Анализ энхансерных РНК, инсуляторных белков и модификаций хроматина в генетических конструкциях, трансфецированных в клетки дрозофилы тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат наук Федосеева, Дарья Михайловна

• Федосеева, Дарья Михайловна
• кандидат наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат наук Федосеева, Дарья Михайловна

ОГЛАВЛЕНИЕ

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

1. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

1.1 Актуальность проблемы

1.2 Цели и задачи исследования

1.3 Научная новизна результатов исследования

1.4 Научно-практическая ценность

1.5 Апробация работы

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Введение

2.1 Механизмы эпигенетической регуляции экспрессии генов. Модификации хроматина

2.2 Энхансеры- ДНК элементы, вовлеченные в эпигенетическую регуляцию экспрессии генов

2.2.1 Свойства энхансеров. Модели действия энхансеров

2.2.2 Белки, связанные с работой энхансеров

2.2.3 Свойства энхансера copia Drosophilla melanogaster

2.3 Инсуляторы и их роль в регуляции экспрессии генов

2.3.1 Свойства инсуляторов. Модели действия инсуляторов

2.3.2 Типы инсуляторов Drosophilla melanogaster

2.3.3 Регуляция активности инсуляторов

2.4 Некодирующие РНК и их роль в эпигенетической регуляции экспрессии генов

2.4.1 Классификация некодирующих РНК. Энхансерные РНК

2.4.2 Некодирующие РНК как регуляторы транскрипции. Длинные некодирующие РНК

2.4.3 Механизмы активации транскрипции генов длинными некодирующими РНК. Энхансерные РНК

2.5 Ламииа и ее роль в регуляции экспрессии генов

2.5.1 Структурная организация ламины. Ламина у Drosophilla melanogaster

2.5.2 Типы ядерных ламинов Drosophilla melanogaster

2.5.3 Ламина и хроматин. Ламина как регулятор экспрессии генов

Заключение

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

3.1 Культура клеток Drosophila melanogaster

3.2 Штаммы E.coli и векторы

3.3 Используемые праймеры

3.4 Генетические конструкции, использованные в работе

3.5 Антитела, использованные в работе

3.6 Стандартные молекулярно-биологические методы

3.7 Трансфекция ДНК-конструкций в культуру клеток Schneider 2 дрозофилы

3.8 5'RACE (5'-Rapid Amplification of Complementary Ends)

3.9. Primer-extention

3.10 Выделение тотальной РНК из культуральных клеток Schneider 2 Drosophila melanogaster

3.11 Нозерн-блот анализ

3.12 Иммунопреципитация хроматина

3.13 Полуколичественная PCR

3.14 Подготовка проб для мультиплексного однонаправленного глубокого секвенирования на платформе 454

4. РЕЗУЛЬТАТЫ

4.1 Анализ распределения TSS в конструкции e-h с помощью 5' RACE (Rapid Amplification of 5' Complementary DNA Ends)

4.2 Анализ распределения TSS в конструкции e-h с помощью primer extension

4.2 Размеры энхансерных РНК варьируют от 300 до 1050 п.и

4.3 Анализ распределения модификаций хроматина в генетических конструкциях e-h, e-g-h и g/g

4.4 Анализ связывания инсулягорных белков Su(Hw), [mod(mdg4)]2.2 и dCTCF с различными районами конструкций e-h, e-g-h и g/g

4.4.1 Инсуляторные белки связываются с энхансером copia

4.4.2 С инсулятором gypsy в генетических конструкциях связывается не только Su(Hw), но и dCTCF

4.4.3 Mod2.2 связывается с промотором в конструкции e-h

4.4.4 Инсуляторные белки связываются преимущественно с 5' областью инсулятора Gl и с З'областью инсулятора G2 в конструкциях e-g-h и g/g

4.5 Анализ взаимодействия геномных копий инсуляторов gypsy, а также инсуляторов комплекса ВХ-С с ламиной

5. ОБСУЖДЕНИЕ

5.1 Роль энхансеров и инсуляторов в изменении структурно-функционального

состояния хроматина

5.1.1 эРНК и малые петли хроматина

5.1.2 эРНК и модификации хроматина

5.2 Размеры эРНК

5.3 Роль инсуляторных белков в регуляции дистантных взаимодействий

5.4 Участие dCTCF в работе инсулятора gypsy

5.5 Значение ламины в формировании инсуляторных телец и функционировании

инсуляторов

Выводы

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Список сокращений

п.н. - пар нуклеотидов.

т.п.н. - тысяч пар нуклеотидов.

н. - нуклеотидов.

т.н. - тысяч нуклеотидов.

rpm - оборотов в минуту (route per minute)

эРНК - Энхансерные РНК (eRNAs)

TSS - старт-сайты транскрипции (transcription start site)

Mod(mdg4)2.2 - mod2

3C - определение конформации хромосом (Chromosomal Conformation Capture) DamID - идентификация с помощью аденин-метилтрансферазы ДНК (DNA adenine methyltransferase identification)

5'RACE - амплификация комплиментарных 5'концов (5'-Rapid Amplification of Complementary Ends)

BX-C - комплекс Биторакс (Bithorax complex)

ANT-C - комплекс Антеннапедиа (Antennapedia complex)

H3K4me3 - триметилирование no 4 лизину гистона НЗ

H3K18ac - ацетилирование 18 лизина гистона НЗ

H3K4mel - монометилирование 4 лизина гистона НЗ

НЗК27ас - ацетилирование 27 лизина гистона НЗ

НЗК16ас - ацетилирование 16 лизина гистона НЗ

НЗК56ас - ацетилирование 56 лизина гистона НЗ

H3K36 - 36 лизин гистона НЗ

НЗК79 - 79 лизин гистона НЗ

НЗК9те - метилирование 9 лизина гистона НЗ

НЗК27теЗ - триметилирование 27 лизина гистона НЗ

НЗК9 - 9 лизин гистона НЗ

НЗК27 - 27 лизин гистона ИЗ

Н4К20 - 20 лизин гистона НЗ

piRNAs - РНК, взаимодействующие с PIWI (PlWI-interacted RNAs)

TF - факторы транскрипции (transcription factors)

MBD - метил-связывающий домен (methyl-binding domain)

ORF - открытая рамка считывания (open reading frames)

RTKs - рецепторные тирозинкиназы (Receptor tyrosinkinases)

СВР - ССААТ-энхансерсвязывающий белок (CCAAT/enhancer binding protein)

CBF-1 - фактор, связывающийся с энхансером copia-\(copia binding factor-1) TCR-P - локус p Т-клеточного рецептора (T-cell receptor-P) PREs - Polycomb response elements

LAD - домены, ассоциированные с ламиной (Lamin associated domain)

PTS - промоторнацеливающие последовательности (Promoter Targeting Sequences)

tRNAs - транспортные PI IK (transfer RNAs)

rRNAs - рибосомальные PI IK (ribosomal RNAs)

snRNAs - сплайсеосомные PHK(spliceosomal RNAs)

siRNAs - малые интерферирующие PHK(small interfering RNAs)

miRNAs - микроРНК (micro RNAs))

PASR - ассоциированные с промотором некодирующие РНК (Promoter-associated RNAs) TASR - ассоциированные с терминатором иекодирующие РНК (terminator-associated RNAs)

priRNA - первичные малые РНК (primal RNAs))

IncRNA - длинные некодирующие РНК (long noncoding RNAs)

circRNAs - кольцевые РНК (circular RNAs)

ceRNAs - эндогенные конкурирующие РНК (competing endogenous RNAs) RISC - РНК-зависимый комплекс репрессии (RNA Induced Silencing Complex) HSR1 - РНК теплового шока-l (heat-shock RNA-1)

1. Общая характеристика работы

1.1 Актуальность проблемы

Изучение регуляции экспрессии генов является одной из наиболее актуальных проблем в современной молекулярной биологии. Многоклеточные организмы образуют различные типы клеток, отличающиеся по строению и выполняемым функциям. При этом клеточная идентичность и потенциал развития связаны с пространственно-временной регуляцией организации генома и его экспрессии.

Изучение энхансеров и инсуляторов является актуальной темой исследований. Энхансеры - это ре1уляторные элементы, способные усиливать транскрипцию отдельных генов или генных кластеров. Энхансеры могут активировать транскрипцию, располагаясь даже на значительном удалении от регулируемого промотора. В разное время было предложено множество различных моделей, объясняющих механизм работы энхансеров (Morcau et al., 1981; Blackwood and Kadonaga, 1998; Dorsctt, 1999; de Laat et al., 2008). Большинство из предложенных моделей предполагают, что эти регуляюрные элементы могут пространственно сближаться путем образования петли ДНК между энхансером и промотором. В результате факторы транскрипции, связывающиеся с энхансером и промотором, могут напрямую взаимодействовать друг с другом, или же привлекать (рекрутировать) дополнительные белковые факторы, инициирующие петлеобразование. В данном случае энхансеры выступают как места сборки пре-инициационного комплекса, а процесс образования петли необходим для доставки этого комплекса на промотор. Тем не менее, непонятно, каким образом происходит доставка этих комплексов, как обеспечивается специфичность взаимодействия между энхансером и промотором, а также какие процессы являются сигналом для начала активации (Spitz and Furlong, 2012).

В последнее время становится ясно, что регуляция экспрессии генов в клетке осуществляется с помощью различных эпигенетических механизмов. Ключевым событием в активации транскрипции является появление открытой структуры хроматина, которая обеспечивается различными транскрипционными факторами. Поскольку энхансеры выступают в качестве платформы для связывания транскрипционных факторов, их эпигенетические метки также активно изучаются. Так, принято считать, что характерными эпигенетическими метками энхансеров являются II3K4mel и НЗК27ас (Ilcintzman et al., 2007; Kharchcnko et al., 2010). Однако картирование по этим меткам выявило большое количество последовательностей ДНК, которые не обладают свойствами энхансеров (Spicuglia and Vanhillc, 2012). Более того, существует мнение, что сами по себе модификации хроматина неспецифичны и являются следствием связывания определенных активаторных белков с определенными последовательностями ДНК

(Ptashne., 2013). Поэтому вопрос об эпигенетических маркерах энхансеров остается актуальным и требует дальнейшего изучения.

Еще одним важным аспектом работы энхансеров является синтез некодирующих, энхансерных РНК (эРПК). Синтез эРПК происходит с обеих сторон от энхансера, при этом уровень этого синтеза сравним с уровнем транскрипции регулируемого гена (Tchurikov et al, 2009; Kim et al., 2010). Корреляция уровня экспрессии этих некодирующих РНК с экспрессией соседних генов указывает на их возможную функциональную роль в активации транскрипции на промоторе, однако механизм этого процесса до конца неясен. Более того, пока не ясно, как организован синтез эРПК. В настоящее время в литературе существуют противоречивые данные об их размере, а также о наличии или отсутствии у них сигналов полиаденилирования (Kim et al., 2010; Koch et al., 2011). Недавние исследования показали, что эти параметры широко варьируют у различных эРНК (ENCODE Project Consortium., 2012). Использованная данной работе система генетических конструкций, исключающая регуляторное влияние геномного окружения, позволяет подробнее изучить механизм работы энхансеров, исследовать характерные для энхансеров метки хроматина, а также проанализировать индуцируемые энхансером Р11К.

Возможность взаимодействия энхансеров с промоторами регулируется другими элементами генома - инсуляторами, которые представляют собой специфические последовательности ДНК, связывающиеся с комплексом инсулягорных белков. IIa данный момент понятно, что действие инсулягоров, как правило, связано с обеспечением функциональных контактов между регуляторными элементами. Так, было показано, что инсулягоры способны облегчать взаимодействие между энхансером и промотором (van Bortie and Corees, 2013, Krivcga and Dean, 2012). Было обнаружено, что нокдаун CTCF в клетках человека нарушает образование инсуляторами обособленных петлевых доменов, что косвенным образом негативно влияет на взаимодействие между энхансером и промотором гена АРО (Mishiro et al., 2009). Однако какие механизмы лежат в основе функционирования энхансеров и инсуляторов пока неизвестно. Регуляция дистантных взаимодействий между энхансером и промотором может обеспечиваться через управление внутриядерной локализацией отдельных хромосомных доменов за счет взаимодействия с некоторыми ядерными белками, например с когезином и ламинами. Было показано, что сайты связывания инсуляторных белков ограничивают области хроматина, взаимодействующие с ламиной (Herold et al., 2012; van Bcmmcl et al., 2010). При этом эти области, как правило, характеризуются низкой транскрипционной активностью, а также обогащены инактивирующими эпигенетическими метками (Pickersgill et al., 2006,

Guclcn et al., 2008). Кроме того, известно, что образуемые инсуляторами макромолекулярные комплексы, так называемые инсуляторные тельца, локализуются на периферии ядра и представляют собой комплексы инсуляторных белков и ДНК (Gerasimova et al., 2000). Связанные с инсулягорными белками области ДИК образуют отдельные петли - независимые экспрессионные домены, а ламина в данном случае выступает в качестве стабилизатора этих доменов (Gerasimova et al., 2000).Также, показано, что убиквитин-лигаза dTopors, входящая в состав инсулятора gypsy, может взаимодействовать с ламиной, и, возможно, участвует в заякоривании инсуляторных телец на ламине (Capelson and Corees, 2005). Однако согласно другим данным, инсуляторные тельца являются всего лишь белковыми агрегатами и не содержат ДНК (Golovnin et al., 2007). Таким образом, вопрос о строении и функции инсуляторных телец нуждается в дальнейшем изучении.

1.2 Цели и задачи исследования

Целями данной работы было:

1. Определить в трансфецированных генетических конструкциях, содержащих энхансер мобильного элемента copia, старт-сайты транскрипции (transcription start sites, TSS) энхансерных РНК (эРНК) и их размеры;

2. Изучить возможное влияние инсулягор(ов) мобильного элемента gypsy на синтез эРНК;

3. Выявить некоторые модификации гистона ИЗ, вызываемые энхансером и инсулятором в разных областях генетических конструкций, содержащих энхансер мобильного элемента copia и инсулятор(ы) мобильного элемента gypsy,

4. Изучить связывание инсуляторных белков Su(Hvv), dCTCF и Mod(mdg4)2.2 в разных частях генетических конструкций, содержащих энхансер и инсулятор(ы);

5. Изучить возможность связывания геномных копий инсулятора мобильного элемента gypsy, а также ряда инсуляторов Su(Hw) и dCTCF в составе ВХ-С с ядерной ламиной в культуральных клетках S2 Drosophila melanogaster.

Для достижения поставленных целей нами были определены следующие задачи:

в трансфецированных генетических конструкциях, содержащих энхансер мобильного элемента copia и инсулятор мобильного элемента gypsy

• Определить TSS эРНК с помощью 5'RACE ;

• Определить TSS эРНК с помощью primer-extension;

• Провести анализ эРНК с помощью Норзерн-блот-гибридизаций;

• Изучить влияние энхансера и инсулятора на модификации гистона ИЗ с помощью иммупопреципитации хроматина;

• Провести анализ связывания инсуляторных белков дрозофилы Su(Hw), dCTCF и Mod(mdg4)2.2 в различных районах генетических конструкций с помощью иммунопреципитации хроматина;

• Кроме того, исследовать взаимодействие геномных копий gypsy и шести инсуляторов в составе ВХ-С с ламиной в культуральных клетках S2 Drosophila melanogcister.

