Анализ функциональной активности внутригенных промоторов E. coli с потенциальной возможностью инициировать транскрипцию, сонаправленную с синтезом мРНК тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Шавкунов, Константин Сергеевич

• Шавкунов, Константин Сергеевич
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Шавкунов, Константин Сергеевич

СОДЕРЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

1. МНОГООБРАЗИЕ ФУНКЦИЙ, ВЫПОЛНЯЕМЫХ РНК. РЕГУЛЯТОРНЫЕ РНК

Обзор литературы)

1.1. Избыточность транскрипции и возможность альтернативного кодирования

1.2. Многообразие функций, выполняемых РНК

1.3. Нетранслируемые РНК как новый тип регуляторов генной экспрессии

1.3.1. РНК-интерференция. Двухцепочечные РНК, как клеточный регулятор 11 Малые интерферирующие РНК (siRNA) 11 МикроРНК 15 РНК, взаимодействующие с регуляторными белками группы Piwi (piPHK) 17 Повтор-ассоциированные малые интерферирующие РНК

1.3.2. Антисмысловые РНК

1.3.3. Рибопереключатели

1.4. РНК-регуляторы прокариот

1.5. Белковые факторы транскрипции прокариот 33 Hfg как глобальный фактор регуляиии транскрипции

1.6. Методы поиска генов, кодирующих нетранслируемые РНК

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Бактериальные штаммы

2.2. Получение радиоактивно меченых олигодезоксинуклеотидов

2.3. Выделение ДНК из клеток E.coli с использованием кислого фенола

2.4. Амплификация индивидуальных фрагментов ДНК (полимеразная цепная реакция, ПЦР)

2.5. Фракционирование ДНК методом электрофореза в полиакриламидном геле

2.6. Выделение фрагментов ДНК из полиакриламидного геля

2.7. Оценка эффективности комплексообразвания промотор содержащих участков генома с РНК-полимеразой методом задержки ДНК-белковых комплексов при ПААГ-электрофорезе (gel-shift)

2.8. Тестирование матричной активности промоторов методом однократной инициации транскрипции in vitro (single-round)

2.9. Выделение суммарной фракции клеточной РНК

2.10. Определение нуклеотидной последовательности ДНК-фрагментов по Максаму-Джилберту

2.11. Исследование комплексов промоторов и РНК-полимеразы методом футпринтинга KMn04 in vitro

2.12. Исследование транскрипционной активности предсказанных PlatProm промоторов методом обратной транскрипции in vivo

2.13. Рестрикция ДНК-фрагментов и плазмиды для лигирования

2.14. Лигирование фрагментов ДНК, содержащих исследуемые промоторы, в плазмиду pET28b-EGFP

2.15. Приготовление компетентных клеток и трансформация

2.16. Анализ активности промоторов с использованием системы репортерной детекции методом флуоресцентной микроскопии

3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Выбор репрезентативных «сонаправленных» промоторов, перспективных для экспериментального тестирования

3.2. Проверка функциональной активности выбранных промоторов in vitro 66 Исследование транскрипционной компетентности предсказанных промоторов 74 Анализ транскрипционной активности внутренних промоторов в гене htgA 80 Анализ транскрипционной активности внутренних промоторов в гене tyrR

3.3. Исследование функциональной активности промоторов из генетического локуса гена appY

3.4. Сравнительный анализ активности «промоторных островков» и «нормальных» промоторов

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Анализ функциональной активности внутригенных промоторов E. coli с потенциальной возможностью инициировать транскрипцию, сонаправленную с синтезом мРНК»

Хорошо известно, что содержащаяся в геномной ДНК информация отражает не только генетический потенциал биологического объекта (закодированные аминокислотные последовательности белков, рРНК, тРНК, характер протекающих в клетках метаболических процессов), но и определяет взаимосвязь генной экспрессии с функционирующими регуляторными системами. Расшифровка нуклеотидных последовательностей геномов многих прокариотических и эукариотических организмов изменила стратегию биологических исследований и стимулировала развитие экспериментальных и информационных подходов, направленных на структурную аннотацию наследственного материала и реконструкцию функциональных взаимоотношений в живой клетке. Несмотря на большое количество имеющихся сведений об особенностях метаболизма бактерий, полноценное моделирование клеточной системы с учетом вклада всех типов участвующих молекул пока невозможно даже для такого хорошо исследованного микроорганизма, как кишечная палочка (Escherichia coli). Тем не менее, относительно точная реконструкция совместной работы отдельных генных ансамблей уже довольно давно проводится как для прокариот, так и для высших организмов. Накопление и систематизация фактической информации способствует постепенному заполнению все большего числа белых пятен и открывает возможность управления целыми каскадами биохимических реакций. Необходимым условием успешного воссоздания такой сложной многокомпонентной системы, как клетка, является максимально точная идентификация всех генов в геноме и наличие как можно более полной информации о способе регуляции их экспрессии.

Исследования последних лет привели к существенной коррекции и даже пересмотру концепций, формулирующих общепринятые представления о механизмах генной экспрессии. Наиболее значимым, по-видимому, является обнаружение транскрипции практически во всех локусах генома, включая интроны и межгенные пространства у эукариот. Причем в кодирующих последовательностях многих генов зарегистрирован синтез РНК, перекрывающихся как в смысловом, так и в антисмысловом направлениях, а рядом с активными промоторами обнаружена дивергентная транскрипция, приводящая к появлению коротких нестабильных РНК с практически неизученными свойствами [Seila et al., 2008; Не et al., 2008]. Пока не известно, являются ли короткие РНК, комплементарные матричной нити, результатом процессинга мРНК или результатом независимого синтеза, но их последовательности соответствуют кодирующим последовательностям, расположенным на расстоянии 50 пар нуклеотидов п.н.) от инициирующего кодоиа. В клетках кишечной палочки также обнаружено несколько коротких РНК, комплементарных матричной нити генов [Vogel et al., 2003]. Таким образом, явление параллельной транскрипции уже не вызывает больших сомнений, но биологическая роль синтезируемых РНК-продуктов пока мало понятна и требует детального исследования.

