Анализ полиморфизма неструктурных областей генома варианта ВИЧ-1, доминирующего в России тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Лаповок, Илья Андреевич

• Лаповок, Илья Андреевич
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Лаповок, Илья Андреевич

Введение.

Обзор литературы.

1. Открытие вируса иммунодефицита человека первого типа.

2. Строение вириона ВИЧ-1.

3. Организация генома ВИЧ-1.

3.1. Структура и функции ЬТЯ провирусной ДНК ВИЧ-1.

3.1.1. Структура и функции из-региона 5'-ЬТК провирусной ДНК.

3.1.2. Структура и функции Я-региона 5'-ЬТК провирусной ДНК.

3.1.3. Структура и функции Ш-региона 5'-1ЛИ провирусной ДНК.

3.2. Структура области вирусной РНК, предшествующей £а£-стартовому ко дону.

3.2.1. Вторичная структура и функции шпильки БК (БЫ) РНК ВИЧ-1.

3.2.2. Вторичная структура и функции шпильки ББ (8Ь2) РНК ВИЧ-1.

3.2.3. Вторичная структура и функции шпильки у (БЬЗ) РНК ВИЧ-1.

3.2.4. Шпилька БЬ4.

3.2.5. Ш-АШ-дуплекс.

3.2.6. Структура областей между шпильками.

3.2.7. Пространственная структура и упаковка геномной РНК ВИЧ-1.

3.3. Структурные гены ВИЧ-1.

3.3.1. Ген

3.3.2. Генро1.

3.3.3. Ген ет.

3.4. Гены и основные функции регуляторных и вспомогательных белков.

3.4.1. Строение Ург.

3.4.2. Положение и синтез Ург.

3.4.3. Функции Ург.

3.4.3.1. Влияние на точность обратной транскрипции.

3.4.3.2. Ург и импорт в ядро преинтеграционного комплекса.

3.4.3.3. Ург и клеточный цикл.

3.4.3.4. Разрушение двунитевой ДНК.

3.4.3.5. Ург и апоптоз.

3.4.3.6. Роль Ург в усилении 1ЛИ-направленной транскрипции.

4. Этапы ВИЧ-инфекции.

4.1. Ранняя и текущая инфекция.

4.1. Дифференциальная диагностика ранней и текущей инфекции.

5. Анализ полиморфизма ВИЧ-1 как инструмент эпидемиологического мониторинга „

5.1. Деление вируса на подтипы.

5.3. Природа изменчивости ВИЧ-1.

5.2. Полиморфизм вируса.

6. Молекулярный мониторинг ВИЧ-инфекции в России.

6.1. Эпидемия ВИЧ-инфекции в России.

6.2. Подтипы ВИЧ-1, обнаруживаемые в России.

7. Генная терапия ВИЧ-инфекции.

7.1. Терапии, базирующиеся на применении нуклеиновых кислот.

7.2. Терапия, базирующаяся на белках.

Экспериментальная часть.

1. Материалы и методы.

1.1. Объект исследования.

1.2. Сбор эпидемиологических данных.

1.3. Методы дифференциального анализа ранней и текущей инфекции.

1.3.1. Чувствительный/низкочувствительный иммуноферментный анализ (S/LS ELISA)

1.3.2. Иммуноферментный анализ с использованием хаотропного агента.

1.3.3. ИФА с использованием иммунодоминантного эпитопа gp41 (ИДЭ

§р41).

1.3.4. Изотип-специфический Western blot.

1.4. Метод получения «грубых» лизатов мононуклеарных клеток периферической крови

1.5. Анализ электрофоретической подвижности молекул в агарозном геле.

1.6. Применение метода гнездовой ПЦР для получения. ампликонов исследуемых областей ДНК.

1.6.1. Амплификация нуклеотидных последовательностей области 5-LTR.

1.6.2. Амплификация нуклеотидных последовательностей области,. предшествующей gag - стартовому ко дону.

1.6.3. Амплификация области гена vpr.

1.7. Метод очистки ДНК из геля методом Jetquick.

1.8. Секвенирование и анализ нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК.

2. Результаты.

2.1. Сравнительный анализ лабораторных методов дифференциальной диагностики ранней ВИЧ-инфекции.

2.1.1. Чувствительный/низкочувствительный ИФА.

2.1.2. ИФА с использованием 8М мочевины.

2.1.3. ИФА с использованием иммунодоминантного эпитопа gp41.

2.1.4. Изотип-специфический Western blot.

2.2. Анализ области 5-LTRпровирусной ДНК варианта IDU-A ВИЧ-1, доминирующего на территории России.

2.2.1. Филогенетический анализ области 5'-LTR.

2.2.2. Анализ области U3.

2.2.3. Анализ области R.

2.2.4. Анализ области U5.

2.3. Анализ области вирусной РНК, предшествующей gag-стартовому кодону варианта IDU-A ВИЧ-1.

2.4. Анализ области гена vpr варианта IDU-A ВИЧ-1.

2.4.1. Филогенетический анализ области гена vpr.

2.4.2. Анализ мутаций в структуре гена vpr.

Обсуждение.

Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Анализ полиморфизма неструктурных областей генома варианта ВИЧ-1, доминирующего в России»

Актуальность проблемы. С момента открытия в 1983 г. вируса иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ-1) он является предметом пристального изучения [Бобков и др., 2003]. В связи с ростом эпидемии ВИЧ-инфекции, в том числе и в России, вопрос о разработке эффективных средств борьбы с заболеванием становится все более острым. Главными препятствиями в этой борьбе служат выраженный токсический эффект существующих препаратов и явление лекарственной устойчивости вируса к ним. Для преодоления этих проблем постоянно проводится поиск новых лекарственных препаратов, воздействующих на различные этапы жизненного цикла вируса. В качестве объектов воздействия будущей антиретровирусной терапии рассматриваются, в частности, регуляторные и вспомогательные белки ВИЧ-1. Другим многообещающим подходом может стать генная терапия ВИЧ-инфекции, непосредственной мишенью которой являются нуклеотидные последовательности генома вируса, и среди них — нетранслируемые области генома, необходимые для осуществления его жизненного цикла.

Для разработки средств воздействия на белки и гены вируса необходимы детальные сведения об их структуре, которая у ВИЧ-1 отличается высокой степенью изменчивости. Анализ структуры генома полиморфных вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в разных регионах мира, проводится постоянно, результатом чего стало создание обширных баз данных нуклеотидных последовательностей основных, в первую очередь структурных, генов вируса.

Среди областей генома ВИЧ-1, полиморфизм которых пока изучен недостаточно, можно выделить регион длинных концевых повторов (LTR, long terminal repeat) провируса. Этот регион содержит большое количество сайтов связывания для специализированных клеточных и вирусных факторов транскрипции [Pereira et al, 2000; Van Opijnen et al, 2004] и необходим для инициации вирусной транскрипции, а также вовлечен в процесс обратной транскрипции и интеграции [Ramirez de Arellano et al, 2006], являясь, таким образом, контрольным центром генетической экспрессии ВИЧ-1. Несмотря на высокую консервативность этой области, описано явление полиморфизма LTR среди различных вариантов и подтипов ВИЧ-1 [Estable et al, 1996].

