Аномальная экспрессия и аберрантное метилирование генов и микроРНК, связанных с апоптозом, в патогенезе рака молочной железы и яичников тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.03.03, кандидат наук Филиппова Елена Александровна

• Филиппова Елена Александровна
• кандидат наук
• 2020

Оглавление диссертации кандидат наук Филиппова Елена Александровна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Общие закономерности канцерогенеза

1.2. Устойчивость к стимуляции программируемой клеточной гибели

1.2.1. Апоптоз

1.2.2. Гены, участвующие во внутреннем пути активации апоптоза

1.3. Метилирование ДНК и канцерогенез

1.3.1. Гиперметилирование CpG-островков в геноме опухолевой клетки

1.4. МикроРНК и канцерогенез

1.4.1. Структура и функции микроРНК

1.4.2. Биогенез микроРНК

1.4.3. МикроРНК и рак

1.4.4. МикроРНК - регулятор апоптоза

1.5. Рак молочной железы

1.6. Опухоли яичников

1.7. Заключение

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Сбор и клинико-морфологические характеристики парных (опухоль/норма) образцов больных раком молочной железы и яичников

2.2. Выделение ДНК и РНК из биологического материала

2.2.1. Выделение ДНК из ткани

2.2.2.Выделение РНК

2.3. Оценка экспрессии белок-кодирующих генов методом SYBR Green ПЦР в реальном времени

2.3.1. Реакция обратной транскрипции

2.3.2. SYBR Green ПЦР в реальном времени

2.4. Оценка экспрессии генов микроРНК методом TaqMan ПЦР в реальном времени

2.4.1. Реакция обратнойтранскрипции

2.4.2. ПЦР с детекцией в реальном времени

2.5. Бисульфитная конверсия ДНК в растворе

2.6. Метил-специфичная полимеразная цепная реакция в реальном времени(МС-ПЦР-РВ)

2.7. Программное обеспечение

2.8. Статистическая обработка результатов

2.8.1. Метод ROC-анализа

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Роль метилирования и аномальной экспрессии белоккодирующих генов и микроРНК, связанных с апоптозом, в развитии и прогрессии рака яичников с учетом клинико-морфологических параметров

3.1.1. Ассоциация аберрантного метилирования белоккодирующих генов и микроРНК с развитием и прогрессией (стадией, степенью дифференцировки и метастазированием) рака яичников

3.1.2. Ассоциация аномальной экспрессии белоккодирующих генов и микроРНК с развитием и прогрессией рака яичников

3.1.3. Роль аберрантного метилирования в нарушении экспрессии белоккодирующих генов и микроРНК в злокачественных опухолях яичников

3.2. Роль метилирования и аномальной экспрессии белоккодирующих генов и микроРНК, связанных с апоптозом, в развитии и прогрессии рака молочной железы с учетом клинико-морфологических параметров

3.2.1. Ассоциация аберрантного метилирования белоккодирующих генов и микроРНК с развитием и прогрессией (стадией, степенью дифференцировки и метастазированием) рака молочной железы

3.2.2. Связь аномальной экспрессии белоккодирующих генов и микроРНК с развитием рака молочной железы и иммуногистохимическими показателями

3.2.3. Роль аберрантного метилирования белоккодирующих генов и микроРНК в нарушение их экспресии в злокачественных опухолях молочной железы

3.3. Поиск взаимодействий микроРНК - ген-мишень при раке яичников и раке молочной железы

3.4. Новые маркеры для диагностики и прогноза рака молочной железы и рака яичников

3.4.1. Высокоэффективные системы маркеров для диагностики и прогноза метастазирования рака яичников

3.4.2. Высокоэффективные системы маркеров для диагностики рака молочной железы, в том числе на ранних стадиях

3.5. Влияние аномального метилирования и экспрессии генов системы апоптоза и микроРНК на патогенез рака яичников и молочной железы и новые молекулярные маркеры

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕPAТУPЫ

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Аномальная экспрессия и аберрантное метилирование генов и микроРНК, связанных с апоптозом, в патогенезе рака молочной железы и яичников»

Актуальность проблемы

Во всем мире проблема заболеваемости и смертности, связанная с онкологическими заболеваниями, на протяжении многих лет занимает лидирующие позиции. Ежегодно от рака умирают более 9.5 млн. человек во всем мире [51]. Частота рака молочной железы и рака яичников в структуре мировой заболеваемости злокачественными опухолями достигает 22.2% и 3.4%, смертность — 15,0% и 4.4%, соответственно [51]. В России в 2017 г. выявлено более 70500 новых случаев рака молочной железы и 14500 новых случаев рака яичников [13]. Следует отметить, что в России за последние два десятилетия отмечается неуклонный рост показателей заболеваемости злокачественными новообразованиями, а также тенденция к "омоложению" рака. В отличие от рака молочной железы, выявляемого на более ранних стадиях развития опухоли, рак яичников представляет группу крайне агрессивных злокачественных опухолей, которые отличает высокая частота летальных исходов, что обусловлено выявлением заболевания на поздних стадиях [109, 61]. При выявлении опухолей яичников на I-II клинических стадиях уровень 5-летней выживаемости достигает 70%; однако более половины случаев выявляют на поздних стадиях, когда уровень 5-летней выживаемости в среднем составляет 30%.

В 2005 году стартовал проект «Атлас генома рака» (The Cancer Genome Atlas, TCGA) - проект, целью которого являлась систематизация данных о генетических и эпигенетических изменениях, приводящих к возникновению и прогрессированию опухолей различных локализаций [189]. В ходе развития проекта показано, что в основе молекулярно-генетической характеристики опухолей различного генеза, в том числе рака молочной железы и рака яичников, лежит исследование, включающее в себя: количественный анализ аномальной экспрессии генов, количественный анализ числа вариаций копий генов, анализ аберрантного метилирования ДНК, анализ аномальной экспрессии микроРНК и др.

МикроРНК (миРНК) представляют собой малые некодирующие РНК длиной 19-24 нуклеотида и выполняют функцию посттранскрипционного регулятора экспрессии белоккодирующих генов-мишеней [14]. Зрелые миРНК в составе RISC-комплекса присоединяются к 3'-нетранслируемой области мРНК генов-мишеней и блокируют процесс трансляции белка. В норме миРНК выполняют важную регуляторную функцию в процессах развития, пролиферации, дифференцировки и апоптоза и характеризуются выраженной специфичностью в отношении места и времени действия [76]. Показана важная роль аномальной экспрессии генов миРНК в процессах злокачественной трансформации, например, в нарушении регуляции генов системы апоптоза - RASSF1, DAPK1, APAF1, BCL2, BIM, BAX [108]. Для опухолей, в частности рака молочной железы и яичников, характерны свои специфические аномальные профили экспрессии генов миРНК, ассоциированные с клиническими и патофизиологическими свойствами опухоли [149]. Экспрессия генов миРНК также подвержена регуляции посредством метилирования их промоторных CpG-островков, как и белоккодирующих генов (БКГ). Следует подчеркнуть, что патологически повышенное метилирование промоторных CpG-островков генов миРНК встречается в опухолях в 5-6 раз чаще, чем у БКГ, что повышает интерес к ним как к маркерам онкологических заболеваний [22].

Понимание молекулярных особенностей онкологических заболеваний и их связи с клинико-патофизиологическими характеристиками опухолевых образцов больных может повысить эффективность диагностики и прогноза злокачественных опухолей, также позволит более точно прогнозировать течение заболевания, от которого также зависит объем хирургического вмешательства. Кроме того, позволит создать методы персонализированной терапии. Разработка методов ранней диагностики онкологических заболеваний является общей проблемой для опухолей различной локализации. Однако и до момента обнаружения и после того, как неоплазия уже обнаружена, клиницисты сталкиваются с необходимостью дополнительной характеристики опухоли для оптимального выбора дальнейшей тактики лечения. Поэтому так важен поиск

новых биомаркеров, которые могут быть использованы для ранней диагностики, для более точного прогнозирования течения и исхода заболевания.

На основании всего вышеизложенного нами были сформулированы цель и задачи исследования.

Цель работы: оценить характер изменения метилирования и экспрессии апоптоз-ассоциированных генов: RASSF1, DAPK1, APAF1, BCL2, BIM и BAX, и группы регуляторных миРНК в патогенезе рака молочной железы и рака яичников.

Для достижения поставленной цели были сформулированы следующие задачи:

1. Провести анализ баз данных, направленный на поиск и отбор генов миРНК, предположительно связанных с регуляцией экспрессии 6-ти опухоль-ассоциированных про- и антиапоптозных БКГ: RASSF1, DAPK1, APAF1, BCL2, BIM и BAX.

2. Оценить степень изменения метилирования промоторных CpG-островков 6-ти БКГ: RASSF1, DAPK1, APAF1, BCL2, BIM, BAX и 11-ти отобранных генов миРНК: MIR-124-1, MIR-124-2, MIR-124-3, MIR-125b-1, MIR-127, MIR-129-2, MIR-137, MIR-148a, MIR-193a, MIR-203a, MIR-375 в опухолевых образцах больных раком молочной железы и раком яичников.

3. Определить особенности экспрессии 6-ти БКГ и группы генов миРНК при раке молочной железы и раке яичников, провести анализ возможных ассоциаций между патологическим изменением метилирования и аномальной экспрессией генов и оценить функциональную роль метилирования в подавлении их экспрессии на клинических образцах рака молочной железы и рака яичников.

4. На представительных выборках образцов опухолей больных раком молочной железы и раком яичников провести анализ возможных ассоциаций между патологическим изменением метилирования БКГ и генов миРНК и патоморфологическими, иммуногистохимическими и клиническими характеристиками больных, которые могут быть использованы для разработки диагностических и прогностических маркёров и/или систем маркёров.

5. Определить в опухолях молочной железы новые патологически взаимодействующие миРНК и мРНК на основе анализа уровней аномальной экспрессии БКГ и предсказанных регуляторных миРНК.

Научная новизна

Впервые показано аномальное увеличение степени метилирования генов BCL2, DAPK1, BAX в образцах опухолей яичников по сравнению с парной гистологически нормальной тканью яичников. При раке молочной железы выявлено повышение степени метилирования 4 про-апоптозных генов (RASSF1, DAPK1, BIM, BAX) и, напротив, аномальное снижение метилирования анти-апоптозного гена BCL2.

Впервые показано патологически повышенное метилирование генов MIR-124-1/2/3, -127, -137 и -193а при раке яичников и генов MIR-125b-1, -127, -375-при раке молочной железы.

Впервые в опухолях больных раком молочной железы и раком яичников установлены статистически значимые зависимости между изменениями уровня экспрессии и статуса метилирования для ряда новых генов миРНК, что указывает на функциональную роль метилирования в нарушении регуляции данных генов миРНК в патогенезе этих онкозаболеваний.

