Анализ генетических и эпигенетических нарушений хромосомы 3 человека при раке легкого, шейки матки и яичников тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат наук Дмитриев, Алексей Александрович
Дмитриев, Алексей Александрович
кандидат наук
2013
- Специальность ВАК РФ03.01.03
- Количество страниц 151
Оглавление диссертации кандидат наук Дмитриев, Алексей Александрович
СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Роль метилирования ДНК в организме человека
1.1.1. Метилирование ДНК и модификации гистонов
1.1.2. Белки группы поликомб (Рев) и их связь с метилированием ДНК при онтогенезе и канцерогенезе
1.1.3. Бивалентные промоторы — элемент гибкости и пластичности генома
1.1.4. Расположение нуклеосом и метилирование ДНК
1.1.5. Возможная роль метилирования внутренних областей гена
1.1.6. Механизмы деметилирования ДНК
1.2. Перспективы использования метилирования в качестве биомаркера
1.2.1. Фоновое метилирование, эффект влияния опухоли на строму
1.2.2. Возможности применения метиломных онкомаркеров для неинвазивных тестов
1.3. Определение паттернов метилирования и выбор генов-кандидатов в биомаркеры с помощью микрочипов
1.3.1. Анализ метилирования с использованием рестриктаз
1.3.2. Анализ метилирования с использованием аффинного обогащения
1.3.3. Анализ метилирования с использованием бисульфитной конверсии
1.3.4. Ыо11-микрочипы — оригинальный метод позволяющий одновременно выявлять метилирование и делеции ДНК
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Образцы тканей
2.2. Получение РНК, кДПК и ДНК
2.3. Гибридизация ДНК с использованием Ыо11-микрочипов
2.4. Бисульфитное секвенирование
2.5. ПЦР в реальном времени
2.6. Статистический анализ данных
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. ММАЫ - приложение для обработки данных Ко^-микрочипов
3.2. Расчет границ относительного сигнала на ИоН-микрочипе, соответствующих различным вариантам генетических и эпигенетических нарушений
3.3. Анализ генетических и эпигенетических нарушений хромосомы 3 при раке легкого
3.3.1. Анализ метилирования и делеций с помощью ЫоЙ-микрочипов и бисульфитного
секвенирования
3.3.2. Оценка изменений уровня мРНК 10-ти генов
3.3.3. Сопоставление данных количественной ПЦР и ЫоИ-микрочипов
3.3.4. Статистический анализ данных ЫоИ-микрочипов в группах опухолей с различными гистологическими и патологическими характеристиками
3.4. Анализ генетических и эпигенетических нарушений хромосомы 3 при раке шейки матки
3.4.1. Анализ метилирования и делеций с помощью ЫоИ-микрочипов
3.4.2. Подтверждение данных Ыо^-микрочипов методом бисульфитного секвенирования
3.4.3. Оценка изменений уровня мРНК генов ЯВБРЗ (СТЭБРЬ) и 1ТСА9
3.4.4. Статистический анализ данных Т^оЙ-микрочипов в группах опухолей с различными гистологическими и патологическими характеристиками
3.5. Анализ генетических и эпигенетических нарушений хромосомы 3 при раке яичников
3.5.1. Анализ метилирования и делеций с помощью МоИ-микрочипов
3.5.2. Подтверждение данных Ыой-микрочипов методом бисульфитного секвенирования
3.5.3. Статистический анализ данных КоЙ-микрочипов в группах опухолей с различными гистологическими и патологическими характеристиками
3.6. Сравнительный анализ частот метилирования/делеций при раке легкого, шейки матки и яичников
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
AK - аденокарцинома АТФ - аденозинтрифосфат
ВДСРЯ - высокодифференцированный серозный рак яичников
ВПЧ - вирус папилломы человека
ГДФ - гуанозиндифосфат
ГТФ - гуанозинтрифосфат
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
ДОЯ - доброкачественная опухоль яичников
кДНК - комплементарная ДНК
М/Д - метилирование/делеции
MPJI - мелкоклеточный рак легкого
HMPJI - немелкоклеточный рак легкого
п.н. - пар нуклеотидов
ПЗК - примордиальные зародышевые клетки
ПКР — плоскоклеточный рак
ПКРЛ - плоскоклеточный рак легкого
ПЦР - полимеразная цепная реакция
РНК - рибонуклеиновая кислота
РШМ - рак шейки матки
ЭСК — эмбриональные стволовые клетки
Зр - короткое плечо хромосомы
3q — длинное плечо хромосомы
cfDNA — свободно циркулирующие молекулы ДНК
CGI - CpG-островок
IncRNA — длинные некодирующие РНК
те 1, те2, теЗ - монометилирование, диметилирование, триметилирование SNP - однонуклеотидные полиморфизмы TSG — ген-супрессор опухолевого роста
Обозначения белков:
CFP - CpG-binding protein, CpG-связывающий белок
DNMT1, DNMT2, DNMT3A, DNMT3B и DNMT3L - ДНК-метилтрансферазы EZH2, G9A, LMT1, PRMT5, SET7, SET9, SETDB1, SUV39H1/2 -метилтрансферазы гистонов HI, Н2, НЗ, Н4 - гистоны
HP 1 - Heterochromatin protein 1, семейство белков гетерохроматина MBD - Methyl-CpG-binding domain protein, метил-СрО-связываюгцие белки PcG — Polycomb-group proteins, белки группы поликомб
PCNA — Proliferating cell nuclear antigen, ядерный антиген пролиферирующих клеток
PRC1, PRC2 — polycomb-group repressive complex, репрессивные поликомб комплексы
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Молекулярная биология», 03.01.03 шифр ВАК
Влияние канцерогенных и противоопухолевых ксенобиотиков на эпигенетическую регуляцию транскрипции2014 год, кандидат наук Шалгинских, Наталья Андреевна
Поиск и характеристика новых механизмов влияния белка Kaiso на метилирование ДНК2023 год, кандидат наук Каплун Дарья Сергеевна
Влияние генов TP63 и TRIM29 на формирование эпигеномной вариабельности и хромосомной нестабильности в раке предстательной железы2021 год, кандидат наук Султанов Ринат Илгизович
Изучение локализации и функциональной значимости белка Каизо в организме взрослых мышей2016 год, кандидат наук Коростина Валерия Сергеевна
Хромосомная, клеточная и тканевая специфичность гидроксиметилирования ДНК в проэмбриональный и эмбриональный периоды развития человека2018 год, кандидат наук Тихонов Андрей Владимирович
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Анализ генетических и эпигенетических нарушений хромосомы 3 человека при раке легкого, шейки матки и яичников»
ВВЕДЕНИЕ
Рак представляет собой, прежде всего, заболевание генома, вызванное генетическими и эпигенетическими нарушениями (Esteller et al., 2001; Jones et al., 2002; Wood et al., 2007). В связи с этим уже не один десяток лет поиск молекулярных онкомаркеров для диагностики, прогностики, определения гистологического типа, эффективности терапии и выбора оптимальной стратегии лечения заболевания является актуальной задачей, к которой прикован огромный интерес мирового научного сообщества.
Метилирование геномной ДНК - важнейший эпигенетический механизм регуляции экспрессии генов, играющий ведущую роль в различных клеточных процессах - адаптации, дифференциации, межклеточной коммуникации, геномном импринтинге, инактивации Х-хромосомы, подавлении транскрипции и транслокации повторяющихся элементов и многих других (Jin et al., 2008; Bergman et al., 2013). Метилирование ДНК имеет важное значение для нормального развития, а нарушение механизмов метилирования является одной из причин многих заболеваний, включая рак (Robertson, 2005; Gopalabishnan et al., 2008). При раке наблюдается локальное гиперметилирование генов, в первую очередь генов-супрессоров опухолевого роста, на фоне потери метилирования других элементов генома (Jones et al., 2002).
Недавние масштабные исследования генома раковых клеток показали, что далеко не все генетические нарушения (точечные мутации, хромосомные перестройки, делеции и др.) вносят вклад в возникновение рака (Greenman et al., 2007; Wood et al., 2007; Bozic et al., 2010). В то же время гиперметилирование промоторных областей различных генов-супрессоров опухолевого роста — частое событие, нередко наблюдаемое уже на ранних стадиях заболевания или даже задолго до его возникновения (Pfeifer et al., 2009). Гиперметилирование затрагивает согни различных генов, вовлечённых в контроль клеточного цикла, трансдукцию внешних сигналов, регуляцию адгезии и миграции. Показана потенциальная прогностическая ценность этих нарушений (Bradly et al, 2012; Dai
et al., 2013; Huang et al., 2013), а также их диагностическая значимость для неинвазивных исследований {Guzman et al., 2012; Leng et al., 2012). Более того, такие исследования позволяют решать фундаментальную задачу — выявлять новые гены-супрессоры опухолевого роста.
Кроме того, последние исследования показывают, что использование «стандартного» набора макропараметров (TNM-классификации, гистологического типа, степени анаплазии и др.) недостаточно для назначения оптимального курса лечения и существуют группы больных, требующие индивидуальных схем терапии (Travis et al., 2013). Выявление таких пациентов возможно только с использованием молекулярных методов.
Данное исследование посвящено поиску генов хромосомы 3 человека с высокой частотой генетических и/или эпигенетических нарушений в опухолях легкого, шейки матки и яичников с различными гистологическими и патологическими характеристиками и оценке их применимости в качестве диагностических маркеров.
Вовлеченность хромосомы 3 в развитие и прогрессию различных видов рака, включая рак легкого (Woenckhaus et al., 2005), шейки матки (Choi et al., 2007) и яичников {Birch et al., 2011), хорошо известна {Braga et al., 2002; Hesson et al., 2007). Однако масштабного одновременного анализа генетических и эпигенетических нарушений на представительной выборке образцов до сих пор не проводилось.
В качестве основного метода выбрана гибридизация парной «условная норма»/опухоль ДНК на Notl-микрочипах, специфичных к хромосоме 3. Notl-микрочипы позволяют одновременно выявлять две из основных причин инактивации генов-супрессоров опухолевого роста - метилирование промоторных CpG-островков и делеции ДНК.
Для нормировки и последующей обработки данных Notl-микрочипов
разработали программное приложение NIMAN (Notl-microarrays analysis).
Рассчитали границы относительного сигнала на Notl-микрочипе,
соответствующие различным вариантам генетических и эпигенетических
7
нарушений. С использованием чувствительного метода гибридизации ДНК на МоИ-микрочипах и разработанного программного обеспечения впервые оценили частоту нарушений 188-ми генов хромосомы 3 в опухолях легкого, шейки матки и яичников. Для каждого вида рака выявили более 40 генов с частотой метилирования и/или делеций выше 15%. Среди них есть как известные гены-супрессоры опухолевого роста, так и гены, для которых вовлеченность в онкогенез показана впервые. Полученные результаты выборочно подтвердили методом бисульфитного секвенирования.
Методом количественной ПЦР показали частое и значительное снижение уровня мРНК генов, характеризующихся высокой частотой нарушений по данным КоЙ-микрочипов при раке легкого. Показали, что метилирование и/или делеции вносят значительный вклад в снижение экспрессии двух известных генов-супрессоров опухолевого роста, 1ТОА9 и КВБРЗ, при раке легкого и шейки матки.
Впервые обнаружили общие и специфичные нарушения для трех видов рака, а также в группах опухолей с различными гистологическими и патологическими характеристиками для каждого из видов рака. Выявленные нарушения позволили построить оригинальные предсказательные модели и предложить наборы генов для определения каждого из трех видов рака, а также гистологических и патологических характеристик опухоли.
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Роль метилирования ДНК в организме человека
Метилирование геномной ДНК — важнейший механизм регуляции экспрессии генов, играющий ведущую роль в развитии организма и различных клеточных процессах - адаптации, дифференциации, межклеточной коммуникации и многих других. Феномен метилирования ДНК наблюдается, в основном, у эукариот (Chan et al., 2005; Law et al, 2010) . Это явление заключается в обратимом переносе метильной группы (СН3-) с S-аденозил метионина на 5 позицию пуринового кольца цитозина (Robertson, 2005). У млекопитающих метилирование цитозинов в ДНК происходит в любом месте генома, вне зависимости от контекста (Lister et al., 2009). Тем не менее, подавляющее число (более 98%) случаев метилирования ДНК наблюдается именно в динуклеотидах CG в составе так называемых CpG-островков — протяжённых областей (более 200 п.н.) с высоким содержанием CG. В то же время метилирование вне CpG-островков происходит чаще всего в эмбриональных стволовых клетка (ЭСК) (Lister et al., 2009).
Метилирование ДНК имеет важное значение для нормального развития и играет важную роль в ряде ключевых процессов, включая геномный импринтинг — предпочтительную экспрессию генов лишь с материнских либо отцовских хромосом (Туско, 2010), инактивацию Х-хромосомы, подавление транскрипции и транслокации повторяющихся элементов. В то же время нарушение механизмов метилирования ДНК являются одной из причин многих заболеваний, включая рак (Robertson, 2005; Gopalakrishnan et al., 2008; Jin et al., 2008; Jin et al., 2009).
Метилирование ДНК регулируется семейством ДНК-метилтрансфераз (DNMT): DNMT1, DNMT2, DNMT3A, DNMT3B и DNMT3L (Bestor et al., 1988; Окапо et al., 1998; Yoder et al, 1998; Bestor, 2000; Cheng et al., 2008). Ранее in vitro было показано, что DNMT1 преимущественно ответственна за метилирование гемиметилированной ДНК (когда метилирован один из двух аллелей).
Предполагается, что эта метилтрапсфераза ответственна за копирование паттерна метилирования на дочерние цепи во время репликации ДНК {Probst et al., 2009) — во время S фазы клеточного цикла DNMT1 локализуется в областях репликации хроматина. Мышиные модели с гомозиготными делециями гена DNMT1 характеризируются эмбриональной летальностью примерно на стадии Е9 {Li et al., 1992; Li, 2002). DNMT2 - гомолог метилтрансферазы 1, ответственный за метилирование цитозина-38 в антикодоне петли транспортной РНК аспарагиновой кислоты {Goll et al., 2006). DNMT3A и DNMT3B, в отличие от DNMT1, выполняют метилирование CpG дипуклеотидов de novo в процессе развития организма. Мыши, лишенные гена DNMT3A, умирают в возрасте примерно 4-х недель, в то время как нокаут DNMT3B вызывает эмбриональную летальность на стадиях от Е14.5 до Е18.5 {Li et al., 1992; Окапо et al., 1999; Li, 2002; Goll et al., 2006). Обладая гомологией к DNMT3A и DNMT3B, DNMT3L повышает эффективность других метилтрансфераз, увеличивая их способность связываться с донором метильной группы, 8-аденозил-Ь-метионином, а также стимулирует их активность in vivo {Kareta et al., 2006), в то время как сам белок DNMT3L не обладает каталитической активностью. Делеция/выключение гена DNMT3L приводит к тому, что в импринтинговых областях происходит экспрессия генов с двух аллелей, отцовской и материнской. При этом оба аллеля остаются неметилированными, в то время как уровень метилирования других генов, вне импринтинговых областей, не изменяется {Bourc'his et al., 2001).
Ранее считалось, что DNMT1, главным образом, выполняет функции метилтрансферазы, обеспечивающей копирование паттерна метилирования в процессе синтеза ДНК, a DNMT3A и DNMT3B участвуют в формировании профиля метилирования cle novo (в процессе развития организма или клеточной дифференциации). Тем не менее, все больше свидетельств указывает на то, что DNMT1 также может быть необходима для метилирования геномной ДНК de novo {Egger et al., 2006), a DNMT3A и DNMT3B способствуют сохранению паттерна метилирования ДНК при репликации {Riggs et al., 2004).
Хорошо известно, что нарушение метилирования ДНК тесно связано с развитием рака. Тем не менее, не выявлено никаких мутаций или других нарушений в генах DNMT, которые бы приводили к возникновению опухолей (по-видимому, в связи со значимой ролыо этих генов в эмбриогенезе). Эпигенетическим признаком рака является избирательное гиперметилирование CpG-островков (CGI) определённых генов на фоне общей потери метилирования ДНК других элементов генома (Feinberg et al., 2006; Suzuki et al., 2008). При раке снижению метилирования наиболее подвержены повторяющиеся элементы, включая сателлиты (например, SAT2) и ретротранспозоны (например, LINE). В нормальных тканях число этих участков, способных к самокопированию, контролируется метилированием, в то время как повышенное содержание этих элементов в геноме (так называемая микросателлитная нестабильность) является признаком опухоли и даже служит маркером её агрессивности. Микросателлитная нестабильность часто приводит к другим нарушениям генома и активации протоонкогенов. Специфичное гиперметилирование обычно встречается в промоторных CpG-островках генов-супрессоров опухолевого роста (tumor suppressor genes, TSG), что практически неизбежно приводит к инактивации или снижению уровня их экспрессии.
Метилирование ДНК само по себе может конформационно препятствовать связыванию факторов транскрипции с промоторной областью гена (Wade, 2001), и, что более важно, изменение метилирования ДНК приводит к изменению состояния хроматина. В этот сложный процесс вовлечено множество различных участников - гистоны, белки группы поликомб, длинные некодирующие РНК (IncRNA), микроРНК, АТФ-зависимые белки ремоделирования хроматина и др. (Suzuki et al., 2008).
1.1.1. Метилирование ДНК и модификации гистонов
Метилирование ДНК и ковалентные модификации гистонов, основных
белков хроматина, обеспечивают сохранение паттерна экспрессии генов при
делении клетки. Гистоны могут подвергаться различным модификациям, включая
11
ацетилирование, метилирование, фосфорилирование и др. В свою очередь, эти механизмы регулируют ключевые клеточные процессы, например, транскрипцию генов, репликацию и репарацию ДНК (Cedar et al., 2009; Chi et ai, 2010). Метилирование ДНК и определенные модификации гистонов, по всей видимости, взаимно влияют друг на друга. Хорошо известно, что профиль метилирования ДНК служит шаблоном для формирования паттерна
ацетилирования/метилирования гистонов, но есть сведения и об обратной связи гистоновых модификаций и метилирования геномной ДНК (Cedar et al., 2009).
