости инвазивными (пневмониями, менингитами, бактериемиями) и неинвазивными пневмококковыми инфекциями (отитами, синуситами) с учетом всех нозологических форм данной этиологии, отраженными в различных разделах МКБ-10.

Исследована заболеваемость пневмококковыми инфекциями с учетом наличия сопутствующих заболеваний с применением индекса ко-морбидности [Charleson ME et al., 1989] и их влияния на развитие инфекционного процесса при пневмококковых заболеваниях; определены факторы риска развития различных форм пневмококковых инфекций, а также оценен риск формирования носительства.

Впервые экспериментально обоснован метод молекулярно-генетической диагностики пневмококковой инфекции, основанный на принципе анализа концевого полиморфизма длин рестрикционных фрагментов ДНК (TRFLP).

В качестве перспективного диагностического и молекулярно-эпидемиологического маркера штаммов S. pneumoniae изучен некодирующий участок ДНК SP1922 и SP1923, обозначенный как NCR (non-coding region). Охарактеризованы такие молекулярно-генетические особенности этого участка, как: фланкированность видоспецифичным геном (ген ply), приемлемый размер ампликона; а также наличие статистически значимой вариабельности рестрицируемых фрагментов.

Разработанный алгоритм применения метода анализа полиморфизма длин концевых рестрикционных фрагментов с предложенным праймером NCR позволил выделить 11 групп пневмококков, объединенных по результатам рестрикции NCR участка ДНК S. pneumoniae, что обеспечило позволяет проведение эпидемиологических исследований по выявлению источника инфекции и путей передачи.

Изучены молекулярно-биологические свойства штаммов пневмококка с оценкой вирулентности и устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам, оценена возможность формирования и распространения эпидемических геновариантов S. pneumoniae. Оценено генетическое родство выделенных штаммов, изучены эволюционные изменения популяции штаммов пневмококка с учетом генотипа и фенотипа выделенных изолятов, приводящие к формированию эпидемического варианта.

Практическая значимость работы.

На основании ретроспективного эпидемиологического анализа пневмококковых инфекций с учетом всех нозологических форм пневмококковой инфекции, отраженной в МКБ-10, на примере субъекта Российской Федерации (Приморского края), установлены доминирующие нозологические формы инфекции; оценена тенденция заболеваемости пневмококковыми инфекциями; изучены факторы риска развития заболевания пневмококковыми инфекциями и носительства.

Так, в структуре инвазивных пневмококковых инфекций лидирующее место занимает пневмококковая пневмония. Среди всех неинвазивных пневмококковых инфекций чаще регистрируются острые синуситы (или обострения хронических синуситов), острые отиты с различными осложнениями. Выраженный подъем заболеваемости, как и при инвазивных формах инфекций, отмечается у детей до 14 лет и у лиц старше 55 лет.

Уровень носительства S. pneumoniae при наличии хронической патологии увеличивается в 3 раза у детей и в 5 раз - у взрослых, что является важным фактором риска в развитии инфекционного процесса любой локализации, т.е. как инвазивных, так и неинвазивных форм пневмококковых инфекций.

Полученные данные исследования эпидемиологических особенностей пневмококковых инфекций позволяют оценивать эффективность, прогнозировать и корригировать лечение больных с пневмококковыми инфекциями, в том числе и с различными сопутствующими заболеваниями.

Впервые был исследован серотиповой состав популяции пневмококков, выделенных при различных формах пневмококковых инфекций. Установлено, что в группе штаммов, вызвавших инвазивные формы инфекции, преобладают нетипируемые 20,5 % (61/298) и редкотипируемые 11,4% (34/298) изоляты. Это составляет больше половины исследуемой популяции, вызвавшей инвазивные формы инфекции. В группе штаммов, выделенных от носителей, также наблюдается преобладание нетипируемых и редкотипируемых штаммов -соответственно 20,4 % (17/83) и 15,6 % (13/83).

Вместе с тем, при анализе серотипового состава популяции полирезистентных штаммов пневмококка, вызвавших инвазивные формы пневмококковых инфекций, отмечается несколько случаев повторного выделения штаммов серотипов 6А, 9V, 14, 19F, 23F. В группе штаммов, вызвавших не-инвазивные случаи заболевания, были выделены штаммы серотипов 6А, 23F. У носителей так же были выделены штаммы 9V, 19F серотипов.

Оценен уровень устойчивости к антимикробным химиопрепаратам штаммов S. pneumoniae различных серотипов, выделенных у больных пневмококковыми инфекциями.

Среди штаммов S. pneumoniae, вызвавших различные нозологические формы пневмококковых инфекций, развивались сходные тенденции формирования антибиотикоустойчивости, характеризовавшиеся значительной долей штаммов, резистентных к препаратам группы макролидов и фторхи-нолонов, а также к тетрациклину, клиндамицину, триметопримсульфаметоксазолу, что требует коррекции стандартов проведения антибактериальной химиотерапии.

Создана региональная коллекция штаммов пневмококка, позволяющая проводить молекулярно-эпидемиологический мониторинг за пневмококковыми инфекциями.

Анализ генетической последовательности NCR фрагмента позволил применить данный участок ДНК пневмококка в качестве диагностической мишени для обнаружения S. pneumoniae.На основе метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов ДНК S. pneumoniae стало возможным организовать эпидемиологический надзор за пневмококковыми инфекциями. Применение этого метода для исследования различного лабораторного биологического материала, позволило выявить тенденцию идентифицируемых штаммов пневмококка к клонально-поликлональному распространению, что продемонстрировало важность изучения особенностей эпидемического геноварианта для организации эпидемиологического надзора.

Выявленные различия в фрагменте NCR позволили адаптировать метод анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов для диагностики пневмококковых инфекций на основе применения данного фрагмента, исключив ложноположительные/ложноотрицательные результаты, а также диагностировать ассоциацию нескольких штаммов пневмококка в одном клиническом образце.

Положения, выносимые на защиту.

1) В исследуемом субъекте Российской Федерации (Приморском крае) отмечен высокий уровень заболеваемости пневмококковыми инфекциями. В структуре заболеваемости инвазивных форм превалируют пневмококковые пневмонии, доминирующие у детей до 14 лет и у лиц старше 55 лет; при этом отмечается гиподиагностика менингитов пневмококковой этиологии. В структуре неинвазивных пневмококковых инфекций чаще встречаются синуситы и отиты, преобладающие в группе детей младше 14 лет и у взрослых старше 55 лет.

2) Основным фактором риска развития пневмококковых инфекций является наличие сопутствующих заболеваний, что увеличивает риск носительства S. pneumoniae. Выживаемость больных инвазивными пневмококковыми инфекциями с сопутствующей патологией, оцениваемой индексом ко-морбидности около «10», составляет 55,5%; а выживаемость больных с индексом более «18» — 42,3%.

3) Особенности формирования устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам, и высокий удельный вес в серотиповом составе популяции выделенных штаммов пневмококка нетипируемых изолятов обусловливают необходимость проведения регулярного молекулярно-эпидемиологического мониторинга за циркуляцией штаммов S. pneumoniae.

4) Проведение генотипирования с использованием метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S. pneumoniae позволяет выявить особенности распространения генетических детерминант устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам и детерминант основных факторов вирулентности в штаммах пневмококка, принадлежащих к одному генотипу, что дает возможность выявлять эпидемический геновариант.

5) Применение метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S. pneumoniae позволяет решить проблему микробиологической диагностики штаммов пневмококка в разнообразном клиническом материале, диагностировать пневмококк как в монокультуре, так и в ассоциации, что обусловливает возможность рациональной организации диагностического процесса в интересах эпидемиологического надзора.

Внедрения в практическое здравоохранение.

Результаты исследования использованы при подготовке Государственного доклада «О состоянии здоровья населения Российской Федерации в 2007 году»; а также при создании формуляров Центра фармако-технической информации и клинической фармакологии Департамента здравоохранения Приморского края и были внедрены в работу лечебно-профилактических учреждений края.

По материалам исследования были изданы Методические рекомендации «Метод анализа полиморфизма концевых фрагментов, полученных при рестрикции некодирующего участка ДНК в диагностике пневмококковых инфекций», утвержденные Президиумом СО РАМН «Дальневосточный научный центр» (27.06.2007). Опубликованы информационные письма, утвержденные Департаментом здравоохранения Приморского края: «Об эпидемиологических особенностях заболеваемости пневмококковыми инфекциями» (Владивосток, 2007); «Молекулярно-генетические особенности формирования резистентности при пневмококковых инфекциях» (Владивосток, 2007); «О молекулярно-эпидемиологических методах диагностики пневмококковой инфекции» (Владивосток, 2007), внедренные в работу лечебно-профилактических и медико-профилактических учреждений Дальневосточного Федерального округа.

Получены удостоверения на рационализаторские предложения: «Способ улучшения статистической отчетности по регистрации различных форм пневмококковых инфекций» (№ 2689, ВГМУ); «Способ анализа полиморфизма рестрикционных фрагментов для диагностики пневмококковых инфекций» (№ 2688, ВГМУ); «Способ оценки роли сопутствующих заболеваний при пневмококковых инфекциях» (№ 2690, ВГМУ).

Материалы диссертации используются в учебном процессе при подготовке врачей на кафедре терапии ФПК; кафедре госпитальной терапии; кафедре микробиологии; кафедре эпидемиологии и военной эпидемиологии Владивостокского государственного медицинского университета; на кафедре микробиологии, иммунологии и вирусологии Дальневосточного государственного медицинского университета; на кафедре микробиологии и вирусологии Амурской государственной медицинской академии; на кафедре эпидемиологии Воронежской государственной медицинской академии им. Н.Н. Бурденко; на кафедре гигиены, эпидемиологии и организации госсан-эпидслужбы Ставропольской государственной медицинской академии; на кафедре микробиологии, вирусологии и иммунологии Дагестанской государственной медицинской академии.

Объем и структура диссертации.

Работа изложена на 354 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, главы материалы и методы, 5 глав собственных исследований, заключения, выводов, практических рекомендаций, указателя литературы. Диссертация иллюстрирована 43 таблицами, 86 рисунками, 10 схемами. Список литературы содержит 422 литературного источника, из них 90 принадлежат отечественным и 332 зарубежным авторам.

Заключение диссертации по теме «Эпидемиология», Мартынова, Алина Викторовна

ВЫВОДЫ

1. В исследуемом субъекте РФ, на примере Приморского края, регистрируется высокая заболеваемость пневмококковыми инфекциями: средний уровень которой за период с 1998 по 2005 составлял 6,13 ± 0,29 на 10 тысяч населения с достоверно выраженной тенденцией к повышению и средним темпом прироста 6,3 % в год. В структуре инвазивных пневмококковых инфекций чаще всего (78,8 %) регистрируется пневмококковая пневмония, среди неинвазивных пневмококковых инфекций преобладает острый синусит или обострение хронических синуситов — в 52,5 % случаев.

2. При различных формах пневмококковых инфекций особенностей факторов риска не выявлено, ведущими из них были курение (ОШ=4,45 при инвазивных формах и ОШ=1,69 при неинвазивных формах) и перенесенная пневмония в анамнезе (ОШ=5,98 при инвазивных формах и ОШ=6,83 при неинвазивных формах); получение антибактериальных химиопрепаратов в предыдущие 3 месяца (ОШ=2,11 при инвазивных формах и ОИ1=1,58 при неинвазивных формах). Наличие сопутствующей патологии и снижение иммунного статуса является ведущим фактором риска по развитию инвазивных форм пневмококковых инфекций (ОШ=14,4). Выживаемость больных с инвазивными пневмококковыми инфекциями, с сопутствующей патологией, оцениваемой индексом ко-морбидности около «10», составляет 55,5 %; а выживаемость больных с индексом «18» и более — 42,3%).

3. Клинико-микробиологический мониторинг позволил идентифицировать выделенную популяцию штаммов следующим образом.

Штаммы пневмококка, выделенные у больных с инвазивными и неинвазивными формами пневмококковых инфекций, а также у носителей, характеризуются сходными тенденциями в формировании устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам. При этом, они обладают различным серотиповым составом. Установлен рост числа штаммов пневмококка, нечувствительных к тетрациклину, клиндамицину, ТМП-сульфаметоксазолу, макролидам и фторхинолонам. Популяция штаммов пневмококков, вызвавших инвазивные формы инфекции, представлена 6А, 9V, 19F, 23F серотипами. В группе штаммов, вызвавших неинвазивные случаи заболевания, доминируют 6А, 6В, 23F, а у носителей 9V, 19F серотипы S. pneumoniae, что подтверждает как взаимосвязь выделенной популяции, так и свидетельствует о наличии выраженных генотиповых различий.

4. Рост числа нетипируемых штаммов в структуре популяции штаммов S. pneumoniae, вызвавших различные формы пневмококковых инфекций, а также распространенность полирезистентных штаммов, позволяет обосновать актуальность применения новых молекулярно-эпидемиологических методов, наиболее перспективным из которых является метод анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов для проведения эпидемиологического надзора.

5. Метод анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S. pneumoniae является чувствительной и специфичной методикой, которая позволяет проводить молекулярно-эпидемиологический мониторинг в интересах эпидемиологического надзора и оценить распространение основных генетических детерминант по антибиотикорезистентности и наиболее значимым в патогенезе пневмококковых инфекций факторам вирулентности.

6. Некодирующий фрагмент (NCR) геномной ДНК S. pneumoniae является видоспецифичным участком и обладает свойствами, позволившими на его основе создать видоспецифичный и высокочувствительный маркер, на основе которого можно проводить генотипирование, дискриминирующая способность которого подтверждена данными мультилокусного сиквенстипирования, а также серотиповыми различиями и различиями в генотипах, выделенных методом пульс-электрофореза. Применение этого фрагмента позволяет решить проблему микробиологической диагностики штаммов пневмококка в разнообразном клиническом материале, диагностировать пневмококки как в монокультуре, так и в ассоциации, что дает возможность рациональной организации и повышения эффективности диагностического процесса.

7. Изучение структуры популяции эпидемически опасных штаммов пневмококка, выделенных при различных клинических формах методом анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК штаммов S. pneumoniae, обосновывает тот факт, что идентификация штаммов генотипов групп D и Н S. pneumoniae служит критерием эпидемического геноварианта, в связи с тем, что у них помимо маркеров конститутивной устойчивости чаще других штаммов выделяются генетические маркеры, кодирующие индуцибельную устойчивость к антибактериальным химиопрепаратам. Формирование устойчивости штаммов S. pneumoniae к макролидам осуществляется путем активации mef- оперона, а именно, гена mefE (64,7 %). До 20,5 % исследуемых штаммов обладают коньюгативным транспозоном Тп1545, а 8,8 % штаммов обладают неконьюгативным транспозоном Тп917 (8,8%). Резистентность к фторхинолонам в исследованной популяции обусловлена как индуцибельной, так и конститутивной активацией генов к фторхинолонам: рагС(Л1 %), gyrA (23,5 %),pmrA (17,6 %).

8. Кроме того, несмотря на выявленный поликлональный характер распространения штаммов пневмококка, штаммы D и Н групп обладают способностью к клональному распространению, что дает возможность на их основе прогнозировать появление эпидемических геновариантов и проводить молекулярно-эпидемиологический мониторинг в рамках эпидемиологического надзора за пневмококковыми инфекциями.

РЕКОМЕНДАЦИИ ДЛЯ ВНЕДРЕНИЯ В МЕДИЦИНСКУЮ НАУКУ И ЗДРАВООХРАНЕНИЕ

1. В связи с распространением нетипируемых штаммов пневмококков в интересах эпидемиологического надзора рекомендуется применять метод анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S. pneumoniae. Сочетание данных генотипирования по NCR фрагменту с данными об антибиотикорезистентности позволяет прогнозировать появление эпидемических вариантов возбудителя.

2. Метод анализа 'полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S. pneumoniae рекомендуется для диагностики монокультуры и ассоциации штаммов пневмококка в различных образцах клинического материала в эпидемической ситуации, когда выделение возбудителя классическим методом затруднено.

3. Метод анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов позволяет выявлять распространение эпидемических геновариантов пневмококка, идентифицировать клональный или поликлональный характер распространения, что обеспечивает выбор противоэпидемических мероприятий в отношении пневмококковых инфекций. Для проведения предложенного варианта метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов ПЦР продукта NCR фрагмента при исследовании пневмококковых инфекций оптимальными являются рестриктазы - Alul, Ddel, Msel. Охарактеризован полиморфизм фрагментов, являющийся фактически уникальным для каждого штамма.

