Доменная подвижность N-концевого участка убиквитин-Е3 лигазы MDM2 в присутствии низкомолекулярных миметиков белка р53 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.16, кандидат наук Гуреев Максим Александрович

• Гуреев Максим Александрович
• кандидат наук
• 2020

Оглавление диссертации кандидат наук Гуреев Максим Александрович

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Роль белка р53 и его регуляторов в организме человека

1.2 Структура белок-белкового комплекса Mdm2-р53

1.3 Роль белка Mdm2 в нормальной жизнедеятельности клеток

1.4 Роль белка Mdm2 в процессах канцерогенеза

1.5 Низкомолекулярные лиганды-миметики белка р53, ингибиторы белка-

онкогена Mdm2

1.5.1 - 1.5.8 Основные классы низкомолекулярных ингибиторов белка-

онкогена Mdm2

1.6 Механика взаимодействия белка Mdm2 с ингибиторами

1.7 Применение молекулярного моделирования при дизайне ингибиторов белка Mdm2

1.8 Проблематика лабильности петли ^концевого домена белка

Mdm2

ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Молекулярная динамика

2.2 Метод ускоренной молекулярной динамики и метадинамики.. 46 ГЛАВА 3 МЕТАДИНАМИКА КОМПЛЕКСОВ БЕЛКА MDM2N С

АКТИВНЫМИ ИНГИБИТОРАМИ

3.1 Подготовка молекулярных систем

3.2 Метадинамика свободной формы Mdm2N

3.3Метадинамика комплекса Mdm2N с пиперидиноновым ингибитором

55

3.4 Метадинамика комплекса Mdm2N с имидазольным ингибитором

3.5 Метадинамика комплекса Mdm2N со спироиндолиноновым ингибитором

3.6 Метадинамика комплекса Mdm2N с бензодиазепиновым ингибитором

3.7 Метадинамика комплекса Mdm2N с модифицированным имидазольным

ингибитором

ГЛАВА 4 МЕТАДИНАМИКА КОМПЛЕКСОВ БЕЛКА MDM2N С

МАЛОАКТИВНЫМИ ИНГИБИТОРАМИ

4.1 Подготовка молекулярных систем

4.2 Метадинамика комплекса Mdm2N с малоактивным диастереомером имидазольного ряда

4.3 Метадинамика комплекса Mdm2N с ограниченным имидазольным

ингибитором

ГЛАВА 5 МЕТАДИНАМИКА ПРИ ТОЧЕЧНЫХ МУТАЦИЯХ

82

В СТРУКТУРЕ БЕЛКА MDM2N

5.1 Точечная мутация У8А

5.2 Точечная мутация Р9А

5.3 Сочетание мутаций У8А и Р9А

ГЛАВА 6 УЧЕТ ПОДВИЖНОГО ИНТЕРФЕЙСА ПЕТЛИ N КОНЦЕВОГО ДОМЕНА ПРИ ДИЗАЙНЕ ИНГИБИТОРОВ БЕЛКА-

ОНКОГЕНА MDM2

6.1 Поиск потенциально активных структур

6.2 Структура виртуальной библиотеки, фокусировка методом молекулярного докинга

6.3 Биологическая активность потенциальных ингибиторов

ГЛАВА 7 ДИНАМИКА КОМПЛЕКСОВ MDM2N И

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНО ОТОБРАННЫХ ИНГИБИТОРОВ

7.1 Динамика и энергия лиганд-белковых комплексов на основе активных соединений

7.2 Динамика и энергия лиганд-белковых комплексов на основе

экспериментально малоактивных соединений

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПЕРЕЧЕНЬ СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

аМД - ускоренная молекулярная динамика; МД - молекулярная динамика; ПО - программное обеспечение; РСА - Рентгеноструктурный анализ; ЯМР - ядерный магнитный резонанс; CV - коллективная переменная;

FES - поверхность свободной энергии (free energy surface);

Mdm2N - сокращённое название модели белка Mdm2 включающего подвижный N-концевой участок;

MSM - модели состояний Маркова (Markov state models); MTD (МТД) - молекулярная метадинамика; NPT - изотермально-изобарное окружение системы; NVT - каноническое окружение системы;

OPLS3e - силовое поле оптимальное для симуляций в жидких средах; PDB - Protein Data Bank (база данных); PAINS - Pan-Assay Interference compounds;

RMSF - среднеквадратичная флуктуация (root mean square fluctuation); US - метод зонтичной выборки (umbrella sampling).

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Доменная подвижность N-концевого участка убиквитин-Е3 лигазы MDM2 в присутствии низкомолекулярных миметиков белка р53»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования. В настоящее время всё большее количество исследований посвящено изучению аспектов лиганд-белковых взаимодействий, ориентированных на процессы патогенеза в организме человека с целью поиска новых лекарственных препаратов. Разработка таких препаратов опирается на стратегию «золотой пули», сформированную Паулем Эрлихом, который ещё в начале XX века постулировал задачи, актуальные для современной медицинской химии: разработка лекарств, воздействующих исключительно на патогенетический процесс. В нашем случае - с терапевтическими мишенями, ассоциируемыми с молекулярными механизмами патогенеза. Однако концепция «золотой пули» является идеалистической моделью и в процессе поиска новых лекарственных препаратов существует множество препятствий: метаболиз, молекулярное окружение мишени, реакционноспособность с другими белками, токсичность, гистогематические барьеры и т.д. Таким образом, вышеперечисленные факторы ставят задачу взвешенного подхода к дизайну лекарственных препаратов новых поколений.

С развитием компьютерных технологий современная наука кардинально изменилась. В частности, бурное развитие получила отрасль медицинской химии за счёт внедрения и развития вычислительных технологий, новых методов моделирования и обработки данных.

Компьютерные технологии позволили повысить эффективность поиска новых лекарств за счёт применения молекулярного моделирования и анализа большого объёма данных, связанных с малыми молекулами.

Современный дизайн лекарственных препаратов использует несколько вариантов подходов, реализуемых в зависимости от наличия экспериментальных данных о действующих веществах и мишени:

• Структурно ориентированный дизайн;

• Лиганд-ориентированный дизайн;

• Дизайн de-novo;

Каждый подход определяет спектр инструментов и методы исследований, которые могут быть использованы в процессе поиска новых структур, валидации их активности и оптимизации (табл. 1).

Лиганд известен Лиганд неизвестен

Известна структура рецептора Структурно-ориентированный молекулярный дизайн (SBDD) Лиганд-белковый докинг; молекулярная динамика в разных её приложениях; поиск по комплементарности форм. De novo дизайн

Структура рецептора не известна Лиганд-ориентированный молекулярный дизайн поиск по подобию; фармакофорный поиск; количественное соотношение; структура-активность (QSAR). CADD неприменим необходимы экспериментальные данные

Таблица 1 - Основные подходы поиска новых структур в зависимости от наличия входных данных

Самое высокое разнообразие используемых инструментов методов и подходов характерно для задач с высокой степенью изученности интерактантов, исследуемых в рамках какого-либо заболевания. В таких случаях можно отталкиваться от существующих экспериментальных данных для пар лиганд-рецептор.

Особое внимание уделяется изучению взаимодействий между лигандами и их рецепторами (стоит отметить, что лигандом может быть, как малая молекула, так и белок или нуклеиновая кислота). Влияние на взаимодействие лиганд-рецептор может опосредовать регулирование процесса патогенеза, связанного с исследуемым заболеванием. Зачастую, целью разработки является подбор малых молекул, которые ориентированы на определённый участок мишени с известными

свойствами и функциями. Подобная парадигма исследований в настоящее время обладает наибольшим весом среди всех остальных, ввиду возможности обработки большого числа малых молекул и широких возможностей оптимизации.

Причина столь высокой актуальности исследований лиганд-белковых взаимодействий заключается в том, что они представляют широкий класс терапевтических мишеней как внутри клетки, так и вне её пределов. Ни одно действие в клетке не обходится без подобного рода взаимодействий.

Однако, несмотря на важность лиганд-белковых и белок-белковых взаимодействий как мишени в биологии, большую трудность составляет трансляция результатов исследования в область терапевтики. Двадцать лет назад белок-белковые взаимодействия считались неразрешимыми. Структуры белков в высоком разрешении, исследуемые с 1980-х по 1990-е показали, что интерфейсы белок-белковых взаимодействий в основном плоские и широкие (в диапазоне 1000-2000 А для каждого интерактанта) [56], а области связывания малых молекул наоборот - выражены в виде глубоких полостей и ограничены поверхностью в диапазоне 300-500 А [35].

В период конца 90-х - первой половины двухтысячных появились первые новости о препаратах, относящихся к классу ингибиторов белок-белковых взаимодействий (PPI's inhibitors). Клинически апробированные антагонисты интегрина (тирофибан) и природные таксаны: рапамицин и циклоспорин, показали яркий пример того, что белок-белковые взаимодействия могут модулироваться малыми молекулами. Мутационный анализ белковых структур показал, что не все участки играют критическую роль в процессе белок-белкового взаимодействия. Для них характерно наличие «горячих точек», концентрирующих в себе большую часть энергии связывания [6]. Горячие точки, как правило, группируются в центре интерфейса, чтобы покрыть область, сравнимую с размером малой молекулы, также для них характерны гидрофобные свойства и проявление конформационной адаптивности. Эти особенности позволяют предположить, что по крайней мере некоторые структуры могут обладать участками размером с небольшую молекулу, которые могут связывать малые

молекулы с некоторой динамической адаптацией. В свою очередь, динамические процессы внутри структуры рецептора могут объяснять механизм биологической активности низкомолекулярных агентов. Например, убиквитин-Е3 лигаза Mdm2 в области ^концевого домена содержит подвижный домен, роль которого в процессах комплексообразования с ингибиторами до сих пор изучена в недостаточной мере. Таким образом, исследование механизмов взаимодействий подвижного интерфейса ^концевого домена белка-онкогена Mdm2 с низкомолекулярными ингибиторами определяет актуальность выбранной темы.

