Анализ функции гена RAD29/RDH54, контролирующего эксцизионную репарацию оснований у дрожжей Saccharomyces cerevisiae тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Латыпов, Виталий Феликсович

• Латыпов, Виталий Феликсович
• кандидат биологических наук
• 2002

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Латыпов, Виталий Феликсович

ВВЕДЕНИЕ.,.

ГЛАВА 1. СИСТЕМЫ ПОДДЕРЖАНИЯ СТАБИЛЬНОСТИ ГЕНЕТИЧЕСКОГО МАТЕРИАЛА У ДРОЖЖЕЙ Saccharomyces cerevisiae.

Обзор литературы).?.

1.1. Основные типы повреждений ДНК и пути их репарации.

1.2. Типы взаимодействий между мутациями радиочувствительности. Эпистатические группы генов.

1.3. Эксцизионная репарация.

1.3.1. Эксцизионная репарация нуклеотидов (эпистатическая группа RAD3).

1.3.2. Эксцизионная репарация оснований.

1.3.3. Коррекция ошибочно спаренных оснований.

1.4. Рекомбинационная репарация (эпистатическая группа RAD52).

1.5. Пострепликативная репарация (эпистатическая группа RAD6).

1.5.1. Репарация, склонная к ошибкам.

1.5.2. Безошибочный путь пострепликативной репарации.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Основные штаммы и условия их культивирования.

2.1.1. Штаммы.

2.1.2. Состав питательных сред и условия культивирования штаммов, использованных в работе.;.

2.2. Методы.

2.2.1. УФ-облучение суспензии клеток.

2.2.2. Оценка чувствительности к метилметансульфонату.

2.2.3. Определение чувствительности клеток к азотистой кислоте.

2.2.4. Определение чувствительности клеток к перекиси водорода.

2.2.5. Обработка 8-метоксипсораленом (8-МОП) и длинноволновым УФ-излучением (дУФ, А,=365 нм).

2.2.6. Анализ процессамежплазмидной рекомбинации.

2.2.7. Анализ митотической межхромосомной рекомбинации

2.2.8. Учет частоты спонтанных мутаций канаванинустойчи-вости.

2.2.9. Оценка уровня индуцированного УФ-лучами мутагенеза.

2.2.10. Определение группы сцепления мутаций методом дестабилизации хромосом.

2.2.11. Микроманипулирование и тетрадный анализ.

2.2.12. Трансформация Sacch. cerevisiae.

2.2.13. Выделение ДНК из дрожжей при переносе челночных плазмид в Е. coli.

2.2.14. Трансформация Е.coli.

2.2.15. Выделение небольших количеств двуцепочечной плазмидной ДНК из Е. coli кипячением.

2.2.16. Выделение больших количеств двуцепочечной плазмидной ДНК из Е. coli методом щелочного лизиса.

2.2.17. Осаждение ДНК этанолом.

2.2.18. Аналитический электрофорез с выделением ДНК в лунках.

2.2.19. Выделение хромосомной ДНК из дрожжей.

2.2.20. ПЦР.

2.2.21. Секвенирование ДНК.

2.2.21. Стандартные молекулярно-биологические и микробиологические методы.

2.2.22. Статистические методы обработки результатов.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1. Отбор мутантов с нарушенной репарационной способностью.

3.2. Картирование гена RAD29.

3.3. Свойства мутации rad29-64.

3.3.1. Чувствительность мутанта rad29 к действию различных мутагенов.

3.3.2. Влияние мутации rad29"64 на мутагенез.

3.3.3. Влияние мутации rad29-64 на рекомбинацию.

3.3.4. Анализ влияния мутации rad29-64 на формирование и выживаемость аскоспор.

3.3.5. Чувствительность мутанта rad29 к летальному действию 8-МОП+дУФ

3.3.6. Взаимодействие мутации rad29-64 с мутациями в генах различных систем репарации ДНК.

3.3.6.1. Взаимодействие мутаций rad29-64 и rad2.

3.3.6.2. Взаимодействие мутаций rad29-64 и rad6.

3.3.6.3. Взаимодействие мутаций rad29-64 и rad52.

3.3.6.4. Взаимодействие мутаций rad29-64 и apnl.

3.4. Клонирование гена RAD29. Доказательство идентичности гена RAD29 гену RDH54/TID1, описанному ранее.

3.5. Создание нулевой аллели гена RAD29IRDH54.

3.6. Свойства нуль-аллели гена RAD

3.7. Секвенирование нуклеотидной последовательности мутантной аллели rad29-64.

3.8. Создание делеции С-концевого домена Rdh54/Rad29p.

3.9. Сравнение свойств штамма с мутацией rad29-64 и штамма с де-лецией С-концевого домена Rdh54/Rad29p.

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ.

4.1. Идентификация мутации rad29-64, приводящей к нарушению процесса BER.

4.2. Данные из литературы о роли продукта гена RAD29/RDH54/

TID1 в диплоид-специфической рекомбинации.

4.3. Роль продукта гена RAD29/RDH54/TID1 в процессе эксцизионной репарации осцований.,.

ВЫВОДЫ.'.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Анализ функции гена RAD29/RDH54, контролирующего эксцизионную репарацию оснований у дрожжей Saccharomyces cerevisiae»

Еще на этапе зарождения жизни на Земле возникла необходимость поддерживать стабильность генетического материала формирующихся организмов. Сравнительный анализ последовательностей репарационных генов у организмов, принадлежащих к различным таксономическим группам, выявил принципиальное единообразие в организации и функциониро7 вании систем, репарации ДНК. В свете современных представлений такие процессы как репликация, репарация, рекомбинация ДНК рассматриваются как единое целое. Знание принципов функционирования этих систем, их взаимодействия друг с другом и другими системами клетки необходимо для понимания таких фундаментальных явлений, как наследственность, изменчивость и мутагенез. Исследование механизмов репарации ДНК является одним из наиболее активно развивающихся направлений современ-. ной генетики.

Актуальность данной проблемы связана также с тем, что изучение репарационных систем имеет весьма высокое практическое значение. Первая группа практических задач, решаемых при изучении систем репарации, связана с их участием в защите ДНК от воздействия физических и химических мутагенов, которому постоянно подвергается организм человека. Информация о принципах и параметрах функционирования систем репарации ДНК у человека позволит учитывать опасность воздействия различных мутагенных факторов. Вторая группа задач возникла связи с обнаружением связи между нарушением работы систем репарации ДНК и развитием ряда онкологических заболеваний (Miyamoto et al., 1992; Fishel et al., 1993; Leach et al., 1993). Изучение репарационных процессов, нарушение которых определяет предрасположенность к подобного рода заболеваниям, позволит обеспечить их более точную и раннюю диагностику и приведет к решению ряда связанных с ними терапевтических проблем.

Дрожжи Saccharomyces cerevisiae, являясь одним из наиболее удобных для проведения генетических экспериментов эукариотических организмов, с конца 60-х годов использовались для исследования систем репарации ДНК. Благодаря существованию простых методик обнаружения у дрожжей мутантов, чувствительных к агентам, повреждающим ДНК, и му-таторных фенотипов они весьма удобны для исследования генетического контроля репарации.

В настоящее время у Sacch. cerevisiae известно более 150 генов, участвующих в различных системах репарации ДНК. Очевидно, однако, что известные сейчас репарационные систему и гены далеко не полностью исV черпывают их многообразие у дрожжей. Активно использовавшийся в последние годы метод поиска таких генов по гомологии с соответствующими генами прокариот в настоящее время практически исчерпал свои возможности. Таким образом, в настоящее время по-прежнему актуально получение новых мутаций, имеющих фенотипическое проявление, свидетельствующее о нарушении работы репарационных систем:, чувствительность к летальному и мутагенному эффекту повреждающих ДНК воздействий / и/или повышение уровня спонтанного мутагенеза. Исследование таких мутаций позволит обнаружить новые гены и системы, участвующие в репарации, ДНК у Sacch. cerevisiae.

В лаборатории генетики эукариот ПИЯФ в 1994 году получена коллекция оригинальных мутантов, у которых'можно предполагать нарушения в работе систем репарации. С помощью УФ- облучения штамма, содержащего rad2- мутацию, блокирующую NER, было отобрано несколько мутантов, сверхчувствительных к действию УФ-лучей. ДНК. Как показал проведенный генетический анализ, сверхчувствительность к УФ у большинства из них была обусловлена возникновением дополнительных мутаций, предположительно затрагивающих один из процессов репарации ДНК. Генетическими методами эти новые мутации были отделены от rad2 и в дальнейшем исследованы. Из числа полученных мутантов 7 оказались чувствительными также и к метилметансульфонату (ММС), химическому агенту, модифицирующему азотистые основания ДНК. Важным моментом является то, что все эти мутации не были аллельны ни одной из известных в то время мутаций, вызывающих одновременную чувствительность и к УФ, и к ММС, включая xrs2, rad50-rad58, srs2 (radH), rad6, radJ6, radl8, rad28, а также мутации apnl. Это позволило предположить, что мутация rad29-64 затрагивает новый, ранее неизвестный ген, участвующий в контроле репарации ДНК.

