Энзиматические способы детекции, идентификации и анализа нуклеиновых кислот на микрочипах гель-иммобилизованных олигонуклеотидов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Дубилей, Светлана Алексеевна

• Дубилей, Светлана Алексеевна
• кандидат биологических наук
• 1999

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Дубилей, Светлана Алексеевна

Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1 Определение перинной структуры нуклеиновых кислот гибридизацией с микрочипом

1.1.1 Секвенирование гибридизацией: методы и возможности

1.1.2 Методы производства микрочипов

1.1.3 Специфичность гибридизации. 14 2. Применение микрочипов в биологических исследованиях

1.2.1 Изучение экспресии и обнаружение новых генов

1.2.2 Детекция мутаций и исследование полиморфизма

1.2.3 Картирование генов и упорядочивание библиотек. 22 1.3 Минисеквенирование

Глава 2. Материалы и Методы

2.1 Использованные приборы и реактивы

2.2 Синтез и очистка олигонуклеотидов

2.3 Приготовление олигонуклеотидных микрочипов

2.3.1 Приготовление микроматриц

2.3.2 Иммобилизация олигонуклеотидов

2.4 Детекция и обработка флуоресцентного сигнала

2.5 Получение ДНК

2.5.1 Полимеразная Цепная Реакция

2.5.2 Фосфорилирование олигодезоксинуклеотидов

2.5.3 Фрагментирование ДНК

2.5.4 Последовательное лигирование гель - иммобилизованных олигонуклеотидов.

2.6 Минисеквенирование на олигонуклеотидных микрочипах

2.6.1 Анализ ДНК методом 3' концевых мисматчей

2.6.2 Анализ ДНК методом прилегающих праймеров

Глава 3. Результаты

3.1 Последовательное лигирование на микрочипе гель-иммобилизованных олигонуклеотидов

3.1.1 Определение длины тетрануклеотидного повтора

3.2 Минисеквенирование на олигонуклеотидных микрочипах

3.2.1 Оптимизация условий реакции

3.2.2 Детекция генов токсинов Bacillus anthracis

3.2.3 Диагностика ß-талассемии

3.2.4 Аллотипирование HLA DQA1

Глава 4. Обсуждение результатов

Выводы

Благодарности

Список литературы

ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ СОКРАЩЕНИЯ.

dNTP дезоксинуклеотидтрифосфаты

EDTA этилендиаминтетрауксусная кислота

TEMED М.Ы.М.Ы-тетраметилэтилендиамин

ПЦР/PCR полимеразная цепная реакция

нт. нуклеотидов

п.н. пар нуклеотидов

т.п.н. тысяч пар нуклеотидов

Тт температура плавления

FL/FAM флуоресцеин

TMR тетраметилродамин

TR техасский красный

AU/y.e. условные еденицы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Энзиматические способы детекции, идентификации и анализа нуклеиновых кислот на микрочипах гель-иммобилизованных олигонуклеотидов»

ВВЕДЕНИЕ.

Успехи в разработке твердофазного синтеза олигонуклеотидов и методов гибридизации к концу 80-х годов заложили фундамент для возникновения принципиально новой технологии, основанной на использовании матриц иммобилизованных олигонуклеотидов. Объединение большого числа олигонуклеотидных проб на сравнительно небольшой поверхности матрицы (микрочипа) значительно расширило круг решаемых задач по исследованию первичной структуры нуклеиновых кислот. Благодаря олигонуклетидным чипам стали возможными параллельные манипуляции с тысячами проб нуклеиновых кислот. На сегоднешний день сфера применения микрочипов влючает картирование генома, скрининг клонов, упорядочивание библиотек клонов, детекцию специфических нуклеиновых кислот в сложной смеси (исследование экспрессии различних генов, диагностика вирусных и бактериальных инфекций), определение одиночных замен в последовательности (типирование генов, исследование полиморфизма генов, диагностика генетических заболеваний) и секвенирование.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Дубилей, Светлана Алексеевна

выводы.

1. Продемонстрирована возможность проведения ферментативных реакций с гель-иммобилизованннными'олигонуклеотидами (биологическими микрочипами).

2. Предложен метод последовательного лигирования позволяющий анализировать длину и состав повторяющихся участков в последовательности ДНК.

