Анализ полиморфизма гена BoLA-DRB3 в связи с генетической устойчивостью крупного рогатого скота к лейкозу и вирусоносительством тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат биологических наук Рузина, Мария Николаевна

• Рузина, Мария Николаевна
• кандидат биологических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Рузина, Мария Николаевна

СОДЕРЖАНИЕ:

ВВЕДЕНИЕ__4

1. ОБЗОР ЛИТЕР АТУРЫ__7

1.1. Ген ВоЬА-ВЯВЗ как один из ключевых генов Главного Комплекса Гистосовместимости___7

1.1.1. Главный Комплекс Гистосовместимости (ГКГ): общие положения_7

1.1.2. Главный комплекс гистосовместимости крупного рогатого скота (ВоЬА)_15

1.1.3. Ген ВоЬА-ОЯВЗ: структура, функции, полиморфизм в популяциях_18

1.2. Вирус лейкоза крупного рогатого скота (ВЛКРС): патогенность, геном, методы детекции, распространение__ _3?

1.2.1.Патогенност ь___

1.2.2.Геном ВЛКРС_34

1.2.3.Методы детекции ВЛКРС_46

1.2.4.Мировое распространение ВЛКРС_49

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ_52

2.1. Выделение ДНК___52

2.2. Определение концентрации ДНК_

2.3.Анализ полиморфизма гена ВоЬА-БКВЗ методом ПЦР-ПДРФ_54

2.4. Анализ последовательностей От- и Ин-фрагментов генаро1 ВЛКРС_60

2.5. Методы статистической обработки данных_62

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ_64

3.1. Сравнительный анализ разнообразия и характера распределения аллелей гена ВоЬА-ОЯВЗ у изученных пород крупного рогатого скота_64

3.1.1. Оптимизация условий типирования аллелей гена ВоЬА-ВЯВЗ_64

3.1.2. Сравнительный анализ разнообразия и характера распределения аллелей гена ВоЬА-ВЯВЗ у изученных пород крупного рогатого скота_67

3.1.3. Сравнительный анализ разнообразия и характера распределения ВоЬА-ВЯВЗ-генотипов у изученных пород крупного рогатого скота_75

3.2. Анализ полиморфизма гена ВоЬА-ВЯВЗ в связи с резистентностью к лейкозу, ряду других заболеваний, признаками молочной продуктивности_79

3.2.1. Анализ распределения аллелей гена ВоЬА-ВЯВЗ в связи с устойчивостью и восприимчивостью к лейкозу_79

3.2.2. Распределение частот ВоЬА-ВЯВЗ-генотипов, ассоциированных с устойчивостью и восприимчивостью к лейкозу у изученных пород КРС_83

2

3.2.3. Распределение частот аллелей гена ВоЬА-ОЯВЗ у исследованных пород КРС в связи с резистентностью к маститу С) ^

3.2.4. Распределение частот аллелей гена ВоЬА-ОКВЗ в связи с устойчивостью к другим

заболеваниям__п.

------—-------У4

3.2.5. Распределение аллелей гена ВоЬА-ОЯВЗ, ассоциированных с признаками молочной продуктивности ____^

3.3. Идентификация новых форм и классификация изолятов вируса лейкоза крупного рогатого скота России и Украины, на основе анализа изменчивости вирусного гена

рЫ---------101

ЗАКЛЮЧЕНИЕ____т

выводы_____П2

СПИСОК ЛИТЕ ПРИЛОЖЕНИЕ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ___1,3

128

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Анализ полиморфизма гена BoLA-DRB3 в связи с генетической устойчивостью крупного рогатого скота к лейкозу и вирусоносительством»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы. Одной из проблем российского животноводства является обеднение породного разнообразия крупного рогатого скота (КРС). В России в 80-90е гг XX века разводилось около 70 пород КРС различных направлений продуктивности и адаптированных к разнообразным климатическим и экономическим условиям нашей страны. Однако за последние двадцать пять лет более половины этих пород были потеряны. К 2001г. в Российской Федерации осталось 33 породы, из которых всего 16 имели достаточную численность для нормального воспроизводства, в 2003г. прошли бонитировку 22 породы. В 58 регионах России разводится черно-пестрая порода, в 30 -симментальская, в 28 - голштинская, в 23 - айрширская.

Таким образом, богатство генофонда КРС России, явившееся результатом долгой и успешной селекционной работы, обеспечивающей устойчивость животных к возбудителям болезней и внешним неблагоприятным условиям, оказалось частично утраченным. Обеднение генетических ресурсов сельскохозяйственных животных, в частности КРС, может привести к снижению эффективности селекции и снижению резистентности животных к постоянно эволюционирующим возбудителям заболеваний. В связи с этим, важно поддерживать максимально возможное разнообразие генофонда КРС.

Необходимым условием для проведения таких работ является проведение генетического мониторинга пород КРС на молекулярном уровне. Особый интерес представляют гены, участвующие в формировании хозяйственно-ценных признаков.

Одним из наиболее значимых в этом отношении генов является ген BoLA-DRB3, кодирующий антигены класса II главного комплекса гистосовместимости КРС. Молекулы класса II располагаются на поверхности B-клеток, которые после внутриклеточного процессинга представляют чужеродные антигены Т-клеткам для обеспечения иммунного ответа гуморального типа. На сегодняшний день методом ПЦР-ПДРФ описано 54 аллеля данного гена, методом секвенирования - более ста. Высокое аллельное разнообразие данного гена обусловлено необходимостью связывания широкого спектра чужеродных антигенов. Установлены ассоциации некоторых аллельных вариантов данного гена с резистентностью к таким заболеваниям, как лейкоз, мастит, цистит, дерматофилоз, тейлериоз, кожному заболеванию, вызываемому иксодовыми клещами Boophilus microplus.

Особенно актуальным является изучение полиморфизма гена BoLA-DRB3 в связи с резистентностью к лейкозу. Лейкоз крупного рогатого скота - хроническое инфекционное

заболевание опухолевой природы, в основе которого лежит системное поражение лейкопоэтической ткани.

По данным официального отчета Россельхознадзора за 2011 год лейкоз занимает второе место в структуре заболеваемости КРС в России и входит в список шестнадцати заболеваний, представляющих наибольшую угрозу для животноводства и птицеводства. Ситуация по лейкозу в нашей стране эндемична, данные о распространении заболевания плохо поддаются пространственному и временному контролю. Установлено, что в 2011 году появилось 117 новых очагов болезни. Ежегодно методом реакции иммунной диффузии (РИД) исследуется более 50% списочного поголовья из них до 10% оцениваются как положительные по результатам гематологического исследования (неопластические изменения и изменение лейкоформулы). При этом выбраковываются около 5% от числа положительных особей. Фактически в хозяйствах остаются не только вирусоносители (РИД-положительные особи), но и животные с субклиническими и клиническими признаками заболевания, что обуславливает высокий риск его распространения.

Лейкоз КРС приносит значительный экономический ущерб сельскому хозяйству вследствие падежа животных, недополучения продуктов животноводства, потери уникального генофонда в молочном скотоводстве. В первую очередь лейкозу подвержены высокопродуктивные животные.

С устойчивостью к лейкозу ассоциированы аллели ВоЬА-ОКВ3.2*7, *11, *23, *28 (номенклатура по ПДРФ), с чувствительностью - ВоЬА-ВКВ3.2*3, *8, *1б, *22, *24. Установлено, что устойчивость к данному заболеванию наследуется как доминантный признак. Отбор поддерживает в природных популяциях избыток гетерозигот, что способствует связыванию широкого спектра чужеродных антигенов.

Возбудителем данного заболевания является вирус лейкоза крупного рогатого скота (ВЛКРС), относящийся к группе ретровирусов. Его структура, химические, биологические и иммунологические свойства хорошо изучены на сегодняшний день. Установлено сходство ВЛКРС с вирусами НТЬУ-1, НТЪУ-1У, вызывающими Т-клеточную лейкемию у человека.

Для эффективной профилактики лейкоза важно не только учитывать данные о полиморфизме гена ВоЬА-ОЯВЗ КРС в селекционной работе, но и рассматривать распространение различных форм ВЛКРС на территории регионов нашей страны. В странах Западной Европы и Америки обнаружены географические изоляты ВЛКРС, генотипы которых существенно различаются. Однако российские разновидности ВЛКРС не исследовались.

Таким образом, исследование полиморфизма гена BoLA-DRBS у отечественных пород КРС актуально в связи с необходимостью разработки селекционно-генетических подходов к оздоровлению стад животных и проблемой сохранения видов и их биоразнообразия. Несомненный практический интерес представляет детекция эндемичных для России разновидностей BJIKPC.