4. Для рационализации и повышения эффективности эмпирической антимикробной химиотерапии пневмококковых инфекций целесообразно использовать антибактериальные химиопрепараты ряда бета-лактамов, ограничив применение макролидов и фторхинолонов, что связано не только с распространением их полирезистентных изолятов практически во всех возрастных группах, но и с выработкой полирезистентности к этим трем препаратам.

5. С целью совершенствования системы регистрации заболеваемости пневмококковыми инфекциями назрела необходимость введения в отчетную форму 12 «Сведения о числе заболеваний, зарегистрированных у больных, проживающих в районе обслуживания лечебного учреждения», данных об этиологической характеристике пневмоний и отитов.

6. При клиническом обследовании и ведении пациентов с различными формами пневмококковых инфекций необходимо оценивать у них роль сопутствующих заболеваний путем интегративной оценки и прогнозирования исхода основного заболевания с использованием коэффициента ко-морбидности Charleson М.Е. (1987).

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Несмотря на всестороннее изучение, пневмококковая инфекция до настоящего времени остается актуальной проблемой медицины, являясь причиной различных форм инфекционного процесса.

В Приморском крае и г. Владивостоке постоянно регистрируется высокий уровень заболеваемости, ведущим этиологическим агентом которой является S.pneumoniae. В г. Владивостоке постоянно отмечается заболеваемость пневмококковыми инфекциями, средний уровень которой за исследуемый период (1998-2005) составляет 6,13±0,29 [5,44-6,81] на 10 ООО населения, при этом минимальный уровень составляет 4,5 на 10 ООО населения, максимальный уровень заболеваемости составляет 6,6 на 10 000 населения. Наблюдается достоверно выраженная тенденция к повышению заболеваемости пневмококковыми инфекциями с темпом прироста 6,3% в год. Согласно литературным данным как российских, так и зарубежных специалистов, средний показатель заболеваемости пневмококковыми пневмониями с учетом данных о заболеваемости пневмониями, отитами и синуситами — заболеваниями, где пневмококк является ведущим этиологическим агентом — должен составить 32,73±1,58 %оо [28,98-36,48], отитами 12,13±0,54 %оо [10,84-13,42], синуситами 36,2±1,04 %оо [33,76-38,69], что подтверждает предположение о недостаточном качестве диагностики и наличии сложностей в организации эпидемиологического надзора в отношении пневмококковых инфекций.

Объективно существует проблема гиподиагностики заболеваемости, вызванной S.pneumoniae, что ведет к отсутствию регулярного учета заболеваемости, и отсутствию системы мер противоэпидемических мероприятий в отношении пневмококковой инфекции.

Изучив структуру заболеваемости пневмококковыми инфекциями методом ретроспективного анализа заболеваемости, мы обнаружили, что в структуре инвазивных пневмококковых инфекций, лидирующее место занимает пневмококковая пневмония (78,8%). При этом заболеваемость у детей до 14 лет составила 2,74 на 10 тысяч (инцидентный показатель по данным 2004 года) и у взрослых старше 55 лет заболеваемость пневмококковыми пневмониями состав 10,66 на 10 тысяч (инцидентный показатель по данным 2004). Пневмококковые бактериемии чаще всего регистрируются у детей младше 14 лет (2,23 на 10 тысяч), вместе с тем, они отмечаются и у взрослых (18-55 лет) — 0,29 на 10 тысяч, а также у лиц старше 55 лет— 0,42 на 10 тысяч. Заболеваемость пневмококковыми менингитами у детей составляет 0,11 на 10 тысяч, при том, что пневмококковые менингиты не были отмечены ни в какой другой возрастной группе. Сравнив полученные показатели с данными мировой литературы и опытом российских специалистов, можно утверждать, что полученные данные, в целом, отражая характерные особенности заболеваемости инвазивными формами пневмококковых инфекций в различных возрастных группах, иллюстрируют проблему гиподиагностики пневмококковых инфекций как в педиатрической службе, так и в здравоохранении, обслуживающем взрослое население, что также неизбежно осложняет организацию медико-профилактических мероприятий.

Основными факторами риска развития заболевания инвазивными формами пневмококковых инфекций является курение (ОШ=4,45), не менее важным является и учет информации о перенесенном остром отите (ОШ=8,4) и пневмонии (0111=5,9). Регулярное употребление алкоголя увеличивает вероятность развития инвазивных форм пневмококковых инфекций в 2,57 раз, наличие хронического тонзиллита в анамнезе — в 2,29 раз, неконтролируемого применения антибактериальных химиопрепаратов— в 2,11 раз. При этом сочетание 2-х факторов риска отмечалось у 136 (45,63%) пациентов, 3-х и более - у 82 (27,8%) пациентов. Кроме того, отмечена особая роль для развития пневмококковых инфекций наличия в анамнезе хронической патологии и снижения иммунного статуса: при наличии хронических сопутствующих заболеваний вероятность развития инвазивными пневмококковыми инфекциями увеличивается в 14,4 раз.

При анализе эпидемической ситуации по неинвазивным пневмококковым инфекциям, было установлено, что в структуре заболеваемости лидирует острый синусит — в 52,5% случаев был отмечен синусит (или обострения хронических синуситов) с различными осложнениями; в 47,5% — зарегистрирован острый отит. Несмотря на показанную нами проблему гиподиагностики также и неинвазивных форм пневмококковых инфекций (когда существующий показатель регистрируемых, к примеру, пневмококковых отитов у детей в десятки раз ниже регистрируемых показателей в других регионах России и зарубежом), в возрастной структуре заболеваемости можно отметить не только преобладание заболевших детей младше 14-ти лет, но и подъем заболеваемости в возрастной группе старше 55 лет, с дальнейшим формированием достаточно постоянного уровня заболеваемости в старших возрастных группах.

Наиболее актуальным фактором риска по развитию неинвазивных форм пневмококковых инфекций является наличие в анамнезе пневмонии (0111=6,83), что косвенно является доказательством в обоих случаях этиологической роли S.pneumoniae. Наличие хронической соматической патологии с нарушением иммунного статуса также является фактором риска по развитию неинвазивных форм пневмококковых инфекций (ОШ=5,45); также актуальны и указания на перенесенный острый отит (0111=1,6) и острый синусит (ОШ=2,3).

При оценке носительства штаммов S.pneumoniae в группах обследуемых без сопутствующих заболеваний и в группах обследуемых с сопутствующими заболеваниями, оказалось, что наличие сопутствующих заболеваний действительно влияет на возможность развития пневмококковой инфекции, причем в большей мере, чем возрастной фактор, что подтверждается результатами наших исследований. Так частота носительства S.pneumoniae у людей с сопутствующей заболеваемостью составляет 56,48±3,07% [47,4-65,56], тогда как у обследуемых любого возраста без сопутствующих заболеваний, частота носительства возбудителя составляет у взрослых 10,13±3,61% [3,4323,7], и 18,72±3,61% [7,04-30,4]. у детей При этом у взрослых с сопутствующими заболеваниями она в среднем составляет 51,9±6,17%[25,33-48,36], а у детей с сопутствующими заболеваниями - 52,75±6,77%[31,19-74,3]. Таким образом, уровень носительства при наличии хронической патологии увеличивается в 3 раза у детей, и в 5 раз - у взрослых. Это, несомненно, является важным фактором риска в развитии инфекционного процесса любой локализации, т.е. как инвазивных, так и неинвазивных форм пневмококковой инфекции, что подтверждается наличием подъема заболеваемости в группе носителей S.pneumoniae с наличием сопутствующих заболеваний (ко-морбидного фона) в анамнезе.

Несмотря на актуальность проблемы, до сих пор не рассматривались эпидемиологические особенности инфекционной патологии не рассматривались в связи с анамнезом больного и состоянием его иммунного статуса, что, являясь немаловажным критерием для оценки течения инфекционного процесса, не позволяло прогнозировать исход тех или иных форм пневмококковой инфекции. Применив для проспективной оценки заболеваемости метод Charleson ME (1987), мы провели прогностический анализ выживаемости больных инвазивными пневмококковыми инфекциями, согласно которому больные с сопутствующей патологией, оцениваемой индексом ко-морбидности около 10 имели выживаемость в случаев инвазивных пневмококковых инфекций 55,5%; а больные с индексом ко-морбидности 18 и более - 42,3%.

При анализе исследуемой популяции штаммов пневмококка, был обнаружен ряд особенностей развития процессов устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам в зависимости от формы инфекционного процесса, вызываемого данной инфекцией.

В популяции штаммов S.pneumoniae, вызвавших инвазивные формы пневмококковых инфекций, значительную часть составляют штаммы, нечувствительные к ТМП-сульфаметоксазолу (52,34%), к препаратам ряда тетрацикли-нов (58,04%), к клиндамицину (32,88%); к препаратам ряда макролидов — устойчивостью к эритромицину обладают 12,08% (при этом умеренно устойчиво всего 11,4%), к кларитромицину —14,09% (умеренно устойчиво 12,41%); к препаратам ряда фторхинолонов— к ципрофлоксацину устойчиво 12,75%, тогда как к левофлоксацину— всего 4,02% выделенной популяции. При этом, популяция штаммов, выделенных при инвазивных формах пневмококковых инфекций, обладает достаточно низкой устойчивостью к пенициллину: устойчиво всего 4,36%, а умеренно устойчиво — 7,04%.

В целом, полученные данные позволяют предположить, что в популяции штаммов S.pneumoniae, вызывающих инвазивные формы пневмококковых инфекций, развиваются процессы формирования устойчивости к препаратам ряда макролидов и фторхинолонов.

Среди штаммов пневмококка, выделенных от носителей, развиваются сходные процессы по формированию устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам. Так, при отсутствии пенициллинустойчивых штаммов, достаточно высок удельный вес штаммов, устойчивых к триметоприм-сульфаметоксазолу (22,89%), тетрациклину (12,04%), при этом, в популяции штаммов пневмококка, выделенных от носителей, также можно отметить развитие устойчивости к эритромицину (18,07%).

В популяции штаммов, вызвавших неинвазивные пневмококковые инфекции, устойчивость к антибактериальным химиопрепаратам развивается в том же направлении, что и в популяции штаммов, вызвавших инвазивные формы инфекции. При низком содержании в изучаемой популяции штаммов, устойчивых к пенициллину (5%), отмечается высокий удельный вес штаммов, устойчивых к триметприм-сульфаметоксазолу (30%) ,тетрациклину (30%) и клиндамицину (22,5%), выражена устойчивость к эритромицину (17,5%), кларитромицину (20%); а также к препаратам ряда фторхинолонов — ципрофлоксацину (10%) и левофлоксацину (7,5%).

Несмотря на различное эпидемиологическое значение (инвазивная инфекция, неинвазивная, или носительство), отсутствуют различия в частоте выделения устойчивых и умеренно-устойчивых штаммов пневмококка в зависимости от клинического материала в популяции штаммов, выделенных от больных с инвазивными формами инфекций (12,08%), неинвазивными формами инфекций (17,5%) и от носителей (18,07%). Тем не менее, отмечаемые различия в чувствительности к антибактериальным химиопрепаратам внутри группы штаммов S.pneumoniae, вызвавших инвазивные формы пневмококковых инфекций, могут быть объяснены сосуществованием в макроорганизме нескольких штаммов возбудителя с различным паттерном устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам. Это обеспечивает генотипические и фенотипические различия в антибактериальной чувствительности у этиологически значимых штаммов одного вида, выделенных из разных источников у больного с одной нозологической формой пневмококковой инфекции.

Частота выделения штаммов пневмококка, нечувствительных к антибактериальным химиопрепаратам, выделенных у носителей увеличивается в возрастной категории детей от 5 до 18 лет; у больных неинвазивными инфекциями - количество штаммов, устойчивых к эритромицину увеличивается с возрастом пациента: при 0% у детей до 5 лет, данный показатель увеличивается до 4,6% у детей в возрасте до 18 лет, достигая показателя 29,2% у взрослых; в популяции микроорганизмов, выделенных от больных инвазивными формами пневмококковых инфекций, стоит отметить, что особенностью здесь является увеличение количества таких изолятов в группе детей от 5 до 18 лет, и некоторое снижение таких штаммов в группе взрослых и в группе пациентов старше 65 лет.

Наиболее часто среди выделенных S.pneumoniae, вызывающих инвазивные формы инфекций, встречаются нетипируемые штаммы (22,81%). При этом, распределение штаммов различных серотипов внутри возрастных групп пациентов инвазивными формами пневмококковых инфекций также подтверждает полученный вывод о том, что среди штаммов пневмококка, вызывающих инвазивные заболевания, лидируют нетипируемые штаммы (у детей — 22,22%, у взрослых-16,9%, у пациентов старше 65 лет- 23,33%).

Рассматривая серотиповой состав штаммов S.pneumoniae, вызвавших неинвазивные формы заболеваний, можно отметить, что при значительной роли 6, 23 и 35 серотипов (8,75%, 7,5% и 7,5% соответственно), не представляется возможным выделить преобладание какого-либо серотипа. При анализе серотипового состава штаммов, выделенных у здоровых лиц, также можно отметить роль штаммов пневмококка 6 серотипа (13,25%), а также нетипируемых штаммов (20,73%).

Распределение штаммов S.pneumoniae в разных возрастных группах носителей также характеризуется значительной ролью редко встречающихся и нетипируемых штаммов, так у детей такие штаммы выделяются в 14,07% и 20,73% случаев. При обследовании взрослых и пациентов старше 65 лет установлено, что у них носительство обусловлено выделением 5 и 16 серотипов, при этом носительство нетипируемых штаммов остается не менее актуальным.

Частота выделения штаммов одной и той же серогруппы в популяции микроорганизмов, выделенных от носителей, коррелирует прямыми сильными достоверными связями. Данный факт подтверждает обусловленность развития у населения из разных возрастных групп различных форм пневмококковых инфекций носительством возбудителя, а также позволяет сделать предположение о циркуляции одного или нескольких штаммов пневмококка определенных серогрупп, связанных с развитием инвазивных или неинвазивных форм инфекционного процесса.

Таким образом, при исследовании популяции штаммов пневмококка, выделенной у больных инвазивными формами, неинвазивными формами пневмококковой инфекции, а также у носителей, оказалось, что при различной эпидемиологической значимости, к которой относится и возможность вызывать различные проявления эпидемического процесса, все три исследуемые группы характеризуются сходными тенденциями в формировании устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам, обладая, при этом, различным серотиповым составом.

При проведении анализа устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам в популяциях штаммов S.pneumoniae, вызвавших различные клинические формы пневмококковой инфекции, было выяснено, что в целом, наблюдается тенденция к увеличению числа штаммов пневмококка, нечувствительных к препаратам ряда бета-лактамов, так к пенициллину нечувствительны 11,4% штаммов, выделенных от больных инвазивными формами инфекции, 8,75% штаммов, выделенных от больных с неинвазивными заболеваниями и 3,61% штаммов, выделенных от носителей. Также, отмечается снижение чувствительности к макролидам штаммов, вызвавших инвазивные формы инфекции, среди них нечувствительных к эритромицину было выделено 23,49%, среди штаммов, выделенных от больных с неинвазивными формами пневмококковых инфекций - 32,5%; а у носителей - 38,5%. Регистрируется также снижение чувствительности к фторхинолонам, среди инвазивных штаммов выделено 29,86% нечувствительных к ципрофлоксацину и 10,06% нечувствительных к левофлоксацину; а среди неинвазивных - 27,5% и 16,25% соответственно. Среди штаммов, выделенных от носителей отмечается схожая тенденция: 21,64% и 8,42%. При этом, следует отметить явление полирезистентности, связанное со снижением чувствительности к пенициллину отмечаемое, прежде всего, в отношении штаммов, нечувствительных к эритромицину и фторхинолонам, так из 128 эритромицинечувствительных штаммов, выделенных у больных неинвазивными, инвазивными формами инфекций и у носителей, 44 были нечувствительны к пенициллину, и 19 - к фторхинолонам.

Для характеристики предполагаемого эпидемического геноварианта S. pneumoniae был проведен мониторинг популяции полирезистентных штаммов пневмококка, выделенных в группах больных инвазивными формами инфекции, неинвазивными формами, а также - у носителей, методом анализа полиморфизма рестрикционных фрагментов в предложенном нами варианте с рестрикцией NCR участка ДНК.

