Анализ соматических мутаций в генах EGFR, KRAS, PIK3CA и BRAF в клетках опухолей различной локализации с использованием биочипов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат наук Емельянова, Марина Александровна

• Емельянова, Марина Александровна
• кандидат наук
• 2014

Оглавление диссертации кандидат наук Емельянова, Марина Александровна

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ЦЕЛЬ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ

ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Раздел 1.1 Таргетная терапия

1.1.1 Ингибиторы рецептора эпидермального фактора роста в противоопухолевой терапии

1.1.2 Ингибиторы других участников БОРЯ-зависимого сигнального каскада

зависимого сигнального каскада

1.2.1 Рецептор эпидермального фактора роста (БОРЯ)

1.2.1.1 Структурно-функциональная характеристика гена ЕОРЯ

1.2.1.2 Структурно-функциональная характеристика белка БОРЯ

1.2.1.3 Клинически значимые мутации в гене ЕОРЯ

1.2.2 Малая сигнальная ГТФ-аза (КЛА8)

1.2.2.1 Структурно-функциональная характеристика гена КЯАБ

1.2.2.2 Структурно-функциональная характеристика белка ККАБ

1.2.2.3 Клинически значимые мутации в гене КЯАБ

1.2.3 Фосфоинозитид-З-киназа, каталитическая субъединица (Р1КЗСА)

1.2.3.1 Структурно-функциональная характеристика гена Р1КЗСА

1.2.3.2 Структурно-функциональная характеристика белка Р1КЗ С А

1.2.3.3 Клинически значимые мутации в гене Р1КЗСА

1.2.4 Серин/треонин протеинкиназа (ВЯАР)

1.2.4.1 Структурно-функциональная характеристика гена ВЯАР

1.2.4.2 Структурно-функциональная характеристика белка В11АР

1.2.4.3 Клинически значимые мутации в гене ВЯАР

1.2.5 Распространенность мутаций в генах ЕСРЯ, КЯАР, Р1КЗСА и ВЛАР в опухолях человека различной локализации

Раздел 1.3 Молекулярно—генетические методы диагностики соматических мутаций

Раздел 1.4 Биологические микрочипы и их применение

ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Клинический материал

2.2 Экстракция ДНК

2.2.1 Экстракция ДНК из ткани, фиксированной в парафиновых блоках

2.2.2 Экстракция ДНК из свежезамороженной ткани

"273 Конструирование и синтез олигонуклеотидовУ

2.3.1 Конструирование и синтез праймеров

2.3.2 Конструирование и синтез 1ЛЧА-олигонуклеотидов

2.3.3 Конструирование и синтез зондов для иммобилизации на биочипах

2.4 Изготовление биологических микрочипов

2.5 Сайт-направленный мутагенез

2.5.1 Двухэтапный сайт-направленный мутагенез

2.5.2 Одноэтапный сайт-направленный мутагенез

2.6 Полимеразная цепная реакция (ПЦР)

2.7 Гибридизация меченого продукта на биочипе

2.8 Регистрация изображения и анализ результатов гибридизации

2.9 Электрофоретическое разделение продуктов амплификации в агарозном геле

2.10 Секвенирование

2.11 Статистический анализ

2.12 Другие методы определения мутаций

2.12.1 Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПЦР-ПДРФ)

2.12.2 Секвенирование с предварительным обогащением образца мутантной

ДНК

2.12.3 Аллель-специфичная ПЦР в реальном времени

ГЛАВА 3 РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Раздел 3.1 Разработка метода анализа соматических мутаций на основе

биологических микрочипов

3.1.1 Конструирование системы амплификации для анализа целевых последовательностей генов

3.1.1.1 Разработка системы праймеров для проведения двухэтапной мультиплексной ПЦР

3.1.1.2 Конструирование ОЧА-олигонуклеотидов и выбор их оптимальной концентрации в ПЦР-смеси

3.1.1.3 Создание контрольных ДНК-матриц, содержащих мутации в генах ЕС ГЛ. КРАБ, ВРАР и Р1КЗСА

3.1.2 Разработка олигонуклеотидных микрочипов

3.1.2.1 Конструирование олигонуклеотидных зондов для иммобилизации на микрочипах

3.1.2.2 Конструирование специализированных биочипов

3.1.2.2.1 Анализ мутаций в гене .EG.Fi?

3.1.2.2.2 Анализ мутаций в гене КРАБ

3.1.2.2.3 Анализ мутаций в генах Р1КЗСА и ВМР

3.1.2.2.4 Биочип для анализа мутаций в генах ЕСРЯ, КЫБ, Р1КЗСА и ВР4Р

3.1.3 Определение аналитической чувствительности метода

----Раздел^3т2—Генотипирование клинических образцов

3.2.1 Генотипирование образцов опухолей поджелудочной железы

3.2.1.1 Анализ мутаций в гене КРАБ с помощью биочипов

3.2.1.2 Выявление ассоциаций между наличием мутаций в гене КРАБ и клинико-

анамнестическими характеристиками пациентов с опухолями ПЖ

3.2.1.3 Верификация результатов генотипирования образцов опухолей ПЖ на

наличие мутаций в гене К RAS

3.2.2 Генотипирование образцов колоректального рака

3.2.2.1 Анализ мутаций в генах KRAS, BRAFи PIK3CA с помощью биочипов

3.2.2.2 Выявление ассоциаций между молекулярно-генетическим статусом опухоли и клинико-анамнестическими характеристиками больных КРР

3.2.2.3 Верификация результатов генотипирования образцов КРР на наличие мутаций в гене К RAS

3.2.3 Генотипирование образцов меланомы

3.2.3.1 Анализ мутаций в генах PIK3CA и BRAF

3.2.3.2 Выявление ассоциаций между молекулярно-генетическим статусом опухоли и клинико-анамнестическими характеристиками больных меланомой

3.2.3.3 Верификация результатов генотипирования образцов меланомы на наличие мутации V600E в гене BRAF

3.2.4 Генотипирование образцов HMPJ1

3.2.4.1 Анализ мутаций в образцах HMPJ1 с помощью биочипов

3.2.4.1.1 Анализ свежезамороженных опухолевых биопсий HMPJ1 на наличие мутаций в генах EGFR, KRAS, PIK3CA и BRAF

3.2.4.1.2 Анализ фиксированных в парафиновых блоках образцов HMPJ1 на наличие мутаций в генах EGFR и KRAS

3.2.4.2 Выявление ассоциаций между молекулярно-генетическим статусом опухоли и клинико-анамнестическими характеристиками больных HMPJL

3.2.4.3 Верификация результатов генотипирования образцов HMPJI на наличие мутации в генах EGFR, KRAS, PIK3CA и BRAF

3.2.5 Различие в спектре мутаций в гене KRAS в опухолях различной

локализации

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 4Е-ВР-1 (англ. Eukaryotic translation initiation factor 4E-bindingprotein 1) - 4E связывающий белок

ABD (англ. Adaptor-binding domain) - адаптор-связывающий домен

АКТ (англ. V-akt murine thymoma viral oncogene ho mo log 1) - протеинкиназа В

ASCO (англ. American Society of Clinical Oncology) - Американское общество

клинической онкологии

ATP - аденозинтрифосфат

BRAF (англ. V-raf murine sarcoma viral oncogene homolog В) - серин/треониновая протеинкиназа

EGF (англ. Epidermal growth factor) - эпидермальный фактор роста

EGFR (англ. Epidermal growth factor receptor) - рецептор эпидермального фактора роста

eIF4E (англ. Eukaryotic translation initiation factor 4E) - фактор инициации трансляции 4E

SGK (англ. Serum- and glucocorticoid-induced protein kinase) - киназа, экспрессируемая под

действием сыворотки или глюкокортикоидов

mRNA - матричная РНК

WT - дикий тип

РКА (англ. Protein kinase А) - протеинкиназа А

EphB2R (англ. Ephrin type-B receptor 2) - эфриновый рецептор В2 (трансмембранная тирозинкиназа)

ErbB (или HER) - семейство рецепторов эпидермального фактора роста

ESMO (англ. European Society for Medical Oncology) - Европейское общество

медицинских онкологов

FDA (англ. U.S. Food and Drug Administration) - Управление по контролю качества

пищевых продуктов и лекарственных препаратов США

GAP (англ. GTPase-Activating Protein) - белок, активирующий ГТФ-азу

GDP - гуанозиндифосфат

GEF (англ. Guanine nucleotide exchange factors) - фактор обмена гуаниновых нуклеотидов GRB2 (англ. Growth factor receptor-bound protein 2) - GFR-связывающий белок 2 GTP - гуанозинтрифосфат

IGF_(aHrarInsulin^like growth-factors) - инсулин-noдобный-фактор-роста---

KRAS (англ. V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog) - малая сигнальная ГТФ-аза

KRAS IP - псевдоген KRAS

LNA (англ. Locked nucleic acid) - синтетический аналог РНК, имеющий дополнительную связь между 2'-0 и 4'-С

MAP (англ. Microtubule-associated protein) - белок, ассоциированный с микротрубочками

МАРК (англ. Mitogen-activated protein kinases) - митоген-активируемая протеинкиназа

МЕК (англ. Mitogen-activated protein kinase kinase) - киназа МАРК

МЕТ (англ. Hepatocyte growth factor receptor) - рецептор гепатоцитарного фактора роста

mTOR (англ. Mammalian target of rapamycin) - серин-треониновая протеинкиназа

NF-1 (англ. Neurofibromatosis Type 1 protein) - белок нейрофиброматоза 1 типа

NGFR (англ. Nerve growth factor receptor) - рецептор фактора роста нервов

PDK1 (англ. Phosphoinositide-dependent kinase-1) - 3-фосфоинозитид-зависимая

протеинкиназа-1

РН (англ. Pleckstrin homology domain) - плекстрин-гомологичный домен

PIK3 (или PI3K) (англ. Phosphatidylinositol-3-kinase) - семейство фосфоинозитид-3-киназ

PIK3CA - pi 10а каталитическая субъединица I класса PI 3-киназ

РКВ (англ. Protein kinase В) - протеинкиназа В

РКС (англ. Protein kinase С) - протеинкиназа С

PRAS40 (англ. Proline-rich Akt/PKB substrate 40 kDa) - пролин-богатый субстрат АКТ 40kDa

Ptdlns - фосфатидилинозитол

PTEN (англ. Phosphatase and tensin ho mo log deleted on chromosome 10) - фосфатаза

RAF - серин-треониновые протеинкиназы

RAS - семейство малых сигнальных ГТФ-аз

RBD (англ. Ras-binding domain) - Ras -связывающий домен

RHEB (англ. Ras homolog enriched in brain) - GTP-связывающий белок

RSK (англ. P90 ribosomal s6 kinase) - киназа рибосомального белка S6

RUSSCO - российское Общество онкологов-химиотерапевтов

S6K (англ. Р70 ribosomal S6 Kinase) - киназа рибосомального белка S6

SH2 - домен связывания фосфотирозина (Src-гомология 2)

SH3 - домен связывания фосфотирозина (Src-гомология 3)

SOS (англ. Son of sevenless) - фактор обмена гуаниновых нуклеотидов

STA-T-(англ—Signal-transducer-and activator of transcription) - белок, преобразующий сигнал и активирующий транскрипцию

TGF-a (англ. Transforming growth factor alpha) - трансформирующий фактор роста альфа

TIAM1 (англ. T-cell lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1) - специфическая Rac ГТФ-аза

TSC1 (англ. Tuberous sclerosis 1) — туберозный склерозный комплекс

TSC2 (англ. Tuberous sclerosis 2) - туберозный склерозный комплекс

VEGFR (англ. Receptors for vascular endothelial growth factor) - васкулярный

эндометриальный фактор роста

а.к. - аминокислота

АК - аденокарцинома

АС-ПЦР - аллель-специфичная ПЦР

КРР - колоректальный рак

HMPJI - немелкоклеточный рак легких

п.н. - пара нуклеотидов

ПЖ - поджелудочная железа

ПЗС - прибор с зарядовой связью

ПК - плоскоклеточный рак

ПЦР - полимеразная цепная реакция

ПЦР-ПДРФ - анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов РВ-ПЦР - ПЦР в реальном времени РПЖ - рак поджелудочной железы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Анализ соматических мутаций в генах EGFR, KRAS, PIK3CA и BRAF в клетках опухолей различной локализации с использованием биочипов»

ВВЕДЕНИЕ

В подходах к лечению онкологических заболеваний в последние годы произошли значительные изменения. Активно использовавшиеся в химиотерапии противоопухолевые средства, направленные на прямое повреждение аппарата деления клетки, постепенно уступают место так называемым таргетным препаратам. Особенностью данных средств является то, что они воздействуют на критически важные для опухоли сигнальные пути, которые обеспечивают конкурентное преимущество раковой клетки перед здоровыми клетками организма за счет стимуляции клеточного роста, пролиферации, инвазии, метастазирования, ангиогенеза и подавления апоптоза. Одним из таких путей является EGFR-зависимый сигнальный каскад. Гиперэкспрессия рецептора эпидермального фактора роста (Epidermal growth factor receptor, EGFR) наблюдается во многих типах опухолей эпителиальной природы, поэтому представляется очевидным, что именно EGFR был выбран в качестве мишени первых таргетных препаратов. В настоящее время на рынке лекарственных средств доступно четыре антагониста EGFR. Условно их можно разделить на две группы. Это низкомолекулярные ингибиторы тирозинкиназной активности рецептора - гефитиниб и эрлотиниб, связывающиеся с его внутриклеточным доменом, и моноклональные антитела - цетуксимаб и панитумумаб, конкурирующие с природными лигандами за связывание с внеклеточным доменом EGFR. В ходе клинических испытаний было обнаружено, что ключевую роль в эффективности ингибиторов EGFR играют мутации в тирозинкиназном домене EGFR и в ряде его эффекторов, включая белки KRAS, BRAF и PIK3CA. Было установлено, что наличие точечных мутаций в 858 и 719 ко донах, а также небольших делеций в 19 экзоне гена EGFR обуславливает чувствительность опухоли к гефитинибу и эрлотинибу при лечении немелкоклеточного рака легких (HMPJ1), а присутствие мутации Т790М, напротив, вызывает устойчивость к данным препаратам. Невосприимчивость к анти-EGFR терапии также обусловлена наличием активирующих мутаций в генах KRAS, BRAF и PIK3CA. Мутантные белки стимулируют внутриклеточную сигнализацию независимо от самого EGFR, что делает блокировку данного рецептора таргетными препаратами неэффективной. В настоящее время идет активная разработка и внедрение в практику препаратов, направленных на подавление активности белков-эффекторов EGFR. В -частности, при-лечении-меланомы-с^мутантным BRAF с недавнего времени используется ингибиторы вемурафениб, дабрафениб и траметиниб. Вемурафениб и дабрафениб избирательно блокируют BRAF, а мишенью траметиниба является МЕК1/2.

При анализе опухолевого материала доля клеток с анализируемыми соматическими мутациями может быть невелика, что не всегда позволяет выявить мутацию. Наиболее часто для решения этой проблемы используют аллель-специфичную ПЦР в реальном времени (АС-РВ-ПЦР) или секвенирование с предварительным обогащением образца мутантной ДНК, однако при одновременном анализе большого количества мутаций использование данных методик становится достаточно трудоемким. В последнее время все большее распространение получает высокопроизводительное секвенирование. Оно позволяет выявлять мутации de novo и обладает высокой аналитической чувствительностью, но пока не находит широкого применения в рутинной клинической практике из-за высокой стоимости анализа и трудоемкости.