3. Разработан метод позволяющий с высокой точностью идентифицировать точечные замены в ДНК.

4. В модельной системе исследованы особенности реакции минисеквенирования на микрочипах.

5. Предложен подход прозволяющий детекторовать низкопредставленные последовательности ДНК в сложных смесях.

6. Продемонстрировано практическое применение метода минисеквенирования на матрицах гель-иммобилизованных олигонуклеотидов для диагностики и анализа генного полиморфизма.

БЛАГОДАРНОСТИ.

Я глубоко признательна своим научным руководителям, Андрею Дарьевичу Мирзабекову и Валентину Владимировичу Шику. Благодарю Ев. Кириллова, И. Иванова, С. Паринова, Ев. Булыгину, Г. Ершова, А. С. Заседателева, Ю. Лебедь, А. Кухтина, И. Таран, С. Суржикова, В. В. Чупееву, Эд. Крейдлина, А. СетплеП, М. Вайас1паууа, Ел. Новикову и других коллег по лаборатории за помощь и сочувствие. Большое спасибо иоапу иасктап (ивАМРЮ) и Т. Молчановой за присланные образцы ДНК.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Дубилей, Светлана Алексеевна, 1999 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.

1. AlfaranoA., Gottardi Е., SerraA., PigaA., Mandrino M., Mazza U., and Camaschella

C. (1990) Screening of beta-thalassemia mutations by PCR and ASO analysis in an Italian population of mixed geographic origin. Haematologica 75, 506-509.

2. Bains W. and Smith G.C. (1998) Anovel method for nucleic acid sequence

determination. J. Theor. Biol. 135, 303-307.

3. Bains W. (1991) Hybridization methods for DNA sequencing. Genomics 11, 294-301.

4. Barany F. (1991) Genetic disise detection and DNA amplification using cloned

thermostable ligase. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 189-193.

5. Barringer K.J., Orgel L., Wahl G„ and Gingeras T.R. (1990) Blunt-end and single-

strand ligations by Esherichia coli ligase: influence on an in vitro amplification scheme. Gene 89,117-122.

6. Beattie K.L., BeattieW.G., Meng L., Turner S.L., Coral-Vasquez R., Smith D.D.,

Mclntyre P.M., and Dao D.D. (1995) Advances in genosensor research. Clin. Chem. 41, 700-706.

7. Blanchard A.P. and Hood L. (1996) Oligonucleotide array synthesis using ink jet.

Eighth international genome sequencing and analysis conference, Hiiton Head.

8. Broude N.E., Sano Т., Smith C.L., and Cantor C. (1994) Enhanced DNA sequencing by

hybridization Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 3072-3076.

9. Chee M., Yang R., Hubbell E„ BernoA., Huang X., Stern D., Winkler J., Lockhart D.,

Morris M., and FodorS. (1996) Accessing genetic information with high-density DNA arrays. Science 274, 610-614.

10.Chen X., Zehnbauer B., Gnirkee A., and Kwok P. (1997) Fluorescence energy transfer

detection as a homogeneous DNA diagnostic method Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 10756-10761.

11. Clegg R. (1995) Fluorescence resonance energy transfer. Curr. Opin. Biotechnol. 6,

103-110.

12.Craig A.G., NizeticD., Hoheisel J.D., ZenterG. and Lerah H. (1990) Ordering of

cosmid clones covering the herpes simplex virus type I (HSV-I) genome: a tast case for fingerprinting by hybridizaton. Nucl. Acids Res. 18, 2653-2660.

13.Chetverin A.B. and Kramer F.R. (1994) Oligonucleotide arrays: new concepts and possibilities. Bio Technology 12, 1093-1099.

14. De Saizieu A., Certa U., Warrington J., Gray C., Keck W., and Mous J. (1998) Bacterial

transcript imaging by hybridization of total RNA to oligonucleotide arrays. Nat. Biotechnol. 16, 45-48.

15.DeRisi J., Iyer V., and Brown P. (1997) Exploring the methabolic and genetic control of

gene expression on a genomic scale. Science 270, 680-686.

16.Doctycz M.J., Morris M.D., Dormandy S., Beattie K. and Jacobson K. (1995) Optical

melting of 128 octamer DNA duplexes. J. Biol. Chem. 270, 8439-8445.

