Белки с двойными функциями, участвующие в инициации и терминации трансляции эукариот тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Шувалова Екатерина Юрьевна

• Шувалова Екатерина Юрьевна
• кандидат наук
• 2022

Оглавление диссертации кандидат наук Шувалова Екатерина Юрьевна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Трансляция эукариот

1.1.1. Инициация

1.1.2. Элонгация

1.1.3. Терминация

1.1.4. Рециклинг

1.2. Дополнительные факторы терминации трансляции и белки, взаимодействующие с ними

1.2.2. Факторы, взаимодействующие с PABP, PAIP1 и PAIP2

1.2.3. Опухолевый супрессор PDCD4

1.2.4. Фактор инициации eIF3J

1.2.5. Белок - ингибитор трансляции Nsp1

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Материалы

2.1.1. Бактериальные штаммы и плазмиды

2.1.2. Используемые среды

2.1.3. Используемые буферы и реактивы

2.1.4. Используемые антитела

2.1.5. Используемые ферменты

2.1.6. Используемые праймеры

2.2. Методы

2.2.1. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)

2.2.2. Электрофорез ДНК в агарозном геле

2.2.3. Выделение ДНК фрагментов из агарозного геля

2.2.4. Обработка ДНК эндонуклеазами рестрикции

2.2.5. Лигирование ДНК фрагментов

2.2.6. Трансформация плазмид в Е. соП

2.2.7. Анализ клонов методом ПЦР

2.2.8. Выделение плазмидной ДНК из бактерий

2.2.9. Секвенирование ДНК

2.2.10. Электрофорез белков в денатурирующем ПААГ

2.2.11. Вестерн-блот гибридизация

2.2.12. Получение мРНК

2.2.13. Клонирование, экспрессия и выделение PDPC4, PAIP1, PAIP2, Nsp1 и eIF3j

2.2.14. Сборка претерминационного комплекса на MVHL мРНК (preTC (MVHL)

2.2.15. Анализ эффективности формирования терминационных комплексов

2.2.16. Анализ высвобождения пептида

2.2.17. Анализ связывания рибосом и рибосомных комплексов

2.2.18. Анализ ГТФазной активности

2.2.19. Статистическая обработка данных

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ

3.1 Роль белков, взаимодействующих с PABP, в терминации трансляции

3.1.1. Активность PDCD4 в терминации трансляции

3.1.2.1. PAIP1 и PAIP2 подавляют синтез белка в бесклеточной системе трансляции

3.2. Роль в терминации трансляции белков, вовлеченных в рециклинг рибосом

3.2.1. Активность вирусного белка Nsp1 в терминации трансляции

3.2.2. Почему белки, ингибирующие трансляцию, стимулируют терминацию трансляции?

3.2.3. Активность eIF3j в терминации трансляции

3.2.4. Конкуренция Nsp1 и eIF3j в инициации и терминации трансляции

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

Список использованной литературы

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ADP - аденозиндифосфат ATP - аденозинтрифосфат GTP - гуанозинтрифосфат

PABP - Polyadenine Binding Protein (поли-А-связывающий белок)

PAIP - Polyadenylate-binding protein-interacting protein

PVDF - поливинилиденфторид

RLU - относительные единицы флуоресценции

rfu - относительные единицы флуоресценции

а. о. - аминокислотный остаток

кДНК - комплементарная дезоксирибонуклеиновая кислота

мРНК - матричная рибонуклеиновая кислота

мРНП - мессенджер-рибонуклеопротеиды

НТО - нетранслируемая область

ORF - открытая рамка считывания

uORF - короткая открытая рамка считывания

ПААГ - полиакриламидный гель

преТК - претерминационный комплекс

ПТЦ - пептидил-трансферазный центр

тРНК - транспортная рибонуклеиновая кислота

ТК - терминационный комплекс

постТК - постерминационный комплекс

eEF - эукариотический фактор элонгации трансляции

eIF - эукариотический фактор инициации трансляции

eRF - эукариотический фактор терминации трансляции

GST - глутатион^-трансфераза

dNTP - дезоксинуклеотидтрифосфаты

ПТЦ - пептидил-трансферазный центр

PAM - PABP Associated Motif

RRM - RNA Recognition Motif

о.е. - относительные единицы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Белки с двойными функциями, участвующие в инициации и терминации трансляции эукариот»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

Биосинтез белка (трансляция) в клетке осуществляется путем декодирования информации, заключенной в последовательности мРНК, и перевода этой информации в полипептидную цепь. Трансляцию можно разделить на четыре этапа: инициация, элонгация, терминация и рециклинг. мРНК транслируется по направлению от 5'к 3' концу, от стартового кодона до стоп кодона основной рамки считывания. Считается, что мРНК может принимать вид закрытой петли или closed-loop структуры благодаря белок-белковым взаимодействиям факторов, ассоциированных с ее 5' и 3' концевыми участками. При этом факторы инициации, локализованные около 5' конца мРНК, сближаются с белками на 3' конце мРНК, участвующими в терминации трансляции. Из-за пространственного сближения факторов инициации и терминации трансляции друг с другом возникает вопрос возможности их взаимного влияния друг на друга. Имеются немногочисленные сообщения о некоторых факторах способных оказывать влияние на инициацию и терминацию трансляцию одновременно, однако в целом этот вопрос не изучен. Таким образом исследования влияния факторов инициации на терминацию трансляции, проведенные в настоящей работе, являются актуальными.

В данной работе были изучены активности пяти белковых факторов, участвующих в инициации трансляции или регулирующих её, и потенциально способных регулировать терминацию трансляции. Три из них являются ингибиторами инициации трансляции -опухолевый супрессор PDCD4 (programmed cell death 4), белок, взаимодействующий с поли(А)-связывающим белком PABP 2 (PAIP2), а также белок коронавируса SARS-CoV-2 Nsp1 (nonstructural protein 1). Два других исследованных белка - j субъединица фактора инициации трансляции эукариот eIF3 (eIF3j) и белок, взаимодействующий с поли(А)-связывающим белком PABP 1 (PAIP1), активируют инициацию трансляции. Для всех пяти белков по опубликованным ранее данным имеются косвенные указания на их возможное участие в стадии терминации трансляции, которое и было исследовано в данной работе.

Первый белок, активность которого в трансляции была исследована - опухолевый супрессор PDCD4. PDCD4 изначально был идентифицирован как ген, экспрессия которого увеличивается во время апоптоза [1]. Показано, что PDCD4 способен регулировать трансляцию на этапе инициации и элонгации. Кроме того, он способен эффективно связывать поли(А)-связывающий белок (PABP), который как было показано ранее в нашей лаборатории, участвует в терминации трансляции, через взаимодействие с фактором терминации eRF3a [2]. Взаимодействие c PABP обусловило актуальность изучения возможного участия PDCD4 в

терминации трансляции. Мы впервые показали, что PDCD4, независимо от PABP, способен участвовать в терминации трансляции, стимулируя связывание факторов терминации с рибосомой, увеличивая ГТФазную активность фактора терминации eRF3 и стимулируя диссоциацию eRF3 из пост-терминационного комплекса, что приводит к значительной стимуляции гидролиза пептидил-тРНК факторами терминации трансляции. Таким образом, обнаружен интересный эффект: PDCD4, ингибирующий трансляцию на этапе инициации, существенно стимулирует терминацию трансляции.

Следующие два белка, исследованные в данной работе, PAIP1 и PAIP2, являются факторами, регулирующими активность PABP, с противоположными функциями. PAIP1 одновременно взаимодействует с двумя участками РАВР и стимулирует трансляцию мРНК с поли(А) хвостами, в свою очередь PAIP2 конкурирует с PAIP1 за связывание с PABP и способен разрушать взаимодействие PABP с поли(А)-хвостом [3,4]. Так как PABP стимулирует инициацию трансляции, связываясь с фактором инициации eIF4G при формировании closed-loop структуры, эти белки опосредовано регулируют также инициацию трансляции. Взаимодействие с PABP позволяет рассматривать эти белки как возможные модуляторы терминации трансляции. В данной работе мы показали, что оба фактора способны регулировать терминацию трансляции, изменяя эффективность гидролиза пептидил-тРНК in vitro. Более того, PAIP1 был способен стабилизировать терминационные комплексы, независимо от PABP. Однако, PAIP1 и PAIP2, в концентрациях достаточных для стимулирования терминации трансляции, ингибировали общую трансляцию в клетке. Таким образом, белки PAIP1 и PAIP2 разнонаправленно регулируют противоположные этапы биосинтеза белка.

Четвертый белок, роль которого в терминации трансляции мы изучали в данной работе -eIF3j - фактор инициации трансляции эукариот, первоначально описанный как слабо связывающаяся субъединица фактора eIF3 человека [5-7]. Было показано, что eIF3j человека ассоциируется с 40S субъединицами рибосомы независимо от eIF3 и существенно улучшает связывание eIF3 с 40S субъединицей in vitro [8]. Согласно исследованию функциональной активности дрожжевого гомолога eIF3j - HCR1, было обнаружено, что он вовлечен в регуляцию терминации трансляции [9]. Эксперименты in vivo показали, что делеция hcrl увеличивает сквозное прочтение стоп кодонов и приводит к накоплению eRF3 во фракциях, содержащих тяжелые полисомы, обогащенные терминационными комплексами [9]. В то же время, показано что eIF3j млекопитающих участвует в рециклинге рибосом [10]. Все это обусловило актуальность изучения в рамках данной работы роли eIF3j в терминации на модельных системах трансляции млекопитающих. Было показано, что eIF3j стимулирует терминацию трансляции в присутствии

eRF3 на этапе распознавания стоп кодона, что в дальнейшем ведет к стимулированию гидролиза пептидил-тРНК. Тем не менее eIF3j не стимулировал ГТФазную активность eRF3. Мы также показали, что eIF3j эффективно связывается с претерминационными (преТК) и терминационными (ТК) комплексами рибосом, что влечет за собой привлечение в рибосому фактора eRF3.