В настоящей работе для решения проблемы выявления соматических мутаций в опухоли предложен высокочувствительный метод, совмещающий LNA-блокирующую мультиплексную ПЦР с аллель-специфической гибридизацией на биочипе. LNA (locked nucleic acid) - это синтетический аналог РНК, имеющий дополнительную связь между 2-0 и 4'-С, которая блокирует рибозу в N-конформации, подобно А-форме РНК. Такая «закрытая» конформация способствует увеличению термодинамической стабильности совершенного дуплекса DNA-LNA и нестабильности несовершенного. В результате присутствия в ПЦР-смеси LNA-содержащего олигонуклеотида, который комплементарно связывается с последовательностью «дикого типа», препятствуя ее амплификации, происходит преимущественное увеличение числа копий мутантного аллеля.

Использование данного оригинального подхода позволяет одновременно анализировать большое количество соматических мутаций. Разработанный метод может быть применен для массового скрининга пациентов с различного рода злокачественными новообразованиями с целью индивидуального подбора наиболее эффективной противоопухолевой терапии, основанной на наличии достоверной информации о генетических маркерах, влияющих на восприимчивость опухоли к химиотерапевтическим препаратам.

ЦЕЛЬ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ

Целью диссертационной работы является идентификация соматических мутаций в генах EGFR, KRAS, PIK3CA и BRAF и выявление ассоциаций между генетическим статусом опухоли и клинико-анамнестическими характеристиками онкологических больных.

Достижение цели предусматривало решение следующих задач:

1. Разработать метод одновременной идентификации 37-ми функционально значимых соматических мутаций в генах EGFR (18 вариантов), KRAS (13 вариантов), PIK3CA (5 вариантов), BRAF (1 вариант).

2. Определить частоту и спектр мутаций в генах EGFR, KRAS, PIK3CA и BRAF в опухолях различной локализации у онкологических больных.

3. Выполнить статистический анализ по выявлению ассоциаций между генетическим статусом опухоли и клинико-анамнестическими характеристиками онкологических больных.

4. Оценить эффективность применения разработанного подхода по идентификации соматических мутаций и достоверность получаемых результатов в сравнении с другими методами.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ Раздел 1.1 Таргетная терапия

В последние годы подходы к химиотерапии онкологических заболеваний претерпели значительные изменения. Использовавшиеся и модифицировавшиеся на протяжении многих лет противоопухолевые средства, направленные на прямое повреждение аппарата деления клетки («классические» цитотоксические химиопрепараты) достигли верхнего предела эффективности. После значительных успехов, достигнутых в 1970-1990-х годах, последующее совершенствование цитостатической терапии не привело к существенному прорыву. Накопление данных об особенностях биологии опухолевой клетки и исследования путей внутриклеточной сигнализации позволили сделать следующий шаг в развитии противоопухолевой терапии. Появилась возможность выявлять важные для опухоли, но не критичные для организма сигнальные пути, обеспечивающие «конкурентные» преимущества клеток опухоли перед здоровыми клетками организма (способность к активной пролиферации, инвазии, метастазированию, ангиогенезу, подавлению апоптоза и т.д.). Это, в свою очередь, позволило создавать препараты, регулирующие определенный каскад передачи сигналов. Хотя такие препараты в большинстве случаев и не приводят напрямую к гибели опухолевых клеток, они приостанавливают их деление и распространение по организму, что закономерно приводило к увеличению выживаемости больных, даже если сокращения размеров опухоли (непосредственный противоопухолевый эффект) не происходило. Кроме того, блокада важных для жизнедеятельности опухоли путей приводила к потере преимуществ опухолевой клетки перед нормальными клетками организма, что позволяло более эффективно использовать цитотоксическую химиотерапию.

Большинство новых лекарственных средств, условно объединенных в группу так называемых таргетных препаратов, воздействуют на клеточные рецепторы или лиганды к ним (Красильников и Жуков, 2010).

1.1.1 Ингибиторы рецептора эпидермального фактора роста в противоопухолевой терапии

Рецептор эпидермального фактора роста стал первым рецептором факторов роста, который был выбран в качестве мишени таргетной терапии. ЕСт экспрессируется на поверхности как нормальных, так и трансформированных эпителиальных клеток и участвует в регуляции клеточного роста и дифференцировки. При ряде опухолей эпителиальной природы (раке легкого, яичников, толстой кишки, предстательной железы,

плоскоклеточном раке головы и шеи) обнаруживается избыточная экспрессия EGFR и/или одного из его лигандов (EGF; TGF-a), что может служить причиной повышенной пролиферативной активности трансформированных клеток (Носов, 2001).

В настоящее время, после 20 лет активных разработок анти-EGFR препаратов, на лекарственном рынке доступно 4 антагониста EGFR, предназначенных для лечения четырех метастатических онкологических образований эпителиальной природы: немелкоклеточного рака легких, плоскоклеточного рака головы и шеи, колоректального рака и рака поджелудочной железы (РПЖ). Их можно разделить на два класса: это анти-EGFR моноклональные антитела (цетуксимаб (Erbitux) и панитумумаб (Vectibix)) и низкомолекулярные ингибиторы тирозинкиназной активности EGFR (эрлотиниб (Tarceva) и гефитиниб (Iressa)). Анти-EGFR моноклональные антитела высокоселективно связываются с внеклеточным доменом рецептора, когда последний находится в неактивной форме (рис. 1), тем самым, препятствуя связыванию с рецептором его природных лигандов и блокируя лиганд-зависимую активацию рецептора (Ciardiello & Tortora., 2008).

Receptor-specific ligand

Inhibition of cancer-cell proliferation and invasion, metastasis, and tumor-induced neoangiogenesis

Induction of cancer-cell cycle arrest and potentiation of antitumor activity of cytotoxic drugs and radiotherapy

Extracellular region

Рисунок 1. Механизм действия ингибиторов EGFR в раковых клетках (Ciardiello & Tortora., 2008).

Низкомолекулярные ингибиторы тирозинкиназы обратимо конкурируют с АТР за связывание с внутриклеточным каталитическим доменом EGFR, тем самым подавляя аутофосфорилирование EGFR и последующую передачу сигнала в клетку. Механизмы

действия, фармакологический эффект и спектры активности анти-EGFR моноклональных антител и низкомолекулярных ингибиторов тирозинкиназы EGFR имеют отличия, которые могут быть значимыми с точки зрения клинической эффективности (Ciardiello & Tortora., 2008).

1.1.2 Ингибиторы других участников EGFR-зависимого сигнального каскада

С течением времени стали активно разрабатываться ингибиторы других участников EGFR-зависимого сигнального каскада. К ним можно отнести специфические ингибиторы мутантного белка BRAF, который представляет собой серин/треонин протеинкиназу (King et al, 2006; Tsai et al., 2008; Roskoski, 2010). В настоящее время на лекарственном рынке доступно 2 таргетных ингибитора BRAF - вемурафениб (Plexxikon; Зелбораф; RG7204, Roche Pharmaceuticals) и дабрафениб (Тафинлар, GlaxoSmithKline, LLC), которые были одобрены Управлением по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных препаратов США (FDA) для лечения метастатической и/или неоперабельной меланомы в 2011 и 2013 гг., соответственно (Jefferson, 2011; Drug Approvals and Databases, 2013a). В мае 2013 г. FDA одобрило применение для лечения метастатической и неоперабельной меланомы еще одного таргетного препарата - траметиниба (Мекинист, GlaxoSmithKline, LLC) - ингибитора МЕК1/2 (киназа митоген-активирующей протеин киназы), который является непосредственным эффектором BRAF (Drug Approvals and Databases, 2013b). Вышеперечисленные таргетные ингибиторы имеют ограничения по использованию. Они могут применяться только для лечения пациентов, опухоли которых несут определенные мутации в гене BRAF (Jefferson, 2011; Drug Approvals and Databases, 2013a; Drug Approvals and Databases, 2013b).

После серии клинических испытаний было установлено, что таргетные препараты эффективны в лечении далеко не всех пациентов. Результат напрямую зависел от генотипа опухоли больного. Для анти-EGFR препаратов критичными оказались мутации как в самом EGFR, как и в ряде его эффекторов, включая KRAS, BRAF и PIK3CA. Некоторые из мутаций были ассоциированы с чувствительностью опухоли к терапии таргетными препаратами, другие, наоборот, вызывали резистентность. Было выяснено, что для эффективного лечения пациентов необходима их предварительная селекция по молекулярно-генетическому статусу опухоли. Ниже приводится подробноепэписание как белков-мишеней таргетной терапии, так и других белков-участников EGFR-зависимого

сигнального каскада, мутации в которых имеют важное клиническое значение при лечении таргетными препаратами.

Раздел 1.2 Структурно-функциональная характеристика участников EGFR-зависимого сигнального каскада

1.2.1 Рецептор эпидермального фактора роста (EGFR)

1.2.1.1 Структурно-функциональная характеристика гена EGFR

Ген EGFR кодирует рецептор эпидермального фактора роста. Он локализован в коротком плече седьмой хромосомы (7р14-р12) (Wang et al., 1993). Ген имеет общую протяженность около 200 kb и состоит из 28 экзонов, причем первый интрон имеет протяженность 123 kb (Reiter et al., 2001). Для данного гена свойственен альтернативный сплайсинг. Основной белковый продукт (изоформа А) кодируется двумя транскриптами 10,5 kb и 5,8 kb (Ishii et al., 1985). Кроме этих двух транскриптов, кодирующих полноразмерную изоформу EGFR, существует три альтернативных транскрипта 1,8 kb, 2,4 kb и 3,0 kb, кодирующих изоформы С, В и D, соответственно (рис. 2) (Reiter & Maihle, 1996; Reiter et al., 2001).

1 1 1 1 1 1 1 1 И 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I 1 1 1 1 1 II 1

Extracellular'LBD Intracellular'TKD

| I | II | III | IV Ы ТК 1 C-tail 1

I 146 332 460 621 644 94(1 11X6

Fjnn l'A

I 1 1 I I 1 T I T I I I I I 1

I I

К OOH

5.8/10.5 kb Isoform А pl 70 EGFR

2.4 kb Isoform В (unknown)

NH

и i 11 i i i i~m i i i ii

E\t>n Iniron 10 rcudthrou^b

COOH

1.8 kb Isoform С p60/p80 sEGFR

NH-,

I I I I I I I I 1 I I 1 I I I

I I

D

COOH

3.0 kb Isoform D p40/pll() sKGFR

Рисунок 2. Структура основных изоформ EGFR. На изоформе А показаны домены, экзоны и нумерация аминокислот (А1Ы1аг е1 а!., 2010).

Транскрипт 1,8 kb (изоформа С) образуется в результате использования при транскрипции альтернативного сайта полиаденилирования, находящегося в 10 интроне. Изоформа С представляет собой белок размером 60/80kDa, содержащий только субдомены I, II и половину субдомена III внеклеточного домена EGFR (Albitar et al., 2010; Reiter & Maihle, 1996). Транскрипты размером 2,4 kb (изоформа В) и 3,0 kb (изоформа D), образуются в результате включения альтернативных экзонов 15А или 15В. Экзон 15А кодирует С-терминальный Ser, а экзон 15В - альтернативную С-концевую последовательность из 78 аминокислот (а.к.). В настоящее время изоформа В изучена недостаточно хорошо. Про изоформу D известно, что она образует белок размером 705 а.к. и массой 90/110 kDa (Reiter et al., 2001; Albitar et al., 2010). Она имеет все четыре субдомена лиганд-связывающего внеклеточного домена и не имеет трансмембранного и внутриклеточного доменов. В отличие от полноразмерного транскрипта, экспрессирующегося во всех тканях, изоформа D была обнаружена только в плаценте и культуре клеток карциномы, содержащей амплифицированный ген EGFR (Reiter et al., 2001).

1.2.1.2 Структурно-функциональная характеристика белка EGFR

EGFR (ErbBl) представляет собой белок размером 1210 а.к. и массой 170 kDa (изоформа A) (Carpenter, 1983; Ullrich et al., 1984; Reiter et al., 2001). Он является одним из четырех членов семейства ErbB (или HER) рецепторных тирозинкиназ (Yarden & Sliwkowski, 2001). Это семейство также включает белки ErbB2 (HER2/Neu), ЕгЬВЗ (HER3) и ErbB4 (HER4) (Garrett et al, 2002).

Молекула EGFR, как и молекулы всех рецепторных тирозинкиназ, состоит из 3-х основных доменов: внеклеточного N-концевого гликолизированного лиганд-связывающего участка, составляющего около 50% всей молекулы (621 а.к.) и обеспечивающего специфичность восприятия сигнала, собственно трансмембранного а-спирального участка, состоящего всего из 23 гидрофобных аминокислот, и внутриклеточного домена (542 а.к.) (рис. 2) (Gullick et al., 1985). Во внеклеточном домене выделяют четыре субдомена: два лиганд-связывающих (субдомены I и III) и два стабилизирующих цистеин-богатых региона (субдомены II и IV) (Reiter et al., 2001). Во внутриклеточной части рецептора"выделяют"тирозинкиназный~и~аутофосфорилируемый С-концевой домены (Albitar et al., 2010).

Все четыре члена ErbB семейства способны формировать гомо- и гетеродимеры при активации в результате связывания различных факторов роста (Garrett et al., 2002). Существует 11 факторов роста, которые способны активировать ЕгЬВ-рецепторы. Способность каждого факторов роста активировать ErbB-рецепторы представлена в таблице 1 (Linggi & Carpenter, 2006).

Таблица 1. Специфичность связывания лигандов с ЕгЬВ-рецепторами.

Лиганд Рецептор

ЕгЬВ-1 ЕгЬВ-2 ЕгЬВ-3 ЕгЬВ-4

EGF + - - -

TGF-a + - - -

HB-EGF + - - +

амфирегулин + - - -

бетацеллюлин + - - +

эпиген + - - -

эпирегулин + - - +

нейрегулин-1 - - + +

нейрегулин-2 - - + +

нейрегулин-3 - - - +

нейрегулин-4 - - - +

Связывание фактора роста с внеклеточным доменом рецептора приводит к димеризации рецепторной тирозинкиназы. В активном димере два тирозинкиназных домена располагаются наиболее оптимально для взаимного фосфорилирования и активации. Многочисленные исследования рецепторов, имеющих один трансмембранный домен, показали, что их димеризация происходит за счет одновременного связывания лигандом двух молекул рецепторов. Примерами таких рецепторов являются VEGFR (рецептор фактора роста эндотелия сосудов), NGFR (рецептор фактора роста нервов), EphB2R (эфриновый рецептор В2). Связывание с лигандом приводит к конформационным изменениям в области димеризации рецептора и практически не изменяет конформацию внеклеточного домена рецептора. К настоящему времени известно, что EGFR является исключением из этого правила: EGF связывается с внеклеточным регионом только одной -молекулы—рецептора^—а—димеризация—происходит—при непосредственном—рецептор-рецепторном взаимодействии двух таких комплексов лиганд-рецептор (Ferguson et al., 2003).

EGFR активирует внутриклеточные RAS/RAF/MAPK и PIK3/AKT сигнальные каскады, обеспечивающие регулировку ключевых клеточных процессов, таких как пролиферация, дифференцировка, клеточный рост и апоптоз (рис. 3) (Ladanyi & Pao, 2008).

✓ ♦

SGK PKS ♦ f

организация

цитоскелета, (4E-BP-клеточная выживаемость

CelF4

регуляция трансляции

клеточный рост деление

регуляция транскрипции

метастазирование ангиогенез

Рисунок 3. Схема EGFR-зависимого сигнального каскада.