Настоящая диссертация посвящена исследованию одного из этих мутантов. Первоначально он получил условное обозначение х64. В соответствии с международной классификацией изучаемый ген был обозначен как RAD29, а соответствующая мутация rad29-64.

Исследование гена RAD29, проведенное в настоящей работе преду> сматривало решение следующих основных задач:

1. Картирование гена RAD29.

2. Оценка чувствительности штамма с мутацией rad29-64 к различным ДНК повреждающим агентам.

3. Определение уровня спонтанного и индуцированного мутагенеза у штамма, несущего, мутацию rad29-64.

4. Анализ влияния этой мутации на межплазмидную и межхромосомную рекомбинации.

5. Установление характера взаимодействия мутации rad29-64 и мутаций в генах ряда известных систем репарации ДНК путем сравнения чувствительности к летальцому и мутагенному действию УФ-лучей (или ММС) двойных и одиночных мутантов. Изучение такого взаимодействия было направлено на определение процесса, в котором участвует продукт гена RAD29.

6. Клонирование гена RAD29, локализация мутации rad29-64 в пределах гена и определение роли соответствующего продукта в процессе репарации ДНК.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Латыпов, Виталий Феликсович

ВЫВОДЫ

1. У мутанта дрожжей с блокированной нуклеотидной эксцизи

• „ > оннои репарацией индуцирована мутация, имеющая ряд независимых фенотипических проявлений. Мутация, обозначенная как rad29-64, является рецессивной и определяет плейотропный фенотип: чувствительность к летальному действию УФ-лучей, ММС и азотистой кислоте.

2. Спонтанный мутагенез у исследованного мутанта оказался на уровне штамма дикого типа, индуцированный мутагенез был незначительно повышенным.

3. У штамма, несущего мутацию rad29-64, наблюдался пониженный по сравнению со штаммом дикого типа уровень межплазмидной рекомбинации за счет уменьшения частоты конверсии и межхромосомной рекомбинации в результате снижения частот кроссинговера (в 2 раза) и конверсии (в 4 раза).

4. С помощью методов хромосомной дестабилизации и тетрадного анализа ген RAD29 картирован в правом плече хромосомы II на расстоянии 36 сМ от центромера.

5. Анализ взаимодействия мутации rad29-64 с мутациями, блокирующими три известные системы репарации, показал, что продукты ге

Ill нов RAD29 и APN1 принадлежат одному пути - эксцизионной репарации оснований. Кроме того, мутация rad29-64 приводила к значительному повышению чувствительности к ММС rad52 мутанта.

6. Ген RAD29 был, клонирован и оказался тождественным гену RDH54/TID1, ранее описанному и участвующему в диплоид-специфичной рекомбинации.

7. Секвенирование мутантной аллели rad29-64 показало наличие мутации в С-концевом домене, приводящей к аминокислотной замене лизина 805 на аспарагин.

8. Делеция С-концевого домена Rdh54p и точковая мутация rad29-64 приводили к появлению одинакового фенотипа, существенно отличающегося от свойств штамма с полной делецией гена RDH54/RAD29, не чувствительного к ММС. Кроме того, делеция гена RDH54 не повышала чувствительность к ММС мутанта rad52.

Список работ, опубликованных пб теме диссертации

1. Кожина Т.Н., Кожин С.А., Латыпов В.Ф., Королев В.Г. // RAD29 и RAD31 — новые гены дрожжей Saccharomyces cerevisiae, участвующие в контроле репарации ДНК: I. Изоляция и генетическое изучение мутантов. Генетика. 2000.Т. 36. № 6, с. 767-773.

2. Кожин С.А., Кожина Т.Н., Латыпов В.Ф. Королев В.Г. // RAD29 и RAD31 - новые гены дрожжей Saccharomyces cerevisiae, участвующие в контроле репарации ДНК: II. Выяснение возможных функций этих генов. Генетика. 2000.Т. 36. № 8, с. 1025-1032.

3. Латыпов В.Ф. // RAD29 - новый ген дрожжей Saccharomyces cerevisiae, контролирующий эксцизионную репарацию оснований ДНК. Материалы Зимней школы ПИЯФ «Молекулярная биология и биофизика». Репино. 1998, с. 18-19.

4- Latypov V.F., Kozhin S.A., Kozhina T.N., Korolev V.G. // RAD29 and RAD31, New genes of the yeast Saccharomyces cerevisiae involved in DNA repair control. Swiss conference «Genetic recombination and repair». 1998. P. 2021 (Abstract).

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Латыпов, Виталий Феликсович, 2002 год

1. Булат С. А., Захаров И. А., Степанова В. П., Яровой Б. Ф. Использование эффекта деста&йлизацйи хрбмрсом после интеграции в них плазмид для генетического картирования дрожжей // Докл. АН СССР. -1983.-Т. 273.-С. 473.

2. Грачева Л. М., Евстюхина Т. А., Ковальцова С. В., Королев В. Г. Участие гена HIM1 дрожжей Saccharomyces cerevisiae в коррекции гетеро-дуплексной ДНК// Генетика. 1992. - Т. 28. - С. 56-65.

3. Захаров И. А., Кожина Т. Н. Мутант дрожжей сверхчувствительный к ультрафиолетовым лучам // ДАН СССР. 1967. - Т. 176. С. 14171418.

4. Захаров И. А., Кожина Т. Н., Федорова И. В. Повышение спонтанной мутабельности у радиочувствительных мутантов дрожжей // Докл.

5. АН СССР:- 1968.-Т. 181.-С, 470,472. ,

6. Захаров И. А., Ковальцова С. В., Кожина Т. Н., Федорова И. В., Яровой Б. Ф. Мутационный процесс у грибов. Л.: Наука, 1980.

7. Захаров И. А., Кожина Т. Н., Федорова И. В. Повышение спонтанной мутабельности у радиочувствительных мутантов дрожжей // Докл. АН СССР. 1968. - Т. 181. - С. 470-472.

8. Захаров И. А., Кожин С. А., Кожине Т. Н., Федорова И. В. Сборник методик по генетике дрожжей-сахаромицетов. Л.: Наука, 1984.

9. Иванов Е. Л., Федорова И. В., Ковальцова С. В. Выделение и характеристика новых мутантов дрожжей Saccharomyces cerevisiae с повышенной спонтанной мутабельностью // Генетика. 1992 . -Т. 28. - С. 47-55.

10. Ивантер Э. В. Коросов A.SB- Основы биометрии. Петрозаводск.: Изд-во ПГУ, 1992.

11. Клонирование ДНК. Методы: пер. с англ. Под ред. Д. Гловера // 1 QQg М • Миг»- ^-----------г •

12. Ковальцова С. В. Репарация и мутагенез. III. Влияние мутаций радиочувствительности на индукцию УФ-лучами прямых и обратных мутаций по потребности в аденине у дрожжей Saccharomyces cerevisiae Н Генетика. 1973. - Т. 9. - С. 110-115.

13. Ковальцова С. В., Степанова В. П., Яровой Б. Ф., Королев В. Г., Захаров И. А. Картирование генов XRS2 и HIM1 дрожжей Saccharomyces cerevisiae методом, основанным на эффекте дестабилизации хромосом // Генетика.- 1990. Т. 26. - С., 1667-1670. .

14. Королев В.Г., Кожина Т.Н., Кожин С. А., Пешехонов В. Т., Че-пурная О. В. Система для анализа мутантов дрожжей с нарушениями процесса генетической рекомбинации // Генетика.- 1992.- Т.28.- С. 27

15. Королев В. Г. Генетический контроль митотической рекомбинации у дрожжей Saccharomyces cerevisiae II Генетика. 1993. - Т. 29. - С. 197-211.

16. Левитин М. М., Ковальцова С. В.,'Королев В. Г., Федорова И. В. Использование дрожжей-сахаромицетов как тест-объекта для оценки генетических эффектов системных фунгицидов // Микол. и фитопотол. 1993. -Т. 27. С. 60-66.

17. Лобашев М. Е. Физиологическая (паранекротическая) гипотеза мутационного процесса // Вестник ЛГУ., Сер. биол. 1947. -Т. 8. - С. 10-29.

18. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1984.