Степень разработанности темы исследования. Исследования подвижности белкового интерфейса №концевого домена белка-онкогена Mdm2 актуальны с 2003 года. Именно тогда, авторы статьи в журнале PNAS [81] установили наличие гибкой петли в ^концевом домене Mdm2, однако разрешённая структура была описана только с 16 аминокислоты. Но и этих данных хватило, чтобы сформировать гипотезу о существовании белка в двух формах: «открытой» и «закрытой» формах, где петля ^концевого домена способно перекрывать р53-связывающую полость. Тогда, основной идеей публикации была возможность автоингибирования Mdm2, что приводило бы к нарушению комплексообразования с р53 и последующей индукции процессов программированной клеточной смерти. Результатом работы исследователей, стала публикация данных, подтверждающих наличие автоингибиторной функции N концевого участка Mdm2 в отношении р53-связывающей полости.

Другая работа, опубликованная в 2008 году, в журнале Американского химического сообщества [113] свидетельствует о вовлечении петли ^концевого домена Mdm2 в процесс связывания с р53. Исследователи экспериментально доказали, с помощью ЯМР, наличие у несвязанного Mdm2 равновесного состояния между открытой и закрытой формой. При этом взаимодействие с р53 смещает равновесие в сторону «открытой» формы, т.е. ^концевой участок освобождает р53-связывающий карман для своего основного интерактанта. Ингибиторы Mdm2, такие как №Шп-3а, наоборот - не изменяют состояния N

концевого домена. Исследователи в данной статье постулировали идею о том, что изучение динамики N-концевого домена Mdm2 позволит найти дополнительные ключи к подбору более эффективных ингибиторов с помощью методов экспериментального и виртуального скрининга.

В 2010 году, опубликована работа в журнале Journal of molecular biology, описывающая механизм перехода между закрытым и открытым состояниями белковой структуры в области связывания р53[125]. Описано влияние фосфорилирования по семнадцатой аминокислоте (Ser17). Исследователи отметили, что при фосфомиметической мутации с мутацией S17D, повышается термостабильность белковой структуры Mdm2 в «открытой» конформации, способной к комплексообразованию с р53. Наличие фосмфорилируемого участка в N-концевом домене позволило Worrall и соавторам [125] предположить, что структура Mdm2 в данном участке содержит ряд неструктурированных белковых последовательностей, регулирующих р53-специфическую активность белка.

В 2012 году опубликована работа Клауса Михельсена и соавт. [83], где описан ряд низкомолекулярных структур, заявленных в качестве ингибиторов белка-онкогена Mdm2 индуцирующих упорядочивание N-концевого домена, с формированием «закрытой» формы белка. Описанные в статье производные, на основе пиперидинонового скаффолда, при взаимодействии с р53-связывающей полостью индуцируют упорядочивание вторичной структуры Mdm2 на участке с 10 по 25 аминокислоты: Р-лист (а.к. 10-16), Р-поворот (а.к. 17-20) и a-спираль (а.к. 17-24). Анализ лиганд-белковых комплексов с пиперидиноновыми производными показал наличие дополнительного связывания с His96 в структуре Mdm2. Данное взаимодействие выходит за рамки стандартной фармакофорной гипотезы, описанной такой известной структурой как Nutlin-3a, которая в полной мере воспроизводит три основных аминокислотных остатка р53: Phe19, Trp23, Leu26. Помимо этого, также обнаружено дополнительное ван-дер-Ваальсово взаимодействие с Val14/Thr16, что указывает на наличие дополнительного фактора связывания с петлёй N-концевого домена, который также может быть

полезен для развития и оптимизации фармакофорной гипотезы новых ингибиторов Mdm2.

В 2016 году, опубликована работа [88], где с помощью вычислительных моделей Маркова установили наличие дуализма способа связывания в структуре Mdm2. Было установлено, что упорядоченная структура «крышки» N-концевого домена способна формировать а-спираль, выступающую в роли автоингибиторного участка, имитирующего трансактивационный домен р53. Такой вариант структуры характерен исключительно для «закрытой» формы Mdm2. В то время как в «открытой» форме N-концевой домен подвижен и не структурирован. В ходе работы исследователи определили, что белок Mdm2 в «закрытой» форме не подходит для докинга малых молекул в р53-связывающую полость. Тогда с помощью методов молекулярной динамики был предложен ряд состояний белка, подходящих для докинга малых молекул и валидных в соотношении с экспериментально разрешёнными моделями, опубликованными в Protein Data Bank. В работе установлено, что класс лиганда влияет на степень упорядочивания и ориентацию подвижной части N-концевого домена. Следовательно, детальное изучение динамики взаимодействия разных классов ингибиторов Mdm2 с его N-концевым доменом имеет высокую значимость для дальнейшего дизайна оптимальных структур.

Как следует из вышесказанного, тема, затрагиваемая в диссертационном исследовании в высокой степени актуальна, освещена в публикациях с высоким рейтингом цитируемости, однако данные о взаимном влиянии конформационно вариабельной части N-концевого домена Mdm2 с ингибиторами отсутствуют.

Цель работы - рассмотреть гипотезу о существовании не описанных взаимодействий между лигандами р53-связывающего кармана и конформационно вариабельным N-концевым доменом. Для этого были поставлены следующие задачи:

1. Исследовать динамику Mdm2 с полноразмерным N-концевым доменом, вне лиганд-белкового комплекса;

2. Изучить динамику Mdm2 с полноразмерным N-концевым доменом в присутствии актуальных ингибиторов Mdm2;

3. Изучить степень вовлеченности N-концевого домена в процесс комплексообразования с ингибитором;

4. Установить параметры, необходимые для формирования «закрытой» формы Mdm2;

5. Оценить возможность включения взаимодействий с петлёй N-концевого домена Mdm2 в фармакофорную гипотезу существующих ингибиторов.

Научная новизна. Впервые проведено моделирование молекулярной метадинамики подвижного полноразмерного N-концевого домена Mdm2 (1-25 аминокислота) в контексте присутствия ингибиторов разных классов. Проведённые расчёты позволили определить приоритетные конформационные состояния подвижной петли N-концевого домена. Установлены взаимодействия подвижного интерфейса, с малыми молекулами, индуцирующие формирование «закрытой» конформации лиганд-белкового комплекса Mdm2.

Для ряда соединений, выступающих в качестве кандидатов на лекарственные соединения (Nutlin-3a, Pip-1) установлено наличие ранее не описанных взаимодействий с подвижной частью N-концевого домена Mdm2, которая в большинстве опубликованных структур Mdm2 в RCSB Protein Databank не рассматривается ввиду технических ограничений метода РСА.

На основе результатов моделирования динамики комплексов Mdm2-ингибитор составлена новая, расширенная фармакофорная гипотеза, учитывающая дополнительные взаимодействия, предоставляемые подвижным интерфейсом N-концевого домена Mdm2.

Посредством анализа молекулярной поверхности белка Mdm2 установлена значимость гидрофобных сайтов, формируемых аминокислотами Val8 и Pro9, локализованных в ранее не учитываемой петле N-концевого домена.

Впервые проведён ввод точечных мутаций, замещающих гидрофобный сайт, формируемый аминокислотами Val8 и Pro9, проведена симуляция динамики

мутантных структур в комплексе с ингибитором, доказано снижение стабильности лиганд-белкового комплекса.

В работе произведён дизайн ряда перспективных структур, удовлетворяющих разработанной фармакофорной гипотезе. Расчётные и экспериментальные значения биологической активности полученных соединений превышают или эквивалентны таковым для известных ингибиторов Mdm2, опубликованных в зарубежной литературе.

Теоретическая и практическая значимость. Параметризация закономерностей, учитывающих наличие подвижных элементов белковой структуры, с целью повышения аффинности низкомолекулярных структур. Полученные расчётные данные о динамике лиганд-белковых комплексов Mdm2 расширяют теоретические знания об особенностях динамики подвижной петли N-концевого домена в присутствии его ингибиторов. Моделирование динамических процессов внутри лиганд-белковых комплексов, а также картирование свободной энергии, позволило дифференцировать границу между активными и малоактивными соединениями. Определен ряд гидрофобных контактов с петлёй N-концевого домена Mdm2, статистически реализуемых его высокоактивными ингибиторами. На основе проведённых симуляций разработана новая фармакофорная гипотеза ингибиторов белка-онкогена Mdm2, где учитывается фактор динамического гидрофобного взаимодействия с петлёй его N-концевого домена.