17.Drmanac R., Labat I., Brukner I., and Crkvenjakov R (1989) Sequencing of megabase plus DNA by hybridization: theory of the method. Genomics 4, 114-128.

18.Drmanac R., Strezoska Z., Labat I., Drmanac S. and Crkvenjakov R (1990) Reliablehybridization of oligonucleotides as short as six nucleotides. DNA Cell Biol. 9, 527-534.

19. Drmanac R., Drmanac S., Strezoska Z., Paunesku T., Labat I., Zeremski M.,Snoddy J.,

Frunkhouser W., Koop B., Hood L., and Crkenjakov R. (1993) DNA sequence determination by hybridization: a strategyfor efficient large-scale sequencing. Science 260, 1649-1652.

20.Drobyshev A., Mologina N., ShickV., Pobedimskaya D., Yershov G., and MirzabekovA. (1997) Sequence analysis by hybridization with oligonucleotide microchip: identification of beta-thalassemia mutations. Gene, 188,45-52.

21.Dubiley S., KirillovEu., LysovYu., and MirzabekovA. (1997) DNA fractionation,

sequence analysis and ligation on oligonucleotide chips. Nucl. Acids Res., 25, 2259-2265.

22.EggersM., Hogan M., Reich R., Lamture J., Ehrling D., Hollis M., Kosicki B., Powdrill T., Beattie K., Smith S., Varma R., Gangadharan R., Mallik.A., Burke B., and Wallace D. (1994) A microchip for quantative detection of molecules utilizing luminescent and radioisotope reporter groups. Biotechniques 17, 516-524.

23.ElaissariA., Cros P., PichotC., Laurent V., and Mandrant B. (1994) Adsorption of oligonucleotides onto negatively and positively charget latex particles. Colloids and Surfaces 83, 25-31.

24.Elaissari A., PichotC., DelairT., Cros P., and Kurfurst R. (1995) Adsorption and

desorption studies of polyadenylic acid onto positively charged latex particles. Langmiur. 11, 1261-1267.

25.FahyE., Nazarbaghi R., Zomorrodi M., Herrnstadt C., Parker W.D., Davis R., and Ghosh S.S. (1997) Multiplex fluorescence-based primer extension method for quantitative mutation analysis of mitochondrial DNA and its diagnostic application for Alzheimer's disease. Nucl. Acids Res., 25, 3102-3109.

26.Fodor S., Read J., Purrung M., Stryer L., Lu A., and Solas D. (1991) Light directed,

spatially addressable parallel chemical synthesis. Science 251, 767-773.

27.Fotin A., DrobyshevA., Proudnikov D., PerovA., and Mirzabekov A. (1998) Parallel

thermodinamic analysis of duplexes on oligodeoxyribonucleotide microchip. Nucl. Acids Res. 26, 1515-1521.

28.Guo Z., Guilfoyle A., ThielA., Wang R., and Smith L. (1994) Direct fluorescence

analysis of genetic polymorphisms by hybridization with oligonucleotide arrays on glass supports. Nucl. Acids Res. 22, 5456-5465.

29.Guschin D.,Yershov G.,Zaslavsky A., Gemmell A., ShickV., Prudnikov D., and

Mirzabekov A. (1997) Manual manufacturing of oligonucleotide, DNA, and protein microchips. Annalytical Biochemistry 250, 203-211.

30.Haff L.A. and Smirnov I.P. (1997) Single-nucleotide polymorphism identification assays

using a thermostable DNA polymerase and delayed extraction MALDI-TOF mass spectrometry Genome Res. 7, 378-388.

31. Harper P.S. (1997) Trinucleotide repeat disorders. J. Inherit. Metab. Dis. 20, 122-124.

32. Heller M. (1995) Self-addressable self-assembling microelectronic system and devices

for molecular biological analysis and diagnostics. Patent WO 95/12808.

33.Hacia J., Brady L., Chee M., Fodor S., and Collins F. (1996) Detection of heterozygous

mutations in BRCA1 using high density oligonucleotide arrays and two-colour fluorescence analysis. Nat. Genet. 14, 441-447.

