Биохимические и генетические маркеры штаммов Escherichia coli, ассоциированные с болезнью Крона тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Синягина Мария Николаевна

• Синягина Мария Николаевна
• кандидат наук
• 2023

Оглавление диссертации кандидат наук Синягина Мария Николаевна

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования

Цель и основные задачи исследования:

Научная новизна полученных результатов

Теоретическая и практическая значимость работы

Основные положения, выносимые на защиту:

Связь работы с научными программами

Апробация работы

Публикация результатов исследования

Место выполнения работы и личный вклад автора

Объем и структура диссертации

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Микробиота кишечника человека в норме и при болезни Крона

1.2 Причины нарушения микробиоты кишечника при болезни Крона

1.3 Роль Escherichia coli в развитии болезни Крона

1.4 Гены вирулентности Escherichia coli

1.5 Методы идентификации и дифференцирования Escherichia coli

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Участники исследования

2.2 Микробиологические методы 37 2.2.1 Выделение изолятов E. coli

2.2.2 Определение чувствительности штаммов E. coli к антибиотикам диско-

диффузионным методом

2.2.3 Характеристика биохимических свойств

2.2.4 Определение антагонистической активности 40 2.3. Молекулярно-биологические методы 41 2.3.1. Идентификация колоний методом MALDI-TOF MS

2.3.2 Классификация штаммов по филогенетическим группам с помощью мультиплексной ПЦР

2.3.3 Создание библиотеки фрагментов ДНК и полногеномное секвенирование

2.4 Биоинформатические методы

2.4.1 Сборка и аннотация геномов

2.4.2 Поиск генов вирулентности

2.4.3 Филогенетическое типирование in silico

2.4.4 Построение филогенетического дерева

2.4.5 Серотипирование in silico

2.5 Статистическая обработка результатов 46 3 РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

3.1. Выделение и идентификация штаммов Escherichia coli

3.2 Генетическое разнообразие штаммов Escherichia coli

3.4 Чувствительность штаммов Escherichia coli к антибиотикам

3.5 Биохимические свойства штаммов Escherichia coli

3.6 Антагонистическая активность штаммов Escherichia coli

3.7 Сравнительная характеристика представленности генов вирулентности в штаммах Escherichia coli

4 ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

БК

ДДМ

ВЗК

ЖКТ

ДНК

ИЛ

ИФН

КЖК

КОЕ

ЛПС

ПЦР

РНК

рРНК

ТФМ

ЭКК

AIEC

Ig

ECOR

CDI

CD4

CD8

CXCL LB

MALDI-TOF MS

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

болезнь Крона диско-диффузионный метод воспалительные заболевания кишечника желудочно-кишечный тракт дезоксирибонуклеиновая кислота интерлейкин интерферон

короткоцепочечные жирные кислоты колониеобразующая единица липополисахарид полимеразная цепная реакция рибонуклеиновая кислота рибосомная рибонуклеиновая кислота трансплантация фекальных масс эпителиальные клетки кишечника адгезивно-инвазивный штамм Escherichia coli иммуноглобулин

эталонная коллекция Escherichia coli систем прямого контактного взаимодействия поверхностный клеточный маркер/кластер дифференцировки

поверхностный клеточный маркер/кластер дифференцировки 8 хемокиновый лиганд лизогенный бульон матрично-активированная лазерная десорбция/ионизация времяпролетная масс-

спектрометрия

MLEE мультилокусный электрофорез ферментов

MLST многолокусное типирование последовательностей

MDR множественная лекарственная устойчивость

NF-kB ядерный фактор кВ

OD оптическая плотность

RAPD полимеразная цепная реакция со случайной

амплификацией полиморфной ДНК rep-PCR амплификации повторяющихся последовательностей

межгенных полиндромов STAT1 преобразователь сигнала и активатор транскрипции

TGF трансформирующий фактор роста

^17-клетки Т хелперы

TLR2 Toll-подобный рецептор

Treg регуляторные Т-клетки

T6SS система секреции 6 типа

БЛРС Р-лактамазы расширенного спектра действия

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования

Болезнь Крона (БК) - хроническое, рецидивирующее, потенциально инвалидизирующее аутоиммунное заболевание, при котором происходит воспаление различных отделов желудочно-кишечного тракта (ЖКТ), развитие местных и системных осложнений, требующим хирургического вмешательства (Ивашкин с соавт., 2017). Согласно Монреальской классификации, рекомендованной Европейским обществом по изучению болезни Крона и язвенного колита, в зависимости от локализации воспаления разичают терминальный илеит (поражение терминального отдела подвздошной кишки), колит (поражение отделов толстой кишки), илеоколит (поражение терминального отдела подвздошной и толстой кишки) и воспаление верхних отделов ЖКТ (Silverberg et al., 2005). БК существенно снижает качество жизни человека и прогрессирует с течением времени. Воспаление кишечника может приводить к образованию абсцессов, стенозов, свищей и колит-ассоциированных неоплазий (Torres et al., 2017). Острые и хронические осложнения, а также неэффективность терапии приводят к необходимости хирургического вмешательства (Ивашкин с соавт., 2017). Хирургические операции устраняют макроскопические поражения, однако резекция кишечника связана с высоким риском общих послеоперационных осложнений (Udholm et al., 2021), и 15-20% прооперированных пациентов требуется повторная операция (Valibouze et al., 2021).

Считается, что первый клинический случай БК обнаружил еще в 1769 году Morgagni, а спустя почти два века в 1932 году Б.Б. Крон, по имени которого названа болезнь, совместно с Л. Гинзбургом и Г.Д. Оппенгеймером опубликовали описание 14 клинических случаев заболевания (Fein, 1982). С момента публикации наблюдалось увеличение заболеваемости БК, к началу 21 века темпы роста стабилизировались (Loftus et al., 1998), однако в настоящее время наблюдается увеличение заболеваемости во всем мире (Roda et al., 2020).

Распространенность БК в Западной Европе и Северной Америке составляет от 100 до 300 случаев на 100 000 человек (Torres et al., 2017; Gajendran et al., 2018). По данным зарубежных популяционных исследований у более 30% пациентов на момент постановки диагноза обнаруживается осложненная форма болезни Крона (Fiorino et al., 2017), у 21-47% пациентов наблюдаются системные внекишечные проявления (Ephgrave, 2007, Torres et al., 2017), а общий 1-, 5- и 10-летний риск резекции кишечника составляет 18,7%, 28% и 39,5%, соответственно (Wintjens et al., 2021). Для российской популяции существуют единичные эпидемиологические данные о болезни Крона (Князев с соавт., 2020). По опубликованным данным амбулаторных консультаций и госпитализаций в государственных клиниках заболеваемость болезнью Крона в России составляет 0,2-0,7 случаев на 100 000 человек (Khalif, Shapina, 2017), а согласно сведениям региональных регистров частота достигает 3,0-4,5 случаев на 100 000 человек (Князев с соавт., 2020).

Этиология болезни Крона остается неизвестной, однако предполагают, что в возникновении болезни участвуют несколько факторов, в том числе нарушение регуляции иммунной системы, генетическая предрасположенность, факторы окружающей среды и изменения микробиоты кишечника (Palmieri et al., 2017). Тесную связь микробиоты кишечника человека с развитием БК подтверждают исследования, согласно которым трансплантация фекальных масс (ТФМ) от здоровых доноров приводит к улучшению клинических проявлений заболевания у пациентов (Suskind et al., 2015).

Нарушения микробиоты кишечника у пациентов с БК сопровождаются снижением бактериального разнообразия (Manichanh et al., 2006), относительным снижением доли представителей филы Bacillota (ранее Firmicutes) и увеличением численности представителей филы Pseudomonadota (ранее Proteobacteria) (Frank et al., 2007). Популярным методом изучения состава (Pascal et al., 2017), функций (Morgan et al., 2012) и динамики (Halfvarson et al., 2017; Schirmer et al., 2018) микробиоты пациентов с БК

является метагеномное секвенирование по гену 16S рРНК. Данный анализ позволяет проводить характеристику сообщества на уровне высоких таксонов бактерий, однако критические изменения состава микробиоты кишечника пациентов могут быть обусловлены штаммовыми различиями, что было продемонстрировано при более глубоком анализе микробиоты (Kong et al., 2020).

Развитие и прогрессирование БК связывают с семейством Enterobacteriaceae, включая грамотрицательные палочковидные бактерии рода Escherichia (Rhodes, 2007; Wright et al., 2015). Escherichia coli (кишечная палочка) является важным компонентом нормальной микробиоты кишечника, формирование которой происходит в течение первых недель после рождения (Moles et al., 2013), и участвует в обеспечении кишечного гомеостаза (Palmer et al., 2007; Hill, Artis, 2010). В исследованиях БК не уделяют внимание штаммовому разнообразию бактерий в сообществе здорового и воспаленного кишечника, хотя у пациентов наблюдается повышенный иммунный ответ на собственные E. coli фекальные бактерии (Mow et al., 2004), в том числе E. coli (Harmsen et al., 2012; Torres et al., 2020) по сравнению с реакцией на гетерологичные кишечные палочки, что указывает на возможную ассоциацию отдельных штаммов с развитием воспаления. Таким образом, E. coli является не только удобным модельным объектом для изучения функциональных изменений компонентов микробиоты, но и может помочь прояснить этиологию болезни Крона.

Цель и основные задачи исследования:

Цель исследования состоит в том, чтобы проанализировать биохимические и генетические особенности штаммов Escherichia coli от пациентов с болезнью Крона и здоровых добровольцев для выявления характеристик, ассоциированных с заболеванием.

В соответствии с этой целью были поставлены следующие задачи:

1) Создать коллекцию штаммов Escherichia coli - изолятов, выделенных от пациентов с болезнью Крона и здоровых добровольцев;

2) Охарактеризовать разнообразие генотипов штаммов;

3) Охарактеризовать чувствительность штаммов, выделенных от пациентов с болезнью Крона и здоровых добровольцев, к антибактериальным препаратам различных классов;

4) Сравнить биохимические профили штаммов от пациентов с болезнью Крона и здоровых добровольцев;

5) Оценить антагонистическую активность штаммов от пациентов с с болезнью Крона и здоровых добровольцев в отношении представителей семейства Enterobacteriaceae;

6) На основе сравнительного геномного анализа штаммов, выделенных от пациентов с болезнью Крона и здоровых добровольцев, выявить генетические факторы, ассоциированные с заболеванием.

Научная новизна полученных результатов

Охарактеризованы генетические и биохимические свойства штаммов E. coli, выделенных из фекалий пациентов с БК и здоровых добровольцев. Поскольку при БК происходит воспаление различных отделов ЖКТ, при сравнительном анализе штаммов учтены формы БК пациентов, определяемые по локализации воспаления: илеит (поражение терминального отдела подвздошной кишки), колит (поражение отделов толстой кишки), илеоколит (поражение терминального отдела подвздошной и толстой кишки). С использованием ряда методов генетического типирования in silico (филотипирование, MLST-анализ, филогенетический анализ полных геномов, серотипирование) E. coli продемонстрирована генетическая гетерогенность штаммов в обеих группах исследования. Определены доминирующие генотипы штаммов у пациентов с БК и здоровых людей. Выявлены штаммы, нечувствительные к антибиотикам восьми групп (пенициллинов, монобактамов, сульфаниламидов, тетрациклинов, цефалоспоринов, хинолонов),

а также штаммы с множественной лекарственной устойчивостью. Описаны биохимические свойства штаммов, в том числе обнаруженные только у E. coli пациентов с БК (продукция сероводорода) и характерные только для доминирующих штаммов в кишечном сообществе E. coli пациентов с БК (утилизация дульцита). Проведенное исследование антагонистической активности штаммов E. coli в отношении других представителей семейства Enterobacteriaceae выявило, что уровень активности штаммов здоровых людей выше по сравнению со штаммами пациентов с БК. Сравнительный геномный анализ выявил различия в частоте встречаемости генов вирулентности среди штаммов пациентов с воспалением различных отделов кишечника. У штаммов пациентов с илеитом достоверно чаще, чем у пациентов с колитом, встречается ген iha (бифункциональный рецептор энтеробактина/адгезин). У пациентов с илеоколитом достоверно чаще встречаются штаммы, содержащие ген exc (эксционаза) и ген trat (липопротеин наружной мембраны), по сравнению с пациентами с колитом. Кроме того, выявлено, что ген trat значимо чаще встречается у пациентов с илеоколитом, чем у здоровых людей. Таким образом, впервые проведена детальная характеристика штаммов E. coli и выявлены генетические маркеры, ассоциированные с формами поражения кишечника при болезни Крона.

Теоретическая и практическая значимость работы.

Полученные в ходе диссертационного исследования результаты составляют фундаментальную и методическую базу, необходимую для поиска бактерий, ассоциированных с нарушениями микробиоты кишечника человека и развитием воспалительных заболеваний. Профили фенотипической устойчивости E. coli здоровых добровольцев к антибиотикам совместно с данными о частоте встречаемости некоторых генов вирулентности среди штаммов пациентов с различной локализацией воспаления могут быть использованы для разработки тест-систем для оценки микробиологической безопасности образцов фекалий, используемых для трансплантации фекальных

масс. Штаммы здоровых добровольцев с высоким уровнем антагонистической активности и широким спектром биохимических свойств могут быть использованы для разработки на их основе пробиотических препаратов для терапии воспалительных заболеваний кишечника. Важное практическое значение имеет сформированная база данных генов вирулентности, ассоциированных с патогенными E. coli и преобладающих среди штаммов людей с воспалительными заболеваниями кишечника.

В целом, использованный в работе комплексный подход к исследованию штаммового разнообразия E. coli у здоровых людей и пациентов с болезнью Крона демонстрирует сложность структуры микробиоты кишечника человека.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Биохимические и антагонистические свойства штаммов Escherichia coli, выделенных от пациентов с болезнью Крона и здоровых добровольцев, значимо не отличаются.

2. В отличие от здоровых людей, у пациентов с болезнью Крона штаммы, способные утилизировать дульцит, доминируют в кишечном сообществе.

3. Высокая частота встречаемости генов вирулентности iha (бифункциональный рецептор энтеробактина/адгезин), exc (эксционаза), trat (белок наружной мембраны) в штаммах Escherichia coli ассоциирована с формой поражения кишечника у пациентов с болезнью Крона.

Связь работы с научными программами

Работа выполнена при финансовой поддержке гранта РФФИ 17-00-00433 КОМФИ «Влияние секретируемого иммуноглобулина (sIgA) на физиологию бактерий микрофлоры кишечника человека в норме и при патологии» (исполнитель); субсидии, выделенной Казанскому федеральному университету на государственное задание в сфере научной деятельности

«Мульти-омиксный подход к пониманию функционирования, адаптации и регенерации живых систем в норме и патологии» (исполнитель).

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Биохимические и генетические маркеры штаммов Escherichia coli, ассоциированные с болезнью Крона»

Апробация работы

Материалы диссертационной работы представлены на 8 международных и российских конференциях: 5-й Европейский Конгресс Иммунологов (Амстердам, 2018), 27-я Международная конференция «United European Gastroenterology (UEG) Week» (Барселона, 2019), Международная конференция «Биоинформатика регуляции генома и структурная/системная биология» (Новосибирск, 2020), Объединенный научный форум физиологов, биохимиков и молекулярных биологов (Сочи, Дагомыс, 2019, 2021), VII Всероссийский молодежный научный форум с международным участием Open science (Гатчина, 2020), 28-я Международная конференция «United European Gastroenterology (UEG) Week» (онлайн, 2020), Итоговая научно-практическая конференция ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России (Москва, 2020), Международный форум «Digestive Disease Week (DDW)» (онлайн, 2021), 16-й конгресс Европейской организации Крона и колита (ECCO) (онлайн, 2021).

Публикация результатов исследования

По материалам диссертационной работы опубликовано 17 работ, в том числе 7 научных статей в международных журналах, индексируемых в базах данных Scopus и WoS, среди них 2 статьи в отечественных рецензируемых научных журналах, входящих в перечень ВАК.

Место выполнения работы и личный вклад автора

Работа выполнена на базе НИЛ «Омиксные технологии» с использованием оборудования Междисциплинарного центра коллективного пользования Института фундаментальной медицины и биологии Казанского (Приволжского) федерального университета.

Диссертантом совместно с научным руководителем разработаны основные направления научного исследования, сформулирована цель,

поставлены задачи исследовательской работы. Представленные в работе экспериментальные данные получены лично диссертантом либо при его непосредственном участии. Автором проанализированы данные литературы, освоены методы работы, выполнены лабораторные эксперименты, проведены статистический и биоинформатический анализ полученных результатов, сформулированы выводы. Обсуждение и подготовка статей к публикации (написание и редактирование) проводились совместно с научным руководителем.

Штаммы E. coli выделены из образцов фекалий, предоставленных к.м.н., зав. каф. фундаментальных основ клинической медицины Института фундаментальной медицины и биологии ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет» Абдулхаковым С.Р.

Проверку колоний на поливалентных сыворотках к представителям рода Shigella осуществляли в лаборатории клинической бактериологии Государственного автономного учреждения здравоохранения «Республиканская клиническая больница» МЗ РТ.

Объем и структура диссертации

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, заключения, материалов и методов исследования, результатов исследования, обсуждения результатов, выводов и списка цитируемой литературы. Текст изложен на 138 страницах, проиллюстрирован 12 рисунками, включает 10 таблиц, список литературы содержит 355 библиографических источника, среди которых 6 отечественных и 349 зарубежных источника..

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Микробиота кишечника человека в норме и при болезни Крона

Заселение толстого кишечника человека комменсальными микроорганизмами происходит в течение нескольких дней после рождения. Показано, что меконий младенцев нестерилен и содержит бактерии родов Bacillus, Staphylococcus, Lactobacillus и Streptococcus (Moles et al., 2013; Ardissone et al., 2014), однако активная колонизация и формирование стабильного комменсального сообщества происходит после рождения (Brook et al., 1979; Penders et al., 2006). Считается, что в период до двух-трех недель после рождения в кишечнике преобладают бактерии рода Streptococcus и представители семейства Enterobacteriaceae, такие как Enterococcus spp., Escherichia coli и Klebsiella pneumoniae, а затем увеличивается доля рода Bacteroides (Moles et al., 2013). Микробный состав кишечника в течение первого года жизни определяется типом питания и варьируется у разных людей, но затем стабилизируется (Mandar, Mikelsaar, 1996). Тем не менее, состав комменсального сообщества ребенка в большой степени определяется микробиотой его матери (Ferretti et al., 2018). Сформировавшаяся микробиота вовлечена в поддержание кишечного гомеостаза и обеспечивает колонизационную резистентность, защищая организм хозяина от патогенных бактерий (Kamada et al., 2013).