Методы исследования. Для определения доменных движений в структуре белка-онкогена Mdm2 и его комплексах с ингибиторами, использовали методы молекулярной динамики и метадинамики, заложенные в функционал программного обеспечения Schrodinger Suite, модуль Desmond. Все исследованные структуры проверены на наличие ошибок (некорректные длины связей, углы, пропуски аминокислот и т.д.). Анализ расчётных данных выполнен также в программе Desmond, включенной в пакет программ Schrodinger Suite.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Мишень-специфичные ингибиторы Mdm2 индуцируют переход подвижной части ^концевого домена Mdm2 в «закрытое» конформационное состояние;

2. Структуры с экспериментально разрешённой мишень-специфичностью гидрофобно взаимодействуют с петлёй ^концевого домена Mdm2;

3. Все активные ингибиторы Mdm2 взаимодействуют с участком петли N концевого домена Mdm2 в области аминокислот Ser7-Pro9;

4. Малоактивные и неактивные ингибиторы Mdm2 не взаимодействуют с петлёй ^концевого домена и как следствие - способны покидать р53-связывающий сайт;

5. Гидрофобный интерфейс, реализуемый аминокислотами Уа18 и Рго9 в петле ^концевого домена белка Mdm2 необходим для стабильного перехода лиганд-белкового комплекса в область минимума свободной энергии.

Достоверность результатов обеспечена большим объёмом вычислительного эксперимента с экспериментально разрешёнными моделями белка-онкогена Mdm2 и его ингибиторами, для которых также установлены параметры сайтоспецифичности. Используемые в работе вычислительные методы и программное обеспечение обладают приемлемой предсказательной способностью, что подтверждено высоким уровнем публикуемости результатов программного обеспечения Schrodinger.

Личный вклад соискателя. В основу настоящей работы положены результаты исследований, проведённых автором на основе серии вычислительных моделей, описывающих факт экспериментально разрешённого лиганд-индуцируемого вовлечения петли ^концевого домена белка-онкогена Mdm2 в процесс комплексообразования. Автор принимал непосредственное участие в создании вычислительных моделей, обработке результатов вычислений молекулярной динамики, анализе траекторий. Самостоятельно интерпретировал и обобщал полученные данные. Также автор принимал участие в обсуждении результатов и

написании текстов совместных с соавторами статей, тезисов, выступлений на конференциях. Диссертационная работа написана лично соискателем.

Апробация работы. Материалы диссертационного исследования представлены на конференциях: «МедХим Россия» (Екатеринбург, 9-14 июня 2019г.); «Менделеев - 2017» (С-Петербург, 4-7 апреля 2017г.); «ОргХим-2016» (С-Петербург, 27 июня — 1 июля 2016); XXII Симпозиум «Человек и лекарство», (Москва, 6-10 апр. 2015); II Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Инновации в здоровье нации», (С-Петербург, 17 ноя. 2014); Конференция, приуроченная к 186-й годовщине образования Санкт-Петербургского государственного технологического института (технического института), (С-Петербург, 28 ноя. 2014); Симпозиум Euro-QSAR 2014, (С-Петербург, 28-30 авг. 2014); XXI Симпозиум «Человек и лекарство», (Москва, 711 апр. 2014); Конференция «Отечественные противоопухолевые препараты», Минск, 23-25 мая 2013.

Структура и объём работы. Диссертация изложена на 131 страницах, состоит из введения, обзора литературы, 7 глав, заключения, выводов, списка литературы, включающего 134 источника, из них 134 иностранных. Работа содержит 11 таблиц и 79 рисунков.

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 24 научных работ, из них - 7 в изданиях, рекомендованных ВАК РФ, 2 объекта интеллектуальной собственности, 15 тезисов докладов на конференциях. В статьях, опубликованных в соавторстве, вклад соискателя состоит в проведении вычислительных экспериментов, их интерпретации, обсуждении полученных результатов, написании материалов публикаций (статей, тезисов). Права соавторов публикаций не нарушены.

Благодарности. Автор выражает глубокую признательность научному руководителю диссертационной работы, д.х.н., профессору А. В. Гарабаджиу за помощь в выборе темы исследований, оформлении работы. Особую

благодарность выражаю к.х.н. Трибуловичу Вячеславу Генриховичу за помощь в оформлении диссертационного исследования, освоении методов молекулярного моделирования. Также автор признателен коллективу научно-исследовательской лаборатории «Молекулярная Фармакология» СПбГТИ(ТУ) за помощь в проведении работ по тематике диссертационного исследования, а также участие в совместных публикациях. Автор признателен к.х.н. Догадиной Алле Владимировне за моральную поддержку в трудные моменты выполнения диссертационной работы.

Диссертационная работа выполнена при поддержке следующих грантов:

РФФИ: 14-04-31684 мол_а, «Разработка мультитаргетных низкомолекулярных ингибиторов белков Mdm2 и Mdm4 с применением методики фрагментного молекулярного дизайна.»

РНФ: 16-13-10358, «Направленное конструирование селективных индукторов апоптоза для лечения онкологических заболеваний.»

ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Роль белка р53 и его регуляторов в организме человека

Белок р53 - одна из наиболее ярких мишеней, актуальных в терапии злокачественных новообразований. В большинстве случаев онкологических заболеваний в первую очередь нарушается именно функция р53 [53]. Данный белок отвечает за поддержание целостности генома и удаление клеток с накопленными мутациями и повреждениями генетического материала [10, 87].

Основная роль р53 в здоровых клетках - регуляция клеточного цикла [110], формирование клеточного ответа на стрессовое воздействие (токсины, оксидативный стресс, радиация, УФ излучение и т.д.) [22, 45]. При получении критических повреждений генетического аппарата клетки белок р53 запускает каскад процессов, ассоциированных с программированной клеточной смертью [105].

Белок р53 является продуктом гена-супрессора опухоли ТР53[79] и может быть экспрессирован во всех клетках организма [58, 80]. В здоровых клетках р53 не активен [20]. При стрессовом воздействии, вызвавшем повреждения ДНК, происходит высвобождение связанного р53, его перенос из цитоплазмы в ядро клетки, связывание с ДНК [64], индукция транскрипции генов, отвечающих за программированную клеточную смерть путём апоптоза [119].

Нарушение процесса реактивации р53 приводит к сбою альтруистической модели поведения клеток с накопленными мутациями, их пролиферации и как следствие - формированию злокачественного новообразования.

Одним из основных регуляторов активности р53 является белок Mdm2. Он поддерживает концентрацию р53 на низком уровне, во избежание запуска апоптоза здоровых клеток [66, 110, 57]. Белок Mdm2 является компонентом системы убиквитин-зависимой деградации белков (Е3-лигаза) [5]. Непосредственно белок Mdm2 реализует трансфер и связывание белка р53 с

убиквитином - белком, отмечающим субстраты для протеасомальной деградации [55, 74, 85].

Помимо белка Mdm2, активность онкосупрессора р53 может регулироваться и другими лигазами: COP1[33] и SET7/9[21]. Однако белок Mdm2 - наиболее значимый из всех интерактантов р53.

Помимо Mdm2, негативно модулировать активность р53 может его близкий гомолог - белок Mdm4 (MdmX). Впервые упомянут в 1997 году [114]. Сродство к р53 и гомология с Mdm2 уточнены в 2010 году [62, 108]. Белок Mdm4 способен формировать с Mdm2 комплекс с большей активностью в отношении белка р53[74, 75] однако именно белок Mdm2 в данном процессе - основной интерактант. Таким образом, белок-онкоген Mdm2 актуален как фармакологическая мишень для поиска и разработки новых лекарств [131].

1.2 Структура белок-белкового комплекса Mdm2-p53

Белок р53 кодируется геном ТР53, состоит из 393 аминокислотных остатков, содержит 5 доменов: N-концевой (1-42), обогащённый пролином (80-94) [119], ДНК-связывающий (100-300) [71], олигомеризующий (307-355), С-концевой (356393, отвечает за отсоединение ДНК-связывающего домена от ДНК) [51]. Взаимодействие с Mdm2 реализуется в области N-концевого домена, отвечающего за трансактивационные характеристики р53.

Белок Mdm2 (Mouse double minute 2) также известен как Е3 убиквитин-протеин лигаза Mdm2, кодируется соответствующим геном MDM2. Основная функция белка - распознавание N-концевого трансактивационного домена р53 и его ингибирование путём связывания [91]. Полноразмерный белок состоит из 491 аминокислоты и предсказанной молекулярной массой в 56 кДа. Включает несколько консервативных доменов: р53-связывающий, локализованный в N-концевой части (1-100), центральный кислотный (230-300, содержит сигналы импорта и экспорта в ядро), малоизученный домен с «цинковыми пальцами» и С-концевой RING-домен (также малоизучен).

Наиболее актуальным, с исследовательской точки зрения, является взаимодействие ^концевых участков Mdm2 и р53.

Первые детальные данные о структуре белок-белкового комплекса Mdm2-р53 получены с помощью рентгеноструктурной кристаллографии, где было установлено наличие в структуре белка Mdm2 глубокой гидрофобной полости, оккупируемой трансактивационным доменом р53[68].

