Ассоциации аллельных вариантов генов FAM60A, EGR1, BCL2L11, BMP-2, уровня экспрессии гена BMP-2 с хозяйственно полезными признаками у радужной форели тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Щербаков Юрий Сергеевич

• Щербаков Юрий Сергеевич
• кандидат наук
• 2023

Оглавление диссертации кандидат наук Щербаков Юрий Сергеевич

ОГЛАВЛЕНИЕ

1.ВВЕДЕНИ Е

2. ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

2. 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1.1. Радужная форель породы рофор

2.1.1.1. История выведения породы радужной форели рофор

2.1.1.2. Характеристика породы рофор

2.1.2. Исследование ДНК-полиморфизмов радужной форели

2.1.3. Характеристика генома лосося

2.1.4. Транскрипционная активность генов у радужной форели

2.1.5 Характеристика предполагаемых генов-кандидатов, полиморфиз которых связан метрическими показателями

2.1.5.1 Ген FAM60A ^ШЖЛР)

2.1.5.2 Ген EGR1

2.1.5.3 Ген BCL2L11

2.1.5.3 Ген BMP-2

2.2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ ИССЛЕДВАНИЙ

2.2.1 Сбор фенотипических показателей у рыб

2.2.1.1. Оценка метрических показателей производителей и малька

2.2.1.2. Оценка репродуктивных показателей производителей

2.2.2. Сбор биологического материала

2.2.2.1 Взятие проб для получения образцов ДНК

2.2.2.2 Взятие проб для получения образцов тотальной РНК

2.2.3 Закладка икры на инкубацию

2.2.4. Подращивание личинки до перехода на активное внешнее питание

2.2.5. Молекулярно-генетические методы

2.2.5.1. Этапы изучения полиморфизма ДНК

2.2.5.1.1 Выделение геномной ДНК

2.2.5.1.2. Проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР)

2.2.5.1.3. Генотипирование рыб методом секвенирование по Сенгеру

2.2.5.2. Оценка относительного уровня экспрессии гена BMP-2

2.2.5.2.1 Выделение образцов тотальной РНК

2.2.5.2.2 Синтез кДНК и постановка ПЦР в реальном времени

2.2.6. Статистическая обработка полученных данных

2.3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

2.3.1. Оценка полиморфизма гена ВМР-2 в выборках производителей радужной форели рофор

2.3.1.1. Анализ частот генотипов и аллелей в гене BMP-2 у радужной форели

2.3.1.2. Связь генотипов гена ВМР-2 с размерно-весовыми показателями и репродуктивными качествами производителей радужной форели породы

рофор

2.3.2 Оценка полиморфизма генов ГЛМбОЛ, ЕОЯ1, БСЬ2Ь11 в выборках рыб радужной форели породы рофор

2.3.2.1 Оценка производителей по метрическим показателями и подбор родительских пар

2.3.2.2 Анализ частоты встречаемости генотипов генов БАМбОА, БОШ, ВСЬ2Ь11 у мальков радужной форели

2.3.2.3 Анализ размерно-весовых показателей мальков с различными генотипами генов FAM60A, EGR1, BCL2L11

2.3.3 Оценка относительного уровня экспрессии гена БМР-2 в тканях прямой кишки и сердца у радужной форели разного возраста

3. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

3.1. ВЫВОДЫ

3.2. Рекомендации по практическому использованию научных выводов

3.3. ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Ассоциации аллельных вариантов генов FAM60A, EGR1, BCL2L11, BMP-2, уровня экспрессии гена BMP-2 с хозяйственно полезными признаками у радужной форели»

1.ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы. Аквакультура вносит значительный вклад в продовольственную, экономическую безопасность в Российской Федерации и во многих странах мира. Данная отрасль является активно развивающейся во многих регионах и включена в программу «Развитие рыбохозяйственного комплекса». По данным Федерального агентства по рыбоводству за период 2021 года объем производства продукции товарной аквакультуры, в том числе и посадочного материала в нашей стране вырос до 356,6 тысяч тонн, увеличив результат предыдущего 2020 года на 28 тыс. тонн (8,5 %), и улучшив, таким образом, показатель за последние 10 лет более, чем в 2 раза [Итоги деятельности федерального агентства по рыболовству в 2021 году].

Одним из наиболее значимых и экономически важных видов рыб для товарной аквакультуры и промыслового рыбоводства являются представители семейства лососевых ($>а\тотйае). По сравнению с другими

сельскохозяйственными животными, одомашнивание рыб произошло относительно недавно. Радужная форель (Опсоткупскт туЫяя) является одним из объектов рыбоводства, который активно используется для выращивания в искусственных условиях. В настоящее время она становится основным объектом индустриального рыбоводства благодаря быстрым темпам роста и мясным качествам [Wu S. et а1., 2023]. Искусственное разведение радужной форели активно применяется в большом количестве регионов Российской федерации.

Достижения в области генетики и геномики имеют большое значение для селекции и воспроизводства радужной форели в аквакультуре, а также для сохранения запасов ее диких форм. Активное использование генетических маркеров для изучения генетического разнообразия, а также поиска ассоциаций ген-признак началось еще в 90-е годы 20 века с изучения повторяющихся последовательностей в геноме. С появлением секвенирования стала возможной

полная расшифровка отдельных участков генов. Полученные в ходе этих исследований данные внесли большой вклад в понимание генетической структуры различных популяций лососевых, выявили степень генетического разнообразия популяций.

С появлением и развитием методов секвенирования ДНК рыб, позволяющих получить информацию о полной последовательности генома перед исследователями открылись новые возможности. В результате были упорядочены и уточнены уже известные генетические данные, а также получены новые знания об особенностях генома лосевых рыб. Благодаря разработке специальных ДНК-чипов, выявляющих большое количество (50-665К SNP) [Yniv P. et al. 2015, Bernard M. et al. 2022] однонуклеотидных полимофизмов в геноме рыб, стало возможным практическое использование полногеномного анализа ассоциаций (GWAS, genome-wide association study), который значительно упростил поиск значимых однонуклеотидных замен, связанных с тем или иным признаком [Ahmed R.O. et al., 2022]. Возникло целое направление геномной селекции для разведения атлантического лосося и радужной форели [Cádiz M.I. et al., 2021]. К сожалению, использование таких подходов не всегда возможно и требует наличия дополнительных ресурсов, таких как специальное оборудование и программное обеспечение и др.

Затрудняет анализ последовательности ДНК у рыб с помощью секвенирования полного генома тот факт, что около 40% их генома имеет дублированные области [Campbell M.A. et al., 2019]. Поэтому использование подходов, основанных на определении последовательности отдельных участков генома у рыб, является доступным и надежным методом для поиска новых полиморфных вариантов у радужной форели.

До начала данного исследования локусы, определяющие рост и развитие рыб, подробно не были изучены. Были определены только предполагаемые кандидатные участки генома [Reis Neto et al., 2018]. Необходимо учитывать, что работа проводилась на локальных подвидах лососевых рыб. На данный момент

отсутствуют данные о генетических маркерах, которые можно использовать при разведении пород форели, разводимых в России.

К настоящему времени накоплена информация о различных генах, которые оказывают влияние на формирование и рост мышечной ткани у продуктивных животных, например, гены гормона роста и его рецептора, миостатин, кальпастатин и другие [Leeds et al., 2016, Боровик Е.А. 2019, Никандров и др., 2019]. Появляются данные об ассоциации генетических полиморфизмов в этих генах с показателями мясной продуктивности.

Степень разработанности темы исследования. Семейство лососевых (Salmonidae) является важным и экономически значимым в современной аквакультуре. Использование последних достижений в области геномики имеют большое значение не только для селекции и воспроизводства лосося в рыбоводстве, а также для сохранения запасов его диких форм. Секвенирование генома лососевых рыб сыграло ключевую роль в понимании эволюционных и функциональных последствий, возникающих из-за наследственной дупликации целого генома, характерного для всех представителей семейства Salmonidae.

Геном представителей вида Salmo Salar впервые был секвенирован в 2016 г. [Yáñez et al. 2016] Высокопроизводительное секвенирование изменило подход к изучению генетики лосося, упростив создание наборов маркеров, [Houston et al. 2019]. В настоящее время разработаны специальные панели, с помощью которых возможно одновременно получить информацию о большом количестве однонуклеотидных замен в геноме, так называемые SNP-чипы различной степени плотности.

Несмотря на высокую информативность полногеномных методов анализа, их применение не всегда возможно, поскольку требует наличия значительных материальных ресурсов, специального оборудования, программного обеспечения. Поэтому, рутинные подходы не утратили свою актуальность и могут быть применимы для изучения отдельных генов.

К тому же, исследования полиморфизмов генов FAM60A, BCL2L11, EGR1, BMP-2 у радужной форели не проводились. Но получены многочисленные данные

о полиморфных вариантах и их ассоциации с признаками роста и развития у животных и человека. Так показано, что полиморфные варианты в различных участках гена BMP-2 человека коррелировали с размером и длиной скелета [Pryce J. E. et al., 2011, Ying-Ju L. et al., 2017, Rundqvist H.C. et al., 2019, Xie L. et al., 2022]. Отмечены ассоциации с высотой в холке у лошади [Boyko A.R. et al., 2014, Ablondi M. et al., 2020, Bai H. et al., 2020], ростом массой тела, высотой в холке, обхватом груди у крупного рогатого скота, [Pryce J. E. et al., 2011, Randhawa I.A. et al., 2015, Chen Q. et al., 2020], массой внутренних органов (сердце, печень и т.д), живой массой и массой грудных мышц у кур [Dupont J. et al., 2008, Liu R.R. et al., 2015, Moreira G. et al., 2019], массой тела овец в разном возрасте [Kijas J.W. et al., 2014, Al-Mamun H. et al., 2015, Ruiz-Larranaga O. et al., 2018, Sangang H. et al., 2020, Signer-Hasler H. et al., 2019, Liu Z. et al., 2022], с ростом, длиной, соотношением длины к росту и массой тела у свиней [Sheet S. et al., 2021.], [Garrido N. et al., 2023, Vaysse A. et al., 2011, Rubin C.J. et al., 2012, Schiavo G. et al., 2020] и коз [Purfield D. et al., 2019].

Объект и предмет исследования. Объектом диссертационного исследования являются образцы ДНК и РНК радужной форели породы рофор. Предметом исследований являются полиморфизмы генов FAM60A, EGR1, BCL2L11, BMP-2 и относительный уровень экспрессии BMP-2 в геноме радужной форели, определенные на основании исследования.

Цель и задачи исследований.

Цель - установить ассоциации аллельных вариантов генов FAM60A, EGR1, BCL2L11, BMP-2, уровня экспрессии гена BMP-2 с размерно-весовыми признаками у радужной форели разных возрастных групп.

Задачи:

1. Провести генотипирование участков генов FAM60A, EGR1, BCL2L11, BMP-2 радужной форели методом секвенирования по Сенгеру

2. Выявить связь размерно-весовых показателей радужной форели разных возрастов и репродуктивных качеств у производителей с различными генотипами генов FAM60A, EGR1, BCL2L11, BMP-2;

3. Оценить уровень относительной экспрессии гена BMP-2 в тканях прямого кишечника и тканях сердца у радужной форели разных возрастных групп;

4. Определить корреляционные взаимосвязи уровня относительной экспрессии в тканях прямого кишечника и тканях сердца гена BMP-2 у радужной форели разного возраста с размерно-весовыми показателями.

Научная новизна работы. Впервые выявлены SNP в отдельных участках генов FAM60A, BCL2L11, EGR1, BMP-2. Обнаружены особенности динамики относительной экспрессии гена BMP-2 в разных тканях, в разный возрастной период радужной форели породы рофор. Установлены достоверные ассоциации генотипов с размерно-весовыми показателями: масса (г), длина тела по Смиту (см), длина тела до конца чешуйчатого покрова (см), длина головы (см), толщина (см) и высота тела (см) и продуктивными показателями у самцов объем эякулята (мл) и время подвижности (сек), у самок масса икры (г), количество икры в 5 г (шт.), масса икринки (г).