Микробиота кишечного тракта человека демонстрирует специфический состав и высокую временную стабильность у здоровых взрослых людей (Jalanka-Tuovinen et al., 2011; Kolmeder et al., 2012), а основную часть составляют анаэробные бактерии (von Martels et al., 2017). Однако описание нормальной микробиоты кишечника у здоровых людей затруднено вследствие индивидуальных различий (Zoetendal et al., 2008), а также особенностей методологии измерения ее качественного и количественного состава, включающей метод выделения ДНК (Morgan et al., 2010), выбор гипервариабельной области гена 16S рРНК (Turnbaugh et al., 2009), глубину

секвенирования (Hamady, Knight, 2009; Brumfield et al., 2020) и метод биоинформатического анализа (Wooley, Ye, 2010). Считается, что в нормальном кишечнике человека преобладают представители фил Bacteroidota (Bacteroidetes) (15-50%) и Bacillota (Firmicutes) (20-50%), но на более низких таксономических уровнях существует большое бактериальное разнообразие (Yilmaz et al., 2019). Кроме того, микробиота кишечника изменяется с возрастом (Claesson et al., 2011) и сопровождается увеличением численности E. coli и представителей филы Bacteroidota (Bacteroidetes) (Mariat et al., 2009). Для микробиоты пожилых лиц характерно снижение доли продуцентов короткоцепочечных жирных кислот (КЖК) (Woodmansey et al., 2004), которые являются важным источником энергии для колоноцитов (Scheppach, 1994), вносят вклад в поддержание целостности слизистой оболочки кишечника и обладают противовоспалительным эффектом (Andoh et al., 2003; Greer, O'Keefe, 2011).

Нарушение взаимодействия между комменсальными бактериями и организмом хозяина ассоциировано с воспалительными заболеваниями кишечника, в том числе с болезнью Крона (Chassaing, Darfeuille-Michaud, 2011). БК является хроническим аутоиммунным заболеванием, прогрессирующим и рецидивирующим со временем, характеризующимся трансмуральным воспалением (затрагивающим все слои пищеварительной трубки), при котором могут быть поражены любые отделы желудочно-кишечного тракта (ЖКТ) (Gajendran et al., 2018). Согласно Монреальской классификации, рекомендованной Европейским обществом по изучению болезни Крона и язвенного колита, в зависимости от локализации воспаления разичают терминальный илеит (поражение терминального отдела подвздошной кишки), колит (поражение отделов толстой кишки), илеоколит (поражение терминального отдела подвздошной и толстой кишки) и воспаление верхних отделов ЖКТ (Silverberg et al., 2005). Наиболее распространенной формой является илеоколит, встречающийся у 50% пациентов (Gajendran et al., 2018).

До настоящего времени этиология БК не установлена, однако клинические и экспериментальные данные свидетельствуют о том, что развитие заболевания связано с нарушениями взаимодействия иммунной системы с комменсальной микрофлорой ЖКТ у генетически предрасположенных людей (Palmieri et al., 2017). В активной фазе болезни наблюдается увеличение доли мукозального IgG1, а в период ремиссии уровень продукции антител у пациентов снижается до значений, характерных для контрольной группы здоровых добровольцев (Ruthlein et al., 1992). У пациентов с БК больше фекальных IgG-связывающих бактерий в кишечнике, чем у здоровых добровольцев (Harmsen et al., 2012). Острая фаза БК также сопровождается повышенным связыванием IgG слизистой оболочки с белками как грамположительных, так и грамотрицательных комменсальных бактерий кишечника (Macpherson et al., 1996). По-видимому, у пациентов с БК нарушены механизмы локальной толерантности к комменсалам (Landers et al., 2002; Van der Waaij et al., 2004), что сопровождается повышенной секрецией антител IgG (Macpherson et al., 1996) и гиперреактивностью Т-лимфоцитов слизистой оболочки по отношению к антигенам кишечной микробиоты (Pirzer et al., 1991). Лишь 25% антител IgA и IgG полиреактивны, а остальные характеризуются антиген-специфичностью не только в отношении энтеропатогенных микроорганизмов, но и к комменсальным бактериям (Lodes et al., 2004; Benckert et al., 2011).

Роль генетических факторов в развитии заболевания подтверждается высоким процентом конкордантных пар (примерно 50%) у монозиготных близнецов с БК (Halfvarson et al., 2003). Кроме того, согласно данным литературы, у 25% пациентов болезнь Крона диагностируют в детстве (Punati et al., 2008, Vernier-Massouille et al., 2008). В 2001 году была обнаружена ассоциация полиморфизмов в генах рецептора CARD15/NOD2, распознающего микробные компоненты, с риском развития БК (Hugot et al., 2001, Ogura et al., 2001). На сегодняшний день выявлено 200 генетических регионов, связанных с

риском развития воспалительных заболеваний кишечника (ВЗК) и объясняющих 13,1% генетической наследственности БК (Liu et al., 2015). Однако, генетические вариации не объясняют различия фенотипов заболевания, включая возраст на момент постановки диагноза, локализацию и осложнения (Cleynen et al., 2016). В этой связи особое внимание уделяется изучению микробного состава кишечника. На тесную связь микробного сообщества кишечника с развитием и течением БК указывают клинические исследования, в которых показано, что удаление фекалий (Harper et al., 1983) или пересадка фекальных масс от здоровых добровольцев (Suskind et al., 2015) улучшают клинические проявления у пациентов.

1.2 Причины нарушения микробиоты кишечника при болезни Крона

Нарушение структуры микробиоты может быть связано с целым рядом причин и сопровождается: (i) снижением бактериального разнообразия, (ii) изменением микробного состава, (iii) экспансией патогенов и (iv) изменением функциональных характеристик микробиоты (Chassaing, Darfeuille-Michaud, 2011; Petersen, Round, 2014).

Снижение бактериального разнообразия

В зависимости от глубины выполненного профилирования микробиоты, методов, используемых для анализа, и стадии исследуемого заболевания, выявлены ассоциации крупных таксонов с развитием БК. Снижение микробного разнообразия при БК сопровождается главным образом сокращением доли представителей филы Bacillota (Firmicutes) и увеличением доли фил Bacteroidota (Bacteroidetes) и Pseudomonadota (Proteobacteria) в кишечнике пациентов (Manichanh et al., 2006; Frank et al., 2007; Kang et al., 2010; Andoh et al., 2012; Kaakoush et al., 2012; Magro et al., 2019). Однако единого мнения в отношении роли отдельных групп бактерий в развитии БК нет, а наиболее выраженные изменения микробиоты наблюдаются на уровне родов и видов бактерий (Kowalska-Duplaga et al., 2019; Kong et al., 2020).

Причиной снижения разнообразия могут быть антибиотики, способные влиять на стабильность микробиоты кишечника, приводя к потере некоторых важных таксонов, сдвигам в метаболической активности и снижению устойчивости к колонизации кишечника патогенами (Dethlefsen et al., 2008; Heinsen et al., 2015). Даже краткосрочный прием антимикробных препаратов, особенно в течение первых двух лет жизни, может привести к долгосрочным изменениям микробиоты кишечника и, как следствие, к изменению ее взаимодействия с организмом хозяина (Vangay et al., 2015). Например, под влиянием антибиотиков происходит существенное сокращение в кишечнике отдельных бактериальных родов, таких как Collinsella, Dorea, Butyricicoccus, Subdoligranulum и Acetivibrio (Morgan et al., 2012).

Изменение микробного состава

Наиболее популярна гипотеза, что нарушения микробиоты при БК ассоциированы с изменениями численности бактерий, а не с присутствием конкретных видов микроорганизмов в кишечнике человека (Jalanka-Tuovinen et al., 2011; Levine et al., 2018). В активной фазе болезни отмечают тенденцию к снижению численности Bacteroidota (Bacteroidetes) как в образцах фекалий (Vester-Andersen et al., 2019), так и в биопсии кишечника (Ott et al., 2004). Показано, что дисбиоз микробиоты пациентов с БК характеризуется снижением представленности родов Akkermansia и Oscillospira (Magro et al., 2019), видов Clostridium leptum, Dialister invisus и Bifidobacterium adolescentis (Sokol et al., 2008; Joossens et al., 2011; Andoh et al., 2012; Danilova et al., 2019), Ruminococcus gnavus (Joossens et al., 2011), а также доли бутират-продуцирующих видов Blautia faecis, Roseburia inulinivorans, Ruminococcus torques, Clostridium lavalense, Bacteroides uniformis и Faecalibacterium prausnitzii (Takahashi et al., 2016; Joossens et al., 2011). В экспериментах in vitro и in vivo продемонстрирована сильная противовоспалительная активность Faecalibacterium prausnitzii (Sokol et al., 2008), выражающаяся в способности блокировать активацию транскрипционного фактора NFkB с помощью

молекулы МАМ (Quevrain et al., 2016), а также снижать продукцию ИЛ-12 и ИФН-у дендритными клетками, поэтому снижение численности данной бактерии тесно связано с рецидивами активности БК (Sokol et al., 2008). Снижение количества бактерий рода Bifidobacterium наблюдается в активной фазе болезни, а в период ремиссии доля бактерии восстанавливается до нормального уровня (Andoh et al., 2012). По сравнению с пациентами, у здоровых людей выше доля Eubacterium rectale, Ruminococcus albus, R. callidus, R. bromii и Bacteroides vulgatus (Kang et al., 2010).

В то же время, при БК также наблюдается рост числа некоторых бактерий, например представителей семейства Enterobacteriaceae, в первую очередь Escherichia coli (Lupp et al., 2007; Chassaing, Darfeuille-Michaud, 2011), а также видов Enterococcus sp., Clostridium difficile, Shigella flexneri, Listeria sp. и Collinsella aerofaciens (Joossens et al., 2011).

Изменение функциональных характеристик микробиоты

Изменение количественного состава кишечной микробиоты коррелирует с представленностью бактериальных метаболических путей (McHardy et al., 2013). Анализ метапротеомных данных показал, что у пациентов с БК по сравнению со здоровыми людьми недостаточно представлены центральные метаболические пути, такие как гликолиз, и активно продуцируются белки наружной мембраны (OmpA, RagB, SusC/D и TonB) бактерий Bacteroides spp. и Porphyromonas gingivalis, ассоциированные с воспалительным иммунным ответом (Erickson et al., 2012). Снижение доли продуцентов КЖК, таких как Faecalibacterium, Phascolarctobacterium и Roseburia, приводит к низкому содержанию в фекалиях пациентов с БК белков, участвующих в производстве бутирата (Marchesi et al., 2007; Erickson et al., 2012). КЖК, а именно ацетат, пропионат и бутират, играют важную роль в поддержании иммунологической толерантности. Известны два механизма воздействия КЖК на организм человека. Первый механизм включает регуляцию дифференцировки наивных CD4+ Т-клеток в Т-регуляторные клетки (Treg). Ацетилирование гистона H3 в

локусах Foxp3, необходимое для дифференцировки Treg, усиливается бутиратом (Arpaia et al., 2013), ингибирующим гистондеацетилазу (Davie, 2003; Chang et al., 2014). Второй механизм заключается в снижении синтеза провоспалительных цитокинов иммунными клетками (Blackwell, Christman, 1997; Ramana et al., 2000) за счет подавления активации транскрипционных факторов NF-kB (Lührs et al., 2002) и STAT1 (Klampfer et al., 2004). Бутират и другие КЖК могут активировать транскрипционный фактор PPARy (Pascual, Glass, 2006), который индуцирует противовоспалительные пути в кишечнике (Alex et al., 2013). Связывание бутирата с рецептором GPR109A приводит к индукции экспрессии ассоциированных с воспалением цитокинов ИЛ-18 (Kalina et al., 2002; Singh et al., 2014) и TGF-ß (Martin-Gallausiaux et al, 2018), активации рецепторов слизистой оболочки GPR41 и GPR43 (Brown et al., 2003; Hirasawa et al., 2008), а также подавлению продукции CXCL5, CXCL11 и ИЛ-lß (Blais et al., 2007). Высокие концентрации пропионата подавляют вирулентность бактерий Campylobacter spp. (Beier et al., 2018) и S. typhimurium (Hung et al., 2013) и предотвращают колонизацию ими кишечника.

Некоторые кишечные бактерии могут использовать гликаны слизистой оболочки в качестве источника энергии (Desai et al., 2016; Martens et al., 2018), внося вклад в нарушение целостности кишечника. В недавнем исследовании в группе пациентов с ВЗК обнаружили повышение доли уникальной клады бактерий Ruminococcus gnavus, несущих гены, необходимые для утилизации слизи и сахаров (Hall et al., 2017). Повреждать слизистый барьер кишечника способны сульфатредуцирующие бактерии и другие бактерии, продуцирующие сероводород, доля которых в фекалиях пациентов увеличивается (Lo Sasso et al., 2020). Предполагают, что вырабатываемый бактериями сульфид разрушает дисульфидные связи, соединяющие муцины (Ijssennagger et al., 2016). Кроме того, сероводород в высоких концентрациях ингибирует ацил-КоА дегидрогеназу и блокирует ß-окисление КЖК колоноцитами (Babidge et al., 1998), разрушая целостность слизистой оболочки.

Экспансия патогенов

Проникновение кишечных бактерий в слизистый слой может быть связано не только с усилением деградации гликанов, но и может быть вызвано собственными нарушениями организма человека (Schroeder et al., 2018). Для контроля количества микроорганизмов на слизистой оболочке кишечника плазматические клетки вырабатывают IgA, который свзывает бактерии (Tsuji et al., 2008). Они активируются дентритными клетками, контактирующими с бактериями просвета кишечника, но их миграция ограничена только до локальных лимфатических узлов, чтобы избежать индукции системного ответа на кишечную микробиоту (Macpherson, Uhr, 2004). Низкое содержание пищевых волокон в диете западного образца приводит к снижению скорости образования слизистого слоя кишечника (Gustafsson et al., 2012) и повышению проницаемости толстой кишки (Schroeder et al., 2018). Поврежденные участки кишечника с изъязвлениями могут способствовать проникновению инвазивных микробов (Craven et al., 2012; Alshehri et al., 2021) и напрямую влиять на состав бактерий слизистой оболочки (Schaffler et al., 2016), а также изменять экспрессию их генов (Patwa et al., 2011). Таким образом, дисбиоз связывают также с экспансией патобионтов - штаммов комменсальной микробиоты, которые в новых условиях окружающей среды увеличивают свою численность и оказывают негативное воздействие на организм хозяина (Chow, Mazmanian, 2010).

1.3 Роль Escherichia coli в развитии болезни Крона

Escherichia coli является грамотрицательной бактерией семейства Enterobacteriaceae, доля которой в подвздошной и толстой кишке у пациентов с БК значимо выше, чем у здоровых людей (Keighley et al., 1978; Sha et al., 2013; Wright et al., 2015; Hoarau G. et al., 2016). Показано, что титры антител к кишечной палочке у пациентов с БК выше, чем в группе здоровых людей (Tabaqchali et al., 1978), а с помощью иммуноцитохимических методов

антигены E. coli обнаруживаются в 69% образцов ткани кишечника пациентов (Cartun et al., 1993).

Основной средой обитания E. coli являются нижние отделы кишечника человека и других позвоночных, с которыми бактерия обычно устанавливает комменсальные ассоциации (Savageau, 1983). Заселение кишечника человека кишечной палочкой происходит в течение первых недель после рождения (Moles et al., 2013). Кишечная палочка играет важную роль в обеспечении стабильности микробиоты просвета кишечника и поддержании ее нормальной физиологии (Backhed et al., 2005; Ley et al., 2006; Palmer et al., 2007; Hill, Artis,

4 8

2010). Численность E. coli у здоровых людей варьирует в пределах 10-10 КОЕ на 1 г фекалий (Keighley et al., 1978; Bailey et al., 2010; Sha et al., 2013), причем в кишечнике присутствует около пяти комменсальных штаммов кишечной палочки (Eckburg et al., 2005; Tenaillon et al., 2010). Такое разнообразие при небольшой доле в составе микробиоты объясняют метаболической гибкостью бактерии, которая способна утилизировать различные сахара, что способсвует колонизации кишечника несколькими штаммами (Chang et al., 2004; Miranda et al., 2004; Autieri et al., 2007; Jones et al., 2008; Fabich et al., 2008; Maltby et al., 2013). В 1992 году была выдвинута гипотеза, согласно которой колонизация кишечника хозяина E. coli формируется под действием конкуренции за питательные вещества с другими компонентами микробиоты (Freter, 1992). В условиях ограниченного пространства кишечника бактерии специализируются на утилизации питательных веществ, формируя разнообразную и стабильную экосистему, вторжение чужеродных бактерий в которую затруднено (Freter, 1992; Bäckhed et al., 2012). Для успешной колонизации кишечника бактерии вынуждены проявлять гибкость в выборе питательных веществ. Исследование биохимических свойств E. coli показало, что штаммы, утилизирующие разные сахара в экспериментах in vitro, способны сосуществовать и в условиях мышиного кишечника благодаря способности утилизировать хотя бы один субстрат, не используемый другими штаммами (Leatham et al., 2009). Патогены

вырабатывают стратегии избегания прямой конкуренции с резидентной микробиотой путем уничтожения конкурентов, занимая ниши, отличные от тех, которые занимают комменсальные бактерии, и используя альтернативные источники питания (Kamada et al., 2013). Математическое моделирование метаболических реакций выявило отличия катаболических возможностей комменсальных штаммов E. coli и кишечных или внекишечных патогенов (Monk et al., 2013). Так, у внекишечных штаммов отсутствуют пути деградации фруктозиллизина (фруктозолизина), а 4-гидроксифенилуксусную кислоту катаболизируют лишь 9% внекишечных штаммов. В экспериментах на мышах продемонстрирована способность патогенного штамма EDL933 в условиях конкуренции с другими бактериями переключать свой метаболизм на утилизацию глюконеогенных субстратов (Schinner et al., 2015), а патогенный штамм O157:H7 не выдерживает конкуренции с комменсальными штаммами E. coli за пролин, что приводит к его элиминации из организма (Momose et al., 2008). Интересно, что в мышах, предварительно заселенных комменсальными штаммами E. coli MG1655, HS или Nissle1917, рост штамма EDL933 способен ограничивать лишь последний, а заселение несколькими комменсалами с дополняющими друг друга метаболическими возможностями приводит к его элиминации (Fabich et al., 2008; Maltby et al., 2013).

Помимо пассивной конкуренции за питательные вещества, в кишечном сообществе бактерии активно секретируют эффекторные компоненты для подавления роста или уничтожения конкурентов. Продукция бактериоцинов считается ключевой характеристикой штаммов, используемых в пробиотических составах, применяемых для предотвращения заселения кишечника патогенами (Sassone-Corsi et al., 2016; Drider, 2021). Известный пробиотический штамм Nissle1917 способен восстанавливать нарушенный эпителиальный барьер (Stetinova et al., 2010) и повышать его устойчивость к патогенам не только за счет прикрепления к эпителию (Boudeau et al., 2003), но и с помощью секреции бактериоцинов (Altenhoefer et al., 2004; Schierack et al.,

2011). Кишечная палочка способна продуцировать два типа бактериоцинов -колицины и микроцины (Riley, Wertz, 2002), обладающие узким спектром действия и проявляющие активность в отношении штаммов, филогенетически родственных с продуцентом (Duquesne et al., 2007). Гены колицинов, в отличие от микроцинов, находятся на плазмиде (Van der Wal et al., 1995). Как и колицины, микроцины обладают нуклеазной активностью (James et al., 2002), порообразующей активностью (Duche, 2002), могут разрушать пептидогликан (Ghachi et al., 2006), а также способны ингибировать ферменты репликации, трансляции и транскрипции (Duquesne et al., 2007). В то же время, продукция бактериоцинов рассматривается как фактор вирулентности, ассоциированный с патогенными кишечными палочками (Ohno et al., 2020; Massip, Oswald, 2020).