Решающую роль в процессе специфической упаковки геномной РНК в нарождающиеся вирусные частицы играет регион, предшествующий gag-стартовому кодону РНК вируса, в составе которого выделяют три шпилечные структуры - DIS, SD и Y, играющие важнейшую роль в процессе созревания вирионов и упаковки РНК в геноме вновь формирующихся вирусных частиц. В составе вирусной РНК эти регионы, имеющие 5 специфическую вторичную структуру, образуют домены, отвечающие за процесс инициации димеризации двух цепей РНК, образования квадруплексов, стабилизирующих димеры, и упаковки генома ВИЧ-1 непосредственно в вирионы. Показано, что полиморфизм этой области может оказывать влияние на скорость репродукции вируса и, в конечном счете, на прогрессию ВИЧ-инфекции.

Значительным влиянием на различные этапы жизненного цикла ВИЧ-1 обладает вспомогательный вирусный белок Vpr (viral protein R) [Le Rouzic et al, 2005]. Этот белок оказывает свое влияние на процессы обратной транскрипции, интеграции провируса, транскрипции вирусных генов, а также на жизненный цикл клетки и процесс апоптоза. В литературе имеется описание некоторых мутаций гена vpr, влияющих на многообразные активности белка Vpr.

Несмотря на существование полиморфизма области 5'-LTR, региона РНК, предшествующего gag-стартовому ко дону, и гена vpr ВИЧ-1, данные литературы свидетельствуют о том, что они достаточно консервативны в условиях естественного развития инфекции, а значит, могут быть использованы для создания новых средств антиретровирусной терапии.

Цель и задачи исследования. Определение степени изменчивости региона 5'-LTR, области, предшествующей gag-стартовому кодону, а также гена vpr для варианта IDU-A подтипа А ВИЧ-1, доминирующего в России, и научное обоснование возможности использования этих областей генома в качестве мишеней для молекулярного мониторинга эпидемии ВИЧ-инфекции и для разработки новых методов лечения ВИЧ-инфекции.

Для достижения поставленной цели было необходимо решить следующие задачи:

1. Проанализировать нуклеотидные последовательности ДНК области 5'-LTR, нетранслируемой области перед gag-стартовым кодоном и области гена vpr в образцах варианта IDU-A подтипа А ВИЧ-1, выделенных в разных регионах России в период с 1996 по 2004 годы.

2. Провести филогенетический анализ и определить степень генетической изменчивости исследуемых областей варианта IDU-A подтипа А ВИЧ-1 в динамике эпидемии ВИЧ-инфекции в различных регионах России.

3. Оценить потенциальное влияние выявленных мутаций на эффективность репродукции вируса и прогрессию ВИЧ-инфекции.

4. Разработать алгоритм дифференциальной диагностики ранней и текущей ВИЧ-инфекции на основе серологических методов.

5. Провести сравнение исследуемых областей ВИЧ-1 в группах пациентов, находящихся на ранней и последующих стадиях ВИЧ-инфекции.

Научная новизна и практическая значимость работы. Продемонстрирован низкий уровень изменчивости области 5'-LTR, области шпилек DIS, SD и ц/ и гена vpr варианта IDU-A ВИЧ-1, доминирующего на территории России. Анализированные нуклеотидные последовательности ВИЧ-1 депонированы в GenBank под номерами: EU938080-EU938124 для области 5'-LTR (45 образцов), FJ437007 - FJ437028 и FJ503049-FJ503059 - для области шпилек DIS, SD и у (33 образца), FJ490707 - FJ490751 ~ для гена vpr (45 образцов).

Показано, что в структуре 5'-LTR провирусной ДНК имеются участки, специфические для российского варианта ВИЧ-1 подтипа А. Данные результаты свидетельствуют о том, что область LTR варианта подтипа А ВИЧ-1, доминирующего в России, является характерной для данного подтипа, и анализ этого региона может быть использован для генотипирования наряду с анализом структурных генов gag и env. В частности, показано, что для всех образцов варианта IDU-A ВИЧ-1, выделенных от не употреблявших антиретровирусную терапию людей, характерно наличие вставки в области так называемых «наиболее часто встречающихся длинных полиморфизмов» (MFNLP) в положении -118 внутри региона NF-kB-сайтов LTR, достаточно часто встречающейся среди штаммов ВИЧ-1 подтипов А, С, D, F, H и J по сравнению с подтипом В [Estable et al, 1996; Ramirez de Arellano et al, 2006]. В большинстве (43 из 45) исследованных образцов вставка размером в 12 нуклеотидов имела дополнительный сайт RBE III, связывающий фактор RBF-2, что потенциально способно оказывать отрицательный эффект на репликацию вируса в клетках [Estable et al, 2007; Ramirez de Arellano et al, 2006].

В составе концевой петли шпильки DIS абсолютного большинства всех российских образцов (91%) обнаружен палиндром AG[GUGCAC]A, характерный для подтипа А ВИЧ-1 [Zarudnaya et al, 2006]. Единичные замены в составе концевой петли, обнаруженные у трех образцов, по всей вероятности, не оказывают значительного влияния на процесс димеризации и упаковки вирусной РНК. Также у двух из 33-х образцов выявлены мутации в 5-м положении шпильки SD, что потенциально может быть связано с ускоренным прогрессированием инфекции [Fang et al, 2001]. Высокий уровень полиморфизма характерен для промежутка между шпильками SD и v|/, однако различия в этой области не способны оказать серьезного влияния на вторичную структуру шпилек.

Низкий уровень изменчивости области гена vpr вариантов ВИЧ-1 IDU-A делает его привлекательной целью для антиретровирусной терапии. В структуре гена vpr изученных образцов не было обнаружено мутаций, связь которых с изменением активностей белка Vpr доказана, при этом были отмечены некоторые характерные для российского варианта

ВИЧ-1 подтипа А особенности, которые могут служить дополнительным инструментом в изучении молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции на территории России и потенциально способны влиять на функции белка. Так, обнаружена значительная вариабельность в 89-м аминокислотном положении Ург. Также была выявлена вариабельность в 73-м и 80-м положении, а в одном образце обнаружена замена 16IV. Мутации в последних трех положениях могут оказывать влияние на проалоптозную активность Ург, ослабляя ее и тем самым, замедляя патогенез инфекции [Ьиш е! а1, 2003; Лап е1 а1, 2003]. Кроме того, в ряде образцов имелись замены в положениях 25 и 63, критических для способности белка проникать в ядро клетки и накапливаться там [ТеПг1еп а1,1998; Моге11е1 е1 а1, 2003]; в трех образцах обнаружены делеции.

В целом, результаты работы могут служить научным обоснованием для использования областей 5'-ЬТЯ, 5'-11ТК и гена хрг в качестве мишеней при разработке новых методов лечения ВИЧ-инфекции, включая генную терапию, и новых средств мониторинга ВИЧ-1 с дальнейшим внедрением их в клиническую и эпидемиологическую практику.

Положения, выносимые на защиту.

1. Анализ нуклеотидных последовательностей региона 5'-ЬТ11, области, предшествующей £Я£-стартовому кодону, и гена ург доминирующего в России варианта ГОи-А ВИЧ-1 подтверждает его принадлежность к подтипу А вируса.