Теоретическая и практическая значимость работы. Теоретическое значение диссертационной работы заключается в расширении знаний об особенностях динамики экспрессии гена BMP-2 у радужной форели породы рофор в различных тканях, а также ассоциации выявленных однонуклеотидных полиморфизмов в генах FAM60A, EGR1, BCL2L11, BMP-2 с размерно-весовыми признаками у радужной форели. Найденные в ходе работы однонуклеотидные полиморфизмы в генах FAM60A, EGR1, BCL2L11, BMP-2 у радужной форели породы рофор можно использовать для создания тест-систем, которые могут быть использованы в ходе маркерной селекции с целью повышения темпов роста и набора биомассы форели. Выявленная динамика относительного уровня экспрессии гена BMP-2 дает представление о динамики его транскрипционной активности в период активного роста радужной форели до полового созревания, в тканях сердца и прямой кишки, а также в мышечной ткани.

Методология и методика исследования. В исследовании использованы образцы ДНК и тотальной РНК радужной форели породы рофор, выделенные из биологического материала стандартными методами. Праймеры подбирали с

помощью сервиса BLAST NCBI. Последовательность участков генов FAM60A, EGR1, BCL2L11, BMP-2 определяли методом секвенирования по Сенгеру. Анализ полученных последовательностей проводили с помощью программы MEGA X Оценка динамики относительного уровня экспрессии гена BMP-2 в разных тканях у разных возрастных групп форели определялась по методике Livak 2-ddCt. Статистическая обработка полученных данных проводилась с использованием статистических методов анализа, реализованных в программных продуктах Microsoft Excel, и в программной среде R V. 4.3.1. с использованием стандартного набора библиотек.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Дублированный ген BMP-2 у радужной форели породы рофор отличается высоким полиморфизмом.

2. Различные полиморфные варианты гена BMP-2 ассоциированы с размерно-весовыми показателями и репродуктивными качествами у производителей радужной форели породы рофор.

3. Локусы, расположенные в экзонных областях генов FAM60A, EGR1, BCL2L11 имеют полиморфные варианты у радужной форели породы рофор

4. Аллельные варианты генов FAM60A, EGR1, BCL2L11, ассоциированы с размерно-весовыми показателями у мальков радужной форели породы рофор.

5. Экспрессия гена BMP-2 в тканях сердца изменяется в период активного роста радужной форели.

Степень достоверности и апробация результатов. Полученные результаты были обработаны с помощью программ Microsoft Excel при использовании t-критерия Стьюдента, критерий Пирсона и критерия %2. В программе GraphPad Prism 8 выполни корреляционный анализ выполнен с применением критерия Спирмена и расчет достоверности с использованием критерия Краскела-Уоллиса. Промежуточные и итоговые результаты были доложены и обсуждены на следующих конференциях: Международная научно-практическая конференция

«Генетика, селекция, биотехнология: интеграция науки и практики в животноводстве» (Россия, поселок Тярлево, 2021); Всероссийская школа-конференция «Клеточные и геномные технологии для совершенствования сельскохозяйственных животных» (Россия, поселок Тярлево, 2022); Международная научно-практическая конференция XI Лужские научные чтения «Современное научное знание: теория и практика» (Россия, Луга, 2023). Результаты исследования были представлены на заседаниях ученого совета ВНИИГРЖ в 2018-2022 гг. II Всероссийская школа-конференция «Клеточные и геномные технологии для совершенствования сельскохозяйственных животных» (Россия, поселок Тярлево, 2023).

Публикация результатов исследований.

Публикации в журналах, рекомендованных ВАК РФ и к ним приравненным:

1. Терлецкий В.П., Тыщенко В.И., Щербаков Ю.С. сравнительная характеристика генетического разнообразия групп форели породы росталь методом мультилокусного анализа // Генетика и разведение животных. 2020. № 2. С. 44-49. doi:10.31043/2410-2733-2020-2-44-49.

2. Dysin A.P., Shcherbakov Y.S., Nikolaeva O.A., Terletskii V.P., Tyshchenko V.I., Dementieva N.V. Salmonidae Genome: Features, Evolutionary and Phylogenetic Characteristics // Genes (Basel). 2022 Nov 27; 13(12):2221. doi:10.3390/genes13122221.

публикации в иных научных изданиях:

1. Щербаков Ю.С., Тыщенко В.И. Анализ главных компонентов и сравнительная характеристика самок радужной форели трех разных пород // Вестник красГАУ. - 2021 - №8. - с. 113-118. doi: 10.36718/18194036-2021-8-113-118

2. Щербаков Ю.С., Тыщенко В.И. Биометрические показатели роста и развития радужной форели и их связь с воспроизводительными качествами // Международный научно-исследовательский журнал. -2021 - №10. - с. 68-72. doi: 10.23670/IRJ.2021.112.10.011

3. Щербаков Ю.С., Терлецкий В.П. Поиск ассоциаций продуктивных показателей радужной форели с однонуклеотидными полиморфизмами в генах EGR1, FAM60A, BCL2L11 // Международный научно-исследовательский журнал. - 2022 - №12. - с. 1-4. doi: 10.23670/IRJ.2023.127.92

Личный вклад соискателя. Автором проведен анализ научно-информационных источников по изучаемой проблеме, определены цели и задачи исследования, выбраны оптимальные методы исследования. В ходе работы сформированы родительские пары, от которых получены половые продукты, проведено осеменение самок, закладка икры на инкубацию. Автор самостоятельно осуществлял контроль на всех этапах инкубации икры, подращивание личинки до перехода ее на активное внешнее питание, проводил работы по снятию размерно-весовых показателей, сбору биологического материала от производителей и их потомков. Проведена экстракция ДНК и тотальной РНК из полученного биологического материала. Поставлен эксперимент по оценке динамики относительного уровня экспрессии гена ВМР-2 в разных тканях. Подобраны оптимальные условия для проведения ПЦР. Проведена статистическая обработка полученных данных. Публикации по теме диссертации подготовлены самостоятельно, а также в соавторстве.

Автор выражает глубокую благодарность и признательность за неоценимый вклад в подготовке работы научному руководителю, доктору биологических наук, профессору Терлецкому Валерию Павловичу, кандидату биологических наук, заведующей лаборатории молекулярной генетики ВНИИГРЖ, ведущему научному сотруднику Дементьевой Наталии Викторовне, а также сотрудникам Федерального селекционно-генетического центра рыбоводства Никандрову Владимиру Яковлевичу, Шиндавиной Нине Ивановне и Голоду Виктору Михайловичу. Исследование частично выполнено при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ) номер проекта 20-316-90020.

Структура и объем диссертации. Объем и структура диссертации. Диссертация изложена на 113 страницах и содержит следующие разделы: введение, обзор литературы, материалы и методика исследований, результаты собственных исследований и обсуждение, заключение, список литературы, включающий в себя 21 отечественных и 171 зарубежный источник, 5 приложений. Работа содержит 15 таблицы и 23 рисунков.

Заключение диссертации по теме «Другие cпециальности», Щербаков Юрий Сергеевич

3. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

3.1. ВЫВОДЫ

1. Результаты секвенирования локусов дублированного гена BMP-2 методом Сенгера выявили 5 замен на хромосоме 4 (1, 2 экзон и 1, 2 интрон) и 6 замен (1 и 2 экзон) на хромосоме 24. Все идентифицированные варианты были полиморфны.

2. У самок радужной форели выявлены значимые ассоциации SNP 4BMP-2_4 (G/T) и SNP 4BMP-2_3 (A/G) с показателем «длина головы» (Р<0,05), SNP 4BMP-2_5 (A/G) с показателями «длина тела чешуйчатого покрова» (Р<0,05) и «длина головы» (Р<0,05). SNP 3BMP-2_2 (C/G) у самок был ассоциирован с показателями «длина тела чешуйчатого покрова» (Р<0,05), у самцов - с показателем «масса тела» (Р<0,05), а по признаку «длина тела по Смиту» (Р<0,05) - для рыб обоих полов. По репродуктивным показателям достоверные ассоциации получены по SNP 4BMP-2_4 (G/T) и 4BMP-2_3 (A/G), полиморфные варианты которых у самцов были связаны с показателем «объем эякулята» (Р <0,05). Для группы самок достоверные значения выявлены по SNP 3BMP-2_2 (C/G), который был связан с показателем «количество икринок в 5 г» (Р <0,05).

3. У радужной форели породы рофор секвенирование гена FAM60A в области 3 и 4 экзона выявило 3 полиморфных SNP (FAM60A1A/T, FAM60A2 A/C, FAM60A3 A/T). Для гена BCL2L11 (BCL2L11 A/G) определен 1 полиморфный SNP в области 5 экзона. Анализ последовательности экзона 2 гена EGR1 (EGR1 A/T) идентифицировал 1 полиморфный сайт.

4. Идентифицированные новые полиморфные варианты генов FAM60A, EGR1, BCL2L11 ассоциированы с размерно-весовыми показателями мальков радужной форели породы рофор (Р <0,01; Р <0,05).

5. Установлено, что в период активного роста радужной форели породы рофор уровень относительной экспрессии гена ВМР-2 в тканях сердца значительно возрастал у рыб в возрасте 18 мес в сравнении с другими возрастными периодами (Р <0,05).

3.2. Рекомендации по практическому использованию научных выводов

1. Рекомендуем проводить молекулярно-генетическое тестирование радужной форели породы рофор по генам БЛМбОЛ, ЕОЯ1, ВСЬ2Ь11, ВМР-2 как для оценки генетического потенциала производителей, так и для практического использования полученных результатов при формировании родительских пар и при селекционно-племенной работе с мальком.

2. Полученные результаты можно использовать в программах обучения студентов на профильных кафедрах в высших учебных заведениях страны при подготовке квалифицированных кадров в области генетики и селекции рыб.

3.3. ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

1. Проведение исследования на выборке, включающей большее количество особей для повышения точности прогнозирования эффективности применения ДНК-маркеров в рыбоводстве.

2. Проведение полногеномного генотипирования с использованием ДНК-чипов высокой плотности с целью выявления новых генов кандидатов, ассоциированных с хозяйственно полезными признаками у радужной форели.

3. Апробация полученных в ходе данного исследования результатов на других породах и популяциях радужной форели, в том числе и на однополых особях.

4. Проведение сравнительного анализа полиморфных вариантов генов и экспрессии в период интенсивного роста.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Щербаков Юрий Сергеевич, 2023 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Артамонова В.С. Генетические методы в лососеводстве и форелеводстве: от традиционной селекции до нанобиотехнологий. / В.С. Артамонова, А.А. Махров. - Москва: Товарищество научных изданий КМК, 2015. - 128 с.

2. Богерук А.К. Каталог пород, кроссов и одомашненных форм рыб России и СНГ/ А.К. Богерук, Н.Ю. Евтихиева, Ю.И. Илясов. - Москва: Минсельхоз, 2001. -206 с.

3. Боровик Е. А. Радужная форель / Е.А. Боровик. - Минск: Наука и техника, 2019. - 154 с.

4. Голод В.М. Задачи и пути селекционной работы с радужной форелью в тепловодном рыбоводстве / В.М. Голод // Сб. научн. Трудов ГосНИОРХ. - 1988. -N. 274. - С. 82-98.

5. Голод, В.М. Биологические основы селекции радужной форели по теплоустойчивости: дис. ... канд. биол. наук: 03.00.10 / Голод Виктор Михайлович. - СПБ., 1992. - 167 с.

6. Голод В.М. Новая порода форели - Рофор / В.М. Голод // Ресупсрсберегающие технологии в аквакультуре: 2-й медунар, симпозиум, Материалы докл. 4-7 окт. 1999. - С. 30-31

5. Голод В.М. Селекционно-племенная работа с радужной форелью : (Метод. пособие) / В. М. Голод, В. Я. Никандров, Е. Г. Терентьева, Н. И. Шиндавина. СПб, 1995. - 27 с.