Триметилирование гистона НЗ по лизину 9 (НЗК9), гистона НЗ по лизину 27 (НЗК27) и гистона Н4 по лизину 20 (Н4К20) предположительно является предпосылкой для последующего метилирования ДНК, осуществляемого различными метилтрансферазами. Модификации НЗК9 и НЗК27 осуществляются гистоновыми метилтрансферазами SUV39H1/2 и EZH2 в комплексе с DNMT1, DNMT3A и DNMT3B {Lehnertz et al, 2003; Vire et al, 2006). Околоцентромерная локализация DNMT3B определяется статусом метилирования гистона НЗ по положению К9, которое, в свою очередь, выполняется белком SUV39H1/2. Для эмбриональных стволовых клеток мыши с инактивированными на обоих аллелях генами SUV39H1/2 наблюдается сниженный уровень метилирования крупных сателлитных повторов, в то время как для мелких повторяющихся элементов и эндогенных ретровирусов С-типа изменений метилирования не показано {Lehnertz et al., 2003). Есть сведения о формировании комплекса между ДНК-метилтрансферазами DNMT1 и DNMT3A и гистоновой метилтрансферазой SUV39H1, причём данное взаимодействие опосредовано высококонсервативным т.н. PHD (Plant Homeo Оотат)-подобным доменом DNMT3A, который присутствует более чем в 100 различных белках человека {Fuks et al., 2003).
Гистоновая метилтрансфераза EZH2 представляет собой один из главных
компонентов репрессивного поликомб-комплекса 2 (PRC2), который катализирует
триметилирование гистона НЗ по положению 27 (НЗК27шеЗ), что в свою очередь,
приводит к участию PRC1 и закрепляет эффект инактивации экспрессии гена
{Chase et al., 2011; Yoo et al., 2012). Более того, показано, что метилтрансфераза
12
EZII2 взаимодействует с DNMT и, тем самым, облегчает её связывание с промоторами определенных генов, целевых для EZH2 (Vire et al., 2006). Повышение экспрессии EZH2 увеличивает общий уровень метилирования CpG-динуклеотидов, в то время как нокдаун EZH2 посредством РНК-интерференции снижает уровень метилирования НЗК27, а также ДНК ряда целевых генов EZH2 (Vire et al., 2006).
Другая метилаза гистонов, G9A, катализирует монометилирование и диметилирование НЗК9 (Tachibana et al., 2001; Tachibana et al., 2002), и, в меньшей степени, НЗК27 (Tachibana et al., 2001). Полногеномный анализ метилирования ДНК эмбриональных клеток мыши с инактивированным геном G9A позволил показать, что эта гистоновая метилтрансфераза вносит вклад в метилирование ДНК с высокой специфичностью для определённых генов — снижение уровня метилирования ДНК наблюдалось только лишь в 1.6% из 2 ООО проанализированных локусов (Ikegami et al, 2007). Ранее было показано, что комплексы G9A/GLP осуществляют репрессию транскрипции двумя независимыми путями: как посредством метилирования гистона НЗ по положению К9, так и локус-специфичным метилированием геномной ДНК (Tachibana et al., 2008).
Таким образом, достигается своего рода соответствие между профилем
метилирования CpG-динуклеотидов ДНК и белковыми модификациями гистонов
в соответствующих областях хроматина, причём возможна как прямая, так и
обратная связь. Примеры с модификациями лизинов в гистонах и последующим
изменением паттернов метилирования геномной ДНК являются не
единственными примерами таких обратных связей. Также известно, что
метилирование остатка аргинина в гистонах (H4R3) может вызывать
последующее метилирование геномной ДНК и инактивацию транскрипции:
симметричная модификация гистона Н4 по аргинину 3 (H4R3me2s),
катализируемая метилазой PRMT5, служит прямой мишеныо для связывания
DNMT3A (Zhao et al., 2009), которая, в свою очередь, осуществляет
метилирование CpG-динуклеотидов целевых генов PRMT5. Таким образом,
13
метилтрансферазы и деметилазы гистонов способствуют прямому привлечению DNMT.
Однако это является не единственным механизмом связи гистонового кода и паттерна метилирования геномной ДИК. Метилазы гистонов могут влиять также на стабильность белков DNMT {Esteve et al, 2009; Wang et al, 2009). Метилтрансфераза SET7, осуществляющая модификацию гистона ИЗ по положению К4, колокализуется с DNMT1 и метилирует последнюю по положению К142. Эта белковая модификация значительно влияет на стабильности и деградацию этого фермента {Esteve et al., 2009). Оверэкспрессия SET7 приводит к понижению уровня белка DNMT1, а нокдаун SET7 посредством малых интерферирующих РНК стабилизирует DNMT1 и снижает интенсивность её деградации. Также было показано, что лизин-специфичная деметилаза 1 (LSD1), выполняющая деметилирование гистона НЗ по положениям К4 и К9, способна также снимать метилирование DNMT1 по положению К142, тем самым, противодействуя эффекту SET7 {Wang et al., 2009). При этом делеция LSD J в мышиных ЭСК запускает прогрессирующую потерю метилирования ДНК.
Другим участником механизмов, обеспечивающих связь между метилированием ДНК и гистоновым кодом, является белок гетерохроматина НР1. С НР1 напрямую связывается белок НР1-ВР74, а его центральный домен связывается с геномной ДНК в зоне входа/выхода нуклеосомной ДНК in vitro {Hayashihara et al., 2010). HP1-BP74 играет важную роль при формировании т.н. метафазных хромосом при делении клетки. Белки НР1 модулируют транскрипцию генов как в эухроматине, так и в гетерохроматине. НР1 связывается с гистоном НЗ, метилированным по положению К9, а именно с его N-концевым хромодоменом. Возможность связывания НР1 со структурным гетерохроматином зависит от ферментативной активности метилаз SUV39H1/2, катализирующих триметилирование НЗК9 {Cheutin et al, 2003), в то время как связывание НР1 с эухроматином возможно в случае диметилирования II3K9 посредством G9A {Tachibana et al, 2002). Также НР1 напрямую взаимодействует
с PHD-подобным доменом DNMT3A, как было показано in vitro {Fuks et al, 2003).
14
За счёт этих взаимодействий происходит своего рода копирование профиля метилирования НЗК9 на геномную ДНК (Fuks et al., 2003; Lehnertz et al., 2003).
Как было показано в работе (Smalhvood et al., 2007), со всеми тремя членами семейства НР1 взаимодействует и другая метилаза, DNMT1, что приводит к увеличению уровня метилирования как ДНК, так и белков хроматина in vitro. В свою очередь, это сопровождается падением экспрессии генов эухроматина. В частности, было показано, что репрессия транскрипция гена сурвивина за счёт НР1 возможна только при наличии метилазы DNMT1. Белки НР1 привлекают к метилированным участкам также множество других факторов, включая деацетилазы гистонов, репрессоры транскрипции и белки ремоделирования хроматина, что отражается на дальнейшем усилении и/или стабилизации репрессии транскрипции (Maison et al., 2004; Robertson, 2005).
Выше обсуждались механизмы воссоздания профиля метилирования ДНК
по гистоновому коду, другими словами, профилю метилирования/ацетилирования
гистонов. Теперь проведём краткий обзор механизмов модификации гистонов и
ремоделирования хроматина на основе паттернов метилирования геномной ДНК.
Ведущую роль в этом процессе играет так называемый ядерный антиген
пролиферирующих клеток PCNA (proliferating cell nuclear antigen),
локализованный, как правило, в областях репликации ДНК. Помимо того, что
PCNA, являясь фактором высокой процессивности полимеразы, играет важную
роль в репликации ДНК, он представляет собой центральный элемент механизмов
копирования эпигенетического кода при клеточном делении (Probst et al., 2009).
PCNA ответственен за привлечение ряда эпигенетических регуляторов, таких как
деацетилаза гистонов HDAC и метилтрансфераза SETD8, белок ремоделирования
хроматина SMARCA5 и фактор сборки хроматина CAF1 (Probst et al., 2009).
Копирование профиля метилирования ДНК при репликации, по-видимому,
обусловлено взаимодействиями DNMT1-PCNA и/или DNMT1-UHRF1 (Ubiquitin-
like, containing PHD and RING finger domains, 1). Последний представляет собой
ДНК-связывающий белок, осуществляющий привлечение HD АС и DNMT1 в
места связывания (Sharif et al., 2007; Arita et al., 2008). В то время как нарушение
15
взаимодействия между DNMT1 и PCNA слабо влияет на изменение уровней метилирования геномной ДНК, нарушение взаимодействий DNMT1-UHRF1 приводит к глобальной потере метилирования генома в делящихся клетках {Hervouet et al., 2010). Кроме того, in vitro было показано, что UHRF1 специфично взаимодействует с участками гистонов, метилированными по положению НЗК9 (Karagianni et al., 2008; Probst et al., 2009), и также может находиться в комплексе с деацетилазой HDAC и метилазой G9A {Sharif et al., 2007). Таким образом, помимо роли в поддержании профиля метилирования ДНК в процессе её репликации, UHRF1 отвечает за «трансляцию» гистонового кода на геномную ДНК и представляет собой часть механизма, обеспечивающего как взаимное соответствие эпигенетических гистоновых меток и профиля метилирования геномной ДНК, так и их взаимное усиление.
Есть также указания на то, что метилирование ДНК обуславливает ди- и
триметилирование НЗ по положению К9, однако этот вопрос остается спорным:
мутации гена DNMT1, приводящие к понижению активности этого фермента (т.н.
гипоморфные мутации), вызывают глобальное снижение уровней НЗК9ше2 и
НЗК9теЗ в раковых клеточных линиях {Esteve et al., 2006; Ikegami et al., 2009).
Нокаут генов DNMT1 и DNMT3B в линиях клеток рака толстой кишки вызывает
изменения уровней метилирования НЗК9 как в гетерохроматине, так и в
определенных участках других генов, в том числе TSG {Bach/nan et al, 2003).
Обработка клеточных линий рака молочной железы, мочевого пузыря и толстой
кишки деметилирующим агентом 5-аза-2'-дезоксицитидином (5-aza-CdR)
приводит к реактивации многих инактивированных в процессе канцерогенеза
генов и последующему понижению уровня метилирования НЗК9 {Wozniak et al.,
2007). Инактивация сразу трёх генов DNMT1/DNMT3A/DNMT3B в ЭСК приводит
к полной потере метилирования ДНК в ряде повторяющихся элементов и зонах
имприптинга {Tswmira et al., 2006), однако, в околоцентромерных областях
метилирование по положению II3K9 сохраняется, также как и остаётся
неизменной около-хроматиновая локализация НР1 {Tsumura et al., 2006). В
процессах, связывающих метилирование ДНК и модификации по положению
16
НЗК9, принимает участие ряд важных белков. В частности, DNMT1 непосредственно взаимодействует с G9A, что было показано in vivo и in vitro. Эти белки локализуются в ядре клетки во время репликации ДНК. В свою очередь, комплекс DNMT1-G9A располагается в местах диметилирования НЗК9 в очагах репликации. Падение уровня DNMT1 приводит не только к нарушению метилирования ДНК, но и потере около-хроматиновой локализации G9A и, как следствие, утрате меток НЗК9те2 на хроматине (Esteve et al., 2006). Аналогичную роль играют комплексы SUV39H1 и DNMT1; их около-хроматиновая ко-локализация наблюдается только во время стадии репликации перед делением клетки.
Помимо описанных механизмов, существует дополнительная связь между метилированием ДНК и гистоновым кодом, главная роль в которой отводится метил-Срв-связывающим белкам (MBD), специфично взаимодействующим с метилированной ДНК и выступающим посредниками в процессе подавления транскрипции. Во время репликации участков генома с высоким уровнем метилирования фактор сборки хроматина С AFI формирует комплекс с MBD1 и лизин-метилазой гистонов SETDB1, что, по сути, является другой ветвью механизмов, отвечающих за установление взаимного соответствия между гистоновым кодом и паттернами метилирования геномной ДНК (Probst et al., 2009). Анализ делеций MBD1 позволил предположить, что SETDB1 способен метилировать НЗК9 только в присутствии MBD1, который привлекает SETDB1 и CAF1 в область репликационной вилки (Sarraf et al., 2004). Другой метил-CpG-связывающий белок МеСР2 опосредует деацетилирование гистонов в областях с высоким уровнем метилирования ДНК, что также негативно отражается на экспрессии генов-мишеней. МеСР2 стабильно связывается с хроматином, а именно с областями высокого уровня метилирования геномной ДНК. Далее МеСР2 взаимодействует . с корепрессорным комплексом, содержащим деацетилазы гистонов HDAC (Nan et al., 1998).
Одно из новых наблюдений, которое позволили осуществить
высокопроизводительные технологии полногеномных исследований, заключается
17
в наличии сильной обратной корреляции между метилированием ДИК и метилированием НЗК4: метилирование ДНК в CpG-островках обратно коррелирует с присутствием триметилирования гистона НЗ по положению К4 (Маипакеа et al., 2010). Механизм этого процесса остаётся неясным.
CpG-связывающий белок (CFP1), кодируемый геном СХХС1, является важным регулятором структуры хроматина и необходим для развития всех млекопитающих. ДНК-связывающий домен белка CFP1 («цинковый палец») избирательно взаимодействует с неметилированными CpG-динуклеотидами, как было показано in vitro (Lee et al., 2002) и in vivo (Thomson et al., 2010). Высокопроизводительное секвестрование (ChIP-seq) CFP1-связанного хроматина позволило обнаружить значительную корреляцию между наличием неметилированных CGI и метками НЗК4теЗ в мозге мыши (Thomson et ai, 2010). Уровни НЗК4теЗ в областях, соответствующих CGI, заметно снижены в клетках с инактивированным СХХС1, что согласуется с выводом о том, что CFP1 взаимодействует с НЗК4-метилтрансферазой SETD1. Неметилированные CpG-кластеры привлекают CFP1, а, возможно, также другие белки, содержащие СХХС-домен, для стимулирования метилирования НЗК4. С другой стороны, значительно метилированные CGI привлекают и метил-СрО-связывающие белки, которые, в свою очередь, взаимодействуют с белками, усиливающими эффект подавления транскрипции.
Анализ пептидных взаимодействий показал, что DNMT3L специфично
взаимодействует с N-концом гистона НЗ. Причём это взаимодействие
наблюдалось реже в случае метилирования FI3K4, хотя в случае модификаций
гистонов по другим позициям изменений не отмечалось. DNMT3L опознает N-
концы гистона НЗ, неметил ированные по лизину 4, и, как следствие, может
запускать метилирование ДНК de novo путем привлечения и активации
DNMT3A2 (Ooi et al., 2007). У млекопитающих существует, по крайней мере, 10
известных или предсказанных метилтрансфераз, отвечающих за модификацию
НЗК4, которые, как правило, подразделяются на семейства MLL, SET1, и ряд
других групп (Ruthenburg et al., 2007). H3K4mel может защитить определенные
18
участки ДНК от метилирования. Нарушения структуры MLL в мышиных моделях приводило к снижению уровней H3K4mel и увеличению уровней метилирования ДНК в определенных генах (например, Hoxd4), но не глобально (Terranova et al., 2006). Однако трансфекция клеток с инактивированным MLL экзогенным высокоэкспрессным MLL не приводила к снижению глобального уровня метилирования по всему геному {Milne et al., 2002). Поэтому, возможно, что метилирование ДНК представляет собой своего рода исходное состояние генома до тех пор пока НЗК4те или же другие гистоновые модификации не внесут свой вклад в активацию определённых участков хроматина.
Похожие диссертационные работы по специальности «Молекулярная биология», 03.01.03 шифр ВАК
Гены микроРНК, подверженные метилированию в опухолях легкого и толстой кишки, и их диагностическое значение2013 год, кандидат биологических наук Рыков, Сергей Викторович
Изменение эпигенетического статуса плюрипотентных клеток человека в процессе дифференцировки in vitro2008 год, кандидат биологических наук Волчков, Павел Юрьевич
Изменения метилирования ДНК в ответ на появление онкогенных мутаций и при адаптации к внешней среде2021 год, кандидат наук Артемов Артем Владимирович
Анализ метилирования ДНК при раке шейки матки2003 год, кандидат биологических наук Петренко, Анатолий Анатольевич
Влияние эпигенетических факторов на развитие иммуновоспалительных заболеваний кожи2019 год, кандидат наук Чекалин Евгений Виталиевич
Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Дмитриев, Алексей Александрович, 2013 год
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Ahmed I.A., Pusch C.M., Hamed T., Rashad H., Idris A., El-Fadle A.A., Blin N. Epigenetic alterations by methylation of RASSF1A and DAPK1 promoter sequences in mammary carcinoma detected in extracellular tumor DNA. Cancer Genet Cytogenet. 2010. 199(2): p. 96100.
2. Alkam Y., Mitomi H., Nakai K., Himuro T., Saito T., Takahashi M., Arakawa A., Yao T., Saito M. Protein expression and methylation of DNA repair genes hMLHl, hMSII2, MGMT and BRCA1 and their correlation with clinicopathological parameters and prognosis in basal-like breast cancer. Histopathology. 2013. 63(5): p. 713-725.
3. Allikmets R.L., Kashuba V.I., Pettersson B., Gizatullin R., Lebedeva T., Kholodnyuk I.D., Bannikov V.M., Petrov N., Zakharyev V.M., Winberg G., et al. NotI linking clones as a tool for joining physical and genetic maps of the human genome. Genomics. 1994. 19(2): p. 303309.
4. Ameri A., Alidoosti A., Hosseini S.Y., Parvin M., Emranpour M.H., Taslimi F., Salehi E., Fadavip P. Prognostic Value of Promoter Hypermethylation of Retinoic Acid Receptor Beta (RARB) and CDKN2 (pl6/MTSl) in Prostate Cancer. Chin J Cancer Res. 2011. 23(4): p. 306311.