Преимущество при колонизации кишечника штаммом Nissle1917 дает наличие в его геноме не только кластеров генов систем продукции бактериоцинов, но и pks-остров (Massip et al., 2019), кодирующий систему продукции пептидного поликетидного генотоксина, называемого колибактином (Nougayrede et al., 2006). Данный токсин вызывает разрыв двухцепочечной ДНК, хромосомные аберрации и остановку клеточного цикла эпителиальных клеток (Nougayrede et al., 2006; Cuevas-Ramos et al., 2010). Способность пробиотического штамма Nissle1917 индуцировать двухцепочечные разрывы ДНК и хромосомные аномалии в эукариотических клетках была также продемонстрирована экспериментально (Olier et al., 2012), а эпидемиологические исследования установили связь между ВЗК и повышенной колонизацией слизистой оболочки штаммами E. coli, содержащими pks-остров (Arthur et al., 2012; Buc et al., 2013; Raisch et al., 2014). Инактивация генов кластера продукции колибактина приводит не только к снижению генотоксических свойств штамма Nissle1917, но и к нарушению его способности предотвращать развитие воспаления у крыс с индуцированным колитом (Olier et al., 2012). Предполагают, что снижение пробиотических свойств связано с тем, что трансмембранная пептидаза колибактина ClbP

необходима для продукции микроцинов Nissle1917 (Massip et al., 2019). Кроме того, активация pks-острова происходит в условиях низкого содержания железа, и фосфопантетеинилтрансфераза ClbA действует как дополнительный сидерофор (Wallenstein et al., 2020).

Поскольку развитие БК не объясняется исключительно генетической предрасположенностью к болезни, а микробиота невоспаленного кишечника обеспечивает устойчивость к колонизации патогенными бактериями, было выдвинуто предположение, что комменсальные штаммы E. coli содержат ряд генетических детерминант, которые способствуют их переходу к патогенному образу жизни под воздействием окружающей среды (Leimbach et al., 2013). Кишечные штаммы E. coli несут специфические факторы вирулентности, которые увеличивают их способность адаптироваться к новым экологическим нишам и воздействовать на организм человека, вызывая патологические процессы (Lapaquette et al., 2010). Кроме того, может происходить смена доминирующих штаммов внутри популяции кишечной палочки. В одной из работ по исследованию микробиоты пациентов с БК была продемонстрирована динамичность сообщества E. coli, и показано, что во время острого воспаления, в отличие от периода ремиссии, доминирует штамм, родственный известным патогенным AIEC NC101 и LF82 как по факторам вирулентности, так и по метаболическим функциям (Fang et al., 2017).

1.4 Гены вирулентности Escherichia coli

Среди факторов вирулентности можно выделить несколько основных групп (Finlay, Falkow, 1997): (i) мембранные белки, участвующие в адгезии, колонизации и инвазии, (ii) клеточная стенка и компоненты внешней мембраны, взаимодействующие с иммунной системой (iii) системы секреции, продуцирующие токсины и ингибиторы иммунного ответа, (iv) сидерофоры.

Факторы адгезии, инвазии и колонизации

В 1998 году из слизистой оболочки подвздошной кишки пациентов с БК впервые был выделен адгезивно-инвазивный штамм E. coli (AIEC) LF82

(Darfeuille-Michaud et al., 1998). AIEC штаммы способны проникать и делиться в эпителиальных клетках кишечника (ЭКК) (Eaves-Pyles et al., 2008) и макрофагах (Glasser et al., 2001; Bringer et al., 2006), а также способны индуцировать образование гранулём (Meconi et al., 2007). Для прикрепления к стенке кишечника AIEC штаммы используют разные стратегии, среди которых центральную роль играют жгутики, основным компонентом которых является белок FliC, обеспечивающие подвижность и поддерживающие экспрессию пилей 1 типа (Barnich et al., 2003; Nakamura, Minamino, 2019). Активация гена fliC происходит в ответ на соли желчных кислот и слизь, и его повышенная экспрессия вызывает неконтролируемый воспалительный ответ, что было продемонстрировано на мышах с делецией гена негативного регулятора flgM (Sevrin et al., 2020). В недавнем исследовании был идентифицирован гиперподвижный AIEC штамм, в геноме которого обнаружена инсерция IS-элемента перед главным регулятором жгутиков flhDC, которая усиливает инвазию и способствует адаптации к росту на слизистой оболочке (Elhenawy et al., 2019).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Синягина Мария Николаевна, 2023 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

1. Европейский комитет по определению чувствительности к антимикробным препаратам. Таблицы пограничных значений для интерпретации значений МПК и диаметров зон подавления роста.Версия 6.0 // // МАКМАХ [Электронный ресурс]. - 2017. - Режим доступа http: //www.eucast.org.

2. Ивашкин, В.Т. Клинические рекомендации Российской гастроэнтерологической ассоциации и Ассоциации колопроктологов России по диагностике и лечению болезни Крона / В.Т. Ивашкин, Ю.А. Шелыгин, И.Л. Халиф, Е.А. Белоусова, О.С. Шифрин, Д.И. Абдулганиева, Р.А. Абдулхаков, О.П. Алексеева, С.А. Алексеенко, // Колопроктология. - 2017. - Т.2. - С.7-29.

3. Карпухин, О.Ю. Трансплантация фекальной микробиоты в современной клинической практике / О.Ю. Карпухин, Э.Р. Хасанов, Б.Ш. Бикбов // Практическая медицина. - 2017. - Т.6. - С. 7-12.

4. Князев, О.В. Эпидемиология воспалительных заболеваний кишечника. Современное состояние проблемы (обзор литературы) / О.В. Князев, Т.В.Шкурко, А.В.Каграманова, А.В.Веселов, Е.Л. Никонов // Доказательная гастроэнтерология. - 2020. - Т.9. - С.66-73.

5. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам: методические рекомендации МУК 4.2.1890-04 [Текст] // Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. - 2004. - Т. 6, № 4. - С. 306359.

6. Страчунский, Л.С. Практическое руководство по антиинфекционной химиотерапии / Л.С. Страчунский, Ю.Б. Белоусов, С.Н. Козлов // Смоленск: МакМаХ. - 2007. - Т.464. - С.32-47.

7. Agüero, M.E. A plasmid-encoded outer membrane protein, TraT, enhances resistance of Escherichia coli to phagocytosis / M.E. Agüero, L. Aron, A.G. DeLuca, K.N. Timmis, F.C.Cabello // Infection and immunity. - 1984. - V.46. -P.740-746.

8. Ahrenstedt, Ó. Enhanced local production of complement components in the small intestines of patients with Crohn's disease / O. Ahrenstedt, L. Knutson, B. Nilsson, K. Nilsson-Ekdahl, B. Odlind, R. Hallgren // The New England Journal of Medicine. - 1990. - V.322. - P.1345-1349.

9. Alex, S. Short chain fatty acids stimulate angiopoietin-like 4 synthesis in human colon adenocarcinoma cells by activating peroxisome proliferator-activated receptor Y / S. Alex, K. Lange, T. Amolo, J.S. Grinstead, A.K. Haakonsson, E. Szalowska, A. Koppen, K. Mudde, D. Haenen, S.A. Al-Lahham, H. Roelofsen // Molecular and Cellular Biology - 2013. - V.33. — P. 1303-1316.

10. Alshehri, D. Dysbiosis of gut microbiota in inflammatory bowel disease: Current therapies and potential for microbiota-modulating therapeutic approaches / D. Alshehri, O. Saadah, M. Mosli, S. Edris, R. Alhindi, A. Bahieldin // Bosnian Journal of Basic Medical Sciences. - 2021. - V.21. - P.270.

11. Altenhoefer, A. The probiotic Escherichia coli strain Nissle 1917 interferes with invasion of human intestinal epithelial cells by different enteroinvasive bacterial pathogens / A. Altenhoefer, S. Oswald, U. Sonnenborn, C. Enders, J. Schulze, J. Hacker, T.A. Oelschlaeger // FEMS Immunology and Medical Microbiology. - 2004. - V.40. - P.223-229.

12. Andoh, A. Role of dietary fiber and short-chain fatty acids in the colon / A. Andoh, T. Tsujikawa, Y. Fujiyama // Current pharmaceutical design. — 2003. -V.9. - P.347—358.

13. Andoh, A. Multicenter analysis of fecal microbiota profiles in Japanese patients with Crohn's disease / A. Andoh, H. Kuzuoka, T. Tsujikawa, S. Nakamura, F. Hirai, Y. Suzuki, T. Matsui, Y. Fujiyama, T. Matsumoto // Journal of gastroenterology. - 2012. - V.47. - P.1298-307.

14. Andrews, S.C. Bacterial iron homeostasis / S.C. Andrews, A.K. Robinson, F. Rodríguez-Quiñones // FEMS microbiology reviews. - 2003. - V.27. -P.215-237.

15. Aoki, S.K. Contact-dependent inhibition of growth in Escherichia coli / S.K. Aoki, R. Pamma, A.D. Hernday, J.E. Bickham, B.A. Braaten, D.A. Low // Science. - 2005. - V. 309. - P. 1245-1248.

16. Ardissone, A.N. Meconium microbiome analysis identifies bacteria correlated with premature birth / A.N. Ardissone, D.M. de la Cruz, A.G. Davis-Richardson, K.T. Rechcigl, N. Li, J.C. Drew, R. Murgas-Torrazza, R. Sharma, M.L. Hudak, E.W. Triplett, J. Neu // PlOS ONE. - 2014. - V.9. - P.1-8.

17. Arora, U. Colonic Crohn's disease is associated with less aggressive disease course than ileal or ileocolonic disease / U. Arora, S. Kedia, P. Garg, S. Bopanna, S. Jain, D.P. Yadav, S. Goyal, V. Gupta, P. Sahni, S. Pal, N.R. Dash, K.S. Madhusudhan, R. Sharma, G. Makharia, V.Ahuja // Digestive Diseases and Sciences. - 2018. - V.63. - P.1592-1599.

18. Arpaia, N. Metabolites produced by commensal bacteria promote peripheral regulatory T-cell generation / N. Arpaia, C. Campbell, X. Fan, S. Dikiy, J. van der Veeken, P. deRoos, H. Liu, J.R. Cross, K. Pfeffer, P.J. Coffer, A.Y. Rudensky // Nature. - 2013. - V.504. - P.451-455.

19. Arthur, J.C. Intestinal inflammation targets cancer-inducing activity of the microbiota / J.C. Arthur, E. Perez-Chanona, M. Mühlbauer, S. Tomkovich, J.M. Uronis, T.-J. Fan, B.J. Campbell, T. Abujamel, B. Dogan, A.B Rogers, J.M. Rhodes // Science. - 2012. - V.338. - P.120-123.

20. Attene-Ramos, M.S. DNA damage and toxicogenomic analyses of hydrogen sulfide in human intestinal epithelial FHs 74 Int cells / M.S. Attene-Ramos, G.M. Nava, M.G. Muellner, E.D. Wagner, M.J. Plewa, H.R. Gaskins // Environmental and Molecular Mutagenesis. - 2010. - V.51. - P.304-314.

21. Autieri, S.M. l-Fucose stimulates utilization of d-ribose by Escherichia coli MG1655 AfucAO and E. coli Nissle 1917 AfucAO mutants in the mouse intestine and in M9 minimal medium / S.M. Autieri, J.J. Lins, M.P. Leatham, D.C. Laux, T. Conway, P.S. Cohen // Infection and immunity. - 2007. V.75. - P.5465-75.

22. Baba, T. Construction of Escherichia coli K-12 in-frame, single-gene knockout mutants: the Keio collection / T. Baba, T. Ara, M. Hasegawa, Y. Takai, Y. Okumura, M. Baba, K.A. Datsenko, M. Tomita, B.L. Wanner, H. Mori // Mol Syst Biol. - 2006. - V.2. - P.2006-0008.

23. Babidge, W. Sulfides impair short chain fatty acid betaoxidation at acyl-CoA dehydrogenase level in colonocytes: implications for ulcerative colitis / W. Babidge, S. Millard, W. Roediger // Mol Cell Biochem. - 1998. - V.181. - P.117-124.

24. Bäckhed, F. Defining a healthy human gut microbiome:Current concepts, future directions, and clinical applications / F. Bäckhed, C.M. Fraser, Y. Ringel, M.E. Sanders, R.B. Sartor, P.M. Sherman, J. Versalovic, V. Young, B.B. Finlay. // Cell Host & Microbe. - 2012. - V. 12. - P.611-22.

25. Backhed, F. Host-bacterial mutualism in the human intestine / F. Backhed, R.E. Ley, J.L. Sonnenburg, D.A. Peterson, J.I. Gordon. // Science. - 2005. - V.307. - P.1915-1920.

26. Bailey, J.K. Commensal Escherichia coli of healthy humans: a reservoir for antibiotic-resistance determinants / J.K. Bailey, J.L. Pinyon, S. Anantham, R.M. Hall // Journal of medical microbiology. - 2010. - V.59. - P. 1331-1339.

27. Bao, Y. O-specific polysaccharide confers lysozyme resistance to extraintestinal pathogenic Escherichia coli / Y. Bao, H. Zhang, X. Huang, J. Ma, C.M. Logue, L.K. Nolan, G. Li // Virulence. - 2018. - V.9. - P.666-80.

28. Baranov, V. Carcinoembryonic antigen (CEA) and CEA-related cell adhesion molecule 1 (CEACAM1), apically expressed on human colonic M cells, are potential receptors for microbial adhesion / V. Baranov, S. Hammarström // Histochem Cell Biol. - 2004. - V.121. - P. 83-89.

29. Barnich, N. Regulatory and functional co-operation of flagella and type 1 pili in adhesive and invasive abilities of AIEC strain LF82 isolated from a patient with Crohn's disease / N. Barnich, J. Boudeau, L. Claret, A. Darfeuille- Michaud // Molecular Microbiology - 2003. - V.48. - P.781-794.

30. Barnich, N. CEACAM6 acts as a receptor for adherent-invasive E. coli, supporting ileal mucosa colonization in Crohn disease / N. Barnich, F.A. Carvalho, A.L. Glasser, C. Darcha, P. Jantscheff, M. Allez, H. Peeters, G. Bommelaer, P. Desreumaux, J.F. Colombel, A. Darfeuille-Michaud // J Clin Invest. - 2007. - V.117. - P.1566-1574.

31. Barnich, N. Abnormal CEACAM6 expression in Crohn disease patients favors gut colonization and inflammation by adherent-invasive E. coli / N. Barnich, A. Darfeuille-Michaud // Virulence. - 2010. - V.1. - P. 281-282.

32. Baumler, A.J. Identification of a new iron regulated locus of Salmonella typhi / A.J. Baumler, R.M. Tsolis, A.W. van der Velden, I. Stojiljkovic, S. Anic, F. Heffron // Gene. - 1996. - V.183. - P.207-213.

33. Baxter, M. Fatal aspiration pneumonia as a complication of fecal microbiota transplant / M. Baxter, T. Ahmad, A. Colville, R. Sheridan // Clinical Infectious Diseases. - 2015. - V.61. - P. 136-7.

34. Becattini, S. Antibiotic-induced changes in the intestinal microbiota and disease / S. Becattini, Y. Taur, E.G. Pamer // Trends in molecular medicine - 2016. -V.22. - P.458-78.

35. Beier, R.C. Inhibition and interactions of Campylobacter jejuni from broiler chicken houses with organic acids / R.C. Beier, JA Byrd, D. Caldwell, K. Andrews, T.L. Crippen, R.C. Anderson, D.J. Nisbet // Microorganisms. - 2019. -V.7. - P.223.

36. Bellomio, A. Microcin J25 has dual and independent mechanisms of action in Escherichia coli: RNA polymerase inhibition and increased superoxide production / A. Bellomio, P.A. Vincent, B.F. de Arcuri, R.N. Farias, R.D. Morero // Journal of bacteriology. - 2007. - V.189. - P.4180-6.

37. Guijarro, J.I. Chemical structure and translation inhibition studies of the antibiotic microcin C7 / J.I. Guijarro, J.E. González-Pastor, F. Baleux, J.L. San Millán, M.A. Castilla, M. Rico, F. Moreno, M. Delepierre // Journal of Biological Chemistry. - 1995. - V.270. - P.23520-32.

38. Bankevich A. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing / A. Bankevich, S. Nurk, D. Antipov, A.A. Gurevich, M. Dvorkin, A.S. Kulikov, V.M. Lesin, S.I. Nikolenko, S. Pham, A.D. Prjibelski, A.V. Pyshkin // Journal of computational biology. - V. 19. - P.455-477.

39. Benckert, J. The majority of intestinal IgA+ and IgG+ plasmablasts in the human gut are antigen-specific / J. Benckert, N. Schmolka, C. Kreschel, M.J. Zoller, A. Sturm, B. Wiedenmann, H. Wardemann // J Clin Invest. - 2011. - V.121. -P.1946-1955.

40. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Second Edition Volume 2 The Proteobacteria, Part B: The Gammaproteobacteria / G.M. Garrity, D.J. Brenner, N.R. Krieg, J.T. Staley // Springer. - 2007. - P.607-625.

41. Bergstrom, K.S. Muc2 protects against lethal infectious colitis by disassociatingpathogenic and commensal bacteria from the colonic mucosa / K.S. Bergstrom, V. Kissoon-Singh, D.L. Gibson, C. Ma, M. Montero, H.P. Sham, N. Ryz, T. Huang, A. Velcich, B.B. Finlay, K. Chadee // PLOS Pathogens. - 2010. - V.6. -P.1-25.

42. Binns, M.M. Further characterization of complement resistance conferred on Escherichia coli by the plasmid genes traT of R100 and iss of ColV, I-K94 / M.M. Binns, J. Mayden, R.P. Levine // Infect Immun - 1982. - V.35. - P.654-659.

43. Blais, M. Dual effect of butyrate on IL-1beta--mediated intestinal epithelial cell inflammatory response / M. Blais, E.G. Seidman, C. Assel // DNA and Cell Biology - 2007. - V.26. - P.133-147.

44. Blum, G. Excision of large DNA regions termed pathogenicity islands from tRNA-specific loci in the chromosome of an Escherichia coli wild-type pathogen / G. Blum, M. Ott, A. Lischewski, A. Ritter, H. Imrich, H. Tschäpe, J. Hacker // Infect. Immun. - 1994 - V.62. - P.606-614.

45. Bolte, L.A. Long-term dietary patterns are associated with proinflammatory and anti-inflammatory features of the gut microbiome / L.A. Bolte,

A.V. Vila, F. Imhann, V. Collij, R. Gacesa, V. Peters, C. Wijmenga, A. Kurilshikov, M.J. Campmans-Kuijpers, J. Fu, G. Dijkstra // Gut - 2021. - V.70. - P. 1287-1298.

46. Bortolaia, V. ResFinder 4.0 for predictions of phenotypes from genotypes / V. Bortolaia, R.F. Kaas, E. Ruppe, M.C. Roberts, S. Schwarz, V. Cattoir, A. Philippon, R.L. Allesoe, A.R. Rebelo, A.R. Florensa, L. Fagelhauer, T. Chakraborty, B. Neumann, G. Werner, J.K. Bender, K. Stingl, M. Nguyen, J. Coppens, B.B. Xavier, S. Malhotra-Kumar, H. Westh, M. Pinholt, M.F. Anjum, N.A. Duggett, I. Kempf, S. NykÄösenoja, S. Olkkola, K. Wieczorek, A. Amaro, L. Clemente, J. Mossong, S. Losch, C. Ragimbeau, O. Lund, F.M. Aarestrup // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2020. - V.75. - P.3491-3500.