Современные методы аннотации расшифрованных последовательностей с высокой точностью распознают гены, кодирующие аминокислотные последовательности белков. Различные подходы основываются на таких характеристических особенностях, как нуклеотидный состав кодирующих участков, триплетность кода, взаимное расположение инициирующих и терминирующих кодонов, наличие модулей взаимодействия с рибосомами (последовательность Shine-Dalgarno). Кроме этого учитываются данные об N-концевых последовательностях клеточных белков, наличие гомологии с известными генами в других бактериях, эффективность экспрессии, а также любая другая доступная информация. Такие методы хорошо приспособлены для обнаружения большинства белок-кодирующих генов, но недостаточно эффективны для поиска генов, кодирующих короткие пептиды или молекулы малых нетранслируемых РНК. При идентификации генов рибосомных и транспортных РНК используются компьютерные программы, учитывающие высокую эволюционную консервативность соответствующих участков ДНК, а также их способность формировать типичную трехмерную структуру. Наиболее сложным является системный поиск генов малых нетранслируемых РНК, исследование которых в 2002 году отнесено журналом Science к одному из приоритетных направлений молекулярной биологии. Трудность их целенаправленной идентификации de novo обусловлена не только разнообразием выполняемых функций, но и отсутствием явных особенностей в кодирующей последовательности и пространственной структуре. В то же время, учитывая высокую значимость малых РНК в клетке, необходимость разработки алгоритмов для их выявления не вызывает сомнения.

В настоящее время наиболее доступным способом обнаружения малых нетранслируемых РНК является поиск по сигналам транскрипции. В лаборатории Функциональной геномики и клеточного стресса Института биофизики клетки РАН была разработана программа для предсказательного поиска бактериальных промоторов PlatProm [Brok-Volchanski et al., 2006]. Данный компьютерный алгоритм моделирует структуру промоторов за счет комплексного учета особенностей их нуклеотидной последовательности и структурной организации. Его высокая чувствительность и специфичность позволяют не только обнаруживать известные регуляторные сайты транскрипции, но и предсказывать положение точек старта синтеза РНК в масштабах целого генома. Сканирование генома E.coli с помощью этой программы позволило предсказать промоторы для многих генов, что облегчает их экспериментальное картирование. Компьютерный поиск выявил возможные места синтеза новых РНК-продуктов в межгенных участках. Некоторые из них могут кодировать короткие полипептиды или новые регуляторные РНК. Наряду с этим было обнаружено довольно много потенциальных мест инициации транскрипции, расположенных внутри кодирующих участков генов. Большая часть таких необычных промоторов имеет антисмысловую ориентацию, что предполагает возможность синтеза с них РНК-продуктов, комплементарных мРНК. Наиболее удивительным было обнаружение внутригенных сигналов транскрипции со смысловой ориентацией. Активность таких промоторов предполагает возможность параллельной транскрипции бактериальных генов с образованием либо укороченных мРНК, способных служить матрицами для синтеза белка, либо нетранслируемых РНК с непонятной пока функцией. Основной целью данной работы была проверка функциональной активности именно таких промоторов.

Исследованию вопроса о возможности и целесообразности параллельной транскрипции посвящена первая часть обзора литературных данных. Кроме того, обзор призван дать представление о многообразие функций, выполняемых известными на данный момент нетранслируемыми РНК, о современной методологии их целенаправленного поиска и роли в регуляции генной экспрессии.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Шавкунов, Константин Сергеевич

выводы

1. Кодирующие последовательности генов birA,fucR, htgA, pyrG, tyrR и yejO содержат внутренние промоторы, способные взаимодействовать с РНК-полимеразой с формированием открытых комплексов и инициацией синтеза РНК in vitro.

2. С промотора, расположенного в гене tyrR, в клетках идет синтез укороченной РНК, которая содержит еще одну рамку считывания и сайт связывания рибосомы, т.е. может быть матрицей для синтеза белкового продукта длиной 346 аминокислотных остатков.

3. В геноме E.coli впервые выявлено 78 областей с высокой плотностью промотор-подобных сайтов и изучены свойства области, ассоциированной с геном appY. Установлено, что in vitro РНК-полимераза формирует несколько продуктивных комплексов с перекрывающимися промоторами и может синтезировать РНК, как в смысловом, так и в антисмысловом направлении. В то же время, in vivo синтез oppF-мРНК оказался ниже уровня достоверной регистрации, что свидетельствует о наличии регуляторного механизма, ограничивающего продуктивную элонгацию.

4. С использованием системы репортерной детекции установлено, что фрагмент гена appY, содержащий активные внутригенные промоторы, подавляет, а не стимулирует транскрипцию репортерного гена, инициированную на межгенном промоторе. Свидетельствуя против аддитивности актов инициации транскрипции на соседних промоторах, это указывает на возможную регуляторную роль внутригенных сигналов транскрипции.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Основной целью данной работы было изучение возможности синтеза дополнительных РНК из кодирующих последовательностей генов, т.е. возможности альтернативного кодирования одной и той же последовательностью гена нескольких РНК-продуктов. В качестве первичных индикаторов потенциальных мест альтернативного синтеза РНК были использованы внутригенные «сонаправленные» промоторы, предсказанные компьютерной программой PlatProm. На основании предварительного теоретического анализа для экспериментальной проверки были выбраны промоторы, находящиеся в восьми генах. Шесть из них кодируют регуляторы транскрипции агсА, birA,fucR, htgA, tyrR, appY, а два - белки общего метаболизмаpyrG и yejO. Во всех случаях для тестирования были использованы промотор-содержащие фрагменты ДНК, амплифицированные в ПЦР с одной или несколькими парами праймеров в зависимости от необходимой длины матрицы. В гене appY было исследовано две разные области. Суммарные данные приведены в Таблице 3.

Восемь из 9 фрагментов ДНК, содержащих предсказанные промоторы, взаимодействовали с РНК-полимеразой и формировали с ней, по крайней мере, один транскрипционно-компетентный открытый промоторный комплекс, но эффективность взаимодействия существенно различалась. Так, например, промотор в гене агсА хуже всего связывался с РНК-полимеразой и не проявил никакой матричной активности, хотя имеет высокий показатель промотор-подобия. Еще более удивительной была полная неспособность взаимодействовать с ферментом кластера промотор-подобных участков, находящегося в конце гена appY. Пока у нас нет объяснения этому факту.

Транскрипционно компетентные комплексы были зарегистрированы для промоторов из генов appY (начало гена), pyrG и yejO, которые по данным ChIP-on-chip эффективно взаимодействуют с РНК-полимеразой in vivo, и для промоторов из пяти остальных генов, где такое взаимодействие зарегистрировано не было, что, безусловно, указывает на целесообразность и информативность предварительного компьютерного поиска, хотя координаты стартовых точек транскрипции, предсказанных PlatProm, нуждаются в экспериментальном подтверждении. Семь из 8 зарегистрированных футпринтингом перманганатом калия локально-денатурированных участков в точности соответствовали предсказанному старту, но синтезируемые in vitro продукты не всегда имели ожидаемый размер.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Шавкунов, Константин Сергеевич, 2009 год

1. Ahlquist P. (2002) RNA-dependent RNA polymerases, viruses, and RNA silencing // Science, 296 (5571), pp. 1270-1273.

2. Aiba H. (2007) Mechanism of RNA silencing by Hfq-binding small RNAs // Curr. Opin. Microbiol., 10 (2), pp. 134-139.

3. Akhtar S., Kole R. and Juliano R.L. (1991) Stability of antisense DNA oligodeoxynucleotide analogs in cellular extracts and sera // Life Sei., 49, pp. 1793 -1801.