В результате связывание лиганда с внеклеточным доменом EGFR и происходит димеризация рецептора и автофосфорилирование по тирозиновому остатку внутриклеточного домена. Белок GRB2 (growth factor receptor-bound protein 2), содержащий SH2 домен связывается с фосфотирозином актированного рецептора (Schulze et al., 2005). Затем GRB2 посредством своего домена SH3 взаимодействует с фактором обмена гуаниновых нуклеотидов SOS (англ. Son of sevenless). После сборки комплекса GRB2-SOS на актированном EGFR, происходит активация SOS (Zarich et al., 2006), который способствует диссоциации GDP от RAS белков, представляющих собой

регуляторные трансмембранные G-белки. Так же, как другие G-белки, они активны в GTP-связанном состоянии и неактивны в GDP-связанной форме.

Непосредственной мишенью действия активированного белка RAS является внутриклеточная серин-треониновая протеинкиназа RAF, фосфорилирующая киназу МАР-киназ (МЕК), которая, в свою очередь, активирует МАР-киназу (МАРК) (Sridhar et al., 2005). Первым белком, для которого было установлено его фосфорилирование МАР-киназой, был MAP (microtubule-associated protein). В настоящее время установлено множество эффекторов МАРК, на рисунке 3 показано только несколько из них. Посредством фосфорилирования им киназы рибосомального белка S6 (RSK), через цепь последовательных взаимодействий происходит изменение трансляции мРНК (Pende et al., 2004). МАРК регулирует активность нескольких транскрипционных факторов (C-FOS, С-MYC, Ets, Spl, HIF-1), а также транскрипционного активатора Elk-1, стимулирующих пролиферацию, метастазирование и ангиогенез (Sridhar et al., 2005).

RAS/RAF/MAPK-сигнальный каскад гиперактивирован во многих типах злокачественных опухолей. Причиной таких нарушений может быть как гиперэкспрессия EGFR или его лигандов, так и различные активирующие мутации в самом рецепторе или ряде его эффекторов. Данный сигнальный каскад был предметом активного изучения последние 20 лет, направленного на выявление новых мишеней таргетной терапии и разработку новых противоопухолевых препаратов (Roberts & Der, 2007).

Р1КЗ/АКТ-зависимый сигнальный каскад - другой внутриклеточный путь, интегрирующий митогенные и антиапоптотические стимулы (рис. 3). В настоящее время фосфатидилинозитол-3-киназа (PIK3, phosphatidylinositol-3-kinase, или PI3K) рассматривается как один из важнейших регуляторных белков, находящихся на пересечении разных сигнальных путей и контролирующих ключевые функции клетки. Активация PIK3 может происходить разными путями, преимущественно через взаимодействие с рецепторами ростовых факторов (EGF, IGF), G-белками (в частности, белками семейства RAS (Rodriguez-Viciana et al., 1994), нерецепторными тирозинкиназами и др. (Красильников и Жуков, 2010).

PIK3 фосфорилирует фосфатидилинозитол (Ptdlns) и фосфоинозитиды [PtdIns(4)P, PtdIns(4,5)P2] в ОЗ-положении инозитольного кольца, что приводит к образованию

-биологически_активных__moho-,_ди-_и_трифосфатов:__PtdIns(3)P, PtdIns(3,4)P2 и

PtdIns(3,4,5)P3. Одним из основных эффекторов PIK3 является протеинкиназа В (АКТ, другое название - РКВ, или РКВ/АКТ), активация которой инициируется в результате образования комплекса между липидными продуктами PIK3 и АКТ (Berridge, 2012).

Опухолевый супрессор PTEN (phosphatase and TENsin homolog deleted on chromosomelO) - антагонист PIK3, являясь фосфатазой липидов, приводит к дефосфорилированию фосфоинозитидов и тем самым предотвращает активацию АКТ (Berridge, 2012). Ключевым эффектором АКТ является mTOR (mammalian target of rapamycin) — серин-треониновая протеинкиназа, которая в клетке существует как субъединица внутриклеточных мультимолекулярных сигнальных комплексов mTORCl и mTORC2 (Hahn-Windgassen et al., 2005). В состав комплекса mTORCl помимо mTOR входят дополнительные белки: raptor (regulatory-associated protein of TOR), mLST8 (mammalian lethal with Secl3 protein 8) и PRAS40 (proline-rich PKB/AKT substrate 40 kDa). В состав комплекса mTORC2 вместе с mTOR входят G0L, rictor (rapamycin-insensitive companion of TOR), mSinl (mammalian stress-activated protein kinase (SAPK)-interacting protein 1) и protor (protein observed with rictor) (Berridge, 2012).

Актирование белкового комплекса mTORCl происходит в результате передачи сигнала от АКТ на mTOR. Один путь активации mTOR заключается в АКТ-зависимом фосфорилировании и ингибировании опухолевого супрессора TSC2 (tuberous sclerosis complex 2). TSC2 образует комплекс с TSC1 и находящейся в неактивном состоянии ГТФ-азой RHEB. АКТ-зависимое фосфорилирование TSC2 приводит к активации RHEB, являющейся специфическим стимулятором mTOR (Hahn-Windgassen et al., 2005). Другой путь АКТ-зависимой активации mTOR состоит в фосфорилировании PRAS40 (proline-rich Akt substrate 40 kDa) белка-ингибитора mTOR, образующего с последним комплекс. АКТ-зависимое фосфорилирование PRAS40 приводит к ослаблению его ингибирующего действия и активации mTOR (Wiza et al., 2012). Описаны и АКТ-независимые пути активации mTOR, в том числе через МАР-киназный каскад, через фосфолипазу D и фосфатидную кислоту (Красильников и Жуков, 2010).

На активность комплекса mTORCl кроме факторов роста опосредованное влияние оказывает уровень аминокислот, энергетический статус клетки и уровень кислорода. Комплекс mTORCl фосфорилирует белки 4Е-ВР-1 (eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1) и S6K (p70 ribosomal S6 Kinase), которые регулируют биогенез рибосом и трансляцию белков, способствующих клеточному росту и делению. Примечательно, что фосфорилирование 4Е-ВР-1 блокирует его способность к связыванию и секвестированию кэп^связывающего белка е1Е4Е, тем^самым способствуя сборке кэп^ связывающего комплекса и последующей инициации трансляции. S6K, напротив, активируется посредством фосфорилирования. S6K воздействует на множество субстратов, включая транскрипционные факторы, рибосомальный белок S6, РНК-

хеликазы и другие белки, вовлеченные в процессы инициации трансляции и элонгации (Mendoza et al., 2011).

Активация mTORC2 происходит в ответ на воздействие на клетку ростковых факторов через Р1КЗ-опосредованную сигнализацию, однако механизм данного процесса еще не достаточно изучен. mTORC2 фосфорилирует и активирует АКТ, SGK (serum glucocorticoid-induced kinase) и специфические РКС изоформы. Активность mTORC2 регулирует организацию цитоскелета, клеточную выживаемость и метаболизм липидов, однако роль каждого из эффекторов АКТ, SGK, и РКС в данных процессах еще не была детально изучена (Zoncu et al., 2011).

Повышенная активность PIK3/AKT/mTOR отмечается во многих злокачественных новообразованиях. Следует отметить, что речь идет о нарушении регуляции и активации сигнального пути PIK3/AKT/mTOR в целом, в то время как избирательные мутации или амплификация собственно mTOR встречаются в злокачественных опухолях довольно редко. Среди белков, мутации или изменение активности которых приводят к активации Р1КЗ/АКТ/тТ(Ж-сигнального пути, основное место принадлежит PIK3, PTEN и АКТ (Красильников и Жуков, 2010).

Представленная выше схема EGFR-зависимого сигнального каскада позволяет в общих чертах представить принцип регулирования важнейших внутриклеточных процессов (рост, деление, пролиферация и пр.) и понять функциональное значение ключевых белков-эффекторов, рассмотренных в данной работе. Изучение соматических мутаций белков-участников данного сигнального пути имеет чрезвычайно важное значение при лечении онкологических заболеваний, так как они не только могут активировать данный сигнальный каскад, но и влиять на эффективность противоопухолевой терапии.

1.2.1.3 Клинически значимые мутации в гене EGFR

Гиперэкспрессия EGFR наблюдается во многих типах опухолей, включая немелко клеточный рак легких (Tsao et al., 2005), плоско клеточный рак пищевода (Delektorskaya et al., 2009), рак яичников, толстой кишки, предстательной железы, плоско клеточный рак головы и шеи (Носов, 2001). Поэтому первоначально разработка

-------таргетного ингибитора—EGFR—казалась^решающим событием—в—терапии—опухолей—&--

гиперэкспрессией данного белка. Однако в ходе клинических испытаний выяснилось, что ключевую роль в эффективности ингибиторов EGFR играет не гиперэкспрессия EGFR, а точечные мутации в этом гене. Хотя в литературе встречаются работы, посвященные

клиническим испытаниям эрлотиниба, продемонстрировавшие первостепенную роль амплификации гена EGFR в формировании чувствительности к ингибиторам EGFR (Tsao et al., 2005) их авторами не учитывалось, что увеличение копийности гена EGFR почти всегда сочетается с присутствием сенситизирующей мутации. Кроме того, в работе учитывались не только клинически значимые мутации в гене EGFR, ассоциированные с чувствительностью к гефитинибу и эрлотинибу, но и все остальные, по-видимому, клинически индифферентные генетические повреждения (Имянитов, 2006; Кауе, 2005).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Емельянова, Марина Александровна, 2014 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Acton A. Thyroid Cancer: New Insights for the Healthcare Professional // Scholarly Editions. - Georgia: Atlanta. - 2013. - P. 292. - ISBN: 978-1-481-65620-7.

2. Ahmadian M.R., Wiesmüller L., Lautwein A., Bischoff F.R., Wittinghofer A. Structural differences in the minimal catalytic domains of the GTPase-activating proteins pl20GAP and neurofibromin // The Journal of biological chemistry. - 1996. - Vol. 271. - P. 16409- 16415.

3. Ahrendt S.A., Decker P.A., Alawi E.A., Zhu Yr Y.R., Sanchez-Cespedes M., Yang S.C., Haasler G.B., Kajdacsy-Balla A., Demeure M.J., Sidransky D. Cigarette smoking is strongly associated with mutation of the K-ras gene in patients with primary adenocarcinoma of the lung // Cancer. - 2001. - Vol. 92. -P. 1525-1530.

4. Akinleye A., Awaru P., Furqan M., Song Y., Liu D. Phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K) inhibitors as cancer therapeutics // J Hematol Oncol. - 2013. - Vol. 6(1). -88.

5. Albitar L., Pickett G., Morgan M., Wilken J.A., Maihle N.J., Leslie K.K. EGFR isoforms and gene regulation in human endometrial cancer cells // Molecular Cancer. - 2010. -Vol. 9.-P. 166.

6. Amado R.G., Wolf M., Peeters M., Van Cutsem E., Siena S., Freeman D.J., Juan Т., Sikorski R., Suggs S., Radinsky R., Patterson S.D., Chang D.D. Wild-Type KRAS Is Required for Panitumumab Efficacy in Patients With Metastatic Colorectal Cancer // Journal of Clinical Oncology. - 2008. - Vol. 26. - P. 1626-1634.

7. Anforth R., Tembe V., Blumetti Т., Fernandez-Peñas P. Mutational analysis of cutaneous squamous cell carcinomas and verrucal keratosis in patients taking BRAF inhibitors // Pigment Cell Melanoma Res. - 2012. - Vol. 25(5). - 569-572.

8. Arcila M., Lau C., Nafa К., Ladanyi M. Detection of KRAS and BRAF Mutations in Colorectal Carcinoma // J Mol Diagn. - 2011. - Vol. 13. - P. 64-73.

9. Arkenau H.T., Kefford R., Long G.V. Targeting BRAF for patients with melanoma // British Journal of Cancer. - 2011. - Vol. 104. - P. 392-398.

10. Bader AG, Kang S, Zhao L, Vogt PK. Oncogenic PI3K deregulates transcription and translation // Nat Rev Cancer. - 2005. - Vol. 12. - P. 921-929.

—1-1-—Barsky V., Perov A., Tokalov S., Chudinov A., Kreindlin E., Sharonov A., Kotova E., Mirzabekov A. Fluorescence data analysis on gel-based biochips // J Biomol Screen. -2002. - Vol. 7(3). - P. 247-257.

12. Basarsky T., Verdnik D., Zhai J.Y., Wellis D. Overview of a microarray scanner: design essentials for an integrated acquisition and analysis platform // Microarray Biochip Technology (ed. Schena M.). - Eaton Publ. - Natick, MA. - 2000. - P. 265-284.

13. Bean J., Brennan C., Shih J.-Y., Riely G., Viale A., Wang L., Chitale D., Motoi N., Szoke J., Broderick S., Balak M., Chang W.-C., Yu C.-J., Gazdar A., Pass H., Rusch V., Gerald W., Huang S.-F., Yang P.-C., Miller V., Ladanyi M., Yang C.-H., Pao W. MET amplification occurs with or without T790M mutations in EGFR mutant lung tumors with acquired resistance to gefitinib or erlotinib // Proc. Nat. Acad. Sci. - 2007. - Vol. 104.-P. 20932-20937.

14. Bell D.W., Gore I., Okimoto R.A., Godin-Heymann N., Sordella R., Mulloy R., Sharma S.V., Brannigan B.W., Mohapatra G., Settleman J., Haber D.A. Inherited susceptibility to lung cancer may be associated with the T790M drug resistance mutation in EGFR / D.W. Bell, I. Gore, R.A. Okimoto et al. //Nat Genet. - 2005. - Vol. 37. - P. 1315-1316.

15. Beranek M., Jandik P., Sacha M., Rajman M., Sakra L., Stumr F., Soudkova E., Zivny P., Havlicek K. LNA clamped PCR: A specific method for detection of Ki-ras gene mutations in patients with sporadic colorectal carcinomas // Klin. Biochem. Metab. -2006. - Vol. 14(35). - № 4. - P. 217-220.

16. Berney H., West J., Haefele E., Alderman J., Lane W., Collins J.K. A DNA diagnostic biosensor: development, characterisation and performance // Sensors and Actuators B. -2000. -V. 68. - P. 100-108.

17. Berridge M.J. Cell Signalling Biology // Portland Press Limited. - 2012. - Module 2. - P. 130

18. Blackburn M. G. Chapter 5: Nucleic Acids in Biotechnology //Nucleic Acids in Chemistry And Biology. — Great Britain: Royal Society of Chemistry, 2006. — P. 168. — ISBN 0854046542.

19. Board R.E., Thelwell N.J., Ravetto P.F., Little S., Ranson M., Dive C., Hughes A., Whitcombe D. Multiplexed assays for detection of mutations in PIK3CA // Clin Chem. - 2008. - Vol. 54(4). - P. 757-760.

20. Boch C., Kollmeier J., Roth A., Stephan-Falkenau S., Misch D., Griining W., Bauer T.T., Mairinger T. The frequency of EGFR and KRAS mutations in non-small cell lung

--cancer (NSCLC): routine screening data for central Europe from a cohort study // BMJ

Open.-2013.-Vol. 3 - e002560.