Рисунок 1.1 - Схематическое представление белок-белкового комплекса Mdm2-p53 (слева), заполнение активной полости Mdm2 аминокислотными остатками фрагмента трансактивационного домена р53 (PDB: 1YCR)

В структуре белок-белкового комплекса выделяют три гидрофобных аминокислотных остатка, принадлежащие а-спирали белка р53 (Phe19, Тгр23, Leu26), ориентированные внутрь активной полости белка Mdm2. Данные аминокислоты являются ключевыми в процессе белок-белкового взаимодействия между Mdm2 и р53[68, 84]. Впоследствии именно эти аминокислоты стали отправной точкой для разработки низкомолекулярных миметиков трансактивационного фрагмента белка р53, реагирующих с активной полостью Mdm2.

1.3 Роль белка Mdm2 в нормальной жизнедеятельности клеток

Mdm2 (murine double minute 2) наиболее известен как негативный регулятор белка-онкосупрессора p53. Благодаря способности p53 индуцировать остановку клеточного цикла и апоптоз, точная регуляция активности данного белка крайне важна для нормального роста и развития клеток. В первую очередь, данный процесс реализуется путём взаимодействия с Mdm2. Mdm2 - E3 убиквитин лигаза, убиквитинилирующая p53 и направляющая его на протеасомальную деградацию [52]. Белок Mdm2 также способен напрямую взаимодействовать с N-концевым доменом белка p53, подавляя его активность как транскрипционного фактора антипролиферативных генов [85]. Также белок Mdm2 является транскрипционной мишенью p53. Таким образом, реализуется система с отрицательной обратной связью, где белок p53 трансактивирует свой собственный ингибитор [99].

В поддержку такого цикла регуляции, говорят исследования кинетики белка р53, подтвердившие, что повышенные уровни данного белка после повреждения ДНК снижаются в виде серии затухающих колебаний [14, 69].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Гуреев Максим Александрович, 2020 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Aguilar A. Discovery of 4-((3'R,4'S,5'R)-6''-Chloro-4'-(3-chloro-2-fluorophenyl)-1'-ethyl-2"-oxodispiro[ cyclohexane-1,2'-pyrrolidine-3',3n-indoline]-5'-carboxamido)bicyclo[2.2.2]octane -1-carboxylic Acid (AA-115/APG-115): A Potent and Orally Active Murine Double Minute 2 (MDM2) Inhibitor in Clinical Development / A. Aguilar, J. Lu, L. Liu, D. Du, D. Bernard, D. McEachern, S. Przybranowski, X. Li, R. Luo, B. Wen, D. Sun, H. Wang, J. Wen, G. Wang, Y. Zhai, M. Guo, D. Yang, S. Wang // Journal of medicinal chemistry. - 2017. - Vol. 60, № 7. - P. 2819-2839.

2. Alder B. J. Studies in molecular dynamics. I. General method / B. J. Alder, T. E. Wainwright // The Journal of chemical physics. - 1959. - Vol. 31, № 2. - P. 459-466.

3. Andreeff M. Results of the Phase I Trial of RG7112, a Small-Molecule MDM2 Antagonist in Leukemia / M. Andreeff, K. R. Kelly, K. Yee, S. Assouline, R. Strair, L. Popplewell, D. Bowen, G. Martinelli, M. W. Drummond, P. Vyas, M. Kirschbaum, S. P. Iyer, V. Ruvolo, G. M. Gonzalez, X. Huang, G. Chen, B. Graves, S. Blotner, P. Bridge, L. Jukofsky, S. Middleton, M. Reckner, R. Rueger, J. Zhi, G. Nichols, K. Kojima // Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research. - 2016. - Vol. 22, № 4. - P. 868-876.

4. Appella E. Post-translational modifications and activation of p53 by genotoxic stresses / E. Appella, C. W. Anderson // European journal of biochemistry. - 2001. -Vol. 268, № 10. - P. 2764-2772.

5. Ardley H. C. E3 ubiquitin ligases / H. C. Ardley, P. A. Robinson // Essays in biochemistry. - 2005. - Vol. 41. - P. 15-30.

6. Arkin M. R. Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: progressing towards the dream / M. R. Arkin, J. A. Wells // Nature reviews. Drug discovery. - 2004. - Vol. 3, № 4. - P. 301-317.

7. Atatreh N. Identification of new inhibitors of Mdm2-p53 interaction via pharmacophore and structure-based virtual screening / N. Atatreh, M. A. Ghattas, S. K. Bardaweel, S. A. Rawashdeh, M. A. Sorkhy // Drug design, development and therapy. -2018. - Vol. 12. - P. 3741-3752.

8. Baell J. B. Seven Year Itch: Pan-Assay Interference Compounds (PAINS) in 2017—Utility and Limitations / J. B. Baell, J. W. M. Nissink // ACS chemical biology.

- 2018. - Vol. 13, № 1. - P. 36-44.

9. Bartel F. Alternative and aberrant splicing of MDM2 mRNA in human cancer /

F. Bartel, H. Taubert, L. C. Harris // Cancer cell. - 2002. - Vol. 2, № 1. - P. 9-15.

10. Bates S. p14ARF links the tumour suppressors RB and p53 / S. Bates, A. C. Phillips, P. A. Clark, F. Stott, G. Peters, R. L. Ludwig, K. H. Vousden // Nature. - 1998.

- Vol. 395, № 6698. - P. 124-125.

11. Berman H. M. The Protein Data Bank / H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng,

G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, P. E. Bourne // Nucleic Acids Research. - 2000. - Vol. 28, № 1. - P. 235-242.

12. Bertamino A. Synthesis, in Vitro, and in Cell Studies of a New Series of [Indoline-3,2'-thiazolidine]-Based p53 Modulators / A. Bertamino, M. Soprano, S. Musella, M. R. Rusciano, M. Sala, E. Vernieri, V. Di Sarno, A. Limatola, A. Carotenuto, S. Cosconati, P. Grieco, E. Novellino, M. Illario, P. Campiglia, I. Gomez-Monterrey // Journal of medicinal chemistry. - 2013.10.1021/jm400311n.

13. Boeckler F. M. Targeted rescue of a destabilized mutant of p53 by an in silico screened drug / F. M. Boeckler, A. C. Joerger, G. Jaggi, T. J. Rutherford, D. B. Veprintsev, A. R. Fersht // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2008. - Vol. 105, № 30. - P. 10360-10365.

14. Bohlman S. p53-independent effects of Mdm2 / S. Bohlman, J. J. Manfredi // Sub-cellular biochemistry. - 2014. - Vol. 85. - P. 235-246.

15. Bottger V. Identification of novel mdm2 binding peptides by phage display / V. Bottger, A. Bottger, S. F. Howard, S. M. Picksley, P. Chene, C. Garcia-Echeverria, H. K. Hochkeppel, D. P. Lane // Oncogene. - 1996. - Vol. 13, № 10. - P. 2141-2147.

16. K. J. Bowers, E. Chow, H. Xu, R. O. Dror, M. P. Eastwood, B. A. Gregersen, J. L. Klepeis, I. Kolossvary, M. A. Moraes, F. D. Sacerdoti, J. K. Salmon, Y. Shan, D. E. Shaw. Scalable algorithms for molecular dynamics simulations on commodity clusters // Book Scalable algorithms for molecular dynamics simulations on commodity clusters / Editor. - Tampa, Florida: ACM, 2006. - P. 84.

17. Brown C. J. Awakening guardian angels: drugging the p53 pathway / C. J. Brown, S. Lain, C. S. Verma, A. R. Fersht, D. P. Lane // Nature reviews. Cancer. -2009. - Vol. 9, № 12. - P. 862-873.

18. Bueren-Calabuig J. A. Impact of Ser17 Phosphorylation on the Conformational Dynamics of the Oncoprotein MDM2 / J. A. Bueren-Calabuig, J. Michel // Biochemistry. - 2016. - Vol. 55, № 17. - P. 2500-2509.

19. Bueren-Calabuig J. A. Elucidation of Ligand-Dependent Modulation of Disorder-Order Transitions in the Oncoprotein MDM2 / J. A. Bueren-Calabuig, J. Michel // PLoS computational biology. - 2015. - Vol. 11, № 6. - P. e1004282.

20. Bullock A. N. Thermodynamic stability of wild-type and mutant p53 core domain / A. N. Bullock, J. Henckel, B. S. DeDecker, C. M. Johnson, P. V. Nikolova, M. R. Proctor, D. P. Lane, A. R. Fersht // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1997. - Vol. 94, № 26. - P. 14338-14342.

21. Chuikov S. Regulation of p53 activity through lysine methylation / S. Chuikov, J. K. Kurash, J. R. Wilson, B. Xiao, N. Justin, G. S. Ivanov, K. McKinney, P. Tempst, C. Prives, S. J. Gamblin, N. A. Barlev, D. Reinberg // Nature. - 2004. - Vol. 432, № 7015. - P. 353-360.

22. Cui R. Central Role of p53 in the Suntan Response and Pathologic Hyperpigmentation / R. Cui, H. R. Widlund, E. Feige, J. Y. Lin, D. L. Wilensky, V. E. Igras, J. D'Orazio, C. Y. Fung, C. F. Schanbacher, S. R. Granter, D. E. Fisher // Cell. -2007. - Vol. 128, № 5. - P. 853-864.

23. Czyrski A. Analytical Methods for Determining Third and Fourth Generation Fluoroquinolones: A Review / A. Czyrski // Chromatographia. - 2017. - Vol. 80, № 2. - P. 181-200.