5. Amin K.S., Banerjee P.P. The cellular functions of RASSF1A and its inactivation in prostate cancer. J Carcinog. 2012. 11: p. 3.
6. Anedchenko E.A., Dmitriev A.A., Krasnov G.S., Kondrat'eva T.T., Kopantsev E.P., Vinogradova T.V., Zinov'eva M.V., Zborovskaia I.B., Polotskii B.E., Sakharova O.V., Kashuba V.I., Zabarovskii E.R., Senchenko V.N. [Down-regulation of RBSP3/CTDSPL, NPRL2/G21, RASSF1A, 1TGA9, IIYAL1 and HYAL2 genes in non-small cell lung cancer], Mol Biol (Mosk). 2008. 42(6): p. 965-976.
7. Anedchenko E.A., Kiseleva N.P., Dmitriev A.A., Kiselev F.L., Zabarovskii E.R., Senchenko V.N. [Tumor suppressor gene RBSP3 in cervical carcinoma: copy number and transcriptional level]. Mol Biol (Mosk). 2007. 41(1): p. 86-95.
8. Antequera F., Bird A. CpG islands as genomic footprints of promoters that are associated with replication origins. Curr Biol. 1999. 9(17): p. R661-667.
9. Arita K., Ariyoshi M., Tochio H., Nakamura Y., Shirakawa M. Recognition of hemi-methylated DNA by the SRA protein UHRF1 by a base-flipping mechanism. Nature. 2008. 455(7214): p. 818-821.
10. Arnaout M.A., Goodman S.L., Xiong J.P. Structure and mechanics of integrin-based cell adhesion. Curr Opin Cell Biol. 2007. 19(5): p. 495-507.
116
11. Ayadi W., Karray-I-Iakim II., Kliabir A., Feki L., Charfi S., Boudawara T., Ghorbcl A., Daoud J., Frikha M., Busson P., Ilammami A. Aberrant methylation of pi6, DLEC1, BLU and E-cadherin gene promoters in nasopharyngeal carcinoma biopsies from Tunisian patients. Anticancer Res. 2008. 28(4B): p. 2161-2167.
12. Bachman K.E., Park B.H., Rhee I., Rajagopalan II., Herman J.G., Baylin S.B., Kinzler K.W., Vogelstein B. Histone modifications and silencing prior to DNA methylation of a tumor suppressor gene. Cancer Cell. 2003. 3(1): p. 89-95.
13. Ball M.P., Li J.B., Gao Y., Lee J.H., LeProust E.M., Park I.H., Xie B., Daley G.Q., Church G.M. Targeted and genome-scale strategies reveal gene-body methylation signatures in human cells. Nat Biotechnol. 2009. 27(4): p. 361-368.
14. Banzai C., Nishino K., Quan J., Yoshihara K., Sekine M., Yahata T., Tanaka K. Promoter methylation of DAPK1, FIIIT, MGMT, and CDKN2A genes in cervical carcinoma. Int J Clin Oncol. 2013.
15. BaseGroup Labs. Available online: http://www.basegroup.ru/. Accessed on September 2013.
16. Belinsky S.A. Gene-promoter hypermethylation as a biomarker in lung cancer. Nat Rev Cancer. 2004. 4(9): p. 707-717.
17. Belinsky S.A. Silencing of genes by promoter hypermethylation: key event in rodent and human lung cancer. Carcinogenesis. 2005. 26(9): p. 1481-1487.
18. Belinsky S.A., Nikula K.J., Palmisano W.A., Michels R., Saccomanno G., Gabrielson E., Baylin S.B., Herman J.G. Aberrant methylation of pl6(INK4a) is an early event in lung cancer and a potential biomarker for early diagnosis. Proc Natl Acad Sci USA. 1998. 95(20): p. 11891-11896.
19. Belinsky S.A., Palmisano W.A., Gilliland F.D., Crooks L.A., Divine K.K., Winters S.A., Grimes M.J., Harms H.J., Tellez C.S., Smith T.M., Moots P.P., Lechner J.F., Stidley C.A., Crowell R.E. Aberrant promoter methylation in bronchial epithelium and sputum from current and former smokers. Cancer Res. 2002. 62(8): p. 2370-2377.
20. Bennett K.L., Lee W., Lamarre E., Zhang X., Seth R., Scharpf J., Hunt J., Eng C. HPV status-independent association of alcohol and tobacco exposure or prior radiation therapy with promoter methylation of FUSSEL18, EBF3, IRX1, and SEPT9, but not SLC5A8, in head and neck squamous cell carcinomas. Genes Chromosomes Cancer. 2010. 49(4): p. 319-326.
21. Bergman Y., Cedar II. DNA methylation dynamics in health and disease. Nat Struct Mol Biol. 2013.20(3): p. 274-281.
22. Bernal C., Vargas M., Ossandon F., Santibanez E., Urrutia J., Luengo V., Zavala L.F., Backhouse C., Palma M., Argandona J., Aguayo F., Corvalan A. DNA methylation profile in
diffuse type gastric cancer: evidence for hypermethylation of the BRCA1 promoter region in early-onset gastric carcinogenesis. Biol Res. 2008. 41(3): p. 303-315.
23. Bestor Т., Laudano A., Mattaliano R., Ingram V. Cloning and sequencing of a cDNA encoding DNA methyltransferase of mouse cells. The carboxyl-terminal domain of the mammalian enzymes is related to bacterial restriction methyltransferases. J Mol Biol. 1988. 203(4): p. 971983.
24. Bestor Т.Н. The DNA methyltransferases of mammals. Hum Mol Genet. 2000. 9(16): p. 23952402.
25. Bhutani N., Brady J.J., Damian M., Sacco A., Corbel S.Y., Blau H.M. Reprogramming towards pluripotency requires AID-dependent DNA demethylation. Nature. 2010. 463(7284): p. 10421047.
26. Bibikova M., Fan J.B. GoldenGate assay for DNA methylation profiling. Methods Mol Biol. 2009. 507: p. 149-163.
27. Birch A.H., Arcand S.L., Oros K.K., Rahimi K., Watters A.K., Provencher D., Greenwood C.M., Mes-Masson A.M., Tonin P.N. Chromosome 3 anomalies investigated by genome wide SNP analysis of benign, low malignant potential and low grade ovarian serous tumours. PLoS One. 2011. 6(12): p. e28250.
28. Bock C. Analysing and interpreting DNA methylation data. Nat Rev Genet. 2012. 13(10): p. 705-719.
29. Bonello N., Sampson J., Burn J., Wilson I.J., McGrown G., Margison G.P., Thorncroft M., Crossbie P., Povey A.C., Santibanez-Koref M., Walters K. Bayesian inference supports a location and neighbour-dependent model of DNA methylation propagation at the MGMT gene promoter in lung tumours. J Theor Biol. 2013. 336C: p. 87-95.
30. Bosviel R., Michard E., Lavediaux G., Kwiatkowski F., Bignon Y.J., Bernard-Gallon D.J. Peripheral blood DNA methylation detected in the BRCA1 or BRCA2 promoter for sporadic ovarian cancer patients and controls. Clin Chim Acta. 2011. 412(15-16): p. 1472-1475.
31. Bourc'his D., Xu G.L., Lin C.S., Bollman В., Bestor Т.Н. Dnmt3L and the establishment of maternal genomic imprints. Science. 2001. 294(5551): p. 2536-2539.
32. Bozic I., Antal Т., Ohtsuki II., Carter H., Kim D., Chen S., Karchin R., Kinzler K.W., Vogelstein В., Nowak M.A. Accumulation of driver and passenger mutations during tumor progression. Proc Natl Acad Sci USA. 2010. 107(43): p. 18545-18550.
33. Brabender J., Usadel H., Danenberg K.D., Metzger R., Schneider P.M., Lord R.V., Wickramasinghe K., Lum C.E., Park J., Salonga D., Singer J., Sidransky D., Holscher A.H., Meltzer S.J., Danenberg P.V. Adenomatous polyposis coli gene promoter hypermethylation in non-small cell lung cancer is associated with survival. Oncogene. 2001. 20(27): p. 3528-3532.
118
34. Bracken A.P., Dietrich N., Pasini D., Hansen K.H., Ilelin K. Genome-wide mapping of Polycomb target genes unravels their roles in cell fate transitions. Genes Dev. 2006. 20(9): p. 1123-1136.
35. Bradly D.P., Gattuso P., Pool M., Basu S., Liptay M., Bonomi P., Buckingham L. CDKN2A (pi6) promoter hypermethylation influences the outcome in young lung cancer patients. Diagn Mol Pathol. 2012. 21(4): p. 207-213.
36. Braga E., Senchenko V., Bazov I., Loginov W., Liu J., Ermilova V., Kazubskaya T., Garkavtseva R., Mazurenko N., Kisseljov F., Lerman M.I., Klein G., Kisselev L., Zabarovsky E.R. Critical tumor-suppressor gene regions on chromosome 3P in major human epithelial malignancies: allelotyping and quantitative real-time PCR. Int J Cancer. 2002. 100(5): p. 534541.
37. Buffart T.E., Overmeer R.M., Steenbergen R.D., Tijssen M., van Grieken N.C., Snijders P.J., Grabsch H.I., van de Velde C.J., Carvalho B., Meijer G.A. MAL promoter hypermethylation as a novel prognostic marker in gastric cancer. Br J Cancer. 2008. 99(11): p. 1802-1807.
38. Cairns P. Detection of promoter hypermethylation of tumor suppressor genes in urine from kidney cancer patients. Ann N Y Acad Sci. 2004. 1022: p. 40-43.
39. Cairns P., Esteller M., Herman J.G., Schoenberg M., Jeronimo C., Sanchez-Cespedes M., Chow N.IL, Grasso M., Wu L., Westra W.B., Sidransky D. Molecular detection of prostate cancer in urine by GSTP1 hypermethylation. Clin Cancer Res. 2001. 7(9): p. 2727-2730.
40. Campbell C., Ying Y. Learning with Support Vector Machines. Morgan & Claypool Publishers. California, USA. 2011.
41. Cannon S.V., Cummings A., Teebor G.W. 5-Hydroxymethylcytosine DNA glycosylase activity in mammalian tissue. Biochem Biophys Res Commun. 1988. 151(3): p. 1173-1179.
42. Cao R., Tsukada Y., Zhang Y. Role of Bmi-1 and RinglA in II2A ubiquitylation and Iiox gene silencing. Mol Cell. 2005. 20(6): p. 845-854.
43. Cao R., Zhang Y. The functions of E(Z)/EZH2-mediatcd methylation of lysine 27 in histone H3. Curr Opin Genet Dev. 2004. 14(2): p. 155-164.
44. Cedar H., Bergman Y. Linking DNA methylation and histone modification: patterns and paradigms. Nat Rev Genet. 2009. 10(5): p. 295-304.
45. Chai II., Brown R.E. Field effect in cancer-an update. Ann Clin Lab Sci. 2009. 39(4): p. 331337.
46. Chan K.C., Lai P.B., Mok T.S., Chan H.L., Ding C., Yeung S.W., Lo Y.M. Quantitative analysis of circulating methylated DNA as a biomarker for hepatocellular carcinoma. Clin Chem. 2008. 54(9): p. 1528-1536.
47. Chan S.W., Henderson I.R., Jacobsen S.E. Gardening the genome: DNA methylation in Arabidopsis thaliana. Nat Rev Genet. 2005. 6(5): p. 351-360.
48. Chase A., Cross N.C. Aberrations of EZH2 in cancer. Clin Cancer Res. 2011. 17(9): p. 26132618.
49. Chen Y., Hu F., Zhou Y., Chen W., Shao H., Zhang Y. MGMT promoter methylation and glioblastoma prognosis: a systematic review and meta-analysis. Arch Med Res. 2013. 44(4): p. 281-290.
50. Cheng X., Blumenthal R.M. Mammalian DNA methyltransferases: a structural perspective. Structure. 2008. 16(3): p. 341-350.
51. Cheng Y.Y., Yu J., Wong Y.P., Man E.P., To K.F., Jin V.X., Li J., Tao Q., Sung J.J., Chan F.K., Leung W.K. Frequent epigenetic inactivation of secreted frizzled-related protein 2 (SFRP2) by promoter methylation in human gastric cancer. Br J Cancer. 2007. 97(7): p. 895901.
52. Cheutin T., McNairn A.J., Jenuwein T., Gilbert D.M., Singh P.B., Misteli T. Maintenance of stable heterochromatin domains by dynamic FIP1 binding. Science. 2003. 299(5607): p. 721725.
53. Chi P., Allis C.D., Wang G.G. Covalent histone modifications—miswritten, misinterpreted and mis-erased in human cancers. Nat Rev Cancer. 2010. 10(7): p. 457-469.
54. Ching T.T., Maunakea A.K., Jun P., Hong C., Zardo G., Pinkel D., Albertson D.G., Fridlyand J., Mao J.H., Shchors K., Weiss W.A., Costello J.F. Epigenome analyses using BAC microarrays identify evolutionary conservation of tissue-specific methylation of SHANK3. Nat Genet. 2005. 37(6): p. 645-651.
55. Chodavarapu R.K., Feng S., Bernatavichute Y.V., Chen P.Y., Stroud II., Yu Y„ Hetzel J.A., Kuo F., Kim J., Cokus S.J., Casero D., Bernal M., Huijser P., Clark A.T., Kramer U., Merchant S.S., Zhang X., Jacobsen S.E., Pellegrini M. Relationship between nucleosome positioning and DNA methylation. Nature. 2010. 466(7304): p. 388-392.
56. Choi C.H., Lee K.M., Choi J.J., Kim T.J., Kim W.Y., Lee J.W., Lee S.J., Lee J.H., Bae D.S., Kim B.G. Hypermethylation and loss of heterozygosity of tumor suppressor genes on chromosome 3p in cervical cancer. Cancer Lett. 2007. 255(1): p. 26-33.
57. Claus R., Lucas D.M., Stilgenbauer S., Ruppert A.S., Yu L., Zucknick M., Mertens D., Buhler A., Oakes C.C., Larson R.A., Kay N.E., Jelinek D.F., Kipps T.J., Rassenti L.Z., Gribben J.G., Dohner H., Heerema N.A., Marcucci G., Plass C., Byrd J.C. Quantitative DNA methylation analysis identifies a single CpG dinucleotide important for ZAP-70 expression and predictive of prognosis in chronic lymphocytic leukemia. J Clin Oncol. 2012. 30(20): p. 2483-2491.
58. Collins Y., Dicioccio R., Keitz B., Lele S., Odunsi K. Methylation of death-associated protein kinase in ovarian carcinomas. Int J Gynecol Cancer. 2006. 16 (Suppl 1): p. 195-199.
59. Costello J.F., Berger M.S., Huang H.S., Cavenee W.K. Silencing of pl6/CDKN2 expression in human gliomas by methylation and chromatin condensation. Cancer Res. 1996. 56(10): p. 2405-2410.
60. Cross S.H., Charlton J.A., Nan X., Bird A.P. Purification of CpG islands using a methylated DNA binding column. Nat Genet. 1994. 6(3): p. 236-244.
61. Czermin B., Melfi R., McCabe D., Seitz V., Imhof A., Pirrotta V. Drosophila enhancer of Zeste/ESC complexes have a histone 113 methyltransferase activity that marks chromosomal Polycomb sites. Cell. 2002. 111(2): p. 185-196.
62. Dai W., Zeller C., Masrour N., Siddiqui N., Paul J., Brown R. Promoter CpG island methylation of genes in key cancer pathways associates with clinical outcome in high-grade serous ovarian cancer. Clin Cancer Res. 2013. 19(20): p. 5788-5797.
63. Dammann R., Schagdarsurengin U., Seidel C., Strunnikova M., Rastetter M., Baier K., Pfeifer G.P. The tumor suppressor RASSF1A in human carcinogenesis: an update. Histol Ilistopathol. 2005. 20(2): p. 645-663.
64. Daniunaite K., Berezniakovas A., Jankevicius F., Laurinavicius A., Lazutka J.R., Jarmalaite S. Frequent methylation of RASSF1 and RARB in urine sediments from patients with early stage prostate cancer. Medicina (Kaunas). 2011. 47(3): p. 147-153.
65. DAVID. Available online: http://david.abcc.ncifcrf.gov/. Accessed on September 2013.
66. de Jonge H.J., Woolthuis C.M., Vos A.Z., Mulder A., van den Berg E., Kluin P.M., van der Weide K., de Bont E.S., Huls G., Vellenga E., Schuringa J.J. Gene expression profiling in the leukemic stem cell-enriched CD34+ fraction identifies target genes that predict prognosis in normal karyotype AML. Leukemia. 2011. 25(12): p. 1825-1833.
67. Dhayalan A., Rajavelu A., Rathert P., Tamas R., Jurkowska R.Z., Ragozin S., Jeltsch A. The Dnmt3a PWWP domain reads histone 3 lysine 36 trimethylation and guides DNA methylation. J Biol Chem. 2010. 285(34): p. 26114-26120.
68. Di Gioia S., Bianchi P., Destro A., Grizzi F., Malesci A., Laghi L., Levrero M., Morabito A., Roncalli M. Quantitative evaluation of RASSF1A methylation in the non-lesional, regenerative and neoplastic liver. BMC Cancer. 2006. 6: p. 89.
69. Dmitriev A.A., Kashuba V.I., Ilaraldson K., Senchenko V.N., Pavlova T.V., Kudryavtseva A.V., Anedchenko E.A., Krasnov G.S., Pronina I.V., Loginov V.I., Kondratieva T.T., Kazubskaya T.P., Braga E.A., Yenamandra S.P., Ignatjev I., Ernberg I., Klein G., Lerman M.I., Zabarovsky E.R. Genetic and epigenetic analysis of non-small cell lung cancer with Notl-microarrays. Epigenetics. 2012. 7(5): p. 502-513.