Изученные популяции штаммов S.pneumoniae не могут характеризоваться преобладанием штаммов какого-либо серотипа. Полученные данные подтверждают, с одной стороны взаимосвязь исследуемых популяций, однако дают минимальную информацию в плане эпидемиологического надзора. Штаммы S.pneumoniae одного и того же серотипа из групп, выделенных от больных инвазивными формами, неинвазивными и от носителей, различаются по устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам (включая и изменения МИК), обладают различным генотипом.

Методика анализа полиморфизма рестрикционных фрагментов позволила выделить в исследуемой популяции 11 генотипов пневмококка, индивидуальность которых была подтверждена данными мультилокусного сиквенстипирования, а также серотиповыми различиями и различиями в генотипах, выделенных методом гель-электрофореза в пульсирующем поле.

Среди возбудителей пневмококковых инфекций, выделенных от больных инвазивными и неинвазивными фомрами пневмококковых инфекций, а также от носителей, методом мультилокусного сиквенс-типирования, выявлено, что все штаммы, выделенные во всех трех популяциях, представляют собой родственные изоляты вида S.pneumoniae, большинство из которых обладают уникальным генотипом, определяющим наличие одного сиквенс-типа для каждого штамма. При этом, определено 6 кластерных групп, которые содержат штаммы, выделенные от разных больных, обладающие различными молекулярно - эпидемическими характеристиками (серотип, устойчивость к антибактериальным химиопрепаратам), которые, являясь генетически близкородственными, вызвали различные проявления пневмококковой инфекции.

При количественном анализе генетических особенностей выделенных штаммов, популяция выделенных штаммов является достаточно вариабельной, так коэффициент генетического разнообразия составил 0,808 ±0,02. Наиболее вариабельными из всех изученных нами штаммов, выделенных от больных инвазивными формами, неинвазивными формами, а также у носителей, являются штаммы, выделенные от носителей коэффициент вариабельности по большинству локусов (gdh, gki, spi, xpt, ddl) составляет 1; за исключением локусов гесР (0,6667) и локуса агоЕ (0,6667). Коэффициент ассоциации с учетом всех исследованных локусов ДНК штаммов пневмококка, выделенных от носителей, также выше и составляет 0,904±0,06, что выше, чем в ДНК штаммов, выделенных от больных неинвазивными формами инфекций (0,802. ±0,03) и больных инвазивными формами инфекций (0,789±0,03), что подтверждает тот фаю1, что штаммы, вызвавшие инвазивные формы инфекций, обладают определенным фено- и генотипическим сходством, обусловившим их способность вызывать инвазивные формы пневмококковых инфекций. При этом, полирезистентность в изучаемых нами штаммах обусловлена интенсивно происходящими процессами горизонтального обмена генетической информацией, что подтверждается анализом результатов гибридизации. Анализируя уровень устойчивости к антибиотикам, можно сделать вывод о преобладании тех или иных механизмов устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам. В первую очередь, они были обусловлены определенными генетическими детерминантами, преобладающими в различных TRFLP-rpynnax и выделенных при анализе полиморфизма рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК пневмококка.

Таким образом, выявленные нами особенности гибридизации с праймерами к основным генетическим детерминантам устойчивости к антибиотикам, позволяют предположить, что существует преобладание определенных механизмов устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам в штаммах S. pneumoniae различных TRFLP-группах, что и было подтверждено нами результатами сиквенирования.

Из вышеприведенных данных следует, что ведущим механизмом выработки устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам ряда макролидов является активация mef- оперона, а именно, гена mefE (64,7%); до 20,5% исследуемых нами штаммов обладают коньюгативным транспозоном Тп1545, являющимся маркером устойчивости к макролидам и тетрациклину и способным только к горизонтальному переносу, причем следует отметить, что его могут содержать от 30 до 50% штаммов в отдельных TRFLP-группах (группа Н). Неконьюгативный транспозон Тп917 (8,8%) также является маркером перекрестной устойчивости к макролидам, и эпидемиологически в силу своей неконьюгативности, распространяется в популяции как горизонтально, так и клонально. Устойчивость к фторхинолонам, распространенная в отдельных TRFLP-типах, в целом обусловлена индуцибельной активацией генов устойчивости к фторхинолонам, что установлено у 23,88±11,91% штаммов. Исключение составляет преобладание (47%) в изучаемой популяции мутации в гене parC, вызывающей замену аденина на гуанин в 83 позиции, приводя к замене в топоизмомеразе 4 аспарагина на глицин.

Несмотря на значимость пневмококковой инфекции, эпидемическая ситуация в отношении данной инфекции обусловлена во многом объективной сложностью микробиологической диагностики S.pneumoniae, не позволяющей до настоящего времени создать так называемый «золотой» стандарт диагностики пневмококковой инфекции, а также проводить мониторинг пневмококковой инфекции. Для решения данной задач был применен метод анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S.pneumoniae, где в качестве диагностической мишени был использован некодирующий фрагмент (NCR) геномной ДНК S.pneumoniae, ранее не применявшийся в таком качестве.

Некодирующий фрагмент (NCR) геномной ДНК S.pneumoniae является видоспецифичным участком, и обладает свойствами, объясняющими его использование в качестве оптимальной диагностической мишени для диагностики пневмококка, в связи с техническими преимуществами выполнения полимеразной цепной реакции, которые не были достигнуты при использовании других участков генома S.pneumoniae, такие как локализация изучаемого фрагмента в непосредственной близости от гена, кодирующего видоспецифический фактор вирулентности пневмококка- пневмолизин; консервативность фланкирующих их участков (SP1922 (гипотетический протеин) и SP1923 (пневмолизин)); наиболее приемлемый размер (1182 bp) выбранного ампликона; амплификация вариабельного участка генома.

В связи с применением для создания праймера новой диагностической мишени была оптимизирована схема ПЦР реакции для оптимизации параметров ренатурации с целью увеличения выхода конечного ПЦР-продукта. В частности, мы пришли к выводу, что оптимальным числом циклов, обеспечивающих максимально возможный выход амплифицированного продукта, является 30; другие параметры не нуждались в оптимизации, и были проведены согласно общепринятым правилам.

В результате серии проведенных опытов с использованием предложенного нами варианта ПЦР реакции, праймер, созданный на основе последовательности NCR фрагмента, действительно оказался высокочувствительным и высокоспецифичным видовым маркером. Реакция была положительна как с контрольными, так и с референтными штаммами (R6, TIGR4), и она была отрицательна с близкородственными штаммами семейства стрептокококков, а также была отрицательна со штаммами, неродственными S.pneumoniae, но наиболее часто выделяемыми вместе с ним в составе ассоциаций микроорганизмов из клинических образцов.

Кроме того, чувствительность NCR фрагмента для диагностики S. pneumoniae не связана с серотиповой принадлежностью выделенного штамма. Проведенный количественный анализ ПЦР продукта показал отсутствие какой-либо взаимосвязи, и вне зависимости от серотипа средний размер амплифицированного фрагмента составлял 1268±6,57 bp [1254,997-1281,603].

Для проведения предложенного нами варианта метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК пневмококка были выбраны рестриктазы —Alul, Ddel, Msel- и охарактеризован полиморфизм фрагментов, являющийся фактически уникальным для каждого штамма.

Изучение характера полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов при примении данных рестриктаз позволило создать оптимальную схему и последовательность их применения в предложенном нами варианте метода для диагностики пневмококковой инфекции. Кроме того, были обнаружены характерные особенности полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов, свидетельствующие о возможности дифференцировать несколько штаммов пневмококка в одном клиническом образце.

При исследовании клинического образца, было выяснено, что максимальная вероятность идентификации монокультуры при рестрицировании ДНК только одной рестриктазой не превышает 69% {Alul), а максимальная вероятность выделения ассоциации при использовании одной рестриктазы не превышает 42% {Msel). Тем не менее, при применении последовательного рестрицирования по предложенной нами схеме, вероятность идентификации монокультуры возрастает до 95%, при этом «не идентифицированными» штаммами, то есть штаммами, входящими в состав ассоциаций штаммов пневмококка, для идентификации которых может потребоваться дополнительная рестрикция, являются только 5%.

Чувствительность и специфичность метода составили 98,98% и 97,09%, при этом ПЦПР (прогностическая ценность положительного результата) и ПЦОР (прогностическая ценность отрицательного результата) соответственно 97% и 99,01%. При применении метода для исследования различных клинических образцов было выяснено, что она фактически является 100%-ной, что в сравнении с чувствительностью и специфичностью применения рутинного бактериологического метода, позволяет считать предлагаемый нами вариант метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов ПЦР продукта NCR фрагмента более перспективным.

Разрешающая способность предлагаемого нами варианта метода достаточно высока 0,97 [0,96-0,98,ДИ 95%], при том, что разрешающая способность наиболее популярного метода эпидемиологического исследования - серотипирования - составляет всего 0,93 [0,92-0,94, ДИ 95%], пульс-электрофорез способен идентифицировать внутривидовые различия в 95% случаев (0,95 [0,96-0,97, ДИ95%]). Это подтверждает вывод о том, что разрешающая способность варианта метода анализа полиморфизма конечных рестрикционных фрагментов ПЦР продукта NCR фрагмента превышает разрешающую способность других методов, направленных на решение аналогичных задач, обладая при этом в лабораторных условиях идентифицировать 42 типа пневмококка из 100 штаммов с максимальным возможным пределом допустимых межтиповых различий 5%.

Таким образом, результаты, полученные при проведении метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S.pneumoniae TRFLP-группах, позволяют сделать вывод о существовании особенностей распространения генетических детерминант устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам, а также развития механизмов, их обусловливающих; что подтверждает эпидемиологическую значимость проведенного нами исследования. Кроме того, полученные результаты выявили особенности распространения генетических детерминант в популяциях штаммов, вызвавших инвазивные и неинвазивные формы пневмококковых инфекций, а также выделенных от носителей, что было подтверждено выявлением коньюгативных и неконьюгативных транспозонов и что доказало возможность распространения в определенных TRFLP-группах полирезистентных штаммов пневмококка, что может привести к формированию эпидемического варианта.

Представленные результаты подтверждают эпидемиологическую значимость TRFLP-типирования как метода, позволяющего оценить вирулентность исследуемых штаммов: штаммы TRFLP-групп (C,F,I,K) имеют уникальный паттерн геновариантов исследованных нами факторов вирулентности; группы А, В, Е, Н, J обладают геновариабельностью в пределах двух аллелей (за исключением генов ply и lytA в группах Н и А соответственно), что также может иметь как эпидемиологическое, так и микробиологическое значение. Изучение генетических взаимосвязей между штаммами, выделенными в различном клиническом материале, позволило выявить, что несмотря на то, что в целом, характер распространения пневмококка в популяции носит поликлональный характер, штаммы определенных TRFLP-групп, как например, групп D и Н, обладают способностью к клонально-поликлональному распространению, а в некоторых случаях (как было обнаружено на примере исследования крови и ликвора), и к клональному распространению. Это позволяет говорить об особой роли штаммов данных групп и позволяет считать их эпидемическими геновариантами.

На основании вышесказанного можно сделать вывод, что TRFLP-типирование, проведенное с применением метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S.pneumoniae, является эффективным методом. Он позволяет оценить распространение основных генетических детерминант не только антибиотикорезистентности, но и наиболее значимых в патогенезе пневмококковой инфекции факторов вирулентности, определяющих развитие различных форм пневмококковых инфекций, анализ эпидемических особенностей которых позволяет обосновать проведение противоэпидемических мероприятий при пневмококковых инфекциях.

Кроме того, применение метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S.pneumoniae позволяет решить проблему микробиологической диагностики штаммов пневмококка в разнообразном клиническом материале, диагностировать пневмококки, как в монокультуре, так и в ассоциации, что обусловливает возможность рациональной организации диагностического процесса, и определяет адекватную диагностику инвазивных и неинвазивных форм пневмококковых инфекций. Из вышесказанного следует, что принципиальная схема эпидемиологического надзора за пневмококковой инфекцией должна включать элементы как молекулярно-эпидемиологического мониторинга, так и эпидемиологических исследований за пневмококковой инфекцией.

Таким образом, метод анализа полиморфизма рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S.pneumoniae служит адекватной современной методикой при организации и проведении противоэпидемических мероприятий при пневмококковой инфекции. Это дает возможность не только ретроспективно изучать эпидемические свойства возбудителя пневмококковых инфекций, S.pneumoniae, но и возможность прогнозировать появление эпидемических вариантов на основе изучения фазовых генетических изменений.

Список литературы диссертационного исследования доктор медицинских наук Мартынова, Алина Викторовна, 2008 год

1. Авдеев, С.Н. Тяжелая внебольничная пневмония / С.Н. Авдеев // Рус.мед.журн.: РМЖ— 2001. — Т.9, № 5. — С. 177-182.

2. Активность ряда ферментов анаболического ряда у штаммов Streptococcus pneumoniae, содержащих плазмиды устойчивости к антибиотикам / С.Р.Козицкая, В.Г. Гаврилюк, Л.П. Голодок и соавт. // Микробиологический журнал — 1997.-—Т.59,№1.— С.37-41.

3. Анализ чувствительности возбудителей внебольничных пневмоний к азитромицину / С.Д. Митрохин, О.Н. Зайцева, Т.Д. Константинова,

4. B.Е. Ноников, Е.В. Никушкин, М.И. Крючков // Антибиотики и химиотерапия — 1999. — Т.43,№4 — С.40-42.

5. Бачинская, Е.Н. Возбудители внебольничных пневмоний на пороге нового тысячелетия / Е.Н. Бачинская // Антибиотики и химиотерапия.—2000.— Т.45,№11.— С.21-28.

6. Белобородов, В.Б. Антибактериальная терапия инвазивной пневмококковой инфекции и проблема резистентности пневмококков /

7. B.Б. Белобородов // Инфекции и антимикробная терапия.—2000.— Т.6,№2.—С. 168—172.

8. Белобородова, Н.В. Антибиотики гликопептиды: клиническое значение / Н.В. Белобородова // Рус.мед.журн.: РМЖ.—Т.6,№13. —1. C.832-835.

9. Белоусов, Ю.Б. Применение фторхинолонов в лечении внебольничных и внутрибольничных пневмоний / Ю.Б. Белоусов,

10. Ж.А. Галеева, О.В. Ефременкова // Пульмонология.— 1999.—№1.— С.13-17.

11. Богданов, М.Б. Микробиологическая оценка антибактериальных препаратов, используемых для эмпирической терапии внебольничных инфекций нижних дыхательных путей / М.Б. Богданов, Т.В. Черненькая // Антибиотики и химиотерапия.— 2000.— Т.45,№10.— С.15-19.

12. Брико, Н. И., Филатов Н. Н., Лыткина И. Н. и соавт. «Профилактика стрептококковой (группы А) инфекции», Санитарные правила (СП)./Н.И. Брико, Н.Н. Филатов, И.Н. Лыткина // М.: Экоплан,1998 .— 15 с.

13. Брико, Н.И. Лабораторная диагностика стрептококковых инфекций. Пособие для врачей и научных работников / Н.И. Брико, А.С. Ещина, Л.А. Ряпис // М.: Хризостом,2000.— 64 с.

14. Брико, Н.И. Состояние и перспективы лабораторной диагностики стрептококковой инфекции в России / Н.И. Брико // Клиническая лабораторная диагностика.— 2000.—№8.— С. 12-15.

15. Буданов, С.В. Азитромицин (сумамед) —- основные свойства и особенности применения в терапии внебольничной пневмонии / С.В. Буданов // Антибиотики и химиотерапия.— 2000.— Т.45,№10.— С.28-38.

16. Бухарин, О.В. Механизмы персистенции бактерий — патогенов / О.В. Бухарин //Вестник РАМН.— 2000—Т.2,№4.— С.43-49.

17. Вишнякова, JT.A. Адгезия Streptococcus pneumoniae на эксплантантах трахеи мышей и ее ингибирование углеводными препаратами / JI.A. Вишнякова, Ю.В. Резцова // Журн микробиологии, эпидемиологии и иммуннобиологии.— 1999.—Т.2., №3.— С.26-28

18. Вишнякова, Л.А.Нейраминидаза различных штаммов Streptococcus pneumoniae / Л.А. Вишнякова, Н.Е. Резцова // Журн. Микробиол.— 1990.—№2.—С.108-109.

19. Вишнякова, Л.А.Некоторые вопросы эпидемиологии пневмококковой инфекции / Л.А. Вишнякова, М.Е. Фаустова, Т.С. Сологуб // Журнал микробиологии — 1988.—№8.— С.64-68.