Впервые в опухолях больных раком молочной железы показано, что аномально повышенное метилирование промоторных CpG-островков БКГ RASSF1, DAPK1, BIM, BAX, APAF1, BCL2 и MIR-124-1, -127, -129-2 ассоциировано с поздней клинической стадией, генов RASSF1, DAPK1, BIM, BAX, APAF1, MIR-127 — с увеличенным размером опухоли, а набора генов RASSF1, BIM, BAX, MIR-124-1/3, -125b-1, -127 — с метастазированием.

Впервые в опухолях больных раком яичников показана ассоциация аномально высокого метилирования группы генов BAX и MIR-124-1/-2/-3, -125b-1, -127, -129-2; -137, -193a, -203a, -375 с клинической стадией, группы генов BAX, MIR-124-2, -125b-1, -127, -129-2, -137, -193a, -203a, -375 — с размером опухоли, а группы генов BAX, MIR-124-2/3, -125b-1, -127, -129-2; -137, -193a, -203a, -375 — с метастазированием.

Впервые на клинических образцах больных раком молочной железы установлена статистически значимая обратная зависимость между уровнями экспрессии мРНК про- и анти-апоптозных генов и ряда миРНК: miR-^?^ -DAPK1 (rs=-0.43, p=0.01); miR-375 - RASSF1 (rs=-0.39, p=0.01); miR-124-Зр - BCL2 (rs=-0.32, p=0.05). Таким образом, в опухолях молочной железы определены три прямо или опосредованно, патологически взаимодействующие пары миРНК -мРНК, связанные с нарушением регуляции генов апоптоза.

Определены новые маркеры и их комбинации, имеющие высокий диагностический и прогностический потенциал для больных раком яичников и раком молочной железы (AUC>0.9).

Практическая значимость

Полученные результаты важны как для фундаментальной науки, так и для практической медицины. Выявление аномальной экспрессии или метилирования в БКГ и регуляторных миРНК делает их перспективными в изучении механизмов канцерогенеза молочной железы и яичников. Найденные патологически взаимодействующие пары миРНК - мРНК ген-мишень, связанные с нарушением процессов апоптоза, определяют новые возможные звенья в сигнальных путях апоптоза и в других процессах в патогенезе рака молочной железы.

Полученные результаты открывают перспективы для разработки более эффективных методов диагностики и лечения рака молочной железы и рака яичников. Так, на основе данных по аберрантному метилированию идентифицированы наборы новых генов миРНК с диагностическим и прогностическим потенциалом. Комбинации из 4-х генов миРНК (MIR-124-1, -129-2, -137/-148а, -193а) предложены в качестве потенциальных панелей маркеров для диагностирования рака яичников (AUC>0.96). Комбинации MIR-137, -193а, -203a, -127, -125b-1/129-2 предложены в качестве потенциальных панелей маркеров для прогнозирования метастазирования больных раком яичников (AUC-0.9). С высокой статистической значимостью (AUC>0.97) показан диагностический потенциал для комбинации из 5 маркеров MIR-125b-1, DAPK1, BIM, BAX, APAF1, которая предложена для диагностирования рака

молочной железы, включая больных на ранних I и II клинических стадиях заболевания.

Идентифицированные в опухолях молочной железы, патологически взаимодействующие пары миРНК - мРНК ген-мишень можно рассматривать как молекулярные маркеры для разработки индивидуальных подходов в лечении больных раком молочной железы. Гены миРНК MIR-125b, -129-2, -137 и -193a, аномально высокое метилирование которых приводило к снижению уровня их экспрессии, - потенциальные мишени для заместительной терапии больных раком яичников в сочетании с общим лечением. Полученные результаты и их внедрение будут способствовать индивидуализации планирования программ лечения больных раком молочной железы и раком яичников.

Материалы диссертации могут быть включены в курс лекций биологических факультетов университетов, медицинских ВУЗов, на курсах повышения квалификации медицинских работников.

Основные положения, выносимые на защиту 1. Показана роль патологического метилирования в подавлении экспрессии группы БКГ, связанных с апоптозом, и генов предположительно регуляторных миРНК в опухолях рака молочной железы и рака яичников. Выявлена связь молекулярных изменений с клинико-патофизиологическими и иммуногистохимическими характеристиками образцов опухолей пациенток (стадией онкологического процесса, степенью дифференцировки опухолевых клеток, размером опухоли, наличием или отсутствием метастазов в лимфатических узлах или отдаленных органах, показателями гормональной зависимости (Нег2/пеи и PR) и пролиферации раковых клеток (Ю67)).

2. На основе изменения степени метилирования группы БКГ и генов миРНК в ДНК опухолевых тканей пациенток в сравнении с ДНК тканей доноров определены новые панели маркеров, обладающие высокой статистической значимостью и потенциально применимые для диагностирования рака молочной железы и рака яичников, и для прогнозирования метастазирования у больных раком яичников.

3. Установлены обратные зависимости между аномальным уровнем экспрессии трех БКГ, связанных с апоптозом, и трех миРНК в опухолях молочной железы, что указывает на прямое или опосредованное патологическое взаимодействие данных миРНК - мРНК, включая miR-124-3p и анти-апоптозный ген BCL2.

Публикации по теме диссертации

По теме диссертации опубликовано 26 работ, из которых 2 статьи в реферируемых зарубежных журналах и 14 в российских изданиях, рекомендованных ВАК РФ, 6 тезисов в реферируемых зарубежных журналах и патент на изобретение №2666911 (от 13.09.2018, приоритет от 24.11.2016).

Апробация работы

Результаты работы были доложены автором и обсуждены на следующих конференциях: школе-конференции молодых ученых «Биология - наука 21 века» (Пущино, 2016; 2017); на III и IV Всероссийской конференции по молекулярной онкологии (Москва, 2017; 2018); на заседании межлабораторной научной конференции Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии».

Структура и объём диссертации

Работа изложена на 134 страницах машинописного текста. Состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов работы, главы результатов исследований и их обсуждений, выводов и перечня цитируемой литературы, состоящего из 222 источников (40 отечественных и 182 зарубежных). Рукопись содержит 15 таблиц и 36 рисунков.

Личный вклад автора

При выполнении работы автор лично: участвовала в постановке и выполнении молекулярно-биологических экспериментов, в сопоставлении полученных молекулярно-биологических результатов с патоморфологическими, гистологическими, иммуногистохимическими и клиническими характеристиками образцов опухолей пациенток, проводила биоинформатический анализ на основе доступных баз данных, проводила статистический анализ полученных

результатов, участвовала в научной интерпретации результатов. Также автор участвовала в оформлении научных статей и заявок на патенты по теме диссертационной работы и делала устные и стендовые сообщения на конференциях.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Общие закономерности канцерогенеза

Канцерогенез - это многоступенчатый процесс накопления изменений в

геноме клеток, сопровождающийся патофизиологическими изменениями в клетках. [87]. Накопление генетических и эпигенетических повреждений в клетках сопровождается селекцией клона, способного к неконтролируемой пролиферации, и в дальнейшем, к метастазированию. В последнее десятилетие достигнут значительный прогресс, как в идентификации генов, нарушение функции которых ведут к развитию новообразований, так и в выяснении роли белковых продуктов таких генов в физиологии клетки. Все это позволило выделить ряд важнейших свойств, приобретение которых предопределяет способность клетки к образованию злокачественной опухоли (рисунок 1.):

1) Сниженная потребность во внешних сигналах для поддержания клеточной пролиферации, так называемая, самодостаточность в пролиферативных сигналах [119].

2) Приобретенные аномалии в морфологии и движении клеток, которые выражаются в нарушении формирования фокальных контактов и в ослаблении связи клеток с внеклеточным матриксом [60].

3) Пониженная чувствительность к антипролиферативным сигналам. Опухолевые клетки значительно менее чувствительны к действию факторов специфического и неспецифического противоопухолевого иммунитета. Они могут продолжать пролиферацию при повреждении ДНК и при прочих неблагоприятных условиях - недостатке нуклеотидов, гипоксии и т.д. [1, 54].

4) Иммортализация - неограниченное деление клеток. В зрелых клетках человека число делений ограничено в пределах 50-70 делений. Между тем, в опухолевых клетках наблюдается нарушение работы такого "счетно-ограничительного" механизма контроля репликации, и связано это с возобновлением работы теломеразы [55].

5) Устойчивость к стимуляции программируемой клеточной гибели, что резко повышает жизнеспособность опухолевой клетки, делает ее не чувствительной к факторам противоопухолевого иммунитета и терапевтическим воздействиям [90].

6) Неоангиогенез - формирование дополнительной капиллярной сети. Это необходимое условие для дальнейшего роста первичного опухолевого узла размером более 1-2 мм. В ином случае, клетки в центре опухоли, не получая кислород и питательные вещества, погибают [179].

7) Образование метастазов - это еще один признак канцерогенеза и основная причина смерти больных. Он начинается с местной инвазии, за счет прорастания в расположенную рядом ткань, затем проникновение раковых клеток в близлежащие кровеносные и лимфатические сосуды. Далее, транзит раковых клеток по лимфатической и кровеносной системам, с последующим выходом этих клеток из просвета сосудов в паренхиму отдаленной ткани с образование мелких узелков опухолевых клеток (микрометастазов), и, наконец, рост микрометастазов в полноценные вторичные опухоли [87].

Важным признаком неопластических клеток является их генетическая и эпигенетическая нестабильность [26, 104, 146]. Генетическая и эпигенетическая нестабильность приводит к накоплению в одной клетке большого числа нарушений в онкогенах, генах-супрессорах опухолевого роста и других генах, придающих клетке совокупность свойств необходимых для образования опухоли. Изменчивость популяции опухолевых клеток складывается, главным образом, из четырех типов нарушений:

а) уменьшения точности воспроизведения генетической информации, а именно понижения точности репликации ДНК и сегрегации хромосом во время митоза;

б) нарушений в системах репарации повреждений ДНК или ошибок, возникших при ее репликации;

в) ослабления функции «точек проверки» клеточного цикла, активируемых в ответ на повреждения структуры ДНК, в результате чего клетка (несмотря на

разрывы ДНК или изменения числа хромосом) продолжает делиться и умножать число аномальных потомков;

г) ослабления индукции апоптоза, вследствие чего делящиеся клетки с нарушениями не погибают, а выживают.

Таким образом, возникновение и развитие новообразований является эволюционным процессом, в котором естественный отбор направлен на сохранение приобретенных признаков опухолевых клонов, предоставляя им селекционное преимущество. Совокупность перечисленных аномалий обеспечивает повышенную частоту возникновения различных генетических и эпигенетических нарушений и их закрепление в ряду клеточных поколений [87].

Рисунок 1. Важнейшие свойства неопластической клетки, приобретаемые в ходе опухолевой прогрессии и обеспечивающие злокачественный рост (из [87], с модификацией).