47. Boudeau, J. Type 1 pili-mediated adherence of Escherichia coli strain LF82 isolated from Crohn's disease is involved in bacterial invasion of intestinal epithelial cells / J. Boudeau, N. Barnich, A. Darfeuille-Michaud // Mol. Microbiol. -2001. - V.39. - P.1272-1284.

48. Boudeau, J. Inhibitory effect of probiotic Escherichia coli strain Nissle 1917 on adhesion to and invasion of intestinal epithelial cells by adherent-invasive E. coli strains isolated from patients with Crohn's disease / J. Boudeau, A.-L. Glasser, S. Julien, J.-F. Colombel, A. Darfeuille-Michaud. // Aliment. Pharmacol. Ther. - 2003. - V.18. - P.45-56.

49. Brauner, A. The use of biochemical markers, serotype and fimbriation in the detection of Escherichia coli clones / A. Brauner, J.M. Boeufgras, S.H. Jacobson, B. Kaijser, G. Kallenius, S.B. Svenson, B. Wretlind // Microbiology. -1987. - V.133. - P.2825-2834.

50. Bringer, M.A. The Crohn's disease-associated adherent-invasive Escherichia coli strain LF82 replicates in mature phagolysosomes within J774 macrophages / M.A. Bringer, A.L. Glasser, C.H. Tung, S Meresse, A. Darfeuille-Michaud // Cellular microbiology. - 2006. - V.8. -P.471-484.

51. Brook, I. Aerobic and anaerobic bacterial flora of the maternal cervix and newborn gastric fluid and conjunctiva: a prospective study / I. Brook, C. Barett, C. Brinkman, W. Martin, S. Finegold // Pediatrics - 1979. - V.63. - P.451-5.

52. Brown, A.J. The orphan G protein-coupled receptors GPR41 and GPR43 are activated by propionate and other short chain carboxylic acids / A.J. Brown, S.M. Goldsworthy, A.A. Barnes, M.M. Eilert, L. Tcheang, D. Daniels, A.I. Muir, M.J. Wigglesworth, I. Kinghorn, N.J. Fraser, N.B. Pike // J. Biol. Chem. -2003. - V.278. - P.11312-11319.

53. Brown, A.C. Existing dietary guidelines for Crohn's disease and ulcerative colitis / A.C. Brown, S.D. Rampertab, G.E. Mullin // Expert review of gastroenterology & hepatology. - 2011. - V.5. - P.411-25.

54. Brumfield K.D. Microbial resolution of whole genome shotgun and 16S amplicon metagenomic sequencing using publicly available NEON data / K.D. Brumfield, A. Huq, R.R. Colwell, J.L. Olds, M.B. Leddy // PLOS ONE - 2020. -V.15. - P.1-21.

55. Buc, E. High prevalence of mucosa-associated E. coli producing cyclomodulin and genotoxin in colon cancer / E. Buc, D. Dubois, P. Sauvanet, J. Raisch, J. Delmas, A. Darfeuille-Michaud, D. Pezet, R. Bonnet // PLOS ONE. -2013. - V.8. - P.1-10.

56. Camprubi-Font, C. Genetic and phenotypic features to screen for putative adherent-invasive Escherichia coli / C. Camprubi-Font, C. Ewers, M. Lopez-Siles, M. Martinez-Medina // Front. Microbiol. - 2019. - V.10. - P. 108

57. Canchaya, C. Prophage genomics / C. Canchaya, C. Proux, G. Fournous, A. Bruttin, H. Brussow // Microbiology and molecular biology reviews -2003. - V.67. - P.238-276.

58. Cartun, R.W. An immunocytochemical search for infectious agents in Crohn's disease / R.W. Cartun, H.J. Van Kruiningen, C.A. Pedersen, M.M. Berman // Modern pathology: an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology - 1993. - V.6. - P.212-219.

59. Carvalho, F.A. Crohn's disease adherent-invasive Escherichia coli colonize and induce strong gut inflammation in transgenic mice expressing human CEACAM / F.A. Carvalho, N. Barnich, A. Sivignon, C. Darcha, C.H.F. Chan, C.P. Stanners, A. Darfeuille-Michaud // J. Exp. Med.- 2009. - V.206. - P.2179-2189.

60. Carvalho, M.J. Antibiotic resistance genes in the gut microbiota of mothers and linked neonates with or without sepsis from low-and middle-income countries / M.J. Carvalho, K. Sands, K. Thomson, E. Portal, J. Mathias, R. Milton, D. Gillespie, C. Dyer, C. Akpulu, I. Boostrom, P. Hogan // Nature microbiology. - 2022. - V. 7. - P.1337-1347.

61. Caugant, D.A. Genetic diversity in relation to serotype in Escherichia coli / D.A. Caugant, B.R. Levin, I. Orskov, F. Orskov, C. Svanborg Eden, R.K. Selander // Infection and immunity - 1985. - V.49. - P.407-13.

62. Chang, D.E. Carbon nutrition of Escherichia coli in the mouse intestine / D.E. Chang, D.J. Smalley, D.L. Tucker, M.P. Leatham, W.E. Norris, S.J. Stevenson, A.B. Anderson, J.E. Grissom, D.C. Laux, P.S. Cohen, T. Conway // Proceedings of the National Academy of Sciences - 2004. - V.101. - P.7427-32.

63. Chang, P.V. The microbial metabolite butyrate regulates intestinal macrophage function via histone deacetylase inhibition / P.V. Chang, L. Hao, S. Offermanns, R. Medzhitov // Proceedings of the National Academy of Sciences -2014. - V.111. - P.2247-2252.

64. Chassaing, B. The commensal microbiota and enteropathogens in the pathogenesis of inflammatory bowel diseases / B. Chassaing, A. Darfeuille-Michaud // Gastroenterology - 2011. - V.140. - P.1720-1728.

65. Chassaing, B. Bile salts induce long polar fimbriae expression favouring Crohn's disease-associated adherent-invasive Escherichia coli interaction with Peyer's patches / B. Chassaing, L. Etienne-Mesmin, R. Bonnet, A. Darfeuille-Michaud // Environmental Microbiology - 2013. - V.15. - P.355-371.

66. Chassaing, B. Analysis of the gE regulon in Crohn's disease-associated Escherichia coli revealed involvement of the waaWVL operon in biofilm formation /

B. Chassaing, E. Garénaux, J. Carriere, N. Rolhion, Y. Guérardel, N. Barnich, R. Bonnet, A. Darfeuille-Michaud // Journal of bacteriology. - 2015. - V.197. - P.1451-65.

67. Chen, C.C. Carbohydrate-binding motif in chitinase 3-like 1 (CHI3L1/YKL-40) specifically activates Akt signaling pathway in colonic epithelial cells / C.C. Chen, V. Llado, K. Eurich, H.T. Tran, E. Mizoguchi // Clin Immunol. -2011. - V.140. - P.268-275.

68. Chen, H. The Bacterial T6SS effector EvpP prevents NLRP3 inflammasome activation by inhibiting the Ca2+-dependent MAPK-Jnk pathway / H. Chen, D. Yang, F. Han, J. Tan, L. Zhang, J. Xiao, Y. Zhang, Q. Liu // Cell host & Microbe. - 2017. - V.21. - P.47-58.

69. Cheng, F. Fecal microbiota transplantation for Crohn's disease: a systematic review and meta-analysis / F. Cheng, Z. Huang, W. Wei, Z. Li // Techniques in Coloproctology - 2021. - V.25. - P.495-504.

70. Chiba, M. Lifestyle-related disease in Crohn's disease: relapse prevention by a semi-vegetarian diet. / Chiba M, Abe T, Tsuda H, Sugawara T, Tsuda S, Tozawa H, Fujiwara K, Imai H. // World journal of gastroenterology: WJG - 2010. - V.16. - P.2484.

71. Chiuchiolo, M.J. Growth-phase-dependent expression of the cyclopeptide antibiotic microcin J25 / M.J. Chiuchiolo, M.A. Delgado, R.N. Farias, R.A. Salomon // Journal of Bacteriology. - 2001. - V.183. - P.1755-1764.

72. Cieza, R.J. The IbeA invasin of adherent-invasive Escherichia coli mediates interaction with intestinal epithelia and macrophages / R.J. Cieza, J. Hu, B.N. Ross, E. Sbrana, A.G. Torres // Infection and Immunity - 2015. - V.83. -P.1904-1918.

73. Claesson, M.J. Composition, variability, and temporal stability of the intestinal microbiota of the elderly / M.J. Claesson, S. Cusack, O. O'Sullivan, R. Greene-Diniz, H. de Weerd, E. Flannery, J.R. Marchesi, D. Falush, T. Dinan, G.

Fitzgerald, C. Stanton // Proceedings of the National Academy of Sciences - 2011. -V.108. - P.4586-4591.

74. Clermont, O. Rapid and simple determination of Escherichia coli phylogenetic group / O. Clermont, S. Bonacorsi, E. Bingen // Applied and Environmental Microbiology. - 2000. - V.66. - P.4555-4558.

75. Clermont, O. The C lermont Escherichia coli phylo-typing method revisited: improvement of specificity and detection of new phylo-groups / O. Clermont, J.K. Christenson, E. Denamur, D.M. Gordon // Environ. Microbial. Rep. -2013. - V.5. - P.58-65.

76. Cleynen, I. Inherited determinants of Crohn's disease and ulcerative colitis phenotypes: a genetic association study / I. Cleynen, G. Boucher, L. Jostins, L.P. Schumm, S. Zeissig, T. Ahmad, V. Andersen, J.M. Andrews, V. Annese, S. Brand, S.R. Brant // Lancet - 2016. - V.387. -P. 156-167.

77. Coimbra, R.S. Identification of Escherichia coli O-serogroups by restriction of the amplified O-antigen gene cluster (rfb-RFLP) / R.S. Coimbra, F. Grimont, P. Lenormand, P. Burguiere, L. Beutin, P.A.D. Grimont // Research in Microbiology - 2000. - V.151. - P.639-654.

78. Colello, R. From farm to table: follow-up of Shiga toxin-producing Escherichia coli throughout the pork production chain in Argentina / R. Colello, M.E. Caceres, M.J. Ruiz, M. Sanz, A.I. Etcheverria, N.L. Padola // Front. Microbiol. -2016. - V.8. - P.7:93.

79. Connell, N. An E. coli promoter induced by the cessation of growth / N. Connell, Z. Han, F. Moreno, R. Kolter // Molecular microbiology. - 1987. - V. 1. -P. 195-201.

80. Craven, M. Inflammation drives dysbiosis and bacterial invasion in murine models of ileal Crohn's disease / M. Craven, C.E. Egan, S.E. Dowd, S.P. McDonough, B. Dogan, E.Y. Denkers, D. Bowman, E.J. Scherl, K.W. Simpson. // PlOS ONE. - 2012. - V.7. - P.1-10.

81. Cuevas-Ramos, G. Escherichia coli induces DNA damage in vivo and triggers genomic instability in mammalian cells / G. Cuevas-Ramos, C.R. Petit, I. Marcq, M. Boury, E. Oswald, J.-P. Nougayrede // Proceedings of the National Academy of Sciences - 2010. - V.107. - P.11537-11542.

82. Dalmasso, G. Yersiniabactin siderophore of Crohn's disease-associated adherent-invasive Escherichia coli is involved in autophagy activation in host cells / G. Dalmasso, H.T. Nguyen, T. Fais, S. Massier, C. Chevarin, E. Vazeille, N. Barnich, J. Delmas, R. Bonnet // International journal of molecular sciences. - 2021. - V.22. -P.3512.

83. Danilova, N.A. Markers of dysbiosis in patients with ulcerative colitis and Crohn's disease / N.A. Danilova, S.R. Abdulkhakov, T.V. Grigoryeva, M.I. Markelova, I.Y. Vasilyev, E.A. Boulygina, M.D. Ardatskaya, A.V. Pavlenko, A.V. Tyakht, A.K. Odintsova, R.A. Abdulkhakov // Terapevticheskii arkhiv - 2019. -V.91. - N.4. - P.13-20.

84. Darfeuille-Michaud, A. Presence of adherent Escherichia coli strains in ileal mucosa of patients with Crohn's disease / A. Darfeuille-Michaud, C. Neut, N. Barnich, E. Lederman, P. Di Martino, P. Desreumaux, L. Gambiez, B. Joly, A. Cortot, J.F. Colombel // Gastroenterology - 1998. - V.115. - P.1405-1413.

85. David, L.A. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome / L.A. David, C.F. Maurice, R.N. Carmody, D.B. Gootenberg, J.E. Button, B.E. Wolfe, A.V. Ling, A.S. Devlin, Y. Varma, M.A. Fischbach, S.B. Biddinger // Nature - 2014. - V.505. - P.559-563.

86. de Lorenzo, V. Characterization of iucA and iucC genes of the aerobactin system of plasmid ColV-K30 in Escherichia coli / V. de Lorenzo, J.B. Neilands // Journal of Bacteriology - 1986. - V.167. - P.350-355.

87. de Zwaig, R.N. Mode of action of colicin A / RN. de Zwaig // J Bacteriol. - 1969. - V.99. - P.913-914.

88. DeFilipp, Z. Drug-resistant E. coli bacteremia transmitted by fecal microbiota transplant / Z. DeFilipp, P.P. Bloom, M. Torres Soto, M.K. Mansour,

M.R. Sater, M.H. Huntley, S. Turbett, R.T. Chung, Y.B. Chen, E.L. Hohmann // The New England Journal of Medicine - 2019. - V.381. - P.2043-2050.

89. Denizot, J. Diet-induced hypoxia responsive element demethylation increases CEACAM6 expression, favouring Crohn's disease-associated Escherichia coli colonization / J. Denizot, A. Desrichard, A. Agus, N. Uhrhammer, N. Dreux, V. Vouret-Craviari, P.Hofman, A. Darfeuille-Michaud, N. Barnich // Gut - 2015. - V. 64. - P.428-437.

90. Desai, M.S. A dietary fiber-deprived gut microbiota degrades the colonic mucus barrier and enhances pathogen susceptibility /M.S. Desai, A.M. Seekatz, N.M. Koropatkin, N. Kamada, C.A. Hickey, M. Wolter, N.A. Pudlo, S. Kitamoto, N. Terrapon, A. Muller, V.B. Young // Cell - 2016. -V.167. - P.1339-1353.

91. Desilets, M. Genome-based definition of an inflammatory bowel disease-associated adherent-invasive Escherichia coli pathovar / M. Desilets, X. Deng, C. Rao, A.W. Ensminger, D.O. Krause, P.M. Sherman, S.D. Gray-Owen // Inflammatory Bowel Disease. - 2016. - V.22. - P. 1-12.

92. Desjardins, P. Sex in Escherichia coli does not disrupt the clonal structure of the population: evidence from random amplified polymorphic DNA and restriction-fragment-length polymorphism / P. Desjardins, B. Picard, B. Kaltenböck, J. Elion, E. Denamurl // Journal of Molecular Evolution - 1995. - V.41. - P.440-448.

93. Desvaux, M. Pathogenicity factors of genomic islands in intestinal and extraintestinal Escherichia coli / M. Desvaux, G. Dalmasso, R. Beyrouthy, N. Barnich, J. Delmas, R. Bonnet // Front. Microbiol. - 2020. - V.11. - P.2065.

94. Dethlefsen, L. The pervasive effects of an antibiotic on the human gut microbiota, as revealed by deep 16S rRNA sequencing / L. Dethlefsen, S. Huse, M.L. Sogin, D.A. Relman // PLOS Biology. - 2008. - V.6. - P.2383-2400.

95. Dogan, B. Multidrug resistance is common in Escherichia coli associated with ileal Crohn's disease / B. Dogan, E. Scherl, B. Bosworth, R. Yantiss,

C. Altier, P.L. McDonough, Z.D. Jiang, H.L. DuPont, P. Garneau, J. Harel, M. Rishniw // Inflammatory Bowel Diseases. - 2013. - V.19. - P.141-150.

96. Dreux, N. Point mutations in FimH adhesin of Crohn's disease-associated adherent-invasive Escherichia coli enhance intestinal inflammatory response / N. Dreux, J. Denizot, M. Martinez-Medina, A. Mellmann, M. Billig, D. Kisiela, S. Chattopadhyay, E. Sokurenko, C. Neut, C. Gower-Rousseau, J.F. Colombel // PLOS Pathogens. - 2013. - V. 9. - P. 1-17.

97. Drider, D. Gut microbiota is an important source of bacteriocins and their in situ expression can be explored for treatment of bacterial infections / D. Drider // Probiotics and Antimicrobial Proteins. - 2021. - V.13. - P.1759-1765.

98. Duche, D. The pore-forming domain of colicin A fused to a signal peptide: a tool for studying pore-formation and inhibition / D. Duche // Biochimie. -2002. - V.84. - P.455-464.

99. Duquesne, S. Microcins, gene-encoded antibacterial peptides from enterobacteria / S. Duquesne, D. Destoumieux-Garz o n, J. Peduzzi, S. Rebuffat // Nat. Prod. Rep. - 2007. - V.24. - P.708-734.

100. Eaves-Pyles, T. Escherichia coli isolated from a Crohn's disease patient adheres, invades, and induces inflammatory responses in polarized intestinal epithelial cells / T. Eaves-Pyles, C.A. Allen, J. Taormina, A. Swidsinski, C.B. Tutt, G.E. Jezek, M. Islas-Islas, A.G. Torres // International Journal of Medical Microbiology. - 2008. - V.298: - P.397-409.

101. Eckburg, P.B. Diversity of the human intestinal microbial flora / P.B. Eckburg, E.M. Bik, C.N. Bernstein, E. Purdom, L. Dethlefsen, M. Sargent, S.R. Gill, K.E. Nelson, D.A. Relman // Science. - 2005. - V.308. - P. 1635-1638.

102. Elhenawy, W. Host-specific adaptive diversification of Crohn's disease-associated adherent-invasive Escherichia coli / W. Elhenawy, C.N. Tsai, B.K. Coombes// Cell Host & Microbe. - 2019. - V.25. - P.301-312.

103. Elinav, E. NLRP6 inflammasome regulates colonic microbial ecology and risk for colitis / E. Elinav, T. Strowig, A.L. Kau, J. Henao-Mejia, C.A. Thaiss,

C.J. Booth, D.R. Peaper, J. Bertin, S.C. Eisenbarth, J.I. Gordon, R.A. Flavell // Cell. -2011. - V.145. - P.745-757.

104. Ephgrave, K. Extra-intestinal manifestations of Crohn's disease. / K. Ephgrave // Surgical Clinics of North America. - 2007. - V.87. - P.673-680.

105. Erickson, A.R. Integrated metagenomics/metaproteomics reveals human host-microbiota signatures of Crohn's disease / A.R. Erickson, B.L. Cantarel, R. Lamendella, Y. Darzi, E.F. Mongodin, C. Pan, M. Shah, J. Halfvarson, C. Tysk, B. Henrissat, J. Raes // PLOS ONE. - 2012. - V.7. - P.1-14.