20. Внебольничная пневмония у взрослых: практические рекомендации по диагностике, лечению и профилактике / А.Г. Чучалин, А.И. Синопальников, С.В. Яковлев и соавт. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. — 2003.— №3.— С.198-224.

21. Гучев, И.А.Антибиотикопрофилактика вспышек внебольничной пневмонии в гомогенной популяции / И.А. Гучев, О.И. Клочков // Качественная клиническая практика.—2003.—№1.— С.24-29.

22. Гучев, И.А.Пневмонии в военных коллективах / И.А. Гучев, А.И. Синопальников // Рус. мед. журн: РМЖ. — 2001.— Т.3,№1.— С.25-28

23. Дворецкий, Л.И. Ошибки антибактериальной терапии инфекций дыхательных путей в амбулаторной практике / Л.И. Дворецкий, С.В. Яковлев // Инфекции и антимикробная терапия.— 2001.—Т. 3, №1— С.12-17.

24. Дмитриева, Т.Б. Здоровье населения и национальная безопасность/Т.Б. Дмитриева// Рос. мед. вест.—1997. — №.3.—С.5-14.

25. Досуточная летальность в стационаре при внебольничной пневмонии / А.Л. Верткин, А.В. Наумов, Е.И. Вовк и соавт. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия.— 2003. — Т.5, №4. — С.380-388.

26. Евдощенко, Е.А. Острый средний отит и его осложнения / Е.А. Евдощенко // Журнал ушных, носовых и горловых болезней. — 1983. —№6. —С.7-14.

27. Езепчук, Ю.В. Роль нейраминидазы в функции бактериальных токсинов / Ю.В. Езепчук // Молекулярная генетика. — 1983.—№3. — С.21-23.

28. Жданова, Л.Г.К 100-летию открытия пневмококка / Л.Г. Жданова // Журнал микробиологии. — 1981. —№12.—С.3-5.

29. Зубков, М.Н. Микробиологические аспекты диагностики пневмоний / М.Н. Зубков, Е.Н. Гугуцидзе // Пульмонология.— 1997.—Т.1., № 3.— С.41-45.

30. К вопросу о профилактике острых респираторных вирусных инфекций и пневмоний в войсках / В.И. Сибилев, В.А. Хоженко, В.И. Рыжиков и др. // Военно-медицинский журнал.— 1999.—№ 2.—С. 18-22.

31. Карбон, К. Значение новых макролидов при лечении внебольничных инфекций дыхательных путей: обзор экспериментальных и клинических данных / К. Карбон, М.Д. Пул // Клиническаямикробиология и антимикробная химиотерапия.— 2000.—Т.1., №2.— С.47-59.

32. Карпов, О.И. Комплаенс антибиотикотерапии инфекций дыхательных путей / О.И. Карпов // Антибиотики и химиотерапия. — 1999.— Т.44,№8. — С.37-44.

33. Кинг, Т. Е. Внебольничная пневмония / Т.Е. Кинг // Международный журнал медицинской практики.— 1999.—Т.11,№3.— С.34-36.

34. Козлов, М.Я. Острые отиты у детей и их осложнения / М.Я. Козлов.— Л.Медицина, 1986.—232 с.

35. Козлов, Р.С. Пневмококки: прошлое, настоящее и будущее / Р.С. Козлов,- Смоленск: Смоленская государственная медицинская академия, 2005.— 128с.

36. Козлов, Р. С. Современные возможности специфической профилактики пневмококковых инфекций / Р.С. Козлов // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия.— 2002.—-Т.4,№ 1.— С. 61-69.

37. Красильников, И. А. Заболеваемость инфекциями дыхательных путей в Санкт-Петербурге и Северо-Западном округе / И.А. Красильников. — СПб.: ТИТ «Комета», 2000.— 120 с.

38. Лечение бактериальных пневмоний в дневных стационарах / И.Ф. Литова, О.Е. Попова, С. Л. Жаравина, С.В. Морозова, В. Л. Архиповский // Экология человека.—■ 2000.—№1.—С.13-14.

39. Лобзин, Ю.В. Руководство по инфекционным болезням / Ю.В. Лобзин, А.П. Казанцев.— СПб.: ТИТ «Комета», 1996.—720 с.

40. Лызлова, Л.В. Растворимый фибронектин: биологические функции и роль в системе «паразит-хозяин» / Л.В. Лызлова, К.Б. Грабовская, А.А. Тотолян //Журн. Микробиол.—1990.—№9.—С.112-120.

41. Маркова, А.И. Пневмококковый менингит / А.И. Маркова // Острые менингиты: сб. научн. трудов НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи АМН СССР. — М., 1982.—Т.150.—С.13-15.

42. Никонова, Е.В. Клинико-диагностические аспекты пневмоний /'Е.В. Никонова, А.Л. Черняев, А.Г. Чучалин // Пульмонология. — 1997. — №1.— С.60-63

43. Новиков, Ю.К. Диагностика и лечение внебольничных пневмоний / Ю.К. Ноников // Рус.мед.журн.: РМЖ.—2001.—Т.З., №1.—С.11-16.

44. Ноников, В.Е. Тактика антибактериальной химиотерапии пневмоний / В.Е.Ноников // Рус.мед.журн.: РМЖ. — 1997. — Т.5,№24. —С.1570-1578.

45. Об унификации микробиологических (бактериологических) методов исследования, применяемых в клинико-диагностических лабораториях лечебно- профилактических учреждений. Приказ МЗ СССР № 535 от 22 апреля 1985 г.

46. Огарков, П.И. Этиологическая характеристика внебольничных пневмоний и их специфическая иммунопрофилактика / П.И. Огарков, С.Д. Жоголев // Вакцинация — 2003.—Т.29, №.5.—С.2-3.

47. Покровский В.И., Прозоровский С.В., Малеев В.В., Тартаковский И.С. Этиологическая диагностика и этиотропная терапия острыхпневмоний/В.И.Покровский, С.В.Прозоровский, В.В. Малеев, И.С. Тартаковский. — М: Медицина, 1995.—140 с.

48. Покровский, В.И. Медицинская микробиология / В.И. Покровский, O.K. Поздеев. — М.: ГЭОТАР МЕДИЦИНА, 1999.—1200 е.: ил.

49. Правила и техника получения проб клинического материала для исследования в лаборатории клинической микробиологии: метод, указания.— М: Главное управление здравоохранения Администрации Московской области, 1997.—350 с.

50. Практические рекомендации по рациональной антибиотикотерапии в амбулаторной практике / С.В. Сидоренко, И.П. Фомина, B.C. Шухов и соавт. // Клин фармакол тер.— 1999.—Т. 9,№2.— С. 10-11.

51. Равид, Сарит. Адгезивные молекулы и их роль в воспалительном процессе / Сарит Равид, Алекс Эциони // Международный медицинский журнал.— 2000.—№1.—С.942-946.

52. Разработка программы эмпирической антибактериальной терапии внебольничной > пневмонии / М.П. Суворова, С.В. Яковлев, Т.В. Шахова, Л.И. Дворецкий // Антибиотики и химиотерапия. — 1998.— Т.43, №7.—С.31-35.

53. Ред.: Антибиотики в амбулаторной практике: некоторые проблемы / Редакционная статья // Клиническая фармакология и терапия.— 2000.—Т.9,№2.—С.3-5.

54. Ред.: Роль аминопенициллинов в лечении внебольничных инфекций / Редакционная статья // Клиническая фармакология и терапия.— 1999.—Т.8,№2.—С.8.

55. Ред: обзор: при диагностике внебольничных пневмоний точность результатов клинического обследования невелика / Редакционная статья: А.Г.Чучалин и др. // Пульмонология.— 1999.— №.1.—С. 43-47

56. Сидоренко С.В. Резистентность микроорганизмов и антибактериальная терапия / С.В. Сидоренко // Рус.мед.журн.: РМЖ,— 1999.—Т.6, №11— С.717-725.

57. Сидоренко, С.В. Перспективы контроля распространения антибиотикорезистентности / С.В. Сидоренко // Антибиотики и химиотерапия,—1998.—Т.43, №7.—С.3-5.

58. Сидоренко, С.В. Происхождение, эволюция и клиническое значение антибиотикорезистентности / С.В. Сидоренко // Антибиотики и химиотерапия.— 1999.—Т.44,№12.— С.19-21.

59. Синопальников, А.И. Внебольнично приобретенная пневмония: этиологический диагноз / А.И. Синопальников, И.С. Тартаковский, М.Б. Миронов // Антибиотики и химиотерапия.— 1997.—Т.42, №10.—С.38-42.

60. Синопальников, А.И. Новые рекомендации по ведению взрослых пациентов с внебольничной пневмонией / А.И. Синопальников, JI.C. Страчунский // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия.— 2001.— Т.З, № 1.— С. 18-21.

61. Синопальников, А.И. Роль и место макролидов в лечении внебольничпой пневмонии / А.И. Синопальников, О.В. Фесенко // Клиническая медицина .—1997, №6.—- С.12-19.

62. Синопальников, А. И. Макролиды: современная концепция применения / А.И. Синопальников, И.А. Гучев // Рус. мед. журн.: РМЖ— 2003.— №11.— С. 88—93.

63. Страчунский, JI.C., Козлов С.Н. Макролиды в современной клинической практике /Л.С. Страчунский, С.Н. Козлов.— Смоленск: Русич, 1998.—302 с.

64. Страчунский, Л.С. Пенициллины / Л.С. Страчунский // Антибиотики. Современные принципы рациональной антибиотикотерапии: сб материалов науч-практ конф, 8-9 июня 1999 года.—Владивосток: ООО «ИРА Комсомолка ДВ»,1999.—С.8-27.

65. Страчунский, Л.С. Проблемы и перспективы антибактериальной терапии / Л.С. Страчунский // Российские медицинские вести.— 1998,—№.1.—С.23-39.

66. Страчунский, Л.С. Состояние антибиотикорезистентности в России/ Л.С. Страунский // Клиническая фармакология и терапия.— 2000.— Т. 9,№2.—С.6-9.

67. Страчунский, Л.С. Цефалоспорины / Л.С. Страчунский // Антибиотики. Современные принципы рациональной антибиотикотерапии: сб материалов науч-практ конф, 8-9 июня 1999 года. — Владивосток: ООО «ИРА Комсомолка ДВ»,1999.—С.27-44.

68. Страчунский, JT.С. Эмпирическая антибактериальная терапия внебольничных пневмоний (обзор зарубежной литературы) / Л.С. Страчунский // Терапевтический архив.— 2001.—№.3.— С.68-73.

69. Структура и чувствительность к антибиотикам возбудителей внебольничных инфекционных заболеваний бактериальной природы у детей / Т.А. Самсыгина, Т.А. Дудина, М.А. Корнюшин, и др. //Антибиотики и химиотерапия.— 2000.—Т. 45.—№3.—С.15-19.

70. Христолюбова, Е.Н. Анализ пневмоний больных, умерших на дому / Е.Н. Христолюбова, Л.И. Волкова // Клиническая медицина.—2001.— Т. 79,№7.— С.46-49.

71. Цыганкова, О.И. Бактериальные гемолизины и их связь с вирулентностью / О.И. Цыганкова. — Ставрополь: Медицина, 1998.— 50 с.

72. Черненькая, Т.В. Современные проблемы и задачи микробиологической лаборатории многопрофильной больницы / Т.В. Черненькая, М.Б. Богданов // Клиническая лабораторная диагностика .—2000.—№2,— С.33-36.

73. Шагинян, И. А. Генетические маркеры в эпидемиологии бактериальных инфекций / И.А. Шагинян, М.Ю.Першина // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии.—1997.— №4.— С.54-59.

74. Шагинян, И.А. Геномный полиморфизм возбудителей бактериальных инфекций / И.А. Шагинян, A.JI. Гинцбург // Молекулярная генетика.— 1991.— №12.— С.3-9.

75. Щерба, Ю.В. Инфекционные и неинфекционные поражения системы органов дыхания при употреблении наркотических средств и психотропных веществ / Ю.В. Щерба // Журн. инфекц. патологии. — 2004.— Т.З, №4. — С. 117-121.

76. Юшон, Жерар. Внебольничные пневмонии / Жерар Юшон // Пульмонология. — 1997. — №1.—С.56-60.

77. Яковлев, А.А. Теоретические и прикладные аспекты морской эпидемиологии: автореф.дис.докт.мед.наук / Яковлев Анатолий Александрович. — Владивосток, 1996.—24 с.

78. Яковлев, С. В. Антибактериальная терапия тяжелой пневмонии / С.В. Яковлев // Антибиотики и химиотерапия.— 2000.—Т.45, №6.— С.40-43.

79. Яковлев, С. В. Клиническая химиотерапия бактериальных инфекций / С.В. Яковлев. — М.Медицина,1996. — 119 с.

80. Яковлев, С.В. Микробиологические и фармакологические факторы, определяющие клинический эффект антибиотикотерапии / С.В. Яковлев // Антибиотики и химиотерапия.— 1999.—Т.44,№5.— С.З-5.

81. Яковлев, С.В. Клиническая фармакология цефалоспоринов 4 поколения / С.В. Яковлев // Рус.мед.журн.:РМЖ.— 1999.—Т.6., №22— С.1449-1456.

82. A cluster of invasive pneumococcal disease in young children un child care / T.M.Cherian, M.C.Steinhoff, L.H. Harrison et al. // J.Am.Med.Assoc.— 1994.—Vol.271.—P.695-697.

83. A comparative clinical study of pneumonia by penicillin-resistant and -sensitive Streptococcus pneumoniae in a community hospital / Hiroshi Watanabe , Satoshi Sato , Kenji Kawakami et al. // Respirology.—2000.— Vol.5, №1.—P.59-64.

84. A complex attenuator regulated inducible resistance to macrolides, linko-samide and streptogramine type В antibiotics in Streptococcus pneumoniae / S.Horinouchi. W.H. Byeon, B.A. Weisblum // J.Bacteriol.—1983.— Vol.154.—P. 1252-1262.

85. A Comprehensive Genetic Study of Streptococcal Immunoglobulin Al Proteases: Evidence for Recombination within and between Species / Knud Poulsen, Jesper Reinholdt, Christina Jespersgaard et al. // Infect. Immun. — 1998.—Vol. 66,—P. 181-190.s

86. A Homologue of aliB Is Found in the Capsule Region of Nonencapsulated Streptococcus pneumoniae / Lucy J. Hathaway, Patricia Stutzmann Meier, Patrick Battig et al. // J. Bacterid.— 2004.—Vol.186.— P.3721-3729.

87. A live recombinant virulent oral Salmonella vaccine expressing pneumococcal surface protein A induces protective responses against Streprococcus pneumoniae / A.R Nayak., S.A.Tinge, R.C. Tart et al. // Infect Immun — 1998. —Vol. 66,— P.3744-3751.

88. A Locus Contained within a Variable Region of Pneumococcal Pathogenicity Island 1 Contributes to Virulence in Mice / Jeremy C. Brown, Sarah M. Gilliland, Brian G. Spratt et al. // Infect. Immun.— 2004.—Vol.72.— P.1587-1593.

89. A new method of classifying prognostic comorbidity in longitudinal studies: development and validation / M.E. Charleson, P.Pompei, K.L. Ales, C.R.McKenzie // J Chron Dis.—1987.—Vol.40, №5.— P.373-383.

90. Activities of New Fluoroquinolones against Fluoroquinolone-Resistant Pathogens of the Lower Respiratory Tract / Laura J. V. Piddock, M. Johnson et al // Antimicrob. Agents Chemother.—1998.—Vol. 42.— P.2956-2960.

91. Activity of Gemifloxacin against Quinolone-Resistant Streptococcus pneumoniae Strains In Vitro and in a Mouse Pneumonia Model / Azoulay-Dupuis, J.P. Bedos, J.Mohler et al. // Antimicrob. Agents Chemother.— 2005.—Vol.49.—P. 1046-1054.

92. Agence Fran^aise de Securite Sanitaire des Produits de Sante.Systemic antibiotic treatment in upper and lower respiratory tract infections: official French guidelines.Clinical Microbiology and Infection.— Dec 2003,— Volume 9, Issue 12.— P. 1162-1178.

93. Aitken M. Prevalence of clinical sinusitis in young children followed up by primary care pediatricians / M. Aitken, J.A. Taylor // Arch. Pediatr. Adolesc. Med. —1998.—Vol.152.— P.2244-248.