19. Суслова Н. Г., Захаров И. А. Изучение спонтанного мутационного процесса у радиочувствительных мутантов Saccharomyces cerevisiae // Генетика. -1971.-Т. 7.-С. 91-98. '

20. Федорова И.В., Завильгейский Г.Б. Использование 8-метоксипсоралена и света (А,=365 нм) для изучения репарации у дрожжей // Генетика.- 1977.- Т. 13.- С. 1434.

21. Федорова И.В., Кожина Т.Н. Изучение репарации плазмидной ДНК, обработанной 8-метоксипсораленом и длинноволновым УФ-излучением (А.=365 нм), в клетках дикого типа и мутанта rad2 Saccharomyces cerevisiae II Генетика.- 1987.- Т. 23. С. 1564-1572.

22. Федорова И. В., Ковальцова С. В., Иванов Е. Л. Влияние мутаций hsm, повышающих спонтанную мутабельность, на индуцированныймутагенез и митотическую рекомбинацию у дрожжей Saccharomyces* icerevisiae И Генетика. 1992. - Т. 28. - С. 54-65.

23. Чепурная О. В., Кожина Т. Н., Пешехонов В. Т., Королев В. Г. REC41 новый ген, участвующий в контроле рекомбинации у дрожжей Saccharomyces cerevisiae II Генетика. - 1993а . -Т. 29. - С. 245-246.

24. Чепурная О. В., Пешехонов В. Т., Кожина Т. Н. Ген XRS2 контролирует рекомбинационную репарацию у дрожжей // Генетика. 19936. -Т. 29. - С. 571-580.

25. Яровой Б. Ф., Степанова В. П., Булат С. А. Генетическое изучение интеграции плазмид в дрожжевые хромосомы. Сообщение IV/ Интеграция плазмиды pYFl в различные хромосомы дрожжей // Генетика. -1987.-Т. 23.-С. 2138.

26. Aboussekhra A., Chanet R., Adjiri A., Fabre F. Semedominant suppressors of Srs2 helicase mutations of Saccharomyces cerevisiae map in the

27. RAD51 gene, whose sequence predicts a protein with similarities to prokaryotic RecA proteins II MoL Cell. Biol. 1992. - V. 12. - P. 3224-3234.

28. Acharya S., Wilson Т., Gradia S., Kane M. F., Guerrette S., Marsis-chky G.T., Kolodner R., Fishel R // hMSH2 forms specific mispair-binding complexes with hMSH3 and hMSH6 //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. - V. 93.-P. 136229-13634. ' '

29. Alani E., Padmore R., Kleckner N. Analysis of wild-type and rad50 mutants of yeast suggests an intimate relationship between meiotic chromosome synapsis and recombination I I Cell. 1990. - V. 61. - P. 419-436.

30. Alani E., Reenan R. A. G., Kolodner R. D. Interaction between mismatch repair and genetic recombination in Saccharomyces cerevisiae II Genetics. 1994. - V. 137. - P. - 19-39.

31. Alani E., Lee S., Griffith J., Kolodner R. D. Saccharomyces cerevisiae Msh2, a mispaired base recognition protein, also recognizes Holliday- junctions in DNA//J. Mol. Biol.- 1997.-V. 265.-P. 289-301.

32. Allen D. J., Makhov A., Grilley M., Taylor J., Thresher R., Modrich P., Griffith J. D. MutS mediates heteroduplex loop formation by a translocation mechanism. // EMBO J. 1997. - V. 16. - P. 4467-4476.

33. ATCC (American type culture collection) catalogue of yeast. 18th ed., 1990.

34. Au K. G., Welsh K., Modrich P. Initiation of methyl-directed mismatch repair.//J. Biol. Chem. 1992. - V. 267. - P. 12142-12148.

35. Bailly V., Sung P., Prakash L., Prakash S. DNA-RNA helicase activity of RAD3 protein of Saccharomyces cerevisiae 11 Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991.- V. 88. -P. 9712-9716

36. Bailly V., Summers С. H., Sung P., Prakash L., Prakash S. Specific complex formation between proteins encoded by the yeast DNA repair and recombination genes RAD1 and'RADIO t) Proc. N;atl. Acad. Sci. USA. 1992. - V. 89. - P. 8273-8277.

37. Bailly V., Lauder S., Prakash S., Prakash L. Yeast DNA repair proteins Rad6 and Rad 18 form a heterodimer that has ubiquitin conjugating, DNA. binding, and ATP hydrolytic activities // J. Biol. Chem. 1997. - V. 272. - P. 23360-23365.

38. Ban C., Yang W. Structural basis for MutH activation in E. coli mismatch repair and relationships of MutH to restriction endonucleases. // EMBO J. 1998. - V. 17. - P. 1526-1534.

39. Baranovska H., Prdzmo W.;' Putramerit A, A search for Saccharomyces cerevisiae mutants with an increased sensitivity to nitrous acid I I Acto Microbiol. Polon. ser. A. - 1975. - V. 7. - P. 25-32.

40. Barker D. G., Johnson A. k., Johnston L. H. A improved assay for

41. DNA ligase reveals temperature-sensitive activity in cdc9 mutants of Saccharomyces cerevisiae // Mol. Gen. Genet. 1985. - V. 200. - P. 458-462.

42. Barre F., As'seline U., Harel-Bellan A. Asymmetric recognition of psoralen interstrand crosslinks by the nucleotide excision repair and the error-prone repair pathways // J. Mol. Biol.- 1999.- V. 286.- P. 1379-1387.

43. Bende S. M., Grafstrom R. H. The DNA binding properties of the MutL protein isolated from Espherichia, coli // Nucl. Acids Res. 1991. - V. - 19. -P. 1549-1555.

44. Berdal K. G., Bjoras M., Bjelland S., Seeberg E. Cloning and expression in Escherichia coli of a gene for an alkylbase DNA glycosilase from Saccharomyces cerevisiae: a homologue to the bacterial alkA gene // EMBO J. -1990. V.9. - P. 4563 4568.

45. Bishop D.'K., Kolodner R. D. Repair of heteroduplex plasmid DNA after transformation into Saccharomyces cerevisiae И Mol. Cell. Biol. 1986. -V. 16.-P. 3401-3409.

46. Bishop D. K., Park D., Xu L., Kleckner N. DMC1: a meiosis-specific yeast homologue of bacterial recA required for meiotic recombination, synap-tonemal complex formation and cell cycle progression // Cell. 1992. - V. 69. -P. 439-456. '

47. Bishop D. K., Williamson M. S., Fogel S., Kolodner R. D. The role of heteroduplex correction in gene conversion in Saccharomyces cerevisiae II Nature. 1987. - V. 328. - P. 362-364.

48. Bonneaud N. O., Orier-Kologeropulos G. L., Labouesse M., Min-vielle-Sebastia L. A family of low and high copy replicative, integrative, and single-stranded Sacch. cerevisiae!E. coli shuttle vectors // Yeast. 1991. - V. 7. -P. 609-615.

49. Brankman M., Prakash L., Prakash S. Yeast RAD 14 and human xeroderma pigmentosum group A DNA-repair genes encode homologous proteins // Nature. 1992. - V. 355. - P. 555-558.*

50. S. Broomfield, T. Hryciw, W. Xiao>DNA postreplication repair and mutagenesis in Saccharomyces cerevisiae II Mutation Research.- 2001.- V.486.-P.167-184

51. Burgers P. M. J., Klein M. B. Selection by genetic transformation of a Saccharomyces cerevisiae mutant defective for the nuclear uracil-DNA-glycosylase // J. Bacteriol. 1986. - V. 166. - P.905-913.

52. Bums J. L., Guzder S. N., Sung P., Prakash L., Prakash S. An Affinity of Human Replication Protein A for Ultraviolet-damaged DNA. Implications for damage recognition in nucleotide excision repair.

53. L. di Caprio, B.S. Cox. DNA synthesis in UV raddiated yest // Mutat. Res.- 1981.- V.82.-P.69-85.

54. R. Chanet, N. Magana- Schwencke, F. Fabre, Potential DNA-binding domains in the RAD18 gene product of Saccharomyces cerevisiae II Gene.1988.-V.74.- P.543-547.< t

55. Chambers S. R., Hiinter N.', Louis 5. J., Borts R. H. The mismatchrepair system reduced meiotic homeologous recombination and stimulates recombination dependent chromosomic loss // Mol. Cell. Biol. 1996. - V. 16. - P. 6110-6120.

56. Chang D.-Y., Lu A.-L. Base mismatch-specific endonuclease activity in extracts from Saccharomyces cerevisiae II Nucleic Acids Res. 1991. - V. -19. - P.4761-4766.