24. Daskiewicz J. B. Organolithium mediated synthesis of prenylchalcones as potential inhibitors of chemoresistance / J. B. Daskiewicz, G. Comte, D. Barron, A. Di Pietro, F. Thomasson // Tetrahedron Letters. - 1999. - Vol. 40, № 39. - P. 7095-7098.

25. Dastidar S. G. Chemical states of the N-terminal "lid" of MDM2 regulate p53 binding: simulations reveal complexities of modulation / S. G. Dastidar, D.

Raghunathan, J. Nicholson, T. R. Hupp, D. P. Lane, C. S. Verma // Cell cycle (Georgetown, Tex.). - 2011. - Vol. 10, № 1. - P. 82-89.

26. Davis T. A. Preparation of (-)-Nutlin-3 Using Enantioselective Organocatalysis at Decagram Scale / T. A. Davis, A. E. Vilgelm, A. Richmond, J. N. Johnston // The Journal of organic chemistry. - 2013. - Vol. 78, № 21. - P. 1060510616.

27. De Vincenzo R. Effect of synthetic and naturally occurring chalcones on ovarian cancer cell growth: structure-activity relationships / R. De Vincenzo, G. Scambia, P. Benedetti Panici, F. O. Ranelletti, G. Bonanno, A. Ercoli, F. Delle Monache, F. Ferrari, M. Piantelli, S. Mancuso // Anti-cancer drug design. - 1995. - Vol. 10, № 6. - P. 481-490.

28. Deng J. Patented small molecule inhibitors of p53-MDM2 interaction / J. Deng, R. Dayam, N. Neamati // Expert opinion on therapeutic patents. - 2006. - Vol. 16, № 2. - P. 165-188.

29. Ding K. Structure-based design of potent non-peptide MDM2 inhibitors / K. Ding, Y. Lu, Z. Nikolovska-Coleska, S. Qiu, Y. Ding, W. Gao, J. Stuckey, K. Krajewski, P. P. Roller, Y. Tomita, D. A. Parrish, J. R. Deschamps, S. Wang // Journal of the American Chemical Society. - 2005. - Vol. 127, № 29. - P. 10130-10131.

30. Ding K. Structure-based design of spiro-oxindoles as potent, specific small-molecule inhibitors of the MDM2-p53 interaction / K. Ding, Y. Lu, Z. Nikolovska-Coleska, G. Wang, S. Qiu, S. Shangary, W. Gao, D. Qin, J. Stuckey, K. Krajewski, P. P. Roller, S. Wang // Journal of medicinal chemistry. - 2006. - Vol. 49, № 12. - P. 34323435.

31. Ding Q. Discovery of RG7388, a Potent and Selective p53-MDM2 Inhibitor in Clinical Development / Q. Ding, Z. Zhang, J.-J. Liu, N. Jiang, J. Zhang, T. M. Ross, X.-J. Chu, D. Bartkovitz, F. Podlaski, C. Janson, C. Tovar, Z. M. Filipovic, B. Higgins, K. Glenn, K. Packman, L. T. Vassilev, B. Graves // Journal of medicinal chemistry. -2013. - Vol. 56, № 14. - P. 5979-5983.

32. Dixon S. L. PHASE: a novel approach to pharmacophore modeling and 3D database searching / S. L. Dixon, A. M. Smondyrev, S. N. Rao // Chemical biology & drug design. - 2006. - Vol. 67, № 5. - P. 370-372.

33. Dornan D. The ubiquitin ligase COP1 is a critical negative regulator of p53 / D. Dornan, I. Wertz, H. Shimizu, D. Arnott, G. D. Frantz, P. Dowd, K. O'Rourke, H. Koeppen, V. M. Dixit // Nature. - 2004. - Vol. 429, № 6987. - P. 86-92.

34. ElSawy K. M. On the origin of the stereoselective affinity of Nutlin-3 geometrical isomers for the MDM2 protein / K. M. ElSawy, C. S. Verma, D. P. Lane, L. S. Caves // Cell cycle (Georgetown, Tex.). - 2013. - Vol. 12, № 24. - P. 3727-3735.

35. Fuller J. C. Predicting druggable binding sites at the protein-protein interface / J. C. Fuller, N. J. Burgoyne, R. M. Jackson // Drug discovery today. - 2009. - Vol. 14, № 3-4. - P. 155-161.

36. Gilkes D. M. Multiple modes of MDMX regulation affect p53 activation / D. M. Gilkes //. - 2008.

37. Gomez-Monterrey I. Identification of the Spiro(oxindole-3,3'-thiazolidine)-Based Derivatives as Potential p53 Activity Modulators / I. Gomez-Monterrey, A. Bertamino, A. Porta, A. Carotenuto, S. Musella, C. Aquino, I. Granata, M. Sala, D. Brancaccio, D. Picone, C. Ercole, P. Stiuso, P. Campiglia, P. Grieco, P. Ianelli, B. Maresca, E. Novellino // Journal of medicinal chemistry. - 2010.10.1021/jm100838z.

38. Gonzalez-Lopez de Turiso F. Rational design and binding mode duality of MDM2-p53 inhibitors / F. Gonzalez-Lopez de Turiso, D. Sun, Y. Rew, M. D. Bartberger, H. P. Beck, J. Canon, A. Chen, D. Chow, T. L. Correll, X. Huang, L. D. Julian, F. Kayser, M. C. Lo, A. M. Long, D. McMinn, J. D. Oliner, T. Osgood, J. P. Powers, A. Y. Saiki, S. Schneider, P. Shaffer, S. H. Xiao, P. Yakowec, X. Yan, Q. Ye, D. Yu, X. Zhao, J. Zhou, J. C. Medina, S. H. Olson // Journal of medicinal chemistry. -2013. - Vol. 56, № 10. - P. 4053-4070.

39. Gonzalez A. Z. Selective and potent morpholinone inhibitors of the MDM2-p53 protein-protein interaction / A. Z. Gonzalez, J. Eksterowicz, M. D. Bartberger, H. P. Beck, J. Canon, A. Chen, D. Chow, J. Duquette, B. M. Fox, J. Fu, X. Huang, J. B. Houze, L. Jin, Y. Li, Z. Li, Y. Ling, M. C. Lo, A. M. Long, L. R. McGee, J. McIntosh,

D. L. McMinn, J. D. Oliner, T. Osgood, Y. Rew, A. Y. Saiki, P. Shaffer, S. Wortman, P. Yakowec, X. Yan, Q. Ye, D. Yu, X. Zhao, J. Zhou, S. H. Olson, J. C. Medina, D. Sun // Journal of medicinal chemistry. - 2014. - Vol. 57, № 6. - P. 2472-2488.

40. Gonzalez A. Z. Novel inhibitors of the MDM2-p53 interaction featuring hydrogen bond acceptors as carboxylic acid isosteres / A. Z. Gonzalez, Z. Li, H. P. Beck, J. Canon, A. Chen, D. Chow, J. Duquette, J. Eksterowicz, B. M. Fox, J. Fu, X. Huang, J. Houze, L. Jin, Y. Li, Y. Ling, M. C. Lo, A. M. Long, L. R. McGee, J. Mcintosh, J. D. Oliner, T. Osgood, Y. Rew, A. Y. Saiki, P. Shaffer, S. Wortman, P. Yakowec, X. Yan, Q. Ye, D. Yu, X. Zhao, J. Zhou, S. H. Olson, D. Sun, J. C. Medina // Journal of medicinal chemistry. - 2014. - Vol. 57, № 7. - P. 2963-2988.

41. Grasberger B. L. Discovery and cocrystal structure of benzodiazepinedione HDM2 antagonists that activate p53 in cells / B. L. Grasberger, T. Lu, C. Schubert, D. J. Parks, T. E. Carver, H. K. Koblish, M. D. Cummings, L. V. LaFrance, K. L. Milkiewicz, R. R. Calvo, D. Maguire, J. Lattanze, C. F. Franks, S. Zhao, K. Ramachandren, G. R. Bylebyl, M. Zhang, C. L. Manthey, E. C. Petrella, M. W. Pantoliano, I. C. Deckman, J. C. Spurlino, A. C. Maroney, B. E. Tomczuk, C. J. Molloy, R. F. Bone // Journal of medicinal chemistry. - 2005. - Vol. 48, № 4. - P. 909-912.

42. Grigoreva T. A. Proapoptotic modification of substituted isoindolinones as MDM2-p53 inhibitors / T. A. Grigoreva, D. S. Novikova, A. V. Petukhov, M. A. Gureev, A. V. Garabadzhiu, G. Melino, N. A. Barlev, V. G. Tribulovich // Bioorg Med Chem Lett. - 2017. - Vol. 27, № 23. - P. 5197-5202.

43. Hamelberg D. Sampling of slow diffusive conformational transitions with accelerated molecular dynamics / D. Hamelberg, C. A. de Oliveira, J. A. McCammon // The Journal of chemical physics. - 2007. - Vol. 127, № 15. - P. 155102.

44. Hamelberg D. Accelerated molecular dynamics: a promising and efficient simulation method for biomolecules / D. Hamelberg, J. Mongan, J. A. McCammon // The Journal of chemical physics. - 2004. - Vol. 120, № 24. - P. 11919-11929.

45. Han E.-S. The in vivo gene expression signature of oxidative stress / E.-S. Han, F. L. Muller, V. I. Pérez, W. Qi, H. Liang, L. Xi, C. Fu, E. Doyle, M. Hickey, J.