2. Строение и количество сайтов связывания №-кВ и 8р1, а также структура ТАТАА-бокса в составе 5'-ЬТК ГОи-А являются типичными для всех вариантов подтипа А ВИЧ-1.

3. Характерной особенностью варианта ГОИ-А ВИЧ-1 является наличие области МРЫЬР размером 12 нуклеотидов, содержащей дополнительный сайт связывания для фактора 11ВР-2, в составе Ш региона ЬТ11.

4. Вторичная структура участков, наиболее важных для репликации вируса, в составе региона, предшествующего £а£-стартовому кодону вирусной РНК, характерна для подтипа А.

5. Мутации, ассоциированные, по данным литературы, с изменениями активностей белка Ург, в составе варианта Ш11-А ВИЧ-1 отсутствуют.

6. Разработан иммуноферментный метод дифференциальной диагностики ранней и текущей ВИЧ-инфекции.

7. Отсутствие ассоциации между сроком инфекции и структурой исследованных областей генома ВИЧ-1 позволяет рекомендовать их для молекулярного мониторинга эпидемии ВИЧ-инфекции.

Обзор литературы

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Лаповок, Илья Андреевич

Выводы

1. Результаты анализа последовательностей 5'-LTR и гена vpr варианта IDU-A ВИЧ-1, доминирующего в ходе эпидемии ВИЧ-инфекции в России, указывают на принадлежность этого варианта к подтипу А вируса.

2. Типичными для всех вариантов подтипа А являются наличие в составе 5-LTRIDU-A ВИЧ-1 двух сайтов связывания для фактора NF-kB, структура ТАТАА-бокса и сайтов Spl.

3. Отличительной особенностью 5'-LTR российского варианта IDU-A ВИЧ-1 является вставка в 12 п.н. в области MFNLP, имеющая дополнительный сайт связывания для фактора RBF-2, способного уменьшать репликативные способности вируса.

4. В большинстве исследованных образцов варианта IDU-A ВИЧ-1 вторичная структура концевой петли шпильки DIS, шпилек TAR, SD и у, последовательности AUG и структур, образующих квадруплексы при димеризации РНК, также характерны для подтипа А ВИЧ-1 и не оказывают влияния на репликативные свойства вируса.

5. В структуре гена vpr российского варианта IDU-A ВИЧ-1 не выявлены мутации, по данным литературы ассоциированные с изменениями активностей белка Vpr.

6. Разработана методология дифференциальной диагностики ранней и текущей ВИЧ-инфекции на основе ИФА, которая может быть использована в эпидемиологической практике.

7. Консервативность 5'-LTR, области, предшествующей ¿^-стартовому кодону, и гена vpr IDU-A ВИЧ-1 и отсутствие ассоциации со сроком инфекции позволяют рекомендовать эти области генома для молекулярного мониторинга эпидемии ВИЧ-инфекции.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Лаповок, Илья Андреевич, 2009 год

1. Агол В.И., Богданов A.A., Гвоздев В.А. и др. Молекулярная биология: Структура и биосинтез нуклеиновых кислот (учеб. для биол. спец. Вузов) // М.: Высш. шк. 1990. - с. 308-315.

2. Бобков А.Ф., Казенова Е.В., Селимова JIM. и др. Нуклеотидные последовательности генов и изолятов вируса иммунодефицита человека типа 1, выявленных в России: обнаружение новых рекомбинантных вариантов // Вопр. вирусол. -2000. -№6. С. 17-20.

3. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р. и др. Молекулярно-генетическая характеристика ВИЧ-1 на территории России // Вестник РАМН. 2002. - №8. — С.40-42.

4. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., и др. Молекулярно-вирусологические особенности эпидемии ВИЧ-инфекции в России и других странах СНГ // Вестник РАМН. 2003. - № 12. - С. 83-85.

5. Бобков А.Ф., Покровский В.В. Терапевтические ВИЧ-вакцины // М., 2001 С. 10-15.

6. Бобков А.Ф., Покровский В.В., Селимова Л.М. и др. Генетическая характеристика вариантов вируса иммунодефицита человека первого типа, вызвавших эпидемию среди наркоманов в странах СНГ// Вопр. Вирусол. -1998. -№43. -С.253-256.

7. Бобкова М. Р. Иммунитет и ВИЧ-инфекция (популярные лекции). М.: Олимпия Пресс. 240 е., ил, 2006.

8. Бобкова М.Р., Казеннова Е.В., Лаповок И.А. Методологические основы раннего выявления ВИЧ-инфекции (методические рекомендации) // М., 2005 — С. 3-23.

9. Бобкова М.Р., Лаповок И.А. Лабораторные методы дифференциальной диагностики острой, ранней и текущей ВИЧ-инфекции (лекция) // Клин. лаб. диагн. 2007. - Т. 12. - С. 25 - 56.

10. Зарудная М.И., Потягайло А.Л., Говорун Д.Н. Структурная модель области димеризации генома вируса иммунодифецита человека HIV-1 // Biopolimery i kletka. -2003. Т. 19, N. l.-P. 37-42.

11. Казеннова E.B. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов вируса иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1), циркулирующих в России, 19872003 г. Автореф. диссертации докт. биол. наук. М., 2005. 52 с.

12. Казеннова Е.В., Бобков А.Ф. Подтипы вируса иммунодефицита человека 1 типа: классификация, происхождение и распространение в Европе // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. — 2003. №1. - С.90-96.

13. Казеннова Е.В., Бобков А.Ф., Селимова JIM. и др. Анализ субтипов гена gag вариантов ВИЧ-1, выделенных в России, методом сравнительной оценки электрофоретической подвижности гетеродуплексов // Вопр. Вирусол. 2001. -Т.46. - С.12-16.

14. Ладная Н. Н., Покровский В. В., Бобков А. Ф. и др. Распространение субтипов ВИЧ-1 в России // Эпидемиол. и инфекц. бол. — 1998. —№ 5. — С. 19—23.

15. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М.: Мир. 480 е., ил., 1984.

16. Научная деятельность ВОЗ. Вирус иммунодефицита человека// Бюллетень ВОЗ.1986,- Т.64, № I.-C.8-9.

17. Покровский В.В., Бобков А.Ф., Ладная П.Н. и др. Эпидемиологическая ситуация инфекции, вызываемая вирусом иммунодефицита человека, в России в 1991-1995 годах // Эпидемиол. и инфекц. бол. 1996. - №1. - С. 83-85 (а).

18. Покровский В.В., Ермак Т.Н., Беляева В.В., Юрин О.Г. ВИЧ-инфекция: клиника, диагностика и лечение. Под общ. ред. В.В. Покровского. — 2-е изд., испр. и доп. — М.: ГЭОТАР-МЕД, 2003. —488 е.: 73 ил.

19. Покровский В.В., Ладная H.H., Соколова Е.В., Буравцова Е.В. ВИЧ-инфекция // Информационный бюллетень. 2004. - № 26. - 36 с.

20. Покровский В.В., Савченко И.Г., Ладная P.P. и др. ВИЧ инфекция.// Информационный бюллетень. — 1997. №8. - 19 с.

21. Покровский В.В., Янкина З.К. Эпидемиологическое расследование первого случая СПИД, выявленного у гражданина СССР// Журнал микробиологии.1987.- №12.- С.8-11.