121
70. Dobrovic A., Kristensen L.S. DNA methylation, epimutations and cancer predisposition. Int J Biochem Cell Biol. 2009. 41(1): p. 34-39.
71. Dokun O.Y., Florl A.R., Seifert H.II., Wolff I., Schulz W.A. Relationship of SNCG, S100A4, S100A9 and LCN2 gene expression and DNA methylation in bladder cancer. Int J Cancer. 2008. 123(12): p. 2798-2807.
72. Dong S.M., Kim H.S., Rha S.H., Sidransky D. Promoter hypermethylation of multiple genes in carcinoma of the uterine cervix. Clin Cancer Res. 2001. 7(7): p. 1982-1986.
73. Dong Z., Guo W., Guo Y., Kuang G., Yang Z. Concordant promoter methylation of transforming growth factor-beta receptor types I and II occurs early in esophageal squamous cell carcinoma. Am J Med Sci. 2012. 343(5): p. 375-381.
74. Donninger H., Vos M.D., Clark G.J. The RASSF1A tumor suppressor. J Cell Sci. 2007. 120(Pt 18): p. 3163-3172.
75. Dworkin A.M., Huang T.H., Toland A.E. Epigenetic alterations in the breast: Implications for breast cancer detection, prognosis and treatment. Semin Cancer Biol. 2009. 19(3): p. 165-171.
76. Egger G., Jeong S., Escobar S.G., Cortez C.C., Li T.W., Saito Y„ Yoo C.B., Jones P.A., Liang G. Identification of DNMT1 (DNA methyltransferase 1) hypomorphs in somatic knockouts suggests an essential role for DNMT1 in cell survival. Proc Natl Acad Sci USA. 2006. 103(38): p. 14080-14085.
77. Egger G., Liang G., Aparicio A., Jones P.A. Epigenetics in human disease and prospects for epigenetic therapy. Nature. 2004. 429(6990): p. 457-463.
78. Eggers H., Steffens S., Grosshennig A., Becker J.U., Hennenlotter J., Stenzl A., Merseburger A.S., Kuczyk M.A., Serth J. Prognostic and diagnostic relevance of hypermethylated in cancer 1 (HIC1) CpG island methylation in renal cell carcinoma. Int J Oncol. 2012. 40(5): p. 16501658.
79. Esteller M., Corn P.G., Baylin S.B., Herman J.G. A gene hypermethylation profile of human cancer. Cancer Res. 2001. 61(8): p. 3225-3229.
80. Esteller M., Sparks A., Toyota M., Sanchez-Cespedes M., Capella G., Peinado M.A., Gonzalez S., Tarafa G., Sidransky D., Meltzer S.J., Baylin S.B., Herman J.G. Analysis of adenomatous polyposis coli promoter hypermethylation in human cancer. Cancer Res. 2000. 60(16): p. 43664371.
81. Esteve P.O., Chin H.G., Benner J., Feehery G.R., Samaranayake M., Horwitz G.A., Jacobsen S.E., Pradhan S. Regulation of DNMT1 stability through SET7-mediated lysine methylation in mammalian cells. Proc Natl Acad Sci USA. 2009. 106(13): p. 5076-5081.
82. Esteve P.O., Chin H.G., Smallwood A., Feehery G.R., Gangisetty O., Karpf A.R., Carey M.F., Pradhan S. Direct interaction between DNMT1 and G9a coordinates DNA and histone methylation during replication. Genes Dev. 2006. 20(22): p. 3089-3103.
83. Fackler M.J., McVeigh M., Evron E., Garrett E., Mehrotra J., Polyak K., Sukumar S., Argani P. DNA methylation of RASSF1A, HIN-1, RAR-beta, Cyclin D2 and Twist in in situ and invasive lobular breast carcinoma. Int J Cancer. 2003. 107(6): p. 970-975.
84. Fan Y., Nikitina Т., Zhao J., Fleury T.J., Bhattacharyya R., Bouhassira E.E., Stein A., Woodcock C.L., Skoultchi A.I. Histone HI depletion in mammals alters global chromatin structure but causes specific changes in gene regulation. Cell. 2005. 123(7): p. 1199-1212.
85. Farzanehfar M., Vossoughinia H., Jabini R., Tavassoli A., Saadatnia H., Khorashad A.K., Ahadi M., Afzalaghaee M., Ghayoor Karimiani E., Mirzaei F., Ayatollahi H. Evaluation of methylation of MGMT (0(6)-methylguanine-DNA methyltransferase) gene promoter in sporadic colorectal cancer. DNA Cell Biol. 2013. 32(7): p. 371-377.
86. Feinberg A.P., Ohlsson R., Henikoff S. The epigenetic progenitor origin of human cancer. Nat Rev Genet. 2006. 7(1): p. 21-33.
87. Feng Q., Balasubramanian A., Ilawes S.E., Toure P., Sow P.S., Dem A., Dembele В., Critchlow C.W., Xi L., Lu H., Mcintosh M.W., Young A.M., Kiviat N.B. Detection of hypermethylated genes in women with and without cervical neoplasia. J Natl Cancer Inst. 2005. 97(4): p. 273-282.
88. Feng S., Cokus S.J., Zhang X., Chen P.Y., Bostick M., Goll M.G., Hetzel J., Jain J., Strauss S.H., Halpern M.E., Ukomadu C., Sadler K.C., Pradhan S., Pellegrini M., Jacobsen S.E. Conservation and divergence of methylation patterning in plants and animals. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010. 107(19): p. 8689-8694.
89. Fiolka R., Zubor P., Janusicova V., Visnovsky J., Mendelova A., Kajo K., Lasabova Z., Plank L., Danko J. Promoter hypermethylation of the tumor-suppressor genes RASSF1 A, GSTP1 and CDH1 in endometrial cancer. Oncol Rep. 2013.
90. Fuks F., Ilurd P.J., Deplus R., Kouzarides T. The DNA methyltransferases associate with HP1 and the SUV39H1 histone methyltransferase. Nucleic Acids Res. 2003. 31(9): p. 2305-2312.
91. Gal-Yam E.N., Egger G., Iniguez L., Holster II., Einarsson S., Zhang X., Lin J.C., Liang G., Jones P.A., Tanay A. Frequent switching of Polycomb repressive marks and DNA hypermethylation in the PC3 prostate cancer cell line. Proc Natl Acad Sci USA. 2008. 105(35): p. 12979-12984.
92. Garcia M.J., Castrillo J.M., Granizo J.J., Cazorla A., Rivas C. Clinicopathological correlation, pl6-pl5 methylation status and outcome predictors in anaplastic large cell lymphoma. Br J Haematol. 2002. 119(3): p. 877-878.
93. Gearhart M.D., Corcoran C.M., Wamstad J.A., Bardwell V.J. Polycomb group and SCF ubiquitin ligases are found in a novel BCOR complex that is recruited to BCL6 targets. Mol Cell Biol. 2006. 26(18): p. 6880-6889.
94. Gebhard C., Schwarzfischer L., Pham T.H., Schilling E., Klug M., Andreesen R., Rehli M. Genome-wide profiling of CpG methylation identifies novel targets of aberrant hypermethylation in myeloid leukemia. Cancer Res. 2006. 66(12): p. 6118-6128.
95. Gehring M., Reik W., I-Ienikoff S. DNA demethylation by DNA repair. Trends Genet. 2009. 25(2): p. 82-90.
96. GeneCards. Available online: http://genecards.org/. Accessed on September 2013.
97. Gerashchenko G.V., Bogatyrova O.O., Rudenko E.E., Kondratov A.G., Gordiyuk V.V., Zgonnyk Y.M., Vozianov O.F., Pavlova T.V., Zabarovsky E.R., Rynditch A.V., Kashuba V.I. Genetic and epigenetic changes ofNKIRASl gene in human renal cell carcinomas. Exp Oncol. 2010. 32(2): p. 71-75.
98. Gerashchenko G.V., Gordiyuk V.V., Skrypkina I.Y., Kvasha S.M., Kolesnik O.O., Ugryn D.D., Pavlova T.V., Zabarovsky E.R., Rynditch A.V., Kashuba V.I. Screening of epigenetic and genetic disturbances of human chromosome 3 genes in colorectal cancer. Ukr Biokhim Zh. 2009.81(4): p. 81-87.
99. Ghosh A., Ghosh S., Maiti G.P., Sabbir M.G., Zabarovsky E.R., Roy A., Roychoudhury S., Panda C.K. Frequent alterations of the candidate genes hMLHl, ITGA9 and RBSP3 in early dysplastic lesions of head and neck: clinical and prognostic significance. Cancer Sci. 2010. 101(6): p. 1511-1520.
100. Gifford G., Paul J., Vasey P.A., Kaye S.B., Brown R. The acquisition of hMLHl methylation in plasma DNA after chemotherapy predicts poor survival for ovarian cancer patients. Clin Cancer Res. 2004. 10(13): p. 4420-4426.
101. Gigek C.O., Leal M.F., Silva P.N., Lisboa L.C., Lima E.M., Calcagno D.Q., Assumpcao P.P., Burbano R.R., Smith Mde A. hTERT methylation and expression in gastric cancer. Biomarkers. 2009. 14(8): p. 630-636.
102. Giovannucci E., Ogino S. DNA methylation, field effects, and colorectal cancer. J Natl Cancer Inst. 2005. 97(18): p. 1317-1319.
103. Glantz S.A. Primer of biostatistics. McGRAW-IilLL. New York, USA. 2005.
104. Gloss B.S., Samimi G. Epigenetic biomarkers in epithelial ovarian cancer. Cancer Lett. 2012.
105. Goll M.G., Kirpekar F., Maggert K.A., Yoder J.A., Hsieh C.L., Zhang X., Golic K.G., Jacobsen S.E., Bestor T.H. Methylation of tRNAAsp by the DNA methyltransferase homolog Dnmt2. Science. 2006. 311(5759): p. 395-398.
106. Gopalakrishnan S., Van Emburgh B.O., Robertson K.D. DNA methylation in development and human disease. Mutat Res. 2008. 647(1-2): p. 30-38.
107. Greenman C., Stephens P., Smith R., Dalgliesh G.L., Hunter C., Bignell G., Davies II., Teague J., Butler A., Stevens C., Edkins S., O'Meara S., Vastrik I., Schmidt E.E., Avis T., Barthorpe S., Bhamra G., Buck G., Choudhury B., Clements J., Cole J., Dicks E., Forbes S., Gray K., I-Ialliday K., Harrison R., Hills K., Hinton J., Jenkinson A., Jones D., Menzies A., Mironenko T., Perry J., Raine K., Richardson D., Shepherd R., Small A., Tofts C., Varian J., Webb T., West S., Widaa S., Yates A., Cahill D.P., Louis D.N., Goldstraw P., Nicholson A.G., Brasseur F., Looijenga L., Weber B.L., Chiew Y.E., DeFazio A., Greaves M.F., Green A.R., Campbell P., Birney E., Easton D.F., Chenevix-Trench G., Tan M.H., Khoo S.K., Teh B.T., Yuen S.T., Leung S.Y., Wooster R., Futreal P.A., Stratton M.R. Patterns of somatic mutation in human cancer genomes. Nature. 2007. 446(7132): p. 153-158.
108. Guichard C., Amaddeo G., Imbeaud S., Ladeiro Y., Pelletier L., Maad I.B., Calderaro J., Bioulac-Sage P., Letexier M., Degos F., Clement B., Balabaud C., Chevet E., Laurent A., Couchy G., Letouze E., Calvo F., Zucman-Rossi J. Integrated analysis of somatic mutations and focal copy-number changes identifies key genes and pathways in hepatocellular carcinoma. Nat Genet. 2012. 44(6): p. 694-698.
109. Gumy-Pause F., Pardo B., Khoshbeen-Boudal M., Ansari M., Gayet-Ageron A., Sappino A.P., Attiyeh E.F., Ozsahin H. GSTP1 hypermethylation is associated with reduced protein expression, aggressive disease and prognosis in neuroblastoma. Genes Chromosomes Cancer. 2012. 51(2): p. 174-185.
110. Guzman L., Depix M.S., Salinas A.M., Roldan R., Aguayo F., Silva A., Vinet R. Analysis of aberrant methylation on promoter sequences of tumor suppressor genes and total DNA in sputum samples: a promising tool for early detection of COPD and lung cancer in smokers. Diagn Pathol. 2012. 7: p. 87.
111. Ha Y.S., Jeong P., Kim J.S., Kwon W.A., Kim I.Y., Yun S.J., Kim G.Y., Choi Y.H., Moon S.K., Kim W.J. Tumorigenic and prognostic significance of RASSF1A expression in low-grade (WHO grade 1 and grade 2) nonmuscle-invasive bladder cancer. Urology. 2012. 79(6): p. 1411 el411-1416.
112. Haraldson K., Kashuba V.I., Dmitriev A.A., Senchenko V.N., Kudryavtseva A.V., Pavlova T.V., Braga E.A., Pronina I.V., Kondratov A.G., Rynditch A.V., Lerman M.I., Zabarovsky E.R. LRRC3B gene is frequently epigenetically inactivated in several epithelial malignancies and inhibits cell growth and replication. Biochimie. 2012. 94(5): p. 1151-1157.
113. Hawes S.E., Stern J.E., Feng Q., Wiens L.W., Rasey J.S., Lu II., Kiviat N.B., Vesselle II. DNA hypermethylation of tumors from non-small cell lung cancer (NSCLC) patients is associated with gender and histologic type. Lung Cancer. 2010. 69(2): p. 172-179.
114. I-Iayashihara K., Uchiyama S., Shimamoto S., Kobayashi S., Tomschik M., Wakamatsu H., No D., Sugahara II., Hon N., Noda M., Ohkubo T., Zlatanova J., Matsunaga S., Fukui K. The middle region of an HP 1-binding protein, HP1-BP74, associates with linker DNA at the entry/exit site of nucleosomal DNA. J Biol Chem. 2010. 285(9): p. 6498-6507.
115. Hayatsu H., Wataya Y., Kai K., Iida S. Reaction of sodium bisulfite with uracil, cytosine, and their derivatives. Biochemistry. 1970. 9(14): p. 2858-2865.
116. Ilervouet E., Lalier L., Debien E., Cheray M., Geairon A., Rogniaux II., Loussouarn D., Martin S.A., Vallette F.M., Cartron P.F. Disruption of Dnmtl/PCNA/UHRFl interactions promotes tumorigenesis from human and mice glial cells. PLoS One. 2010. 5(6): p. el 1333.
117. Ilesson L.B., Cooper W.N., Latif F. Evaluation of the 3p21.3 tumour-suppressor gene cluster. Oncogene. 2007. 26(52): p. 7283-7301.
118. Hill V.K., Ricketts C., Bieche I., Vacher S., Gentle D„ Lewis C., Maher E.R., Latif F. Genome-wide DNA methylation profiling of CpG islands in breast cancer identifies novel genes associated with tumorigenicity. Cancer Res. 2011. 71(8): p. 2988-2999.
119. Homma N., Tamura G., Honda T., Matsumoto Y., Nishizuka S., Kawata S., Motoyama T. Spreading of methylation within RUNX3 CpG island in gastric cancer. Cancer Sci. 2006. 97(1): p. 51-56.
120. Honda T., Yamamoto H., Ishii A., Inui M. PDZRN3 negatively regulates BMP-2-induced osteoblast differentiation through inhibition of Wnt signaling. Mol Biol Cell. 2010. 21(18): p. 3269-3277.
121. Hsieh T.F., Ibarra C.A., Silva P., Zemach A., Eshed-Williams L., Fischer R.L., Zilberman D. Genome-wide demethylation of Arabidopsis endosperm. Science. 2009. 324(5933): p. 14511454.
122. Huang da W., Sherman B.T., Lempicki R.A. Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists. Nucleic Acids Res. 2009. 37(1): p. 1-13.
123. Huang T.H., Perry M.R., Laux D.E. Methylation profiling of CpG islands in human breast cancer cells. Hum Mol Genet. 1999. 8(3): p. 459-470.
124. Huang Y.T., Li F.F., Ke C., Li Z„ Li Z.T., Zou X.F., Zheng X.X., Chen Y.P., Zhang H. PTPRO promoter methylation is predictive of poorer outcome for I IER2-positive breast cancer: indication for personalized therapy. J Transl Med. 2013. 11(1): p. 245.
125. Hughes L.A., Melotte V., de Schrijver J., de Maat M., Smit V.T., Bovee J.V., French P.J., van den Brandt P.A., Schouten L.J., de Meyer T., van Criekinge W., Ahuja N., Herman J.G.,
126
Weijenberg M.P., van Engeland M. The CpG Island Methylator Phenotype: What's in a Name? Cancer Res. 2013. 73(19): p. 5858-5868.
126. Hunn J., Rodriguez G.C. Ovarian cancer: etiology, risk factors, and epidemiology. Clin Obstet Gynecol. 2012. 55(1): p. 3-23.
127. Hwang S.H., Kim K.U., Kim J.E., Kim H.H., Lee M.K., Lee C.II., Lee S.Y., Oh T., An S. Detection of HOXA9 gene methylation in tumor tissues and induced sputum samples from primary lung cancer patients. Clin Chem Lab Med. 2011. 49(4): p. 699-704.
128. Ibanez de Caceres I., Battagli C., Esteller M., Herman J.G., Dulaimi E., Edelson M.I., Bergman C., Ehya H., Eisenberg B.L., Cairns P. Tumor cell-specific BRCA1 and RASSF1A hypermethylation in serum, plasma, and peritoneal fluid from ovarian cancer patients. Cancer Res. 2004. 64(18): p. 6476-6481.
129. Ibrahim A.E., Thorne N.P., Baird K., Barbosa-Morais N.L., Tavare S., Collins V.P., Wyllie A.H., Arends M.J., Brenton J.D. MMASS: an optimized array-based method for assessing CpG island methylation. Nucleic Acids Res. 2006. 34(20): p. el 36.