6. Голод В. М. Породы радужной форели (Oncorhynchus mykiss W.) / В. М. 35. Голод, Е. Г. Терентьева. - Москва: Росинформагротех, 2006. - 316 с.

7. Голод, В.М. Предпосылки селекции форели / В.М. Голод Сб. Генетика, селекция и племенное дело в аквакультуре России- Москва.: Росинформагротех, 2005 - 428 с.

8. Голод В.М. К стратегии развития аквакультуры России / В.М. Голод, В.З. Крупкин, А.М. Сахаров, Д.С. Аршавский, Е.Г. Терентьева, В.Ю. Паньков, В.Я. Никандров, Н.И. Шиндавина // рыбоводство и рыбное хозяйство. - 2008. - N. 2. -C. 3-5.

9. Грачева, М.Н. Биологические основы выращивания радужной форели : автореферат дис. ... канд. биол. наук 03.00.00 / Грачева, Мария Никифоровнаю -Москва, 1955. - 14 с.

10. Дементьева Н.В. Изучение генетического разнообразия пород форели методом ДНК-фингерпринтинга. / Н.В. Дементьева, Д.Э. Белаш, В. И. Тыщенко, В.П. Терлецкий, А. Ф. Яковлев, В.М. Голод, Е.Г. Терентьева // РГАУ-МСХА им. К.А. Тимирязева. «Материалы конференции. Посвященной 100-летию научной селекции в России», 9-11 дек. 2003 г. Москва.

11. Европейская конвенция о защите позвоночных животных, используемых для экспериментов или в других научных целях (ETS №123) (г. Страсбург,18.03.1986). Электронный ресурс: www.conventions.ru/view base.php?d=19432)

12. Итоги деятельности федерального агентства по рыболовству в 2021 году (Россия, 2021). Электронный ресурс: https://fish.gov.ru/wpcontent/uploads/2022/05/it ogi_raboty_rosrybolovstvo_za_2021_god.pdf

13. Крупкин В.З. Производство посадочного материала в УЗВ / В.З. Крупкин, 40. В.М. Голод, А.М. Сахаров, В.Ю. Паньков. - Москва: Современное состояние и перспективы развития аквакультуры в России, 2008. - с. 103-107.

14. Меркурьева Е.К. Генетические основы селекции в скотоводстве / Е.К. Меркурьева, - Москва: Колос, 1977. - 239 с.

15. Никандров В.Я. Новое селекционное достижение - форель ропшинская золотая / В.Я. Никандров, Н.И. Шиндавина, В.М. Голод, Е.Г. Терентьева // Рыбное хозяйство. - 2019. - N. 4. - С. 83-88.

16. Слуцкий Е.С. Фенотипическая изменчивость рыб (селекционный аспект) / Е.С. Слуцкий //Изв.ГосНИОРХ. - 1978. - N.134. - С.31-34.

17. Свидетельство № 29728 Заявка № 9606947 от 06-07.1999 года. Внесено в Государственный реестр селекционных достижений, допущенных к использованию. Породы животных (2001) под № 9606947.

18. Терлецкий В. П. Генетическая гетерогенность в различных популяциях лососевых рыб / В. П. Терлецкий, Э. А. Сексте, Н. В. Дементьева, В.И. Тыщенко, А.Ф. Яковлев, Н.И. Шиндавина, В.М. Голод // Вестник Российской академии сельскохозяйственных наук. - 2009. - N. 5. - С. 78-79

19. Хрусталева А. М., Волков А.А., Расторгуев С.М., Кловач Н.В. Вариабельность мтДНК в популяциях нерки (Oncorhynchus Nerka) Дальнего Востока России. / А. М. Хрусталева, А.А. Волков, С.М. Расторгуев, Н.В. Кловач // ВНИИРХО. Сб. тезисов междунар. конф. «Вопросы сохранения биоразнообразия водных объектов». 27 нояб. 2015 г. Р. н/Д.

20. Чаплыгин В.М. Особенности развития икры впервые созревающих самок радужной форели и возможность их использования при искусственном рыборазведении : автореферат. дис. ... канд. биол. наук 03.00.10 / Чаплыгин Владимир Михайлович - Ленинград, 1979. - 26 с.

21. Шведько С. В. Филогения лососевых рыб (Salmoniformes: Salmonidae) и ее молекулярная датировка: анализ мтДНК-данных. / С. В. Шведько И. Л. Мирошниченко, Г. А. Немкова // Генетика - 2013. - N. 49. - p. 718-734. doi: 10.7868/S0016675813060118.

22. Ablondi M. Genetic Diversity and Signatures of Selection in a Native Italian Horse Breed Based on SNP Data / M. Ablondi, C. Dadousis, M. Vasini, S. Eriksson, S. Mikko, A. Sabbioni // Animals (Basel). - 2020. - Vol. 10. - p 1-15 doi: 10.3390/ani10061005

23. Ahmed R.O. Weighted Single-Step GWAS Identifies Genes Influencing Fillet Color in Rainbow Trout. / R.O. Ahmed, A. Ali, R. Al-Tobasei, T. Leeds, B. Kenney, M. Salem// Genes (Basel). - 2022. - Vol. 8. - p. 1-18. doi:10.3390/genes13081331.

24. Ahmad S.F. Fish Genomics and Its Impact on Fundamental and Applied Research of Vertebrate Biology / S.F. Ahmad, M. Jehangir, K. Srikulnath, C. Martins // Rev. Fish Biol. Fish. - 2022. - Vol. 32. - p. 357-385. doi:10.1007/s11160-021-09691-7.

25. Ali A. Genome-wide identification of loci associated with growth in rainbow trout. / A. Ali, R. Al-Tobasei, D. Lourenco, T. Leeds, B. Kenney, M. Salem // BMC Genomics. - 2020. - Vol. 21. - p. 1-16. doi:10.1186/s12864-020-6617-x.

26. Aljada A. Insulin inhibits the pro-inflammatory transcription factor early growth response gene-1 (Egr)-1 expression in mononuclear cells (MNC) and reduces plasma tissue factor (TF) and plasminogen activator inhibitor-1 (PAI-1) concentrations. / A. Aljada, H. Ghanim, P. Mohanty, N. Kapur, P. Dandona // J Clin Endocrinol Metab. -2002. - Vol. 87. - p. 1419-1422. doi: 10.1210/jcem.87.3.8462.

27. Al-Mamun H. Genome-wide association study of body weight in Australian Merino sheep reveals an orthologous region on OAR6 to human and bovine genomic regions affecting height and weight / H. Al-Mamun, P. Kwan, S. Clark, M. Ferdosi, R. Tellam, C. Gondro // Genetics Selection Evolution - 2015. - Vol. 47. - p. 1-11 doi: 10.1186/s12711-015-0142-4

28. Amish S.J. Assessing thermal adaptation using family-based association and FST outlier tests in a threatened trout species. / S.J. Amish, O. Ali, M. Peacock, M. Miller, M. Robinson, S. Smith, G. Luikart, H. Neville // Mol Ecol. - 2019. - Vol. 10. - p. 25732593. doi: 10.1111/mec.15100.

29. Araujo H.A. Chinook and Coho Salmon Hybrids Linked to Habitat and Climatic Changes on Vancouver Island, British Columbia. / H.A. Araujo, W.D.P. Duguid, R. Withler, J. Supernault, A.D. Schulze, J.L. Mckenzie, K. Pellett, T.D. Beacham, K. Jonsen, A. Gummer // Ecol. Evol. - 2021. - Vol. 11. - p. 16874-16889. doi: 10.1002/ece3.8322.

30. Ayuso M. Comparative Analysis of Muscle Transcriptome between Pig Genotypes Identifies Genes and Regulatory Mechanisms Associated to Growth, Fatness and Metabolism. / M. Ayuso, A. Fernández, Y. Núñez, R. Benítez, B. Isabel, C. Barragán, A.I. Fernández, A.I. Rey, J.F. Medrano, Á. Cánovas, A. González-Bulnes, C. López-Bote, C. Ovilo // PLoS One. - 2015. - Vol. 10. - p. 1-33 doi:10.1371/journal.pone.0145162

31. Bai H. SNPs Analysis of Height Traits in Ningqiang Pony / H. Bai, H. Lu, L. Wang, S. Wang, W. Zeng, T. Zhang // Anim Biotechnol - 2020. - Vol. 24. - p. 1-7 doi: 10.1080/10495398.2020.1728288.

32. Bamps S. Large-scale gene expression pattern analysis, in situ, in Caenorhabditis elegans. / S. Bamps, I.A. Hope // Brief Funct Genomic Proteomic. - 2008. - Vol. 3. - p. 175-183. doi: 10.1093/bfgp/eln013.

33. Barria A. Population Genomic Structure and Genome-Wide Linkage Disequilibrium in Farmed Atlantic Salmon (Salmo salar L.) Using Dense SNP Genotypes. / A. Barria, M.E. López, G. Yoshida, R. Carvalheiro, J.P. Lhorente, J.M. Yáñez // Front Genet. - 2018. - Vol. 9. - p. 1-11. doi:10.3389/fgene.2018.00649.

34. Barría A. Whole Genome Linkage Disequilibrium and Effective Population Size in a Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch) Breeding Population Using a High-Density SNP Array. / A. Barría, K.A. Christensen, G. Yoshida, A. Jedlicki, J.S. Leong, E.B. Rondeau, J.P. Lhorente, B.F. Koop, W.S. Davidson, J.M. Yáñez // Front Genet. -2019. - Vol. 10. - p. 1-9 doi.10.3389/fgene.2019.00498.

35. Barson N.J. Sex-dependent dominance at a single locus maintains variation in age at maturity in salmon. / N.J. Barson, T. Aykanat, K. Hindar, M. Baranski, G.H. Bolstad, P. Fiske, C. Jacq, A.J. Jensen, S.E. Johnston, S. Karlsson, M. Kent, T. Moen, E. Niemela, T. Nome, T.F. N^sje, P. Orell, A. Romakkaniemi, H. S^grov, K. Urdal, J. Erkinaro, S. Lien, C.R. Primmer // Nature. - 2015. - Vol. 528. - p. 405-408. doi:10.1038/nature16062.

36. Baxter J.S. Evidence for Natural Hybridization between Dolly Varden (Salvelinus malma) and Bull Trout (Salvelinus confluentus) in a Northcentral British Columbia Watershed / J.S. Baxter, E.B. Taylor, R.H. Devlin, J. Hagen, J.D. McPhail // Can. J. Fish. Aquat. Sci. - 1997. - Vol. 54. - p. 421-429. doi:10.1139/f96-289.

37. Berckmans B. Transcriptional Contro.ol of the Cell Cycle. / B. Berckmans, L. de Veylder // Curr. Opin. Plant. Biol. - 2009. - Vol. 12. - p. 599-605. doi: 10.1016/j.pbi.2009.07.005.

38. Bernard M. Development of a High-Density 665 K SNP Array for Rainbow Trout Genome-Wide Genotyping. / M. Bernard, A. Dehaullon, G. Gao, K. Paul, H. Lagarde, M. Charles, M. Prchal, J. Danon, L. Jaffrelo, C. Poncet, P. Patrice, P. Haffray, E. Quillet, M. Dupont-Nivet, Y. Palti, D. Lallias, F. Phocas // Front Genet. - 2022. - Vol. 13. -. p. 1-16. doi:10.3389/fgene.2022.941340.

39. Berthelot C. The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication in vertebrates. / C. Berthelot, F. Brunet, D. Chalopin, A. Juanchich, M. Bernard, B. Noël, P. Bento, C. Da Silva, K. Labadie, A. Alberti, J.M. Aury, A. Louis, P. Dehais, P. Bardou, J. Montfort, C. Klopp, C. Cabau, C. Gaspin, G.H. Thorgaard, M. Boussaha, E. Quillet, R. Guyomard, D. Galiana, J. Bobe, J.N. Volff, C. Genêt, P. Wincker, O. Jaillon, H. Roest Crollius, Y. Guiguen. // Nat Commun. - 2014. -Vol. 5. - p. 1-10. doi: 10.1038/ncomms4657.