57. Chen J., Derfler В., Maskati A., Samson L. Cloning a eukariotic gene by the suppression of a DNA repair defect in Escherichia coli // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989. - V. 86. - P. 7961-7965.

58. Chen J., Derfler В., Samson L. Saccharomyces cerevisiae 3-methyladenine DNA glycosil&se has homology to the alkA glycosylase of E. coli and is induced in response to DNA alkylation damage // EMBO J. 1990. -V. 9. - P. 4569-4575.

59. Clever В., Interthal H., Schmukli-Maurer J., King J., Sigrist M., Heyerl W.-D. Recombinational repair in yeast: functional interactions between Rad51 and Rad54 proteins // EMBO J. 1997. - V. 16. - P. 2535-2544.

60. Cole G. M., Schild D., Lovett S. T. Mortimer R. K. Regulation of RAD54- and RAD52-lacZ gene fusions in response to DNA damage I I Mol. Cell. Biol. 1987. - V. 7. - P. 1078-1084.

61. Cole (д., Sehild D.,' Mortimer R. K. Jwo DNA repair and recombination genes in Saccharomyces cerevisiae, RAD52 and RAD54, are induced during meiosis // Mol. Cell. Biol. 1989. - V. 9. - P. 3101-3104.

62. Cooper A. J., Kelly S. L. DNA repair and mutagenesis in Saccharomyces cerevisiae. / In: " Enzyme induction, mutagen activation and carcinogen testing in yeast", Ed. by A. Wiseman, Ellis Horwood Ltd., Chichester, 1987, P. 73-114.

63. Cooper D. L., Lahue R. S., Modrich P. Methyl-directed mismatch repair is biderectional // J. Biol. Chem. 1993. - V. 268. - P. 11823-11829.

64. A.J. Cooper, R. Waters, A complex pattern of sensitivity to simple monofunctional alkylating agents exists amongst the rad mutants of Saccharomyces cerevisiae II .Mol.Qen.Genet.-1987.-V.209,v1. P. 142-148.

65. B.S. Cox, J.M. Рапу. The isolation, genetic and survival characteristics of ultraviolet-light sensitive mutants in yeast // Mutation Res.- 1968.- V.6.- P.37-55.

66. Сох В. C., Game J. Repair systems in Saccharomyces cerevisiae. H ' Mutat. Res. 1974. - V. 26. - P. 257-264.

67. Datta A., Adjiri A., Now. L., Crouse G. F., Jinks-Robertson S. Mitotic crossovers between diverged sequences are regulated by mismatch repair proteins in Saccharomyces cerevisiae. II Mol. Cell. Biol. 1996. - V. 16. - P. 1085-1093.

68. Davies A. A., Friedberg E. SC., Tomkinson A. E., Wood R. D., West7

69. S. C. Role of the radl and radlO proteins in nucleotide excision repair and recombination//!. Biol. Chem. 1995. - V. 270. - P. 24638-24641.

70. Davis, J. L., Kunisawa, R., and Thorner, J. A presumptive helicase (MOTI gene product) affects gene expression and is required for viability in the yeast Saccharomyces cerevisiae II Mol. Cell. Biology.- 1992.- V.- 12. -P. 18791892.

71. Dianov GL, Prasad R, Wilson SH& Bohr VA. Role of DNA polymerase beta in the excision step of long patch mammalian base excision repair // J. Biol. Chem. 1999. - V. 274. - P. 13741-13743.

72. Doetsch P.W., Cunninghafri R.P. vThe , enzymology of apurinic/ apyrimidinic endonuclease // Mutat.Res. 1990.- V. 236.- P. 173-201.

73. Doetsch P. W. Monomeric base damage products from adenine, guanine, and thymine induced by exposure of DNA to ultraviolet radiation // Bio-chem. 1995. - V. 34. - P. 737-742.

74. R.J. Dohmen, K. Madura, B. Bartel, A. Varshavsky, The N-end rule is mediated by the UBC2 (RAD6) ubiquitinconjugating enzyme // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.- 1991.- V.88.- P.7351-7355.

75. Dower W. J., Miller J. F., Ragsdale C. W. High efficiency transformation of E. coli by high voltage electroporation // Nucleic Acids Res. 1988. -V. 16.-P. 6127-6138.

76. Eckardt F., Soo-Je,et Т., Haynes R.H. Heteroduplex repair as intermediate step of UV-mutagenesis in yeast // Genetics. 1980. - V. 95. - P. 63-80.

77. Eide L., Bjoras M., Pirovano M., Alseth K. G., Seeberg E. Base excision of oxidative purine and pyrimidine DNA damage in Saccharomyces cerevisiae by a DNA glycosylase with sequence similarity to endonuclease III from

78. Escherichia coli. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1996. - V. 93. - P. 1073510740.

79. Emery H. S., Schild D., Kellog D. E., Mortimer R. K. Sequence of RAD54, a Saccharomyces cerevisiae gene involved in recombination and repair // Gene, 1991. V. 104. - P. 103-106.

80. Falko S. A., Botstein D. A. A rapid chromosome mapping method for cloned fragments of yeast DNA//Genetics. 1983. - V. 105. - P. 857-872.V

81. Fedorova I. V., Gracheva L. M., Kovaltzova S. V., Evstyukhina T. A., Alekseev S. Yu. Korolev V. G. The yeast HSM3 gene acts in one of the mismatch repair pathways // Genetics. 1998. - V. 148. - P. 963-973.

82. Fergusson L. R., Cox B. S. Excision of bases accompanying the excision of dimers from DNA of UV-irradiated yeast // Mol. Gen. Genet. 1974. -V. 135. - P. 87-90.

83. Fiorentino DF, Crabtree GR; Characterisation of SaccharomycesVcerevisiae dna2 mutants suggests a role for the helicase late in S-phase // Mol Cell Biol.- 1997.- V. 8.- P.2519-2537.

84. Fishel R., Lescoe M. K., Rao M. R., Copeland N. G., Jenkins N. A., Garber J., Kane M., Kolodner R. The human mutator gene homolog MSH2 and its association with hereditary nonpolyposis colon cancer. // Cell. 1993. - V. 75.-P. 1027-1038.

85. Fleck O., Schar P., Kohli J. Identification of two mismatch-binding activities in protein extracts of Schizosaccharomyces pombe // Nucleic Acids Res. 1994. - V. 22. - P. 5289-5295.

86. Friedberg E. C. Yeast genes involved in DNA-repair processes: New looks on old faces // Mol. Biol. 1991. - V. 5. - P. 2303-2310.

87. Friedberg E. С. DNA repair: Looking back-and peering forward.// Bio Assays, 1994. V. 16. - P. 645-649.

88. Friedberg E. C., Walker J. C. Siede W. DNA repair and mutagenesis. Washington: Amer. Soc. Microbiol. Press, 1995.

89. Friedberg E. C. Relationships between DNA repair and transcription //Annu. Rev. Biochem. 1996. - V. 65. - P. 15-42.

90. Gietz R. D., Prakash S. Cloning and nucleotide sequence analysis of the Saccharomyces cerevisiae RAD4 gene required for excision repair of UV-damaged DNA // Gene, 1988. V. 74. - P. 535-541.

91. Glickman B. W. Spontaneous mutagenesis in Escherichia coli strainsi ■ ' *Vlacking 6-methiladenine residues in their DNA. An altered mutation spectrum in dam- mutants // Mutation Res. 1979. - V. 61. - P. 153-162.

92. Glickman B. W., Radman M. Escherichia coli mutator mutants deficient in methylation-instructed DNA mismatch correction // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1980. ^ V. 77. - P. 1063-1067.

93. Golin J. E., Esposito M. S. Evidence for joint genetic control of spontaneous mutation and genetic recombination during mitosis in Saccharomyces // Mol. Gen. Genet. 1977. - V. 150. - P. 127-135.

94. Gool A. Y. van., Verhage R., Swagemarkers S. M., van de Putt P., Brower Y., Troelsta C., Bootsma D., Hoeijamakers J. H. RAD26, the functional

95. Sacch. cerevisiae homolog of the Cockaine syndrome gene ERCC6II EMBO J.• < f1994.-V. 13.-P. 5361-5369.

96. Goth-Goldstein R., Johnson P. L. Repair of alkylation damage in Saccharomyces cerevisiae II Mol. Gen. Genet. 1990. - V. 2221. - P. 353-357.

97. Gottlieb D. J. C., Von Borstel R. S. Mutators in Saccharomyces cerevisiae: mut 1-1, mutl-2 and mut2-l II Genetics. 1976. - V. 83,- P. 655-666.

98. Grilley M., Welsh К. M., Su S.-S., Modrich P. Isolation and characterization of the Escherichia coli mutL gene product // J. Biol. Chem. 1989. -V. 264.-P. 1000-1004.