4. Altuvia S. (2007) Identification of bacterial small non-coding RNAs: Experimental approaches // Curr. Opin. Microbiol., 10, pp. 257-261.

5. Ambros V. (2001) MicroRNAs: tiny regulators with great potential // Cell, 107, pp. 823826.

6. Anantharaman V., Koonin E. and Aravind L. (2002) Comparative genomics and evolution of proteins involved in RNA metabolism // Nucleic Acids Res., 30 (7), pp. 1427-1464.

7. Andersson A.F. and Banfield J.F. (2008) Virus population dynamics and acquired virus resistance in natural microbial communities II Science, 320 (5879), pp. 1047-1050.

8. Aravin A.A., Lagos-Quintana M., Yalcin A., Zavolan M., Marks D., Snyder В., Gaasterland Т., Meyer J. and Tuschl T. (2003) The small RNA profile during Drosophila melanogaster development // Dev. Cell, 5, pp. 337-350.

9. Aravin A. and Tuschl T. (2005). Identification and characterization of small RNAs involved in RNA silencing // FEBS, 579, pp. 5830-5840.

10. Aravin A.A., Sachidanandam R., Bourc'his D., Schaefer C., Pezic D., Toth K.F., Bestor T. and Hannon G.J. (2008) A piRNA pathway primed by individual transposons is linked to de novo DNA methylation in mice // Molecular Cell, 31 (6), pp. 785-799.

11. Argaman L., Hershberg R., Vogel J., Bejerano G., Wagner E.G.H., Margalit H. and Altuvia S. (2001) Novel small RNA-encoding genes in the intergenic regions of Escherichia coli II Current Biology, 11 (12), pp. 941-950.

12. Avner P. and Heard E. (2001) X-chromosome inactivation: counting, choice and initiation I I Nature Rev. Genet., 2, pp. 59-61.

13. Azam T.A., Iwata A., Nishimura A., Ueda S. and Ishihama A. (1999) Growth phase-dependent variation in protein composition of the Escherichia coli nucleoid // J. Bacterio!., 181, pp. 6361-6370.

14. Babitzke P. and Romeo T. (2007) CsrB sRNA family: sequestration of RNA-binding regulatory proteins // Curr. Opin. Microbiol., 10, pp. 156-163.

15. Babu M.M., Luscombe N.M., Aravind L., Gerstein M. and Teichmann S.A. (2004) Structure and evolution of transcriptional regulatory networks // Curr. Opin. Struct. Biol., 14(3), pp. 283-291.

16. Barrangou R., Fremaux C., Deveau H., Richards M., Boyaval P., Moineau S., Romero D.A. and Horvath P. (2007) CRISPR provides acquired resistance against viruses in prokaryotes // Science, 315 (5819), pp. 1709-1712.

17. Bartel D.P. (2004) MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function // Cell, 116, pp. 281-297.

18. Baulcombe D. (2007) Molecular biology. Amplified silencing // Science, 315 (5809), pp. 199-200.

19. Bejerano-Sagie M. and Xavier K.B. (2007) The role of small RNAs in quorum sensing // Curr. Opin. Microbiol., 10 (2), pp. 189-198.

20. Belgnaoui S.M., Gosden R.G., Semmes O.J. and Haoudi A. (2006) Human LINE-I retrotransposon induces DNA damage and apoptosis in cancer cells // Cancer Cell International, 6, p. 13.

21. Bernstein E., Caudy A.A., Hammond S.M., Hannon G.J. (2001) Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference // Nature, 409 (6818), pp. 363-366.

22. BioSpace Exiqon A/S To Acquire Oncotech. (2007) The transaction will create a world leader in molecular diagnostic products based on miRNA // Press release.

23. Bohmert K., Camus I., Bellini C., Bouchez D., Caboche M. and Benning C. (1998) AGOl defines a novel locus of Arabidopsis controlling leaf development // EMBO Journal, 17, pp. 170-180.

24. Bouvier M., Sharma C.M., Mika F., Nierhaus K.H. and Vogel J. (2008) Small RNA binding to 5' mRNA coding region inhibits translational initiation // Mol. Cell., 32 (6), pp. 827-837.

25. Brantl S. and Wagner E.G. (2002) An antisense RNA-mediated transcriptional Attenuation mechanism functions in Escherichia coli II Journal of Bacteriology, 184 (10), pp. 27402747.

26. Brantl S. (2007) Regulatory mechanisms employed by cis-encoded antisense RNAs // Curr. Opin. Microbiol., 10 (2), pp. 102-109.

27. Brennecke J., Aravin A., Stark A., Dus M., Kellis M., Sachidanandam R. and Hannon G.2007) Discrete small RNA-generating loci as master regulators of transposon activity in Drosophila // Cell, 128 (6), pp. 1089-1103.

28. Brennecke J., Malone C.D., Aravin A.A., Sachidanandam R., Stark A. and Hannon G.J.2008) An epigenetic role for maternally inherited piRNAs in transposon silencing // Science, 322 (5906), pp. 1387-1392.

29. Brouns S.J.J., Jore M.M., Lundgren M., Westra E.R., Slijkhuis R.J.H., Snijders A.P.L., Dickman M.J., Makarova K.S., Koonin E.V. and Van der Oost J. (2008) Small CRISPR RNAs Guide Antiviral Defense in Prokaryotes II Science, 321, pp. 960-964.

30. Brown S. and Fournier M.J. (1984) The 4.5 S RNA gene of Escherichia coli is essential for cell growth 11 Journal of Molecular Biology, 178 (3), pp. 533-550.

31. Brown P.O. and Botstein D. (1999) Exploring the new world of the genome with DNA microarrays II Nat. Genet., 21, p. 33.

32. Carrington J. and Ambros V. (2003). Role of microRNAs in plant and animal development. Science, 301 (5631), pp. 336-338.

33. Carter R.J., Dubchak I. and Holbrook S.R. (2001) A computational approach to identify genes for functional RNAs in genomic sequences // Nucleic Acids Res., 19, pp. 3928-3938.

34. Cerutti H. and Casas-Mollano J. (2006) On the origin and functions of RNA-mediated silencing: from protists to man // Curr. Genet., 50 (2), pp. 81—99.