40. Blaj I. Genome-wide association studies and meta-analysis uncovers new candidate genes for growth and carcass traits in pigs / I. Blaj, J. Tetens, S. Preuû, J. Bennewitz, G. Thaller // PLoS ONE. - 2018. - Vol. 13. - p. 1-17 doi.org/10.1371/journal.pone.0205576.

41. Boison S.A. Genomic and Transcriptomic Analysis of Amoebic Gill Disease Resistance in Atlantic Salmon (Salmo salar L.). / S.A. Boison, B. Gjerde, B. Hillestad, S. Makvandi-Nejad, H.K. Moghadam // Front Genet. - 2019. - Vol. 10. - p. 1-15. doi: 10.3389/fgene.2019.00068.

42. Boyko A.R. Genomic analysis establishes correlation between growth and laryngeal neuropathy in Thoroughbreds / A.R. Boyko, S.A. Brooks, A. Behan-Braman, M. Castelhano, E. Corey, K.C. Oliveira, J.E. Swinburne, R.J. Todhunter, Z. Zhang, D.M. Ainsworth, N.E. Robinson // BMC Genomics. - 2014 - Vol. 15. - p. 1-9 doi: 10.1186/1471-2164-15-259.

43. Brieuc M.S.O. A Dense Linkage Map for Chinook Salmon (Oncorhynchus tshawytscha) Reveals Variable Chromosomal Divergence after an Ancestral Whole Genome Duplication Event / M.S.O. Brieuc, C.D. Waters, J.E. Seeb, K.A. Naish // G3 Genes Genomes Genet. - 2014. - Vol. 4. - p. 447-460. doi:10.1534/g3.113.009316.

44. Brown K.H. Intraspecific variation in the rainbow trout mitochondrial DNA genome. / K.H. Brown, R.E. Drew, L.A. Weber, G.H. Thorgaard // Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. - 2006. - Vol. 2. - p. 219-226. doi: 10.1016/j.cbd.2005.11.004.

45. Cádiz M.I. Detection of selection signatures in the genome of a farmed population of anadromous rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). / M.I. Cádiz, M.E.

López, D. Díaz-Domínguez, G. Cáceres, R. Marin-Nahuelpi, D. Gomez-Uchida, C.B. Canales-Aguirre, P. Orozco-terWengel, J.M. Yáñez //Genomics. 2021 Sep;113(5):3395-3404. doi: 10.1016/j.ygeno.2021.07.027.

46. Campbell M.A. Long-Term Conservation of Ohnologs Through Partial Tetrasomy Following Whole-Genome Duplication in Salmonidae. / M.A. Campbell, M.C. Hale, G.J. McKinney, K.M. Nichols, D.E. Pearse //G3 (Bethesda). - 2019. - Vol. 6.- p. 2017-2028. doi:10.1534/g3.119.400070

47. Campbell M.A. Conservation of Ohnologues Through Partial Tetrasomy Following Whole-Genome Duplication in Salmonidae / M.A. Campbell, M.C. Hale, G.J. McKinney, K.M. Nichols, D.E. Pearse // G3 Genes Genomes Genet. - 2019. - Vol. 9. -p. 2017-2028. doi: 10.1534/g3.119.400070.

48. Chafin T.K. Hybridization Drives Genetic Erosion in Sympatric Desert Fishes of Western North America. / T.K. Chafin, M.R. Douglas, B.T. Martin, M.E. Douglas //Heredity - 2019. - Vol. 123. - p. 759-773. doi:10.1038/s41437-019-0259-2.

49. Chen D. Bone morphogenetic proteins. / D. Chen, M. Zhao, G.R. Mundy // Growth Factors. - 2004. - Vol. 4. - p. 233-241. doi:10.1080/08977190412331279890.

50. Chen Q. Whole-genome Analyses Identify Loci and Selective Signals Associated With Body Size in Cattle / Q. Chen, B. Huang, J. Zhan, J. Wang, K. Qu, F. Zhang, J. Shen, P. Jia, Q. Ning, J. Zhang, N. Chen, H. Chen, C Lei, // J Anim Sci - 2020. - Vol. 98. - p. 1-8 doi:10.1093/jas/skaa068.

51. Chikina M.D. Global prediction of tissue-specific gene expression and context-dependent gene networks in Caenorhabditis elegans. / M.D. Chikina, C. Huttenhower, C.T. Murphy, O.G. Troyanskaya // PLoS Comput Biol. - 2009. - Vol. 6. - p. 1-13 doi:10.1371/journal.pcbi.1000417.

52. Coulibaly I. Characterization and comparison of microsatellites derived from repeat-enriched libraries and expressed sequence tags. / I. Coulibaly, K. Gharbi, R.G. Danzmann, J. Yao, C.E. 3rd. Rexroad // Anim Genet. - 2005. - Vol. 4. - p. 309-315. doi: 10.1111/j.1365-2052.2005.01305.x.

53. David G. Specific requirement of the chromatin modifier mSin3B in cell cycle exit and cellular differentiation. / G. David, K.B. Grandinetti, P.M. Finnerty, N. Simpson,

G.C. Chu, R.A. Depinho // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2008. - Vol. 11. - p. 4168-4172. doi:10.1073/pnas.0710285105

54. DeHaan P.W. Spatial Patterns of Hybridization between Bull Trout, Salvelinus confluentus, and Brook Trout, Salvelinus fontinalis in an Oregon Stream Network. / P.W. DeHaan, L.T. Schwabe, W.R. Ardren // Conserv. Genet. - 2010. - Vol. 11. - p. 935-949. doi: 10.1007/s10592-009-9937-6.

55. Dupont J. Insulin immuno-neutralization in chicken: effects on insulin signaling and gene expression in liver and muscle. / J. Dupont, S. Tesseraud, M. Derouet,

A. Collin, N. Rideau, S. Crochet, E. Godet, E. Cailleau-Audouin, S. Métayer-Coustard, M.J. Duclos, C. Gespach, T.E. Porter, L.A. Cogburn, J. Simon // J Endocrinol. - 2008. -Vol. 197. - p. 531-542. doi: 10.1677/J0E-08-0055.

56. Du X. Integrated Analysis of miRNA-mRNA Interaction Network in Porcine Granulosa Cells Undergoing Oxidative Stress. / X. Du, Q. Li, Q. Cao, S. Wang, H. Liu, Q. Li // Oxid Med Cell Longev. - 2019. - Vol. 4. - p. 1-14. doi: 10.1155/2019/1041583.

57. Fatehi A.N. Expression of bone morphogenetic protein2 (BMP-2), BMP-4 and BMP receptors in the bovine ovary but absence of effects of BMP2 and BMP4 during IVM on bovine oocyte nuclear maturation and subsequent embryo development. / A.N. Fatehi, R. van den Hurk, B. Colenbrander, A.J. Daemen, H.T. van Tol, R.M. Monteiro,

B.A. Roelen, M.M. Bevers // Theriogenology. - 2005. - Vol. 63. - p. 872-889. doi: 10.1016/j.theriogenology.2004.05.013.

58. Fraser T.W.K. Vertebral Deformities in Interspecific Diploid and Triploid Salmonid Hybrids. / T.W.K. Fraser, T.J. Hansen, F. Sambraus, P.G. Fjelldal // J. Fish Biol. - 2021. - Vol. 98. - p. 1059-1070. doi: 10.1111/jfb.14353.

59. Fukui S. Maladaptive Secondary Sexual Characteristics Reduce the Reproductive Success of Hybrids between Native and Non-Native Salmonids. / S. Fukui, S.L. May-McNally, E.B. Taylor, I. Koizumi // Ecol. Evol. - 2018. - Vol. 8. - p. 1217312182. doi: 10.1002/ece3.4676.

60. Furlong R.F. Were Vertebrates Octoploid? / R.F. Furlong, P.W.H. Holland // Philos. Trans. R Soc. Lond. B Biol. Sci. - 2002. - Vol. 357. - p. 531-544. doi:10.1098/rstb.2001.1035.

61. Gabián M. Identification of genomic regions regulating sex determination in Atlantic salmon using high density SNP data. / M. Gabián, P. Morán, A.I. Fernández, B. Villanueva, A. Chtioui, M.P. Kent, L. Covelo-Soto, A. Fernández, M. Saura // BMC Genomics. - 2019. - Vol. 20. - p. 1-12. doi:10.1186/s12864-019-6104-4.

62. Gao G. New Single Nucleotide Polymorphism Database for Rainbow Trout Generated Through Whole Genome Resequencing. / G. Gao, T. Nome, D.E. Pearse, T. Moen, K.A. Naish, G.H. Thorgaard, S. Lien, Y. Palti // Front Genet. - 2018. - Vol. 9. - . p. 1-11. doi: 10.3389/fgene.2018.00147.

63. Garrido N. Differences in Muscle Lipogenic Gene Expression, Carcass Traits and Fat Deposition among Three Iberian Pig Strains Finished in Two Different Feeding Systems. / N. Garrido, M. Izquierdo, F.I. Hernández-García, Y. Núñez, S. García-Torres, R. Benítez, J.Á. Padilla, C. Óvilo // Animals (Basel). - 2023. - Vol. 13. - p. 1-15. doi: 10.3390/ani13071138.

64. Genet C. Analysis of BAC-end sequences in rainbow trout: content characterization and assessment of synteny between trout and other fish genomes. / C. Genet, P. Dehais, Y. Palti, G. Gao, F. Gavory, P. Wincker, E. Quillet, M. Boussaha //BMC Genomics. - 2011. - Vol. 12. - p. 1-8. doi:10.1186/1471-2164-12-314.

65. Gerstein A.C. Ploidy and the Causes of Genomic Evolution. / A.C. Gerstein, S.P. Otto // J. Hered. - 2009. - Vol. 100. - p. 571-581. doi: 10.1093/jhered/esp057.

66. Glab J.A. Bim Deletion Reduces Functional Deficits Following Ischemic Stroke in Association with Modulation of Apoptosis and Inflammation. / J.A. Glab, H. Puthalakath, S.R. Zhang, A. Vinh, G.R. Drummond, C.G. Sobey, T.M. De Silva, H.A. Kim // Neuromolecular Med. - 2022. - Vol. 4. - p. 405-414. doi:10.1007/s12017-022-08703-4.

67. Gong Y. Induction of BIM is essential for apoptosis triggered by EGFR kinase inhibitors in mutant EGFR-dependent lung adenocarcinomas. / Y. Gong, R. Somwar, K. Politi, M. Balak, J. Chmieleck, X. Jiang, W. Pao // PLoS Med. - 2007. - Vol. 4. - p. 1655-1668. doi:10.1371/journal.pmed.0040294.

68. Gruzdeva M.A. A Rare Case of Permanent Introgressive Hybridization in Char of the Genus Salvelinus (Salmonidae: Salmoniformes) in the Utkholok River, Western

Kamchatka. / M.A. Gruzdeva, K.V. Kuzishchin, A.V. Semenova, E.V. Ponomareva, A.A. Volkov, D.S. Pavlov, // Russ. J. Mar. Biol. - 2018. - Vol. 44. - p. 442-451. doi:10.1134/S1063074018060056.

69. Gutierrez A.P. Genome-wide association study (GWAS) for growth rate and age at sexual maturation in Atlantic salmon (Salmo salar). / A.P. Gutierrez, J.M. Yanez, S. Fukui, B. Swift, W.S. Davidson // PLoS One. - 2015. - Vol. 10. - p. 1-15. doi: 10.1371/journal.pone.0119730.