Цель данного исследования - анализ полиморфизма гена BoLA-DRB3 у калмыцкой, якутской, костромской, красно-пестрой, черно-пестрой пород КРС и зебувидного скота, а также детекция форм ВЛКРС, распространенных на территории Российской Федерации.

Задачи исследования. Для выполнения цели работы были поставлены следующие задачи:

• Изучить разнообразие и характер распределения аллелей и генотипов BoLA-DRB3 у шести пород КРС: у калмыцкой, якутской, костромской, красно-пестрой, черно-пестрой пород КРС, зебувидного скота и провести сравнительный анализ с ранее изученными породами.

• Оценить характер распределения BoLA-DRB3-аллелей и генотипов, ассоциированных с резистентностью к лейкозу, в исследованных породах КРС.

• Оценить характер распределения аллелей гена BoLA-DRB3, ассоциированных с резистентностью к другим заболеваниям (маститу, циститу, отслоению плаценты, клещевому заболеванию, вызываемому Boophilus microplus), в исследованных породах КРС.

• Оценить характер распределения аллелей гена BoLA-DRB3, ассоциированных с признаками молочной продуктивности, в исследованных породах крупного рогатого скота.

На основании анализа полиморфизма гена pol выявить формы ВЛКРС, распространенные на территории РФ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Ген BoLA-DRB3 как один из ключевых генов Главного Комплекса Гистосовместимости

1.1.1. Главный Комплекс Гистосовместимости (ГКГ): общие положения. Главный комплекс гистосовместимости - это группа генов и кодируемых ими антигенов клеточной поверхности, которые играют важнейшую роль в распознавании чужеродных антигенов и развитии иммунного ответа.

Основными импульсами в изучении гистосовместимости явились открытие Landshteiner (1900) системы групп крови, что послужило началом изучения аллоантигенов, и сформулированные Little (1916) пять законов трансплантации, из которых явственно следует, что приживаемость трансплантатов подчиняется законам классического менделеевского наследования при полигибридном скрещивании. Тем самым подтверждено, что гистосовместимость генетически обусловлена, и ее проявление носит полигенный характер.

Впервые существование локуса гистосовместимости было обнаружено у мышей. Работая с кроличьей антисывороткой к эритроцитам мыши, Gorer (1936-1947) показал, что угнетение роста аллотрансплантанта опухоли сопровождается выработкой антител, которые можно обнаружить по агглютинации с эритроцитами донора. Однако мыши оказались единственным видом млекопитающих, у которых антигены тканевой совместимости расположены на эритроцитах, а не на лейкоцитах. В результате сложилось мнение, что основные антигены, ответственные за совместимость тканей, содержатся на эритроцитах. Поэтому большинство изоантигенов человека и других млекопитающих оставались неизвестны длительное время. В 50-е годы появились данные об отторжении аллогенных тканей при максимальной совместимости донора и реципиента по эритроцитарным антигенам. Интенсивные поиски закончились выделением новой системы групповых антигенов, а именно изоантигенов лейкоцитов, непосредственно участвующих в отторжении аллотрансплантантов. Вскоре аналогичные комплексы были обнаружены у всех изучавшихся видов млекопитающих и птиц, поэтому вновь открытая система антигенов лейкоцитов получила общее название - главный комплекс гистосовместимости (ГКГ).

На сегодняшний день он отмечен у рыб, птиц, амфибий, рептилий и млекопитающих (Rask et al., 1990; Flajnik et al., 1990; Figueroa et al., 1990; Kaufman et al., 1990), проведены исследования ГКГ различных видов животных (табл.1). Первая

специфичность ГКГ у человека была выявлена 1957г. При выборе номенклатуры ГКГ разных видов животных была выбрана терминология, близкая к ГКГ человека (табл.1).

Таблица 1. Номенклатура ГКГ некоторых видов млекопитающих (из:Карамышева, 1998).

Вид Обозначения ГКГ Авторы

Мышь Н-2 Gorer, 1936

Курица В Briles, Mc Gibbon, 1948; Pazderka, 1975

Человек HLA Paune, 1957; Dausset, 1958; Van Rood et al. 1958

Макака-резус RhLA Balner et al., 1965

Собака DLA Kazakura et al., 1964

Свинья SLA Vaiman et al., 1970

Кролик RLA Terasaki et al., 1961

Коза GLA Van Dam et al., 1976

Овца OLA Millot, 1971; Ford, 1975

Лошадь ELA Bailey et al., 1979

Крупный рогатый скот BoLA Caldwell et al., 1977; Spooner et al., 1978; Amorena, Stone, 1978

Крыса RTI Bogden, Artenmak, 1960

В иммунной системе ГКГ участвует в механизмах отторжения трансплантатов тканей, стимуляции образования антител, стимуляции реакции в смешанной культуре лимфоцитов, реакции «трансплантат против хозяина», клеточной реакции лимфоцитов, рестрикции иммунного ответа, контролирует гены иммунного ответа (Ir-гены), играет важную роль в созревании и дифференцировке клеток, особенно Т-лимфоцитов («Главный комплекс...», 1993).

Строение ГКГ достаточно консервативно, что позволяет рассмотреть его структуру на примере ГКГ любого вида млекопитающих. Наиболее детально изучен ГКГ человека. Поэтому целесообразно рассмотреть структуру комплекса HLA.

ГКГ расположен у человека на 6-й хромосоме и занимает значительный участок ДНК, включающий около 50 генов. Локусы системы HLA кодируют антигены, подразделяющиеся в зависимости от строения и функции на классы I, И, и III (рис.1). Номера кластеров отражают порядок их открытия, а не расположение на хромосоме.

Между молекулами первых двух классов имеются выраженные структурные различия, но при этом по общему плану строения все они однотипны. В то же время

между продуктами генов класса III. с одной стороны, и классов I и II. с другой стороны, не найдено никакого функционального или структурного сходства.

D-область ФНО МНС класса II С4В C4ABfC2 aß МНС класса I В С А I

1 CYP21 CYP21P LTB I

■4— Направление транскрипции

<— DPE ----------Q- ¡2 DPB1 DNA DMB DQB2 DQB3 DPA2 DPA1 DMA DOB DQA2 DQA1 DRB2 DRB9 DQB1 DRB1 DRB3 DRA

Рисунок I. Структура ГКГ человека (Бурмеистер. Пецутто, 2007). Антигены класса I кодируюся генами, расположенными в трех смежных локусах. Гены, колирующие антигены класса 1!. организованы в комплексы 011. ПС). ПР. Другие структурно связанные с ними гсиы в большинстве своем являются нетранслируемыми псевдогенами с неясными функциями. Гены, кодирующие компоненты комплемента С2, С4. ВГ расположены между генами молекул ГКГ класса I и И. Продукты экспрессии этих генов раньше называли антигенами класса III. Для них так же характерен широкий полиморфизм. В пределах комплекса Ш.А расположены и другие важные гены, кодирующие фактор некроза опухолей (ФНО-а. ФНО-р), родственный им лимфотоксин 1.ТВ. ферменты СУР21а и СУР21Ь. На рисунке не указаны гены транспортных белков ТАР1 и ТАР2, расположенные между ПР и ПО. Продукты их экспрессии играют важную роль в транспорте антигенных пептидов к молекуле Н1.А.

К классу I относятся классические трансплантационные антигены НГА-А. -В и -С (рис.2). Антигены класса I представлены на поверхности практически всех ядросодержащих клеток. Данные молекулы представляют собой димер, образванный а- и р- цепями. Цепь а (45кДа) является продуктом генов НГА-А, -В или -С. Молекула состоит из трех внеклеточных доменов ос1. «2, аЗ, содержащих по 90 аминокислотных остатков, а также трансмембранной (25 остатков) и цитоплазматической (30 остатков) порций. Полиморфные последовательности сосредоточены в доменах сх1 и а2. Наиболее высокая изменчивость связана с остатками в положении 68-80, с группами остатков около позиции 110 и 135. С доменом аЗ пековалептно связана (3-цспь. представляющая собой [32-микроглобулин и являющаяся продуктом гена, не связанного с ГКГ (локализован на хромосоме 15). Микроглобулин р2 и домен аЗ прилегают к мембране. Эти участки молекулы антигена гомологичны доменам иммуноглобулинов и имеют сходную пространственную организацию: два антипараллельные р-слоя. образованные 3 и 4 отрезками полипептидной цепи свернутой в виде гармони и скрепленные дисульфидной

9

связью. Над этими глобулами располагаются домены а1 и а2, не относящиеся к суперсемейству иммуноглобулинов. К1-концевая часть этих доменов формирует Р-слой в виде платформы, на которой располагаются две «-спирали, сформированные С-концевыми порциями доменов разной длины. Как показали результаты рентгеноструктуриого анализа, домены «I и а2 формируют щель (щель Бьоркмана), стенки которой образованы внутренними поверхностями «-спиральных участков, а дно -(3-слоем (рис.3). Со стенками щели Бьоркмана связаны практически все гипервариабельные участки молекулы. Эта щель заполняется пептидным фрагментом антигена и является структурной основой презентации антигена. Вариабельности остатков и, следовательно, конфигурация щели определяют разнообразие молекул ГКГ по их сродству к различным пептидам (Ярилин, 1999).