35. Chapman E.J. and Carrington J.C. (2007) Specialization and evolution of endogenous small RNA pathways // Nature Reviews Genetics, 8, pp. 884-896.

36. Check E. (2007) RNA interference: hitting the on switch // Nature, 448, pp. 855- 858.

37. Chen S., Lesnik E.A., Hall T.A., Sampath R„ Griffey R.H., Ecker D.J. and Blyn L.B. (2002) A bioinformatics based approach to discover small RNA genes in the Escherichia coli genome // BioSystems, 65, pp. 157-177.

38. Collins J.A., Imov I., Baker S. and Winkler W.C. (2007) Mechanism of mRNA destabilization by the glmS ribozyme // Genes Dev., 21, pp. 3356-3368.

39. Core L.J., Waterfall J.J. and Lis J.T. (2008) Nascent RNA sequencing reveals widespread pausing and divergent initiation at human promoters // Science, 322, pp. 1845-1848.

40. Cornish E.C., Argyropoulos V.P., Pittard J. and Davidson B.E. (1986) Structure of the Escherichia coli K12 regulatory gene tyrR II Journal Biol. Chem., 261 (1), pp. 403-410.

41. Cutrona G., Carpaneto E.M., Ulivi M., Roncella S., Landt O., Ferrarini M. and Boffa, L.C. (2000) Effects in live cells of a c-myc anti-gene PNA linked to a nuclear localization signal IINat. Biotechnol., 18, pp. 300-303.

42. Denli A.M., Tops B.B., Plasterk R.H., Ketting R.F. and Hannon G.J. (2004) Processing of primary microRNAs by the Microprocessor complex // Nature, 432 (7014), pp. 231-235.

43. Dias N. and Stein C.A. (2002) Antisense oligonucleotides: basic concepts and mechanisms // Molecular cancer therapeutics, 1, pp. 347-355.

44. Djupedal I. and Ekwall K. (2009) Epigenetics: heterochromatin meets RNAi // Cell Res., 19(3), pp. 282-295.

45. Dorner S., Eulalio A., Huntzinger E. and Izaurralde E. (2007) Symposium on MicroRNAs and siRNAs: biological functions and mechanisms // EMBO, 8, pp. 723-729.

46. Eddy S.R. (1999) Noncoding RNA genes // Current Opinion in Genetics and Development, 9, pp. 695-699.

47. Eder P.S., DeVine R.J., Dagle J.M. and Walder J.A. (1991) Substrate specificity and kinetics of degradation of antisense oligonucleotides by a 3' exonuclease in plasma // Antisense Res. Dev., 1, pp. 141-151.

48. Eulalio A., Huntzinger E., Nishihara T., Rehwinkel J., Fauser M. and Izaurralde E. (2009) Deadenylation is a widespread effect of miRNA regulation // RNA, 15 (1), pp. 21-32.

49. Faehnle C.R. and Joshua-Tor L. (2007) Argonautes confront new small RNAs // Curr. Opin. Chem. Biol., 11 (5), pp. 569-577.

50. Fahey M.E., Moore T.F. and Higgins D.G. (2002) Overlapping antisense transcription in the human genome // Comp. Fund. Genomics, 3, pp. 244-253.

51. Favre-Bonte S., Joly B. and Forestier Ch. (1999) Consequences of reduction of Klebsiella pneumoniae capsule expression on interactions of this bacterium with epithelial cells // Infection and Immunity, 67, pp. 554-561.

52. Fire A., Xu S., Montgomery M.K., Kostas S.A., Driver S.E. and Mello C.C. (1998) Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans II Nature, 391, pp. 806-811.

53. Fozo E.M., Hemm M.R. and Storz G. (2008) Small toxic proteins and the antisense RNAs that repress them // Microbiol. Mol. Biol. Rev., 72 (4), pp. 579-589.

54. Frank D.N. and Pace N.R. (1998) Ribonuclease P: unity and diversity in a tRNA processing ribozyme // Annual Review of Biochemistry, 67, pp. 153-180.

55. Fritz J., Girardin S. and Philpott D. (2006) Innate immune defense through RNA interference // Sei STKE, 2006 (339), doi: 10.1126/stke.3392006pe27.

56. Gibbs W.W. (2003) The Unseen Genome: gems among the junk // Scientific American, 289 (5), pp. 46-53.

57. Gilbert W. (1986) The RNA World // Nature, 319, p. 618.

58. Giles R.V., Spiller D.G., Clark R.E. and Tidd D.M. (1999) Antisense morpholino oligonucleotide analog induces missplicing of C-myc mRNA // Antisense Nucleic Acid Drug Dev., 9, pp. 213-220.

59. Girard A., Sachidanandam R., Hannon G.J. and Carmell M.A. (2006) A germline-specific class of small RNAs binds mammalian Piwi proteins II Nature, 442 (7099), pp. 199-202.

60. Görke B. and Vogel J. (2008) Noncoding RNA control of the making and breaking of sugars // Genes Dev., 22, pp. 2914-2925.

61. Gottesman S. (2005) Micros for microbes: non-coding regulatory RNAs in bacteria // Trends Genet., 21 (7), pp. 399-404.

62. Gourse R.L., Ross W. and Rutherford S.T. (2006) General pathway for turning on promoters transcribed by RNA polymerases containing alternative sigma factors // J. Bacteriol., 188 (13), pp. 4589-4591.

63. Gregory R., Chendrimada T., Cooch N., Shiekhattar R. (2005) Human RISC couples microRNA biogenesis and posttranscriptional gene silencing // Cell, 123 (4), pp. 631-640.

64. Gregory R.I., Chendrimada T.P. and Shiekhattar R. (2006) MicroRNA biogenesis: isolation and characterization of the microprocessor complex II Methods Mol. Biol., 342, pp. 33-47.

65. Gruber T.M. and Gross C.A. (2003) Multiple sigma subunits and the partitioning of bacterial transcription space I I Annual Rev. Microbiol., 57, pp. 441-466.

66. Grundy F.J. and Henkin T.M. (2006) From ribosome to riboswitch: control of gene expression in bacteria by RNA structural rearrangements // Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol., 41, pp. 329-338.

67. Guerrier-Takada C., Gardiner K., Marsh T., Pace N. and Altman S. (1983) The RNA moiety of Ribonuclease P is the catalytic subunit of the enzyme // Cell, 35, (3, Pt. 2), pp. 849-857.

68. Hammer B.K. and Bassler B.L. (2007) Regulatory small RNAs circumvent the conventional quorum sensing pathway in>pandemic Vibrio cholerae II Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104 (27), pp. 11145-11149.