106. Eshraghi, A. Secreted effectors encoded within and outside of the Francisella pathogenicity island promote intramacrophage growth / A. Eshraghi, J. Kim, A.C. Walls, H.E. Ledvina, C.N. Miller, K.M. Ramsey, J.C. Whitney, M.C. Radey, S.B. Peterson, B.R. Ruhland, B.Q. Tran // Cell Host & Microbe. - 2016. -V.20. - P.573-583.

107. Fabich, A.J. Comparison of carbon nutrition for pathogenic and commensal Escherichia coli strains in the mouse intestine / A.J. Fabich, S.A. Jones, F.Z. Chowdhury, A. Cernosek, A. Anderson, D. Smalley, J.W. McHargue, G.A. Hightower, J.T. Smith, S.M. Autieri, M.P. Leatham // Infection and immunity. -2008. - V.76. - P. 1143-1152.

108. Fang, X. Metagenomics-based, strain-level analysis of Escherichia coli from a time-series of microbiome samples from a Crohn's disease patient / X. Fang, J.M. Monk, S. Nurk, M. Akseshina, Q. Zhu, C. Gemmell, C. Gianetto-Hill, N. Leung, R. Szubin, J. Sanders, P.L. Beck // Front. Microbial. - 2018. - V.9. - P.2559.

109. Fein, H.D. The history of Crohn's disease / H.D. Fein // In: Korelitz, B.I. (eds) Inflammatory Bowel Diseases. Springer, Dordrecht. - 1982. - P.1-3.

110. Ferretti, P. Mother-to-infant microbial transmission from different body sites shapes the developing infant gut microbiome / P. Ferretti, E. Pasolli, A. Tett, F. Asnicar, V. Gorfer, S. Fedi, F. Armanini, D.T. Truong, S. Manara, M. Zolfo, F. Beghini // Cell host & Microbe. - 2018. - V.24. - P.133-145.

111. Finlay, B.B. Common themes in microbial pathogenicity revisited / B.B. Finlay, S. Falkow // Microbiol Mol Biol Rev. - 1997. - V.61. - P. 136-169.

112. Fiorino, G. Prevalence of bowel damage assessed by cross-sectional imaging in early Crohn's disease and its impact on disease outcome / G. Fiorino, M. Morin, S. Bonovas, C. Bonifacio, A. Spinelli, A. Germain, V. Laurent, C. Zallot, L. Peyrin-Biroulet, S. Danese // Journal of Crohn's and Colitis. - 2017. - V.11. - P.274-280.

113. Fjalstad, J.W. Antibiotic therapy in neonates and impact on gut microbiota and antibiotic resistance development: a systematic review / J.W. Fjalstad, E. Esaiassen, L.K. Juvet, J.N. van den Anker, C. Klingenberg // J Antimicrob. Chemother. - 2018. - V.73. - P.569-580.

114. Francetic, O. The ChiA (YheB) protein of Escherichia coli K-12 is an endochitinase whose gene is negatively controlled by the nucleoid-structuring protein H-NS / O. Francetic, C. Badaut, S. Rimsky, A.P. Pugsley // Molecular Microbiology. - 2000. - V.35. - P.1506-1517.

115. Frank, D.N. Molecular-phylogenetic characterization of microbial community imbalances in human inflammatory bowel diseases / D.N. Frank, A.L. Amand, R.A. Feldman, E.C. Boedeker, N. Harpaz, N.R. Pace // Proceedings of the national academy of sciences. - 2007. - V.104. -P.13780-13785.

116. Fratamico, P.M. Detection of entero-hemorrhagic Escherichia coli O145 in food by PCR targeting genes in the E. coli O145 O antigen gene cluster and the Shiga toxins 1 and 2 genes / P.M. Fratamico, C. DebRoy, T. Miyamoto, Y. Liu // Foodborne Pathogen and Disease - 2009. - V.6. - P.605-611.

117. Freter, R. Factors affecting the microecology of the gut / R. Freter // Probiotics, Springer, Dordrecht - 1992. - P.111-144.

118. Gajendran, M. A comprehensive review and update on Crohn's disease / M. Gajendran, P. Loganathan, A.P. Catinella, J.G. Hashash // Disease-a-month -2018. - V.64. - P.20-57.

119. Garenaux, A. The ins and outs of siderophore mediated iron uptake by extra-intestinal pathogenic Escherichia coli / A. Garenaux, M. Caza, C.M. Dozois // Veterinary microbiology - 2011. - V.153. - P. 89-98.

120. Gargan, R. A concise biotyping system for differentiating strains of Escherichia coli / R. Gargan, W. Brumfitt, J.M.Hamilton-Miller // Journal of Clinical Pathology. - 1982. - V.35. - P.1366-1369.

121. Gautom, R.K. Rapid pulsed-field gel electrophoresis protocol for typing of Escherichia coli O157: H7 and other gram-negative organisms in 1 day / R.K. Gautom // Journal of Clinical Microbiology - 1997. - V.35. - P.2977-2980.

122. Gerner, R.R. Siderophore Immunization Restricted Colonization of Adherent-Invasive Escherichia coli and Ameliorated Experimental Colitis / R.R. Gerner, S. Hossain, A. Sargun, K. Siada, G.J. Norton, T. Zheng, W. Neumann, S.P. Nuccio, E.M. Nolan, M. Raffatellu // Mbio. - 2022. - V. 12. - P.e02184-22.

123. Ghachi, El.M. Colicin M exerts its bacteriolytic effect via enzymatic degradation of undecaprenyl phosphate-linked peptidoglycan precursors / El.M. Ghachi, A. Bouhss, H. Barreteau, T. Touze, G. Auger, D. Blanot, D. Mengin-Lecreulx // Journal of Biological Chemistry - 2006. -V.281. - P.22761-22772.

124. Gibold, L. The Vat-AIEC protease promotes crossing of the intestinal mucus layer by Crohn's disease-associated Escherichia coli / L. Gibold, E. Garenaux,

G. Dalmasso, C. Gallucci, D. Cia, B. Mottet-Auselo, T. Fais, A. Darfeuille-Michaud,

H.T. Nguyen, N. Barnich, R. Bonnet // Cellular Microbiology - 2016. - V.18. -P.617-631.

125. Gill, S.R. Metagenomic analysis of the human distal gut microbiome / S.R. Gill, M. Pop, R.T. DeBoy, P.B. Eckburg, P.J. Turnbaugh, B.S. Samuel, J.I. Gordon, D.A. Relman, C.M. Fraser-Liggett, K.E. Nelson // Science - 2006. - V.312. - P.1355-1359.

126. Gionchetti, P. Oral bacteriotherapy as maintenance treatment in patients with chronic pouchitis: A double-blind, placebo-controlled trial / P. Gionchetti, F.

Rizzello, A. Venturi, P. Brigidi, D. Matteuzzi, G. Bazzocchi, G. Poggioli, M. Miglioli, M. Campieri // Gastroenterology. - 2000. - V. 119. - P.305-309.

127. Glasser, A.L. Adherent invasive Escherichia coli strains from patients with Crohn's disease survive and replicate within macrophages without inducing host cell death / A.L. Glasser, J. Boudeau, N. Barnich, M.H. Perruchot, J.F. Colombel, A. Darfeuille-Michaud // Infection and Immunity. - 2001. - V.69. - P.5529-5537.

128. Greenbloom, S.L. Combination ciprofloxacin and metronidazole for active Crohn's disease / S.L. Greenbloom, A.H. Steinhart, G.R. Greenberg, // Canadian Journal of Gastroenterology. - 1998. - V. 12. - P.53-56.

129. Greer, J.B. Microbial induction of immunity, inflammation, and cancer / J.B.Greer, S.J. O'Keefe // Front. Physiol. - 2011. - V.1. - P.168.

130. Gronbach, K. Safety of probiotic Escherichia coli strain Nissle 1917 depends on intestinal microbiota and adaptive immunity of the host. / K. Gronbach, U. Eberle, M. Müller, T.A. Ölschläger, U. Dobrindt, F. Leithäuser, J.H. Niess, G. Döring, J. Reimann, I.B. Autenrieth, J.S. Frick // Infection and immunity. - 2010. -V.78. - P.3036-3046.

131. Grozdanov, L. Analysis of the genome structure of the non-pathogenic probiotic Escherichia coli strain Nissle 1917 / L. Grozdanov, C. Raasch, J. Schulze, U. Sonnenborn, G. Gottschalk, J. Hacker, U. Dobrindt // Journal of bacteriology. -2004. - V.186. - P.5432-5441.

132. Gruber, L. High fat diet accelerates pathogenesis of murine Crohn's disease-like ileitis independently of obesity / L. Gruber, S. Kisling, P. Lichti, F.P. Martin, S. May, M. Klingenspor, M. Lichtenegger, M. Rychlik, D. Haller // PlOS ONE. - 2013. - V.8. - P.1-13.

133. Guenther, K. Sever sepsis after probiotic treatment with Escherichia coli NISSLE 1917 / K. Guenther, E. Straube, W. Pfister, A. Guenther, A. Huebler // The Pediatric infectious disease journal. - 2010. - V.29. - P.188-189.

134. Gurevich, A. QUAST: quality assessment tool for genome assemblies / A. Gurevich, V. Saveliev, N. Vyahhi, G. Tesler // Bioinformatics. - 2013. - V.29. -P.1072-1075.

135. Gustafsson, J.K. An ex vivo method for studying mucus formation, properties, and thickness in human colonic biopsies and mouse small and large intestinal explants / J.K. Gustafsson, A. Ermund, M.E. Johansson, A. Schütte, G.C. Hansson, H. Sjövall // American Journal of Physiology-Gastrointestinal and Liver Physiology. - 2012. - V.302. - P.430-438.

136. Hagan, E.C. Uropathogenic Escherichia coli outer membrane antigens expressed during urinary tract infection / E.C. Hagan, H.L. Mobley // Infection and immunity. - 2007. - V.75. - P.3941-3949.

137. Hagihara, M. Clostridium butyricum modulates the microbiome to protect intestinal barrier function in mice with antibiotic-induced dysbiosis / M. Hagihara, Y. Kuroki, T. Ariyoshi, S. Higashi, K. Fukuda, R. Yamashita, A. Matsumoto, T. Mori, K. Mimura, N. Yamaguchi, S. Okada // Iscience. - 2020. -V.23. - P. 100772.

138. Halfvarson, J. Inflammatory bowel disease in a Swedish twin cohort: a long-term follow-up of concordance and clinical characteristics / J. Halfvarson, L. Bodin, C. Tysk, E Lindberg, G. Järnerot // Gastroenterology. - 2003. - V.124. -P.1767-1773.

139. Halfvarson, J. Dynamics of the human gut microbiome in inflammatory bowel disease / J. Halfvarson, C.J. Brislawn, R. Lamendella, Y. Vazquez-Baeza, W.A. Walters, L.M. Bramer, M. D'amato, F. Bonfiglio, D. McDonald, A. Gonzalez, E.E.. McClure // Nature microbiology. - 2017. - V.2. - P. 1-7.

140. Hall, A.B. A novel Ruminococcus gnavus clade enriched in inflammatory bowel disease patients / A.B. Hall, M. Yassour, J. Sauk, A. Garner, X. Jiang, T. Arthur, G.K. Lagoudas, T. Vatanen, N. Fornelos, R. Wilson, M. Bertha // Genome medicine. - 2017. - V.9. - P.103.

141. Hamady, M. Microbial community profiling for human microbiome projects: tools, techniques, and challenges / M. Hamady, R. Knight // Genome research - 2009. - V. 19. - P. 1141-1152.

142. Han, Y. The waaL gene is involved in lipopolysaccharide synthesis and plays a role on the bacterial pathogenesis of avian pathogenic Escherichia coli / Y. Han, X. Han, S. Wang, Q. Meng, Y. Zhang, C. Ding, S. Yu // Veterinary Microbiology - 2014. - V.172. - P.486-491.

143. Harmsen, H.J. Crohn's disease patients have more IgG-binding fecal bacteria than controls / H.J. Harmsen, S.D. Pouwels, A. Funke, N.A. Bos, G. Dijkstra // Clinical and Vaccine Immunology - 2012. - V. 19. -P.515-521.

144. Harper, P.H. Split ileostomy and ileocolostomy for Crohn's disease of the colon and ulcerative colitis: a 20 year survey / P.H. Harper, S.C. Truelove, E.C. Lee, M.G. Kettlewell, D.P. Jewell // Gut - 1983. - V.24. - P.106-113.

145. Hase, K. Uptake through glycoprotein 2 of FimH(+) bacteria by M cells initiates mucosal immune response / K. Hase, K. Kawano, T. Nochi, G.S. Pontes, S. Fukuda, M. Ebisawa, K. Kadokura, T. Tobe, Y. Fujimura, S. Kawano, A. Yabashi // Nature - 2009. - V.462. - P.226-230.

146. Hashimoto, M. Cell size and nucleoid organization of engineered Escherichia coli cells with a reduced genome / M. Hashimoto, T. Ichimura, H. Mizoguchi, K. Tanaka, K. Fujimitsu, K. Keyamura, T. Ote, T. Yamakawa, Y. Yamazaki, H. Mori, T. Katayama // Molecular Microbiology - 2005. - V.55. -P.137-149.

147. Hayes, C.S. Mechanisms and biological roles of contact-dependent growth inhibition systems / C.S. Hayes, S. Koskiniemi, Z.C. Ruhe, S.J. Poole, D.A. Low // Cold Spring Harbor perspectives in medicine - 2014. - V.4. - P.1-12.

148. Heinsen, F.A. Dynamic changes of the luminal and mucosa-associated gut microbiota during and after antibiotic therapy with paromomycin / F.A. Heinsen, H. Knecht, S.C. Neulinger, R.A. Schmitz, C. Knecht, T. Kühbacher, P.C. Rosenstiel, S. Schreiber, A.K. Friedrichs, S.J.Ott // Gut Microbes - 2015. - V.6. - P.243-254.

149. Herrero, M. Microcin B17 blocks DNA replication and induces the SOS system in Escherichia coli / M. Herrero, F. Moreno // Microbiology. - 1986. -V.132. - P.393-402.

150. Herzer, P.J. Phylogenetic distribution of branched RNA-linked multicopy single-stranded DNA among natural isolates of Escherichia coli / P.J. Herzer, S.U. Inouye, M.A. Inouye, T.S. Whittam // Journal of bacteriology. - 1990. -V.172. - P.6175-6181.

151. Hill, D.A. Intestinal bacteria and the regulation of immune cell homeostasis / D.A. Hill, D. Artis // Annual review of immunology - 2010. - V.28. -P.623-667.

152. Hirasawa, A. Free fatty acid receptors and drug discovery / A. Hirasawa, T. Hara, S. Katsuma, T. Adachi, G. Tsujimoto // Biological and Pharmaceutical Bulletin - 2008. - V.31. - P. 1847-1851.

153. Hood, R.D. A type VI secretion system of Pseudomonas aeruginosa targets a toxin to bacteria / R.D. Hood, P. Singh, F. Hsu, T. Güvener, M.A. Carl, R.R. Trinidad, J.M. Silverman, B.B. Ohlson, K.G. Hicks, R.L. Plemel, M. Li, S. Schwarz, W.Y. Wang, A.J. Merz, D.R. Goodlett, J.D. Mougous // Cell Host & Microbe - 2010. - V.7. - P.25-37.

154. Hugot, J.P. Association of NOD2 leucine-rich repeat variants with susceptibility to Crohn's disease / J.P. Hugot, M. Chamaillard, H. Zouali, S. Lesage, J.P. Cezard, J. Belaiche, S. Almer, C. Tysk, C.A. O'Morain, M. Gassull, V. Binder // Nature- 2001. - V.411. - P.599-603.

155. Hung, C.C. The intestinal fatty acid propionate inhibits Salmonella invasion through the post-translational control of HilD / C.C. Hung, C.D. Garner, J.M. Slauch, Z.W. Dwyer, S.D. Lawhon, J.G. Frye, M. McClelland, B.M. Ahmer, C. Altier // Molecular Microbiology - 2013. - V.87. - P.1045-1060.

156. Iino, C. Impact of Helicobacter pylori infection on gut microbiota / C, Iino, T. Shimoyama // World Journal of Gastroenterology. - 2021. - V.27. - P.6224.

157. Ijssennagger, N. Sulfide as a mucus barrier-breaker in inflammatory bowel disease? / N. Ijssennagger, R. van der Meer, S.W. van Mil // Trends in molecular medicine. - 2016. - V.22. - P.190-199.

158. Islam, S.T. Synthesis of bacterial polysaccharides via the Wzx/Wzy-dependent pathway / S.T. Islam, J.S. Lam // Canadian journal of microbiology -2014. - V.60. - P. 697-716.

159. Jalanka-Tuovinen, J. Intestinal microbiota in healthy adults: temporal analysis reveals individual and common core and relation to intestinal symptoms / J. Jalanka-Tuovinen, A. Salonen, J. Nikkilä, O. Immonen, R. Kekkonen, L. Lahti, A. Palva, W.M. De Vos // PlOS ONE. - 2011. - V.6. - P.1-13.

160. James, R. Killing of E. coli cells by E group nuclease colicins / R. James, C.N. Penfold, G.R. Moore, C. Kleanthous // Biochimie. - 2002. - V.84. -P.381-389.

161. Jaureguy, F. Phylogenetic and genomic diversity of human bacteremic Escherichia coli strains / F. Jaureguy, L. Landraud, V. Passet, L. Diancourt, E. Frapy, G. Guigon, E. Carbonnelle, O. Lortholary, O. Clermont, E. Denamur, B. Picard // BMC Genomics. - 2008. - V.9. - P.560.

162. Joensen, K.G. Rapid and easy in silico serotyping of Escherichia coli isolates by use of whole-genome sequencing data / K.G. Joensen, A.M. Tetzschner, A. Iguchi, F.M. Aarestrup, F. Scheutz // Journal of clinical microbiology. - 2015. -V.53. - P.2410-2426.

163. Johnson, J.R. Improved repetitive-element PCR fingerprinting for resolving pathogenic and nonpathogenic phylogenetic groups within Escherichia coli / J.R. Johnson, T.T. O'bryan // Clinical Diagnostic Laboratory Immunology. - 2000. - V.7. - P.265-273.

164. Johnson, J.R. Extended virulence genotypes of Escherichia coli strains from patients with urosepsis in relation to phylogeny and host compromise. / J.R. Johnson, A.L. Stell // The Journal of infectious diseases. - 2000. - V.181. - P.261-272.

165. Jones, S.A. Glycogen and maltose utilization by Escherichia coli O157: H7 in the mouse intestine / S.A. Jones, M. Jorgensen, F.Z. Chowdhury, R. Rodgers, J. Hartline, M.P. Leatham, C. Struve, K.A. Krogfelt, P.S. Cohen, T. Conway // Infection and immunity. - 2008. -V.76. - P.2531-2540.

166. Joossens, M. Dysbiosis of the faecal microbiota in patients with Crohn's disease and their unaffected relatives / M. Joossens, G. Huys, M. Cnockaert // Gut. -2011. - V.60. - P. 631-637.

167. Kaakoush, N.O. Microbial dysbiosis in pediatric patients with Crohn's disease / N.O. Kaakoush, A.S. Day, K.D. Huinao, S.T. Leach, D.A. Lemberg, S.E. Dowd, H.M. Mitchell // Journal of clinical microbiology. - 2012. - V.50. - P.3258-3266.