22. Суханова А. Л., Казеннова Е. В., Рудинский Н. И. и др. Генетическая изменчивость области, кодирующей протеазу, у изолятов ВИЧ-1 подтипа А ирекомбинантов CRF03AB на территории СНГ // Вопр. вирусол. 2004. — № 6. — С. 4-9 (а).

23. Суханова A.JL, Казеннова Е.В., Бобкова М.Р. и др. Варианты вируса иммунодефицита человека типа 1, обнаруживаемые в России среди инфицированных половым путем // Вопр. вирусол. 2004. - № 49. - С. 4-7 (Ь).

24. Суханова A.JL, Бобков А.Ф. Генетическое тестирование лекарственной устойчивости при ВИЧ-инфекции: проблемы и перспективы // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2004. —N. 4. - С. 54-57 (с).

25. Филдс Б.Н., Найп Д.М., Мэрфи Ф.А. и др. Вирусология (в 3-х томах) // М.: Мир. -1989.-Т. 1. — с. 442-459.

26. Хаитов P.M., Игнатьева Г.А. Спид. М.: Народная академия культуры и общечеловеческих ценностей, 354 е., ил, 1992.

27. Abbink Т.Е., Berkhout В. A Novel Long Distance Base-pairing Interaction in Human Immunodeficiency Virus Type 1 RNA Occludes the Gag Start Codon // J. Biol. Chem. -2003. Vol. 278, N. 13-P. 11601-11611.

28. Adelson M.E., Martinand-Mari C., Iacono K.T. et al. Suhadolnik Inhibition of human immunodeficiency virus (HIV-1) replication in SupTl cells transduced with an HIV-1 LTR-driven PKR cDNA construct // Eur. J. Biochem. 1999. - Vol. 264. - P. 806815.

29. Aiken C, Konner J, Landau NR, et al. Nef induces CD4 endocytosis: Requirement for a critical dileucine motif in the membrane-proximal CD4 cytoplasmic domain// Cell -1994.-Vol.76.-P.853-864.

30. Andang M., Hinkula J., Hotchkiss G., et al. Dose-response resistance to HIV-l/MuLV pseudotype virus ex vivo in a hairpin ribozyme transgenic mouse model // Proc Natl Acad Sci USA.- 1999. Vol. 96, N. 22. - P. 12749-12753.

31. Asante-Appiah E., Skalsa M. Molecular mechanisms in retrovirus DNA integration// Antiviral Res. -1997.-Vol.36. -P.139-156.

32. Ashorn P, McQuade TJ, Thaisrivongs S, et al. An inhibitor of the protease blocks maturation of human and simian immunodeficiency viruses and spread of infection// Proc Natl Acad Sci USA -1990. Vol.87. -P.7472-7476.

33. Bannwarth S. and Gatignol A. HIV-1 TAR RNA: The target of molecular interaction between the virus and its host // Curr. HIV Res. 2005. - Vol. 3. - P. 61-71.

34. Barbeau B., Robichaud G. A., Fortin J.-F., and Tremblay M.J. Negative regulation of the NFAT1 factor by CD45: implication in HIV-1 long terminal repeat activation // J. Immunol.-2001. Vol. 167. - P. 2700-2713.

35. Barin F., Meyer L., R. Lancar et al. Development and Validation of an Immunoassay for Identification of Recent Human Immunodeficiency Virus Type 1 Infections and Its Use on Dried serum Spots // J Clin Microbiol. 2005. - Vol. 43, N. 9 - P. 4441-4447.

36. Barre-Sinoussi F., Cherman J.C., Rey F. et al. Isolation of T-lymphotrofic retrovirus from patient at risk to AIDS // Science. 1983. - Vol. 220. - P.868-871.

37. Beer B., Bailes E., Sharp P. et al. Diversity and evolution of primate lentiviruses. In HIV Sequence Compendium 2000, Los Alamos: Los Alamos National Laboratory.

38. Berkhout B. and wan Wamel J.L.B. Role of the DIS hairpin in replication of human immunodeficiency virus type 1 // J. Virol. 1996. - Vol. 70, N. 10. - P. 6723 - 6732.

39. Berkhout B. and van Wamel J.L.B. The leader of the HIV-1 RNA genome forms a compactly folded tertiary structure // RNA. 2000. - Vol. 6, N. 2. - P. 282-295.

40. Bernacchi S., Ennifar E., Toth K., et al. Mechanism of hairpin-duplex conversion for the HIV-1 dimerization initiation site // J. Biol. Chem. 2005. Vol. 280, N. 48 - P. 40112-40121.

41. Bobkov A. F., Kazennova E. V., Selimova L. M. et al. Temporal trends in the HIV-1 epidemic in Russia: predominance of subtype A // J. Med. Virol. — 2004. — Vol. 74, N. 2.-P. 191-196.

42. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Garaev M., et al. Identification of an env G subtype and heterogeneity of HIV-1 strains in the Russian Federation and Belarus // AIDS. 1994. Vol. 8, N. 12. - P. - 1649-1655.

43. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Selimiva L. et al. An HIV type 1 epidemic among injecting drug users in the former Soviet Union caused by a homogeneous subtype A strain // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1997. - Vol.13. - P.l 195-1201.

44. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Selimova L. et al. Genetic heterogeneity of HIV-1 type 1 in Russia: identification of H variants and relationship with epidemiological data// AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1996. - Vol.12. - P.1687-1690.

45. Bobkova M., Kazennova E., Selimova L. et al. Serological approaches to subtyping of HIV-1 in injecting drug users in Russia: evidence of subtype homogeneity at the main sites of the epidemic // Int. J. STD&AIDS. 2001. -Vol.12. - P.34-40.

46. Bourbigot S., Beltz H., Denis J. et al. The C-terminal domain of the HIV-1 regulatory protein Vpr adopts an antiparallel dimeric structure in solution via its leucine-zipper-like domain // J. Biochem. 2005. Vol. 387. - P. 333-341.

47. Bruns K., Fossen T., Wray V., et al. Structural characterization of the HIV-1 Vpr N terminus: evidence of cis/trans-proline isomerism // J. Biol. Chem. 2003. Vol. 278, N. 44.-P. 43188-43201.

48. Bryant M, Ratner L. Myristoylation-dependent replication and assembly of human immunodeficiency virus 1// Proc Natl Acad Sei USA -1990. Vol. 87. -P.523-527

49. Burchell A.N., Calzavara L., Ramuscak N. et al. Symptomatic primary HIV infection or risk experiences? Circumstances surrounding HIV testing and diagnosis among recent seroconverters // Int J STD AIDS. 2003. - Vol. 14. - P. 601-608.

50. Bushman FD, Fujiwara T, Craigie R. Retroviral DNA integration directed by HIV integration protein in vitro// Science -1990. Vol. 249. -P. 1555-1558.

51. Capon DJ, Ward RH. The CD4-gpl20 interaction and AIDS pathogenesis// Annu Rev Immunol -1991. Vol.9. -P.:649-678.

52. Chowdhury I.H., Wang X.-F., Landau N.R., et al. HIV-1 Vpr activates cell cycle inhibitor p21/Wafl/Cipl: a potential mechanism of G2/M cell cycle arrest // Virology.- 2003. Vol. 305. - P. 371-377.