70. Halloran D. Bone Morphogenetic Protein-2 in Development and Bone Homeostasis. / D. Halloran, H.W. Durbano, A. Nohe // J Dev Biol. - 2020. - Vol. 3. - p. 1-30. doi: 10.3390/jdb8030019

71. Haugland G. T. Lumpfish (Cyclopterus lumpus L.) develop amoebic gill disease (AGD) after experimental challenge with Paramoeba perurans and can transfer amoebae to Atlantic salmon (Salmo salar L.). / G. T. Haugland, A. B. Olsen, A. R0nneseth, L. Andersen // Aquaculture - 2017. - Vol. 478. - p. 48-55. doi: 10.1016/J.aquaculture.2016.04.001/

72. Henrich T. MEPD: a resource for medaka gene expression patterns. / T. Henrich, M. Ramialison, B. Wittbrodt, B. Assouline, F. Bourrat, A. Berger, H. Himmelbauer, T. Sasaki, N. Shimizu, M. Westerfield, H. Kondoh, J. Wittbrodt // Bioinformatics. - 2005. - Vol. 21. - p. 3195-3197. doi: 10.1093/bioinformatics/bti478.

73. Houston R.D. Atlantic salmon (Salmo salar L.) genetics in the 21st century: taking leaps forward in aquaculture and biological understanding. / R.D. Houston, D.J. Macqueen // Anim Genet. - 2019. - Vol. 50. - p. 3-14. doi:10.1111/age.12748.

74. Houston R.D. Development and validation of a high density SNP genotyping array for Atlantic salmon (Salmo salar). / R.D. Houston, J.B. Taggart, T. Cezard, M. Bekaert, N.R. Lowe, A. Downing, R. Talbot, S.C. Bishop, A.L. Archibald, J.E. Bron, D.J. Penman, A. Davassi, F. Brew, A.E. Tinch, K. Gharbi, A. Hamilton // BMC Genomics. -2014. - Vol. 15. - p. 1-13 doi: 10.1186/1471-2164-15-90.

75. Innan H. The Evolution of Gene Duplications: Classifying and Distinguishing between Models / H. Innan, F. Kondrashov // Nat. Rev. Genet. - 2010. - Vol. 11. - p. 97-108. doi:10.1038/nrg2689.

76. Iovine M.K. Conserved mechanisms regulate outgrowth in zebrafish fins. / M.K. Iovine // Nat Chem Biol. - 2007. Vol. 10. - p. 613-618. doi: 10.1038/nchembio.2007.36. PMID: 17876318.

77. Janhunen, P. The GUMICS-4 global {MHD} magnetosphere-ionosphere coupling simulation. / P. Janhunen, M. Palmroth, T. Laitinen, I. Honkonen, L. Juusola, G. Facsko, T. Pulkkinen // J. Atmos. Sol.-Terr. Phy. - 2012 - Vol. 80. - p. 48-59. doi.org/10.1016/j.jastp.2012.03.006, 2012

78. Jean C. JUNO, the receptor of sperm IZUMO1, is expressed by the human oocyte and is essential for human fertilisation. / C. Jean, F. Haghighirad, Y. Zhu, M. Chalbi, A. Ziyyat, E. Rubinstein, C. Gourier, P. Yip, J.P. Wolf, Lee J.E., C. Boucheix, V. Barraud-Lange // Hum Reprod. - 2019. - Vol. 34. - p. 118-126. doi: 10.1093/humrep/dey340. PMID: 30517645.

79. Jerry D.R. Evidence for Natural Interspecific Hybridization between the Australian Bass (Macquaria novemaculeata) and Estuary Perch (M. colonorum). / D.R. Jerry, T.A. Raadik, S.C. Cairns, P.R. Baverstock //Mar. Freshw. Res. - 1999. - Vol. 50.

- p. 661. doi:10.1071/MF98120.

80. Johnson K.R., Wright J.E. Jr., May B. Linkage relationships reflecting ancestral tetraploidy in salmonid fish. / K.R. Johnson, J.E. Wright Jr., B. May // Genetics. - 1987.

- Vol. 116. - p. 579-591. doi:10.1093/genetics/116.4.579

81. Johnsson M. A sexual ornament in chickens is affected by pleiotropic alleles at HAO1 and BMP2, selected during domestication. / M. Johnsson, I. Gustafson, C.J. Rubin, A.S. Sahlqvist, K.B. Jonsson, S. Kerje, O. Ekwall, O. Kämpe, L. Andersson, P. Jensen, D. A. Wright // PLoS Genet. - 2012. - Vol. 8. - p. 1-10 doi: 10.1371/journal.pgen.1002914.

82. Kassahn K.S. Evolution of Gene Function and Regulatory Control after Whole-Genome Duplication: Comparative Analyses in Vertebrates / K.S. Kassahn, V.T. Dang, S.J. Wilkins, A.C. Perkins, M.A. Ragan // Genome Res. - 2009. - Vol. 19. - p. 14041418. doi: 10.1101/gr.086827.108.

83. Kijas J. Diversity and linkage disequilibrium in farmed Tasmanian Atlantic salmon. / J. Kijas, N. Elliot, P. Kube, B. Evans, N. Botwright, H. King, C.R. Primmer, K. Verbyla // Anim Genet. - 2017 - Vol. 48. - p. 237-241. doi:10.1111/age.12513.

84. Kijas J.W. Haplotype-based analysis of selective sweeps in sheep. / J.W. Kijas // Genome. - 2014. - Vol. 8. - p. 433-437. doi: 10.1139/gen-2014-0049.

85. Kingsley D.M. The mouse short ear skeletal morphogenesis locus is associated with defects in a bone morphogenetic member of the TGF beta superfamily. / D.M. Kingsley, A.E. Bland, J.M. Grubber, P.C. Marker, L.B. Russell, N.G. Copeland, N.A. Jenkins // Cell. - 1992. - Vol. 71. - p. 399-410. doi:10.1016/0092-8674(92)90510-j.

86. Kj^rner-Semb E. Atlantic salmon populations reveal adaptive divergence of immune related genes - a duplicated genome under selection. / E. Kj^rner-Semb, F. Ayllon, T. Furmanek, V. Wennevik, G. Dahle, E. Niemelä, M. Ozerov, J.P. Vähä, K.A. Glover, C.J. Rubin, A. Wargelius, R.B. Edvardsen // BMC Genomics. - 2016. - Vol. 17. - p. 1-12. doi: 10.1186/s12864-016-2867-z.

87. Kriaridou C. Genomic Prediction Using Low Density Marker Panels in Aquaculture: Performance Across Species, Traits, and Genotyping Platforms. / C. Kriaridou, S. Tsairidou, R.D. Houston, D. Robledo // Front Genet. - 2020. - Vol. 11. - p. 1-8 doi: 10.3389/fgene.2020.00124.

88. Kudoh T. A gene expression screen in zebrafish embryogenesis. / T. Kudoh, M. Tsang, N.A. Hukriede, X. Chen, M. Dedekian, C.J. Clarke, A. Kiang, S. Schultz, J.A. Epstein, R. Toyama, I.B. Dawid // Genome Res. - 2001. - Vol. 12. - p. 1979-1987. doi:10.1101/gr.209601.

89. Kuhl H. Equilibrated Evolution of the Mixed Auto-/Allopolyploid Haplotype-Resolved Genome of the Invasive Hexaploid Prussian Carp / H. Kuhl, K. Du, M. Schartl, L. Kalous, M. Stöck, D.K. Lamatsch // Nat. Commun. - 2022. - Vol. 13. - p. 4092. doi: 10.1038/s41467-022-31515-w

90. Kumar S. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms. / S. Kumar, G. Stecher, M. Li, C. Knyaz, K. Tamura // Mol Biol Evol. - 2018. - Vol. 35. - p. 1547-1549. doi: 10.1093/molbev/msy096.

91. Kyriakidou M. Current Strategies of Polyploid Plant Genome Sequence Assembly / M. Kyriakidou, H.H. Tai, N.L. Anglin, D. Ellis, M.V. Strömvik // Front. Plant. Sci. - 2018. - Vol. 9. - p. 1660. doi:10.3389/fpls.2018.01660.

92. Landis J.B. Impact of Whole-genome Duplication Events on Diversification Rates in Angiosperms. / J.B. Landis, D.E. Soltis, Z. Li, H.E. Marx, M.S. Barker, D.C. Tank, P.S. Soltis // Am. J. Bot. - 2018. - Vol. 105. - p. 348-363. doi:10.1002/ajb2.1060.

93. Lappin F.M. Targeted Sequencing for High-Resolution Evolutionary Analyses Following Genome Duplication in Salmonid Fish: Proof of Concept for Key Components of the Insulin-like Growth Factor Axis / F.M. Lappin, R.L. Shaw, D.J. Macqueen // Mar. Genom. - 2016. - Vol. 30. - p. 15-26. doi:10.1016/j.margen.2016.06.003.

94. Leeds T.D. Response to five generations of selection for growth performance traits in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) / T.D. Leeds, R.L. Vallejo, G.M. Weber, D. Gonzalez-Pena, J.T. Silverstein // Aquaculture. - 2016. - Vol. 465. - p. 341-351. doi:10.1016/j.aquaculture.2016.08.036.

95. Lehnert S.J. Carotenoid pigmentation in salmon: variation in expression at BCO2-l locus controls a key fitness trait affecting red coloration. / S.J. Lehnert, K.A. Christensen, W.E. Vandersteen, D. Sakhrani, T.E. Pitcher, J.W. Heath, B.F. Koop, D.D. Heath, R.H. Devlin // Proc Biol Sci. - 2019. - Vol. 286. - p. 1-8. doi:10.1098/rspb.2019.1588.

96. Lehnert S.J. Significant differences in maternal carotenoid provisioning and effects on offspring fitness in Chinook salmon colour morphs. / S.J. Lehnert, K.A. Garver, J. Richard, R.H. Devlin, C. Lajoie, T.E. Pitcher, D.D. Heath // J Evol Biol. - 2018. - Vol. 12. - p. 1876-1893. doi: 10.1111/jeb.13383.

97. Lehnert S.J. Redder isn't always better: cost of carotenoids in Chinook salmon eggs. / S.J. Lehnert, R.H. Devlin, T.E. Pitcher, C.A. Semeniuk, D.D. Heath // Behav. Ecol. - 2017. - Vol. 2. - p. 549-555. doi:10.1093/beheco/arw182

98. Li B. Molecular mechanisms of intermuscular bone development in fish: a review / B. Li, Zhang Y.W., X. Liu, L. Ma, J.X. Yang // Zool Res - 2021.- V. 42.- p. 362376. doi:10.24272/j.issn.2095-8137.2021.044.

99. Li G.Q. Suppression of BRD4 inhibits human hepatocellular carcinoma by repressing MYC and enhancing BIM expression. / G.Q. Li, W.Z. Guo, Y. Zhang, J.J. Seng, H.P. Zhang, X.X. Ma, G. Zhang, J. Li, B. Yan, H.W. Tang, S.S. Li, L.D. Wang, S.J. Zhang // Oncotarget. - 2016. - Vol. 3. - p. 2462-2474. doi: 10.18632/oncotarget.6275.

100. Li J. Identification and validation of a regulatory mutation upstream of the BMP2 gene associated with carcass length in pigs. / J. Li, S. Peng, L. Zhong, L. Zhou, G. Yan, S. Xiao, J. Ma, L. Huang // Genet Sel Evol. 2021 Dec 14;53(1):94. doi: 10.1186/s12711-021-00689-0.

101. Limborg M.T. Sorting Duplicated Loci Disentangles Complexities of Polyploid Genomes Masked by Genotyping by Sequencing. / M.T. Limborg, L.W. Seeb, J.E. Seeb // Mol. Ecol. - 2016. - Vol. 25. - p. 2117-2129. doi: 10.1111/mec.13601.