Пятый белок - Nspl коронавируса SARS-CoV-2, это первый синтезирующийся в клетке хозяина полипептид при заражении вирусом. Известно, что после того, как Nsp1 попадает в цитоплазму, происходит его связывание с 40 S рибосомами и блокировка трансляции мРНК хозяина [11]. Кроме того, NSP1 блокирует экспорт мРНК из клеточного ядра [12]. Таким образом, NSP1 первый белок коронавируса и важнейший для захвата аппарата клеточной трансляции вирусом. Многофункциональность и важность этого белка в вирусном патогенезе обуславливают актуальность его дальнейшего изучения, особенно в связи с продолжающейся пандемией COVID-19. Недавно расшифрованы 80S рибосомные комплексы, содержащие Nsp1, которые могут включать в себя некоторые факторы трансляции, такие как фактор рециклинга ABCE1 , а также фактор терминации eRF1 [13]. Эти данные стали предпосылками для изучения роли вирусного ингибитора инициации трансляции Nsp1 в терминации трансляции. Мы показали, что Nsp1 способен стабилизировать формирование терминационных комплексов и значительно усиливать гидролиз пептидил-тРНК. Обнаруженные эффекты были специфичны, так как полностью пропадали при одиночных заменах определенных аминокислотных остатках Nsp1. Таким образом, для вирусного Nspl наблюдается такая же закономерность: сильное ингибирование трансляции на этапе инициации сопровождается сильной стимуляцией терминации трансляции.

Интересно, что место взаимодействия eIF3j с рибосомой совпадает с местом связывания Nsp1 с 40S. Поэтому актуальным было также изучение конкуренции eIF3j с Nsp1 в трансляции. Мы показали, что при определенных условиях избыток eIF3j немного снижает ингибирующий эффект NSP1 на трансляцию. Кроме того, совместное присутствие этих факторов приводит к костимуляции терминации трансляции. Это говорит о том, что NSP1 имеет большее сродство к рибосомам и способен эффективно ингибировать трансляцию в присутствии eIF3j.

Таким образом нами показано, что некоторые факторы трансляции эукариот имеют двойные функции и могут работать как на этапе инициации, так и на этапе терминации трансляции. Более того, часть из них влияет на эти этапы противоположным образом: ингибируя инициацию трансляции и при этом стимулируя терминацию. Данная диссертационная работа

посвящена исследованию этого феномена и описанию молекулярного механизма работы таких белков.

Цели и задачи

Цель работы: исследовать влияние на терминацию трансляции белков, участвующих в инициации трансляции человека или регулирующих ее.

Задачи:

1. Изучить влияние белков PAIP1 и PAIP2 человека на терминацию трансляции.

2. Изучить влияние белка PDCD4 человека на терминацию трансляции.

3. Изучить влияние белка Nspl вируса SARS-CoV-2 на терминацию трансляции человека.

4. Изучить влияние фактора инициации eIF3j человека на терминацию трансляции.

Научная новизна, теоретическая и практическая значимость работы

Как уже было сказано, мРНК в клетках могут образовывать closed-loop структуру, в результате чего пространственно сближаются и могут взаимодействовать факторы, локализованные на 5' концевых участках мРНК, участвующие в инициации, и факторы на 3'-концевых участках мРНК, участвующие в терминации трансляции. Логично предположить, что такое пространственное сближение этих факторов предполагает вероятность участия факторов инициации в терминации трансляции и наоборот. Однако работы направленных на изучение такой возможности ранее не проводились. В этой работе мы впервые исследовали влияние на терминацию ряда факторов, для которых хорошо известна роль в инициации трансляции, а именно: PDCD4, PAIP1, PAIP2, eIF3j, а также белка Nsp1 коронавируса SARS-CoV-2.

Большинство исследований, посвященных функционированию PDCD4 в клетках, заключается в оценке уровня его экспрессии под действием различных факторов. Различными in vitro методами было показано, что этот белок работает как регулятор инициации трансляции, транскрипции и клеточного цикла. Имеющиеся в нашей лаборатории методы позволяют изучить механизм синтеза белка в реконструированной in vitro системе, собранной из отдельных компонентов аппарата трансляции. Используя такой подход, мы впервые показали, что PDCD4 участвует в терминации трансляции, стимулируя связывание факторов терминации с рибосомой, увеличивая ГТФазную активность eRF3 и способствуя диссоциации eRF3 из пост-терминационного комплекса.

Для белков PAIP1 и PAIP2 ранее имелись данные об их стимулирующей (для PAIP1) и ингибирующей активностях (для PAIP2) в инициации трансляции эукариот. Мы в данной работе исследуем их способность влиять на терминацию трансляции, напрямую участвуя в стабилизации терминационного комплекса и стимуляции гидролиза пептидил-тРНК.

eIF3j, вероятно, способен функционировать независимо от фактора инициации eIF3 в эукариотической трансляции, и есть доказательства, подтверждающие его участие в инициации, терминации и рециклинге рибосом [10]. Однако нет исследований, которые четко разъясняют механизмы активности eIF3j в терминации трансляции и идентифицируют белки, с которыми взаимодействует eIF3j. Мы впервые показали, что eIF3j стимулирует терминацию трансляции и определили стадию, на которой он функционирует. Эксперименты по связыванию eIF3j с факторами терминации и рибосомными комплексами подтвердили его прямое участие в терминации трансляции. Мы пришли к выводу, что eIF3j обеспечивает связывание комплекса eRF1-eRF3-GTP с А-сайтом рибосомы.

В ходе выполнения данной работы было показано, что белок коронавируса Nsp 1 способен не только подавлять инициацию трансляции, связывая 40S субъединицы, но и участвовать в эффективной терминации эукариот. Эти результаты являются приоритетными и позволяют более детально описать механизм его работы в трансляции. Проведенный в работе анализ мутантных форм Nsp 1 и доменов еЯР 1 позволил впервые определить, что Nsp 1 стимулирует терминацию трансляции за счет взаимодействия своим ^концевым участком с КМ-доменом eRF 1. Мы также обнаружили, что за связывание и ингибирование 40 S субъединиц рибосом и за стимуляцию терминации трансляции отвечают разные участки Nsp 1.

Детальное исследование молекулярных механизмов различных этапов трансляции, в частности терминации трансляции имеет большую теоретическую и практическую значимость. Трансляция — один из ключевых клеточных процессов. А терминация — один из этапов, на котором может осуществляться регуляция клеточной трансляции. Регулируя скорость терминации трансляции, клетка потенциально способна реагировать мгновенным изменением представленности уже синтезированных белков, ожидающих гидролиза в претерминационных комплексах. Помимо этого, в норме, большая часть рибосом в клетке находится в активном состоянии и транслируют белки. Ингибиторы трансляции, такие как PDCD4 и Nsp1, блокируют синтез белка преимущественно на этапе инициации трансляции. Стимулируя терминацию трансляции, эти факторы ускоряют переход рибосом в состояние компетентное для инициации трансляции, что в итоге в присутствии ингибиторов ускоряет подавление трансляции. Теоретическая значимость работы заключается в обнаружении нами новой функции на стадии

терминации для известных факторов трансляции PDCD4, PAIP1, PAIP2, Nspl и eIF3j, для которых участие в терминации трансляции не было показано ранее. Практическая значимость работы заключается в том, что более полная картина понимания функционирования этих белков позволит оптимизировать терапию заболеваний, связанных с изменениями экспрессии этих белков в клетке. Так, например, описанный механизм активности в терминации трансляции супрессора опухолей PDCD4 может быть использован при разработке терапевтических подходов к лечению рака и других серьезных заболеваний, в патогенезе которых участвует PDCD4. Кроме того измененная экспрессия при разных видах рака наблюдается также для других изученных нами факторов: eIF3j и PAIP1 [14-20]. Поэтому исследования роли eIF3j и PAIP1 в терминации трансляции могут быть полезны для разработки методов диагностики и терапии онкологических заболеваний. Для PAIP2 была показана роль регулятора трансляции мРНК в мозге млекопитающих и вовлечение в процесс, имеющий решающее значение для синаптической пластичности, обучения и формирования памяти [21]. Так же было показано изменение уровня аутоиммунных антител к PAIP2 при болезни Альцгеймера и когнитивных нарушениях [22]. В связи с этим новые знания об участии PAIP2 в терминации трансляции могут быть полезны в уточнении модели функционирования данного белка при локальной трансляции в нейронах. Подробное описание механизма действия Nspl может быть использовано для поиска эффективных ингибиторов захвата вирусом трансляционного аппарата клетки. Также недавно было обнаружено, что PAIP1 задействован в патогенезе SARS-CoV-2 и связываясь с SUD доменом вирусного белка Nsp3 стимулирует трансляцию вирусных мРНК [23]. Поэтому новые данные о роли PAIP1 и Nsp 1 в терминации трансляции могут быть полезны в контексте изучения патогенеза SARS-CoV-2 и разработке подходов к лечению COVID-19.