53. Clavel F., Guetard F., Brun-Vezinet S., et al. Isolation of a new human retrovirus from West African patients with AIDS// Science. -1986. Vol.233. -P.343-346.

54. Clever J., Sassetti C., and Parslow T.G. RNA secondary structure and binding sites for gag gene products in the 5' packaging signal of human immunodeficiency virus type 1 // J. Virol. 1995. - Vol. 69, N. 4. - P. 2101 - 2109.

55. Cohen EA, Dehni G, Sodroski JG, et al. Human immunodeficiency virus vpr product is a virion-associated regulatory protein// J Virol -1990. Vol. 64. -P.3097-3099.

56. Constantine N.T., Sill A.M., Jack N. Improved Classification of Recent HIV-1 Infection by Employing a Two-Stage Sensitive/Less-Sensitive Test Strategy // AIDS. -2003.-Vol. 32-P. 94-103.

57. Cosa G., Harbron E.J., Zeng Y., et al. Secondary structure and secondary structure dynamics of DNA hairpins complexed with HIV-1 NC protein // Biophys J. — 2004. -Vol. 87, N. 4.-P. 2759-2767.

58. Darlix JL., Gabus C., Nugeyre M., et al. Cis elements and trans-acting factors involved in the RNA dimerization of the human immunodeficiency virus HIV-l//J.Mol.Biol.-1990. Vol.216. - P.689-699.

59. Estable M. C. In search of a function for the most frequent naturally-occurring length polymorphism (MFNLP) of the HIV-1 LTR: Retaining functional coupling, of Nef and RBF-2, at RBEIII? // Int. J. Biol. Sci. 2007. - Vol. 3, N. 5. - P. 318-327.

60. Fang G., Burger H., Chappey C., et al. Analysis of transition from long-term nonprogressive to progressive infection identifies sequences that may attenuate HIV type 1 //AIDS Res. Hum. Retroviruses.-2001.-Vol. 17,N. 15.-P. 1395-1404.

61. Feilzien L.K., Woffendin C., Hottiger M.O., et al. HIV transcriptional activation by the accessory protein, VPR, is mediated by the p300 co-activator // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. - Vol. 95. - P. 5281-5286.

62. Feng S, Holland EC. HIV-1 tat trans-activation requires the loop sequence within tar// Nature -1988. Vol.334. -P.165-167.

63. Fischer U„ Pollard V. W., Luhrmann R., et al. Rev-mediated nuclear export of RNA is dominant over nuclear retention and is coupled to the Ran-GTPase cycle // Nucleic Acids Res. 1999. - Vol. 27, N. 21. - P. 4128-4134.

64. Franke EK, Luban J. Inhibition of HIV-1 replication by cyclosporine A or related compounds correlates with the ability to disrupt the Gag-cyclophilin A interaction// Virology -1996. Vol. 222. -P.279-282.

65. Franke EK, Yuan HE, Luban J. Specific incorporation of cyclophilin A into HIV-1 virions//Nature -1994. Vol. .372. -P.359-362.

66. Gallay P, Swingler S, Song J, et al. HIV nuclear import is governed by the phosphotyrosine-mediated binding of matrix to the core domain of integrase // Cell. — 1995. Vol. 83, N. 4. - P. 569-576.

67. Gallo R.C. Frequent detection and isolation of cytopathic retroviruses (HTLV-III) from patient with AIDS and at risk for AIDS// Science. -1984. Vol.224. -P.500-503.

68. Gao F., Vidal N., Li Y., et al. Evidence of two distinct subsubtypes within the HIV-1 subtype A radiation// AIDS Res Hum Retroviruses. -2001. -Vol. 17. -P.675-688.

69. Gelderblom H.R. Assembly and morphology of HIV: potential effect of structure on viral function // AIDS. 1991. Vol. 5, N. 6. - P. 617-637.

70. Genesca J., Shih J.W., Jett B.W. et al. What do Western blot indeterminate patterns for human immunodeficiency virus mean in EIA-negative blood donors? // Lancet. -1989.-Vol. 28, N.2-P. 1023-1025.

71. Hamm T., Rekosh D., Hammarskjold M. Selection and characterisation of Human immunodeficiency virus type 1 mutants tha are resistant to inhibition by the transdominant negative RevMlO protein// J.Virol. -1999. -Vol.73. -P.5741-5747.

72. Hamy F., Felder E. R., Heizmann G. et al. An inhibitor of the Tat/TAR RNA interaction that effectively suppresses HIV-1 replication // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. - Vol. 94. - P. 3548-3553.

73. Harrich D, Ulich C, Gaynor RB. A critical role for the TAR element in promoting efficient human immunodeficiency virus type 1 reverse transcription// J Virol -1996. — Vol.70.-P.4017-4127.

74. Harrison G.P, Lever A.M. The human immunodeficiency virus type 1 packaging signal and major splice donor region have a conserved stable secondary structure// J Virol -1992. Vol.66. -P.4144-4153.

75. He J., Choe S., Walker R., et al. Human immunodeficiency virus type 1 viral protein R (Vpr) arrests cells in the G2 phase of the cell cycle by inhibiting p34cdc2 activity // J. Virol. 1995. - Vol. 69, N. 11. - P. 6705-6711.

76. Heinzinger NK, Bukinsky MI, Haggerty SA, et al. The Vpr protein of human immunodeficiency virus type 1 influences nuclear localization of viral nucleic acids in nondividing host cells// Proc Natl Acad Sei USA -1994. Vol.91. -P.7311-7315.

77. Helga-Maria C., Hammarskjold M., Rekosh D. An intact TAR element and cytoplasmic localisation are necessary for efficient packing of human immunodeficiency virus type 1 genomic RNA// J.Virol.-1999. Vol.73.- P.4127-4135.

78. Hofinan B., Hasetline W.A. Molecular biology of the AIDS virus: ten years of discovery hope for the future// Science Challenging AIDS, Basel, Karger. -1992 -Vol .1. -P.71-106.

79. Hope TJ, McDonald D, Huang XJ, et al. Mutational analysis of the human immunodeficiency virus type 1 Rev transactivator: Essential residues near the amino terminus// J Virol -1990. Vol.64. -P.5360-5366.

80. Huang L., Bosch I., HofmannW., et al. Tat protein induces human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) coreceptors and promotes infection with both macrophage-tropic and T-lymphotropic HIV-1 strain// J.Virol. -1998. -Vol.72. -P.8952-8960.

81. Jacks T, Power MD, Masiarz FR, et al. Characterization of ribosomal frameshifting in HIV-1 Gag-Pol expression//Nature -1988. Vol.331. -P.280-283.

82. Jeeninga R. E., Hoogenkamp M., Armand-Ugon M. et al. Functional differences between the long terminal repeat transcriptional promoters of human immunodeficiency virus type 1 subtypes A through G // J. Virol. 2000. - Vol. 74, N. 8.-P. 3740-3751.

83. Jian H. and Zhao L.-J. Pro-apoptotic activity of HIV-1 auxiliary regulatory protein Vpr is subtype-dependent and potently enhanced by nonconservative changes of theleucine residue at position 64 // J. Biol. Chem. 2003. Vol. 278, N. 45. - P. 4432644330.