102. Li Y. Analyses of MicroRNA and mRNA Expression Profiles Reveal the Crucial Interaction Networks and Pathways for Regulation of Chicken Breast Muscle Development. / Y. Li, Y. Chen, W. Jin, S. Fu, D. Li, Y. Zhang, G. Sun, R. Jiang, R. Han, Z. Li, X. Kang, G. Li // Front Genet. - 2019. - Vol. 10. - p. 1-15. doi: 10.3389/fgene.2019.00197

103. Liu R.R. Identification of loci and genes for growthrelated traits from a genome-wide association study in a slow-fast-growing broiler chicken cross. / R.R.Liu, Y.F. Sun, G.P. Zhao, H.Y. Wang, M.Q. Zheng, L. Liu, J. Wen // Genes Genome. - 2015. - Vol. 37. - p. 829-836. doi:10.1007/s13258-015-0314-1.

104. Liu S. Identification of single-nucleotide polymorphism markers associated with cortisol response to crowding in rainbow trout. / S. Liu, R.L. Vallejo, G. Gao, Y. Palti, G.M. Weber, A. Hernandez, C.E. 3rd Rexroad. // Mar Biotechnol (NY). - 2015. -Vol. 3. - p. 328-337. doi: 10.1007/s10126-015-9621-4.

105. Liu Y. Influence of Chinese Herbal Formula on Bone Characteristics of Cobb Broiler Chickens. / Y. Liu, S. Liang, X. Zi, S. Yan, M. Liu, M. Li, Y. Zhao, T. Dou, C. Ge, K. Wang, J. Jia // Genes (Basel). - 2022. Vol. 10. - p. 1-24. doi:10.3390/genes13101865

106. Liu Z. Whole genome sequencing of Luxi Black Head sheep for screening selection signatures associated with important traits. / Z. Liu, X. Tan, J. Wang, Q. Jin, X. Meng, Z. Cai, X. Cui, K. Wang // Anim Biosci. - 2022. - Vol. 35. - p. 1340-1350. doi: 10.5713/ab.21.0533.

107. Liu Z, Whole genome sequencing of Luxi Black Head sheep for screening selection signatures associated with important traits. / Z. Liu, X. Tan, J. Wang, Q. Jin, X. Meng, Z. Cai, X. Cui, K. Wang // Anim Biosci. - 2022. - Vol. 9. - p. 1340-1350. doi: 10.5713/ab.21.0533.

108. Luo J. From asymmetrical to balanced genomic diversification during rediploidization: Subgenomic evolution in allotetraploid fish. / J. Luo, J. Chai, Y. Wen, M. Tao, G. Lin, X. Liu, L. Ren, Z. Chen, S. Wu, S. Li, Y. Wang, Q. Qin, S. Wang, Y. Gao, F. Huang, L. Wang, C. Ai, X. Wang, L. Li, C. Ye, H. Yang, M. Luo, J. Chen, H. Hu, L. Yuan, L. Zhong, J. Wang, J. Xu, Z. Du, Z. S. Ma, R. W. Murphy, A. Meyer, J. Gui, P. Xu, J. Ruan, Z.J. Chen, S. Liu, X. Lu, Y.P. Zhang // Sci Adv. - 2020 - Vol. 6, Issue 22. - p. 1-11. doi:10.1126/sciadv.aaz7677.

109. Livak K.J. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method. / K.J. Livak, T.D. Schmittgen // Methods. - 2001. - Vol. 25. - p. 402-408. doi: 10.1006/meth.2001.1262.

110. Mandakova T. Fast Diploidization in Close Mesopolyploid Relatives of Arabidopsis. / T. Mandakova, S. Joly, M. Krzywinski, K. Mummenhoff, M.A. Lysak, // Plant. Cell - 2010. - Vol. 22. - p. 2277-2290. doi: 10.1105/tpc.110.074526.

111. Marancik D. Whole-body transcriptome of selectively bred, resistant-, control-, and susceptible-line rainbow trout following experimental challenge with Flavobacterium psychrophilum. / D. Marancik, G. Gao, B. Paneru, H. Ma, A.G. Hernandez, M. Salem, J. Yao, Y. Palti, G.D. Wiens // Front Genet. - 2015. - Vol. 5. - p. 1-15. doi: 10.3389/fgene.2014.00453.

112. Mason A.S. Homoeologous Exchanges, Segmental Allopolyploidy, and Polyploid Genome Evolution / A.S. Mason, J.F. Wendel // Front. Genet. - 2020. - Vol. 11. - p. 1014. doi: 10.3389/fgene.2020.01014.

113. May-McNally S.L. Low Levels of Hybridization between Sympatric Arctic Char (Salvelinus alpinus) and Dolly Varden Char (Salvelinus malma) / S.L. May-McNally, T.P. Quinn, E.B. Taylor // Highlights Their Genetic Distinctiveness and Ecological Segregation. Ecol. Evol. - 2015. - Vol. 5. - p. 3031-3045. doi:10.1002/ece3.1583.

114. Mayrose I. Recently Formed Polyploid Plants Diversify at Lower Rates. / I. Mayrose, S.H. Zhan, C.J. Rothfels, K. Magnuson-Ford, M.S. Barker, L.H. Rieseberg, S.P. Otto // Science - 2011. - Vol. 333. - p. 1257. doi:10.1126/science.1207205

115. Meng Y. The anti-inflammation and pharmacokinetics of a novel alkaloid from Portulaca oleracea L. / Y. Meng, Z. Ying, Z. Xiang, D. Hao, W. Zhang, Y. Zheng, Y. Gao, X. Ying // J Pharm Pharmacol. - 2016. - Vol. 68. - p. 397-405. doi: 10.1111/jphp. 12526.

116. Misztal I. Unknown-parent groups in single-step genomic evaluation. / I. Misztal, Z.G. Vitezica, A. Legarra, I. Aguilar, A.A. Swan // J Anim Breed Genet. - 2013 - Vol. 130. - p. 252-258. doi:10.1111/jbg. 12025.

117. Mohamed A.R. Polygenic and sex specific architecture for two maturation traits in farmed Atlantic salmon. / A.R. Mohamed, K.L. Verbyla, H.A. Al-Mamun, S. McWilliam, B. Evans, H. King, P. Kube, J.W. Kijas // BMC Genomics. - 2019. - Vol. 20. - p. 1-12. doi: 10.1186/s12864-019-5525-4.

118. Mohammadi H. Genome wide association study based on pathway analysis relate to growth traits in sheep [Электронный ресурс] / H. Mohammadi, A. Najafi, M. Shamsollahi // Вестник Финансовой академии. - 2023. - N 17. - Режим доступа: http://mg.genetics.ir/article-1-1757-en.html

119. Montanari S.R. The Importance of Ecological and Behavioural Data in Studies of Hybridisation among Marine Fishes. / S.R. Montanari, J.-P.A. Hobbs, M.S. Pratchett, L. van Herwerden // Rev. Fish Biol. Fish. - 2016. - Vol. 26. - p. 181-198. doi: 10.1007/s11160-016-9420-7.

120. Moreira G. Genome-wide Association Scan for QTL and Their Positional Candidate Genes Associated With Internal Organ Traits in Chickens / G. Moreira, M. Salvian, C. Boschiero, A. Cesar, J. Reecy, T. Godoy, M. Ledur, D. Garrick, G. Mouräo,

L. Coutinho // BMC Genomics. - 2019. - Vol. 20. - p. 1-15 doi: 10.1186/s12864-019-6040-3.

121. Mulder K.W. Regulation of histone H3K4 tri-methylation and PAF complex recruitment by the Ccr4-Not complex. / K.W. Mulder, A.B. Brenkman, A. Inagaki, N.J. van den Broek, H.T. Timmers // Nucleic Acids Res. - 2007. - Vol. 35. - p. 2428-2439. doi: 10.1093/nar/gkm175.

122. Muñoz I.M. Family with sequence similarity 60A (FAM60A) protein is a cell cycle-fluctuating regulator of the SIN3-HDAC1 histone deacetylase complex. / I.M. Muñoz, T. MacArtney, L. Sanchez-Pulido, C.P. Ponting, S. Rocha, J. Rouse // J Biol Chem. - 2012. - Vol. 287. - p. 32346-32353. doi: 10.1074/jbc.M112.382499

123. Nabeshima R. Loss of Fam60a, a Sin3a subunit, results in embryonic lethality and is associated with aberrant methylation at a subset of gene promoters. / R. Nabeshima, O. Nishimura, T. Maeda, N. Shimizu, T. Ide, K. Yashiro, Y. Sakai, C. Meno, M. Kadota, H. Shiratori, S. Kuraku, H. Hamada // Elife. - 2018. - Vol. 7 - p. 1-29. doi: 10.7554/eLife.36435.

124. Ning X. Genome-wide identification and characterization of five MyD88 duplication genes in Yesso scallop (Patinopecten yessoensis) and expression changes in response to bacterial challenge. / X. Ning, R. Wang, X. Li, S. Wang, M. Zhang, Q. Xing, Y. Sun, S. Wang, L. Zhang, X. Hu, Z. Bao, // Fish Shellfish Immunol. - 2015. - Vol. 46. - p. 181-191. doi: 10.1016/j.fsi.2015.06.028.

125. Nugent C.M. A SNP Based Linkage Map of the Arctic Charr (Salvelinus alpinus) Genome Provides Insights into the Diploidization Process After Whole Genome Duplication. / C.M. Nugent, A.A. Easton, J.D. Norman, M.M. Ferguson, R.G. Danzmann // G3 Genes Genomes Genet. - 2017. - Vol. 7. - p. 543-556. doi:10.1534/g3.116.038026.

126. van Oevelen C. The mammalian Sin3 proteins are required for muscle development and sarcomere specification. / C. van Oevelen, C. Bowman, J. Pellegrino, P. Asp, J. Cheng, F. Parisi, M. Micsinai, Y. Kluger, A. Chu, A. Blais, G. David, B.D. Dynlacht // Mol Cell Biol. - 2010. - Vol. 24. - p. 5686-5697. doi:10.1128/MCB.00975-10.

127. Ortiz-Barrientos D. Gene Expression Divergence and the Origin of Hybrid Dysfunctions / D. Ortiz-Barrientos, B.A. Counterman, M.A.F. Noor // Genetica 2006. 129, 71-81. doi:10.1007/s10709-006-0034-1.

128. Palti Y. The development and characterization of a 57K single nucleotide polymorphism array for rainbow trout. / Y. Palti, G. Gao, S. Liu, M.P. Kent, S. Lien, M.R. Miller, C.E. 3rd Rexroad, T. Moen // Mol Ecol Resour. - 2015. - Vol. 15. - p. 662-672. doi: 10.1111/1755-0998.12337.

129. Pan Z. Rapid evolution of a retro-transposable hotspot of ovine genome underlies the alteration of BMP2 expression and development of fat tails. / Z. Pan, S. Li, Q. Liu, Z. Wang, Z. Zhou, R. Di, X. An, B. Miao, X. Wang, W. Hu, X. Guo, S. Lv, F. Li, G. Ding, M. Chu, Y. Li // BMC Genomics. - 2019. - Vol. 20. - 1-15. doi: 10.1186/s12864-019-5620-6.

130. Parey E. An Atlas of Fish Genome Evolution Reveals Delayed Rediploidization Following the Teleost Whole-Genome Duplication / E. Parey, A. Louis, J. Montfort, Y. Guiguen, H. Roest Crollius, C. Berthelot // Genome Res. - 2022. - Vol. 32. - p. 1685-1697. doi: 10.1101/gr.276953.122.

131. Picolo F. Genes Encoding Teleost Orthologs of Human Haploinsufficient and Monoallelically Expressed Genes Remain in Duplicate More Frequently Than the Whole Genome. / F. Picolo, A. Grandchamp, B. Piegu, A.D. Rolland, R.A. Veitia, P. Monget, // Int. J. Genom. - 2021. - Vol. 1. - p. 6. doi:10.1155/2021/9028667. eCollection 2021

132. Pires J.C. Robust Yet Fragile: Expression Noise, Protein Misfolding, and Gene Dosage in the Evolution of Genomes. / J.C. Pires, G.C. Conant // Annu. Rev. Genet.