21. Bollag G., Hirth P., Tsai J., Zhang J., Ibrahim P.N., Cho H., Spevak W., Zhang C., Zhang Y., Habets G., Burton E.A., Wong B., Tsang G., West B.L., Powell B., Shellooe R.,

)

Marimuthu A., Nguyen H., Zhang K.Y., Artis D.R., Schlessinger J., Su F., Higgins B., Iyer R., D'Andrea K., Koehler A., Stumm M., Lin P.S., Lee R.J., Grippo J., Puzanov I., Kim K.B., Ribas A., McArthur G.A., Sosman J.A., Chapman P.B., Flaherty K.T., Xu X., Nathanson K.L., Nolop K. Clinical efficacy of a RAF inhibitor needs broad target blockade in BRAF-mutant melanoma // Nature. -2010. - Vol. 467. - P. 596-599.

22. Brink M., de Goeij A.F., Weijenberg M.P., Roemen G.M., Lentjes M.H., Pachen M.M., Smits K.M., de Bruine A.P., Goldbohm R.A., van den Brandt P.A. K-ras oncogene mutations in sporadic colorectal cancer in The Netherlands Cohort Study // Carcinogenesis. - 2003. - Vol. 24. - P. 703-710.

23. Brink M., de Goeij A.F., Weijenberg M.P., Roemen G.M., Lentjes M.H., Pachen M.M., Smits K.M., de Bruine A.P., Goldbohm R.A., van den Brandt P.A. K-ras oncogene mutations in sporadic colorectal cancer in The Netherlands Cohort Study // Carcinogenesis. - 2003. - Vol. 24(4). - P. 703-710.

24. Brose M.S., Volpe P., Feldman M., Kumar M., Rishi I., Gerrero R, Einhorn E., Herlyn M., Minna J., Nicholson A., Roth J.A., Albelda S.M., Davies H., Cox C., Brignell G., Stephens P., Futreal P.A., Wooster R., Stratton M.R., Weber B.L. BRAF and RAS mutations in human lung cancer and melanoma // Cancer Res. - 2002. - Vol. 62. - P. 6997-7000.

25. Bunn P.A. Jr, Doebele R.C. Genetic testing for lung cancer: reflex versus clinical selection. J Clin Oncol.-2011.-Vol. 29. - P. 1943-1945. doi:

26. Cantley L.C. The phosphoinositide 3-kinase pathway // Science. - 2002. - Vol. 296. - P. 1655-1657.

27. Carcereny E., Molina M.A., Sanchez J.J., Bertran-Alamillo J., Mayo C., Aldeguer E., Gimenez Capitan A., Yeste Z., Costa C., Benlloch S., Martinez A., Buges C., Bosch J., Isla D., Domine M., Provencio M., Sanchez J. M., Camps C., Taron M., Rosell R. Mutations of the catalytic subunit a of PI3K (PIK3CA) in erlotinib-treated non-small cell lung cancer (NSCLC) patients (p) with epidermal growth factor receptor (EGFR) mutations // J Clin Oncol. - 2011. - Vol. 29. - Abstr. 7588.

28. Carpenter G. The biochemistry and physiology of the receptor-kinase for epidermal growth factor // Mol Cell Endocrinol. - 1983. - Vol. 31. -P. 1-19.

29. Carta C., -Pantaleoni F., Bocchinfuso-G., Stella_L.JVasta .1., Sarkozy A., Digilio-C.,.. Palleschi A., Pizzuti A., Grammatico P., Zampino G., Dallapiccola B., Gelb B.D., Tartaglia M. Germline missense mutations affecting KRAS isoform B are associated with

a severe Noonan syndrome phenotype // Am. J. Hum. Genet. - 2006. - Vol. 79. - P. 129135.

30. Catasus L., Gallardo A., Cuatrecasas M., Prat J. PIK3CA mutations in the kinase domain (exon 20) of uterine endometrial adenocarcinomas are associated with adverse prognostic parameters // Modern Pathology. - 2008. - Vol. 21. - P.131-139.

31. Cayo M., Greentblatt D.Y., Kunnimalaiyaan M., Chen H. RAF1 (v-raf-1 murine leukemia viral oncogene homolog 1) // Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. - 2007. -Available at: http://AtlasGeneticsOncology.org/Genes/RAFlID42032ch3p25.html.

32. Chapman P.B., Hauschild A., Robert C., Haanen J.B., Ascierto P., Larkin J., Dummer R., Garbe C., Testori A., Maio M., Hogg D., Lorigan P., Lebbe C., Jouary T., Schadendorf

D., Ribas A., O'Day S.J., Sosman J.A., Kirkwood J.M., Eggermont A.M., Dreno B., Nolop K., Li J., Nelson B., Hou J., Lee R.J., Flaherty K.T., McArthur G.A. Improved survival with vemurafenib in melanoma with BRAF V600E mutation // N Engl J Med. -2011.-Vol. 364.-P. 2507-2516.

33. Chong H., Vikis H.G., Guan K.L. Mechanisms of regulating the Raf kinase family // Cell Signal. - 2003. - Vol. 15. - P. 463-469.

34. Ciardiello F., Tortora G. EGFR Antagonists in Cancer Treatment // N Engl J Med. -2008. - Vol. 358. - C. 1160-1174.

35. COSMIC (catalog of somatic mutations in cancer) // Available at: http://www.sanger.ac.uk/perl/genetics/CGP/cosmic

36. Darii E., Lebeau D., Papin N., Rubina A.Y., Stomakhin A., Tost J., Sauer S., Sawateeva

E., Dementieva E., Zasedatelev A., Makarov A.A., Gut I.G. Quantification of Target Proteins using Hydrogel Antibody Arrays and MALDI time-of-flight Mass Spectrometry (A2M2S) //N Biotechnol. - 2009. - Vol. 25(6). - P. 404-416.

37. Davies H., Bignell G.R., Cox C., Stephens P., Edkins S., Clegg S., Teague J., Woffendin H., Garnett M.J., Bottomley W., Davis N.. Dicks E., Ewing R., Floyd Y., Gray K., Hall S., Hawes R., Hughes J., Kosmidou V., Menzies A., Mould C., Parker A., Stevens C., Watt S., Hooper S., Wilson R., Jayatilake H., Gusterson B.A., Cooper C., Shipley J., Hargrave D., Pritchard-Jones K., Maitland N., Chenevix-Trench G., Riggins GJ., Bigner D.D., Palmieri G., Cossu A., Flanagan A., Nicholson A., Ho J.W., Leung S.Y., Yuen S.T., Weber

_____B.L., Seigler-H.F., Darrow T.L., Paterson H., Marais R., Marshall C.J., Wooster R,

Stratton M.R., Futreal PA. Mutations of the BRAF gene in human cancer // Nature. -2002. - Vol. 417(6892).-P. 949-954.

38. De Roock W., Claes B., Bernasconi D., De Schutter J., Biesmans B., Fountzilas G., Kalogeras K.T., Kotoula V., Papamichael D., Laurent- Puig P., Penault-Llorca F., Rougier P., Vincenzi B., Santini D., Tonini G., Cappuzzo F., Frattini M., Molinari F., Saletti P., De Dosso S., Martini M., Bardelli A., Siena S., Sartore-Bianchi A., Tabernero J., Macarulla T., Di Fiore F., Gangloff A.O., Ciardiello F., Pfeiffer P., Qvortrup C., Hansen T.P., Van Cutsem E., Piessevaux H., Lambrechts D., Delorenzi M., Tejpar S. Effects of KRAS, BRAF, NRAS, and PIK3CA mutations on the efficacy of cetuximab plus chemotherapy in chemotherapyrefractory metastatic colorectal cancer: a retrospective consortium analysis / W. De Roock, B. Claes, D. Bernasconi et al. // Lancet Oncol.-2010.-Vol. 11.-P. 753-762.

39. Delektorskaya V.V., Chemeris G.Y., Kononets P.V., Grigorchuk A.Y. Clinical significance of hyperexpression of epidermal growth factor receptors (EGFR and HER-2) in esophageal squamous cell carcinoma // Bull Exp Biol Med. - 2009. - Vol. 1482. - P. 241-245.

40. Der C. J., Finkel T., Cooper G.M. Biological and biochemical properties of human rasH genes mutated at codon 61 // Cell. -1986. - Vol. 44. - P. 167-176.

41. Domingo E., Schwartz S., Jr. BRAF // Atlas Genet. Cytogenet. Oncol. Haematol. - 2004. - Available at: http://AtlasGeneticsOncology.org/Genes/BRAFID828.html.

42. Drug Approvals and Databases. Dabrafenib // U.S. Food and Drug Administration. -2013 a. - Available at: http://www.fda.gov/Drugs/InformationOnDrugs/ApprovedDrugs/ucm354477.htm.

43. Drug Approvals and Databases. Trametinib // U.S. Food and Drug Administration. -2013 b. - Available at: http://www.fda.gov/Drugs/InformationOnDrugs/ApprovedDrugs/ucm354478.htm.

44. Drug Approvals and Databases. Trametinib and Dabrafenib // U.S. Food and Drug Administration. - 2014. - Available at: http://www.fda.gov/Drugs/InformationOnDrugs/ApprovedDrugs/ucm354478.htm.

45. Dyukova V.I., Dementieva E.I., Zubtsov D.A., Galanina O.E., Bovinb N.V., Rubina A.Y. Hydrogel glycan microarrays // Analytical Biochemistry. - 2005. - Vol. 347. - P. 94105.

46.—Engelman J.A., Zejnullahu K.,-Mitsudomi T., Song Y., Hyland C., Park J.O., Lindeman N., Gale C.-M., Zhao X., Christensen J., Kosaka T., Holmes A. J., Rogers A. M., Cappuzzo F., Mok T., Lee C., Johnson B.E., Cantley L.C., Janne P.A. MET amplification

leads to gefitinib resistance in lung cancer by activating ERBB3 signaling // Science. -2007. - Vol. 316.-P. 1039-1043.

47. Eychene A., Barnier J.V., Apiou F., Dutrillaux B., Calothy G. Chromosomal assignment of two human B-raf(Rmil) proto-oncogene loci: B-raf-1 encoding the p94Braf/Rmil and B-raf-2, a processed pseudogene // Oncogene. - 1992. - Vol. 7. - P. 1657-1660.

48. Falchook G.S., Long G.V., Kurzrock R., Kim K.B., Arkenau T.H., Brown M.P., Hamid O., Infante J.R., Millward M., Pavlick A.C., O'Day S.J., Blackman S.C., Curtis C.M., Lebowitz P., Ma B., Ouellet D., Kefford R.F. Dabrafenib in patients with melanoma, untreated brain metastases, and other solid tumours: a phase 1 dose-escalation trial // Lancet.-2012. - Vol. 379.-P. 1893-1901.

49. Farina-Sarasqueta A., van Lijnschoten G., Moerland E., Creemers G.J., Lemmens V.E., Rutten H.J., van den Brule A.J. The BRAF V600E mutation is an independent prognostic factor for survival in stage II and stage III colon cancer patients // Ann Oncol. •■ 2010. -Vol. 21.-P. 2396-2402.

50. Ferguson K.M., Berger M.B., Mendrola J.M., Cho H.-S., Leahy D.J., Lemmon M.A. EGF Activates Its Receptor by Removing Interactions that Autoinhibit Ectodomain Dimerization // Molecular Cell. - 2003. - Vol. 11. - P. 507-517.

51. Ferreira C.G., Zalcberg-Renault I., Vieira F.M., Bonamino M.H., Zalis M. Analysis of KRAS mutations in colorectal cancer (CRC) patients by gender in a Brazilian cohort of 3,346 patients // J Clin Oncol. - 2010. - Vol. 28. - 15s. - Abstr . 3614.

52. Fesenko D.O., Nasedkina T.V., Prokopenko D.V., Mirzabekov A.D. Biosensing and monitoring of cell populations using the hydrogel bacterial microchip // Biosensors and Bioelectronics. - 2005. - Vol. 20. - P. 1860-1865.

53. Fesenko E.E., Heydarov R.N., Stepanova E.V., Abramov M.E., Chudinov A.V., Zasedatelev A.S., Mikhailovich V.M. Microarray with LNA-probes for genotyping of polymorphic variants of Gilbert's syndrome gene UGTlAl(TA)n // Clin Chem Lab Med.-2013.-Vol. 51(6).-P. 1177-1184.

54. Flaherty K.T, Robert C., Hersey P., Nathan P., Garbe C., Milhem M., Demidov L.V., Hassel J.C., Rutkowski P., Mohr P., Dummer R., Trefcer U., Larkin J.M., Utikal J., Dreno B., Nyakas M., Middleton M.R., Becker J.C., Casey M., Sherman L.J., Wu F.S.,

__—Ouellet-D., Martin -A.M.,-PateL K., Schadendorf D. Improved survival with MEK__

inhibition in BRAF-mutated melanoma // N Engl J Med. - 2012b. - Vol. 367. - P. 107114.

55. Flaherty K.T., Infante J.R., Daud A., Gonzalez R., Kefford R.F., Sosman J., Hamid O., Schuchter L., Cebon J., Ibrahim N., Kudchadkar R., Burris H.A. 3rd, Falchook G., Algazi A., Lewis K., Long G.V., Puzanov I., Lebowitz P., Singh A., Little S., Sun P., Allred A., Ouellet D., Kim K.B., Patel K., Weber J. Combined BRAF and MEK inhibition in melanoma with BRAF V600 mutations // N Engl J Med. - 2012a. - Vol. 367. - P. 16941703.

56. Flaherty K.T., Puzanov I., Kim K.B., Ribas A., McArthur G.A., Sosman J.A., O'Dwyer P.J., Lee R.J., Grippo J.F., Nolop K., Chapman P.B. Inhibition of mutated, activated BRAF in metastatic melanoma // N Engl J Med. - 2010. - Vol. 363. - P. 809-819.

57. Fotin A.V., Drobyshev A.L., Proudnikov D.Y., Perov A.N., Mirzabekov A.D. Parallel thermodynamic analysis of duplexes on oligodeoxyribonucleotide microchips // Nucleic Acids Res. - 1998.-Vol. 26(6).-P. 1515-1521.

58. Frattini M., Saletti P., Romagnani E., Martin V., Molinari F., Ghisletta M., Camponovo A., Etienne L.L., Cavalli F., Mazzucchelli L. PTEN loss of expression predicts cetuximab efficacy in metastatic colorectal cancer patients // Br J Cancer. - 2007. - Vol. 97. - P. 1139-1145.

59. Fruman D.A., Meyers R.E., Cantley L.C. Phosphoinositide kinases // Annu Rev Biochem. - 1998. - Vol. 67. - P. 481-507.

60. Fukuoka M, Yano S, Giaccone G, Tamura T, Nakagawa K, Douillard JY, Nishiwaki Y, Vansteenkiste J, Kudoh S, Rischin D, Eek R, Horai T, Noda K, Takata I, Smit E, Averbuch S, Macleod A, Feyereislova A, Dong RP, Baselga J. J. Mult ¡-institutional randomized phase II trial of gefitinib for previously treated patients with advanced non-small-cell lung // Clin Oncol. - 2003. - Vol. 21. - P. 2237-2246.

61. Galbiati S, Damin F, Pinzani P, Mancini I, Vinci S, Chiari M, Orlando C, Cremonesi L, Ferrari M. A new microarray substrate for ultra-sensitive genotyping of KRAS and BRAF gene variants in colorectal cancer // PLoS One. - 2013. - Vol. 8. - E. 59939.

62. Garrett T.P.J., McKern, N.M., Lou M., Elleman T.C., Adams T.E., Lovrecz G.O., Zhu H.-J., Walker F., Frenkel M.J., Hoyne P.A., Jorissen R.N., Nice E.C., Burgess A.W., Ward C.W. Crystal structure of a truncated epidermal growth factor receptor extracellular domain bound to transforming growth factor a // Cell. - 2002. - Vol. 110.--------P. 763-773. ------ -------- ----- - - ______________ - . ..