КЛАСС 1 КЛАСС II

Заключение диссертации по теме «Генетика», Рузина, Мария Николаевна

выводы

1. Высокий уровень аллельного разнообразия гена BoLA-DRB3 показан для монгольской, калмыцкой, ярославской и черно-пестрой пород крупного рогатого скота. Число аллелей варьировало у этих пород от 28 до 36. Для якутского скота продемонстрирован крайне низкий уровень аллельного разнообразия гена BoLA-DRB3 (14 аллелей), что, по-видимому, объясняется инбредной депрессией, возникшей в результате длительной изоляции данной группы и ее низкой численностью.

2. Характер распределения частот аллелей гена BoLA-DRB3 у костромского, зебувидного и якутского КРС сходен с описанным для большинства европейских пород: на 5-6 аллелей приходится 74-88,6% аллельного разнообразия, остальные встречаются с частотой менее 5%. У монгольского, калмыцкого, ярославского, черно-пестрого КРС частоты аллелей распределены более равномерно: на долю 4-8 аллелей с частотой более 5% приходится 34,1-54,3% аллельного разнообразия.

3. Генотипы по BoLA-DRB3 во всех изученных породах КРС, за исключением якутской, распределены равномерно. Во всех исследованных породах наблюдается недостаток гетерозигот (-0,462

4. Аллели и генотипы по BoLA-DRB3, ассоциированные с устойчивостью к лейкозу и маститу, широко представлены у монгольского, калмыцкого, зебувидного и костромского скота, что указывает на высокий генетический потенциал местных пород в отношении устойчивости к заболеваниям.

5. Выявлены новые эндемичные для России формы вируса лейкоза КРС на основе анализа полученных в работе нуклеотидных последовательностей двух областей гена pol, кодирующих обратную транскриптазу и интегразу.

6. Предложена новая классификация форм вируса лейкоза КРС на основе анализа изменчивости теш pol. Рекомбинация между разновидностями вируса не выявлена.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В ходе выполенения данной работы проведена оптимизация методики типирования полиморфизма гена BoLA-DRB3 КРС, заключающаяся во введении в протокол одноэтапной ПЦР вместо двухэтапной гнездовой, а также разработке новых праймеров для аллель-специфичной ПЦР, позволяющих, в сочетании с уже описанными в литературе, более точно детектировать большее число аллелей.

Были определены частоты BoLA-DRB3-аллелей и генотипов у шести пород КРС: калмыцкой, якутской, костромской, красно-пестрой, черно-пестрой и зебувидного скота. Проведен сравнительный анализ по данному признаку исследованных пород, а также монгольской и ярославской, изученных ранее в лаборатории.

Наиболее высокое аллельное разнообразие было отмечено у калмыцкого, ярославского и монгольского КРС (36, 35, 35 соответственно). Высокий уровень аллельного разнообразия гена BoLA-DRB3 у данных пород определил и высокий уровень разнообразия генотипов - 56, 72 и 56 генотипа соответственно. У костромского КРС также было обнаружено высокое число генотипов - 55. Предельно низкое число аллелей и генотипов характерно якутскому КРС (14 и 18 соотвественно). Максимальное значение индекса Шеннона (3,27), соответсвующее высокому разнообразию и равномерному распределению частот аллелей гена BoLA-DRB3, было получено для калмыцкого КРС. Минимальное (1,74), соответсвующее низкому разнообразию аллелей и неравномерному распределению их частот, - якутскому. Распределение выборок в пространстве главных компонент, построенное на основе стандартных генетических расстояний Нея, отражающих сходство и различие в характере распределения и спектре аллелей, а не филогенетические взаимоотношения между породами, показало своеобразие по этому параметру якутского, зебувидного и костромского КРС. У костромского, зебувидного и якутского КРС, как и у большинства мировых пород, обнаружен неравномерный характер распределения частот аллелей гена BoLA-DRB3. У монгольского, калмыцкого, ярославского, черно-пестрого КРС частоты аллелей распределены равномерно. Во всех исследованных породах наблюдается недостаток гетерозигот (-0,462

Проведен анализ распределения частот BoLA-DRB3-ajmQji&i и генотипов, ассоциированных с устойчивостью и восприимчивостью к лейкозу у изученных пород КРС. У монгольского, калмыцкого, зебувидного, костромского скота преобладают аллели и генотипы, ассоциированные с устойчивостью к лейкозу (14,8%, 24,2%, 23,7%, 28,0% и 22,4%, 37,5%, 46,8%, 47,4% соответственно). У ярославского и красно-пестрого скота преобладают аллели, ассоциированные с восприимчивостью к лейкозу (23,8% и 32,1%

109 соответственно), а генотипы - ассоциированные с устойчивостью к данному заболеванию (28,2% и 49,1% соответственно), что позволяет поддерживать благоприятный фон по устойчивости к лейкозу в этих породах. У черно-пестрого КРС преобладают BoLA-DRB3-аллели и генотипы, ассоциированные с восприимчивостью к данному заболеванию (32,7% и 42,8% соответственно). У якутского КРС практически отсутствуют генотипы, определяющие резистентность к лейкозу. Высокий уровень гетерозиготности в исследованных породах указывает на высокий уровень их общей устойчивости к лейкозу.

Изучено распределение частот аллелей гена BoLA-DRB3, ассоциированных с резистентностью к маститу и другим заболеваниям, а также признакам молочной продуктивности. Все исследованные породы демонстрируют преобладание аллелей, ассоциированных с устойчивостью к маститу. Досточно хорошо в породах представлены аллели, ассоциированные с устойчивостью к клещевому заболеванию (Boophilus microplus), (максимальная частота, 20,4% - у монгольского КРС; минимальная частота, 3,7% - у черно-пестрого КРС). Аллель % ассоциированный с низким риском отслоения плаценты, встречается у данных пород достаточно редко (максимальная частота, 7,4%, обнаружена у черно-пестрого КРС; у якутского и костромского КРС - отсутствовал). Максимальная частота (17,9%) аллелей, ассоциированных с устойчивостью к циститу, обнаружена у красно-пестрого КРС, минимальная (1,4%) - у монгольского КРС. У костромского КРС высока частота аллелей, ассоциированных с пониженным параметром SCC (суммарная частота 12,7%), и с повышением удоев и белковости молока (суммарная частота 21,2%). У зебувидного скота велик процент аллелей, определяющих слабую молочную продуктивность.

Таким образом, монгольская и калмыцкая породы, принадлежащие к единому турано-монгольскому корню происхождения, характеризуются равномерным распределением частот BoLä-DRB3-wjiqjiqvl и генотипов, а также повышенной устойчивостью к лейкозу, определяющейся высокими частотами аллелей и генотипов, ассоциированных с устойчивостью к этому заболеванию. Высокий уровень резисентности к лейкозу костромского КРС связан, в первую очередь, с повышенной частотой генотипов, определяющих устойчивость к этому заболеванию, а не аллелей «устойчивости» к лейкозу. У этой породы также велики частоты аллелей, ассоциированных с устойчивостью к маститу и признаками повышенной молочной продуктивности. Красно-пестрый и черно-пестрый скот продемонстрировали высокий уровень генетической устойчивости к маститу. В этих породах также часто встречаются аллели, ассоциированные с признаками повышенной молочной продуктивности. У зебувидного скота велики частоты аллелей и генотипов, ассоциированных с устойчивостью к лейкозу.

110

У ярославского КРС повышено разнообразие Во£А-ОЕВЗ-аллелей и генотипов, что указывает на высокий уровень общей резистеноности к патогенам. Все вышесказанное указывает на высокий генетический потенциал местных пород в отношении устойчивости к заболеваниям. Особым своеобразием характеризуется якутская порода КРС, у которой снижено число аллелей и генотипов BoLA-DRB3, практически отсутствуют известные аллели, определяющие устойчивость к патогенам. Это может быть следствием того, что данной группе, сохранившейся в небольшом числе, свойственна инбредная депрессия, а обитает она в условиях сниженного количества возбудителей заболеваний.

Также в ходе выполнения данной работы на основе анализа изменчивости вирусного гена pol охарактеризована изменчивость изолятов вируса в животноводческих хозяйствах на территории России и Украины. Для анализа использованы фрагменты гена pol, соответствующие доменам обратной транскриптазы и интегразы, размером 494пн и 233пн, соответственно. Филогенетический анализ позволяет выявить на территории России и Украины несколько разновидностей BJIKPC, кластеризующихся с высокой бутстреп поддержкой. Предложена новая классификация разновидностей BJIKPC. При сравнении филограмм, построенных на основании изменчивости нуклеотидных последовательностей доменов интегразы и обратной транскриптазы, топологические конфликты не выявлены.