99. Grossman L., Grafstrom R. AP sites and AP endonucleases // Bio-chem. 1982. - V. 64. - P 577-SR0,

100. Guzder S. N., Sung P., Prakash L., Prakash S. Yeast DNA repair gene encodes a zinc metalloprotein with affinity for ultraviolet-damaged DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. - V. 90. - 5433-5437.

101. Guzder S. N., Qiu H., Sommers С. H., Sung P., Prakash L., Prakash S. DNA repair gene RAD3 of Saccharomyces cerevisiae is essential for transcription by RNA polymerase II // Nature. 1994. - V. 367. - P. 91 -94.

102. Guzder S. N. Bailly V., Sung P., Prakash L., Prakash S. Yeast DNA repair protein RAD23 promotes complex formation between transcription factor TFIIH and DNA damage recognition factor RAD14. // J. Biol. Chem. 1995a. -V. 270. - P. 8385-8388.

103. Guzder S. N., Sung P., Prakash L., Prakash S. Nucleotide excision in yeast is mediated by sequential assembly of repair factors and not by a pre-assembled reparasome. // J. Biol. Chem. 1996a. - V. 271. - P. 8903-8910.

104. Guzder S. N., Habraken Y., Sung P., Prakash L., Prakash S. RAD26, the yeast homolog of human Cockaine's syndrome group В gene, encodes a DNA-dependent ATPase // J. Biol. Chem. 1996b. - V. 271. - P. 18314-18317.

105. Guzder S. N., Sung P., Prakash L., Prakash S. Yeast Rad7-Radl6 complex, specific for the nucleotide excision repair of the nontranscribed DNA. л „ •strand, is an ATP-dependent DNA damage sensor // J. Biol. Chem. 1997. - V. 272.-P. 21665-21668.

106. Habraken Y., Sung P., Prakash L., Prakash S. Yeast excision repair gene RAD2 gene encodes a single stranded DNA endonuclease I I Nature. 1993. - V. 366. - P. 365-368.

107. Habraken Y., Sung P., Prakash L., Prakash S. Enhancement of MSH2-MSH3-mediated mismatch recognition by the yeast MLH1-PMS1 complex // Curr. Biol. 1997. - V. 7. - P. 790-793.

108. Harosh I., Numovsky L., Friedberg E. C. Purification and characterization of Rad3 ATPase/DNA helicase from Saccharomyces cerevisiae II J. Biol. Chem. - 1989. - V. 264. - P. 20532-20539.'

109. L. Haracska, S. Prakash, L. Prakash, Replication past 06-methylguanine by yeast and human DNA polymerase С, II Mol. Cell. Biol.-2000.- V.20.- P. 8001-8007.

110. Hastings P. I., Quah S. K., von Borstel R. C. Spontaneous mutation by mutagenic repair of spontaneous lesions in DNA // Nature. 1976. - V. 264. -P.719-722.

111. Haynes R. H. Yeast DNA repair./ In : Molecular mechanisms for repair of DNA. Part В., N.Y. - London, Plenum Press, 1975, P. 529-540.

112. Hays S. L., Firmmmenich A. A., Berg P. Complex formation in yeast double-strand break repair: participation of Rad51, Rad52, Rad55, and Rad57 proteins // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. -'V. 92. - P. 6925-6929.

113. He Z., Henrieksen L. A., Wold M. S., Ingles S. J. RPA involvement in the damage-recognition and incision steps of nucleotide excision repair. // Nature. 1995. - V. 374. - P. 566-569.

114. C.H. He, J.Y. Masson, D. Ramotar, A Saccharomyces cerevisiae phleomycin-sensitive mutant, phi40, is defective in the RAD6 DNA repair gene //Can. J. Microbiol.- 1996.- V.42.-P.1263-1266.

115. Heyer W.-D. The search for the right partner: Homologous pairing and DNA strand exchange proteins in eukariotes // Experientia. 1994. V. 50. -P. 223-233.

116. Hickson J. D., Arthur H. M., Bramhill D., Emmerson P. T. The E. coli uvrD gene product is DNA helicase II // Mol. Gen. Genet. 1983. - V. 190.- P. 265-270.

117. N.P. Higgins, K. Kato, B. Strauss, A model for replication repair in mammalian cells // J. Mol. Biol.- 1076.- V.101.- P.417-425.

118. Higgins D. R., Prakash S., Reynolds P., Prakash L. Molecular cloning and characterization of the RAD1 gene of Saccharomyces cerevisiae II Gene.- 1983a.-V. 226.-P. 119-126.

119. R.M. Hofmann, C.M. Pickart, Non-canonical MMS2-encoded ubiq-uitin-conjugating enzyme functions in assembly of novel polyubiquitin chains for DNA repair// Cell.- 1999.- V.96.- P. 645-653.

120. Holbeck S. L., Strathern J. N. A role for REV3 in mutagenesis during double-strand break repair in Saccharomyces cerevisiae 11 Genetics. 1997. - V. 147.-P. 1017-1024.

121. Holmes J., Clark S., Modrich P. Strand-specific mismatch correction in nuclear extracts of human and Drosophila melanogaster cell lines. // Proc. Natl. Acad., Sci. USA. 1990 - V. 87. - P. 5837-5841.

122. H. Huang, A. Kahana, D.E. Gottsch'ling, L. Prakash, S.W. Liebman, Theubiquitin-conjugating enzyme Rad6 (Ubc2) is required for silencing in Saccharomyces cerevisiae // Mol. Cell. Biol. 1997 V. 17.- P.6693-6699.

123. Hunter N., Borts R. H., Mlhl is unique among mismatch repair proteins in its ability to promote crossing-over during meiosis // Genes Dev. 1997. -V.ll.-P. 1573-1582

124. Iaccarino I., Palombo F., Drummond J., Totty N. F., Hsuan J. J., Modrich P., Jirichny J. Msh6, a Saccharomyces cerevisiae protein that binds to mismatches as heterodimer with Msh2 // Curr. Biol. 1996. - V. 6. - P. 484-486.

125. Ito H., Fukuda Y., Murata K., Kimura A. Transformation of intact yeast cells treated with alkali cations // J. Bacteriol. 1983. - V. 153. - P. 163168. v

126. Jentsch S., McGrath J. P. Varshavsky A. The yeast DNA repair gene RAD6 encodes ubiquitin-conjugating enzyme // Nature. 1987. - V. 329. - P. 131-134.

127. Jiang H., Xic Y., Houston P., Stemke-Hale K., Mortensen U. H., Rothstein R., Kodadek T. Direct association between the yeast Rad51 and Rad54 recombination proteins // J. Biol. Chem. 1996. - V. 271. - P. 3318133186.

128. Johnson A. W., Demple B. Yeast DNA 3'-repair diesterase is the major cellular apurinic/apyrimidinic endonuclease: substrate specificity and kinetics // J. Biol. Chem. 1988. - V. 263. - P. 18017-18022.

129. R.E. Johnson, S. Prakash, L. Prakash, Yeast DNA repair protein RAD5 that promotes instability of simple repetitive sequences is a DNA-dependent ATPase // J. Biol. Chem.- 1994.- V.269.- P.28259-28262.

130. Johnson R. E., Kovvali G. K., Guzder S. N., Amin N. S., Holm. C.,

131. Habraken Y., Sung P., Prakash L., Prakash S. Evidence for involvement of yeastproliferating cell nuclear antigen in DNA mismatch repair // J. Biol. Chem. ,i1996. V. 271. - P. 27987-2799Ю.

132. Johnston L. H., Nasmyth K. A. Saccharomyces cerevisiae cell cycle mutant cdc9 is defective in DNA ligase // Nature. 1978. - V. 274. - P. 891-893.

133. R.E. Johnson, S. Prakash, L. Prakash, Efficient bypass of a thymine-thymine dimer by yeast DNA polymerase, Pol // Science.- 1999.- V. 283.-P.1001-1004.

134. Johzuka K., Ogawa H. Interaction of Mrell and Rad50: Two pro• 1 t ■ ■ teins required for DNA repair 'and meiosis-specific double-strand break repairformation in Saccharomyces cerevisiae II Genetics. 1995. - V. 139. - P. 152211532.

135. Jones J. S., Weber S., Prakash L. The Saccharomyces cerevisiae RAD18 gene encodes a protein that contains potential zinc finger domains for nucleic acid binding and nucleotide binding sequence // Nucleic Acids Res. -1988.-V. 16.-P. 7119-7131.

136. Kadyk L. C., Hartwell L H. Sister chromatids are preferred over ho-mologs as substrates for recombination repair in Saccharomyces cerevisiae II Genetics. 1992. - V. 132. - P. 387-402.