1.3 Научная новизна результатов исследования

В данной работе, используя грансфецированные генетические конструкции, мы выявили эпигенетические механизмы, с помощью которых работают энхансеры и инсуляторы. В системе, исключающей цис-регулягорное влияние геномного окружения, нами впервые обнаружено, что основная часть TSS эРНК находится на расстоянии 265 п.н. от энхансера copia. Определены размеры данных эРНК. В ходе исследования структурно-функционального состояния хроматина в трансфецированных генетических конструкциях показано, что именно в местах максимального синтеза эРНК энхансерами индуцируются и модификации хроматина I13K4me3 и НЗК18ас, которые видимо и вызывают синтез эРНК. Впервые обнаружено, что введение инсулятора в конструкции снижает уровень данных модификаций и одновременно стимулирует образование других модификаций - H3K4mel и НЗК27ас. Все это приводит к резкому уменьшению уровня синтеза эРНК. Кроме того, выявлено, что инсуляторные белки дрозофилы могут взаимодействовать не только с инсулятором, но и с энхансером, и что при этом инсулятор конкурирует с энхансером за связывание инсуляторных белков. Также впервые показано, что белок dCTCF может связываться с инсулятором мобильного элемента gypsy. Кроме того, подтверждено связывание геномных инсуляторов с ядерной ламиной, что указывает на ее роль в функционировании этих регуляторных элементов.

1.4 Научно-практическая ценность

Полученные в настоящей работе данные раскрывают некоторые аспекты работы цис-регуляторных элементов и могут быть полезны в дальнейших исследованиях молекулярных механизмов регуляции экспрессии генов в геноме. Результаты

исследования механизмов работы энхансеров и инсуляторов в клетках модельного организма Drosophila melanogaster могут помочь в изучении данных механизмов в клетках человека и в дальнейшем могут быть использованы в биомедицинских исследованиях.

1.5 Апробация работы

Основные результаты работы были представлены на международном симпозиуме Cell Symposia «Regulatory RNAs» (Чикаго, США, 2011), на X чтениях памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова (Москва, 2011), на 16 международной школе-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2012), а также на международной конференции EMBL 10th Transcription and Chromatin (Гейдельберг, Германия, 2012).

2. Обзор литературы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Анализ энхансерных РНК, инсуляторных белков и модификаций хроматина в генетических конструкциях, трансфецированных в клетки дрозофилы»

Введение

Исследование механизмов регуляции экспрессии генов является одной из важнейших задач современной молекулярной биологии. Обеспечение адекватной генной экспрессии важно для нормального роста и развития организма, для дифференциации тканей, а также для своевременного и быстрого ответа на стимулы внешней среды. Кроме того, неправильные паттерны генной экспрессии являются одной из причин развития онкологических заболеваний.

Энхансеры и инсуляторы являются важными регуляторами транскрипции в геноме. Не смотря на множество данных, проливающих свет на некоторые аспекты работы этих элементов, до полного понимания процессов регуляции генной экспрессии все еще далеко. Однако к настоящему моменту ясно, что основу большинства механизмов функционирования энхансеров и инсуляторов, составляют эпигенетические процессы. Изучение механизмов работы этих элементов позволит в дальнейшем влиять на экспрессию генов в клетке.

2.1 Механизмы эпигенетической регуляции экспрессии генов. Модификации хроматина

После открытия генетического кода в конце 1950х годов считалось, что информация, кодируемая генетическим материалом, за исключением генетических мутаций, без изменений передается от одной клетке к другой и от одного поколения к другому. Однако в последние десятилетия было получено множество данных о том, что информация, кодируемая в ДНК, является всего лишь одним из уровней хранения и передачи информации в клетке. Другим же уровнем генетической информации являются механизмы, не вызывающие изменения в нуклеотидной последовательности ДНК. Эти механизмы были названы эпигенетическими, а паука, которая их изучает, соответственно, - эпигенетикой (Riggs et al., 1996).

Первоначально, термин эпигенетика был введен для объяснения того, как взаимодействие между окружающей средой и генотипом могут проявиться в фенотипе в ходе индивидуального развития организма (Waddington, 1939). В настоящее время эпигенетика изучает различные, возникающие в ходе механизмов дифференцировки, передачи информации и в результате влияния окружающей среды модификации генома, которые являются наследуемыми, но не затрагивают саму последовательность ДНК. При этом, последовательность ДНК служит как база для последующих эпигенетических изменений. (Holliday, 1994; Russo, 1996).

К эпигенетическим механизмам относят метилирование ДНК, модификации гисгонов, АТФ-зависимый ремоделинг хроматина, регуляция белками группы Polycomb и Trithorax, механизмы РНК-интерференции и регуляции экспрессии некодирующими РНК, а также поддержание трехмерной структуры хроматина и прикрепления к ядерному матриксу.

Весь комплекс эпигенетических модификаций в геноме формирует новый уровень организации генетической информации - эпигеном. Эпигеном стабилен, но в тоже время, может быстро изменяться в ходе развития клетки или в ответ на сигналы окружающей среды. Следовательно, эпигенетический статус гена гораздо более динамичен, чем последовательность нуклеотидов в ДНК.

Некоторые эпигентические метки являются относительно стабильными и обеспечивают в ходе клеточного роста и развития морфологию отдельных тканей. В то же время, в ходе репрограммирования клеток в гаметах и на ранних стадиях развития эмбрионов происходит практически полное стирание всех эпигенетических меток и последующее их восстановление. Так, например, паттерны метилирования ДНК

устанавливаются на ранних этапах развития через высокоорганизованный процесс, который включает сначала деметилирование всего генома, и метилирование de novo. Новые паттерны метилирования наследуются в ходе дальнейшего процесса дифференциации (Reik et al., 2001; Jacnish and Bird, 2003). Механизмы этого процесса пока не изучены, однако известно, что некоторые локусы сохраняют свои эпигенетические маркеры, которые передаются последующим поколениям. Этот феномен был назван трансгенерационной эпигенетической наследственностью.

Трансгенерационная эпигенетическая наследственность осуществляется с помощью различных механизмов. Так, например наследуемый сайленсинг повторяющихся ДНК элементов, входящих в гетерохроматиновую часть многих геномов, обеспечивается малыми PIIK, взаимодействующими с белком P1WI (piRNA) (Shirayama ct al., 2012; Ashe ct al., 2012). Другим примером наследуемого сайленсинга является сайленсинг мобильных элементов посредством ДНК-метилирования (Fazzari and Greally, 2004). Так, например аллель Avy у мышей несет в себе инсерцшо длинного концевого повтора ретротранспозона рядом с геном, ответственным за окраску агути. Трансгенерационная наследственность окраски зависит от уровня метилирования этого повтора (Morgan et al., 1999). Более того, метилирование Avy может быть модулировано за счет материнской диеты, обогащенной метильными группами (Cropley et al., 2006).

Однако остается немало вопросов связанных с трансгенерационной наследственностью. Так непонятно, как эпигентические изменения в ключевых локусах сохраняются и передаются в зародышевых линиях клеток, как определяется продолжительность сохранения тех или иных меток, а также как метки и сигналы могут, в конечном счете, стираться и удаляться (Lim and Brunet., 2013).

Эпигенетические механизмы играют важную роль в регуляции экспрессии генов в клетке. Центральным явлением в эпигенетической регуляции является изменение структуры хроматина, поскольку, так или иначе, все эпигенетические процессы влияют на его организацию. При этом существует тесное взаимодействие между различными механизмами эпигенетической регуляции, проявляющееся в поддержании того или иного эпигенетического состояния (Tollcrvay and Linyak, 2012). Так, например, метилтрансферазы метилируют цитозины в CpG динуклеотидах в последовательности ДНК. Однако в геноме Drosophila, наоборот, преобладает метилирование СрА и особенно СрТ динуклеогидов (Lyko et al., 2000; Kuncrt et al., 2003). Далее с 5'-метилцитозином взаимодействуют белки, входящие в состав репрессионных комплексов и имеющие в своем составе MBD-домен. Другие белки репрессионных комплексов в свою очередь модифицируют гистоны НЗ и Н4. Модификации гистонов распознаются различными

группами белков, например белками группы Polycomb, которые усиливают эффект хромосомного сайленсинга. С модификациями гистонов НЗ и Н4 могут взаимодействовать также белки, модифицирующие Н2А и Н2В гистоны, которые, в свою очередь, влияют на степень адгезии между ядром нуклеосомы и ДНК и стабилизацию линкерного гистона III. Кроме того, модификации хроматина распознаются ламин-связывающими белками, которые позиционируют хроматин на ламине. То есть, все разнообразие эпигенетических механизмов действует координировано и обеспечивает точную настройку генной экспрессии (Mazzio and Soliman, 2013).

Таким образом, паттерны генной экспрессии определяют программы развития и дифференциации клеток, клеточной памяти, регулируют своевременный ответ на стимулы внешней среды и могут в дальнейшем передаваться потомкам за счет трансгеперационнои эпигенетической наследственности.

Далее мы подробно рассмотрим такой механизм эпигенетической регуляции как модификации хроматина. Другие механизмы эпигенегики, такие как регуляция экспрессии генов некодирующими РНК (раздел 1.4 литобзора), а также поддержание трехмерной структуры хроматина и прикрепления к ядерному матриксу (раздел 1.5 литобзора) будут более подробно рассмотрены ниже.

Модификации хроматина

Модификации хроматина - специфические посттрансляционные изменения гисгоновых белков. Модификации хроматина затрагивают как неструктурированные гисгоиовые N-терминальные «хвостовые» домены, так и непосредственно глобулярные внутренние участки нуклеосом, которые управляют взаимодействиями между отдельными гистонами в составе нуклеосомы, а также между гистонами и ДНК (Cosgrove, 2007). Эти изменения являются динамическими. Присоединение и удаление этих модификаций осуществляется множеством различных ферментов, объединенных в семейства по типу осуществляемых реакций. Динамика модификаций обеспечивает тонко регулируемое равновесное состояние хроматина и управляет работой генома в целом (Campbell and Turner, 2013). Для объяснения функции этих модификаций была высказана гипотеза, что весь комплекс модификаций представляет собой специфический «гистоновый код», определяющий активное или репрессированное состояние хроматина (Jenuwcin and Allis, 2003).

[ фосфорилирование ff ü t ± r

ацетилирование

ARrKQTAR]r^GGKAPRKQUTl[AARKÍAPAT6GVKKPHH histone H3 | 135 aa

1* мет(аргинин)ние ^gU^GKGLgÍgGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLAR -i histone H4 i 102 aa

# p

у метилирование K^

(активация) I , I .

SGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNY H histone H2A I 129 aa

f метилирование

(репрессия) ^ Cíp

<S> PEPAKSAPAPKKGÍKKAVTKAQKKDSKKRKRSRKESYSV -I histone H2B 1 125 aa

I убиквитинилирование t2o

Рис. 1 Модификации хроматина (Allis et al., 2006).

Все 4 основных гистоновых белка являются объектом модификаций, которые включают:

• Ацетилирование лизинов

• Метилирование лизинов и аргининов

• Фосфорилирование серинов и треонинов

• Присоединение небольших пептидов. таких как убиквитин и SUMO (Kouzarides Т.,

2007).

Развитие спектрометрии и протеомики (Ngara et al., 2012) привело к идентификации ранее неизвестных химических изменений, таких как О- гликозилирование серинов и треонинов (Zhang et al., 2011), формилирование и кротонизаиия лизинов и гидроксилирование серинов (Tan et al., 2011).

По отношению к транскрипции, все модификации хроматина могут быть разделены на модификации активирующие экспрессию и на модификации подавляющие ее. Однако в то же время, существуют модификации, которые в зависимости от различных условий могут, как подавлять, так и активировать транскрипцию (Kouzarides Т., 2007). Так, например, метилирование H3K36 может активировать транскрипцию, если эта метка встречается в кодирующей области генов, и в тоже время подавлять транскрипцию, располагаясь в промоторной области (Vakoc et al., 2005).

Хроматиновые модификации могут воздействовать на структуру хроматина прямо, через изменение общего заряда гистона и косвенно, создавая на поверхности нуклеосомы сигналы для связывания негистоновых белков (Turner, 1993; Turner et al., 1992).

Примером прямого воздействия на структуру хроматина является ацетилирование гистоновых белков. При ацетилировании нарушается электростатическое взаимодействие

между положительно заряженными гистонами и отрицательно заряженной ДНК за счет нейтрализации положительных зарядов лизинов (Hong et al., 1993). При этом более важным является общее снижение заряда гистона (Kristjuhan et al., 2002), чем эффект отдельных видов ацетилирования, за исключением НЗК16ас, обеспечивающего деконденсированное состояние хроматина (Dion et al., 2005). В областях гиперацетилирования гистоны легче диссоциируют с ДНК, освобождая доступ к ней различных комплексов. Так, ацетилирование II3K56 на латеральной поверхности нуклеосомы, встречается в сайтах повреждения и репарации хроматина (Masumoto et al., 2005; Vempati., 2012), а также в репликационных вилках (CIcmcntc-Ruiz et al., 2011). Структурные изменения, вызываемые II3K56ac, увеличивают нуклеосомную мобильность, что важно также и для инициации транскрипции (Xu et al., 2005; Watanabe et al., 2010; Xie et al., 2009). Помимо ацетилирования, добавление больших молекул, таких как SUMO и убиквитин, также прямо влияет на конформацию хроматина. Моноубиквитинилирование гистона Н2В встречается как на промоторах генов, так и в пределах ORF (Xiao et al., 2005; Као et al., 2004; Batta et al., 2011). Введение убиквитина предотвращает упаковку хроматиновой нити в высокоорганизованные структуры, при этом механизм этого действия схож с механизмом ацетилирования (Fierz et al., 2011). Помимо прямого влияния на структуру хроматина, убиквитинилирование может действовать косвенно, через взаимодействие с белковыми комплексами. Так было показано, что убиквитинилирование необходимо для восстановления нуклеосомного порядка после прохождения комплексов РНК-полимеразы II в ходе элонгации (Batta et al., 2011; Chandrasckharan et al., 2009; Fleming et al., 2008). Этот процесс регулируется гистоновым шапероном Sptl 6, при этом при отсутствии убиквитинилирования структура хроматина не восстанавливается (Fleming et al., 2008).

Фосфорилирование вносит негативный заряд в модифицируемое основание, и поэтому по влиянию на структуру нуклеосомы эффект фосфорилирования также схож с ацетилированием (Banerjee et al., 2011). Добавление негативно заряженных фосфатных групп вызывает отталкивание гистонов от ДНК, снижая уровень их ассоциации. Так, фосфорилированные гистоны менее активны в защите ДНК от ДНКазы I (Mirsky et al., 1972). Фосфорилирование треонина 118 гистона НЗ нарушает обмотку ДНК вокруг нуклеосомы, ускоряет ремоделинг и делает ДНК более открытой (North et al., 2011).

Метилирование аминокислотных остатков в N-конце гистонов не изменяет заряд молекулы, по служит сигналом для белковых комплексов. Интересным аспектом метилирования является возможность существования в моно-, ди-, и триметилнрованном состоянии. Скорее всего, на уровень метилирования влияет степень доступности

аминокислотного остатка. Так, если метилтрансфераза временно связывается с сайтом, это выражается в монометилировании, в то время как при более длительном и прочном связывании основание гримегилируегся (Zentner and Ilcnikoff, 2013).

Метилирование гистонов у Drosophila осуществляется тремя типами мегилазных комплексов - Trithorax (Trx), Trithorax-related, dSetl - аналог комплекса SETI млекопитающих. Метилтрансферазы имеют четкую специфичность, по сравнению с ацетилтрансферазами. Обычно они модифицируют только один конкретный лизин в определенном гистоне (Bannister and Kouzarides, 2005).