Полученные данные могут быть использованы в практическом сельском хозяйстве для озодоровления стад от лейкоза и других заболеваний, повышения генетического разнообразия, а, следовательно, и общей устойчивости к патогенам данных пород.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Рузина, Мария Николаевна, 2012 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ:

1. Алимов А.Ф. Элементы теории функционирования водных систем. // СПб.: Наука, 2000. 147с.

2. Аналькин В.А., Яременко H.A. Эпизоотическая ситуация по особо опасным болезням животных в России // Российский ветеринарный журнал. Сельскохозяйственные животные. 2005. № 4. С.2-3.

3. Бурместер Г-Р., Пецутто А., Улрихс Т., Айхер А. Наглядная иммунология // Москва. БИНОМ. Лаборатория знаний. 2007. 320с.

4. Главный комплекс Гистосовместимости Крупного рогатого скота // ВНИИплем. Москва. 1993. 120с.

5. Гланц С. Медико-биологическая статистика // Москва. Практика. 1999. 459с.

6. Карамышева Е.Е. Молекулярно-генетический анализ классов I и II главного комплекса гистосовместимости в связи с устойчивостью и восприимчивостью к гемобластозам крупного рогатого скота айрширской породы // Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Москва. 1998.

7. Ковалюк Н.В., Сацук В.Ф., Матвиец A.B., Мачульская Е.В. Выявление возможных причин и последствий распространения отдельных аллельных вариантов локуса BoLA-DRB3 в группах голштинского и айрширского скота // Генетика. 2010. Т.46. №3. С.429-432.

8. Ковалюк Н.В., Сацук В.Ф., Мачульская Е.В. Современные методы диагностики лейкоза крупного рогатого скота // Ветеринария Кубани. 2007. № 1. С. 18-20.

9. Макаров В.В., Гринишин Д.П. Эпизоотологические перспективы лейкоза крупного рогатого скота // Вестник Российской академии сельскохозяйственных наук. 2005.№2. С.70-72.

10. Нахмансон, В.М. Лейкоз крупного рогатого скота // М.: Россельхозиздат. 1986. 221с.

11. Пономарева И.С. Биологический круговорот радионуклидов и динамика лейкозов в Оренбуржье // Радиационная биология. Радиоэкология. 2008. Т.48. №5. С.606-610.

12. Рабсон А., Ройт А. Основы медицинской иммунологии // Москва. Мир. 2006. 320с.

13. Рокицкий П.Ф. Основы вариационной статистики для биологов // Минск: БГУ.1961. 221с.

14. Сулимова Г.Е., Удина И.Г., Шайхаев Г.О., Захаров И.А. ДНК-полиморфизм гена BoLA-DRB3 у крупного рогатого скота в связи с устойчивостью и восприимчивостью к лейкозу//Генетика. 1995. Т. 31. № 9. С. 1294-1299.

15. Удина И.Г., Карамышева Е.Е., Сулимова Г.Е. и др. Сравнительный анализ айрширской и черно-пестрой пород крупного рогатого скота по маркерам гистосовместимости//Генетика. 1998. Т. 34. № 12. С. 1668-1674.

16. Удина И.Г., Карамышева Е.Е., Туркова С.О. и др. Генетические механизмы устойчивости и чувствительности к лейкозу айрширской и черно-пестрой пород крупного рогатого скота, установленные на основе распределения аллелей гена BoLA-DRB3 // Генетика. 2003. Т. 39. № 3. С. 383-396.

17. Эрнст Л.К., Сулимова Г.И., Орлова А.Р., Удина И.Г., Павленко С.П. Особенности распространения антигенов BoLA-A и аллелей гена BoLA-DRBS у черно-пестрого скота в связи с ассоциацией с лейкозом // Генетика. 1997. Т.ЗЗ. С. 87-95.

18. Ярилин А.А. Иммунология // Москва. Медицина. 1999. 608с.

19. Acosta-Rodríguez R., Alonso-Morales R., Balladares S., Flores-Aguilar H., García-Vazquez Z., Gorodezky C. Analysis of BoLA class II microsatellites in cattle infested with Boophilus microplus ticks: class II is probably associated with susceptibility // Vet.Parasitol. 2005. V. 127(3-4). P.313-321.

20. Aldridge B.M., McGuirk S.M., Clark R.J., Knapp L.A., Watkins D.I., Lunn D.P. Denaturing gradient gel electrophoresis: a rapid method for differentiating BoLA-DRB3 alleles //Animal Genetics. 1998. V.29. P.389-394.

21. Altanerova V., Ban J., Altaner C. Induction of immune deficiency syndrome in rabbits by bovine leukaemia virus // AIDS. 1989. V.3. P.755-758.

22. Altanerova V., Ban J., Kettmann R., Altaner C. Induction of leukemia in chicken by bovine leukemia virus due to insertional mutagenesis // Arch.Geschwulstforsch. 1990. V.60. P.89-96.

23. Amorena В., Stone W.H. Serologically defined SD locus in cattle // Science. 1978. V.201. P.159-160.

24. Andersson L., Rask L. Characterization of the MHC class region in cattle. The number of DQ genes varies between haplotypes // Immunogenetics. 1988. V.27. P.l 10-120.

25. Asfaw Y., Tsuduku S., Konishi M., Murakami K., Tsuboi Т., Wu D., Sentsui H. Distribution and superinfection of bovine leukemia virus genotypes in Japan // Arch.Virol. 2005. V.150. P.493-505.

26. Ballingall K.T., Luyai A., Rowlands G.J., Sales J., Musoke A.J., Morzaria S.P., McKeever D.J. Bovine Leukocyte Antigen Major Histocompatibility Complex Class II DRB3*2703 and DRB3*1501 alleles are associated with variation in levels of protection against Theileria parva challenge following Immunization with the sporozoite p67 antigen // Infection and immunity. 2004. P.273 8-2741.

27. Baxter R„ Hastings N„ Law A., Glass E.J. A rapid and robust sequence-based genotyping method for BoLA-DRB3 alleles in large numbers of heterozygous cattle // Animal Genetics. V.39. P.561-563.

28. Behl J.D., Verma N.K., Behl R. et al. Characterization of genetic polymorphism of the bovine lymphocyte antigen DRB3.2 locus in Kankrej cattle (Bos indicus) // J. Dairy Sci. 2007. V.90. №6. P. 2997-3001.

29. Bell J.I., Todd J.A., McDevitt H.O. The molecular basis of HLA-disease association // Advances in humain genetics. Plenum press. 1989. V.18. Ch.l. P. 1-42.

30. Berdoz J., Tiercy J-M., Rollini P., Mach B., Gorski J. Remarkable sequence conservation of the HLA-DQB2 locus (DXp) within the highly polymorphic DQ subregion of the human MHC // Immunogenetics. 1989. V.29. №4. P.241-248.

31. Boris-Lawrie K., Altanerova V., Altaner C., Kucerova L., Temin H.M. In vivo study of genetically simplified bovine leukemia virus derivatives that lack tax and rex // J.Virol. 1997. V.71. P.1514-1520.

32. Briata P., Radka S.F., Sartoris S., Lee J.S. Alternative splicing of HLA-DQB transcripts and secretion of HLA-DQ beta-chain proteins: allelic polymorphism in splicing and polyadenylylation sites//PNAS. 1989. V.86. №3. P.1003-1007.

33. Brujeni G.N., Poorbazargani T.T., Nadin-Davis S. et al. Bovine immunodeficiency virus and bovine leukemia virus and their mixed infection in Iranian Holstein cattle // J.Infect.Dev.Ctries. 2010. V.4. №4(9). P576-579.

34. Buehring G.C., Philpott S.M., Choi K.Y. Humains have antibodies reactive with Bovine leukemia virus // AIDS.Res.Hum.Retroviruses. 2003. V.19. P.l 105-1113.

35. Burmeister T., Schwartz S., Hummel M., Hoelzer D., Thiel E. No genetic evidence for involvement of Deltaretroviruses in adult patients with precursor and mature T-cell neoplasms // Retrovirology. 2007. V.4. P.l 1.

36. Burny A., Bruck C., Cleuter Y., Couez D., Deschamps J., Gregoire D., Ghysdael J., Kettmann R., Mammerickx M., Marbaix G. Bovine leukaemia virus and enzootic bovine leukosis// Onderstepoort.J.Vet.Res. 1985. V.52№3. P.133-144.

37. Burny A., Cleuter Y., Kettmann R., Mammerickx M., Marbaix G., Portetelle D., Van den Broeke A., Willems L., Thomas R. Bovine leukaemia: facts and hypotheses derived from the study of an infectious cancer // Cancer.Surv. 1987. V.6. P. 139-159.