137. Kadyk L. C., Hartwell L H. Replication-dependent sister chromatid recombination in radl mutants of Saccharomyces cerevisiae 11 Genetics. 1993. -V. 133.-P. 469-487.

138. D.J. Keszenman, V.A. Salvo, E. Nunes, Effects of bleomycin on growth kinetics and survival of Saccharomyces cerevisiae: a model of repair pathways // J. Bacteriol.- 1992.- V.174.- P.3125-3132.

139. Khromov-Borisov N. N., Saffi J., Henriques J.A.P. Perfect order plating: principle and applications // Technical t;ps online.- 2002.- Ю2205

140. Kimura K., Sekiguchi M. Identification of the uvrD gene product of Escherichia coli as DNA helicase II and its induction by DNA damaging agents // J. Biol. Chem. 1983. - V. 259. - P. 1560-1565.

141. Kirkpatrick D. Т., Petes T. D. Repair of DNA loops involves DNA-mismatch and nucleotide-excision proteins // Nature. 1997. - V. 387. - P. 929931.

142. L. Klein. RDH54, a RAD54 homologue in Saccharomyces cerevisiae, is required for mitotic diploid-specific recombination and repair and for meiosis // Genetics.- 1997.- V. 147.- P. 1533-1543.

143. Kohli J., Bahler J. Homologous recombination in fission yeast: Ab-' sence of crossover interference and synaptonemal .complex // Experientia.• V1994.-V. 50.-P. 295-306.

144. Komen V. K., Petukhova G., Sigurdsson S., Stratton S., Sung P. Su-perhelicity-driven homologous DNA pairing by yeast recombination facors Rad51 and Rad54 // Molecular Cell.- 2000,- V.6.- P.583-592.

145. Kow Y.W. Base excision repair in E. coli- an overview// Annals New York Academy of Sciences.- 1994,- P. 178-180.

146. Kramer В., Kramer W., Fritz H.-J., Different base / base mismatches are corrected with different efficiencies by the methyl directed DNA mismatch-repair system of Escherichia coli // Cell. 1984. - V. 38. - P. 879-887.

147. Kramer W., Kramer В., Willamson M. S., Fogel S. Cloning and nucleotide sequence of DNA mismatch repair gene PMS1 from Saccharomycescerevisiae: homology of PMS1 to prokaryotic MutL and HexB // J. Bacteriol. -1989a. V. 171. - P. 5339-5346:

148. Kramer В., Kramer W., Willamson M. S., Fogel S. Heteroduplex DNA correction in Saccharomyces cerevisiae is mismatch specific and requires functional PMS gene // Mol. Cell Biol. 1989b. - V. 9. - P. 4432-4440.

149. Kramer К. M., Brock J. A., Bloom K., Moore J. K., Haber J. E. Two different types of double-strand breaks in Saccharomyces cerevisiae are repaired by similar RAD52 independent, non-homologous recombination events // Mol.

150. Cell. Biol. 1994. - V. 14. - P., 1293-1301.• f ' ;•

151. Kunz B. A., Henson E. S., Roche 'H., Ramotar D., Nunoshiba Т., Demple B. Specificity of the mutator caused by deletion of the yeast structural gene (APN1) for the major apurinic endonuclease. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994.-V. 91.-P. 8165-8169.

152. Laengle-Rouault F., Maenhaut-Michel G., Radman M. GATC sequence and mismatch repair in Escherichia coli II EMBO J. 1986. - V. 5. - P. 2009-2013.

153. Lahue R. S., Su S. S., Modrich P. Requirement for d(GATC) sequences in Escherichia coli mutLSH mismatch correction // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1987. - V. 84. - P. 1482-1486.

154. Lahue R. S., Au K. G., Modrich P. DNA mismatch correction in a• ' i ' defined system // Science. 1989. - V. 245. - P. >160-164.

155. Larimer F. W., Perry J. R., Hardigree A. A. The REV1 gene of Saccharomyces cerevisiae: isolation, sequence, and functional analysis // J. Bacteriol. 1989. - V. 171. - P.230-237.

156. Lauder S., Baukmann P., Guzder S. N., Sung P., Prakash S. Dual requirement for the yeast MMS19 gene in DNA repair and RNA polymerase II transcription I I Mol. Cell. Biol. 1996. - V. 16. - P. 6783-6793.

157. Lawrence C. W., Chrictensen R. B. UV-mutagenesis in radiation sensitive strains in yeast // Genetics. 1976. - V. 82. - P. 207-232.

158. Lawrence С. W. Mutagenesis in Saccharomyces cerevisiae 11 Adv.' » . f , Genet. 1982, - V. 21. - P. 173-253.

159. Leach F. S., Nicolaides N. C., Papadopoulos N., Liu В., Jen J., Parsons R., Peltomaki P., Sistonen P., Aaltonen L. A., Nystrom-Lahti M. Mutations of a mutS homolog in hereditary nonpolyposis colorectal cancer. // Cell. 1993. -V. 75.-P. 1215-1225.

160. Leadon S. A., Lawrence D. A. Strand-selective repair of DNA damage in the yeast GAL7 gene requires RNA polymerase II I I J. Biol. Chem. -1992. V. 267. - P. 23175-23182.

161. Leadon S. A., Barbee S. L., Dunn A. B. The yeast RAD2, but not RAD1, gene is involved in the transcription-coupled repair of thymine glycols // Mutat. Res. 1995. - V.337. - P. 169-178.

162. Lieb M. Specific Mismatch correction in bacteriophage lambda crosses by very short patch repair // Genetics. 1983. - V. - 191. - P. 118-125.

163. Lindahl Т., Nyberg B. Rate of depurination of native deoxyribo nucleic acid// Biochem.- 1972.- V.l 1.-P.3610-3617.

164. Lindahl Т., Karlstrom O. Heat- induced depyrimidination of deoxyribo nucleic acid // Biochem.- 1973.- V.12.- P.5151-5154.

165. Loeb L.A. Apurinic sites as mutagenic intermediates // Cell.- 1985.-V.40.- P.483-484.

166. Loeb L.A., Preston B.D. Mutagenesis by apurinic/apirimidinic sites // Ann. Rev. Genet.- 1986.- V.20.- P.201-230.

167. Lombaerts M., Tijsterman M., Verhage R. A., Brouwer J. Saccharomyces cerevisiae mms 19 mutants are? deficient in, transcription-coupled and global excision repair I I Nucleic Acids Res. V. 25. - P. 3974-3979.

168. Longtine M.S., Mckenzie A., Demarini D.J., Shan N.G., Wach A, Brachat A., Philipsen P., Pringle J.R. Additional modules for versatile economical PCR-based gene deletion and modification in Saccharomyces cerevisiae // Yeast. 1998,- V.l4,- P. 953-961.

169. Mazin A. V., Carole J. Bornarth, Solinger J. A., Heyer W, Kowalczykowski S. C. Rad54 protien is targeted to pairing loci by the Rad51 nucleoprotein filament // Molecular Cell.- 2000.- V.6.- P.583-592.

170. R.H. McKee, C.W Lawrence, Genetic analysis of gamma-ray mutagenesis in yeast. II. Allele-specific control of mutagenesis // Genetics.-1979.-V.93.- P.375-81.

171. Meneghini R., Hanawalt P. C. Postreplication repair in human cells: on the presence of gaps opposite dimers and recombination. // Basic Life Sci. -1975.-V.5B.-P. 639-642.

172. Microbal genetics bulletin. Yeast genetics. Suppl. 1969. V. 31.

173. Michaels M. L., Pham 1., Nghiem Y., Cruz C., Miller J.H. MutY, an adenine glycosylase active on G-A mispairs, has homology to endonuclease III. //Nucleic Acids Res. 1990. - V.18. - P.3841-3845.

174. Michaels M. L., Tchou J., Grollman A. P., Miller J. H. A repair system for 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanine. // Biochemistry. 1992. - V.31. - P. 10964-10968.

175. Modrich P. DNA mismatch correction // Ann. Rev. Biochem. 1987. - V. 56. - P. 435-466.

176. Modrich P. Mechanisms and biological effects of mismatch repair //V

177. Ann. Rev. Genet. 1991. - V. 25. - P. 229-253.

178. Modrich P. Mismatch repair, genetic stability and cancer// Science. -1994. V. 266. - P. - 1959-1960.

179. Modrich P., Lahue R. Mismatch repair in replication fidelity, genetic recombination, and cancer biology // Annu. Rev. Biochem. 1996. - V. 65. - P. 101-133.

180. Moore J. K., Haber J. E. Cell cycle and genetic requirements of two pathways of nonhomologous end-joining repair of double strand breaks in Saccharomyces cerevisiae // Mol. Cell. Biol. 1996. - V. 16. - P. 2164-2173.