Cornell, C. J. Epstein, L. J. Roberts, H. Van Remmen, A. Richardson // Physiological Genomics. - 2008. - Vol. 34, № 1. - P. 112-126.

46. Hansen H. S. Using the local elevation method to construct optimized umbrella sampling potentials: calculation of the relative free energies and interconversion barriers of glucopyranose ring conformers in water / H. S. Hansen, P. H. Hunenberger // Journal of computational chemistry. - 2010. - Vol. 31, № 1. - P. 1-23.

47. Hardcastle I. R. Inhibitors of the MDM2-p53 interaction as anticancer drugs / I. R. Hardcastle // Drugs of the Future. - 2007. - Vol. 32, № 10. - P. 883.

48. Hardcastle I. R. Small-molecule inhibitors of the MDM2-p53 protein-protein interaction based on an isoindolinone scaffold / I. R. Hardcastle, S. U. Ahmed, H. Atkins, G. Farnie, B. T. Golding, R. J. Griffin, S. Guyenne, C. Hutton, P. Kallblad, S. J. Kemp, M. S. Kitching, D. R. Newell, S. Norbedo, J. S. Northen, R. J. Reid, K. Saravanan, H. M. Willems, J. Lunec // Journal of medicinal chemistry. - 2006. - Vol. 49, № 21. - P. 6209-6221.

49. Hardcastle I. R. Isoindolinone inhibitors of the murine double minute 2 (MDM2)-p53 protein-protein interaction: structure-activity studies leading to improved potency / I. R. Hardcastle, J. Liu, E. Valeur, A. Watson, S. U. Ahmed, T. J. Blackburn, K. Bennaceur, W. Clegg, C. Drummond, J. A. Endicott, B. T. Golding, R. J. Griffin, J. Gruber, K. Haggerty, R. W. Harrington, C. Hutton, S. Kemp, X. Lu, J. M. McDonnell, D. R. Newell, M. E. Noble, S. L. Payne, C. H. Revill, C. Riedinger, Q. Xu, J. Lunec // Journal of medicinal chemistry. - 2011. - Vol. 54, № 5. - P. 1233-1243.

50. Harder E. OPLS3: A Force Field Providing Broad Coverage of Drug-like Small Molecules and Proteins / E. Harder, W. Damm, J. Maple, C. Wu, M. Reboul, J. Y. Xiang, L. Wang, D. Lupyan, M. K. Dahlgren, J. L. Knight, J. W. Kaus, D. S. Cerutti, G. Krilov, W. L. Jorgensen, R. Abel, R. A. Friesner // Journal of chemical theory and computation. - 2016. - Vol. 12, № 1. - P. 281-296.

51. Harms K. L. The C terminus of p53 family proteins is a cell fate determinant / K. L. Harms, X. Chen // Mol Cell Biol. - 2005. - Vol. 25, № 5. - P. 2014-2030.

52. Haupt Y. Mdm2 promotes the rapid degradation of p53 / Y. Haupt, R. Maya, A. Kazaz, M. Oren // Nature. - 1997. - Vol. 387, № 6630. - P. 296-299.

53. Hollstein M. p53 mutations in human cancers / M. Hollstein, D. Sidransky, B. Vogelstein, C. Harris // Science. - 1991. - Vol. 253, № 5015. - P. 49-53.

54. Hollstein M. p53 mutations in human cancers / M. Hollstein, D. Sidransky, B. Vogelstein, C. C. Harris // Science. - 1991. - Vol. 253, № 5015. - P. 49-53.

55. Honda R. Activity of MDM2, a ubiquitin ligase, toward p53 or itself is dependent on the RING finger domain of the ligase / R. Honda, H. Yasuda // Oncogene. - 2000. - Vol. 19, № 11. - P. 1473-1476.

56. Hwang H. Protein-protein docking benchmark version 4.0 / H. Hwang, T. Vreven, J. Janin, Z. Weng // Proteins. - 2010. - Vol. 78, № 15. - P. 3111-3114.

57. Inoue T. MDM2 Can Promote the Ubiquitination, Nuclear Export, and Degradation of p53 in the Absence of Direct Binding / T. Inoue, R. K. Geyer, D. Howard, Z. K. Yu, C. G. Maki // Journal of Biological Chemistry. - 2001. - Vol. 276, № 48. - P. 45255-45260.

58. Isobe M. Localization of gene for human p53 tumour antigen to band 17p13 / M. Isobe, B. S. Emanuel, D. Givol, M. Oren, C. M. Croce // Nature. - 1986. - Vol. 320, № 6057. - P. 84-85.

59. Jing Z. A comment on the reweighting method for accelerated molecular dynamics simulations / Z. Jing, H. Sun // Journal of chemical theory and computation. -2015. - Vol. 11, № 6. - P. 2395-2397.

60. Jones G. Development and validation of a genetic algorithm for flexible docking / G. Jones, P. Willett, R. C. Glen, A. R. Leach, R. Taylor // Journal of molecular biology. - 1997. - Vol. 267, № 3. - P. 727-748.

61. Jones S. N. Overexpression of Mdm2 in mice reveals a p53-independent role for Mdm2 in tumorigenesis / S. N. Jones, A. R. Hancock, H. Vogel, L. A. Donehower, A. Bradley // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1998. - Vol. 95, № 26. - P. 15608-15612.

62. Joseph T. L. Differential binding of p53 and nutlin to MDM2 and MDMX: computational studies / T. L. Joseph, A. Madhumalar, C. J. Brown, D. P. Lane, C. S. Verma // Cell cycle. - 2010. - Vol. 9, № 6. - P. 1167-1181.

63. Kallblad P. Assessment of multiple binding modes in ligand-protein docking / P. Kallblad, R. L. Mancera, N. P. Todorov // Journal of medicinal chemistry. - 2004. -Vol. 47, № 13. - P. 3334-3337.

64. Kern S. Identification of p53 as a sequence-specific DNA-binding protein / S. Kern, K. Kinzler, A. Bruskin, D. Jarosz, P. Friedman, C. Prives, B. Vogelstein // Science. - 1991. - Vol. 252, № 5013. - P. 1708-1711.

65. Khoo K. H. Drugging the p53 pathway: understanding the route to clinical efficacy / K. H. Khoo, C. S. Verma, D. P. Lane // Nature reviews. Drug discovery. -2014. - Vol. 13, № 3. - P. 217-236.

66. Kubbutat M. H. Regulation of p53 stability by Mdm2 / M. H. Kubbutat, S. N. Jones, K. H. Vousden // Nature. - 1997. - Vol. 387, № 6630. - P. 299-303.

67. Kumar S. K. Design, synthesis, and evaluation of novel boronic-chalcone derivatives as antitumor agents / S. K. Kumar, E. Hager, C. Pettit, H. Gurulingappa, N. E. Davidson, S. R. Khan // Journal of medicinal chemistry. - 2003. - Vol. 46, № 14. -P. 2813-2815.

68. Kussie P. H. Structure of the MDM2 oncoprotein bound to the p53 tumor suppressor transactivation domain / P. H. Kussie, S. Gorina, V. Marechal, B. Elenbaas, J. Moreau, A. J. Levine, N. P. Pavletich // Science. - 1996. - Vol. 274, № 5289. - P. 948-953.

69. Lahav G. Oscillations by the p53-Mdm2 feedback loop / G. Lahav // Advances in experimental medicine and biology. - 2008. - Vol. 641. - P. 28-38.

70. Laio A. Escaping free-energy minima / A. Laio, M. Parrinello // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2002. - Vol. 99, № 20. - P. 12562-12566.

71. Larsen S. LMO3 interacts with p53 and inhibits its transcriptional activity / S. Larsen, T. Yokochi, E. Isogai, Y. Nakamura, T. Ozaki, A. Nakagawara // Biochemical and biophysical research communications. - 2010. - Vol. 392, № 3. - P. 252-257.

72. Leach F. S. p53 Mutation and MDM2 amplification in human soft tissue sarcomas / F. S. Leach, T. Tokino, P. Meltzer, M. Burrell, J. D. Oliner, S. Smith, D. E.

Hill, D. Sidransky, K. W. Kinzler, B. Vogelstein // Cancer research. - 1993. - Vol. 53, № 10 Suppl. - P. 2231-2234.

73. Lee J. H. Novel pyrrolopyrimidine-based alpha-helix mimetics: cell-permeable inhibitors of protein-protein interactions / J. H. Lee, Q. Zhang, S. Jo, S. C. Chai, M. Oh, W. Im, H. Lu, H. S. Lim // Journal of the American Chemical Society. - 2011. - Vol. 133, № 4. - P. 676-679.

74. Linares L. K. HdmX stimulates Hdm2-mediated ubiquitination and degradation of p53 / L. K. Linares, A. Hengstermann, A. Ciechanover, S. Muller, M. Scheffner // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. -2003. - Vol. 100, № 21. - P. 12009-12014.

75. Linke K. Structure of the MDM2/MDMX RING domain heterodimer reveals dimerization is required for their ubiquitylation in trans / K. Linke, P. D. Mace, C. A. Smith, D. L. Vaux, J. Silke, C. L. Day // Cell death and differentiation. - 2008. - Vol. 15, № 5. - P. 841-848.