168. Kalina, U. Enhanced production of IL-18 in butyrate-treated intestinal epithelium by stimulation of the proximal promoter region / U. Kalina, N. Koyama, T. Hosoda, H. Nuernberger, K. Sato, D. Hoelzer, F. Herweck, T. Manigold, M.V. Singer, S. Rossol, U. Böcker // European journal of immunology. - 2002. - V.32. -P.2635-2643.

169. Kalmanson, G. M. Urinary-tract infection: localization and virulence of Escherichia coli / G.M. Kalmanson, J.J. Harwick, M. Turck, L.B. Guze // Lancet. -1975. - V.1. - P.134-136.

170. Kamada, N. Role of the gut microbiota in immunity and inflammatory disease / N. Kamada, S.U. Seo, G.Y. Chen, G. Nunez // Nature Reviews Immunology. - 2013. - V.13. - P.321-335.

171. Kang, S. Dysbiosis of fecal microbiota in Crohn's disease patients as revealed by a custom phylogenetic microarray / S. Kang, S.E. Denman, M. Morrison, Z. Yu, J. Dore, M. Leclerc, C.S. McSweeney // Inflammatory Bowel Diseases. -2010. - V.16. - P.2034-2042.

172. Kauffmann, F. The serology of the coli group / F. Kauffmann // The Journal of Immunology. - 1947. - V.57. - P.71-100.

173. Kawada, M. Chitinase 3-like-1 enhances bacterial adhesion to colonic epithelial cells through the interaction with bacterial chitin-binding protein / M. Kawada, C.C. Chen, A. Arihiro, K. Nagatani, T. Watanabe, E. Mizoguchi // Laboratory investigation. - 2008. - V.88. - P.883-895.

174. Keighley, M.R. Influence of inflammatory bowel disease on intestinal microflora / M.R. Keighley, Y. Arabi, F. Dimock, D.W. Burdon, R.N. Allan, J. Alexander-Williams // Gut - 1978. - V. 19. - P.1099-1104.

175. Keita, A.V. Enhanced E. coli LF82 translocation through the follicle-associated epithelium in Crohn's disease is dependent on long polar fimbriae and CEACAM6 expression, and increases paracellular permeability / M.R. Keighley, Y. Arabi, F. Dimock, D.W. Burdon, R.N. Allan, J. Alexander-Williams // Journal of Crohn's and Colitis. - 2020. - V.14. - P.216-229.

176. Khalif, I. Inflammatory bowel disease treatment in Eastern Europe: current status, challenges and needs / I. Khalif, M. Shapina // Current Opinion in Gastroenterology. - 2017. - V.33. - P.230-233.

177. Khalili, H. Measures of obesity and risk of Crohn's disease and ulcerative colitis / H. Khalili, A.N. Ananthakrishnan, G.G. Konijeti, L.M. Higuchi, C.S. Fuchs, J.M. Richter, A.T. Chan // Inflammatory Bowel Diseases. - 2015. - V.21. - P.361-368.

178. Khot, P.D. Novel approach for differentiating Shigella species and Escherichia coli by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / P.D. Khot, M.A. Fisher // Journal of clinical microbiology - 2013. -V.51. - P.3711-3716.

179. Klampfer, L. Requirement of histone deacetylase activity for signaling by STAT1 / L. Klampfer, J. Huang, L.A. Swaby, L. Augenlicht // Journal of Biological Chemistry - 2004. - V.279. - P.30358-30368.

180. Kobayashi, Y. Suppressive effects of a plant-origin polyol, dulcitol on collagen-induced arthritis in mice / Y. Kobayashi, J. Shen, S.H. Li, E. Kakizoe, H.

Okunishi, J.F. Chen // Nihon Yakurigaku zasshi. Folia Pharmacologica Japonica. -1997. - V.110. - P.132-137.

181. Kolmeder, C.A. Comparative metaproteomics and diversity analysis of human intestinal microbiota testifies for its temporal stability and expression of core functions / C.A. Kolmeder, M. De Been, J. Nikkilä, I. Ritamo, J. Mättö, L. Valmu, J. Salojärvi, A. Palva, A. Salonen, W.M. de Vos // PlOS ONE. - 2012. - V.7. - P.1-14.

182. Kong, L. Linking strain engraftment in fecal microbiota transplantation with maintenance of remission in Crohn's disease / L. Kong, J. Lloyd-Price, T. Vatanen, P. Seksik, L. Beaugerie, T. Simon, H. Vlamakis, H. Sokol, R.J. Xavier // Gastroenterology - 2020. - V.159. - P.2193-2202.

183. Konisky, J. Mode of action of colicins Ia, E1 and K / J. Konisky, H. Tokuda // Zentralblatt fur Bakteriologie, Parasitenkunde, Infektionskrankheiten und Hygiene. Erste Abteilung Originale. Reihe A: Medizinische Mikrobiologie und Parasitologie. - 1979. - V.244. - P.105-120.

184. Kowalska-Duplaga, K. Differences in the intestinal microbiome of healthy children and patients with newly diagnosed Crohn's disease / K. Kowalska-Duplaga, T. Gosiewski, P. Kapusta, A. Sroka-Oleksiak, A. W<?drychowicz, S. Pieczarkowski, A.H. Ludwig-Slomczynska, P.P. Wolkow, K. Fyderek // Scientific reports. - 2019. - V.9. - P.1-11.

185. Kurepina, N.E. Cloning and mapping of the genetic determinants for microcin C51 production and immunity / N.E. Kurepina, E.I. Basyuk, A.Z. Metlitskaya, D.A. Zaitsev, I.A. Khmel // Molecular and General Genetics MGG. -1993. - V.241. - P.700-706.

186. Krause, D.O. Complete genome sequence of adherent invasive Escherichia coli UM146 isolated from Ileal Crohn's disease biopsy tissue / D.O. Krause, A.C. Little, S.E. Dowd, C.N. Bernstein, // Journal of bacteriology. - 2011. -V.193. - P.583.

187. Lacher, D. W. Novel microarray design for molecular serotyping of Shiga toxin- producing Escherichia coli strains isolated from fresh produce / D.W.

Lacher, J. Gangiredla, S.A. Jackson, C.A. Elkins, P.C. Feng // Applied and Environmental Microbiology. - 2014. - V.80. - P.4677-4682.

188. Landers, C.J. Selected loss of tolerance evidenced by Crohn's disease-associated immune responses to auto-and microbial antigens / C.J. Landers, O. Cohavy, R. Misra, H. Yang, Y.C. Lin, J. Braun, S.R. Targan // Gastroenterology. -2002. - V.123. - P.689-699.

189. Lapaquette, P. Crohn's disease-associated adherent-invasive E. coli are selectively favoured by impaired autophagy to replicate intracellularly / P. Lapaquette, A.L. Glasser, A. Huett, R.J. Xavier, A. Darfeuille-Michaud // Cellular Microbiology. - 2010. - V. 12. - P.99-113.

190. Larsen, M. V. Multilocus sequence typing of total-genome-sequenced bacteria / M.V. Larsen, S. Cosentino, S. Rasmussen, C. Friis, H. Hasman, R.L. Marvig, L. Jelsbak, T. Sicheritz-Ponten, D.W. Ussery, F.M. Aarestrup, O. Lund // Journal of clinical microbiology. - 2012. - V.50. - P.1355-1361.

191. Laufer, J. Cellular localization of complement C3 and C4 transcripts in intestinal specimens from patients with Crohn's disease / J. Laufer, R. Oren, I. Goldberg, A. Horwitz, J. Kopolovic, Y. Chowers, J.H. Passwell // Clin Exp Immunol.

- 2000. - V.120. - V.30-37.

192. Lavina, MA. Microcin H47, a chromosome-encoded microcin antibiotic of Escherichia coli. / M.A. Lavina, C. Gaggero, F. Moreno // Journal of bacteriology.

- 1990. - V.172. - P.6585-6588.

193. Le Gac, M. Ecological and evolutionary dynamics of coexisting lineages during a long-term experiment with Escherichia coli / M. Le Gac, J. Plucain, T. Hindre, R.E. Lenski, D. Schneider // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2012. - V.109. - P.9487-9492.

194. Leatham, M.P. Precolonized human commensal Escherichia coli strains serve as a barrier to E. coli O157: H7 growth in the streptomycin-treated mouse intestine / M.P. Leatham, S. Banerjee, S.M. Autieri, R. Mercado-Lubo, T. Conway, P.S. Cohen // Infection and immunity. - 2009. - V.77. - P.2876-2886.

195. Lecointre, G. Escherichia coli molecular phylogeny using the incongruence length difference test / G. Lecointre, L. Rachdi, P. Darlu, E. Denamur // Molecular biology and evolution. - 1998. - V.15. - P.1685-1695.

196. Lee, C.G. Role of chitin and chitinase/chitinase-like proteins in inflammation, tissue remodeling, and injury / C.G. Lee, C.A. Da Silva, C.S. Cruz, F. Ahangari, B. Ma, M.J. Kang, C.H. He, S. Takyar, J.A. Elias // Annual review of physiology. - 2011. - V.73. - P.479-501.

197. Leimbach, A. Escherichia coli as an all-rounder: the thin line between commensalism and pathogenicity / A. Leimbach, J. Hacker, U. E. Dobrindt // In: Dobrindt, U., Hacker, J., Svanborg, C. (eds) Between Pathogenicity and Commensalism. Current Topics in Microbiology and Immunology, Springer, Berlin, Heidelberg. - 2013. - V. 358. - P.3-32.

198. Lescat, M. Commensal Escherichia coli strains in Guiana reveal a high genetic diversity with host-dependant population structure / M. Lescat, O. Clermont, P.L. Woerther, J. Glodt, S. Dion, D. Skurnik, F. Djossou, C. Dupont, G. Perroz, B. Picard, F. Catzeflis // Environmental microbiology reports. - 2013. - V.5. - P.49-57.

199. Letunic, I. Interactive Tree of Life, iTOL, v4, recent updates and new developments / I. Letunic, P. Bork // Nucleic Acids Research. - 2019. - V.47. -P.256-259.

200. Levine, A. Evolving role of diet in the pathogenesis and treatment of inflammatory bowel diseases / A. Levine, R. Sigall Boneh, E. Wine // Gut. - 2018. -V.67. - P.1726-1738.

201. Ley, R.E. Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in the human intestine / R.E. Ley, D.A. Peterson, J.I. Gordon // Cell. - 2006.

- V.124. - P.837-848.

202. Lin, S.Y. Multidrug-resistance Acinetobacter baumannii pneumonia in a rheumatoid arthritis patient receiving tumor necrosis factor inhibitor: A case report / S.Y. Lin, Z.H. Huang, H.C. Chen, D.M. Chang, C.C. Lu // Medicine. - 2018. - V.97.

- P.1-3.

203. Liu, Y.F. Loss of outer membrane protein C in Escherichia coli contributes to both antibiotic resistance and escaping antibody-dependent bactericidal activity / Y.F. Liu, J.J. Yan, H.Y. Lei, C.H. Teng, M.C. Wang, C.C. Tseng, J.J. Wu // Infection and Immunity. - 2012. - V.80. - P.1815-1822.

204. Liu, J.Z. Association analyses identify 38 susceptibility loci for inflammatory bowel disease and highlight shared genetic risk across populations / J.Z. Liu, S. Van Sommeren, H. Huang, S.C. Ng, R. Alberts, A. Takahashi, S. Ripke, J.C. Lee, L. Jostins, T. Shah, S. Abedian // Nature genetics. - 2015. - V.47. - P.979-986.

205. Liu, B. Structure and genetics of Escherichia coli O antigens / B. Liu, A. Furevi, A.V. Perepelov, X. Guo, H. Cao, Q. Wang, P.R. Reeves, Y.A. Knirel, L. Wang, G. Widmalm // FEMS microbiology reviews. - 2020. - V.44. - P.655-683.

206. Liu, B. VFDB 2022: a general classification scheme for bacterial virulence factors / B. Liu, D.D. Zheng, S.Y. Zhou, L.H. Chen, J. Yang // Nucleic Acids Research. - 2022. - V.50. - P.912-917.

207. Lo Sasso, G. Inflammatory bowel disease—associated changes in the gut: focus on Kazan patients / G. Lo Sasso, L. Khachatryan, A. Kondylis, J.N. Battey, N. Sierro, N.A. Danilova, T.V. Grigoryeva, M.I. Markelova, D.R. Khusnutdinova, A.V. Laikov, II. Salafutdinov // Inflammatory bowel diseases. - 2020. - V.27. -P.418-433.

208. Lodes, M.J. Bacterial flagellin is a dominant antigen in Crohn disease. / M.J. Lodes, Y. Cong, C.O. Elson, R. Mohamath, C.J. Landers, S.R. Targan, M. Fort, R.M. Hershberg // J Clin Invest. - 2004. - V.113. - P. 1296-1306.

209. Loftus Jr, E.V. Crohn's disease in Olmsted County, Minnesota, 19401993: incidence, prevalence, and survival / E.V. Loftus Jr, M.D. Silverstein, W.J. Sandborn, W.J. Tremaine, W.S. Harmsen, A.R. Zinsmeister // Gastroenterology. -1998. - V.114. - P. 1161-1168.

210. Loubinoux, J. Sulfate-reducing bacteria in human feces and their association with inflammatory bowel diseases / J. Loubinoux, J.P. Bronowicki, I.A.

Pereira, J.L. Mougenel, A.E. Le Faou // FEMS microbiology ecology. - 2002. -V.40. - P.107-112.

211. Low, D. Chitin-binding domains of Escherichia coli ChiA mediate interactions with intestinal epithelial cells in mice with colitis / D. Low, H.T. Tran, I.A. Lee, N. Dreux, A. Kamba, H.-C. Reinecker, A. Darfeuille-Michaud, N. Barnich, E. Mizoguchi, // Gastroenterology. - 2013. - V.145. - P.602-612.

212. Lührs, H. Butyrate inhibits NF-kappaB activation in lamina propria macrophages of patients with ulcerative colitis / H. Lührs, T. Gerke, J.G. Müller, R. Melcher, J. Schauber, F. Boxberger, W. Scheppach, T. Menzel // Scandinavian journal of gastroenterology. - 2002. - V.37. - P.458-466.

213. Lupp, C. Host-mediated inflammation disrupts the intestinal microbiota and promotes the overgrowth of Enterobacteriaceae / C. Lupp, M.L. Robertson, M.E. Wickham, I. Sekirov, O.L. Champion, E.C. Gaynor, Finlay B.B. // Cell host & Microbe. - 2007. - V.2. - P.119-129.

214. Lüthje, P. Virulence factors of uropathogenic E. coli and their interaction with the host / P. Lüthje, A. Brauner // Advances in microbial physiology - 2014. - V.65. - P.337-372.

215. Macpherson, A. Mucosal antibodies in inflammatory bowel disease are directed against intestinal bacteria / A. Macpherson, U.Y. Khoo, I. Forgacs, J. Philpott-Howard, I. Bjarnason // Gut. - 1996. - V.38. - P.365-375.

216. Macpherson, A.J. Induction of protective IgA by intestinal dendritic cells carrying commensal bacteria / A.J. Macpherson, T. Uhr // Science. - 2004. - V. 303. - P.1662-1665.

217. Magro, D.O. Remission in Crohn's disease is accompanied by alterations in the gut microbiota and mucins production / D.O. Magro, A. Santos, D. Guadagnini, F.M. de Godoy, S.H. Silva, W.J. Lemos, N. Vitulo, S. Torriani, L.V. Pinheiro, C.A. Martinez, M.J. Saad // Scientific reports. - 2019. - V.9. - P. 1-10.

218. Maltby, R. Nutritional basis for colonization resistance by human commensal Escherichia coli strains HS and Nissle 1917 against E. coli O157: H7 in

the mouse intestine / R. Maltby, M.P. Leatham-Jensen, T. Gibson, P.S. Cohen, T. Conway // PlOS ONE. - 2013. - V.8. - P.1-10.

219. Mandar, R. Transmission of mother's microflora to the newborn at birth / R. Mandar, M. Mikelsaar // Neonatology. - 1996. - V.69. - P.30-35.

220. Manichanh, C. Reduced diversity of faecal microbiota in Crohn's disease revealed by a metagenomic approach / C. Manichanh, L. Rigottier-Gois, E. Bonnaud, K. Gloux, E. Pelletier, L. Frangeul, R. Nalin, C. Jarrin, P. Chardon, P. Marteau, J. Roca // Gut. - 2006. - V.55. - P.205-211.

221. Manichanh, C. The gut microbiota in IBD / C. Manichanh, N. Borruel, F. Casellas, F. Guarner // Nature reviews Gastroenterology & hepatology. - 2012. -V.9. - P.599-608.

222. Marchesi, J.R. Rapid and noninvasive metabonomic characterization of inflammatory bowel disease / J.R. Marchesi, E. Holmes, F. Khan, S. Kochhar, P. Scanlan, F. Shanahan, I.D. Wilson, Y. Wang // Journal of proteome research. - 2007. - V.6. - P.546-551.

223. Mariat, D. The Firmicutes/Bacteroidetes ratio of the human microbiota changes with age / D. Mariat, O. Firmesse, F. Levenez, V.D. Guimaräes, H. Sokol, J. Doré, G. Corthier, J. Furet // BMC Microbiol. - 2009. - V.9. - P. 1-6.

224. Martens, E.C. Interactions of commensal and pathogenic microorganisms with the intestinal mucosal barrier / E.C. Martens, M. Neumann, M.S. Desai // Nature Reviews Microbiology. - 2018. - V.16. - P.457-470.

225. Martin, M. Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads // M. Martin // EMBnet. journal. - 2011. - V.17. - P.10-12.

226. Martin-Gallausiaux, C. Butyrate produced by gut commensal bacteria activates TGF-beta1 expression through the transcription factor SP1 in human intestinal epithelial cells / C. Martin-Gallausiaux, F. Béguet-Crespel, L. Marinelli, A. Jamet, F. Ledue, H.M. Blottiere, N. Lapaque // Scientific reports. - 2018. - V.8. -P.9742.

227. Massip, C. Deciphering the interplay between the genotoxic and probiotic activities of Escherichia coli Nissle 1917 / C. Massip, P. Branchu, N. Bossuet-Greif, C.V. Chagneau, D. Gaillard, P. Martin, M. Boury, T. Secher, D. Dubois, J.P. Nougayrede, E. Oswald // PLOS Pathogens. - 2019. - V.15. - P.1-24.

228. Massip, C. Siderophore-microcins in Escherichia coli: determinants of digestive colonization, the first step toward virulence / C. Massip, E. Oswald // Front. Cell. Infect. Microbiol. - 2020. - V.10. - P.381.

229. Massot, M. Phylogenetic, virulence and antibiotic resistance characteristics of commensal strain populations of Escherichia coli from community subjects in the Paris area in 2010 and evolution over 30 years / M. Massot, A.S. Daubie, O. Clermont, F. Jaureguy, C. Couffignal, G. Dahbi, A. Mora, J. Blanco, C. Branger, F. Mentre, A. Eddi // Microbiology. - 2016. - V.162. - P.642-650.

230. McHardy, I.H. Integrative analysis of the microbiome and metabolome of the human intestinal mucosal surface reveals exquisite inter-relationships / I.H. McHardy, M. Goudarzi, M. Tong, P.M. Ruegger, E. Schwager, J.R. Weger, T.G. Graeber, J.L. Sonnenburg, S. Horvath, C. Huttenhower, D.P. McGovern // Microbiome. - 2013. - V.1. - P.1-9.