94. Akikusa, J.D.Clinical correlates of response to pneumococcal immunization / J.D. Akikusa, A.S. Kemp // Journal of Paediatrics and Child Health.— Aug 2001.—Volume 37, Issue 4.—P.382-387.

95. Alcantara, Rosemarie В.Role of Pneumolysin's Complement-Activating Activity during Pneumococcal Bacteremia in Cirrhotic Rats / Rosemarie B. Alcantra, Laurel C. Preheim, Martha J. Gentry // Infect. Im-mun. — 1999—Vol.67.—P.2862-2866.

96. Almirall, J.Risk factors for community-acquired pneumonia in adults: a population-based case-control study / J. Almirall, I.Bolibar, X. Balanzo // European Respiratory Journal. — Feb 1999.— Volume 13, Issue 2.— P. 349-355.

97. Amezaga, Maria Rosario. Molecular Epidemiology of Erythromycin Resistance in Streptococcus pneumoniae Isolates from Blood and Noninvasive Sites / Maria Rosario Amezaga, Philip E. Carter, Phillip Cash //J. Clin. Microbiol.—2002.—Vol.40.—P.3313-3318.

98. Amsden G.W. Pneumococcal macrolide resistance-myth or reality / G.W.Amsden // J.Antimicrob.Chemother.—1999.—Vol.44.— P. 1-6.

99. Antibody response to 14-valent pneumococcal capsular polysaccharide vaccine in pre-school age children / M. Leionen, A. Sakkinen, R. Kalli-okoski et al. // Pediatr Infect Dis —1986.—Vol. 5.— P.39-44.

100. Antibody response to pneumococcal vaccine in children recieving bone marrow transplantation / M.A. Avanzini, A.M. Carra, R. Maccario et al. // J.Clin.Immunol.—1995.—Vol. 15.— P. 131 -137.

101. Antibody responses to polysaccharide and polysaccharide-conjugate vaccines after treatment of Hodgkin's disease / D.C.Molrine, S.George, N.Tarbell, et al. // Ann Intern Med —1995.—Vol. 123.—P.828-834.

102. Antibody to capsular polysaccharides of Streptococcus pneumoniae: prevalence, persistance, and response to re-vaccination / D.Musher, J.E.Goover, J.Rowland, et al. // Clin.Infect.Dis.—1993.—Vol.17.— P.67-73.

103. Antimicrobial Resistance among Clinical Isolates of Streptococcus pneumoniae in Canada during 2000 / E.L.Donald, J. de Avazedo, K.Weiss et al. // Antimicrob. Agents Chemother.— 2002.—Vol.46.— P.1295-1301.

104. Antimicrobial resistance in Streptococcus pneumoniae: an epidemiological survey in France, 1970-1990 / P.Geslin, A. Buu-Hoi, A. Fremaux et al. // Clin Infect Dis.—1992.—Vol.15.— P.95-98.

105. Antimicrobial resistance of Streptococcus pneumoniae in Korea: evidence for a clonal origin of multidrug-resistant strains / J.H.Song, J.W.Yang, N.Y.Lee, et al. // Kor.J.Infect.Dis.—1996.—Vol.28.—P.393-404.

106. Antimicrobial susceptibility and pneumococcal serotypes / A.G. Asensio, I. Jado et al. // J.Antimicrob.Chemother.—2002.—Vol.50, Supp.2.—P. 13-19.

107. Artz, Andrew S. Pneumococcal Vaccination and Revaccination of Older Adults / Andrew S. Artz, William B. Erschler, Dan Longo // Clin. Microbiol. Rev.— 2003.— Vol.16.—P.308-318.

108. Austrain, R. The Enduring Pneumococcus: Unfinished Business and Opportunities for Future / R.Austrian // Streptococcus pneumoniae: molecular biology and mechanisms of disease / Tomasz A., editor.— Larchmont: Mary Ann Liebert, Inc.2000.—P.3-7.

109. Austrain, R. The quelling reaction, a neglected microbiologic technique / R.Austrian // Mt.Sinai J.Med.—1976.—Vol.43.—P.699-709.

110. Austrian, R. Epidemiology of pneumococcal capsular types causing pediatric infections / R.Austrian // Pediatr.Infect.Dis.J.—1989.—Vol.8., Suppl. —P.21-22.

111. Austrian, R.Importance of carbon dioxide for the isolation of pneu-mococci / R.Austrian, P.Collins // J.Bact.—1966.—Vol.92.—P.1282-1284.

112. Austrian, R.Pneumococcal bacteremia with a special reference to bac-teremic pneumococcal pneumonia / R.Austrian, J.Gold // Ann Intern Med.—1964.— Vol.60.—P.759-776.

113. Austrian, R. Pneumococcus: the first one hundred years / R.Austrian //Rev. Infect. Dis.—1981.— Vol.3.— P.183-189.

114. Ayoubi, P. Tn5253, the pneumococcal W (cat tet) MB6001 element, is a composite structure of two conjugative transposons, Tn5251 and Tn5252 / P.Ayoubi, A.O. Kilic, M.N. Vijayakumar // J.Bacter.—1991.— Vol. 173.— P. 1617-1622.

115. Bacterial colonization of the nasopharynx predicts very early onset and persistance of otitis media in Australian Aaboriginal infants / A.J. Leach, J.B. Boswell, V. Asche, et al. // Pediatr.Infect.Dis.J.—1994.— Vol.13.—P.983-989.

116. Bacterial infection in chronic obstructive pulmonory disease: A study of stable and exacerbated outpatients using the protected specimen brush /

117. E.Monso, J.Ruiz, A.Rossel, et al. // AmJ.Resp.Crit.Care Med.—1995.— Vol.152.—P.1316-1320.

118. Bacterial pneumonia in persons infected with human-immunodeficiency virus / R.E . Hirshthick, J. Glassroth, M.C. Jordan et al. //N.Engl.J.Med.—1995.—Vol.333.—P.845-851.

119. Bactericidal Effect and Pharmacodynamics of Cethromycin (ABT-773) in a Murine Pneumococcal Pneumonia Model / Myo-Kyoung Kim, Wen Zhou, Pamela R. Tessier et al. // Antimicrob. Agents Chemother. — 2002.—"Vol. 46,—P.3185-3192.

120. Baraboutis, A. Streptococcus pneumoniae septic arthritis in adults / A. Baraboutis // Clinical Microbiology and Infection.-—2004.—Vol.10, № 12.—P.1037-1039.

121. Barnett, E.D. The problem of resistant bacteria for the management of acute otitis media / E.D.Barnett, J.O. Klein //Pediatr.Clin.North.Am.— 1995.—Vol.43.—P.509-517.

122. Barriers to Genetic Exchange between Bacterial Species: Streptococcus pneumoniae Transformation / Jacek Majewski, Piotr Zawadzki, Paul Pickerill et al. //J. Bacterid.— 2000 .—Vol.182.—P. 1016-1023.

123. Barthelson, Roger. Adherence of Streptococcus pneumoniae to Respiratory Epithelial Cells Is Inhibited by Sialylated oligosaccharides / Roger Barthelson, Ali Mobasseri, Paul Simon // Infect. Immun.—1998.— Vol.66.—P. 1439-1444.

124. Belanger, Aimee E.PCR-Based Ordered Genomic Libraries: a New Approach to Drug Target Identification for Streptococcus pneumoniae / Aimee E. Belanger, Marcia A.Brackman, Donald J. LeBlanc // Antimicrob. Agents Chemother. — 2002.—Vol.46.—P.2507-2512.

125. Benchmarking the In Vitro Activities of Moxifloxacin and Comparator Agents against Recent Respiratory Isolates from 377 Medical Centers throughout the United States / Mark E. Jones, Angela M. Staples, Ian

126. Critchley et al // Antimicrob. Agents Chemother.—2000.—Vol. 44.— P.2645-2652.

127. Bennett, Lennon B.Penicillin Susceptibility and Epidemiological Typing of Invasive Pneumococcal Isolates in the Republic of Ireland / Lennon B. Bennett, H. Humphreys, M. Cafferkey // J. Clin. Microbiol. — 2003—Vol.41.—P.3641-3648.

128. Bennett, N.M. Pneumococcal bacteriemia in Monroe County, New York / N.M. Bennett, J. Buffmgton, F.M. La Force // Am.J.Public Health.— 1992.—Vol.43 .—P. 1513-1516.

129. Benson, С. E. Isolation of Streptococcus pneumoniae type 3 from equine species / C.E. Benson, C.R. Sweeney // J.Clin.Microbiol.—1984.— Vol.20.—P.1028-1030.

130. Bergeys Manual of Determinative Bacteriology.9th ed./Holt J.G., Krieg N.R., Sneath P.H.A., Staley J.T., Williams S.T., editors.—Baltimore: Williams and Wilkins, 1994-495 p.

131. Bishai W. J. The in vivo — in vitro paradox in pneumococcal respiratory tract infections / W.J. Bishai // Antimicrob. Chemother.— 2002.—Vol. 49.—P. 433—436.

132. Bj orson, A.B. Relation between serum oposnization of Streptococcus pneumonaie via the alternative complement pathway in sickle cell disease / A.B.Bj orson, J.S. Lobel, K.S. Han* // J.Infect.Dis.J.—2000.— Vol. 19,№15.—P.701-706.

133. Bluestone C.D. Clinical course, complications and sequale of acute otitis media / C.D. Bluestone // Pediatr.Infect. Dis.J.—2000.—Vol.19, №5.—P.37-46.

134. Brooks-Walter, A. The pspC Gene of Streptococcus pneumoniae Encodes a Polymorphic Protein, PspC, Which Elicits Cross-Reactive Antibodies to PspA and Provides Immunity to Pneumococcal Bacteremia / A.

135. Brooks-Walter, E. De Briles // Infection and immunity.— Dec. 1999.— Vol. 67,№ 12. — P.6533—6542.

136. Broome, C.V.Epidemiology of clinically significant isolates of Streptococcus pneumoniae in the United States / C.V. Broome, R.R. Fack-lam//Rev. Infect. Dis. —1981.—№ 3.—P.277-281.

137. Brouqui, D. Endocarditis Due to Rare and Fastidious Bacteria / D.Brouqui, R. Raoult // Clin. Microbiol. Rev.— 2001.— Vol.14.—P. 177207.

138. Burmann, L.A. Invasive pneumococcal infections: incidence, predis-■ posing factors and prognosis / L.A. Burmann, R. Norrby, B. Trollfors //

139. Rev.Infect.Dis.—1985.—Vol.7.—P. 133-142.

140. Cartee, Robert T.Initiation and Synthesis of the Streptococcus pneumoniae Type 3 Capsule on a Phosphatidylglycerol Membrane Anchor / Robert T. Cartee, Thomas W. Forsee, Janet Yother // J. Bacteriol.— 2005.—Vol.187.— P.4470-4479.

141. CD4-T-Lymphocyte Interactions with Pneumolysin and Pneumococci Suggest a Crucial Protective Role in the Host Response to Pneumococcal Infection / Aras Kadioglu, William Coward, M. Joseph Colston et al. // Infect. Immun.— 2004.—Vol. 72.— P. 2689-2697.

142. Centers for Disease Control and Prevention. Outbreaks of pneumococcal pneumonia among unvaccinated residents in chronic-care facilities — Massachusetts, October 1995, Oklahoma, February 1996, and Maryland, May—June 1996. MMWR.— 1997.—Vol.46.—P.60-62.

143. Characterization of Streptococcus pneumoniae TrmD, a tRNA Me-thyltransferase Essential for Growth / Karen O'Dwyer, Joseph M. Watts, Sanjoy Biswas et al. // J. Bacteriol.— 2004.—Vol. 186.— P.2346-2354.

144. Charpentier, E.Regulation of growth inhibition at high temperature, autolysis, transformation and adherence in Streptococcus pneumoniae by clpC / E. Charpentier, R. Novak. E. Tuomanen // Mol.Microbiol. — 2000.—Vol.37. — P.717-726.

145. Chudwin, D.S.Immunoglobulin G class and subclass antibodies to pneumococcal capsular polysaccharides / D.S.Chudwin, S.G. Artrip, D.Schifman // Clin.Immunol.Immunopathol.—1987.—Vol.44.—P.l 14-121.

146. Clemens, J.D.Resolving the pneumococcal vaccine controversy: are there alternatives to randomized clinical trials? / J.D. Clemens, E.D.Shapiro // Rev Infect Dis.— 1984.—Vol.6.—P.589-600.

147. Clinical and microbiological epidemiology of Streptococcus pneumoniae bacteremia in eight French counties / J.Maugein, D. Guillemot, M. J. Dupont et al. // Clinical Microbiology and Infection.—2003.—Vol.9, №4.—P. 280-288.

148. Clinical and Molecular Analysis of Extended-Spectrum B-Lactamase-Producing Enterobacteria in the Community Setting / Corinne Arpin, Vero-nique Dubois, Jeanne Maugen et al. // J. Clin. Microbiol.— 2005.—Vol. 43.— P.5048-5054.

149. Clinical outcomes of meningitidis caused by Streptococcus pneumonaie in the era of antibiotic reesistance / A.E.Fiore, J.F. Moroney, M.M. Farley et al. // Clin.Infect.Dis.—2000.—Vol.103.—P.281-290.

150. Clonal distribution of penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae 23F in France / A. Ferroni, L.Nguen, P.Gehhano et al. // J.Clin.Microbiol.— 1996—Vol.34.— P.2707-2712.

151. Clonal Groups of Penicillin-Nonsusceptible Streptococcus neumoniae in Baltimore, Maryland: a Population-Based, Molecular Epidemiologic Study / Ellis Cather, Margaret Pass, John A. Elliot et al. // J. Clin. Microbiol. — 2000,—Vol.38.— P.4367-4372.

152. Clonal Relationship Between Invasive and Carriage Streptococcus pneumoniae and Serotype and Clone-Specific Differences in Invasive Disease Potential / A.B. Brueggmann, D.T. Griffits, E.Meat et al. // J.Infect.Dis.—2003,—Vol.187.—P.1424-1432.

153. Community-acquired pneumoniae in adults: guidelence for management / J.G. Bartlett, R.F. Breiman, L.A Mandell, Jr T.M. File // Clin.Infect.Dis.—1998.—Vol.26.—P.811-838.

154. Comparative Study of Five Different DNA Fingerprint Techniques for Molecular Typing of Streptococcus pneumoniae Strains / P.W.M Hermans, M. Slujiter, Т. Hoogenboezem, et al. // J.Clin.Microbiol.—1995.— Vol.33.—P.1606-1612.

155. Comparison of Five Genotypic Techniques for Identification of Optochin-Resistant Pneumococcus-Like Isolates / R.Verhelst, T.Kaijalainen, T. De Baere et al. // J. Clin. Microbiol.— 2003.—Vol. 41.— P. 3521-3525.

156. Comparison of the methods for identifying Streptococcus pneumoniae / L.J. Chandler, B.S. Reisner, G.L. Wose, A.K. Jarfi // Diagn. Microbiol. Ifect. Diseases.—2000,—Vol. 37.—P. 285-287.

157. Complete genome sequence of a virulent isolate of Streptococcus pneumoniae / H.Tettelin, K.E.Nelson, I.T. Paulsen et al. // Science.— 2001.—Vol,293,—P.498-506.

158. Crook,D.W.M. Multiple antibiotic resistance in Streptococcus pneumoniae / D.W.M Crook, B.G. Spratt // British Med.Bull.—1998.— Vol.54.—P.595-610.

159. Crystal, N. J. Antimicrobial resistance to Fluoroquinolones in Streptococcus pneumoniae Isolates / N.J. Crystall, W.H. Benjamen, S.K. Hollingshead // Microb.Drug Resist.—1998.—Vol.4.—P.325-337.

160. Cunha, P.Pneumonia in the elderly / P.Cuhna // Clinical Microbiology and Infection.—Nov 2001,—Volume 7, Issue 11—P.581-588.

161. Dagan, R.Epidemiology of invasive childhood pneumococcal infections in Israel / R.Dagan, D.Engegard, E.Piccard // J.Am.Med.Ass.— 1992.—Vol.268.—P.3328-3332.

162. Dawson, Kenneth P. Rational prescribing for childhood pneumonia / Kenneth P Dawson // Journal of Quality In Clinical Practice.—2001.— Vol.21, №3.— P.86-88.

163. Decreased susceptibility of*Streptococcus pneumoniae to fluoroquinolones / D.K. Chen, A. McGeer, J. DeAzavedo et al. // N.Engl.J.med.— 1999.—Vol.341.—P.233-239.