- 2016. - Vol. 50. - p. 113-131. doi: 10.1146/annurev-genet-120215-035400.

133. Pires-daSilva A. The Evolution of Signalling Pathways in Animal Development. / A. Pires-daSilva, R.J. Sommer // Nat. Rev. Genet. - 2003. - Vol. 4. - p. 39-49. doi: 10.1038/nrg977.

134. Pregizer S. Control of BMP gene expression by long-range regulatory elements. / S. Pregizer, D.P. Mortlock // Cytokine Growth Factor Rev. - 2009. - Vol. 20.

- p. 509-515. doi:10.1016/j.cytogfr.2009.10.011.

135. Pryce J. E. Hayes B.J. Bolormaa S. Goddard M.E. Polymorphic regions affecting human height also control stature in cattle. / J. E. Pryce, B.J. Hayes, S. Bolormaa, M.E. Goddard // Genetics. - 2011. - Vol. 187. - p. 981-984. doi: 10.1534/genetics.110.123943.

136. Purfield D. Reaffirmation of Known Major Genes and the Identification of Novel Candidate Genes Associated With Carcass-Related Metrics Based on Whole Genome Sequence Within a Large Multi-Breed Cattle Population / D. Purfield, R. Evans, D. Berry // BMC Genomics. - 2019 - Vol. 20. - p 1-17. doi:10.1186/s12864-019-6071-9.

137. Quang Le B. A biomimetic collagen-bone granule-heparan sulfate combination scaffold for BMP2 delivery. / B. Quang Le, T. Chun Tan, S.B. Lee, J. Woong Jang, Sik Y. Kim, J. Soo Lee, J. Won Choi, P. Sathiyanathan, V. Nurcombe, Cool S.M.// Gene. - 2021. - Vol. 769. - p. 1-19 doi:10.1016/j.gene.2020.145217.

138. Radchenko V.I. Distribution, Growth, and Feeding of Sockeye Salmon in the Western Bering Sea / V.I. Radchenko, O.A. Mathisen // Trans. Am. Fish. Soc. - 2004. -Vol. 133. - p. 606-621. doi: 10.1577/T03-072.1.

139. Rahman, M.A. Hybridization and Its Application in Aquaculture. / M.A. Rahman, S.-G. Lee, F.M. Yusoff, S.M. Rafiquzzaman In Sex Control in Aquaculture; John Wiley & Sons, Ltd.: Chichester. UK. 2018. p. 163-178. doi: 10.1002/9781119127291.ch7.

140. Rajasingh H. Why are salmonids pink. Can. / Rajasingh H., Vage D.I., Pavey S.A., Omholt S.W. // J. Fish. Aquat. Sci. - 2007. - Vol. 64. - 1614-1627. doi:10.1139/F07-119

141. Randhawa I.A. Composite Selection Signals for Complex Traits Exemplified Through Bovine Stature Using Multibreed Cohorts of European and African Bos taurus. / I.A. Randhawa, M.S. Khatkar, P.C. Thomson, H.W. Raadsma // G3 (Bethesda). - 2015. - Vol. 5. - p. 1391-401. doi: 10.1534/g3.115.017772.

142. Redenbach Z. Evidence for historical introgression along a contact zone between two species of char (Pisces: Salmonidae) in northwestern North America. / Z.

Redenbach, E.B. Taylor // Evolution - 2002. - Vol. 56. - p. 1021-1035. doi: 10.1111/j.0014-3820.2002.tb01413.x.

143. Reis Neto R.V. Genome-wide association analysis for body weight identifies candidate genes related to development and metabolism in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). / R.V. Reis Neto, G.M. Yoshida, J.P. Lhorente, J.M. Yanez // Mol Genet Genomics. - 2019. - Vol. 294. - p. 563-571. doi:10.1007/s00438-018-1518-2.

144. Robertson F.M. Lineage-Specific Rediploidization Is a Mechanism to Explain Time-Lags between Genome Duplication and Evolutionary Diversification / F.M. Robertson, M.K. Gundappa, F. Grammes, T.R. Hvidsten, A.K. Redmond, S. Lien, S.A.M. Martin, P.W.H. Holland, S.R. Sandve, D.J. Macqueen // Genome Biol. - 2017. - Vol. 18. - p. 111. doi: 10.1186/s13059-017-1241-z.

145. Robinson-Rechavi M. Phylogenetic Dating and Characterization of Gene Duplications in Vertebrates: The Cartilaginous Fish Reference / M. Robinson-Rechavi, B. Boussau, V. Laudet //Mol. Biol. Evol. - 2004. -Vol. 1. - p. 580-586. doi: 10.1093/molbev/msh046.

146. Rubin C.J. Strong signatures of selection in the domestic pig genome. / C.J. Rubin, H.J. Megens, A. Martinez Barrio, K. Maqbool, S. Sayyab, D. Schwochow, C. Wang, O. Carlborg, P. Jem, C.B. J0rgensen, A.L. Archibald, M. Fredholm, M.A. Groenen, L. Andersson // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2012. - Vol. 109. - p.19529-19536. doi:10.1073/pnas.1217149109.

147. Ruiz-Larranaga O. Genomic selection signatures in sheep from the Western Pyrenees / O. Ruiz-Larranaga, J. Langa, F. Rendo, C. Manzano, M. Iriondo, A Estonba // Genetics Selection Evolution - 2018. - Vol. 50. - p. 1-12. doi:10.1186/s12711-018-0378-x

148. Rundqvist H.C. Acute sprint exercise transcriptome in human skeletal muscle. / H.C. Rundqvist, A. Montelius, T. Osterlund, B. Norman, M. Esbjornsson, E. Jansson //PLoS One. - 2019. - Vol. 14. - p. 1-24. doi: 10.1371/journal.pone.0223024.

149. Sae-Lim P. Defining desired genetic gains for rainbow trout breeding objective using analytic hierarchy process. / P. Sae-Lim, H. Komen, A. Kause, J.A. van

Arendonk, A.J. Barfoot, K.E. Martin, J.E. Parsons // J Anim Sci. - 2012. - Vol. 90. -p.1766-1776. doi: 10.2527/jas.2011-4267.

150. Sae-Lim P. Estimation of breeding values for uniformity of growth in Atlantic salmon (Salmo salar) using pedigree relationships or single-step genomic evaluation. / P. Sae-Lim, A. Kause, M. Lillehammer, H.A. Mulder // Genet Sel Evol. - 2017. - Vol. 49.

- p. 1-12. doi: 10.1186/s12711-017-0308-3.

151. Sae-Lim P. Genetic (co)variance of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) body weight and its uniformity across production environments. / P. Sae-Lim, A. Kause, M. Janhunen, H. Vehvilainen, H. Koskinen, B. Gjerde, M. Lillehammer, H.A. Mulder // Genet Sel Evol. - 2015. - Vol. 47. - p. 1-10. doi:10.1186/s12711-015-0122-8.

152. Sae-Lim P. Genetics of Growth Reaction Norms in Farmed Rainbow Trout. / P. Sae-Lim, H. Mulder, B. Gjerde, H. Koskinen, M. Lillehammer, A. Kause // PLoS One.

- 2015. - Vol. 10. - p. 1-17 doi: 10.1371/journal.pone.0135133.

153. Salem M. Transcriptome assembly, gene annotation and tissue gene expression atlas of the rainbow trout. / M. Salem, B. Paneru, R. Al-Tobasei, F. Abdouni,

G.H. Thorgaard, C.E. Rexroad, J. Yao // PLoS One. - 2015. - Vol. 10. - . doi:10.1371/journal.pone.0121778.

154. Sangang H. Genome-Wide Scan for Runs of Homozygosity Identifies Candidate Genes Related to Economically Important Traits in Chinese Merino /

H. Sangang, D. Jiang, H. Bing, C. Lei, L. Mingjun, L. Wenrong // Animals (Basel) -2020. - Vol. 10. - p. 1-13 doi: 10.3390/ani10030524.

155. Schiavo G. A machine learning approach for the identification of populationinformative markers from high-throughput genotyping data: application to several pig breeds / G. Schiavo, F. Bertolini, G. Galimberti, S. Bovo, S. Dall'olio, L. Nanni Costa, M. Gallo, L. Fontanesi // Animal. - 2020. - Vol. 14. - p. 223-232. doi: 10.1017/S1751731119002167

156. Schneider H. Neo- and Paleopolyploidy Contribute to the Species Diversity of Asplenium / H. Schneider, H-M. Liu, Y-F. Chang, D. Ohlsen, L.R. Perrie, L. Shepherd, M. Kessler, D.N. Karger, S. Hennequin, J. Marquardt, S. Russell, S. Ansell, N.T. Lu, P.

Kamau, J. Loriga, L. Regalado, J. Heinrichs, A. Ebihara, A.R. Smith, M. Gibby // J. Syst Evol. - 2017. - Vol. 55. - p. 353-364. doi: 10.1111/jse. 12271

157. Sheet S. Insight into the Candidate Genes and Enriched Pathways Associated with Height, Length, Length to Height Ratio and Body-Weight of Korean Indigenous Breed, Jindo Dog Using Gene Set Enrichment-Based GWAS Analysis. / S. Sheet, J.S. Kim, M.J. Ko, N.Y. Kim, Y.J. Lim, M.R. Park, S.J. Lee, J.M. Kim, S.I. Oh, B.H. Choi // Animals (Basel). - 2021. - Vol. 11. - p. 1-21 doi:10.3390/ani11113136.

158. Signer-Hasler H. Runs of homozygosity and signatures of selection: a comparison among eight local Swiss sheep breeds / H. Signer-Hasler, A. Burren, P. Ammann, C. Drögemüller, C. Flury // Animal Genetics - 2019. - Vol. 50. - p. 512525. doi: 10.1111 / age.12828.

159. Singh P.P. OHNOLOGUES v2: A Comprehensive Resource for the Genes Retained from Whole Genome Duplication in Vertebrates / P.P. Singh, H. Isambert // Nucleic Acids Res. - 2019. - Vol. 48. - p. 724-730. doi: 10.1093/nar/gkz909.

160. Skenteris N.T. Osteomodulin attenuates smooth muscle cell osteogenic transition in vascular calcification. / N.T. Skenteris, T. Seime, A. Witasp, E. Karlöf, G.B. Wasilewski, M.A. Heuschkel, A.M.G. Jaminon, L. Oduor, R. Dzhanaev, M. Kronqvist, M. Lengquist, F.E.C.M. Peeters, M. Söderberg, R. Hultgren, J. Roy, L. Maegdefessel, H. Arnardottir, E. Bengtsson, I. Goncalves, T. Quertermous, C. Goettsch, P. Stenvinkel, L.J. Schurgers, L. Matic // Clin Transl Med. - 2022. - Vol. 12. - p. 1-24 doi: 10.1002/ctm2.682.,

161. Smet de R. Convergent Gene Loss Following Gene and Genome Duplications Creates Single-Copy Families in Flowering Plants. / R. de Smet, K.L. Adams, K. Vandepoele, M.C.E. van Montagu, S. Maere, Y. van de Peer // Proc. Natl. Acad. Sci. USA - 2013. - Vol. 110. - p. 2898-2903. doi:10.1073/pnas.1300127110.

162. Smith S.R. A Chromosome-anchored Genome Assembly for Lake Trout (Salvelinus namaycush). / S.R. Smith, E. Normandeau, H. Djambazian, P.M. Nawarathna, P. Berube, A.M. Muir, J. Ragoussis, C.M. Penney, K.T. Scribner, G. G. Luikart, C.C. Wilson, L. Bernatchez //Mol. Ecol. Resour - 2022. - Vol. 22. - p. 679694. doi: 10.1111/1755-0998.13483.

163. Soltis P.S. Plant Genomes: Markers of Evolutionary History and Drivers of Evolutionary Change / P.S. Soltis, D.E. Soltis, // Plants People Planet. - 2021 - Vol. 3. -p. 74-82. doi: 10.1002/ppp3.10159.