130. Ikegami K., Iwatani M., Suzuki M., Tachibana M., Shinkai Y., Tanaka S., Greally J.M., Yagi S., Hattori N., Shiota K. Genome-wide and locus-specific DNA hypomethylation in G9a deficient mouse embryonic stem cells. Genes Cells. 2007. 12(1): p. 1-11.
131. Ikegami K., Ohgane J., Tanaka S., Yagi S., Shiota K. Interplay between DNA methylation, histone modification and chromatin remodeling in stem cells and during development. Int J Dev Biol. 2009. 53(2-3): p. 203-214.
132. Ishii T., Fujishiro M., Masuda M., Teramoto S., Matsuse T. A methylated oligonucleotide induced methylation of GSTP1 promoter and suppressed its expression in A549 lung adenocarcinoma cells. Cancer Lett. 2004. 212(2): p. 211-223.
133. Ishikawa M., Yagasaki F., Okamura D., Maeda T., Sugahara Y., Jinnai I., Bessho M. A novel gene, ANKRD28 on 3p25, is fused with NUP98 on 11 pi5 in a cryptic 3-way translocation of t(3;5;l I)(p25;q35;pl5) in an adult patient with myelodysplastic syndrome/acute myelogenous leukemia. Int J Iiematol. 2007. 86(3): p. 238-245.
134. I to M., Ito G., Kondo M., Uchiyama M., Fukui T., Mori S„ Yoshioka H., Ueda Y., Shimokata K., Sekido Y. Frequent inactivation of RASSF1A, BLU, and SEMA3B on 3p21.3 by promoter hypermethylation and allele loss in non-small cell lung cancer. Cancer Lett. 2005. 225(1): p. 131-139.
135. Jacobs J.J., Scheijen B., Voncken J.W., Kieboom K., Berns A., van Lohuizen M. Bmi-1 collaborates with c-Myc in tumorigenesis by inhibiting c-Myc-induced apoptosis via INK4a/ARF. Genes Dev. 1999. 13(20): p. 2678-2690.
136. Jaenisch R., Bird A. Epigenetic regulation of gene expression: how the genome integrates intrinsic and environmental signals. Nat Genet. 2003. 33 (Suppl): p. 245-254.
137. Jain S., Chang T.T., Hamilton J.P., Lin S.Y., Lin Y.J., Evans A.A., Selaru F.M., Lin P.W., Chen S.I-L, Block T.M., Hu C.T., Song W., Meltzer S.J., Su Y.H. Methylation of the CpG sites only on the sense strand of the APC gene is specific for hepatocellular carcinoma. PLoS One. 2011.6(11): p. e26799.
138. Jain S., Wojdacz T.K., Su Y.H. Challenges for the application of DNA methylation biomarkers in molecular diagnostic testing for cancer. Expert Rev Mol Diagn. 2013. 13(3): p. 283-294.
139. Jain S., Yoon S.Y., Zhu L., Brodbeck J., Dai J., Walker D., Huang Y. Arf4 determines dentate gyrus-mediated pattern separation by regulating dendritic spine development. PLoS One. 2012. 7(9): p. e46340.
140. Janosi L., Yonemitsu H., Hong II., Kaji A. Molecular cloning and expression of a novel hydroxymethylcytosine-specific restriction enzyme (PvuRtslI) modulated by glucosylation of DNA. J Mol Biol. 1994. 242(1): p. 45-61.
141. Jemal A., Center M.M., DeSantis C., Ward E.M. Global patterns of cancer incidence and mortality rates and trends. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2010. 19(8): p. 1893-1907.
142. Jemal A., Siegel R., Xu J., Ward E. Cancer statistics, 2010. CA Cancer J Clin. 2010. 60(5): p. 277-300.
143. Jensen L.IL, Rasmussen A.A., Byriel L., Kuramochi II., Cruger D.G., Lindebjerg J., Danenberg P.V., Jakobsen A., Danenberg K. Regulation of MLII1 mRNA and protein expression by promoter methylation in primary colorectal cancer: a descriptive and prognostic cancer marker study. Cell Oncol (Dordr). 2013. 36(5): p. 411-419.
144. Jeong S., Liang G., Sharma S., Lin J.C., Choi S.H., Han H., Yoo C.B., Egger G., Yang A.S., Jones P.A. Selective anchoring of DNA methyltransferases 3A and 3B to nucleosomes containing methylated DNA. Mol Cell Biol. 2009. 29(19): p. 5366-5376.
145. Jeong Y.J., Jeong H.Y., Lee S.M., Bong J.G., Park S.H., Oh H.K. Promoter methylation status of the FIIIT gene and Fhit expression: Association with HER2/neu status in breast cancer patients. Oncol Rep. 2013. 30(5): p. 2270-2278.
146. Ji M., Zhang Y., Shi B., Hou P. Association of promoter methylation with histologic type and pleural indentation in non-small cell lung cancer (NSCLC). Diagn Pathol. 2011. 6(p. 48.
147. Jiang C., Pugh B.F. Nucleosome positioning and gene regulation: advances through genomics. Nat Rev Genet. 2009. 10(3): p. 161-172.
148. Jin B., Tao Q., Peng J., Soo H.M., Wu W., Ying J., Fields C.R., Delmas A.L., Liu X., Qiu J., Robertson K.D. DNA methyltransferase 3B (DNMT3B) mutations in ICF syndrome lead to
altered epigenetic modifications and aberrant expression of genes regulating development, neurogenesis and immune function. Hum Mol Genet. 2008. 17(5): p. 690-709.
149. Jin B., Yao B., Li J.L., Fields C.R., Delmas A.L., Liu C., Robertson K.D. DNMT1 and DNMT3B modulate distinct polycomb-mediated histone modifications in colon cancer. Cancer Res. 2009. 69(18): p. 7412-7421.
150. Jin Z., Cheng Y., Olaru A., Kan T., Yang J., Paun B., Ito T., Hamilton J.P., David S., Agarwal R., Selaru F.M., Sato F., Abraham J.M., Beer D.G., Mori Y., Shimada Y., Meltzer S.J. Promoter hypermethylation of CDH13 is a common, early event in human esophageal adenocarcinogenesis and correlates with clinical risk factors. Int J Cancer. 2008. 123(10): p. 2331-2336.
151. Jiricny J., Menigatti M. DNA Cytosine demcthylation: are we getting close? Cell. 2008. 135(7): p. 1167-1169.
152. Jjingo D., Conley A.B., Yi S.V., Lunyak V.V., Jordan I.K. On the presence and role of human gene-body DNA methylation. Oncotarget. 2012. 3(4): p. 462-474.
153. Johnson A.A., Akman K., Calimport S.R., Wuttke D., Stolzing A., de Magalhaes J.P. The role of DNA methylation in aging, rejuvenation, and age-related disease. Rejuvenation Res. 2012. 15(5): p. 483-494.
154. Jones P.A. The DNA methylation paradox. Trends Genet. 1999. 15(1): p. 34-37.
155. Jones P.A., Baylin S.B. The fundamental role of epigenetic events in cancer. Nat Rev Genet. 2002. 3(6): p. 415-428.
156. Jones P. A., Baylin S.B. The epigenomics of cancer. Cell. 2007. 128(4): p. 683-692.
157. Joseph B., Mamatha G., Raman G., Shanmugam M.P., Kumaramanickavel G. Methylation status of RBI promoter in Indian retinoblastoma patients. Cancer Biol Ther. 2004. 3(2): p. 184187.
158. Juergens R.A., Wrangle J., Vendetti F.P., Murphy S.C., Zhao M., Coleman B., Sebree R., Rodgers K., Hooker C.M., Franco N., Lee B., Tsai S., Delgado I.E., Rudek M.A., Belinsky S.A., Herman J.G., Baylin S.B., Brock M.V., Rudin C.M. Combination epigenetic therapy has efficacy in patients with refractory advanced non-small cell lung cancer. Cancer Discov. 2011. 1(7): p. 598-607.
159. Jung K., Fleischhacker M., Rabien A. Cell-free DNA in the blood as a solid tumor biomarker— a critical appraisal of the literature. Clin Chim Acta. 2010. 411(21-22): p. 1611-1624.
160. Kallin E.M., Cao R., Jothi R., Xia K., Cui K., Zhao K., Zhang Y. Genome-wide uII2A localization analysis highlights Bmil-dependent deposition of the mark at repressed genes. PLoS Genet. 2009. 5(6): p. el000506.
161. Kang S.H., Bang Y.J., Im Y.H., Yang U.K., Lcc D.A., Lee II.Y., Lee H.S., Kim N.K., Kim S.J. Transcriptional repression of the transforming growth factor-beta type I receptor gene by DNA methylation results in the development of TGF-beta resistance in human gastric cancer. Oncogene. 1999. 18(51): p. 7280-7286.
162. Karagianni P., Amazit L., Qin J., Wong J. ICBP90, a novel methyl K9 113 binding protein linking protein ubiquitination with heterochromatin formation. Mol Cell Biol. 2008. 28(2): p. 705-717.
163. Kareta M.S., Botello Z.M., Ennis J.J., Chou C., Chedin F. Reconstitution and mechanism of the stimulation of de novo methylation by human DNMT3L. J Biol Chem. 2006. 281(36): p. 25893-25902.
164. Kashuba V.I., Gizatullin R.Z., Protopopov A.I., Li J., Vorobieva N.V., Fedorova L., Zabarovska V.I., Muravenko O.V., Kost-Alimova M., Domninsky D.A., Kiss C., Allikmets R., Zakharyev V.M., Braga E.A., Sumegi J., Lerman M., Wahlestedt C., Zelenin A.V., Sheer D., Winberg G., Grafodatsky A., Kisselev L.L., Klein G., Zabarovsky E.R. Analysis of NotI linking clones isolated from human chromosome 3 specific libraries. Gene. 1999. 239(2): p. 259-271.
165. Kashuba V.I., Li J., Wang F., Senchenko V.N., Protopopov A., Malyukova A., Kutsenko A.S., Kadyrova E., Zabarovska V.I., Muravenko O.V., Zelenin A.V., Kisselev L.L., Kuzmin I., Minna J.D., Winberg G., Ernberg I., Braga E., Lerman M.I., Klein G., Zabarovsky E.R. RBSP3 (IIYA22) is a tumor suppressor gene implicated in major epithelial malignancies. Proc Natl Acad Sci USA. 2004. 101(14): p. 4906-4911.
166. Kashuba V.I., Pavlova T.V., Grigorieva E.V., Kutsenko A., Yenamandra S.P., Li J., Wang F., Protopopov A.I., Zabarovska V.I., Senchenko V., Haraldson K., Eshchenko T., Kobliakova J., Vorontsova O., Kuzmin I., Braga E., Blinov V.M., Kisselev L.L., Zeng Y.X., Ernberg I., Lerman M.I., Klein G., Zabarovsky E.R. High mutability of the tumor suppressor genes RASSF1 and RBSP3 (CTDSPL) in cancer. PLoS One. 2009. 4(5): p. e5231.
167. Kerkel K„ Spadola A., Yuan E., Kosek J., Jiang L., Hod E., Li K„ Murty V.V., Schupf N., Vilain E., Morris M., Haghighi F., Tycko B. Genomic surveys by methylation-sensitive SNP analysis identify sequence-dependent allele-specific DNA methylation. Nat Genet. 2008. 40(7): p. 904-908.
168. Keshet I., Schlesinger Y., Farkash S., Rand E., Hecht M., Segal E., Pikarski E., Young R.A., Niveleau A., Cedar H., Simon I. Evidence for an instructive mechanism of de novo methylation in cancer cells. Nat Genet. 2006. 38(2): p. 149-153.
169. Khulan B., Thompson R.F., Ye K., Fazzari M.J., Suzuki M., Stasiek E., Figueroa M.E., Glass J.L., Chen Q., Montagna C., Hatchwell E., Selzer R.R., Richmond T.A., Green R.D., Melnick
A., Greally J.M. Comparative isoschizomer profiling of cytosine methylation: the HELP assay. Genome Res. 2006. 16(8): p. 1046-1055.
170. Kikuchi S., Yamada D., Fukami T., Masuda M., Sakurai-Yageta M., Williams Y.N., Maruyama T., Asamura H., Matsuno Y., Onizuka M., Murakami Y. Promoter methylation of DAL-1/4.1B predicts poor prognosis in non-small cell lung cancer. Clin Cancer Res. 2005. 11(8): p. 2954-2961.
171. Kilinc D., Ozdemir O., Ozdemir S., Korgali E., Koksal B., Uslu A., Gultekin Y.E. Alterations in promoter methylation status of tumor suppressor HIC1, SFRP2, and DAPK1 genes in prostate carcinomas. DNA Cell Biol. 2012. 31(5): p. 826-832.
172. Kim J.S., Chae Y., Ha Y.S., Kim I.Y., Byun S.S., Yun S.J., Kim W.J. Ras association domain family 1 A: a promising prognostic marker in recurrent nonmuscle invasive bladder cancer. Clin Genitourin Cancer. 2012. 10(2): p. 114-120.
173. Kim K.J., Lee T.IL, Cho N.Y., Yang U.K., Kim W.H., Kang G.H. Differential clinicopathologic features in microsatellite-unstable gastric cancers with and without MLIIl methylation. Hum Pathol. 2013. 44(6): p. 1055-1064.
174. Kim M.S., Kondo T., Takada I., Youn M.Y., Yamamoto Y., Takahashi S., Matsumoto T., Fujiyama S., Shirode Y., Yamaoka I., Kitagawa II., Takeyama K., Shibuya II., Ohtake F., Kato S. DNA demethylation in hormone-induced transcriptional derepression. Nature. 2009. 461(7266): p. 1007-1012.
175. Kinney S.M., Chin H.G., Vaisvila R., Bitinaite J., Zheng Y., Esteve P.O., Feng S., Stroud H., Jacobsen S.E., Pradhan S. Tissue-specific distribution and dynamic changes of 5-hydroxymethylcytosine in mammalian genomes. J Biol Chem. 2011. 286(28): p. 24685-24693.
176. Kirk G.D., Lesi O.A., Mendy M., Szymanska K., Whittle II., Goedert J.J., Hainaut P., Montesano R. 249(ser) TP53 mutation in plasma DNA, hepatitis B viral infection, and risk of hepatocellular carcinoma. Oncogene. 2005. 24(38): p. 5858-5867.
177. Kirkland L. A labor leader's view of insurance reform. Health Aff (Millwood). 1991. 10(4): p. 181-184.
178. Kisseljova N.P., Kisseljov F.L. DNA demethylation and carcinogenesis. Biochemistry (Mosc).
2005. 70(7): p. 743-752.
179. Ko J.A., Kimura Y., Matsuura K., Yamamoto H., Gondo T., Inui M. PDZRN3 (LNX3, SEMCAP3) is required for the differentiation of C2C12 myoblasts into myotubes. J Cell Sci.
2006. 119(Pt 24): p. 5106-5113.
180. Kontic M., Stojsic J., Jovanovic D., Bunjevacki V., Ognjanovic S., Kuriger J., Puumala S., Nelson H.H. Aberrant promoter methylation of CDH13 and MGMT genes is associated with
clinicopathologic characteristics of primary non-small-cell lung carcinoma. Clin Lung Cancer. 2012. 13(4): p. 297-303.
181. Kordi-Tamandani D.M., Moazeni-Roodi A.K., Rigi-Ladiz M.A., Hashemi M., Birjandian E., Torkamanzehi A. Promoter hypermethylation and expression profile of MGMT and CDII1 genes in oral cavity cancer. Arch Oral Biol. 2010. 55(10): p. 809-814.
182. Kostin P.A., Zakharzhevskaia N.B., Generozov E.V., Govorun V.M., Chernyshov S.V., Shchelygin Iu A. [Hypermethylation of the CDH1, SEPT9, HLTF and ALX4 genes and their diagnostic significance in colorectal cancer]. Vopr Onkol. 2010. 56(2): p. 162-168.
183. Koutsimpelas D., Pongsapich W., Heinrich U., Mann S., Mann W.J., Brieger J. Promoter methylation of MGMT, MLH1 and RASSF1A tumor suppressor genes in head and neck squamous cell carcinoma: pharmacological genome demethylation reduces proliferation of head and neck squamous carcinoma cells. Oncol Rep. 2012. 27(4): p. 1135-1141.
184. Krasnov G.S., Oparina N., Dmitriev A.A., Kudriavtsev A.V., Anedchenko E.A., Kondrat'eva T.T., Zabarovskii E.R., Senchenko V.N. [Novel reference gene RPN1 for normalization of quantitative data in lung and kidney cancer]. Mol Biol (Mosk). 2011. 45(2): p. 238-248.
185. Kriaucionis S., Heintz N. The nuclear DNA base 5-hydroxymethylcytosine is present in Purkinje neurons and the brain. Science. 2009. 324(5929): p. 929-930.
186. Kristensen L.S., Treppendahl M.B., Asmar F., Girkov M.S., Nielsen H.M., Kjeldsen T.E., Ralfkiaer E., Hansen L.L., Gronbaek K. Investigation of MGMT and DAPK1 methylation patterns in diffuse large B-cell lymphoma using allelic MSP-pyrosequencing. Sci Rep. 2013. 3: p. 2789.
187. Kuzmichev A., Nishioka K., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Reinberg D. Histone methyltransferase activity associated with a human multiprotein complex containing the Enhancer of Zeste protein. Genes Dev. 2002. 16(22): p. 2893-2905.
188. Kvasha S., Gordiyuk V., Kondratov A., Ugryn D., Zgonnyk Y.M., Rynditch A.V., Vozianov A.F. Hypermethylation of the 5'CpG island of the FHIT gene in clear cell renal carcinomas. Cancer Lett. 2008. 265(2): p. 250-257.