Методология и методы исследования

Работа выполнена с применением классических и уникальных молекулярно-биологических подходов. Молекулярный механизм действия дополнительных факторов терминации трансляции изучали с помощью реконструированной in vitro системы трансляции млекопитающих [24]. Очищенные компоненты трансляционного аппарата - рибосомы человека и кролика, факторы инициации и элонгации трансляции человека, мРНК и тРНК, использовались для получения преТК. Дальнейшие эксперименты по определению активности факторов терминации в присутствии и отсутствии изучаемых белков проводились на очищенных в градиенте сахарозы преТК. Этапы терминации трансляции изучали с помощью toe print анализа, гидролиз пептидил-тРНК - с помощью анализа высвобождения пептида с нанолюциферазой,

связывание факторов с рибосомами - методом центрифугирования рибосомных комплексов в градиенте сахарозы с последующей детекцией белков вестерн-блот гибридизацией.

Положения, выносимые на защиту;

1. Белки PAIP1 и PAIP2 напрямую регулируют терминацию трансляции, увеличивая эффективность гидролиза пептидил-тРНК в присутствии eRF1.

2. PDCD4 человека увеличивает эффективность терминации трансляции независимо от PABP, стимулируя формирование терминационных и пост-терминационных комплексов, а также стимулируя ГТФазную активность фактора терминации eRF3a.

3. PDCD4 связывается с рибосомными комплексами в присутствии eRF 1 и регулирует их взаимодействие с eRF3a.

4. eIF3j стимулирует высвобождение пептида из терминирующей рибосомы в присутствии комплекса факторов терминации eRF1-eRF3a.

5. eIF3j связывается с претерминационными комплексами, а eRF3a-GTP дестабилизирует это связывание.

6. Белок Nsp1 вируса SARS-CoV-2 значительно усиливает терминацию трансляции, способствуя формированию терминационных комплексов и гидролизу пептидил-тРНК.

Личный вклад соискателя;

Основные результаты работы получены автором лично или при его непосредственном участии.

Степень достоверности и апробация результатов исследования;

Результаты, полученные в ходе выполнения диссертационной работы, были опубликованы в виде пяти статей в рецензируемых научных журналах и представлены на международных конференциях:

Публикации:

1. Shuvalova, E., Egorova, T., Ivanov, A., Shuvalov, A., Biziaev, N., Mukba, S., Pustogarov, N.,

Terenin, I., Alkalaeva, E. Discovery of a novel role of tumor suppressor PDCD4 in stimulation

of translation termination. // Journal of Biological Chemistry. - 2021. - Т. 297. - №. 5.

2. Shuvalov, A., Shuvalova, E., Biziaev, N., Sokolova, E., Evmenov, K., Pustogarov, N., Arnautova, A., Matrosova V., Alkalaeva, E. (2021). Nsp1 of SARS-CoV-2 stimulates host translation termination. //RNA biology. - 2021. - Т. 18. - №. sup2. - С. 804-817.

3. Egorova, T., Biziaev, N., Shuvalov, A., Sokolova, E., Mukba, S., Evmenov, K., Zotova, M., Kushchenko, A., Shuvalova, E., Alkalaeva, E. eIF3j facilitates loading of release factors into the ribosome. // Nucleic acids research. - 2021. - Т. 49. - №. 19. - С. 11181-11196.

4. Egorova, T., Sokolova, E., Shuvalova, E., Matrosova, V., Shuvalov, A., Alkalaeva, E. Fluorescent toeprinting to study the dynamics of ribosomal complexes. // Methods. - 2019. - Т. 162. - С. 54-59.

5. Ivanov, A., Shuvalova, E., Egorova, T., Shuvalov, A., Sokolova, E., Bizyaev, N., Shatsky, I., Terenin, I., Alkalaeva, E. (2019). Polyadenylate-binding protein-interacting proteins PAIP1 and PAIP2 affect translation termination. // Journal of Biological Chemistry. - 2019. - Т. 294. - №. 21. - С. 8630-8639.

Материалы конференций:

1. Evmenov, K., Shuvalova, E., Biziaev, N., Mukba, S., Shuvalov, A., Sokolova, E., Alkalaeva, E. Modulation of eukaryotic release factors activity by eIF3j //FEBS OPEN BIO. - 111 RIVER ST, HOBOKEN 07030-5774, NJ USA : WILEY, 2021. - Т. 11. - С. 157-157.

2. Shuvalova, E., Ivanov, A., Shuvalov, A., Biziaev, N., Pustogarov, N., Terenin, I., Alkalaeva, E. Programmed cell death protein 4 affects translation termination and undergoes proteolysis in cell lysate //FEBS OPEN BIO. - 111 RIVER ST, HOBOKEN 07030-5774, NJ USA : WILEY, 2021. - Т. 11. - С. 153-153.

3. Egorova, T., Shuvalova, E., Biziaev, N., Mukba, S., Shuvalov, A., Sokolova, E., & Alkalaeva, E. Reconstruction of multifactor human translation termination complex //FEBS OPEN BIO. -111 RIVER ST, HOBOKEN 07030-5774, NJ USA : WILEY, 2021. - Т. 11. - С. 79-79.

4. А.В. Шувалов, Е.Ю. Шувалова, Н.С. Бизяев, Е.Е. Соколова, К.С. Евменов, Т.В. Егорова, Е.З. Алкалаева. Активация терминации трансляции белком Nspl вируса SARS-CoV-2 // Шорник тезисов докладов, Т. 2. - С.15., III объединенный научный форум физиологов, биохимиков и молекулярных биологов, Сочи-Дагомыс, 2021

5. Т.В. Егорова, Е.Ю. Шувалова, Н.С. Бизяев, Е.Е. Соколова, К.С. Евменов, C.A. Мукба, А.В. Шувалов, Е.З. Алкалаева. Влияние белка eIF3j человека на функционирование факторов терминации трансляции //Сборник тезисов докладов, Т. 2. - С.15., III объединенный научный форум физиологов, биохимиков и молекулярных биологов, Сочи-Дагомыс, 2021

6. Ivanov, A., Shuvalova, E., Egorova, T., Terenin, I., Shuvalov, A., Alkalaeva E. PDCD4 enhances translation termination in vitro. Protein synthesis and Translational control EMBO Workshop, Heidelberg, Germany, 4-7 сентября 2019

7. Взаимодействующие с PABP белки, PAIP1 и PAIP2, участвуют в терминации трансляции //Сборник тезисов Международного Конгресса «VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы», Санкт-Петербург, 2019

8. Е.Ю. Шувалова, A.B. Иванов, И.М. Теренин, А.В. Шувалов, Т.В. Егорова, Е.З. Алкалаева PDCD4 активирует терминацию трансляции in vitro //Сборник тезисов V международной конференции "П0СТГЕН0М'2018" в поисках моделей персонализированной медицины, Казань, 2018

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Трансляция эукариот

Трансляция — это процесс, при котором генетическая информация, закодированная в мРНК, преобразуется в аминокислотную последовательность белка. Трансляцию можно разделить на четыре этапа: инициация, элонгация, терминация и рециклинг. У эукариот на этапе инициации 40S субъединица рибосомы связывает 5'-конец мРНК и последовательно сканирует ее в поисках стартового кодона в компетентном для инициации трансляции нуклеотидном контексте. При попадании в P (peptidyl) сайт рибосомы стартового кодона, происходит его связывание с инициаторной Ме^тРНК^ и сборка 80S рибосомы. В процессе элонгации аминоацил-тРНК входят в акцепторный (А) сайт, где происходит декодирование последующих кодонов мРНК. Далее происходит удлинение полипептидной цепи посредством образования пептидной связи между С-концевой аминокислотой метионина в составе Ме^тРНК^6* в P-сайте и аминоацил-тРНК в A-сайте с переносом растущей полипептидной цепи на аминоацил-тРНК. После этого мРНК транслоцируются таким образом, что пептидил-тРНК из А-сайта перемещается в P-сайт, а следующий кодон мРНК перемещается в А сайт и процесс повторяется. Терминация происходит, когда в А-сайте рибосомы оказывается стоп кодон, и синтезированный пептид высвобождается из рибосомы. На этапе рециклинга рибосомные субъединицы диссоциируют, высвобождая мРНК и деацилированную тРНК и создаются условия для осуществления следующего раунда инициации.

1.1.1. Инициация

1.1.1.1. Подготовка мРНК к трансляции, образование мРНП комплексов

Для эукариотической мРНК характерно наличие кэпа (m7GpppG) на 5'-конце, защищающего РНК от деградации, а также 5' нетранслируемой области (5' -НТО), которая может содержать короткие открытые рамки считывания (uORFs). После 5'-НТО располагается основная кодирующая последовательность, начинающаяся стартовым кодоном в оптимальном для инициации трансляции нуклеотидном контексте и заканчивающаяся стоп кодоном, и следующими за ним 3'-НТО с поли^) последовательностью на З'-конце [25]. Кэп на 5'конце мРНК распознается мультифакторным белковым комплексом eIF4F, через белок eIF4E. В комплекс eIF4F, помимо кэп-связывающего eIF4E, входят РНК-хеликаза eIF4A и скаффолдный белок eIF4G. Кэп укладывается между двумя остатками Trp на вогнутой поверхности eIF4E, а eIF4G, связываясь с N-концевым участком eIF4E, вызывает в нем структурные изменения, повышающие сродство eIF4E к кэпу [26,27]. C другой стороны, с 3' конца мРНК с поли(А)-

хвостом связывается поли(А)-связывающий белок PABP. Известно, что eIF4G связывает и координирует работу белков eIF4E, eIF4A и PABP, сближая 5' и 3' концевые области мРНК, таким образом в некоторых случаях мРНК приобретает closed-loop структуру [28-30] (Рисунок 1).