84. Jowett J.B.M., Planelles V., Poon B., et al. The human immunodeficiency virus type 1 vpr gene arrests infected T cells in the G2 + M phase of the cell cycle // J. Virol. — 1995.-Vol. 69, N. 10.-P. 6304-6313.

85. Kichler A., Pages J.-C., Leborgne C., et al. Efficient DNA transfection mediated by the C-terminal domain of human immunodeficiency virus type 1 viral protein R // // J. Virol. -2000. Vol. 74, N. 12. - P. 5424-5431.

86. Kim SY, Byrn R, Groopman J, et al. Temporal aspects of DNA and RNA synthesis during human immunodeficiency virus infection: Evidence for differential gene expression// J Virol -1989. Vol.63. -P.3708-3713.

87. Klimkait T, Strebel K, Hoggan MA, et al. The human immunodeficiency virus type 1-specific protein vpu is required for efficient virus maturation and release// J Virol -1990.-Vol.64.-P.621-629.

88. Kondo E., Mammano F., Cohen E., et al. The p6Gag domain of human immunodeficiency virus type 1 is sufficient for the incorporation of Vpr into heterologous viral particles//J.Virol.-1995. Vol.69. - P.2759-2764.

89. Krebs F. C., Hogan T. H., Quiterio S. et al. Lentiviral LTR-directed expression, sequence variation, and disease pathogenesis // HIV Database Rev. 2001. — P. 29-70.

90. Kumar S, Tamura K, and Nei M. Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), version 1.01. Institute of Molecular Evolutionary Genetics, Pennsylvania State University. University Park, Pennsylvania, 1993.

91. Lapadat-Tapolsky M, De Rocquigny H, Van Gent D, et al. Interactions between HIV-1 nucleocapsid protein and viral DNA may have important functions in the viral life cycle//Nucleic Acids Res -1993. Vol.21. -P.831-839.

92. Le Rouzic E. and Benichou S. The Vpr protein from HIV-1: distinct roles along the viral life cycle // Retrovirology. 2005. - Vol. 2, N. 11. - P. 1-14.

93. Leitner T., Korovina G., Marquina S. et al. Molecular epidemiology and MT-2 cell tropism of Russian HIV type I variants // AIDS Res. Hum. Retrovirus. — 1996. — Vol. 12.-P. 1595-1603.

94. Lever A.M.L. Gene therapy for HIV // Sex Transm Infect. 2001. - Vol. 77. - N. 2. -P. 93-96.

95. Levy J., Hoffman S., Kramer J., et al. Isolation of lymphocytopathic retroviruses from San Francisco patients with AIDS// Science. -1984. -Vol. 225. -P.840-842.

96. Lewis P, Hensel M, Emerman M. Human immunodeficiency virus infection of cells arrested in the cell cycle// EMBO J -1992. Vol.11. -P.3053-3058

97. Liitsola K., I. Tashkinova, T. Laukkanen et al. HIV-1 genetic subtype A/B recombinant strain causing an explosive epidemic in injecting drug users in Kaliningrad//AIDS. 1998.-Vol.12. - P.1907-1919.

98. Lu M., Blackow S., Kim P. A trimeric structural domain of the HIV-1 transmembrane glycoprotein//Nature Struct.Biol. -1995. Vol.2. -P.1075-1082.

99. Lu M., Ji H., Shen S. Subdomain folding and biological activity of the core structure from human ummunodeficiency virus type 1 gp41 amplications for viral membrane fusion//J.Virol. -1999. Vol.73. -P.4433-4438.

100. Lum J.J., Cohen O.J., Nie Z., et al. VprR77Q is associated with long-term nonprogressive HIV infection and impaired induction of apoptosis // J. Clin. Invest. — 2003.-Vol. 111.-P. 1547-1554.

101. Luria S, Chambers I, Berg P. Expression of the type 1 human immunodeficiency virus Nef protein in T cells prevents antigen receptor-mediated induction of interleukin 2 mRNA// Proc Natl Acad Sci USA -1991. Vol.88. -P.5326-5330.

102. Malim MH, Hauber J, Le SY, et al. The HIV-1 rev trans-activator acts through a structured target sequence to activate nuclear export of unspliced viral mRNA// Nature -1989.-Vol.338.-P.254-257.

103. Mancebo H. S. Y., Lee G., Flygare J. et al. P-TEFb kinase is required for HIV Tat transcriptional activation in vivo and in vitro // Genes Dev. 1997. - Vol. 11, N. 20. — P. 2633-2644.

104. Mansky L.M., Temin H.M. Lower in vivo mutation rate of human immunodeficiency virus type 1 than that predicted from the fidelity of purified reverse transcriptase // J. Virol. 1995. - Vol. 69, N.8. - P.5087-5094.

105. Marquet R., Paillart J.-C., Skripkin E., et al. Dimerization of human immunodeficiency virus type 1 RNA involves sequences located upstream of the splice donor site //Nucleic Acids Res. 1994. - Vol. 22, N. 2. - P. 145-151.

106. Masur H., Michelis M.A., Greene J.B. et al. An outbreak of community-acquired Pneumocystis carinii pneumonia: initial manifestation of cellular immune dysfunction//N. Eng. J. Med. -1981. Vol .305. -P. 1431-1438.

107. Mc Rae B., Lange J.A., Ascher M.S., et al. Immune response to HIV p24 core protein during the early phases of human immunodeficiency virus infection // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1991. - Vol.7, N. 8 - P. 637-643.

108. McGowan J.P., Shah S.S., Small C.B. et al. Relationship of serum immunoglobulin and IgG subclass levels to race, ethnicity and behavioral characteristics in HIV infection // Med Sei Monit. 2006. - Vol. 12, N.l - P. 11-16.

109. Miller MD, Warmerdam MT, Gaston I, et al. The human immunodeficiency virus-1 nef gene product: A positive factor for viral infection and replication in primary lymphocytes and macrophages// J Exp Med -1994. Vol.179. -P.101-113.

110. Miller R., Sarver N. HIV accessory proteins as therapeutic targets// Nat.Med. -1997. -Vol.3. -P.389-394.

111. Mindel A. and Tenant-Flowers M. ABC of AIDS: Natural history and management of early HIV infection // BMJ. 2001/ - Vol. 322. - P. 1290-1293.

112. Morellet N., Bouaziz S., Petitjean P. and Roques B. P. NMR structure of the HIV-1 regulatory protein Vpr // J. Mol. Biol. 2003. Vol. 327. - P. 215-227.

113. Morison L. The global epidemiology of HIV/ADIS // Br. Med. Bull. 2001. - Vol. 58.-P. 7-18.

114. Muesing MA, Smith DH, Cabradilla CD, et al. Nucleic acid structure and expression of the human AIDS/lymphadenopathy retrovirus// Nature. -1985. Vol. 313. -P.450-458.

115. Myers G. Tenth anniversary perspectives on AIDS. HIV: between past and future // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1994. - Vol. 10. -P. 1317-1324.

116. Naghavi M. H., Schwartz S., Sonnerborg A. and Vahlne A. Long terminal repeat promoter/enhancer activity of different subtypes of HIV type 1 // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1999. - Vol. 15, N. 14. - P. 1293-1303.

117. Nath A., Conant K., Chen P., et al. Transient exposure to HIV-1 Tat protein results in cytokine production in macrophages and astrocytes// J.Biol.Chem. -1999. Vol.274. -P.17098-17102.