38. Calattini S., Chevalier S.A., Duprez R. et al. Human T-cell lymphotropic virus type 3: complete nucleotide sequence and characterization of the human tax3 protein // J.Virol. 2006. V.80. P.9876-9888.

39. Caldwell J., Cumferland P.A., Weseli D.F., William J.D. Breed defferencies in friquency of BolA spicificities //Anim. Blood grps. and Bioehem. Genet. 1979. V.10. №2. P.93-98.

40. Camargos M.F., Pereda A., Stancek D„ Rocha M.A., dos Reis J.K., Greiser-Wilke I., Leite R.C. Molecular characterization of the env gene from Brazilian field isolates of bovine leukemia virus // Virus.Genes. 2007. V.34. P.343-350.

41. Camargos M.F., Stancek D„ Rocha M.A., Lessa L.M., Reis J.K., Leite R.C. Partial

sequencing of env gene of bovine leukaemia virus from Brazilian samples and

phylogenetic analysis // J.Vet.Med.B.Infect.Dis.Vet.Public.Health. 2002. V.49. P.325-331.

42. Coulston J., Naif H„ Brandon R. et al. Molecular cloning and sequencing of an Australian isolate of proviral bovine leukaemia virus DNA: comparison with other isolates //J.Gen.Virol. 1990. V.71. №.8. P.1737-1746.

43. da Mota A. F„ Gabriel J.E., Martinez M.L., Coutinho L.L. Distribution of bovine lymphocyte antigen (BoLA-DRB3) alleles in Brazilian dairy Gir cattle (Bos indicus) // Eur. J. Immunogenet. 2002 V.29. P.223 - 227.

44. Derse D„ Diniak A.J., Casey J.W., Deininger P.L. Nucleotide sequence and structure of integrated bovine leukemia virus long terminal repeats // Virology. 1985. V. 141. P. 162166.

45. Dietz A.B., Cohen N.D., Timms L„ Kehrli M.E. Bovine lymphocyte antigen class II alleles as risk factors for high somatic cell counts in milk of lactating dairy cows // J. Dairy Sci. 1997. V.80. P.406-412.

46. Djilali S., Parodi A.L., Levy D„ Cockerell G.L. Development of leukemia and lymphosarcoma induced by bovine leukemia virus in sheep: a hematopathological study //Leukemia. 1987. V.l. P.777-781.

47. Djilali, S„ Parodi, A.L. The BLV-induced leukemia - lymphosarcoma complex in sheep //Vet.Immunol.Immunopathol. 1989. V.22. P.233-244.

48. Dodol G.J., Bernoco D., Stormont C. Serological analysis for linked BoLA loci // Anim. Blood Grps. and Bioehem. Genet. 1980. №11(1). P.28-29.

49. Dube S„ Abbott L„ Dube D.K., Dolcini G„ Gutierrez S„ Ceriani C„ Juliarena M„ Ferrer J., Perzova R., Poiesz B.J. The complete genomic sequence of an in vivo low replicating BLV strain // Virol.J. 2009. V.3. №6. P. 120.

50. Dube S„ Bachman S„ Spicer T„ Love J., Choi D„ Esteban E., Ferrer J.F., Poiesz B.J. Degenerate and specific PCR assays for the detection of bovine leukaemia virus and primate T cell leukaemia/lymphoma virus pol DNA and RNA: phylogenetic comparisons

of amplified sequences from cattle and primates from around the world // J.Gen.Virol. 1997. V.78. Pt.6. P.1389-1398.

51. Dube S., Dolcini G., Abbott L., Mehta S., Dube D., Gutierrez S., Ceriani C., Esteban E., Ferrer J., Poiesz B. The complete genomic sequence of a BLV strain from a Holstein cow from Argentina// Virology. 2000. V.277. P.379-386.

52. Dus Santos M.J., Trono K., Lager I., Wigdorovitz A. Development of a PCR to diagnose BLV genome in frozen semen samples // Vet.Microbiol. 2007. V.17. №119(1). P.10-18.

53. Fechner H., Blankenstein P., Looman A.C., Elwert J., Geue L., Albrecht C., Kurg A., Beier D., Marquardt O., Ebner D. Pro virus variants of the bovine leukemia virus and their relation to the serological status of naturally infected cattle // Virology. 1997. V.237. P.261-269.

54. Felmer R., Munoz G., Zuniga J., Recaba M. Molecular analysis of a 444 bp fragment of the bovine leukaemia virus gp51 env gene reveals a high frequency of non-silent point mutations and suggests the presence of two subgroups of BLV in Chile // Vet.Microbiol. 2005. V.108. P.39-47.

55. Ferens, W.A., Cobbold, R., Hovde, C.J. Intestinal Shiga toxin-producing Escherichia coli bacteria mitigate bovine leukemia virus infection in experimentally infected sheep // Infect.Immun. 2006. V.74. P.2906-2916.

56. Figueroa F., Gutknecht J., Tichy H., Klein J. Class II MHC genes in rodent evolution // Immunological Reviews. 1990. V.113. № 1. P.27-46.

57. Flainik M.F., Du Pasquier L. The Major Histocompatibility Complex of frogs // Immunological Reviews. 1990. V.113. №1. P.47-63.

58. Florins A., Reichert M., Asquith B., Bouzar A.B., Jean G., François C., Jasik A., Burny A., Kettmann R., Willems L. Earlier onset of delta-retrovirus-induced leukemia after splenectomy // PloS.One. 2009. V.14. №4(9). P.6943.

59. Fries R., Hediger R.R., Strazinger G. Tentative chromosomal localization of the bovine maior histocompatibility complex by in situ hybridization // Animal Genetics. 1986. V. 17. P.287-294.

60. German R.N., Hendrix L.R. MHC class II structure, occupancy and surface expression determined by post-endoplasmic reticulum antigen binding // Nature. 1991. V.353. P.134-139.

61. Gillet N., Florins A., Boxus M. et al. Mechanisms of leukemogenesis induced by bovine leukemia virus: prospects for novel anti-retro viral therapies in human // Retro virology. 2007. V.4. №18.

62. Gilliespie B.E., Jayarao B.M., Dowlen H.H. & Oliver S.P. Analysis and frequency of bovine lymphocyte antigen DRB3.2 alleles in Jersey cows // J. Dairy Sci. 1999. V.82. P.2049-2053.

63. Giovambattista G, Golijow CD, Dulout FN, Lojo MM. Gene frequencies of DRB3.2 locus of Argentine Creole cattle // Anim.Genet. 1996. V.27. №1. P.55-56.

64. González E.T., Norimine J., Valera A.R., Travería G„ Oliva G.A., Etcheverrigaray M.E. A rapid and sensitive diagnosis of bovine leukaemia virus infection using the nested shuttle polymerase chain reaction // Pesq.Vet.Bras. 1999. V.19. №2. P.63-67.

65. Gutiérrez G, Alvarez I., Fondevila N„ Politzki R., Lomónaco M., Rodríguez S„ Dus Santos M.J., Trono K. Detection of bovine leukemia virus specific antibodies using recombinant p24-ELISA // Vet.Microbiol. 2009. V. 12. №137(3-4). P.224-234.

66. Gyllensten U.B., Erlich H.A. Ancient roots for polymorphism at the HLA-DQ alpha locus in primates // PNAS. 1989. V.86. №24. P.9986-9990.

67. Haghparast A., Wauben M.H., Grosfeld-Stulemeyer M.C., van Kooten P., Hensen E.J. Selection of T-cell epitopes from foot-and-mouth disease virus reflects the binding affinity to different cattle MHC class II molecules // Immunogenetics. 2000. V.51(8-9). P.733-742.

68. Hedrick P.W., Whittam T.S., Parham P. Heterozygosity at individual amino acid sites: extremely high levels for HLA-A and -B genes // PNAS. 1991. V.88. №13. P.5897-5901.

69. Hemmatzadeh, F. Sequencing and phylogenetic analysis of gp51 gene of bovine leukaemia virus in Iranian isolates // Vet.Res.Commun. 2007. V.31. P.783-789.

70. Horin P., Matiasovic J., Trtková K., Pavlík I. BoLA-DYA polymorphism in Czech cattle // Exp.Clin.Immunogenet. 1998. V.15(l). P.56-60.

71. Hughes A.L., Nei M. Nucleotide substitution at major histocompatibility complex class II loci: evidence for overdominant selection// Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 1989. V.86. P.958-962.

72. Colombani J. Conserved and variable structures in HLA class I molecules: a review // Tissue Antigens. 1990. V.35. №3. P.103-113.