1.2. Устойчивость к стимуляции программируемой клеточной гибели

В литературе за последние 15 лет устоялось определение апоптоза, как естественного барьера на пути злокачественного перерождения клетки [ 41].

Было установлено, что опухолевые клетки используют различные механизмы, направленные на выживание и/или ограничение апоптотической программы. Среди наиболее часто встречающихся механизмов перерождения можно выделить утрату и/или снижение функции главного сенсора повреждений ДНК антионкогена ТР53, который в нормальных клетках стимулирует экспрессию про-апоптотических белков ВН-3 семейства в ответ на хромосомные аномалии и повреждения ДНК [162]. Апоптоз в опухолевых клетках может быть подавлен в результате стимуляции экспрессии анти-апоптотических белков (Bcl-xL, Bcl-2), факторов роста (IGF1/2. insulin-likegrowthfactor), снижения активности про -апоптотических белков (Puma, Bim, Вах). В целом, можно предположить, что многообразие механизмов подавления программируемой гибели клеток (ПГК) отражает разнообразие апоптоз-индуцирующих сигналов, с которыми сталкивается клетка в процессе онкогенеза.

На данный момент, понятие ПГК, как барьера на пути злокачественного перерождения клетки, охватывает и другие формы гибели клеток [87]. Например, аутофагия, которая представляет собой нормальный физиологический процесс, всегда присутствующий в клетках на базальном уровне, но активирующийся в ответ на клеточный стресс [58]. В процессе аутофагии происходит утилизация поврежденных клеточных органелл, что дает возможность использовать продукты этой утилизации для биосинтеза и энергетического обмена [71]. В рамках этого определения, аутофагия может рассматриваться как процесс выживания опухолевых клеток в условиях ограничения питательных веществ. Другая важная для развития канцерогенеза форма клеточной гибели — это некроз. Данный тип клеточной гибели обладает как провоспалительными, так и опухоль-стимулирующими эффектами [87]. В отличие от апоптоза и аутофагии, в процессе некроза клеточное содержимое выходит в околоклеточный матрикс. Как следствие, активируется иммунная система [82]. При некрозе высвобождается биологически активный интерлейкин-1а, который стимулирует активную пролиферацию микроокружения погибшей

клетки, нарушая баланс клеточного цикла и облегчая дальнейшее перерождение окружающих клеток [82]. Таким образом, зарождающиеся неоплазии и потенциально инвазивные и метастатические опухоли, в которых субпопуляции клеток претерпевают некроз, приобретают преимущество для развития опухоли вследствие высвобождения факторов роста, стимулирующих пролиферацию выживших клеток.

1.2.1. Апоптоз

Апоптоз (греч. Алюлхюак; - опадание листьев) - уникальная физиологическая запрограммированная форма гибели клеток. Основная физиологическая функция апоптоза состоит в поддержании равновесия между процессами пролиферации и гибелью клеток. Апоптоз является высоко регулируемым и контролируемым процессом, в основе которого лежит коллапс ядра и разрушение ДНК клетки в ответ на внутренние или внешние сигналы. Важно отметить, что разрушение внутренних структур клетки происходит при целостности клеточной мембраны, что не позволяет внутриклеточному содержимому попасть во внеклеточную среду и вызвать развитие воспалительных реакций. При активации апоптоза возникают необратимые структурные изменения во всех органеллах, наиболее значимые - в ядре, митохондриях и клеточной мембране клетки. Фатальное разрушение ядра клетки и истощение ее энергетических ресурсов приводит к гибели с образованием апоптотических телец, которые утилизируются макрофагами или соседними клетками путем фагоцитоза. Весь процесс апоптоза является высокоорганизованным молекулярно-генетическим каскадом, приводящим к необратимым структурным изменениям клетки, ее гибели и утилизации в течение всего 1 -3 часа. Апоптоз является важным протектором от злокачественных новообразований [154].

Молекулярно-генетические аспекты путей апоптоза.

В клетке апоптоз обычно протекает по одному из двух сигнальных каскадов, первый из них запускается при стимуляции рецепторов поверхности клеток (рецепторный или внешний путь), а другой запускается внутриклеточно, при участии митохондрий (митохондриальный или внутренний путь).

IDAPK1I ^ ТР53

IRASSF1 AI ас,

t f

Фрагментация ДНК Усыхание клетки Образование апоптозных телец

t

Гибель клетки

Рисунок 2. Схема взаимодействия генов системы апоптоза, изученных в работе.

Внешний путь апоптоза инициируется связыванием лигандов смерти (Fas-лиганд (FasL), TNF-a (фактор некроза опухоли), связанный с TNF апоптоз-индуцирующий лиганд (TRAIL), TNF-подобный слабый индуктор апоптоза (TWEAK)) с их рецепторами на клеточной поверхности. За этим взаимодействием следует сборка сигнального комплекса, индуцирующего смерть (DISC), который состоит из Fas-ассоциированного домена, содержащего домен смерти (FADD), и прокаспаз 8 и 10. Затем DISC активирует нисходящие каспазы-3, 6 и 7, чтобы непосредственно индуцировать клеточную гибель или расщепляет белок Bid (член семейства Bcl-2 белков) с образованием tBid, тем самым запуская опосредованный митохондриями путь апоптоза.

Внешний путь запуска апоптоза может активироваться и через другой тип рецепторов клеточной поверхности - рецепторов зависимости (dependence receptors). Этот тип рецепторов при достаточной концентрации его лигандов отвечает за сигнальные пути, обеспечивающие выживание, миграцию и дифференцировку клеток. Если концентрация его лигандов снижается ниже пороговой величины, то рецепторы активируют программу апоптоза. В этом случае, каспазный каскад запускается через каспазу-9, которая активирует

эффекторную каспазу-3 [161]. Рецепторы зависимости играют важную роль в развитии организма, канцерогенезе, нейродегенеративных процессах. Так, например, интегрины, представляющие собой гетеродимерные мембранные белки, входящие в состав внеклеточного матрикса, активируют апоптотическую гибель при нарушении адгезии клеток, таким образом, препятствуя образованию метастазов и прогрессии опухолевого роста [80].

К участникам рецептор-зависимого сигнального пути активации апоптоза относятся гены DAPK1, RASSF1.

Ген DAPK1 (Death-associated proteinkinase, ассоциированная с апоптозом протеинкиназа 1) был открыт в 1995 году [65], локализован в районе 9q21.33. DAPK1 представляет собой белок с молекулярной массой 160 кДа, состоящий из 1430 аминокислот, объединенных в протеинкиназный домен, кальций-кальмодулин связывающий сайт, область связывания с цитоскелетом клетки и домен смерти [142]. Этот белок локализован, в основном, в цитоскелете и плазматической мембране клетки. На сегодняшний день очень мало известно о механизмах, с помощью которых pDAPK1 выполняет свои проапоптотические функции. При реакции стимуляции (например, онкогенами), увеличивается экспрессия рDAPK1 (белок активируется путем дефосфорилирования в положении Ser308), в результате чего опосредованно происходит активация р53 (ген ТР53) через p14/p19ARF путь, что, в конечном счете, приводит к апоптозу. Также есть информация о том, что помимо регуляции апоптоза, ген DAPK1 участвуют в аутофагии, иммунном ответе на воспалительные сигналы [218]. Инактивация гена DAPK1 связана с повышенной выживаемостью опухолевых клеток, высоким инвазивным потенциалом, и склонностью к метастазированию [112]. Инактивация гена может происходить в результате точечных мутаций, аллельных и/или гомозиготных делеций, гиперметилирования промоторного CpG-островка гена, а также под воздействием других эпигенетических факторов (например, миРНК). В единичных работах показана обратная зависимость между экспрессией миРНК: miR-191, -103/107, -127 и экспрессией мРНК гена DAPK1 при раке яичников (РЯ), раке молочной железы (РМЖ) и раке толстой кишки

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Филиппова Елена Александровна, 2020 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Алмазов В.П., Кочетков Д.В., Чумаков П.М. р53 - Инструмент для терапии злокачественных заболеваний человека. Молекулярнаябиология, 2007, 41 (6), 947-963

2. Антонеева И.И., Генинг Т.П., Абакумова Т.В. Алгоритм диагностики прогрессирующих форм рака яичников. Медицинский альманах. 2012№ 4, 29-31

3. Ашрафян Л.А., Антонова И.Б., Ивашина С.В., Люстик А.В. и др. Ранняя диагностика рака эндометрия и яичников. Практическая онкология. 2009. - Т. 10, № 2. - С. 71—75

4. Брага Э.А., Фридман М.В., Кушлинский Д.Н., Адамян Л.В., Кушлинский Н.Е. Ключевые гены и регуляторные микроРНК в метастазировании рака яичников. ОНКОГИНЕКОЛОГИЯ. 2016; №4, С.: 4-17

5. Брага Э.А., Фридман М.В., Кушлинский Н.Е. МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МЕХАНИЗМЫ В МЕТАСТАЗИРОВАНИИ РАКА ЯИЧНИКОВ: КЛЮЧЕВЫЕ ГЕНЫ И РЕГУЛЯТОРНЫЕ микроРНК БИОХИМИЯ. 2017. 82(5), 717-731

6. Веряскина Ю.А., Титов С.Е., Родионов В.В., Генинг Т.П., Абакумова Т.В., Кометова В.В., Торосян М.Х., Жимулев И.Ф., Колесников Н.Н. Экспрессия микроРНК в молекулярно-генетических подтипах рака молочной железы. Современные проблемы науки и образования. 2015; 5, 1-7

7. Гришина К.А., Музаффарова Т.А., Хайленко В.А., Карпухин А.В. Молекулярно-генетические маркеры рака молочной железы. Опухоли женской репродуктивной системы. 2016, 12(12), 36-42

8. Гришина К.А., Хайленко В.А., Хайленко Д.В., Карпухин А.В. Роль микроРНК в развитии р ака молочной железы и их потенциал в качестве биомаркеров этого заболевания. Опухо ли женской репродуктивной системы. 2018;14(3):40-47.

9. Гутковская Е.А. Прогностическая значимость экспрессии микрорнк и молекулярнобиологических маркеров при раке молочной железы. ОНКОЛОГИЧЕСКИЙ ЖУРНАЛ. 2017; Т.11, №3 (43), С.: 43-49

10. Гутковская Е.А., Смолякова Р.М. МикроРНК: новое направление в диагностике и прогнозе развития рака молочной железы. ЛАБОРАТОРНАЯ ДИАГНОСТИКА. ВОСТОЧНАЯ ЕВРОПА. 2012; №4, С.: 36-44

11. Гутковская Е.А., Смолякова Р.М. Молекулярно-генетическая оценка нарушений в системе микроРНК при различных клинико-морфологических характеристиках рака молочной железы. ОНКОЛОГИЧЕСКИЙ ЖУРНАЛ. 2017; Т. 11, № 1 (41), С.: 21-28

12. Жорданиа К.И., Хохлова С.В. Ранний рак яичников. Наш взгляд на проблему. Онкогинекология. 2012; 1, 51-58

13. Злокачественные новообразования в России в 2017 году (заболеваемость и смертность). Под ред. А.Д. Каприна, В.В. Старинского, Г.В. Петровой. М.: МНИОИ им. П.А. Герцена - филиал ФГБУ «НМИЦрадиологии» Минздрава России, 2018. 250 с.