76. Lu Y. Discovery of a nanomolar inhibitor of the human murine double minute 2 (MDM2)-p53 interaction through an integrated, virtual database screening strategy / Y. Lu, Z. Nikolovska-Coleska, X. Fang, W. Gao, S. Shangary, S. Qiu, D. Qin, S. Wang // Journal of medicinal chemistry. - 2006. - Vol. 49, № 13. - P. 3759-3762.

77. Mancera R. L. Ligand-protein docking using a quantum stochastic tunneling optimization method / R. L. Mancera, P. Kallblad, N. P. Todorov // Journal of computational chemistry. - 2004. - Vol. 25, № 6. - P. 858-864.

78. Markwick P. R. Studying functional dynamics in bio-molecules using accelerated molecular dynamics / P. R. Markwick, J. A. McCammon // Physical chemistry chemical physics : PCCP. - 2011. - Vol. 13, № 45. - P. 20053-20065.

79. Matlashewski G. Isolation and characterization of a human p53 cDNA clone: expression of the human p53 gene / G. Matlashewski, P. Lamb, D. Pim, J. Peacock, L. Crawford, S. Benchimol // The EMBO journal. - 1984. - Vol. 3, № 13. - P. 3257-3262.

80. McBride O. W. The gene for human p53 cellular tumor antigen is located on chromosome 17 short arm (17p13) / O. W. McBride, D. Merry, D. Givol // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1986. - Vol. 83, № 1. - P. 130-134.

81. McCoy M. A. Flexible lid to the p53-binding domain of human Mdm2: implications for p53 regulation / M. A. McCoy, J. J. Gesell, M. M. Senior, D. F. Wyss // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. -2003. - Vol. 100, № 4. - P. 1645-1648.

82. Miao Y. Improved Reweighting of Accelerated Molecular Dynamics Simulations for Free Energy Calculation / Y. Miao, W. Sinko, L. Pierce, D. Bucher, R. C. Walker, J. A. McCammon // Journal of chemical theory and computation. - 2014. -Vol. 10, № 7. - P. 2677-2689.

83. Michelsen K. Ordering of the N-terminus of human MDM2 by small molecule inhibitors / K. Michelsen, J. B. Jordan, J. Lewis, A. M. Long, E. Yang, Y. Rew, J. Zhou, P. Yakowec, P. D. Schnier, X. Huang, L. Poppe // Journal of the American Chemical Society. - 2012. - Vol. 134, № 41. - P. 17059-17067.

84. Moll U. M. The MDM2-p53 interaction / U. M. Moll, O. Petrenko // Molecular cancer research : MCR. - 2003. - Vol. 1, № 14. - P. 1001-1008.

85. Momand J. The mdm-2 oncogene product forms a complex with the p53 protein and inhibits p53-mediated transactivation / J. Momand, G. P. Zambetti, D. C. Olson, D. George, A. J. Levine // Cell. - 1992. - Vol. 69, № 7. - P. 1237-1245.

86. Montes de Oca Luna R. Rescue of early embryonic lethality in mdm2-deficient mice by deletion of p53 / R. Montes de Oca Luna, D. S. Wagner, G. Lozano // Nature. -1995. - Vol. 378, № 6553. - P. 203-206.

87. Mraz M. miR-34a, miR-29c and miR-17-5p are downregulated in CLL patients with TP53 abnormalities / M. Mraz, K. Malinova, J. Kotaskova, S. Pavlova, B. Tichy, J. Malcikova, K. Stano Kozubik, J. Smardova, Y. Brychtova, M. Doubek, M. Trbusek, J. Mayer, S. Pospisilova // Leukemia. - 2009. - Vol. 23, № 6. - P. 1159-1163.

88. Mukherjee S. Markov models of the apo-MDM2 lid region reveal diffuse yet two-state binding dynamics and receptor poses for computational docking / S. Mukherjee, G. A. Pantelopulos, V. A. Voelz // Scientific reports. - 2016. - Vol. 6. - P. 31631.

89. Murray J. K. Targeting protein-protein interactions: lessons from p53/MDM2 / J. K. Murray, S. H. Gellman // Biopolymers. - 2007. - Vol. 88, № 5. - P. 657-686.

90. Oliner J. D. Amplification of a gene encoding a p53-associated protein in human sarcomas / J. D. Oliner, K. W. Kinzler, P. S. Meltzer, D. L. George, B. Vogelstein // Nature. - 1992. - Vol. 358, № 6381. - P. 80-83.

91. Oliner J. D. Oncoprotein MDM2 conceals the activation domain of tumour suppressor p53 / J. D. Oliner, J. A. Pietenpol, S. Thiagalingam, J. Gyuris, K. W. Kinzler, B. Vogelstein // Nature. - 1993. - Vol. 362, № 6423. - P. 857-860.

92. Pande V. S. Everything you wanted to know about Markov State Models but were afraid to ask / V. S. Pande, K. Beauchamp, G. R. Bowman // Methods. - 2010. -Vol. 52, № 1. - P. 99-105.

93. Pant V. The p53-Mdm2 feedback loop protects against DNA damage by inhibiting p53 activity but is dispensable for p53 stability, development, and longevity / V. Pant, S. Xiong, J. G. Jackson, S. M. Post, H. A. Abbas, A. Quintas-Cardama, A. N. Hamir, G. Lozano // Genes Dev. - 2013. - Vol. 27, № 17. - P. 1857-1867.

94. Pantelopulos G. A. Microsecond simulations of mdm2 and its complex with p53 yield insight into force field accuracy and conformational dynamics / G. A. Pantelopulos, S. Mukherjee, V. A. Voelz // Proteins. - 2015. - Vol. 83, № 9. - P. 16651676.

95. Pantoliano M. W. High-Density Miniaturized Thermal Shift Assays as a General Strategy for Drug Discovery / M. W. Pantoliano, E. C. Petrella, J. D. Kwasnoski, V. S. Lobanov, J. Myslik, E. Graf, T. Carver, E. Asel, B. A. Springer, P. Lane, F. R. Salemme // Journal of Biomolecular Screening. - 2001. - Vol. 6, № 6. - P. 429-440.

96. Parks D. J. Enhanced pharmacokinetic properties of 1,4-benzodiazepine-2,5-dione antagonists of the HDM2-p53 protein-protein interaction through structure-based drug design / D. J. Parks, L. V. LaFrance, R. R. Calvo, K. L. Milkiewicz, J. José Marugan, P. Raboisson, C. Schubert, H. K. Koblish, S. Zhao, C. F. Franks, J. Lattanze, T. E. Carver, M. D. Cummings, D. Maguire, B. L. Grasberger, A. C. Maroney, T. Lu // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. - 2006. - Vol. 16, № 12. - P. 3310-3314.

97. Paull K. D. Display and analysis of patterns of differential activity of drugs against human tumor cell lines: development of mean graph and COMPARE algorithm

/ K. D. Paull, R. H. Shoemaker, L. Hodes, A. Monks, D. A. Scudiero, L. Rubinstein, J. Plowman, M. R. Boyd // J Natl Cancer Inst. - 1989. - Vol. 81, № 14. - P. 1088-1092.

98. Petersen H. G. Accuracy and efficiency of the particle mesh Ewald method / H.

G. Petersen // The Journal of chemical physics. - 1995. - Vol. 103, № 9. - P. 36683679.

99. Ponnuswamy A. Concepts in MDM2 Signaling: Allosteric Regulation and Feedback Loops / A. Ponnuswamy, T. Hupp, R. Fahraeus // Genes & cancer. - 2012. -Vol. 3, № 3-4. - P. 291-297.

100. Popowicz G. M. The structure-based design of Mdm2/Mdmx-p53 inhibitors gets serious / G. M. Popowicz, A. Domling, T. A. Holak // Angewandte Chemie. -2011. - Vol. 50, № 12. - P. 2680-2688.

101. Raj B. Structure based virtual screening, docking and molecular dynamic simulation studies to identify potent mdm2-p53 inhibitors: Future implications for cancer therapy / B. Raj, M. Raghavendra Rao, Y. Acharya // Acta Medica International.

- 2017. - Vol. 4, № 1. - P. 11-21.

102. Rayburn E. MDM2 and human malignancies: expression, clinical pathology, prognostic markers, and implications for chemotherapy / E. Rayburn, R. Zhang, J. He,

H. Wang // Current cancer drug targets. - 2005. - Vol. 5, № 1. - P. 27-41.

103. Repasky M. P. Flexible ligand docking with Glide / M. P. Repasky, M. Shelley, R. A. Friesner // Current protocols in bioinformatics. - 2007. - Vol. Chapter 8.

- P. Unit 8 12.

104. Ribeiro C. J. Chemical Variations on the p53 Reactivation Theme / C. J. Ribeiro, C. M. Rodrigues, R. Moreira, M. M. Santos // Pharmaceuticals. - 2016. - Vol. 9, № 2.

105. Romer L. p53--a natural cancer killer: structural insights and therapeutic concepts / L. Romer, C. Klein, A. Dehner, H. Kessler, J. Buchner // Angewandte Chemie. - 2006. - Vol. 45, № 39. - P. 6440-6460.