Рисунок 1. Схема инициации трансляции эукариот. Инициация начинается с образования тройного комплекса, содержащего в1Е2 • ОТР и инициаторную тРНК (1). Тройной комплекс рекрутируется на 40Б субъединицу с помощью вШ 1, 1А, 3 и 5 с образованием 43Б преинициаторного комплекса (2). мРНК связывается факторами в1Е4 и РАВР с образованием активированного мРНП,

которая затем рекрутируется на 43S комплекс. После его связывания на 5'-конце, мРНК сканируется, чтобы определить местонахождение стартового (AUG) кодона (3). Распознавание стартового кодона запускает высвобождение eIF1 и гидролиз GTP, связанного с eIF2, останавливая процесс сканирования. eIF2*GDP и eIF5 диссоциируют, освобождая пространство для eIF5B, способствующего присоединению 60S субъединицы (6). За ассоциацией субъединиц следует гидролиз GTP с помощью eIF5B и диссоциация факторов с образованием 80S инициаторного комплекса. На основе [31] с изменениями. Рисунок выполнен с помощью Biorender.com [32].

1.1.1.2. Формирование 43S преинициаторного комплекса После того, как мРНК связалась с необходимыми факторами, она готова к инициации трансляции. Параллельно с этим процессом идет подготовка рибосомы. Рибосомы перед трансляцией диссоциированы на большую 60S и малую 40S субъединицы. Так как трансляция представляет собой цикличный процесс, то рибосомы с успешно завершенного предыдущего цикла поставляются для начала новой трансляции в виде отдельных субъединиц, связанных с определенными факторами, участвующими как в рециклинге, так и в инициации. Малая субъединица рибосом 40 S связана факторами eIF3, eIF 1 и eIF 1A. Затем на рибосому привлекается инициаторная Met-тРНКiMet с помощью фактора инициации eIF2, который формирует тройной комплекс eIF2*GTP*Met-тРНКiMet. Этот тройной комплекс связывается с 40S рибосомной субъединицей кооперативно с eIF3, eIF1 и eIFIA, образуя 43S преинициаторный комплекс (рисунок 1).

Фактор инициации eIF3 млекопитающих массой ~800 кДа состоит из 13 субъединиц (eIF3a-eIF3m). Субъединицы eIFs 3a, 3c, 3e, 3k, 3l, 3m содержат состоящие из спиральных повторов домены PCI (от «протеасома COP9 eIF3»), за которыми следует домен типа «крылатой спирали». eIF3f и eIF3h содержат способствующие сборке мультибелковых комплексов домены MPN (Mpr1/Pad1, N-terminal), состоящие из Р-ствола, окруженного а-спиралями и дополнительными Р-цепями [33]. Ядро PCI/MPN формирует стабильный октамер, такая структура встречается в 26S протеасоме и принимает аналогичную пятилепестковую форму [3335]. Остальные субъединицы eIF3 (eIF3b, eIF3d, eIF3g) содержат RRM домены, домены Р-пропеллеров WD (eIF3b, eIF3i) и Zn-связывающий мотив (eIF3g) и, вероятно, имеют гибкое прикрепление к ядру PCI/MPN [34,36]. Также к этому мультисубъединичному комплексу относят лабильную субъединицу eIF3j, которая имеет важную регуляторную роль. eIF3 перемещается вдоль всей 40S субъединицы [37,38], рекрутируя и координируя элементы трансляционного аппарата путем взаимодействия с мРНК и факторами eIF4G, eIF1, eIFIA, eIF2, eIF4B и eIF5 [39,40].

Факторы инициации eIF1 и eIF1A представляют собой небольшие мономерные белки, которые кооперативно связываются с 40S субъединицей [41] и располагаются на её интерфейсе: eIF 1 связывается с P сайтом вблизи Met-rPHKiMet [42,43], а eIF1A с А сайтом (рисунок 2). Их связывание с 40S-субъединицами вызывает открытие «щеколды» входного канала мРНК, образованного шпилькой h18 в «теле» и h34, rpS3e в «клюве» малой субъединицы рибосомы [44]. Эти взаимодействия обеспечивают точность инициации и стимулируют сканирование лидерной последовательности мРНК. В кооперации с eIF1A, eIF1 также способствует рекрутированию тройного комплекса eIF2*GTP*Met-тРНКiMet рибосомами. Корректное формирование кодон-антикодоновой пары приводит к усилению взаимодействия eIF1A-40S и диссоциации eIF1 [45].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Шувалова Екатерина Юрьевна, 2022 год

Список использованной литературы

1. Shibahara K. et al. Isolation of a novel mouse gene MA-3 that is induced upon programmed cell death // Gene. 1995. Vol. 166, № 2. P. 297-301.

2. Ivanov A. et al. PABP enhances release factor recruitment and stop codon recognition during translation termination // Nucleic Acids Res. 2016. Vol. 44, № 16. P. 7766-7776.

3. Roy G. et al. Paip1 Interacts with Poly ( A ) Binding Protein through Two Independent Binding Motifs // Mol. Cell. Biol. 2002. Vol. 22, № 11. P. 3769-3782.

4. Karim M.M. et al. A mechanism of translational repression by competition of Paip2 with eIF4G for poly(A) binding protein (PABP) binding // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006. Vol. 103, № 25. P. 9494-9499.

5. Hashem Y. et al. Structure of the mammalian ribosomal 43S preinitiation complex bound to the scanning factor DHX29 // Cell. Elsevier Inc., 2013. Vol. 153, № 5. P. 1108.

6. Querol-Audi J. et al. Architecture of human translation initiation factor 3 // Structure. 2013. Vol. 21, № 6. P. 920-928.

7. Zhou M. et al. Mass spectrometry reveals modularity and a complete subunit interaction map of the eukaryotic translation factor eIF3 // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008. Vol. 105, № 47. P. 18139-18144.

8. Fraser C.S. et al. eIF3j Is Located in the Decoding Center of the Human 40S Ribosomal Subunit // Mol. Cell. 2007. Vol. 26, № 6. P. 811-819.

9. Beznoskova P. et al. Translation Initiation Factors eIF3 and HCR1 Control Translation Termination and Stop Codon Read-Through in Yeast Cells // PLoS Genet. 2013. Vol. 9, № 11. P. 5099-5111.

10. Young D.J., Guydosh N.R. Hcr1/eIF3j Is a 60S Ribosomal Subunit Recycling Accessory Factor In Vivo // Cell Rep. ElsevierCompany., 2019. Vol. 28, № 1. P. 39-50.e4.

11. Lapointe C.P. et al. Dynamic competition between SARS-CoV-2 NSP1 and mRNA on the human ribosome inhibits translation initiation // Proc. Natl. Acad. Sci. 2021. Vol. 118, № 6. P. e2017715118.

12. Zhang K. et al. Nspl protein of SARS-CoV-2 disrupts the mRNA export machinery to inhibit host gene expression // Sci. Adv. 2021. Vol. 7, № 6. P. 1-12.

13. Thoms M. et al. Structural basis for translational shutdown and immune evasion by the Nsp1 protein of SARS-CoV-2 // Science (80-. ). 2020. Vol. 369, № 6508. P. 1249-1256.

14. Patel K.D. et al. Transcriptome profiling and pathway analysis in squamous cell carcinoma of buccal mucosa // Exp. Mol. Pathol. Elsevier, 2020. Vol. 113, № December 2019. P. 104378.

15. Wei L. et al. Interfering Eukaryotic Translation Initiation Factor 3 Subunit J Antisense RNA1 Inhibits the Proliferation, Migration, and Invasion of Lung Cancer A549 Cells by Regulating microRNA-330-5p // Nanosci. Nanotechnol. Lett. 2020. Vol. 12, № 9. P. 1099-1105.

16. Piao J. et al. Paip1 affects breast cancer cell growth and represents a novel prognostic biomarker // Hum. Pathol. 2018. Vol. 73. P. 33-40.

17. KIM H. et al. High Paip1 Expression as a Potential Prognostic Marker in Hepatocellular Carcinoma // In Vivo (Brooklyn). 2020. Vol. 34, № 5. P. 2491-2497.

18. Wang Y. et al. Paip1 predicts poor prognosis and promotes tumor progression through AKT/GSK-3ß pathway in lung adenocarcinoma // Hum. Pathol. 2019. Vol. 86. P. 233-242.

19. Guan H. et al. Role of Paip1 on angiogenesis and invasion in pancreatic cancer // Exp. Cell Res. 2019. Vol. 376, № 2. P. 198-209.

20. Li N. et al. Indicated Poor Prognosis in Cervical Cancer and Promoted Cervical Carcinogenesis. // Cancer Res Treat. 2019. Vol. 51, № 4. P. 1653-1665.

21. Khoutorsky A. et al. Control of synaptic plasticity and memory via suppression of poly(A)-Binding protein // Neuron. Elsevier Inc., 2013. Vol. 78, № 2. P. 298-311.