189. Ladd-Acosta C., Aryee M.J., Ordway J.M., Feinberg A.P. Comprehensive high-throughput arrays for relative methylation (CHARM). Curr Protoc Hum Genet. 2010. Chapter 20: p. Unit 2021 21-19.
190. Lages E., Ipas H., Guttin A., Nesr II., Berger F., Issartel J.P. MicroRNAs: molecular features and role in cancer. Front Biosci (Landmark Ed). 2012. 17: p. 2508-2540.
191. Lai I-I.C., Lin Y.W., Chang C.C., Wang H.C., Chu T.W., Yu M.H., Chu T.Y. Hypermethylation of two consecutive tumor suppressor genes, BLU and RASSF1A, located at 3p21.3 in cervical neoplasias. Gynecol Oncol. 2007. 104(3): p. 629-635.
192. Laird P.W. Principles and challenges of genomewide DNA methylation analysis. Nat Rev Genet. 2010. 11(3): p. 191-203.
193. Landen C.N., Jr., Birrer M.J., Sood A.K. Early events in the pathogenesis of epithelial ovarian cancer. J Clin Oncol. 2008. 26(6): p. 995-1005.
194. Law J.A., Jacobsen S.E. Establishing, maintaining and modifying DNA methylation patterns in plants and animals. Nat Rev Genet. 2010. 11(3): p. 204-220.
195. Lee H.J., Thompson J.E., Wang E.S., Wetzler M. Philadelphia chromosome-positive acute lymphoblastic leukemia: current treatment and future perspectives. Cancer. 2011. 117(8): p. 1583-1594.
196. Lee J.H., Skalnik D.G. CpG-binding protein is a nuclear matrix- and euchromatin-associated protein localized to nuclear speckles containing human trithorax. Identification of nuclear matrix targeting signals. J Biol Chem. 2002. 277(44): p. 42259-42267.
197. Lee J.T., Bartolomei M.S. X-inactivation, imprinting, and long noncoding RNAs in health and disease. Cell. 2013. 152(6): p. 1308-1323.
198. Lee J.U., Sul H.J., Son J.W. Promoter Methylation of CDKN2A, RARbeta, and RASSF1A in Non-Small Cell Lung Carcinoma: Quantitative Evaluation Using Pyrosequencing. Tuberc Respir Dis (Seoul). 2012. 73(1): p. 11-21.
199. Lee K.H., Hwang D., Kang K.Y., Lee S., Kim D.Y., Joo Y.E., Lee J.II. Frequent Promoter Methylation of CDH1 in Non-neoplastic Mucosa of Sporadic Diffuse Gastric Cancer. Anticancer Res. 2013. 33(9): p. 3765-3774.
200. Lehnertz B., Ueda Y., Derijck A.A., Braunschweig U., Perez-Burgos L., Kubicek S., Chen T., Li E., Jenuwein T., Peters A.H. Suv39h-mediated histone 113 lysine 9 methylation directs DNA methylation to major satellite repeats at pericentric heterochromatin. Curr Biol. 2003. 13(14): p. 1192-1200.
201. Leng S., Do K., Yingling C.M., Picchi M.A., Wolf H.J., Kennedy T.C., Feser W.J., Baron A.E., Franklin W.A., Brock M.V., Herman J.G., Baylin S.B., Byers T., Stidley C.A., Belinsky S.A. Defining a gene promoter methylation signature in sputum for lung cancer risk assessment. Clin Cancer Res. 2012. 18(12): p. 3387-3395.
202. Li E. Chromatin modification and epigenetic reprogramming in mammalian development. Nat Rev Genet. 2002. 3(9): p. 662-673.
203. Li E., Bestor T.H., Jaenisch R. Targeted mutation of the DNA methyltransferase gene results in embryonic lethality. Cell. 1992. 69(6): p. 915-926.
204. Li J., Protopopov A., Wang F., Senchenko V., Petushkov V., Vorontsova O., Petrenko L., Zabarovska V., Muravenko O., Braga E., Kisselev L., Lerman M.I., Kashuba V., Klein G., Ernberg I., Wahlestedt C., Zabarovsky E.R. NotI subtraction and Notl-specific microarrays to
133
detect copy number and methylation changes in whole genomes. Proc Natl Acad Sci USA. 2002. 99(16): p. 10724-10729.
205. Li W., Deng J., Jiang P., Tang J. Association of 5'-CpG island hypermethylation of the FIIIT gene with lung cancer in southern-central Chinese population. Cancer Biol Ther. 2010. 10(10): p. 997-1000.
206. Liggett T.E., Melnikov A., Yi Q., Replogle C., Hu W., Rotmensch J., Kamat A., Sood A.K., Levenson V. Distinctive DNA methylation patterns of cell-free plasma DNA in women with malignant ovarian tumors. Gynecol Oncol. 2011. 120(1): p. 113-120.
207. Lin Y.L., Sun G., Liu X.Q., Li W.P., Ma J.G. Clinical significance of CDH13 promoter methylation in serum samples from patients with bladder transitional cell carcinoma. J Int Med Res. 2011.39(1): p. 179-186.
208. Lind G.E., Danielsen S.A., Ahlquist T., Merok M.A., Andresen K., Skotheim R.I., Hektoen M., Rognum T.O., Meling G.I., Hoff G., Bretthauer M., Thiis-Evensen E., Nesbakken A., Lothe R.A. Identification of an epigenetic biomarker panel with high sensitivity and specificity for colorectal cancer and adenomas. Mol Cancer. 2011. 10: p. 85.
209. Ling Z.Q., Li P., Ge M.H., Zhao X., Hu F.J., Fang X.H., Dong Z.M., Mao W.M. Hypermethylation-modulated down-regulation of CDH1 expression contributes to the progression of esophageal cancer. Int J Mol Med. 2011. 27(5): p. 625-635.
210. Lister R., Pelizzola M., Dowen R.H., Hawkins R.D., Hon G., Tonti-Filippini J., Nery J.R., Lee L., Ye Z., Ngo Q.M., Edsall L., Antosiewicz-Bourget J., Stewart R., Ruotti V., Millar A.H., Thomson J.A., Ren B., Ecker J.R. Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences. Nature. 2009. 462(7271): p. 315-322.
211. Liu H., Liu W., Wu Y., Zhou Y„ Xue R., Luo C., Wang L., Zhao W„ Jiang J.D., Liu J. Loss of epigenetic control of synuclein-gamma gene as a molecular indicator of metastasis in a wide range of human cancers. Cancer Res. 2005. 65(17): p. 7635-7643.
212. Livak K.J., Schmittgen T.D. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method. Methods. 2001. 25(4): p. 402-408.
213. Loginov V.I., Khodyrev D.S., Pronina I.V., Maliukova A.V., Kazubskaia T.P., Ermilova V.D., Gar'kavtseva R.F., Zabarovskii E.R., Braga E.A. [Two CpG-islands of SEMA3B gene: methylation in clear cell renal cell carcinoma]. Mol Biol (Mosk). 2009. 43(6): p. 1088-1092.
214. Lorente A., Mueller W., Urdangarin E., Lazcoz P., Lass U., von Deimling A., Castresana J.S. RASSF1A, BLU, NORE1A, PTEN and MGMT expression and promoter methylation in gliomas and glioma cell lines and evidence of deregulated expression of de novo DNMTs. Brain Pathol. 2009. 19(2): p. 279-292.
215. Lorincz M.C., Dickerson D.R., Schmitt M., Groudine M. Intragenic DNA methylation alters chromatin structure and elongation efficiency in mammalian cells. Nat Struct Mol Biol. 2004. 11(11): p. 1068-1075.
216. Lucito R., Suresh S., Walter K., Pandey A., Lakshmi B., Krasnitz A., Sebat J., Wigler M., Klein A.P., Brune K., Palmisano E., Maitra A., Goggins M., Hruban R.H. Copy-number variants in patients with a strong family history of pancreatic cancer. Cancer Biol Ther. 2007. 6(10): p. 1592-1599.
217. Lui R. Clinical utility of HPV testing. Clin Obstet Gynecol. 2013. 56(1): p. 17-24.
218. Luo B.H., Carman C.V., Springer T.A. Structural basis of integrin regulation and signaling. Annu Rev Immunol. 2007. 25: p. 619-647.
219. Maison C., Almouzni G. HP1 and the dynamics of heterochromatin maintenance. Nat Rev Mol Cell Biol. 2004. 5(4): p. 296-304.
220. Malik U.S., Henikoff S. Phylogenomics of the nucleosome. Nat Struct Biol. 2003. 10(11): p. 882-891.
221. Maunakea A.K., Nagarajan R.P., Bilenky M., Ballinger T.J., D'Souza C., Fouse S.D., Johnson B.E., Hong C., Nielsen C., Zhao Y., Turecki G., Delaney A., Varhol R., Thiessen N., Shchors K., Heine V.M., Rowitch D.IL, Xing X., Fiore C„ Schillebeeckx M., Jones S.J., Haussler D., Marra M.A., Hirst M., Wang T., Costello J.F. Conserved role of intragenic DNA methylation in regulating alternative promoters. Nature. 2010. 466(7303): p. 253-257.
222. McClelland M. The effect of site specific methylation on restriction endonuclease cleavage (update). Nucleic Acids Res. 1983. 11(1): p. rl69-173.
223. McClelland M., Nelson M., Raschke E. Effect of site-specific modification on restriction endonucleases and DNA modification methyltransferases. Nucleic Acids Res. 1994. 22(17): p. 3640-3659.
224. McGarvey K.M., Van Neste L., Cope L., Ohm J.E., Herman J.G., Van Criekinge W., Schuebel K.E., Baylin S.B. Defining a chromatin pattern that characterizes DNA-hypermethylated genes in colon cancer cells. Cancer Res. 2008. 68(14): p. 5753-5759.
225. Melki J.R., Vincent P.C., Clark S.J. Cancer-specific region of hypermethylation identified within the HIC1 putative tumour suppressor gene in acute myeloid leukaemia. Leukemia. 1999. 13(6): p. 877-883.
226. Melnikov A., Scholtens D., Godwin A., Levenson V. Differential methylation profile of ovarian cancer in tissues and plasma. J Mol Diagn. 2009. 11(1): p. 60-65.
227. Mikeska T., Bock C., Do H., Dobrovic A. DNA methylation biomarkers in cancer: progress towards clinical implementation. Expert Rev Mol Diagn. 2012. 12(5): p. 473-487.
228. Mikkelsen T.S., Wakefield M.J., Aken B., Amemiya C.T., Chang J.L., Duke S., Garber M., Gentles A.J., Goodstadt L., Heger A., Jurka J., Kamal M., Mauceli E., Searle S.M., Sharpe T., Baker M.L., Batzer M.A., Benos P.V., Belov K., Clamp M„ Cook A., Cuff J., Das R., Davidow L., Deakin J.E., Fazzari M.J., Glass J.L., Grabherr M., Greally J.M., Gu W., Ilore T.A., Iluttley G.A., Kleber M., Jirtle R.L., Koina E., Lee J.T., Mahony S., Marra M.A., Miller R.D., Nicholls R.D., Oda M., Papenfuss A.T., Parra Z.E., Pollock D.D., Ray D.A., Schein J.E., Speed T.P., Thompson K., VandeBerg J.L., Wade C.M., Walker J.A., Waters P.D., Webber C., Weidman J.R., Xie X., Zody M.C., Graves J.A., Ponting C.P., Breen M., Samollow P.B., Lander E.S., Lindblad-Toh K. Genome of the marsupial Monodelphis domestica reveals innovation in non-coding sequences. Nature. 2007. 447(7141): p. 167-177.
229. Millar D.S., Paul C.L., Molloy P.L., Clark S.J. A distinct sequence (ATAAA)n separates methylated and unmethylated domains at the 5'-end of the GSTP1 CpG island. J Biol Chem. 2000. 275(32): p. 24893-24899.
230. Milne T.A., Briggs S.D., Brock II.W., Martin M.E., Gibbs D., Allis C.D., Hess J.L. MLL targets SET domain methyltransferase activity to Hox gene promoters. Mol Cell. 2002. 10(5): p. 1107-1117.
231. Missaoui N., Hmissa S., Trabelsi A., Traore C., Mokni M., Dante R., Frappart L. Promoter hypermethylation of CDH13, DAPK1 and TWIST1 genes in precancerous and cancerous lesions of the uterine cervix. Pathol Res Pract. 2011. 207(1): p. 37-42.
232. Moelans C.B., Verschuur-Maes A.H., van Diest P.J. Frequent promoter hypermethylation of BRCA2, CDH13, MSH6, PAX5, PAX6 and WT1 in ductal carcinoma in situ and invasive breast cancer. J Pathol. 2011. 225(2): p. 222-231.
233. Mohn F., Weber M., Rebhan M., Roloff T.C., Richter J., Stadler M.B., Bibel M„ Schubeier D. Lineage-specific polycomb targets and de novo DNA methylation define restriction and potential of neuronal progenitors. Mol Cell. 2008. 30(6): p. 755-766.
234. Montavon C„ Gloss B.S., Warton K., Barton C.A., Statham A.L., Scurry J.P., Tabor B., Nguyen T.V., Qu W., Samimi G., Hacker N.F., Sutherland R.L., Clark S.J., O'Brien P.M. Prognostic and diagnostic significance of DNA methylation patterns in high grade serous ovarian cancer. Gynecol Oncol. 2012. 124(3): p. 582-588.
235. Montuenga L.M., Pio R. Current challenges in lung cancer early detection biomarkers. Eur J Cancer. 2009. 45 (Suppl 1): p. 377-378.
236. Morgan H.D., Dean W., Coker H.A., Reik W., Petersen-Mahrt S.K. Activation-induced cytidine deaminase deaminates 5-methylcytosine in DNA and is expressed in pluripotent tissues: implications for epigenetic reprogramming. J Biol Chem. 2004. 279(50): p. 5235352360.
237. Mostovich L.A., Prudnikova T.Y., Kondratov A.G., Loginova D., Vavilov P.V., Rykova V.I., Sidorov S.V., Pavlova T.V., Kashuba V.I., Zabarovsky E.R., Grigoricva E.V. Integrin alpha9 (ITGA9) expression and epigenetic silencing in human breast tumors. Cell Adh Migr. 2011. 5(5): p. 395-401.
238. Muller J., Hart C.M., Francis N.J., Vargas M.L., Sengupta A., Wild B., Miller E.L., O'Connor M.B., Kingston R.E., Simon J. A. I listone methyltransferase activity of a Drosophila Polycomb group repressor complex. Cell. 2002. 111(2): p. 197-208.
239. Munoz-Antonia T., Torrellas-Ruiz M., Clavell J., Mathews L.A., Muro-Cacho C.A., Baez A. Aberrant methylation inactivates transforming growth factor Beta receptor I in head and neck squamous cell carcinoma. Int J Otolaryngol. 2009. 2009: p. 848695.
240. Nair P.N., McArdle L., Cornell J., Cohn S.L., Stallings R.L. High-resolution analysis of 3p deletion in neuroblastoma and differential methylation of the SEMA3B tumor suppressor gene. Cancer Genet Cytogenet. 2007. 174(2): p. 100-110.
241. Nan X., Ng H.H., Johnson C.A., Laherty C.D., Turner B.M., Eisenman R.N., Bird A. Transcriptional repression by the methyl-CpG-binding protein MeCP2 involves a histone deacetylase complex. Nature. 1998. 393(6683): p. 386-389.
242. Narayan G., Arias-Pulido H., Koul S., Vargas II., Zhang F.F., Villella J., Schneider A., Terry M.B., Mansukhani M., Murty V.V. Frequent promoter methylation of CDH1, DAPK, RARB, and HIC1 genes in carcinoma of cervix uteri: its relationship to clinical outcome. Mol Cancer. 2003. 2: p. 24.
243. Nestor C., Ruzov A., Meehan R., Dunican D. Enzymatic approaches and bisulfite sequencing cannot distinguish between 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine in DNA. Biotechniques. 2010. 48(4): p. 317-319.
244. Neuberger M.S., Harris R.S., Di Noia J., Petersen-Mahrt S.K. Immunity through DNA deamination. Trends Biochem Sci. 2003. 28(6): p. 305-312.
245. Ng M.H., Chung Y.F., Lo K.W., Wickham N.W., Lee J.C., Huang D.P. Frequent hypermethylation of pi6 and pl5 genes in multiple myeloma. Blood. 1997. 89(7): p. 25002506.
246. Nishida N., Nagasaka T., Nishimura T., Ikai I., Boland C.R., Goel A. Aberrant methylation of multiple tumor suppressor genes in aging liver, chronic hepatitis, and hepatocellular carcinoma. I-Iepatology. 2008. 47(3): p. 908-918.
247. Nouzova M., Iloltan N., Oshiro M.M., Isett R.B., Munoz-Rodriguez J.L., List A.F., Narro M.L., Miller S.J., Merchant N.C., Futscher B.W. Epigenomic changes during leukemia cell differentiation: analysis of histone acetylation and cytosine methylation using CpG island microarrays. J Pharmacol Exp Ther. 2004. 311(3): p. 968-981.
248. Nuovo G.J., Plaia T.W., Belinsky S.A., Baylin S.B., Herman J.G. In situ detection of the hypermethylation-induced inactivation of the pi 6 gene as an early event in oncogenesis. Proc Natl Acad Sei USA. 1999. 96(22): p. 12754-12759.
249. Ogawa O., Eccles M.R., Szeto J., McNoe L.A., Yun K., Maw M.A., Smith P.J., Reeve A.E. Relaxation of insulin-like growth factor II gene imprinting implicated in Wilms' tumour. Nature. 1993. 362(6422): p. 749-751.
250. Ogoshi K., Hashimoto S., Nakatani Y., Qu W., Oshima K., Tokunaga K., Sugano S., Hattorf M., Morishita S., Matsushima K. Genome-wide profiling of DNA methylation in human cancer cells. Genomics. 2011. 98(4): p. 280-287.