К модификациям, связанным с активацией транскрипции относятся три сайта метилирования гистона ИЗ - II3K4, II3K36, II3K79. II3K4me3 является меткой промоторов и коррелирует с активной экспрессией. Димегилироваиие по этому же лизину обнаруживаем по всему кодирующему региону, в то время как мономегилирование локализуется преимущественно в 3'-областях генов (Kouzarides Т., 2007). Монометилирование II3K4 также у высших эукариот является признаком энхапсеров (Kharchenko et al., 2011). H3K36 обнаруживается в З'-областях активных генов. Предполагается, что одной из функций данной модификации является предотвращение инициации транскрипции с неправильных «криптических» старт-сайтов внутри кодирующей области (Carrozza et al., 2005, Cuthbert et al., 2004, Joshi and Struhl, 2005; Keogh et al., 2005).

К модификациям, связанным с репрессией генов, относят метилирование по сайтам НЗК9, НЗК27, and II4K20. Так, метилирование II3K9 является специфической меткой гетерохроматина. IIP1 связывается специфически, через хромодомен, с гистоном ИЗ, метилированным по лизину 9 (НЗК9те). Было показано, что гетерохроматин не формируется в случае нокдауна метилтрансферазы, ответственной за образование этой модификации (Liu et al., 2010). Метилирование II3K27 участвует в сайленсинге НОХ-генов. Кроме того, эта модификация вовлечена в инактивацию X хромосомы и геномный имиршпинг. О роли метилирования Н4К20 известно мало. Показано, что эта модификация играет роль в образовании гетерохроматина и репарации ДНК (Huang et al., 2006; Kim et al., 2006).

IIa связывание с любым модифицированным аминокислотным остатком неизбежно будет влиять модификации па соседних основаниях, и итоговое состояние будет определяться комбинативным действием всех имеющихся модификаций. Так, например, фосфорилирование серина 10 гистона НЗ может препятствовать связыванию белка IIP1 с 9 лизином того же гистона (Matcescu et al., 2004). Другим примером влияния модификаций друг на друга является взаимодействие между модификациями НЗК4теЗ и ПЗК27теЗ.

Так, in vitro было показано, что ЫЗК4шеЗ ингибируст триметилированис II3K27 комплексами PRC2 (Polycomb repressive complex 2) предотвращая генный сайленсинг (Schmitgcs et al., 2011).

2.2 Энхансеры- ДНК элементы, вовлеченные в эпигенетическую регуляцию экспрессии генов

2.2.1 Свойства энхапсеров. Модели действия эпханссрок

Энхансеры - это последовательности ДНК, которые после связывания со специфическими белками, могут активировать транскрипцию. Энхансеры обладают следующими важными свойствами:

• Способность эффективно активировать транскрипцию, располагаясь на значительном расстоянии от промотора. (Jack et. al. 1991) Причем, эта активация не зависит от ориентации энхансера на ДНК и его расположения относительно промотора.

• Энхансеры могут действовать на любых расстояниях.

• Один энхансер способен активировать множество промоторов.

Впервые энхансеры были описаны при изучении вируса SV40. Энхансер SV40 содержит два повтора по 72 п.п. каждый и расположен на расстоянии примерно 200 п.н. от 5' конца гена, кодирующего Т-антиген, который необходим для репликации вируса, а также транскрипции генов вируса на поздних стадиях развития инфекции в зараженных клетках (Banerji, J. et al., 1981).

Энхансеры, как правило, обнаруживаются на значительном расстоянии от регулируемого гена, однако при этом часто располагаются внутри интронов. Так, например, энхансер гена Shh мыши, расположенный внутри интрона другого гена, удален от промотора Shh на расстояние свыше 1 тыс. п.н. (Letticc et al., 2003; Sagai et ah, 2005). К настоящему времени энхансеры обнаружены как у эукариот, так и у прокариот.

Характерными эпигенетическими метками энхапсеров являются II3K4mel НЗК27ас, и связывание белка СВР/р300 (Heintzman et al., 2007; ModENCODE Consortium et al., 2010). Однако геномное картирование этих меток показало, что существуют энхансеры лишенные этих модификаций. Кроме того, некоторые последовательности, несущие эти эпигенетические метки, не обладают свойствами энхапсеров (Spicuglia and Vanhille, 2012). Поэтому вопрос об эпигенетических маркерах энхансеров остается открытым и требует дальнейшего изучения.

Помимо эпигенетических меток, энхансеры содержат области рыхлой структуры хроматина и области чувствительные к ДНКазе I. Чувствительность к ДНКазе может

обеспечиваться связыванием транскрипционных факторов, которые вытесняют нуклеосомы с последовательности энхансера (Stamatoyannopoulos et al., 1995; Leach et al., 2001).

Для объяснения механизма работы энхансеров было предложено несколько различных моделей (Рис.2):

• модель петлеобразования

• модель трекинга

• модель сканирования

• модель сцепления

• модель скольжения

Модель петлеобразования, предполагает, что в ходе взаимодействия между энхансером и промотором внутренний участок ДНК между этими элементами выгибается и образует петлю (Bulger and Groudine, 1999; Blackwood and Kadonaga, 1998; de Laat et al., 2008). Образование петли между энхансером и промотором может происходить либо случайно, за счет свободной диффузии в ядре, либо направленно, с участием белковых комплексов. Так, например, управлять петлеобразованием могут комплексы РНК-полимеразы II, связывающиеся как с энхансером, так и с промотором. Объединение этих отдельных комплексов в транскрипционные фабрики может обеспечивать взаимодействие между этими элементами (Bulger and Groudine, 2011). Взаимодействие между энхансером и промотором также может обеспечиваться за счет активного механизма трекинга, в котором энхансер движется в одном направлении вдоль нити хроматина, пока не достигнет промотора (Blackwood and Kadonaga, 1998; Bulger and Groudine, 2011).

Образование петли между энхансером и промотором было обнаружено в ходе исследований ядерной организации хроматина с помощью метода ЗС (Chromosome conformation capture) и его модификаций использующих глубокое секвенирование (CuIIen et al., 1993; Dckker ct al., 2002; Miele and Dckkcr, 2009). В ходе этого исследования было обнаружено, что энхансеры колокализуюгся с регулируемыми ими промоторами, что подтверждает тот факт, что регуляция экспрессии генов происходит за счет прямого взаимодействия между этими функциональными элементами. Кроме того, была выявлена четкая корреляция между активной транскрипцией и способностью энхансера прямо взаимодействовать с промотором. Так, например, в локусе Р-глобина человека нокаут транскрипционных факторов, в результате которого нарушается транскрипция гена вызывает потерю колокализации промотора гена [3-глобина с LCR. (Drisscnet al., 2004; Vakoc et al., 2005).

Существует также множество моделей, не требующих прямого взаимодействия между энхансером и промотором. Так, модель сцепчения (Рис.2), предполагает, чго комплексы белковых факторов, присоединяющиеся к энхансеру, запускают процесс полимеризации специальных активаторных белков на ДИК (Ptashnc, 1986; Dorsett, 1999; Bulger and Groudinc, 1999). В течение этой полимеризации на ДИК образуется серия маленьких петель. В конце концов, белковые комплексы достигают промотора и запускают транскрипцию (Ptashnc, 1986). Также ранее была предложена модель сканирования. В этом случае комплексы РНК-полимеразы с транскрипционными факторами собираются на энхансере, и двигаются от него в двух направлениях вдоль хроматиновой нити, пока не достигнут промотора (Moreau et al., 1981). Данная модель основывается на том факте, что при наличии двух промоторов энхансером активируется ближайший промотор. Однако были получены данные, согласно которым активация не зависит от близости промотора к энхансеру (Heuchcl ct al., 1989). Кроме того, эта модель сама по себе не опровергает возможность петлеобразования между энхансером и промотором. Также в последние годы были получены данные о синтезе энхансерами, некодирующих т.н. энхансерных РНК, эРНК (enhancer RNA, eRNA). Этот аспект работы энхансеров еще пока малоизучен. Подробнее об эРНК написано в части 1.4.3 литературного обзора.

Тем не менее, все предложенные модели не объясняют высокую специфичность взаимодействия между энхансером и промотором. Так, ДНК последовательности, удаленные друг от друга более чем на 1г.п.н. не могут эффективно взаимодействовать in vitro на линейной ДНК (Belomy and Record, 1990). Следовательно, действие энхансера на больших расстояниях требует специальных механизмов, облегчающих взаимодействие с

промотором (Liu et al., 2001). Компьютерное моделирование показало, что расстояние между двумя удаленными районами может значительно сокращаться за счет суперскручивания ДНК. Суперскручивание приводит к образованию отдельных «ветвей» ДНК, вследствие чего увеличивается возможность соприкосновения между удаленными участками (Iluang et al., 2001; Polikanov et al., 2007). Взаимодействие между энхансером и промотором происходит за счет скольэ/сепия - быстрого движения скрученных ДНК цепей вдоль друг друга (Bondarcnko et al., 2003а). Эта модель была предложена по результатам экспериментов на lac оперопе. Так, введение lac репрессора вызывало сильное ингибирование промотора, расположенного в изолированной «ветви», в то время как промотор, расположенный в одной «ветви» с энхансером был активен (Bondarenko et al., 2003b).

2.2.2 Белки, связанные с работой энхансеров

Ранее мы рассмотрели различные модели действия энхансеров. Все они подразумевают наличие активаторов - энхансер-связывающих белков, которые и обеспечивают их функционирование. Механизмы этого обеспечения могут быть различны: - это взаимодействие, как с общими факторами транскрипции, так и с любыми другими компонентами транскрипционного комплекса, привлечение РНК полимеразы к функциональным элементам промотора, изменение структуры хроматина путем модификации гистонов и т. д. В результате, функционирование активаторов обеспечивает регуляцию работы генов, находящихся под контролем энхансера (Spitz and Furlong, 2012).

Первые данные о взаимодействии энхансера с различными активаторными белками были получены для энхансера SV40. Так, были идентифицированы сиквенс-специфичные транскрипционные факторы, которые связываются с различными сайтами внутри 72 п.н. повтора: белок bZip, транскрипционный фактор API и фактор NF-кВ (Lee et al., 1987; Phares et al., 1991). Работа этих транскрипционных факторов может регулироваться с помощью сигнальных путей рецепторных тирозинкипаз (RTKs), Toll итд (Minden and Karin, 1997; Vallabhapurapu et al., 2009), что указывает на важность участия энхансеров в интегративных процессах в клетке.

В общем, все белковые взаимодействия могут осуществляться либо посредством прямого совместного связывания TF соседних сайтов, через белок-белковые взаимодействия (Johnson et al., 1981; Ochler et al., 2006). Далее TF связываются с коактивагорами, которые стабилизируют взаимодействие между активаторными белками (Dihvorth et al., 2001; Struhl et al., 2005). В другом случае, белковые взаимодействия

могут осуществляться косвенно, когда один ТР связывается с определенным сайтом на нити ДНК и облегчает связывание другого фактора с соседним сайтом (БсИлузЫзИ е! а1., 2007; 8Ьиеу ег а!., 1987).

Энхонсеосолда

Яилбпрл

энхансер 1

Коллективное связывание TF энхансер 1

хш

^wwcep 2

3NKQHœp 3

- Кооперативное связывание ДНК

- Послсзовател ьность ДНК действует как место сборки ТР

- Фиксированный набор 1Т • Фиксированный состав и расположение сайтов свишшт -

-Дм работы знхансера необходим полный шбор ТР

- Произвольное связывание ДНК

- Поспедователыюсть ДНК действует как место сборки ТР

- Произвольный набор ТТ

- Фиксированный состав и расположение сайтов связывания,- Для работы знхансера необходимы

толыю некоторые ТР

- Кооперативное связывание ДНК

- Последовательность ДНК и отдельные ТР действуют как место сборки

- Произвольный набор ТР ■ Произвольный состав и

расположение сайтов связывания.-

- Дм работы знхансера необходим полшй набор ТР

Рис 3. Модели строения энхансеров (Spitz and Furlong, 2012).

Существуют три модели, объясняющие механизмы связывания белковых факторов (Arnosti et al., 2005).

• Модель энхансеосомы

• Модель «билборда»

• Коллективное связывание TF.

Модель энхансеосомы (Рис.3) основывается на строении энхансера интерферона-ß, который представляет собой ригидную платформу для сбора определенных белковых комплексов и имеет четкие требования к структуре, порядку и расположению сайтов связывания белков (Panne et al., 2007). Энхансеосомы, таким образом, по всей длине показывают практически полную ригидность (Panne et al., 2007). Однако подобная ригидность и консервативность структуры энхансеров встречается достаточно редко (Visel et al., 2008). Модель «билборда» представляет собой противоположную форму структурной организации (Рис.3). Структура энхансера здесь понимается как всего лишь комплекс, состоящий из регуляторных белковых факторов, которые могут связываться в любой последовательности, ориентации или в любом расположении в пространстве. Однако сайты связывания белков определяются последовательностью ДНК и имеют фиксированный состав и расположение. При этом даже если отдельные факторы сами по себе различны, суммарное действие активирующих или подавляющих комплексов

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Федосеева, Дарья Михайловна, 2013 год

Список литературы

Abarrategui I., Krangel M.S. (2007) Noncoding transcription controls downstream promoters to regulate T-cell receptor alpha recombination. EMBO J., 26(20), 4380-4390.

Adryan В., Woerfel G., Birch-Machin I., Gao S., Quick M., Meadows L., Russell S., White R. (2007) Genomic mapping of Suppressor of Hairy-wing binding sites in Drosophila. Genome Biol., 8(8), R167.

Aebi U., Colin J., Buhle L. and Gerace L. (1986). The nuclear lamina is a meshwork of intermediate-type filaments. Nature, 323, 560-564.

Ahmet A., Arnosti D.N. (2010) Nucleosome positioning: an essential component of the enhancer regulatory code? Current Biology, 20, 404-406.

Allis D.C., Jenuwein Т., Reinberg D. (2006) Epigenetics. USA, CSHL Press.

Althaus F.R. (2005) Poly(ADP-ribose): a co-regulator of DNA methylation? Oncogene, 24(1), 11-12.

Aravin A.A., Sachidanandam R., Bourc'his D., et al. (2008) A piRNA pathway primed by individual transposons is linked to de novo DNA methylation in mice. Mol. Cell, 31, 785-799.

Arnosti D.N., and Kulkarni M.M. (2005). Transcriptional enhancers: Intelligent enhanceosomes or flexible billboards? J. Cell Biochem., 94, 890-898.

Ashe A., Sapetschnig A., Weick E.M., Mitchell J., Bagijn M.P., Cording A.C., Doebley A.L., Goldstein L.D., Lehrbach N.J., Le Pen J., Pintacuda G., Sakaguchi A., Sarkies P., Ahmed S., Miska E.A. (2012) piRNAs can trigger a multigenerational epigenetic memory in the germline of C. elegans.Cell, 150, 88-99.

Ashe H.L., Monks J., Wijgerde M., Fraser P., Proudfoot N.J. (1997) Intergenic transcription and transinduction of the human beta-globin locus. Genes Dev., 11(19), 2494-2509.

Avramova Z, Tikhonov A. (1999) Are scs and scs' 'neutral' chromatin domain boundaries of the locus? Trends Genet., 15(4), 138-9.

Baek D, Villen J, Shin C, Camargo FD, Gygi SP, Bartel DP. (2008) The impact of microRNAs on protein output. Nature, 455(7209), 64-71.

Banerjee, T. and Chakravarti, D. (2011) A peek into the complex realm of histone phosphorylation. Mol. Cell Biol., 31, 4858-4873.

Banerji, J., Rusconi, S., and Schaffner, W. (1981). Expression of a beta-globin gene is enhanced by remote SV40 DNA sequences. Cell, 27, 299-308.

Bannister A.J., Kouzarides T. (2005) Reversing histone methylation. Nature, 436, 11031106

Barges S., Mihaly J., Galloni M., Hagstrom K., Miiller M., Shanower G., Schedl P., Gyurkovics H., Karch F. (2000) The Fab-8 boundary defines the distal limit of the bithorax

complex iab-7 domain and insulates iab-7 from initiation elements and a PRE in the adjacent iab-8 domain. Development, 127(4), 779-790.