22. Shim S.M. et al. A combination of multiple autoantibodies is associated with the risk of Alzheimer's disease and cognitive impairment // Sci. Rep. 2022. Vol. 12, № 1. P. 1-11.

23. Lei J. et al. The SARS-unique domain (SUD) of SARS-CoV and SARS-CoV-2 interacts with human Paip1 to enhance viral RNA translation // EMBO J. 2021. Vol. 40, № 11. P. e102277.

24. Alkalaeva E.Z. et al. In Vitro Reconstitution of Eukaryotic Translation Reveals Cooperativity between Release Factors eRF1 and eRF3 // Cell. 2006. Vol. 125, № 6. P. 1125-1136.

25. A. Kahvejian, G. Roy, N. Sonenberg. The mRNA Closed-loop Model: The Function of PABP and PABP-interacting Proteins in mRNA Translation. 2001. Vol. LXVI.

26. Gross J.D. et al. Ribosome loading onto the mRNA cap is driven by conformational coupling between eIF4G and eIF4E // Cell. 2003. Vol. 115, № 6. P. 739-750.

27. Volpon L. et al. Cap-free structure of eIF4E suggests a basis for conformational regulation by its ligands // EMBO J. 2006. Vol. 25, № 21. P. 5138-5149.

28. Matsuo H. et al. Structure of translation factor elF4E bound to m7GDP and interaction with 4E-binding protein // Nat. Struct. Biol. Elsevier Inc., 1997. Vol. 4, № 9. P. 731-745.

29. Haghighat A., Sonenberg N. eIF4G Dramatically Enhances the Binding of eIF4E to the mRNA 5 '-Cap Structure // J Biol Chem. 1997. Vol. 272, № 35. P. 21677-21680.

30. Wells S.E. et al. Circularization of mRNA by eukaryotic translation initiation factors // Mol. Cell. 1998. Vol. 2, № 1. P. 135-140.

31. Fraser C.S., Doudna J.A. Structural and mechanistic insights into hepatitis C viral translation initiation // Nat. Rev. Microbiol. 2007. Vol. 5, № 1. P. 29-38.

32. Biorender.com [Electronic resource]. URL: https://app.biorender.com/.

33. Enchev R.I. et al. Article Structural Insights into the COP9 Signalosome and Its Common Architecture with the 26S Proteasome Lid and eIF3 // Structure. Elsevier Ltd, 2010. Vol. 18, № 4. P. 518-527.

34. Sun C. et al. Functional reconstitution of human eukaryotic translation initiation factor 3 (elF3) // PNAS. 2011. Vol. 108, № 51. P. 20473-20478.

35. Beck F. et al. Near-atomic resolution structural model of the yeast 26S proteasome // PNAS. 2012. Vol. 109, № 37. P. 14870-14875.

36. Marintchev A., Wagner G. Translation initiation : structures , mechanisms and evolution // Q. Rev. Biophys. 2004. Vol. 4, № 3/4. P. 197-284.

37. Erzberger J.P. et al. Molecular Architecture of the 40S-eIF1-eIF3 Translation Initiation Complex // Cell. 2014. Vol. 158, № 5. P. 1123-1135.

38. Aylett C.H.S. et al. Structure of a Yeast 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j initiation complex // Nat. Struct. Mol. Biol. 2015. Vol. 22, № 3. P. 269-271.

39. Hinnebusch A.G. eIF3 : a versatile scaffold for translation initiation complexes // TRENDS Biochem. Sci. 2006. Vol. 31, № 10. P. 553-562.

40. Valasek L.S. ' Ribozoomin ' - Translation Initiation from the Perspective of the Ribosome-bound Eukaryotic Initiation Factors ( eIFs ) // Leo Shivaya Valaek. 2012. Vol. 13. P. 305-330.

41. Maag D., Lorsch J.R. Communication between eukaryotic translation initiation factors 1 and 1A on the yeast small ribosomal subunit // J. Mol. Biol. 2003. Vol. 330, № 5. P. 917-924.

42. Lomakin I.B. et al. Position of eukaryotic initiation factor eIF1 on the 40S ribosomal subunit determined by directed hydroxyl radical probing // Genes Dev. 2003. Vol. 17, № 22. P. 27862797.

43. Rabl J. et al. Crystal structure of the eukaryotic 40S ribosomal subunit in complex with initiation factor 1 // Science (80-. ). 2011. Vol. 331, № 6018. P. 730-736.

44. Passmore L.A. et al. The Eukaryotic Translation Initiation Factors eIF1 and eIF1A Induce an Open Conformation of the 40S Ribosome // Mol. Cell. 2007. Vol. 26, № 1. P. 41-50.

45. Maag D. et al. A Conformational Change in the Eukaryotic Translation Preinitiation Complex and Release of eIF1 Signal Recognition of the Start Codon // Mol. Cell. 2005. Vol. 17. P. 265275.

46. Sudhakar A. et al. Phosphorylation of serine 51 in initiation factor 2a (eIF2a) promotes complex formation between eIF2a(P) and eIF2B and causes inhibition in the guanine nucleotide exchange activity of eIF2B // Biochemistry. 2000. Vol. 39, № 42. P. 12929-12938.

47. Kolitz S.E., Lorsch J.R. Eukaryotic initiator tRNA: Finely tuned and ready for action // FEBS Lett. Federation of European Biochemical Societies, 2010. Vol. 584, № 2. P. 396-404.

48. Aitken C.E., Lorsch J.R. A mechanistic overview of translation initiation in eukaryotes // Nat. Struct. Mol. Biol. 2012. Vol. 19, № 6. P. 568-576.

49. Konieczny A., Safer B. Purification of the eukaryotic initiation factor 2-eukaryotic initiation factor 2B complex and characterization of its guanine nucleotide exchange activity during protein

synthesis initiation. // J. Biol. Chem. 1983. Vol. 258, № 5. P. 3402-3408.

50. Shin B.-S. et al. Initiation Factor eIF2y Promotes eIF2-GTP-Met-tRNAi Met Ternary Complex Binding to the 40S Ribosome // Nat Struct Mol Biol. 2011. Vol. 18, № 11. P. 1227-1234.

51. Olsen D.A.S. et al. Domains of eIF1A that mediate binding to eIF2, eIF3 and eIF5B and promote ternary complex recruitment in vivo // EMBO J. 2003. Vol. 22, № 2. P. 193-204.

52. Óze§ A.R. et al. Duplex unwinding and ATPase activities of the DEAD-box helicase eIF4A are coupled by eIF4G and eIF4B // J. Mol. Biol. 2011. Vol. 412, № 4. P. 674-687.

53. Liu F., Putnam A., Jankowsky E. ATP hydrolysis is required for DEAD-box protein recycling but not for duplex unwinding // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008. Vol. 105, № 51. P. 2020920214.

54. Yu Y. et al. Position of eukaryotic translation initiation factor eIF1A on the 40S ribosomal subunit mapped by directed hydroxyl radical probing // Nucleic Acids Res. 2009. Vol. 37, № 15. P. 51675182.

55. Parsyan A. et al. The helicase protein DHX29 promotes translation initiation , cell proliferation , and tumorigenesis // PNAS. 2009. Vol. 106, № 52. P. 22217-22222.

56. Hinnebusch A.G. Molecular Mechanism of Scanning and Start Codon Selection in Eukaryotes Molecular Mechanism of Scanning and Start Codon Selection in Eukaryotes // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2011. Vol. 75, № 3. P. 434-467.

57. Aylett C.H.S., Ban N. Eukaryotic aspects of translation initiation brought into focus // Phil. Trans. R. Soc. B. 2016. Vol. 372. P. 1-8.

58. Pestova T. V et al. The joining of ribosomal subunits in eukaryotes requires eIF5B // Nature. 2000. Vol. 403, № 6767. P. 332-335.

59. Acker M.G. et al. Interaction between Eukaryotic Initiation Factors 1A and 5B Is Required for Efficient Ribosomal Subunit Joining * // J. Biol. Chem. 2006. Vol. 281, № 13. P. 8469-8475.

60. Fernández I.S. et al. Molecular Architecture of a Eukaryotic Translational Initiation Complex // Science (80-. ). 2013. Vol. 342, № 6160. P. 1240585-1240585.

61. Rodnina M. V., Wintermeyer W. Recent mechanistic insights into eukaryotic ribosomes // Curr.

Opin. Cell Biol. 2009. Vol. 21, № 3. P. 435-443.

62. Спирин А.С. Молекулярная биология. Рибосомы и биосинтез белка. Академия, 2011.

63. Andersen G.R. et al. Structural Basis for Nucleotide Exchange and Competition with tRNA in the Yeast Elongation Factor Complex eEF1A : eEF1B ^ // Mol. Cell,. 2000. Vol. 6. P. 1261-1266.

64. Andersen G.R., Nissen P., Nyborg J. Elongation factors in protein biosynthesis // TRENDS Biochem. Sci. 2003. Vol. 28, № 8. P. 434-441.

65. Lareau L.F. et al. Distinct stages of the translation elongation cycle revealed by sequencing ribosome-protected mRNA fragments // Elife. 2014. Vol. 2014, № 3. P. 1-16.

66. Dever T.E., Dinman J.D., Green R. Translation Elongation and Recoding in Eukaryotes // s Cold Spring Harb Perspect Biol. 2018. Vol. 10. P. 1-19.