14. Карапетян В.Л., Степанова Е.В., Барышников А.Ю., Никогосян С.О., Кузнецов В.В. Экспрессия маркеров апоптоза (Р53, BCL-2, BAX) и их прогностическое значение при эпителиальных новообразованиях яичников ранних стадий. Российский биотерапевтический журнал 2011; 10(2), 45-49

15. Киселев Ф.Л. МикроРНК и рак. МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ. 2014;48(2):232.

16. Колесников Н., Титов С., Жимулев И. МикроРНК в диагностике рака. НАУКАВРОССИИ. 2013; № 6 С.: 27-33

17. Колядина И.В., Поддубная И.В., Франк Г.А., Комов Д.В., Ожерельев А.С., Карселадзе А.И., Ермилова В.Д., Вишневская Я.В., Макаренко Н.П., Керимов Р.А., Тетерин К.А., Банов С.М. Прогностическое значениерецепторного статуса опухоли при раннем раке молочной железы. СТМ, 2012, 4, 48-53

18. Крутовских В.А., Аушев В.Н. МикроРНК в диагностике и лечении рака. МЕДИЦИНСКАЯ ГЕНЕТИКА. 2012; Т. 11, №7 (121) С.: 13-17

19. Кулигина Е.Ш. Эпидемиологические и молекулярные аспекты рака молочной железы // Практическая онкология. 2010; 11(4), 203-216

20. Кушлинский Н.Е., Портной С.М., П.Лактионов К.П. Рак молочной железы // Изд-во РАМН. 2005. С. 480;

21. Логинов В.И., Малюкова А.В., Серегин Ю.А. и др. Уровень метилирования гена RASSF1A в эпителиальных опухолях почки, молочной железы и яичников. Молекулярная биология. 2004, 38 (4), 654-667

22. Логинов В.И., Рыков С.В., Фридман М.В., Брага Э.А. Метилирование генов микроРНК и онкогенез. Биохимия, 2015, 80 (2), 184—203

23. Логинов В.И., Филиппова Е.А., Куревлев С.В., Фридман М.В., Бурденный А.М., Брага Э.А. Супрессорные и гиперметилируемые микроРНК в патогенезе рака молочной железы. Генетика, 2018, том 54, № 7, с. 757-775

24. Лыков А.П., Кабаков А.В., Бондаренко Н.А., Повещенко О.В., Райтер Т.В., Казаков О.В., Стрункин Д.Н., Повещенко А.Ф., Орлов Н.Б., Коненков В.И. Уровни гормонов, микроРНК и цитокинов в лимфе в норме и при раке молочной железы в эксперименте. СИБИРСКИЙ ОНКОЛОГИЧЕСКИЙ ЖУРНАЛ. 2016; 15(5):33-39.

25. Мисюрина А.Е., Мисюрин В.А., Барях Е.А., Ковригина А.М., Кравченко С.К. Роль экспрессии генов е-МУС, БСЬ2 и БСЬ6 в патогенезе диффузной В-крупноклеточной лимфомы. Клиническая онкогематология, 2014; 7(4): 512-552

26. Мустафин Р.Н., Хуснутдинова Э.К. Эпигенетика канцерогенеза. КРЕАТИВНАЯ ХИРУРГИЯ И ОНКОЛОГИЯ. 2017; 7(3): 60-67

27. Петровская Н. А. Перитонеальный канцероматоз: обзор клинических и экспериментальных данных. Онкологический журнал. - 2009. - Т. 3, № 2. - С. 99—105

28. Поспехова Н.И., Поярков С.В., Зенит-Журавлёва Е.Г., Шубин П.В., Карпухин А.В., Каткова Е.В., Хайленко В.А. Экспрессионный анализ микроРНК для диагностики и прогноза рака молочной железы. ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ. 2012; 2(2): 91-98

29. Прокопенко П.Г., Терентьев А.А. Опухоли яичников: некоторые особенности эволюции, распространения и диагностики. Вопросы онкологии. 2009; 55(2), 143-150

30. Русин И.В. РНК-интерференция: микро-РНК как новые регуляторы работы генов и перспективные терапевтические мишени. Здоровье и образование в XXI веке, 2009, 11(6), 268-269

31. Рябчиков Д.А., Дудина И.А., Воротников И.К., Талипов О.А., Титов К.С., Денчик Д.А., Казубская Т.П., Бурденный А.М., Логинов В.И. Роль метилирования генов микроРНК в различных молекулярно-биологических подтипах рака молочной железы. ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ. 2018; 8(1):5-11

32. Сергеева Н.С., Маршутина Н.В. Опухолеассоциированные маркёры в скрининговых программах, направленных на активное выявление рака яичников: реальность, проблемы и перспективы. Практическая онкология. 2010, 11(2), 111-119

33. Трошенков Е.А., Костин А.А. Проблемы диагностики и лечения первично операбельного рака молочной железы. Исследования и практика в медицине. 2015;2(2):35-43. doi:10.17709/2409-2231-2015-2-2-35-43

34. Федоров В.Э., Ласкано М., Чебуркаева М.Ю. Характеристика распространенности рака молочной железы за рубежом (обзор литературы). Международный научно-исследовательский журнал. 2016, 4 (46), часть - 5, 138-141

35. Чебанов Д.К., Абрамов А.А., Михайлова И.Н., Петкевич А.А. Исследование экзосомальных микроРНК в клеточных линиях рака молочной железы и в плазме крови пациентов (LUMINAL A и TRIPLE NEGATIVE). Воздействие на культуры клеток при помощи ингибиторов микроРНК. РОССИЙСКИЙ БИОТЕРАПЕВТИЧЕСКИЙ ЖУРНАЛ. 2017; 16(S):83.

36. Чебанов Д.К., Михайлова И.Н., Абрамов А.А., Воробьева Н.С. Диагностика и прогноз течения рака молочной железы на основе профиля экспрессии микроРНК опухолевых экзосом. ОНКОГИНЕКОЛОГИЯ. 2016; № 2, 4-12

37. Чевкина Е.М., Зборовская И.Б., Галецкий С.А., Аксельрод М.Е. Перспективы использования экзосомальных микрорнк в диагностике рака яичника. ОНКОГИНЕКОЛОГИЯ. 2018; 4(28), С.: 4-11

38. Чикунов И.Е., Набока А.В. Роль метилирования ДНК в регуляции дифференциальной экспрессии микроРНК в канцерогенезе. НАУКА ЮГА РОССИИ. 2016; 12(4): 50-56.

39. Ширшова А.Н., Аушев В.Н., Филипенко М.Л., Кушлинский Н.Е. МикроРНК при онкологических заболеваниях. МОЛЕКУЛЯРНАЯ МЕДИЦИНА. 2015, №2, С.: 4-12.

40. Ширшова А.Н., Кушлинский Д.Н., Филипенко М.Л., Муштенко С.В., Терешкина И.В., Адамян Л.В., Кушлинский Н.Е. Исследование микроРНК у больных злокачественными опухолями яичников. ОНКОГИНЕКОЛОГИЯ. 2015; №4 С.: 13-22.

41. Adams J.M. and Cory S. The Bcl-2 apoptotic switchin cancer development and therapy. Oncogene, 2007, 26, 1324-1337

42. Ahmad S. T, Arjumand W, Seth A, Saini AK, Sultana S. Methylation of the APAF-1 and DAPK-1 promoter region correlates with progression of renal cell carcinoma in North Indian population. Tumour Biol. 2012; 33(2):395-402

43. Althoff K., Beckers A., Odersky A., Mestdagh P., Köster J., Bray I.M., Bryan K., Vandesompele J., Speleman F., Stallings R.L., Schramm A., Eggert A., Sprüssel A., Schulte J.H. MiR-137

Junctions as a tumor suppressor in neuroblastoma by downregulating KDM1A. Int. J. Cancer, 2013

44. Balaguer F., Link A., Lozano J.J., Cuatrecasas M., Nagasaka T., Boland C.R., Goel A. Epigenetic silencing of miR-137 is an early event in colorectal carcinogenesis. Cancer Res., 2010, 70, 6609-6618

45. Bandres E., Agirre X., Bitarte N., RamiRez N. et al. Epigenetic regulation of microRNA expression in colorectal cancer. Int. J. Cancer, 2009, 125, 2737-2743

46. BanzhaJ-Strathmann J and Edbauer D: Good guy or bad guy: The opposing roles of microRNA 125b in cancer. Cell Commun Signal 12: 30, 2014

47. Beckedorff F.C, Ayupe AC, Crocci-Souza R, Amaral MS, Nakaya HI, Soltys DT, Menck CF, Reis EM, Verjovski-Almeida S. The intronic long noncoding RNA ANRASSF1 recruits PRC2 to the RASSF1A promoter, reducing the expression of RASSF1A and increasing cell proliferation. PLoS Genet. 2013;9(8):e1003705. doi: 10.1371/journal.pgen.1003705.