Barski A., Cuddapah S., Cui K., Roll T.Y., Schones D.E., Wang Z., Wei G., Chepelev I., and Zhao K. (2007). High-resolution profiling of histone methylations in the human genome. Cell, 129, 823-837.

Bartel D.P. (2009) MicroRNAs: Target recognition and regulatory functions. Cell, 136, 215-233

Bartkuhn M., Straub T., Herold M., Herrmann M., Rathke C., Saumweber H., Gilfillan G.D., Becker P.B., Renkawitz R (2009) Active promoters and insulators are marked by the centrosomal protein 190. EMBO J., 28, 877-888

Batta K., Zhang Z., Yen K., Goffman D.B., Pugh B.F. (2011) Genome-wide function of II2B ubiquitylation in promoter and genie regions. Genes Dev., 25(21), 2254-65.

Bedford D.C., Kasper L.I I., Fukuyama T., Brindle P.K. (2010) Target gene context influences the transcriptional requirement for the KAT3 family of CBP and p300 histone acetyltransferases. Epigenetics, 5(1), 9-15.

Bell P., Scheer U. (1999) Developmental changes in RNA polymerase 1 and TATA box-binding protein during early Xenopus embryogenesis. Exp. Cell Res., 248(1), 122-135.

Bell, A.C., and Felsenfeld, G. (2000). Methylation of a CTCF-dependent boundary controls imprinted expression of the Igf2 gene. Nature, 405, 482-485.

Bellomy G.R., Record M.T. (1990) Stable DNA loops in vivo and in vitro: roles in gene regulation at a distance and in biophysical characterization of DNA. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol., 39, 81-128.

Belmont A.S., Zhai Y., Thilenius A. (1993) Lamin B distribution and association with peripheral chromatin revealed by optical sectioning and electron microscopy tomography. J. Cell. Biol., 123, 1671-1685.

Belozerov, V. E. Majumder P., Shen P., and Ilaini N. Cai H.N. (2003) A novel boundary element may facilitate independent gene regulation in the Antennapedia complex of Drosophila. EMBO J., 22(12), 3113-3121.

Bernstein B.E., Kamal M., Lindblad-Toh K., et al. (2005) Genomic maps and comparative analysis of histone modifications in human and mouse. Cell, 120, 169-81.

Bi X., Broach J.R. (2001) Chromosomal boundaries in S. cerevisiae. Curr. Opin. Genet. Dev., 11(2), 199-204.

Birney E., Stamatoyannopoulos J.A., Dutta A., Guigo R., Gingeras T.R., Margulies E.H., Weng Z., Snyder M., Dermitzakis E.T., Thurman R.E., et al. (2007). Identification and analysis

of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. Nature, 447, 799-816.

Blackwood E.M., Kadonaga J.T. (1998) Going the distance: a current view of enhancer action. Science, 281(5373), 60-63.

Bond A.M., Vangompel M.J., Sametsky E.A., et al. (2009). Balanced gene regulation by an embryonic brain ncRNA is critical for adult hippocampal GABA circuitry. Nat. Neurosci., 12 (8), 1020-1027.

Bondarenko V.A., Jiang Y.I., Studitsky V.M. (2003) - b Rationally designed insulatorlike elements can block enhancer action in vitro. EMBO J., 22(18), 4728-4737.

Bondarenko V.A., Liu Y.V., Jiang Y.I., Studitsky V.M. (2003)-a Communication over a large distance: enhancers and insulators. Biochem Cell Biol., 81(3), 241-51.

Bossie C. A. and Sanders M. M. (1993) A cDNA from Drosophila melanogaster encodes a Lamin C-like intermediate filament protein. J. Cell Sei., 104, 1263-1272.

Bouvier D., Hubert J., Seve A.P., Bouteille M. (1985) Characterization of lamina-bound chromatin in the nuclear shell isolated from HeLa cells. Exp. Cell Res., 156, 500-512.

Brennecke J., Aravin A.A., Stark A., Dus M., Kellis M., Sachidanandam R., Hannon G.J.(2007). Discrete small RNA-generating loci as master regulators of transposon activity in Drosophila. Cell, 128, 1089-1103.

Brennecke J., Stark A., Russell R.B. and Cohen S.M. (2005) Principles of MicroRNA-Target Recognition. PLoS Biol., 3(3), e85.

Büchner K., Roth P., Schotta G., Krauss V., Saumweber H., Reuter G., Dorn R.. (2000) Genetic and molecular complexity of the position effect variegation modifier mod(mdg4) in Drosophila. Genetics, 155(1), 141-57.

Bulger, M., and Groudine, M. (1999). Looping versus linking: toward a model for longdistance gene activation. Genes Dev., 13, 2465-2477.

Burke B. (1990) On the cell-free association of lamins A and C with metaphase chromosomes. Exp. Cell Res., 186, 169-176.

Bushey AM, Ramos E, Corces VG. (2009) Three subclasses of a Drosophila insulator show distinct and cell type-specific genomic distributions. Genes Dev., 23(11), 1338-1350.

Byrd K, V, Corces G. (2003) Visualization of chromatin domains created by the gypsy insulator of Drosophila. J. Cell Biol., 162(4), 565-574

Cai II.N., Shen P. (2001) Effects of eis arrangement of chromatin insulators on enhancer-blocking activity. Science, 291, 493^195.

Campbell M.J., Turner B.M. (2013) Altered histone modifications in cancer. Adv. Exp. Med. Biol., 754, 81-107.

Capelson M, Corces VG. (2004) Boundary elements and nuclear organization. Biol Cell, 96(8), 617-629.

Capelson M, Corces VG. (2005) The ubiquitin ligase dTopors directs the nuclear organization of a chromatin insulator. Mol Cell., 20, 105-116.

Capelson M., Corces V.G. (2006) SUMO conjugation attenuates the activity of the gypsy chromatin insulator. EMBO J., 25(9), 1906-1914.

Caretti, G., Lei, E.P. and Sartorelli, V. (2007) The DEAD-box p68/p72 proteins and the noncoding RNA steroid receptor activator SRA: eclectic regulators of disparate biological functions. Cell Cycle, 6, 1172-1176

Carrozza M.J., Li B., Florens L., Suganuma T., Svvanson S.K.,. Lee K.K, Shia W.J., Anderson S., Yates J., Washburn M.P., Workman J.L.(20030) Histone 113 methylation by Set2 directs deacetylation of coding regions by Rpd3S to suppress spurious intragenic transcription. Cell, 123, 581-592

Cavarec L., Heidmann T. (1993) The Drosophila copia retrotransposon contains binding sites for transcriptional regulation by homeoproteins. Nucleic Acids Res., 21, 5041-5049.

Chandrasekharan M.B., Huang F., Sun Z.W. (2009) Ubiquitination of histone H2B regulates chromatin dynamics by enhancing nucleosome stability. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 106, 16686-16691.

Chen E. et al. (2005) Multiple Promoter Targeting Sequences exist in Abdominal-B to regulate long-range gene activation. Dev. Biol., 286(2), 629—636.

Chen W., Bocker W., Brosius J., Tiedge II. (1997) Expression of neural BC200 RNA in human tumours. J Pathol., 183(3), 345-351.

Chong M.M., Simpson N., Ciofani M., Chen G., Collins A., Littman D.R. (2010) Epigenetic propagation of CD4 expression is established by the Cd4 proximal enhancer in helper T cells. Genes Dev., 24, 659-669.

Chowdhury A, Tharun S. (2008) lsml mutations impairing the ability of the Lsmlp-7p-Patlp complex to preferentially bind to oligoadenylated RNA affect mRNA decay in vivo. RNA., 14(10), 2149-2158.

Cleard F., Moshkin Y., Karch F., Maeda R.K. (2006) Probing long-distance regulatory interactions in the Drosophila melanogaster bithorax complex using Dam identification. Nat. Genet., 38(8), 931-935.

Clemente-Ruiz M., Gonzalez-Prieto R., Prado F. (2011) Histone H3K56 acetylation, CAF1, and Rttl06 coordinate nucleosome assembly and stability of advancing replication forks.PLoS Genet, 7, el002376

Cohen M., Lee K. K., Wilson K. L. and Gruenbaum Y. (2001) Transcriptional repression, apoptosis, human disease and the functional evolution of the nuclear Lamina. Trends Biochem. Sei., 26, 41-47.

Comet I., Savitskaya E., Schuettengruber B., Negre N., Lavrov S., Parshikov A., Juge F., Gracheva E., Georgiev P., Cavalli G. (2006) PRE-mediated bypass of two Su(IIw) insulators targets PcG proteins to a downstream promoter. Dev. Cell., 11, 1-8.

Conley A.B., Miller W.J., and Jordan I.K. (2008) Human eis natural anti-sense transcripts initiated by transposable elements. Trends Genet., 24, 53-56.

Cosgrove M.S. (2007) Histone proteomics and the epigenetic regulation of nucleosome mobility. Expert Rev. Proteomics, 4, 465^78

Cropley J. E., Suter C.M., Beckman K.B., Martin D. I. K. (2006). Germ-line epigenetic modification of the murine Avy allele by nutritional supplementation. Proc. Natl Acad. Sei. USA, 103, 17308-17312.

Cuddapah S, Jothi R, Schönes DE, Roh TY, Cui K, Zhao K. (2009) Global analysis of the insulator binding protein CTCF in chromatin barrier regions reveals demarcation of active and repressive domains. Genome Res., 19, 24-32.

Cullen K.E., Kladde M.P., Seyfred M.A. (1993) Interaction between transcription regulatory regions of prolactin chromatin. Science, 261, 203-206.

Cuthbert G.L., Daujat S., Snowden A.W., Erdjument-Bromage H., Hagiwara T., Yamada M., Schneider R., Gregory P.D., Tempst P., Bannister A.J., Kouzarides T. (2004) Histone deimination antagonizes arginine methylation. Cell, 118, 545-553

Cuvier O., Hart C.M., Laemmli U.K. (1998) Identification of a class of chromatin boundary elements // Mol. Cell. Biol., 18, 7478-7486.

de Laat W., Klous P., Koorcn J., Noordermeer D., Palstra R.J., Simonis M., Splinter E., Grosveld F. (2008) Three-dimensional organization of gene expression in erythroid cells. Curr. Top. Dev. Biol., 82, 117-139.

Dean A. (2006) On a chromosome far, far away: LCRs and gene expression. Trends Genet., 22(1), 38-45.

Dechat T., Pfleghaar K., Sengupta K., Shimi T., Shumaker D. K., Solimando L. and Goldman R. D. (2008) Nuclear Lamins: major factors in the structural organization and function of the nucleus and chromatin. Genes Dev., 22, 832-853.

Defossez PA, Kelly KF, Filion GJ, Pérez-Torrado R, Magdinier F, Menoni H, Nordgaard CL, Daniel JM, Gilson E. (2005) The human enhancer blocker CTC-binding factor interacts with the transcription factor Kaiso. J. Biol. Chem., 280(52), 43017-43023.

Dekker J., Rippc K., Dekker M., Kleckncr N. (2002). Capturing chromosome conformation. Science, 295, 1306-1311.

Delbarre E., Tramier M., Coppey-Moisan M., Gaillard C., Courvalin J.C., Buendia B .(2006) The truncated prelamin A in Hutchinson-Gilford progeria syndrome alters segregation of A-type and B-type lamin homopolymers. Hum. Mol. Genet., 15, 1113-1122.

Derrien T, Johnson R, Bussotti G, Tanzer A, Djebali S, et al. (2012) The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Research, 22, 1775-1789.

Dessev G., Iovcheva D.C., Bischoff J.R., Beach D., Goldman R. (1991) A complex containing p34cdc2 and cyclin B phosphorylates the nuclear lamin and disassembles nuclei of clam oocytes in vitro, J. Cell Biol., 112, 523-533

Dilworth F.J., and Chambon P. (2001). Nuclear receptors coordinate the activities of chromatin remodeling complexes and co-activators to facilitate initiation of transcription. Oncogene, 20, 3047-3054.

Ding L., Paszkowski-Rogacz M., Nitzsche A., Slabicki M.M., Heninger A.K., de Vries I., Kittler R., Junqueira M., Shevchenko A., Schulz H., et al. (2009). A genome-scale RNAi screen for Oct4 modulators defines a role of the Pafl complex for embryonic stem cell identity. Stem Cell, 4,403-415.

Dion M.F., Altschuler S.J., Wu L.F., Rando O.J. (2005) Genomic characterization reveals a simple histone H4 acetylation code. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 102, 5501-5506

Donze D., Adams C.R., Rine J., Kamakaka R.T: (1999) The boundaries of the silenced HMR domain in Saccharomyces cerevisiae. Genes Dev., 13, 698-708.

Dorsett D. (1999) Distant liaisons: long-range enhancer-promoter interactions in Drosophila. Curr Opin Genet Dev., 9(5), 505-14.

Dorsett, D. (1990). Potentiation of a polyadenylation site by a downstream protein-DNA interaction. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 87(11), 4373-4377.

Dorsett D., Viglianti G.A., Rutledge B.J., Meselson M. (1989). Alteration of IIsp82 gene expression by the gypsy transposon and suppressor genes in Drosophila melanogaster. Genes Dev., 3, 454-468.

Drissen R., Palstra R.J., Gillemans N., Splinter E., Grosveld F., Philipsen S., de Laat W. (2004) The active spatial organization of the beta-globin locus requires the transcription factor EKLF. Genes Dev., 18(20), 2485-2490.

ENCODE Project Consortium (2012) An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome. Nature, 489(7414), 57-74.

ENCODE Project Consortium. (2007). Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. Nature, 447, 799-816.

Ernst J., Kheradpour P., Mikkelsen T.S., Shoresh N., Ward L.D., Epstein C.B., Zhang X., Wang L, Issner R., Coyne M., Ku M., Durham T., Kellis M., Bernstein B.E. (2011) Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types. Nature, 473(7345), 43-49.

Eulalio A., Helms S., Fritzsch C., Fauser M., Izaurralde E. (2009) A C-terminal silencing domain in GW182 is essential for miRNA function. RNA, 15(6), 1067-77.

Fabre E, Hurt E C. (1994) Nuclear transport. Curr. Opin. Cell Biol., 6, 335-342

Fawcett, D. W. (1966). On the occurrence of a fibrous lamina on the inner aspect of the nuclear envelope in certain cells of vertebrates. Am. J. Anat. 119, 129-145.

Fazzari,M.J. and Greally, J. M. (2004) Epigenomics: beyond CpG islands. Nature Rev. Genet., 5, 446^55.

Feng, J., Bi, C., Clark, B.S., Mady, R., Shah, P., Kohtz, J.D. (2006) The Evf-2 noncoding RNA is transcribed from the Dlx-5/6 ultraconserved region and functions as a Dlx-2 transcriptional coactivator, Genes Dev., 20(11), 1470-1484.

Fierz B., Chatterjee C., McGinty R.K., Bar-Dagan M., Raleigh D.P., Muir T.W. (2011) Histone H2B ubiquitylation disrupts local and higher-order chromatin compaction. Nat. Chem. Biol., 7, 113-119.

Fleming A.B., Kao C.F., Hillyer C., Pikaart M., Osley M.A.. (2008) H2B ubiquitylation plays a role in nucleosome dynamics during transcription elongation. Mol. Cell, 31, 57-6

Gaszner M., Felsenfeld G. (2006) Insulators: exploiting transcriptional and epigenetic mechanisms. Nat Rev Genet., 7(9), 703-713.

Gaszner M., Vazquez J., Schedl P. (1999) The Zw5 protein, a component of the scs chromatin domain boundary, is able to block enhancer-promoter interaction. Genes Dev., 13(16), 2098-2107.