181. C.W. Moore, Responses of radiation-sensitive mutants of Saccharomyces cerevisiae to lethal effects of bleomycin I I Mutat Res.- 1978.- V.51.-P.165-180.

182. Morrison, E.J. Miller, L. Prakash, Domain structure and functional analysis of the carboxyl-terminal polyacidic sequence of the Rad6 protein of Saccharomyces cerevisiae II Mol. Cell. Biol.- 19.88,- V.8.- P.l 179-1185.

183. Moustacchi E. DNA repair in yeast: genetic control and biological consequences. / In: "Advances in radiational research", Ed. by J. Lett, Academic Press, N.Y. 1986.

184. Mueller J. P., Smerdon M. J. Repair of plasmid and genomic DNA in a rad? delta mutant of yeast I I Nucleic Acid Res. - 1995. - V. 23. - P. 34573464.

185. Mueller J. P., Smerdon M. J. Rad23 is required for transcription-coupled repair and efficient overall repair in Saccharomyces cerevisiae II Mol. Cell. Biol. - 1996. - V. 16. - P. 2361-2368.

186. Munz P. On some properties of five mutator alleles in Schizosac-charomyces pombe И Mutat. Res. 1975. - V. 29. - P. 155-157.

187. Muster-Nassal C., Kolodner R. Mismatch-correction catalyzed by cell-free extracts of Saccharomyces cerevisiae I I Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1986.-V. 83.-P. 7618-7622.,

188. Nakai S., Matsumoto S. Two types of radiosensitive mutants in yeast // Mutat. Res. 1967. - V. 4. - P. 129-136.

189. Nasim A., Brychy T. Cross-sensitivity of mutator strains to physical and chemical mutagens // Canad. J. Genet. Cytol. 1979. - V. 21. - P. 129-137.

190. Nelson J. R., Lawrence C. W., Hinkle D. C. Thymine-thymine dimer bypass by yeast DNA polymerase zeta // Science. 1996. - V. 272. - P. 16461649.

191. J.R. Nelson, C.W. Lawrence, D.C. Hinkle, Deoxycytidyl transferase activity of yeast Revl protein // Nature.- 1996.- V.382.- P.729-731.

192. Nem L., Lin K., Crouse G. F. The yeast gene MSH3 defines a new class of eukariotic MutS homologues I I Mol. Gen. Genet. 1993. - V. 239. - P. 97-108. '

193. F. Palladino, H.L. Klein, Analysis of mitotic and meiotic defects in Saccharomyces cerevisiae SRS2 DNA helicase mutants 7/ Genetics.- 1992.-V.132.- P.23-37.

194. Pagues F., Haber J. E. Two pathways for removal of nonhomologous DNA ends during double strand break repair in Saccharomyces cerevisiae II Mol. Cell. Biol. 1997. - V. 17. - P. 6765-6771.

195. Park E., Guzder S. N., Koken M. H. M., Jaspers-Dekker J., Weeda

196. G., Hoeijamakers J. H. J., Prakash S., Prakash L. RAD25 (SSL2), the yeast*

197. Petukhova G., Stratton S., Sung P. Catalysis of homologous DNA pairing by yeast Rad51 and Rad54 proteins // Nature. 1998. - V. 393. - P. 9194.

198. Pochart P., Woltering D., HollingsworthN. M. Conserved properties between functional distinct MutS homologs in yeast // J. Biol. Chem. 1997. -V. 272. - P. 30345-30349.

199. Popoff S.C., Spira A. I., Johnson A. W., Demple, B. Yeast structural gene (APN1) for the major apurinic endonuclease: homology to Escherichia coli endonuclease IV. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V. 87. - P. 4193-4197

200. L. Prakash, Effect of genes controlling radiation sensitivity on chemically-induced mutations in Saccharomyces cerevisiae // Genetics.- 1976.- V.83.-P.285-301.

201. Prakash L. Repair of pyrimidine dimers in radiation-sensitive mutants rad3, rad4, rad6 and rad9 of Saccharomyces cerevisiae II Mutat. Res. -1977. V. 45. - P. 13-20.

202. Prakash L., Prakash S. Tree additional genes involved in pyrimidine dimer removal in Saccharomyces cerevisiae: RAD7, RAD14 and MMS19II Mol. Gen. Genet. 1979. - V. 176. - P. 351-359.

203. Prakash L. Characterization of postreplication repair in Saccharomyces cerevisiae and effects of rad6, radl8, rev3, and rad52 mutations // Mol. Gen. Genet. 1981. - V. 184. - P. 471-478.

204. Prolla Т., Christie D. M., Iiscog R. M. Dual requirement in yeast DNA mismatch repair homolog of the bacterial mutL gene // Molec. Cell. Biol. -1994a.-V. 14.-P. 402-415.

205. Prolla Т. A., Pang Q., Alani E., Kolodner R. D., Liskay R. M. MLHl, PMS1 and MSH2 interactions during initiation of DNA mismatch repair in yeast // Science. 1994b. - V. 265. - P. 1091-1093.

206. Promega Protocols and Applications Guide, Promega Corporation,1991.

207. Qui H.,. Park E., Prakash Ё., Prakash S- The Saccharomyces cerevisiae DNA repair gene Rad25 is required for transcription by RNA polymerase II // Gen. Dev. 1993. - V. 7. - P. 2161-2171.

208. Ramotar D., Popoff S. C., Demple B. Cellular role of yeast Apnl apurinic endonuclease/3-diesterase: repair of oxidative and alkylation DNA damage and control of spontaneous mutation. // Mol. Cell. Biol. 1991. - V. 11. - P. 4537-4544.

209. Reenan R. A. G., Kolodner R. D. Isolation and characterization of two Saccharomyces cerevisiae genes encoding homolOgues of the bacterial HexA and MutS mismatch repair proteins 11 Genetics. 1992a. - V.132. - P.963-973.

210. Reenan R. A. G., Kolodner R. D. Characterization of insertion mutations in the Saccharomyces cerevisiae MSH1 and MSH2 genes: evidence for separate mitochondrial and nuclear functions I I Genetics. 1992b. - V. 132. - P. 975-985.

211. Resnick M. A. Induction of mutations in Saccharomyces cerevisiae by ultraviolet light // Mutat. Res. 1969. - V. 7. - P. 315-332.

212. Resnick M. A. The repair of double-strand breaks in the nuclear DNA of yeast // Radiat. Res. 1974. - V. 59. - P. 95-96.

213. Resnick M. A. The repair of double-strand breaks in DNA: A model involving recombination // J. Theor. Biol. 1976. - V. 59. - P. 97-106.

214. L. Rong, H.L. Klein, Purification and characterization of the SRS2 DNA helicase of the yeast Saccharomyces cerevisiae И J. Biol. Chem.- 1993.- V. 268.-P. 1252-1259.

215. Runyon G.T, Bear D. G., Lohman Т. M. Escherichia coli helicase II (UvrD) protein initiates DNA unwinding at nicks and blunt ends. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. - V. 16. - P. 6383-6387

216. Rothstein R. J. One step gene disruption in yeast. // Methods Enzi-mol. 1983. - V. 101. - P. 202-211.

217. Saffran W. A., Cantor С. Ю, Smith E. D.rMagdi M. Psoralen damage induced plasmid recombination in Saccharomyces cerevisiae: dependence on RAD1 and RAD52II Mutation. Res. 1992. - V. 274. - P. 1-9.

218. Sakumi K., Sekiguchi M. Structures and functions of DNA glycosy-lases // Mutat. Res. 1990. - V. 236, P. 161-172.

219. Sancar A. Mechanisms of DNA excision repair // Science. 1994. -V. 266.-P. - 1954-1956.

220. Sancar A. DNA excision repair // Annu. Rev. Biochem. 1996. - V. 65.-P. 43-81.

221. Sandigurski M., Lalezari I., Franklih W.A. Excision of sugar- phosphate products of apurinic/apyrimidinic sites by DNA- desoxyribophosphodi-esterase of Escherichia coli//Radiat. Res.- 1992.- V. 131.- P. 332-337.

222. Sandigursky M., Yacoub A., Kelly M. R., Xu Y. Franklin W. A., Deutch W. A. The yeast 8-oxoguanine DNA glycosylase (Oggl) contains a DNA deoxyribophosphodiesterase (dRpase) activity // Nucleic Acids Res. -1997.-V. 4557-4561.

223. Saparbaev M., Prakash L., Prakash S. Requirement of mismatch repair genes MSH2 and MSH3 in the RAD1-RAD10 pathways of mitotic recombination in Saccharomyces cerevisiae II Genetics. 1996. - V. 142. - P. 727-736.