231. Meconi, S. Adherent-invasive Escherichia coli isolated from Crohn's disease patients induce granulomas in vitro / S. Meconi, A. Vercellone, F. Levillain, B. Payre, T. Al Saati, F. Capilla, P. Desreumaux, A. Darfeuille-Michaud, F. Altare // Cellular microbiology. - 2007. - V.9. - P.1252-1261.

232. Mendall, M.A. Is obesity a risk factor for Crohn's disease? / M.A. Mendall, A. Viran Gunasekera, B. Joseph John, D. Kumar // Digestive diseases and sciences. - 2011. - V.56. - P.837-844.

233. Miajlovic, H. Bacterial self-defence: how Escherichia coli evades serum killing / H. Miajlovic, S.G. Smith // FEMS microbiology letters. - 2014. - V.354. -P.1-9.

234. Miethke, M. Siderophore-based iron acquisition and pathogen control / M. Miethke, M.A. Marahiel // Microbiology and molecular biology reviews - 2007. -V.71. - P.413-451.

235. Miller, M.C. Reduced synthesis of the Ybt siderophore or production of aberrant Ybt-like molecules activates transcription of yersiniabactin genes in Yersinia pestis / M.C. Miller, J.D. Fetherston, C.L. Pickett, A.G. Bobrov, R.H. Weaver, E. DeMoll, R.D. // Microbiology. - 2010. - V.156. - P. 2226-2238.

236. Mimouna, S. Crohn disease-associated Escherichia coli promote gastrointestinal inflammatory disorders by activation of HIF-dependent responses / S. Mimouna, D. Gonçalvès, N. Barnich, A. Darfeuille-Michaud, P. Hofman, V. Vouret-Craviari // Gut Microbes. - 2011. - V.2. - P.335-346.

237. Minshew, B. H. Some characteristics of Escherichia coli strains isolated from extraintestinal infections of humans / B.H.; Minshew, J. Jorgensen, M. Swanstrum, G.A. Grootes-Reuvecamp, S. Falkow // Journal of Infectious Diseases. -1978. - V.137. - P.648-654.

238. Miranda, R.L. Glycolytic and gluconeogenic growth of Escherichia coli O157: H7 (EDL933) and E. coli K-12 (MG1655) in the mouse intestine / R.L. Miranda, T. Conway, M.P. Leatham, D.E. Chang, W.E. Norris, J.H. Allen, S.J. Stevenson, D.C. Laux, P.S. Cohen // Infection and immunity. - 2004. - V.72. -P.1666-1676.

239. Mironov, A. Mechanism of H2S-mediated protection against oxidative stress in Escherichia coli / A. Mironov, T. Seregina, M. Nagornykh, L.G. Luhachack, N. Korolkova, L.E. Lopes, V. Kotova, G. Zavilgelsky, R. Shakulov, K. Shatalin, E. Nudler // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2017. - V.114. -P.6022-6027.

240. Mizoguchi, E. Chitinase 3-like-1 exacerbates intestinal inflammation by enhancing bacterial adhesion and invasion in colonic epithelial cells / E. Mizoguchi // Gastroenterology. - 2006. - V.130. - P.398-411.

241. Moles, L. Bacterial diversity in meconium of preterm neonates and evolution of their fecal microbiota during the first month of life / L. Moles, M. Gomez, H. Heilig, G. Bustos, S. Fuentes, W. de Vos, L. Fernández, J.M. Rodríguez, E. Jiménez // PlOS ONE. - 2013. - V.8. - P.1-13.

242. M0ller, A.K. An Escherichia coli MG1655 lipopolysaccharide deep-rough core mutant grows and survives in mouse cecal mucus but fails to colonize the mouse large intestine / A.K. M0ller, M.P. Leatham, T. Conway, P.J. Nuijten, L.A. de Haan, K.A. Krogfelt, P.S. Cohen // Infection and immunity. - 2003. - V.71. -P.2142-2152.

243. Momose, Y. Competition for proline between indigenous Escherichia coli and E. coli O157:H7 in gnotobiotic mice associated with infant intestinal microbiota and its contribution to the colonization resistance against E. coli O157:H7/ Y. Momose, K. Hirayama, K. Itoh // Antonie Van Leeuwenhoek. - 2008. -V.94. - P.165-171.

244. Monk, J.M. Genome-scale metabolic reconstructions of multiple Escherichia coli strains highlight strain-specific adaptations to nutritional environments / J.M. Monk, P. Charusanti, R.K. Aziz, J.A. Lerman, N. Premyodhin, J.D. Orth, A.M. Feist, B.0. Palsson // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2013. - V.110. - P.20338-20343.

245. Morgan, J.L. Metagenomic sequencing of an in vitro-simulated microbial community / J.L. Morgan, A.E. Darling, J.A. Eisen // PLOS ONE 2010. -V.5. - P.1-10.

246. Morgan, X.C. Dysfunction of the intestinal microbiome in inflammatory bowel disease and treatment / X.C. Morgan, T.L. Tickle, H. Sokol, D. Gevers, K.L. Devaney, D.V. Ward, J.A. Reyes, S.A. Shah, N. LeLeiko, S.B. Snapper, A. Bousvaros // Genome biology. - 2012. - V.13. - P.1-8.

247. Mow, W.S. Association of antibody responses to microbial antigens and complications of small bowel Crohn's disease / W.S. Mow, E.A. Vasiliauskas, Y.C.

Lin, P.R. Fleshner, K.A. Papadakis, K.D. Taylor, C.J. Landers, M.T. Abreu-Martin, J.I. Rotter, H. Yang, S.R. Targan // Gastroenterology. - 2004. - V.126. - P.414-424.

248. Mühldorfer, I. Genetic aspects of Escherichia coli virulence / I. Mühldorfer, J. Hacker // Microbial pathogenesis. - 1994. - V.16. - P. 171-181.

249. Murad, H.A. Does Helicobacter pylori eradication therapy trigger or protect against Crohn's / H.A. Murad // Acta Gastro-Enterologica Belgica. - 2016. -V.79. - 9.171-181.

250. Mushtaq, H. Antimicrobial efficacy and prevalence of colicinogenic E. coli in faecal matter of human, cow and sheep. International / H Mushtaq, J Bakht, I Khan, B. Ahmad // Journal of Antimicrobial Agents. - 2021. - V.57. - P.106221.

251. Singh, N. Activation of Gpr109a, receptor for niacin and the commensal metabolite butyrate, suppresses colonic inflammation and carcinogenesis / N. Singh, A. Gurav, S. Sivaprakasam, E. Brady, R. Padia, H. Shi, M. Thangaraju, P.D. Prasad, S. Manicassamy, D.H. Munn, J.R. Lee // Immunity. - 2014. - V.40. - P.128-139.

252. Nakamura, S. Flagella-driven motility of bacteria / S. Nakamura, T. Minamino // Biomolecules. - 2019. - V.9. - P. 279.

253. Nougayrède, J.P. Escherichia coli induces DNA double-strand breaks in eukaryotic cells / J.P. Nougayrède, S. Homburg, F. Taieb, M. Boury, E. Brzuszkiewicz, G. Gottschalk, C. Buchrieser, J. Hacker, U. Dobrindt, E. Oswald // Science. - 2006. - V.313. - P.848-851.

254. O'Brien, C.L. Comparative genomics of Crohn's disease-associated adherent-invasive Escherichia coli / C.L. O'Brien, M.-A. Bringer, K.E. Holt, D.M. Gordon, A.L. Dubois, N. Barnich, A. Darfeuille-Michaud, P. Pavli // Gut. - 2017. -V.66. - P.1382-1389.

255. Ochman, H.O. Standard reference strains of Escherichia coli from natural populations / H.O. Ochman, R.K. Selander // Journal of bacteriology. - 1984. - V.157. - P.690-693.

256. Ogura, Y. A frameshift mutation in NOD2 associated with susceptibility to Crohn's disease / Y. Ogura, D.K. Bonen, N. Inohara, D.L. Nicolae, F.F. Chen, R.

Ramos, H. Britton, T. Moran, R. Karaliuskas, R.H. Duerr, J.P. Achkar // Nature. -2001. - V.411. - P.603-606.

257. Ohno, M. Lipopolysaccharide O structure of adherent and invasive Escherichia coli regulates intestinal inflammation via complement C3 / M. Ohno, M. Hasegawa, A. Hayashi, G. Caballero-Flores, C.J. Alteri, T.D. Lawley, N. Kamada, G. Núñez, N. Inohara // PLOS Pathogens. - 2020. - V.16. - P.1-22.

258. Olier, M. Genotoxicity of Escherichia coli Nissle 1917 strain cannot be dissociated from its probiotic activity / M. Olier, I. Marcq, C. Salvador-Cartier, T. Secher, U. Dobrindt, M. Boury, V. Bacquié, M. Penary, E. Gaultier, J.P. Nougayrède, J. Fioramonti // Gut microbes. - 2012. - V.3. - P.501-509.

259. 0rskov, F. Serotyping of Escherichia coli / F. 0rskov, I. 0rskov // Methods in microbiology. - 1984. - V.14. - P.43-112.

260. Ott, S.J. Reduction in diversity of the colonic mucosa associated bacterial microflora in patients with active inflammatory bowel disease / S.J. Ott, M. Musfeldt, D.F. Wenderoth // Gut. - 2004. - V.53. - P.685-693.

261. Palmer, C. Development of the human infant intestinal microbiota / C. Palmer, E.M. Bik, D.B. DiGiulio, D.A. Relman, P.O. Brown // PLOS Biology. -2007. - V.5. - P.1556-1573.

262. Palmieri, O. Crohn's disease localization displays different predisposing genetic variants / O. Palmieri, F. Bossa, M.R. Valvano, G. Corritore, T. Latiano, G. Martino, R. D'Incà, S. Cucchiara, M. Pastore, M. D'Altilia, D. Scimeca // PlOS ONE. - 2017. - V.12. - P.1-13.

263. Pascual, G. Nuclear receptors versus inflammation: mechanisms of transrepression / G. Pascual, C.K. Glass // Trends in Endocrinology & Metabolism. -2006. - V.17. - P.321-327.

264. Patwa, L.G. Chronic intestinal inflammation induces stress-response genes in commensal Escherichia coli / L.G. Patwa, T.J. Fan, S. Tchaptchet, Y. Liu, Y.A. Lussier, R.B. Sartor, J.J. Hansen // Gastroenterology. - 2011. -V.141. -P.1842-1851.

265. Penders, J. Factors influencing the composition of the intestinal microbiota in early infancy / J. Penders, C. Thijs, C. Vink, F.F. Stelma, B. Snijders, I. Kummeling, P.A. van den Brandt, E.E. Stobberingh // Pediatrics - 2006. - V.118. -P.511-521.

266. Pérez-Cobas, A.E. Differential effects of antibiotic therapy on the structure and function of human gut microbiota / A.E. Pérez-Cobas, A. Artacho, H. Knecht, M.L. Ferrús, A. Friedrichs, S.J. Ott, A. Moya, A. Latorre, M.J. Gosalbes // PLOS ONE. - 2013. - V.8. - P.1-13.

267. Petersen, C. Defining dysbiosis and its influence on host immunity and disease / C. Petersen, J.L. Round // Cellular microbiology. - 2014. - V.16. - P.1024-1033.

268. Pirzer, U. Reactivity of infiltrating T lymphocytes with microbial antigens in Crohn's disease / U. Pirzer, A. Schönhaar, B. Fleischer, E. Hermann, K.H. Meyer zum Büschenfelde // Lancet. - 1991. -V.338. - P.1238-1239.

269. Pomares, M.F. Sensitization of microcin J25-resistant strains by a membrane-permeabilizing peptide / M.F. Pomares, M.A. Delgado, N.S. Corbalán, R.N. Farias, P.A.Vincent // Applied and environmental microbiology. - 2010. - V.76. - P. 6837-6842.

270. Pramoonjago, P. Role of TraT protein, an anticomplementary protein produced in Escherichia coli by R100 factor, in serum resistance / P. Pramoonjago, M. Kaneko, T. Kinoshita, E. Ohtsubo, J. Takeda, K.S. Hong, R Inagi, K. Inoue // The Journal of Immunology. - 1992. - V.148. - P.827-836.

271. Qi, W. EcMLST: an online database for multi locus sequence typing of pathogenic Escherichia coli / W. Qi, D.W. Lacher, A.C. Bumbaugh, K.E. Hyma, L.M. Ouellette, T.M. Large, C.L. Tarr, T.S. Whittam // InProceedings. 2004 IEEE Computational Systems Bioinformatics Conference. - 2004. - P. 520-521.

272. Quevrain, E. Identification of an anti-inflammatory protein from Faecalibacterium prausnitzii, a commensal bacterium deficient in Crohn's disease / E. Quévrain, M.A. Maubert, C. Michon, F. Chain, R. Marquant, J. Tailhades, S.

Miquel, L. Carlier, L.G. Bermüdez-Humaran, B. Pigneur, O. Lequin // Gut. - 2016. -V.65. - P.415-425.

273. Raisch, J. Colon cancer-associated B2 Escherichia coli colonize gut mucosa and promote cell proliferation / J. Raisch, E. Buc, M. Bonnet, P. Sauvanet, E. Vazeille, A. De Vallée, P. Déchelotte, C. Darcha, D. Pezet, R. Bonnet, M.A. Bringer // World Journal of Gastroenterology: WJG. - 2014. - V.20. - P.6560-6572.

274. Rakitina, D.V. Genome analysis of E. coli isolated from Crohn's disease patients / D.V. Rakitina, A.I. Manolov, A.V. Kanygina, S.K. Garushyants, J.P. Baikova, D.G. Alexeev, V.G. Ladygina, E.S. Kostryukova, A.K. Larin, T.A. Semashko, I.Y. Karpova // BMC Genomics. - 2017. - V.18. - P.1-7

275. Ramana, C. Complex roles of Stat1 in regulating gene expression / C.V. Ramana, M. Chatterjee-Kishore, H. Nguyen, G.R. Stark // Oncogene. - 2000. - V.19. - P.2619-2627.

276. Ravi, A. Integrons in the intestinal microbiota as reservoirs for transmission of antibiotic resistance genes / A. Ravi, E. Avershina, J. Ludvigsen, T.M. L'Abée-Lund, K. Rudi // Pathogens. - V.2014. - V.3. - P. 238-248.

277. Rhodes, J.M. The role of Escherichia coli in inflammatory bowel disease / J.M. Rhodes // Gut. - 2007. - V.56. - P.610-612.

278. Riley, M. A. Bacteriocins: evolution, ecology, and application / M.A. Riley, J.E. Wertz // Annual Reviews in Microbiology - 2002. - V.56. - P. 117-137.

279. Roda, G. Crohn's disease / G. Roda, S. Chien Ng, P.G. Kotze, M. Argollo, R. Panaccione, A. Spinelli, A. Kaser, L. Peyrin-Biroulet, S. Danese // Nature Reviews Disease Primers. - 2020. - V.6. - P.1-9.

280. Rolhion, N. Strong decrease in invasive ability and outer membrane vesicle release in Crohn's disease-associated adherent-invasive Escherichia coli strain LF82 with the yfgL gene deleted / N. Rolhion, N. Barnich, L. Claret, A. Darfeuille-Michaud, // Journal of bacteriology - 2005. - V.187. - P.2286-2296.

281. Rolhion, N. OmpC and the gE regulatory pathway are involved in adhesion and invasion of the Crohn's disease-associated Escherichia coli strain LF82

/ N. Rolhion, F.A. Carvalho, A. Darfeuille-Michaud // Molecular Microbiology. -2007. - V.63. - P.1684-1700.

282. Rolhion, N. The endoplasmic reticulum stress response chaperone: Gp96, a host receptor for Crohn disease-associated adherent-invasive Escherichia coli / N. Rolhion, P. Hofman, A. Darfeuille-Michaud // Gut Microbes. - 2011. - V.2. - P. 115-119.

283. Russell, A.B. Type VI secretion delivers bacteriolytic effectors to target cells / A.B. Russell, R.D. Hood, N.K. Bui, M. LeRoux, W. Vollmer, J.D. Mougous // Nature. - 2011. - V.475. - P.343-347.

284. Russell, A.B. Diverse type VI secretion phospholipases are functionally plastic antibacterial effectors / A.B. Russell, M. LeRoux, K. Hathazi, D.M. Agnello, T. Ishikawa, P.A. Wiggins, S.N. Wai, J.D. Mougous // Nature. - 2013. - V.496. -P.508-512.

285. Rüthlein, J. Immunoglobulin G (IgG), IgG1, and IgG2 determinations from endoscopic biopsy specimens in control, Crohn's disease, and ulcerative colitis subjects / J. Rüthlein, M. Ibe, W. Burghardt, J. Mössner, I.O. Auer // Gut - 1992. -V.33. - P.507-512.

286. Sabri, M. Contribution of the SitABCD, MntH, and FeoB metal transporters to the virulence of avian pathogenic Escherichia coli O78 strain chi7122 / M. Sabri, M. Caza, J. Proulx, M.H. Lymberopoulos, A. Bree, M. Moulin-Schouleur, R. Curtiss 3rd, C.M. Dozois // Infection and immunity. - 2008. - V.76. - P.601-611.

287. Sam, M.D. Regulation of directionality in bacteriophage lambda site-specific recombination: structure of the Xis protein / M.D. Sam, C.V. Papagiannis, K.M. Connolly, L. Corselli, J. Iwahara, J. Lee, M. Phillips, J.M. Wojciak, R.C. Johnson, R.T. Clubb // Journal of molecular biology - 2002. - V.324. - P.791-805.

288. Sana, T.G. Internalization of Pseudomonas aeruginosa strain PAO1 into epithelial cells is promoted by interaction of a T6SS effector with the microtubule network / T.G. Sana, C. Baumann, A. Merdes, C. Soscia, T. Rattei, A. Hachani, C.

Jones, K.L. Bennett, A. Filloux, G. Superti-Furga, R. Voulhoux // mBio - 2015. -V.6. - P.1-11.

289. Sasaki, M. Invasive Escherichia coli are a feature of Crohn's disease / M. Sasaki, S.V. Sitaraman, B.A. Babbin, P. Gerner-Smidt, E.M. Ribot, N. Garrett, J.A. Alpern, A. Akyildiz, A.L. Theiss, A. Nusrat, J.M. Klapproth // Laboratory investigation - 2007.- V.87. - P.1042-1054.

290. Sassone-Corsi, M. Microcins mediate competition among Enterobacteriaceae in the inflamed gut / M. Sassone-Corsi, S.P. Nuccio, H. Liu, D. Hernandez, C.T. Vu, A.A. Takahashi, R.A. Edwards, M. Raffatellu // Nature. - 2016. - V.540. - P.280-283.

291. Savageau, M.A. Escherichia coli habitats, cell types, and molecular mechanisms of gene control / M.A. Savageau // The american naturalist - 1983. -V.122. - P.732-744.

292. Sha, S. The biodiversity and composition of the dominant fecal microbiota in patients with inflammatory bowel disease / S. Sha, B. Xu, X. Wang, Y. Zhang, H. Wang, X. Kong, H. Zhu, K. Wu // Diagnostic microbiology and infectious disease. - 2013. - V.75. - P.245-251.