67. Frank J., Agrawal R.K. A ratchet-like inter-subunit reorganization of the ribosome during translocation // Nature. 2000. Vol. 406, № July. P. 318-322.

68. Zhang W., Dunkle J.A., Cate J.H.D. Structures of the ribosome in intermediate states of ratcheting // Science (80-. ). 2009. Vol. 325, № 5943. P. 1014-1017.

69. Munro J.B. et al. Identification of Two Distinct Hybrid State Intermediates on the Ribosome // Mol. Cell. 2007. Vol. 25, № 4. P. 505-517.

70. Agirrezabala X. et al. Visualization of the Hybrid State of tRNA Binding Promoted by Spontaneous Ratcheting of the Ribosome // Mol. Cell. Elsevier Inc., 2008. Vol. 32, № 2. P. 190197.

71. Behrmann E. et al. Structural Snapshots of Actively Translating Human Article Structural Snapshots of Actively Translating Human Ribosomes // Cell. 2015. Vol. 161. P. 845-857.

72. Budkevich T. et al. Structure and Dynamics of the Mammalian Ribosomal Pretranslocation Complex // Mol. Cell. Elsevier Inc., 2011. Vol. 44, № 2. P. 214-224.

73. Gao Y. et al. The structure of the ribosome with elongation factor G trapped in the post-translocational state // Science (80-. ). 2009. Vol. 326, № 5953. P. 694-699.

74. Lim V.I., Spirin A.S. Stereochemical Analysis of Ribosomal Transpeptidation Conformation of

Nascent Peptide // J. Mol. Biol. 1986. Vol. 188. P. 565-574.

75. Stansfield I. et al. The products of the SUP45 (eRF1) and SUP35 genes interact to mediate translation termination in Saccharomyces cerevisiae // EMBO J. 1995. Vol. 14, № 17. P. 43654373.

76. Zhouravleva G. et al. Termination of translation in eukaryotes is governed by two interacting polypeptide chain release factors, eRF1 and eRF3 // EMBO J. 1995. Vol. 14, № 16. P. 40654072.

77. Eyler D.E., Green R. Distinct response of yeast ribosomes to a miscoding event during translation Distinct response of yeast ribosomes to a miscoding event during translation // RNA. 2011. Vol. 17. P. 925-932.

78. Atkinson G.C. The evolutionary and functional diversity of classical and lesser-known cytoplasmic and organellar translational GTPases across the tree of life // BMC Genomics. 2015. Vol. 16, № 1. P. 1-15.

79. Preis A. et al. Cryoelectron microscopic structures of eukaryotic translation termination complexes containing eRF1-eRF3 or eRF1-ABCE1 // Cell Rep. The Authors, 2014. Vol. 8, № 1. P. 59-65.

80. Song H. et al. The crystal structure of human eukaryotic release factor eRF1 - Mechanism of stop codon recognition and peptidyl-tRNA hydrolysis // Cell. 2000. Vol. 100, № 3. P. 311-321.

81. Chavatte L. et al. The invariant uridine of stop codons contacts the conserved NIKSR loop of human eRF1 in the ribosome // EMBO J. 2002. Vol. 21, № 19. P. 5302-5311.

82. Kolosov P. et al. Invariant amino acids essential for decoding function of polypeptide release factor eRF1 // Nucleic Acids Res. 2005. Vol. 33, № 19. P. 6418-6425.

83. Fan-minogue H. et al. Distinct eRF3 Requirements Suggest Alternate eRF1 Conformations Mediate Peptide Release during Eukaryotic Translation Termination // Mol. Cell. 2008. Vol. 30. P. 599-609.

84. Bulygin K.N. et al. Three distinct peptides from the N domain of translation termination factor eRF1 surround stop codon in the ribosome // RNA. 2010. Vol. 16c. P. 1902-1914.

85. Frolova L.Y.U. et al. Mutations in the highly conserved GGQ motif of class 1 polypeptide release factors abolish ability of human eRF1 to trigger peptidyl-tRNA hydrolysis // RNA. La Trobe University, 1999. Vol. 5. P. 1014-1020.

86. Laurberg M. et al. Structural basis for translation termination on the 70S ribosome // Nature. 2008. Vol. 454, № August. P. 852-857.

87. Weixlbaumer A. et al. Insights into Translational RF2 Bound to the Ribosome // Science (80-. ).

2008. Vol. 322, № November. P. 953-956.

88. Merkulova T.I. et al. C-terminal domains of human translation termination factors eRF 1 and eRF3 mediate their in vivo interaction // FEBS Lett. 1999. Vol. 443, № 1. P. 41-47.

89. Kononenko A. V. et al. Role of the individual domains of translation termination factor eRF1 in GTP binding to eRF3 // Proteins Struct. Funct. Genet. 2008. Vol. 70, № 2. P. 388-393.

90. Cheng Z. et al. Structural insights into eRF3 and stop codon recognition by eRF1 // Genes Dev.

2009. Vol. 23. P. 1106-1118.

91. Ter-avanesyan M.D. et al. Deletion analysis of the SUP35 gene of the yeast Saccharomyces cerevisiae reveals two non-overlapping functional regions in the encoded protein // Mol. Biol. 1993. Vol. 7. P. 683-692.

92. Kushnirov V. V. et al. Nucleotide sequence of the SUP2 (SUP35) gene of Saccharomyces cerevisiae // Gene. 1988. Vol. 66, № 1. P. 45-54.

93. NoHoshino S. et al. The eukaryotic polypeptide chain releasing factor (eRF3/GSPT) carrying the translation termination signal to the 3 '-Poly(A) tail of mRNA. Direct association of erf3/GSPT with polyadenylate-binding protein // J. Biol. Chem. 1999. Vol. 274. P. 16677 16680.

94. Kong C. et al. Crystal structure and functional analysis of the eukaryotic class II release factor eRF3 from S. pombe // Mol. Cell. 2004. Vol. 14, № 2. P. 233-245.

95. Des Georges A. et al. Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1*eRF3*GDPNP // Nucleic Acids Res. 2014. Vol. 42, № 5. P. 3409-3418.

96. Frolova L., Seit-Nebi A., Kisselev L. Highly conserved NIKS tetrapeptide is functionally essential in eukaryotic translation termination factor eRF1 // Rna. 2002. Vol. 8, № 2. P. 129-136.

97. Kryuchkova P. et al. Two-step model of stop codon recognition by eukaryotic release factor eRF 1 // Nucleic Acids Res. 2013. Vol. 41, № 8. P. 4573-4586.

98. Des Georges A. et al. Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1???eRF3???GDPNP // Nucleic Acids Res. 2014. Vol. 42, № 5. P. 3409-3418.

99. Pisarev A. V. et al. The Role of ABCE1 in Eukaryotic Posttermination Ribosomal Recycling // Mol. Cell. 2010. Vol. 37, № 2. P. 196-210.

100. Karcher A., Schele A., Hopfner K. X-ray Structure of the Complete ABC Enzyme ABCE1 from. 2008. Vol. 283, № 12. P. 7962-7971.

101. Barthelme D. et al. Ribosome recycling depends on a mechanistic link between the FeS cluster domain and a conformational switch of the twin-ATPase ABCE1. 2010.

102. Heuer A. et al. Structure of the 40S - ABCE1 post-splitting complex in ribosome recycling and translation initiation. 2017. № June 2016.

103. Shao S. et al. Decoding Mammalian Ribosome-mRNA States by Article Decoding Mammalian Ribosome-mRNA States by Translational GTPase Complexes // Cell. Elsevier, 2016. Vol. 167, № 5. P. 1229-1240.e15.

104. Becker T. et al. Structural basis of highly conserved ribosome recycling in eukaryotes and archaea // Nature. Nature Publishing Group, 2012. Vol. 482, № 7386. P. 501-506.

105. Franckenberg S., Becker T., Beckmann R. Structural view on recycling of archaeal and eukaryotic ribosomes after canonical termination and ribosome rescue // Curr. Opin. Struct. Biol. Elsevier Ltd, 2012. Vol. 22, № 6. P. 786-796.

106. Pisarev A. V., Hellen C.U.T., Pestova T. V. Recycling of Eukaryotic Posttermination Ribosomal Complexes // Cell. 2007. Vol. 131, № 2. P. 286-299.

107. Georges A. et al. Structure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiation complex. 2015.

108. Lomakin I.B. et al. The fidelity of translation initiation : reciprocal activities of eIF1 , IF3 and YciH. 2006. Vol. 25, № 1. P. 196-210.

109. Skabkin M.A. et al. Activities of Ligatin and MCT-1/DENR in eukaryotic translation initiation

and ribosomal recycling // Genes Dev. 2010. Vol. 24, № 16. P. 1787-1801.

110. Chauvin C. et al. Involvement of Human Release Factors eRF3a and eRF3b in Translation Termination and Regulation of the Termination Complex Formation // Mol. Cell. Biol. 2005. Vol. 25, № 14. P. 5801-5811.

111. Kahvejian A., Roy G., Sonenberg N. The mRNA closed-loop model: The function of PABP and PABP-interacting proteins in mRNA translation // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 2001. Vol. 66. P. 293-300.

112. Schmitt C. et al. Dbp5, a DEAD-box protein required for mRNA export, is recruited to the cytoplasmic fibrils of nuclear pore complex via a conserved interaction with CAN/Nup159p // EMBO J. 1999. Vol. 18. P. 4332-4347.