Gause M., Morcillo P., Dorsett D. (2001) Insulation of enhancer-promoter communication by a gypsy transposon insert in the Drosophila cut gene: cooperation between suppressor of hairy-wing and modifier of mdg4 proteins. Mol. Cell Biol., 21(14), 4807-4817.

Georgiev P.G., Gerasimova T.I. (1989) Novel genes influencing the expression of the yellow locus and mdg4 (gypsy) in Drosophila melanogaster. Mol. Gen. Genet., 220(1), 121-126.

Gerace L, Blobel G. (1980) The nuclear envelope lamina is reversibly depolymerized during mitosis. Cell.; 19, 277-87.

Gerace L, Burke B. (1988) Functional organization of the nuclear envelope. Annu. Rev. Cell Biol., 4, 335-374.

Gerace L, Foisner R. (1994) Integral membrane proteins and dynamic organization of the nuclear envelope. Trends Cell Biol., 4, 127-131.

Gerace L. (1986) Nuclear lamina and organization of nuclear architecture. Trends Biochem. Sci., 11, 443-446.

Gerasimova T.I., Byrd K., and Corces V.G. (2000) A chromatin insulator determines the nuclear localization of DNA. Mol. Cell., 6(5), 1025-35.

Gerasimova T.I., Corces V.G. (1998) Polycomb and trithorax group proteins mediate the function of a chromatin insulator. Cell, 92(4), 511-521.

Gerasimova T.I., Lei E.P., Bushey A.M., Corces V.G. (2007) Coordinated control of dCTCF and gypsy chromatin insulators in Drosophila. Mol. Cell, 28(5), 761-772.

Gerasimova T.I., Lei E.P., Bushey A.M., Corces V.G. (2007) Coordinated control of dCTCF and gypsy chromatin insulators in Drosophila. Mol. Cell., 28(5), 761-772.

Gerasimova TI, Gdula DA, Gerasimov DV, Simonova O, Corces VG. (1995) A Drosophila protein that imparts directionality on a chromatin insulator is an enhancer of position-effect variegation. Cell, 1995, 82(4), 587-597.

Geyer P.K, Clark I. (2002) Protecting against promiscuity: the regulatory role of insulators. Cell Mol. Life Sci., 59(12), 2112-2127.

Geyer P.K. (1997) The role of insulator elements in defining domains of gene expression. Curr Opin. Genet. Dev., 7(2), 242-248.

Ghosh D., Gerasimova T.I., Corces V.G. (2001) Interactions between the Su(Hw) and Mod(mdg4) proteins required for gypsy insulator function. EMBO J., 20(10), 2518-2527.

Gilbert M.K., Tan Y.Y., Hart C.M. (2006) The Drosophila boundary element-associated factors BEAF-32A and BEAF-32B affect chromatin structure. Genetics, 173(3), 1365-75.

Glass C.K., Rosenfeld M.G. (2000) The coregulator exchange in transcriptional functions of nuclear receptors. Genes Dev., 14(2), 121-141.

Glass J.R., Gerace L. (1990) Lamins A and C bind and assemble at the surface of mitotic chromosomes. J. Cell Biol., Ill, 1047-1057.

Glover D.M., Leibowitz M.H., McLean D.A., Parry II. (1995) Mutations in aurora prevent centrosome separation leading to the formation of monopolar spindles. Cell, 81(1), 95105.

Goldberg M W, Allen T D. (1995) Structural and functional organization of the nuclear envelope. Curr.Opin. Cell Biol., 7, 301-309.

Goldberg M., Ilarel A., Brandeis M., Rechsteiner T., Richmond T.J., Weiss A.M., Gruenbaum Y. (1999) The tail domain of lamin DmO binds histones II2A and H2B. Proc. Natl. Acad. Sci., 96, 2852-2857.

Goldberg M., Lu II., Stuurman N., Ashery Padan R., Weiss A. M., Yu J. et al. (1998) Interactions among Drosophila nuclear envelope proteins Lamin, otefin and YA. Mol. Cell Biol., 18, 4315-4323.

Goldberg M.W., Fiserova J., Iluttenlauch I., Stick R. (2008) -a. A new model for nuclear lamina organization. Biochem. Soc. Trans., 36, 1339-1343.

Goldberg M.W., Huttenlauch I., Hutchison C.J., Stick R.(2008)-b. Filaments made from A- and B-type lamins differ in structure and organization. J. Cell. Sci., 121, 215-225.

Goldman R. D., Shumakerv D. K., ErdosM. R., ErikssonM., Goldman A. E., Gordon L. B. et al. 2004 Accumulation of mutant Lamin A causes progressive changes in nuclear architecture in IIutchinson-Gilford progeria syndrome. Proc. Natl. Acad. Sci.USA, 101, 89638968.

Golovnin A., Melnikova L., Volkov I., Kostuchenko M., Galkin A.V., Georgiev P. (2008) 'Insulator bodies' are aggregates of proteins but not of insulators. EMBO Rep., 9(5), 440445.

Goodrich J.A.,andKugel J.F.(2006). Non-coding-RNA regulators of RNA polymerase II transcription. Nat.Rev. Mol.Cell.Biol., 7, 612-616.

Gribnau J., Diderich K., Pruzina S., Calzolari R., Fraser P. (2000) Intergenic transcription and developmental remodeling of chromatin subdomains in the human beta-globin locus. Mok Cell., 5(2), 377-86.

Gruenbaum Y., Landesman Y., Drees B., Bare J. W., Saumweber II., Paddy M. R. et al. (1988) Drosophila nuclear Lamin precursor DmO is translated from either of two developmentally regulated mRNA species apparently encoded by a single gene. J. Cell Biol., 106, 585-596.

Guelen L., Pagie L., Brasset E., Meuleman W., Faza M.B., Talhout W., Eussen B.H., de Klein A., Wessels L., de Laat W., van Steensel B. (2008) Domain organization of human chromosomes revealed by mapping of nuclear lamina interactions. Nature, 453(7197), 948-51.

Gurudatta A B., Shashidhara V., Venna L. S., ParnaikK. (2010) Lamin C and chromatin organization in Drosophila Journal of Genetics, 89(1), 37-49.

Gurudatta B. V., Corces V.G. (2009) Brief Funct Chromatin insulators: lessons from the fly. Genomic Proteomic., 8(4), 276-282.

Guttman M., Amit I., Garber M., French C., Lin M.F., Feldser D., Huarte M., Zuk O., Carey B.W., Cassady J.P., Cabili M.N., Jaenisch R., Mikkelsen T.S., Jacks T., Hacohen N., Bernstein B.E., Kellis M., Regev A., Rinn J.L., Lander E.S. (2009) Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals. Nature, 458(7235), 223227.

I-Iadjur S., Williams L.M., Ryan N.K., Cobb B.S., Sexton T., Fraser P., et al. (2009) Cohesins form chromosomal cis-interactions at the developmentally regulated Ifng locus. Nature, 460 (7253), 410-413.

Halic M. and Moazed D. (2010) Dicer-Independent Primal RNAs Trigger RNAi and Ileterochromatin Formation. Cell, 140(4), 504-516.

Han II., Cortez C.C., Yang X., Nichols P.W., Jones P.A., Liang G. (2011) DNA methylation directly silences genes with non-CpG island promoters and establishes a nucleosome occupied promoter. Hum. Mol. Genet., 20, 4299-4310.

Handoko L„ Xu II., Li G., Ngan C.Y., Chew E., Schnapp M., Lee C.W., Ye C., Ping J.L., Mulawadi F et al. (2011) CTCF-mediated functional chromatin interactome in pluripotent cells. Nat Genet., 43, 630-638.

Hark, A.T., Schoenherr, C.J., Katz, D.J., Ingram, R.S., Levorse, J.M., and Tilghman, S.M. (2000). CTCF mediates methylation-sensitive enhancerblocking activity at the HI9/Igf2 locus. Nature, 405, 486^189.

Harrison D.A., Gdula D.A., Coyne R.S., Corces V.G. (1993) A leucine zipper domain of the suppressor of Hairy-wing protein mediates its repressive effect on enhancer function. Genes & Dev., 7, 1966-1978.

Hart C.M., Cuvierand O., Laemmli U. K., (1999) Evidence foran antagonistic relationship between the boundary element-associated factor BEAF and the transcription factor DREF.Chromosoma, 108, 375-383.

Hawkins P.G., Moms K.V. (2008) RNA and transcriptional modulation of gene expression. Cell Cycle, 7(5), 602-607.

Hawkins P.G., Morris K.V. (2010) Transcriptional regulation of Oct4 by a long non-coding RNA antisense to Oct4-pseudogene 5. Transcription, 1(3), 165-175.

Heintzman N.D., Hon G.C., Hawkins R.D., Kheradpour P., Stark A., Harp L.I7., Ye Z., Lee L.K., Stuart R.K., Ching C.W. et al. (2009) Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression. Nature, 459, 108-112.

Heintzman N.D., Stuart R.K., Hon G., Fu Y., Ching C.W., Hawkins R.D., Barrera L.O., Van Calcar S., Qu C., Ching K.A., Wang W., Weng Z., Green R.D,. Crawford G.E., Ren B. (2007) Distinct and predictive chromatin signatures of transcriptional promoters and enhancers in the human genome. Nat. Genet., 39, 311-318

Herold M., Bartkuhn M.,Renkawitz R. (2012) CTCF: insights into insulator function during development. Development, 139, 1045-1057.

Herrmann H., Aebi U. (2004) Intermediate filaments: molecular structure, assembly mechanism, and integration into functionally distinct intracellular Scaffolds. Annu. Rev. Biochem., 73, 749-89.

Herrmann H., Bar II., Kreplak L., Strelkov S. V. and Aebi U. (2007) Intermediate filaments: from cell architecture to nanomechanics. Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 8, 562-573.

Heuchel R., Matthias P. and Schaffner W. (1989) Two closely spaced promoters are equally activated by a remote enhancer: evidence against a scanning model for enhancer action. Nucleic Acids Res., 17(22), 8931-8947.

Hirota K., Miyoshi T., Kugou K.., Hoffman C.S., Shibata T., Ohta K. (2008) Stepwise chromatin remodelling by a cascade of transcription initiation of non-coding RNAs. Nature, 456(7218), 130-134.

Hoger T.H., Krohne G., Kleinschmidt J.A. (1991) Interaction of Xenopus lamins A and LI I with chromatin in vitro mediated by a sequence element in the carboxyterminal domain. Exp. Cell Res., 197, 280-289.

Holliday R. (1994) Epigenetics: an overview. Dev. Genet., 15(6), 453-457.

Holohan E.E., Kwong C., Adryan B., Bartkuhn M., Herold M., Renkawitz R., Russell S., White R. (2007) CTCF genomic binding sites in Drosophila and the organisation of the bithorax complex. PLoS Genet., 3(7), el 12.

Hong L.,. Schroth G.P, Matthews H.R, Yau P., Bradbury E.M. (1993) Studies of the DNA binding properties of histone H4 amino terminus. Thermal denaturation studies reveal that acetylation markedly reduces the binding constant of the H4 "tail" to DNA. J. Biol. Chem., 268, 305-314

Huang J., T. Schlick and Vologodskii A.V. (2001) Dynamics of site juxtaposition in supercoiled DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98, 968-973.

Huang Y., Fang J., Bedford M.T., Zhang Y., Xu R.M. (2006) Recognition of histone 113 lysine-4 methylation by the double tudor domain of JMJD2A. Science, 312, 748-751

Huarte M., Guttman M., Feldser D., et al. (2010) A large intergenic noncoding RNA induced by p53 mediates global gene repression in the p53 response. Cell, 142(3), 409-419.

Hung T., Wang Y., Lin M.F., et al. (2011) Extensive and coordinated transcription of noncoding RNAs within cell-cycle promoters. Nature Genetics, 43(7), 621-629.

Hutchison C J, Bridger J M, Cox L S, Kill I R. (1994) Weaving a pattern from disparate threads: lamin function in nuclear assembly and DNA replication. J. Cell Sci., 107, 3259-3269.

Iacoangeli A., Lin Y., Morley E.J., Muslimov I.A., Bianchi R., Reilly J., Weedon J., Diallo R., Bocker W., Tiedge H. (2004) RNA in invasive and preinvasive breast cancer. Carcinogenesis, 25(11), 2125-2133.

Ishihara K., Osliimura M., Nakao M. (2006) CTCF-depcndent chromatin insulator is linked to epigenetic remodeling. Mol. Cell, 23, 733-742.

Jack J., Dorsett D., Delotto Y., Liu S. (1991) Expression of the cut locus in the Drosophila wing margin is required for cell type specification and is regulated by a distant enhancer. Development, 113(3), 735-747.

Jaenisch R., Bird A. (2003) Epigenetic regulation of gene expression: how the genome integrates intrinsic and environmental signals. Nat. Genet., 33, 245-254.

Jalali S, Bhartiya D, Lalwani MK, Sivasubbu S, Scaria V. (2013) Systematic transcriptome wide analysis of IncRNA-miRNA interactions. PLoS One.;8(2):e53823.

Jenuwein T., Allis .C.D. (2001) Translating the histone code. Science, 293(5532), 10741080.

Johnson, A.D., Poteete, A.R., Lauer, G., Sauer, R.T., Ackers, G.K., and Ptashne, M. (1981). lambda Repressor and cro-components of an efficient molecular switch. Nature, 294, 217-223.

Joshi A.A., Struhl K. (2005) Eaf3 chromodomain interaction with methylated H3-K36 links histone deacetylation to Pol II elongation. Mol. Cell, 20, 971-978

Kagey M.H., Newman J.J., Bilodeau S., Zhan Y., Orlando D.A., van Berkum N.L., Ebmeier C.C., Goossens J., Rahl P.B., Levine S.S., Taatjes D.J., Dekker J., Young R.A. (2010) Mediator and cohesin connect gene expression and chromatin architecture. Nature, 467(7314), 430-435.

Kaikkonen M.U., Lam M. T.Y., Glass C. K. (2011) Non-coding RNAs as regulators of gene expression and epigenetics. Cardiovasc. Res., 90(3), 430-40.

Kanhere A., Viiri K., Araujo C.C., Rasaiyaah J., Bouwman R.D., Whyte W.A., Pereira C.F., Brookes E., Walker K., Bell G.W., Pombo A., Fisher A.G., Young R.A., Jenner R.G. (2010) Short RNAs are transcribed from repressed polycomb target genes and interact with polycomb repressive complex-2. Mol. Cell., 38(5), 675-688.

Kao C.F., Hillyer C., Tsukuda T., Henry K., Berger S., Osley M.A. (2004) Rad6 plays a role in transcriptional activation through ubiquitylation of histone H2B. Genes Dev., 18, 184195.

Kapinos L.E., Schumacher J., Mucke N., Machaidze G., Burkhard P., et al. (2010) Characterization of the head-to-tail overlap complexes formed by human lamin A, B1 and B2 "half-minilamin" dimers. J. Mol. Biol., 396, 719-731.

Kellum, R., and Schedl, P. (1992). A group of scs elements function as domain boundaries in an enhancer-blocking assay. Mol. Cell Biol., 12, 2424-2431.

Keogh M.C., Kurdistani S.K., Morris S.A., Ahn S.II., Podolny V., Collins S.R., Schuldiner M., Chin K., Punna Т., Thompson N.J. et al. (2005) Cotranscriptional set2 methylation of histone H3 lysine 36 recruits a repressive Rpd3 complex. Cell, 123, 593-605

Khalil A. M., Guttman M., Iluarte M., Garber M., Raj A., Rivea Morales D., Thomas K., Presser A., Bernstein В. E., Van Oudenaardcn A., Regev A., Lander E. S., Rinn J. L. (2009). Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 106, 11667-11672.