164. Defective binding of the third component of complement (C3) to Streptococcus pneumoniae in multiply myeloma / B.D. Chenson, H.S. Walker, M.E. Health et al. //Blood.—1984.—Vol.63.—P.949-957.

165. Deletion analysis of the essentiality of penicillin-binding proteins 1A, 2B and 2X of Streptococcus pneumoniae / C.M. Kell, U.K. Sharma, C.G. Dowson et al. //FEMS Microbiol.Lett.—1993,—Vol.106.—P.171-175.

166. Dempesey, C.L.Nursing home-acquried pneumoniae: Benchmarking treatment and outcomes in 10 hospitals in the United State / C.L. Dempesey, A.C. Shilliongton, D.P.Nicolau // Pharm.Ther.—1999.—Vol.24.— P.390-396.

167. Denys, G.A. 1992. Identification of Streptococcus pneumoniae with the DNA probe / G.A. Denys, R.B. Carey // J.Clin. Microbiol.—1992.— Vol.30.—P.2725-2727.

168. Detection of Streptococcus pneumoniae in nasopharyngeal secretions by real-time PCR / S.H. Gillespie, C. Uhlmann, M.D. Smith et al. // J. Clin. Microb.—1994.—Vol. 39,— P.3129-3134.

169. Diagnosis of pneumococcal pneumoniae by polymerase chain reaction (PCR) in whole blood: a prospective clinical study / M.L. Lorente, M.Faquera, A.Nogues et al. // Thorax.—2000.—Vol.55.—P.133-137.

170. Differential Fluorescence Induction Analysis of Streptococcus pneumoniae Identifies Genes Involved in Pathogenesis / Marra Andrea, Asundi Jyoti, Magdalena Bartilson et al. // Infect. Immun. — 2002.— Vol.70.— P.1422-1433.

171. Dominguez, J. Detection of Streptococcus pneumoniae antigen by a rapid immunochromatographic assay in urine samples / J. Dominquez, N. Gali, S. Blanco // Chest. —2001—Vol.119.—P.2443-249.

172. Du Plessis, M. Rapid detection of penicicllin resistant Streptococcus pneumoniae in cerebrospinal fluidit with the seminested-PCR strategy / M. Du Plessis, A.M. Smith, K.J. Klugman // J.Clin. Microbiol.—1998.— Vol.46.—P.453-456.

173. Efficacy of pneumococcal vaccination in adults: a meta-analysis of randomized controlled trials / M.J. Fine, M.A.Smith, C.A.Carson, F.Meffe et al. // Arch Intern Med.—1994.—Vol.154.— P.2666-2677.

174. Emergence of Penicillin-Nonsusceptible Streptococcus pneumoniae Invasive Clones in Canada / D. Greenberg, D.P. Spreet, E. Mahenthiralin-gam et al. // J. Clin. Microbiol.— 2002.—Vol.40.— P.68-74.

175. Enhanced Immunogenicity of Pneumococcal Surface Adhesin A by Genetic Fusion to Cytokines and Evaluation of Protective Immunity in Mice / Dennis O. Gor, Xuedong Ding, Qing Li et al // Infect. Immun.— 2002.— Vol.70.—P.5589-5595.

176. Enright, M.C.A multilocus sequence typing scheme for Streptococcus pneumoniae identification of clones association with serious invasive disease / M.C.Enright, B.G. Sprat ill Microbiology. —1998.—Vol.144.— P.5049-5060.

177. Epidemiology of invasive Streptococcus pneumoniae infections in Metropolitan Santiago, Chile, a newly industrializing country/M.M. Levine, R.Lagos, O.S. Levine et al. // Pediatr.Infect.Dis.J—1998.—Vol.17.— P.287-293.

178. Esel, D.Epidemiology of penicillin resistance in Streptococcus pneumoniae isolates in Kayseri, Turkey / D. Esel, B. Sumerkan, S. Kosagoz // Clinical Microbiology and Infection.—2001.—Vol.7, №10.—P.548-552.

179. Eskola, J. New vaccines for prevention of pneumococcal infections / J.Eskola, H.Kaythy //Ann.Med.—1995.—Vol.27.—P.53-56.

180. Eskola, K. Epidemiology of invasive pneumococcal infections in children in Finland / K.Eskola, E.Kela // JAMA.— Dec 1992.—Vol.268.— P. 3323 -3327.

181. Essai clinique du vaccin antipneumococcique chez des personnes agees vivant en institution / J.Gaillat, D. Zmirou, M.R. Mallaret et al. // Rev Epidem Sante Publ.— 1985.—Vol.33.—P.437-444.

182. Essentiality of clpX, but Not clpP, clpL, clpC, or clpE, in Streptococcus pneumoniae R6 / Gregory T. Robertson, Wai-Leung Ng, Raymond Gilmouret al. // J. Bacterid.— 2003.—Vol.185.— P. 2961-2966.

183. Estimating recombinational parameters in Streptococcus pneumoniae from evolutional sequence typing data / B.J. Feil, J.M. Smith, M.C. Enright et al. // Genetics.—2000.—Vol. 154.— P. 1439-1450.

184. Evaluation of a PCR Assay for Detection of Streptococcus pneumoniae in Respiratory and Nonrespiratory Samples from Adults with Community-Acquired Pneumonia / D.R.Murdoch, T.P.Anderson, K.A. Beynon et al.//J. Clin. Microbiol.—2003.—Vol. 41.— P.63-66.

185. Evaluation of new vaccines for developing countries: efficacy or effectiveness? / J.D. Clemens, R. Brenner, M.Rao et al. // JAMA— 1996.— Vol.275.—P.390-397.

186. Evidence of Clonal Dissemination of Multidrug-Resistant Streptococcus pneumoniae in Hong Kong / Margaret Ip, Lyon J. Donald, Raymond W. H. Yung et al. // J. Clin. Microbiol.—1999.—Vol.37.—P.2834-2839.

187. Extremely high incidence of antibiotic resistance in clinical isolates of Streptococcus pneumoniae in Hungary / A.Marton, M.Gulyaas, R Munoz et al. // J.Infect.Dis.—1991 .—Vol. 163.— P.542-548.

188. Faden, H. Changes in nasopharyngeal flora during otitis media of childhood / H.Faden, J. Stanievich, L. Brodsky // Pediatr.Infect.Dis.J.— 1990.—Vol.9.— P.623-626.

189. Faden, H. The microbiological and immunological basis for reccurant otitis media in children / H.Faden // Eur.J.Pediatr.—2001.—-Vol. 160.— P.407-413.

190. Feasibility of Radioimmunotherapy of Experimental Pneumococcal Infection / E. Dadachova, T.Burns, R.A.Bryan et al. // Antimicrob. Agents ' Chemother.— 2004.— Vol.48.— P.1624-1629.

191. Feldman, C. Prognostic factors in severe community-acquired pneumonia in patients without co-morbidess / C.Feldman, E.Viljonen, R. Guy// Respiro 1 ogy.—Dec 2001.—Vol.6,№ 4.—P.323-330.

192. Feldman, S. Pneumococcal vaccination in children with acute lymphocytic leukaemia / S.Feldman, W.Malone, G. Schiffman // Med.Pedatr.Oncol.—1985.—Vol. 13.— P.69-72.

193. Ferrandiz, Maria Jose. Horizontal Transfer of parC and gyrA in Fluoroquinolone-Resistant Clinical Isolates of Streptococcus pneumoniae / Maria Jose Ferrandiz, Asuncion Fenoll, Josefina Linares // Antimicrob. Agents Chemother.— 2000.—Vol.44.—P.840-847.

194. Figueroa, J.E. Infectious diseases associated with complement deficiencies / J.E.Figuera, P.Densen // Clin.Microb.Rev.—1991.—Vol.4.— P.359-395.

195. First and second dose antibody responses to pneumococcal polysaccharide vaccine in infants / M.Koskela, M.Leinonen, M.Timonen et al. // Pediatr Infect Dis —1986.—Vol. 5,—P.45-50.

196. Fisher W. Pneumococcal Teichoic and Lipoteichoic Acid // Streptococcus pneumoniae: molecular biology and mechanisms of disease / Tomasz A., editor.—Larchmont: Mary Ann Libert., Inc., 2000.—P. 155-177.

197. Fluit, A.C. Molecular Detection of Antimicrobial Resistance / A.C. Fluit, Visser R. Maarten, Franz—Josef Schmitz // Clin. Microbiol. Rev.— 2001.—'Vol. 14.-P. 836-871.

198. Fluoroquinolone Resistance Mutations in the parC, parE, and gyrA Genes of Clinical Isolates of Viridans Group Streptococci / Irene Gonsalez, Marious Georgiou, Fernando Alcaide et al. // Antimicrob. Agents Chemother—1998—Vol.42.—P.2792-2798.

199. Forrester, H.L.Inefficacy of pneumococcal vaccine in a high-risk population / H.L. Forrester, D.W.Jahningen, F.M. LaForce // Am J Med.—1987.—Vol.83.— P.425-430.

200. Fraenkel, A. Weitere Beitrage zur Lehre von den Mikrococcen der genuinen fibrinosen pneumoniae / A.Fraenkel // Z.Klin.Med.—1886.— Vol.11.—P.437-458.

201. Frezzato, M.Fulminant sepsis in adults splenectomized for Hodgkins diseaes / M.Frezzato, G.Gastmann, F. Rodehiero // Haematologica.— 1993.—Vol.78.—P.73-77.

202. Friedland, I.Management of infectious caused by antibiotic-resistant Streptococcus pneumoniae / I.Friedland, G.H. Jr McCracken // N.Engl. J.Med.—1994.—Vol.331.—P.377-382.

203. Friedlander, C. Die Mikrokken der Pneumoniae / C.Friedlander // Fortschr.Medicin.—1883.—Vol.1.—P.715-733.

204. Functional Characterization of Penicillin-Binding Protein lb from Streptococcus pneumoniae / Anne Marie Di Guilmi, Andrea Dessen, Otto Dideberg et al. // J. Bacterid — 2003.—Vol. 185.— P. 1650-1658.

205. Garin, E.H.Pneumococcal polysaccharide immunization in patients with active nephrotic syndrome / E.H. Garin, D.J. Barett // Nephron.—1988.—Vol.50.— P.383-388.

206. Gene Disruption Studies of Penicillin-Binding Proteins la, lb, and 2a in Streptococcus pneumoniae / Joann Hoskins, Patti Matsushita, Deborah L. Mullen et al. // J. Bacteriol. —1999.—Vol.181.—P.6552-6555.

207. Genetic Analysis and Functional Characterization of the Streptococcus pneumoniae vie Operon / W.Christian, Antonie de Sazieu, Hans

208. Joachim Schoenfeld et al. // Infect. Immun.— 2002.—Vol.70.— P.6121-6128.

209. Genetic approaches to the identification of the mitis group within the genus Streptococcus / Y. Kawamura, R.A. Whiley, S.E. Shu et al. // Microbiology.— 1999.—Vol.145,№ 9.—P.2605-2613.

210. Genetic Relatedness of Levofloxacin-Nonsusceptible Streptococcus pneumoniae Isolates from North America / Crystal N. Johnson, William H. Benjamin, Jr., Stephen A. Moser et al. // J.Clin.Microbiol.— 2003.— Vol.41.—P.2458-2464.

211. Genome of the Bacterium Streptococcus pneumoniae Strain R6J / Joann Hoskins, William E. Alborn, Jeffrey Arnold et al. // Bacteriol.— 2001.—Vol.183.—P. 5709-5717.

212. Geographic distribution of penicillin-resistant characterization by penicillin-binding protein profile, surface protein A typing, and multilocus enzyme analysis / R.Munoz, J.M. Musser, M.Crain et al. // Clin.Infect.Dis.—1992.—Vol.15.—P. 112-118.

213. Ghaffar, F. Dynamics of nasopharyngeal colonization by Streptococcus pneumoniae / F.Ghaffar, I.R.Friedland, G.H.Jr McCracken // Pediatr. Infect. Dis.J.—1999.—Vol.18.— P.683-646.

214. Giammarinaro, Philippe.Role of RegM, a Homologue of the Catabo-lite Repressor Protein CcpA, in the Virulence of Streptococcus pneumoniae. / Philippe Giammarinaro, James Paton // Infect. Immun.— 2002.—Vol. 70.—P.5454-5461.

215. Gill, S. John.Mortality after kidney transplant failure: The impact of non-immunologic factors / John S. Gill, Rekha Abichandani, Brian J.G. // Kidney International.—2002.—Vol. 62,№ 5.—P.1875-1883.

216. Gillespie S.H. Aspects of pneumococcal infection including bacterial virulence, host response and vaccination / S.H. Gillespie // J.Med.Microbiol.—1989.—Vol.28.— P.237-248.

217. Gillespie, S.H. Role of the molecular in the investigation of Streptococcus pneumoniae infections / S.H. Gillespie // Semin.Respir.Infect.— 1999.—Vol.14.—P.269-275.

218. Go, E.S.Anti-pneumococcal antibody response in normal subjects: a meta analysis / E.S. Go, Z.K. Ballas // J Allergy Clin Immunol.— 1996.— Vol.98.—P.205-215.

219. Grandsen, W.R.Pneumococcal bacteriemia: 235 episodes at St.Thomas hospital / W.R. Grandsen, S.J. Eykyn, I.Phillips // Br.Med.J.— 1985.—Vol.290.—P.505-508.

220. Grieg, F.Development and Testing of a DNA Macroarray To Assess Nitrogenase (nilH) Gene Diversity / F.Grieg, D.Bethany, B.Bess // Appl. Envir. Microbiol.— Mar 2004.—Vol.70.— P. 1455 1465.

221. Griffith, F. The Significance of Pneumococcal Types / F.Griffith // J.Hygiene.—1928.—Vol.27.— P. 113-159.

222. Gunnarson, R.K.The prevalence of potential pathogenic bacteria in nasopharyngeal samples from healthy children and adultrs / R.K. Gunnarson, S.E, Holm, M. Sonderstorm // Scand.J.Prim. Health Vare.—1998— Vol.16.—P.13-17.

223. Hakenbeck, R. Mosaic genes and their role in penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae / R.Hakenbeck // Electrophoresis.—1998.— Vol.16.—P.597-601.

224. Harper, M.C. Occult bacteremia in the 3-month-old to 3-year-old age group / M.B. Harper, G.R. Fleisher // Pediatr.Ann.—1993.—Vol.22.— P.487-493.

225. Heidelberg, M. The soluble specific substance of pneumococcus / M. Heidelberg, O.T. Avery // J.Exp.Med.—1923,—Vol.38.—P.73-79.

226. Henrichsen, J. Typing of Streptococcus pneumoniae: past, present, and future / J. Henrichsen // Am.J. Med.—1999.—Vol.107.— P. 50-54.

227. Henricksen, J. Six newly recognized types of Streptococcus pneumoniae /J. Henrichsen //J.Clin.Microbiol.—1995.—Vol.33.—P.2759-2762.

228. Hirst, A.The role of pneumolysin in pneumococcal pneumonia and meningitis / A.Hirst, C. O'Callaghan., P.W. Andrew // Clinical and Experimental Immunology.—2004.—Vol.138,№ 2.—P. 195-201.

229. Hollingshead, S.K. Mosaic genes of PspA and evidence for past recombination in Streptococcus pneumoniae / Susan K. Hollingshead, Robert Becker, David Briles // Infect. Immun.— 2001.—Vol.69.—P.4885-4889.

230. Hollingshead, Susan K. Diversity of PspA: Mosaic Genes and Evidence for Past Recombination in Streptococcus pneumoniae / Susan K. Hollingshead, Robert Becker, David Briles // Infect. Immun.— 2000.—Vol. 68.—P.5889-5900.

231. Hooper, D.C. Mechanisms of action and resistance of older and newer fluoroquinolones / D.C.Hooper // Clin.Infect.Dis.—2000.—Vol.31, Suppl.2.—P.24-28.

232. Horizontal gene transfere and the evolution of resistant and virulence determinants in Streptococcus / C.G. Dowson, V. Barcus, S. King, P. Cock-erill et al. //J.Appl. Bacteriol. Symp. Ser.—1997.—Vol. 26.—P.42-51.

233. Horstetter, M.K. Serotypic variations among pneumococci in deposition and degradation of covalently bound C3: implications for phagocytosis and antibody production / M.K. Horstetter // J.Infect. Dis.—1986.— Vol.153.—P.682-693.