251. Ohm J.E., Baylin S.B. Stem cell chromatin patterns: an instructive mechanism for DNA hypermethylation? Cell Cycle. 2007. 6(9): p. 1040-1043.
252. Ohm J.E., McGarvey K.M., Yu X., Cheng L., Schuebel K.E., Cope L., Mohammad H.P., Chen W., Daniel V.C., Yu W., Berman D.M., Jenuwein T., Pruitt K., Sharkis S.J., Watkins D.N., Herman J.G., Baylin S.B. A stem cell-like chromatin pattern may predispose tumor suppressor genes to DNA hypermethylation and heritable silencing. Nat Genet. 2007. 39(2): p. 237-242.
253. Okano M., Bell D.W., Haber D.A., Li E. DNA methyltransferases Dnmt3a and Dnmt3b are essential for de novo methylation and mammalian development. Cell. 1999. 99(3): p. 247-257.
254. Okano M., Xie S., Li E. Cloning and characterization of a family of novel mammalian DNA (cytosine-5) methyltransferases. Nat Genet. 1998. 19(3): p. 219-220.
255. Olkhov-Mitsel E., Bapat B. Strategies for discovery and validation of methylated and hydroxymethylated DNA biomarkers. Cancer Med. 2012. 1(2): p. 237-260.
256. Ooi S.K., Qiu C., Bernstein E., Li K., Jia D., Yang Z., Erdjument-Bromage II., Tempst P., Lin S.P., Allis C.D., Cheng X., Bestor T.II. DNMT3L connects unmethylated lysine 4 of histone H3 to de novo methylation of DNA. Nature. 2007. 448(7154): p. 714-717.
257. Ordway J.M., Bedell J.A., Citek R.W., Nunberg A., Garrido A., Kendall R., Stevens J.R., Cao D., Doerge R.W., Korshunova Y., Holemon II., McPherson J.D., Lakey N., Leon J., Martienssen R.A., Jeddeloh J.A. Comprehensive DNA methylation profiling in a human cancer genome identifies novel epigenetic targets. Carcinogenesis. 2006. 27(12): p. 2409-2423.
258. Ordway J.M., Budiman M.A., Korshunova Y„ Maloney R.K., Bedell J.A., Citek R.W., Bacher B., Peterson S., Rohlfing T., Hall J., Brown R., Lakey N., Doerge R.W., Martienssen R.A., Leon J., McPherson J.D., Jeddeloh J.A. Identification of novel high-frequency DNA methylation changes in breast cancer. PLoS One. 2007. 2(12): p. el 314.
259. Palmisano W.A., Divine K.K., Saccomanno G., Gilliland F.D., Baylin S.B., Herman J.G., Belinsky S.A. Predicting lung cancer by detecting aberrant promoter methylation in sputum. Cancer Res. 2000. 60(21): p. 5954-5958.
260. Paluszczak J., Misiak P., Wierzbicka M., Wozniak A., Baer-Dubowska W. Frequent hypermethylation of DAPK, RARbeta, MGMT, RASSF1A and FHIT in laryngeal squamous cell carcinomas and adjacent normal mucosa. Oral Oncol. 2011. 47(2): p. 104-107.
261. Parrella P., Scintu M., Prencipe M., Poeta M.L., Gallo A.P., Rabitti C., Rinaldi M„ Tommasi S., Paradiso A., Schittulli F., Valori V.M., Toma S., Altomare V., Fazio V.M. HIC1 promoter methylation and 17pl3.3 allelic loss in invasive ductal carcinoma of the breast. Cancer Lett. 2005. 222(1): p. 75-81.
262. Pavlova T.V., Kashuba V.I., Muravenko O.V., Yenamandra S.P., Ivanova T.A., Zabarovskaia V.I., Rakhmanaliev E.R., Petrenko L.A., Pronina I.V., Loginov V.I., Iurkevich O., Kiselev L.L., Zelenin A.V., Zabarovskii E.R. [Technology of analysis of epigenetic and structural changes of epithelial tumors genome with Notl-microarrays by the example of human chromosome], Mol Biol (Mosk). 2009. 43(2): p. 339-347.
263. Pehlivan S., Artac M., Sever T., Bozcuk H., Kilincarslan C., Pehlivan M. Gene methylation of SFRP2, PI6, DAPK1,1-IIC1, and MGMT and KRAS mutations in sporadic colorectal cancer. Cancer Genet Cytogenet. 2010. 201 (2): p. 128-132.
264. Pfeifer G.P., Rauch T.A. DNA methylation patterns in lung carcinomas. Semin Cancer Biol. 2009. 19(3): p. 181-187.
265. Pierini S., Jordanov S.H., Mitkova A.V., Chalakov I.J., Melnicharov M.B., Kunev K.V., Mitev V.I., Kaneva R.P., Goranova T.E. Promoter hypermethylation of CDKN2A, MGMT, MLH1, and DAPK genes in laryngeal squamous cell carcinoma and their associations with clinical profiles of the patients. Head Neck. 2013.
266. Pietrobono R., Pomponi M.G., Tabolacci E., Oostra B., Chiurazzi P., Neri G. Quantitative analysis of DNA demethylation and transcriptional reactivation of the FMR1 gene in fragile X cells treated with 5-azadeoxycytidine. Nucleic Acids Res. 2002. 30(14): p. 3278-3285.
267. Popp C., Dean W., Feng S., Cokus S.J., Andrews S., Pellegrini M., Jacobsen S.E., Reik W. Genome-wide erasure of DNA methylation in mouse primordial germ cells is affected by AID deficiency. Nature. 2010. 463(7284): p. 1101-1105.
268. Probst A.V., Dunleavy E., Almouzni G. Epigenetic inheritance during the cell cycle. Nat Rev Mol Cell Biol. 2009. 10(3): p. 192-206.
269. Qian J., Wang Y.L., Lin J., Yao D.M., Xu W.R., Wu C.Y. Aberrant methylation of the death-associated protein kinase 1 (DAPK1) CpG island in chronic myeloid leukemia. Eur J Haematol. 2009. 82(2): p. 119-123.
270. Qiu G., Fang J., He Y. 5' CpG island methylation analysis identifies the MAGE-A1 and MAGE-A3 genes as potential markers of HCC. Clin Biochem. 2006. 39(3): p. 259-266.
271. Rabiau N., Thiam M.O., Satih S., Guy L., Kemeny J.L., Boiteux J.P., Fontana L., Bignon Y.J., Bernard-Gallon D. Methylation analysis of BRCA1, RASSF1, GSTP1 and EPHB2 promoters in prostate biopsies according to different degrees of malignancy. In Vivo. 2009. 23(3): p. 387391.
272. Rai K., I-Iuggins I.J., James S.R., Karpf A.R., Jones D.A., Cairns B.R. DNA demethylation in zebrafish involves the coupling of a deaminase, a glycosylase, and gadd45. Cell. 2008. 135(7): p. 1201-1212.
273. Rainier S., Johnson L.A., Dobry C.J., Ping A.J., Grundy P.E., Feinberg A.P. Relaxation of imprinted genes in human cancer. Nature. 1993. 362(6422): p. 747-749.
274. Raisner R.M., Hartley P.D., Meneghini M.D., Bao M.Z., Liu C.L., Schreiber S.L., Rando O.J., Madhani H.D. Histone variant H2A.Z marks the 5' ends of both active and inactive genes in euchromatin. Cell. 2005. 123(2): p. 233-248.
275. Rauch T., Pfeifer G.P. Methylated-CpG island recovery assay: a new technique for the rapid detection of methylated-CpG islands in cancer. Lab Invest. 2005. 85(9): p. 1172-1180.
276. Rauch T.A., Wu X., Zhong X., Riggs A.D., Pfeifer G.P. A human B cell methylome at 100base pair resolution. Proc Natl Acad Sci USA. 2009. 106(3): p. 671-678.
277. REBASE. Available online: http://rebase.neb.com/rebase/rebase.ftp.html. Accessed on September 2013.
278. Reinders J., Delucinge Vivier C., Theiler G., Chollet D., Descombes P., Paszkowski J. Genome-wide, high-resolution DNA methylation profiling using bisulfite-mediated cytosine conversion. Genome Res. 2008. 18(3): p. 469-476.
279. Reinert T., Modin C., Castano F.M., Lamy P., Wojdacz T.K., Hansen L.L., Wiuf C., Borre M., Dyrskjot L., Orntoft T.F. Comprehensive genome methylation analysis in bladder cancer: identification and validation of novel methylated genes and application of these as urinary tumor markers. Clin Cancer Res. 2011. 17(17): p. 5582-5592.
280. Richiardi L., Fiano V., Grasso C., Zugna D., Delsedime L., Gillio-Tos A., Merletti F. Methylation of APC and GSTP1 in non-neoplastic tissue adjacent to prostate tumour and mortality from prostate cancer. PLoS One. 2013. 8(7): p. e68162.
281. Ridley A.J., Schwartz M.A., Burridge K., Firtel R.A., Ginsberg M.II., Borisy G., Parsons J.T., Horwitz A.R. Cell migration: integrating signals from front to back. Science. 2003. 302(5651): p. 1704-1709.
282. Riggs A.D., Xiong Z. Methylation and epigenetic fidelity. Proc Natl Acad Sci USA. 2004. 101(1): p. 4-5.
283. Ringrose L., Paro R. Polycomb/Trithorax response elements and epigenetic memory of cell
identity. Development. 2007. 134(2): p. 223-232.
140
284
285,
286.
287,
288.
289,
290.
291.
292.
293.
294.
295.
296.
Robertson K.D. DNA methylation and human disease. Nat Rev Genet. 2005. 6(8): p. 597-610. Roossink F., de Jong S., Wisman G.B., van der Zee A.G., Schuuring E. DNA hypermethylation biomarkers to predict response to cisplatin treatment, radiotherapy or chemoradiation: the present state of art. Cell Oncol (Dordr). 2012. 35(4): p. 231-241.
Ruthenburg A.J., Allis C.D., Wysocka J. Methylation of lysine 4 on histone H3: intricacy of writing and reading a single epigenetic mark. Mol Cell. 2007. 25(1): p. 15-30. Safar A.M., Spencer H., 3rd, Su X., Coffey M., Cooney C.A., Ratnasinghe L.D., Hutchins L.F., Fan C. Y. Methylation profiling of archived non-small cell lung cancer: a promising prognostic system. Clin Cancer Res. 2005. 11(12): p. 4400-4405.
Santos J.C., Bastos A.U., Cerutti J.M., Ribeiro M.L. Correlation of MLFI1 and MGMT expression and promoter methylation with genomic instability in patients with thyroid carcinoma. BMC Cancer. 2013. 13: p. 79.
Sarraf S.A., Stancheva I. Methyl-CpG binding protein MBD1 couples histone 113 methylation at lysine 9 by SETDB1 to DNA replication and chromatin assembly. Mol Cell. 2004. 15(4): p. 595-605.
Saxena A., Dhillon V.S., Shahid M., Khalil H.S., Rani M., Prasad D.T., Iledau S., Hussain A., Naqvi R.A., Deo S.V., Shukla N.K., Das B.C., Husain S.A. GSTP1 methylation and polymorphism increase the risk of breast cancer and the effects of diet and lifestyle in breast cancer patients. Exp Ther Med. 2012. 4(6): p. 1097-1103.
Schena M., Shalon D., Davis R.W., Brown P.O. Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. Science. 1995. 270(5235): p. 467-470. Schlesinger Y., Straussman R., Keshet I., Farkash S., Hecht M., Zimmerman J., Eden E., Yakhini Z., Ben-Shushan E., Reubinoff B.E., Bergman Y., Simon I., Cedar H. Polycomb-mediated methylation on Lys27 of histone 113 pre-marks genes for de novo methylation in cancer. Nat Genet. 2007. 39(2): p. 232-236.
Schwartz S., Meshorer E., Ast G. Chromatin organization marks exon-intron structure. Nat Struct Mol Biol. 2009. 16(9): p. 990-995.
Schwarzenbach II., Chun F.K., Isbarn H., Huland PI., Pantel K. Genomic profiling of cell-free DNA in blood and bone marrow of prostate cancer patients. J Cancer Res Clin Oncol. 2011. 137(5): p. 811-819.
Sebova K., Zmctakova I., Bella V., Kajo K., Stankovicova I., Kajabova V., Krivulcik T., Lasabova Z., Tomka M., Galbavy S., Fridrichova I. RASSF1A and CDH1 hypermethylation as potential epimarkers in breast cancer. Cancer Biomark. 2011. 10(1): p. 13-26. Segal E., Widom J. What controls nucleosome positions? Trends Genet. 2009. 25(8): p. 335343.
297. Senchenko V., Liu J., Braga E., Mazurenko N., Loginov W., Seryogin Y., Bazov I., Protopopov A., Kisseljov F.L., Kashuba V., Lerman M.I., Klein G., Zabarovsky E.R. Deletion mapping using quantitative real-time PCR identifies two distinct 3p21.3 regions affected in most cervical carcinomas. Oncogene. 2003. 22(19): p. 2984-2992.
298. Senchenko V.N., Anedchenko E.A., Kondratieva T.T., Krasnov G.S., Dmitriev A.A., Zabarovska V.I., Pavlova T.V., Kashuba V.I., Lerman M.I., Zabarovsky E.R. Simultaneous down-regulation of tumor suppressor genes RBSP3/CTDSPL, NPRL2/G21 and RASSF1A in primary non-small cell lung cancer. BMC Cancer. 2010. 10: p. 75.
299. Senchenko V.N., Krasnov G.S., Dmitriev A.A., Kudryavtseva A.V., Anedchenko E.A., Braga E.A., Pronina I.V., Kondratieva T.T., Ivanov S.V., Zabarovsky E.R., Lerman M.I. Differential expression of CHL1 gene during development of major human cancers. PLoS One. 2011. 6(3): p. el5612.
300. Shalon D., Smith S.J., Brown P.O. A DNA microarray system for analyzing complex DNA samples using two-color fluorescent probe hybridization. Genome Res. 1996. 6(7): p. 639-645.
301. Shao Y., Zhang W., Zhang C., Wu Q., Yang H., Zhang J., Guan M„ Wan J., Yu B. Highresolution melting analysis of BLU methylation levels in gastric, colorectal, and pancreatic cancers. Cancer Invest. 2010. 28(6): p. 642-648.
302. Sharif J., Muto M., Takebayashi S., Suetake I., Iwamatsu A., Endo T.A., Shinga J., Mizutani-Koseki Y., Toyoda T., Okamura K., Tajima S., Mitsuya K., Okano M., Koseki H. The SRA protein Np95 mediates epigenetic inheritance by recruiting Dnmtl to methylated DNA. Nature. 2007. 450(7171): p. 908-912.
303. Shen J., Wang S., Zhang Y.J., Kappil M., Wu H.C., Kibriya M.G., Wang Q., Jasmine F., Ahsan H., Lee P.H., Yu M.W., Chen C.J., Santella R.M. Genome-wide DNA methylation profiles in hepatocellular carcinoma. Hepatology. 2012. 55(6): p. 1799-1808.
304. Sherman M. Recurrence of hepatocellular carcinoma. N Engl J Med. 2008. 359(19): p. 20452047.
305. Shin K.C., Lee K.H., Lee C.H., Shin I.H., Suh H.S., Jeon C.H. MAGE A1-A6 RT-PCR and MAGE A3 and pi6 methylation analysis in induced sputum from patients with lung cancer and non-malignant lung diseases. Oncol Rep. 2012. 27(4): p. 911-916.
306. Sinlia R., Hussain S., Mehrotra R., Kumar R.S., Kumar K., Pande P., Doval D.C., Basir S.F., Bharadwaj M. Kras gene mutation and RASSF1A, FHIT and MGMT gene promoter hypermethylation: indicators of tumor staging and metastasis in adenocarcinomatous sporadic colorectal cancer in Indian population. PLoS One. 2013. 8(4): p. e60142.
307. Sinha S., Singh R.K., Alam N., Roy A., Roychoudhury S., Panda C.K. Frequent alterations of hMLHl and RBSP3/HYA22 at chromosomal 3p22.3 region in early and late-onset breast carcinoma: clinical and prognostic significance. Cancer Sci. 2008. 99(10): p. 1984-1991.
308. Smallwood A., Esteve P.O., Pradhan S., Carey M. Functional cooperation between IIPl and DNMT1 mediates gene silencing. Genes Dev. 2007. 21(10): p. 1169-1178.
309. Sobin L.H., Wittekind C. TNM Classification of Malignant Tumours, 6th edition. John Wiley & Sons; 2002. New Jersey, USA. 2002.
310. Song B.P., Jain S., Lin S.Y., Chen Q., Block T.M., Song W., Brenner D.E., Su Y.H. Detection of hypermethylated vimentin in urine of patients with colorectal cancer. J Mol Diagn. 2012. 14(2): p. 112-119.
311. Stirzaker C., Millar D.S., Paul C.L., Warnecke P.M., Harrison J., Vincent P.C., Frommer M., Clark S.J. Extensive DNA methylation spanning the Rb promoter in retinoblastoma tumors. Cancer Res. 1997. 57(11): p. 2229-2237.
312. Stocklein H., Hutter G., Kalla J., Hartmann E., Zimmermann Y., Katzenberger T., Adam P., Leich E., Holler S., Muller-Hermelink H.K., Rosenwald A., Ott G., Dreyling M. Genomic deletion and promoter methylation status of Hypermethylated in Cancer 1 (HIC1) in mantle cell lymphoma. J Hematop. 2008. 1(2): p. 85-95.
313. Sugihara E., Saya H. Complexity of cancer stem cells. Int J Cancer. 2013. 132(6): p. 12491259.
314. Sutherland E., Coe L., Raleigh E.A. McrBC: a multisubunit GTP-dependent restriction endonuclease. J Mol Biol. 1992. 225(2): p. 327-348.
315. Suzuki M., Yoshino I. Aberrant methylation in non-small cell lung cancer. Surg Today. 2010. 40(7): p. 602-607.
316. Suzuki M.M., Bird A. DNA methylation landscapes: provocative insights from epigenomics. Nat Rev Genet. 2008. 9(6): p. 465-476.