69. Hammond S.M., Bernstein E., Beach D. and Hannon G.J. (2000) An RNA-directed nuclease mediates posttranscriptional gene silencing in Drosophila cells // Nature, 404, pp.293-296.

70. Han J., Lee Y., Yeom K.H., Nam J.W., Heo I., Rhee J.K., Sohn S.Y., Cho Y., Zhang B.T. and Kim, V.N. (2006) Molecular basis for the recognition of primary microRNAs by the Drosha-DGCR8 complex // Cell, 125 (5), pp. 887-901.

71. He Y., Vogelstein V.E., Papadopoulos N. and Kinzler K.W. (2008) The antisense transcriptomes of human cells II Science, 322, pp. 1855-1857.

72. Hengge R. (2008) The two-component network and the general stress sigma factor RpoS (sigma S) in Escherichia coli II Adv. Exp. Med. Biol., 631, pp. 40-53.

73. Hertz G.Z. and Stormo G.D. (1996) Escherichia coli promoter sequences: analysis and prediction // Methods Enzymol., 273, pp. 30-42.

74. Hock J. and Meister G. (2008) The Argonaute protein family // Genome Biology, 9 (2), doi: 10.1186/gb-2008-9-2-210.

75. Hong S., Lessner F.H., Mahen E.M. and Keiler K.C. (2007) Proteomic identification of tmRNA substrates // PNAS, 104, pp. 17128-17133.

76. Huerta A.M. and Collado-Vides J. (2003) Sigma70 promoters in Escherichia coli: specific transcription in dense regions of overlapping promoter-like signals // J. Mol. Biol., 333, pp. 261-278.

77. Huerta A., Francino M.P., Morett E. and Collado-Vides J. (2006) Selection for unequal densities of a70 promoter-like signals in different regions of large bacterial genomes // PLoS Genetics, 2, pp. 1740-1750.

78. Isalan M., Lemerle C., Michalodimitrakis K., Horn C., Beltrao P., Raineri E., Garriga-Canut M. and Serrano L. (2008) Evolvability and hierarchy in rewired bacterial gene networks // Nature, 452, pp. 840-845.

79. Ishihama A. (1990) Molecular assembly and functional modulation of Escherichia coli polymerase // Adv. Biophys., 26, pp. 19-31.

80. Izant J. and Weintraub H. (1984) Inhibition of thymidine kinase gene expression by antisense RNA: a molecular approach to genetic analysis // Cell, 36, pp.1007-1015.

81. Jagath J.R., Matassova N.B., de Leeuw E., Warnecke J.M., Lentzen G., Rodnina M.V., Luirink J. and Wintermeyer W. (2001) Important role of the tetraloop region of 4.5S RNA in SRP binding to its receptor FtsY // RNA, 7 (2), pp. 293-301.

82. Janowski B.A., Younger S.T., Hardy D.B., Ram R., Huffman K.E. and Corey D.R. (2007) Activating gene expression in mammalian cells with promoter-targeted duplex RNAs // Nat. Chem. Biol., 3 (3), pp. 166-173.

83. Jensen C.G. and Pedersen S. (1994) Concentrations of 4.5S RNA and Ffh protein in Escherichia coli'. the stability of Ffh protein is dependent on the concentration of 4.5S RNA // Journal of Bacteriology, 176 (23), pp. 7148-7154.

84. Jensen K.K., Orum H., Nielsen P.E. and Norden B. (1997) Kinetics for hybridization of peptide nucleic acids (PNA) with DNA and RNA studied with the BIAcore technique. Biochemistry, 36, pp. 5072-5077.

85. Johansen J., Rasmussen A.A., Overgaard M. and Valentin-Hansen P. (2006) Conserved small non-coding RNAs that belong to the sigmaE regulon: role in down-regulation of outer membrane proteins H J. Mol. Biol., 364 (1), pp. 1-8.

86. Jones-Rhoades M., Bartel D., Bartel B. (2006) MicroRNAs and their regulatory roles in plants II Annual. Rev. Plant Biol., 57, pp. 19-53.

87. Katiyar-Agarwal S., Morgan R., Dahlbeck D., Borsani O., Villegas A., Zhu J., Staskawicz B. and Jin H. (2006) A pathogen-inducible endogenous siRNA in plant immunity // Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 103 (47), pp. 18002-18007.

88. Kawamoto H., Koide Y., Morita T. and Aiba H. (2006) Base-pairing requirement for RNA silencing by a bacterial small RNA and acceleration of duplex formation by Hfq // Mol. Microbiol., 61 (4), pp. 1013-1022.

89. Kawano M., Reynolds A.A., Miranda-Rios J. and Storz G. (2005) Detection of 5'- and 3'-UTR-derived small RNAs and cis-encoded antisense RNAs in Escherichia coli II Nucl. Acids Res., 33, pp. 1040-1050.

90. Kawano M., Aravind L. and Storz G. (2007) An antisense RNA controls synthesis of an SOS-induced toxin evolved from an antitoxin // Mol. Microbiol., 64 (3), pp. 738-754.

91. Klattenhoff C. and Theurkauf W. (2008) Biogenesis and germline functions of piRNAs // Development, 135 (1), pp. 3-9.

92. Krichevsky A.M., King K.S., Donahue C.P., Khrapko K. and Kosik K.S. (2003) A microRNA array reveals extensive regulation of microRNAs during brain development // RNA, 9, pp. 1274-1281.

93. Kurihara Y. and Watanabe Y. (2004) Arabidopsis micro-RNA biogenesis through Dicerlike 1 protein functions II Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 101, pp. 12753-12758.

94. Landt S.G., Abeliuk E., McGrath P.T., Lesley J.A., McAdams H.H. and Shapiro L. (2008) Small non-coding RNAs in Caulobacter crescentus II Mol. Microbiol., 68, pp. 600-614.

95. Lapouge K., Schubert M., Allain F.H. and Haas D. (2008) Gac/Rsm signal transduction pathway of gamma-proteobacteria: From RNA recognition to regulation of social behaviour // Mol. Microbiol., 61, pp. 241-253.

96. Lee R.C., Feinbaum R.L. and Ambros V. (1993) The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14 II Cell, 75 (5), pp. 843-854.

97. Lee Y., Ahn C„ Han J., Choi H., Kim J., Yim J., Lee J., Provost P., Radmark O., Kim S. and Kim V.N. (2003) The nuclear RNase III Drosha initiates microRNA processing // Nature, 425 (6956), pp. 415-419.

98. Li L.C., Okino S.T., Zhao H., Pookot D., Place R.F., Urakami S., Enokida H. and Dahiya R. (2006) Small dsRNAs induce transcriptional activation in human cells // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103 (46), pp. 17337-17342.