113. Tseng S. et al. Dbp5p, a cytosolic RNA helicase, is required for poly(A)+ RNA export // EMBO J. 1998. Vol. 17. P. 2651-2662.

114. Mikhailova T. et al. RNA helicase DDX19 stabilizes ribosomal elongation and termination complexes // Nucleic Acids Res. 2017. Vol. 45, № 10. P. 1307-1318.

115. Gross T. et al. The DEAD-Box RNA Helicase Dbp5 Functions in Translation Termination. Science. 2007. Vol. 315, № 2007. P. 646-649.

116. Bolger T.A. et al. The mRNA Export Factor Gle1 and Inositol Hexakisphosphate Regulate Distinct Stages of Translation // Cell. 2008. Vol. 134, № 4. P. 624-633.

117. Murphy R., Wente S.R. An RNA-export mediator with an essential nuclear export signal // Nature. 1996. Vol. 383, № 6598. P. 357-360.

118. Kendirgi F. et al. Interaction between the shuttling mRNA export factor Gle1 and the nucleoporin hCG1: a conserved mechanism in the export of Hsp70 mRNA // Mol Biol Cell. 2005. Vol. 16, № 9. P. 4304-4315.

119. Rayala H.J. et al. The mRNA export factor human Gle1 interacts with the nuclear pore complex protein Nup155 // Mol Cell Proteomics. 2004. Vol. 3, № 2. P. 145-155.

120. Alcázar-Román A.R., Bolger T.A., Wente S.R. Control of mRNA export and translation termination by inositol hexakisphosphate requires specific interaction with Gle1. // J. Biol. Chem.

2010. Vol. 285, № 22. P. 16683-16692.

121. York J.D. et al. A phospholipase C-dependent inositol polyphosphate kinase pathway required for efficient messenger RNA export. // Science. 1999. Vol. 285, № 5424. P. 96-100.

122. Tran E.J. et al. The DEAD-box protein Dbp5 controls mRNA export by triggering specific RNA:protein remodeling events. // Mol. Cell. 2007. Vol. 28, № 5. P. 850-859.

123. Gross T. et al. The DEAD-box RNA helicase Dbp5 functions in translation termination // Science (80-. ). 2007. Vol. 315, № 5812. P. 646-649.

124. Schuller A.P. et al. eIF5A Functions Globally in Translation Elongation and Termination // Mol. Cell. 2017. Vol. 66, № 2. P. 194-205.e5.

125. Dever T.E., Gutierrez E., Shin B.-S. The hypusine-containing translation factor eIF5A // Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2014. Vol. 49, № 5. P. 413-425.

126. Pelechano V., Alepuz P. eIF5A facilitates translation termination globally and promotes the elongation of many non polyproline-specific tripeptide sequences // Nucleic Acids Res. 2017.

127. Schuller A.P. et al. eIF5A Functions Globally in Translation Elongation and Termination Article eIF5A Functions Globally in Translation Elongation and Termination // Mol. Cell. Elsevier Inc., 2017. Vol. 66, № 2. P. 194-205.e5.

128. Baierlein C., Krebber H. Translation termination : New factors and insights // RNA Biol. 2010. Vol. 7, № 5. P. 548-550.

129. Khoshnevis S. et al. The iron-sulphur protein RNase L inhibitor functions in translation termination // EMBO Rep. Nature Publishing Group, 2010. Vol. 11, № 3. P. 214-219.

130. Dong J. et al. The Essential ATP-binding Cassette Protein RLI1 Functions in Translation by Promoting Preinitiation Complex Assembly // J. Biol. Chem. 2004. Vol. 279, № 40. P. 4215742168.

131. Craig A.W.B. et al. Interaction of polyadenylate-binding protein with the eIF4G homologue PAIP enhances translation // Nature. 1998. Vol. 392, № 6675. P. 520-523.

132. Khaleghpour K. et al. Translational Repression by a Novel Partner of Human Poly ( A ) Binding Protein , Paip2 // Mol. Cell. 2001. Vol. 7, № 1. P. 205-216.

133. Brook M. et al. The multifunctional poly ( A ) -binding protein ( PABP ) 1 is subject to extensive dynamic post-translational modification , which molecular modelling suggests plays an important role in co-ordinating its activities // Biochem. J. 2012. Vol. 812. P. 803-812.

134. Lei J. et al. Biochemical and Biophysical Research Communications Crystal structure of the middle domain of human poly ( A ) -binding protein-interacting protein 1 // Biochem. Biophys. Res. Commun. Elsevier Inc., 2011. Vol. 408, № 4. P. 680-685.

135. Martineau Y. et al. Poly ( A ) -Binding Protein-Interacting Protein 1 Binds to Eukaryotic Translation Initiation Factor 3 To Stimulate Translation // Mol. Cell. Biol. 2008. Vol. 28, № 21. P.6658-6667.

136. Martineau Y. et al. Control of Paip1-Eukayrotic Translation Initiation Factor 3 Interaction by Amino Acids through S6 Kinase // Mol. Cell. Biol. 2014. Vol. 34, № 6. P. 1046-1053.

137. Lee S.H. et al. Poly ( A ) RNA and Paip2 act as allosteric regulators of poly ( A ) -binding protein // Publ. online. 2014. Vol. 42, № 4. P. 2697-2707.

138. Drouilhet L. et al. Use of combined in silico expression data and phylogenetic analysis to identify new oocyte genes encoding RNA binding proteins in the mouse // Mol Reprod Dev. 2008. Vol. 75. P. 1691-1700.

139. Berlanga J.J., Baass A., Sonenberg N. Regulation of poly(A) binding protein function in translation: Characterization of the Paip2 homolog, Paip2B // Rna. 2006. Vol. 12, № 8. P. 15561568.

140. Kachaev Z. et al. Paip2 is localized to active promoters and loaded onto nascent mRNA in Drosophila // Cell Cycle. 2018. Vol. 17. P. 1708-1720.

141. Kachaev Z. et al. Paip2 cooperates with Cbp80 at an active promoter and participates in RNA Polymerase II phosphorylation in Drosophila // FEBS Lett. 2019. Vol. 593, № 10. P. 1102-1112.

142. Cmarik J.L. et al. Differentially expressed protein Pdcd4 inhibits tumor promoter-induced neoplastic transformation // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999. Vol. 96, № 24. P. 14037-14042.

143. Hilliard A. et al. Translational Regulation of Autoimmune Inflammation and Lymphoma Genesis by Programmed Cell Death 4 // J. Immunol. 2006. Vol. 177, № 11. P. 8095-8102.

144. Chen Y. et al. Loss of PDCD4 expression in human lung cancer correlates with tumour progression and prognosis // J. Pathol. 2003. Vol. 200, № 5. P. 640-646.

145. Zhang X. et al. Programmed cell death 4 enhances chemosensitivity of ovarian cancer cells by activating death receptor pathway in vitro and in vivo // Cancer Sci. 2010. Vol. 101, № 10. P. 2163-2170.

146. Yang H.-S. et al. Tumorigenesis Suppressor Pdcd4 Down-Regulates Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase Kinase Kinase 1 Expression To Suppress Colon Carcinoma Cell Invasion // Mol. Cell. Biol. 2006. Vol. 26, № 4. P. 1297-1306.

147. Wedeken L. et al. Association of Tumor Suppressor Protein Pdcd4 With Ribosomes Is Mediated by Protein-Protein and Protein-RNA Interactions // Genes Cancer. 2010. Vol. 1, № 3. P. 293-301.

148. Lu Z. et al. MicroRNA-21 promotes cell transformation by targeting the programmed cell death 4 gene // Oncogene. 2008. Vol. 27, № 31. P. 4373-4379.

149. Dorrello N.V. et al. S6k1- and ßTRCP-mediated degradation of PDCD4 promotes protein translation and cell growth // Science (80-. ). 2006. Vol. 314, № 5798. P. 467-471.

150. Palamarchuk A. et al. Akt phosphorylates and regulates Pdcd4 tumor suppressor protein // Cancer Res. 2005. Vol. 65, № 24. P. 11282-11286.

151. Biyanee A. et al. A novel mechanism for the control of translation of specific mRNAs by tumor suppressor protein Pdcd4: Inhibition of translation elongation // Oncogene. Nature Publishing Group, 2015. Vol. 34, № 11. P. 1384-1392.

152. Waters L.C. et al. Structure of the tandem MA-3 region of Pdcd4 protein and characterization of its interactions with eIF4A and eIF4G: Molecular mechanisms of a tumor suppressor // J. Biol. Chem. 2011. Vol. 286, № 19. P. 17270-17280.

153. Yang H.-S. et al. A Novel Function of the MA-3 Domains in Transformation and Translation Suppressor Pdcd4 Is Essential for Its Binding to Eukaryotic Translation Initiation Factor 4A // Mol. Cell. Biol. 2004. Vol. 24, № 9. P. 3894-3906.

154. Wedeken L., Singh P., Klempnauer K.H. Tumor suppressor protein Pdcd4 inhibits translation of p53 mRNA // J. Biol. Chem. 2011. Vol. 286, № 50. P. 42855-42862.

155. Suzuki C. et al. PDCD4 inhibits translation initiation by binding to eIF4A using both its MA3 domains // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008. Vol. 105, № 9. P. 3274-3279.

156. Singh P. et al. Pdcd4 directly binds the coding region of c-myb mRNA and suppresses its translation // Oncogene. 2011. Vol. 30, № 49. P. 4864-4873.