73. Jimba M., Takeshima S.N., Matoba K., Endoh D., Aida Y. BLV-CoCoMo-qPCR: Quantitation of bovine leukemia virus proviral load using the CoCoMo algorithm // Retrovirology. 2010. V.2. №7. P.91.

74. Juliarena M.A., Poli M„ Ceriani C„ Sala L., Rodriguez E., Gutierrez S., Dolcini G., Odeon A., Esteban E.N. Antibody response against three widespread bovine viruses is not impaired in Holstein cattle carrying bovine leukocyte antigen DRB3.2 alleles

associated with bovine leukemia virus resistance // J.Dairy.Sci. 2009. V.92. №1. P.375-381.

75. Juliarena M.A., Poli M., Sala L., Ceriani C., Gutierrez S., Dolcini G., Rodriguez E.M., Marino B., Rodriguez-Dubra C., Esteban E.N. Association of BLV infection profiles with alleles of the BoLA-DRB3.2 gene II Animal genetics. 20008. V.39. №4. P.432-438.

76. Kale M., Bulut O., Yapkic O., Gulay M.S., Pehlivanoglu F., Ata A., Yavru S. Effects of subclinical bovine leukemia virus infection on some production parameters in a dairy farm in southern Turkey // J.S.Afr.Vet.Assoc. 2007. V.78. №3. P.130-132.

77. Kaufman J., Skjoedt K., Salomonsen J. The MHC molecules of nonmammalian vertebrates//Immunological Reviews. 1990. V.113. №1. P.83-117.

78. Kelm S.C., Dettileux J.C., Freeman A.E., Kehrli M.E. et al. Genetic association between parameters of innate immunity and measures of mastitis in periparturient Holstein cattle // J. Dairy Sci. 1997. V.80. P.7767-7772.

79. Kettmann, R., Couez, D„ Burny, A. Restriction endonuclease mapping of linear unintegrated proviral DNA of bovine leukemia virus // J.Virol. 1981. V. 38. P.27-33.

80. Knapen K., Kerkhofs P., Thiry E., Mammerickx M. Epidemiological evaluation of a monoclonal ELISA detecting antibodies against bovine leukaemia virus in serum pools // Epidemiol.Infect. 1994. V.113. №3. P.563-569.

81. Kobayashi S., Tsutsui T., Yamamoto T. et al. Risk factors associated with within-herd transmission of bovine leukemia virus on dairy farms in Japan // BMC.Vet.Res. 2010. V6. P.6.

82. Kohara J., Konnai S., Onuma M. Experimental transmission of Bovine leukemia virus in cattle via rectal palpation // Jpn.J.Vet.Res. 2006. V.54. P.25-30.

83. Komiyama C., Suzuki K., Miura Y., Sentsui H. Development of loop-mediated isothermal amplification method for diagnosis of bovine leukemia virus infection // J.Virol.Methods. 2009. V.157. №2. P. 175-179.

84. Kuckleburg G.C., Chase C.C., Nelson E.A., Marras S.A., Dammen M.A., ChristopherHennings J. Detection of bovine leukemia virus in blood and milk by nested and realtime polymerase chain reactions // J.Vet.Diagn.Invest. 2003. V.15. №1. P.72-76.

85. Kulberg S., Heringstad B., Guttersrud O.A., Olsaker I. Study on the association of BoLA-DRB3.2 alleles with clinical mastiitis in Norvegian Red cows // J. Anim. Breed. Genet. 2007. V.124. P. 201-207.

86. Ledwidge S.A., Mallard B.A., Gibson J.P., Jansen G.B., Jiang Z.H. Multi-primer target PCR for rapid identification of bovine DRB3 alleles // Anim.Genet. 2001. V.32. №4. P.219-221.

87. Lee J., Kim Y„ Kang C.S., Cho D.H., Shin D.H., Yum Y.N., Oh J.H., Kim S.H., Hwang M.S., Lim C.J., Yang K.H., Han K. Investigation of the bovine leukemia virus proviral DNA in human leukemias and lung cancers in Korea // J.Korean.Med.Sci. 2005. V.20. №4. P.603-606.

88. Leveziel H. BoLA and bovine leucosis // European Workshop on Bovine

Histocompatibility (June 21-22, 1982, France). Les Colloques INRA. 1983. №14. P.105-108.

89. Lewin H.A., Schmitt K„ Hubert R. et al. Close linkage between bovine prolactin and

BoLA-DRB3 genes: Genetic mapping in cattle by single sperm typing // Genomies. 1992. №12. P.44-48.

90. Licursi M„ Inoshima Y„ Wu D„ Yokoyama T„ Gonzalez E.T., Sentsui H. Provirus variants of bovine leukemia virus in naturally infected cattle from Argentina and Japan // Vet.Microbiol. 2003. V.96. P. 17-23.

91. Lim S.I., Jeong W„ Tark D.S., Yang D.K., Kweon C.H. Agar gel immunodiffusion analysis using baculovirus-expressed recombinant bovine leukemia virus envelope glycoprotein (gp51/gp30T-) //J.Vet.Sci. 2009. V.10(4). P.331-336.

92. Limanskaia, O., Limanskil, A.P. Distribution of potentially hairpin-loop structures in the genome of bovine retroviruses // Vopr.Virusol. 2009. V.54. №4. P.27-32.

93. Limansky, A.P., Limanskaya, O. Comparison of primer sets for the detection of Bovine leukemia virus by polymerase chain reaction // Bull.Vet.Inst.Pulawy. 2002. .46. P.27-36.

94. Liron J.P., Ripoli M.V., Garcia P.P., Giovambattista G. Assignment of paternity in a judicial dispute between two neighbor Holstein dairy farmers // J.Forensic.Sci. 2004. V.49. №1. P.96-98.

95. Lymans'ka, O. Polypurine/polypyrimidine sequences with potential of forming triplexes in the proviral DNA of bovine retroviruses // Tsitol.Genet. 2010. V.44. №1. P. 10-18.

96. Mahieux, R., Gessain, A. New human retroviruses: HTLV-3 and HTLV-4 // Med. Trop. 2005. V.65. P.525-528.

97. Maillard J.C., Chantal I., Berthier D„ Thevenon S„ Sidibe I., Razafmdraibe H. Molecular immunogenetics in susceptibility to bovine dermatophilosis: a candidate gene approach and a concrete field application // Ann.N.Y.Acad.Sci. 2002..V.969. P.92-96.

98. Maillard J.C., Martinez D., Bensaid A. An amino acid sequence coded by exon 2 of the BoLA-DRB3 gene associated with a BoLA class I specificity constitutes a likely genetic marker of resistance to dermatophiloses in Brahman zebu cattle of Martinique (FWI) // Ann. N. Y. Acad. Sci. 1996. V.791. P. 185-197.

99. Maillard J.C., Palin C., Trap I., Bensaid A. An attempt to identify genetic markers of resistance or susceptibility to dermatophilosis in the zebu Brahman population of Martinique // Rev.Elev.Med.Vet.Pays.Trop. 1993. V.46(l-2). P.291-295.

100. Maillard J-C., Berthier D, Chantal I., Thevenon S„ Idibe I., Stachurski F„ Bekemsaga D„ Razafmdribe H., Elsten J-M. Selection assisted by a BoLA-DR/DQ haplotype against susceptibility to bovine dermatophilosis // Genet.Sel.Evol. 2003. V.35. P.193-S200.

101. Mammerickx M„ Palm R„ Portetelle D„ Burny A. Experimental transmission of enzootic bovine leukosis to sheep: latency period of the tumoral disease // Leukemia. 1988. V.2. P.103-107.

102. Mammerickx M., Portetelle D, Burny A. Experimental cross-transmissions of bovine leukemia virus (BLV) between several animal species // Zentralbl.Veterinarmed. 1981. V.28.P.69-81.

103. Mamoun R.Z., Morisson M„ Rebeyrotte N., Busetta B„ Couez D„ Kettmann R„ Hospital M„ Guillemain B. Sequence variability of bovine leukemia virus env gene and its relevance to the structure and antigenicity of the glycoproteins // J.Virol. 1990. V.64. P.4180-4188.

104. Markewicz L., Rulkax J., Kamiski S. Detection of BLV provirus in different cells by Nested-PCR // Bull.Vet.Inst.Pulawy. 2003. V.47. P.325-331.

105. Marsolais G„ Dubuc R„ Bergeron J., Morrey J.D., Kelly E.J., Jackson M.K. Importance of primer selection in the application of PCR technology to the diagnosis of bovine leukemia virus // J.Vet.Diagn.Invest. 1994. V.6. №3. P.297-301.

106. Martin D.P., Lemey P., Lott M., Moulton V., Posada D„ Lefeuvre P. RDP3: a flexible and fast computer program for analyzing recombination // Bioinformatics. 2010. V.26. P.2462-2463.