99. Li X., Hirano R., Tagami H. and Aiba H. (2006) Protein tagging at rare codons is caused by tmRNA action at the 3' end of nonstop mRNA generated in response to ribosome stalling // RNA, 12, pp. 248-255.

100. Lin H., Yin H., Beyret E., Findley S. and Deng W. (2008) The role of the piRNA pathway in stem cell self-renewal // Dev. Biology, 319 (2), doi:10.1016/j.ydbio.2008.05.048.

101. Lingel A, Simon B, Izaurralde E, Sattler M. (2003) Structure and nucleic-acid binding of the Drosophila Argonaute 2 PAZ domain // Nature, 426 (6965), pp. 465-469.

102. Liu X., Fortin K. and Mourelatos Z. (2008) MicroRNAs: biogenesis and molecular functions // Brain Pathol., 18 (1), pp. 113-121.

103. Livny J. and Waldor M.K. (2007). Identification of small RNAs in diverse bacterial species // Curr. Opin. Microbiol., 10, pp. 96-101.

104. Livny J., Teonadi H., Livny M. and Waldor M.K. (2008) High-throughput, kingdom-wide prediction and annotation of bacterial non-coding RNAs // PLoSONE, 3, e3197.

105. Lucchetti-Miganeh C., Burrowes E., Baysse C. and Ermel G. (2008) The post-transcriptional regulator CsrA plays a central role in the adaptation of bacterial pathogens to different stages of infection in animal hosts // Microbiology, 154, pp. 16-29.

106. Malone C.D. and Hannon G.J. (2009) Small RNAs as Guardians of the Genome // Cell, 136 (4), pp. 656-668.

107. Mandal M. and Breaker R.R. (2004) Gene regulation by riboswitches // Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 5, pp. 451-463.

108. Maries-Wright J. and Lewis R.J. Stress responses of bacteria // Curr. Opin. Struct. Biol., 17 (6), pp. 755-760.

109. Marraffini L.A. and Sontheimer E.J. (2008) CRISPR interference limits horizontal gene transfer in staphylococci by targeting DNA // Science, 322 (5909), pp. 1843-1845.

110. Masse E. and Gottesman S. (2002) A small RNA regulates the expression of genes involved in iron metabolism in Escherichia coli II Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 99 (7), pp. 4620-4625.

111. Maxam A.M. and Gilbert W. (1977) A new method of sequencing DNA // Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 74, pp. 560-564.

112. McClintock B. (1951) Chromosome organization and genie expression // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol., 16, pp. 13-47.

113. Mehta P., Richards J. and Karzai A.W. (2006) tmRNA determinants required for facilitating nonstop mRNA decay // RNA, 12, pp. 2187-2198.

114. Mizuno T., Chou M.Y. and Inouye M. (1984) A unique mechanism regulating gene expression: translational inhibition by a complementary RNA transcript (micRNA) // Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 81, pp. 1966-1970.

115. Moll I., Leitsch D., Steinhauser T. and Bläsi U. (2003) RNA chaperone activity of the Sm-like Hfq protein // EMBO Reports, 4, pp. 284-289.

116. M0ller T., Franch T., H0ijup P., Keene D.R., Bächinger H.P., Brennan R.G. and ValentinHansen P. (2002) Hfq: a bacterial Sm-like protein that mediates RNA-RNA interaction // Mol. Cell, 9, pp. 23-30.

117. Montange R.K. and Batey R.T. (2008) Riboswitches: Emerging themes in RNA structure and function // Annu. Rev. Biophys., 37, pp. 117-133.

118. Moore S.D. and Sauer R.T. (2005) Ribosome rescue: tmRNA tagging activity and capacity in Escherichia coli II Molecular Microbiology, 58, pp. 456-466.

119. Morita T., Mochizuki Y. and Aiba H. (2006) Translational repression is sufficient for gene silencing by bacterial small noncoding RNAs in the absence of mRNA destruction // Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 103 (13), pp. 4858-4863.

120. Moxon S., Jing R., Szittya G., Schwach F., Rusholme Pilcher R.L., Moulton V. and Dalmay T. (2008) Deep sequencing of tomato short RNAs identifies microRNAs targeting genes involved in fruit ripening // Genome Res., 18 (10), pp. 1602-1609.

121. Nakamura K., Fujii Y., Shibata T., Yamane K. (1999) Depletion of Escherichia coli 4.5S RNA leads to an increase in the amount of protein elongation factor EF-G associated with ribosomes // European Journal of Biochemistry, 259, pp. 543-550.

122. Nakayashiki H., Kadotani N. and Mayama S. (2006) Evolution and diversification of RNA silencing proteins in fungi // J. Mol. Evol., 63 (1), pp. 127—135.

123. Napoli C., Lemieux C. and Jorgensen R. (1990). Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible co-suppression of homologous genes in trans // Plant Cell, 2 (4), pp. 279-289.

124. Nekrutenko A. and Li W.H. (2001) Transposable elements are found in a large number of human protein-coding genes // Trends Genet., 17(11), pp. 619-621.

125. Novick R.P. and Geisinger E. (2008) Quorum sensing in staphylococci // Annu. Rev. Genet., 42, pp. 541-564.

126. Nudler E. and Mironov A.S. (2004) The riboswitch control of bacterial metabolism // Trends Biochem. Sci., 29, pp. 11-17.

127. Obbard D., Jiggins F., Halligan D. and Little T. (2006) Natural selection drives extremely rapid evolution in antiviral RNAi genes // Curr. Biol., 16 (6), pp. 580-585.

128. O'Donnell K.A., Wentzel E.A., Zeller K.I., Dang C.V. and Mendell J.T. (2005) c-Myc-regulated microRNAs modulate E2F1 expression II Nature, 435 (7043), pp. 839-843.

129. O'Donnell K.A. and Boeke J.D. (2007) Mighty Piwis defend the germline against genome intruders, Cell, 129 (1), pp. 37-44.

130. Opdyke J.A., Kang J.G. and Storz G. (2004) GadY, a small-RNA regulator of acid response genes in Escherichia coli II J. Bacteriol., 186 (20), pp. 6698-6705.

131. Pak J. and Fire A. (2007). Distinct populations of primary and secondary effectors during RNAi in C. elegans II Science, 315 (5809), pp. 241-244.

132. Pardue M.L. and DeBaryshe P.G. (1999) Telomeres and telomerase: more than the end of the line // Chromosoma, 108 (2), pp. 73-82.

133. Pecota D.C., Osapay G., Selsted M.E. and Wood T.K. (2003) Antimicrobial properties of the Escherichia coli R1 plasmid host killing peptide // J. Biotechnol., 100 (1), pp. 1-12.