48. Benard A., Zeestraten E.C., Goossens-Beumer I.J., Putter H. et al. DNA methylation of apoptosis genes in rectal cancer predicts patient survival and tumor recurrence. Apoptosis., 2014, 19(11), 1581-1593

49. Bhaskaran M., Wang Y., Zhang H. et al. MicroRNA-127 modulates fetal lung development. Physiol. Genomics, 2009, 37(3), 268-278

50. Bi L., Yang Q., Yuan J., Miao Q., Duan L., Li F. and Wang S., 2016. MicroRNA-127-3p acts as a tumor suppressor in epithelial ovarian cancer by regulating the BAG5 gene. Oncol Rep 36, 2563-2570. doi: 10.3892/or.2016.5055

51. Bray F., Ferlay J., Soerjomataram I., Siegel, R.L., Torre, L.A., Jemal A. Global cancer statistics 2018: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CACancerJ. Clin. 2018; 68(6): 394-424. DOI: 10.3322/caac.21492

52. Burbee D.G., Forgacs E., Zochbauer-Muller S., Shivakumar L., Fong K., Gao B., Randle D., Kondo M., Virmani A., Bader S., Sekido Y., Latif F., Milchgrub S., Toyooka S., Gazdar A.F., Lerman M.I., Zabarovsky E., White M. and Minna J.D. 2001. Epigenetic inactivation of RASSF1A in lung and breast cancers and malignant phenotype suppression. J Natl Cancer Inst 93, 691-9

53. Callagy G.M., Webber M.J., Pharoah P.D., Caldas C. Meta-analysis confirms BCL2 is an independent prognostic marker in breast cancer. BMC Cancer, 2008, 8, 153

54. Cantelli G, Crosas-Molist E, Georgouli M, Sanz-Moreno V. TGFB-induced transcription in cancer. Semin Cancer Biol. 2017 Feb;42:60-69. doi: 10.1016/j.semcancer.2016.08.009

55. Carels N, Spinassé LB, Tilli TM, Tuszynski JA. Toward precision medicine of breast cancer. Theor Biol Med Model. 2016 Feb 29;13:7. doi: 10.1186/s12976-016-0035-4

56. ChenH.Y., LinY.M., ChungH.C., LangY.D. et al. miR-103/107 promote metastasis of colorectal cancer by targeting the metastasis suppressors DAPK and KLF4. Cancer Res., 2012 72(14), 3631-3641

57. Chen J., Wang M., Guo M., Xie Y, Cong Y.S. miR-127 regulates cell proliferation and senescence by targeting BCL6. PLoSOne, 2013, 8(11), e80266

58. Chen N, Karantza V. Autophagy as a therapeutic target in cancer. Cancer Biol Ther. 2011 Jan 15;11(2):157-68. DOI: 10.4161/cbt.11.2.14622

59. Chen S.M., Chou W.C., Hu L.Y., Hsiung C.N. et al. The Effect of MicroRNA-124 Overexpression on Anti-Tumor Drug Sensitivity. PlosOne, 2015,10,6 e0128472

60. Chiasson-MacKenzie C, Morris ZS, Baca Q, Morris B, Coker JK, Mirchev R, Jensen AE, Carey T, Stott SL, Golan DE, McClatchey AI. NF2/Merlin mediates contact-dependent inhibition of EGFR mobility and internalization via cortical actomyosin. J Cell Biol. 2015 Oct 26;211(2):391-405. doi: 10.1083/jcb.201503081

61. Coward J.I., Middleton K., Murphy F. New perspectives on targeted therapy in ovarian cancer //Int. J. Womens Health. 2015. Vol. 7. P. 189-203

62. Dammann RH, Richter AM, Jiménez AP, Woods M, Küster M, Witharana C. Impact of Natural Compounds on DNA Methylation Levels of the Tumor Suppressor Gene RASSF1A in Cancer. Int J Mol Sci. 2017; 18(10). pii: E2160. doi: 10.3390/ijms18102160

63. Daniel F.I., Cherubini K., Yurgel L.S., de Figueiredo M.A., Salum F.G. The role of epigenetic transcription repression and DNA methyltransferases in cancer. Cancer, 2011, 117, 677-687

64. de Souza Rocha Simonini P., Breiling A., Gupta N., Malekpour M. et al. Epigenetically deregulated microRNA-375 is involved in a positive feedback loop with estrogen receptor alpha in breast cancer cells. Cancer Res., 2010, 70, 9175-9184

65. Deiss L.P., Feinstein E., Berissi H., Cohen O., Kimchi A. Identification of a novel serine/threonine kinase and a novel 15-kD protein as potential mediators of the gamma interferon-induced cell death. Genes Dev., 1995, 9(1), 15-30

66. Deng S., Calin G.A., Croce C.M., Coukos G., Zhang L. Mechanisms of microRNA deregulation in human cancer. Cell Cycle, 2008, 7, 17, 2643-2646

67. Dong P., Xiong Y., Watari H., Hanley S.J., Konno Y., Ihira K., Yamada T., Kudo M., Yue J., Sakuragi N. 2016. MiR-137 and miR-34a directly target Snail and inhibit EMT, invasion and sphere-forming ability of ovarian cancer cells. J. Exp. Clin. Cancer Res. 35, 132. http://dx.doi.org/10.1186/s13046-016-0415-y

68. Donninger H, Schmidt ML, Mezzanotte J, Barnoud T, Clark GJ. Ras signaling through RASSF proteins. Semin CellDevBiol. 2016; 58:86-95. doi: 10.1016/j.semcdb.2016.06.007

69. Edlich F., Banerjee S., Suzuki M., ClelandM.M., Arnoult D., Wang C., Neutzner A., Tjandra N., Youle R.J. Bcl-x(L) retrotranslocates Bax from the mitochondria into the cytosol Cell, 145 (2011), pp. 104-116

70. Elgamal OA, Park JK, Gusev Y, Azevedo-Pouly AC, Jiang J, Roopra A, et al. Tumor suppressive function of mir-205 in breast cancer is linked to HMGB3 regulation. PLoS One. 2013;8:e76402

71. Eskelinen EL. Autophagy: Supporting cellular and organismal homeostasis by self-eating. Int J Biochem Cell Biol. 2019 Jun;111:1-10. doi: 10.1016/j.biocel.2019.03.010

72. Farazi T.A., Hoell J.I., Morozov P., Tuschl T. MicroRNAs in human cancer. Adv Exp Med Biol., 2013, 774, 1-20

73. Feliciano A, Castellvi J, Artero-Castro A, Leal JA, Romagosa C, Hernandez-Losa J, Peg V, Fabra A, Vidal F, Kondoh H, et al: miR-125b acts as a tumor suppressor in breast tumorigenesis via its novel direct targets ENPEP, CK2-a, CCNJ, and MEGF9. PLoS One 8: e76247, 2013

74. Fesik S. W. Promoting apoptosis as a strategy for cancer drug discovery. Nat Rev Cancer, 2005, 5(11), 876-885

75. Fialkova V1, Vidomanova E, Balharek T, Marcinek J, Kudela E, Hanysova S, Visnovsky J, Dobrota D, Hatok J. DNA methylation as mechanism of apoptotic resistance development in endometrial cancer patients. Gen Physiol Biophys. 2017; 36(5):521-529. doi: 10.4149/gpb_2017032

76. FinneganEF, PasquinelliAE. MicroRNA biogenesis: regulating the regulators. Crit Rev Biochem Mol Biol. 2013 Jan-Feb;48(1):51-68. doi: 10.3109/10409238.2012.738643

77. Fokkema E, Timens W, de Vries EG, de Jong S, Fidler V, Meijer C, Groen HJ. Expression and prognostic implications of apoptosis-related proteins in locally unresectable non-small cell lung cancers. Lung Cancer. 2006; 52(2):241-7

78. Fu LJ, Zhang SL. Expression of RASSF1A in epithelial ovarian cancers. Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2015;19(5):813-7

79. Furuta M., Kozaki K.I., Tanaka S., Arii S., Imoto I., Inazawa J. MiR-124 and miR-203 are epigenetically silenced tumor-suppressive microRNAs in hepatocellular carcinoma. Carcinogenesis, 2010, 31, 766-776

80. Ganguly KK, Pal S, Moulik S, Chatterjee A. Integrins and metastasis. Cell Adh Migr. 2013; 7(3):251-61. doi: 10.4161/cam.23840

81. Gao X.N., Lin J., Li Y.H., Gao L. et al. MicroRNA-193a represses c-kit expression and functions as a methylation-silenced tumor suppressor in acute myeloid leukemia. Oncogene, 2011, 30, 3416-3428

82. Grivennikov SI1, Greten FR, Karin M. Immunity, inflammation, and cancer. Cell. 2010 Mar 19;140(6):883-99. doi: 10.1016/j.cell.2010.01.025

83. Guan Y, Guan X, An H, Baihetiya A, Wang W, Shao W, Yang H, Wang Y. Epigenetic silencing of miR-137 induces resistance to bicalutamide by targeting TRIM24 in prostate cancer cells. Am J TranslRes. 2019May 15;11(5):3226-3237

84. Guan Y., Yao H., Zheng Z., Qiu G., Sun K., 2011. MiR-125b targets BCL3 and suppresses ovarian cancer proliferation. Int. J. Cancer 128, 2274-2283. http://dx.doi.org/10.1002/ijc.25575

85. Guo L.-H., Li H., Wang F., Yu J., He J.-S. The tumor suppress or roles of miR-433 and miR-127 in gastric cancer. International Journal of Molecular Sciences, 2013, 14, 7, 14171-14184

86. Guo W, Cui L, Wang C, Guo Y, Shen S, Kuang G, Dong Z. Decreased expression of RASSF1A and up-regulation of RASSF1C is associated with esophageal squamous cell carcinoma. Clin Exp Metastasis. 2014 Jun;31(5):521-33. doi: 10.1007/s10585-014-9646-5

87. Hanahan D. and Weinberg R.A. Hallmarks of Cancer: The Next Generation. Cell, 2011, 144, 646-674

88. Hanoun N, Delpu Y, Suriawinata AA, et al. The silencing of microRNA 148a production by DNA hypermethylation is an early event in pancreatic carcinogenesis. Clin Chem. 2010;56:1107-1118

89. Harada T, Yamamoto E, Yamano HO, Nojima M, Maruyama R, Kumegawa K, Ashida M, Yoshikawa K, Kimura T, Harada E, Takagi R, Tanaka Y, Aoki H, Nishizono M, Nakaoka M, Tsuyada A, Niinuma T, Kai M, Shimoda K, Shinomura Y, Sugai T, Imai K, Suzuki H Analysis of DNA methylation in bowel lavage fluid for detection of colorectal cancer. Cancer Prev Res (Phila). 2014 Oct; 7(10):1002-10

90. Hassan M, Watari H, AbuAlmaaty A, Ohba Y, Sakuragi N. Apoptosis and molecular targeting therapy in cancer. BiomedRes Int. 2014;2014:150845. doi: 10.1155/2014/150845

91. Hata A.N., Engelman J.A., Faber A.C. The BCL2 Family: Key Mediators of the Apoptotic Response to Targeted Anticancer Therapeutics. Cancer Discov., 2015, 5(5), 475-487

92. Hermeking H. MicroRNAs in the p53 network: micromanagement of tumour suppression // Nat. Rev. Cancer. 2012, 12(9). P. 613-626

93. Hervouet E, Vallette FM, Cartron PF. Impact of the DNA methyltransferases expression on the methylation status of apoptosis-associated genes in glioblastoma multiforme. Cell Death Dis. 2010;1:e8. doi: 10.1038/cddis.2009.7

94. Ho P.K., Hawkins C.J. Mammalian initiator apoptotic caspases. FEBS J. 2005; 272, 54365453

95. Hsin-Yi Chen, Yaw-Dong Lang, Han-Nan Lin, Yun-Ru Liu, Chun-Chieh Liao, André Wendindondé Nana, Yun Yen, andRuey-Hwa Chen. miR-103/107 prolong Wnt/ß-catenin signaling and colorectal cancer stemness by targeting Axin2. Scientific Reports, 2019, doi: 10.1038/s41598-019-41053-z