234. Ianelli, F.Allelic variation in the highly polymorphic locus pspC of Streptococcus pneumoniae / F. Ianelli, M.R. Oggioni, G. Pozzi // Gene.— 2002.— Vol.284.—P.63-71.

235. Identification of an efflux pump gene, pmrA, associated with fluoroquinolone resistance in Streptococcus pneumoniae / M.J.Gill, N.P. Bren-waald. R. Wise et al. // Antimicrob.Agents Chemother.—1999.—Vol,43.— P. 187-189.

236. Identification of multiply clones of extended-spectrum cephalosporin-resistant Streptococcus pneumoniae isolates in the United States / L.K.Mc Dougal, J.K.Rasheed, J.W. Biddle et al. // Antimicrob. Agents Chemother.—1995,—Vol.39.—P.2282-2288.

237. Identification of Streptococcus pneumoniae revisited / J.A. Kellog, D.A. Bankert, C.J. Elder et al // J. Clin. Microbiol.—2001.— Vol.39.— P.3373-3375.

238. Illustration of Pneumococcal Polysaccharide Capsule during Adherence and Invasion of Epithelial Cells / Sven Hammerschmidt, Sonja Wolff, Andreas Носке et al. // Infect. Immun.— 2005.— Vol.73.—P. 4653-4667.

239. Immunization with a plasmid expressing pneumococcal surface protein A (PspA) can elicit protection against fatal infection with Streprococcus pneumoniae / L.S.McDaniel, F.Loechel, C. Benedict et al. // Gene Ther —1997.—Vol.4.— P.375-377.

240. Immunization with Components of Two Iron Uptake ABC Transporters Protects Mice against Systemic Streptococcus pneumoniae Infection. / Jeremy Brown, David A. Ogunniyi, Matthew C. Woodrow et al. // Infect. Immun — 2001 .—Vol.69.— P.6702-6706.

241. Immunoblot Method To Detect Streptococcus pneumoniae and Identify Multiple Serotypes from nasopharyngeal Secretions / Melinda A Brons-don, Katherine L. O'Brien, Richard R.Facklam et al. // J. Clin. Microbiol.— 2004.—Vol.42.—P. 1596-1600.1

242. Immunomodulation of Pneumococcal Pulmonary Infection with N -Monomethyl-L-Arginine / Yves Bergeron, Nathalie Ouellet, Marie Simard et al. // Antimicrob. Agents Chemother — 1999.—Vol.43.—P.2283-2290.

243. Immunoreactivity of Five Monoclonal Antibodies against the 37-Kilodalton Common Cell Wall Protein (PsaA) of Streptococcus pneumoniae / Jennifer Crook, Jean A.Tharpe, E Scott Johnson et al. // Clin. Diagn. Lab. Immunol.— 1998.—№5,—P.205-210.

244. Inapparant Streptococcus pneumoniae type 35 infections in commercial rats and mice / M.T. Fallon, M.K. Reinhard, B.M. Gray et al. // Lab.Anim.Sci.—1988.—Vol.38.— P. 129-132.

245. Influence of Patient Age on Streptococcus pneumoniae Serotypes Causing Invasive Disease / Jaime Inostroza, Ana Maria Vinet, Gloria Reta-mal et al. // Clin. Diagn. Lab. Immunol. —2001.—"Vol. 8.—P. 556-559.

246. Intercontinental spread of a multiresistant clone of serotype 23F Streptococcus pneumoniae / R.Munoz, T.J.Coeffy, M. Daniels et al. // J.Infect.Dis.—1997,—Vol.175.—P.839-846.

247. Invasive pneumococcal infections: a clinical and microbiological analysis of 53 patients in Taiwan / C-Y.Lee, C-H.Chiu, Y-C. Huang et al. // Clinical Microbiology and Infection.— 2003.— Vol.9, Issue 7.— P.614-618.

248. Isolation and characterization of vancomycin-tolreant Streptococcus pneumoniae in acute otitis media / J.A.McCullers, B.K.English, R.Novak, et al. // Pediatr.Infect.Dis.J.—1996.—Vol.15.—P.940-943.

249. Jacobs, M.R. Increasing importance of antibiotic-resistant Streptococcus pneumoniae in acute otitis media / M.RJacobs // Pediatr.Infect.Dis.J.— 1996.—Vol. 15 .-P.940-943.

250. Janoff, E.N.Invasive Pneumococcal Disease in the Immunocompromised Host / E.N. Janoff, J.B.Rubins // Streptococcus pneumoniae: molecular biology and mechanisms of disease / Tomasz A., editor.— Larchmont:Mary Ann Libert., Inc., 2000,— P.321-341.

251. Jedrzejas, Mark J. Pneumococcal Virulence Factors: Structure and Function / Mark J. Jedrzejas // Microbiol. Mol. Biol. Rev.— 2001.—Vol. 65.—P.187-207.

252. John, C. Treatment failure with use a thrid-generation cephalosporin for penicillin-resistant pneumococcal meningitis: case report and review/C. John // Clin.Infect.Dis.—1994.—Vol. 18.— P. 188-193.

253. Jones, C. Capsular polysaccharides from Neisseria meningitidis and Streptococcus pneumoniae / C. Jones // Carbohydr.Eur.—1998.—Vol.21.— P.10-16.

254. Kajalainen, T.Evaluation of gene technological and conventional methods in the identification of Streptococcus pneumoniae / T.Kajalainen, E.Rintamaki, M.Leionen // J. Microbiol. Methods.—2002.—Vol. 51.— P.111-118.

255. Kamerling, J.P. Pneumococcal Polysaccharides: A Chemical View / J.P. Kamerling // Streptococcus pneumoniae: molecular biology and mechanisms of disease/Tomasz A., editor.—Larchmont:Mary Ann Libert., Inc., 2000,—P.81-114.

256. Katzenstein, T.L., Assessments of plasma HIV RNA and CD4 cell counts after combined Pneumovax® and tetanus toxoid vaccination / T.L. Katzenstein, J.Gerstoft, H. Nielsen // Scand J Infect Dis —1996.—Vol. 28.-P.239-241.

257. Kauffmann, F. Proposal for a change in th nomenclature of Diplococcus pneumoniae and a comparison of the Danish and American type designations / F. Kauffmann, E. Lund, B.E. Eddy // Int.Bull.Bacteriol.Nomen.Taxon.—1960.—Vol.10.— P.31-40.

258. Kaufman, P. Pneumonia in old age: active immunization against pneumonia with pneumococcus polysaccharide; results of six year study / P. Kaufman // Arch Intern Med— 1947,—Vol. 79.— P.518-531.

259. Kelly, R.Y.Pneumococcal neuramnindase / R.Y. Kelly, S. Framer, D.Gruff // J.Bact.—1967.—Vol.94.— P.272-273.

260. Kim, J.O.Association of intarstrain phase variation in quantity of capsular polysaccharide and teichoic acid with the virulence of Streptococcus pneumoniae / J.O. Kim, J. N. Weiser // J.Infect.Dis.— 1998.—Vol.! 77.— P.368-377.

261. Klaassen, Corne H. W.Molecular Detection of the Macrolide Efflux Gene: To Discriminate or Not To Discriminate between mef(A) and mef(E) / Corne H.W. Klaasen, Johan W. Mouton // Antimicrob. Agents Chemother. —2005.—Vol. 49.—P.1271-1278.

262. Klein, D.L. Pneumococcal Disease and the role of conjugative vaccines / D.L. Klein // Microb.Drug Resist.—1999.—Vol.5.—P.147-157.

263. Klugman, K.P. Antibiotic Selection of Multiply Resistant Pneumococci / K.P. Klugman//Clin. Infect.Dis—2001.—Vol.33.— P.489-491.

264. Klugman, K.P.Bactericidal activity against children with acute bacterial meningitis / K.P. Klugman, I.R. Friedland, J.S. Bradley // Antimicrob.Agents Chemother.—1995.—Vol.3.— P. 1988-1992.

265. Koivula, I.Clinical efficacy of pneumococcal vaccine in the elderly: a randomized, single-blind population-based trial / I. Koivula, M. Sten, M. Leinonen, P.H. Makela//Am J Med— 1997.—Vol.103.—P.281-90.

266. Konradsen, H.B.Pneumococcal infections in splenectomized children are preventable / H.B. Konradsen, J. Henrichsen //Acta Paedeatr.Scand.— 1991,—Vol.80.— P.423-427.

267. Konradsen, Helle Bossen. Invasive Pneumococcal Infections in Denmark from 1995 to 1999: Epidemiology, Serotypes, and Resistance / Helle Bossen Konradsen, Margit Staum Kaltoft // Clin. Diagn. Lab. Immunol.— 2002.—Vol. 9.— P.358-365.

268. Koornhof, H.J.Antimicrobial resistance in Streptococus pneumoniae: A South African perspective / H.J. Koornhof, A. Wasas, K.P. Klugman // Clin.Infect.Dis.—1992.—Vol.15.—P.84-94.

269. Kraub, H.C.Mutations in PBP3 of a cefotaxime resistant laboratory mutant C604 and penicillin resistant clinical isolates Streptococcus pneumoniae / H.C.Kraub, R.Hakenbeck // Antimicrob. Agents Chemother.— 1997—Vol.41.— P.93 6-942.

270. Krivan, H. Many pulmonary pathogenic bacteria bind specifically to the carbohydrate sequence GalNac b 1-4 Gal found in some glycolipids / H.Krivun, D. Roberts, V.Ginsburg // Proc.Natl.Acad.Sci.USA.—1988.— Vol.85.—P.6157-6161.

271. Laible, G. Inter-species recombinational events during the evolution of altered PBP 2x genes in penicillin-resistant clinical isolates of Streptococcus pneumoniae / G.Laible, B.G. Spratt, R.Hackenbeck // Mol.Microbiol.—1991 .—Vol.5.— P. 1993-2002.

272. Lane, P.J.I.Impaired IgG2 antipneumococal antibody responses in patients with reccurent infection and normal IgG2 levels but no IgA / P.J.I. Lane, I.C.M. MacLenan // Clin.Exp.Immunol.—1986.—Vol.65.— P.427-433.

273. Leclerq R., Overcoming antimicrobial resistance: profile of a new ke-tolide antibcterial, telithromycin / R. Leclerq // J.Antimicrob. Chemother. —2001 —Vol.48.Suppl.B.—P.9-23.

274. Leclerq, R. Mechanisms of Resistance to Macrolides and Linkos-maids: Nature of the Resistance Elements and Their Clinical Implications / R. Leclerq // Clin.Infect.Dis.—2002.—Vol.34.— P.482-497.

275. Lefevre, J.C. Molecular analysis by puls-field electrophoresis of penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae from Toulouse, France / J.C. Lefevre, M.A. Berrtrand, G.Faucon // Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis.— 1995.—"Vol.14.— P.491-497.

276. Leggiardo, R.J. Penicillin-nonsusceptible Pneumococcus / R.J. Leg-giardo // Int.J.Antimicrob.Aaagents.—2000.—Vol.14.— P.123-127.

277. Lenova, Setchana.Molecular Characterization of Penicillin-Resistant Streptococcus pneumoniae Isolates from Bulgaria / Setchana Lenova, Alexander Tomasz//J. Clin. Microbiol. —1999.—Vol. 37.—P. 638-648.

278. Levin, B.R. Short-sighted evolution and the virulence of pathogenic microorganisms / B.R. Levin, J.J.Bull // Trends Microbiol.—1994— Vol.2.—P.76-81.

279. Levy, S.B. Active efflux mechanisms for antimicrobial resistance / S.B.Levy // Antimicrob. Agents Chemother.—1992.—Vol.36.— P.695-703.

280. Life-treatening bacteremia in HIV-1 seropositive adults admitted to hospital in Nairoby, Kenya / C.F. Gilks, R.J. Brindle, L.S. Otieno et al. // Lancet.—1990.—Vol.336.—P.545-549.

281. Lock, R.A.Comparative efficacy of pneumococcal neuraminidase and pneumolysin as immunogens protective against Streprococcus pneumoniae. / R.A.Lock, J.C.Paton, D.Hansman // Microb Path —1988.—Vol. 5.— P.461-467.

282. Lode, H.Management of community-acquired pneumonia / H.Lode, T.Schaberg, H.Mauch // Curr.Opin. Infect.Dis.—1996—Vol.9.— P.367-371.

283. Long, J. P.Immunization with Native or Recombinant Streptococcus pneumoniae Neuraminidase Affords Protection in the Chinchilla Otitis Media Model / J.P.Long, H.H. Tong, T.F. DeMaria // Infect. Immun.— 2004.—Vol. 72.—P.4309-4313.

284. Lopez, R.Autolysins are direct involved in the bactericidial effect caused by penicillin in wild type and in tolerant pneumococci / R.Lopez, C.Ronda, E.Garcia // FEMS Microbiol.Lett.—1990.—"Vol.66.— P.317-320.

285. Lortan, J.E. Relationship of in vitro phagocytosis of serotype 14 Streptococcus pneumoniae to specific class and IgG subclass antibody levels in healthy adults / J.E. Lortan, A.S. Kaniuk, M.A. Monteil // Clin.Exp.Immunol.—1993.—Vol.91.—P.54-57.

286. LuxS Is Required for Persistent Pneumococcal Carriage and Expression of Virulence and Biosynthesis Genes / Elizabeth A. Joyce, Amita Kawale, Stefano Censini et al // Infect. Immun.— 2004.—Vol. 72.— P.2964-2975.

287. MacLeod, C.M.Prevention of pneumococcal pneumonia by immunization with specific capsular polysaccharides / C.M. MacLeod, R.G.Hodges, W.G. Bernhard // J Exp Med —1945.—Vol. 8.—P.445-65.

288. Malley R., Henneke P., Morse S.C. et al. Recognition of pneumolysin by Toll-like receptor 4 confers resistanceto pneumococcal infection / R.Malley, P.Henneke, S.C.Morse et al. // Proac.Natl.Acad. Sci.USA.— 2003.—Vol.139.—P.l 1-13.

289. Martinez, Jos6 L.Interactions among Strategies Associated with Bacterial Infection: Pathogenicity, Epidemicity, and Antibiotic Resistance / Jose L. Martinez, Fernando Baquero // Clin. Microbiol. Rev.—2002 .— Vol.15.—P.647-679.

290. Martin-Galiano, Antonio J. High-Efficiency Generation of Antibiotic-Resistant Strains of Streptococcus pneumoniae by PCR and Transformation / Antonio J. Martin-Galiano, Adela G. De la Campa // Antimicrob. Agents Chemother.—2003,—Vol. 47 —P.1257-1261.

291. Mcintosh, K. Community-acquired pneumoniae inchildren / K.Mcintosh // N.Engl. J.Med.—2002.—'Vol.346.—P.429-437.

292. McTaggert, S.J. Streptococcus pneumoniae—induced haemolytic uraemic syndrome / S.J. McTaggert // Journal of Paediatrics and Child Health.—1998.—Vol. 34, №2—P. 192-195.

293. Meier Stutzmann, Patricia. Low —level resistance to Rifampin in Streptococcus pneumoniae / Patricia Meier Stutzmann, S.Utz, K. Muhlmann // Antimicrob.Agents Chemother.—2003.—Vol.47.— P.863-868.

294. Meier, T.1.16S rRNA Is Bound to Era of Streptococcus pneumoniae / T.I.Meier, R.B. Peery, Genshi Zhao // J. Bacteriol. —1999.—Vol. 181.— P.5242-5249.

295. Microarray Analysis of Pneumococcal Gene Expression during Invasive Disease / J.O.Carlos, N.Jana, Gao Geli et al. // Infect. Immun.— 2004.— Vol.72.— P.5582-5596.

296. Mitchell, T.J.Biological Properties of Pneumolysin / T.J.Mitchel, P.W. Andrew // Streptococcus pneumoniae', molecular biology and mechanisms of disease / Tomasz A., editor.—Larchmont:Mary Ann Libert., Inc., 2000.— P.279-286.

297. Molecular charecterization of penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae isolates causing respiratory disease in the United State / A. Corso, E.P. Severina, V.F. Petruk et al. // Microb.Drug Resist.—1998.— Vol.4.— P.325-337.

298. Molecular Epidemiology of Pneumococcal Carriage among Children with Upper Respiratory Tract Infections in Hanoi, Vietnam / N.T. Bogaert, M. Slujiter, N. Lemmens et al. // J. Clin. Microbiol.— 2002.—Vol.40.— P. 3903-3908.