157. Fehler O. et al. An evolutionarily conserved interaction of tumor suppressor protein Pdcd4 with the poly(A)-binding protein contributes to translation suppression by Pdcd4 // Nucleic Acids Res. 2014. Vol. 42, № 17. P. 11107-11118.

158. Powers M.A. et al. Protein Arginine Methyltransferase 5 Accelerates Tumor Growth by Arginine Methylation of the Tumor Suppressor Programmed Cell Death 4 // Tumor Stem Cell Biol. 2011. Vol. 5, № 13. P. 5579-5588.

159. Fraser C.S. et al. The j-Subunit of Human Translation Initiation Factor eIF3 Is Required for the Stable Binding of eIF3 and Its Subcomplexes to 40 S Ribosomal Subunits in Vitro // J. Biol. Chem. 2004. Vol. 279, № 10. P. 8946-8956.

160. Querido J.B. et al. Structure of a human 48S translational initiation complex // Science (80-. ). 2020. Vol. 369, № 6508. P. 1220-1227.

161. ElAntak L. et al. The indispensable n-terminal half of eIF3j/hcr1 cooperates with its structurally conserved binding partner eIF3b/prt1-rrm and with eiF1A in stringent aug selection // J. Mol. Biol. 2010. Vol. 396, № 4. P. 1097-1116.

162. Nielsen K.H. et al. Interaction of the RNP1 Motif in PRT1 with HCR1 Promotes 40S Binding of Eukaryotic Initiation Factor 3 in Yeast // Mol. Cell. Biol. 2006. Vol. 26, № 8. P. 2984-2998.

163. Valâsek L. et al. Dual Function of eIF3j/Hcr1p in Processing 20 S Pre-rRNA and Translation Initiation // J. Biol. Chem. 2001. Vol. 276, № 46. P. 43351-43360.

164. Unbehaun A. et al. Release of initiation factors from 48S complexes during ribosomal subunit joining and the link between establishment of codon-anticodon base-pairing and hydrolysis of eIF2-bound GTP // Genes Dev. 2004. Vol. 18, № 24. P. 3078-3093.

165. Wagner S. et al. Functional and Biochemical Characterization of Human Eukaryotic Translation Initiation Factor 3 in Living Cells // Mol. Cell. Biol. 2014. Vol. 34, № 16. P. 3041-3052.

166. Valasek L. et al. Related eIF3 subunits TIF32 and HCR1 interact with an RNA recognition motif in PRT1 required for eIF3 integrity and ribosome binding // EMBO J. 2001. Vol. 20, № 4. P. 891904.

167. ElAntak L. et al. The indispensable N-terminal half of eIF3j co-operates with its structurally conserved binding partner eIF3b-RRM and eIF1A in stringent AUG selection // J. Mol. Biol. 2010. Vol. 396, № 4. P. 1097-1116.

168. Yuan S. et al. Nonstructural Protein 1 of SARS-CoV-2 Is a Potent Pathogenicity Factor Redirecting Host Protein Synthesis Machinery toward Viral RNA // Mol. Cell. Elsevier Inc., 2020. Vol. 80, № 6. P. 1055-1066.e6.

169. Zhu N. et al. A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019 // N Engl J Med. 2020. Vol. 382. P. 727-733.

170. Kim D. et al. The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome // Cell. Elsevier Inc., 2020. Vol. 181, № 4. P. 914-921.e10.

171. Wu A. et al. Genome Composition and Divergence of the Novel Coronavirus (2019-nCoV) Originating in China // Cell Host Microbe. Elsevier Inc., 2020. Vol. 27, № 3. P. 325-328.

172. Zhou P. et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin // Nature. 2020. Vol. 579. P. 270-273.

173. Banerjee A.K. et al. SARS-CoV-2 disrupts splicing, translation, and protein trafficking to suppress host defenses // Cell. 2020. Vol. 183. P. 1325.e21-1339.e21.

174. Schubert K. et al. SARS-CoV-2 Nsp1 binds the ribosomal mRNA channel to inhibit translation // Nat. Struct. Mol. Biol. 2020. Vol. 27, № 10. P. 959-966.

175. Shi M. et al. SARS-CoV-2 Nsp1 suppresses host but not viral translation through a bipartite mechanism // bioRxiv. 2020.

176. Antonin Tidu et al. The viral protein NSP1 acts as a ribosome gatekeeper for shutting down host translation and fostering SARS-CoV-2 translation // RNA. 2021. Vol. 27. P. 253-264.

177. Finkel Y. et al. SARS-CoV-2 uses a multipronged strategy to impede host protein synthesis // Nature. 2021. Vol. 594, № 7862. P. 240-245.

178. Rao S. et al. Genes with 5' terminal oligopyrimidine tracts preferentially escape global suppression of translation by the SARS-CoV-2 Nspl protein // RNA. 2021. Vol. 27, № 9. P. 1025-1045.

179. Slobodin B. et al. Cap-independent translation and a precisely localized RNA sequence enable SARS-CoV-2 to control host translation and escape anti-viral response // bioRxiv. 2021. P. 2021.08.18.456855.

180. Xia H. et al. Evasion of Type I Interferon by SARS-CoV-2 // Cell Rep. 2020. Vol. 33, № 108234. P. 1 -17.

181. Gomez G.N. et al. SARS coronavirus protein nsp1 disrupts localization ofNup93 from the nuclear pore complex // Biochem. Cell Biol. 2019. Vol. 97. P. 758-766.

182. Almeida M.S. et al. Novel beta-barrel fold in the nuclear magnetic resonance structure of the replicase nonstructural protein 1 from the severe acute respiratory syndrome coronavirus // J. Virol. 2007. Vol. 81. P. 3151-3161.

183. Clark L.K., Green T.J., Petit C M. Structure of nonstructural protein 1 from SARS-CoV-2 // J. Virol. 2021. Vol. 95. P. e02019-20.

184. Semper C., Watanabe N., Savchenko A. Structural characterization of nonstructural protein 1 from SARS-CoV-2 // iScience. 2021. Vol. 24. P. 101903.

185. Terada Y. et al. MERS coronavirus nsp1 participates in an efficient propagation through a specific interaction with viral RNA // Virology. 2017. Vol. 511. P. 95-105.

186. Miao Z.C. et al. Secondary structure of the SARS-CoV-2 5'-UTR // RNA Biol. 2021. Vol. 18. P. 447-456.

187. Sun L. et al. In vivo structural characterization of the SARS-CoV-2 RNA genome identifies host proteins vulnerable to repurposed drugs // Cell. Elsevier Inc., 2021. Vol. 184, № 7. P. 1865-1883.e20.

188. Tanaka T. et al. Severe acute respiratory syndrome coronavirus nsp1 facilitates efficient propagation in cells through a specific translational shutoff of host mRNA // J. Virol. 2012. Vol. 86. P. 11128-11137.

189. Bujanic L. et al. The key features of SARS-CoV-2 leader and NSP1 required for viral escape of NSP1- mediated repression // bioRxiv. 2021.

190. Vora S.M. et al. Targeting Stem-loop 1 of the SARS-CoV-2 5'UTR to suppress viral translation and Nsp1 evasion // bioRxiv. 2021.

191. Zhu C. et al. An intranasal ASO therapeutic targeting SARS-CoV-2 // bioRxiv. 2021. P. 2021.05.17.444397.

192. Nakagawa K., Lokugamage K.G., Makino S. Viral and cellular mRNA translation in coronavirus-infected cells // Adv. Virus Res. 2016. Vol. 96. P. 165-192.

193. Mandel M., Higa A. Calcium-dependent bacteriophage DNA infection // J Mol Biol. 1970. Vol. 53, № 1. P. 159-162.

194. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 // Nature. 1970. Vol. 227, № 5259. P. 680-685.

195. Egorova T. et al. Fluorescent toeprinting to study the dynamics of ribosomal complexes // Methods. Elsevier, 2019. Vol. 162-163, № June. P. 54-59.

196. Susorov D., Egri S., Korostelev A.A. Termi-Luc : a versatile assay to monitor full-protein release from ribosomes.

197. Valâsek L. et al. In Vivo Stabilization of Preinitiation Complexes by Formaldehyde Cross-Linking // Methods Enzymol. 2007. Vol. 429, № 07. P. 163-183.

198. Frolova L.Y. et al. Functional expression of eukaryotic polypeptide chain release factors 1 and 3 by means of baculovirus/insect cells and complex formation between the factors // Eur. J. Biochem. 1998. Vol. 256, № 1. P. 36-44.

199. Böhm M. et al. The transformation suppressor protein Pdcd4 shuttles between nucleus and cytoplasm and binds RNA // Oncogene. 2003. Vol. 22, № 31. P. 4905-4910.

200. Kang M.J. et al. Up-regulation of PDCD4 in senescent human diploid fibroblasts // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002. Vol. 293, № 1. P. 617-621.

201. Bai Y. et al. Pdcd4 is involved in the formation of stress granule in response to oxidized low-density lipoprotein or high-fat diet // PLoS One. 2016. Vol. 11, № 7. P. 1-17.

202. Beznoskovâ P. et al. Translation initiation factor eIF3 promotes programmed stop codon readthrough // Nucleic Acids Res. 2015. Vol. 43, № 10. P. 5099-5111.

203. Shirokikh N.E. et al. Quantitative analysis of ribosome-mRNA complexes at different translation stages // Nucleic Acids Res. 2009. Vol. 38, № 3.