34. Heller R., Schena M„ ChaiA., Shalon D„ Bedilion T„ GilmoreJ., WoolleyD., and

Davis R. (1997) Discovery and analysis of inflammatory disease-related genes using cDNA microarrays. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 2150-2155.

35.Hoheisel J. (1996) Sequence-independent and linear variation of oligonucleotide DNA binding stabilities. Nucl. Acids Res. 24, 430-432.

36.Huisman T., Carver M., and Efremov G. "Syllabus of Human Hemoglobin Variants" (1996) The Sircle Cell Anemia Foundation in Augusta, GA, USA.

37. Ikonen E., Manninen T., Peltonen L., and Sylvanen A.C. (1992) Quantative determination of rare mRNA species by PCR and solid-phase minisequencing. PCR Methods Appl. 1, 234-240. 38.lkuta S., Takagi K., Wallace R., and Itakura K. (1987) Dissociation kinetcs of 19 base paired oligonucleotide-DNA duplexes containing different single mismatched base pais. Nucl. Acids Res. 15, 797-811.

39. Jacobs K., Rudersdorf R„ Neill S., Dougherty J., Brown E., and Fritsch E. (1988) The

thermal stability of oligonucleotide duplexes is sequence independent in tetraalkylammonium salt solutions: applications to identifyng recombinant DNA clones. Nucl. Acids Res. 16, 4637-4650.

40. Juhasz P., RoskeyM., Smirnov I.P., HaffL., Vestal M., and Martin S.A. (1996)

Applications of delayed extraction matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry to oligonucleotide analysis Anal. Chem. 68, 941-946.

41.Keough T., Baker T., Dobson R., Lacey M., Riley T., Hasselfield J., and Hesselberth P.

(1993) Antisense DNA oligonucleotides. II: The use of matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry for the sequence verification of methylphosphonate oligodeoxyribonucleotides Rapid. Commun. Mass Spectrom. 7,195-200.

42.Khrapko K., LysovY., Khorlyn A., Ivanovl., YershovG., Vasilenko S., Florentiev V.,

and Mirzabekov, A. (1991) A method for DNA sequencing by hybridization with oligonucleotide matrix. DNA Seq. 1, 375-388.

43.Khrapko K., Lysov Y., Khorlyn A., Shick V., Florentiev V., and Mirzabekov A. (1989) An

oligonucleotide hybridization approach to DNA sequencing. FEBS Lett. 256, 118-122.

44.Kierzek R., Caruthers M., Longfellow C., Swinton D., Turner D., and FreierS. (1986)

Polymer-supported RNA synthesis and its application to test the nearest-nelbor model for duplex stability. Biochemistry 25, 7840-7846.

45.Koster H., Tang K., Fu D.-J., Braun A., van der Boom D., Smith C., Cotter R., and

Cantor C. (1996) A strategy for rapid and efficient DNA sequencing by mass spectrometry Nature Biotechnology 14, 1123-1128.

46.KozalM., Shah N., Shen N., Yang R., Fucini R., Merigan T., Richman D., Morris D., Hubbell E., Chee M., and Gingeras T. (1996) Extensive polimorphisms observed in HIV-1 clade B protease gene using high-density oligonucleotide arrays. Nat. Med. 2, 753-759.

47.Laan M., Gron-Vitra K„ Salo A., Peltonen L., PalotieA., and Sylvanen A.C. (1995)

Solid-phase minisequencing confirmed by FISH analysis in determination of gene copy number. Hum. Genet. 96, 275-280.

48.Lamture J., Beattie K., Burke B., Eggers M., Ehrlich D., Fowler R., Hollis M., Kosicki B.,

Reich R., SmithS., Varma R., and Hogan M. (1994) Direct detection of nucleic acid hybridization on the surface of a charge coupled device. Nucl. Acids Res. 22, 2121-2125.

49.Landegren U., Kaiser R., CaskeyC.T., and Hood L. (1988) DNA diagnostics -molecular techniques and automation. Science 242, 229-237.

50.Lin J., Chang I., Andrade J., Herron J., and Christensen D. (1991) Comparison of

site-specific coupling chemistry for antibody immobilization on different solid supports. J. Chromatogr. 542, 41-54.