224. Schaaper R. M. Base selection, proofreading, and mismatch repair1 during DNA replication in Escherichia coli II J< Biol. Chem. 1993. - V. 268. -P. 23762-23765.

225. Schauber C., Chen L., Tongaonkar P., Vega J., Lambertson D., Potts W., Madura K. Rad23 links DNA repair to the ubiquitin/proteosome pathway // Nature. 1998. -V. 391. -P.715-718.

226. Schiestl R. H., Prakash S., Prakash L. The SRS2 suppressor of rad6 ■■ mutations of Saccharomyces cerevisiae acts by channeling DNA lesions into the

227. RAD52 DNA repair pathway // Genetics. 1990. - V. 124. - P. 817-831.

228. Sekiguchi M., Horiuchi Т., Maki H., Maruyama M., Oeda K. Cloning of mutator genes and identification of their products // Princess Takamatsu Symp. 1982. - V. 12 - P. 181-188

229. Smith В. Т., Walker G. C. Mutagenesis and more: umuDC and the Escherichia coli SOS response // Genetics. -1998. V. 148. - P. 1599-1610.

230. Snow R. Mutants of yeast sensitive to ultraviolet light // J. Bacteriol. 1967. - V. 94. -P. 571-575.

231. Soo-Hwang Т., Jackson S. P. Identification of Saccharomyces cerevisiae DNA ligase IV: involvement in DNA double-strand break repair // EMBO J. 1997. - V. 16., P. 4788-4795.

232. Stahl F. Meiotic recombination in yeast: coronation of the double-strand break repair model // Cell. 1996. - V. 87. - P. 965-968.

233. Sugawara N., Pagues F., Colaiacovo M., Haber J. E. Role of Saccharomyces cerevisiae Msh2 and Msh3 repair proteins in double-strand break-induced recombination // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. - V. 94. - P. 92149219. ■ ,V

234. P. Sung, S. Prakash, L. Prakash, Mutation of cysteine-88 in the Saccharomyces cerevisiae Rad6 protein abolishes its ubiquitin-conjugating activity and its various biological functions // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1990.- V.87.-P.2695-2699.

235. Sung P., Watkins J. F., Prakash L., Prakash S. Negative superhelicity promotes ATP-dependent binding of yeast RAD3 protein to ultraviolet-damaged DNA. // J. Biol. Chem. 1994. - V. 269 - P. 8303-8308.

236. Sung P., Guzder S. N., Prakash L., Prakash S. Reconstitution of TFIIH and requirement of its DNA helicase subunits, Rad3 and Rad25, in the incision step of nucleotide excision repair. // J. Biol. Chem. 1996. - V. 271-P. 10821-10826. , ( , .V

237. Sung P. Function of yeast Rad52 protein as a mediator between replication protein A and Rad51 recombinase // J. Biol. Chem. 1997. - V. 272. - P. 28194-28197.

238. Sung P. Yeast Rad55 and Rad57 form a heterodimer that functions with replication protein A to promote DNA strand exchange by Rad51 recombi-nase//Genes Dev. 1997. - V. 11. - P. 1111-1121.

239. Suter В., Livingstone-Zatchej M., Thomal F. Chromatin structure modulates DNA repair by photolyase in vivo // EMBO J. 1997. - V. 16. - P. 2150-2160.. t ■ , . ' •

240. Sweder K. S., Mori Т., Hanawalt P.'C. DNA repair deficiency associated with mutations in genes encoding subunits of transcription initiation factor TFIIH in yeast // Nucleic. Acid. Res. 1996. - V. 24. - P. 1540-1546.

241. Szankasi P., Smith G. R. A role for exonuclease I from S. pombe in mutation avoidance and mismatch correction // Science. 1995. - V.267. - P. 1166-1169.

242. Teo S.-H., Jackson S. P. Identification of Saccharomyces cerevisiae DNA ligase IV: involvement in DNA double-strand break repair I I EMBO J. -1997.-V. 16.-P. 4788-4795.

243. Teng S.-C., Kim В., Gabriel A. Retrotransposon reverse-transcriptase-mediated repair of chromosome breaks // Nature. 1996. - V. 383. -P. 641-644. ' 1 ,

244. Tijsterman M., de Yong J. G. Т. Van de Putte P., Brouwer J. Transcription-coupled and global genome repair in the Saccharomyces cerevisiae RPB2 gene at nucleotide resolution I I Nucleic Acids Res. - 1996. - V. 24. - P. 3499-3506.

245. Tomkinson A. E., Bardwell A. Y., Bardwell L., Tappe N. Y., Friedberg E. C. Yeast DNA repair and recombination proteins Radl and RadlO constitute a sirigle-stranded-DNA endonuclease // Nature. 1993. - V. 362. - P. 860862.

246. Unk I., Harasks L., Prakash S., Prakash L. 3'-phosphodiesterase and 3 V5' exonuclease activities of yeast APN2 protein and requirement of theseac-tivies for repair of oxidative DNA damage // Molecular and Cellular Biology.-2000,-V.21.-P. 1656-1661.

247. Varlet I., Canard В., Brooks P., Cerovic G., Radman M. Mismatch repair in Xenopus egg extracts: DNA strand breaks act as signals rather than excision points. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. - V.93. - P. 10156-10161

248. Verhage R. A., Zeeman A.M., Lombaerte M., Van de Putte P., Brouwer J. Analysis of,gene-'and straftd-specific repair in the moderately UV-sensitive Saccharomyces cerevisiae rad23 mutant 11 Mutat. Res. 1996. - V. 362.-P. 155-165.

249. Verhage R. A., Van de Putte P., Brouer J. Repair of rDNA in Saccharomyces cerevisiae: ^^-independent strand-specific nucleotide excision repair of DNA polymerase I transcribed genes // Nucleic. Acid. Res. 1996. - V. 24.-P. 1020-1025.

250. Weiss В.,Grossman L. Phosphodiesterases involved in DNA repair // Adv.Enzymol.- 1987.- V.60.- P.l-34.

251. Ward A. C. Single-step purification of shuttle vectors from yeast for high frequency back-transformation into E. coli // Nucleic Acids Res. 1990. -V. 18.-P. 5319. . v f .V

252. Waters R., Moustacchi E. The fate of ultraviolet induced pyrimidine dimers in the mitochondrial DNA of Saccharomyces cerevisiae following various post-irradiation cell treatments // Biochem. Biophis. Acta. 1974. - V. 366. -P. 241-250.

253. Wallace S.S. AP endonucleases and DNA glycosylases that recognize oxidative DNA damage // Environ. Mol. Mutagen.- 1988.- V. 12.- P. 431477.

254. Willamson M. S., Game J.C., Fogel S. Meiotic gene conversion mutants in Saccharomyces cerevisiae. 1. Isolation and characterization of pmsl-1 and pms 1 -21 I Genetics. 1985. - V. 97. - P.609-614.

255. Wood R.D. DNA repair in eukaryotes // Annu. Re V. Biochem. 1996.- V. 65.- P. 135-167.

256. Wu X., Wang Z. Relationships between yeast Rad27 and Apnl in response to apurinic/apyrimidinic (AP) sites in DNA // Nucleic Acids Research.-1998.- N21 P.956-962.

257. H. Zou, R. Rothstein, Holliday junctions accumulate in replication mutants via a RecA homolog-independent mechanism // Cell.- 1997.- V.90.-P.87-961 «

258. Выражаю глубокую благодарность моему научному руководителю Владимиру Геннадиевичу Королеву за разработку теоритических и методических подходов к выполнению настоящей работы, а также за крайне внимательное отношение в ходе выполнения работы.

259. Искренне признателен Татьяне Николавене Кожиной за помощть в овладении методов классической генетики, за постоянное обсуждение текущих экспериментов, а также за ценные рекомендации по оформлению работы.

260. Искренне благодарен Сергею Алексеевичу Кожину за трепетное отношение и ценные критические замечания.

261. Искренне признателен Вячеславу Тимофеевичу Пешехонову за то, что он помог освоить множество молекулярно-генетических методов.

262. Искренне благодарен Владимиру Ивановичу Башкирову и Игорю Вячеславовичу Щевелеву за помощь в работе по сиквенированию мутантной аллели rad29-64.

263. Исренне признателен Juerg Kohli за организанию некоторых экспериментов в Швейцарии, в институте клеточной биологии Берна.

264. Искренне благодарен всем сотрудникам лаборатории генетики эу-кариот и всему коллективу ОМРБ ПИЯФ РАН за методическую помощь. критические замечания, высказанные в ходе обсуждения и оформления результатов, а также за теплую дружескую атмосферу.