107. Matsumura K., Inoue E., Osawa Y„ Okazaki K. Molecular epidemiology of bovine leukemia virus associated with enzootic bovine leukosis in Japan // Virus.Res. 2011. V.155. №1. P.343-348.

108. Meas S., Usui T., Ohashi K. et al. Vertical transmission of bovine leukemia virus and bovine immunodeficiency virus in dairy cattle herds // Vet.Microbiol. 2002. V.84. P.275-282.

109. Miltiadou D., Law A.S., Russell G.C. Establishment of a sequence-based typing system for BoLA-DRB3 exon 2 // Tissue Antigens. 2003. V.62. №1. P.55-65.

110. Miretti M.M., Ferro J.A., Lara M.A., Contel E.P.B. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) in Exon 2 of the BoLA-DRBS Gene in South American Cattle // Biochemical genetics. 2001. V.39. № 9-10. P.311-324.

111. Mirsky M.L., Olmstead C.A., Da Y„ Lewin H.A. The prevalence of proviral bovine leukemia virus in peripheral blood mononuclear cells at two subclinical stages of infection// J.Virol.April. 1996. V.70. №4. P.2178-2183.

112. Miyasaka T„ Takeshima S„ Matsumoto Y„ Kobayashi N„ Matsuhashi T„ Miyazaki Y., Tanabe Y„ Ishibashi K„ Sentsui H„ Aida Y. The diversity of bovine MHC classll DRB3 and ^/alleles indifferentherds of Japanese Black and Holstein cattle in Japan // Gene. 2011. V.472. №1-2. P.42^19.

113. Mohammadi, Nassiry M.R., Mosafer J., Mohammadabadi M.R., Sulimova G.E. Distribution of BoLA-DRB3 allelic frequencies and identification of a new allele in the Iranian cattle breed Sistani (Bos indicus) II Russian Journal of Genetics. 2009. V.45. №2. P. 198-202.

114. Monti G., Schrijver R„ Beier D. Genetic diversity and spread of Bovine leukaemia virus isolates in Argentine dairy cattle // Arch.Virol. 2005. V.150. P.443-458.

115. Monti G.E., Frankena K„ De Jong M.C.M. Evaluation of natural transmission of bovine leukaemia virus within dairy herds of Argentina // Epidemiology and Infection. 2007. V.135. P.228-237.

116. Moratorio G., Obal G„ Dubra A. et al. Phylogenetic analysis of bovine leukemia viruses isolated in South America reveals diversification in seven distinct genotypes // Arch.Virol. 2010. V.155. №4. P.481-489.

117. Murakami K„ Kobayashi S„ Konishi M. et al. The recent prevalence of bovine leukemia virus (BLV) infection among Japanese cattle // Vet.Microbiol. 2011. V.24. №148(1). P.84-88.

118. Naif H.M., Daniel R.C., Cougle W.G., Lavin M.F. Early detection of bovine leukemia virus by using an enzyme-linked assay for polymerase chain reaction-amplified proviral DNA in experimentally infected cattle // J.Clin.Microbiol. 1992. V.30. №3. P.675-679.

119. Nassiry M.R., Shahroodi F.E., Mosafer J., Mohammadi A., Manshad E„ Ghazanfari S„ Mohammad Abadi M.R., Sulimova G.E. Analysis and frequency of Bovine Lymphocyte Antigen (.BoLA-DRB3) alleles in Iranian Holstein Cattle // Russian Journal of Genetics. 2005. V.41. №6. P.664-668.

120. Nei M. Genetic Distance between populations // The American Naturalist. 1972. V.106. № 94. P 283.

121. Nguyen V.K., Maes R.F. Evaluation of an enzyme-linked immunosorbent assay for detection of antibodies to bovine leukemia virus in serum and milk // J.Clin.Microbiol. 1993. V.31. №4. P.979-981.

122. Norimine J., Han S., Brown W.C. Quantitation of Anaplasma marginale major surface protein (MSP)la and MSP2 epitope-specific CD4+ T lymphocytes using bovine DRB3*1101 and DRB3*1201 tetramers // Immunogenetics. 2006. V.58. №9. P.726-739.

123. Olson C., Kettmann R., Burny A., Kaja R. Goat lymphosarcoma from bovine leukemia virus //J.Natl.Cancer.Inst. 1981. V.67. P.671-675.

124. Olson C., Miller J. Enzootic bovine leukosis and bovine leukemia virus // BostonMartinus Nijhoff Publishing. Boston. 1987. V.3.

125. Onuma M., Wada M., Yasutomi Y., Yamamoto M., Okada H.M., Kawakami Y. Suppression of immunological responses in rabbits experimentally infected with bovine leukemia virus//Vet.Microbiol. 1990. V.25. P.131-141.

126. Pashmi M., Qanbari S., Ghorashi S.A., and Salehi A. PCR based RFLP genotyping of bovine lymphocyte antigen DRB3.2 in Iranian Holstein population // Pak. J. Biol. Sci. 2007. V. 10. № 3. P. 383-387.

127. Perzova R.N., Loughran T.P., Dube S„ Ferrer J., Esteban E., Poiesz B.J. Lack of BLV and PTLV DNA sequences in the majority of patients with large granular lymphocyte leukaemia// Br.J.Haematol. 2000. V.109. P.64-70.

128. Petropoulos C.J. Appendix 2: Retroviral taxonomy, protein structure, sequences, and genetic maps (In) Coffin,J.M. (Ed.); Retroviruses // Cold Spring Harbor, New York, NY, USA, Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1997. P.757.

129. Rask L., Andersson L., Gustafsson K., Jonsson A-K. Parsimony Analysis of Mammalian Class II Histocompatibility // Genes immunological Reviews. 1990. V.113. №1. P. 187-206.

130. Razafmdribe H., Raliniaina M., Maillard J-C., Rakotondravao. Renitelo Cattle Dermatophilosis and PCR-RFLP Analysis of MHC // Gene Annals of the New York Academy of Sciences Volume 1081, Impact of Emerging Zoonotic Diseases on Animal Health: 8th Biennial Conference of the Society for Tropical Veterinary Medicinepages. 2006. P.489-491.

131. Reichert M., Stec J. Simultaneous use of two primer pairs increases the efficiency of polymerase chain reaction assay in the diagnosis of bovine leukemia virus infection // J.Vet.Diagn.Invest. 1999. V.ll. №6. P.543-547.

132. Rice N.R., Stephens R.M., Couez D., Deschamps J., Kettmann R., Burny A., Gilden R.V. The nucleotide sequence of the env gene and postenv region of bovine leukemia virus // Virology. 1984. V. 138. P.82-93.

133. Ripoli M.V., Lirón J.P., De Luca J.C., Rojas F., Dulout F.N., Giovambattista G. Gene frequency distribution of the BoLA-DRB3 locus in saavedrefio creóle dairy cattle // Biochemical genetics. 2004. V.42. №7-8. P.231-240.

134. Rodriguez S.M., Golemba M.D., Campos R.H. et al. Bovine leukemia virus can be classified into seven genotypes: evidence for the existence of two novel clades // J.Gen.Virol. 2009. V.90. №11. P.2788-2797.

135. Rola M., Kuzmak J. The detection of bovine leukemia virus proviral DNA by PCR-ELISA //J.Virol.Methods. 2002. V.99. P.33-40.

136. Rupp R., Hernandez A., Mallard B.A. Association of bovine leukocyte antigen (BoLA) DRB3.2 with immune response, mastitis, and production and type traits in Canadian Holsteins //J.Dairy.Sci. 2007. V.90. №2. P.1029-1038.

137. Sagata N., Yasunaga T., Tsuzuku-Kawamura J. et al. Complete nucleotide sequence of the genome of bovine leukemia virus: its evolutionary relationship to other retroviruses // Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 1985. V.82. №3. P.677-681.

138. Schwab A.E., Geary T.G., Baillargeon P., Schwab A.J., Fecteau G. Association of BoLA-DRB3 and DQA1 alleles with susceptibility to Neospora caninum and reproductive outcome in Quebec Holstein cattle // Vet.Parasitol. 2009. V.28. №165(1-2). P.136-140.

139. Scott P.C., Madox J.F., Cogolin-Ewens K.J., Brandon M.R. The nuclotide sequence and evolution of ovine MHC class II B genes: DQB and DRB II Immunogenetics. 1991. V.34. P. 80-87.

140. Shannon C.E., Weaver W. The Mathematical Theory of Communication // Urbana:Univ.Illinois.Press. 1949. P. 117.

141. Sharif S., Mallard B.A., Sargeant J.M. Presence of glutamine at position 74 of pocket 4 in the BoLA-DR antigen binding groove is associated with occurrence of clinical mastitis caused by Staphylococcus species // Vet.Immunol.Immunopathol. 2000. V.31. №76(3-4). P.231-238.