134. Pichon C. and Felden B. (2008) Small RNA gene identification and mRNA target predictions in bacteria // Bioinformatics, 24 (24), pp. 2807-2813.

135. Plath K., Mlynarczyk-Evans S., Nusinow D.A. and Panning B. (2002) Xist RNA and the mechanism ofX chromosome inactivation //Annu. Rev. Genet., 36, pp. 233-278.

136. Pourcel C., Salvignol G. and Vergnaud G. (2005) CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies // Microbiology, 151, pp. 653-663.

137. Preall J.B., He Z., Gorra J.M. and Sontheimer E.J. (2006) Short interfering RNA strand selection is independent of dsRNA processing polarity during RNAi in Drosophila // Curr. Biol., 16 (5), pp. 530-535.

138. Pruss G.J. and Drlica K. (1989) DNA supercoiling and prokaryotic transcription // Cell, 56, pp. 521-523.

139. Rivas E., Klein R.J., Jones T.A. and Eddy S.R. (2001) Computational identification of noncoding RNAs in E.coli by comparative genomics // Current Biology, 11, pp. 13691373.

140. Robinson K., McGuire A.M., Church G.M. (1998) A comprehensive library of DNA-binding site matrices for 55 proteins applied to the complete Escherichia coli K-12 genome II J. Mol. Biol., 284, pp. 241-254.

141. Romano N. and Macino G. (1992). Quelling: transient inactivation of gene expression in Neurospora crassa by transformation with homologous sequences // Mol. Microbiol., 6 (22), pp. 3343-3353.

142. Ross W., Gosink K.K., Salomon J., Igarashi K., Zou C., Ishihama A., Severinov K. and Gourse R.L. (1993) A third recognition element in bacterial promoters: DNA binding by the alpha subunit of RNA polymerase II Science, 262, pp. 1407-1413.

143. Rougeulle C. and Heard E. (2002) Antisense RNA in imprinting: spreading silence through air II Trends Genet., 18, pp. 434-437.

144. Ruby J.G., Jan C., Player C., Axtell M.J., Lee W., Nusbaum C., Ge Hi and Bartel D.P. (2006) Large-scale sequencing reveals 21U-RNAs and additional microRNAs and endogenous siRNAs in C. elegans II127 (6), pp. 1193-1207.

145. Saetrom P., Sneve R., Kristiansen K.I., Snove Jr.O., Grunfeld T., Rognes T. and Seeberg E. (2005) Predicting non-coding RNA genes in Escherichia coli with boosted genetic programming //Nucl. Acids Res., 33, pp. 3263-3270.

146. Saraiya A.A. and Wang C.C. (2008) snoRNA, a novel precursor of microRNA in Giardia lamblia IIPLoSPathog., 4 (11), el000224.

147. Seila A.C., Calabrese J.M., Levine S.S., Yeo G.W., Rahl P.B., Flynn R.A., Young R.A. and Sharp P.A. (2008) Divergent transcription from active promoters // Science, 322, pp. 18491851.

148. Selinger D.W., Saxena R.M., Cheung K.J., Church G.M. and Rosenow C. (2003) Global RNA half-life analysis in E.coli reveals positional patterns of transcript degradation // Genome Research, 13, pp. 216-223.

149. Sen G.L., Wehrman T.S. and Blau H.M. (2005) mRNA translation is not a prerequisite for small interfering RNA-mediated mRNA cleavage // Differentiation, 73 (6), pp. 287-293.

150. Seto A.G., Kingston R.E. and Lau N.C. (2007) The coming of age for Piwi proteins // Molecular Cell, 26 (5), pp. 603-609.

151. Sharma C.M., Darfeuille F., Plantinga T.H. and Vogel J. (2007) A small RNA regulates multiple ABC transporter mRNAs by targeting C/A-rich elements inside and upstream of ribosome-binding sites // Genes Dev., 21 (21), pp. 2804-2817.

152. Shimada T., Fujita N., Maeda M. and Ishihama A. (2005) Systematic search for the Cra-binding promoters using genomic SELEX system // Genes to Cells, 10, pp. 907-918.

153. Simons R.W. and Kleckner N. (1983) Translational control of IS10 transposition // Cell, 34, pp. 683-691.

154. Skorski T., Perrotti D., Nieborowska-Skorska M., Gryaznov S. and Calabretta B. (1997) Antileukemia effect of c-myc N3'->P5' phosphoramidate antisense oligonucleotides in vivo HProc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, pp. 3966-3971.

155. Slotkin R.K. and Martienssen R. (2007) Transposable elements and the epigenetic regulation of the genome // Nat. Rev. Genet., 8 (4), pp. 272-285.

156. Soper T.J. and Woodson S.A. (2008) The rpoS mRNA leader recruits Hfq to facilitate annealing with DsrA sRNA. RNA, 14(9): 1907-1917.

157. Sorek R., Kunin V. and Hugenholtz P. (2008) CRISPR a widespread system that provides acquired resistance against phages in bacteria and archaea // Nat. Rev. Microbiol., 6, pp. 181-186.

158. Stark A., Bushati N., Jan C.H., Kheradpour P., Hodges E., Brennecke J., Bartel D.P., Cohen S.M. and Kellis M. (2008) A single Hox locus in Drosophila produces functional microRNAs from opposite DNA strands // Genes Dev., 22 (1), pp. 8-13.

159. Storz G. (2002) An expanding universe of noncoding RNAs I I Science, 296, pp. 12601263.

160. Storz G., Opdyke J.A. and Zhang A. (2004) Controlling mRNA stability and translation with small, noncoding RNAs // Current Opinion in Microbiology, 7. pp. 140-144.

161. Sun X., Zhulin I. and Wartell R.M. (2002) Predicted structure and phyletic distribution of the RNA-binding protein Hfq // Nucl. Acids Res., 30, pp. 3662-3671.

162. Takada K., Hanawa K., Lee S.G., Himeno H. and Muto A. (2002) The structure and function of tmRNA // Nucleic Acids Symp., 2, pp. 65-66.

163. Tan Y., Zhang B., Wu T., Skogerb0 G., Zhu X., Guo X., He S. and Chen R. (2009) Transcriptional inhibiton of Hoxd4 expression by miRNA-lOa in human breast cancer cells UBMCMol. Biol., 10, doi:10.1186/1471-2199-10-12.

164. Tjaden B., Saxena R.M., Stolyar S., Haynor D.R., Kolker E. and Rosenow C. (2002) Transcriptome analysis of Escherichia coli using high-density oligonucleotide probe assays // Nucl. Acids Res., 30 (17), pp. 3732-3738.