96. Huang M, Miyake K, Kagami K, Abe M, Shinohara T, Watanabe A, Somazu S, Oshiro H, Goi K, Goto H, Minegishi M, Iwamoto S, Kiyokawa N, Sugita K, Inukai T. Lack of association between deletion polymorphism of BIM gene and in vitro drug sensitivity in B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia. LeukRes. 2017; 60:24-30. doi: 10.1016/j.leukres.2017.06.003

97. Iorio M.V., Croce C.M. MicroRNA dysregulation in cancer: diagnostics, monitoring and therapeutics. A comprehensive review. EMBO Mol. Med., 2012, 4, 143-159

98. Iorio M.V., Visone R., Di Leva G., Donati V. et al. MicroRNA signatures in human ovarian cancer. Cancer Res., 2007, 67, 8699-8707

99. Jager J.J, Jansen R.L, Arends J. W. Clinical relevance of apoptotic markers in breast cancer not yet clear.Apoptosis. 2002;7(4):361-5

100. Jemal A., Siegel R., Xu J., WardE. Cancer statistics 2010 CA. Cancer J. Clin. 2010; 60, 277300

101. Jeong SH, Han JH, Kim JH, Ahn MS, Hwang YH, Lee HW, et al. BAX predicts outcome in gastric cancer patients treated with 5-fluorouracil, leucovorin, and oxaliplatin palliative chemotherapy. Dig Dis Sci. 2011;56:131-8

102. Ji H, Sang M, Liu F, Ai N, Geng C. miR-124 regulates EMT based on ZEB2 target to inhibit invasion and metastasis in triple-negative breast cancer. Pathol Res Pract. 2019 Apr;215(4):697-704. doi: 10.1016/j.prp.2018.12.039

103. Jiang H, Zhang G, Wu JH, Jiang CP. Diverse roles of miR-29 in cancer (review). Oncol Rep. 2014;31:1509-16

104. KalimuthoM, NonesK, SrihariS, DuijfPHG, WaddellN, KhannaKK. Patterns of Genomic Instability in Breast Cancer. Trends Pharmacol Sci. 2019 Mar;40(3):198-211. doi: 10.1016/j.tips.2019.01.005

105. Kasinski AL, Slack FJ. MicroRNAs en route to the clinic: progress in validating and targeting microRNAs for cancer therapy. Nat Rev Cancer. 2011;11:849-64

106. Katada T, Ishiguro H, Kuwabara Y, Kimura M, Mitui A, Mori Y, Ogawa R, Harata K, Fujii Y. MicroRNA expression profile in undifferentiated gastric cancer. Int J Oncol 2009; 34: 537-542

107. Kaur M, Singh A, Singh K, Gupta S, Sachan M. Development of a multiplex MethyLight assay for the detection of DAPK1 and SOX1 methylation in epithelial ovarian cancer in a north Indian population. Genes Genet Syst. 2016; 91(3):175-181

108. Khordadmehr M, Shahbazi R, Ezzati H, Jigari-Asl F, Sadreddini S, Baradaran B. Key microRNAs in the biology of breast cancer; emerging evidence in the last decade. J Cell Physiol. 2019 Jun;234(6):8316-8326. doi: 10.1002/jcp.27716

109. Kim J, Zhang Y, Skalski M, Hayes J, Kefas B, Schiff D, Purow B, Parsons S, Lawler S, Abounader R microRNA-148a is a prognostic oncomiR that targets MIG6 and BIM to regulate EGFR andapoptosis in glioblastoma. Cancer Res. 2014; 74(5):1541-53

110. Kiran M, Chawla YK, Kaur J. Methylation profiling of tumor suppressor genes and oncogenes in hepatitis virus-related hepatocellular carcinoma in northern India. Cancer Genet Cytogenet. 2009; 195(2):112-9. doi: 10.1016/j.cancergencyto.2009.06.021

111. Kontos CK, Fendri A, Khabir A, Mokdad-Gargouri R, Scorilas A. Quantitative expression analysis and prognostic significance of the BCL2-associated X gene in nasopharyngeal carcinoma: a retrospective cohort study. BMC Cancer. 2013; 13, e293.

112. Kristensen L.S., Asmar F., Dimopoulos K., NygaardM.K.et al. Hypermethylation of DAPK1 is an independent prognostic factor predicting survival in diffuse large B-cell lymphoma. Oncotarget., 2014, 5(20), 9798-9810

113. Kunej T., Godnic I., Ferdin J., Horvat S., Dovc P., Calin G.A. Epigenetic regulation of microRNAs in cancer: an integrated review of literature. Mutat. Res., 2011, 717, 77-84

114. Le M.T., Shyh-Chang N., Khaw S.L. et al. Conserved regulation of p53 network dosage by microRNA-125b occurs through evolving miRNA-target gene pairs // PLoS Genet. 2011, 7(9). P. e1002242

115. Lee J.W., Choi C.H., Choi J.J., Park Y.A. et al. Altered MicroRNA expression in cervical carcinomas. Clin Cancer Res., 2008, 14, 2535-2542

116. Lee M., Kim E.J. and Jeon M.J. 2016. MicroRNAs 125a and 125b inhibit ovarian cancer cells through post-transcriptional inactivation of EIF4EBP1. Oncotarget 7, 8726-42. doi: 10.18632/oncotarget.6474

117. Lehmann U, Berg-Ribbe I, Wingen LU, Brakensiek K, Becker T, Klempnauer J,Schlegelberger B, Kreipe H, Flemming P. Distinct methylation patterns of benign and malignant liver tumors revealed by quantitative methylation profiling. Clin Cancer Res. 2005 May 15;11(10):3654-60

118. Lehmann U, Hasemeier B, Christgen M, Müller M, Römermann D, Länger F, Kreipe H. Epigenetic inactivation of microRNA gene hsa-mir-9-1 in human breast cancer. J Pathol 2008; 214:17-24

119. Lemmon M.A. and Schlessinger, J. Cell signaling by receptor tyrosinekinases. Cell, 2010, 141, 1117-1134

120. Li HP, Huang HY, Lai YR, et al. Silencing of miRNA-148a by hypermethylation activates the integrin-mediated signaling pathway in nasopharyngeal carcinoma. Oncotarget. 2014;5:7610-7624

121. Li J., Chen Z., Su K., Zeng J. Clinicopathological classification and traditional prognostic indicators of breast cancer. Int J Clin Exp Pathol. 2015; 8(7), 8500-8505

122. Li L., Chen J., Chen X1., Tang J., et al. Serum miRNAs as predictive and preventive biomarker for pre-clinical hepatocellular carcinoma. Cancer Lett., 2016, 373(2), 234-240

123.Li L., Yuan L., Luo J. et al. MiR-34a inhibits proliferation and migration of breast cancer through downregulation of Bcl-2 and SIRT1 // Clin. Exptl. Med. 2013. V. 13. № 2. P. 109117. doi 10.1007/s10238-012-0186-5

124.Li W., Zang W., Liu P. et al. (2014) MicroRNA-124 inhibits cellular proliferation and invasion by targeting Ets1 in breast cancer. Tumour Biol., 35(11): 10897-10904

125.Li Y, Melnikov AA, Levenson V, Guerra E, Simeone P, Alberti S, Deng Y. A seven-gene CpG-island methylation panel predicts breast cancer progression. BMC Cancer. 2015 May 19;15:417. doi: 10.1186/s12885-015-1412-9

126.Li Y., Jiang Q., Xia N., Yang H., Hu C. Decreased Expression of MicroRNA-375 in Non small Cell Lung Cancer and its Clinical Significance. J. Int. Med. Res., 2012, 40, 1662-166997

127.Li Y., Wang Y., Fan H., Zhang Z., Li N. (2018) miR125b-5p inhibits breast cancer cell proliferation, migration and invasion by targeting KIAA1522. Biochem. Biophys. Res.

Commun. 504, 277-282. doi: 10.1016/j.bbrc.2018.08.172

128.Li X., Chen W., Zeng W., WanC., Duan S. and Jiang S., 2017. microRNA-137 promotes apoptosis in ovarian cancer cells via the regulation of XIAP. Br J Cancer 116, 66-76. doi: 10.1038/bjc.2016.379

129.Liu LH, Li H, Li JP, Zhong H, Zhang HC, Chen J and Xiao T: miR-125b suppresses the proliferation and migration of osteosarcoma cells through down-regulation of STAT3. Biochem Biophys Res Commun 416: 31-38, 2011

130.Liu SL, Sui YF, Lin MZ. MiR-375 is epigenetically downregulated due to promoter methylation and modulates multi-drug resistance in breast cancer cells via targeting YBX1. Eur Rev Med Pharmacol Sci 2016 07;20(15):3223-9

131.Livak KJ, Schmittgen TD. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method. Methods. 2001 Dec;25(4):402-8

132.Loginov V.I., Pronina I.V., Burdennyy A.M., Filippova E.A., Kazubskay T.P., Kushlinsky D.N., Utkin D.O., Khodyrev D.S., Kushlinskii N.E., Dmitriev A.A., Braga E.A. Novel miRNA genes

deregulated by aberrant methylation in ovarian carcinoma are involved in metastasis. Gene 662 (2018) 28-36.