Kharchenko P.V. et al (2011) Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster. Nature, 471, 480-485.

Kim J., Daniel J., Espejo A., Lake A., Krishna M., Xia L., Zhang Y., Bedford M.T. (2006) Tudor, МВТ and chromo domains gauge the degree of lysine methylation. EMBO Rep., 7, 397-03

Kim, Т.К., Hemberg, M., Gray, J.M., Costa, A.M., Bear, D.M., Wu, J., Harmin, D.A., Laptewicz, M., Barbara-Haley, K., Kuersten, S., et al. (2010). Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers. Nature, 465, 182-187.

Kino Т., Hurt D.E., Ichijo Т., Nader N., Chrousos G.P. (2010) Noncoding RNA Gas5 is a growth arrest- and starvation-associated repressor of the glucocorticoid receptor. Science Signaling, 3(107), ra8.

Klapper M, Exner K, Kempf A, Gehrig C,Stuurman N, Fisher PA, Krohne G. (1997) Assembly of A- and B-type lamins studied in vivo with the baculovirus system. J. Cell. Sci.; 110, 2519-32.

Klattenhoff C., Theurkauf W. (2008) Biogenesis and germline functions of piRNAs. Development, 135, 3-9.

Klenova E., Ohlsson R. (2005) Poly(ADP-ribosyl)ation and epigenetics. Is CTCF PARt of the plot? Cell Cycle, 4(1), 96-101.

Kluwe C.and Ellington A.D. (2010) RNA GPS. Science, 330(6002), 330 - 331

Koch F., Fenouil R., Gut M., Cauchy P., Albert Т.К., Zacarias-Cabeza J., Spicuglia S., de la Chapelle A.L., Heidemann M., Hintermair C., Eick D., Gut I., Ferrier P., Andrau J.C. (2011) Transcription initiation platforms and GTF recruitment at tissue-specific enhancers and promoters. Nat. Struct. Mol. Biol., 18(8), 956-963.

Kolb Т., Maass K., Hergt M,. Aebi U., Herrmann H. (2011) Lamin A and lamin С form homodimers and coexist in higher complex forms both in the nucleoplasmic fraction and in the lamina of cultured human cells. Nucleus, 2, 425^-33.

Kosak S.T., Skok J.A., Medina K.L., Riblet R., Le Beau M.M., Fisher A.G., Singh 11.(2002) Subnuclear compartmentalization of immunoglobulin loci during lymphocyte development. Science, 296, 158-162.

Kouzarides T. (2007) Chromatin modifications and their function. Cell, 128, 693-705

Kowalczyk, M. S.; Hughes, J. R.; Garrick, D.; Lynch, M. D.; et al. (2012). "Intragenic Enhancers act as Alternative Promoters". Molecular Cell, 45(4), 447^158.

Kristjuhan A., Walker J., Suka N., Grunstein M., Roberts D., Cairns B.R., Svejstrup J.Q. (2002) Transcriptional inhibition of genes with severe histone h3 hypoacetylation in the coding region. Mol. Cell, 10(4), 925-933.

Krivega I., Dean A (2012) Enhancer and promoter interactions — long distance calls. Curr Opin Genet Dev., 22, 79-85.

Kuhn E. J. and Geyery P. K. (2003) Genomic insulators: connecting properties to mechanism. Current Opinion in Cell Biology, 15, 259-265.

Kulaeva O.I., Nizovtseva E.V., Polikanov Y.S., Ulianov S.V., Studitsky V.M. (2012) Distant activation of transcription: mechanisms of enhancer action. Mol. Cell. Biol., 32(24), 4892-4897.

Kunert N., Marhold J., Stanke J., Stach D„ Lyko F. (2003) A Dnmt2-like protein mediates DNA methylation in Drosophila. Development, 130(21), 5083-5090.

Kuras L., Borggrefe T., Kornberg R.D. (2003) Association of the Mediator complex with enhancers of active genes. Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 100(24), 13887-13891.

Kurisu, T., Tanaka, T., Ishii, J., Matsumura, K., Sugimura, K., Nakatani, T. and Kawashima, H. (2006) Expression and function of human steroid receptor RNA activator in prostate cancer cells: role of endogenous hSRA protein in androgen receptor-mediated transcription. Prostate Cancer Prostatic Dis., 9, 173-178

Kwek K.Y., Murphy S., Furger A., Thomas B., O'Gorman W., Kimura H., Proudfoot N.J., Akoulitchev A. (2002) U1 snRNA associates with TFIIII and regulates transcriptional initiation. Nat. Struct. Biol., 9(11), 800-805).

Kyrchanova O., Chetverina D., Maksimenko O., Kullyev A., Georgiev P. (2008) Orientation-dependent interaction between Drosophila insulators is a property of this class of regulatory elements. Nucleic Acids Res., 36(22), 7019-7028.

Labrador M., F. Mongelard P. Plata-Rengifo E. M. Baxter Corces V. G. et al., (2001) Protein encoding by both DNA strands. Nature, 409, 1000.

Lanz R.B., McKenna N.J., Onate S.A., Albrecht U., Wong J., Tsai S.Y., Tsai M.J., O'Malley B.W. (1999) .A steroid receptor coactivator, SRA, functions as an RNA and is present in an SRC-1 complex. Cell, 97(1), 17-27.

Lanzuolo C., Roure V., Dekker J., Bantignies F., Orlando V. (2007) Polycomb response elements mediate the formation of chromosome higher-order structures in the bithorax complex. Nat. Cell Biol., 9 , 1167-1174

Lapidot M., Pilpel Y. (2006) Genome-wide natural antisense transcription: coupling its regulation to its different regulatory mechanisms. EMBO Rep., 7(12), 1216-1222.

Leach, K.M., Nightingale, K., Igarashi, K., Levings, P.P., Engel, J.D., Becker, P.B., and Bungert, J. (2001). Reconstitution of human beta-globin locus control region hypersensitive sites in the absence of chromatin assembly. Mol. Cell. Biol., 21, 2629-2640.

Lee J. T.(2012) Epigenetic Regulation by Long Noncoding RNAs. Science, 338(6113), 1435-1439.

Lee, W., Haslinger, A., Karin, M., and Tjian, R. (1987). Activation of transcription by two factors that bind promoter and enhancer sequences of the human metallothionein gene and SV40. Nature, 325, 368-372.

Lei E.P., Corces V.G. (2006) RNA interference machinery influences the nuclear organization of a chromatin insulator. Nat Genet., 38(8), 936-941.

Lettice, L.A., Heaney, S.J., Purdie, L.A., Li, L., de Beer, P., Oostra, B.A., Goode, D., Elgar, G., Hill, R.E., and de Graaff, E.A. (2003). A long-range Shh enhancer regulates expression in the developing limb and fin and is associated with preaxial Polydactyly. Hum. Mol. Genet., 12, 1725-1735.

Li H.B., Muller M., Bahechar I.A., Kyrchanova O., Ohno K., Georgiev P., and Pirrotta V. (2011) Insulators, not Polycomb response elements, are required for long-range interactions between polycomb targets in Drosophila melanogaster. Mol. Cell. Biol., 31(4), 616-625.

Lim J.P., Brunei A. (2013) Bridging the transgenerational gap with epigenetic memory. Trends Genet., 29(3), 176-186.

Lin H, Wolfner M F. (1991) The Drosophila maternal-effect gene fs(l)Ya encodes a cell cycle-dependent nuclear envelope component required for embryonic mitosis. Cell., 64, 49-62.

Lin Q., Wu D., and Zhou J. (2003) The promoter targeting sequence facilitates and restricts a distant enhancer to a single promoter in the Drosophila embryo. Development, 130, 519-526.

Ling X., Harkness T.A., Schultz M.C., Fisher-Adams G„ Grunstein M. (1996) Yeast histone H3 and H4 amino termini are important for nucleosome assembly in vivo and in vitro: redundant andc position-independent functions in assembly but not in gene regulation. Genes Dev., 10, 686-699

Lipovich L., Johnson R., Lin C-Y. (2010) MacroRNA underdogs in a microRNA world: Evolutionary, regulatory, and biomedical significance of mammalian long non-protein-coding RNA. Biochimica et Biophysica Acta, 1799, 597-615.

Litt M.D., Simpson M., Recillas-Targa F., Prioleau M.N., Felsenfeld G. (2001) Transitions in histone acetylation reveal boundaries of three separately regulated neighboring loci. EMBO J., 20(9), 2224-2235.

Liu R„ Liu II., Chen X., Kirby M„ Brown P.O., Zhao K. (2001). Regulation of CSF1 promoter by the SWI/SNF-like BAF complex. Cell, 106, 309-318.

Liu Z., Zhou S., Liao L., Chen X., Meistrich M., Xu J. (2010) Jmjdla demethylase-regulated histone modification is essential for cAMP response element modulator-regulated gene expression and spermatogenesis. J. Biol. Chem., 285, 2758-2770.

Lopez J., Song K., Hirshfeld A., Lin II., Wolfner M. F. (1994) The Drosophila fs(l)Ya protein, which is needed for the first mitotic division, is in the nuclear lamina and in the envelopes of cleavage nuclei, pronuclei and nonmitotic nuclei. Dev Biol., 163, 202-211.

Lopez J.M., Wolfner M. F. (1997) The developmentally regulated Drosophila embryonic nuclear lamina protein 'Young Arrest' (fs(l)Ya) is capable of associating with chromatin. J. Cell Sci., 110, 643-651.

Louie M.C., Yang H.Q., Ma A.M., Xu W., Zou J.X., Kung H.J., Chen H.W. (2003) .Androgen-induced recruitment of RNA polymerase II to a nuclear receptor-pl60 coactivator complex. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 100(5), 2226-2230.

Lourim D., Lin J.J. (1989) Expression of nuclear lamin A and muscle-specific proteins in differentiating muscle cells in ovo and in vitro. J. Cell Biol., 109, 495-504.

Louro,R.,Smirnova,A.S.,and Verjovski-Almeida,S.(2009).Long intronic noncoding RNA transcription: expression noise or expression choice? Genomics ,93, 291-298.

Lyko F., Ramsahoye B.IL, and Jaenisch R. (2000). DNA methylation in Drosophila melanogaster. Nature, 408, 538-540.

Maeda R.K., Karch F. (2007) Making connections: Boundaries and insulators in Drosophila. Curr Opin Genet Dev., 17, 394-399.

Martone R., Euskirchen G., Bertone P., Hartman S., Royce T.E., Luscombe N.M., Rinn J.L., Nelson F.K., Miller P., Gerstein M. et al (2003) Distribution of NF-kappaB-binding sites across human chromosome 22. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 100, 12247-12252.

Masumoto II., Hawke D., Kobayashi R., Verreault A. (2005) A role for cell-cycle-regulated histone 113 lysine 56 acetylation in the DNA damage response. Nature, 436, 294-298

Mateescu B., England P., Halgand F., Yaniv M., Muchardt C. (2004) Tethering of HP1 proteins to chromatin is relieved by phosphoacetylation of histone H3. EMBO Rep., 5, 490-496

Mattick J.S., Amaral P.P., Dinger M.E., Mercer T.R., Mchler M.F. (2009). RNA regulation of epigenetic processes. Bioessays, 31, 51-59.

Mattick J.S., andMakunin I.V. (2006). Non-codingRNA. Hum.Mol.Genet., 15, 17-29.

Mattick J.S., Makunin I.V (2005). Review Small regulatory RNAs in mammals. Hum Mol Genet., 14(1), 121-32.

Mattout A., Goldberg M., Tzur Y., Margalit A., Gruenbaum Y. (2007) Specific and conserved sequences in D. melanogaster and C. elegans lamins and histone II2A mediate the attachment of lamins to chromosomes, J. Cell Sci., 120, 77-85

Matzat L.H., Dale R.K., Moshkovich N., Lei E.P. (2012) Tissue-specific regulation of chromatin insulator function. PLoS Genet., 8(11), el003069.

Mazzio E.A., Soliman K.F. (2012) Basic concepts of epigenetics: impact of environmental signals on gene expression. Epigenetics, 7(2), 119-130.

McDonald J.F., Matyunina L.V., Wilson S., Jordan I.K., BowenN.J., Miller W.J. (1997) LTR retrotransposons and the evolution of eukaryotic enhancers.Genetica, 100(1-3), 3--13.

Meister P., Towbin B.D., Pike B.L., Ponti A., Gasser S.M. (2010) The spatial dynamics of tissue-specific promoters during C. elegans development. Genes Dev., 24, 766-782.

Melcer S., Gruenbaum Y. and Krohne G. (2007) Invertebrate Lamins. Exp. Cell Res., 313, 2157-2166.

Memczak S., Jens M., Elefsinioti A., Torti F., Krueger J., Rybak A., Maier L., Mackowiak S.D., Gregersen L.H., Munschauer M., Loewer A., Ziebold U., Landthaler M., Kocks C., le Noble F., Rajewsky N. (2013) Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency. Nature,495(7441), 333-338.

Mercer T.R., Dinger M.E., Sunkin S.M., Mehler M.F., Mattick J.S. (2008) Specific expression of long noncoding RNAs in the mouse brain. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 105(2), 716-721.

Mercer T.R., Dinger M.E.,and Mattick,J.S.(2009).Long non-coding RNAs: insights into functions. Nat.Rev.Genet., 10, 155-159.

Miele A., Dekker J. (2009) Mapping cis- and trans- chromatin interaction networks using chromosome conformation capture (3C). Methods Mol. Biol., 464, 105-121.

Mihaly J., Hogga I., Barges S., Galloni M., Mishra R.K., Hagstrom K., Miiller M., Schedl P., Sipos L., Gausz J., Gyurkovics II., Karch F. (1998) Chromatin domain boundaries in the Bithorax complex. Cell Mol. Life Sci., 54(1), 60-70.

Mihaly J., Hogga I., Gausz J., Gyurkovics H., Karch F. (1997) In situ dissection of the Fab-7 region of the bithorax complex into a chromatin domain boundary and a Polycomb-response element. Development., 124(9), 1809-1820.

Miles J., Mitchell J.A., Chakalova L., Goyenechea B., Osborne C.S., O'Neill L., Tanimoto K., Engel J.D., Fraser P. (2007) Intergenic transcription, cell-cycle and the developmentally regulated epigenetic profile of the human beta-globin locus. PLoS One, 2(7), e630.

Minden, A., and Karin, M. (1997). Regulation and function of the JNK subgroup of MAP kinases. Biochem. Biophys. Acta, 1333, 85-104.

Mirsky, A.E., Silverman, B., Panda, N.C. (1972) Blocking by histones of accessibility to DNA in chromatin: addition of histones. Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 69, 3243-3246.

Mishiro, T., Ishihara, K., Hino, S., Tsutsumi, S., Aburatani, H., Shirahige, K., et al. 2009. Architectural roles of multiple chromatin insulators at the human apolipoprotein gene cluster. EMBO J.,28(9), 1234-1245.

modENCODE Consortium, Roy S., Ernst J., Kharchenko P.V. et al. (2010) Identification of functional elements and regulatory circuits by Drosophila modENCODE. Science, 330, 17871797.

Mohan M., Bartkuhn M., Herold M., Philippen A., Heinl N., Bardenhagen I., Leers J., White R.A.H., Renkawitz-Pohl R., Saumweber II., Renkawitz R. (2007). The Drosophila insulator proteins CTCF and CP190 link enhancer blocking to body patterning. EMBO J., 26(19), 4203-4214.

Moir R.D., Yoon M„ Khuon S., Goldman R.D. (2000) Nuclear lamins A and Bl: Different pathways of assembly during nuclear envelope formation in living cells. J. Cell. Biol., 151, 1155-1168.