142. Sharif S., Mallard B.A., Wilkie et al. Associations of the bovine major histocompatibility complex DRB3 (BoLA-DRB3) alleles with occurrence of disease and milk somatic cell score in Canadian dairy cattle // Anim. Genet. 1998. V. 29. P. 185-193.

143. Sherman M.P., Ehrlich G.D., J.F. Ferrer, Sninsky J.J., Zandomeni R„ Dock N.L., Poiesz B. Amplification and analysis of specific DNA and RNA sequences of bovine

leukemia virus from infected cows by polymerase chain reaction // J.Clin.Microbiol. 1992. V.30. №1. P.185-191.

144. Sigurdardottir S, Borsch C., Gustafsson K„ Andersson L. Conserved polymorphism at major histocompatibility DRB loci in man and cattle// Anim.Genetics. 1991. V.22.№1. P.59-60.

145. Simard C„ Richardson S„ Dixon P., Bélanger C„ Maxwell P. Enzyme-linked immunosorbent assay for the diagnosis of bovine leukosis: comparison with the agar gel immunodiffusion test approved by the Canadian Food Inspection Agency // Can.J.Vet.Res. 2000. V.64. №2. P. 101-106.

146. Spooner R., Leveziel H., Grosclaude F. et.al. Evidence for a possible major histocompatibility complex (BoLA) in cattle // J. Immunogenetics. 1978. №5. P.335-346.

147. Starkenburg R.J., Hansen L.B., Kehrli M.E., Chester-Jones H. Frequencies and effects of alternative DRB3.2 alleles of bovine lymphocyte antigen for Holsteins in milk selection and control lines //J. Dairy Sci. 1997. V.80. P.3411-3419.

148. Strominger I.L. Human Major Histocompatibility Complex Genes: class I antigens and Tumor Necrosis Factor// Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 1986. V.ll.P.63-66.

149. Takeshima S., Matsumoto Y., Chen Y., Yoshida T., Mukoyama H., AidaY. Evidence for cattle major histocompatibility complex (BoLA) class II DQAlgene heterozygote advantage against clinical mastitis caused by Streptococci and Escherichia species // Tissue Antigens. 2008. V.72. №6. P.525-531.

150. Takeshima S., Miki A., Kado M., Aida Y. Establishment of a sequence-based typing system for BoLA-DQAl exon 2 // Tissue Antigens. 2007. V.69. №2. P. 189-199.

151. Takeshima S., Nakai Y., Ohta M., and Aida Y. Characterization of DRB3 alleles in the MHC of Japanese Shorthorn Cattle by polymerase chain reaction-sequence-based typing // J. Dairy Sci. 2002. V. 85. P. 1630-1632.

152. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods // Molecular Biology and Evolution. 2011. V.28.P.2731-2739.

153. Tiwari A., Vanleeuwen J.A., Dohoo I.R., Keefe G.P., Haddad J.P., Tremblay R., Scott H.M., Whiting T. Production effects of pathogens causing bovine leukosis, bovine viral diarrhea, paratuberculosis, and neosporosis // J.Dairy.Sci. 2007. V.90. №2. P.659-669.

154. Usha A.P., Simpson S.P., Williams J.L. Probability of random sire exclusion using microsatellite markers for parentage verification // Anim.Genet. 1995. V.26. №3. P.155-161.

155. Van der Poel J.J., Dijknof R.J.M.L., Groenen M.A. Analysis of BoLA class II DR and DQ polymorphism// Animal Genetics. 1991. V.22. №1. P.60.

156. Van Eijk M.J,T„ Beever J.E., Da Y. et al. Genetic mapping of BoLA-A, CYP21A, DRB3, DYA and PRL on BTA23 // Mammalian Genome. 1995. V.6. P.151-152.

157. Van Eijk M.J.T., Stewart-Haynes J.A., Beever J.E. at al. Development of persistent lymphocytosis in cattle is closely associated with DRB2 II Immunogenetics. 1992. V.37. P.64-68.

158. Van Eijk M.J.T., Stewart-Haynes J.A., Lewin H.A. Extensive Polymorphism of the BoLA-DRB3 Gene Distinguished by PCR-RFLP II Animal Genetics. 1992. V.23. P.483 - 496.

159. Van Eijk M.J.T., Xu A., Lewin H.A., Muggli-Cocket N.E. Assosiation between BoLA-DRB genotypes and development of persisent lymphocytosis in bovine leukaemia virus-infected cows // Anamal Genetics. 1991. V.22. №1. P.99.

160. VanLeeuwen J.A., Forsythe L.A., Tiwari A., Chartier R. Seroprevalence of antibodies against bovine leukemia virus, bovine viral diarrhea virus, Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis, and Neospora caninum in dairy cattle in Saskatchewan // Can.Vet.J. 2005. V.46. P.56-58.

161. VanLeeuwen J.A., Haddad J.P., Dohoo I.R., Keefe G.P., Tiwari A., Tremblay R. Associations between reproductive performance and seropositivity for bovine leukemia virus, bovine viral-diarrhea virus, Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis, and Neospora caninum in Canadian dairy cows // Preventive.Veterinary.Medicine, 2010. V.94. P.54-64.

162. VanLeeuwen J.A., Keefe G.P., Tremblay R. Seroprevalence of infection with Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis, bovine leukemia virus, and bovine viral diarrhea virus in maritime Canada dairy cattle // Can.Vet.J. 2001. V.42. №3. P.193-198.

163. VanLeeuwen J.A., Tiwari A, Plaizier J.C., Whiting T.L. Seroprevalences of antibodies against bovine leukemia virus, bovine viral diarrhea virus, Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis, and Neospora caninum in beef and dairy cattle in Manitoba // Can.Vet.J. 2006. V.47. P.783-786.

164. Willems L., Burny A., Dangoisse O., Collete D., Dequiedt F., Gatot J.S., Kerkhofs P., Lefebvre L„ Merezak C„ Portetelle D„ Twizere J.C., Kettmann R. Bovine

126

leukemia virus as a model for human T-cell leukemia virus // Current.Topics.in.Virology. 1999. P.139-167

165. Wolfe N.D., Heneine W„ Carr J.K., Garcia A.D., ShanmugamV., Tamoufe U„ Torimiro J.N., Prosser A.T., Lebreton M., Mpoudi-Ngole E., McCutchan F.E., Birx D.L., Folks T.M., Burke D.S., Switzer W.M. Emergence of unique primate T-lymphotropic viruses among central African bushmeat hunters // Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 2005. V.102. P.7994-7999.

166. Wyatt C.R., Wingett D„ White J.C., Buck C D., Knowles D„ Reeves R„ Magnuson N.S. Persistent infection of rabbits with bovine leukemia virus associated with development of immune dysfunction // J.Virol. 1989. V.63. P.4498-4506.

167. Xu A., Lewin H.A. Characterization of bovine malor histicompatibility complex class II genes using the polymerase reaction // Animal Genetics. 1991. V.l. P.61-62.

168. Xu A., van Eijk M.J.T., Park C., and Lewin H.A. Polymorphism in BoLA-DRB3 Exon 2 correlates with resistance to persistent lymphocytosis caused by Bovine Leukemia virus // J. Immunol. 1993. V. 151. № 12. P. 6977-6985.

169. Yoshida T„ Mukoyama H„ Furuta H„ Kondo Y., Takeshima S.N., Aida Y„ Kosugiyama M., Tomogane H. Association of BoLA-DRB3 alleles identified by a sequence-based typing method with mastitis pathogens in Japanese Holstein cows // Anim.Sci.J. 2009. V.80. №5. P.498-509.

170. Yoshida T., Mukoyama H., Furuta H., Kondo Y., Takeshima S.N., Aida Y., Kosugiyama M., Tomogane H. Association of the amino acid motifs of BoLA-DRB3 alleles with mastitis pathogens in Japanese Holstein cows // Anim.Sci.J. 2009. V.80. №5. P.510-519.

171. Zanotti M., Poli G., Ponti W. et al. Association of BoLA Class II Haplotypes with Subclinical Progression of Bovine Leukemia Virus Infection in Holstein-Friesian Cattle // Animal Genetics. 1996. V.27. P.337-341.

172. Zhao T.M., Hague B., Caudell D.L., Simpson R.M., Kindt T.J. Quantification of HTLV-I proviral load in experimentally infected rabbits // Retrovirology. 2005. V.2. P.34.

173. Zhao X., Buehring G.C. Natural genetic variations in bovine leukemia virus envelope gene: possible effects of selection and escape // Virology. 2007. V.366. P. 150165.

174. Zhu Z.F., Vincek V., Figueroa F., Schonbach C., Klein J. MHC-DRB genes of the pigtail macaque (Macaca nemestrina): implications for the evolution of human DRB genes // Mol.Biol.Evol. 1991. V.8. №5. P.563-578.