106. Ryckaert J.-P. Numerical integration of the cartesian equations of motion of a system with constraints: molecular dynamics of n-alkanes / J.-P. Ryckaert, G. Ciccotti,

H. J. Berendsen // Journal of Computational Physics. - 1977. - Vol. 23, № 3. - P. 327341.

107. Sastry G. M. Protein and ligand preparation: parameters, protocols, and influence on virtual screening enrichments / G. M. Sastry, M. Adzhigirey, T. Day, R. Annabhimoju, W. Sherman // Journal of computer-aided molecular design. - 2013. -Vol. 27, № 3. - P. 221-234.

108. Shadfan M. MDM2 and MDMX: Alone and together in regulation of p53 / M. Shadfan, V. Lopez-Pajares, Z. M. Yuan // Translational cancer research. - 2012. - Vol.

I, № 2. - P. 88-89.

109. Shangary S. Small-molecule inhibitors of the MDM2-p53 protein-protein interaction to reactivate p53 function: a novel approach for cancer therapy / S. Shangary, S. Wang // Annual review of pharmacology and toxicology. - 2009. - Vol. 49. - P. 223-241.

110. Shaw P. H. The Role of p53 in Cell Cycle Regulation / P. H. Shaw // Pathology - Research and Practice. - 1996. - Vol. 192, № 7. - P. 669-675.

111. Sherr C. J. Divorcing ARF and p53: an unsettled case / C. J. Sherr // Nature reviews. Cancer. - 2006. - Vol. 6, № 9. - P. 663-673.

112. Shoichet B. K. Virtual screening of chemical libraries / B. K. Shoichet // Nature. - 2004. - Vol. 432, № 7019. - P. 862-865.

113. Showalter S. A. Quantitative lid dynamics of MDM2 reveals differential ligand binding modes of the p53-binding cleft / S. A. Showalter, L. Bruschweiler-Li, E. Johnson, F. Zhang, R. Bruschweiler // Journal of the American Chemical Society. -2008. - Vol. 130, № 20. - P. 6472-6478.

114. Shvarts A. Isolation and identification of the human homolog of a new p53-binding protein, Mdmx / A. Shvarts, M. Bazuine, P. Dekker, Y. F. Ramos, W. T. Steegenga, G. Merckx, R. C. van Ham, W. van der Houven van Oordt, A. J. van der Eb, A. G. Jochemsen // Genomics. - 1997. - Vol. 43, № 1. - P. 34-42.

115. Stoll R. Chalcone Derivatives Antagonize Interactions between the Human Oncoprotein MDM2 and p53f / R. Stoll, C. Renner, S. Hansen, S. Palme, C. Klein, A. Belling, W. Zeslawski, M. Kamionka, T. Rehm, P. Muhlhahn, R. Schumacher, F.

Hesse, B. Kaluza, W. Voelter, R. A. Engh, T. A. Holak // Biochemistry. - 2001. - Vol. 40, № 2. - P. 336-344.

116. Tang Y. Acetylation is indispensable for p53 activation / Y. Tang, W. Zhao, Y. Chen, Y. Zhao, W. Gu // Cell. - 2008. - Vol. 133, № 4. - P. 612-626.

117. Uhrinova S. Structure of free MDM2 N-terminal domain reveals conformational adjustments that accompany p53-binding / S. Uhrinova, D. Uhrin, H. Powers, K. Watt, D. Zheleva, P. Fischer, C. McInnes, P. N. Barlow // Journal of molecular biology. - 2005. - Vol. 350, № 3. - P. 587-598.

118. Vassilev L. T. In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2 / L. T. Vassilev, B. T. Vu, B. Graves, D. Carvajal, F. Podlaski, Z. Filipovic, N. Kong, U. Kammlott, C. Lukacs, C. Klein, N. Fotouhi, E. A. Liu // Science. - 2004. - Vol. 303, № 5659. - P. 844-848.

119. Venot C. The requirement for the p53 proline-rich functional domain for mediation of apoptosis is correlated with specific PIG3 gene transactivation and with transcriptional repression / C. Venot, M. Maratrat, C. Dureuil, E. Conseiller, L. Bracco, L. Debussche // The EMBO journal. - 1998. - Vol. 17, № 16. - P. 4668-4679.

120. Verdonk M. L. Improved protein-ligand docking using GOLD / M. L. Verdonk, J. C. Cole, M. J. Hartshorn, C. W. Murray, R. D. Taylor // Proteins. - 2003. -Vol. 52, № 4. - P. 609-623.

121. Verkhivker G. M. Simulating molecular mechanisms of the MDM2-mediated regulatory interactions: a conformational selection model of the MDM2 lid dynamics / G. M. Verkhivker // PloS one. - 2012. - Vol. 7, № 7. - P. e40897.

122. Vu B. Discovery of RG7112: A Small-Molecule MDM2 Inhibitor in Clinical Development / B. Vu, P. Wovkulich, G. Pizzolato, A. Lovey, Q. Ding, N. Jiang, J.-J. Liu, C. Zhao, K. Glenn, Y. Wen, C. Tovar, K. Packman, L. Vassilev, B. Graves // ACS Medicinal Chemistry Letters. - 2013. - Vol. 4, № 5. - P. 466-469.

123. Wattenberg L. W. Inhibition of carcinogen-induced pulmonary and mammary carcinogenesis by chalcone administered subsequent to carcinogen exposure / L. W. Wattenberg, J. B. Coccia, A. R. Galbraith // Cancer Lett. - 1994. - Vol. 83, № 1-2. - P. 165-169.

124. Wereszczynski J. Accelerated molecular dynamics in computational drug design / J. Wereszczynski, J. A. McCammon // Methods in molecular biology. - 2012. -Vol. 819. - P. 515-524.

125. Worrall E. G. The effects of phosphomimetic lid mutation on the thermostability of the N-terminal domain of MDM2 / E. G. Worrall, L. Worrall, E. Blackburn, M. Walkinshaw, T. R. Hupp // Journal of molecular biology. - 2010. - Vol. 398, № 3. - P. 414-428.

126. Yin H. Terphenyl-based helical mimetics that disrupt the p53/HDM2 interaction / H. Yin, G. I. Lee, H. S. Park, G. A. Payne, J. M. Rodriguez, S. M. Sebti, A. D. Hamilton // Angewandte Chemie. - 2005. - Vol. 44, № 18. - P. 2704-2707.

127. Yin H. Terphenyl-Based Bak BH3 alpha-helical proteomimetics as low-molecular-weight antagonists of Bcl-xL / H. Yin, G. I. Lee, K. A. Sedey, O. Kutzki, H. S. Park, B. P. Orner, J. T. Ernst, H. G. Wang, S. M. Sebti, A. D. Hamilton // J Am Chem Soc. - 2005. - Vol. 127, № 29. - P. 10191-10196.

128. Yin H. Terephthalamide derivatives as mimetics of helical peptides: disruption of the Bcl-x(L)/Bak interaction / H. Yin, G. I. Lee, K. A. Sedey, J. M. Rodriguez, H. G. Wang, S. M. Sebti, A. D. Hamilton // J Am Chem Soc. - 2005. - Vol. 127, № 15. - P. 5463-5468.

129. Yu M. Discovery of Potent and Simplified Piperidinone-Based Inhibitors of the MDM2-p53 Interaction / M. Yu, Y. Wang, J. Zhu, M. D. Bartberger, J. Canon, A. Chen, D. Chow, J. Eksterowicz, B. Fox, J. Fu, M. Gribble, X. Huang, Z. Li, J. J. Liu, M. C. Lo, D. McMinn, J. D. Oliner, T. Osgood, Y. Rew, A. Y. Saiki, P. Shaffer, X. Yan, Q. Ye, D. Yu, X. Zhao, J. Zhou, S. H. Olson, J. C. Medina, D. Sun // ACS Med Chem Lett. - 2014. - Vol. 5, № 8. - P. 894-899.

130. Zanjirband M. Pre-clinical efficacy and synergistic potential of the MDM2-p53 antagonists, Nutlin-3 and RG7388, as single agents and in combined treatment with cisplatin in ovarian cancer / M. Zanjirband, R. J. Edmondson, J. Lunec // Oncotarget. -2016. - Vol. 7, № 26. - P. 40115-40134.

131. Zhang H. MDM2 oncogene as a novel target for human cancer therapy / Zhang, H. Wang // Current pharmaceutical design. - 2000. - Vol. 6, № 4. - P. 393-416.

132. Zhang Y. Signaling to p53: ribosomal proteins find their way / Y. Zhang, H. Lu // Cancer cell. - 2009. - Vol. 16, № 5. - P. 369-377.

133. Zhao Y. A Potent Small-Molecule Inhibitor of the MDM2-p53 Interaction (MI-888) Achieved Complete and Durable Tumor Regression in Mice / Y. Zhao, S. Yu, W. Sun, L. Liu, J. Lu, D. McEachern, S. Shargary, D. Bernard, X. Li, T. Zhao, P. Zou, D. Sun, S. Wang // Journal of medicinal chemistry. - 2013. - Vol. 56, № 13. - P. 55535561.

134. Zhuang C. Discovery, synthesis, and biological evaluation of orally active pyrrolidone derivatives as novel inhibitors of p53-MDM2 protein-protein interaction / C. Zhuang, Z. Miao, L. Zhu, G. Dong, Z. Guo, S. Wang, Y. Zhang, Y. Wu, J. Yao, C. Sheng, W. Zhang // Journal of medicinal chemistry. - 2012. - Vol. 55, № 22. - P. 96309642.