Moreau P., Hen R., Wasylyk B., Everett R., Gaub M.P., Chambon P. (1981) The SV40 72 base repair repeat has a striking effect on gene expression both in SV40 and other chimeric recombinants. Nucleic Acids Res., 9(22), 6047-6068

Morgan H.D., Sutherland II.G,, Martin D,I, Whitelaw E. (1999) Epigenetic inheritance at the agouti locus in the mouse. Nature Genet., 23, 314-318.

Mousavi K., Zare H., Dell'orso S., Grontved L., Gutierrez-Cruz G., Derfoul A., Hager G.L., Sartorelli V. (2013) eRNAs Promote Transcription by Establishing Chromatin Accessibility at Defined Genomic Loci. Mol Cell., 51(5), 606-617.

Muravyova E., Golovnin A., Gracheva E., Parshikov A., Belenkaya T., Pirrotta V., Georgiev P. (2001) Loss of insulator activity by paired Su(Hw) chromatin insulators. Science, 291, 495-498.

Murrell A. (2011) Setting up and maintaining differential insulators and boundaries for genomic imprinting. Biochem Cell Biol., 89(5), 469-78.

Nam J-W., Bartel D.P. (2012) Long noncoding RNAs in C. elegans. Genome Research, 22(12), 529-2540.

Nativio R., Sparago A., Ito Y., Weksberg R., Riccio A., and Murrell A. (2011) Disruption of genomic neighbourhood at the imprinted Igf2 -I I19 locus in Beckwith-Wiedemann syndrome and Silver-Russell syndrome. Hum. Mol. Genet., 20(7), 1363-1374.

Nativio R., Wendt K.S., Ito Y., Huddleston J.E., Uribe-Levvis S.,Woodfine K., et al. (2009) Cohesin is required for higher-orderchromatin conformation at the imprinted Igf2 - III9 locus. PLoSGenet., 5 (11), el000739.

Negre N., Brown C.D., Shah P.K., Klieradpour P., Morrison C.A., Henikoff J.G., Feng X., Ahmad K„ Russell S„ White R.A., Stein L„ Henikoff S„ Kellis M„ White K.P. (2010) A comprehensive map of insulator elements for the Drosophila genome. PLoS Genet., 6(1), el000814.

Nelson P.T., Hatzigeorgio, A.G., and Mourelato Z. (2004) miRNP: mRNA association in polyribosomes in a human neuronal cell line. RNA, 10, 387-394.

Ngara R., Ndimba R., Borch-Jensen J., Jensen O.N., Ndimba B. (2012) Identification and profiling of salinity stress-responsive proteins in Sorghum bicolor seedlings. J. Proteomics, 75, 4139-4150.

Nigg E A. (1989) The nuclear envelope. Curr. Opin. Cell Biol., 1, 435^140.

North, J.A., Javaid S., Ferdinand M.B., Chatterjee N., Picking J.W., Shoffner M., Nakkula R.J., Bartholomew B., Ottesen J.J., Fishel R., Poirier M.G. (2011) Phosphorylation of histone H3(T118) alters nucleosome dynamics and remodeling. Nucleic Acids Res. 39, 64656474

Oehler, S., Alberti, S., and Muller-Hill, B. (2006). Induction of the lac promoter in the absence of DNA loops and the stoichiometry of induction. Nucleic. Acids Res. 34, 606-612.

Ohtsuki, S., Levine, M., and Cai, II.N. (1998). Different core promoters possess distinct regulatory activities in the Drosophila embryo. Genes Dev., 12, 547-556.

Okazaki Y.; Furuno M.; Kasukawa T.; Adachi J.; Bono H.; Kondo S.; Nikaido I.; Osato N. et al. (2002) Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs. Nature, 420(6915), 563-573.

Olsen P.H., and Ambros V. (\999). The lin-4 regulatory RNA controls developmental timing in Caenorhabditis elegans by blocking LIN-14 protein synthesis after the initiation of translation. Dev. Biol., 216, 671-680.

Panne, D., Maniatis, T., and Harrison, S.C. (2007). An atomic model of the interferonbeta enhanceosome. Cell, 129, 1111-1123.

Parelho V., Iladjur S., Spivakov M., Lcleu M., Sauer S., Gregson,II.C., et al. (2008) Cohesins functionally associate with CTCF on mammalian chromosome arms. Cell, 132(3), 422-433.

Parkhurst S.M., Harrison D.A., Remington M.P., Spana C., Kelley R.L., Coyne R.S., Corces V.G. (1988) The Drosophila su(IIw) gene, which controls the phenotypic effect of the gypsy transposable element, encodes a putative DNA-binding protein. Genes Dev., 2(10), 12051215.

Parnaik V. K. (2008) Role of nuclear Lamins in nuclear organization, cellular signaling and inherited diseases. Int. Rev. Cell Mol. Biol., 266, 157-206.

Patel D. J. and Suri A. K. (2000) Structure, recognition and discrimination in RNA aptamer complexes with cofactors, amino acids, drugs and aminoglycoside antibiotics. J Biotechnol, 74, 39-60.

Pekowska A, Benoukraf T, Zacarias-Cabeza J, Belhocine M, Koch F, Holota H, Imbert J, Andrau JC, Ferrier P, Spicuglia S. (2011) II3K4 tri-methylation provides an epigenetic signature of active enhancers. EMBO J., 30(20), 4198-4210.

Peric-Hupkes D., Meuleman W., Pagie L., Bruggeman S. W., Solovei I., Brugman W., et al. (2010) Molecular maps of the reorganization of genome-nuclear lamina interactions during differentiation. Mol. Cell, 38, 603-613.

Petruk S., Sedkov Y., Brock H.W., Mazo A. (2007) A model for initiation of mosaic HOX gene expression patterns by non-coding RNAs in early embryos. RNA Biol., 4(1), 1-6.

Petruk S., Sedkov Y., Riley K.M., Hodgson J., Schweisguth F., Hirose S., Jaynes J.B., Brock H.W., Mazo A. (2006) Transcription of bxd noncoding RNAs promoted by trithorax represses Ubx in cis by transcriptional interference. Cell, 127, 1209-1221.

Phares, W., and Herr, W. (1991). Functional similarities between human immunodeficiency virus type 1 and simian virus 40 kappa B protoenhancers. J. Virol., 65, 22002210.

Phillips M.L. (2010) Existence of RNA 'dark matter' in doubt. Nature, doi:10.1038/news.2010.248.

Pickersgill H., Kalverda B., de Wit E., Talhout W., Fornerod M., van Steensel B. (2006) Characterization of the Drosophila melanogaster genome at the nuclear lamina. Nat. Genet., 38, 1005-1014.

Polikanov Y.S., Rubtsov M.A., Studitsky V.M. (2007) Biochemical analysis of enhancer-promoter communication in chromatin. Methods, (3), 250-258.

Ponting C.P., Oliver P.L., Reik W. (2009) Evolution and functions of long noncoding RNAs. Cell, 136(4), 629-641.

Prokocimer M., Davidovich M., Nissim-Rafinia M., Wiesel-Motiuk N., Bar D.Z., Barkan R., Meshorer E., Gruenbaum Y. (2009) Nuclear lamins: key regulators of nuclear structure and activities. J. Cell Mol. Med., 13(6), 1059-1085.

Ptashne M. (1986) Gene regulation by proteins acting nearby and at a distance. Nature, 1986, 322(6081), 697-701.

Ptashne M. (2013) Epigenetics: core misconcept. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 110(18), 7101-7103.

Qu Z., Adelson D.L. (2012) Evolutionary conservation and functional roles of ncRNA. Front Genet., 3, 205.

Rada-Iglesias A et al (2011) A unique chromatin signature uncovers early developmental enhancers in humans. Nature, 470, 279-283

Ragoczy T., Bender M.A., Telling A., Byron R., Groudine M. (2006) The locus control region is required for association of the murine beta-globin locus with engaged transcription factories during erythroid maturation. Genes Dev., 20, 1447-1457.

Ramos E., Torre E.A., Bushey A.M., Gurudatta B.V., Corces V.G. (2011) DNA topoisomerase II modulates insulator function in Drosophila. PLoS One, 6(1), el6562

Reik W. Dean W., Walter J. (2001) Epigenetic reprogramming in mammalian development. Science, 293(5532), 1089-93.

Riemer D., Stuurman N., Berrios M., Hunter C., Fisher P. A. and Weber K. (1995) Expression of Drosophila Lamin C is developmentally regulated: analogies with vertebrate Atype Lamins. J. Cell Sci., 108(10), 3189-3198.

Riggs V.E., Martienssen R.A., and Riggs A.D. (1996) Epigenetic Mechanisms of Gene Regulation. USA, Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Rinn J.L., Chang H.Y. (2012) Genome regulation by long noncoding RNAs. Annual Review of Biochemistry, 81, 145-166.

Robinson R. (2010) Dark matter transcripts: sound and fury, signifying nothing? PLoS Biol., 8, el000370.

Roy S., Gilbert M.K., Hart C.M. (2007) Characterization of BEAF mutations isolated by homologous recombination in Drosophila. Genetics, 176(2), 801-813.

Rubio E.D., Reiss D.J., Welcsh P.L., Disteche C.M., Filippova G.N., Baliga, N.S., et al. (2008) CTCF physically links cohesin to chromatin. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 105(24), 8309-8314.

Rusinol A.E., Sinensky M.S. (2006) Farnesylated lamins, progeroid syndromes and farnesyl transferase inhibitors, J. Cell Sci., 119, 3265-3272

Russo V.E.A., Martienssen R.A., Riggs A.D. (1996,) Epigenetic mechanisms of gene regulation. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, USA.

Rzepecki R, Bogachev S, Kokoza E, Stuurman N, Fisher P A. (1998) In vivo association of lamins with nucleic acids in Drosophila melanogaster. J. Cell Sci., Ill, 121-129.

Rzepecki R., Fisher P.A. (2002) In vivo phosphorylation of Drosophila melanogaster nuclear lamins during both interphase and mitosis Cell. Mol. Biol. Lett., 7,859-876.

Sagai, T., Hosoya, M., Mizushina, Y., Tamura, M., and Shiroishi, T. (2005). Elimination of a long-range cis-regulatory module causes complete loss of limb-specific Shh expression and truncation of the mouse limb. Development, 132, 797-803.

Salmena L., Poliseno L., Tay Y., Kats L., Pandolfi P.P. (2011) A ceRNA hypothesis: the Rosetta Stone of a hidden RNA language? Cell, 146(3), 353-358.

Sanchez-Eisner T, Gou D, Kremmer E, Sauer F. (2006) Noncoding RNAs of trithorax response elements recruit Drosophila Ashl to Ultrabithorax. Science, 311(5764), 1118-1123.

Sanyal A., Lajoie B.R., Jain G., Dekker J. (2012) The long-range interaction landscape of gene promoters. Nature, 489, 109-113.

Schermelleh L., Carlton P.M., Ilaase S., Shao L., Winoto L., Kner P., Burke B., Cardoso M.C., Agard D.A., Gustafsson M.G., et al. (2008). Subdiffraction multicolor imaging of the nuclear periphery with 3D structured illumination microscopy. Science, 320, 1332-1336.

Schirmer E.C. Gerace L. (2004) The stability of the nuclear lamina polymer changes with the composition of lamin subtypes according to their individual binding strengths. J Biol Chem., 279, 42811^12817.

Schmidt M., Krohne G. (1995) In vivo assembly kinetics of fluorescently labeled Xenopus lamin A mutants. Eur. J. Cell Biol., 68, 345-354.

Schmitges F.W., Prusty A.B., Faty M., Stiitzer A., Lingaraju G.M., Aiwazian J., Sack R., Hess D., Li L., Zhou S., Bunker R.D., Wirth U., Bouwmeester T. et al (2011) Histone methylation by PRC2 is inhibited by active chromatin marks. Mol. Cell, 42, 330-341.

Schneider U., Mini T., Jeno P., Fisher P.A., Stuurman N. (1999) Phosphorylation of the major Drosophila lamin in vivo: site identification during both M-phase (meiosis) and interphase by electrospray ionization tandem mass spectrometry, Biochemistry, 38, 4620-4632.

Schulze S. R., Curio-Penny B., Li Y., Imani R. A., Rydberg L., Geyer P. K. and Wallrath L. L. 2005 Molecular genetic analysis of the nested Drosophila melanogaster Lamin C gene. Genetics, 171, 185-196.

Schwabish, M.A., and Struhl, K. (2007). The Swi/Snf complex is important for histone eviction during transcriptional activation and RNA polymerase II elongation in vivo. Mol. Cell Biol., 27, 6987-6995.

Schwartz Y.B., Lindcr-Basso D., Kharchenko P.V., Tolstorukov M.Y., Kim M., Li II.B., Gorchakov A.A., Minoda A., Shanowcr G., Alekseyenko A.A. ct al.(2012) Nature and function of insulator protein binding sites in the Drosophila genome. Genome Res, 22(11), 2188-98.

Schweinsberg S, Ilagstrom K, Göhl D, Schcdl P, Kumar RP, Mishra R, Karch F. (2004) The enhancer-blocking activity of the Fab-7 boundary from the Drosophila bithorax complex requires GAGA-factor-binding sites. Genetics, 168(3), 1371-1384.

Scott K.C., Merrett S.L., Willard II.F (2006) A heterochromatin barrier partitions the fission yeast centromere into discrete chromatin domains. Curr. Biol., 16, 119-129.

Sen R., Grosschedl R. (2010) Memories of lost enhancers. Genes Dev., 24, 973-979.

Shamovsky I., Ivannikov M., Kandel E.S., Gershon D., Nudler E. (2006) RNA-mediated response to heat shock in mammalian cells. Nature, 440(7083), 556-560.

Shang Y., Myers M., Brown M. (2002) Formation of the androgen receptor transcription complex. Mol. Cell, 9(3), 601-10.

Shevelyov Y.Y., Lavrov S.A., Mikhaylova L.M., Nurminsky I.D., Kulathinal R.J., Egorova K.S., Rozovsky Y.M., Nurminsky DI (2009) The B-type lamin is required for somatic repression of testis-specific gene clusters. Proc. Natl. Acad .Sei. USA, 106, 3282-3287.

Shimi T., Pfleghaar K., Kojima S., Pack C.G., Solovei I., Goldman A.E., Adam S.A., Shumaker DK, Kinjo M, Cremer T, et al.(2008) The A- and B-type nuclear lamin networks: microdomains involved in chromatin organization and transcription. Genes Dev., 22, 3409-3421.

Shirayama M„ Seth M., Lee H.C., Gu \V„ Ishidate T„ Conte D. Jr., Mello C.C. (2012) piRNAs initiate an epigenetic memory of nonself RNA in the C.elegans germline. Cell, 150, 6577

Shore D., Langowski J., Baldwin R. L. (1981) DNA flexibility studied by covalent closure of short fragments into circles. Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 78(5), 4833-4837.

Shuey, D.J., and Parker, C.S. (1986). Bending of promoter DNA on binding of heat shock transcription factor. Nature, 323, 459-461.

Shumaker D.K., Dechat T., Kohlmaier A., Adam D.A., Bozovsky M.R., Erdos M.R., Eriksson M., Goldman A.E., Khuon S, Collins FS, Jenuwein T, Goldman RE. (2006) Mutant nuclear lamin A leads to progressive alterations of epigenetic control in premature aging. Proc. Natl. Acad. Sei. USA.; 103, 8703-8.

Simonatto M., Barozzi I., Natoli G. (2013) Non-coding transcription at cis-regulatory elements: Computational and experimental approaches. Methods, S1046-2023(13)00090-X.

Skok J.A., Brown K.E., Azuara V., Caparros M.-L., Baxter J., Takacs K., Dillon N., Gray D., Perry R.P., Merkenschlager M., Fisher A.G. (2001) Nonequivalent nuclear location of immunoglobulin alleles in B lymphocytes. Nat. Immunol., 2, 848-854.