317. Tachibana M., Kiyokawa E., Hara S., Iemura S., Natsume T., Manabe T., Matsuda M. Ankyrin repeat domain 28 (ANKRD28), a novel binding partner of DOCKI8O, promotes cell migration by regulating focal adhesion formation. Exp Cell Res. 2009. 315(5): p. 863-876.
318. Tachibana M., Matsumura Y., Fukuda M., Kimura H., Shinkai Y. G9a/GLP complexes independently mediate II3K9 and DNA methylation to silence transcription. EMBO J. 2008. 27(20): p. 2681-2690.
319. Tachibana M., Sugimoto K., Fukushima T., Shinkai Y. Set domain-containing protein, G9a, is a novel lysine-preferring mammalian histone methyltransferase with hyperactivity and specific selectivity to lysines 9 and 27 of histone H3. J Biol Chem. 2001. 276(27): p. 25309-25317.
320. Tachibana M., Sugimoto K., Nozaki M., Ueda J., Ohta T., Ohki M., Fukuda M., Takeda N., Niida I-L, Kato H., Shinkai Y. G9a histone methyltransferase plays a dominant role in euchromatic histone H3 lysine 9 methylation and is essential for early embryogenesis. Genes Dev. 2002. 16(14): p. 1779-1791.
321. Tahiliani M., Koh K.P., Shen Y., Pastor W.A., Bandukwala H., Brudno Y., Agarwal S., Iyer L.M., Liu D.R., Aravind L., Rao A. Conversion of 5-methylcytosine to 5-hydroxymethylcytosine in mammalian DNA by MLL partner TET1. Science. 2009. 324(5929): p. 930-935.
322. Takeda M., Nagasaka T., Dong-Sheng S., Nishie H., Oka T., Yamada E., Mori Y., Shigeyasu K., Morikawa T., Mizobuchi S., Fujiwara T. Expansion of CpG methylation in the SFRP2 promoter region during colorectal tumorigenesis. Acta Med Okayama. 2011. 65(3): p. 169-177.
323. Takeshima H., Suetake I., Shimahara H., Ura K., Tate S., Tajima S. Distinct DNA methylation activity of Dnmt3a and Dnmt3b towards naked and nucleosomal DNA. J Biochem. 2006. 139(3): p. 503-515.
324. Tavassoli F.A., Devilee P. World Health Organization Classification of Tumours. Pathology and Genetics of Tumours of the Breast and Female Genital Organs. I ARC Press. Lyon, France. 2003. p. 113-202, 259-290.
325. Terranova R., Agherbi H., Boned A., Meresse S., Djabali M. Histone and DNA methylation defects at Hox genes in mice expressing a SET domain-truncated form of Mil. Proc Natl Acad Sci USA. 2006. 103(17): p. 6629-6634.
326. Teschendorff A.E., Menon U., Gentry-Maharaj A., Ramus S.J., Weisenberger D.J., Shen H., Campan M., Noushmehr H., Bell C.G., Maxwell A.P., Savage D.A., Mueller-IIolzner E., Marth C., Kocjan G., Gayther S.A., Jones A., Beck S., Wagner W., Laird P.W., Jacobs I.J., Widschwendter M. Age-dependent DNA methylation of genes that are suppressed in stem cells is a hallmark of cancer. Genome Res. 2010. 20(4): p. 440-446.
327. Tessema M., Klinge D.M., Yingling C.M., Do K., Van Neste L., Belinsky S.A. Re-expression of CXCL14, a common target for epigenetic silencing in lung cancer, induces tumor necrosis. Oncogene. 2010. 29(37): p. 5159-5170.
328. Tessema M„ Yu Y.Y., Stidley C.A., Machida E.O., Schuebel K.E., Baylin S.B., Belinsky S.A. Concomitant promoter methylation of multiple genes in lung adenocarcinomas from current, former and never smokers. Carcinogenesis. 2009. 30(7): p. 1132-1138.
329. Thomson J.P., Skene P.J., Selfridge J., Clouaire T., Guy J., Webb S., Kerr A.R., Deaton A., Andrews R., James K.D., Turner D.J., Illingworth R., Bird A. CpG islands influence chromatin structure via the CpG-binding protein Cfpl. Nature. 2010. 464(7291): p. 1082-1086.
330. Thome N.P., Marioni J.C., Rakyan V., Ibrahim A.E., Massie C., Curtis C., Brenton J.D., Murrell A., Tavare S. Microarray innovations: technology and experimentation. CRC Press. Florida, USA. 2009. p. 175-206.
331. Tong W.G., Wierda W.G., Lin E., Kuang S.Q., Bekele B.N., Estrov Z., Wei Y., Yang II., Keating M.J., Garcia-Manero G. Genome-wide DNA methylation profiling of chronic lymphocytic leukemia allows identification of epigenetically repressed molecular pathways with clinical impact. Epigenetics. 2010. 5(6): p. 499-508.
332. Toyooka K.O., Toyooka S., Virmani A.K., Sathyanarayana U.G., Euhus D.M., Gilcrease M., Minna J.D., Gazdar A.F. Loss of expression and aberrant methylation of the CDH13 (H-cadherin) gene in breast and lung carcinomas. Cancer Res. 2001. 61(11): p. 4556-4560.
333. Toyota M., Ho C., Ahuja N., Jair K.W., Li Q., Ohe-Toyota M., Baylin S.B., Issa J.P. Identification of differentially methylated sequences in colorectal cancer by methylated CpG island amplification. Cancer Res. 1999. 59(10): p. 2307-2312.
334. Travis W.D., Brambilla E., Muller-Hermelink H.K., Harris C.C. World Health Organization Classification of Tumours. Pathology anf Genetics of Tumours of the Lung, Pleura, Thymus and Heart. I ARC Press. Lyon, France. 2004. p. 9-124.
335. Travis W.D., Brambilla E., Riely G.J. New pathologic classification of lung cancer: relevance for clinical practice and clinical trials. J Clin Oncol. 2013. 31(8): p. 992-1001.
336. Tsumura A., Hayakawa T., Kumaki Y., Takebayashi S., Sakaue M., Matsuoka C., Shimotohno K., Ishikawa F., Li E., Ueda II.R., Nakayama J., Okano M. Maintenance of self-renewal ability of mouse embryonic stem cells in the absence of DNA methyltransferases Dnmtl, Dnmt3a and Dnmt3b. Genes Cells. 2006. 11(7): p. 805-814.
337. Tsutsui M., Iizuka N., Moribe T., Miura T., Kimura N., Tamatsukuri S., Ishitsuka H., Fujita Y., Hamamoto Y., Tsunedomi R., Iida M., Tokuhisa Y., Sakamoto K., Tamesa T., Sakaida I., Oka M. Methylated cyclin D2 gene circulating in the blood as a prognosis predictor of hepatocellular carcinoma. Clin Chim Acta. 2010. 411(7-8): p. 516-520.
338. Tycko B. Allele-specific DNA methylation: beyond imprinting. Hum Mol Genet. 2010. 19(R2): p. R210-220.
339. Um T.H., Kim II., Oh B.K., Kim M.S., Kim K.S., Jung G., Park Y.N. Aberrant CpG island hypermethylation in dysplastic nodules and early HCC of hepatitis B virus-related human multistep hepatocarcinogenesis. J Hepatol. 2011. 54(5): p. 939-947.
340. Usadel II., Brabender J., Danenberg K.D., Jeronimo C., Harden S., Engles J., Danenberg P.V., Yang S., Sidransky D. Quantitative adenomatous polyposis coli promoter methylation analysis in tumor tissue, serum, and plasma DNA of patients with lung cancer. Cancer Res. 2002. 62(2): p. 371-375.
341. Ushijima T. Epigenetic field for cancerization. J Biochem Mol Biol. 2007. 40(2): p. 142-150.
342. Valinluck V., Sowers L.C. Endogenous cytosine damage products alter the site selectivity of human DNA maintenance methyltransferase DNMT1. Cancer Res. 2007. 67(3): p. 946-950.
343. Van De Voorde L., Speeckaert R., Van Gestel D., Bracke M., De Neve W., Delanghe J., Speeckaert M. DNA methylation-based biomarkers in serum of patients with breast cancer. Mutat Res. 2012. 751(2): p. 304-325.
344. Varambally S., Dhanasekaran S.M., Zhou M., Barrette T.R., Kumar-Sinha C., Sanda M.G., Ghosh D., Pienta K.J., Sewalt R.G., Otte A.P., Rubin M.A., Chinnaiyan A.M. The polycomb group protein EZH2 is involved in progression of prostate cancer. Nature. 2002. 419(6907): p. 624-629.
345. Viet C.T., Schmidt B.L. Methylation array analysis of preoperative and postoperative saliva DNA in oral cancer patients. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2008. 17(12): p. 3603-3611.
346. Vire E., Brenner C., Deplus R., Blanchon L., Fraga M., Didelot C., Morey L., Van Eynde A., Bernard D., Vanderwinden J.M., Bollen M., Esteller M., Di Croce L., de Launoit Y., Fuks F. The Polycomb group protein EZH2 directly controls DNA methylation. Nature. 2006. 439(7078): p. 871-874.
347. Virmani A.K., Rathi A., Sathyanarayana U.G., Padar A., Huang C.X., Cunnigham H.T., Farinas A.J., Milchgrub S., Euhus D.M., Gilcrease M., Herman J., Minna J.D., Gazdar A.F. Aberrant methylation of the adenomatous polyposis coli (APC) gene promoter 1A in breast and lung carcinomas. Clin Cancer Res. 2001. 7(7): p. 1998-2004.
348. Virmani A.K., Rathi A., Zochbauer-Muller S., Sacchi N., Fukuyama Y., Bryant D., Maitra A., Heda S., Fong K.M., Thunnissen F., Minna J.D., Gazdar A.F. Promoter methylation and silencing of the retinoic acid receptor-beta gene in lung carcinomas. J Natl Cancer Inst. 2000. 92(16): p. 1303-1307.
349. Wade P.A. Methyl CpG-binding proteins and transcriptional repression. Bioessays. 2001. 23(12): p. 1131-1137.
350. Wang J., Hevi S., Kurash J.K., Lei H., Gay F., Bajko J., Su H., Sun W., Chang H., Xu G., Gaudet F., Li E., Chen T. The lysine demethylase LSD1 (KDM1) is required for maintenance of global DNA methylation. Nat Genet. 2009. 41(1): p. 125-129.
351. Wang J.Y., Zabarovsky E.R., Talmadge C., Berglund P., Chan K.W., Pokrovskaya E.S., Kashuba V.l., Zhen D.K., Boldog F., Zabarovskaya V.l., et al. Somatic cell hybrid panel and NotI linking clones for physical mapping of human chromosomc 3. Genomics. 1994. 20(1): p. 105-113.
352. Wang Y.Q., Yan Q., Zhang J.R., Li S.D., Yang Y.X., Wan X.P. Epigenetic inactivation of BRCA1 through promoter hypermethylation in ovarian cancer progression. J Obstet Gynaecol Res. 2013.39(2): p. 549-554.
353. Wang Z., Yuan X., Jiao N.. Zhu I-L, Zhang Y., Tong J. CDH13 and FLBN3 gene methylation are associated with poor prognosis in colorectal cancer. Pathol Oncol Res. 2012. 18(2): p. 263270.
354. Wang Z.K., Liu J., Liu C., Wang F.Y., Chen C.Y., Zhang X.H. Hypermethylation of adenomatous polyposis coli gene promoter is associated with novel Wnt signaling pathway in gastric adenomas. J Gastroenterol Hepatol. 2012. 27(10): p. 1629-1634.
355. Weber M., Davies J.J., Wittig D., Oakeley E.J., I-Iaase M., Lam W.L., Schubeler D. Chromosome-wide and promoter-specific analyses identify sites of differential DNA methylation in normal and transformed human cells. Nat Genet. 2005. 37(8): p. 853-862.
356. Weber M., Ilellmann I., Stadler M.B., Ramos L., Paabo S., Rebhan M., Schubeler D. Distribution, silencing potential and evolutionary impact of promoter DNA methylation in the human genome. Nat Genet. 2007. 39(4): p. 457-466.
357. Wen B., Wu H., Shinkai Y., Irizarry R.A., Feinberg A.P. Large histone H3 lysine 9 dimethylated chromatin blocks distinguish differentiated from embryonic stem cells. Nat Genet. 2009. 41(2): p. 246-250.
358. Wentzensen N., Sherman M.E., Schiffman M., Wang S.S. Utility of methylation markers in cervical cancer early detection: appraisal of the state-of-the-science. Gynecol Oncol. 2009. 112(2): p. 293-299.
359. Widom J. Role of DNA sequence in nucleosome stability and dynamics. Q Rev Biophys. 2001. 34(3): p. 269-324.
360. Widschwendter M., Fiegl H., Egle D., Mueller-Holzner E., Spizzo G., Marth C., Weisenberger D.J., Campan M., Young J., Jacobs I., Laird P.W. Epigenetic stem cell signature in cancer. Nat Genet. 2007. 39(2): p. 157-158.
361. Wilson A.S., Power B.E., Molloy P.L. DNA hypomethylation and human diseases. Biochim Biophys Acta. 2007. 1775(1): p. 138-162.
362. Woenckhaus M., Grepmeier U., Wild P.J., Merk J., Pfeifer M., Woenckhaus U., Stoelcker B., Blaszyk II., Hofstaedter F., Dietmaier W., Hartmann A. Multitarget FISH and LOH analyses at chromosome 3p in non-small cell lung cancer and adjacent bronchial epithelium. Am J Clin Pathol. 2005. 123(5): p. 752-761.
363. Wong I.H., Zhang J., Lai P.B., Lau W.Y., Lo Y.M. Quantitative analysis of tumor-derived methylated pl6INK4a sequences in plasma, serum, and blood cells of hepatocellular carcinoma patients. Clin Cancer Res. 2003. 9(3): p. 1047-1052.
364. Wood L.D., Parsons D.W., Jones S., Lin J., Sjoblom T., Leary R.J., Shen D., Boca S.M., Barber T., Ptak J., Silliman N., Szabo S., Dezso Z., Ustyanksky V., Nikolskaya T., Nikolsky Y., Karchin R., Wilson P.A., Kaminker J.S., Zhang Z., Croshaw R., Willis J., Dawson D., Shipitsin M., Willson J.K., Sukumar S., Polyak K., Park B.H., Pethiyagoda C.L., Pant P.V., Ballinger D.G., Sparks A.B., Hartigan J., Smith D.R., Suh E., Papadopoulos N., Buckhaults P., Markowitz S.D., Parmigiani G., Kinzler K.W., Velculescu V.E., Vogelstein B. The genomic landscapes of human breast and colorectal cancers. Science. 2007. 318(5853): p. 1108-1113.
365. Wozniak R.J., Klimecki W.T., Lau S.S., Feinstein Y., Futscher B.W. 5-Aza-2'-deoxycytidine-mediated reductions in G9A histone methyltransferase and histone H3 K9 di-methylation levels are linked to tumor suppressor gene reactivation. Oncogene. 2007. 26(1): p. 77-90.
366. Xiong H.L., Liu X.Q., Sun A.H., He Y„ Li J., Xia Y. Aberrant DNA Methylation of PI6, MGMT, hMLHl and hMSH2 Genes in Combination with the MTHFR C677T Genetic Polymorphism in Gastric Cancer. Asian Pac J Cancer Prev. 2013. 14(5): p. 3139-3142.
367. Xu J., Shetty P.B., Feng W., Chenault C., Bast R.C., Jr., Issa J.P., Hilsenbeck S.G., Yu Y. Methylation of HIN-1, RASSF1A, RIL and CDH13 in breast cancer is associated with clinical characteristics, but only RASSF1A methylation is associated with outcome. BMC Cancer. 2012. 12: p. 243.
368. Yamamoto H., Toyooka S., Mitsudomi T. Impact of EGFR mutation analysis in non-small cell lung cancer. Lung Cancer. 2009. 63(3): p. 315-321.
369. Yamashita S., Takahashi S., McDonell N., Watanabe N., Niwa T., Hosoya K., Tsujino Y., Shirai T., Ushijima T. Methylation silencing of transforming growth factor-beta receptor type II in rat prostate cancers. Cancer Res. 2008. 68(7): p. 2112-2121.
370. Yan P.S., Chen C.M., Shi II., Rahmatpanah F., Wei S.H., Caldwell C.W., Huang T.H. Dissecting complex epigenetic alterations in breast cancer using CpG island microarrays. Cancer Res. 2001. 61(23): p. 8375-8380.
371. Yan P.S., Perry M.R., Laux D.E., Asare A.L., Caldwell C.W., Huang T.II. CpG island arrays: an application toward deciphering epigenetic signatures of breast cancer. Clin Cancer Res. 2000. 6(4): p. 1432-1438.
372. Yan P.S., Potter D., Deatherage D.E., Huang T.II., Lin S. Differential methylation hybridization: profiling DNA methylation with a high-density CpG island microarray. Methods Mol Biol. 2009. 507: p. 89-106.
373. Yang Y., Takeuchi S., Tsukasaki K., Yamada Y., Hata T., Mori N., Fukushima A., Seo H., Koeffler I I.P., Taguchi H. Methylation analysis of the adenomatous polyposis coli (APC) gene in adult T-cell leukemia/lymphoma. Leuk Res. 2005. 29(1): p. 47-51.
374. Ye T., Chen Y., Fang J. DNA methylation biomarkers in serum for gastric cancer screening. Mini Rev Med Chem. 2010. 10(11): p. 1034-1038.
375. Yeo W., Wong N., Wong W.L., Lai P.B., Zhong S., Johnson P.J. High frequency of promoter hypermethylation of RASSF1A in tumor and plasma of patients with hepatocellular carcinoma. Liver Int. 2005. 25(2): p. 266-272.
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.