51.Lipschutz R„ Morris D., Chee M„ Hubbel E., Kozal M., Shah N., Shen N„ Yang R., and FodorS. (1995) Using oligonucleotide probe arrays to access genetic diversity. Biotechniques 19, 442-447.

52. Livshits M., Ivanov I., Mirzabekov A., and FlorentievV. (1992) DNA sequencing by

hybridization with oligonucleotide matrix (SHOM). Theory of washing out the DNA after hybridization. Mol. Biol. 26, 856-865.

53. Martin F. (1985) Base-base mismatches. Thermodinamics of double helix formation for

dCAsXAsG+dCTsYTsG (X,Y = A,C,G,T). Nucl. Acids Res. 13, 4811-4823.

54.Maskos U. and Southern E. (1992) Oligonucleotide hybridizations on glass supports: a

novel linker for oligonucleotide synthesis and hybridization properties of oligonucleotide synthesis in situ. Nucl. Acids Res. 20, 1679-1684.

55.Maskos U. and Southern E. (1993) A study of oligonucleotide reassociation using large

arrays of oligonucleotides synthesized on a glass support. Nucl. Acids Res. 21,4663-4669.

56.Matson R., Rampal J., Pentoney S., Anderson P., and Coassin P. (1995) Biopolymer

synthesis on polypropylene supports: oligonucleotide arrays. Anal. Biochem. 224,110-116.

57. Milosavljevic A., Zeremski M., StrezoskaZ., Grujic D., Dyanov H., BatusS.,

Salbego D., Paunesku T., Soares M., and Crkvenjakov R. (1996) Discovering distinct genes represented in 29,570 clones from infant brain cDNA libraries by applying sequencing by hybridization methodology. Genome Res. 6, 132-142.

58.Mitsuhashi M. (1996) Technical report: Part 1. Basic requirements for designing optimal oligonucleotide probe sequences. J. Clin. Lab. Anal. 10, 277-284.

59.Mitsuhashi M. (1996) Technical report: Part 2. Basic Requirements for designing optimal PCR primers. J. Clin. Lab. Anal. 10, 285-293.

60.Nikiforov T.T., Rendle R.B., GoeletP., Rogers Y.H., Kotewicz M.L., AndersonS., TrainorG.L., and Knapp M.R. (1994) Genetic Bit Analysis: a solid phase

method for typing single nucleotide polymorphisms. Nucl. Acids Res. 22, 4167-4175.

61.Parinov S., BarskyV., Yershov G., Kirillov E., Timofeev Ed., Belgovskiy A., and

MirzabekovA. (1996) DNA sequencing by hybridization to microchip octa-and decanucleotides extended by stacked pentanucleotides. Nucl. Acids Res. 24, 2998-3004.

62.Pastinen T., KurgA., Metspalu A., Peltonen L., and Syvanen A. (1997) Minisequencing: a specific tool for DNA analysis and diagnostic on oligonucleotide arrays. Genome Res. 7, 606-614.

63.Pastinen T., Perola M., Niini P., Terwilliger J., SalomaaV., Vartiainen E., Peltonen L., and Syvanen, A. (1998) Array-based multiplex analysis of candidate genes reveals two independent and additive genetic risk factors for myocardial infaction in the Finnish population. Hum. Mol. Genet. 7, 1453-1462.

64. Pease A., Solas D., Sullivan E., Cronin M., Holmes C., and FodorS. (1994)

Light-generated oligonucleotide arrays for rapid DNA sequence analysis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 5022-5026.

65.Persson B., Nilson P., Larsson A., and Uhlen M. (1995) Probing oligonucleotide

hybridization by surface plasmon resonance. Commertial applications of the human genom project conference, San Francisco, CA.

66.Pevzner P., LysovY., Khrapko K., Belyavsky ., Florentiev V., and Mirzabekov, A.

(1991) Improved chips for sequencing by hybridization. J. Molecular Structure & Dynamics 9, 399-410.

67.Pevzner P. (1989) L-tupIe DNA sequencing: computer analysis. J. Biolmol. Struct. Dyn.

7, 63-73.

68. Pharmaceutical Business News (1996) Hyseq boasts supremacy in gene sequencing.

10, 15.

69.Pieters J., Mans R., van den Elst H., van der Marel G., van Boom J., and Altona C.