63. Gautschi O., Pauli C., Strobel K., Hirschmann A., Printzen G., Aebi S., Diebold J. A patient with BRAF V600E lung adenocarcinoma responding to vemurafenib // J Thorac Oncol. - 2012. - Vol. 7. - E. 23-24.

64. Geering B., Cutillas P.R., Nock G., Gharbi S.I., Vanhaesebroeck B. Class IA phosphoinositide 3-kinases are obligate p85-pl 10 heterodimers // PNAS. - 2007. - Vol. 104.-P. 7809-7814.

65. Georgiadis R., Peterlinz K.P., Peterson A.W. Quantitative measurements and modeling of kinetics in nucleic acid monolayer films using SPR spectroscopy // J Am Chem Soc. -2000. - Vol. 122(13). - P. 3166-3173.

66. Gerhold D., Rushmore T., Caskey C.T. DNA chips: promising toys have become powerful tools // Trends Biochem Sci. - 1999. - Vol. 24(5). - P. 168-173.

67. Gibney G.T., Zager J.S. Clinical development of dabrafenib in BRAF mutant melanoma and other malignancies // Expert Opinion on Drug Metabolism & Toxicology. - 2013. -Vol. 9(7).-P. 893-899.

68. Graziano S.L, Gamble G.P., Newman N.B., Abbott L.Z., Rooney M., Mookherjee S., Lamb M.L., Kohman L.J., Poiesz B.J. et al. Prognostic significance of K-ras codon 12 mutations in patients with resected stage I and II non-small-cell lung cancer // J Clin Oncol. - 1999. - Vol. 17. - P. 668-675.

69. Groesser L., Herschberger E., Landthaler M., Hafner C. FGFR3, PIK3CA and RAS mutations in benign lichenoid keratosis // Br J Dermatol. - 2012. - Vol. 166(4). - P. 784788.

70. Gullick W.J., Downward J., Parker P.J., Whittle N., Kris R., Schlessinger J., Ullrich A., Waterfield M.D. The structure and function of the epidermal growth factor receptor studied by using antisynthetic peptide antibodies // Proc R Soc Lond B Biol Sci. - 1985. -Vol. 226.-P. 127-134.

71. Hafner C., Landthaler M., Mentzel T., Vogt T. FGFR3 and PIK3CA mutations in stucco keratosis and dermatosis papulosa nigra // Br J Dermatol. - 2010b. - Vol. 162(3). - P. 508-512.

72. Hafner C., Stoehr R., van Oers J.M., Zwarthoff E.C., Hofstaedter F., Landthaler M., Hartmann A., Vogt T. FGFR3 and PIK3CA mutations are involved in the molecular pathogenesis of solar lentigo // Br J Dermatol. - 2009. - Vol. 160(3). P. 546-551.

73. Hafner C., Toll A., Fernández-Casado A., Earl J., Marqués M., Acquadro F., Méndez-Pertuz M., Urioste M., Malats N., Burns J.E., Knowles M.A., Cigudosa J.C., Hartmann A., Vogt T., Landthaler M., Pujol R.M., Real F.X. Multiple oncogenic mutations and clonal relationship in spatially distinct benign human epidermal tumors. Proc Natl Acad Sci USA.- 2010a. - Vol. 107(48). - P. 20780-20785.

74. Hahn-Windgassen A., Nogueira V., Chen C-C., Skeen J.E., Sonenberg N., Hay N. Akt Activates the Mammalian Target of Rapamycin by Regulating Cellular ATP Level and AMPK Activity // The Journal of Biological Chemistry. - 2005. - Vol. 280. - P. 3208132089.

75. Halilovic E., Solit D.B. Therapeutic strategies for inhibiting oncogenic BRAF signaling // Current Opinion in Pharmacology. - 2008. - Vol. 8. - P. 419-426.

76. Haugland R.P. The handbook of fluorescent probes and research products, Ninth Edition //Molecular Probes, Inc. - 2002. - Available at: http://www.probes.com.

77. Hayashi K. PCR-SSCP: a method for detection of mutations // Genet Anal Tech Appl. -1992.-Vol. 9.-P. 73-79.

78. Heaton R.J., Peterson A.W., Georgiadis R.M. Electrostatic surface plasmon resonance: Direct electric field-induced hybridization and denaturation in monolayer nucleic acid films and label-free discrimination of base mismatches // Proc Natl Acad Sci U S A. -2001.-Vol. 98.-P. 3701-3704.

79. Hmitou I., Druillennec S., Valluet A., Peyssonnaux C., Eychene A. Differential regulation of B-raf isoforms by phosphorylation and autoinhibitory mechanisms // Mol Cell Biol. - 2007. - Vol. 27. - P. 31-43.

80. Holmberg M., Kuhle A., Garnaes J., Boisen A. Hybridisation of short DNA molecules investigated with in situ atomic force microscopy // Ultramicroscopy. - 2003. - Vol. 97(1-4).-P. 257-261.

81. Hong J-W., Lee S., Kim D-C, Kim, Song K-H. Prognostic and Clinicopathologic Associations of BRAF Mutation in Primary Acral Lentiginous Melanoma in Korean Patients: A Preliminary Study // Ann Dermatol. - 2014. - Vol. 26. - P. 195-202.

82. Huang C-H., Mandelker D., Gabellil S.B., Amzel L.M. Insights into the oncogenic effects of PIK3CA mutations from the structure of pi 10 alpha/p85alpha // Cell Cycle. -2008. - Vol. 7.-P. 1151-1156.

83. Huang T., Karsy M., Zhuge J., Zhong M., Liu D. B-Raf and the inhibitors: From bench to bedside // J Hematol Oncol. - 2013. - Vol. 6. - 30.

84. Ikenoue T., Kanai F., Hikiba Y., Obata T., Tanaka Y., Imamura J., Ohta M., Jazag A., Guleng B., Tateishi K., Asaoka Y., Matsumura M., Kawabe T., Omata M. Functional

____ analysis of PIK3CA_gene mutations in human colorectal cancer // Cancer Res. - 2005. -

Vol. 65(11).-P. 4562-4567.

85. Inoue A., Suzuki T., Fukuhara T., Maemondo M., Kimura Y., Morikawa N., Watanabe H., Saijo Y., Nukiwa T. Prospective phase II study of gefitinib for chemotherapy-naive

patients with advanced non-small-cell lung cancer with epidermal growth factor receptor gene mutations // J Clin Oncol. - 2006. - Vol. 24. - P. 3340-3346.

86. Ishii S., Xu Y.H., Stratton R.H., Roe B.A., Merlino G.T., Pastan I. Characterization and sequence of the promoter region of the human epidermal growth factor receptor gene // Proc Natl Acad Sci. - 1985. - Vol. 82. - P. 4920-4924.

87. Jackman D.M., Yeap B.Y., Sequist L.V., Lindeman N., Holmes A.J., Joshi V.A., Bell D.W., Huberman M.S., Halmos B., Rabin M.S., Haber D.A., Lynch T.J., Meyerson M., Johnson B.E., Janne P.A. Exon 19 deletion mutations of epidermal growth factor receptor are associated with prolonged survival in non-small cell lung cancer patients treated with gefitinib or erlotinib // Clin Cancer Res. - 2006. - Vol. 12. - P. 3908-3914.

88. Jacobsen N., Bentzen J., Meldgaard M., Jakobsen M.H., Fenger M., Kauppinen S., Skouv J. LNA-enhanced detection of single nucleotide polymorphisms in the apolipoprotein E // Nucleic Acids Res.-2002.-Vol. 30(19).-E. 100.

89. Janku F., Lee J.J., Tsimberidou A.M., Hong D.S., Naing A., Falchook G.S., Fu S., Luthra R., Garrido-Laguna I., Kurzrock R. PIK3CA mutations frequently coexist with RAS and BRAF mutations in patients with advanced cancers // PLoS One. - 201 la. - Vol. 6(7). -e22769.

90. Janku F., Tsimberidou A.M., Garrido-Laguna I., Wang X., Luthra R., Hong D.S., Naing A., Falchook G.S., Moroney J.W., Piha-Paul S.A., Wheler J.J., Moulder S.L., Fu S., Kurzrock R. PIK3CA mutations in patients with advanced cancers treated with PI3K/AKT/mTOR axis inhibitors // Mol Cancer Ther. -2011b. - Vol. 10(3). - P. 558565.

91. Jefferson E. FDA approves Zelboraf and companion diagnostic test for late-stage skin cancer // FDA news release. - 2011. - Available at: http://www.fda.gov/NewsEvents/Newsroom/PressAnnouncements/ucm268241.htm.

92. Jhawer M., Goel S., Wilson A. J., Montagna C., Ling Y.H., Byun D.S., Nasser S., Arango D., Shin J., Klampfer L., Augenlicht L. H., Perez- Soler R., Mariadason J. M. PIK3CA mutation/PTEN expression status predicts response of colon cancer cells to the epidermal growth factor receptor inhibitor cetuximab // Cancer Res. - 2008. - Vol. 68. - P. 19531961.

_93. __Johannessen C.M., Boehm J.S., Kim S.Y., Thomas S.R., Wardwell L., Johnson L.A., Emery C.M., Stransky N., Cogdill A.P., Barretina J., Caponigro G., Hieronymus H., Murray R.R., Salehi-Ashtiani K., Hill D.E., Vidal M., Zhao J.J., Yang X., Alkan O., Kim S., Harris J.L., Wilson C.J., Myer V.E., Finan P.M., Root D.E., Roberts T.M., Golub T.,

Flaherty K.T., Dummer R., Weber B.L., Sellers W.R., Schlegel R., Wargo J.A., Hahn W.C., Garraway L.A. COT drives resistance to RAF inhibition through MAP kinase pathway reactivation // Nature. - 2010. - Vol. 468. - P. 968-972.

94. Kang S., Bader A.G., Vogt P.K. Phosphatidylinositol 3-kinase mutations identified in human cancer are oncogenic // Proc Natl Acad Sei USA.- 2005. - Vol. 102. P. 802807.

95. Katso R., Okkenhaug K., Ahmadi K., White S., Timms J., Waterfield M.D. Cellular function of phosphoinositide 3-kinases: implications for development, homeostasis, and cancer / R. Katso, K. Okkenhaug, K. Ahmadi et al. // Annu Review of Cell and Developmental Biology. - 2001. - Vol. 17. - P. 615-675.

96. Kawano O., Sasaki H., Endo K., Suzuki E., Haneda H., Yukiue H., Kobayashi Y., Yano M., Fujii Y. PIK3CA mutation status in Japanese lung cancer patients // Lung Cancer. -2006.-Vol. 54.-P. 209-215.

97. Kaye F.J. A curious link between epidermal growth factor receptor amplification and survival: effect of "allele dilution" on gefitinib sensitivity? // J. Natl. Cancer. Inst. - 2005. -Vol. 97.-P. 621-623.

98. Ke S-H., Madison E.L. Rapid and efficient site-directed mutagenesis by single-tube 'megaprimer' PCR method // Nucleic Acids Res. - 1997. - Vol. 25, № 16. - P. 33713372.

99. Khosravi-Far R., Der C.J. The Ras signal transduction pathway // Cancer Metastasis Rev. - 1994. - Vol. 13.-P. 67-89.

100. Kim S.T., Lim do H., Jang K.T., Lim T., Lee J., Choi Y.L., Jang H.L., Yi J.H., Baek K.K., Park S.H., Park Y.S., Lim H.Y., Kang W.K., Park J.O. Impact of KRAS mutations on clinical outcomes in pancreatic cancer patients treated with first-line gemcitabine-based chemotherapy // Mol Cancer Ther. - 2011. - Vol. 10(10). - P. 1993-1999.

101. King A.J., Patrick D.R., Batorsky R.S., Ho M.L., Do H.T., Zhang S.Y., Kumar R, Rusnak D.W., Takle A.K., Wilson D.M., Hugger E., Wang L., Karreth F., Lougheed J.C., Lee J., Chau D., Stout T.J., May E.W., Rominger C.M., Schaber M.D., Luo L., Lakdawala A.S., Adams J.L., Contractor R.G., Smalley K.S., Herlyn M., Morrissey M.M., Tuveson D.A., Huang P.S. Demonstration of a genetic therapeutic index for

__tumors_expressing oncogenic BRAF.by the kinase inhibitor SB-590885 // Cancer Res. -

2006. - Vol. 66. - P. 11100-11105.

102. Kobayashi S., Boggon T.J., Dayaram T., Janne P.A., Kocher O., Meyerson M., Johnson

B.E., Eck M.J., Tenen D.G., Halmos B. EGFR mutation and resistance of non-small-cell lung cancer to gefitinib // New Eng. J. Med. - 2005. - Vol. 352. - P. 786-792.

103. Kolchinsky A., Mirzabekov_A. Analysis of SNPs and other genomic variations using gel-based chips // Hum Mutat. - 2002. - Vol. 19(4). - P. 343-360.

104. Kosaka T., Yatabe Y., Endoh H., Kuwano H., Takahashi T., Mitsudomi T. Mutations of the epidermal growth factor receptor gene in lung cancer: biological and clinical implications // Cancer Res. - 2004. - Vol. 64. - P. 8919-8923.

105. Koshkin A.A., Singh S.K., Nielsen P., Rajwanshi V.K., Kumar R., Meldgaard M., Olsen

C.E., Wengel J. LNA (Locked Nucelic Acid): Synthesis of the adenine, cytosine, guanine, 5-methylcytosine, thymine and uracil bicyclonucleoside monomers, oligomerisation, and unprecedented nucleic acid recognition II Tetrahedron. - 1998. -Vol. 54.-P. 3607-3630.

106. Kranenburg O. The KRAS oncogene: past, present, and future // Biochim. Biophys. Acta. -2005,-Vol. 1756.-P. 81-82.

107. Kubota K., Ohashi A., Imachi H., Harada H. Improved In Situ Hybridization Efficiency with Locked-Nucleic-Acid-Incorporated DNA Probes // Appl. Environ. Microbiol. -2006. - Vol. 72.-P. 5311-5317.

108. Kusnezow W., Syagailo Y.V., Goychuk I., Hoheisel J.D., Wild D.G. Antibody microarrays: the crucial impact of mass transport on assay kinetics and sensitivity // Expert Rev Mol Diagn. - 2006. - Vol. 6(1). - P. 111-124.

109. Ladanyi M., Pao W. Lung adenocarcinoma: guiding EGFR-targeted therapy and beyond / M. Ladanyi, W. Pao // Modern Pathology. - 2008. - Vol. 21. - S16-S22.

110. Lambert J.M., Lambert Q.T., Reuther G.W., Malliri A., Siderovski D.P., Sondek J., Collard J.G., Der C.J. Tiaml mediates Ras activation of Rac by a PI(3)K-independent mechanism // Nat Cell Biol. -2002. - Vol. 4. - P. 621-625.

111. Lang A.H., Drexel H., Geller-Rhomberg S., Stark N., Winder T., Geiger K., Muendlein A. Optimized allele-specific real-time PCR assays for the detection of common mutations in KRAS and BRAF // J Mol Diagn. - 2011. - Vol. 13(1). - P. 23-28.

112. Latorra D., Campbell K., Wolter A., Hurley J.M. Enhanced allele-specific PCR ____discrimination in SNP.genotyping using 3' locked nucleic acid (LNA)_primers // Hum _ .

Mut. - 2003. - Vol. 22. - P. 79-85.