118. Nielsen MH, Pedersen FS, Kjems J. Molecular strategies to inhibit HIV-1 replication // Retrovirology. 2005. Vol. 2, N. 10. - P. 1-20.

119. Ooms M., Huthoff H., Russell R., et al. A Riboswitch Regulates RNA Dimerization and Packaging in Human Immunodeficiency Virus Type 1 Virions // J. Virol. 2004. -Vol. 78,N. 19.-P. 10814-10819.

120. Parkin NT, Chamorro M, Varmus HE. Human immunodeficiency virus type 1 gag-pol frameshifting is dependent on mRNA secondary structure: Demonstration by expression in vivo// J Virol -1992. Vol.66. -P.5147-5151.

121. Patel C.A., Mukhtar M., and Pomerantz R.J. Human immunodeficiency virus type 1 Vpr induces apoptosis in human neuronal cells // J. Virol. 2000. - Vol. 74, N. 20. -P. 9717-9726.

122. Paxton W., Connor R.I., Landau N.R. Incorporation of Vpr into human immunodeficiency virus type 1 virions: requirement for the p6 region of gag and mutational analysis// J Virol. -1993. Vol.67. -P.7229-7237.

123. Pereira L. A., Bentley K., Peeters A. et al. A compilation of cellular transcription factor interactions with the HIV-1 LTR promoter // Nucleic Acids Res. 2000. - Vol. 28, N. 3. - P. 663-668.

124. Perkins N.D., Felzien L.K., Betts J.C., et al. Regulation of NF-kappaB by cyclin-dependent kinases associated with the p300 coactivator // Science. 1997. — Vol. 275, N. 5299. P - 523-527.

125. Piot P., Bartos M., Ghys P., et al. The global impact of HIV/AIDS// Nature. -2001. -Vol.410. -P.968-973.

126. Poon D., Li G., Aldovini A. Nucleocapsid and matrix protein contributions to selective human immunodeficiency virus type 1 genomic RNA packaging// J.Virol. -1998. -Vol.72. -P.1983-1993.

127. Poznansky M, Lever A, Bergeron L, et al. Gene transfer into human lymphocytes by a defective human immunodeficiency virus type 1 vector// J Virol 1991. - Vol.65. -P.532-536.

128. Ramirez de Arellano E., Soriano V. and Holguhn A. Genetic analysis of regulatory, promoter, and TAR regions of LTR sequences belonging to HIV type 1 non-B subtypes // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2005. - Vol. 21, N. 11. - P. 949-954.

129. Ramirez de Arellano E., Soriano V., Alcami J. and Holguin A. New findings on transcription regulation across different H1V-1 subtypes // AIDS Rev. 2006. - Vol. 8.-P. 9-16.

130. Rasola A., Gramaglia D., Baccaccio C., et al. Apoptosis enhancement by the HIV-1 Nef protein// J.Immunol. -2001. Vol.166. -P.81-88.

131. Re F., Braaten D., Franke E.K. and Luban J. Human immunodeficiency virus type 1 Vpr arrests the cell cycle in G2 by inhibiting the activation of p34cdc2-cyclin B // J. Virol.-1995.-Vol. 69, N. 11.-P. 6859-6864.

132. Refaeli Y., Levy D.N., and Weiner D.B. The glucocorticoid receptor type II complex is a target of the HIV-1 vpr gene product // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. - Vol. 92.-P. 3621-3625.

133. Reynolds L., Ullman C., Moore M. et al. Repression of the HIV-1 5' LTR promoter and inhibition of HIV-1 replication by using engineered zinc-finger transcription factors // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. - Vol. 100, N. 4. - P. 1615-1620.

134. Richter S., Ping Y.-H. and Rana T. M. TAR RNA loop: A scaffold for the assembly of a regulatory switch in HIV replication // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. - Vol. 99,N. 12.-P. 7928-7933.

135. Robertson D., Anderson J., Bradac J. et al. A reference guide to HIV-1 classification // HIV Sequence Database. Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM. — 2000 (a).

136. Robertson D.L., Anderson J.P., Bradac J.A., et al. HIV-1 nomenclature proposal // Science. -2000. Vol. 288. - P.55-56 (b).

137. Rodenburg C.M., Li Y, Trask S.A. et al. Near full-length clones and reference sequences from subtype C isolates of HIV Type 1 from three different continents // AIDS Res. Hum. Retrovir. -2001. Vol. 17, N. 2. - P. 161-168.

138. Rodriguez M. A., Shen C., Ratner D. et al. Genetic and functional characterization of the LTR of HIV-1 subtypes A and C circulating in India // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2007. - Vol. 23, N. 11. - P. 1428-1433.

139. Rossi J.J., June C.H., Kohn D.B. Genetic therapies against HIV // Nat. Biotechnol. -2007. Vol. 25, N. 12. - P. 1444-1454.

140. Roux P., Alfieri C., Hrimech M., et al. Activation of transcription factors NF-kB and NF-IL-6 by human immunodeficiency virus type 1 protein R (Vpr) induces interleukin-8 expression // J. Virol. 2000. - Vol. 74, N. 10. - P. 4658-4665.

141. Roy S, Delling U, Chen CH, et al. A bulge structure in HIV-1 TAR RNA is required for Tat binding and Tat-mediated trans-activation// Genes Dev -1990. — Vol .4. — P.1365.

142. Ruben S, Perkins A, Purcell R, et al. Structural and functional characterization of human immunodeficiency virus tat protein // J. Virol. -1989. Vol. 63, N.l. -P. 1-8.

143. Russell R.S., Liang C. and Wainberg M.A. Is HIV-1 RNA dimerization a prerequisite for packaging? Yes, no, probably? // Retrovirology. 2004. - Vol. 1, N. 23. - P. 1-14.

144. Saag M.S., Hahn B.H., Gibbons J. et al. Extensive variation of HIV-1 in vivo // Nature. 1988. - Vol. 334, N. 6181. - P. 440-444.

145. Sato A, Igarashi H, Adachi A, et al. Identification and localization of vpr gene product of human immunodeficiency virus type 1// Virus Genes -1990. Vol.4. -P.303-312.

146. Sawaya B.E., Khalili K., Gordon J., Taube R. and Amini S. Cooperative interaction between HIV-1 regulatory proteins Tat and Vpr modulates transcription of the viral genome // J. Biol. Chem. 2000. Vol. 275, N. 45 - P. 35209-35214.

147. Schwartz O., Marechal O., Danos O., et al. Human immunodeficiency virus type 1 Nef increases the efficiency of reverse transcriptation i the infected eel// J.Virol. -1995. Vol.69. -P.4053-4059.

148. Schwartz S, Felber BK, Fenyo EM, et al. Env and Vpu proteins of human immunodeficiency virus type 1 are produced from multiple bicistronic mRNAs// J Virol -1990. Vol.64. -P.5448-5456.

149. Simon F., Mauclure P., Roques P., et al. Identification of a new human immunodeficiency virus type 1 distinct from group M and group Oil Nature.-1998. -Vol.4. -P.1032-1037.

150. Simon J., Sheeny A., Carpenter E., et al. Mutational analyses of the human immunodeficiency virus type 1 Vif protein//J.Virol .-1999. Vol.73. -P.2675-2681.