133.Lopez J, Tait SW. Mitochondrial apoptosis: killing cancer using the enemy within. Br J Cancer. 2015; 112(6):957-62. doi: 10.1038/bjc.2015.85

134.Lujambio A., Ropero S., Ballestar E., Fraga M.F., Cerrato C., Setién F., Casado S., Suarez-Gauthier A., Sanchez-Cespedes M., Git A., Spiteri I., Das P.P., Caldas C., Miska E., Esteller M. Genetic unmasking of an epigenetically silenced microRNA in human cancer cells. Cancer Res., 2007, 67, 1424-1429

135.Luo D., Wilson J.M., Harvel N., Liu J. et al. A systematic evaluation of miRNA:mRNA interactions involved in the migration and invasion of breast cancer cells. J Transl Med., 2013, 11, e57

136.Madhavan D., Peng C., Wallwiener M., Zucknick M.et al. Circulating miRNAs with prognostic value in metastatic breast cancer and for early detection of metastasis. Carcinogenesis, 2016, 37(5), 461-470

137.Manoochehri M, Karbasi A, Bandehpour M, Kazemi B. Down-regulation of BAX gene during carcinogenesis and acquisition of resistance to 5-FU in colorectal cancer. Pathol Oncol Res. 2014; 20(2):301-7

138.Marcus C.S., Maxwell G.L., Darcy K.M. et al. Current approaches and challenges in managing and monitoring treatment response in ovarian cancer. Journal of Cancer. 2014; 5, 25-30

139.Meng F., Qian L., Lv L., Ding B. et al. miR-193a-3p regulation of chemoradiation resistance in oesophageal cancer cells via the PSEN1 gene. Gene, 2016, 579(2), 139-145

140.Merino D, Giam M, Hughes PD, Siggs OM, Heger K, O'Reilly LA, Adams JM, Strasser A, Lee EF, Fairlie WD, Bouillet P. The role of BH3-only protein Bim extends beyond inhibiting Bcl-2-like prosurvivalproteins. J Cell Biol. 2009; 186(3):355-362

141.Mobarra N., Shafiee A., Rad S.M., Tasharrofi N. et al. Overexpression of microRNA-16 declines cellular growth, proliferation and induces apoptosis in human breast cancer cells. In Vitro CellDev Biol Anim., 2015, 51(6), 604-611

142.Nair S., Hagberg H., Krishnamurthy R., Thornton C., Mallard C. Death associated protein kinases: molecular structure and brain injury. IntJMolSci., 2013, 14(7), 13858-13872

143.Nakanishi H, Taccioli C, Palatini J, Fernandez-Cymering C, Cui R, Kim T, Volinia S and Croce CM: Loss of miR-125b-1 contributes to head and neck cancer development by dysregulating TACSTD2 andMAPKpathway. Oncogene 33: 702-712, 2014

144.Nishida N., Yokobori T., Mimori K. et al. MicroRNA miR 125b is a prognostic marker in human colorectal cancer //Int. J. Oncol. 2011. Vol. 38(5). P. 1437-1443

145.Niu J, Xue A, Chi Y, Xue J, Wang W, Zhao Z, Fan M, Yang CH, Shao ZM, Pfeffer IM, Wu J, Wu ZH. Induction of miRNA-181a by genotoxic treatments promotes chemotherapeutic resistance and metastasis in breast cancer. Oncogene. 2016; 35(10):1302-1313. doi: 10.1038/onc.2015.189

146.Pan Y, liu G, Zhou F, Su B, Ii Y. DNA methylation profiles in cancer diagnosis and therapeutics. ClinExpMed. 2018 Feb;18(1):1-14. doi: 10.1007/s10238-017-0467-0

147.Pei I., Xia J.Z., Huang H.Y., Zhang R.R. Role of miR-124a methylation in patients with gastric cancer. Zhonghua Wei Chang Wai Ke Za Zhi, 2011, 14, 136-139

148.Pekarsky Y, Balatti V, Croce CM. BCI2 and miR-15/16: from gene discovery to treatment. Cell Death Differ. 2018; 25(1):21-26. doi: 10.1038/cdd.2017.159

149.Piasecka D, Braun M, Kordek R, Sadej R, Romanska H. MicroRNAs in regulation of triple-negative breast cancer progression. J Cancer Res Clin Oncol. 2018 Aug; 144(8):1401-1411. doi: 10.1007/s00432-018-2689-2

150.Pillai M.M., Gillen A.E., Yamamoto T.M., Kline E. et al. HITS-CIIP reveals key regulators of nuclear receptor signaling in breast cancer. Breast Cancer Res Treat, 2014, 146(1), 85-97

151.Pinto R, De Summa S, Danza K, Popescu O, Paradiso A, Micale I, Merla G, Palumbo O, Carella M, Tommasi S. MicroRNA expression profiling in male and female familial breast cancer. Br J Cancer. 2014 Dec 9;111(12):2361-8. doi: 10.1038/bjc.2014.535

152.Pronina I.V., Ioginov V.I., Burdennyy A.M., Fridman M.V et al. Expression and DNA methylation alterations of seven cancer-associated 3p genes and their predicted regulator miRNAs (miR-129-2, miR-9-1) in breast and ovarian cancers. Gene, 2016, 576, 1(3), 483-491

153.Pronina I.V., Ioginov V.I., Burdennyy A.M., Fridman M.V., Senchenko V.N., Kazubskaya T.P., Kushlinskii N.E., Dmitriev A.A. and Braga E.A., 2017. DNA methylation contributes to deregulation of 12 cancer-associated microRNAs and breast cancer progression. Gene 604, 1-8. doi: 10.1016/j.gene.2016.12.018

154.Radogna F., Dicato M., Diederich M. Cancer-type-specific crosstalk between autophagy, necroptosis and apoptosis as a pharmacological target. BiochemPharmacol., 2015, 94(1), 111

155.Ritchie W.and Rasko J.E. Refining microRNA target predictions: sorting the wheat from the chaff. Biochem Biophys Res Commun., 2014, 445(4), 780-784

156.Rodríguez-Paredes M., Esteller M. Cancer epigenetics reaches mainstream oncology. Nat. Med., 2011, 17, 330-339

157.Saini H.K., Griffiths-Jones S., Enright A.J. Genomic analysis of human microRNA transcripts. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2007, 104, 17719-17724

158.Sarosiek KA, Chi X, Bachman JA, Sims JJ, Montero J, Patel L, Flanagan A, Andrews DW, Sorger P, Letai A. BID preferentially activates BAK while BIMpreferentially activates BAX, affecting chemotherapy response. Mol Cell. 2013; 51(6):751-65. doi: 10.1016/j.molcel.2013.08.048

159.Seviour E.G., Sehgal V., Lu Y., Luo Z., Moss T., Zhang F., Hill S.M., Liu W., Maiti S.N., Cooper L., Azencot R., Lopez-Berestein G., Rodriguez-Aguayo C., Roopaimoole R., Pecot C.V., Sood A.K., Mukherjee S., Gray J.W., Mills G.B. and Ram P.T., 2016. Functional proteomics identifies miRNAs to target a p27/Myc/phospho-Rb signature in breast and ovarian cancer. Oncogene 35, 691-701. doi: 10.1038/onc.2014.469

160.Sionov RV, Vlahopoulos SA, Granot Z. Regulation of Bim in Health and Disease. Oncotarget. 2015; 6(27):23058-134

161.Solano-Gálvez SG, Abadi-Chiriti J, Gutiérrez-Velez L, Rodríguez-Puente E, Konstat-Korzenny E, Alvarez-Hernández DA, Franyuti-Kelly G, Gutiérrez-Kobeh L, Vázquez-López R Apoptosis: Activation and Inhibition in Health and Disease. Med Sci (Basel). 2018; 6(3). pii: E54. doi: 10.3390/medsci6030054

162.Speidel D. Transcription-independent p53 apoptosis: an alternative route to death. Trends Cell Biol. 2010 Jan;20(1):14-24. doi: 10.1016/j.tcb.2009.10.002

163.Steponaitiene R, Kupcinskas J, Langner C, et al. Epigenetic silencing of miR-137 is a frequent event in gastric carcinogenesis. Mol Carcinog. 2016;55:376-386

164.Sun J, Cai X, Yung MM, Zhou W, Li J, Zhang Y, Li Z, Liu SS, Cheung ANY, Ngan HYS, Li Y, Dai Z, Kai Y, Tzatsos A, Peng W, Chan DW, Zhu W. miR-137 mediates the functional link

between c-Myc and EZH2 that regulates cisplatin resistance in ovarian cancer. Oncogene. 2019 Jan;38(4):564-580. doi: 10.1038/s41388-018-0459-x

165. Tahiri A., Leivonen S.K., Lüders T., Steinfeld I. et al. Deregulation of cancer-related miRNAs is

a common event in both benign and malignant human breast tumors. Carcinogenesis, 2014, 35(1), 76-85

166.Takahashi M, Cuatrecasas M, Balaguer F, et al. The clinical significance of MiR-148a as a predictive biomarker in patients with advanced colorectal cancer. PIoS One. 2012;7:e46684

167.Tan G., Cao X., Dai Q., Zhang B., Huang J., Xiong S., Zhang Y., Chen W., Yang J. and Ii H. 2015. A novel role for microRNA-129-5p in inhibiting ovarian cancer cell proliferation and survival via direct suppression of transcriptional co-activators YAP and TAZ. Oncotarget 6, 8676-86. doi: 10.18632/oncotarget.3254

168.Tang J, Ahmad A, Sarkar FH. The role of microRNAs in breast cancer migration, invasion and metastasis. Int J Mol Sci. 2012;13:13414-37

169.Tang X., Tang J., Iiu X., Zeng I. et al. Downregulation of miR-129-2 by promoter hypermethylation regulates breast cancer cell proliferation and apoptosis. Oncol Rep., 2016, 35(5), 2963-2969

170. Taylor MA, Sossey-Alaoui K, Thompson CI, Danielpour D, Schiemann WP TGF-ß upregulates

miR-181a expression to promote breast cancer metastasis. J Clin Invest. 2013; 123(1):150-63

171.Tian X., Xu I., Wang P. MiR-191 inhibits TNF-a induced apoptosis of ovarian endometriosis and endometrioid carcinoma cells by targeting DAPK1. Int J Clin Exp Pathol., 2015, 8(5), 4933-4942

172.Toiyama Y., Okugawa Y., Tanaka K., Araki T., Uchida K., Hishida A., Uchino M., Ikeuchi H., Hirota S., Kusunoki M., Boland C.R. and Goel A., 2017. A Panel of Methylated MicroRNA Biomarkers for Identifying High-Risk Patients with Ulcerative Colitis-associated Colorectal Cancer. Gastroenterology. doi:10.1053/j.gastro.2017.08.037

173.Torano E.G., Petrus S., Fernandez A.F., FragaM.F. Global DNA hypomethylation in cancer: review of validated methods and clinical significance. Clin Chem Iab Med., 2012, 50, 17331742

174.Torres-Ferreira J., Ramalho-Carvalho J., Gomez A., Menezes, F.D. Freitas, R. Oliveira, J. Antunes, I. Bento, M.J. Esteller, M. Henrique R and Jeronimo, C., 2017. MiR-193b promoter methylation accurately detects prostate cancer in urine sediments and miR-34b/c or miR-129-

2 promoter methylation define subsets of clinically aggressive tumors. Mol Cancer 16, 26. doi: 10.1186/s12943-017-0604-0

175. Tserga A, Michalopoulos NV, Levidou G, Korkolopoulou P, Zografos G, Patsouris E, Saetta

AA. Association of aberrant DNA methylation with clinicopathological features in breast cancer. // Oncol Rep. 2012. Vol. 27. № 5. P. 1630-1638

176.Uhlmann S., Mannsperger H., Zhang J.D., Horvat E.A. et al. Global microRNA level regulation of EGFR-driven cell-cycle protein network in breast cancer. Mol Syst Biol., 2012, 8, 570

177.Uppal A., Wightman S.C., Mallon S., Oshima G. et al. 14q32-encoded microRNAs mediate an oligometastatic phenotype. Oncotarget, 2015, 6(6), 3540-3552

178. Vecchione A, Croce CM. Apoptomirs: small molecules have gained the license to kill. Endocr

Relat Cancer. 2010 Jan 29;17(1):F37-50. doi: 10.1677/ERC-09-0163

179.Viallard C, Larrivée B. Tumor angiogenesis and vascular normalization: alternative therapeutic targets. Angiogenesis. 2017Nov;20(4):409-426. doi: 10.1007/s10456-017-9562-9