113. Laurent-Puig P., Cayre A., Manceau G., Buc E., Bachet J.B., Lecomte T., Rougier P., Lievre A., Landi B., Boige V., Ducreux M., Ychou M., Bibeau F., Bouche O., Reid J.,

Stone S., Penault-Llorca F. Analysis of PTEN, BRAF, and EGFR status in determining benefit from cetuximab therapy in wild-type KRAS metastatic colon cancer // J Clin Oncol. - 2009. - Vol. 27. - P. 5924-5930.

114. Lee J.Y., Engelman J.A., Cantley L.C. PI3K charges ahead // Science. - 2007. - Vol. 317. - P. 206-207.

115. Li W., Zhu T., Guan K.L. Transformation potential of Ras isoforms correlates with activation of phosphatidylinositol 3-kinase but not ERK // J Biol Chem. - 2004. - Vol. 279.-P. 37398-37406.

116. Li Y., Li Y., Yang T., Wei S., Wang J., Wang M., Wang Y., Zhou Q., Liu H., Chen J. Clinical significance of EML4-ALK fusion gene and association with EGFR and KRAS gene mutations in 208 Chinese patients with non-small cell lung cancer // PLoS One. -2013.-Vol. 8. - e52093.

117. Lie Y.S., Petropoulos C.J. Advances in quantitative PCR technology: 5' nuclease assays // Curr Opin Biotechnol. - 1998. - Vol. 9. - P. 43-48.

118. Lievre A., Bachet J.-B, Le Corre D., Boige V., Landi B., Emile J.-F., Cote J.-F., Tomasic G., Penna C., Ducreux M., Rougier P., Penault-Llorca F., Laurent-Puig P. KRAS Mutation Status Is Predictive of Response to Cetuximab Therapy in Colorectal Cancer //Cancer Res. - 2006. - Vol. 66. - P. 3992-3995.

119. Linggi B., Carpenter G. ErbB receptors: new insights on mechanisms and biology // Trends Cell Biol. - 2006. - Vol. 16. - P. 649-656.

120. Lipshutz R.J., Fodor S.P., Gingeras T.R., Lockhart D.J. High density synthetic oligonucleotide arrays // Nat Genet. - 1999. - Vol. 21. - Suppl. 1 - P. 20-24.

121. Liu W., Kelly J.W., Trivett M., Murray W.K., Dowling J.P., Wolfe R., Mason G., Magee J., Angel C., Dobrovic A., McArthur G.A. Distinct clinical and pathological features are associated with the BRAF(T1799A(V600E)) mutation in primary melanoma // J Invest Dermatol. - 2007. - Vol. 127. - P. 900-905.

122. Liu X., Jakubowski M., Hunt J.L. KRAS gene mutation in colorectal cancer is correlated with increased proliferation and spontaneous apoptosis // Am J Clin Pathol. - 2011. -Vol. 135.-P. 245-252.

123. Livshits M., Mirzabekov A. Theoretical analysis of the kinetics of DNA hybridization ____with geUimmobilized-oligonucleotides./ABiophys J. --L996. - Vol. 71(5). - P.-27-95-801.

124. Long G.V., Menzies A.M., Nagrial A.M., Haydu L.E., Hamilton A.L., Mann G.J., Hughes T.M., Thompson J.F., Scolyer R.A., Kefford R.F. Prognostic and clinicopathologic

associations of oncogenic BRAF in metastatic melanoma // J Clin Oncol. - 2011. - Vol. 29(10).-P. 1239-1246.

125. Lovly C.M., Dahlman K.B., Fohn L.E., Su Z., Dias-Santagata D., Hicks D.J., Hucks D., Berry E., Terry C., Duke M., Su Y., Sobolik-Delmaire T., Richmond A., Kelley M.C., Vnencak-Jones C.L., Iafrate A.J., Sosman J., Pao W. Routine multiplex mutational profiling of melanomas,enables enrollment in genotype-driven therapeutic trials // PLoS One.-2012.- Vol. 7. - e35309.

126. Lowndes N.F., Paul J., Wu J., Allan M. c-Ha-ras gene bidirectional promoter expressed in vitro: location and regulation // Molecular and cellular biology. - 1989. - Vol. 9. - P. 3758-3770.

127. Luo J-D., Chan E-C., Shih C-L., Chen T-L., Ying Liang Y., Hwang T-L., Chiou C-C. Detection of rare mutant K-ras DNA in a single-tube reaction using peptide nucleic acid as both PCR clamp and sensor probe // Nucleic Acids Res. - 2006. - Vol. 34. - E. 12.

128. Lynch T.J., Bell D.W., Sordella R., Sarada Gurubhagavatula, Okimoto R.A., Brannigan B.W., Harris P.L., Haserlat S.M., Supko J.G., Haluska F.G., Louis D.N.,. Christiani D.C, Settleman J., Haber D.A. Activating mutations in the epidermal growth factor receptor underlying responsiveness of non-small-cell lung cancer to gefitinib // N Engl J Med. -2004. - Vol. 350. - P. 2129-2139.

129. Mankoo P.K., Sukumar S., Karchin R. PIK3CA somatic mutations in breast cancer: Mechanistic insights from Langevin dynamics simulations // Proteins. - 2009. - Vol. 75(2).-P. 499-508.

130. Marchetti A., Felicioni L., Malatesta S., Grazia Sciarrotta M., Guetti L., Chella A., Viola P., Pullara C., Mucilli F., Buttitta F. Clinical features and outcome of patients with non-small-cell lung cancer harboring BRAF mutations // J Clin Oncol. - 2011. - Vol. 29. P. 3574-3579.

131. McBride O.W., Swand D.C., Tronick S.R., Gol R., Klimanis D., Moore D.E., Aaronson S.A. Regional chromosomal localization of N-ras, K-ras-1, K-ras-2 and myb oncogenes in human cells // Nucleic Acids Res. - 1983. - Vol. 11. - P. 8221-8236.

132. McCormick F. Ras signaling and NF1 // Current opinion in genetics & development. -1995. - Vol. 5.-P. 51-55.

133. McGrath J:P—Capon-D.J.,- Smith-Chen -E.Y., -Seeburg P.H., _GoeddeLD.V., Levinson A.D. Structure and organization of the human Ki-ras proto-oncogene and a related processed pseudogene // Nature. - 1983. - Vol. 304. - P. 501-506.

134. McTigue P.M., Peterson R.J., Kahn J.D. Sequence-dependent thermo- dynamic parameters for locked nucleic acid (LNA)-DNA duplex formation // Biochemistry. -2004. - Vol. 43. - P. 5388-5405.

135. Mendoza M.C., Er E.E., Blenis J. The Ras-ERK and PI3K-mTOR Pathways: Cross-talk and Compensation // Trends Biochem Sci. - 2011. - Vol. 36. - P. 320-328.

136. Menzies A.M., Haydu L.E., Visintin L., Car lino M.S., Howie J.R., Thompson J.F., Kefford R.F., Scolyer R.A., Long G.V. Distinguishing clinicopathologic features of patients with V600E and V600K BRAF-mutant metastatic melanoma. Clin Cancer Res. -2012. - Vol. 18(12). - P. 3242-3249.

137. Mikheikin A., Surzhikov S., Zasedateleva O., Vasiliskov V., Pan'kov S., Grechishnikova I., Kisselev L., Zasedatelev A. An RNA microchip containing immobilized oligonucleotides with protective groups at 2'-0-positions // BioTechniques. - 2008. -Vol. 44. -P. 77-83.

138. Moodie S.A., Willumsen B.M., Weber M.J., Wolfman A. Complexes of Ras-GTF with Raf-1 and mitogen-activated protein kinase kinase // Science. - 1993. - Vol. 260. - P. 1658-1661.

139. Morikawa N., Inoue A., Suzuki T., Fukuhara T., Suzuki S., Kondo T., Moriya T., Saijo Y., Nukiwa T. Prospective analysis of the epidermal growth factor receptor gene mutations in non-small cell lung cancer in Japan // J Clin Oncol. (Meeting Abstracts). -2006. - Vol. 24. - 7077.

140. Muller R., Slamon D.J., Adamson E.D., Tremblay J.M., Muller D., Cline M.J., Verma I.M. Transcription of c-onc genes c-ras(Ki) and c-fms during mouse development // Molec. Cell. Biol. - 1983. - Vol. 3. - P. 1062-1069.

141. Nagai Y, Miyazawa H, Huqun, Tanaka T, Udagawa K, Kato M, Fukuyama S, Yokote

A, Kobayashi K, Kanazawa M, Hagiwara K. Genetic heterogeneity of the epidermal growth factor receptor in non-small cell lung cancer cell lines revealed by a rapid and sensitive detection system, the peptide nucleic acid-locked nucleic acid PCR clamp // Cancer Res. - 2005. - Vol. 65. - P.7276-7282.

142. Nagata Y., Lan K.H., Zhou X., Tan M., Esteva F.J., Sahin A.A., Klos K.S., Li P., Monia

B.P., Nguyen N.T., Hortobagyi G.N., Hung M.C., Yu D.PTEN activation contributes to tumor "inhibitionby trastuzumab,-and-loss of-PTEN -predicts-trastuzumab resistance in patients // Cancer Cell. - 2004. - Vol. 6. - P. 117-127.

143. Nasedkina TV., Fedorova OF., Glotov AS., Chupova N. V., Samochatova E. V.,.Maiorova OA, Zemlyakova V., Roudneva AE.,.Chudinov AV, Yurasov RA.,

Kozhekbaeva JM.,.Barsky V E,. Krusnetskiy EY, Krusnetskaia NF., Cheng Cheng, Ribeiro R C., Evans W E., Roumyantsev A G., Zasedatelev AS. Rapid genotyping of common deficient thiopurine S-methyltransferase (TPMT) alleles using the DNAmicrochip technique // Eur. J. Human Genetics. - 2006. - Vol. 14. - P. 991-998.

144. Nazarian R., Shi H., Wang Q., Kong X., Koya R.C., Lee H., Chen Z., Lee M-K., Attar N., Sazegar H., Chodon T., Nelson S.F., Mc Arthur G., Sosman J.A., Ribas A., Lo R.G. Melanomas acquire resistance to B-RAF(V600E) inhibition by RTK or N-RAS upregulation // Nature. - 2010. - Vol. 468. - P. 973-977.

145. Newton C.R., Graham A., Heptinstall L.E., Powell S.J., Summers C., Kalsheker N., Smith J.C., Markham A.F. Analysis of any point mutation in DNA. The amplification refractory mutation system (ARMS) // Nucl. Acids Res. - 1989. - Vol. 17(7). - P. 25032516.

146. Obika S., Nanbu D., Hari Y., Andoh J-i., Morio K-i., Doi T., Imanishi T. Stability and structural features of the duplexes containing nulcoeside analogs with a fixed N-type conformation. 2'-0, 4'-C methylene ribonucleosides // Tetrahedron Lett. - 1998. - Vol. 39.-P. 5401-5404.

147. O'Brien S. J., Nash W.G., Goodwin J.L., Lowry D.R., Chang E.H. Dispersion of the ras family of transforming genes to four different chromosomes in man // Nature. - 1983. -Vol. 302.-P. 839-842.

148. Oldani A., De Rosa C., Monni M., Terrone A., Miglio U.,Garavoglia M., Boldorini R. KRAS mutation analysis in ductal carcinoma of the pancreas; prognostic implications in elderly patients // BMC Surg. - 2013. - Vol. 13. - Suppl. 1. - A. 31.

149. Omholt K. Activating proto-oncogene mutations in human cutaneous melanoma // Department of oncology-pathology, Cancer center Karolinska. - Karolinska University Hospital and Institute. - Stockholm, Sweden. - 2005.- P. 33.

150. Omholt K., KrockelD., Hansson J. PIK3CA mutations in cutaneous melanoma // Proc Amer Assoc Cancer Res. - 2006. - Vol. 47. - Abstr. 1155.

151. Paez J.G., Janne P.A., Lee J.C., Tracy S., Greulich H., Gabriel S., Herman P., Kaye F.J., Lindeman N., Boggon T.J., Naoki K., Sasaki H., Fujii Y., Eck M.J., Sellers W.R., Johnson B.E., Meyerson M. EGFR mutations in lung cancer: correlation with clinical

-----response to gefitinib-therapy // Science.-= 2004. =- Vol. 304. - P. 1497-1500. _

152. Paik P.K., Arcila M.E., Fara M., Sima C.S., Miller V.A., Kris M.G., Ladanyi M., Riely G.J. Clinical characteristics of patients with lung adenocarcinomas harboring BRAF mutations // J Clin Oncol. - 2011. - Vol. 29. - P. 2046-2051.

153. Pao W., Miller V., Zakowski M.F. EGF receptor gene mutations are common in lung cancers from 'never smokers' and correlate with sensitivity of tumors to gefitinib (Iressa) and erlotinib (Tarceva) // Proc Natl Acad Sci USA. - 2004. - Vol. 101. - P. 13306-13311.

154. Pao W., Wang T.Y. Riely G.J., Miller V.A., Pan Q., Ladanyi M., Zakowski M.F., Heelan R.T., Kris M.G., Varmus H.E. KRAS Mutations and Primary Resistance of Lung Adenocarcinomas to Gefitinib or Erlotinib // PLoS Medicine. - 2005. - Vol. 2. - el7.

155. Papin C., Denouel-Galy A., Laugier D., Calothy G., Eychene A. Modulation of Kinase Activity and Oncogenic Properties by Alternative Splicing Reveals a Novel Regulatory Mechanism for B-Raf// J Biol Chem. - 1998. - Vol. 273. - P. 24939-24947.

156. Paz-Ares L., Sanchez J.M., Garcia-Velasco A., Massuti B., Lopez-Vivanco G., Provencio M., Montes A., Isla D., Amador M.L., Spanish R. prospective phase II trial of erlotinib in advanced non-small cell lung cancer (NSCLC) patients (p) with mutations in the tyrosine kinase (TK) domain of the epidermal growth factor receptor (EGFR) // J Clin Oncol. (Meeting Abstracts). - 2006. - Vol. 24. - № 18S. - 7020.

157. Pende M., Um S.H., Mieulet V., Sticker M., Goss V.L., Mestan J., Mueller M., Fumagalli S., Kozma S.C., Thomas G. S6Kl/"/")/S6K2i"/") mice exhibit perinatal lethality and rapamycin-sensitive 5'-terminal oligopyrimidine mRNA translation and reveal a mitogen-activated protein kinase-dependent S6 kinase pathway // Mol Cell Biol. - 2004. - Vol. 24. -P. 3112-3124.

158. Perrone F., Lampis A., Orsenigo M., Di Bartolomeo M., Gevorgyan A., Losa M., Frattini M., Riva C., Andreola S., Bajetta E., Bertario L., Leo E., Pierotti M. A., Pilotti S. PI3KCA/PTEN deregulation contributes to impaired responses to cetuximab in metastatic colorectal cancer patients // Ann. Oncol. - 2009. - Vol. 20. - P. 84-90.

159. Phipps A.I., Buchanan D.D., Makar K.W., Win A.K., Baron J.A., Lindor N.M., Potter J.D., Newcomb P.A. KRAS-mutation status in relation to colorectal cancer survival: the joint impact of correlated tumour markers // Br J Cancer. -2013. - Vol. 108. - P. 1757-1764.

160. Polakis P., McCormick F. Structural requirements for the interaction of p21ras with GAP, exchange factors, and its biological effector target // J Biol Chem. - 1993. - Vol. 268. - P. 9157-9160.

—161. Popescu-N.C.-Amsbaugh StGt, DiPaolo J.A., Tronick-S.R., Aaronson S.A., Swan D.C. Chromosomal localization of three human ras genes by in situ molecular hybridization // Somat. Cell Molec. Genet. - 1985. - Vol. 11.-P. 149-155.