164. Soltis P.S. Polyploidy and Genome Evolution in Plants / P.S. Soltis, D.B. Marchant, Y. van de Peer, D.E. Soltis // Curr. Opin. Genet. Dev. - 2015. - Vol. 35. - p. 119-125. doi: 10.1016/j.gde.2015.11.003.

165. Sonesson A.K. Genetic heterogeneity of within-family variance of body weight in Atlantic salmon (Salmo salar). / A.K. Sonesson, J. Odegärd, L. Rönnegärd // Genet Sel Evol. - 2013. - Vol. 45. - p. 1-8. doi:10.1186/1297-9686-45-41.

166. Streubel G. Fam60a defines a variant Sin3a-Hdac complex in embryonic stem cells required for self-renewal. / G. Streubel, D.J. Fitzpatrick, G. Oliviero, A. Scelfo, B. Moran, S. Das, N. Munawar, A Watson., Wynne K., G.L. Negri, E.T. Dillon, S. Jammula, K. Hokamp, D.P. O'Connor, D. Pasini, G. Cagney, A.P. Bracken // EMBO J. - 2017. -Vol. 15. - p. 2216-2232. doi:10.15252/embj.201696307.

167. Tank D.C. Nested Radiations and the Pulse of Angiosperm Diversification: Increased Diversification Rates Often Follow Whole Genome Duplications. / D.C. Tank, J.M. Eastman, M.W. Pennell, P.S. Soltis, D.E. Soltis, C.E.Hinchliff, J.W. Brown, E.B. Sessa, L.J. Harmon // New Phytol. - 2015. - Vol. 207 - p. 454-467. doi: 10.1111/nph.13491.

168. Tsai H.Y. Genome wide association and genomic prediction for growth traits in juvenile farmed Atlantic salmon using a high density SNP array. / H.Y. Tsai, A. Hamilton, A.E. Tinch, D.R. Guy, K. Gharbi, M.J. Stear, O. Matika, S.C. Bishop, R.D. Houston //BMC Genomics. - 2015. - Vol. 16 - p. 1-9 . doi:10.1186/s12864-015-2117-9.

169. Tsai H.Y. Genomic prediction of host resistance to sea lice in farmed Atlantic salmon populations. / H.Y. Tsai, A. Hamilton, A.E. Tinch, D.R. Guy, J.E. Bron, J.B. Taggart, K. Gharbi, M. Stear, O. Matika, R. Pong-Wong, S.C. Bishop, R.D. Houston // Genet Sel Evol. - 2016. - Vol. 48 - p. 1-11. doi:10.1186/s12711-016-0226-9.

170. Tsai H.Y. Genotype Imputation To Improve the Cost-Efficiency of Genomic Selection in Farmed Atlantic Salmon. / H.Y. Tsai, O. Matika, S.M. Edwards, R. Antolin-Sanchez, A. Hamilton, D.R. Guy, A.E. Tinch, K. Gharbi, M.J. Stear, J.B. Taggart, J.E.

Bron, J.M. Hickey, R.D. Houston // G3 (Bethesda). - 2017. - Vol. 7. - p. 1377-1383. doi: 10.1534/g3.117.040717.

171. Tsai H.Y. The genetic architecture of growth and fillet traits in farmed Atlantic salmon (Salmo salar). / H.Y. Tsai, A. Hamilton, D.R. Guy, A.E. Tinch, S.C. Bishop, R.D. Houston // BMC Genet. - 2015. - Vol. 16. - p. 1-11. doi:10.1186/s12863-015-0215-y.

172. Usui M. Murine and chicken chondrocytes regulate osteoclastogenesis by producing RANKL in response to BMP2. / M. Usui, L. Xing, H. Drissi, M. Zuscik, R. O'Keefe, D. Chen, B.F. Boyce // J Bone Miner Res. - 2008. - Vol. 23. - p.314-325. doi: 10.1359/jbmr.071025.

173. Van de Peer Y. The Evolutionary Significance of Polyploidy. / Y. van de Peer,

E. Mizrachi, K. Marchal, // Nat. Rev. Genet. - 2017. - Vol. 18. - p. 411-424. doi: 10.1038/nrg.2017.26.

174. Vasil'ev V.P. Mechanisms of Polyploid Evolution in Fish: Polyploidy in Sturgeons / V.P. Vasil'ev In Biology, Conservation and Sustainable Development of Sturgeons; Springer: Dordrecht, The Netherlands. 2009. p. 97-117. doi:10.1007/978-1-4020-8437-9_6.

175. Vaysse A. Identification of genomic regions associated with phenotypic variation between dog breeds using selection mapping. / A. Vaysse, A. Ratnakumar, T. Derrien, E. Axelsson, G. Rosengren Pielberg, S. Sigurdsson, T. Fall, E.H. Seppala, M.S. Hansen, C.T. Lawley, E.K. Karlsson, LUPA Consortium, D. Bannasch, C. Vila, H. Lohi,

F. Galibert, M. Fredholm, J. Haggstrom, A. Hedhammar, C. Andre, K. Lindblad-Toh, C. Hitte, M.T. Webster // PLoS Genet. - 2011. - Vol. 10 - p. 1-21 doi: 10.1371/journal.pgen.1002316.

176. Wang B. The Role of the Transcription Factor EGR1 in Cancer. / B. Wang, H. Guo, H. Yu, Y. Chen, H. Xu, G. Zhao // Front Oncol. - 2021. - Vol. 11. - p. 1-10. doi: 10.3389/fonc.2021.642547.

177. Waples R.K. Linkage Mapping with Paralogs Exposes Regions of Residual Tetrasomic Inheritance in Chum Salmon (Oncorhynchus keta) / R.K. Waples, L.W. Seeb, J.E. Seeb // Mol. Ecol. Resour. - 2016. - Vol. 16. - P. 17-28. doi:10.1111/1755-0998.12394.

178. Waples R.S. Special Issue Evolutionary Perspectives on Salmonid Conservation and Management / R.S. Waples A.P Hendry // Evol. Appl. - 2008. - Vol. 1. - p. 183-188. doi: 10.1111/j.1752-4571.2008.00035.x.

179. Watson J.D. The functioning of higher eukaryotic genes. / J.D. Watson, J.W. Roberts, J.A. Steitz, A.M. Weiner In: Gene MBot, editor. 1987 Molecular Biology of the Gene. Molecular Biology of the Gene.

180. Wu S., Zhao L, Huang J, Li Y, Liu Z, Zhang D. miR-330 targeting BCO2 is involved in carotenoid metabolism to regulate skin pigmentation in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). / S. Wu, L. Zhao, J. Huang, Y. Li, Z. Liu, D. Zhang // BMC Genomics. - 2023. - Vol. 24. - p. 1-15. doi:10.1186/s12864-023-09173-z.

181. Xiao S.J. TiSGeD: a database for tissue-specific genes. / S.J. Xiao, C. Zhang, Q. Zou, Z.L. Ji // Bioinformatics. - 2010. - Vol. 26. - p. 1273-1275. doi: 10.1093/bioinformatics/btq109.

182. Xie F. ILF3 is responsible for hyperlipidemia-induced arteriosclerotic calcification by mediating BMP2 and STAT1 transcription. / F. Xie, Q.K. Cui, Z.Y. Wang, B. Liu, W. Qiao, N. Li, J. Cheng, Y.M. Hou, X.Y. Dong, Y. Wang, M.X. Zhang // J Mol Cell Cardiol. - 2021. - Vol. 161. - p. 39-52. doi:10.1016/j.yjmcc.2021.07.011.

183. Xie L. Significance of a tumor microenvironment-mediated P65-miR-30a-5p-BCL2L11 amplification loop in multiple myeloma. / L. Xie, J. Wei, Z. Gao, H. Huang, S. Ju, X. Wang // Exp Cell Res. - 2022. - Vol. 415. - p. 1-14 doi: 10.1016/j.yexcr.2022.113113.

184. Yamamoto S. Introgressive Hybridization between Dolly Varden Salvelinus Malma and White-Spotted Charr Salvelinus leucomaenis on Hokkaido Island, Japan. / S. Yamamoto, S. Kitano, K. Maekawa, I. Koizumi, K. Morita // J. Fish Biol. - 2006. - Vol. 68. - p. 68-85. doi: 10.1111/j.0022-1112.2006.00994.x.

185. Yáñez J.M. Comparative Genomic Analysis of Three Salmonid Species Identifies Functional Candidate Genes Involved in Resistance to the Intracellular Bacterium Piscirickettsia salmonis. / J.M. Yáñez, G.M. Yoshida, Á. Parra, K. Correa, Barría A., Bassini L.N., Christensen K.A., López M.E., Carvalheiro R., J.P. Lhorente, R. Pulgar // Front Genet. - 2019. - Vol. 10. - p. 1-13. doi:10.3389/fgene.2019.00665.

186. Yáñez J.M. Genomewide single nucleotide polymorphism discovery in Atlantic salmon (Salmo salar): validation in wild and farmed American and European populations. / J.M. Yáñez, S. Naswa, M.E. López, L. Bassini, K. Correa, J. Gilbey, L. Bernatchez, A. Norris, R. Neira, J.P. Lhorente, P.S. Schnable, S. Newman, A. Mileham, N. Deeb, A. Di Genova, A. Maass // Mol Ecol Resour. - 2016. - Vol. 16. - p. 1002-1011. doi: 10.1111/1755-0998.12503.

187. Yang G. A. Comparative Genomic and Transcriptional Survey Providing Novel Insights into Bone Morphogenetic Protein 2 (bmp2) in Fishes / G. Yang, Z. Qin, H. Kou, R. Liang, L. Zhao, S. Jiang, L. Lin, K. Zhang A // Int J Mol Sci. - 2019. - Vol. 20. - p. 1-15. doi: 10.3390/ijms20246137.

188. Yao L. Contribution of the TGFp signaling pathway to pigmentation in sea cucumber (Apostichopus japonicus). / L. Yao, B. Zhao, Q. Wang, X. Jiang, S. Han, W. Hu, C. Li, // Front. Mar. Sci. - 2023. - Vol. 10. - p. 1-15. doi:10.3389/fmars.2023.1101725

189. Ying-Ju L. Association of Human Height-Related Genetic Variants With Familial Short Stature in Han Chinese in Taiwan / L. Ying-Ju, L. Wen-Ling, W. Chung-Hsing, T. Li-Ping, T. Chih-Hsin, C. Chien-Hsiun, W. Jer-Yuarn, L. Wen-Miin, H. Ai-Ru, C. Chi-Fung, C. Jin-Hua, C. Wen-Kuei, L. Ting-Hsu, W. Chia-Ming, L. Chiu-Chu, H. Shao-Mei, T. Fuu-Jen // Sci Rep. - 2017. - Vol. 7. - p. 1-7 doi:10.1038/s41598-017-06766-z.

190. Yoshida G.M. Bayesian genome-wide association analysis for body weight in farmed Atlantic salmon (Salmo salar L.). / G.M. Yoshida, J.P. Lhorente, R. Carvalheiro, J.M. Yáñez // Anim Genet. - 2017. - Vol. 48. - p. 698-703. doi:10.1111/age.12621.

191. Zhang W.Z. Characterization and spatiotemporal expression analysis of nine bone morphogenetic protein family genes during intermuscular bone development in blunt snout bream / W.Z. Zhang, T. Lan, C.H. Nie, N.N. Guan, Z.X. Gao // Gene. - 2018. - Vol. 642. - p. 116-124 doi: 10.1016/j.gene.2017.11.027.

192. Zhang W. Transcription factor EGR1 promotes differentiation of bovine skeletal muscle satellite cells by regulating MyoG gene expression. / W. Zhang, H. Tong, Z. Zhang, S. Shao, D. Liu, S. Li, Y. Yan // J Cell Physiol. - 2018. - Vol. 1. - p. 350-362. doi: 10.1002/jcp.25883