180.Viticchie G., Lena A.M., Latina A., Formosa A. et al. MiR-203 controls proliferation, migration and invasive potential of prostate cancer cell lines. Cell Cycle, 2011, 10, 1121-1131

181.Vrba L., Muñoz-Rodríguez J.L., Stampfer M.R, Futscher B.W. miRNA Gene Promoters Are Frequent Targets of Aberrant DNA Methylation in Human Breast Cancer. PLoS One, 2013, 8, e54398

182.Wang D., Lu M., Miao J., Li T. et al. Cepred: predicting the co-expression patterns of the human intronic microRNAs with their host genes. Plos One, 2009, 4, e4421

183. Wang J., Jia R., Zhang Y., Xu X. et al. The role of Bax and Bcl-2 in gemcitabine-mediated

cytotoxicity in uveal melanoma cells. Tumour Biol., 2014, 35(2), 1169-1175

184.Wang L.Q., Kwong Y.L., Wong K.F., Kho C.S. et al. Epigenetic inactivation of mir-34b/c in addition to mir-34a and DAPK1 in chronic lymphocytic leukemia. J Transl Med., 2014, 12, 52

185. Wang Q.Y., Tang J., Zhou C.X., Zhao Q. The down-regulation of miR-129 in breast cancer and

its effect on breast cancer migration and motility. Sheng Li Xue Bao., 2012, 64(4), 403-411

186. Wang S., Li H., Wang J., Wang D. et al. Prognostic and biological significance of microRNA-

127 expression in human breast cancer. Dis Markers, 2014, 2014, e401986

187.Wang W., Iuo Y.P. MicroRNAs in breast cancer: oncogene and tumor suppressors with clinical potential // J. Zhejiang Univ. Sci. B. 2015. V. 16. № 1. P. 18-31. doi 10.1631/jzus.B1400184

188.Ward A., Balwierz A., Zhang J.D., Küblbeck M. et al. Re-expression of microRNA-375 reverses both tamoxifen resistance and accompanying EMT-like properties in breast cancer. Oncogene, 2013, 32(9), 1173-1182

189.Weinstein J., Collisson E., Mills G., Shaw K., Ozenberger B., Ellrott K., Shmulevich I., Sander C., Stuart J. The Cancer Genome Atlas Pan-Cancer analysis project // Nature genetics. 2013. T.45. №. 10. C. 1113-1120

190. Willis S.N., Adams J.M. Iife in the balance: how BH3-only proteins induce apoptosis. Curr

Opin Cell Biol. 2005; 17(6):617-25

191.Wilson A.S., Power B.E., Molloy P.I. DNA hypomethylation and human diseases. Biochim. Biophys. Acta., 2007, 1775, 138-162

192.Wilson R.C., Doudna J.A. Molecular mechanisms of RNA interference. Ann. Rev. Biophys., 2013, 42, 217-239

193. Wongtrakoongate P. Epigenetic therapy of cancer stem and progenitor cells by targeting DNA

methylation machineries. World Journal of Stem Cells, 2015, 7, 1, 137-148

194.Wu Z., Huang W., Chen B. et al. (2017) Up-regulation of miR-124 inhibits invasion and proliferation ofprostate cancer cells through mediating JAK-STAT3 signaling pathway. Eur. Rev. Med. Pharmacol. Sci., 21(10): 2338-2345

195.Xiong H., Qiu H., Zhuang I., Xiong H. et al. Effects of 5-Aza-CdR on the proliferation of human breast cancer cell line MCF-7 and on the expression of Apaf-1 gene. JHuazhong Univ Sci Technolog Med Sci., 2009, 29(4), 498-502

196.Xu Q, Iiu IZ, Yin Y, et al. Regulatory circuit of PKM2/NF-kappaB/miR-148a/152-modulated tumor angiogenesis and cancer progression. Oncogene. 2015; 34:5482-5493

197.Yadav P, Masroor M, Nandi K, Kaza RCM, Jain SK, Khurana N, Saxena A. Promoter Methylation of BRCA1, DAPK1 and RASSF1A is Associated with Increased Mortality among Indian Women with Breast Cancer Asian Pac J Cancer Prev. 2018; 19(2):443-448. DOI: 10.22034/APJCP.2018.19.2.443

198. Yang D, Zhan M, Chen T, Chen W, Zhang Y, Xu S, Yan J, Huang Q, Wang J. miR-125b-5p

enhances chemotherapy sensitivity to cisplatin by down-regulating Bcl2 in gallbladder cancer. Sci Rep. 2017; 7:43109. doi: 10.1038/srep43109

199.Ye X.M., Zhu H.Y., Bai W.D., Wang T. et al. Epigenetic silencing of miR-375 induces trastuzumab resistance in HER2-positive breast cancer by targeting IGF1R. BMC Cancer, 2014, 14, e134

200.Yin J., Zheng G., Jia X., Zhang Z. A Bmi1-miRNAs cross-talk modulates chemotherapy response to 5-fluorouracil in breast cancer cells. PLoS One, 2013, 8(9), e73268

201. Ying X., Wei K., Lin Z., Cui Y., Ding J., Chen Y., Xu B.2016. MicroRNA-125b suppresses

ovarian cancer progression via suppression of the epithelial-mesenchymal transition pathway by targeting the SET protein. Cell. Physiol. Biochem. 39, 501-510. http://dx.doi.org/10.1159/000445642

202. Yu J, Qi J, Sun X, Wang W, Wei G, Wu Y, Gao Q, Zheng J. MicroRNA-181a promotes cell

proliferation and inhibits apoptosis in gastric cancer by targeting RASSF1A. Oncol Rep. 2018 0ct;40(4):1959-1970. doi: 10.3892/or.2018.6632

203.Yu J, Zhu T, Wang Z, Zhang H, Qian Z, Xu H, Gao B, Wang W, Gu L, Meng J, Wang J, Feng X, Li Y, Yao X, Zhu J. A novel set of DNA methylation markers in urine sediments for sensitive/specific detection of bladder cancer. // Clin Cancer Res. 2007. Vol. 13. № 24. P. 7296-7304

204.Yu Y., Zhao Y., Sun X.H., Ge J. et al. Down-regulation of miR-129-5p via the Twist1-Snail feedback loop stimulates the epithelial-mesenchymal transition and is associated with poor prognosis in breast cancer. Oncotarget, 2015, 6(33), 34423-34436

205. Yuan L, Li S, Zhou Q, Wang D, Zou D, Shu J, Huang Y. MiR-124 inhibits invasion and induces

apoptosis of ovarian cancer cells by targeting programmed cell death 6. Oncol Lett. 2017 Dec;14(6):7311-731 7. doi: 10.3892/ol.2017.7157

206.Zadeh M.M., Ranji N., Motamed N. Deregulation of miR-21 and miR-155 and their putative targets after silibinin treatment in T47D breast cancer cells. Iran J Basic Med Sci., 2015, 18(12), 1209-1214

207.Zang Y.S., Zhong Y.F., Fang Z., Li B., An J. MiR-155 inhibits the sensitivity of lung cancer cells to cisplatin via negative regulation of Apaf-1 expression. Cancer Gene Ther., 2012, 19(11), 773-778

208.Zehentmayr F., Hauser-Kronberger C., Zellinger B., Hlubek F. et al. Hsa-miR-375 is a predictor of local control in early stage breast cancer. Clin Epigenetics, 2016, 8, e28

209. Zhang B, Pan X, Cobb GP, Anderson TA. microRNAs as oncogenes and tumor suppressors. Dev Biol. 2007;302:1-12

210. ZhangC.M, ZhaoJ., DengH.Y. MiR-155 promotes proliferation of human breast cancer MCF-7 cells through targeting tumor protein 53-induced nuclear protein 1. JBiomed Sci. 2013;20:79

211. Zhang H, Ii Y, Huang Q, et al. MiR-148apromotes apoptosis by targeting Bcl-2 in colorectal cancer. Cell Death Differ. 2011;18:1702-1710

212.Zhang R, Ii M, Zang W, et al. MiR-148a regulates the growth and apoptosis in pancreatic cancer by targeting CCKBR and Bcl-2. Tumour Biol. 2014;35:837-844

213.Zhang W, Iiu J, Wang G. The role of microRNAs in human breast cancer progression. Tumour Biol., 2014, 35(7), 6235-6244

214.Zhang W., Chen J.H., Shan T., Aguilera-Barrantes I., Wang I.S., Huang T.H., Rader J.S., Sheng X., Huang Y.W. miR-137 is a tumor suppressor in endometrial cancer and is repressed by DNA hypermethylation. Iab Invest. 2018 Nov;98(11):1397-1407. doi: 10.1038/s41374-018-0092-x.

215.Zhang Y, Yan IX, Wu QN, Du ZM, Chen J, Iiao DZ, Huang MY, Hou JH, Wu QI, Zeng MS, et al: miR-125b is methylated and functions as a tumor suppressor by regulating the ETS1 proto-oncogene in human invasive breast cancer. Cancer Res 71: 3552-3562, 2011

216.Zhang H., Wang Q., Zhao Q. and Di W. 2013. MiR-124 inhibits the migration and invasion of ovarian cancer cells by targeting SphK1. J Ovarian Res 6, 84. doi: 10.1186/1757-2215-6-84

217.Zhang I., Ii Z., Gai F., Wang Y., 2015. MicroRNA-137 suppresses tumor growth in epithelial ovarian cancer in vitro and in vivo. Mol. Med. Rep. 12, 3107-3114. http:// dx.doi.org/10.3892/mmr.2015.3 756

218.ZhaoJ., ZhaoD., PoageG.M., MazumdarA. etal. Death-associated protein kinase 1 promotes growth of p53-mutant cancers. JClinInvest., 2015, 125(7), 2707-2720

219.Zhao X., Iu C., Chu W. et al. (2017) MicroRNA-124 suppresses proliferation and glycolysis in non-small cell lung cancer cells by targeting AKT-GIUT1/HKII. Tumour Biol., 39(5): 1010428317706215

220.Zhao Y, Li Y, Lou G, Zhao L, Xu Z, Zhang Y, He FMiR-137 targets estrogen-related receptor alpha and impairs the proliferative and migratory capacity of breast cancer cells. PLoS One. 2012; 7(6):e39102

221.Zhu X., Er K., Mao C., Yan Q. et al. Dysregulation of microRNA expression drives aberrant DNA hypermethylation in basal-like breast cancer. Int J Oncol., 2014, 44(2), 563-572

222.Zinkel S., Gross A., Yang E. BCL2family in DNA damage and cell cycle control.Cell Death Differ. 2006;13(8):1351-9