162. Poulikakos P.I., Rosen N. Mutant BRAF melanomas—dependence and resistance // Cancer Cell. -2010. - Vol. 19.-P. 11-15.

163. Prenen H., De Schutter J., Jacobs В., De Roock W., Biesmans В., Claes В., Lambrechts

D., Van Cutsem E., Tejpar S. PIK3CA mutations are not a major determinant of resistance to the epidermal growth factor receptor inhibitor cetuximab in metastatic colorectal cancer // Clin. Cancer Res. - 2009. - Vol. 15. - P. 3184-3188.

164. Proudnikov D., Mirzabekov A. Chemical methods of DNA and RNA fluorescent Labeling //Nucl. Acids Res. - 1996. - Vol. 24(22). - P. 4535.

165. Qiu W., Schonleben F., Li X., Ho D.J., Close L.G., Manolidis S., Bennett B.P., Su G.H. PIK3CA Mutations in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma // Clin Cancer Res. -2006.-Vol. 12.-P. 1441-1446.

166. Reiter J.L., Maihle N.J. A 1.8 kb alternative transcript from the human epidermal growth factor receptor gene encodes a truncated form of the receptor // Nucleic Acids Res. -1996. Vol. 24. - P. 4050-4056.

167. Reiter J.L., Threadgill D.W., Eley G.D., Strunk K.E., Danielsen A.J., Sinclair C.S., Pearsall R.S., Green P.J., Yee D., Lampland A.L., Balasubramaniam S., Crossley T.D., Magnuson T.R., James C.D., Maihle N.J. Comparative genomic sequence analysis and isolation of human and mouse alternative EGFR transcripts encoding truncated receptor isoforms // Genomics. - 2001. - Vol. 71. - P. 1-20.

168. Repasky G.A., Chenette E.J., Der C.J. Renewing the conspiracy theory debate: does Raf function alone to mediate Ras oncogenesis? // Trends Cell Biol. - 2004. - Vol. 14. - P. 639-647.

169. Riely G.J., Kris M.G., Rosenbaum D., Marks J., Li A., Chitale D.A., Nafa K., Riedel

E.R., Hsu M., Pao W., Miller V.A., Ladanyi M. Frequency and Distinctive Spectrum of KRAS Mutations in Never Smokers with Lung Adenocarcinoma // Clin Cancer Res. -2008.-Vol. 14.-P. 5731-5734.

170. Riely G.J., Pao W., Pham D., Rizvi N., Venkatraman E.S., Zakowski M.F., Kris M.G., Ladanyi M., Miller V.A. Clinical course of patients with non-small cell lung cancer and epidermal growth factor receptor exon 19 and exon 21 mutations treated with gefitinib or erlotinib // Clin Cancer Res. - 2006. - Vol. 12. - P. 839-844.

T71" Riely G.J.,~Yu H.AT, Arcila M.E., Hellmann MtD., Ladanyi-M., Kris-M.G. -Response to erlotinib and prognosis for patients with de novo epidermal growth factor receptor (EGFR) T790M mutations // J Clin Oncol. - 2013. - Vol. 31. - Abstr. 8018.

172. Riely G.J., Yu H.A., Arcila M.E., Hellmann M.D., Ladanyi M., Kris M.G. Response to erlotinib and prognosis for patients with de novo epidermal growth factor receptor (EGFR) T790M mutations // J Clin Oncol. - 2013. - Vol. 31. - Abstr. 8018.

173. Roberts P.J., Der C.J. Targeting the Raf-MEK-ERK mitogen-activated protein kinase cascade for the treatment of cancer // Oncogene. - 2007. - Vol. 26. P. 3291-3310.

174. Roche. 454 Sequencing Systems // Roche Diagnostics GmbH. - 2010. - Available at: http://454.com/downloads/454SystemsBrochureSpread_Final.pdf

175. Roche. GS Junior Amplicon Training // Roche Diagnostics GmbH. - Available at: www.454.com

176. Rodriguez-Viciana P., Warne P.H., Dhand R., Vanhaesebroeck B., Gout I., Fry M.J., Waterfield M.D., Downward J. Phosphatidylinositol-3-OH kinase as a direct target of Ras // Nature. - 1994. - Vol. 370. - P. 527-532.

177. Ronaghi M. Pyrosequencing sheds light on DNA sequencing // Genome Research. -2001.-Vol. 11.-P. 3-11.

178. Rose 11 R., Moran T., Queralt C., Porta R., Cardenal F., Camps C., Majem M., Lopez-Vivanco G., Isla D., Provencio M., Insa A., Massuti B., Gonzalez-Larriba J.L., Paz-Ares L., Bover I., Garcia-Campelo R., Moreno M.A., Catot S., Rolfo C., Reguart N., Palmero R., Sánchez J.M., Bastus R., Mayo C., Bertran-Alamillo J., Molina M.A., Sanchez J.J., Taron M. Screening for epidermal growth factor receptor mutations in lung cancer / R. Rosell, T. Moran, C. Queralt et al. //New Eng. J. Med. - 2009. - Vol. 361. - P. 958-967.

179. Roskoski R. Jr. RAF protein-serine/threonine kinases: Structure and regulation // Biochem Biophys Res Commun. - 2010. - Vol. 399. - P. 313-317.

180. Rubina A.Y., Pan'kov S.V., Dementieva E.I., Pen'kov D.N., Butygin A.V., Vasiliskov V.A., Chudinov A.V., Mikheikin A.L., Mikhailovich V.M., Mirzabekov A.D. Hydrogel drop microchips with immobilized DNA: properties and methods for large-scale production // Anal Biochem. - 2004. - Vol. 325(1). - P. 92-106.

181. Rubinstein J.C., Sznol M., Pavlick A.C., Ariyan S., Cheng E., Bacchiocchi A., Kluger H.M., Narayan D., Halaban R. Incidence of the V600K mutation among melanoma patients with BRAF mutations, and potential therapeutic response to the specific BRAF inhibitor PLX4032 // J Transí Med. - 2010. - Vol. 8. - 67.

~182r Rudin C.M7. Hong K., Streit-M.-Molecular characterization of acquired resistance to the BRAF inhibitor dabrafenib in a patient with BRAF-mutant non-small-cell lung cancer // J Thorac Oncol. - 2013,-Vol. 8.-E. 41-42.

183. Saal L.H., Johansson P., Holm K., Gruvberger-Saal S.K., She Q-B., Maurer M., Koujak S., Ferrando A.A., Malmstrom P., Memeo L., Isola J., Bendahl P-O., Rosen N., Hibshoosh H., Ringner M., Borg A., Parsons R. Poor prognosis in carcinoma is associated with a gene expression signature of aberrant PTEN tumor suppressor pathway activity // Proc Natl Acad Sci USA.- 2007. - Vol. 104. - P. 7564-7569.

184. Sameer A.S. Colorectal cancer: molecular mutations and polymorphisms //Front Oncol. -2013.-Vol. 3. - 114.

185. Samuels Y., Wang Z., Bardelli A., Silliman N., Ptak J, Szabo S., Yan H., Gazdar A., Powell S.M., Riggins G.J., Willson J.K.V., Markowitz S., Kinzler K.W., Vogelstein B., Velculescu V.E. High Frequency of Mutations of the PIK3CA Gene in Human Cancers // Science. - 2004. - Vol. 304. - P. 554.

186. Sanchez-Cespedes M. PIK3CA (phosphoinositide-3-kinase, catalytic, alpha polypeptide) // Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. - 2009. - Available at: http://AtlasGeneticsOncology.org/Genes/PIK3CAID415ch3q26.html.

187. Sartore-Bianchi A., Martini M., Molinari F., Veronese S., Nichelatti M., Artale S., Di Nicolantonio F., Saletti P., De Dosso S., Mazzucchelli L., Frattini M., Siena S., Bardelli A. PIK3CA mutations in colorectal cancer are associated with clinical resistance to EGFR-targeted monoclonal antibodies // Cancer Res. - 2009. - Vol. 69. - P. 1851-1857.

188. Satoh T., Kaziro Y. Ras in signal transduction // Seminars in cancer biology. - 1992. -Vol. 3.-P. 169-177.

189. Schultz N. A., Roslind A., Heeran M., Christensen I. J., H0gdall E. V., Horn T., Wojdemann M., Balslev E., Johansen J. S. KRAS, BRAF mutations, and HER2 expression in patients operated for pancreatic adenocarcinomas // J Clin Oncol. - 2010. -Vol. 28.-P. 4043.

190. Schulze W.X., Deng L., Mann M. Phosp ho tyrosine interactome of the ErbB-receptor kinase family // Molecular systems biology. - 2005. - Vol. 1. - 0008.

191. Sekar M.M.A., Bloch W., St John P.M. Comparative study of sequence-dependent hybridization kinetics in solution and on microspheres // Nucleic Acids Res. - 2005. -33(1).-P. 366-375.

192. Sequist L.V., Joshi V.A., Janne P.A., Bell D.W., Fidias P., Lindeman N.I., Louis D.N.,

--Lee-JTG., Mark-E-.J., Longtine-J., Ver-lander -P., Kucherlapati R., Meyerson M., Haber

D.A., Johnson B.E., Lynch T.J. Epidermal growth factor receptor mutation testing in the care of lung cancer patients // Clin Cancer Res. - 2006. - Vol. 12. - P. 4403-4408.

193. Shayesteh L., Lu Y., Kuo W.L., Baldocchi R., Godfrey T., Collins C., Pinkel D., Powell B., Mills G.B., Gray J.W. PIK3CA is implicated as an oncogene in ovarian cancer // Nature Genet. - 1999. - Vol. 21. - P. 99-102.

194. Shchepinov M.S., Case-Green S.C., Southern E.M. Steric factors influencing hybridisation of nucleic acids to oligonucleotide arrays // Nucleic Acids Res. - 1997. -Vol. 25(6).-P. 1155-1161.

195. Shields J.M., Pruitt K., McFall A., Shaub A., Der C.J. Understanding Ras: 'it ain't over 'til it's over' // Trends Cell Biol. - 2000. - Vol. 10. - P. 147-154.

196. Silahtaroglu AN, Tommerup N, Vissing H. FISHing with locked nucleic acids .(LNA): evaluation of different LNA/DNA mixmers. Mol Cell Probes. - 2003. - Vol. 17(4). - P. 165-169.

197. Sithanandam G., Kolch W., Duh F.M., Rapp U.R. Complete coding sequence of a human B-raf cDNA and detection of B-raf protein kinase with isozyme specific antibodies // Oncogene. - 1990. - Vol. 5(12). - P. 1775-1780.

198. Slebos R.J., Hoppin J.A., Tolbert P.E., Holly E.A., Brock J.W., Zhang R.H., Bracci P.M., Foley J., Stockton P., McGregor L.M., Flake G.P., Taylor J.A. Kras and p53 in pancreatic cancer: association with medical history, histopathology, and environmentalexposures in a population-based study // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. - 2000. - Vol. 9(11). -P.1223-1232.

199. Sordella R., Bell D.W., Haber D.A., Settleman J. Gefitinib-sensitizing EGFR mutations in lung cancer activate anti-apoptotic pathways // Science . - 2004. - Vol. 305. - P. 11631167.

200. Sorokin N.V., Chechetkin V.R, Livshits M.A., Pan'kov S.V., Donnikov M.Y., Gryadunov D.A., Lapa S.A., Zasedatelev A.S. Discrimination between perfect and mismatched duplexes with oligonucleotide gel microchips: role of thermodynamic and kinetic effects during hybridization // J Biomol Struct Dyn. -2005. - Vol. 22(6). - P. 725-734.

201. Sorscher S.M. EGFR mutations and sensitivity to gefitinib // New Eng. J. Med. -2004. -Vol. 351.-P. 1260-1261.

202. Souglakos J., Philips J., Wang R., Marwah S., Silver M., Tzardi M., Silver J., Ogino S., Hooshmand S./ Kwak E:, Freed E.,- Meyerhardt J.A.7 Saridaki Z., Georgoulias V., . Finkelstein D., Fuchs C.S., Kulke M.H., Shivdasani R.A. Prognostic and predictive value

of common mutations for treatment response and survival in patients with metastatic colorectal cancer // Br. J. Cancer. - 2009. - Vol. 101. - P. 465-472.

203. Southern E., Mir K., Shchepinov M. Molecular interactions on microarrays // Nature Genetics. - 1999. - Vol. 21. - Suppl. 1. - P. 5-9.

204. Sridhar S.S., Hedley D., Siu L.L. Raf kinase as a target for anticancer therapeutics // Mol Cancer Ther. - 2005. - Vol. 4. - 677.

205. Stomakhin A.A., Vasiliskov V.A., Timofeev E., Schulga D., Cotter R.J., Mirzabekov A.D. DNA sequence analysis by hybridization with oligonucleotide microchips: MALDI mass spectrometry identification of 5-mers contiguously stacked to microchip oligonucleotides // Nucleic Acids Res. - 2000. - Vol. 28(5). -1193-1198.

206. Sunaga N., Yanagitani N., Kaira K., Tomizawa Y., Iijima H., Otani Y., Tanaka S.. Suga T., Dobashi K., Mori M. Phase II study of the efficacy of gefitinib in patients with non-small cell lung cancer with the EGFR mutations // J Clin Oncol(Meeting Abstracts). -2006. - Vol. 24.-№ 18S.-7183.

207. Sutani A., Nagai Y., Udagawa K., Uchida Y., Koyama N., Murayama Y., Tanaka T., Miyazawa H., Nagata M., Kanazawa M., Hagiwara K., Kobayashi K. Gefitinib for nonsmall- cell lung cancer patients with epidermal growth factor receptor gene mutations screened by peptide nucleic acid-locked nucleic acid PCR clamp // Br J Cancer. - 2006. -Vol. 95.-P. 1483-1489.

208. Tam I.Y.S., Chung L.P., Suen W.S., Wang E., Wong M.C.W., Ho K.K., Lam W.K., Chiu S.W., Girard L., Minna J.D., Gazdar A.F., Wong M.P. Distinct Epidermal Growth Factor Receptor and KRAS Mutation Patterns in Non-Small Cell Lung Cancer Patients with Different Tobacco Exposure and Clinicopathologic Features // Clin Cancer Res. - 2006. -Vol. 12.-P. 1647-1653.

209. Tanigava M., Gotoh M., Machida M., Okada T., Oishi M. Detection and mapping of mismatched base pairs in DNA molecules by atomic force microscopy // Nucleic Acids Res. - 2000. - Vol. 28(9). - E. 38.

210. Tomizawa Y., Iijima H., Sunaga N., Sato K., Takise A., Otani Y., Tanaka S., Suga T., Saito R., Ishizuka T., Dobashi K., Minna J.D., Nakajima T., Mori M. Clinicopathologic Significance of theMutations of the Epidermal Growth Factor Receptor Gene in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer // Clin Cancer Res. - 2005. - Vol. 11. - P. 6816-6822.

211. Toyooka S., Kiura K., Mitsudomi T. EGFR mutation and response of lung cancer to " gefitinib //"N Engl-J Med. -2005. - Vol. 352. - author reply 2-136, - -------

212. Tran N.H., Wu X., Frost J.A. B-Raf and Raf-1 are regulated by distinct autoregulatory mechanisms // J. Biol. Chem. - 2005. - Vol. 280. - P. 16244-16253.