165. Tjaden B., Goodwin S.S., Opdyke J.A., Guillier M., Fu D.X., Gottesman S. and Storz G. (2006) Target prediction for small, noncoding RNAs in bacteria // Nucleic Acids Res., 34 (9), pp. 2791-2802.

166. Tjaden B. (2008) TargetRNA: a tool for predicting targets of small RNA action in bacteria 11 Nucl. Acids Res., 36 (Web Server issue), W109-W113, doi:10.1093/nar/gkn264.

167. Tomizawa J., Itoh T., Selzer G. and Som T. (1981). Inhibition of ColEl RNA primer formation by a plasmid-specifed small RNA // Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 78, pp. 14211425.

168. Trotochaud A.E. and Wassarman K.M. (2005) A highly conserved 6S RNA structure is required for regulation of transcription // Nat. Struct. Mol. Biol., 12, pp. 313-319.

169. Tsai H.Y., Masquida B„ Biswas R., Westhof E. and Gopalan V. (2003) Molecular modeling of the three-dimensional structure of the bacterial RNase P holoenzyme // J. Mol. Biol., 325 (4), pp. 661-675.

170. Tsui H.C., Leung H.C. and Winkler M.E. (1994). Characterization of broadly pleiotropic phenotypes caused by an hfq insertion mutation in Escherichia coli K-12 // Molecular microbiology, 13 (1), pp. 35—49.

171. Tuschl T., Zamore P.D., Lehmann R., Bartel D.P. and Sharp P.A. (1999) Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro II Genes Dev., 13 (24), pp. 3191-3197.

172. Tuschl T. (2003) Functional genomics: RNA sets the standard II Nature, 421, pp. 220-221.

173. Unoson C. and Wagner E.G. (2008) A small SOS-induced toxin is targeted against the inner membrane in Escherichia coli II Mol. Microbiol., 70 (1), pp. 258-270.

174. Updegrove T., Wilf N., Sun X. and Warteil R.M. (2008) Effect of Hfq on RprA-rpoS mRNA pairing: Hfq-RNA binding and the influence of the 5' rpoS mRNA leader region // Biochemistry, 47 (43), pp. 11184-11195.

175. Urban J.H. and Vogel J. (2008) Two seemingly homologous noncoding RNAs act hierarchically to activate glmS mRNA translation II PLoSBiol., 6 (3), e64.

176. Vecerek B., Moll I. and Bläsi U. (2007) Control of Fur synthesis by the non-coding RNA RyhB and iron-responsive decoding // EMBO J., 26 (4), pp. 965-975.

177. Venkova-Canova T., Srivastava P. and Chattoraj D.K. (2006) Transcriptional inactivation of a regulatory site for replication of Vibrio cholerae chromosome II // Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 103 (32), pp. 12051-12056.

178. Vogel J. and Wagner E.G. (2007) Target identification of small noncoding RNAs in bacteria// Curr. Opin. Microbiol, 10 (3), pp. 262-270.

179. Volpe T.A., Kidner C., Hall I.M., Teng G., Grewal S.I. and Martienssen R.A. (2002) Regulation of heterochromatic silencing and histone H3 lysine-9 methylation by RNAi // Science, 297, pp. 1833-1837.

180. Wagner E.G. and Flärdh K. (2002) Antisense RNAs everywhere? // Trends Genet., 18 (5), pp. 223-226.

181. Wang X.J., Reyes J.L., Chua N.H. and Gaasterland T. (2004) Prediction and identification of Arabidopsis thaliana microRNAs and their mRNA targets // Genome Biol, 5 (9), R65.

182. Wang H. and Benham C.J. (2006) Promoter prediction and annotation of microbial genomes based on DNA sequence and structural responses to superhelical stress // BMC Bioinformatics, 7, pp. 248-263.

183. Wassarman K.M., Zhang A. and Storz G. (1999) Small RNAs in Escherichia coli H Trends Microbiol., 1, pp. 37-45.

184. Wassarman K.M. and Storz G. (2000) 6S RNA regulates E. coli RNA polymerase activity II Cell, 101, pp. 613-623.

185. Wassarman K.M., Repoila F., Rosenow C., Storz G. and Gottesman S. (2001) Identification of novel small RNAs using comparative genomics and microarrays // Genes and Development, 15, pp. 1637-1651.

186. Wassarman K.M. and Saecker R.M. (2006) Synthesis-mediated release of a small RNA inhibitor of RNA polymerase II Science, 314, pp. 1601-1603.

187. Waters L.S. and Storz G. (2009) Regulatory RNAs in bacteria // Cell, 136, pp. 615-628.

188. Werner A., Carlile M. and Swan D. (2009) What do natural antisense transcripts regulate? //RNA Biol., 6 (1), pp. 43-48.

189. Wickstrom E. (1986) Oligodeoxynucleotide stability in subcellular extracts and culture media II J. Biochem. Biophys. Methods, 13, pp. 97-102.

190. Windbichler N., von Pelchrzim F., Mayer O., Csaszar E. and Schroeder R. (2008) Isolation of small RNA-binding proteins from E. coli: evidence for frequent interaction of RNAs with RNA polymerase // RNA Biol., 5 (1), pp. 30-40.

191. Yeom K.H., Lee Y., Han J., Suh M.R. and Kim V.N. (2006) Characterization of DGCR8/Pasha, the essential cofactor for Drosha in primary miRNA processing // Nucl. Acids Res., 34 (16), pp. 4622-4629.

192. Zaychikov E., Denissova L., Meier Т., Gotte M. and Heumann H. (1997) Influence of Mg2+ and Temperature on Formation of the Transcription Bubble // J. Biol. Chem., 272, pp. 2259-2267.

193. Zeng, Y. and Cullen, B.R. (2005) Efficient processing of primary microRNA hairpins by Drosha requires flanking non-structured RNA sequences // J. Biol. Chem., 280, pp. 2759527603.

194. Zhang A., Wassarman K.M., Ortega J., Steven A.C. and Storz G. (2002) The Sm-like Hfq protein increases OxyS RNA interaction with target mRNAs // Mol. Cell, 9, pp. 11-22.

195. Zhang A., Wassarman K., Rosenow C., Tjaden B.C., Storz G. and Gottesman S. (2003) Global analysis of small RNA and mRNA targets of Hfq // Molecular Microbiology, 50, pp. 1111-1124.

196. Zwieb C., Wower I. and Wower J. (1999) Comparative sequence analysis of tmRNA // Nucl. Acids Res., 27, pp. 2063-2071.

197. Григорович С. (2003) Малые РНК в большой науке // Научная Сеть.

198. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. (1984) Методы генной инженерии. Молекулярное клонирование // Москва, «Мир», с. 479.1. БЛАГОДАРНОСТИ