151. Skowronski J, Parks D, Mariani R. Altered T cell activation and development in transgenic mice expressing the HIV-1 nef gene// EMBO J -1993. Vol.12. -P.703-713.

152. Skripkin E., Paillart J.-C., Marquet R. et al. Identification of the primary site of the human immunodeficiency virus type 1 RNA dimerization in vitro // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. - Vol. 91. - P. 4945^949.

153. Somasundaran M., Sharkey M., Brichacek B., et al. Evidence for a cytopathogenicity determinant in HIV-1 Vpr // PNAS. 2002. - Vol. 99, N. 14. - P. 9503-9508.

154. Soroka S.D., Granade T.C., Candal D. et al. Modification of Rapid Human Immunodeficiency Virus (HIV) Antibody Assay Protocols for Detecting Recent HIV Seroconversion // Clin Diagn Lab Immunol. 2005. - Vol. 12, N. 8 - P. 918-921.

155. Strebel K, Daugherty D, Clouse K, et al. The HIV 'A' (sor) gene product is essential for virus infectivity// Nature -1987. Vol.328. -P.728-730.

156. Sundquist W.I. and Heaphy S. Evidence for interstrand quadruplex formation in the dimerization of human immunodeficiency virus 1 genomic RNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. - Vol. 90. - P. 3393-3397.

157. Tachiwana H., Shimura M., Nakai-Murakami C. et al. HIV-1 Vpr induces DNA double-strand breaks // Cancer Res. 2006. - Vol. 66, N. 2. - P. 627-631.

158. Temin HM. Retrovirus variation and reverse transcription: abnormal strand transfers result in retrovirus genetic variation//Proc.Natl.Acad.Sci.USA. -1993. Vol. 90. -P.6900-6903.

159. Thali M, Bukovsky A, Kondo E, et al. Functional association of cyclophilin A with HIV-1 virions//Nature -1994. Vol.372. -P.363-365.

160. Thomas H.I.J., Wilson S., O'Toole C.M. et al. Differential maturation of avidity of IgG antibodies to gp41, p24 and pi 7 following infection with HIV-1 // Clin Exp Immunol.-1996.-Vol. 103-P. 185-191.

161. Ulich C., Dunne A., Parry E., et al. Functional domains of tat required for efficient human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptoin// J.Virol. -1999. — Vol.73. -P.2499-2508.

162. UNAIDS/06.29R // Объединенная программа Организации Объединенных Наций по ВИЧ/СПИДу (ЮНЭЙДС). 2006. - ISBN 92 9 173545 0. - С. 1-94.

163. Van Lint С., Ann Amelia С., Emiliani S. et al. Transcription factor binding sites downstream of the human immunodeficiency virus type 1 transcription start site are important for virus infectivity // J. Virol. 1997. - Vol. 71, N. 8. - P. 6113-6127.

164. Van Opijnen Т., Kamoschinski J., Jeeninga R. E., and Berkhout B. The Human immunodeficiency virus type 1 promoter contains a CATA box instead of a TATA Box for optimal transcription and replication // J. Virol. 2004. - Vol. 78, N. 13. - P. 6883-6890.

165. Varin A., Manna S. K., Quivy V. et al. Exogenous Nef protein activates NF-kB, AP-1, and c-Jun N-terminal kinase and stimulates HIV transcription in promonocytic cells // J. Biol. Chem. 2003. - Vol. 278, N. 4. - P. 2219-2227.

166. Ventura M, Wang P, Franck N, Saragosti S. Ribozyme targeting of HIV-1 LTR // Biochem Biophys Res Commun. 1994. - Vol. 203, N. 2. - P. 889-898.

167. Verhoef K., Sanders R. W., Fontaine V. et al. Evolution of the human immunodeficiency virus type 1 long terminal repeat promoter by conversion of an NFkB enhancer into a GABP binding site // J. Virol. 1999. - Vol. 73, N. 2. - P. 1331— 1340.

168. Verhoef K., Tijms M. and Berkhout B. Optimal Tat-mediated activation of the HIV-1 LTR promoter requires a full-length TAR RNA hairpin // Nucleic Acids Res. 1997. -Vol. 25, N. 3 — P. 496-502.

169. Wain-Hobson S. The fastest genome evolution ever described: HIV variation in situ // Curr. Opin. Genet Dev. 1993. - Vol. 3, N. 6. - P. 878-883.

170. Wang X. The expanding role of mitochondria in apoptosis // Genes. Dev. 2001. -Vol. 15.-P. 2922-2933.

171. Weeks K.M., Ampe C., Schultz S.C., Steitz T.A., Crothers D.M. Fragments of the HIV-1 Tat protein specifically bind TAR RNA // Science. 1990. - Vol. 249, N. 4974.-P. 1281-1285.

172. Wei P, Garber ME, Fang SM, Fischer WH, Jones KA. A novel CDK9-associated C-type cyclin interacts directly with HIV-1 Tat and mediates its high-affinity, loop-specific binding to TAR RNA// Cell. 1998. - Vol.92. -P.451-62.

173. Wen W, Meinkoth JL, Tsien RY, et al. Identification of a signal for rapid export of proteins from the nucleus// Cell 1995. - Vol.82. -P.463-473.

174. Willey R.L., Maldarelli F., Martin M.A., et al. Human immunodeficiency virus type 1 Vpu protein induces rapid degradation of CD4// J.Virol. 1992. - Vol.66. -P.7193-7200.

175. Wilson K.M., Johnson E.I.M., Croom H.A. et al. Incidence immunoassay for distinguishing recent from established HIV-1 infection in therapy-naive populations // AIDS. -2004. Vol. 18 - P. 2253-2259.

176. Zapp MJI, Green MR. Sequence-specific RNA binding by the HIV-1 Rev protein// Nature 1989. - Vol.342. -P.714-716.

177. Zapp MJI, Hope TJ, Parslow TG, et al. Oligomerization and RNA binding domains of the type 1 human immunodeficiency virus Rev protein: A dual function for an arginine-rich binding motif/ Proc Natl Acad Sei USA -1991. Vol .88. -P.7734-7738.

178. Zarudnaya M. I., Kolomiets I. M., Potyahaylo A. L. and Hovorun D. M. The primary and secondary structures of HIV-1 genomic RNA region encompassing DIS, SD and y hairpins: in silico study // ISBN: 1-59454-506-5. -2006. P. 159-189.

179. Zarudnaya M.I., Potyahaylo A.L., Kolomiets I.M. and Hovorun D.M. Auxiliary elements of mammalian pre-mRNAs polyadenylation signal. // Biopolimery i kletka. — 2002.-Vol. 18,N. 1. P. 500-517.

180. Zhang L., Huang Y., Yuan H. et al. Genotypic and phenotypic characterization of long terminal repeat sequences from long-term survivors of human immunodeficiency virus type 1 infection // J. Virol. 1997. - Vol. 71, N. 7. - P. 5608-5613.

181. Zhou C., Rana TM. A bimolecular mechanism of HIV-1 Tat protein interaction with RNA polymerase II transcription elongation complexes // J Mol Biol. 2002. — Vol. 320.-P.925-942.1. БЛАГОДАРНОСТИ