213. Tsai J., Lee J.T., Wang W., Zhang J., Cho H., Mamo S., Bremer R., Gillette S., Kong J., Haass N.K., Sproesser K., Li L., Smalley K.S., Fong D., Zhu Y.L., Marimuthu A., Nguyen H., Lam B., Liu J., Cheung I., Rice J., Suzuki Y., Luu C., Settachatgul C., Shellooe R., Cantwell J., Kim S.H., Schlessinger J., Zhang K.Y., West B.L., Powell B., Habets G., Zhang C., Ibrahim P.N., Hirth P., Artis D.R., Herlyn M., Bollag G. Discovery of a selective inhibitor of oncogenic B-Raf kinase with potent antimelanoma activity // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 2008. - Vol. 105(8). - P. 3041-3046.

214. Tsao M.-S., Sakurada A., Cutz J.-C., Zhu C.-Q., Kamel-Reid S., Squire J., Lorimer I., Zhang T., Liu N., Daneshmand M., Marrano P., da Cunha Santos G., Lagarde A., Richardson F., Seymour L., Whitehead M., Ding K., Pater J., Shepherd F.A. Erlotinib in lung cancer—molecular and clinical predictors of outcome // New Eng. J. Med. - 2005. -Vol. 353.-P. 133-144.

215. Ullrich A., Coussens L., Hayflick J.S., Dull T.J., Grey A., Tam A.W., Yarden Y., Liberman T.A., Schlessinger J., Downward J., Mayes E.L., WhittleN., Waterfield M.D., Seeburg P.H. Human epidermal growth factor receptor cDNA sequence and aberrant expression of the amplified gene in A431 epidermoid carcinoma cells // Nature. - 1984. -309.-P. 418-424.

216. van Eijk R., Licht J., Schrumpf M., Talebian Yazdi M., Ruano D., Forte G.I., Nederlof P.M., Veselic M., Rabe K.F., Annema J.T., Smit V., Morreau H., van Wezel T. Rapid KRAS, EGFR, BRAF and PIK3CA mutation analysis of fine needle aspirates from non-small-cell lung cancer using allele-specific qPCR // PLoS One . - 2011. - Vol. 6. - E. 17791.

217. Vanhaesebroeck B., Leevers S., Ahmadi K., Timms J., Katso R., Driscoll P., Woscholski R., Parker P., Waterfield M. Synthesis and function of 3-phosphorylated inositol lipids / B. Vanhaesebroeck, S. Leevers, K. Ahmadi et al. // Annu Rev Biochem. - 2001. - Vol. 70.-P. 535-602.

218. Vasiliskov A.V., Timofeev E.N., Surzhikov S.A., Drobyshev A.L., Shick V.V., Mirzabekov A.D. Fabrication of microarray of gel-immobilized compounds on a chip by copolymerization // Biotechniques. - 1999. - Vol. 27(3). - P. 592-594, 596-598, 600 passim.

219." Vasiliskov Vr. Prokopenko D., MirzabekovA.Parallelmultiplex thermodynamic analysis of coaxial base stacking in DNA duplexes by oligodeoxyribonucleotide microchips // Nucleic Acids Res. - 2001. - Vol. 29(11). - P. 2303-2313.

220. Vester B., Wengel J. LNA (locked nucleic acid): high-affinity targeting of complementary RNA and DNA // Biochemistry. - 2004. - Vol. 43. - P. 13233-13241.

221. Villanueva J., Vultur A., Lee J.T., Somasundaram R., Fukunaga-Kalabis M., Cipolla A.K., Wübbenhorst B., Xu X., Gimotty P.A., Kee D., Santiago-Walker A.E., Letrero R., D'Andrea K., Pushparajan A., Hayden J.E., Brown K.D., Laquerre S., McArthur G.A., Sosman J.A., Nathanson K.L., Herlyn M. Acquired resistance to BRAF inhibitors mediated by a RAF kinase switch in melanoma can be overcome by cotargeting MEK and IGF-1R/PI3K // Cancer Cell. - 2010. - Vol. 18. - P. 683-695.

■ 222. Vivanco I., Sawyers C.L. The phosphatidylinositol 3-Kinase AKT pathway in human cancer // Nature Rev. Cancer. - 2002. - Vol. 2. - P. 489-501.

223. Volinia S., Hiles I., Ormondroyd E., Nizetic D., Antonacci R., Rocchi M., Waterfield M. D. Molecular cloning, cDNA sequence, and chromosomal localization of the human phosphatidylinositol 3-kinase pi 10-alpha (PIK3CA) gene // Genomics. - 1994. - Vol. 24. - P. 472-477.

224. Wan P.T., Garnett M.J., Roe S.M., Lee S., Niculescu-Duvaz D., Good V.M., Jones C.M., Marshall C.J., Springer C.J., Barford D., Marais R. Mechanism of activation of the RAF-ERK signaling pathway by oncogenic mutations of B-RAF // Cell. - 2004. - Vol. 116. — P. 855-867.

225. Wang T.L., Rago C., Silliman N., Ptak J., Markowitz S., Willson J.K., Parmigiani G., Kinzler K.W., Vogelstein B., Velculescu V.E. Prevalence of somatic alterations in the colorectal cancer cell genome // Proc Natl Acad Sei USA.- 2002. - Vol. 99. - P. 30763080.

226. Wang Y., Minoshima S., Shimizu N. Precise mapping of the EGF receptor gene on the human chromosome 7pl2 using an improved fish technique // Jpn J Hum Genet. - 1993. -Vol. 38.-P. 399-406.

227. Watzinger F., Lion T. KRAS (Kirsten rat sarcoma 2 viral oncogene homolog) // Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. - 1999a. - Available at: http://AtlasGeneticsOncology.org/Genes/KRASID91.html.

228. Watzinger F., Lion T. RAS family // Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. - 1999b. -Available at http://AtlasGeneticsOncology.org/Deep/Ras.html.

229: Weinberg R-.-A."Fewer and fewer oncogenes // Cell. - 1982. - Vol. 30,— P. 3--4.

230. Wellbrock C., Karasarides M., Marais R. The RAF proteins take centre stage // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. - 2004. - Vol. 5. P. 875-885.

231. Wennerberg K., Rossman K.L., Der C.J. The Ras superfamily at a glance // J. Cell Sci. -2005. - Vol. 118.-P. 843-846.

232. Wiza C., Nascimento E.B., Ouwens D.M. Role of PRAS40 in Akt and mTOR signaling in health and disease // Am J Physiol Endocrinol Metab. - 2012. - Vol. 302. - P.1453-1460.

233. Wojciechowska-Durczynska K., Krawczyk-Rusiecka K., Cyniak-Magierska A., Zygmunt A., Galecka E., Lewinski A. Relative quantification of PIK3CA gene expression level in fine-needle aspiration biopsy thyroid specimens collected from patients with papillary thyroid carcinoma and non-toxic goitre by real-time RT-PCR // Thyroid Research. -2010. - Vol. 3.-5.

234. Wolthuis R.M., Bos J.L. Ras caught in another affair: the exchange factors for Ral // Curr Opin Genet Dev. - 1999. - Vol. 9. - P. 112-117.

235. Xu J., He J., Yang H., Luo X., Liang Z., Chen J., Cai Z., Xu J., Ren-Heidenreich L. Somatic mutation analysis of EGFR, KRAS, BRAF and PIK3CA in 861 patients with non-small cell lung cancer // Cancer Biomark . - 2011-2012. - Vol. 10. - P. 63-69.

236. Yan J., Roy S., Apolloni A., Lane A., HancockJ.F. Ras Isoforms Vary in Their Ability to Activate Raf-1 and Phosphoinositide 3-Kinase // The Journal of biological chemistry. — 1998. - Vol. 273. - P. 24052-24056.

237. Yarden Y., Sliwkowski M.X. Untangling the ErbB signalling network // Nat Rev Mol Cell Biol. - 2001. - Vol. 2. - P. 127-137.

238. You Y., Moreira B.G., Behlke M.A., Owczarzy R. Design of LNA probes that improve mismatch discrimination // Nucleic Acids Res. - 2006. - Vol. 34. - E. 60.

239. Zarich N., Oliva J.L., Martínez N., Jorge R., Ballester A., Gutiérrez-Eisman S., García-Vargas S., Rojas J.M. Grb2 Is a Negative Modulator of the Intrinsic Ras-GEF Activity of hSosl // Molecular Biology of the Cell. - 2006. - Vol. 17. - P. 3591-3597.

240. Zebisch A., Troppmair J. Back to the roots: the remarkable RAF oncogene story // Cell. Mol. Life Sci. - 2006. - Vol. 63. - P. 1314-1330.

241. Zhang B.H., Guan K.L. Activation of B-Raf kinase requires phosphorylation of the conserved residues Thr598 and Ser601 // EMBO J. - 2000. - Vol. 19. - P. 5429-5439.

242. Zhao L., Vogt P.K. Helical domain and kinase domain mutations in pllOalpha of

------phosphatidylinositol 3-kinase induce gain of-function-bydifferent mechanisms // Proc.

Natl. Acad. Sci. USA. - 2008. - Vol. 105. - P. 2652-2657.

243. Zhou Q.M., Li W., Zhang X., Chen Y.B., Chen X.C., Guan Y.X., Ding Y., Wen X.Z., Xia Q., Zhou Q., Peng R.Q., Hou J.H., Zhu X.F., Zeng Y.X., Zhang X.S. The

mutation profiles of common oncogenes involved in melanoma in southern China // J Invest Dermatol. - 2012. - Vol. 132(7). - P.1935-1937.

244. Zhu X.L., Cai X., Zhang L., Yang F., Sheng W.Q., Lu Y.M., Du X., Zhou X.Y. KRAS and BRAF gene mutations in correlation with clinicopathologic features of colorectal carcinoma in Chinese // Zhonghua Bing Li Xue Za Zhi. - 2012. - Vol. 41. - P. 584-589.

245. Zimenkov D.V., Antonova O.V., Kuz'min A.V., Isaeva Y.D., Krylova L.Y., Popov S.A., Zasedatelev A.S., Mikhailovich V.M., Gryadunov D.A. Detection of second-line drug resistance in Mycobacterium tuberculosis using oligonucleotide microarrays // BMC Infect Dis. - 2013. -Vol. 13.-240. doi: 10.1186/1471-2334-13-240.

246. Zimmermann S. & Peters S. Going beyond EGFR // Ann Oncol. - 2012. - Vol. 23. - P. 197-203.

247. Zoncu R., Efeyan A., Sabatini D.M. mTOR: from growth signal integration to cancer, diabetes and ageing // Nat Rev Mol Cell Biol. - 2011. - Vol. 12,- P. 21-35.

248. Zubtsov D.A., Sawateeva E.N., Rubina A.Yu., Pan'kov S.V., Konovalova E.V, Moiseeva O.V., Chechetkin V.R., Zasedatelev A.S. Comparison of surface and hydrogel-based protein microchips // Analyt Biochem. - 2007. - Vol. 368. - P. 205-213.

249. Авдонина M.A., Наседкина Т.В., Иконникова А.Ю., Бондаренко Е.В., Сломинский П.А., Шамалов Н.А., Шетова И.М., Лимборская С.А., Заседателев А.С., Скворцова В.И. Исследование ассоциаций полиморфных маркеров генов F12, PON1, PON2, NOS2, PDE4D, HIFla, GPIba, CYP11B2 с ишемическим инсультом среди русского населения Центральной России // Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова.-2012.-Т. 112-№2.-С. 51-54.

250. Амосенко Ф.А., Казубская Т.П., Громыко О.Е., Матвеева Т.И., Корчагина Е.Л., Наседкина Т.В., Гарькавцева Р.Ф., Калинин В.Н. Мутации в генах К-ras, BRCA1/2, СНЕК2 и микросателлитные маркеры (потеря гетерозиготности в локусах 9р, 17р и 18q) при спорадических аденокарциномах поджелудочной железы // Молекулярная биология. - 2009. - Т. 43, № 3. - С. 414-421.

251. Галактионова Д.Ю., Гра О.А., Низамутдинов И.И., Шершов В.Е., Кузнецова В.Е., Чудинов А.В., Гареева А.Э., Закиров Д.Ф., Хуснутдинова Э.К., Лысов Ю.П., Наседкина Т.В. Анализ ассоциации полиморфизма генов HTR2A, BDNF и SLC6A4

--с- развитием параноидной формы шизофрении и суицидального поведения //

Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. - 2012. - Т.112(10). - С. 3944.

252. Имянитов E.H. Молекулярная патология рака лёгкого: Клинические аспекты // Практическая онкология. - 2006. - Т. 7. - № 3. - С. 131-137.

253. Кожекбаева Ж.М., Глотов A.C., Гра O.A., Голденкова-Павлова И.В., Брускин С.А., Агафонова Е.Е., Маркарова Е.В., Абдеев P.M., Корсунская И.М., Пирузян A.JL, Барский В.Е., Заседателев A.C., Наседкина Т.В. Определение точечных мутаций гена NAT2 с помощью биологических микрочипов // Молекулярная биология. -2007. -Т. 41.- №4. -С. 1-9.

254. Красильников М.А., Жуков Н.В. Сигнальный путь mTOR: новая мишень терапии опухолей / М.А. Красильников, Н.В. Жуков // Современная Онкология. - 2010. - Т. 12. -№2.-С. 9-18.

255. Метод прямого переосаждения ДНК в мягких условиях // Центр коллективного пользования «Геном». - ФГБУ ИМБ РАН. - Доступно на http://www.genome-centre. ru/do wnlo ads/NH4 Ac_EtOH .pdf.

256. Митяева O.H., Наседкина Т.В., Жаринов B.C., Исаева Е.А., Турыгин А.Ю., Чупеева В.В., Крейндлин Э.Я., Мирзабеков А.Д. Анализ хромосомных транслокаций с участием гена MLL методом гибридизации с олигонуклеотидными микрочипами // Молекулярная биология. - 2004. - Т. 38. - № 3. - С. 449-456.

257. Низамутдинов И.И., Андреева Т.В., Степанов В.А., Марусин A.B., Рогаев Е.И., Заседателев A.C., Наседкина Т.В. Биочип для выявления генетических маркеров риска развития спорадической формы болезни Альцгеймера у славянского населения России // Молекулярная биология. - 2013. - Т. 47(6). - С. 949-958.

258. Носов Д.А. Ингибиторы рецепта эпидермального фактора роста // Материалы V российской онкологической конференции. - 2001. - С. 13-17.

259. Усачева М.А., Наседкина Т.В., Иконникова А.Ю., Куликов A.B., Чудинов A.B., Лысов Ю.П., Бондаренко Е.В.б Сломинский П.А., Шамалов H.A., Шетова И.М., Лимборская С.А., Заседателев A.C., Скворцова В.И. Анализ ассоциации полиморфных маркеров геновренинангиотензиновой системы и системы гемостазас ишемическим инсультом среди русских центральной россии // Молекулярная биология. - 2012. - Т. 46. - № 2. - С. 214-223

260. Федорова O.E., Любченко Л.Н, Паяниди Ю.Г., Казубская Т.П., Амосенко Ф.А., — —Гарькавцева"Р.Ф:, Заседателев A.C.," Наседкина Т.ВТ Использование бйочипов при

изучении распространенных мутаций в генах BRCA1/2 и СНЕК2 у больных органоспецифическим раком яичников и первично-множественными

злокачественными новообразованиями с поражением яичников (российская популяция) //Молек. Биология. - 2007. - Т. 41. - № 1. - С. 37-42.

261. Чечеткин В.Р., Прокопенко Д.В., Макаров A.A., Заседателев A.C. Биочипы для медицинской диагностики // Российские нанотехнологии. - 2006. - Т. 1. - № 1-2. -С. 13-27.