Smith D. E., Fisher P. A. (1989) Interconversion of Drosophila nuclear lamin isoforms during oogenesis, early embryogenesis, and upon entry of cultured cells into mitosis. J. Cell Biol., 108, 255-265.

Smith P.A., Corces V.G. (1995) The suppressor of Ilairy-wing protein regulates the tissue-specific expression of the Drosophila gypsy retrotransposon. Genetics, 139(1), 215-228.

Somech R, Shaklai S, Geller 0,Amariglio N, Simon AJ, Rechavi G, GalYam EN. (2005) The nuclear-envelope protein and transcriptional repressor LAP2beta interacts with IIDAC3 at the nuclear periphery, and induces histone 114 deacetylation. Cell Sci.; 118, 4017-25.

Spana C., Harrison D.A., Corces V.G. (1988) The Drosophila melanogaster suppressor of Hairy-wing protein binds to specific sequences of the gypsy retrotransposon.Genes Dev., 2(11), 1414-1423.

Spicuglia S. Vanhille L. (2012) Chromatin signatures of active enhancers. Nucleus, 3(2), 126-131.

Spicuglia S., Kumar S., Yeh J.II., Vachez E., Chasson L., Gorbatch S., Cautres J., Ferrier P. (2002) Promoter activation by enhancer-dependent and -independent loading of activator and coactivator complexes. Mol Cell., 10(6), 1479-1487.

Spitz F., Furlong E.E. (2012) Transcription factors: from enhancer binding to developmental control.Nature Reviews Genetics, 13, 613-626.

Stamatoyannopoulos, J.A., Goodwin, A., Joyce, T., and Lowrey, C.I I. (1995). NF-E2 and GATA binding motifs are required for the formation of DNase I hypersensitive site 4 of the human beta-globin locus control region. EMBOJ., 14, 106-116.

Stedman W., Kang H., Lin S., Kissil J.L., Bartolomei M.S., and Lieberman P.M. (2008) Cohesins localize with CTCF at the KSHV latency control region and at cellular c-myc and H19/Igf2 insulators. EMBO J., 27 (4), 654-666.

Struhl, K. (2005). Transcriptional activation: mediator can act after preinitiation complex formation. Mol. Cell, 17, 752-754.

Stuurman N., Delbecque J. P., Callaerts P. and Aebi U. (1999) Ectopic overexprcssion of Drosophila Lamin C is stage-specific lethal. Exp. Cell Res., 248, 350-357.

Stuurman N., Maus N., Fisher P.A. (1995) Interphase phosphorylation of the Drosophila nuclear lamin: site-mapping using a monoclonal antibody J. Cell Sci., 108, 3137-3144

Sun F.L., Elgin S.C. (1999) Putting boundaries on silence. Cell, 99(5), 459-462.

Szutorisz II., Dillon N., Tora L. (2005) The role of enhancers as centres for general transcription factor recruitment. Trends Biochem. Sci., 30(11), 593-599.

Takata H., Uchiyama S., Nakamura N., Nakashima S., Kobayashi S., Sone T., Kimura S., Lahmers S., Granzier H., Labeit S., et al. (2007) A comparative proteome analysis of human

metaphase chromosomes isolated from two different cell lines reveals a set of conserved chromosome-associated proteins. Genes Cells., 12, 269-284.

Tan G.S., Garchow B.G., Liu X., Yeung J., Morris J.P. 4th, Cuellar T.L., McManus M.T., Kiriakidou M. (2009) Expanded RNA-binding activities of mammalian Argonaute 2. Nucleic Acids Res., 37(22), 7533-7545.

Tan M. et al (2011) Identification of 67 histone marks and histone lysine crotonylation as a new type of histone modification. Cell, 146, 1016-1028

Taniura H., Glass C., Gerace L. (1995) A chromatin binding site in the tail domain of nuclear lamins that interacts with core histones. J. Cell Biol., 131, 33—44.

Tan-Wong S.M., Zaugg J.B., Camblong J., Xu Z., Zhang D.W., Mischo H.E., Ansari A.Z., Luscombe N.M., Steinmetz L.M., Proudfoot N.J. (2012) Gene loops enhance transcriptional directionality. Science, 338(6107):671 -675.

Tchurikov N.A., Kretova O.V., Moiseeva E.D., Sosin D.V. (2009) Evidence for RNA synthesis in the intergenic region between enhancer and promoter and its inhibition by insulators in Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Res., 37(1), 111-122.

Tchurikov N.A., Kretova O.V., Sosin D.V., Zykov, I.A., Zhimulev, I.F., Kravatsky, Y.V. (2011) Genome-wide profiling of forum domains in Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Res., 2011., 39, 3667-3685.

Tchurikov NA, Kretova OV, Fedoseeva DM, Sosin DV, Grachev SA, Serebraykova MV, Romanenko SA, Vorobieva NV, Kravatsky YV. (2013) DNA double-strand breaks coupled with PARP1 and IINRNPA2B1 binding sites flank coordinately expressed domains in human chromosomes. PLoS Genet., 9(4), el003429.

The ENCODE Project Consortium (2007) Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. Nature, 447, 799-816.

Thomas M.C., Chiang C.M. (2006) The general transcription machinery and general cofactors. CritRev. Biochem. Mol. Biol., 41(3), 105-178.

Tollervey J. and Lunyak V.V. (2012) Judge, jury and executioner of stem cell fate. Epigenetics, 1(8), 823-840.

Tsai M.C., Manor O., Wan Y. et al. (2010) Long noncoding RNA as modular scaffold of histone modification complexes. Science, 329(5992), 689-693.

Tsai M.C., Spitale R.C., Chang H.Y. (2011) Long intergenic noncoding RNAs: new links in cancer progression. Cancer Research., 71(1), 3-71.

Turner B.M. (1993) Decoding the nucleosome. Cell, 75, 5-8

Turner B.M, Birley A.J., Lavender J. (1992) Histone H4 isoforms acetylated at speci fi c lysine residues de fi ne individual chromosomes and chromatin domains in Drosophila polytene nuclei. Cell, 69, 375-384.

Udvardy A., Maine E., Schedl P. (1985) The 87A7 chromomere. Identification of novel chromatin structures flanking the heat shock locus that may define the boundaries of higher order domains. J. Mol. Biol., 185(2), 341-358.

Umlauf D., Fraser P., Nagano T. (2008) The role of long non-coding RNAs in chromatin structure and gene regulation: variations on a theme. Biol. Chem., 389(4), 323-331.

Vakoc C.R., Mandat S.A., Olenchock B.A. Blobel G.A. (2005) Histone H3 lysine 9 methylation and HP 1 gamma are associated with transcription elongation through mammalian chromatin. Mol. Cell, 19, 381-391

Vallabhapurapu, S., and Karin, M. (2009). Regulation and function of NF-kB transcription factors in the immune system. Annu. Rev. Immunol. 27, 693-733.

van Bakel LI., Nislow C., Blencowe B.J., Hughes T.R. (2010) Most "dark matter" transcripts are associated with known genes. PLoS Biol., 8(5), el 000371.

van Bemmel J.G, Pagie L., Braunschweig U., Brugman W, Meuleman W, Kerkhoven R.M., van Steensel B. (2010) The Insulator Protein SU(IIW) Fine-Tunes Nuclear Lamina Interactions of the Drosophila Genome. PLoS One, 5(11), el 5013.

Van Bortle K, Ramos E, Takenaka N, Yang J, Wahi JE, Corces VG. (2012) Drosophila CTCF tandemly aligns with other insulator proteins at the borders of H3K27me3 domains. Genome Res, 22(11), 2176-2187.

Van Bortle K., Corces V.G. (2013) The role of chromatin insulators in nuclear architecture and genome function. Curr. Opin. Genet. Dev., 23(2), 212-218.

Vempati R.K. (2012) DNA damage in the presence of chemical genotoxic agents induce acetylation of II3K56 and H4K16 but not H3K9 in mammalian cells. Mol. Biol Rep, 39, 303308.

Vidakovic M, Koester M, Goetze S, Winkelmann S, Klar M, Poznanovic G, Bode J. (2005) Co-localization of PARP-1 and lamin B in the nuclear architecture: a halo-fluorescence-and confocal-microscopy study. J. Cell. Biochem, 96(3), 555-568.

Visel, A, Blow, M.J, Li, Z, Zhang, T, Akiyama, J.A, Holt, A, Plajzer-Frick, I, Shoukry, M, Wright, C, Chen, F, et al. (2009a). ChlP-seq accurately predicts tissue-specific activity of enhancers. Nature, 457, 854-858.

Visel, A, Rubin, E.M, and Pennacchio, L.A. (2009b). Genomic views of distantacting enhancers. Nature 461, 199-205.

Waddington C.H. (1939) Preliminary Notes on the Development of the Wings in Normal and Mutant Strains of Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sei. USA., 25(7), 299-307.

Wallace J.A., Felsenfeld G. (2007) We gather together: insulators and genome organization. Curr Opin. Genet. Dev., 17(5), 400-407.

Wang K.C., Chang II.Y. (2011) Molecular mechanisms of long noncoding RNAs. Molecular Cell, 43, 904-914.

Wang Z., Zang C., Rosenfeld J.A., Schönes D.E., Barski A., Cuddapah S., Cui K., Roh T.Y., Peng W., Zhang M.Q., Zhao K. (2008) Combinatorial patterns of histone acetylations and mcthylations in the human genome. Nat. Genet., 40(7), 897-903.

Watanabe S. et al (2010) Structural characterization of II3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays. Biochim. Biophys. Acta., 1799, 480^186.

Watanabe, M., Yanagisawa, J., Kitagawa, H., Takeyama, K., Ogawa, S., Arao, Y., Suzawa, M., Kobayashi, Y., Yano, T., Yoshikawa, H., Masuhiro, Y. and Kato, S. (2001) A subfamily of RNA-binding DEAD-box proteins acts as an estrogen receptor a coactivator through the N-terminal activation domain (AF-1) with an RNA coactivator, SRA. EMBO J., 15, 1341-1352

Wei W., Brennan M.D. The gypsy insulator can act as a promoter-specific transcriptional stimulator. Mol. Cell. Biol., 21(22), 7714-7720.

Wendt K.S., Yoshida K„ Itoh T„ Bando M„ Koch B„ Schirghuber E., et al. (2008) Cohesin mediates transcriptional insulation by CCCTC-binding factor. Nature, 451(7180), 796 -801.

Williams A. and Flavell R. A. (2008) The role of CTCF in regulating nuclear organization. J. Exp. Med., 205, 747-750.

Wilson S. W., MatyninaL. V., and. McDonald J. F. (1998) An enhancer region within the copia untranslated leader contains binding sites for Drosophila regulatory proteins. Gene, 209, 239-246.

Wilusz J.E., Sunwoo H., Spector D.L. (2009) Long noncoding RNAs: functional surprises from the RNA world. Genes Dev., 23(13), 1494-504

Wood AM, Van Bortle K, Ramos E, Takenaka N, Rohrbaugh M, et al. (2011) Regulation of chromatin organization and inducible gene expression by a Drosophila insulator. Mol. Cell, 44, 29-38.

Xiao T., Kao C.F., Krogan N.J., Sun Z.W., Greenblatt J.F., Osley M.A., Strahl B.D. (2005) Histone H2B ubiquitylation is associated with elongating RNA polymerase II. Mol. Cell. Biol., 25, 637-651.

Xie W.et al (2009) Histone h3 lysine 56 acetylation is linked to the core transcriptional network in human embryonic stem cells. Mol. Cell, 33, 417-427.

Xu F, Zhang K, Grunstein M (2005) Acetylation in histone H3 globular domain regulates gene expression in yeast. Cell, 121, 375-385.

Yang J, Corces V.G. (2011) Chromatin Insulators: A Role in Nuclear Organization and Gene Expression. Adv. Cancer Res, 110, 43-76.

Yazgan O. and Krebs J.E. (2007). Noncoding but non expendable:transcriptional regulation by large non- coding RNA in eukaryotes. Biochem. Cell. Biol, 85, 484-496.

Yu W, Ginjala V, Pant V, Chernukhin I, Whitehead J, Docquier F, Farrar D, Tavoosidana G, Mukhopadhyay R, Kanduri C, et al. (2004) Poly(ADP-ribosyl)ation regulates CTCF-dependent chromatin insulation. Nat. Genet, 36, 1105-1110.

Yuan J, Simos G, Blobel G, Georgatos S.D. (1991) Binding of lamin A to polynucleosomes. J. Biol. Chem, 266, 9211-9215.

Yusufzai T.M, Tagami H, Nakatani Y, Felsenfeld G. (2013) CTCF tethers an insulator to subnuclear sites, suggesting shared insulator mechanisms across species. Mol. Cell, 13(2), 291-298.

Zentner G.E, Henikoff S. (2013) Regulation of nucleosome dynamics by histone modification. Nature Structural & Molecular Biology, 20, 259-266.

Zentner G.E, Tesar P.J, Scacheri P.C (2011) Epigenetic signatures distinguish multiple classes of enhancers with distinct cellular functions. Genome Res, 21, 1273-1283.

Zhang S, Roche K, Nasheuer H.P, Lowndes N.F. (2011) Modification of histones by sugar beta-N-acetylglucosamine (GlcNAc) occurs on multiple residues, including histone H3 serine 10, and is cell cycle-regulated. J. Biol.Chem, 286, 37483-37495

Zhao H, Kim A, Song S.H, Dean A. (2006) Enhancer blocking by chicken beta-globin 5'-IIS4: role of enhancer strength and insulator nucleosome depletion. J. Biol. Chem, 281(41), 30573-30580.

Zhao H, Dean A. (2004) An insulator blocks spreading of histone acetylation and interferes with RNA polymerase II transfer between an enhancer and gene. Nucleic Acids Res, 32(16), 4903-4919.

Zhao K, Hart C. M, Laemmli U. K. (1995/ Visualization of chromosomal domains with boundary element-associated factor BEAF-32. Cell, 81, 879-889.

Zhou J, Levine M. (1999) A novel cis-regulatory element, the PTS, mediates an anti-insulator activity in the Drosophila embryo. Cell, 99(6), 567-75.

Zink D., Amaral M.D., Englmann A., Lang S., Clarke L.A., Rudolph С., Alt F., Luther К., Braz С., Sadoni N.et al. (2004) Transcription-dependent spatial arrangements of CFTR and adjacent genes in human cell nuclei J. Cell. Biol., 166, 815-825

Zlatanova J. and Caiafa P. (2009) CCCTC-binding factor: to loop or to bridge. Cell Mol. Life. Sei., 66(10), 647-660.

Кретова О.В., Чуриков H.A. (2005) О возможности происхождения короткого ретроэлемента дрозофилы суффикса - от родственного длинного ретроэлемента - F элемента. ДАН, 403(6), 824-828.

Моисеева Е.Д., Чуриков H.A. (2011) Изучение влияния энхансера и инсулятора на структуру хроматина в геноме Drosophila melanogaster. ДАН, 437(1), 120-123.

Федосеева Д.М., Кретова О.В., Чуриков H.A. (2010) Молекулярный анализ РНК, индуцированных энхансером в клетках дрозофилы, содержащих репортерные генетические конструкции. ДАН, 435(6), 831-836.

Федосеева Д.М., Кретова О.В., Чуриков H.A. (2011) Анализ энхансерных РНК и модификаций хроматина в районах их синтеза в репортерных генетических конструкциях, трансфецированных в клетки дрозофилы. ДАН, 442(1), 127-132.

Федосеева Д.М., Кретова О.В., Чуриков H.A. (2013). Анализ связывания инсуляторных белков репортерных генетических конструкциях, трансфецированных в клетки дрозофилы. ДАН, 451(3), 339-343.