299. Molecular epidemiology of Streptococcus pneumonaie causing invasive diseases in 5 countries / B.Henriques, M. Kalin, A. Ortquist, et al. // J.Infect.Dis.—2000.—Vol. 182.—P.833-839.

300. Moore, E.P. Hospital transmission of multiply antibiotic-resistant Streptococcus pneumoniae / E.P. Moore, E.W. Williams // J.Infect.— 1988.—Vol. 16.— P. 199-208.

301. Moore, H.F. A study of ethylhydrocupreine (opthochin) in the treatment of acute lobar pneumoniae / H.F. Moore, A.M. Chesney // Arch.Intern.Med.—1917.—Vol. 19.— P.611 -682.

302. Morona, J.K.Comparative Genetics of Capsular Polysaccharide Biosynthesis in Streptococcus pneumoniae Types Belonging to Serogroup 19 / J.K. Morona, R.Morona, J.C. Paton // J. Bacteriol. —1999.—Vol. 181.— P.5355-5364.

303. Mortality from invasive pneumococal pneumonia in the era of antibiotic resistance, 1995-1997 / D.R. Feikin, A. Schuchat, M. Kolczak et al. // Am.J.Public Health.—2000.—Vol.90.—P.223-229.

304. Mosaic Genes and Mosaic Chromosomes: Intra— and Interspecies Genomic Variation of Streptococcus pneumoniae / Regine Hakenbeck, Nadege Balmelle, Beate Weber et al. // Infect. Immun.— 2001.—Vol.69.— P.2477-2486.

305. Moulay, M.S. Hyperrecombination in Streptococcus pneumoniae Depends on an Atypical mutY Homologue / M.S.Moulay, F.Pasta // J. Bacteriol.— 2000.—Vol. 182.— P.3353-3360.

306. Multiply antibiotic-resistant Streptococcus pneumoniae recovered from Spanish hospitals (1988-1994): novel major clones of serotypes 14,19F and 15F / T.Coeffy. S.Berron, M. Daniels et al. // Microbiology. — 1996.—Vol.142. — P.2747-2757.

307. Munoz, Rosario.Characterization of IS 1515, a Functional Insertion Sequence in Streptococcus pneumoniae / Rosario Munoz, Rubens Lopez,Elena Garcia//J. Bacteriol.—1998.—Vol. 180.—P.1381-1388.

308. Murdoch, D.R. Immunochromatographic Test for Rapid Detection of Sterptococcus pneumoniae in the Nasopharynx / D.R. Murdoch, L.B. Reller //J.Clin.Microbiol.—2003.—Vol.41.—P.2271.

309. Musser, J.M.Pneumococcal Research Transformed / J.M. Musser, S.L. Kaplan//N.Engl.J.Med.—2001.—Vol.345.—P. 1206-1207.

310. Mutation Frequencies and Antimicrobial Resistance of Streptococcus pneumoniae Isolates / Rosa Del Campo, Maria—Isabel Morosimi, Elia > Pedrosa de la Gomez-G et al // J. Clin. Microbiol.—2006.—Vol. 42.—1. P.l 104-1112.

311. N-Alkyl Urea Hydroxamic Acids as a New Class of Peptide Defor-mylase Inhibitors with Antibacterial Activity / Corinne J. Hackbath, Chen Dawn, Lewis Jason et al. // Antimicrob. Agents Chemother.— 2002.—Vol .46.—P.2752-2764.

312. Nasopharyngeal Carriage of Penicillin-Resistant Streptococcus pneumoniae among Children with Acute Respiratory Tract Infections in Thailand: a Molecular Epidemiological Survey / Surang Dejsirilert, Karin Over

313. Overweg, Marcel Sluijter et al. // J. Clin. Microbiol.— 1999.—Vol. 37.— P.1832-1838.

314. Nasopharyngeal flora and acute otitis media / S.S. Long, F.M. Hen-tretig, M.J.Treter, K.L.McGowan // Infect.Immunol.—1990.—Vol.41.— P.987-991.

315. National Committe for Clinical Laboratory Standards.Methods for dilution antimicrobial susceptibility tests for bacteria that grow aerobically— M100-S12.MIC testing supplemental tables.—Villanova:NCCLS, 2002.— P.l 10-112.

316. Neutrophil dysfunctions in sickle cell disease / J.R. Humbert, E.L. Winsor, J.M. Githens et al. // Biomed.Pharmacother.—1990.—Vol.44.— P.153-158.

317. New Technique (the NOW) test for Rapid Detection of Streptococcus pneumoniae in the nasopharynx / H.Faden, M. Heimert, G. Goodman et al. // J.Clin.Microbiol.—2002.—Vol.40.— P.4748-4749.

318. Niederman, M.S. Community-acquried pneumonia: defining the prob-lem/N.S. Niederman // Infect.Med.—1998.—Vol.15, Suppl.E.—P.l 1-19.

319. Nielsen, S.V. Capsular types of Streptococcus pneumoniae isolated from blood and CSF during 1982-1987 / S.V. Nielsen, J.Henrichsen // Clin.Infect.Dis.-l 992.—Vol. 15.— P.794-798.

320. Nomenclature of Major Antimicrobial-Resistant Clones of Streptococcus pneumoniae Defined by the Pneumococcal Molecular Epidemiology Network / L. McGee, J. McDougal, Z.Zhou et al. // J. Clin. Microbiol.— 2001.—Vol. 39.—P.2565-2571.

321. Nosocomial bloodstream infections caused by Streptococcus pneumoniae / E.Bouza, V.Pintado, S. Rivera et al. // Clinical Microbiology & Infection.—2005.—Vol.11,№ 11.—P.919-924.

322. Novel BOX Repeat Assay for High-Resolution Typing of Streptococcus pneumoniae Strains / A.Van Belkum, M.Slujiter, R. de Groot et al // J.Clin.Microbiol.—l 996.—Vol.34.— P. 1176-1179.

323. PCR detection of Streptococcus pneumoniae DNA in serum samples for pneumococcal pneumonia diagnosis /N. Dominguez, L. Gall, P. Matas et al. // Clinical Microbiology and Infection.—2001.—Vol.7,№ 3.— P.164-166.

324. Phase variation in pneumococcal opacity. Relationship between colony porphology and nasopharyngeal colonization / J.Weiser, R.Austrian, P. Sreenivasian et al. // Infect.Immun.—1994.—Vol.62.—P.2582-22589.

325. Pneumococcal antibody levels one decade after immunization of healthy adults / M.A.Mufson, H.E.Krause, G.Schiffman, D.F. Hughey // Am J Med Sci —1987,—Vol.293.—P.279-284.

326. Pneumococcal conjugate vaccine primes for antibody responses to polysaccharide pneumococcal vaccines after treatment of Hodgkin's disease 1996 / C.Y. Chan., D.C. Molrine, S.George et al. // J Infect Dis.— 1996.— Vol.173.—P.256-258.

327. Pneumococcal immune adherence to human erythrocyte / J.-M. Hament, H.Van Dijk, A.Fleers, P.C. Aerts et al. // European Journal of Clinical Investigation.—2003.—Vol.33.,№ 2.—P. 169-175.

328. Pneumococci causing invasive disease in Britain, 1982-1990 / G.Colman, E.M. Cooke, B.D. Cookson et al. // J.Med.Microbiol1998.— Vol.47.—P. 17-27.

329. Pneumolysin PCR-Based Diagnosis of Invasive Pneumococcal Infection in Children / P.Toikka, S.Nikkari, O. Ruuskanen et al.// J. Clin. Microbiol.— 1999.—№ 37 — P. 633-637.

330. Population biology of Streptococcus pneumoniae isolated from oropharyngeal carriage and invasive disease / C.D.M. Muller-Graf, A.M. Whatemore. S.J.King et al. // Microbiology.—1999.—Vol.145.— P.3283-3293.

331. Population Structure, Antimicrobial Resistance, and Mutation Frequencies of Streptococcus / Del Campo et al // J.Clin.Microbiol.— 2005.— Vol.43.— P.2207-2214.

332. Predictive value of pneumococcal nasopharyngeal culutres for assessment of nonrespective acute otitis media i children / M. Eldan, E. Leibovitz, L. Piganski et al. // Pediatr.Infect.Dis.J.—2000.—Vol.19.— P.298-303.

333. Prevalence of bacterial respiratory pathogens in the nasopharynx in breast-fed versus ■ formula-fed infants / P.H .Kaleida, D.G.Nativio, H.P. Chao et al. //J.Clin.Microbiol.—1993,—Vol.31.—P.2674-2678.

334. Preventing pneumococcal bacteremia at patients at risk. Results of a matched case-control study / B.M.Farr, B.L. Johnston, D.K. Cobb// Arch Intern Med.—1995.—Vol.155.— P.2336-2340.

335. Prevention of Pneumococcal Disease in Mice Immunized with Conserved Surface-Accessible Proteins / Josee Hamel, Nathalie Charland, Isa-belle Pineau et al. // Infect. Immun.— 2004,—Vol.72.—P.2659-2670.

336. Prevention of pneumococcal pneumonia by vaccination / R.Austrian, R.M. Douglas, G. Schiffman et al. // Trans Assoc Am Physicians.— 1976.— Vol.89.—P. 184-189.

337. Previous antibiotic consumption and other risk factors for carriage of penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae in children / E.Melander, S.Molstad, K. Persson, et al. // Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis.—1998.— Vol.17.—P.834-883.

338. Prognosis and outcomes of patients with community-acquiared pneumonia / M.J.Fine, M.A. Smith, C.A.Carson et al. // J.Am.Med.Ass.—1996.—Vol.275—P.134-141.

339. PspA and PspC: Their potential for use as pneumococcal vaccines. / D.E. Briles, S.K. Hollingshead, E. Swiatlo et al. // Microb Drug Resist. —1997.—Vol.3.—P.401-408.

340. PspA, a surface protein of Streprococcus pneumoniae, is capable of eliciting protection against pneumococci of more than one capsular serotype / L.S.McDaniel, S J.S.heffield, P. Delucchi et al. // Infect Immun—1991.— Vol. 59.—P.222-228.

341. Quantitative PCR Assay Using Sputum Samples for Rapid Diagnosis of Pneumococcal Pneumonia in Adult Emergency Department Patients / S.Yang, L.Shin, K. Ambreen et al. // J.Clin.Microbiol. — 2005.—Vol. 43.— P.3221-3226.

342. RegR, a Global LacI/GalR Family Regulator, Modulates Virulence and Competence in Streptococcus pneumoniae / S.Chapuy-Regaud, A.D. Ogunniyi, N. Diallo et al. // Infect. Immun.— 2003.—Vol.71.— P.2615-2625.

343. Relationship between colony morphology and adherence of Streptococcus pneumoniae / D.Cundell, J. Weiser, J.Shen et al. // Infect.Immun.— 1995.—Vol.63.—P.757-761.

344. Relationship between nasopharyngeal colonization and the development of otitis media in children / H.Faden, L.Duffy, R. Wasilievsky et al. // J.Infect.Dis.—1997.—Vol.175.—P.1440-1445.

345. Relationship between Surface Accessibility for PpmA, PsaA, and PspA and Antibody-Mediated Immunity to Systemic Infection by Streptococcus pneumoniae / Dennis O. Gor, Xuedong Ding, David E. Briles et al. // Infect. Immun.—2005.—Vol. 73.—P.1304-1312.

346. Reprogramming the Host Response in Bacterial Meningitis: How Best To Improve Outcome? / M.Flier, S.P.M. Geelen, J.L. Kimpen et al. // Clin. Microbiol. Rev.—2003.—№16,—P.415-429.

347. Risk factors and course of illness among children with invasive penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae / S.L. Deeks, R. Palacio, R. Ru-vinsky et al. // Pediatrics.— 1999.—Vol.103.— P.409-413.

348. Role of CR2 in the human adult and neonatal in vitro antibody response to type 4 pneumococcal polysaccharide / A.W. Griffoen, E.A. Toe-bes, B.J.Zeges et al. // Cell Immunol.—1992.—Vol.143—P.l 1-22.

349. Role of Genetic Resistance in Invasive Pneumococcal Infection: Identification and Study of Susceptibility and Resistance in Inbred Mouse

350. Strains / A.G.Neill, E.A.Janet, Alison Kerr et al. // Infect. Immun. —2001— Vol.69.— P. 426-434.

351. Seasonal variations in nasopharyngeal carriage of respiratory pathogens in healthy Italian children attending day-care centers of schools / P.Marchissio, S. Gironi, S. Esposito et al // J.Med.Microbiol.—2001.— Vol.50.—P.1095-1099.

352. Sensitive and Specific Method for Rapid Identification of Streptococcus pneumoniae Using Real-Time Fluorescence PCR / James C. McAvin, Patricia A. Reilly, Robert M. Roudabush et al // J.Clin.Microbiol. — 2001,—Vol. 39.—P.3446-3451.

353. Serotype 19A variants of the Spanish serotype 23F multiresistant clone of Streptococcus pneumoniae / T.Coeffy, M.C. Enright, M.Daniels et al. // Microb.Drug Resist.—1998.—Vol.4.—P.51-55.

354. Serotype 19F multiresistant pneumococcal clone harbouring two erythromycin resistance determinants (erm/B and mefA) in South Africa / L.McGee, K.P.Kulgman, A. Wasa et al. // Antimicrob.Aagents Chemother.—200 1 .—Vol.45.—P. 1595-1598.

355. Serotypes and Clones of Antibiotic- Resistant Pneumococci / L.McGee, K.P.Klugman, A. Tomasz // Streptococcus pneumoniae: molecular biology and mechanisms of disease / Tomasz A., editor.— Larchmont:Mary Ann Libert., Inc., 2000.— P.375-379.

356. Severe pneumococcal infection in patients with neoplastic disease / M. Chou, A.E. Brown, A. Blevins et al // Cancer.—1983—Vol.51.— P.1456.

357. Spread of Spanish multiresistant serotype 23F clone of Streptococcus pneumoniae to Seoul, Korea / L.McGee, K.P.Klugman, D. Friedland et al. // Microb.Drug Resist.—1997.—Vol.3.— P.253-254.

358. Streptococcus pneumoniae anchor to activated human cells by the receptor of platelet-activating factor / D.R. Cundell, N.P. Gerard, C. Gereard et al//Nature.—1995,—Vol.377.— P.435-438.

359. Streptococcus pneumoniae in human immunodefficiency virus type 1-infected children / M.Gesner, D.Desidero, M.Kim et al. // Pediatr.Infect.Dis.J.—1 994.—Vol. 13.— P.6697-703.

360. Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis Program, a Web-Based Research Tool for Microbial Community Analysis / Terence L. Marsh, Paul Saxman, James Cole et al//Appl. Envir. Microbiol.— 2000.—Vol. 66.—P.3616 3620.

361. The autolityc enzyme LytA of Streptococcus pneumoniae is not responsible for realising pneumolysin / P. Balachandran, S.K. Hollingshead, J.C. Paton, D.E. Brilles // J.Bacteriol.—2001 .—Vol. 183.— P.3108-3116.

362. The ClpP Protease of Streptococcus pneumoniae Modulates Virulence Gene Expression and Protects against Fatal Pneumococcal Challenge / Hyog-Young Kwon, David A. Ogunniyi, Moo-Hyun Choi et al. // Infect. Immun.— 2004.—Vol.72.— P.5646-5653.

363. The epidemiology of invasive pneumococcal disease in Alaska, 19861990 / M.Davidson, A.J. Parkinson, L.R. Bulkow et al. // J.Infect. Dis.—1994.—"Vol. 170.— P.368-376.

364. The NADH oxidase of Streptococcus pneumoniae: ist involvement in competence and virulence / I.S. Auzat, S.Chapeu-Regaud, G. Le Bras et al. // Mol. Microbiol. —1999.—Vol.34.— P. 1018-1028.

365. The prevalence of drug-resistant Streptococcus pneumoniae in Atlanta / J.Hoffmann, M.S. Certon, M.M. Farley et al. // N.Engl.Med.J. —1995.—Vol.333.— P.481-486.

366. Tuomanen E., Masure H.R. Molecular and Cellular Biology of Pneumococcal Infections // Streptococcus pneumoniae: molecular biology and mechanisms of disease / Tomasz A., editor.—Larchmont: Mary Aaaann Libert., Inc., 2000.—P.295-308.

367. Update of practice guidelines for the management of community-acquired pneumonia in immunocompetent adults / L.A. Mandell, J.G. Bart-lett, S.F. Dowell et al // Clin. Inf. Dis.—2003.—Vol.37.—P. 1405—33.