(1989) Conformational and thermodynamic consequences of the introduction of a nick in duplexed DNA fragments: an NMR study augmented by biochemical experiments Nucl. Acids Res. 17, 4551-4565.

70. Rees W., Yanger T., Korte J., and von Hyppel P. (1993) Betaine can eliminate the base

pare composition dependence of DNA melting. Biochemistry 32, 137-144.

71. Reeve M. and Fuller C. W. (1995) A novel thermostable polymerase for DNA

sequencing. Nature 376, 796-797. 72.Sapolsky R.J. and Lipshutz R. (1996) Mapping genomic library clones using

oligonucleotide arrays. Genomics 33, 445-456. 73.Schena M. (1996) Genome analysis with gene expression microarrays. Bioessays 18, 427-431.

74.Schena M„ Shalon D., Heller R., Chai A., Brown P.O., and Davis R.W. (1996b) Parallel human genome analysis: microarray-based expression monitoring of 1000 genes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93,10614-10619. 75. Shalon D., SmithS., and Brown P. (1996) A DNA microarray system for analysing complex DNA samples using two-color fluorescent probe hybridization. Genome Res. 6, 639-645. 76.Smirnov I., Roskey M., Juhasz P., Takach E., Martin S., and Haff L. (1996) Sequencing oligonucleotides by exonuclease digestion and delayed extraction matrixassisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Anal. Biochem. 238, 19-25.

77. Sosnovsky, R., Tu, Eu.f Butler, W. F., O'Connel, J. P., and Heller, M (1997) Rapid

determination of single base mismatch mutations in DNA hybrids by direct electric field control. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 1119-1123

78. Southern E. (1989) Analysing polynucleotide sequences. Patent WO 89/10977

79. Southern E. (1995) DNA fingerprinting by hybridization to oligonucleotide arrays.

Electrophoresis 16, 1539-1542.

80. Southern E., Case G., Elder J., Jonson M., MirK., Wang L., and Williams J. (1994)

Arrays of complementary oligonucleotides for analysing the hybridization behavior of nucleic acids. Nucl. Acids Res. 22, 1368-1373.

81. Southern E., Maskos. U., and Elder J. (1992) Analysing and comparing nucleic acids

sequences by hybridization to arrays of oligonucleotides: evaluation using experimental models. Genomics 13,1008-1017. 82.Strazoska Z., Paunesku T., Radosavljevic D., Labat I., Drmanac R., and Crkvenjakov R. (1991) DNA sequencing by hybridization: 100 bases read by non-gel-based methd. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88,10089-10093. 83.Syvanen A.-C., Aalto-Setala K., Harju L., Kontula K., and Soderlund H. (1990) A primer-guided nucleotide incorporation assay in genotyping of apolipoprotein E. Genomics 8, 684-692.

84.TaborS. and Richardson C.C. (1995) A single residue in DNA polymerases of the Escherichia coli DNA polymerase I family is critical for distinguishing between deoxy- and dideoxyribonucleotides. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 6339-6343.

85.Timofeev E., Kochetkova S., Mirzabekov A., and FlorentievV. (1996) Regioselective immobilization of short oligonucleotides to acrylic copolymer gel. Nucl. Acids Res. 24, 3142-3148.

86.Tully G., Sullivan K„ Nixon P., Stones R.E., and Gill P. (1996) Rapid detection of

mitochondrial sequence polymorphisms using multiplex solid-phase fluorescent minisequencing. Genomics, 34,107-113.

87. Wallace R., Shaffer J., Murphy R., Bonner J., HiroseT, and Itacura K. (1979)

Hybridization of synthetic oligodeoxyribonucleotides to cpX174 DNA: the effect of single base pare mismatch. Nucl. Acids Res. 6, 3543-3557.

88. Wood W., GitschierJ., Lasky L., and Lawn R. (1985) Base composition-independent

hybridization in tetramethylammonium chloride: a method for oligonucleotide screening of highly complex gene libraries. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 1585-1588.

89.Yershov, G., Barsky, V., Belgovskiy, A., Kirillov, E., Kreindlin, E., Ivanov, I., Parinov, S., Guschin, D., Drobyshev, A., Dubiley, S., and Mirzabekov, A. (1996) DNA analysis and diagnostics on oligonucleotide microchips. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 4913-4918.