293. Schäffler, H. Mucosa-attached bacterial community in Crohn's disease coheres with the clinical disease activity index / H. Schäffler, D.P. Herlemann, C. Alberts, A. Kaschitzki, P. Bodammer, K. Bannert, T. Köller, P. Warnke, B. Kreikemeyer, G. Lamprecht // Environmental microbiology reports - 2016. - V.8. -P.614-621.

294. Schaller, K. Colicin M is an inhibitor of murein biosynthesis / K. Schaller, J.V. Höltje, V. Braun // Journal of Bacteriology - 1982. - V.152. - P.994-1000.

295. Scheppach, W. Effects of short chain fatty acids on gut morphology and function / W. Scheppach // Gut - 1994. - V. 35. - P.35-38.

296. Schierack, P. E. coli Nissle 1917 affects Salmonella adhesion to porcine intestinal epithelial cells / P. Schierack, S. Kleta, K. Tedin, J.T. Babila, S. Oswald,

T.A. Oelschlaeger, R. Hiemann, S. Paetzold, L.H. Wieler // PLOS ONE - 2011. -V.6. - P.1-10.

297. Schinner, S.A. Escherichia coli EDL933 requires gluconeogenic nutrients to successfully colonize the intestines of streptomycin-treated mice precolonized with E. coli Nissle 1917 / S.A. Schinner, M.E. Mokszycki, J. Adediran, M. Leatham-Jensen, T. Conway, P.S. Cohen // Infection and immunity. - 2015. -V.83. - P.1983-1991.

298. Schramm, E. Nucleotide sequence of the colicin B activity gene cba: consensus pentapeptide among TonB-dependent colicins and receptors / E. Schramm, J. Mende, V. Braun, R.M. Kamp // Journal of bacteriology - 1987. - V.169. -P.3350-3357.

299. Schroeder, B.O. Bifidobacteria or fiber protects against diet-induced microbiota-mediated colonic mucus deterioration / B.O. Schroeder, G.M. Birchenough, M. Stählman, L. Arike, M.E. Johansson, G.C. Hansson, F. Bäckhed // Cell Host & Microbe - 2018. - V.23. - P.27-40.

300. Sevrin, G. Adaptation of adherent-invasive E. coli to gut environment: Impact on flagellum expression and bacterial colonization ability / G. Sevrin, S. Massier, B. Chassaing, A. Agus, J. Delmas, J. Denizot, E. Billard, N. Barnich, // Gut Microbes. - 2020. - V.11. - P.364-380.

301. Silverberg, M.S. Toward an integrated clinical, molecular and serological classification of inflammatory bowel disease: report of a Working Party of the 2005 Montreal World Congress of Gastroenterology / M.S. Silverberg, J. Satsangi, T. Ahmad, I.D. Arnott, C.N. Bernstein, S.R. Brant, R. Caprilli, J.F. Colombel, C. Gasche, K. Geboes, D.P. Jewell // Canadian journal of gastroenterology. - 2005. - V.1. - P. 5-36.

302. Singer-Englar, T. Obesity, diabetes, and the gut microbiome: an updated review / T. Singer-Englar, G. Barlow, R. Mathur // Expert review of gastroenterology & hepatology. - 2019. - V.13. - P.3-15.

303. Smati, M. Real-time PCR for quantitative analysis of human commensal Escherichia coli populations reveals a high frequency of subdominant phylogroups / M. Smati, O. Clermont, F. Le Gal, O. Schichmanoff, F. Jauréguy, A. Eddi, E. Denamur, B. Picard // Applied and Environmental Microbiology. - 2013. - V.79. -P.5005-5012.

304. Schneider, T. Plant-made Salmonella bacteriocins salmocins for control of Salmonella pathovars / T. Schneider, S. Hahn-Löbmann, A. Stephan, S. Schulz, A. Giritch, M. Naumann, M. Kleinschmidt, D. Tusé, Y. Gleba // Scientific reports. -2018. - V.8. - P.1-10.

305. Sokol, H. Faecalibacterium prausnitzii is an anti-inflammatory commensal bacterium identified by gut microbiota analysis of Crohn disease patients / H. Sokol, B. Pigneur, L. Watterlot, O. Lakhdari, L.G. Bermúdez-Humarán, J.J. Gratadoux, S. Blugeon, C. Bridonneau, J.P. Furet, G. Corthier, C. Grangette // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2008. - V.105. - P.16731-16736.

306. Solari, P.R. Tempered enthusiasm for fecal transplant / P.R. Solari, P.G. Fairchild, L.J. Noa, M.R. Wallace // Clinical Infectious Diseases. - 2014. - V.59. -P.319.

307. Stetinova, V. Caco-2 cell monolayer integrity and effect of probiotic Escherichia coli Nissle 1917 components / V. Stetinova, L. Smetanova, J. Kvetina, Z. Svoboda, Z. Zidek, H. Tlaskalova-Hogenova // Neuroendocrinology Letters - 2010. -V.31. - P.51-56.

308. Sun, W. Multi-organism bacteremia after fecal microbiota transplantation for relapsing Clostridium difficile infection / W. Sun, A. Arunachalam, S. Siddique, D. Zandman // Official journal of the American College of Gastroenterology. - 2014. - V.109. - P.420.

309. Suskind, D.L. Fecal microbial transplant effect on clinical outcomes and fecal microbiome in active Crohn's disease / D.L. Suskind, M.J. Brittnacher, G.

Wahbeh, M.L. Shaffer, H.S. Hayden, X. Qin, N. Singh, C.J. Damman, K.R. Hager,

H. Nielson, S.I. Miller // Inflammatory Bowel Diseases. - 2015. - 21. - P.556-563.

310. Tabaqchali, S. Escherichia coli antibodies in patients with inflammatory bowel disease / S. Tabaqchali, D.P. O'Donoghue, KA. Bettelheim // Gut. - 1978. - V. 19. - P. 108-113.

311. Takahashi, K. Reduced abundance of butyrate-producing bacteria species in the fecal microbial community in Crohn's disease / K. Takahashi, A. Nishida, T. Fujimoto, M. Fujii, M. Shioya, H. Imaeda, O. Inatomi, S. Bamba, A. Andoh, M. Sugimoto // Digestion. - 2016. - V.93. - P.59-65.

312. Tarasova, E. The influence of probiotic Enterococcus faecium strain L5 on the microbiota and cytokines expression in rats with dysbiosis induced by antibiotics / E. Tarasova, E. Yermolenko, V. Donets, Z. Sundukova, A. Bochkareva,

I. Borschev, M. Suvorova, I. Ilyasov, V. Simanenkov, A. Suvorov // Beneficial microbes. - 2010. - V.1. -P.265-270.

313. Tarr, P.I. Iha: a novel Escherichia coli O157: H7 adherence-conferring molecule encoded on a recently acquired chromosomal island of conserved structure / P.I. Tarr, S.S. Bilge, J.C. Vary Jr, S. Jelacic, R.L. Habeeb, T.R. Ward, M.R. Baylor, T.E. Besser // Infection and immunity. - 2000. - V.68. - P. 1400-1407.

314. Tenaillon, O. The population genetics of commensal Escherichia coli / O. Tenaillon, D. Skurnik, B. Picard, E. Denamur // Nature reviews microbiology. -2010. - V.8. - P.207-217.

315. Toliver-Kinsky, T. H2S, a bacterial defense mechanism against the host immune response / T. Toliver-Kinsky, W. Cui, G. Törö, S.J. Lee, K. Shatalin, E. Nudler, C. Szabo // Infection and immunity - 2019. - V.87. - P.1-11.

316. Torres, A.G. TonB-dependent systems of uropathogenic Escherichia coli: aerobactin and heme transport and TonB are required for virulence in the mouse / A.G. Torres, P. Redford, R.A. Welch, S.M. Payne // Infection and immunity. -2001. - V.69. - P.6179-6185.

317. Torres, J. Crohn's disease / J. Torres, S. Mehandru, J.F. Colombel, L. Peyrin-Biroulet // The Lancet - 2017. - 389. - P.1741-1755.

318. Torres, J. Serum biomarkers identify patients who will develop inflammatory bowel diseases up to 5 years before diagnosis / J. Torres, F. Petralia, T. Sato, P. Wang, S.E. Telesco, R. Strauss, X.J. Li, R.M. Laird, R.L. Gutierrez, C.K. Porter, S. Plevy // Gastroenterology. - 2020. -V.159. - P.96-104.

319. Touchon, M. Organised genome dynamics in the Escherichia coli species results in highly diverse adaptive paths / M. Touchon, C. Hoede, O. Tenaillon, V. Barbe, S. Baeriswyl, P. Bidet, E. Bingen, S. Bonacorsi, C. Bouchier, O. Bouvet, A. Calteau // PLOS Genetics - 2009. - V.5. - P.1-25.

320. Tran, H. T. Chitinase 3-like 1 synergistically activates IL6-mediated STAT3 phosphorylation in intestinal epithelial cells in murine models of infectious colitis / H.T. Tran, I.A. Lee, D. Low, A. Kamba, A. Mizoguchi, H.N. Shi, C.G. Lee, J.A. Elias, E. Mizoguchi // Inflammatory Bowel Disease. - 2014. - V.20. - P.835-846.

321. Trubiano, J.A. Faecal microbiota transplantation for severe Clostridium difficile infection in the intensive care unit / J.A. Trubiano, B. Gardiner, J.C. Kwong, P. Ward, A.G. Testro, P.G. Charles // European Journal of Gastroenterology & Hepatology. - 2013. - V.25. - P.255-257.

322. Trujillo, M. ATP synthase is necessary for microcin H47 antibiotic action / M. Trujillo, E. Rodriguez, M. Lavina // Antimicrobial agents and chemotherapy - 2001. - V.45. - P.3128-3131.

323. Tsuji, M. Dynamic interactions between bacteria and immune cells leading to intestinal IgA synthesis / M. Tsuji, K. Suzuki, K. Kinoshita, S. Fagarasan // Seminars in immunology - 2008. - V.20. - P.59-66.

324. Turnbaugh, P.J. A core gut microbiome in obese and lean twins / P.J. Turnbaugh, M. Hamady, T. Yatsunenko, B.L. Cantarel, A. Duncan, R.E. Ley, M.L. Sogin, W.J. Jones, B.A. Roe, J.P. Affourtit, M. Egholm // Nature - 2009. - V.457. -P.480-484.

325. Tursi, A. Onset of Crohn's disease after Helicobacter pylori eradication / A. Tursi // Inflammatory Bowel Diseases. - 2006. - V. 12. - P.1008-1009.

326. Udholm, L.S. A systemic review and metaanalysis of postoperative outcomes in urgent and elective bowel resection in patients with Crohn's disease / L.S. Udholm, S.L. Rasmussen, T.K. Madsb0ll, M. Omairi, A. El-Hussuna // International Journal of Colorectal Disease. - 2021. - V.36. - P.253-263.

327. Valibouze, C. Post-surgical recurrence of Crohn's disease: situational analysis and future prospects / C. Valibouze, P. Desreumaux, P. Zerbib // Journal of Visceral Surgery. - 2021. - V.158. - P.401-410.

328. Van der Waaij, L.A. Immunoglobulin coating of faecal bacteria in inflammatory bowel disease / L.A. Van der Waaij, F.G. Kroese, A. Visser, G.F. Nelis, B.D. Westerveld, P.L. Jansen, J.O. Hunter // European journal of gastroenterology & hepatology. - 2004. - V. 16. - P.669-674.

329. Van Der Wal, FJ. Bacteriocin release proteins: mode of action, structure, and biotechnological application / F.J. Van Der Wal, J. Luirink, B. Oudega // FEMS microbiology reviews. - 1995. - V. 17. - P.381-399.

330. van Elsas, J. D. Survival of Escherichia coli in the environment: fundamental and public health aspects / J. D. van Elsas, A. V. Semenov, R. Costa., J. T. Trevors // ISME J. - 2011. - V.5. - P.173-183

331. Vangay, P. Antibiotics, pediatric dysbiosis, and disease / P. Vangay, T. Ward, J.S. Gerber, D. Knights // Cell Host & Microbe. - 2015. -V. 17. - P.553-564.

332. Vassiliadis, G. Isolation and characterization of two members of the siderophore-microcin family, microcins M and H47 / G. Vassiliadis, D. Destoumieux-Garz o n, C. Lombard, S. Rebuffat, J. Peduzzi // Antimicrobial agents and chemotherapy - 2010. - V.54. - P.288-297.

333. Vester-Andersen, M.K. Increased abundance of proteobacteria in aggressive Crohn's disease seven years after diagnosis / M.K. Vester-Andersen, H.C. Mirsepasi-Lauridsen, M.V. Prosberg, C.O. Mortensen, C. Träger, K. Skovsen, T.

Thorkilgaard, C. N0jgaard, I. Vind, K.A. Krogfelt, N. S0rensen // Scientific reports -2019. - V.9. - P.1-10.

334. Vieira, G. Core and panmetabolism in Escherichia coli / G. Vieira, V. Sabarly, P.Y. Bourguignon, M. Durot, F. Le Fevre, D. Mornico, D. Vallenet, O. Bouvet, E. Denamur, V. Schachter, C. Medigue // Journal of bacteriology - 2011. -V.193. - P.1461-1472

335. Virta, L. Association of repeated exposure to antibiotics with the development of pediatric Crohn's disease—a nationwide, register-based Finnish case-control study / L. Virta, A. Auvinen, H. Helenius, P. Huovinen, K.L. Kolho // American journal of epidemiology - 2012. - V. 175. - P.775-784.

336. von Martels, J.Z. Sadabad MS, Bourgonje AR, Blokzijl T, Dijkstra G, Faber KN, Harmsen HJ. The role of gut microbiota in health and disease: In vitro modeling of host-microbe interactions at the aerobe-anaerobe interphase of the human gut / J.Z. von Martels, M.S. Sadabad, A.R. Bourgonje, T. Blokzijl, G. Dijkstra, K.N. Faber, H.J. Harmsen // Anaerobe - 2017. - V.44. - P.3-12.

337. Wallenstein, A. ClbR is the key transcriptional activator of colibactin gene expression in Escherichia coli / A. Wallenstein, N. Rehm, M. Brinkmann, M. Selle, N. Bossuet-Greif, D. Sauer, B. Bunk, C. Spröer, H.T. Wami, S. Homburg, R. von Bünau // MSphere - 2020. - V.5. - P.1-24.

338. Waller, K.M. An update on fecal microbiota transplantation for the treatment of gastrointestinal diseases / K.M. Waller, R.W. Leong, S. Paramsothy // Journal of Gastroenterology and Hepatology. - 2022. - V.37. -P.246-255.

339. Wang, L. Organization of Escherichia coli O157 O antigen gene cluster and identification of its specific genes / L. Wang, P.R. Reeves // Infection and Immunity. - 1998. - V.66. - P.3545-3551.

340. Wang, L. Species-wide variation in the Escherichia coli flagellin (Hantigen) gene / L. Wang, D. Rothemund, H. Curd, P.R. Reeves // Journal of Bacteriology - 2003. = V.185. - P.2936-2943.

341. Waters, N.R. Easy phylotyping of Escherichia coli via the EzClermont web app and command-line tool / N.R. Waters, F. Abram, F. Brennan, A. Holmes, L. Pritchard // Access Microbiology - 2020. - V.2. - P.1-5.

342. Weaver, C.A. Mode of action of colicin Ib formation of ion-permeable membrane channels / C.A. Weaver, B.L. Kagan, A. Finkelstein, J. Konisky // Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembranes - 1981. - V.645. - P.137-142.

343. Wehkamp, J. A new look at Crohn's disease: breakdown of the mucosal antibacterial defense / Wehkamp J, Stange EF . // Annals of the New York Academy of Sciences - 2006. - V.1072. - P.321-331.

344. Whitfield, C. Structure, function and synthesis of surface polysaccharides in Escherichia coli / C. Whitfield, W.J. Keenleyside, B.R. Clarke // Escherichia coli in Domestic Animals and Humans, CAB International, Wallingford. - 1994. - P.437-494.

345. Wintjens, D. Disease activity patterns of Crohn's disease in the first ten years after diagnosis in the population-based IBD South Limburg cohort / D. Wintjens, F. Bergey, E. Saccenti, S. Jeuring, T. van den Heuvel, M. RombergCamps, L. Oostenbrug, A. Masclee, V. Martins dos Santos, D. Jonkers, M. Pierik // Journal of Crohn's and Colitis - 2021. - V.15. - P.391-400.

346. Wirth, T. Sex and virulence in Escherichia coli, an evolutionary perspective / T. Wirth, D. Falush, R. Lan, F. Colles, P. Mensa, L.H. Wieler, H. Karch, P.R. Reeves, M.C. Maiden, H. Ochman, M. Achtman // Molecular Microbiology - 2006. - V.60. - P.1136-1151.

347. Wright, E.K. Recent advances in characterizing the gastrointestinal microbiome in Crohn's disease: a systematic review / E.K. Wright, M.A. Kamm, S.M. Teo, M. Inouye, J. Wagner, C.D. Kirkwood // Inflammatory Bowel Diseases. -2015. - V.21. - P.1219-1228.

348. Woodmansey, E.J. Comparison of compositions and metabolic activities of fecal microbiotas in young adults and in antibiotic-treated and non-antibiotic-treated elderly subjects / E.J. Woodmansey, M.E. McMurdo, G.T.

Macfarlane, S. Macfarlane // Applied and Environmental Microbiology. - 2004. -V.70. - P.6113-6122.

349. Wooley, J.C. Metagenomics: facts and artifacts, and computational challenges / J.C. Wooley, Y. Ye // Journal of computer science and technology -2010. - V.25. - P.71-81.

350. Wu, X.W. Meta-analysis of ciprofloxacin in treatment of Crohn's disease / X.W. Wu, H.Z. Ji, F.Y. Wang // Biomedical reports - 2015. - V.3. - P.70-74.

351. Yang, C.C. Colicin V-treated Escherichia coli does not generate membrane potential / C.C.Yang, J. Konisky Journal of bacteriology - 1984. - V.158. - P.757-759.

352. Yilmaz, B. Microbial network disturbances in relapsing refractory Crohn's disease / B. Yilmaz, P. Juillerat, O. 0yäs, C. Ramon, F.D. Bravo, Y. Franc, N. Fournier, P. Michetti, C. Mueller, M. Geuking, V.E. Pittet // Nature medicine -2019. - V.25. - P.323-319

353. Zhang, Y. Identification of candidate adherent-invasive E. coli signature transcripts by genomic/transcriptomic analysis / Y. Zhang, L. Rowehl, J.M. Krumsiek, E.P. Orner, N. Shaikh, P.I. Tarr, E. Sodergren, G.M. Weinstock, E.C. Boedeker, X. Xiong, J. Parkinson // PLOS ONE - 2015. - V.10. - P.1-20.

354. Zingler, G. Aerobactin production and dulcitol fermentation in clonal groups of Escherichia coli O1: K1 strains from urinary tract infections / G. Zingler, W. Nimmich, G. Naumann, W. Rabsch, R. Reissbrodt // FEMS microbiology letters -1988. - V.49. - P. 489-491.

355. Zoetendal, E.G. High-throughput diversity and functionality analysis of the gastrointestinal tract microbiota/ E.G. Zoetendal, M. Rajilic-Stojanovic, W.M. de Vos // Gut - 2008. - V.57. - P.1605-1615.